2VW2A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae
Total Genus 185

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Crystal Structure of the Nanb Sialidase from Streptococcus Pneumoniae
pubmed doi rcsb
molecule keywords SIALIDASE B
total genus 185
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2008-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 2vw2A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 2vw2A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 2vw2A02
3FBYA 4K21A 5JOZA 4KS1A 3ATGA 4YG6A 1KDKA 2ZZJA 1FV3A 3WDVA 1UAIA 1WCSA 1V3DA 2VSMA 1CVNA 4M3MA 2DUOA 1SLCA 3K39A 2YXSA 3WLUA 3ZXKA 2ZKNA 2YA5A 3APBA 2WT0A 5HCFA 1N3OA 1LU2A 4BPZA 3JUUA 1BJIA 1JUIA 1OQ1A 2YDPA 1NSDA 4XMIA 2YA6A 4DRRA 2JE7A 2P34A 3WVJA 3GVLA 4X49A 1S1AA 2VW0A 4HZWA 1A8DA 4I30A 1C4RA 1QOOA 3MW3A 2F29A 4AVSA 2GALA 1DLLA 4HANA 1KJRA 2JDZA 5E88A 2F28A 2QWCA 2BATA 4KS5A 4MWJA 4FP2A 4ISQA 3ZYPA 3TI8A 1SLLA 3GVKA 3O9KA 5CNAA 1LOGA 3ZSLA 4KS3A 4XMAA 2VXRA 3NN9A 5GLZA 3WV6A 2D3PA 1DQ6A 2EXHA 2ZGRA 1W6NB 2BERA 1DGLA 2HTUA 3M3CA 2EXJA 2XZKA 1Q8QA 2C4LA 1B9TA 2OW4A 2A3XA 3R4SA 2UU8A 4NOTA 4MWLA 5DXDA 4AGRA 2ZMKA 1V3BA 3VKFC 3WG1A 2EF6A 4WA4A 1Z78A 2EALA 3AZZA 5JOWA 4MWVA 1SCSA 4FPYA 2XG3A 2WT1A 2GNTA 1Q56A 1WBLA 1TEIA 1V2IA 2DTWA 5JYYA 1LTEA 1I1EA 1VLNA 3K38A 3AYEA 4ZXKA 1DBNA 4GZWA 4AVVA 2D6KA 3H72A 1WW4A 1W1XA 3A0NA 3O0VA 5IT6A 3BEQA 1VAVA 4XE9A 2P37A 1VIWB 3UJQA 2D3SA 5GZDA 4YGBA 2SLIA 1MZ5A 3CNAA 3OY8B 3LSDA 3O0WA 2UWCA 2OVUA 1MS3A 1G86A 1G9FA 1RIRA 1O4ZA 3DUIA 2ZB6A 4BBWA 3B00A 1NLSA 5GLVA 1QOTA 4LBKA 1NSBA 1LCLA 3AP4A 4MZEA 3TIAA 4HZZA 1GZWA 4M3CE 3OBTA 1SBFA 4MJVA 1Q8VA 1SFYA 3TI4A 3RS6A 1LHVA 2GNBA 2HT7A 3V64A 4YFZA 2RKCA 3TB0A 1N1SA 1W0OA 1V6IA 4XHXA 1EUUA 1XOGA 5E89A 1WBFA 2ZACA 2ZGTA 4X4AA 3SITA 2B8HA 4YG3A 3WHUA 2A71A 1HLCA 5IK8A 1U0AA 2WLQA 4SLIA 4XJUA 4K1KA 5HUMA 1YRZA 2ZB5A 1JYCA 2A6WA 2C9AA 4NO4A 2Z42A 1LU1A 4XJQA 3PVEA 4QN6A 4FOQA 1LENA 1QMJA 5F5QA 4YGCA 1W0PA 3U4XA 3AZWA 5DZEA 3D12A 4Y24A 2ERFA 1NSCA 2ES3A 4AYUA 1AX1A 4XTMA 4XBNA 4Q1RA 1E8VA 1YIFA 1LOAA 4Y20A 2D6PA 3SH4A 3POSA 2QWIA 3H0OA 2HTRA 1FAYA 4AWDA 1IVBA 1W6QB 2V5YA 2W5NA 5IK7A 3UJOA 4D8SA 1VCUA 5F9TA 3AYCA 1D0HA 4XIKA 1LOEA 1GNZA 3VKMA 4HZYA 4PQ9A 1CPMA 1G8WA 4R9DA 5GZFA 4BMBA 1VCJA 1R1ZA 5CAZA 4UW3A 3SANA 4W65A 2BZDA 2HU4A 3NSSA 3K36A 2PHUA 3NV2A 1NCCN 1O4YA 3ASIA 1UN1A 3AP6A 3CL0A 2NZ9A 1IS5A 2AEPA 3AJZA 4L8QA 1HQWA 4Y22A 2R0HA 1LHWA 5EWSA 4YM2A 1F31A 4MWWA 3WCSA 1AZDA 3MEPA 1MS4A 2ZHNA 1NNCA 1FV2A 4U2AA 3HMYA 2ZGMA 1V0FA 4WEFA 3KM5A 4XJ9A 3NWKA 1ONAA 1EUTA 2EXIA 3D5OA 4XTPA 1NMBN 4ATEA 1Q8OA 3O9JA 1B09A 4ISRA 3WNXA 1CPNA 3WZ1A 2PHTA 2GMMA 4Q2FA 1CJPA 1S0JA 4B7RA 3QCWA 2JE9A 3RRDA 1XQNA 1Z4XA 1NCAN 1DILA 3WHTA 3PMEA 4YZ3A 5GLTA 1I3HA 4YG0A 1G7YA 1SO7A 7NN9A 3TAYA 1F8EA 4Q6KA 2E7QA 1W6PA 1MWEA 1NMAN 2A6XA 4QN3A 1E8UA 1QDCA 1KDMA 1G9DA 3N3HA 1QGLA 2A5ZA 3CL2A 4YM3A 1VALA 4PBPA 3UK9A 2DUPA 3JU9A 1JN2P 3WDWA 4I00A 3PJQA 4Q1PA 1QDOA 1DFQA 1ZA4A 4GWNA 4DRVA 4R9BA 1V0ZA 1SLBA 1V3CA 1SLTA 1N3PA 1OKQA 3V65A 4HZXA 2GN7A 1D2SA 3AZXA 1ENRA 4XBLA 1LECA 1F8DA 2D7FA 3IPVB 5T5OA 2C5DA 2KM2A 5LK5A 1S0IA 1ULDA 4FZHA 4XILA 2C4AA 3O12A 1WW7A 3C2UA 4CTEA 2HTYA 3BTAA 5B2CA 2ARXA 4GKXA 3ALWA 3AXEA 3POWA 5DUWA 1WW6A 2DUQA 4LBLA 2ZAAA 5IK4A 3ZXFA 1H30A 5GM0A 1MS1A 2F27A 4IQPA 4MYEA 5JOXA 5JLVA 4Y20B 1RITA 3ZSMA 5HUKA 4BMEA 2E51A 3B9CA 5KXDA 3AJYA 1QF3A 2WJSA 2ZGOA 2SILA 1MVQA 1WUVA 2YA4A 5SV8A 1V6MA 2DU0A 3VKNA 4M00A 2ZABA 1G9BA 4AVTA 4FQZA 4U36A 4GZQA 1MS0A 4XDQA 4GALA 4ITCA 5GZGA 3OBRA 5DUVA 3AP7A 4KS4A 1LHOA 2F12A 5M1ZA 3ZYRA 4CPZA 4Q26A 3RMXA 2YROA 4KBBA 1G9CA 4BOWA 1S0EA 2NM1A 2UWAA 1V6NA 1L7FA 4BQ1A 1ULGA 1GKBA 1SLAA 4D69A 2AH2A 4Y22B 1LEDA 4FP3A 1URXA 1AXKA 3OYWA 1JYIA 1EUSA 5FRAA 1F8BA 3AFKA 1CONA 4FPJA 1UKGA 3A4UA 4DFSA 2EIGA 4Y1VA 2VU9A 2ZGSA 1CR7A 3M3OA 2GNDA 1Q8SA 1VAMA 1GZ9A 1W6OB 2VVZA 3O5SA 2QWKA 3WG3A 4CRQA 1L7HA 1Z0HA 1NMCA 4YW5A 1V3EA 4XJ8A 3AP9A 4K1IA 1UX6A 1QKQA 3PVNA 4DQAA 2HT8A 3AZVA 2QWAA 3BIWE 4CPNA 5GLWA 1FX5A 2D6LX 1MS5A 4GDIA 2R49A 3IMNA 1ENSA 2R1DA 4M4UA 2OUHA 3USUA 2HTQA 1X50A 3W58A 1W6PB 2A6YA 3WDYA 1DQ0A 4YLZA 4DS0A 3BOPA 4NCSA 4LBQD 2ZHMA 3AP5A 2VK6A 4DPNA 4K3YA 2CYFA 4M01A 2P3KA 3FLTA 1N1VA 3B01A 1CIWA 2G4IA 1C1LA 3ZSKA 3H6JA 4RL7A 5EXOA 2NN8A 1GICA 2LTNA 2DVFA 4CPOA 4FOVA 4ASMB 5IK5A 3VV1A 3V0AA 1A78A 1IVGA 2ZGKA 3IM0A 4HL0A 4CZSA 4LBQA 2A75A 2ARBA 1CQ9A 3OGGA 5H9RA 2FMDA 4MC7A 4BLJA 3TI3A 4ZKTB 2QWBA 3WDUA 4PF5A 1W6MA 1Z4ZA 3SLIA 3I4IA 2W38A 2P3JA 3FUOA 5T55A 5DZGA 3N36A 3ILRA 4MWUA 4UW6A 3INAA 2E7TA 1MACA 2GN3A 4OZXA 1JHNA 2A6VA 1SBDA 3WG2A 4HZVA 4XOGA 2BQPA 1IS4A 3A72A 1GBGA 1FATA 4FPHA 3PVOA 5GALA 5DUXA 1N47A 4UW4A 5H9PA 1WCQA 1FNYA 2VUAA 4YGEA 4YZ2A 4K1HA 1FYUA 1DIWA 1V00A 1NXD1 2W68A 5H9QA 5KXEA 2A3WA 2ZHLA 1N3QA 1NCDN 2P3IA 3T1EA 1SBEA 3AK0A 1W20A 2DVGA 3OYWB 1INXA 2F11A 1BYHA 3RSJA 3O0XA 1WD3A 3ZXEA 4J9TA 4Z8BA 4AGGA 2ZMLA 3NV4A 3SH5A 1C57A 1OFSA 4B7NA 1GV9A 5HX0A 3RQ0A 4CPLA 1JW6A 2HT5A 4JC1A 2PHWA 2F24A 4GWMA 1GNHA 1AXZA 4MJUA 2PELA 4YW4A 4WV8A 2GDFA 1W6NA 4AGVA 4M4NA 4XXAA 3N7MA 5CA6A 1BQPA 4CPMA 1KITA 1SACA 3V0BA 5KXCA 2Q5TA 3B3QE 3TI5A 3MW4A 2D44A 4F83A 2PHRA 1ULCA 1LJ7A 1Y7BA 3T1LA 3M2MA 3CYEA 5HCBA 2DWRA 3WOGA 3USUB 4QNPA 1DIMA 4XBQA 3W59A 3B69A 1G9AA 5HUGA 1IVEA 4LBMA 1DQ4A 3MW2A 4MWRA 1DYKA 4QN7A 2ENRA 1PZ9A 4YW1A 3M3EA 4MWXA 1NCBN 1IKPA 2ZGUA 1GZWB 5JMCA 6NN9A 2YDTA 2ZHKA 4P9XA 4YFWA 4M3CA 1IVCA 5DG1A 4JRAA 3OY8A 2ZGLA 2CY6A 1ULEA 3SISA 4B7JA 4JF7A 2ZGQA 3AX4A 3FFZA 2X9MA 5GZEA 4XJZA 1S0CA 1AJOA 2EXKA 1B9VA 2JJ6A 1J1TA 4YW3A 1UL9A 4GDJA 2XB6C 1V6LA 5GJ6A 3GALA 3L2YA 5EYYA 1USXA 4WVWA 4KS2A 4LBOA 3MPPG 2DTYA 4Q8KA 1W6MB 2DVDA 3WDXA 4HIZA 5FREA 4WVVA 1YXWA 2QWGA 2WKKA 4P9YA 2VH9A 2NP0A 2CMLA 4ATFA 2GMEA 2YA7A 1LEMA 3H71A 4FPFA 4GKYA 1HQLA 2AREA 2CL2A 3GVJA 1N1YA 1Z4YA 1V6OA 2WT2A 2WSUA 4XJRA 5AVAA 2E6VA 5H9SA 4PCRA 1LGNA 2XCYA 2DURA 2F13A 2VY0A 3Q9OA 3TI6A 3INBA 2D6NA 2XZJA 4GA9A 4GZXA 4PBOA 1DQ5A 2PHFA 3KQRA 2D43A 4FVKA 1AVBA 4MWQA 2V73A 1WD4A 2YZ4A 1HKDA 1GZCA 1QNYA 1IVDA 5CBLA 5T50A 2JECA 2AYHA 3D11A 4H52A 3LSEA 3WG4A 2F0ZA 2SIMA 1W6QA 2W52A 1SLIA 3R05A 1SCRA 4Y26A 4WA3A 1QU0A 4Q27A 1H9WA 2HYKA 2A70A 4GZOA 5T54A 4WA5A 2DVAA 4FQ4A 2NMOA 4K20A 2WNEA 3N35A 1S0GA 1GANA 4P9WA 1CESA 5DUUA 5GLUA 3FUQA 1NN2A 2A6ZA 4P14A 1DZQA 1MVEA 1ENQA 2W20A 4YZ4A 2QWJA 1S0DA 2ZA9A 3V0BB 2CWSA 1LOFC 2D6OX 5GZCA 1H9PA 2WSVA 4NC5A 1A4GA 1IKQA 2XZIA 4H55A 1UZZA 3AZYA 2NYYA 4DGRA 3UL2A 1BZWA 3K3AA 1PZ7A 4FVVA 2DYCA 1F9KA 4FOWA 1S0BA 1A14N 4FPCA 2E53A 5CB7A 2QWHA 5IUQA 1UPSA 5DG2A 1F5FA 2AR6A 2PHXA 1IS6A 2CNAA 5JDBA 3RMYA 4FOYA 5BYNA 2YA8A 3N7LA 1GLHA 3B7EA 3POYA 3ENRA 2YMZA 5T5PA 1INFA 3OPZA 2SBAA 2RHPA 3GNEA 2QWDA 1V6KA 4M3CB 1LOBA 1V6JA 5T5LA 1YO8A 4H53A 4FPOB 4Q8LA 4B7MA 1GYKA 4GEZA 4YM0A 4YZ1A 3TIBA 3D4KA 4YGDA 1INHA 2W5OA 2QWFA 2QWEA 1Z50A 2W39A 1MS8A 3VKOA 1INVA 1DYPA 2DVBA 4UW5A 1N1TA 2CWMA 3NV3A 2H0BA 2D3RA 5T5JA 3N7JA 1LESA 1QNWA 2P2KA 3A0KA 3OJBA 3DGTA 2JD4A 4YW2A 4FPKA 3IPVA 1W8OA 3ZXLA 4XYXA 4MWYA 2A7AA 3AYAA 4K1ZA 2BF6A 5NN9A 4X6KA 5L73A 4QN4A 1DQ1A 1LGCA 3SNMA 1LHNA 2VW1A 2CTVA 1AX0A 3TICA 1NNBA 1UZYA 3HN1A 4M4VA 2VK7A 2HU0A 1XOEA 5JVVA 2A3YA 3JU4A 4RA0A 1KJLA 2WQZC 5B2DA 4XIOA 2R16A 3WCRA 1FNZA 4WEGA 2B7YA 2ZBJA 2LALA 1WLDA 4WZFA 3HR9A 3WDTA 3VUOA 1AF9A 1UMZA 1BXHA 3K37A 3R4UA 4BM8A 3VKLA 1INYA 4XHBA 1WLCA 2GNMA 3FLPA 1C1FA 1E8TA 1LULA 3ILFA 5T52A 3ALXA 1ZM1A 4XXPA 2UURA 1AXYA 4GZSA 1A4QA 1Z4WA 4UF7A 3AYDA 4B7QA 2AUYA 2ZMNA 1HDKA 4Y1XA 3RG0A 1USRA 1W8NA 1ULFA 1AJKA 4TYSA 3AXDA 1QOSA 1IVFA 3I8TA 2FHRA 1MZ6A 4JCKA 3WUDA 1F8CA 1DQ2A 4K1JA 2HTWA 1Q8PA 1KQRA 1NNAA 2GMPA 4M3CF 2YV8A 2ZGNA 4CPYA 3NV1A 2F10A 1Z4VA 2JKBA 3T2TA 4XJWA 3QLQA 2AEQA 2UWBA 3ILNA 1WW5A 4YZ5A 4FPEA 3M3QA 4MX0A 1INGA 2OUJA 4R9CA 1BKZA 5EYXA 3M1HA 4FPLA 2R1BA 4GJTA 2DU1A 3ZVXA 3A71A 3CKZA 2R0FA 3ZPYA 4GXLA 3W09A 2D6MA 1JBCA 4X47A 2I2SA 1W6OA 2VW2A 4TZDA 1PZ8A 4Y1UA 5HUNA 1APNA 2EAKA 1LOFA 3WUCA 5E8AA 5KXBA 4GZPA 4K1YA 4R9AA 1BJQA 4Y1ZA 2DV9A 1CN1A 1KRIA 2HTVA 1INWA 2AGSA 4C1XA 1LOCA 1DHKB 2YY1A 1S0FA 1EURA 1JXNA 4FJ6A 1LGBA 5JOYA 1W21A 3SH3A 1JOJA 1MR5A 3SILA 4FPGA 4YM1A 2AENA 3ZSJA 1A3KA 4QN5A 3N7KA 1GSLA 1L7GA 3V0AB 1EPWA 4C1WA 4MZAA 1WLWA 4XZPA 5DZFA 2VSKA 4GZTA 1B9SA 1SNTA 4GB1A 4LBQB 4NN9A 2VWDA 1YI7A 3IKWA 3BODA 1RINA 4Y1YA 3SALA 2VK5A 1LHUA 2ZGPA 4LBNA 3IN9A 1IOAA 2F25A 1LODA 3D6EA 4XJAA 4LBJA 3FLRA 1V0EA 1AX2A 1YYNA 2F26A 1MS9A 2TEPA 3T1MA 2W08A 2NMNA 3LCPA 3ZXJA 5HCAA 1IS3A 3H73A 4BLIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3FBYA 3NNFA 4DY3A 5JZGC 2VNOA 4K21A 4LK7A 5JOZA 2HQSA 4LIUA 1RUD3 3AL6A 2HWB2 3VHRA 4K8FA 4CDXB 2ATFA 4KS1A 2Y6JA 3ATGA 5K9YA 4YG6A 5KBFA 3VD9A 1SDDB 1KDKA 2PLV1 2ZZJA 1C5HA 3LAGA 2F6BA 4XPVA 2BRTA 5FNSA 3C8XA 3K3AA 1FV3A 1DCSA 3D0SA 4GD4A 1QEXA 3CQOA 3OG2A 3WDVA 3SEEA 4BCUA 4QPYA 4ET7A 5DMYA 1UAIA 1WCSA 1JZ7A 1V3DA 2ZPXA 2VSMA 5FZEA 1ND3A 2DFBA 4I2OA 1CVNA 1V70A 3PNAA 4X6QB 1TG7A 2Y0IA 2DFCA 3O4PA 2H2UA 4M3MA 2DUOA 1SLCA 4ZS2A 2YXSA 1OA2A 4GNCA 3K39A 3WLUA 3ZXKA 1GQHA 2WBKA 2VOKA 3KGZA 4P5YA 5FZLA 1NUKA 5ABJA 3OD0A 3SREA 3IAPA 1RUF2 2WFPA 1C9UA 1U12A 2YA5A 2ZKNA 4AHWA 3N9MA 5A6QA 3APBA 3T2QA 3BCWA 4HW6A 1QLGA 2WT0A 2XJPA 3AMNA 1X8EA 1KFXL 4OCTA 5HCFA 4XFBA 1N3OA 1LU2A 2VMHA 3MI8A 4WM7B 2WR9A 4LXLA 3JUUA 4BPZA 1BJIA 1JUIA 2IC1A 1OQ1A 4OUEA 3RNSA 2YDPA 2JG8B 2PLV3 3H9AA 4HK9A 3THDA 3FHIB 4JDOA 5J96B 1NSDA 4XMIA 2YA6A 3MGUA 1YFXA 4DRRA 1PJXA 4IFLX 1UU5A 1TME2 2JE7A 1VRH2 2P34A 3WVJA 2VE1A 4BK5A 1JZ2A 3RYPA 3GVLA 4X49A 1S1AA 3A9GA 2XJQA 2VW0A 1YFWA 4CCJA 3I2HA 1NYWA 3VGIA 2VMIA 2IAOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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