2VW1A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae
Total Genus 184

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
184
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
100200300400500600600500400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Crystal Structure of the Nanb Sialidase from Streptococcus Pneumoniae
pubmed doi rcsb
molecule keywords SIALIDASE B
total genus 184
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2008-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 2vw1A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 2vw1A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 2vw1A02
1NCAN 2OW4A 4DRRA 2D6NA 4FZHA 1RIRA 5JDBA 1APNA 1BYHA 3K37A 3IKWA 4K1KA 4R9DA 2KM2A 3ILNA 5CBLA 3AXDA 1U0AA 1AJOA 2ZBJA 5T5PA 4TZDA 1DILA 5GM0A 3WDUA 1F9KA 3AYAA 5EWSA 4WEFA 3SISA 1RINA 1S0JA 4H52A 2XZIA 3OBRA 3A72A 1W6QB 3IM0A 1BXHA 3WG4A 2YA7A 3O12A 3ZXLA 4WA3A 4FOVA 1LHOA 3O0WA 1WUVA 4YZ4A 1NN2A 3V0BB 2ZA9A 4R9BA 1GBGA 1V0EA 1NXD1 1AX0A 1UMZA 5LK5A 3N35A 1S0EA 1JBCA 3Q9OA 4MWXA 2D6MA 4HL0A 3AZXA 3GVJA 1VALA 4XJAA 4X49A 2ZGPA 1NMBN 3U4XA 1QNYA 2AYHA 1N47A 3ZXKA 2YMZA 3AJZA 3BODA 1LOFC 1DYPA 5DZEA 1N1SA 1LOFA 1C1FA 2DUOA 4K3YA 3JU4A 5AVAA 5JOYA 1JUIA 1ULGA 4YW1A 1MVEA 2ZABA 3V0BA 1A4GA 1CJPA 2WSVA 3RQ0A 1DHKB 1FNYA 5H9PA 1VIWB 1IVFA 5F5QA 2AH2A 4FPYA 2HTYA 2GNDA 3OYWB 1IVGA 1NMAN 4H53A 4NCSA 2BF6A 1L7HA 1WW5A 1LJ7A 4XOGA 3ZSMA 5GLWA 1PZ7A 1NCBN 4JRAA 4XJQA 4MWVA 5E8AA 1ULDA 4AVTA 3OY8B 1BJQA 2D6PA 1JN2P 5F9TA 4YGCA 2F25A 2VWDA 4Y20A 3HN1A 1RITA 5HCFA 2PHUA 1W6PB 3H72A 3I4IA 2QWGA 1IVDA 3N7JA 1WBFA 2AR6A 3DGTA 4K1YA 5GZEA 2R16A 4K1ZA 3M3CA 2B8HA 1A14N 5HUNA 3BEQA 2YXSA 1NSDA 1IS5A 1FNZA 1JYIA 2XCYA 2DVGA 4XYXA 2ARXA 4BLIA 1N3PA 1A4QA 1AXYA 5JOZA 1Z4VA 3W58A 1MS9A 3TI8A 3VKFC 3ILFA 4MYEA 1W0PA 1JHNA 4FP3A 1G9AA 1W6OB 3KM5A 3ZYRA 2JE7A 4FOYA 3TI5A 1D0HA 1VCJA 1Z4WA 4GWMA 5L73A 4Y22A 3FLPA 3A0NA 5JLVA 2EIGA 4MWLA 2F12A 4GDJA 2ZGSA 3ILRA 5DG1A 2ARBA 1DIWA 3ALWA 4YZ5A 1DQ5A 4Q27A 2AEPA 2F13A 1Q8QA 1VAVA 4P14A 3WUCA 2HT5A 3OJBA 4FP2A 4GJTA 4K21A 2VUAA 1JW6A 3MEPA 3GNEA 4XHXA 4GKXA 1NNCA 1HKDA 5SV8A 3R4SA 4YM2A 1BKZA 4QN4A 3GALA 4IQPA 3R4UA 3AZVA 4CPZA 4B7NA 1DGLA 3B7EA 1LOAA 3WG3A 1B09A 4HZVA 1DQ1A 4NOTA 3VKOA 1LOEA 1GNHA 2BZDA 3USUB 1KRIA 4FPJA 2VY0A 4Y1UA 1E8TA 3V64A 1SO7A 4Q6KA 4MWJA 4M01A 1LHWA 2WJSA 4Q1RA 3IPVB 1MS8A 1E8VA 4FOQA 5IK7A 3N7KA 5HCBA 4LBQB 3AFKA 5CAZA 1GV9A 4AWDA 3V0AB 3KQRA 5GALA 1INFA 3M1HA 1GNZA 4PBPA 4HZZA 2TEPA 1LHNA 2DVAA 4XZPA 3WZ1A 1UKGA 3SANA 3L2YA 1USXA 4AGRA 4KS1A 2JE9A 1AVBA 1CPMA 4BMBA 1F31A 1SBDA 1X50A 1NNBA 4MX0A 1QOTA 2CYFA 1V6IA 3RS6A 3O0VA 3IPVA 1NCDN 1LENA 1LEDA 2CY6A 2HU4A 4ZXKA 5EXOA 2UWCA 3TI6A 4LBQA 4XBQA 1JOJA 2GMPA 1S1AA 3V0AA 1QDOA 3V65A 1SLAA 4YW2A 3AP4A 4JCKA 3OBTA 2F27A 2FHRA 1UZZA 2ZMKA 1H9WA 2VXRA 1WW6A 3B01A 1QF3A 6NN9A 1AXKA 1EUTA 3NV2A 2R1DA 3WLUA 1IKPA 1IOAA 3WDWA 1F8CA 1DQ2A 1ZA4A 2QWBA 5HX0A 1W20A 1UL9A 2GMMA 1MWEA 1CR7A 1MS1A 2W20A 4I00A 3O9KA 4K1JA 1W8OA 1YO8A 2JDZA 1W6MB 3INAA 2VSKA 4NN9A 2YA5A 1DYKA 2A3YA 5DUUA 4HZWA 4Q8LA 3UK9A 4Q2FA 1YYNA 3PVEA 1V6MA 3D5OA 3ZSKA 1NMCA 4YZ1A 5DG2A 3FUOA 3N7LA 4Y1YA 2H0BA 1L7GA 4P9YA 3WVJA 4NC5A 4FVKA 1Q8PA 1EUSA 5EYXA 1N3OA 1V3DA 1SCSA 5IT6A 3NV3A 4GALA 2EALA 2DTYA 1J1TA 3FLRA 4GKYA 1QNWA 4ASMB 3ZXJA 4RL7A 3K36A 3QLQA 4D8SA 3ASIA 4XTMA 5EYYA 4BQ1A 1CN1A 3B3QE 3ZPYA 3M2MA 2WKKA 3RG0A 1WW7A 5E88A 1LHVA 4P9XA 4XILA 2A3XA 2NN8A 4XXAA 2EXIA 4YW4A 3FUQA 3D6EA 4HZYA 2DU0A 4AGGA 5JYYA 3UJQA 4CPOA 4M3MA 2DV9A 2D7FA 4FPLA 1CIWA 2F26A 4X6KA 2WNEA 1Z50A 3N3HA 1SBEA 3W09A 1S0FA 5KXDA 2CTVA 3WHUA 4ATFA 1INWA 1V6OA 1MS3A 1FATA 2VH9A 3TIAA 1V6KA 1CQ9A 2D6OX 2DYCA 4AVVA 2JKBA 1R1ZA 2UURA 3AX4A 4DQAA 2ZHMA 2PELA 3CL2A 3K3AA 4FJ6A 1V6JA 7NN9A 1W6QA 4DFSA 1CESA 1VAMA 1JXNA 4UW6A 1LOGA 4FQ4A 1FX5A 3WNXA 2V5YA 4I30A 2EF6A 4NO4A 2ENRA 5T5JA 4Q8KA 1V3CA 2A75A 4YGEA 2F10A 2W5OA 3H73A 3A4UA 5H9SA 2F29A 4CPLA 2QWAA 1B9SA 1V00A 1UAIA 2QWJA 2ZMLA 4FPKA 4CTEA 2ES3A 2GMEA 1IVCA 2JD4A 3TI4A 4B7MA 1G86A 2ERFA 2GDFA 4Q1PA 4XMAA 1SNTA 3C2UA 3TICA 1FAYA 4B7QA 1LESA 2FMDA 1SACA 3JUUA 4P9WA 1UN1A 5FREA 2YZ4A 3WHTA 2NP0A 4QN7A 2YA8A 4BLJA 1L7FA 2ZZJA 1SBFA 5IK8A 4WVVA 2AREA 4HANA 4F83A 2A3WA 4XBNA 1WLDA 2W08A 1NCCN 4YFZA 3AP6A 1QKQA 3ENRA 2G4IA 3WCSA 1GZWB 2NZ9A 4YW5A 4XJWA 1G8WA 4XHBA 2ZHKA 4ISRA 3OYWA 2F11A 1YXWA 3OGGA 3VV1A 2X9MA 1Q56A 4XE9A 1PZ8A 4K1HA 4L8QA 2HTVA 1OQ1A 4XBLA 4PF5A 4XDQA 5T5OA 2OVUA 2R0HA 2ZGRA 2VW2A 1XQNA 3OY8A 3VUOA 5CA6A 1AZDA 2SIMA 4YM3A 5E89A 2DVDA 4Q26A 5JOWA 1BZWA 4Y1VA 4MC7A 2SBAA 1ENSA 5KXCA 1W6PA 4GZSA 2RKCA 1IVEA 4D69A 1GZWA 1OKQA 4MWQA 1N1TA 2PHFA 1GLHA 3WDTA 3CNAA 1EUUA 3WOGA 3PVNA 5CB7A 3MW2A 2DWRA 4YFWA 1ONAA 1Q8OA 5T50A 1G7YA 5T55A 2A6XA 2R1BA 4CPMA 2A6ZA 2Z42A 4M3CF 2PHTA 4CZSA 1F8DA 4Y24A 5JOXA 2GN7A 3CYEA 1LEMA 1LODA 1W6OA 2ZAAA 4CPYA 4XJRA 1GZ9A 2BERA 2UWBA 3ZSLA 1VLNA 4K20A 3A71A 3RSJA 2E7QA 4H55A 2B7YA 2XZKA 1A78A 2HTUA 4K1IA 4TYSA 3SH5A 3AP7A 3D11A 1I1EA 3B00A 2QWDA 2ZMNA 4XIOA 4WZFA 2SILA 1N1VA 4GA9A 5H9RA 4MJVA 2P3KA 2PHWA 3SH3A 2CMLA 1DQ4A 5KXBA 4YZ2A 2WT0A 4QN3A 2QWFA 1QDCA 2SLIA 1KJLA 3O0XA 2QWHA 1GICA 4X4AA 1UPSA 3OPZA 3SLIA 2CWMA 2QWCA 3APBA 1KITA 1FV2A 1LOBA 2UU8A 2D3SA 3USUA 1SCRA 4BMEA 2C9AA 4GDIA 5GZCA 2R0FA 2ZGKA 4GZOA 4M3CB 2EXJA 4C1XA 1W21A 1IVBA 1IS6A 2BQPA 1V0ZA 4MWUA 5T52A 3NWKA 4YZ3A 2VVZA 1SFYA 5DZFA 1CONA 2A5ZA 2W52A 3T1MA 3TI3A 2CWSA 4UW4A 3WV6A 1QGLA 3MW4A 1CPNA 1DZQA 3AXEA 3WG2A 4M3CA 1WBLA 1LGNA 4UF7A 1GZCA 1W6NB 1LCLA 2UWAA 3POSA 5IK4A 2C4AA 2D3RA 4XXPA 4MWRA 2D44A 2JJ6A 4LBMA 4XTPA 4GZTA 1ULFA 2YROA 3AYCA 2XG3A 3FFZA 2F0ZA 3CL0A 1SLLA 4FPCA 2W5NA 4HZXA 4WEGA 4QN5A 4MJUA 4RA0A 5FRAA 1G9BA 3TB0A 4M4NA 2WT2A 3RRDA 2BATA 5T54A 2ZGMA 3M3OA 1C4RA 1KJRA 2I2SA 3VKMA 1S0GA 2NM1A 3AZYA 3HR9A 2P2KA 4AGVA 2OUJA 4WVWA 2AEQA 2Q5TA 4JF7A 1DIMA 4C1WA 3WDYA 1W6NA 2HTQA 4XJ8A 3LCPA 3MW3A 4YG6A 2HT7A 5IUQA 5HUMA 4YW3A 1C57A 1MS4A 1W6MA 4FPFA 4LBLA 2LALA 3NV1A 4KS5A 3UL2A 1S0DA 1EURA 2CNAA 4GWNA 5KXEA 2YDPA 4M4UA 4UW3A 2ZGUA 1O4YA 3H6JA 1MS0A 3MPPG 3SITA 1LOCA 2EXHA 4SLIA 1Q8SA 2LTNA 1DFQA 2GN3A 4WA4A 1Z4YA 1CVNA 1F8BA 3UJOA 4YM0A 1MZ5A 2V73A 4KBBA 5M1ZA 5DUVA 2GNMA 4GZQA 2VW0A 1ZM1A 1WLCA 1WLWA 3VKLA 1SLCA 3SILA 1O4ZA 2QWIA 1Z0HA 4YG0A 1QU0A 2GNBA 2A6YA 3SH4A 1Z4XA 1IKQA 3WDVA 3O5SA 1ULEA 2HTWA 5B2DA 4QN6A 2VU9A 5NN9A 2W68A 2YA6A 5GLTA 1Y7BA 3BIWE 4GZPA 4M3CE 3HMYA 4UW5A 1INGA 3WG1A 1PZ9A 1Z78A 1INYA 1A3KA 2R49A 4WV8A 4YGBA 4DRVA 4Z8BA 4LBOA 5B2CA 3AYDA 2VK6A 4YM1A 2D43A 1GANA 5GJ6A 4GEZA 4ATEA 4CRQA 3A0KA 5DUWA 4R9AA 1QOSA 2DUPA 3B9CA 1SLTA 1V0FA 3AP5A 2NMNA 1YIFA 2YV8A 1N3QA 1V6LA 4DS0A 1LECA 4MWWA 4GB1A 1Z4ZA 4BBWA 5GLZA 5JMCA 3BOPA 2D3PA 4CPNA 2YA4A 1V6NA 4Y20B 1INXA 1KQRA 2ZHLA 2F24A 5GZDA 2ZGTA 1W1XA 4B7RA 1N1YA 5JVVA 3IN9A 2C4LA 4DGRA 4ISQA 2ZGOA 1F8EA 4FOWA 1GKBA 1F5FA 1FYUA 2DUQA 2ZKNA 3AZZA 2CL2A 1HQWA 4XJZA 2XZJA 2ZGQA 4MZAA 1ULCA 1S0BA 2A71A 3N36A 5GLVA 1E8UA 3ZXEA 1HDKA 2YDTA 3NSSA 5CNAA 5IK5A 2NMOA 4M4VA 3FLTA 3WUDA 1NNAA 3POYA 2ZGLA 2A6VA 4Y22B 1A8DA 2P34A 5DZGA 4AYUA 2AENA 2ZGNA 4B7JA 2P37A 2DURA 4FPEA 2WLQA 1B9VA 3GVLA 4Y1XA 4XJ9A 1UX6A 2C5DA 2NYYA 3VKNA 3PJQA 4OZXA 1WD4A 2HYKA 2GNTA 4LBNA 5HCAA 1C1LA 1WW4A 2DTWA 4XIKA 2ZACA 4PBOA 1SLBA 3B69A 3QCWA 5GLUA 4GZXA 1LGBA 1YI7A 1AJKA 3M3QA 1LGCA 5T5LA 1GSLA 4FPHA 2QWEA 3CKZA 3WDXA 4JC1A 2VSMA 1OFSA 1MS5A 2VW1A 1HLCA 1W0OA 4FQZA 2A7AA 2A6WA 3JU9A 1QOOA 2EAKA 4PCRA 3W59A 1H30A 2JECA 1ENRA 3FBYA 3NN9A 5HUGA 2D6LX 3H71A 2VK5A 2E51A 2WT1A 3ZSJA 2F28A 1SLIA 3PVOA 1AXZA 4AVSA 1LU2A 2W39A 5HUKA 4YGDA 3K38A 2ZB6A 2A70A 3T1LA 1W8NA 1WD3A 1USRA 5GZFA 2P3JA 1QMJA 3PMEA 4ZKTB 1DQ6A 3AK0A 5H9QA 2AGSA 2E7TA 1H9PA 2HU0A 3LSDA 3ZYPA 1V3BA 4LBKA 1VCUA 4BM8A 3O9JA 1Q8VA 1D2SA 2W38A 3D12A 4WA5A 3LSEA 4YG3A 4BOWA 2DVFA 3AZWA 1XOGA 4U36A 4LBQD 2EXKA 4XMIA 1DBNA 4XJUA 1AX1A 1JYCA 1IS3A 2AUYA 1BJIA 3BTAA 1EPWA 5DXDA 5DUXA 1DQ0A 2WSUA 1KDKA 4FPGA 1NSBA 4GZWA 4LBJA 3RMXA 3TIBA 3ALXA 1LHUA 2GALA 2DU1A 4PQ9A 1GYKA 5GZGA 2PHRA 3AP9A 1ENQA 1WCQA 4J9TA 2E6VA 2QWKA 1G9CA 3M3EA 3WCRA 1AX2A 4BPZA 3ZVXA 1TEIA 2HT8A 3T1EA 1IS4A 4Y1ZA 3T2TA 1NLSA 4R9CA 4MWYA 1YRZA 4FVVA 3I8TA 3POWA 1LU1A 3RMYA 2HTRA 1DLLA 4U2AA 4ITCA 2DVBA 3NV4A 3D4KA 4Y26A 1UZYA 3K39A 4KS3A 3INBA 1KDMA 1MACA 3R05A 1V3EA 1MZ6A 2ZB5A 1LULA 4HIZA 3IMNA 4FPOB 3H0OA 1LTEA 1G9FA 1I3HA 5BYNA 3GVKA 4X47A 1XOEA 1MR5A 4KS4A 4W65A 2VK7A 1HQLA 1AF9A 2ZHNA 1FV3A 1G9DA 1MVQA 4KS2A 1V2IA 3AYEA 4DPNA 3ATGA 1INVA 4GXLA 1BQPA 2WQZC 1S0IA 1NSCA 1WCSA 2OUHA 1INHA 4QNPA 4M00A 3N7MA 2YY1A 1S0CA 2PHXA 4YLZA 1URXA 3AJYA 2XB6C 3ZXFA 3SNMA 3TAYA 2E53A 2D6KA 1B9TA 3DUIA 3SALA 2P3IA 2RHPA 4MZEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KMQA 1ZYBA 1NCAN 1TMF1 5IVYA 4UOUA 2OYZA 2GAUA 2QQJA 2OW4A 4NRPA 2V4VA 3VL9A 3IBMA 5FYSA 2CU5A 4DRRA 2Y38A 5IVEA 2D6NA 4AR2A 4FZHA 1K5MC 4K6BA 1Z7S3 4IYGA 1K5MA 2GZWA 1VPHA 1NCQC 1RIRA 5HI0A 2ET7A 2YC0A 5JDBA 2IVJA 1APNA 5JXGA 1NCQA 4QU2A 1BYHA 5EIYB 2HH9A 4CXWA 3K37A 4P9IA 1K3IA 3IKWA 3KGZA 4K1KA 1DCSA 1EURA 3WNNA 5JZGB 4R9DA 2FP8A 4MHRA 3RI9A 1YJKA 2KM2A 3ZYFA 4L7CA 3I2FA 4TSVA 3ILNA 4N7UA 2JX9A 2QQMA 4NMIA 3WNMA 3AXDA 4LHKA 5CBLA 1U0AA 3FHAA 1AJOA 4XF3A 2ZBJA 5T5PA 3LAGA 4TZDA 1DILA 5GX1A 3H8RA 1JYXA 5GM0A 1RC6A 4LMFA 5CU1A 1OSGA 2E63A 1RJ8A 1JZ4A 2DDUA 3VHNA 3WDUA 3W5MA 5A32A 4BQ4A 1F9KA 2WFF2 1RUF2 3AYAA 4I02A 3VHOA 4AHWA 4E9KA 5EWSA 3O1UA 4WEFA 3SISA 5FZ3A 1RINA 3WW2A 1S0JA 3HNYM 3RJRA 1L7LA 1RUE3 2XN4A 3ZXAC 2JB8A 4H52A 3ALWA 2CGNA 4QX2A 2WABA 1UU6A 2WYFA 4XF9A 2XZIA 1VBD3 2VNGA 1GQGA 5F6LB 5JAXA 3ZFEB 2WWJA 4E8CA 5I8TA 3BUCA 3DPRB 3L6VA 2P17A 2JDPA 5J09A 1W03A 1OQEA 1PK6B 4WM7C 1GFF2 4CDQB 4WM7A 2C26A 3OBRA 1YQ6A 1NUKA 4HK9A 1NG0A 5CFCC 2VECA 1WMXA 2VTXA 5JXIA 1W6QB 3IM0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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