2JKBA

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanb in complex with 2, 7-anhydro-neu5ac
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
661
structure length
661
Chain Sequence
LSISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural and Functional Studies of Streptococcus Pneumoniae Neuraminidase B: An Intramolecular Trans-Sialidase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords SIALIDASE B
molecule tags Lyase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 197
structure length 661
sequence length 661
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2008-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 2jkbA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 2jkbA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 2jkbA02
3VKFC 3V65A 1FX5A 1OFSA 4Y22B 2A6XA 3IKWA 2PHRA 3AFKA 4P9YA 2JJ6A 1APNA 4XHXA 5EXOA 2CWMA 2BATA 3IN9A 4UW6A 4FP3A 3GVKA 4GDIA 4FVKA 4XIOA 2ZBJA 2HTWA 3O5SA 3AZXA 3HN1A 3D11A 1LOCA 3V0BB 2YA8A 4GKYA 5GLWA 4YLZA 2DU0A 2ZGQA 3MEPA 3OYWB 2CMLA 1KJRA 4ATEA 3ALWA 4H52A 1EUTA 1MWEA 1KDMA 3ILRA 1AJOA 2SILA 1I3HA 4XBLA 2QWKA 4NOTA 2DVBA 1GANA 3RRDA 5EWSA 3SH3A 1W6OB 4M3CA 1Z50A 1IS6A 3TAYA 5GJ6A 2HTVA 1MS8A 2DVFA 2V73A 4M3CF 2VVZA 2ZGPA 4R9BA 3ZSLA 3AP7A 1UMZA 2HU4A 4CPMA 2ZA9A 3UK9A 1N1SA 5IK8A 3ZSMA 4LBMA 3I8TA 4XJQA 2F12A 3WNXA 4M3MA 4GZPA 1LU1A 2AR6A 4WVWA 4XJZA 1S1AA 3N7MA 2HT5A 2ZMLA 1Y7BA 3K36A 1GBGA 1E8TA 3PVNA 5KXBA 3T1EA 1VAVA 4YM0A 2DTYA 1DFQA 2SIMA 2D6OX 4K1JA 2CY6A 4W65A 2NZ9A 2F29A 4YGCA 3AJYA 2QWFA 1G86A 1Z4WA 3B69A 1JUIA 1LOFC 3PJQA 1FAYA 4CRQA 4GKXA 2Q5TA 4HZXA 3K39A 4GEZA 1S0EA 1CESA 4I30A 4GZWA 1SCRA 3RMXA 3AJZA 4YW4A 3KQRA 2P3IA 4PBOA 2ES3A 2C9AA 2WT1A 3UJQA 1DQ2A 5F5QA 1IS4A 3QCWA 2JE9A 1WW5A 4HZYA 4K1IA 1Q56A 5HCBA 4MJVA 2W39A 4Q6KA 3M3OA 4XZPA 1YIFA 2AGSA 1ENQA 1VAMA 1DGLA 2EXIA 4GZSA 3M3QA 3CYEA 2ARXA 3ENRA 1S0CA 5IK4A 1JXNA 4XTMA 1CVNA 1QNWA 2ZKNA 2VW0A 2TEPA 2BZDA 4XILA 4HZZA 2EALA 2OUJA 1B9SA 1F8BA 1W6NA 3GALA 1D2SA 2XG3A 1PZ8A 3AZYA 5H9PA 1WD3A 2W52A 1AXYA 3H72A 3D4KA 1DBNA 3Q9OA 2R49A 1DYPA 5EYYA 4GJTA 4WA4A 2B8HA 3O0WA 3W09A 4U36A 1NNAA 2CNAA 1DHKB 2QWHA 2VUAA 3NV3A 4YM1A 4YZ2A 1WUVA 1SBFA 1CQ9A 3WDTA 5IK5A 2UU8A 3T2TA 3NN9A 2BF6A 1BXHA 5T5PA 3ALXA 1IVCA 1H30A 1UKGA 4CPYA 1LJ7A 5DUWA 5T54A 1SFYA 5CNAA 4NN9A 2SBAA 1AXZA 4DRVA 2R0HA 3M2MA 2AEPA 3WDUA 1HKDA 3IPVA 3ZSJA 2WQZC 4HZWA 1Z4XA 4J9TA 4XBNA 3AZZA 5EYXA 1H9PA 1XOEA 1PZ9A 3ILNA 5T50A 3WDYA 1X50A 5DUXA 1RINA 1WLWA 5GZCA 2ZGOA 4Y1XA 4XJAA 2OUHA 4YZ4A 4Q8KA 3BTAA 1A78A 1USXA 3AP6A 1CIWA 1SCSA 2HT7A 4AVTA 4JC1A 2F0ZA 4Y20B 5HUKA 3H6JA 4Y1ZA 1VALA 2QWEA 4H55A 1NMCA 1LHVA 3B9CA 3HR9A 2DWRA 2ZHNA 4QN7A 1W6QA 4CZSA 1V6JA 2CWSA 1LEMA 3JUUA 5IT6A 3ILFA 2ZGKA 1NCBN 2A6VA 3N3HA 2DUQA 3WOGA 1LGNA 3FBYA 3M3EA 1YXWA 1IS3A 1CR7A 6NN9A 5JDBA 1S0BA 3UJOA 3USUA 4D8SA 1UAIA 1L7HA 4ATFA 3IMNA 1MVQA 4YM3A 1WCQA 2YY1A 1V6LA 4XJUA 4DPNA 1N1YA 3BIWE 1MACA 2YZ4A 3SH4A 4ASMB 5HUMA 1LGBA 2GMEA 2E7TA 1ULDA 2LTNA 3K3AA 4YFZA 5H9RA 3D5OA 1WW6A 5CA6A 2A75A 1MR5A 1W6PA 4KS4A 1IVDA 1CJPA 1B9VA 1H9WA 1QMJA 1W6MB 1LHOA 5B2DA 1XQNA 1A3KA 3TICA 2DV9A 3WHUA 1F8EA 2GMPA 1LOAA 3RQ0A 4WA3A 2JE7A 5DXDA 5GLTA 1V3BA 1DQ6A 1V0ZA 2QWGA 3VKLA 4XXPA 3N7KA 2VWDA 4KS5A 1LEDA 2D3SA 1GNZA 1OQ1A 2D6KA 1AX1A 2EXHA 4KS2A 5GLVA 4MWQA 4RL7A 1V0FA 2W5OA 2DVAA 1NSCA 1UX6A 1JW6A 2A6WA 5GLUA 3H71A 1IKPA 3K38A 4MWWA 1F31A 1CPNA 4KS3A 3WCSA 1SLAA 2WSUA 2GDFA 3TIAA 4MX0A 2B7YA 1LECA 1EUUA 2C4AA 2FHRA 1GZ9A 2ZHLA 4C1WA 2D6NA 4GZTA 1W0PA 2DURA 1GZCA 1U0AA 3KM5A 4AWDA 1N3PA 2UWAA 1AF9A 4M4VA 5JOYA 4YW5A 4MWRA 1FNZA 4MZEA 4P9XA 2CYFA 1F8CA 4YW1A 1SLCA 1W1XA 4FPJA 1ULFA 4GA9A 4BLJA 4P14A 1ULCA 2ZGMA 3VUOA 4XBQA 4XXAA 2QWDA 4WV8A 4F83A 1QF3A 4YFWA 4K20A 2GALA 4CTEA 4YGEA 4B7JA 4YZ3A 1CPMA 3VKMA 5GZDA 1V6IA 4XIKA 1SLTA 1G9FA 4FPYA 1F9KA 3AP4A 2R0FA 1V00A 4MC7A 5E88A 1IKQA 3ZYRA 4FPOB 3AZVA 3ZXEA 1Q8VA 4FPCA 3OY8B 4DGRA 2JD4A 4BLIA 1WW7A 4B7QA 1A14N 2YV8A 1NN2A 1HLCA 3W58A 3B7EA 3FLTA 3N7JA 3PVEA 3MPPG 2OVUA 2DTWA 2YA4A 1V3CA 1LU2A 5JYYA 3TB0A 1C57A 1OKQA 4Y22A 4K1HA 4XHBA 2GN7A 4CPZA 1GSLA 5KXCA 1SO7A 3NV2A 4LBKA 3H0OA 2G4IA 4R9DA 2ENRA 1R1ZA 2AH2A 3AX4A 3POYA 1AZDA 1ULGA 3R05A 4BMBA 4GWNA 3V0BA 3CKZA 3LSDA 4K1ZA 4BOWA 2A70A 3OYWA 5HCFA 3MW4A 2GNDA 1URXA 2RHPA 3WZ1A 1LCLA 2VW2A 1GZWB 1FYUA 2ZHMA 4YM2A 1VLNA 4K1YA 3AXDA 2HTQA 1ZM1A 1HQWA 2DU1A 2DVGA 1W6OA 4ISQA 1FV3A 2SLIA 2PHFA 1O4ZA 4LBLA 5GZGA 4D69A 5B2CA 3CL0A 5DUUA 2WSVA 2GN3A 3SITA 4WEGA 1IS5A 4NO4A 4YG0A 4JF7A 1BJIA 1LOBA 5T5LA 2ZGRA 3CNAA 4JRAA 1IVFA 4MWUA 3N35A 1INFA 2YMZA 4HL0A 4P9WA 4QN6A 5GLZA 1UZZA 1V3DA 1CONA 5F9TA 4XE9A 4XTPA 3VKOA 2BQPA 2ZMKA 4ZXKA 2VXRA 2XCYA 1N3OA 1FNYA 2YA7A 2NM1A 1V2IA 2ZZJA 3ZSKA 2XZIA 4LBQB 5H9SA 2D3PA 2WT2A 4Y24A 1GZWA 4MYEA 2XZKA 3FLPA 4Q26A 3O0XA 1B09A 4YG3A 5GALA 2F25A 2PHTA 4CPLA 3PMEA 3WG2A 4BQ1A 2GNBA 3WG1A 3AP5A 2ZAAA 5GZFA 3VKNA 2H0BA 5JVVA 2DUPA 1LULA 1SBDA 1TEIA 3IM0A 3TI3A 4FVVA 1RITA 1C1FA 1S0FA 3OGGA 4Q2FA 3FUOA 3SANA 4L8QA 2VH9A 1AJKA 1WCSA 1F8DA 4RA0A 1MS0A 2I2SA 5IUQA 2AENA 4FPHA 2XZJA 1JYIA 5DG2A 1N3QA 2ZABA 4AVSA 3INBA 2QWBA 2F10A 3SNMA 1MS9A 1LODA 4R9CA 4NCSA 1EPWA 2GMMA 3ZXJA 1SLIA 1DIMA 3NWKA 1QOOA 3B01A 1MS5A 2NYYA 4OZXA 1V3EA 1WBFA 3WDWA 1QGLA 3ASIA 4K1KA 4R9AA 2EXJA 2A3YA 4K21A 4FOWA 2NMNA 4X4AA 2R1BA 3U4XA 4GXLA 1S0DA 5KXEA 3POWA 3TI4A 3WHTA 1IVBA 2D6LX 1YRZA 1UZYA 4HIZA 1NNBA 3WG3A 1C1LA 3TIBA 3UL2A 5T55A 1V6MA 1XOGA 5JLVA 1G8WA 5DZEA 1B9TA 3T1MA 1SNTA 2AYHA 1JYCA 3A0KA 2VU9A 1INXA 1VIWB 1MZ5A 3D6EA 4YW2A 1RIRA 4AVVA 5IK7A 2PHWA 1INWA 3B3QE 1NMAN 3V0AB 4UF7A 1LHWA 3WUDA 3L2YA 1NNCA 3SH5A 1QOSA 3K37A 3ZYPA 3AYCA 2YDPA 1A4QA 2HT8A 4ZKTB 2ZGUA 4UW5A 2WLQA 3RS6A 3ZXKA 1G7YA 1JN2P 1D0HA 3OBTA 4BM8A 3DGTA 1DQ1A 1DLLA 1FV2A 4XJ9A 1SBEA 4YW3A 4UW4A 3A72A 3VV1A 3RSJA 4FOVA 1GV9A 4XDQA 1GKBA 3JU9A 3ZXFA 4Y20A 3MW3A 1V0EA 4MJUA 2ZB6A 2W20A 5T5JA 1E8UA 2ERFA 2A3WA 4BPZA 4CPOA 1N1TA 3RMYA 4B7MA 4Z8BA 1QDOA 1ONAA 3NV4A 4H53A 3ZXLA 2NMOA 1DYKA 1J1TA 4FQ4A 3APBA 4DFSA 3N36A 1IOAA 3M3CA 1I1EA 1LHUA 1WBLA 2A71A 1GLHA 3R4UA 4QN4A 4QN3A 3DUIA 4NC5A 1VCUA 2D6PA 3A0NA 2AUYA 3WDXA 1L7GA 3A4UA 2F26A 2ARBA 1CN1A 1QU0A 2WNEA 2KM2A 3ZPYA 4HANA 1FATA 3AP9A 2AREA 1DQ0A 4MWVA 5DUVA 4FPKA 2ZGNA 4ISRA 2E6VA 1YO8A 2P3KA 3MW2A 4M4NA 4FZHA 2C5DA 3FLRA 5DZFA 2VY0A 3M1HA 1QOTA 1BQPA 2W68A 1W6MA 1VCJA 3A71A 4FJ6A 4IQPA 4M3CB 4LBOA 1AVBA 3O9KA 1A8DA 3SISA 4M3CE 1UPSA 4M01A 3O0VA 4LBQD 4X49A 1QNYA 4AGGA 2JDZA 2D43A 2A3XA 4FPLA 2QWAA 4YG6A 2HYKA 2VK6A 2ZGLA 3NSSA 4WA5A 2W08A 1WLDA 4B7NA 1DIWA 1SLBA 2NP0A 5BYNA 2D44A 4WVVA 4FOQA 1W8OA 4B7RA 5SV8A 1DQ4A 4YGBA 4MWYA 1INGA 1WD4A 2VK5A 2YROA 4M00A 4TZDA 1MS1A 4WZFA 1W21A 3RG0A 5M1ZA 4X47A 3BOPA 3ATGA 2PELA 3LSEA 4XYXA 2R16A 2P37A 4Y1UA 4HZVA 1KRIA 4Q1RA 1INVA 1G9DA 2X9MA 1LOGA 1KDKA 3FUQA 1DZQA 2DYCA 5H9QA 2YA6A 2EF6A 2F28A 5GZEA 4AGVA 1V6KA 4Q27A 5JOXA 4GB1A 3OY8A 1V6OA 5E8AA 2QWIA 4GWMA 3GVJA 2VW1A 2E7QA 4YGDA 3H73A 1NCAN 1PZ7A 2C4LA 2ZGSA 2JECA 1NSBA 4DQAA 4XJ8A 2ZHKA 2D7FA 2P2KA 1NCCN 1V6NA 3LCPA 3WCRA 1LTEA 2DVDA 1W6NB 4XMIA 3T1LA 2W5NA 3CL2A 3OBRA 2QWJA 3SILA 2WJSA 1NLSA 1NSDA 1Z0HA 1Z4VA 2PHUA 2UURA 4X6KA 2OW4A 4QN5A 3C2UA 1Q8SA 3ZVXA 3I4IA 3WUCA 1EURA 4GDJA 1F5FA 1DQ5A 1HQLA 4FPEA 3GNEA 2NN8A 1JHNA 2EIGA 2GNMA 4MZAA 3TI6A 5L73A 3SLIA 2WKKA 4KBBA 1MS4A 2W38A 3O12A 1LESA 2JKBA 5HX0A 3WDVA 1Z4YA 3D12A 1QKQA 3O9JA 4GZOA 2AEQA 2YA5A 2DUOA 4DRRA 3V64A 2ZMNA 1A4GA 5KXDA 1KITA 3TI5A 3OJBA 5HCAA 2YXSA 5CAZA 1Q8QA 4PCRA 5CB7A 2ZACA 4JCKA 1IVEA 1E8VA 3IPVB 1O4YA 2P3JA 1W8NA 4M4UA 4FPFA 2HU0A 1ENRA 1HDKA 3AYAA 5FREA 3OPZA 4C1XA 1YI7A 4QNPA 1KQRA 2XB6C 2Z42A 3R4SA 4BBWA 2A5ZA 3PVOA 1MZ6A 5NN9A 3BODA 2QWCA 3JU4A 2E53A 3FFZA 1C4RA 1ULEA 4ITCA 4U2AA 3WVJA 4MWJA 2D3RA 3TI8A 2LALA 1W6QB 1BJQA 1DILA 4LBQA 2F27A 5CBLA 4SLIA 3WLUA 5HUGA 4XMAA 2EAKA 2BERA 4FPGA 4I00A 3USUB 4YZ1A 1GYKA 1L7FA 2A7AA 5FRAA 3BEQA 2ZB5A 1EUSA 4MWLA 4Y26A 1ZA4A 2HTYA 2PHXA 1Q8OA 1WLCA 1S0GA 1INYA 1W6PB 1LOFA 3AZWA 1NCDN 5AVAA 1BKZA 2HTRA 1JBCA 1QDCA 1WW4A 2CTVA 1KJLA 1LENA 1SLLA 4UW3A 1N1VA 4FOYA 1MS3A 4XJWA 3B00A 3HMYA 2UWCA 2UWBA 2VSKA 5T5OA 1Z4ZA 4LBJA 4K3YA 3WG4A 3QLQA 1W20A 5E89A 5T52A 5JMCA 1W0OA 4GALA 1G9AA 1N47A 1ENSA 4GZQA 3WV6A 4Q8LA 1LOEA 2F13A 1IVGA 1S0IA 4YZ5A 2EXKA 2F11A 1YYNA 2FMDA 2P34A 2R1DA 4Y1YA 2RKCA 3AYDA 2WT0A 4LBNA 4DS0A 1AX2A 4AYUA 1Q8PA 4WEFA 1INHA 4BMEA 1NXD1 3NV1A 4PF5A 1GICA 3AK0A 1SACA 4MWXA 2D6MA 1LHNA 1G9CA 1UL9A 3INAA 1AX0A 1UN1A 2A6YA 5LK5A 1JOJA 3W59A 1AXKA 4FQZA 3SALA 3AXEA 2VSMA 1Z78A 4XJRA 4GZXA 3V0AA 2GNTA 5GM0A 2V5YA 4AGRA 2HTUA 5JOWA 1BYHA 4XOGA 2E51A 3GVLA 5DG1A 4CPNA 1GNHA 1G9BA 3AYEA 4Q1PA 2YDTA 4PBPA 5JOZA 1S0JA 2VK7A 3N7LA 4KS1A 5HUNA 2CL2A 1BZWA 4FP2A 1NMBN 4Y1VA 2ZGTA 2F24A 5DZGA 1MVEA 7NN9A 1LGCA 4PQ9A 4TYSA 1USRA 2A6ZA 3POSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2V4AA 3VD7A 1VRH1 1MEC3 3VKFC 2YC0A 4CDQC 2FCTA 1FX5A 3V65A 3W9AA 1OFSA 4MXWA 4Y22B 1DCSA 3CJIB 5L9RA 4IGQA 1CJDA 2A6XA 1DGRN 1NCQA 4EN6B 4IE0A 5BY5A 2W0XA 3IKWA 3UV9A 2PHRA 5FLJA 3NJZA 3AFKA 4JKMA 4P9YA 1VBC1 2JDHA 2JJ6A 4HT1T 3ZFFB 5C4WB 2RS13 1APNA 4AI2A 4XHXA 3G6JB 5FP3A 5EXOA 2CWMA 2BATA 4QB1A 1W8UA 2XOMA 5FMCA 1K5MB 2RM21 3IN9A 1RL3A 4FP3A 4UW6A 4WVMB 4AI9A 5HI0A 2IAUA 3GVKA 1F2NA 2IAVA 4GDIA 4BB3A 1E5IA 3V64C 3VL9A 4FVKA 2VMHA 4XIOA 1VBD3 2ZBJA 4QGMA 4CYDA 2HTWA 3GBFA 3VB9A 3UGHA 2R32A 4XPVA 3SKJE 1DDLA 3O5SA 1SHWB 3JD72 1ZZ8A 2JB8A 4JVAA 3X29B 5C3PA 3AZXA 2WNVB 3HN1A 1D2QA 1CRZA 3D11A 5EJ1B 1CRUA 4OHWA 1QXPA 1VBE2 4QHBA 1O5UA 1WA4A 2WO7A 1LOCA 2XR4A 5FZGA 4IE6A 2YA8A 4BJ0A 5FZ3A 3V0BB 4GKYA 1Q5OA 2PXJA 4PQQA 4V2VA 4LO7A 1B35C 4FXGB 3ZLIA 3H8OA 2RS12 1RWLA 5J1XA 3ABZA 4HHQA 5GLWA 4IGPA 4YLZA 5FZ4A 3ZR6A 3DECA 2DU0A 2YYOA 3AB0A 3BN6A 3J7HA 4Z82A 5FY1A 2ZGQA 3MEPA 3OYWB 3ZIXA 2CMLA 1KJRA 5IVEA 4ATEA 1OKOA 1NPEA 2Q4SA 3AMNA 3ALWA 5IWFA 3WNPA 4RHV1 5ABJA 5J96B 2X5IB 4H52A 2XVGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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