2JKBA

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanb in complex with 2, 7-anhydro-neu5ac
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
661
structure length
661
Chain Sequence
LSISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural and Functional Studies of Streptococcus Pneumoniae Neuraminidase B: An Intramolecular Trans-Sialidase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords SIALIDASE B
total genus 197
structure length 661
sequence length 661
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2008-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 2jkbA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 2jkbA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 2jkbA02
3OGGA 4YGEA 1ULFA 5CB7A 5F9TA 4C1XA 1G7YA 4MZEA 1DQ0A 1W6OB 2D6MA 1NSBA 4ATFA 1V6KA 1USRA 3PVEA 1UMZA 2W68A 4GDIA 3IPVB 1LULA 3ZSKA 4FOVA 1RIRA 3AP9A 2VVZA 5E89A 1SCRA 5IT6A 5DUWA 1LOGA 4UW6A 4CPMA 1KQRA 1GYKA 4Q27A 4YZ1A 2YMZA 4HZXA 4XMAA 1YYNA 3TICA 5E8AA 2WLQA 4YLZA 2C9AA 5IUQA 2DUPA 4YZ5A 5JOZA 1D0HA 5FRAA 1Z4VA 3AZWA 3AP5A 2ZHNA 1LODA 1NCDN 4MWQA 5JDBA 2KM2A 3M3OA 5GZCA 1QDOA 2ARXA 1SLCA 2EALA 2B8HA 3HN1A 1H9WA 2XCYA 4XXPA 4B7QA 2HTWA 4FPHA 2WQZC 2NYYA 4HL0A 1JYCA 4MWVA 2DVDA 3H6JA 2PHXA 4M3CA 4YW3A 2GN3A 1IVDA 2GNBA 3PVOA 4U2AA 3UL2A 4XJUA 2UWBA 1CIWA 1YRZA 1BKZA 3VKNA 1TEIA 1WLDA 1OKQA 1INYA 2UWAA 4PQ9A 1V6OA 4WVVA 3K36A 4H52A 5GLWA 1XOGA 2EAKA 1MS0A 5JOWA 3H73A 4FPYA 4ZXKA 4GZQA 3PMEA 3DGTA 3CNAA 1IS3A 2SIMA 5AVAA 4FZHA 4R9BA 3FLRA 5GLVA 5GZFA 1CPMA 4PBOA 1UN1A 1F9KA 4M3MA 3USUB 4Q6KA 3T1EA 3N7LA 1V3BA 4CPLA 1B9VA 1NMBN 4W65A 1QNWA 1MS9A 4XILA 2W5OA 2RKCA 5IK8A 4QNPA 4WEGA 3DUIA 2AR6A 4DRRA 2F26A 4R9AA 1V0FA 2A6VA 1A4QA 3UJOA 4XE9A 1W6NA 4B7NA 2AENA 5CA6A 2ENRA 2F12A 2UU8A 1WCSA 1B09A 4XBLA 2VW0A 2YZ4A 4GKYA 1PZ7A 4Y22A 2ZB6A 3AYAA 1V3CA 3TB0A 1LHWA 2DVGA 4ASMB 2D6KA 4PBPA 4MC7A 3PVNA 1LTEA 4FPFA 4DFSA 1IOAA 2Z42A 3AXEA 1KRIA 2A75A 4DPNA 1DGLA 5DG1A 1AXYA 1Z4ZA 3OYWA 1S0GA 1FNYA 2DV9A 3WDTA 3FLPA 3IM0A 1ULGA 1C4RA 1SACA 3TI4A 1LU1A 4DGRA 5DZGA 2P3IA 5GLUA 4LBQB 4XHBA 3V0BB 3GVJA 3AJZA 3I4IA 2QWBA 3VKFC 2VK7A 2CTVA 4XJQA 1BYHA 1N1VA 5JOXA 1S0JA 1S0CA 2V73A 2FHRA 4K20A 3AZVA 3ZXFA 3TI3A 3MEPA 1HDKA 1QGLA 2PELA 2F0ZA 2JJ6A 1B9TA 1FAYA 2AGSA 1AXZA 1WW4A 1UZZA 4FP2A 3M3CA 1PZ9A 1MVEA 4HIZA 1QOSA 4BMBA 3BIWE 4FPOB 5HUGA 4P9WA 2WKKA 2SLIA 1WBFA 2SBAA 5T55A 4NC5A 4H55A 4AYUA 1QOTA 1CVNA 5SV8A 1IS5A 4GALA 3MW2A 2D6PA 3AYEA 2YXSA 4MWUA 1VCJA 4LBMA 2VY0A 1HKDA 5T54A 4QN6A 3V0AB 2B7YA 2DYCA 4K1KA 3AYCA 3ZXEA 4WV8A 1W1XA 5F5QA 1V6MA 2YA8A 1O4YA 3WCSA 2E7TA 3WDXA 5DUXA 3BODA 3O12A 3R4SA 3SLIA 1CJPA 4YM3A 2ZKNA 4JCKA 4PCRA 5EXOA 2GALA 3MW3A 4BMEA 1W6OA 2JE7A 3TI8A 4RL7A 1GKBA 1WW7A 4BQ1A 1JBCA 1C57A 1EUUA 3IPVA 2A71A 4XHXA 3K38A 5H9PA 5HUKA 2WT2A 2A5ZA 3INAA 1IS4A 2E6VA 1A14N 5GLZA 4BBWA 4Q1RA 5KXEA 1YIFA 4BLIA 4LBNA 2JD4A 4AVVA 3KM5A 1FV3A 2AEQA 2WSVA 2G4IA 3B00A 1W6MB 1DIWA 1NNCA 4I00A 4M4VA 1LU2A 3SH4A 2Q5TA 5CBLA 2F24A 2ZGPA 1LEMA 4TZDA 1BJIA 2F25A 2ZMKA 1S0BA 4XTPA 3OJBA 3APBA 1BQPA 1SBFA 4GZTA 1CESA 1IVCA 2DTYA 5KXDA 4Z8BA 2EXHA 2DVFA 1F8DA 4LBJA 1BZWA 2XZIA 3Q9OA 4Y24A 1WD4A 4Y1XA 1Z0HA 1DQ4A 1LECA 1GICA 3VKOA 1QU0A 1HQWA 3M3EA 1Q8QA 4FPLA 3RMXA 4HZVA 1BXHA 1JN2P 3ATGA 1Q8VA 1F8BA 4MYEA 2F27A 1O4ZA 1VAVA 2AH2A 3WUDA 2QWFA 2WSUA 4QN3A 1SLAA 4GJTA 4XIOA 4UW4A 3USUA 4XMIA 1GZWB 3D5OA 3C2UA 3N36A 2XZKA 1F5FA 3WNXA 5HCAA 2OUJA 1MZ6A 4XDQA 3AP7A 2F28A 5GZEA 2VW2A 1N3PA 4YGCA 3POSA 5IK7A 3NV1A 2R0FA 5JVVA 2E51A 1QNYA 5B2DA 5IK5A 3O0XA 3NWKA 1VLNA 2E7QA 1W20A 1WW6A 5H9QA 3OBRA 4Q8LA 2CL2A 3SANA 1MVQA 4UF7A 1NMCA 1WUVA 3K39A 5L73A 1JXNA 1APNA 3N35A 2XB6C 2R16A 2D6LX 2W52A 5GJ6A 1ZM1A 3WHUA 5EYYA 1GNZA 2HU0A 2VH9A 1KDMA 1UL9A 3VUOA 1DQ2A 3K3AA 3ALWA 1GSLA 1JW6A 3A71A 4LBLA 4K1ZA 1WLWA 2ZHLA 4P14A 3H71A 4GZOA 1AXKA 3HR9A 4XJAA 3IN9A 2W20A 3ILFA 2ARBA 1D2SA 1QF3A 4LBQA 3TIAA 3V0BA 1XQNA 2PHFA 1OQ1A 2ZGUA 4Y20B 2ZGLA 4YZ4A 2PHUA 1SLLA 2JE9A 1V0EA 4K3YA 5GZDA 3W58A 4R9CA 3SALA 1NNBA 2LALA 3W59A 4YW2A 5GM0A 5T5OA 5EWSA 2F11A 3MPPG 4CTEA 4P9XA 3AJYA 1INVA 4YM1A 2ZMNA 3VV1A 3A4UA 5HCFA 4OZXA 5HCBA 1S0EA 2YV8A 1Y7BA 3D6EA 1C1FA 3JUUA 3WG3A 4KS3A 2GMPA 2D6OX 2DU0A 1W8OA 2X9MA 3FFZA 1HLCA 3CL0A 3UK9A 3ZXKA 3IKWA 4WZFA 1I1EA 2EXIA 4M01A 1VAMA 2ZGSA 1AVBA 3WDVA 1W6QB 4KS5A 1FV2A 1A4GA 3LSEA 3OPZA 5CAZA 4UW5A 1U0AA 4XJRA 3WVJA 4GZXA 3TI5A 3V0AA 1EUSA 2WT1A 4FPGA 2ZGTA 5JMCA 1W8NA 4YGBA 5DUUA 4KS1A 4ISRA 4GZPA 1KDKA 3WHTA 1KJRA 1LOEA 4FPEA 4LBQD 1G8WA 4GXLA 1LGCA 2GMMA 4NCSA 4LBOA 3TIBA 4FPCA 1GZCA 4MX0A 2P37A 4AWDA 2C4LA 2QWJA 5HUNA 2BERA 2R0HA 1Z50A 4XYXA 3BEQA 4FPKA 3NV3A 4HANA 2NP0A 2A6XA 1RINA 3RMYA 2YA7A 3IMNA 2NMNA 3TI6A 4GA9A 4MWLA 2QWIA 3RQ0A 1AX0A 2YA5A 1MS4A 2QWHA 2F29A 2TEPA 2DUQA 3WDWA 1LGBA 2DTWA 2ZB5A 1W21A 4XIKA 1DFQA 2ZGQA 4BLJA 1NNAA 1BJQA 4GWMA 1YO8A 1N1YA 4YG3A 1W6PA 2A70A 2VUAA 1GV9A 1VIWB 3R4UA 1NSCA 1EURA 2D3SA 2HTUA 2ZACA 4HZWA 1LOBA 5HX0A 1ULDA 1ULEA 1WW5A 3K37A 4WVWA 2H0BA 1XOEA 4XBQA 3O0VA 4B7JA 3CL2A 1MS1A 3M1HA 3A0NA 1LHVA 3WCRA 4CRQA 4J9TA 3JU9A 1MS5A 4Y1UA 3SITA 1INFA 4YZ3A 1IS6A 3ZYPA 4GDJA 1SLIA 4SLIA 1GZWA 1X50A 3WZ1A 2GDFA 4QN7A 2FMDA 1GLHA 3FBYA 1R1ZA 1DILA 4M4UA 4K21A 2A7AA 1MS8A 3HMYA 4YW1A 4YFWA 1V0ZA 3OY8B 5DG2A 1A3KA 4M4NA 1WCQA 3LCPA 1LOFC 2F10A 2AUYA 1NLSA 5H9SA 1NCAN 4IQPA 1LHUA 2HU4A 3VKMA 1AJKA 4X6KA 5GLTA 3TAYA 1Q56A 1DQ5A 1LGNA 1C1LA 1V6IA 5LK5A 1OFSA 3A0KA 5KXBA 3POWA 1SBEA 2GNDA 2NN8A 4JRAA 5HUMA 2V5YA 1V6JA 2AEPA 2R49A 1W0OA 4P9YA 4HZYA 5EYXA 4YM2A 4MWYA 1MWEA 1SO7A 1WBLA 3POYA 2NM1A 1INXA 4GEZA 4R9DA 1UZYA 3ZVXA 1V3DA 4FOYA 3O0WA 1L7FA 3NV4A 7NN9A 2ZBJA 1V6LA 3AFKA 2ZGNA 3SILA 1MS3A 3WUCA 4ZKTB 1Z4XA 2F13A 1VALA 4Y20A 2BZDA 3AZXA 1LHOA 3WV6A 1USXA 3R05A 4AVSA 2D44A 4GZSA 1S0IA 2VW1A 4Q1PA 3WDYA 1Z4WA 3WG1A 3WLUA 4XJZA 4MWWA 3AP4A 1NN2A 4AGGA 4M3CE 2ERFA 3WDUA 3BOPA 5DZEA 3ZPYA 4WA3A 4XJ9A 3O9JA 2W08A 5CNAA 1LHNA 2YA6A 3V64A 1IKPA 5DUVA 2W39A 2ZGOA 2EIGA 1G9CA 2HTQA 1NCCN 4AGRA 4GB1A 1W6QA 3WG4A 3I8TA 1CONA 1QOOA 3AK0A 3W09A 1L7HA 2HTVA 2JDZA 3H72A 4XOGA 4XZPA 2DVBA 1IVEA 4K1HA 3AZYA 3WG2A 3ASIA 2W5NA 2A3XA 2PHWA 2C4AA 4HZZA 4NO4A 5DZFA 1Z78A 3ALXA 2ZZJA 1VCUA 1G9DA 2VK6A 1S0DA 2A6WA 2ZABA 1ENSA 2ZGMA 3N7JA 3M3QA 2QWDA 1PZ8A 1QDCA 3KQRA 1NMAN 1N1TA 1FYUA 4KS2A 4U36A 2P3JA 4NN9A 2VSMA 2D3RA 4M00A 4B7MA 4WA5A 2YDTA 1NXD1 1NSDA 3QLQA 1LESA 2WJSA 2QWKA 1EPWA 3ILNA 5GZGA 5B2CA 4MWRA 2P34A 3ENRA 1G9BA 4CZSA 2YROA 4GKXA 1SLTA 1Q8SA 5H9RA 2CMLA 3LSDA 4AGVA 5JOYA 1V2IA 4FOWA 2ZAAA 4MJUA 4Y1VA 2A6YA 3FUQA 1IVGA 1LCLA 1YXWA 2CWMA 1DIMA 2DU1A 2DWRA 4XBNA 1N1SA 3T2TA 2PHTA 4ATEA 4C1WA 1I3HA 2XZJA 3O5SA 4NOTA 1DYKA 4X49A 1FX5A 2YDPA 5KXCA 1J1TA 1INWA 2AREA 1F8CA 1RITA 1Q8PA 1SNTA 5JLVA 2QWGA 5E88A 2NZ9A 2DVAA 4YFZA 1A78A 3GALA 4YG0A 2QWAA 2OUHA 3GNEA 1G9FA 4K1IA 1ENRA 1LEDA 2D43A 3D12A 4BM8A 2AYHA 4TYSA 4FP3A 5T50A 4YZ2A 2UWCA 2D7FA 1CPNA 4BPZA 1GNHA 1QKQA 1IVBA 2A3WA 3ZXJA 2QWCA 1YI7A 1V00A 4Y26A 4DRVA 2CWSA 1JHNA 3NN9A 1B9SA 2HT5A 3B7EA 1DLLA 1F8EA 2OVUA 1DQ1A 1V3EA 1KJLA 4AVTA 3ZYRA 1GZ9A 1E8VA 2D6NA 4FVKA 2P3KA 2LTNA 2ZA9A 4H53A 4BOWA 3D4KA 4JF7A 4M3CF 5NN9A 1LOCA 3OBTA 3RS6A 2C5DA 2HYKA 2GNTA 3B01A 4CPZA 3OY8A 1DQ6A 2DURA 3RG0A 4KS4A 4GZWA 2JECA 4K1JA 1DZQA 2R1DA 1AJOA 2P2KA 2WNEA 4ISQA 5M1ZA 3ZSMA 2D3PA 4CPOA 1JOJA 1Q8OA 1AZDA 6NN9A 1DBNA 2A3YA 4YGDA 2VU9A 2YA4A 4GWNA 3VKLA 3O9KA 4WA4A 3V65A 3A72A 1UAIA 2RHPA 4I30A 2W38A 1ONAA 3L2YA 1JYIA 1W6MA 2VK5A 2NMOA 2HTRA 4MJVA 4Q8KA 4MWXA 4D8SA 1E8TA 4M3CB 3FLTA 1UKGA 3WOGA 2VXRA 4XXAA 2ZMLA 1URXA 1SBDA 4FQ4A 4XJWA 2GMEA 3NV2A 4CPNA 2XG3A 1NCBN 4MZAA 3SH5A 2GN7A 3INBA 2A6ZA 3H0OA 1KITA 1UX6A 4JC1A 3B69A 4FPJA 3AYDA 4YW5A 3N7KA 2EXJA 4YG6A 3T1MA 1ENQA 2CY6A 2PHRA 2SILA 4X4AA 1SLBA 2EF6A 1H30A 2ZHMA 2CNAA 1V6NA 2BF6A 3UJQA 1F31A 3ZSLA 4Y1YA 3ZXLA 4Q26A 4FQZA 1CQ9A 2E53A 3MW4A 2DUOA 3CKZA 5T5LA 1UPSA 3QCWA 4B7RA 3ILRA 1L7GA 1JUIA 3JU4A 5IK4A 1LENA 3N7MA 1G86A 1HQLA 4UW3A 3RRDA 1G9AA 3CYEA 3BTAA 1W6NB 4FVVA 4YW4A 4DS0A 5T52A 4D69A 2ES3A 4LBKA 3B9CA 2VWDA 3AZZA 3AX4A 1LOAA 4XTMA 2BQPA 1MR5A 4Y22B 1AX1A 2HT8A 1CN1A 4WEFA 1N3OA 3SNMA 1DHKB 1ZA4A 4KBBA 5T5PA 1S0FA 3M2MA 4X47A 2QWEA 1WLCA 3T1LA 1LOFA 2WT0A 2ZHKA 1H9PA 4Y1ZA 1DYPA 3OYWB 3SISA 3D11A 2GNMA 1FNZA 1IVFA 1CR7A 1LJ7A 4DQAA 1EUTA 3B3QE 3SH3A 4CPYA 4FJ6A 4MWJA 1A8DA 3GVKA 2VSKA 2UURA 1MZ5A 2ZGKA 4PF5A 2HTYA 3N3HA 1AF9A 2CYFA 5FREA 2HT7A 1IKQA 4XJ8A 2EXKA 5JYYA 1QMJA 3U4XA 3AP6A 5BYNA 3ZSJA 4K1YA 5DXDA 1N47A 2ZGRA 4QN4A 1N3QA 3GVLA 4L8QA 1SFYA 1E8UA 1FATA 4QN5A 1GBGA 1Z4YA 2R1BA 1INGA 1W6PB 3PJQA 4FOQA 1S1AA 4ITCA 4F83A 3RSJA 3FUOA 2I2SA 1W0PA 2JKBA 4Q2FA 2OW4A 4YM0A 3NSSA 1WD3A 1INHA 1AX2A 1MACA 5T5JA 1ULCA 1SCSA 5GALA 3AXDA 4RA0A 2BATA 2YY1A 1GANA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QEXA 3C7EA 4QXCA 5FYCA 3WINE 1RUG2 1YUDA 3OGGA 1XNDA 1ULFA 4QPYA 4YGEA 5CB7A 2FZ1A 4UFJA 3T30A 3WW1A 3RZMA 5F9TA 1OVPA 5FWWA 5A1LA 4L11A 2IFRA 2HWD2 1N6EA 4C1XA 1G7YA 4MZEA 1VBE2 4NWWA 1OF4A 4ZPIA 1DQ0A 1HN0A 3HD8B 2H2UA 1M4WA 2E63A 4NIHA 3U11A 5FQ0B 3ZKYA 1W6OB 1C8NA 2D6MA 2WFF3 3EBRA 1E5SA 3MFCA 3VZJA 4XQ4A 1DGRN 4E2QA 1WMFA 4ATFA 1V6KA 4URAA 4D8MA 1NSBA 4BIOA 4BDVB 2ID4A 3FFQA 5L9RA 3PVEA 1UMZA 2W68A 1USRA 4IV3C 4AQ2A 2JDUA 4BU2A 5IWFA 4GDIA 1SQ4A 3K2OA 4L7CA 3IPVB 1LULA 3ZSKA 4FOVA 3ZMNA 4ZLRA 3LIHA 4AH4A 1ODNA 3AMHA 1UIKA 3HOBA 1RIRA 1W2AX 4OHWA 2WFF2 4W4ZA 4ZY9A 3VBRA 1OKOA 3B93A 3AP9A 2VVZA 5E89A 2FDFA 1SCRA 2VR4A 3GHMA 4LK6A 2ZPXA 1EV11 1YQ6A 4XUTA 2RDRA 5DUWA 3GZUC 1LOGA 4UW6A 4CPMA 1KQRA 5AC93 3DXTA 4DO0A 1GYKA 3MF6A 3OEBA 3L6VA 3KV4A 4A44A 1RUH3 2XJVA 3URFA 4Q27A 4JGZB 1OVSA 5FZFA 2E33A 4YZ1A 1OBNA 2YMZA 4FFFA 1AR91 5BNNA 1RMU3 4HZXA 5FZLA 5A7QA 4XMAA 2R061 2BBAA 1YYNA 4CEYC 4HOOA 3ZR6A 3TICA 5E8AA 2WLQA 3H8OA 4COUA 4YLZA 5AC92 2C9AA 5F6KA 2RS11 5IUQA 1VBC2 2DUPA 1VAKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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