2JKBA

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanb in complex with 2, 7-anhydro-neu5ac
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
661
structure length
661
Chain Sequence
LSISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural and Functional Studies of Streptococcus Pneumoniae Neuraminidase B: An Intramolecular Trans-Sialidase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords SIALIDASE B
molecule tags Lyase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 197
structure length 661
sequence length 661
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2008-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 2jkbA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 2jkbA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 2jkbA02
3ILNA 5NN9A 2R0HA 1QF3A 5GLUA 2A70A 2QWJA 3M3QA 3SANA 4YM0A 4FQ4A 4M01A 4MWRA 2A75A 4QN7A 5FRAA 3D6EA 4Z8BA 4GZOA 4MWLA 2QWFA 1SCRA 4AGVA 1EURA 4FVKA 3M1HA 1PZ8A 3NV1A 3ENRA 4AVSA 2B8HA 4YW4A 2VY0A 3VV1A 3VKMA 2ZGSA 3OBRA 1S0EA 1KDMA 4M3CE 4QN3A 3R4SA 1NNCA 1S0JA 2DUOA 1QNWA 4FPCA 3LSEA 3PMEA 1KITA 5LK5A 1LENA 1I3HA 1NN2A 4GDIA 4XMAA 4M00A 5CBLA 3NV2A 3DUIA 3NV4A 3ZXLA 3N36A 4YW5A 4FPKA 2DVBA 1W6NB 4RA0A 4X6KA 3FFZA 5EYXA 1IOAA 2A3WA 3FUQA 1DQ2A 4GALA 2ES3A 3JUUA 2OUHA 3MW2A 2SIMA 2F27A 2DVGA 4XBLA 5B2DA 1JOJA 2WJSA 4LBNA 2YDTA 4DPNA 4D8SA 4ATEA 4YM3A 3VKOA 1W6MA 4CZSA 1F5FA 1WLWA 2DURA 4JRAA 2ERFA 5EXOA 2DTWA 2JDZA 3ZSJA 1L7FA 1W6OA 5HUMA 1DGLA 1SBDA 1GANA 4M3CF 2BZDA 2YA5A 1GNHA 4GZXA 2F29A 3AZZA 2VSKA 1UL9A 1VAMA 1QDCA 2VU9A 4FOVA 4MWWA 1SLIA 2G4IA 2HT7A 1HDKA 4Y26A 1N1VA 1AJOA 1VIWB 2E53A 1A78A 1CJPA 2GMMA 1LODA 3SH3A 2R1BA 1IS5A 1YRZA 5JMCA 5F9TA 1CONA 2VK7A 1WLDA 4MWVA 1U0AA 1TEIA 4CPMA 5JDBA 3SITA 1ZA4A 1JYCA 1AX0A 1V6KA 1V0EA 1INGA 1Q8QA 2P37A 3N3HA 1LOAA 2DU0A 3N7KA 4KS2A 3IPVA 4JC1A 2KM2A 1LULA 1ENRA 2AEPA 2HTQA 4FP2A 5HX0A 3IN9A 4M4UA 4JCKA 4BMBA 2DVAA 6NN9A 1G9CA 3A71A 1SLTA 5DUUA 3ILFA 5T54A 1INYA 4GZQA 2JE7A 4XJRA 4M3CB 1N3OA 1W6PB 3V0AA 1NMCA 4FPLA 3ILRA 3AJYA 3AJZA 1R1ZA 1CPMA 1AXKA 1FV2A 3OYWB 1UKGA 2W38A 1F8CA 1Z4YA 3V0BB 3AZXA 2F12A 3INAA 4X47A 1PZ9A 3CL2A 2AH2A 4SLIA 4P14A 4GZPA 2SLIA 1USXA 2ZGPA 5GZGA 2VK6A 4C1XA 2QWKA 3K37A 4W65A 3WDTA 4I30A 1C4RA 4Y1ZA 3OPZA 1VLNA 1LHUA 1QU0A 1W21A 3KM5A 2C5DA 2P34A 2H0BA 3IMNA 1MZ5A 3WDYA 1UZYA 4C1WA 1Z4XA 1IVGA 1I1EA 2VSMA 2ZB6A 1AXYA 5AVAA 4FOYA 1WBLA 3SH4A 1DQ1A 4QN6A 4WA5A 1DIWA 2LTNA 3I4IA 3HMYA 1S0CA 1MS5A 1JXNA 5IK4A 4ISQA 3WG1A 4YGBA 5GALA 1V6NA 2ZHMA 2D6PA 5IUQA 4XJAA 5IK8A 3H6JA 3TI6A 3ZYRA 1MS4A 2ZB5A 1DFQA 2WSVA 2B7YA 2YV8A 3WG2A 1EUSA 4XZPA 2OVUA 3A0NA 5T52A 1LGBA 3T1EA 2ZHLA 1EUTA 3UK9A 1CQ9A 1IVFA 2CL2A 1GZWB 4JF7A 2XZJA 2GN3A 1B09A 2DVDA 4YGDA 1LECA 4FZHA 3SNMA 4XBNA 1W6NA 1FNZA 4HZXA 4R9AA 4HZVA 2YY1A 1V2IA 2W39A 4NN9A 2A3XA 2ZHNA 1E8TA 1SACA 3W09A 3WLUA 2GMEA 5CB7A 3RMYA 2A6ZA 2D3SA 2WKKA 1LOEA 4M4VA 2JD4A 3WV6A 4MJVA 4AVVA 2DUQA 2VH9A 1QKQA 4YW3A 2QWEA 3WVJA 3WG3A 1NSCA 4LBKA 4PQ9A 3KQRA 2WLQA 3AP6A 4FP3A 3SLIA 5HUKA 1V3CA 5L73A 2YROA 1DYKA 5CNAA 4FPFA 3B01A 5IT6A 4P9WA 5T5JA 3WOGA 3D4KA 2A6WA 1WD4A 2VW0A 2ARBA 1DYPA 1CIWA 1DQ5A 1G7YA 1E8UA 4WVVA 1Z4VA 1WUVA 5DUVA 4HANA 5KXBA 2NP0A 2HT8A 3AFKA 3USUB 2EXIA 4MWJA 4YW1A 4TYSA 1MVQA 4YM1A 3TIBA 3FUOA 3N7LA 1Q8PA 4U36A 2ZABA 3JU9A 4KS5A 5H9RA 2F11A 4I00A 3TIAA 1V6LA 4YM2A 4LBJA 2NMNA 1Z0HA 2WSUA 4KS3A 2UWAA 3NSSA 4NC5A 2GMPA 1VCJA 1PZ7A 3QLQA 3A0KA 2QWAA 4CPLA 2F10A 4H52A 4GZSA 3CYEA 2ZGRA 1G9FA 1L7HA 1LOBA 4LBLA 1IKPA 5T50A 1IVDA 1A4GA 1ULFA 4MZAA 2EF6A 2AUYA 1KRIA 1ENQA 1LOFC 2R49A 3FLRA 4ZXKA 2DVFA 1AX2A 4Y1VA 3POSA 3OJBA 1XOEA 3AP7A 1Z4WA 1GYKA 4YZ2A 3H72A 2F28A 4M3CA 4MJUA 1W6PA 2P2KA 4ZKTB 3QCWA 5EWSA 2ARXA 3B9CA 4YLZA 5E8AA 4F83A 5HUNA 2JECA 2W20A 3OYWA 1D0HA 2AR6A 4MWYA 3V0BA 1VALA 3D5OA 2QWBA 2D6MA 5CAZA 1Q56A 2YA4A 4MZEA 1WBFA 4DRVA 1V0FA 4XHBA 2ZGLA 2F0ZA 1SCSA 2D3PA 2D6NA 3H71A 4XDQA 3AYEA 1BZWA 4U2AA 1ZM1A 2W5NA 3POWA 1WCQA 2CWSA 3BIWE 5KXDA 2GNBA 1USRA 1GICA 1V00A 3UJQA 2AEQA 2ZGUA 5SV8A 4XHXA 2RHPA 4Y1YA 5KXEA 3VUOA 1L7GA 3ZSKA 4GWNA 4PBOA 5DG1A 3AX4A 2R1DA 3OY8B 3VKNA 1WW7A 1SBFA 1W1XA 5DUXA 2W5OA 1LGNA 1Q8OA 2QWCA 1FNYA 1G9DA 5DXDA 2BF6A 2VVZA 1INHA 5BYNA 3WHTA 1LHVA 4AVTA 4UW5A 2XCYA 1N47A 1V3EA 1C57A 1IVCA 3NV3A 1QNYA 1LOFA 5JOXA 3D12A 1MS0A 4H55A 4QN4A 1QDOA 1N1SA 1FAYA 2E7TA 3WDWA 1FATA 1G8WA 4WVWA 4FQZA 4YG6A 1C1FA 1V3BA 2NZ9A 5T5OA 4HZZA 1GZWA 4OZXA 4GB1A 1DQ4A 4XXPA 4KS4A 1W8NA 3GALA 5GLZA 1LHNA 4H53A 4GXLA 1BJQA 4WA3A 4J9TA 3RSJA 1QOTA 1EUUA 1IVEA 4XYXA 4Y22B 4Y20B 2HTYA 3K39A 4GZWA 5GZEA 5DZFA 2XB6C 2EIGA 3WNXA 2CMLA 4QNPA 2P3KA 4BLIA 4FPOB 1RINA 2HTWA 3ASIA 3A72A 2EXJA 3AZVA 1UN1A 3ALWA 3TAYA 4X49A 3K36A 1URXA 1O4ZA 2PELA 3OGGA 2TEPA 3WCSA 1GLHA 4AWDA 3R05A 1AVBA 2BQPA 2ZGNA 2VW2A 2ZGMA 3USUA 1JHNA 2A7AA 2A6XA 3AP5A 1WW6A 1NCBN 1CPNA 1CN1A 2D6KA 3HR9A 2HTUA 3GVKA 1W0OA 2HT5A 2YA6A 2RKCA 1S0DA 2YA8A 4WA4A 2A3YA 5DZGA 3TI4A 1LHWA 5CA6A 3M3OA 4XJUA 2HU0A 5E88A 2A6YA 3O9JA 4BQ1A 1E8VA 4FOWA 3AXEA 1S0GA 2ENRA 1N3QA 1F8DA 4MC7A 4Q8KA 2ZZJA 2F25A 2JJ6A 5HCBA 2QWIA 2ZGKA 4K1JA 2UWCA 2XG3A 1WD3A 3TICA 2VUAA 5DZEA 2PHXA 4K1ZA 1AX1A 2QWDA 5HCAA 4GKYA 4XTPA 2C4AA 2W08A 1B9SA 3B69A 1UMZA 1SNTA 2I2SA 4Q26A 4GEZA 4YGCA 2VXRA 3W58A 3ZVXA 1KDKA 1GSLA 2CNAA 3ZSMA 3H0OA 2PHWA 1LEMA 3ALXA 4BPZA 1O4YA 4UW6A 1D2SA 1JYIA 3UJOA 2PHFA 2AYHA 4XJQA 1BKZA 1BJIA 1A14N 1DZQA 4DQAA 5JOYA 4DRRA 4XJZA 3VKFC 2WQZC 2DYCA 1LCLA 3O0XA 1NMAN 4YZ1A 4KS1A 4AYUA 5GLWA 1SO7A 1NXD1 1A3KA 2SBAA 1CVNA 1SLAA 3ZXFA 3H73A 1V6JA 3AZWA 3OY8A 1KJRA 4R9BA 2DU1A 1VAVA 3WUDA 2VWDA 3RG0A 2HYKA 3Q9OA 5IK7A 4HZYA 4BOWA 2NYYA 5KXCA 4MWQA 4BM8A 4CRQA 3WHUA 3AZYA 5GZCA 3BOPA 1MVEA 2GALA 1YO8A 2ZA9A 2SILA 5T5PA 1NLSA 1FX5A 2YA7A 1XQNA 3PVOA 3AYCA 1QGLA 3CNAA 3W59A 1QOSA 5DUWA 4FVVA 1LESA 1MACA 2WNEA 1INWA 7NN9A 1MS9A 4NOTA 2F26A 4UF7A 3T2TA 1B9VA 1LEDA 4WEGA 1QOOA 3V65A 1LOCA 3O5SA 2YZ4A 4WEFA 1W6QB 4Y22A 4Y20A 5E89A 1INFA 3MPPG 1YYNA 3T1LA 1RIRA 1V6MA 4AGRA 4FPJA 4B7RA 2A71A 1SFYA 2Q5TA 1Q8SA 5GLTA 1NCCN 2JKBA 3ZXKA 4YG0A 1W0PA 4XIKA 5T5LA 3ZXJA 2AREA 1GZCA 1IKQA 3O0VA 2YXSA 2HTRA 4MWXA 4AGGA 3NWKA 2FHRA 3AYAA 2OUJA 3O9KA 1NCDN 1Z4ZA 2NN8A 1F31A 1G9BA 2HTVA 4RL7A 1LHOA 3FLTA 1YIFA 1UZZA 1NNAA 5IK5A 4FPEA 1HKDA 4HL0A 1H9WA 4PF5A 1SBEA 3N7MA 1V3DA 1XOGA 1WW4A 1B9TA 2R0FA 1V6IA 2D6OX 4IQPA 2YMZA 1IS4A 5GM0A 3WDVA 3RQ0A 4KBBA 2D43A 2JE9A 3K38A 4Y1XA 3WDXA 3UL2A 4K21A 3I8TA 4ISRA 3PVNA 1Z50A 2A6VA 2VK5A 2A5ZA 3IKWA 4LBQB 4Q1RA 2ZBJA 4FJ6A 5FREA 3ATGA 1DQ6A 4P9YA 1S1AA 3INBA 1SLBA 4XILA 3O12A 3L2YA 4DS0A 4GA9A 1BQPA 3U4XA 2F13A 3WDUA 3GVJA 5HUGA 1VCUA 3T1MA 3JU4A 4K1YA 2PHTA 1ONAA 3M2MA 1LU2A 4WV8A 2ZMLA 4YFWA 4GDJA 2BERA 4GKXA 4DGRA 1V6OA 3AK0A 1V0ZA 1UAIA 4DFSA 4GZTA 4CPNA 5JLVA 1YI7A 1LU1A 3PJQA 3APBA 1MWEA 5F5QA 2BATA 3LCPA 2E6VA 1JBCA 2DTYA 1S0BA 1F8EA 5GZFA 1LOGA 4X4AA 2WT1A 1GZ9A 4FOQA 4CPYA 1CESA 4NCSA 1X50A 1CR7A 2ZGTA 4BMEA 2D7FA 1UX6A 2UWBA 5EYYA 2W68A 2ZHKA 1Z78A 3K3AA 2GNMA 3BEQA 1WCSA 1NNBA 2X9MA 4XOGA 1LGCA 2C9AA 4UW4A 3B3QE 4B7NA 1INXA 4Q8LA 4Y1UA 2ZGQA 4P9XA 1ULEA 4XTMA 5GJ6A 3C2UA 4HIZA 3A4UA 4CTEA 5B2CA 3PVEA 2WT0A 2DV9A 2ZAAA 1DHKB 3DGTA 3IM0A 1MS3A 3CKZA 2D44A 4UW3A 1INVA 1IS3A 4YZ5A 2GNDA 4XJ9A 3SH5A 4XXAA 3ZSLA 1JN2P 1JUIA 1NMBN 2WT2A 2ZMNA 3WZ1A 1Q8VA 1KQRA 5GLVA 3LSDA 4MX0A 3SALA 2NM1A 2ZKNA 4B7MA 4XBQA 4K1HA 1DLLA 1N1TA 4Q27A 5T55A 3POYA 1ULCA 4M3MA 3B00A 4MYEA 1BYHA 1GKBA 3M3CA 2ZMKA 1LJ7A 5JOZA 1UPSA 2YDPA 2LALA 3B7EA 1C1LA 2EALA 1IVBA 2AENA 2ZACA 4Q1PA 1AF9A 3V64A 2E51A 3FBYA 1BXHA 1LTEA 4XJWA 3N7JA 1NSDA 3RS6A 2NMOA 5DG2A 2PHUA 3RRDA 1W6QA 3BODA 1OFSA 2PHRA 4M4NA 1FV3A 4YZ4A 4PBPA 2P3IA 1W6MB 3TI5A 1AJKA 4CPOA 4D69A 4L8QA 4Q2FA 4CPZA 2HU4A 4HZWA 3O0WA 1HLCA 1KJLA 2E7QA 3AP9A 4XE9A 1W6OB 2R16A 2ZGOA 1H9PA 3AYDA 1F9KA 4TZDA 3OBTA 1DIMA 1OKQA 3MW3A 5H9SA 3BTAA 1HQWA 2V73A 1MS1A 4FPGA 3MW4A 2FMDA 5GZDA 1S0FA 1DQ0A 1FYUA 4YFZA 2GN7A 1ENSA 4B7JA 2CTVA 3D11A 1WLCA 3N35A 3RMXA 1APNA 1G9AA 1IS6A 5M1ZA 2Z42A 5H9PA 4K1IA 4XIOA 4K1KA 5HCFA 1A8DA 1JW6A 3R4UA 2QWHA 2P3JA 5JVVA 3TI3A 4PCRA 2OW4A 4WZFA 2UURA 3SISA 4Q6KA 1SLCA 2XZKA 1ULGA 2UU8A 5JOWA 1ULDA 3WCRA 1EPWA 1GV9A 2GDFA 5H9QA 3AXDA 3FLPA 3NN9A 3IPVB 4MWUA 4ASMB 4QN5A 4LBQA 1MR5A 4FPHA 1S0IA 4NO4A 2V5YA 1W20A 1AXZA 1GNZA 4K3YA 1N1YA 4LBQD 4Y24A 3TI8A 1MS8A 2DUPA 3ZXEA 1HQLA 1WW5A 3ZYPA 1DILA 2F24A 1F8BA 4ATFA 4YW2A 3V0AB 1RITA 4XMIA 5JYYA 3WUCA 1YXWA 1J1TA 2QWGA 2EAKA 4GWMA 3WG4A 3AP4A 1GBGA 2EXKA 4FPYA 4YG3A 1OQ1A 4ITCA 1AZDA 1G86A 1N3PA 3ZPYA 4YZ3A 4BBWA 3VKLA 3HN1A 1W8OA 4K20A 4XJ8A 1Y7BA 4YGEA 3CL0A 1H30A 4LBMA 2CWMA 1SLLA 2D6LX 3SILA 3GNEA 4LBOA 1QMJA 2EXHA 1NSBA 4BLJA 3TB0A 4R9CA 1NCAN 2CYFA 2W52A 3M3EA 2DWRA 1A4QA 2VW1A 2D3RA 2XZIA 3MEPA 4GJTA 2CY6A 1DBNA 2GNTA 2C4LA 3GVLA 4B7QA 1MZ6A 2AGSA 4R9DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LY2A 3HNBM 3ILNA 4QQ2A 1FOD3 3ZN6B 4OI2A 1OFNA 1WWYA 3S57A 4QPGA 2FPCA 4V2VA 4Q4W1 2RS33 4UFKA 4XC9A 1QH6A 4N90A 5BNPB 4O5SA 1YJLA 1FOD2 2R041 1JYTA 5NN9A 2R0HA 2Y26A 1QF3A 1OURA 1CX4A 3WEZA 4CDWB 5GLUA 4MGTA 4GH4A 2CGOA 4QX3A 1OOPC 2A70A 2VTFA 4QPWA 3M3QA 4RQPA 2D5HA 2QWJA 3SANA 1TME1 4YM0A 4CEWC 4FQ4A 3HVDA 1AYN1 1K5MA 2YBSA 5IAXA 4M01A 3D8CA 3EMRA 3O1OA 3HNMA 4GMP3 3VBRC 4MWRA 3X29B 1ND3C 2A75A 4QN7A 5FP9A 5FRAA 3D6EA 5CADA 4JKMA 2XMLA 1PNFA 3B7MA 4YVWB 1POV1 1ZX5A 4HK9A 5A6XA 4Z8BA 3GF6A 2IASA 5FNQA 1JUHA 4GZOA 2CV6A 4MWLA 2BUKA 2QWFA 1SCRA 4AGVA 5FY1A 4K40A 5HBAA 1EURA 4FVKA 5EO7A 1CAVA 1B35A 4OI4A 1W21A 5KHJA 3M1HA 1XYNA 1HRI1 1PZ8A 3NV1A 3ENRA 5FZCA 4CDQA 5KWRA 4AVSA 1AYM1 3T3YA 1OH3A 2Y6LA 3IBMA 1RMU3 2W1WA 4FFHA 1YFUA 2B8HA 4YW4A 2X8KA 4LORA 2VY0A 4UF0A 3VV1A 3WSOA 4ZZ8A 3AMSA 2C1FA 3I2DA 3VKMA 3SOBB 1GP4A 1Z7S3 2ZGSA 3VZOA 3DCQA 2RM23 3OBRA 1S0EA 4LK7A 3HPNA 2XONA 1RUC1 1KDMA 4M3CE 4XAAA 2GC1A 4B7KA 4BK4A 2VOTA 4E4DX 4KG0A 3EBRA 3R4SA 4COYA 4CXXA 1NYWA 3N9OA 3P3NA 4QN3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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