2JKBA

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanb in complex with 2, 7-anhydro-neu5ac
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
661
structure length
661
Chain Sequence
LSISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural and Functional Studies of Streptococcus Pneumoniae Neuraminidase B: An Intramolecular Trans-Sialidase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords SIALIDASE B
molecule tags Lyase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 197
structure length 661
sequence length 661
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2008-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 2jkbA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 2jkbA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 2jkbA02
1WW7A 2NMNA 3IPVA 1W6QA 3K39A 3O12A 4YG0A 2QWJA 2ZHMA 1QMJA 3SALA 2NN8A 3H72A 2ZHKA 4P9YA 4RL7A 6NN9A 1Z4ZA 5GLVA 3WDYA 1IVDA 3CL0A 3FFZA 5DUXA 3OGGA 1W6PA 5CB7A 5NN9A 3NWKA 4Y1XA 2A7AA 3FBYA 2VH9A 2EF6A 5JDBA 1H9WA 2ZGUA 2ARXA 4AGVA 4WZFA 4C1WA 2YA4A 1DBNA 2YA7A 3B9CA 3INAA 1AJOA 2AR6A 4YFZA 4UW4A 2H0BA 2YA5A 3RMYA 1WLDA 2B7YA 1PZ9A 4MWRA 1SLTA 4GALA 4MYEA 3PVOA 3V0BB 1USXA 1DQ5A 2XG3A 2EIGA 4YZ5A 4MWJA 3TAYA 5DUWA 3AZVA 3TI5A 4FJ6A 3WOGA 3O0XA 2P3JA 3LSDA 4M3CB 3B3QE 5DZFA 3TB0A 2ZABA 2E51A 2P2KA 3DUIA 2R1DA 3RSJA 3D5OA 2WT0A 2SIMA 4TYSA 2D3RA 4W65A 2WT1A 2PHUA 4YGEA 1LOFA 2XCYA 2ZHNA 4FQZA 4XIOA 1L7GA 4JC1A 1QOSA 3V64A 1N3PA 3POSA 5GZEA 3LSEA 5GLUA 4AWDA 2ZMNA 4MWXA 4H52A 3UJOA 2EALA 4QN5A 2W08A 4QN6A 5T50A 1S0FA 1G7YA 2W39A 1VCUA 1LHNA 1KJRA 4JCKA 1IS5A 1NMAN 1WW6A 2R16A 4YGBA 3GVJA 3AJZA 2R1BA 4QN3A 2YV8A 2W5NA 1V00A 3B00A 2DUPA 1INWA 1N3QA 2W68A 4MWVA 4LBNA 1BZWA 1INVA 3L2YA 4NCSA 5IK8A 2E6VA 2D6MA 1AX2A 3M3EA 2QWDA 4ZKTB 1QGLA 5B2DA 4DQAA 2W20A 2F29A 3NV1A 4XTPA 1B9SA 5H9QA 3TIAA 1EUSA 2QWAA 2DURA 3AP9A 1Z4VA 1F8BA 2DVAA 2ES3A 3RQ0A 3WG1A 1R1ZA 2VWDA 1LESA 3AP7A 3WHUA 4IQPA 2ERFA 1F8DA 1Q8PA 4KS5A 1CVNA 1JW6A 1E8TA 1NCBN 2YMZA 3AZYA 1LCLA 4BOWA 4GZSA 4R9DA 1S0DA 4PBPA 3JUUA 1NN2A 2V73A 4CPMA 1INGA 1S0IA 1DIMA 5M1ZA 1Z4YA 3TI6A 1FV3A 1RIRA 3FUQA 4XOGA 2F11A 2GMEA 4XBNA 3AYDA 4HZVA 3WDUA 1LHWA 3ZSLA 2ZGMA 4Y1UA 5IK5A 3ZPYA 2GMMA 5F5QA 3V0AA 2VSKA 1MACA 1UMZA 2G4IA 4MWLA 1LULA 1ENQA 3APBA 2HU0A 2HU4A 4WVWA 1S0BA 4KS2A 2CL2A 1YI7A 4K1JA 4XHXA 3PMEA 4YZ1A 1NMBN 2Z42A 4UW3A 4Q27A 5FRAA 4Y20B 4MWQA 5T54A 4M4NA 4YM1A 1LOBA 1Z50A 3O9KA 3GVKA 4XIKA 2HT8A 4J9TA 2PELA 1E8UA 2UURA 4LBLA 4M3CF 1W6MB 2ZMLA 3D11A 5T5LA 5IK4A 1S0GA 2PHFA 1QNWA 1SLBA 3U4XA 2ZGQA 1JN2P 3AP5A 3UK9A 3WG2A 3NSSA 3W59A 1Z4WA 4H55A 1CN1A 1NLSA 5HUGA 1V3CA 3AYCA 1NSBA 2ARBA 4FPJA 3LCPA 5H9PA 2QWCA 1VAVA 1LHUA 4YG3A 4GKXA 1IVFA 1FV2A 3BOPA 4QNPA 5GZFA 4FPHA 4FOWA 2YY1A 2A6ZA 5H9SA 4Y22A 4XILA 4GA9A 4LBQB 4XJ8A 4YGCA 2ZB6A 1W20A 2A75A 4L8QA 3VKNA 3BTAA 2ZGLA 4M3CE 4FVKA 1AX0A 3ILFA 2P3IA 1DLLA 2YZ4A 1W8NA 2UWBA 4CTEA 3PJQA 5E89A 4X49A 2R49A 3IM0A 3HN1A 1INHA 3ZSMA 1HDKA 2CMLA 5JLVA 4I30A 1LHVA 4MWUA 3ZXJA 1MS3A 4Y26A 4DGRA 3RG0A 3WDWA 4FOVA 1DYKA 4ASMB 3VKFC 2WKKA 2NMOA 3N7MA 2DUOA 1AXYA 1IS4A 2FMDA 2RKCA 3WNXA 3MW3A 1KJLA 1UN1A 3T2TA 4JF7A 4XTMA 3H6JA 4XJUA 1B09A 1GNZA 3AJYA 1IVCA 1A3KA 2JJ6A 1NCDN 1F8CA 4MWWA 2CNAA 2SLIA 3SNMA 1LU1A 3IN9A 3R4UA 2HTUA 1CPNA 5T52A 4PF5A 5KXCA 2I2SA 4LBQD 5DUVA 4CRQA 1MS5A 4K3YA 4Q8LA 3NV4A 4ATEA 1SACA 1DGLA 4YZ4A 1D2SA 3N7KA 5GALA 3TI8A 2GALA 2ZHLA 1Q8VA 5GZDA 2ZGSA 4Q1RA 3ENRA 4XJAA 2DVFA 5DUUA 1V6KA 3VV1A 2HYKA 2W5OA 1L7FA 1G9DA 2YA8A 3BEQA 1JOJA 4GZQA 1Q8QA 3GALA 1W6NB 4YM0A 1E8VA 1MWEA 1V3DA 1Z78A 4WEFA 1NCAN 3OJBA 1DQ0A 4P14A 4GZTA 4WA5A 3D4KA 1GKBA 3WV6A 1SBFA 2DVDA 1G9BA 1LECA 2DYCA 5EWSA 1GLHA 4FZHA 4JRAA 4AGRA 4P9WA 1IKQA 3HR9A 3M3CA 1V2IA 2A6WA 5AVAA 2DUQA 2P34A 1NSDA 2W38A 1AJKA 2XZIA 3IPVB 1W6QB 5JOZA 5CNAA 2WSUA 3OY8A 5GLZA 3WDXA 4MWYA 1YXWA 5HCBA 3AK0A 2XB6C 1N3OA 1W1XA 1W6PB 1GBGA 3AZWA 1A4GA 2W52A 4GEZA 1NNAA 1WD4A 5EYYA 2GNTA 2A3YA 2NYYA 2JE9A 3M2MA 4GZPA 2QWBA 3RS6A 4R9CA 4BM8A 3SANA 4Y24A 4X47A 4XJQA 1C57A 3MPPG 4ISRA 1N1TA 1GANA 2EXJA 1LGBA 1B9TA 1LEDA 1SLCA 2VVZA 1DQ4A 2NZ9A 2ZA9A 1H9PA 1ULFA 1GZWA 5GM0A 4FPYA 1SCRA 3WUDA 2F26A 2AEQA 4YW5A 1OKQA 4Q26A 4HZXA 1WBFA 1O4ZA 1FX5A 1RINA 4Y1VA 4PCRA 2AGSA 2OUJA 3N36A 2C9AA 2YDPA 1UAIA 2AUYA 1V3BA 4SLIA 3WZ1A 4HIZA 2QWGA 3PVEA 2V5YA 1V3EA 3A0KA 1QOTA 2BF6A 5E88A 3H73A 3SH5A 1LU2A 4HZYA 2YROA 2EXIA 1G8WA 2JECA 3W58A 2RHPA 5JMCA 4C1XA 1WCQA 1D0HA 1GZWB 2HTRA 1ULDA 1C1FA 3C2UA 3CNAA 2C5DA 2AH2A 2TEPA 2VUAA 3ZSJA 3ZYPA 4XZPA 1LOAA 4BQ1A 2GDFA 1LHOA 2SILA 3VKLA 3INBA 1LOGA 4XBQA 1SLIA 1W0PA 1YIFA 1JYIA 1UZYA 2ENRA 1F5FA 1FNZA 4FOYA 4M4VA 1VAMA 1KDKA 5JVVA 5EYXA 1GZCA 1LEMA 2P3KA 3FLRA 4AGGA 4XE9A 3ZXKA 5T5OA 4FPEA 1GICA 1V0FA 4QN7A 4K21A 3SILA 5DXDA 5GLWA 2F10A 4GZWA 4BBWA 1JYCA 3D6EA 2A6XA 1ULEA 3ILRA 3POWA 4ZXKA 1G9CA 2QWKA 5HCFA 5SV8A 5CAZA 1HLCA 1VIWB 2DVGA 3POYA 1BQPA 1NXD1 3K38A 5GZCA 2WLQA 4YFWA 2R0HA 4XJZA 4OZXA 2HTQA 1H30A 3VKMA 3TI4A 2DTWA 5JOXA 5DG2A 1SLLA 1DQ1A 5DG1A 4CPNA 4KS3A 4M4UA 4LBJA 1W8OA 3WG4A 4U36A 3CKZA 1BJIA 2BATA 4WA3A 4ATFA 1IS6A 4K1YA 3V0AB 1GZ9A 1AXKA 3T1LA 3N3HA 1INYA 1G9FA 4FOQA 1O4YA 1UX6A 1DFQA 3A72A 1Z0HA 1MS9A 4ISQA 1V6JA 2WSVA 4YZ2A 2D3SA 1MS1A 3AX4A 2DU1A 1HKDA 2F25A 2CTVA 2OUHA 2F12A 3O0WA 2GMPA 3Q9OA 3WHTA 2YDTA 5EXOA 3PVNA 4XJRA 3OYWA 4GZXA 1HQWA 4GB1A 1ENSA 1IS3A 1XOGA 3VKOA 4BPZA 1VALA 1WLCA 1NSCA 2GNMA 3T1MA 1LGNA 4Y1ZA 3MW2A 5T55A 3WG3A 5JOYA 5L73A 4UF7A 4XMIA 2CWSA 3WDTA 1EURA 4GDJA 4AVSA 1LGCA 1I3HA 2B8HA 1S1AA 1CJPA 4X6KA 1USRA 1F31A 1XQNA 4WV8A 4R9AA 4GWMA 3T1EA 2GNBA 4FP2A 1V6OA 2A3WA 4Y22B 4K1ZA 3H0OA 2FHRA 1NCCN 4YG6A 4HANA 1V6MA 1VLNA 2D6PA 3JU4A 2ZGNA 1NMCA 4TZDA 4DRRA 4NN9A 1HQLA 3IKWA 1OFSA 2AYHA 4XXPA 3H71A 4Y1YA 2VK6A 1MZ6A 1MS0A 2ZMKA 1DIWA 1LJ7A 4B7QA 3ZVXA 4P9XA 3N7JA 2PHWA 2VK7A 3TICA 4CPLA 2P37A 1FAYA 3R05A 2JE7A 4M3MA 1W0OA 5DZEA 1L7HA 3I8TA 1NNCA 1S0CA 3K36A 4WVVA 1JXNA 5CBLA 1KITA 2JKBA 4FVVA 2XZJA 1PZ7A 1CPMA 1DILA 2BQPA 5IT6A 3GNEA 1LOCA 1GSLA 3V0BA 2VK5A 1SLAA 1V0EA 2D3PA 3GVLA 1AX1A 5FREA 2X9MA 5KXEA 3M3QA 1ZA4A 2E7TA 2A6YA 1ENRA 2OVUA 4WA4A 4M3CA 4MX0A 1KQRA 3V65A 4DS0A 4KS4A 4YW2A 3ALXA 3AXEA 4XMAA 2A3XA 1IOAA 2ZZJA 1DYPA 5GJ6A 3ALWA 1UPSA 1SNTA 1AZDA 4PBOA 4PQ9A 4X4AA 1U0AA 4ITCA 4YW4A 2WJSA 3ZXLA 2VXRA 3WVJA 4MJVA 3BIWE 1APNA 2DTYA 4K20A 1INXA 1BYHA 2JD4A 3UJQA 3N35A 1SBEA 1WD3A 2D6KA 5HX0A 1UKGA 5HCAA 3TIBA 2EXKA 2EXHA 4AVVA 4NO4A 4CPOA 1QNYA 3OBRA 3M3OA 4HL0A 4MJUA 2DVBA 2UWCA 3DGTA 4BMEA 3UL2A 2QWEA 3OBTA 1S0EA 2AEPA 4D8SA 1CR7A 4LBMA 4H53A 4QN4A 2CY6A 3SLIA 2D7FA 2A71A 3AP6A 2HTYA 1LOEA 5HUMA 1A8DA 1G86A 2WNEA 3OY8B 3SISA 4GDIA 1WW5A 5LK5A 1SBDA 2VY0A 3VUOA 1WLWA 2ZAAA 1V0ZA 3ATGA 2UWAA 3FLPA 4Q8KA 4MC7A 3B01A 1LODA 1MZ5A 3N7LA 4K1KA 2R0FA 4DRVA 3WUCA 1DQ2A 2DWRA 3WCRA 1UL9A 4B7MA 3MEPA 2D6OX 4M00A 4XJ9A 2F27A 3CYEA 3AYEA 1A78A 3AYAA 4GJTA 2VW1A 4WEGA 5JYYA 1PZ8A 2CYFA 1V6LA 5H9RA 3I4IA 3K37A 1SFYA 2D44A 2DU0A 4AYUA 4I00A 3RRDA 1WW4A 2BERA 3MW4A 3M1HA 2VW2A 2ZGPA 2SBAA 1VCJA 2AENA 2BZDA 4UW6A 1WBLA 4DFSA 1TEIA 2NP0A 4XJWA 4YW3A 1AXZA 2D6LX 1LOFC 7NN9A 1MR5A 1KDMA 3A71A 1V6NA 4R9BA 2ZGTA 1CONA 1YYNA 5B2CA 2YXSA 3KQRA 3ZXFA 1ULCA 4FP3A 3CL2A 4XYXA 3JU9A 4UW5A 4CPZA 2UU8A 2A5ZA 1A4QA 4LBOA 4Y20A 1IVBA 1WUVA 1CESA 5IK7A 1IKPA 5HUKA 5T5JA 1IVGA 2F28A 2LALA 3B69A 2GN7A 2CWMA 2ZBJA 3SH4A 3A0NA 1FATA 3WDVA 1FYUA 4U2AA 2XZKA 1QDOA 4Z8BA 4NC5A 3BODA 3TI3A 2AREA 1W6MA 2DV9A 1GV9A 2PHTA 3SITA 3AZZA 4HZWA 4XXAA 1ZM1A 4BMBA 4FPCA 4YM3A 4BLIA 3ASIA 1B9VA 1FNYA 1EUTA 2PHXA 2ZGRA 3O0VA 1GYKA 3FUOA 1N1SA 3O5SA 4KBBA 2EAKA 4FPOB 4YLZA 2PHRA 2VSMA 3WLUA 1DZQA 1BKZA 1S0JA 5GLTA 4GWNA 1CIWA 2F0ZA 3AP4A 4Q1PA 4Q2FA 3KM5A 5CA6A 4AVTA 1XOEA 2F13A 1F8EA 2QWFA 3K3AA 1QDCA 1JUIA 1MVQA 1EPWA 4LBQA 1W21A 2ZGOA 3A4UA 1N47A 1URXA 2VW0A 1W6OA 4NOTA 1INFA 1YRZA 5DZGA 4B7RA 4XBLA 4F83A 3ZXEA 1V6IA 1LTEA 2OW4A 2ZKNA 4CZSA 1DHKB 1Q8SA 4XDQA 3ZSKA 1YO8A 2E7QA 1C1LA 2JDZA 3NN9A 2D6NA 3OPZA 3AXDA 1ULGA 2NM1A 1QKQA 4YM2A 1BJQA 2QWIA 3AFKA 4GKYA 2ZB5A 2LTNA 2KM2A 3QLQA 4FQ4A 2E53A 2HTVA 3W09A 4FPFA 1MS4A 3D12A 4B7JA 5E8AA 4FPLA 1MVEA 1W6OB 1I1EA 1G9AA 1A14N 2A70A 5BYNA 4YZ3A 1QOOA 2C4AA 1NNBA 1Q56A 1Q8OA 3USUA 4RA0A 4XHBA 1C4RA 5KXBA 2F24A 2A6VA 3HMYA 4MZEA 1Y7BA 2D43A 3RMXA 5JOWA 3FLTA 4HZZA 1J1TA 4YGDA 1SCSA 1CQ9A 2ZACA 1EUUA 3AZXA 1N1YA 3OYWB 4K1HA 4K1IA 4YW1A 5HUNA 2ZGKA 3ZYRA 5F9TA 4B7NA 3IMNA 1RITA 3QCWA 3WCSA 2YA6A 1QU0A 1LENA 5GZGA 2GNDA 1Z4XA 5KXDA 1JBCA 3B7EA 1F9KA 1BXHA 2WQZC 4BLJA 4FPGA 1JHNA 1W6NA 3ILNA 3R4SA 3NV3A 4DPNA 1DQ6A 2QWHA 4FPKA 3USUB 2VU9A 2HT5A 3O9JA 2Q5TA 2WT2A 1UZZA 1QF3A 4Q6KA 1MS8A 2HTWA 4LBKA 3NV2A 1KRIA 4CPYA 1ONAA 1X50A 5T5PA 4D69A 5IUQA 1AF9A 1IVEA 4MZAA 4GXLA 1AVBA 1N1VA 2HT7A 1OQ1A 2C4LA 2GN3A 3SH3A 4KS1A 4M01A 1SO7A 1WCSA 4GZOA 1GNHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WW7A 3RGBA 1B35B 3RVHA 1NY72 2G9GA 4Y4RA 2NMNA 2RJ2A 2WABA 3K4ZA 3IPVA 1W6QA 2IFRA 3WW2A 4CCOA 3K39A 3O12A 4YG0A 1NCRC 2QWJA 2ZHMA 1EY2A 1EAH2 1RUI2 2RM23 5D8AA 5FMCA 3RWKX 1QXPA 4FTEA 3SOQA 5F6KA 4XMBA 1QMJA 5FZAA 3SALA 2PMWB 2NN8A 3H72A 2ZHKA 2OA2A 4QDQA 2Y6JA 4LUMA 4P9YA 4RL7A 2PQSA 5F8PA 3UNPA 2GC3A 1W8TA 2GC2A 6NN9A 1NCQC 2J7MA 4FTSA 4CCCA 1Z4ZA 2X5IA 3H50A 5GLVA 3WDYA 3WF1A 3WF4A 1W2NA 4KU7A 5KHIA 2Y33A 4N9IA 1IVDA 2VG9A 3MIHA 3N9MA 2EIEA 3FFZA 4E8CA 2LS6A 2ZEYA 4QQPA 5DUXA 2WNVA 3OGGA 1W6PA 4S2DA 5CB7A 4CDXA 2WZEA 3NWKA 4Y1XA 4XDOA 3G4EA 5NN9A 2A7AA 3FBYA 2VH9A 4YVSC 4BJ0A 2EF6A 4CCJA 1ZNPA 5C3PA 5I0UA 4LPLA 4AI0A 5JDBA 3KYAA 3S7EA 3RNSA 5ACA1 5ERLA 1U12A 4CEWB 3KHBA 4AG4A 4GWJA 5DDJ2 1H9WA 2R7EB 1ZYBA 4TN7A 3PURA 4QPWA 1R1A2 3GHMA 3TEYA 2ZGUA 1UWWA 2ARXA 2YA4A 4WZFA 4AGVA 4C1WA 2YA7A 1DBNA 3MF9A 4CDUC 2VOXA 4BQYA 2VBPA 1EYBA 1PVXA 3B9CA 2BGCA 1O5LA 1NE6A 3INAA 2WWSA 2VOKA 3D0JA 3LA7A 3MF6A 3VLBB 3OOXA 4AVCA 4COYA 5LBBA 1AJOA 3GDBA 2XHKA 4XUQA 4DMIA 1J3RA 2AR6A 2C26A 3MYXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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