2VW0A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
657
structure length
657
Chain Sequence
SPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of the Nanb Sialidase from Streptococcus Pneumoniae
pubmed doi rcsb
molecule keywords SIALIDASE B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 192
structure length 657
sequence length 657
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2008-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 2vw0A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 2vw0A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 2vw0A02
3RG0A 2YA8A 2GNMA 3H71A 2VW2A 3C2UA 4XJRA 1VLNA 5B2CA 2A6YA 4Q2FA 1LECA 4HL0A 2VK6A 1W6PB 1S0DA 2LALA 4I00A 1MS3A 4FP3A 5DUWA 4JRAA 4FPFA 1JW6A 2W5NA 2HTVA 2YMZA 1WW7A 4MJVA 2QWGA 1LHNA 1N3OA 5DUVA 3ZXEA 3HR9A 1NCBN 1GSLA 4M4NA 2JECA 2ENRA 4M4UA 2GDFA 3CL2A 4L8QA 1Z50A 1V6MA 3R05A 3BIWE 4GA9A 3T1MA 4KS1A 2QWKA 1BKZA 2A71A 1WCSA 5JOZA 4XBNA 5LK5A 5GLUA 1A14N 4R9BA 1AF9A 3V0AA 4Q1RA 3SALA 3K3AA 2F10A 3SH5A 4MWQA 1W0PA 3ILNA 1IVDA 1INXA 4M00A 1A78A 5EWSA 2X9MA 2PHTA 3DUIA 3CL0A 1HQWA 3ZXKA 1JYCA 5GZFA 4GKYA 3ASIA 4XIOA 2D44A 4YM1A 1INVA 1HQLA 4M3CA 1W6OB 1RIRA 1QOTA 2NMOA 3VKOA 1MVQA 1DILA 3ZSMA 3B01A 3AYCA 1QDOA 1G86A 4XJZA 5B2DA 2C4LA 2PHRA 4NOTA 2CYFA 1AVBA 3MW3A 3TIBA 3OBTA 2AYHA 2W68A 2AEQA 5IK4A 2HYKA 5DUUA 3O0WA 4YLZA 3SH4A 1W8OA 4TZDA 1GZWB 1NMCA 4GZSA 5T54A 2EXIA 1V0EA 2XG3A 2W5OA 4HZYA 2ZABA 2A3XA 4R9DA 2YDPA 1PZ7A 4H55A 2QWEA 3D12A 2UWBA 4AGGA 1NNBA 1AX1A 5H9RA 3B3QE 3KM5A 4XJAA 1KRIA 1W0OA 4M01A 4K3YA 4XXPA 3AYAA 2XZJA 2HT7A 1V6JA 5E89A 5DZFA 4XJ9A 3WV6A 4WEFA 1LHVA 2C4AA 4WVWA 1MZ5A 2GNDA 2XZIA 1QNWA 5JYYA 1FATA 2BZDA 1F5FA 1VAVA 1AJKA 1O4YA 5HUNA 2DVFA 2YA7A 1SNTA 1BJIA 4YFWA 1WD3A 3IPVA 3WHTA 2HU4A 3H73A 3NV4A 4GZQA 2EF6A 4M3CF 1IKPA 2PELA 5GLTA 4DPNA 3ZXJA 1G9AA 2PHXA 4FPHA 2ZGRA 1PZ9A 2P3IA 1NNCA 1AXZA 4CTEA 3CKZA 2A6ZA 2A6WA 2VW1A 3BOPA 2AR6A 1CN1A 1WW4A 5GM0A 3ZSLA 3A0KA 1A3KA 2UWCA 2WKKA 1AX2A 1A8DA 2A7AA 2NMNA 2YXSA 1UZYA 5KXDA 3SNMA 4YGDA 2E53A 1XQNA 3B00A 1QMJA 2EALA 1KDMA 5DZGA 1NNAA 4FPYA 1N47A 1AXYA 1KJLA 1UPSA 1GNZA 1GLHA 4FPEA 1DBNA 2SILA 3AX4A 3V0BB 3O12A 2QWBA 1H9WA 1IVCA 4GZOA 3RSJA 4ISQA 2VK7A 4FVKA 4WVVA 1C57A 4FJ6A 4MWJA 3D11A 3FLTA 1S0FA 2VW0A 1YXWA 2XZKA 4X4AA 3IM0A 1VCUA 4YZ2A 1CPMA 2AREA 2CTVA 5HUGA 1AXKA 5DG1A 3T1LA 3ILFA 5GZDA 2H0BA 5JMCA 5FREA 1L7FA 1GKBA 5IT6A 3AYEA 4K1YA 4M3MA 1IS4A 2QWIA 3JUUA 4MWRA 1V3DA 1IOAA 2HTWA 1Z0HA 3WCRA 1ULGA 2BERA 1EURA 4MZEA 4YM3A 1LHUA 3K39A 3GVLA 4Q26A 1LOFA 2LTNA 2ZGTA 3WDVA 2WT1A 2E6VA 2GMEA 4KS2A 2ARBA 2ZKNA 4ITCA 3N7LA 2EIGA 2ZGUA 3WNXA 4FPCA 3O0VA 5T5PA 1UN1A 3BODA 4GEZA 1LJ7A 2SLIA 3M3CA 1S0BA 4YW3A 4GZXA 5HCBA 2P3KA 3IKWA 5T52A 4FPGA 1Q8PA 4HZVA 5GLWA 3M2MA 3POYA 1CIWA 3N7KA 4YG6A 3TB0A 1VAMA 1WLCA 4MWUA 3BEQA 4B7RA 4MX0A 2QWHA 3AZXA 4AGVA 2ERFA 1N1YA 2A75A 3JU9A 5GZGA 5JOXA 7NN9A 3K36A 2GN3A 2ZHMA 1JOJA 2D6OX 2W52A 1YRZA 1JUIA 3R4SA 1ENRA 2AUYA 1QGLA 3D5OA 4PBOA 3WG4A 4RA0A 1BJQA 1QU0A 3NV1A 2HU0A 3PVEA 3QCWA 2DU1A 3W58A 4M3CB 4XJQA 3AZZA 1V6NA 1L7GA 1SBFA 2ZGMA 2D7FA 3ZXLA 1WLDA 4QN5A 3NWKA 3H72A 3GALA 1CPNA 2D6KA 2JE7A 2F29A 2W08A 4TYSA 2QWFA 3WDTA 2BQPA 4Q1PA 3WOGA 4AWDA 1IS6A 2DVDA 4R9AA 4GZWA 2DV9A 1ENSA 1LU1A 2ZMLA 2EXKA 2D6MA 3AFKA 3ALXA 1Z4ZA 1TEIA 4Q27A 2FHRA 1INYA 3ZVXA 1LENA 4YFZA 1GZ9A 1EUSA 2WSVA 3T1EA 4YM0A 4MWWA 1A4QA 3M3EA 4UW3A 4FPJA 4GXLA 3IN9A 4Y22A 2CL2A 2E7TA 3OY8A 4QNPA 2DYCA 4DRRA 1LHWA 2HTYA 1N1SA 1ULEA 5JDBA 1ULCA 2HTUA 1PZ8A 1SLAA 4CPMA 1OKQA 3GVJA 2DTWA 4GB1A 2W39A 4GKXA 5T55A 2ZHKA 3INAA 1NSDA 5L73A 1Q56A 3I8TA 1BXHA 1KQRA 3MW2A 3WUDA 1MZ6A 3FLRA 5GLVA 1F9KA 3N3HA 1ONAA 1NCAN 5EXOA 4YM2A 1V0ZA 4D8SA 3RQ0A 3ZXFA 3SH3A 2ZMNA 1DLLA 2GNTA 2UWAA 2F28A 3IPVB 4MWXA 4PF5A 4PBPA 4XMIA 2A3YA 3OPZA 3USUA 3NV2A 4JCKA 1SLLA 4K1KA 1SLCA 3N36A 2DWRA 4UW6A 2SBAA 4XJ8A 3K37A 2DTYA 3APBA 1G9BA 1NSBA 5DZEA 3T2TA 2D3SA 4DRVA 4H53A 2F25A 3K38A 5GJ6A 2JKBA 3WCSA 4UW5A 4NO4A 4FP2A 1YYNA 1WUVA 4C1XA 1W21A 1X50A 3TI8A 5H9PA 3Q9OA 2R1DA 3SISA 3ZSJA 4YW4A 1CJPA 3WDUA 3WDYA 1APNA 3AK0A 4KS5A 4NCSA 2EXHA 4K1JA 2HT8A 4LBQD 2AEPA 3O9KA 4CRQA 1W6QA 1HKDA 1V6OA 2Z42A 3H0OA 1GZCA 1BQPA 5HCFA 3DGTA 4GZTA 1MVEA 3AP4A 1W6PA 3U4XA 5IUQA 2JJ6A 3A0NA 1BYHA 1OQ1A 1V00A 5NN9A 1LOAA 1SCSA 4YG3A 4FPKA 3ATGA 2R1BA 3POSA 3MEPA 1EUUA 1QOSA 1SLTA 4ASMB 1UKGA 5T5JA 1AX0A 1MS5A 4KS3A 5DXDA 4WV8A 3W59A 4RL7A 2YDTA 4XYXA 1W6NB 1W6MB 2WJSA 1WW6A 4NC5A 1F8BA 1ENQA 1V6KA 3BTAA 1USXA 1SACA 1S0GA 2UURA 3TIAA 5EYYA 1INHA 4MWVA 1S0IA 3ZYRA 3H6JA 1RITA 3AP9A 1B9TA 1LCLA 2YROA 1MR5A 1Z78A 1N3PA 3UJQA 4XE9A 3AZYA 2P37A 3WLUA 1XOEA 3M3QA 2GMMA 4GDIA 4CZSA 1INGA 2F24A 3I4IA 2W38A 3WHUA 5HUMA 2WT2A 2ZGQA 4Y20B 2ZZJA 3AP5A 2VXRA 1W6OA 3B7EA 4GJTA 1FAYA 3OYWB 3O9JA 3AYDA 3LCPA 1V6IA 4BMEA 1RINA 3NN9A 4XHXA 1E8UA 4YW2A 2AENA 1V3BA 2ZGPA 4HZXA 4LBQB 4XXAA 2HT5A 1SBEA 4XTMA 1QOOA 5H9SA 2P3JA 4YGBA 2D3RA 3MPPG 2B8HA 1GZWA 3SITA 2JE9A 2G4IA 5IK5A 2PHUA 1J1TA 1UMZA 4DQAA 1URXA 5FRAA 1B09A 4DFSA 2D6LX 4D69A 5F9TA 1FNYA 2GN7A 2A6VA 2QWAA 1C4RA 5DUXA 1W8NA 5IK8A 2CWSA 3B9CA 3AP7A 3N35A 1OFSA 2OUJA 2EXJA 1USRA 3VKLA 3VKMA 2FMDA 3ALWA 2ZGSA 4OZXA 4FOWA 4ISRA 4K1HA 1LEDA 2DUOA 1DIWA 4P9YA 2D6PA 4DS0A 3ZPYA 4ATEA 1KDKA 4DGRA 3PVOA 2DU0A 2V73A 4XTPA 2F27A 2CWMA 2WNEA 4FPOB 2WT0A 4AGRA 3W09A 5JOWA 2D3PA 1Z4XA 4P9XA 2DUQA 1HLCA 5JOYA 2CNAA 2I2SA 2A3WA 3CYEA 4WA4A 1DFQA 3OY8B 5HX0A 2OUHA 4MJUA 1U0AA 3FUOA 4GWMA 3LSEA 4XHBA 1G7YA 1NLSA 1Q8VA 3KQRA 2ZA9A 4K21A 4YGCA 5JVVA 3GVKA 3OBRA 2RHPA 4FOVA 5F5QA 1DQ2A 3M3OA 1LGNA 1NXD1 3V0AB 1SBDA 2NP0A 2TEPA 2P34A 2NM1A 1LGBA 4FOYA 1WW5A 4YW5A 1WCQA 3N7JA 4AVTA 1GNHA 3O0XA 1GYKA 4XBLA 2HTQA 3UK9A 1DZQA 1Z4VA 1IKQA 3NV3A 3NSSA 4X49A 2VUAA 2ZB5A 4MWLA 1CESA 4BLJA 3WZ1A 2D6NA 2ZACA 3V0BA 1YO8A 5IK7A 4XDQA 5M1ZA 6NN9A 3AJZA 1LEMA 4XOGA 5E8AA 1WBLA 2VK5A 1A4GA 1V3EA 1SO7A 1Q8OA 1ULDA 3CNAA 1V0FA 1SCRA 3OGGA 1F8EA 1LU2A 1VIWB 2BF6A 4J9TA 3D6EA 1Y7BA 4QN6A 1KITA 5GZEA 2ZHNA 4ZKTB 4MC7A 1ZM1A 1QNYA 1FNZA 4FOQA 1N1VA 2DVAA 4Y1XA 1DQ6A 2SIMA 4LBKA 3TI3A 1NCCN 1JN2P 5CA6A 1I3HA 4AVVA 1LOGA 1JHNA 1DIMA 3SILA 1W6QB 1CONA 4FZHA 4WA5A 3M1HA 2GMPA 2VH9A 1C1FA 4JC1A 4YZ1A 1N1TA 4F83A 1NSCA 5T50A 1DQ1A 1VCJA 1MS4A 4B7NA 4Y26A 4CPOA 3B69A 4YZ5A 3AZWA 3WG2A 4K1ZA 5KXBA 2OW4A 1O4ZA 2GALA 2HTRA 1S1AA 3ENRA 4QN4A 3R4UA 4Y1YA 4W65A 1JXNA 4AVSA 2A6XA 3PVNA 1IVFA 4U36A 4JF7A 1MS0A 1UL9A 3AZVA 2YV8A 5CNAA 1LOBA 3AP6A 3PJQA 4Q6KA 3WG1A 3RMXA 4HIZA 3LSDA 1IS5A 5DG2A 2UU8A 1Q8QA 1F8DA 2PHWA 2ZGNA 1LTEA 3A4UA 2RKCA 1Z4YA 3WDWA 1WD4A 1BZWA 4SLIA 1LGCA 4B7QA 2F26A 2YA4A 5GZCA 4YW1A 1GICA 1FX5A 2XCYA 4FQ4A 4BBWA 3O5SA 5JLVA 4Q8KA 3A71A 5CAZA 1L7HA 4WZFA 1H30A 1FV2A 2WSUA 4K1IA 2W20A 3FFZA 1EUTA 3N7MA 2E51A 3SANA 4NN9A 4KS4A 5KXEA 1DGLA 4M4VA 4MWYA 2YA5A 1H9PA 3V64A 1MS9A 2QWDA 4YG0A 5EYXA 2OVUA 4BMBA 1EPWA 4U2AA 1R1ZA 1V2IA 1DQ0A 1YI7A 4CPLA 1AZDA 4CPYA 2F13A 1Q8SA 4FPLA 2KM2A 3FLPA 1D2SA 1FYUA 4XJUA 4Z8BA 5HCAA 3QLQA 4HZWA 2V5YA 5H9QA 2AH2A 2YY1A 1SLIA 2AGSA 1LHOA 4XZPA 2DVGA 1GBGA 1ULFA 1S0EA 4Y1ZA 4UW4A 4Y24A 4IQPA 1F8CA 4HANA 4C1WA 1VALA 1SLBA 4WEGA 4R9CA 2BATA 1IVGA 4QN7A 1B9VA 4H52A 3TI6A 4XJWA 1G9FA 2NN8A 1NMBN 1JYIA 1LOFC 1KJRA 2ARXA 1LOEA 4X47A 4LBOA 3IMNA 4YGEA 3HMYA 2ZGLA 2ZGKA 1QDCA 1V6LA 5CBLA 1G9CA 3VUOA 4GWNA 3UJOA 3ILRA 3VKFC 5SV8A 3GNEA 3TI4A 2P2KA 4P9WA 4ATFA 1DQ4A 2Q5TA 5HUKA 3WVJA 4BQ1A 4FVVA 2XB6C 1G9DA 4XMAA 1S0JA 4QN3A 3ZSKA 3TAYA 2ZBJA 3V65A 4GZPA 1MACA 4AYUA 1B9SA 1LULA 2EAKA 1UZZA 2ZHLA 4YZ3A 2VVZA 3OJBA 1LOCA 1NN2A 2NZ9A 2ZB6A 1IVEA 3SLIA 4UF7A 1QF3A 2A70A 1D0HA 3RRDA 5BYNA 3JU4A 3AXDA 4XILA 3INBA 2D43A 4I30A 4ZXKA 2NYYA 3AXEA 4BM8A 2VU9A 2C9AA 1W1XA 2F0ZA 3RS6A 4Y1UA 5AVAA 3WUCA 5T5OA 2JDZA 4WA3A 4BPZA 4LBMA 2A5ZA 2B7YA 5T5LA 1YIFA 3ZYPA 1MWEA 1V3CA 1SFYA 1NMAN 3HN1A 4B7JA 2WLQA 3POWA 4LBLA 1INWA 3TICA 4CPNA 3L2YA 1NCDN 2VSMA 4XBQA 4M3CE 1DHKB 3A72A 1W6NA 1W6MA 4LBJA 1MS1A 2ZMKA 4PQ9A 4Q8LA 4HZZA 1GV9A 4MYEA 1E8VA 2F12A 1CQ9A 4Y22B 2ZGOA 1UX6A 2DURA 4CPZA 1C1LA 1DYKA 5GLZA 1W20A 5E88A 1HDKA 3FUQA 4KBBA 2R16A 2ZAAA 2CY6A 3FBYA 4P14A 5KXCA 4YZ4A 1LESA 4Y20A 1E8TA 3TI5A 2VSKA 1WLWA 3AJYA 3OYWA 2VY0A 3PMEA 2YZ4A 1IS3A 1DYPA 4GDJA 4FQZA 4BOWA 1XOGA 5GALA 5CB7A 1DQ5A 2DVBA 4X6KA 3UL2A 1INFA 4LBNA 2PHFA 2CMLA 2JD4A 1S0CA 3MW4A 1UAIA 1IVBA 1AJOA 1MS8A 2GNBA 4LBQA 3VV1A 3USUB 2ES3A 2R0FA 3RMYA 1CVNA 4GALA 3WDXA 1QKQA 2WQZC 2C5DA 2R49A 1ZA4A 1LODA 1I1EA 1FV3A 1F31A 1JBCA 1CR7A 2QWCA 4BLIA 1Z4WA 4MZAA 2QWJA 3WG3A 2F11A 2DUPA 3D4KA 2R0HA 3VKNA 2E7QA 1WBFA 4Y1VA 4XIKA 1N3QA 1G8WA 2YA6A 4B7MA 4K20A 2VWDA 1GANA 4PCRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QQPA 1HJFA 4JGYB 2VAQA 2WUHA 5FK8A 3RG0A 5FO9B 2YA8A 2XPJA 4LO4B 2X5IA 2GNMA 1QQP3 3BVCA 1OXCA 3H71A 4CVUA 3VBSA 4EN8B 2VW2A 1U5XA 1BBT1 1OI6A 4RGAA 2UY9A 3KHCA 3C2UA 1W8FA 3FHAA 5CKMA 4XJRA 1VLNA 1VBE2 5B2CA 4B1LA 4DUVA 5FMOL 3PU3A 3K46A 1EV13 2A6YA 2BGCA 3BI3A 3TNPB 4Q2FA 3I2GA 3IMMA 3P5BA 2PHDA 1LECA 1AL23 1RUD2 4HL0A 4P5HA 3NRUA 1EY2A 2VK6A 2Y34A 5D21A 5J96B 1OBNA 4I02A 1W6PB 2K46A 1W3XA 3P3NA 1S0DA 1Q5OA 2BV4A 2LALA 3PL0A 2B46X 4AG4A 4CXYA 4I00A 1MS3A 5I0RA 2VPVA 2VTFA 3A22A 4GIQA 4FP3A 5DUWA 2YU1A 1DCSA 3QH7A 4ONUA 4MGKE 4JRAA 4Z2AA 2IASA 1A8MA 4FPFA 1C8M2 4GH4A 1PGL1 1H1AA 1JW6A 2WYFA 5ERLA 2W5NA 1BBT3 2HTVA 3PUAA 2QE8A 3HNMA 2YMZA 3O1OA 4GMP0 1PX4A 1WW7A 2BOJA 4MJVA 2QWGA 1LHNA 1OPMA 1JZ4A 1N3OA 1RUC2 2BFUL 1FT9A 2J22A 4XDOA 4AGIA 2KA3A 4DXZA 5DUVA 4IESA 4HVQA 3CQOA 3ZXEA 2OIIA 1OPOA 1PMIA 2BNMA 2J1TA 3VZNA 3SEEA 4CCOA 3HR9A 3MZHA 3EXUA 4CPBA 5ACA1 2GZWA 1GSLA 1NCBN 4M4NA 3Q6TA 2JDKA 1FPN1 2JECA 2ENRA 4M4UA 2GDFA 4CDUC 1X7NA 4WVMB 3CL2A 1XB9A 2J1EA 4L8QA 5I0DA 4O5TA 3OBAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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