2VW2A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Crystal Structure of the Nanb Sialidase from Streptococcus Pneumoniae
pubmed doi rcsb
molecule keywords SIALIDASE B
total genus 185
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2008-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 2vw2A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 2vw2A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 2vw2A02
2DUOA 4XJ8A 1VCUA 3WDVA 3POWA 1GZWB 1WLCA 2ZABA 1UL9A 4LBJA 3GVJA 3MW2A 2C9AA 4XXPA 4M3CF 4Y24A 1QU0A 1LGNA 1SFYA 2KM2A 2DUPA 4MJUA 4AWDA 1AX2A 4MWYA 4BLJA 3TI8A 4K1HA 1B9VA 1INHA 1WW5A 4AVVA 2AR6A 1L7HA 1S0BA 4XMIA 2F28A 5KXBA 1USRA 3ASIA 1PZ7A 1VCJA 4XJWA 2SBAA 4XZPA 1NNAA 5HCFA 7NN9A 2YV8A 3MW3A 2CYFA 2ZMLA 1X50A 4FPKA 3N7KA 5JOYA 5HUKA 4FOYA 1HLCA 4GA9A 4B7JA 1S0JA 4XBLA 3HR9A 2A6ZA 1Q8QA 1DIMA 2VK5A 2BQPA 2BF6A 3VKNA 1IS3A 1AJOA 3K36A 3BEQA 4H52A 4MZEA 1MS3A 1DQ1A 2NMNA 3TAYA 1V0FA 2ZKNA 2GMPA 3OJBA 4FJ6A 4K1YA 1W0OA 4UW6A 4DS0A 1A8DA 1DQ5A 2ZHKA 1LTEA 1H9PA 4MZAA 3OPZA 5GJ6A 1DYPA 5E8AA 4XHXA 2AGSA 5T52A 1WD3A 2WQZC 4B7MA 4YZ3A 1BZWA 3GVLA 3RG0A 1C1FA 4YW1A 2EXJA 2F24A 1WD4A 1AXYA 4YLZA 1E8VA 5T50A 3M3CA 1GV9A 1Z4YA 2JJ6A 2EALA 1NMCA 3SH3A 3RMXA 1O4ZA 3T2TA 3TB0A 4YM2A 5JDBA 2SILA 1LOFA 2P37A 4R9BA 4Y1YA 4XIKA 3D12A 3M3EA 1V6LA 4Z8BA 1LOCA 5GZFA 1IVEA 1ZM1A 2W20A 5GLUA 3ZVXA 2YA6A 4YGDA 1CPMA 2A7AA 1ULDA 1F8DA 1GBGA 3POSA 4W65A 2EIGA 4XTPA 4CRQA 1BJIA 4YM3A 3W59A 3APBA 4MWRA 1A4QA 3V0BA 1A14N 4HZVA 1DHKB 1BYHA 1S1AA 4HZZA 2GN7A 4FPGA 3WDXA 3USUA 2WSVA 2NZ9A 2EAKA 3IM0A 3FLPA 2VW0A 3ZSLA 2F12A 4WVWA 1N1VA 1OKQA 2VWDA 1SBEA 1SLLA 4HZYA 4XBQA 2LALA 4FPJA 3POYA 1LODA 2Q5TA 2QWEA 1Y7BA 3BOPA 2D44A 5AVAA 1S0EA 3R05A 2WNEA 2YROA 4CPLA 5GZEA 2JDZA 1FATA 2F10A 3CL2A 4J9TA 1V6NA 1KRIA 4M4UA 3H6JA 4XMAA 2ZGMA 2VUAA 2DU0A 2OUJA 2QWDA 1SO7A 1V3CA 1G86A 2W5OA 2JKBA 4DFSA 4LBMA 3AYAA 1W6PA 1Z4ZA 3H71A 2VY0A 1ZA4A 2UU8A 1V0ZA 5NN9A 2DVDA 1DILA 4WVVA 3M3OA 2CL2A 1V6OA 3FBYA 3WHTA 1W8NA 1DQ6A 4AVSA 1LCLA 3FLTA 5H9SA 1F8BA 4C1XA 1VLNA 4MWVA 4Y22A 3WVJA 1GZWA 3TI6A 5EWSA 4NCSA 1QNYA 4CPMA 1SNTA 4XYXA 2E7TA 4GZOA 2JECA 2DVGA 1CIWA 3AXDA 2TEPA 2D7FA 1NMBN 3ZXLA 5B2CA 1I1EA 4GWNA 2D6PA 4YM1A 4AGRA 2ZGKA 2Z42A 5JMCA 4CTEA 4XJRA 4P9YA 1VAVA 3QCWA 1OFSA 2FMDA 4YW3A 1H30A 3CYEA 3K38A 3ZYPA 3A72A 4FVKA 2P3JA 5HUMA 4P9WA 4QN3A 5B2DA 1PZ8A 3HN1A 4RA0A 1V6JA 1W21A 1QDOA 2XG3A 1KJRA 2A6XA 2CY6A 4MWWA 1DQ0A 4XJ9A 4D69A 2CTVA 3OYWA 5CA6A 1MVEA 5H9QA 3UJOA 4YW5A 1MS4A 3PVOA 3RRDA 1EURA 3NV2A 4ISQA 2AREA 4WZFA 3V0BB 2GNMA 1MS8A 2PHTA 2VH9A 2YA7A 5T5JA 4QN7A 2AEPA 1IS6A 3WCSA 4YZ4A 1RINA 3USUB 2H0BA 1UPSA 5IUQA 4GDIA 3SH5A 4MYEA 3H72A 2HYKA 2A6YA 1CJPA 5DG1A 3WG2A 4MWXA 1W0PA 1G9AA 3N7JA 1AJKA 2NM1A 2BATA 2AUYA 1WUVA 5EYYA 1C4RA 4UF7A 1N3PA 1QOOA 1F5FA 1HQLA 4GKYA 1ULGA 1ENQA 2A71A 2EXKA 2QWJA 2E51A 3T1LA 1JYIA 1PZ9A 1IVFA 2ZB6A 3MW4A 4JRAA 3V64A 1JN2P 1AX0A 3WG3A 2PHUA 3AFKA 2DU1A 1LU1A 2YXSA 2CWSA 1DQ4A 5BYNA 2B7YA 1B09A 4B7RA 1V6IA 1S0CA 2UWAA 5FREA 4NC5A 1W6PB 2F26A 1YIFA 1VAMA 4DRRA 1Q8VA 1ULFA 2GNDA 5DG2A 2E53A 5HCAA 2WT0A 2HTUA 4GB1A 4UW4A 4FP2A 4AYUA 4LBQA 6NN9A 1CVNA 2D6KA 4WEFA 4FP3A 4UW3A 2YDTA 3JU4A 4FPFA 4Y22B 4QNPA 5E88A 2HTWA 2YA4A 1GANA 2ERFA 4BQ1A 1W6OA 1TEIA 4YGBA 4FPYA 1V3DA 2WJSA 3ENRA 5KXEA 3VKMA 4PF5A 2P3IA 3L2YA 4YZ5A 1FV2A 1UZYA 3W09A 2D6OX 3V0AA 3PVEA 1IVGA 2NN8A 4K21A 5GZGA 4WV8A 2AENA 1NXD1 4KS2A 2HT7A 1BXHA 3M2MA 3WZ1A 3OBRA 1F8EA 3K37A 4CZSA 2GDFA 2R16A 4JCKA 1LOAA 4XIOA 5JYYA 1YO8A 3FUOA 2HTYA 3AZWA 3VV1A 1APNA 3TIAA 4DRVA 1MACA 4YW4A 3VUOA 4XJAA 3O0VA 1INYA 3FLRA 3OYWB 2QWCA 3ZSJA 4MJVA 2VW1A 4HL0A 1SLCA 2YZ4A 2HTRA 1WLWA 1NLSA 3D6EA 4Q6KA 3B7EA 4GZPA 3C2UA 4Y1VA 1V3BA 1AXKA 4PQ9A 3WG4A 2W39A 5L73A 5GM0A 4YGEA 1ULCA 2XZIA 4FZHA 2D43A 1AZDA 4FPHA 1V2IA 3RS6A 3WUDA 5DXDA 5GLTA 3AP7A 3NN9A 2C5DA 2R1DA 3SANA 2NP0A 4U36A 3R4UA 1GICA 2YY1A 4YGCA 1SBFA 1DLLA 1B9TA 4JC1A 5DUVA 1LU2A 4GALA 5DZGA 4H55A 4XTMA 2AYHA 3B3QE 1E8TA 3SISA 1JOJA 5E89A 4R9DA 1WLDA 2YA8A 4KBBA 1S0GA 4UW5A 4CPNA 2DVBA 1GNHA 3O0WA 4BM8A 4JF7A 1FNZA 4IQPA 3O0XA 1NNBA 1MZ5A 4KS5A 4YG3A 3D11A 2UWCA 2F13A 3Q9OA 3ALXA 1QKQA 3NV4A 3ZXEA 4XBNA 1N3QA 2ZHMA 3PMEA 3I4IA 1YYNA 3OY8A 4LBQB 4BOWA 1DGLA 4FPEA 1A78A 1U0AA 1KQRA 1G9DA 3RMYA 1W6OB 1IS4A 1XOEA 4X4AA 3UJQA 2YA5A 2HU0A 5T5LA 5GZCA 4DPNA 1A4GA 1AXZA 2W08A 2W5NA 5DUWA 3N36A 2CNAA 5DUUA 3V0AB 1L7FA 1W6MA 1N1TA 1LGCA 4QN5A 1WBFA 3FUQA 1V0EA 4GEZA 2ZGNA 3CKZA 1SCRA 1SLBA 3INAA 1F8CA 4Q8KA 1NNCA 2QWKA 1FV3A 1C1LA 2DWRA 4YFZA 3IN9A 3AK0A 2P3KA 3HMYA 2VSMA 4HIZA 4M4VA 2A3WA 3BIWE 2YMZA 1FX5A 3AZZA 5H9PA 3O12A 3B00A 5F5QA 1UN1A 1JHNA 4LBNA 4FPCA 5T5OA 4GZTA 1YRZA 3DGTA 4Y1UA 1KITA 2XZJA 1QGLA 3KM5A 1ENSA 5KXDA 2WSUA 1MS1A 5CAZA 3WOGA 4K1IA 2I2SA 3ZXJA 1NCBN 1Z4VA 2QWAA 3NSSA 1WW6A 3RSJA 4F83A 1LHVA 1LOFC 4M3CA 3ZPYA 5DZEA 2V5YA 4GZSA 4DGRA 2XCYA 3B01A 3WDYA 3AP6A 1KDKA 4FQ4A 3NWKA 3VKFC 1FAYA 1NN2A 2ZACA 1DBNA 2DV9A 1S0FA 1V3EA 2D3SA 4RL7A 4Q2FA 3MEPA 4GZWA 3N35A 4XOGA 1BKZA 1MZ6A 3ILNA 3WDUA 1IVCA 2NMOA 1XQNA 1B9SA 1L7GA 4AGGA 4PBOA 4D8SA 2A3XA 3INBA 4YG6A 2A3YA 4GZQA 4KS3A 1MS5A 2WKKA 3TIBA 1YXWA 4MWJA 2WT1A 3ZXFA 1OQ1A 2ZGRA 1NSCA 1SBDA 4MWLA 3AZXA 1FYUA 2ZMKA 2VVZA 3BODA 2F29A 3H0OA 1G7YA 2VXRA 3N7MA 1V6KA 4FVVA 1DIWA 5GLWA 1WW7A 1JW6A 3JU9A 4YFWA 2DYCA 1D2SA 1SLAA 3AYDA 3WDTA 3TI5A 1Z4XA 4FOWA 1W6QA 1W1XA 4M01A 1GKBA 3OY8B 3NV1A 5HUGA 4CPYA 4WA3A 1UX6A 3PJQA 1LOBA 1CESA 4U2AA 3WHUA 4M3MA 2EF6A 1S0IA 4FOQA 1LHUA 2ARXA 4I30A 3DUIA 4Y1ZA 1I3HA 1UKGA 1RITA 4LBKA 3A0KA 1W6MB 3U4XA 2E6VA 4XDQA 2X9MA 3ZSKA 3IMNA 3SALA 1SLTA 4FOVA 4P9XA 1DQ2A 1Z4WA 2PHFA 3N3HA 2V73A 3UL2A 1CN1A 3MPPG 1NCDN 4FQZA 2OUHA 1Q56A 5EXOA 2A75A 5IK7A 2DVAA 1G9BA 1R1ZA 4R9AA 4Q1RA 2GNBA 1GZ9A 2HTVA 4ATFA 4M3CE 2VK7A 3AX4A 1MS0A 1NSBA 4Y1XA 4ITCA 3PVNA 4M3CB 5H9RA 3ILFA 4Y26A 5IK5A 2ZGTA 2BZDA 2F11A 2ES3A 3ZXKA 1LESA 5GALA 5JOWA 3GNEA 2C4LA 2F0ZA 5KXCA 1J1TA 4NOTA 3W58A 3VKLA 1WCSA 4K1ZA 1VALA 1GNZA 2HU4A 2B8HA 1HDKA 1W6NA 3LSDA 3SNMA 3SILA 2YDPA 5JOXA 3B69A 2R0HA 3BTAA 1GYKA 4L8QA 2JD4A 3VKOA 3K3AA 3H73A 1Q8PA 2FHRA 1G8WA 1G9CA 1S0DA 4LBLA 5HUNA 2ENRA 1JBCA 4QN6A 1LGBA 4B7QA 2R49A 2ZB5A 3O5SA 3FFZA 3ZYRA 1HQWA 1LOGA 1ULEA 2XB6C 4B7NA 1EUSA 1UMZA 3AP9A 5IK4A 3SLIA 1SLIA 1JXNA 4MWUA 4XE9A 1QF3A 2CMLA 2JE7A 4GKXA 1Z50A 4BLIA 2EXIA 4GZXA 1EPWA 2DUQA 3WCRA 1KDMA 4YG0A 1V00A 1W6QB 1QNWA 5M1ZA 4YZ1A 2DURA 2W38A 3T1EA 1UAIA 1O4YA 5IT6A 1URXA 3R4SA 1F31A 2XZKA 1W20A 4GWMA 3QLQA 3CL0A 3CNAA 3IKWA 2QWGA 4XJZA 1UZZA 4R9CA 5T54A 2GALA 1LENA 1BJQA 4M00A 2DTWA 2PELA 1F9KA 2ZHNA 1NSDA 3AYEA 3I8TA 4HZWA 4BPZA 2PHRA 2NYYA 1AVBA 4BMEA 3D4KA 5SV8A 2SLIA 1WBLA 3AJZA 5F9TA 1EUUA 2W52A 2GMEA 2VU9A 2DTYA 4HANA 2VSKA 3O9KA 1NMAN 4GDJA 2AEQA 2AH2A 4KS1A 2ZBJA 4ISRA 1DZQA 4AVTA 1NCCN 3ZSMA 4PCRA 3ATGA 3WLUA 1Z0HA 2QWHA 5GLZA 4SLIA 3LCPA 3ILRA 4ZXKA 1W8OA 3LSEA 2PHXA 4WA4A 1DYKA 2RHPA 3IPVA 1D0HA 1USXA 4ZKTB 2ARBA 2D3RA 2OW4A 4Q1PA 1FNYA 1NCAN 4Y20A 1SACA 1W6NB 2JE9A 4TYSA 1KJLA 3A0NA 1BQPA 2HT5A 4MWQA 2A6WA 3M3QA 5GZDA 3A71A 3K39A 3GALA 4ATEA 4C1WA 2R1BA 2SIMA 4BBWA 1HKDA 1QMJA 4CPOA 3T1MA 4XJQA 1ONAA 3WNXA 1DFQA 2PHWA 4X6KA 3AP5A 4Q27A 1MWEA 3AP4A 2A70A 2VW2A 1RIRA 3GVKA 1MVQA 2G4IA 4YZ2A 2UURA 2OVUA 4K3YA 4HZXA 3V65A 5CB7A 4K1JA 1LULA 1E8UA 3RQ0A 2ZHLA 5CBLA 2ZGPA 4LBOA 3AZVA 4BMBA 4AGVA 4XJUA 1LHWA 1INWA 2ZGLA 1LEDA 2ZMNA 5CNAA 2QWFA 1IVBA 4FPOB 4X49A 2ZA9A 3WUCA 4OZXA 2UWBA 4NN9A 1H9WA 4X47A 1N3OA 3OGGA 5EYXA 2WT2A 5DUXA 3A4UA 1Q8OA 1MR5A 4GJTA 4YW2A 1GZCA 5IK8A 4DQAA 2QWBA 3WG1A 3OBTA 4MC7A 1AF9A 5T5PA 1N47A 1LHNA 4I00A 5JLVA 1G9FA 1JUIA 4YM0A 4QN4A 1CQ9A 1A3KA 1AX1A 3UK9A 2DVFA 2CWMA 1IKQA 3O9JA 4TZDA 1LJ7A 1LEMA 1LOEA 5FRAA 4P14A 2E7QA 1YI7A 3AJYA 1LHOA 2VK6A 1CR7A 2D6NA 3SITA 2P2KA 3AYCA 5T55A 1MS9A 4WEGA 1IKPA 1IS5A 1IVDA 3JUUA 1Z78A 3KQRA 1XOGA 1QOSA 5JVVA 4XHBA 1N1YA 4MX0A 4ASMB 1QDCA 4NO4A 1INVA 1CONA 4KS4A 3WDWA 2ZGOA 3IPVB 3SH4A 4FPLA 1Q8SA 4GXLA 4PBPA 1EUTA 2WLQA 2ZGUA 2P34A 1N1SA 1INGA 4Y20B 2QWIA 4M4NA 3TI4A 3M1HA 2HTQA 4H53A 2W68A 3TI3A 1V6MA 2F27A 1WCQA 4WA5A 2D6LX 3ALWA 3D5OA 1INFA 2ZZJA 2ZGSA 5JOZA 2HT8A 2ZGQA 1CPNA 4Q8LA 3TICA 5HCBA 4XILA 4XXAA 2F25A 2D3PA 3N7LA 2BERA 3B9CA 3WV6A 1LECA 2EXHA 1QOTA 5GLVA 1IOAA 3AXEA 1JYCA 1VIWB 3AZYA 4LBQD 1ENRA 1WW4A 2A5ZA 2ZAAA 2A6VA 1INXA 2GNTA 2D6MA 1GLHA 2R0FA 5DZFA 5HX0A 2GMMA 1C57A 4K20A 2RKCA 2GN3A 4CPZA 1GSLA 3NV3A 2LTNA 5LK5A 4Q26A 4K1KA 1SCSA 2C4AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FMOL 5FP9A 2OJHA 2DUOA 2VUDA 4XJ8A 1POV1 2R042 1VCUA 3PU3A 4BB3A 3KVAA 3WDVA 4RQPA 4UFJA 5FZ9A 3ZXDA 3POWA 5JMOA 1X82A 1OFZA 1ODMA 1GZWB 1WLCA 2ZABA 1UL9A 4LBJA 4L11A 4WVMB 4O61A 3TOJA 3GVJA 2TBVA 2Y60A 4CP1A 5LA9A 3MW2A 2C9AA 4I09A 4XXPA 5F5AA 2YGMA 3SCHA 4AI9A 4M3CF 5JZGA 3UC1A 4Y24A 5FPXA 1QU0A 1IJQA 4XMBA 2W9XA 1LGNA 4P5YA 1SFYA 2KM2A 4BZ4A 2DUPA 5C9AC 3JCIA 4N53A 4AWDA 4MJUA 5FOBB 2LM3A 1AX2A 4MWYA 1QXRA 5FZGA 4CDQC 2D5FA 3T4HB 1DLCA 4LT5A 4LOSA 1QJX1 4L99A 1O8SA 3ECQA 5HXVA 3T0BA 4BLJA 5FNUA 2RMU2 2WZR3 3JBG2 5EO7A 1YCIA 3TI8A 4G4FA 4PLMA 3OOXA 4K1HA 2RM22 4GMP0 5FOJB 3I3EA 3GZUC 1B9VA 4AHAA 1RUF1 1INHA 1W90A 4QU1A 1WW5A 4AVVA 2AR6A 1B35B 3G4EA 3S2KA 5FYSA 1L7HA 5HPOA 1S0BA 2W3JA 4XMIA 2F28A 1ZBE2 5JWPA 5LWBA 5KXBA 2XXZA 5CVRA 4IN4A 5FZEA 2D40A 2X5IC 1PZ7A 3ASIA 1USRA 1VCJA 3ST7A 2QQMA 4ES8A 2BGPA 1X36A 5C3RA 5IFPA 3WW2A 4XJWA 5EJ1B 3TWIA 4CUGA 2OQ6A 1TME3 4QQPA 4O9EA 1O3TA 2JIGA 4HK8A 4MGQA 1OVPA 1QHDA 3ES4A 2SBAA 4DY5A 1GNYA 1OD3A 1HXS2 2G8SA 3A9GA 2CDOA 5TSWA 2BNMA 2WLPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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