2VW1A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae
Total Genus 184
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
184
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal Structure of the Nanb Sialidase from Streptococcus Pneumoniae
pubmed doi rcsb
molecule keywords SIALIDASE B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 184
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2008-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 2vw1A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 2vw1A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 2vw1A02
3ILRA 1NMCA 4HIZA 1NSCA 1UL9A 2WJSA 1WLCA 3FFZA 1BYHA 2EIGA 1VLNA 4MWRA 2BZDA 2WSUA 1URXA 1NLSA 2OVUA 2D3RA 4Y22B 3OBTA 2WQZC 3R4SA 4FOYA 1IS4A 3H72A 4CPOA 4WEGA 1IS5A 3H6JA 3C2UA 3MW4A 3SITA 4PF5A 2ZHMA 3T2TA 1APNA 1FYUA 3ASIA 5B2DA 1GYKA 4WVVA 1ENRA 1UPSA 2ZGMA 2ZBJA 2D6NA 1YO8A 4XJAA 4GKXA 1CR7A 2VW2A 1W20A 2AR6A 3AXEA 1S0GA 1V3CA 3HR9A 1NSDA 3PVOA 4DGRA 1IS6A 2ARBA 4YG0A 1RITA 1GZ9A 4XIKA 2YMZA 1H9WA 3OBRA 1DQ5A 1UZZA 1SBFA 1YI7A 1NCAN 1LODA 2CTVA 1G7YA 1SLLA 3OPZA 4QN7A 2R0FA 1KJLA 4Y22A 2UWBA 1NNCA 4GALA 3B9CA 1O4YA 3SH5A 1W0PA 4C1XA 1HQLA 2C5DA 5GALA 4Q2FA 3BOPA 3WZ1A 5GZDA 4M3MA 3A0KA 1E8VA 3T1EA 1QDCA 1YIFA 2VW0A 4AVVA 4DS0A 4UW5A 4XHBA 3WDUA 4M00A 3AZYA 2ZAAA 2F26A 4WA5A 3USUA 2QWCA 4KS4A 3NV2A 2C4AA 3AYAA 4XXPA 1INXA 4MWJA 4QN6A 3D12A 4FOWA 2D6OX 2P3IA 4YZ3A 4YM1A 2D43A 3FLPA 2XG3A 1NNBA 1S0EA 4XJ8A 2W08A 5KXCA 5DZFA 4GJTA 1F8DA 3TI4A 1R1ZA 3UJQA 2VSKA 1V6IA 1Z0HA 3V64A 5DUVA 2FHRA 1WW7A 1V3DA 4YG3A 3O5SA 2JE7A 1F8CA 2KM2A 3LSDA 1AX0A 5SV8A 3ZXLA 2JKBA 2VW1A 3N7KA 4X4AA 1LESA 4JC1A 1NCBN 4XTMA 4FP3A 1QOOA 3PVEA 2A3XA 4YM2A 2AGSA 1INWA 2PHXA 4RL7A 1V6KA 4ZKTB 1C1LA 4BM8A 2F13A 2DURA 4KS5A 4WZFA 4UW3A 1NCDN 1Z4WA 4ZXKA 4FOVA 4YZ1A 1A14N 2NYYA 1JN2P 5F5QA 1GZCA 4YZ4A 4HANA 1AF9A 1U0AA 2QWKA 2W68A 3K39A 4YM3A 4FVVA 4YW3A 3WCSA 1SNTA 3CKZA 4QN4A 1Z78A 4YGEA 2AEQA 4Y1ZA 4QNPA 2PHWA 2ZABA 1Q8PA 2XZKA 5F9TA 4JCKA 2UURA 2EXHA 4GWMA 2P3KA 2GN3A 1SBEA 1DILA 2QWDA 3GVKA 3BODA 2AEPA 2YA5A 1WW6A 3B7EA 2XZIA 5CB7A 3O9KA 4CRQA 4TYSA 4MWVA 4AGRA 1G9DA 3WG1A 4CPZA 4GKYA 3TIBA 3BTAA 1AVBA 1C4RA 4M3CE 4AWDA 2DV9A 1KQRA 2HT7A 5KXBA 3KM5A 3JU4A 5KXDA 1B9VA 2OUJA 3AJZA 4I00A 3OY8B 2ZGOA 3LCPA 1G9AA 3H71A 5IK4A 1GANA 2HTUA 4Y1UA 1S1AA 3AP5A 2VK5A 1BKZA 1SCRA 3TICA 1W6OB 2A70A 1WD4A 1Z4XA 3ZXFA 1SBDA 1JXNA 4FQZA 1EUUA 2YY1A 3L2YA 4F83A 1NNAA 4H53A 1GBGA 1MVEA 2VXRA 5DG2A 4K20A 1W6MB 5JDBA 2DU1A 1CESA 4FVKA 5EYXA 1AX2A 3B01A 4XXAA 1MS8A 3WOGA 1DYKA 3VKFC 4HZWA 2YXSA 1CN1A 4R9CA 3U4XA 1LHVA 1YRZA 2CWSA 1IVCA 2AENA 5T54A 1KRIA 2EXIA 2D3SA 1YYNA 1AXZA 5GZCA 1NSBA 3N7LA 3N7MA 4ISRA 4B7NA 4M4VA 3TAYA 1XOGA 1UKGA 1INGA 4UF7A 1W6PB 1IOAA 1A3KA 1UMZA 1ZA4A 4M4UA 3OY8A 1QDOA 1RINA 4Q1RA 4BLJA 1MR5A 4LBMA 1LHOA 1F8BA 4FJ6A 2HT5A 2DVFA 1S0FA 4H55A 2P2KA 3IM0A 2Z42A 1W6OA 2QWFA 1OKQA 4QN3A 5H9RA 5E88A 3K37A 2VVZA 5DUXA 2EAKA 1F9KA 1WBLA 1BJQA 1LGNA 1SLIA 1PZ7A 1DQ2A 4X49A 3Q9OA 4JF7A 1W6MA 3JU9A 4BQ1A 2PHRA 2F12A 2A5ZA 5FRAA 4U2AA 3MEPA 3M2MA 2DWRA 4XJUA 1XOEA 3GVJA 4XBNA 5GLVA 1I1EA 2C9AA 5KXEA 1QOSA 4Y26A 3PJQA 4ASMB 4XMIA 3WUDA 3NV1A 4K1IA 1EPWA 2A6WA 4AGGA 4YGCA 4NCSA 1N3OA 2A75A 1LENA 1VALA 1SLTA 2YA8A 2VU9A 3VKNA 3ZPYA 3B3QE 5HCBA 4YZ5A 4K21A 4B7JA 2FMDA 1FAYA 3B00A 5T5JA 4M4NA 1WLWA 3QLQA 4XBLA 3VV1A 3AP4A 4Y1XA 3WDVA 4MWLA 1WUVA 4GZXA 4WVWA 2A6VA 4XBQA 2HTVA 4FP2A 3W59A 1VCJA 4Y20B 1DBNA 2BQPA 4JRAA 3N3HA 3CNAA 1Y7BA 3D5OA 4Q6KA 3A4UA 1LJ7A 5EYYA 1NXD1 4ATEA 3ALXA 4P9WA 3ZSLA 3FUQA 4KS2A 1HDKA 1FATA 2ZGPA 2BF6A 4BMEA 3USUB 5BYNA 1LEMA 3V0AB 2ZMKA 3N36A 1Z50A 1Z4YA 4LBNA 1AXKA 1KDKA 1TEIA 1GLHA 3GNEA 2E7TA 3WHTA 1V6OA 4MWUA 2G4IA 1ONAA 2SIMA 1DYPA 3AZXA 1JBCA 1N3QA 1NMAN 1WCSA 2AREA 3M3QA 4X47A 3OYWB 2GMEA 3ENRA 5JOXA 1IVBA 1EUSA 3AYDA 3OJBA 1S0DA 4PBOA 2W5NA 4MWYA 3IPVB 1UN1A 2ZGQA 3K36A 4Y20A 2ZGSA 3WLUA 1JW6A 1WW4A 1V00A 3K3AA 3RSJA 1QKQA 4GZPA 1DHKB 3I4IA 1WW5A 4FPFA 4CTEA 4LBKA 4XJWA 2QWIA 1G9CA 1FV3A 4GZQA 3SH3A 1MS5A 2GMMA 5FREA 4U36A 3V0AA 1LOAA 2R1BA 2HTWA 2CNAA 1QMJA 3IMNA 3WCRA 1L7FA 3NV3A 3WDWA 1S0IA 1LECA 1VAMA 2WT2A 1WCQA 1VAVA 4TZDA 2VK7A 4WA3A 1GKBA 3I8TA 1F5FA 3H73A 2H0BA 2GDFA 3OYWA 1B09A 2VUAA 2D6LX 4AGVA 4P14A 2GNTA 3N7JA 3IPVA 2ZKNA 5H9QA 1DLLA 1JHNA 2AUYA 3RMXA 3TIAA 1MS1A 4FPGA 4ISQA 2E51A 3DUIA 4MYEA 2YZ4A 4YW5A 2YA6A 3AK0A 5GM0A 2HU0A 5GZFA 3AJYA 2DVGA 4GXLA 1NN2A 4NC5A 3CL2A 1JYIA 2DVAA 3T1MA 2ARXA 1WD3A 1MS3A 5JOWA 2A7AA 5HUGA 1N3PA 4CZSA 4KS1A 5HCAA 1AJKA 2OUHA 2AH2A 2DUQA 4LBQD 1LEDA 1W1XA 3D6EA 4DPNA 1SLAA 1N1YA 1GNZA 1IS3A 3NV4A 2ZHNA 1G9BA 5CAZA 3WDYA 1IVDA 1Q8OA 3RRDA 2ZA9A 1INHA 3OGGA 1LOBA 2NN8A 1SACA 2ZZJA 2DTYA 5GZGA 5JYYA 1JUIA 2CYFA 3BIWE 3RS6A 5EXOA 4Q27A 4XTPA 5NN9A 4MZAA 1CQ9A 1MS9A 4K3YA 3AP9A 4R9BA 1LGCA 2HTYA 1W8OA 3K38A 2GNMA 1V3EA 2YV8A 1SFYA 2D6MA 1OQ1A 2VWDA 5IT6A 1LU2A 2EALA 1A4GA 1Q8SA 4Q8KA 2HTRA 5IUQA 3TI6A 2SLIA 2HYKA 2D44A 4YW2A 3VKLA 1C57A 1KDMA 4W65A 3M3CA 3PVNA 1V6LA 4L8QA 2F0ZA 5HCFA 3NWKA 2OW4A 1W0OA 4BMBA 4K1JA 2P34A 2D6PA 3M1HA 4Y24A 3A0NA 2ZGLA 1WLDA 4FQ4A 3R05A 1B9TA 2YA7A 3R4UA 4XJZA 2HU4A 1E8TA 2TEPA 3ATGA 2XCYA 6NN9A 4P9XA 5CA6A 2D3PA 2SILA 1UZYA 1UX6A 2QWBA 4FPEA 4HZZA 1W6NB 1IKQA 1LOCA 1MZ6A 4NO4A 5DUUA 3V65A 2ZHLA 2X9MA 3AZZA 5HUNA 5HUMA 4LBOA 4Q1PA 1S0BA 1USXA 4YFWA 4WV8A 4FOQA 3SLIA 1LOFC 3AYEA 1V6MA 1CPNA 3GALA 5JOYA 5T50A 4MWWA 2ZGNA 2PHUA 1A78A 4M01A 3D4KA 3MW2A 3TB0A 3WG4A 1FX5A 5GLWA 3AP6A 1CVNA 1IVFA 5AVAA 4KBBA 2W39A 4WEFA 2ZACA 1DFQA 2F28A 1ZM1A 4YGBA 3ZXJA 1FV2A 2BATA 1S0JA 1D0HA 2AYHA 3RG0A 1HKDA 1Q8VA 2ZMNA 2A3WA 1INFA 2GNBA 3VUOA 1RIRA 5IK8A 4PBPA 2EXKA 1KITA 1DIWA 2NMNA 5JMCA 1VIWB 4XIOA 4DFSA 3VKOA 1W6NA 4XE9A 1Z4VA 1FNZA 3B69A 4M3CB 1L7HA 2F24A 4UW4A 2R1DA 2UWCA 5T55A 2W52A 4H52A 1JYCA 2D7FA 5GJ6A 5HUKA 3SH4A 5IK7A 1LU1A 2XB6C 4YG6A 3FUOA 1AX1A 2P37A 3AZVA 4YLZA 4XJQA 3WDTA 4K1KA 3ZSKA 5DZEA 4Q26A 4C1WA 1ENSA 1GZWB 5T5PA 2DUPA 3VKMA 3W58A 4BPZA 3CYEA 3ZXKA 4FZHA 3TI3A 4XDQA 2W38A 3O0WA 4B7MA 4ATFA 4MWXA 5CNAA 2P3JA 2F29A 1GICA 1N1VA 5E89A 2WT1A 1VCUA 1SO7A 1AJOA 1GV9A 3TI5A 4FPJA 2V5YA 3UK9A 1V6NA 2JE9A 2A71A 1B9SA 4XYXA 2WKKA 3D11A 2ZB5A 2CY6A 1EURA 2CL2A 2QWAA 2QWEA 1GNHA 4M3CA 1YXWA 3INBA 4XMAA 4YM0A 1Z4ZA 2W20A 5L73A 3WDXA 1DQ0A 3GVLA 2RHPA 1A4QA 1LHWA 1MS0A 4Q8LA 3UL2A 2JJ6A 4HZVA 3ZSJA 3SNMA 1LTEA 2UWAA 3M3OA 3WG3A 3H0OA 4UW6A 1GZWA 3T1LA 3W09A 1DGLA 2ERFA 3POWA 4XJRA 2F11A 2R49A 2DTWA 5EWSA 1D2SA 3INAA 4FPYA 3UJOA 5CBLA 2GMPA 2QWGA 3FBYA 1A8DA 1DQ4A 2HT8A 2DYCA 1DZQA 4XJ9A 5T52A 2V73A 3POSA 1ULGA 3WVJA 1I3HA 3TI8A 4Z8BA 3ILNA 4GB1A 2JDZA 2ENRA 1MACA 1ULFA 4MWQA 5GLUA 3MPPG 1AZDA 4XILA 2ZGUA 4MJVA 1V6JA 1MZ5A 3QCWA 2E53A 5H9PA 3DGTA 2NMOA 4PQ9A 1BQPA 2ZGRA 1V2IA 1CIWA 2ZB6A 3ZYPA 1SCSA 4MJUA 4HL0A 1Q56A 7NN9A 2VY0A 4MX0A 3SISA 5GLZA 1MS4A 2EXJA 4MC7A 2YDPA 3AP7A 5JVVA 2A6ZA 4FPOB 4BLIA 4K1HA 5M1ZA 2Q5TA 2E6VA 2YROA 3FLRA 3O0XA 1F8EA 4AYUA 2ZMLA 4P9YA 2QWHA 2RKCA 1BJIA 1F31A 2JECA 1H9PA 3AFKA 2YA4A 2C4LA 1IKPA 3NSSA 1QGLA 1CPMA 1HQWA 2WSVA 4M3CF 5DG1A 1QNYA 1USRA 2B7YA 1V0ZA 5HX0A 2R0HA 4QN5A 2ES3A 3AYCA 2NM1A 2F10A 5T5LA 1LGBA 2WLQA 1LOGA 4B7RA 5LK5A 1CONA 3SILA 4Y1VA 2E7QA 2GN7A 1QNWA 3PMEA 5B2CA 2XZJA 4FPKA 4HZYA 1KJRA 3O9JA 3IKWA 1NMBN 1Q8QA 1N47A 4LBQB 1V3BA 1WBFA 2GALA 4FPHA 3ZVXA 1INYA 2SBAA 2ZGKA 1LOEA 4MZEA 3RQ0A 4DRRA 1E8UA 4YGDA 4D69A 1QU0A 4B7QA 4LBLA 2DVDA 2EF6A 4GWNA 4YW4A 4GZSA 1PZ9A 1IVEA 1N1SA 1N1TA 1V0FA 2WT0A 2LALA 2VSMA 4GZTA 3ZSMA 4PCRA 2WNEA 4CPNA 3KQRA 4YW1A 3N35A 1EUTA 4XHXA 1SLCA 1W21A 4CPYA 1LULA 2CWMA 2D6KA 4AVSA 4GDIA 2HTQA 2F27A 3SANA 4BBWA 1LHNA 2A6XA 3ZXEA 1IVGA 4WA4A 1ULDA 4LBQA 3MW3A 4GZWA 1W6QB 1H30A 1ULCA 4KS3A 4K1ZA 1CJPA 1FNYA 2PHFA 2LTNA 2DUOA 2W5OA 4YZ2A 1AXYA 1MVQA 3JUUA 2VH9A 2QWJA 2PHTA 4LBJA 1G8WA 3NN9A 3O12A 1MWEA 5DUWA 3V0BB 3FLTA 3RMYA 1X50A 1DQ1A 3ALWA 5H9SA 4BOWA 2I2SA 3APBA 1L7GA 2CMLA 1XQNA 3AZWA 4DRVA 3WV6A 3A71A 2A3YA 1OFSA 4GDJA 1G86A 3AXDA 1LHUA 4XOGA 2NP0A 4Y1YA 1BXHA 3SALA 4AVTA 4GA9A 3O0VA 1V0EA 4HZXA 3CL0A 3BEQA 3HN1A 2DVBA 4K1YA 2DU0A 5E8AA 4YFZA 5IK5A 4R9DA 1QF3A 2BERA 4CPLA 1UAIA 2PELA 3WHUA 3M3EA 1HLCA 3AX4A 3ILFA 4RA0A 2ZGTA 4R9AA 1GSLA 1QOTA 4SLIA 2B8HA 3WG2A 1W6QA 1ENQA 4FPLA 1S0CA 3HMYA 4GZOA 2R16A 2A6YA 1C1FA 4XZPA 1PZ8A 4DQAA 4D8SA 3LSEA 1INVA 3POYA 1NCCN 5JOZA 2ZHKA 2UU8A 3ZYRA 4NN9A 3V0BA 4NOTA 1BZWA 5T5OA 4IQPA 4CPMA 1G9FA 1ULEA 1JOJA 5JLVA 1LCLA 2YDTA 1LOFA 5DXDA 3A72A 5GLTA 4FPCA 1DIMA 5GZEA 1W8NA 4J9TA 1J1TA 2JD4A 4I30A 3WUCA 3IN9A 1DQ6A 2GNDA 4OZXA 4GEZA 3WNXA 5DZGA 1SLBA 1O4ZA 1W6PA 2F25A 2VK6A 2NZ9A 4ITCA 4X6KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4CPM A;  1G9F A;  1ULE A;  1JOJ A;  5JLV A;  1LCL A;  2YDT A;  1LOF A;  5DXD A;  3A72 A;  5GLT A;  4FPC A;  1DIM A;  5GZE A;  1W8N A;  4J9T A;  1J1T A;  2JD4 A;  4I30 A;  3WUC A;  3IN9 A;  1DQ6 A;  2GND A;  4OZX A;  4GEZ A;  3WNX A;  5DZG A;  1SLB A;  1O4Z A;  1W6P A;  2F25 A;  2VK6 A;  2NZ9 A;  4ITC A;  4X6K A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 3ILR A;  1NMC A;  4G4F A;  2WNU C;  4HIZ A;  1NSC A;  1UL9 A;  1RUF 1;  3D0J A;  3I7D A;  2WJS A;  2MHF A;  5JPM B;  1I5Z A;  4RR3 C;  3JCI A;  5BNN A;  5J09 A;  4CDX C;  2BFU S;  1FPN 1;  1WLC A;  3FFZ A;  5FQ0 A;  1ZBE 3;  2WNU B;  3KCC A;  1BYH A;  2EIG A;  3B02 A;  3VLB B;  5BY5 A;  1VLN A;  4P5H A;  4HFS A;  4Q4X 1;  5J37 A;  4COW A;  5LK7 B;  4MWR A;  2BZD A;  5FPZ A;  2WSU A;  4RR3 B;  1URX A;  4CDX B;  1NLS A;  4Q0S A;  2RJL A;  1CAU B;  1M06 G;  3H1M A;  2OVU A;  2D3R A;  4Q4V 3;  3ZFG C;  2RS1 1;  2QNK A;  4Y22 B;  3SMH A;  3VHN A;  1Q5O A;  2DCJ A;  1RTV A;  2GH8 A;  3OBT A;  4MZU A;  5BNP C;  1HQN A;  1ZBA 1;  2WQZ C;  5C9A A;  3R4S A;  4FOY A;  1IS4 A;  4DXZ A;  3H72 A;  3ZFG B;  4CPO A;  4WEG A;  1IS5 A;  1CAV A;  2VNR A;  4QQ2 A;  1I9R A;  3H6J A;  3FHI B;  5I0T A;  3V56 A;  3C2U A;  4SBV A;  3MW4 A;  5BNP B;  3WR0 A;  3SIT A;  4PF5 A;  2D97 A;  3NW4 A;  2X8K A;  2WZR 2;  2ZHM A;  3G6J B;  1GQH A;  2CGN A;  4AVB A;  3T2T A;  2RJK A;  4N43 A;  1APN A;  4PLO A;  1FYU A;  3ASI A; 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