2JKBA

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanb in complex with 2, 7-anhydro-neu5ac
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
661
structure length
661
Chain Sequence
LSISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural and Functional Studies of Streptococcus Pneumoniae Neuraminidase B: An Intramolecular Trans-Sialidase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords SIALIDASE B
molecule tags Lyase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 197
structure length 661
sequence length 661
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2008-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 2jkbA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 2jkbA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 2jkbA02
2P2KA 4KS3A 5E89A 3AXDA 4NOTA 1V0FA 1F8CA 3WCRA 5IT6A 2E51A 4XMIA 1V6KA 2A6VA 2ZGKA 3SH3A 1EUUA 5KXBA 4Q8KA 1GZWA 1INGA 3AZWA 3ALXA 1SLLA 4JF7A 2W38A 1MS3A 5HCFA 2DTWA 4MWLA 4P9XA 2ZABA 3N7MA 1U0AA 2RHPA 3WDWA 2CY6A 1CESA 3A0KA 3UJOA 4MWRA 4XXPA 4YLZA 1EPWA 3NV4A 1MZ5A 2VH9A 1SCRA 1S0DA 2W5OA 4GZQA 2QWEA 5E88A 2HYKA 3UJQA 2OW4A 1Q8OA 4K1KA 4YGBA 4C1WA 4YZ1A 1LHVA 1NCDN 3VKNA 3KM5A 1L7FA 1S0FA 1MVQA 1W6QA 3W09A 1E8VA 5LK5A 4XJAA 4MWUA 1AJKA 2GMPA 3MEPA 2ARBA 3TI3A 3WG3A 2YY1A 4GZPA 2HU0A 1USRA 1KJLA 4M4UA 1IS5A 1E8TA 4BBWA 1V00A 2DWRA 1LCLA 5JOWA 1CONA 3AK0A 4FOVA 4GZXA 3TI5A 4FPHA 1Z0HA 4CPMA 4FJ6A 1W1XA 3T1EA 4WV8A 3V0AB 2A75A 2D3SA 3AZZA 1QNYA 1LGCA 4ASMB 4HZYA 5GLZA 1BJIA 2YA8A 1W6MB 1JW6A 1JN2P 4DFSA 1WD3A 5HUMA 3FFZA 4Q6KA 4XIOA 1BYHA 1WW6A 3M3QA 1CN1A 1GZWB 1HDKA 3O12A 2HU4A 4XXAA 2YXSA 3USUA 3WLUA 1ONAA 5EXOA 3RSJA 1YXWA 1L7HA 3FUQA 3O9JA 3FLTA 4WEGA 3SH4A 4ISQA 2AENA 4RA0A 1JYIA 3AJZA 4MC7A 3ZSJA 5IUQA 6NN9A 4YM3A 3ILNA 2HT5A 2HTQA 2D7FA 1Q8QA 4PF5A 3HN1A 2ZHMA 2YV8A 4Q8LA 4JRAA 1AX2A 2BZDA 2D3PA 1HQLA 3SITA 3V64A 5GLTA 3DGTA 1KDMA 3WUCA 3V0BB 1TEIA 1A4QA 1AVBA 5H9QA 2SLIA 2FHRA 5HX0A 5GLWA 2YA4A 1WBLA 3O5SA 2ZGQA 2NMNA 1G9DA 2SBAA 3WVJA 1LEDA 1FYUA 4K20A 2D6KA 1W6OB 2D6OX 2DVGA 3AP7A 4MZEA 1FAYA 5DUUA 2GNDA 1QDCA 4NN9A 2ZMNA 2JD4A 5HUNA 1WW7A 1Q56A 2KM2A 4XIKA 2UWBA 2QWKA 4YW5A 4FPYA 4GA9A 2EF6A 3APBA 1SACA 1MR5A 4M3CE 1MS4A 3SILA 1DLLA 3GVLA 3VV1A 5M1ZA 3GNEA 4DRRA 1B09A 1EUTA 2A70A 5T52A 2ZGOA 1IVFA 4Y26A 5JDBA 4W65A 2B7YA 3D4KA 1AX1A 2BQPA 4BLIA 4XZPA 3ZSKA 4XILA 1GKBA 1NMBN 5F5QA 3POSA 1BXHA 5T5OA 1V6JA 4MWQA 5T5LA 4QN7A 1CR7A 5CB7A 3TI6A 1QOOA 4QN4A 2PHTA 4BOWA 1LOBA 2VW0A 3NWKA 5IK7A 2DU0A 1MWEA 3M3CA 1DHKB 1GZCA 4X49A 1O4YA 3O0XA 3QLQA 3TI8A 1OKQA 4MWWA 1NSBA 2VK6A 1V3CA 2YROA 4Q26A 4UF7A 1IS6A 4IQPA 4NCSA 7NN9A 1VLNA 2DVFA 1SNTA 4M4VA 2R0HA 3A71A 4GZWA 2AR6A 4L8QA 4WA4A 5B2DA 5E8AA 1NMCA 1LTEA 1LESA 4K1IA 2UWCA 4GKYA 1LHOA 2VSKA 3LSEA 5GZEA 4R9BA 2V5YA 4Q2FA 1AZDA 4LBQA 3AZYA 2OUJA 1QNWA 1G86A 1S0CA 1LOFC 4DS0A 3K39A 1SFYA 2Z42A 3WG2A 3CYEA 2ZA9A 1CPMA 3OY8B 4HZVA 3TAYA 3MW3A 2VVZA 4CTEA 3D12A 4XJZA 2NMOA 1LEMA 4XHXA 2YMZA 1H30A 4YM2A 4Y22A 4GWNA 1FV2A 3DUIA 1H9WA 4P9WA 2H0BA 2A6YA 1E8UA 2WSUA 2F25A 1URXA 1S0GA 4M4NA 1AJOA 1GANA 4KBBA 3ATGA 2QWIA 1SLBA 5JOZA 4UW4A 2NM1A 3T1MA 4YFZA 3SLIA 3AYCA 2WNEA 2F29A 1SLAA 3WZ1A 4AWDA 2ERFA 3B7EA 1ULEA 2RKCA 3WDVA 1IS3A 3ZSLA 3NV3A 1H9PA 1DQ5A 3D5OA 1DQ1A 2GN3A 3IKWA 1QDOA 4YW2A 4YFWA 1KJRA 1CIWA 1LHWA 3WOGA 3B69A 4YW4A 4Y1VA 1W21A 4GXLA 4LBMA 4GDJA 2D3RA 4NC5A 3N36A 1NXD1 3IPVA 2DU1A 3TB0A 1MS9A 4TYSA 2ZB6A 5KXEA 2ZGSA 2F26A 4MYEA 3H72A 3HMYA 1V6MA 4JC1A 2VK5A 1UZYA 1NMAN 4ISRA 1UL9A 1DYPA 3N3HA 3GALA 4LBQD 1W6PB 2DVAA 4Y20A 2EXHA 3OGGA 1CQ9A 3TI4A 4HANA 1IVEA 3PJQA 4Z8BA 1L7GA 1LOAA 1ULCA 4B7MA 5KXDA 3N35A 3ZYRA 2ZGLA 1WD4A 2GN7A 4WZFA 1SBDA 1LECA 1WLDA 1XQNA 4XDQA 4GZOA 1V2IA 3MW4A 2QWFA 1SO7A 3D11A 1OFSA 1F8DA 4AVTA 2HT7A 1NNAA 4FZHA 1LOEA 4WA5A 4FOQA 3K36A 3O0VA 4K21A 2Q5TA 1DIWA 3AJYA 1A78A 4I30A 4XBLA 3WG4A 1DZQA 4HZZA 4QN5A 5IK4A 1INXA 2ZGMA 4CZSA 1SBFA 3D6EA 5IK8A 4MJVA 5JVVA 1INYA 4NO4A 3T1LA 4XBNA 2WJSA 2W68A 4XMAA 4AVSA 1QGLA 1DIMA 1SLIA 4QNPA 3I8TA 4WVVA 1F8BA 2ZHNA 1W6NA 1EUSA 4YZ4A 1YRZA 4YGCA 3PVEA 3RQ0A 1WBFA 2HTWA 4XJQA 4XTPA 2DV9A 2XCYA 2QWHA 1DFQA 3IPVB 3VKLA 4Y1UA 1O4ZA 3L2YA 3TIAA 4RL7A 3ILFA 1IKPA 2JDZA 5FRAA 1IVDA 4OZXA 4XYXA 1BJQA 1JYCA 3AXEA 2LALA 5DXDA 5DUXA 4I00A 2C4LA 3M2MA 2JE9A 3WDYA 3WDTA 4QN6A 2VK7A 4FP2A 5B2CA 3RG0A 3R4SA 2CYFA 1Z4XA 1S0IA 4M00A 1W8NA 2F11A 1UMZA 2P34A 1NCCN 1Z4WA 3N7LA 1LULA 4HZXA 1S1AA 1F8EA 3H71A 3AYEA 1W6QB 4AGVA 3B3QE 4Q27A 3WNXA 4GKXA 2AUYA 3TIBA 2W20A 1QF3A 3ZVXA 1I1EA 2PELA 1BZWA 3PVOA 5DG2A 3AYAA 5HCAA 2QWBA 2ZHKA 4J9TA 1QOTA 2YA5A 2GNMA 1QMJA 3A0NA 1ENQA 4U2AA 1CPNA 4LBJA 1JUIA 2D6PA 4AYUA 5T55A 4TZDA 4PQ9A 3B01A 4UW3A 3WUDA 3ZPYA 4LBNA 3CL2A 3O0WA 4U36A 2GMMA 3RMYA 3ZXLA 5CAZA 1HLCA 4GEZA 1YIFA 4ITCA 1DQ4A 1AX0A 4BQ1A 2JECA 1ULGA 2GMEA 1MS1A 1N3QA 2DVBA 4X47A 1DQ2A 1JXNA 4FQ4A 1BQPA 1PZ9A 2JKBA 1J1TA 1KRIA 1INFA 4PBOA 1Z4YA 1BKZA 2EAKA 1SLCA 3HR9A 4KS4A 3CNAA 4MWVA 3USUB 1C4RA 1SBEA 1LOCA 1Z4VA 4DRVA 2EIGA 1RINA 3SISA 5GZDA 1IOAA 3N7JA 1G9BA 2OUHA 1APNA 3ALWA 3AZVA 1NSDA 5F9TA 2AH2A 5GLUA 1RITA 2ZGPA 2VW1A 1Z4ZA 5NN9A 2LTNA 4JCKA 4KS5A 3T2TA 1MACA 2P37A 1IVGA 3VKFC 3H0OA 3AP4A 1GZ9A 2A7AA 1MZ6A 2E53A 1MVEA 1V3DA 2DUQA 2SILA 4AGGA 3JU4A 1GICA 1UAIA 1N1TA 5AVAA 2A3WA 1IS4A 5EWSA 5CA6A 5H9RA 1Q8SA 5JOXA 2PHFA 5DZEA 4PBPA 1RIRA 2BATA 1INWA 1ULFA 4YM0A 4XJUA 4FP3A 2PHRA 5FREA 1Q8PA 2EALA 3SANA 1YYNA 5GZFA 4Q1PA 1DQ0A 2ENRA 1CJPA 4ZKTB 5L73A 4XHBA 4BM8A 2CL2A 4R9AA 3WHUA 4FQZA 4XJRA 3AP5A 4AGRA 1V3EA 3NN9A 4B7QA 1IVCA 2XZIA 4KS2A 1N3PA 3NV1A 2AYHA 1W0PA 3LCPA 2P3JA 4XBQA 4GDIA 1HKDA 3B00A 2ZMKA 2W5NA 5KXCA 2GNBA 4BPZA 3CL0A 2I2SA 1GSLA 2ZACA 1C1LA 5GLVA 2DTYA 4FVVA 2JE7A 4P14A 3JUUA 5SV8A 2ES3A 4HL0A 1QU0A 2ZGUA 4X6KA 1IKQA 2BF6A 4FPFA 4YM1A 2TEPA 4YG6A 3M3OA 5HUKA 1DYKA 1PZ7A 1LGBA 3AZXA 2ZHLA 4F83A 3K37A 5DUVA 4MX0A 2ZAAA 4M3MA 1LOFA 1S0EA 4K1ZA 3WG1A 1XOGA 2F0ZA 4HZWA 1V6LA 3N7KA 4UW5A 4UW6A 4QN3A 4XTMA 1NLSA 3LSDA 2VW2A 1XOEA 4SLIA 4YGDA 3OBRA 4LBQB 4K1YA 4FPLA 4BMBA 4BMEA 1LHUA 4FPGA 1W6MA 2VY0A 3POWA 4X4AA 1MS8A 2R0FA 2F10A 1AXZA 3FLPA 1ENRA 2UU8A 1B9VA 5CBLA 4R9CA 3WDUA 4YW1A 5BYNA 4C1XA 1A8DA 1G9AA 4MJUA 2WT1A 3CKZA 1WCQA 2D6MA 4Y22B 2DVDA 3ZXEA 4GZSA 3WHTA 1PZ8A 1JOJA 4ATEA 4Y1XA 2XZJA 1USXA 2YDTA 1VCUA 2C5DA 3OBTA 1V6IA 3WDXA 3ZXKA 3GVJA 1Z50A 1UKGA 2PHXA 4ZXKA 3BIWE 5DG1A 1KDKA 1AXKA 2G4IA 3C2UA 4D69A 1DGLA 1N3OA 2NN8A 5DUWA 3AYDA 3W58A 4DGRA 2F27A 3OPZA 2A6ZA 4M01A 3H6JA 3B9CA 4GWMA 3V0BA 1KQRA 1NNCA 4K1HA 3ENRA 3IM0A 2R1BA 2ZBJA 3PVNA 3K3AA 5EYXA 2EXJA 2AEPA 1LGNA 1W6OA 4H53A 2R49A 2NYYA 1INVA 2GNTA 2PHUA 3WV6A 4DQAA 1N47A 2NP0A 1V6NA 1ULDA 2HT8A 2YDPA 2R16A 3OYWA 5T5PA 1W0OA 1B9TA 4WEFA 1F5FA 1A14N 1UX6A 2JJ6A 5H9SA 4FPEA 3RS6A 1NNBA 4BLJA 1V0EA 1ZM1A 2CWMA 1JBCA 1UZZA 5HUGA 1V0ZA 2XB6C 2AREA 3MPPG 2C4AA 4Y20B 3OJBA 3K38A 2EXIA 3M3EA 2ZGNA 2PHWA 5GALA 4CPLA 3UK9A 3FUOA 5JMCA 2QWJA 2D6NA 4FOWA 3TICA 4DPNA 1AXYA 2A3YA 2W08A 1I3HA 4YGEA 1Z78A 3JU9A 4LBLA 4MWXA 1KITA 3R4UA 3AX4A 1JHNA 2DUPA 1F31A 1F9KA 3INAA 3NV2A 2ZGRA 3RRDA 5T5JA 4B7NA 1S0JA 2WLQA 1FX5A 1SCSA 4FVKA 4XOGA 1V3BA 4YZ3A 3MW2A 4YZ5A 3ZXFA 3U4XA 2V73A 4KS1A 4M3CF 2D6LX 2W39A 4MWYA 1LENA 2R1DA 1NCAN 4YZ2A 3QCWA 1YO8A 1CVNA 3FBYA 2D44A 3H73A 1Y7BA 2UWAA 2QWAA 4CPYA 3AP6A 2WT0A 5DZFA 2WKKA 3BTAA 2QWGA 4YW3A 3BODA 1DQ6A 4K1JA 1VIWB 2E6VA 4M3CA 4WA3A 2GALA 4Y1YA 5EYYA 3AFKA 3OY8A 2DUOA 1FV3A 1WW4A 1W6NB 3A72A 3WCSA 3FLRA 3SALA 1LODA 1INHA 2VU9A 3OYWB 2F28A 4PCRA 1LOGA 4CPZA 3BOPA 2ARXA 4GB1A 1D2SA 1LU2A 4LBOA 3Q9OA 2ZMLA 4MWJA 2XG3A 5CNAA 2HTUA 1VAVA 2EXKA 4CRQA 1YI7A 1MS0A 3IN9A 3VUOA 1UPSA 2CNAA 3SH5A 2QWCA 2ZKNA 3ASIA 1C57A 1ZA4A 4B7RA 3ZXJA 2HTVA 1N1VA 2XZKA 5T54A 1A4GA 4ATFA 5GZGA 2A6WA 1N1SA 5GJ6A 3ZSMA 2CTVA 2VXRA 2F13A 4YG0A 2DYCA 1VAMA 3BEQA 2ZZJA 3GVKA 4HIZA 2AGSA 1S0BA 1WLCA 2QWDA 2YA6A 1R1ZA 5JLVA 2A6XA 1FATA 3NSSA 5GM0A 4XJ8A 1HQWA 1C1FA 1V6OA 2VWDA 3KQRA 5DZGA 2VSMA 1W8OA 1GLHA 2WSVA 1DBNA 2OVUA 3O9KA 1GBGA 1ENSA 3IMNA 2ZB5A 4CPNA 4GZTA 1G8WA 1LHNA 3RMXA 2E7TA 2WT2A 2A5ZA 4H55A 2HTRA 1WLWA 4GJTA 3VKMA 1IVBA 2D43A 2FMDA 4B7JA 2P3KA 1LU1A 4D8SA 4M3CB 1UN1A 1W6PA 4WVWA 1FNYA 5HCBA 3SNMA 3A4UA 1OQ1A 1G9FA 4FPJA 4FPCA 1NCBN 4R9DA 2B8HA 5GZCA 4FOYA 2CWSA 4CPOA 5H9PA 1VCJA 2A3XA 4XE9A 4FPOB 2AEQA 2DURA 2NZ9A 2YZ4A 3VKOA 3V65A 4P9YA 1D0HA 1WW5A 2E7QA 1FNZA 1DILA 1AF9A 5JOYA 4YG3A 3M1HA 3POYA 5JYYA 2GDFA 1G7YA 1GNHA 4Y1ZA 1W20A 4MZAA 2X9MA 4GALA 2A71A 4AVVA 4FPKA 3ZYPA 1QOSA 1G9CA 1X50A 3ILRA 1QKQA 1A3KA 2C9AA 1SLTA 2BERA 4Q1RA 5IK5A 2VUAA 1B9SA 2UURA 2F12A 1VALA 3I4IA 3AP9A 1LJ7A 3PMEA 1EURA 3UL2A 4Y24A 3W59A 4XJ9A 2CMLA 4K3YA 4LBKA 3R05A 2YA7A 2SIMA 1WUVA 2HTYA 2WQZC 2P3IA 1GV9A 1Q8VA 2W52A 1GNZA 4XJWA 5T50A 1MS5A 2F24A 4H52A 1N1YA 1WCSA 2ZGTA 3V0AA 1GYKA 1NSCA 1NN2A 3INBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2W8BB 1RUC3 5D8AB 3O1MA 2XJPA 2WBKA 2P2KA 5EHDA 4URTA 5A7NA 2OKXA 4KS3A 1GQHA 4GQ7A 3HOBA 1IUCA 1O3TA 3A7QA 3WX5A 2C1FA 5E89A 3AXDA 4FCAA 3N9NA 1QJU3 4NOTA 5I8SA 3BTXA 1OURA 1QQP1 2YG0A 1V0FA 4HKWA 4B3NA 1F8CA 1EYBA 3WCRA 1NCQB 2FCTA 5IT6A 5DAXA 3S2KA 5I0DA 2E51A 5CVRA 5EQUA 4CEWB 3MO4A 4XMIA 1V6KA 3KD4A 1RUH1 1F8VA 2A6VA 4C0BA 2ZGKA 1TE1B 4QX8A 1H1MA 4AK3A 4GJZA 3SH3A 5LBCA 5AC91 1EUUA 4HVQA 5KXBA 4Q8KA 4OULA 2VNRA 1PO13 2VOTA 1UO9A 1GZWA 3AKSA 1INGA 2PLV2 3RI8A 1F35A 3J8F1 1UY3A 4RQPA 3AZWA 3ALXA 3SREA 4XURA 3OGSA 3ZXDA 1YNAA 3KQ4B 1SLLA 3M3IA 1YIPA 4JF7A 2W38A 1MS3A 5HCFA 2DTWA 2R063 4QQ2A 1RUF2 4MWLA 4P9XA 2RDNA 4AEKA 1E5SA 3ZSEA 2WFF3 2OXBA 4AI8A 2VZOA 4LTAA 4H14A 4YNIA 5A1AA 5JZGC 2ZABA 4WZCA 1POQA 3N7MA 1JUHA 1OC1A 3NAPA 4BB3A 4GJYA 2HQSA 2P4OA 1U0AA 2RHPA 4IE6A 3WDWA 3LDRA 2L9LA 4SBVA 4IEXA 3ZFFB 1ND3B 4RGGA 4QU1A 1JI6A 4R4XA 1T6GC 2CY6A 4UFMA 1CESA 2E31A 2XH6A 3A0KA 4D7TA 4C1YB 4JDNA 2FDGA 3UJOA 4ONUA 3UV9A 4MWRA 4QPWA 4XXPA 3KF5A 4YLZA 1EPWA 2TBVA 4BYYA 3NV4A 3X29B 3O1SA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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