2JKBA

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanb in complex with 2, 7-anhydro-neu5ac
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
661
structure length
661
Chain Sequence
LSISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural and Functional Studies of Streptococcus Pneumoniae Neuraminidase B: An Intramolecular Trans-Sialidase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords SIALIDASE B
total genus 197
structure length 661
sequence length 661
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2008-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 2jkbA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 2jkbA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 2jkbA02
1LEMA 4PBOA 4X6KA 2QWBA 2WT0A 4AVTA 1XOEA 1LCLA 1LHOA 1MS1A 4JRAA 5JOZA 4MYEA 4CTEA 3TICA 2D3RA 3OPZA 1W6PB 1LHUA 4MWQA 1WW6A 1G7YA 5EWSA 3AXDA 3WG2A 4MWXA 5F5QA 2ZKNA 1LOEA 1B9TA 1Z4WA 1KQRA 3N7MA 1HKDA 4WVVA 3TI6A 5L73A 5GALA 3R05A 4Z8BA 4D8SA 2ZB6A 2BF6A 1INGA 2R16A 1LODA 3ILFA 2ZB5A 2EXHA 2NYYA 4Q26A 1WW7A 1XQNA 2ZGOA 3AZVA 1GZCA 1OFSA 3VKLA 4XHBA 1R1ZA 1IVBA 2JD4A 4YG3A 5IUQA 2D6LX 2RHPA 2ES3A 2F12A 2QWDA 4XMIA 4Y22B 4KS5A 5DUWA 3ZXJA 3T1MA 4ISRA 4MWWA 1UMZA 1WUVA 2F28A 1ENQA 2C5DA 1INHA 4CPYA 1W0OA 5JLVA 1C1LA 3TI5A 4DQAA 2ZABA 3FLPA 5IK5A 3QCWA 3M3EA 1V6JA 1SLCA 4QN4A 4HL0A 3N7KA 4YZ3A 2BERA 1QKQA 2ZZJA 4NC5A 1QNYA 3INBA 4GZSA 7NN9A 2OW4A 3NN9A 1V6IA 1GNHA 3GALA 1VCJA 4PBPA 1NMCA 1WLWA 1GICA 2AUYA 3W58A 1IS3A 4I00A 1B09A 2E53A 4UW3A 2YY1A 4NO4A 4PQ9A 3AFKA 3SNMA 4GZQA 4ATEA 4B7JA 2CYFA 4XBLA 5JOWA 1G9CA 1L7GA 4FPYA 2VW0A 4U2AA 5NN9A 4MZEA 2EALA 2ENRA 4YZ1A 1NCCN 3WDUA 1B9VA 1RITA 5T50A 1SLLA 3AYDA 4M4VA 3O0XA 2CWSA 4WV8A 1V3BA 4KS1A 2SLIA 1LGNA 3RRDA 2BATA 1KITA 2ZMLA 2R49A 4U36A 2W20A 2XB6C 4XXPA 1QDCA 3APBA 1FNZA 1WD3A 1INFA 2GN3A 4NOTA 1N1VA 1MS3A 1GNZA 4XJ9A 3A71A 3H72A 1NNAA 1V6LA 3AZWA 3CNAA 2WSUA 1S0CA 2FHRA 3AP7A 1A4GA 2A6WA 3A4UA 2YA5A 2ERFA 2ZGRA 2W5NA 1NSBA 4MWJA 2DUQA 1QGLA 3WDVA 4AGRA 2DVAA 1Z4ZA 3WHTA 3B3QE 3BOPA 2VVZA 2R1BA 2EXJA 2NZ9A 2HTWA 1X50A 4MZAA 1VAVA 1VLNA 2E7QA 2ARXA 1INXA 1V0FA 1NN2A 4H52A 1I1EA 1G9AA 3UJOA 2QWFA 1W20A 3AZZA 1JN2P 4GJTA 4R9AA 3TAYA 2ZGMA 1WLCA 4MWUA 5FREA 1W6NA 4FP2A 4FOWA 3IN9A 1TEIA 4K1HA 4B7MA 2NP0A 3B00A 2W5OA 1DFQA 3N7LA 1G9DA 1QOTA 3H71A 3OGGA 4R9CA 3H73A 4KS3A 2F27A 3HN1A 1LHVA 2BQPA 1U0AA 1AXKA 3CYEA 5DG1A 2A6XA 1ULFA 2D3SA 3SISA 2LALA 2GNMA 4FPKA 1NLSA 1QOSA 1KJRA 1W8NA 3C2UA 4AWDA 4XJZA 4XYXA 1WCQA 2YDTA 4HZXA 1PZ9A 3BEQA 2Z42A 4KS4A 3MW2A 4YW3A 5HUNA 3IPVB 4XHXA 2WQZC 4Q1RA 4K20A 4YM3A 1YRZA 1GZWA 3R4UA 3GVKA 1ZA4A 5GLVA 1AX1A 4LBJA 4K1KA 4FVVA 3OY8A 3JU4A 4Q1PA 1SO7A 3IKWA 3TIBA 2VK6A 2C9AA 2ZHKA 2AR6A 5LK5A 3AJYA 1E8UA 4XJ8A 3M3CA 1IKPA 4HZZA 4M00A 3AXEA 3O9JA 4UW4A 4P9WA 1QF3A 1V3CA 4QN5A 1V6OA 3ALWA 4GZOA 3N36A 4FPCA 4K1ZA 2HU4A 4MWLA 1F8EA 4IQPA 1B9SA 2W52A 5JDBA 1DHKB 2VK5A 1W6MA 2GNBA 1OQ1A 1UZYA 1S0DA 5CA6A 1DBNA 2YMZA 4HZYA 2ZGLA 3OBRA 1N3PA 2W08A 2GMPA 3AJZA 1HQLA 2DYCA 1V0EA 1RINA 1CPMA 2QWIA 3MPPG 4YM0A 2F10A 1BKZA 1F8BA 2GDFA 2PHRA 3O0WA 1DQ4A 1LECA 2UU8A 1YXWA 1SBDA 2DVGA 4K21A 2ZGKA 3VKMA 1MR5A 5GLTA 1EUTA 1G9BA 4YW1A 4FPJA 1EUUA 4GWNA 2ZGNA 4XJRA 1WCSA 3WV6A 3SLIA 3NV3A 3JU9A 3W59A 4Y24A 4FPEA 1WBLA 2P3IA 3OJBA 3V64A 1NNCA 1AXYA 4M3MA 2ZGPA 1N1YA 1FNYA 1V6KA 1LOBA 1WW5A 1IS5A 4CPOA 1YYNA 4HZWA 4XJUA 1JXNA 1FV2A 1W6QA 4DRRA 1Q8QA 4ISQA 2DUOA 2E51A 2YZ4A 5DZEA 4M4UA 5FRAA 1W6OB 1QOOA 2H0BA 4YGCA 2D6NA 1ULCA 3K37A 3ZXFA 2DVDA 2HYKA 2HTRA 3WG3A 1S0GA 4Y20B 3ZXLA 3WG4A 2CTVA 3RG0A 3ZSJA 2NM1A 3CL2A 1FV3A 1GZ9A 4YZ5A 4BOWA 3LSDA 3M1HA 3O0VA 1F9KA 3AYCA 3PMEA 4M3CB 2AH2A 2HT5A 1HDKA 3BTAA 1LGBA 1GSLA 5H9SA 2UWAA 3POSA 1EPWA 1NMBN 4L8QA 2BZDA 2QWKA 1Q8VA 3M3OA 1GZWB 4X47A 1GANA 4AVSA 2P37A 3AP9A 4DGRA 5HCAA 2HT7A 4XBNA 3K3AA 2VW2A 4BBWA 4WVWA 2VSKA 4BLIA 3SILA 3OY8B 1Z4XA 4W65A 5CAZA 1Q8PA 3TI8A 4QN7A 1BYHA 5H9PA 3T1LA 1V3DA 1BZWA 2KM2A 4CZSA 2EXKA 3AX4A 3Q9OA 2YA6A 1LOFC 2ZGTA 4BPZA 1E8VA 1MZ6A 4ZKTB 4GDIA 1MS8A 1W21A 5HUKA 4LBLA 3UK9A 1NMAN 4HZVA 4X49A 2C4LA 2HTYA 1UL9A 1C4RA 4GALA 1IVEA 1W6MB 4XTPA 3GNEA 2YA7A 2JDZA 1JHNA 2VXRA 3GVJA 4Q27A 2D6OX 2PELA 4PCRA 4AVVA 4GZWA 4NN9A 3SH5A 3POYA 1MZ5A 1IS6A 4K3YA 3VUOA 2E7TA 1SCSA 2QWJA 3LCPA 1UPSA 5T5JA 1MS5A 5DUVA 2OVUA 1IVGA 1ONAA 3ILNA 5JOXA 4XIKA 2D6PA 4MWVA 3H0OA 3PJQA 5CNAA 4LBQD 5DUUA 5HUGA 1O4YA 2ZGSA 2JJ6A 4FP3A 3ZSKA 1V6NA 2GMEA 1AVBA 1KRIA 5GZEA 2FMDA 2VK7A 4XZPA 2YV8A 1Z78A 3PVOA 4YGEA 5GJ6A 2R0HA 1W6QB 3PVEA 3D11A 1IOAA 4Y1VA 3N7JA 2XZIA 5E88A 4XOGA 2W68A 4GZPA 5JYYA 4ZXKA 3TI3A 1S1AA 4BM8A 3OYWA 1E8TA 2A7AA 1YI7A 1IVCA 1V00A 3A72A 5GLZA 3INAA 2A71A 2VWDA 2OUHA 2ARBA 3POWA 4HIZA 4FVKA 2A3YA 4TYSA 5GZCA 1LOCA 4BMEA 1SNTA 4J9TA 3O9KA 3L2YA 3ZSLA 3TI4A 4QN6A 3OBTA 5IK4A 2D3PA 3WNXA 4FJ6A 4LBQA 1QNWA 1D0HA 2XG3A 3AZXA 4TZDA 1W6PA 1Z4YA 2A3WA 2CL2A 1L7FA 1XOGA 2Q5TA 1NCAN 3KM5A 2G4IA 1LESA 2HTQA 2NMOA 4KBBA 1V3EA 2D6MA 3I8TA 4GKYA 1S0FA 3HR9A 1CN1A 1ULEA 4GA9A 3WDTA 5KXBA 4YFWA 1AZDA 1O4ZA 2WLQA 3U4XA 1D2SA 1DIMA 2C4AA 1LHWA 2NN8A 1H9WA 3ZXEA 1EUSA 3ATGA 3B7EA 1C1FA 2W39A 1N1SA 4BQ1A 1INWA 4CPZA 4H53A 3WDXA 3A0NA 4Y26A 2I2SA 2A6VA 2JE9A 4Y22A 1JOJA 1DQ6A 2R0FA 2QWGA 1WLDA 1DYPA 3CL0A 3AYEA 3DUIA 1QDOA 3D6EA 5JOYA 5M1ZA 1YIFA 2YDPA 1DILA 5KXDA 3FFZA 3N35A 4JCKA 4UW6A 2B7YA 3NV1A 3RS6A 3UJQA 2GALA 4Y1UA 4GWMA 4FZHA 4FOYA 1MWEA 1QMJA 3RSJA 1V2IA 2SILA 1ENSA 4LBKA 2WT1A 2JKBA 5H9QA 3V0AA 4GEZA 4WA4A 4WA3A 1GLHA 1UN1A 2YXSA 5T5OA 2JE7A 3V0BA 1INVA 4C1XA 1EURA 2B8HA 2RKCA 1N3QA 3IM0A 5IK7A 1GKBA 3NV2A 1MACA 4FQ4A 3JUUA 2DVFA 1W1XA 4XTMA 1UZZA 3NSSA 4M3CE 4Q8KA 1NCBN 3SALA 2DU1A 5T5PA 3OYWB 1AF9A 4I30A 1PZ8A 4JF7A 1V6MA 1URXA 3O12A 3K38A 1SLTA 1LOAA 4XBQA 1LTEA 1A3KA 1HQWA 4GZTA 4BLJA 2CNAA 4MWYA 4XJQA 1AX2A 1CVNA 3WZ1A 1F31A 3WCSA 1F8CA 1W6NB 3VKNA 1BXHA 3ASIA 5CBLA 4CPNA 5HUMA 1DLLA 2P3JA 2PHTA 4K1IA 4YW5A 4Q6KA 1F8DA 4F83A 4XE9A 1LJ7A 1SLAA 4LBQB 3AP6A 2D6KA 2JECA 4K1YA 2F29A 4YFZA 4GXLA 1FATA 5B2CA 3N3HA 2VSMA 1KDMA 3TIAA 2GN7A 1F5FA 1USRA 4FQZA 3VKFC 3B01A 1INYA 1C57A 2ZBJA 3MW3A 1DYKA 4P9YA 1H9PA 1SBEA 3RMXA 1WD4A 2XCYA 4H55A 5E8AA 2AREA 3T2TA 2QWHA 2DUPA 4M4NA 2HTUA 5F9TA 4QN3A 2DU0A 4XXAA 1SCRA 4XDQA 4WA5A 1WW4A 2AENA 4R9DA 2CWMA 2GNTA 4B7QA 2E6VA 1Q8OA 5H9RA 3ZYRA 4Y1YA 4ATFA 3I4IA 1Q8SA 4YGDA 1YO8A 4OZXA 5HCBA 4NCSA 3VV1A 1Z4VA 1CIWA 1DQ2A 1A14N 1DQ1A 3ZVXA 2HT8A 2QWAA 3IPVA 2YROA 2VY0A 4CRQA 2F25A 5HX0A 1FAYA 1LULA 5GLWA 5DZGA 4YGBA 2ZACA 2A70A 2DURA 1JBCA 1MS4A 1AJKA 3V65A 1V0ZA 2HTVA 4C1WA 1OKQA 1JW6A 1CQ9A 1DQ5A 2PHFA 4Y1XA 1G86A 2UWBA 4R9BA 3V0AB 1A4QA 3W09A 4FPHA 4WEFA 3AK0A 2AGSA 4P9XA 5E89A 3ILRA 3TB0A 4ASMB 3K39A 3V0BB 3SANA 3NV4A 1RIRA 1CPNA 5KXCA 4D69A 3WG1A 1CESA 4GB1A 1FX5A 1SLBA 2YA8A 4GDJA 3USUA 2AEQA 1ULGA 2W38A 4ITCA 4CPLA 2NMNA 1BJIA 6NN9A 2F13A 4K1JA 4Q8LA 4GKXA 3UL2A 2SIMA 3FUQA 4SLIA 2A75A 1VCUA 5JVVA 2LTNA 4XIOA 1H30A 1Z0HA 4FPGA 4XILA 1SACA 4KS2A 1LOGA 1LGCA 3FLTA 1VIWB 5CB7A 3H6JA 1Q56A 1ULDA 3WCRA 2PHUA 2ZGQA 3B69A 1A8DA 1MVEA 1DZQA 2VH9A 2A3XA 1USXA 4YZ4A 1UAIA 5DXDA 4LBMA 2WJSA 4DS0A 1IS4A 1IKQA 2AYHA 2VUAA 3R4SA 2DTWA 1CR7A 4RA0A 1JUIA 3D12A 3ALXA 4YM1A 3GVLA 3FLRA 1NNBA 2F24A 4BMBA 4YW2A 2WNEA 2V73A 4MJVA 3ZPYA 1LU1A 1W0PA 2WSVA 2XZKA 2EXIA 4FPFA 2A5ZA 5T52A 4XMAA 5GM0A 1GYKA 3WUDA 2GNDA 4AGVA 1IVFA 5T54A 2UURA 3AP5A 2OUJA 2HU0A 4P14A 2DVBA 4LBNA 2ZMNA 1A78A 3A0KA 1MS9A 1LENA 4FPOB 2P3KA 1L7HA 3ZSMA 3BIWE 3D4KA 4FPLA 3AP4A 5T5LA 3SITA 1W6OA 3QLQA 1AJOA 5GZGA 5GZDA 4XJAA 2WKKA 3O5SA 1W8OA 1JYIA 4MWRA 1G9FA 4Y20A 1N1TA 1BJQA 3M3QA 1S0IA 1NXD1 1UX6A 4M01A 1SFYA 3WOGA 2CMLA 2V5YA 1LEDA 4DPNA 1LU2A 1PZ7A 3WHUA 4YZ2A 4B7RA 4M3CA 4Y1ZA 5DG2A 1Z50A 2X9MA 4HANA 5BYNA 1LOFA 1MS0A 4DFSA 1NSDA 1Y7BA 2AEPA 3RQ0A 1AXZA 3WDYA 3ZYPA 2WT2A 1GV9A 5IT6A 4YG0A 2ZHMA 4M3CF 2EAKA 4YM2A 1JYCA 2F26A 2F11A 4PF5A 5GLUA 2ZHLA 2ZAAA 4MJUA 1UKGA 2CY6A 4LBOA 3FBYA 2A6YA 4YG6A 3M2MA 3CKZA 3K36A 2YA4A 5B2DA 2R1DA 2QWCA 1LHNA 2VW1A 1KJLA 2DTYA 4AYUA 5AVAA 3ENRA 2ZHNA 5EYYA 3SH3A 3AZYA 5DZFA 3T1EA 2UWCA 3KQRA 2EIGA 3WLUA 2EF6A 1HLCA 1N47A 2GMMA 4RL7A 1APNA 3USUB 3NWKA 2P34A 3MW4A 1N3OA 5T55A 4FOVA 2PHWA 4UF7A 1S0JA 1CONA 5GZFA 2A6ZA 1WBFA 1AX0A 1DQ0A 1NSCA 3ZXKA 1ENRA 4AGGA 4GZXA 3IMNA 1KDKA 4YW4A 3PVNA 4WZFA 3B9CA 1GBGA 2SBAA 2DWRA 5IK8A 2D7FA 1VAMA 1S0EA 4QNPA 1IVDA 4JC1A 3DGTA 4DRVA 3VKOA 2XZJA 5KXEA 1S0BA 3WVJA 1I3HA 1CJPA 2VU9A 1SLIA 1MVQA 3WUCA 5EXOA 2ZGUA 1J1TA 4WEGA 3SH4A 3WDWA 1BQPA 3BODA 5SV8A 1SBFA 4Q2FA 5HCFA 1FYUA 1QU0A 1DGLA 1VALA 3AYAA 3RMYA 2DV9A 2PHXA 2ZMKA 2TEPA 2ZA9A 2D44A 5JMCA 4FOQA 4UW5A 5EYXA 2P2KA 4XJWA 2F0ZA 4MC7A 5DUXA 2QWEA 1G8WA 4MX0A 3LSEA 1DIWA 4YLZA 3D5OA 1NCDN 4B7NA 3MEPA 3HMYA 4CPMA 1ZM1A 3FUOA 4X4AA 2D43A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2A1XA 4IV3C 1LEMA 2QQVA 5DQ0A 4PBOA 3UGHA 1RVF3 4X6KA 1DG6A 1WMFA 4RS5B 1NA1B 2QWBA 1HX6A 3KGGA 2G9FA 2WT0A 5FPAA 2I74A 3OD0A 2GH2A 3VHPA 3ZFFA 4AVTA 5A1LA 1YQ2A 1XOEA 1JOBA 4LK6A 1LCLA 1LHOA 1MS1A 3POJA 4JRAA 5A32B 5LBFA 4MYEA 4CTEA 5JOZA 2Q8OA 1O3TA 2CGPA 3TICA 3EMRA 3WNKA 5F37A 2D3RA 3OPZA 1VBE1 1W6PB 1NG0A 2R061 5LASA 4COWA 1F35A 1LHUA 1PHMA 4CDUA 4MWQA 1WW6A 4OQ9A 1ALYA 2FQPA 5B4XA 1G7YA 2HWF1 4FXKB 4I3PA 4CCCA 5FZMA 2VOKA 5CKMA 1VB4A 2RS13 4GH4A 4XFBA 1VR3A 4HKLA 5EWSA 1O5LA 3SEPA 3AXDA 3WG2A 2IATA 4MWXA 2H6CA 3A21A 4JV4A 3VBOB 4LO7A 2ZKNA 1LOEA 1OA2A 2VZQA 4FO9A 4MGSA 4MUVA 1ZRIA 5F5QA 2XOMA 3S30A 1B9TA 1KQRA 3N7MA 1Z4WA 1HKDA 1XYNA 2BJSA 4WVVA 1YNAA 2QQKA 5FP4A 5FPVA 2C24A 3T0BA 1T6BX 2IAWA 3TI6A 2ADDA 1W03A 2ZX2A 4PDWC 5L73A 5T3NA 4BXFA 1IGOA 2PLV3 2UY8A 5FZHA 2WBKA 4FI9A 3R05A 5GALA 4Z8BA 4D8SA 2E7AA 3MIEA 2ZB6A 2VOVA 5E1RA 2BF6A 2XBO3 3I3MA 1INGA 5ABJB 2R16A 2FDIA 5D9BA 4CEYA 5C5TA 4W50A 2HEYF 5FPBA 1LODA 1HJFA 1WA6X 3ILFA 5FP7A 4OI4A 2HWE3 2EXHA 2ZB5A 3HBKA 5E16A 2Z5WA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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