2FHRA

Trypanosoma rangeli sialidase in complex with 2,3- difluorosialic acid (covalent intermediate)
Total Genus 181
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
181
sequence length
632
structure length
625
Chain Sequence
SLAPGSSRVELFKRKNSTVPFEESNGTIRERVVHSFRIPTIVNVDGVMVAIADARYETSFDNSFIETAVKYSVDDGATWNTQIAIKNSRASSVSRVMDATVIVKGNKLYILVGSFNKTRNSWTQHRDGSDWEPLLVVGEVTKSAANGKTTATISWGKPVSLKPLFPAEFDGILTKEFIGGVGAAIVASNGNLVYPVQIADMGGRVFTKIMYSEDDGNTWKFAEGRSKFGCSEPAVLEWEGKLIINNRVDGNRRLVYESSDMGKTWVEALGTLSHVWTNSPTSNQQDCQSSFVAVTIEGKRVMLFTHPLNLKGRWMRDRLHLWMTDNQRIFDVGQISIGDENSGYSSVLYKDDKLYSLHEINTNDVYSLVFVRLIGELQLMKSVVRTWKEEDNHLASICTPVKGGCGAAVPTAGLVGFLSHSANGSVWEDVYRCVDANVANAERVPNGLKFNGVGGGAVWPVARQGQTRRYQFANYRFTLVATVTIDELPKGTSPLLGAGLEGPGDAKLLGLSYDKNRQWRPLYGAAPASPTGSWELHKKYHVVLTMADRQGSVYVDGQPLAGSGNTVVRGATLPDISHFYIGGPRSKGAPTDSRVTVTNVVLYNRRLNSSEIRTLFLSQDMIGTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural and Kinetic Analysis of Two Covalent Sialosyl-Enzyme Intermediates on Trypanosoma rangeli Sialidase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma rangeli
molecule keywords sialidase
total genus 181
structure length 625
sequence length 632
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2005-12-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 2fhrA02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 2fhrA01
3NN9A 1NNAA 5KXEA 2H0BA 3NV1A 1QDOA 2C9AA 2F26A 3AP6A 1NSDA 4Z8BA 2YA5A 4CPMA 1FX5A 3MEPA 2A3YA 4FVVA 3AZXA 3ILFA 1V6MA 4MZEA 1IVCA 2JJ6A 3O5SA 1WBFA 3INBA 2A75A 5GM0A 3WCRA 2Q5TA 1CPNA 3ZSKA 3H6JA 4U2AA 1O4ZA 5HCBA 4LBJA 1NN2A 5IK4A 1ENQA 1ULEA 1USXA 2GNBA 1WUVA 1D0HA 5JDBA 2F27A 2W5OA 4YGDA 3DUIA 2ARXA 1V3DA 2W68A 1VAMA 4WEFA 1YIFA 4M00A 3N36A 3IKWA 1I1EA 3HR9A 1QOTA 2VUAA 4XXAA 3JU4A 2BZDA 4WA4A 1Y7BA 3I4IA 4F83A 2QWIA 2GN3A 3A0KA 2YDPA 1KJRA 4Y22B 3V0AB 1XOGA 5NN9A 1SLBA 4BM8A 4CPOA 2DUQA 1N1VA 4Q26A 4M4UA 1GKBA 2W08A 4XIKA 3H0OA 3D12A 3AYEA 3ZYPA 4R9AA 3L2YA 2X9MA 1B09A 1G9DA 3RQ0A 4KS4A 3T1MA 2HT7A 4K1ZA 1AJKA 1LGBA 1MACA 2UWCA 4LBQD 4I00A 2DTWA 5T5PA 4XMAA 2LALA 1OQ1A 3C2UA 3FLRA 1HQWA 3M3QA 2ERFA 3TI3A 4AGVA 2CWSA 4FPLA 4K1YA 4RA0A 3R4UA 1SLAA 3SALA 1DIMA 1LOBA 1D2SA 2JKBA 2VW2A 2YDTA 1I3HA 2DURA 4FPGA 1LENA 3KQRA 2EXJA 4U36A 1QOOA 2OW4A 1V0FA 3PVEA 5T5LA 4YFZA 4Y22A 3V0AA 1SO7A 5IT6A 3ILNA 3PVOA 3M3CA 4GWMA 3WDTA 3APBA 2OVUA 2EF6A 2VVZA 2PELA 1V00A 1MS3A 1Q8OA 2W38A 5EWSA 4LBKA 5T52A 3SLIA 1UZYA 1NCCN 4MX0A 2SLIA 2FHRA 2P37A 3N3HA 2ZKNA 5HUGA 4FQZA 3AP9A 5BYNA 4WA5A 2TEPA 3WCSA 2AREA 1SBDA 1HKDA 3SH5A 1YRZA 2AGSA 3M3OA 2F29A 2C4LA 4ISRA 4P9YA 1IS4A 1DQ5A 1EUUA 4XZPA 3B00A 1SLTA 2DVFA 2YROA 4TZDA 1BJQA 2UWBA 1DHKB 3U4XA 5JOYA 1JYCA 1URXA 4ATEA 4CPNA 2VWDA 4DPNA 2D3PA 1Z4ZA 2R16A 1AJOA 3WUDA 4YM2A 5EYXA 3B69A 2AR6A 4QN5A 4DRVA 1LCLA 1H9PA 4K20A 2D43A 4GJTA 1AX2A 4DQAA 1F5FA 1UX6A 1DYPA 3GVLA 1BXHA 5GZGA 3H71A 2WT2A 3TIAA 1IVBA 1PZ9A 2W39A 4MJUA 2F11A 2R1BA 4JF7A 1IS6A 2ZAAA 1FV2A 4KS3A 1CVNA 4GA9A 1UMZA 2WQZC 2D44A 2XB6C 2F12A 3AK0A 1KDMA 1MS8A 2DVDA 2D3SA 3D5OA 3WOGA 2C4AA 1LHOA 3K38A 5DZFA 2QWHA 1F9KA 5HUKA 1AVBA 1YI7A 5DUUA 3HN1A 2ZHKA 3BIWE 4JC1A 3VKMA 1G9CA 4Y20B 1B9SA 4YW3A 4MJVA 1RIRA 1V6KA 1A4QA 2ZA9A 2ZABA 2KM2A 2SIMA 3K36A 3OJBA 3OGGA 1WBLA 5B2DA 1C57A 3CNAA 1S0GA 1APNA 2ZMNA 4DRRA 1ULGA 1Z50A 2AEQA 1SCRA 4FOVA 1W6NB 2DYCA 2JD4A 4FPYA 4FQ4A 1F31A 4JRAA 2GNTA 4LBLA 4M4VA 5HCFA 1KRIA 3OBTA 3MW4A 4GDIA 2BF6A 1SLLA 3BOPA 3NV4A 2ENRA 3SH3A 4UW3A 1MR5A 4MWYA 1B9TA 2QWDA 3CYEA 3B7EA 3O0XA 4M01A 3ILRA 2ES3A 3POWA 2XG3A 4YW1A 1C1FA 4XXPA 3AJZA 2XZJA 1F8DA 5F9TA 3MW2A 3W58A 1LOFA 4QN7A 5JOXA 1ULFA 1NXD1 4Q27A 1SBFA 1Q8SA 2ZGNA 3ZXLA 5JLVA 1LU2A 1LULA 4Y20A 1G9AA 2ZACA 3ZVXA 1PZ7A 3ZSLA 2A70A 2ZB6A 1DZQA 4X47A 3UK9A 4FP2A 1R1ZA 4AVVA 3O9JA 1V0ZA 3AX4A 3TI8A 2YA7A 2BERA 1LU1A 4M4NA 2NP0A 3WZ1A 4Y24A 2I2SA 1W6NA 2UURA 3H72A 4MZAA 2PHTA 1VCJA 3PJQA 3FLTA 1Z78A 5GLZA 2G4IA 2AH2A 4AVTA 3H73A 5CBLA 4BOWA 4GZSA 4I30A 2DVBA 1WCSA 2R49A 1LEDA 4FPHA 1UKGA 1W8OA 3AYDA 5KXCA 4B7NA 2DUPA 4M3CF 3W59A 1WD3A 1W6OB 5B2CA 4Y1YA 4ASMB 1KDKA 1W21A 1ZM1A 4XJ8A 1IS3A 4FOWA 4NO4A 1UN1A 1NLSA 3WVJA 4QN6A 2YXSA 3B3QE 4J9TA 1ZA4A 2NN8A 3SISA 2ZGTA 5GZEA 1LOFC 4X6KA 1CJPA 4XOGA 4XE9A 4UW4A 5IK8A 2ZGMA 1V6IA 3M2MA 1FATA 1DGLA 1DILA 4NC5A 3NSSA 4CRQA 6NN9A 4TYSA 3B01A 1SCSA 3CL2A 1DQ6A 5IK5A 1V3CA 3AZYA 4XDQA 3WG3A 2F13A 2D6OX 2ZGSA 4Y1XA 1QOSA 5CA6A 5T5JA 4GZPA 2DWRA 4YG6A 3M1HA 1INFA 1JHNA 3VKNA 3ZXEA 1XQNA 3IPVB 3PVNA 1BJIA 3GVJA 1CPMA 2QWAA 4YZ4A 1W8NA 2YV8A 1NNCA 3RMXA 5H9SA 1NCDN 2XZKA 3KM5A 1FNZA 4GZXA 4PBOA 3NWKA 1W6OA 2YMZA 4MWLA 4CPZA 1ULCA 2ZHMA 4Y1VA 2GMEA 3O0WA 1JYIA 2DVGA 3GNEA 3WHTA 3ASIA 5M1ZA 1LGNA 4YGCA 1INWA 1W20A 4K1KA 1Q56A 4FPKA 2E51A 4GKYA 4YLZA 4BLJA 5DG1A 2F24A 1Z4WA 2CY6A 2CWMA 2HYKA 4ZKTB 2P2KA 3FUOA 2WSVA 2BATA 2OUJA 4UW5A 3RMYA 2GN7A 3K39A 2AENA 3SNMA 1L7FA 2UU8A 1U0AA 2CL2A 1DQ2A 2AUYA 2HU4A 3SITA 1EUSA 4AGRA 3UL2A 2NMOA 1XOEA 4KS2A 4UW6A 1E8VA 1JBCA 3QLQA 4OZXA 1C1LA 2GDFA 5HCAA 3IPVA 4M3CE 2CNAA 1GZCA 2WNEA 3CL0A 1ENRA 1V6OA 5T5OA 1B9VA 1IVGA 4BLIA 4CPLA 1G8WA 3ZPYA 2HTYA 1VAVA 4PQ9A 2D6LX 1G7YA 2ZHNA 2B8HA 2Z42A 4YGBA 4R9CA 1WLCA 1MS9A 1MWEA 3A4UA 4YM3A 2JE7A 3N35A 1GNZA 1ENSA 2ZGOA 4XJ9A 2VSKA 3TIBA 2ZBJA 3PMEA 5GLTA 3ZXKA 1LODA 2P34A 3WNXA 2ZGPA 4ISQA 4GALA 4BBWA 3AJYA 3MPPG 1IKPA 1LHVA 5FRAA 1KJLA 4KBBA 2EXIA 3RSJA 4FPCA 3O9KA 4QN4A 1MS5A 3T1EA 2ZHLA 4QN3A 3AZZA 3A72A 4GWNA 4KS5A 5IK7A 1AZDA 1Z4YA 2A6ZA 1GICA 1QF3A 1G9BA 5KXBA 4XHBA 4Q6KA 1V6JA 1H30A 1SLCA 3RG0A 1S0EA 4Q8LA 2XCYA 4FP3A 1HDKA 4Q1RA 2YY1A 2SILA 3ZYRA 3POSA 1YO8A 3ZXFA 3SANA 3FFZA 1WW5A 3B9CA 1FNYA 3AXEA 3N7JA 4XJWA 4HZXA 2NZ9A 1E8TA 3ENRA 4HZVA 1HQLA 4RL7A 1IKQA 5CAZA 3FUQA 1L7GA 1CR7A 5L73A 1N3PA 5JMCA 1UL9A 2JE9A 2BQPA 1G9FA 2VW0A 4GZTA 1AXKA 2HTRA 1W0PA 4XJRA 1VCUA 5DUWA 4MWQA 3TI5A 1W6MB 3WHUA 4R9DA 3VKLA 2GALA 3QCWA 1INHA 2E7TA 3TB0A 3WDYA 4PF5A 2P3JA 4P14A 4FZHA 1AX1A 4FPFA 1CONA 2RKCA 1NCAN 4FJ6A 2YA4A 1S0FA 1USRA 2W5NA 1RITA 3TAYA 5GLVA 3POYA 2VH9A 2EXHA 4MWUA 4Q1PA 5F5QA 3IM0A 3ZSMA 1JN2P 4GKXA 1DBNA 3SILA 4K21A 3AFKA 3OBRA 4YZ1A 3UJQA 4YG3A 1DYKA 2HTWA 2CMLA 3JUUA 4YZ2A 5GLUA 2ZZJA 3T1LA 2YA6A 1UZZA 4LBMA 2ZGQA 3D6EA 3GALA 3V65A 5T55A 4LBOA 4NCSA 4FVKA 3VV1A 1H9WA 1DQ1A 1N1TA 1GZWB 5DZGA 3K37A 2PHWA 5GZDA 4Y26A 4YG0A 1DIWA 1QMJA 1NSBA 2CTVA 4XJAA 5GLWA 1GNHA 2HU0A 2E6VA 3VKOA 1Q8QA 2YA8A 2XZIA 2W20A 1W6MA 3A71A 2DV9A 3WG4A 4YZ5A 2R0FA 1A78A 3WDWA 1WW6A 5FREA 4WVVA 4ZXKA 1F8EA 2A71A 2A5ZA 3N7MA 3V64A 1OFSA 1DQ4A 5GJ6A 2PHFA 1LJ7A 1S1AA 3D11A 4MC7A 2R0HA 4M3MA 2PHUA 4L8QA 2A6WA 2HTVA 3D4KA 4M3CB 2WSUA 4WV8A 4MWXA 1SNTA 4DFSA 2A3XA 2VU9A 4SLIA 2QWJA 4CTEA 1LHUA 3BEQA 1A3KA 2CYFA 2NM1A 1GZWA 2DVAA 4CZSA 5GALA 4H52A 4NOTA 4IQPA 2WT1A 2ZMLA 1IVEA 4HANA 3WDUA 3A0NA 4CPYA 1INGA 5H9RA 1WCQA 2HT8A 5E8AA 1W6QB 4MWRA 3WV6A 1CN1A 2ZMKA 1Z4VA 1WLDA 1N3QA 1BQPA 2LTNA 4YM0A 1S0BA 1QGLA 4YGEA 2EAKA 1AXYA 1W6PB 5JOZA 1V3EA 2QWGA 3TI4A 2EALA 3GVKA 1MVEA 2GNDA 4HZZA 4DS0A 1AX0A 1MS4A 1L7HA 1S0CA 5JOWA 2VK5A 3IN9A 4B7JA 1Q8VA 1CESA 1SBEA 1N1SA 1Z4XA 4NN9A 1MVQA 1LECA 1BYHA 5SV8A 4D8SA 1SFYA 5T50A 3FLPA 3AP4A 5DXDA 4YW5A 4M3CA 1LHNA 1BZWA 5IUQA 2NYYA 4WVWA 5HUNA 3RRDA 5JVVA 1TEIA 1YYNA 4MWWA 1O4YA 2F10A 4XBQA 2R1DA 2SBAA 1EURA 1IOAA 4PBPA 2D6MA 1N3OA 4GB1A 1WLWA 3TICA 4DGRA 1FYUA 3M3EA 4X4AA 3TI6A 1JXNA 3INAA 2QWBA 4WEGA 3AP7A 4GEZA 1OKQA 5GZFA 5E88A 2A6VA 4Q8KA 5CNAA 1V0EA 1G86A 1E8UA 1W6QA 2P3IA 4B7QA 5DZEA 4GDJA 1JOJA 2ZGRA 2QWEA 2WKKA 5HUMA 1NCBN 1ONAA 3ATGA 2A7AA 3AP5A 4PCRA 4P9WA 1FAYA 4AVSA 4GXLA 1LTEA 3LCPA 1W6PA 2F28A 1CQ9A 3LSDA 3Q9OA 2WLQA 5T54A 2P3KA 4GZWA 2V73A 1INXA 4K1IA 2QWCA 4XHXA 3WLUA 1NMCA 1S0DA 2VW1A 3VKFC 2VK6A 4GZOA 2HT5A 1AXZA 3CKZA 1W0OA 4XMIA 4WZFA 1KITA 3OY8B 2EIGA 3WG2A 4ITCA 1C4RA 1DFQA 1VALA 2D6KA 3BTAA 5AVAA 4XBNA 3HMYA 3MW3A 3OYWB 1LOAA 4XJUA 4XJQA 2D6PA 4GZQA 1GV9A 4YW4A 1GLHA 2NMNA 3ZXJA 5HX0A 3BODA 4UF7A 3AXDA 3WDXA 3R05A 1A8DA 2VXRA 4X49A 2W52A 1A14N 3OPZA 1V6NA 3JU9A 1F8BA 4R9BA 5JYYA 2E7QA 3ALXA 3I8TA 3N7KA 2EXKA 3DGTA 4XYXA 1JUIA 3NV2A 4XJZA 4MWVA 2QWFA 2DTYA 1VIWB 3W09A 2D7FA 4ATFA 4QNPA 1V2IA 1LHWA 3ALWA 1KQRA 1WD4A 5E89A 2OUHA 1LEMA 3O0VA 1LOEA 4H55A 3LSEA 1Q8PA 2D3RA 4H53A 1BKZA 4MYEA 1DLLA 4BMEA 1GSLA 1SLIA 3OY8A 4W65A 2A3WA 1MS1A 2ZGUA 1EPWA 4YFWA 3IMNA 1UPSA 3OYWA 2WJSA 3N7LA 1NNBA 1IS5A 1X50A 2GMPA 5EYYA 1LESA 2E53A 4HIZA 3UJOA 4HZYA 1MS0A 4Y1UA 4B7MA 2JDZA 3WDVA 2DU1A 5EXOA 5CB7A 2PHXA 5DUXA 5DG2A 2GMMA 1WW7A 3RS6A 1AF9A 1PZ8A 1GBGA 1YXWA 1LOGA 2JECA 4AGGA 2AEPA 1VLNA 1CIWA 1MZ5A 4BMBA 2RHPA 3WUCA 4Q2FA 1SACA 4XTPA 2PHRA 3USUB 2D6NA 3NV3A 1JW6A 4YM1A 4LBQB 3AZVA 2VSMA 4BQ1A 3V0BB 1QDCA 4XTMA 1ULDA 1EUTA 4YW2A 2DUOA 1GZ9A 1F8CA 4C1XA 1RINA 2DU0A 3K3AA 4MWJA 1DQ0A 1INYA 4B7RA 3VUOA 3O12A 4Y1ZA 1N1YA 4WA3A 1QKQA 1S0IA 1Z0HA 2F25A 2HTQA 2ARBA 4K1HA 3AZWA 4FPOB 1A4GA 1V6LA 3ZSJA 1FV3A 2AYHA 4K1JA 1QU0A 2UWAA 4FPEA 1NSCA 1HLCA 1N47A 7NN9A 5H9QA 1QNWA 3WG1A 4YZ3A 3T2TA 5H9PA 3AYAA 1QNYA 1W1XA 1GANA 4HL0A 2F0ZA 2FMDA 5GZCA 5KXDA 4FPJA 3AYCA 1S0JA 4XBLA 1IVDA 2ZB5A 4XILA 2C5DA 4C1WA 4FOYA 4KS1A 1V3BA 5LK5A 2VK7A 1WW4A 2GNMA 1NMBN 1INVA 1LOCA 4XIOA 2WT0A 2V5YA 4JCKA 2B7YA 2VY0A 4BPZA 2ZGKA 3USUA 3SH4A 4K3YA 4AYUA 1GYKA 4LBQA 4FOQA 4LBNA 3R4SA 1NMAN 5DUVA 1MZ6A 3V0BA 2YZ4A 1IVFA 4HZWA 2A6YA 3FBYA 1LGCA 2A6XA 4AWDA 1UAIA 4P9XA 4D69A 2HTUA 1J1TA 2ZGLA 2QWKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2WT0 A;  2V5Y A;  4JCK A;  2B7Y A;  2VY0 A;  4BPZ A;  2ZGK A;  3USU A;  3SH4 A;  4K3Y A;  4AYU A;  1GYK A;  4LBQ A;  4FOQ A;  4LBN A;  3R4S A;  1NMA N;  5DUV A;  1MZ6 A;  3V0B A;  2YZ4 A;  1IVF A;  4HZW A;  2A6Y A;  3FBY A;  1LGC A;  2A6X A;  4AWD A;  1UAI A;  4P9X A;  4D69 A;  2HTU A;  1J1T A;  2ZGL A;  2QWK A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4JGZ B;  3R4D B;  5LBC A;  1RUI 1;  3ZFF A;  3NN9 A;  4PLM A;  4MGY E;  4IV3 A;  1NNA A;  1BK1 A;  2XBO 3;  2RDN A;  4RQP C;  2BNM A;  2H0B A;  3NV1 A;  4WM8 A;  2FBE A;  2JE8 A;  5A3N A;  2ZXQ A;  2W46 A;  1QDO A;  2C9A A;  3OBZ A;  5GX5 A;  1NCR A;  2F26 A;  3AP6 A;  1NSD A;  1RUG 1;  4Z8B A;  2YA5 A;  1EV1 2;  1TNR A;  1YEW A;  4CPM A;  1FX5 A;  4FXK B;  3MEP A;  4IL7 A;  2A3Y A;  1GOH A;  5DAV A;  4TWT A;  4L11 A;  4FVV A;  5FZ6 A;  3LKJ A;  1IQD C;  2QQO A;  3O1M A;  3AZX A;  3OEA A;  3GZT B;  2Q8D A;  2CAU A;  3ILF A;  1V6M A;  3POI A;  2TNF A;  4C91 A;  3C7F A;  4CEW C;  3T0D A;  2R32 A;  2VZT A;  3SC7 X;  1IVC A;  4MZE A;  1UPI A;  2JJ6 A;  1UY4 A;  2YPJ A;  1WBF A;  3O5S A;  2JD9 A;  3INB A;  2XXZ A;  2A75 A;  4LOS A;  3H50 A;  1FMD 1;  1CGP A;  3NNF A;  4D4U A;  2D5F A;  4LK6 A;  2GH8 A;  5GM0 A;  3DF0 A;  4FAH A;  2WNU B;  3WCR A;  2Q5T A;  5FBJ A;  3H8O A;  4S2F A;  1CPN A;  2VNV A;  2VAQ A;  3ZSK A;  3H6J A;  1YCI A;  4U2A A;  2IAP A;  4KGQ A;  5C3P A;  4G4F A;  2WZP P;  2JG8 C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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