2AGSA

Trypanosoma rangeli sialidase in complex with 2-keto-3-deoxy-d-glycero-d-galacto-2,3-difluoro-nononic acid (2,3-difluoro-kdn)
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
634
structure length
634
Chain Sequence
MASLAPGSSRVELFKRKNSTVPFEESNGTIRERVVHSFRIPTIVNVDGVMVAIADARYETSFDNSFIETAVKYSVDDGATWNTQIAIKNSRASSVSRVMDATVIVKGNKLYILVGSFNKTRNSWTQHRDGSDWEPLLVVGEVTKSAANGKTTATISWGKPVSLKPLFPAEFDGILTKEFIGGVGAAIVASNGNLVYPVQIADMGGRVFTKIMYSEDDGNTWKFAEGRSKFGCSEPAVLEWEGKLIINNRVDGNRRLVYESSDMGKTWVEALGTLSHVWTNSPTSNQQDCQSSFVAVTIEGKRVMLFTHPLNLKGRWMRDRLHLWMTDNQRIFDVGQISIGDENSGYSSVLYKDDKLYSLHEINTNDVYSLVFVRLIGELQLMKSVVRTWKEEDNHLASICTPVVPATPPSKGGCGAAVPTAGLVGFLSHSANGSVWEDVYRCVDANVANAERVPNGLKFNGVGGGAVWPVARQGQTRRYQFANYRFTLVATVTIDELPKGTSPLLGAGLEGPGDAKLLGLSYDKNRQWRPLYGAAPASPTGSWELHKKYHVVLTMADRQGSVYVDGQPLAGSGNTVVRGATLPDISHFYIGGPRSKGAPTDSRVTVTNVVLYNRRLNSSEIRTLFLSQDMIGTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural and Kinetic Analysis of Two Covalent Sialosyl-Enzyme Intermediates on Trypanosoma rangeli Sialidase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma rangeli
molecule keywords sialidase
total genus 178
structure length 634
sequence length 634
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2005-07-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 2agsA02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 2agsA01
5AVAA 4C1WA 2EXHA 4LBNA 5H9SA 4H52A 3M1HA 3V0AB 2C9AA 2XB6C 2VW1A 2Q5TA 4PBOA 5B2DA 1AJKA 2GDFA 2HTYA 1KDMA 3APBA 4CPYA 4B7JA 3D4KA 1S0GA 4DFSA 4LBOA 2D6LX 4JCKA 1ULDA 1BKZA 3POSA 2YA4A 3N7KA 3OGGA 4GKYA 2HT8A 3N3HA 4HL0A 2RHPA 3TI4A 3I4IA 2DVDA 3ZXJA 2NYYA 3K38A 2BZDA 1ULEA 2GNBA 4KS5A 4MWJA 2R0FA 5IUQA 2WJSA 2XG3A 4YM2A 3IPVB 5KXEA 2YZ4A 3BIWE 2HU0A 5DG2A 4YM0A 2NMNA 1EUUA 2D6OX 4SLIA 3CKZA 5CA6A 2ZGUA 1LULA 3W09A 1Q8PA 1CVNA 4Q26A 1UL9A 2UWBA 2ZAAA 3V0BA 1N47A 1Z50A 2ZGPA 5CB7A 1BYHA 2JKBA 5E89A 1WLCA 4ZKTB 5H9QA 1AXKA 2A6VA 1LESA 1XOEA 2D3RA 3T1LA 3AXEA 1ONAA 4BMBA 2QWKA 2WSVA 3DGTA 1L7GA 1UX6A 2YY1A 1OKQA 2ZHNA 2D3PA 3N7JA 3RS6A 1FNZA 2A6WA 1GANA 1LEMA 1UMZA 5IT6A 1Z78A 4YW4A 3LCPA 1WW4A 3UK9A 1QNWA 1QOTA 4YW5A 2F25A 1NMCA 1Q8OA 4CPOA 1D0HA 2YDTA 2AGSA 4QN3A 1EURA 1DQ5A 5DG1A 2ZGRA 5GZGA 4HZVA 1CJPA 2ZMNA 1VCUA 2NP0A 3SLIA 3H6JA 1MR5A 2HTUA 3SH3A 2DUPA 4K1ZA 1AX0A 2E7TA 2ZGSA 2ZB6A 2YA7A 1G9AA 4YW3A 2A70A 4M4UA 2R1DA 3T2TA 1V6OA 2YDPA 1MZ6A 2C4AA 4LBJA 1DQ1A 1XOGA 2Z42A 5IK8A 1ULGA 2W39A 2F24A 2XZKA 5EXOA 1BJQA 1I3HA 1YI7A 1VLNA 1S0DA 1BZWA 2WKKA 3GVJA 3PMEA 1GYKA 1N1TA 1JYIA 2CWMA 5E8AA 2CMLA 4ITCA 1AVBA 1ENSA 3RG0A 2DUOA 3ZXEA 2PHFA 1GSLA 1MWEA 1DQ6A 1MACA 3ILNA 4FP2A 5T5PA 4TZDA 2QWIA 4Y22A 1XQNA 4FP3A 1APNA 2XZJA 4R9BA 3MPPG 1W20A 2ERFA 1FYUA 3HN1A 1UPSA 4M01A 3WHTA 3ZXLA 2QWJA 3ATGA 4WV8A 5HCFA 1Q8VA 1Z4VA 5KXBA 1WW6A 3WDVA 2A71A 4LBQD 1HQLA 1WD4A 2SLIA 1N1YA 4XXPA 2LTNA 2SIMA 4R9CA 3VUOA 2A6XA 3SITA 4WA4A 1IKQA 5DZGA 1QU0A 5H9RA 2VK7A 3C2UA 2NMOA 1I1EA 3TI3A 1HKDA 5T5OA 4CPLA 2HYKA 3ZSJA 4YGDA 2OW4A 3FBYA 1C1FA 4Q8KA 1LOFA 1SO7A 5DXDA 1F9KA 3SISA 1KRIA 4UW4A 1H30A 3ILFA 5BYNA 1NCAN 3A0NA 1MS3A 4WEFA 4GZPA 2DUQA 3IMNA 3O0VA 4Y22B 3OYWA 4Y1ZA 1H9WA 1MS8A 5CBLA 1WBLA 2XCYA 1NN2A 4GDJA 3USUA 5DUVA 2OUHA 1W6MA 4K1YA 1ZA4A 2QWHA 1LHUA 4I00A 2PHRA 1FX5A 3DUIA 4Y1YA 2ZKNA 1SCSA 1AJOA 2AH2A 2AREA 4MWYA 4W65A 4AGRA 2EALA 2W68A 1FNYA 1LENA 1PZ8A 4R9DA 4CPNA 1MVEA 1L7HA 2X9MA 1URXA 4XJ8A 4GDIA 1S0BA 2QWGA 4B7QA 4J9TA 2G4IA 2W5OA 1V6KA 1GLHA 2BF6A 3O5SA 3AK0A 3BEQA 4OZXA 1CPNA 4YFWA 1QOOA 1Q8SA 3FLRA 5EYYA 3O12A 4Q6KA 2F27A 2PHUA 1W1XA 4MWXA 3WG2A 3K39A 4FPKA 3OYWB 3TAYA 5GLVA 3JU9A 1AF9A 3GALA 4UF7A 1LOEA 4DS0A 4H53A 3WDYA 3USUB 1LJ7A 1W6MB 1W6PA 1A14N 3WDWA 3WHUA 3FUQA 5IK7A 4ISQA 3IKWA 4FQZA 2FMDA 3POYA 5F5QA 5E88A 2KM2A 1N3PA 4MWQA 4RA0A 2PHXA 1X50A 4XJRA 1W6OB 4MC7A 3SH5A 5JLVA 1S0EA 1IOAA 3FLPA 2VK6A 3TICA 4DQAA 1UKGA 4FPHA 4FVKA 3N7LA 2PHWA 1DIMA 1W0OA 2DTWA 4KS2A 4YZ1A 1WBFA 4CRQA 1F31A 3ILRA 5GZCA 2V73A 1S0FA 2VUAA 3NV4A 1O4ZA 4YZ4A 1CPMA 3NSSA 1V6JA 1N3QA 3ZSMA 2VSMA 4Y24A 1V3CA 2E53A 4GZWA 2WNEA 3SH4A 1FATA 3B69A 1YXWA 1KITA 1NNCA 1CQ9A 5T55A 1TEIA 4FPOB 3WV6A 1MS4A 1SBFA 3UJOA 3TIAA 1W6PB 5T5LA 4NC5A 3PVNA 3CL0A 1HLCA 2ARXA 3AFKA 2YXSA 1DIWA 3W58A 5HX0A 3M2MA 3TI8A 5IK5A 2HTQA 1Q8QA 1A78A 1A3KA 2GNTA 2GN3A 2TEPA 2ZACA 1Z4WA 1LEDA 1V6NA 4LBKA 1IS4A 1MS0A 1YYNA 2EXKA 2F29A 2P2KA 4Q8LA 1W6QB 4R9AA 2HTRA 3AP7A 4LBQA 4XBLA 4NCSA 4XJUA 1LODA 1JBCA 2R49A 3INAA 5GZEA 2JECA 1DYKA 2QWEA 2A75A 3IN9A 1G9DA 1N3OA 2EXJA 3AZXA 1G9CA 5HUGA 1NNAA 2W5NA 2EIGA 1GICA 4M3CA 2F28A 4M4VA 2ZGNA 2YMZA 1MS5A 1MS9A 3N7MA 1KDKA 3LSDA 2AEPA 1U0AA 3AYDA 1IS3A 3WNXA 3RQ0A 1QDOA 3D6EA 3M3CA 3WUDA 2A3YA 5JDBA 4NN9A 4AYUA 1SLCA 2HT7A 5HUNA 4YFZA 1USXA 4MX0A 4M3CE 3ASIA 3R4UA 2ZBJA 2F10A 1Z4ZA 3CYEA 4KS4A 5JOWA 4HZWA 1ENRA 2YA6A 3AYAA 2ZMKA 2UWAA 2ZHKA 4BOWA 3FFZA 3H0OA 1GZWA 1WCSA 4RL7A 3O0XA 3VV1A 1IVFA 1NCBN 4Q1RA 3I8TA 4XJAA 2UU8A 3R4SA 3VKMA 1W8NA 1IVEA 2CY6A 4YG3A 1V3BA 3AZZA 5JOZA 3SILA 4IQPA 2P3IA 1AZDA 1C57A 2JJ6A 3AYCA 1KQRA 3V0BB 4B7MA 1LHVA 1G8WA 4GALA 1MZ5A 2GMEA 4M00A 4UW5A 4H55A 1SLLA 4YGEA 1INVA 3VKLA 5CAZA 1LOFC 3WG4A 4XOGA 4AVTA 4D8SA 5DUWA 2HT5A 3BOPA 4FQ4A 1V3DA 2ZGTA 5GM0A 3T1EA 1GNZA 1NXD1 2VW2A 2W52A 1R1ZA 4Q2FA 3WLUA 4X47A 4MZEA 1G9BA 5JYYA 1JN2P 4FOYA 4YM3A 4K20A 1S0IA 1QGLA 3K36A 4QN6A 2OVUA 1S1AA 3GVLA 2WQZC 4XBQA 3RMYA 3WG1A 3RSJA 3WUCA 4AVVA 3K3AA 4Q1PA 2HTWA 1SLBA 2P34A 1LGBA 3AZYA 4GXLA 4WEGA 5HCAA 5FREA 1G86A 4ISRA 4P9XA 1VIWB 4WVWA 2ZHMA 1LOBA 4X49A 1YRZA 4ATFA 4YZ5A 4L8QA 3AXDA 2DYCA 2GMPA 1DZQA 4YW2A 1NSDA 3TI6A 3MW3A 4MJUA 2VW0A 2QWFA 3AJZA 4ASMB 4M3CF 4GZTA 2CNAA 3VKNA 4FVVA 1B09A 1RIRA 4Y26A 2ZA9A 1IS5A 3QLQA 2F13A 1JXNA 2ZGLA 1DLLA 1ENQA 3QCWA 4LBLA 2DURA 4QN4A 2AEQA 5HCBA 4B7NA 5GZFA 2DVGA 5T5JA 1UZYA 4GZXA 2F11A 3A71A 5JMCA 1SLAA 4MWWA 2P3KA 2AYHA 5GLTA 5T52A 3R05A 1WUVA 5GJ6A 1Z4XA 3WVJA 1LOCA 2JDZA 3B00A 1DYPA 3A72A 4Y1UA 4YG0A 4XIKA 2E7QA 4CPMA 4GZOA 4MWUA 3V64A 1F8EA 3L2YA 4BLIA 2R1BA 4D69A 1A4GA 1NCCN 1DFQA 4QN7A 1LCLA 3WDXA 4FPCA 4P14A 5GALA 2AENA 2D43A 1GZCA 1C1LA 2CL2A 5HUMA 4K21A 2GALA 2ZABA 3OY8A 1PZ9A 2ZGOA 4DPNA 2BQPA 3A0KA 1E8UA 2VSKA 1S0CA 2DU1A 4K1IA 5JVVA 2W20A 2JD4A 4P9YA 3B01A 3W59A 3WZ1A 3M3QA 1B9VA 3UL2A 2JE9A 1E8VA 2SBAA 5GLWA 1N1SA 2D44A 1IS6A 3WCRA 3IM0A 7NN9A 3KM5A 1BXHA 3ZSKA 4GJTA 3AYEA 4XZPA 1CN1A 1DILA 1WW7A 4FPGA 2QWDA 1V3EA 2VVZA 1HDKA 4XE9A 5GZDA 5IK4A 2GNMA 4U36A 2CYFA 2VY0A 2QWAA 1FV3A 1Y7BA 2ZB5A 2YROA 3Q9OA 2DU0A 4CTEA 4UW6A 2NZ9A 1VCJA 1GV9A 1F8BA 1OFSA 1Z4YA 4WA5A 5DZEA 2PELA 3KQRA 3WDUA 1W6NA 3NN9A 2QWBA 2PHTA 1NMAN 4YLZA 2B7YA 4BM8A 2WLQA 2D6PA 1WLDA 3OPZA 4XHBA 3IPVA 3OY8B 4P9WA 2OUJA 4JF7A 4FPEA 3WDTA 2ZMLA 2UURA 4XILA 4XJ9A 1Q56A 1QMJA 1LOAA 2ZHLA 2A5ZA 1QOSA 4AVSA 2WT0A 1NMBN 3O9JA 1YO8A 4DGRA 1L7FA 2H0BA 3NV3A 1NLSA 5EYXA 1V0ZA 1LU2A 3ALXA 4GA9A 2UWCA 3HMYA 1N1VA 4CZSA 1VALA 6NN9A 1USRA 4PCRA 5F9TA 1SCRA 3B7EA 1LHNA 4CPZA 2WT2A 4FPFA 4GZSA 4DRRA 2EXIA 1INGA 1YIFA 2D3SA 1FAYA 1INFA 4GWNA 2BATA 5GLZA 1DQ2A 1W6NB 1W8OA 4MWRA 4MWLA 5EWSA 5DUUA 1LHWA 1RINA 3V65A 3WG3A 4Y1XA 2EAKA 3TB0A 4FOWA 3H71A 2A7AA 1VAVA 1JOJA 4KS1A 3D12A 4LBMA 4F83A 3O0WA 4YG6A 3HR9A 2W08A 4GZQA 3M3EA 1H9PA 4AGGA 1IVCA 5T50A 3H73A 2R16A 2D6MA 4TYSA 1SFYA 2HU4A 3UJQA 1GKBA 1QDCA 1J1TA 1SNTA 4I30A 2A6YA 1SACA 1QKQA 2CTVA 3AP5A 1D2SA 2C4LA 3ZSLA 3WOGA 2VH9A 4FJ6A 2LALA 1CIWA 1W21A 2E51A 4KBBA 3ALWA 4HZYA 4JRAA 4M3MA 4XYXA 3AP6A 2GMMA 3JUUA 1IVDA 1WD3A 1ULFA 1IKPA 5T54A 3SALA 4HANA 2R0HA 4YGCA 4C1XA 4B7RA 5H9PA 1LGCA 2GNDA 1V0FA 1NCDN 3TIBA 2V5YA 3D5OA 2DVBA 1WW5A 4LBQB 1DHKB 1IVGA 4AGVA 3ZXFA 1SLTA 3JU4A 1RITA 3NV1A 3AJYA 1SLIA 5FRAA 1NNBA 2DVFA 3M3OA 2DVAA 2VU9A 4YGBA 4XMAA 4PF5A 2A6ZA 1UAIA 1UZZA 3CNAA 4M3CB 4K1KA 4Z8BA 3U4XA 4YZ2A 4XIOA 1MVQA 4MYEA 4Q27A 2A3XA 4Y20A 4XMIA 1CONA 4QNPA 4XTPA 4PBPA 1F8DA 1INXA 1BQPA 2VXRA 2D6KA 1Z0HA 2EF6A 1CR7A 1LECA 3CL2A 4KS3A 4FOQA 3MEPA 2AR6A 2I2SA 2YA5A 1CESA 3VKFC 1INYA 2XZIA 4BLJA 1EUSA 4MWVA 1AX1A 2W38A 4FOVA 1AX2A 1GZWB 4K1HA 1F5FA 1DQ4A 1ZM1A 3OJBA 1JW6A 2C5DA 2F0ZA 4FPYA 4UW3A 3MW4A 1GNHA 4HZXA 3B9CA 1WLWA 3D11A 1SBEA 2GN7A 2ZZJA 1INWA 1LTEA 2DWRA 2FHRA 4ZXKA 4XDQA 4FZHA 1HQWA 2A3WA 5CNAA 4K3YA 5GLUA 2WSUA 4Y20B 3O9KA 3FLTA 1QF3A 1INHA 1G7YA 3SNMA 1WCQA 1B9TA 1JHNA 3VKOA 4GWMA 3NWKA 2P3JA 4ATEA 5M1ZA 1DBNA 4DRVA 1PZ7A 1E8TA 4GB1A 3BODA 3PVEA 4JC1A 3PVOA 3FUOA 5DUXA 2BERA 3ZVXA 5NN9A 4K1JA 3B3QE 5DZFA 1SBDA 3NV2A 1A4QA 2D7FA 5KXDA 4BMEA 4YM1A 1EUTA 3OBRA 3BTAA 2F26A 3TI5A 5L73A 3SANA 5HUKA 5JOYA 2ZGMA 2JE7A 3GVKA 1NSCA 3AZVA 2VWDA 1KJRA 3A4UA 1C4RA 1AXYA 4WZFA 1W6OA 3AX4A 4XTMA 3OBTA 2CWSA 4FPLA 2P37A 4AWDA 1NSBA 3AP4A 2AUYA 5B2CA 3AZWA 4X6KA 1BJIA 4XXAA 4BBWA 1GZ9A 1AXZA 1LGNA 2YA8A 4GEZA 1LU1A 2ES3A 4HZZA 3RMXA 1V0EA 4BQ1A 1G9FA 1V6IA 1KJLA 1MS1A 4XBNA 4PQ9A 2DV9A 2ARBA 4WVVA 3N35A 4YZ3A 1EPWA 4XJQA 5SV8A 4HIZA 2WT1A 1F8CA 1ULCA 4XJWA 4YW1A 1OQ1A 3GNEA 1VAMA 2ENRA 4NOTA 4NO4A 1W0PA 4Y1VA 1IVBA 1S0JA 5KXCA 3V0AA 4QN5A 4FPJA 2B8HA 4WA3A 1DQ0A 3T1MA 2YV8A 3ZPYA 4X4AA 5JOXA 1LHOA 3H72A 3AP9A 3LSEA 4XJZA 1FV2A 1LOGA 1V6LA 2HTVA 4GKXA 3INBA 2DTYA 2ZGQA 3N36A 2SILA 1JYCA 2NN8A 3ZYPA 5LK5A 1JUIA 4M4NA 1QNYA 3POWA 1O4YA 1V6MA 3PJQA 3K37A 1V2IA 3ENRA 4U2AA 2F12A 1W6QA 1A8DA 3ZXKA 2E6VA 2QWCA 4BPZA 1B9SA 1V00A 1GBGA 3ZYRA 4MJVA 3WCSA 1DGLA 3RRDA 2VK5A 4MZAA 2RKCA 3MW2A 2NM1A 1UN1A 4XHXA 2D6NA 2ZGKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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