2VW0A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
657
structure length
657
Chain Sequence
SPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of the Nanb Sialidase from Streptococcus Pneumoniae
pubmed doi rcsb
molecule keywords SIALIDASE B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 192
structure length 657
sequence length 657
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2008-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 2vw0A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 2vw0A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 2vw0A02
2VVZA 3MEPA 2A5ZA 2ZGQA 5GALA 1N1YA 1U0AA 2VW2A 3FLPA 1DYPA 3RQ0A 1MS0A 4YGEA 1NXD1 3GVJA 4MWUA 2YA8A 5E89A 1A8DA 1GZWA 1DQ2A 3AYAA 5GZDA 5T55A 1W6MB 1SNTA 3IN9A 3L2YA 1UZYA 1GNZA 4ISRA 4YZ2A 2R1BA 3W09A 4Y1UA 2W52A 5JLVA 4MYEA 2CYFA 4JC1A 4NO4A 3TI3A 2E6VA 1WLWA 2GDFA 3NV4A 1SLCA 1QGLA 2OW4A 3AZWA 4UF7A 4DFSA 2A6ZA 2A6VA 4PF5A 1FNZA 3AXDA 3SLIA 1IS6A 2DVFA 1INWA 3FUOA 1G9AA 2ZGUA 1WUVA 2YXSA 1IOAA 4YW2A 4GWMA 1AX1A 1FYUA 2NMOA 5H9RA 1SLLA 4ATEA 4MC7A 2DV9A 5CAZA 1KRIA 3TI6A 5KXEA 1GSLA 3POWA 1LOGA 2DVBA 3W59A 1UKGA 2QWIA 3WNXA 1NCDN 1CPNA 1UPSA 2OUHA 3N7LA 4CRQA 4Y26A 1XOEA 3AYEA 3D4KA 3N36A 4R9DA 1FV2A 5DG2A 1SLTA 2GALA 4LBNA 2XB6C 2JD4A 5HX0A 2YA4A 2QWDA 4K1JA 3ATGA 1MR5A 4GALA 4XJZA 4OZXA 1LOCA 5LK5A 2AEQA 2A70A 2A6XA 1WW6A 1QDCA 1QF3A 4AYUA 4Y1YA 2F28A 1AJOA 1Y7BA 3H73A 2A75A 5GZCA 4XJAA 2GN7A 4XHXA 1LTEA 3A0KA 1BYHA 4HZWA 3KQRA 2WQZC 2ZABA 5H9PA 4ZXKA 1ULEA 1NSDA 2P3IA 1AJKA 4AGGA 5KXCA 1Z4YA 3FUQA 1WCSA 4KS5A 1GV9A 1PZ9A 4Q1PA 1CJPA 4CPZA 5T5LA 5GZEA 2JE7A 4Y22B 1N1TA 4ATFA 3A71A 3BOPA 2LTNA 3OYWB 2AH2A 1PZ8A 1L7HA 3USUA 5DZFA 3SISA 1Q8PA 3OBTA 3WDXA 1INGA 4YM0A 3M1HA 1V6MA 1Q8OA 2PHXA 3AZVA 4BLJA 1NMCA 1VCUA 1SLBA 2HTYA 1V6LA 4Z8BA 1SCRA 4Q8KA 2WT0A 1UX6A 2DWRA 4FZHA 4PQ9A 2WJSA 1DLLA 1VLNA 1BXHA 1KJLA 4TYSA 2QWEA 4U36A 3D5OA 2XZJA 4YW4A 2E53A 3A4UA 2DU0A 3B01A 4LBKA 1E8VA 1V6OA 4M01A 2HT8A 4GKXA 1EUSA 4Y1VA 3AZYA 2VW1A 4X49A 3AP9A 3O0VA 3PVEA 3O0XA 4Y20B 3OPZA 1S0JA 2R0FA 4UW6A 1INHA 4M3CF 2VK6A 1OQ1A 3AJZA 1CONA 1Z4VA 1S0DA 4CPNA 4CTEA 3T1MA 1A78A 2VW0A 4Q2FA 3I8TA 3O5SA 5JVVA 5E88A 3WHUA 3LSEA 2A6YA 2BF6A 2C5DA 3RSJA 1JHNA 2HTQA 4CPOA 2SILA 4NC5A 1G9CA 3AP5A 4YW5A 5CA6A 4FQ4A 1SO7A 1JW6A 2ZMKA 5SV8A 2H0BA 1MZ5A 2YROA 1MVEA 1OFSA 1W6MA 2F12A 1QNWA 3UJQA 1S0CA 4M3MA 2D3RA 4XIKA 1HQWA 3VKOA 3WG2A 1NNAA 3INAA 5HCBA 4LBLA 1YIFA 5GJ6A 1NN2A 5L73A 2YMZA 1LHUA 4GZPA 1MS5A 1AXKA 4FPCA 1LOEA 2CY6A 4GKYA 2GNDA 4MX0A 3H0OA 4YZ5A 3SANA 3D11A 1N1VA 1YXWA 2A6WA 1ULGA 4L8QA 3JU4A 3D12A 2XG3A 2A7AA 1SACA 4C1XA 4MWLA 3IMNA 4YGCA 4YLZA 1X50A 4YM1A 1LHVA 5KXBA 2F13A 5CBLA 3SH3A 1Q8QA 2A3XA 2B8HA 1XOGA 1GNHA 2UWBA 1DQ4A 1LOFC 4B7NA 2D7FA 1RINA 5HCFA 2VWDA 2D6KA 4HZZA 3CL0A 2DUPA 1WBFA 4LBQB 3USUB 1INYA 3K37A 3RRDA 1SLAA 2W20A 5T5OA 3POSA 4ISQA 4F83A 5GM0A 4FOQA 2TEPA 1JBCA 4FPKA 1AX0A 5GLTA 2PHUA 4K3YA 3AYCA 2UURA 1ULCA 5M1ZA 5H9QA 4GZXA 2A3YA 1AX2A 4B7MA 4JRAA 1MACA 4K20A 2AENA 1I3HA 1Z50A 1QOSA 4YG3A 4K1ZA 1LEMA 4XBLA 4P9WA 4R9AA 1A4GA 2CTVA 1W1XA 5GLVA 1CVNA 4HL0A 1MS9A 2JE9A 3M3OA 4Y22A 3WZ1A 4D69A 1MS4A 1VIWB 3N7KA 3B69A 4FPHA 4XMIA 4Q8LA 4DRRA 2P3JA 2ZGLA 3OYWA 5HUMA 1ENRA 1GZCA 5T50A 4MJUA 2HT7A 1LU1A 4CZSA 1V00A 2W5NA 4FPFA 4XJRA 2C4LA 3O12A 2BERA 4WEGA 2WKKA 3N35A 1FNYA 1S1AA 4HZVA 4K1KA 2ZKNA 4P9YA 1DIMA 3WG1A 5JOWA 1GYKA 4WA3A 2W38A 1YO8A 4Q1RA 2AREA 4YM3A 1F31A 3MPPG 4AWDA 1URXA 5JYYA 4MJVA 3WG3A 3FLRA 3AP4A 3M3CA 1G86A 1G9BA 1E8TA 4MWJA 2NMNA 3R05A 1LOAA 2ZZJA 4Q27A 2W68A 3SNMA 1W20A 2GN3A 4RL7A 2Z42A 4H55A 3WOGA 4Y20A 4XTPA 4GZQA 1EURA 5DG1A 3K39A 1WLCA 4FJ6A 2R0HA 2VK5A 4YZ4A 1KJRA 1UAIA 1O4YA 1QOOA 2ARXA 1USXA 3QCWA 2QWJA 3VV1A 2A71A 5IK5A 1JYIA 1VCJA 2WLQA 1AF9A 4FPGA 4GWNA 2YA7A 1G8WA 3V0AB 3AZZA 1UN1A 2W39A 2XCYA 3ZVXA 1SBDA 4Y1ZA 4YG6A 5T54A 1IS5A 1LJ7A 4WEFA 3NN9A 3ZYRA 1NLSA 4GZSA 1IKQA 1V3BA 1V3DA 4XXPA 4WV8A 1WD4A 3CYEA 4H52A 4FOYA 6NN9A 1MS3A 3O0WA 4XBNA 4Y1XA 3VKMA 4XJUA 4QN3A 3T1EA 3M3EA 1NCAN 1KDMA 1F8BA 4HIZA 2D43A 1NMBN 2FMDA 4XBQA 4AVSA 1NNCA 3O9KA 5DXDA 1J1TA 2EAKA 4YZ3A 2FHRA 2WT1A 1LESA 4PBOA 2ENRA 2V5YA 1LOFA 3FLTA 5EWSA 4LBQA 3GALA 2RKCA 2D6LX 2WSVA 1HDKA 3ZXKA 3TI5A 3ZSKA 2X9MA 3ZXEA 1LECA 1Z4WA 3ASIA 2XZIA 4XXAA 3Q9OA 2QWFA 1DFQA 3HR9A 2B7YA 1S0BA 4PBPA 2D44A 1F8EA 4FVKA 2WNEA 1LGCA 3ZSMA 2DURA 4QN4A 1WW5A 1G9DA 3ALWA 3B00A 4MZAA 3WDVA 1DQ0A 4NN9A 4KS2A 3H71A 1IS4A 4TZDA 2CNAA 1S0EA 4XTMA 2UWCA 1IVCA 1B09A 2DTWA 2ZHMA 4BQ1A 1S0FA 2D3PA 3OBRA 1SBFA 4UW3A 4XOGA 5T5JA 5B2CA 3AP7A 3OGGA 5F9TA 1F8DA 3UJOA 1FATA 1WW7A 1O4ZA 2DTYA 2E51A 1LHWA 3UL2A 2JKBA 1G7YA 3ENRA 5HUKA 2JECA 1LCLA 4CPYA 1QOTA 5HUGA 1MS1A 4FPYA 1H9WA 2ZGRA 2QWKA 2HU0A 3ILFA 1F5FA 3AX4A 2D6MA 4MWRA 4GZTA 2SLIA 4GXLA 1AXZA 4J9TA 2WT2A 4XJWA 3LSDA 1LODA 4AVVA 2XZKA 5GLWA 1NCCN 3CKZA 3ALXA 2VXRA 3NWKA 1LGNA 2I2SA 7NN9A 2WSUA 1L7FA 4XYXA 4QN6A 3GNEA 3WG4A 2DUQA 1RITA 3ZXJA 5JOYA 5IUQA 5IK8A 1WW4A 2F25A 3NV1A 3WDWA 1DGLA 1A4QA 4DPNA 4I30A 4B7QA 4B7JA 1LULA 2F29A 2AEPA 3PJQA 1LHOA 2ZBJA 3AP6A 1EPWA 1W21A 1VAVA 3R4SA 1BQPA 4IQPA 4LBQD 1ONAA 2AUYA 2R16A 3FFZA 1Z4XA 1LENA 1W0PA 1SLIA 3WCSA 4M4NA 1HQLA 2ZHKA 4XJQA 4CPMA 4K1HA 2YDTA 4M3CB 1V2IA 3NV2A 4P14A 4ITCA 3VKFC 3V0AA 4FPLA 2ZGMA 2NYYA 5JDBA 5DUWA 1WBLA 4LBMA 4UW5A 4M4VA 1IKPA 1V0ZA 2PHTA 5DZGA 2ZGKA 4B7RA 1W6QB 1Z0HA 1W8OA 3T2TA 1B9TA 4WZFA 1IVEA 3N3HA 4GEZA 3GVKA 1W6PB 2HTUA 2ZGSA 4GZOA 1DILA 4QNPA 2VH9A 2VSKA 1V3EA 1W6OB 2DU1A 3U4XA 3O9JA 3INBA 1I1EA 4NOTA 1USRA 1QMJA 1TEIA 4XZPA 5F5QA 2AR6A 3BEQA 2ZACA 1H30A 3PVNA 1CQ9A 1GANA 4KS1A 4Y24A 1ZA4A 3IM0A 4AVTA 3N7JA 2AGSA 4HZYA 3AYDA 4MZEA 5GZGA 4UW4A 2QWAA 1YYNA 3SH5A 1LEDA 4HANA 1V0FA 2QWCA 1CESA 1B9SA 2HT5A 3AK0A 3ZXLA 3TICA 1R1ZA 4FOWA 4XJ9A 2VSMA 3POYA 3LCPA 4BLIA 3V64A 3H6JA 4GA9A 2VU9A 2CWSA 3DUIA 3IKWA 2YDPA 3M2MA 2HTWA 3GVLA 3SH4A 1MS8A 1FX5A 1WCQA 2UU8A 4LBJA 3WDTA 3AXEA 4BBWA 1RIRA 3WDYA 4AGVA 1HLCA 4MWQA 1Q8VA 3B9CA 3A0NA 1D2SA 1Z4ZA 4GB1A 3D6EA 2CWMA 1V6IA 1FV3A 2G4IA 1H9PA 4M00A 5T52A 1LGBA 4MWWA 3IPVB 4PCRA 1LOBA 1V6JA 1C57A 2DYCA 2PHWA 5IK4A 3SALA 3OJBA 2GNMA 4K1IA 3VKLA 4YW3A 1INFA 1IVFA 2ZB6A 2P34A 1GKBA 3QLQA 2GNTA 3WLUA 1FAYA 3RMXA 1B9VA 4WVVA 2D6NA 2EXIA 3MW2A 3ZSLA 3V65A 2QWHA 4MWVA 3RMYA 2VUAA 4YW1A 1SBEA 1G9FA 4FP3A 1QKQA 2R1DA 1CIWA 2YY1A 4FVVA 2LALA 3I4IA 2ZHNA 4QN5A 2HYKA 3BODA 4SLIA 1AVBA 4GDIA 5T5PA 4NCSA 4YM2A 1IVGA 1MVQA 1GICA 4GJTA 2C9AA 2PHFA 3SILA 2A3WA 2OVUA 4U2AA 2EXKA 2DVAA 2ERFA 3UK9A 4DS0A 2F10A 4C1WA 3H72A 1BKZA 4KS4A 1W6NA 1JXNA 3WVJA 5JMCA 3V0BB 4ZKTB 3NV3A 5B2DA 2P37A 1QDOA 4X4AA 4JF7A 3ZPYA 1Q56A 4X47A 4KS3A 4BMBA 1DQ1A 1JOJA 3MW4A 2DVGA 1WLDA 4D8SA 1XQNA 1PZ7A 1S0IA 5IT6A 1A3KA 2AYHA 3APBA 4RA0A 4M3CA 2EXJA 3AJYA 5NN9A 1DQ6A 2DVDA 1UL9A 4QN7A 2V73A 1ZM1A 4KBBA 1V6NA 3RS6A 3CNAA 2NZ9A 4XE9A 1DYKA 3K36A 3A72A 2VK7A 2F0ZA 4XILA 1V6KA 1W6QA 3WDUA 1EUTA 1AZDA 1Z78A 4WVWA 3JUUA 2DUOA 3FBYA 4HZXA 1W6PA 3BIWE 5E8AA 1ENSA 3ILRA 5CNAA 1BJIA 2CMLA 4YZ1A 2W08A 3B7EA 1C1LA 3M3QA 2CL2A 1W6OA 1ULFA 2NN8A 4YFWA 3TI8A 1LU2A 4FPOB 2NP0A 4YG0A 1IVDA 4M4UA 4DRVA 1GBGA 2EALA 2F11A 1IS3A 5DUUA 3MW3A 1DHKB 4FQZA 3AFKA 4BPZA 3HN1A 2ZMNA 1N3PA 1KQRA 2ZGTA 1N1SA 1E8UA 2P3KA 4DGRA 4W65A 3SITA 5EXOA 1UZZA 5IK7A 1NMAN 2D6OX 1GZWB 2BATA 3ZXFA 3OY8A 1GLHA 4P9XA 5GZFA 5FRAA 5EYYA 2ZB5A 4Q6KA 2BZDA 2E7TA 1VAMA 4BMEA 5KXDA 4WA4A 2YA6A 4YFZA 5CB7A 1Q8SA 1F8CA 2YV8A 2RHPA 1DIWA 3NSSA 1ULDA 3WUCA 4YGBA 2ZGOA 3VUOA 4YGDA 1NSBA 3TIAA 1N47A 1QU0A 3B3QE 2EF6A 2R49A 4MWYA 4XDQA 5FREA 3RG0A 2ZA9A 1HKDA 1JUIA 2PHRA 1INXA 2OUJA 2P2KA 1BJQA 3IPVA 3PMEA 1WD3A 2PELA 1DBNA 2W5OA 3N7MA 1AXYA 1W6NB 4R9BA 1YRZA 1JYCA 3T1LA 2F26A 2KM2A 1YI7A 1W0OA 1JN2P 2NM1A 5DZEA 4H53A 4JCKA 1IVBA 2ZGPA 4FPEA 2YZ4A 3K38A 4FPJA 3WV6A 4GDJA 2QWGA 3ZYPA 5JOXA 1QNYA 2ZGNA 1V0EA 2YA5A 5GLUA 1DQ5A 5HUNA 4XJ8A 4WA5A 5DUVA 3K3AA 4DQAA 1ENQA 2HU4A 1NNBA 3TB0A 1F9KA 4K21A 4XIOA 1A14N 2VY0A 2HTRA 4FP2A 4AGRA 1DZQA 1KITA 4M3CE 1MZ6A 3TIBA 1LHNA 1BZWA 3V0BA 3PVOA 1APNA 1D0HA 3CL2A 3WHTA 3W58A 1N3OA 2UWAA 3TI4A 1NSCA 4CPLA 2ARBA 5DUXA 1W8NA 5H9SA 1SCSA 1UMZA 4I00A 2C4AA 2F27A 3JU9A 3R4UA 1KDKA 2SIMA 2GMMA 5HCAA 3C2UA 4XHBA 4BM8A 2GMEA 3KM5A 3WCRA 2F24A 5BYNA 2JJ6A 2D3SA 4FOVA 2SBAA 1MWEA 3AZXA 1VALA 4X6KA 2D6PA 2EXHA 1SFYA 3WUDA 2ZHLA 1CR7A 2QWBA 2ZMLA 3OY8B 1S0GA 3HMYA 4LBOA 4Q26A 2GNBA 2Q5TA 2BQPA 1CN1A 4XMAA 3ILNA 1EUUA 4MWXA 4BOWA 1NCBN 2EIGA 2JDZA 1N3QA 2ZAAA 3BTAA 1V3CA 1GZ9A 1C4RA 1OKQA 5EYXA 1CPMA 1INVA 5JOZA 2GMPA 5GLZA 5AVAA 2E7QA 3VKNA 4GZWA 1L7GA 4R9CA 3TAYA 2ES3A 4K1YA 2HTVA 4ASMB 3DGTA 3ZSJA 1C1FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZYBA 4DEVA 2VVZA 3MEPA 3MLJA 2A5ZA 2ZGQA 2RR11 3ZYJB 5GALA 4AFAA 1N1YA 2Y6JA 4RFRB 1ZBE3 1U0AA 1FT9A 1X36A 5LEKA 2VW2A 3FLPA 1DYPA 2W9XA 3GJAA 3RQ0A 2CAUA 3G4HA 1FMD3 1MS0A 2P6HA 4QAWA 5C3PA 1WA6X 5A80A 4YGEA 3B5LB 1NXD1 4RHV2 1O3QA 4LA3A 1PNFA 2QQNA 2R073 4NUBA 3U07A 1CAWA 5FR3A 4ZHNA 3GVJA 4QDQA 4QMAA 1TG7A 2YA8A 1N6EA 4MWUA 5E89A 2QNKA 4Q0VA 1A8DA 1RL3A 1GZWA 3AMNA 4AGIA 1DQ2A 1PX4A 4L9BA 2QQKA 2VO5A 5TSWA 3SCFA 2YFZA 3AYAA 1OXCA 4D0QA 1YQ8A 4X8PA 2C26A 4JGYA 3K4AA 5JIAA 3ZN4A 5GZDA 1ZRFA 4ZU7A 5T55A 2PHDA 4W8JA 2J1RA 1W6MB 4QX3A 1SNTA 4UF7A 2Z4FA 1W0NA 3IN9A 4KG8A 3L2YA 1UZYA 1D2QA 1GNZA 4ISRA 1CAUA 4L0PA 4OZOA 3VBOC 2RS52 2XWBB 4YZ2A 1RUG2 5IW0A 1KS4A 1Y9MA 2IFWA 2R1BA 4Q4Y3 3WNOA 2FDHA 5K0UC 1POQA 3C8XA 3D0SA 2L9LA 5ABJA 1Q7FA 3W09A 4OI0A 4Y1UA 1RGSA 4UOUA 2W52A 4XUOA 2DF7A 2RJ2A 5JLVA 4MYEA 3RJRA 3VBOB 3KV6A 1PK6A 4MADA 3SEPA 5DMYA 2CYFA 2ZOEB 4JC1A 2OZJA 4AI0A 1SDDB 4MUVA 5K0UB 1F2NA 2IZWA 4NO4A 3PNAA 2YBSA 3TI3A 2E6VA 1WLWA 4IV1A 4JTOA 2GDFA 2LM3A 5FYCA 3NV4A 5GTQA 1SLCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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