2JKBA

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanb in complex with 2, 7-anhydro-neu5ac
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
661
structure length
661
Chain Sequence
LSISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural and Functional Studies of Streptococcus Pneumoniae Neuraminidase B: An Intramolecular Trans-Sialidase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords SIALIDASE B
total genus 197
structure length 661
sequence length 661
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2008-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 2jkbA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 2jkbA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 2jkbA02
2AGSA 4CZSA 3T1LA 3WDWA 1EURA 5DUXA 1F8CA 2I2SA 5IK5A 4GWNA 3AZZA 4X6KA 5EYYA 2ZHNA 1Y7BA 3BIWE 3OPZA 1CESA 4WEFA 4YZ5A 1LOCA 4WA5A 4M3MA 2OUHA 1MVEA 2DWRA 2NN8A 5M1ZA 1GSLA 3TB0A 2QWGA 4MWQA 4XILA 1LESA 3IPVA 4KS3A 2QWDA 4XJ8A 1S0CA 2JE9A 2R1BA 3ZXLA 3JUUA 2NYYA 4GDIA 3FLPA 3OY8A 1NXD1 3IN9A 5E88A 3WZ1A 3RQ0A 1IVFA 3M2MA 4SLIA 1PZ9A 3T2TA 2NMNA 1QOSA 2QWFA 1G8WA 4GDJA 2DVBA 2VK6A 1ENSA 2A6VA 1EUSA 2CMLA 2ZHKA 1NCCN 5SV8A 3KQRA 4HIZA 4LBQB 2XZKA 1FV3A 2CWSA 3GVLA 4YW2A 4B7JA 2PHFA 3TI5A 4XBQA 3ENRA 1LU2A 4H55A 2ZACA 2D43A 4JCKA 1MR5A 1F5FA 3MW4A 4GA9A 4RL7A 3R4UA 1G9AA 5F9TA 1VCUA 4Q6KA 1HQWA 3IM0A 1GLHA 3TIBA 2AREA 4MWXA 3GNEA 3O0WA 3NV2A 3ZXEA 1F8EA 3WCSA 2A3WA 1N1SA 2DU0A 4YZ4A 3ASIA 4M4UA 1LU1A 4Q26A 4KS2A 3VKNA 4FPFA 1W6NA 1LCLA 1JN2P 3APBA 4DS0A 3IKWA 4CPMA 2ERFA 1IVBA 1URXA 2F0ZA 1IKPA 3K3AA 3HR9A 1V0FA 4AVSA 2HU0A 3ILFA 4FPJA 2UU8A 3AP9A 1LEMA 2XB6C 1IS5A 1ZA4A 1N1VA 4RA0A 4FPKA 1WBLA 1LHWA 1WW5A 1ULEA 2AR6A 1W0OA 5JOWA 3H71A 1WLWA 5GJ6A 1YRZA 1V3EA 3N3HA 4NC5A 2BZDA 1YI7A 4MWRA 2FMDA 2A3XA 4PF5A 4GKYA 1FV2A 1D0HA 3SNMA 4Y1ZA 4GB1A 4FPHA 2CYFA 4TYSA 5KXBA 1INVA 3A72A 3OYWA 2YDPA 2QWKA 2HTVA 2GMMA 1NSBA 4BMBA 2P3JA 4AYUA 1LHUA 3W59A 2QWIA 2EF6A 3V0BA 4LBOA 2ZMNA 4LBJA 1BXHA 1JHNA 3VUOA 1B9TA 1LOAA 5GLUA 2VK7A 4YW1A 1SBDA 3SLIA 4GZXA 4IQPA 5HUKA 2WQZC 2D6KA 1W6PB 1V6OA 1OFSA 1A4QA 3WDYA 1D2SA 4GJTA 4HZZA 1F8BA 1OQ1A 3T1MA 2P3IA 5EYXA 2GNTA 1UZYA 2A3YA 3AJZA 1MZ6A 1SO7A 3RSJA 2VXRA 5IUQA 2ZKNA 1AZDA 4HANA 2SBAA 2WKKA 3AZWA 4P9XA 2JDZA 1W8OA 1ENQA 1DILA 2W52A 2YMZA 2XZJA 4FOYA 2F13A 4YLZA 4MC7A 2GDFA 2F11A 5DG1A 1V2IA 2AUYA 1W6PA 3RMXA 1ULDA 3AP7A 1NSCA 4C1XA 5B2CA 5E8AA 1BKZA 2P34A 2P37A 3TI8A 4QN5A 3WG2A 3HMYA 3WDXA 2EXIA 1V00A 4KS4A 2DVDA 5BYNA 2P2KA 3AP4A 1AXKA 2VWDA 2DVFA 1FNYA 3FLTA 4Y22A 5NN9A 5JOXA 2A6ZA 4FOQA 4R9CA 3OBTA 4DRVA 1UN1A 1QOTA 4CPNA 4XDQA 1MACA 5DXDA 3N7LA 1QDOA 1A8DA 1LOBA 4XMIA 1NN2A 4YM0A 2V5YA 4MZAA 4NCSA 1LHOA 3W09A 5HCFA 2XG3A 2KM2A 4AVVA 4MWLA 3AYCA 4K20A 1LHNA 4XJRA 2PHXA 5JLVA 4UF7A 2JJ6A 2QWBA 3GVJA 3LSEA 1NLSA 1CPMA 1RINA 1JYCA 2DU1A 2ES3A 1MS3A 2F26A 1NCBN 1G7YA 2NMOA 1Z4YA 2GN7A 1LOFA 1UL9A 3AZVA 2PHWA 1AX0A 2WSVA 2R0HA 3B00A 4YM2A 5DZGA 5JMCA 1USRA 3O9KA 2DURA 2NM1A 2A6WA 4YM1A 2ZGQA 3AJYA 5IK4A 1SLAA 3VKOA 3WHUA 1GICA 3PMEA 5T50A 2WT0A 2YXSA 4BPZA 1INXA 5DG2A 4ATFA 2OW4A 2XCYA 2WT2A 1BZWA 2B7YA 4XMAA 1UZZA 4QN6A 4Y1VA 1NMBN 1VALA 2D3PA 3C2UA 3I4IA 3WOGA 3JU4A 1NMAN 2ZBJA 2DV9A 3AK0A 4PBOA 2ZA9A 5B2DA 3ZYRA 1A14N 3WLUA 4GZPA 4MJUA 1BYHA 3WHTA 1SCRA 2V73A 1N3PA 1S0BA 2E7QA 4M00A 3AXEA 2AYHA 3N7MA 3CYEA 5HUGA 3V0AB 1DIWA 4DQAA 1A4GA 4UW3A 4YW4A 4M3CE 3N35A 4XJQA 2VVZA 3GALA 1KDKA 3TI6A 1MWEA 1RITA 4YFWA 1SBEA 1SLIA 4LBKA 4HZWA 2H0BA 1QMJA 2D6MA 4XHXA 3ZYPA 1Q8VA 2YY1A 2Z42A 3I8TA 1Q8PA 2UWBA 2ARBA 4JC1A 2VW1A 4GWMA 1WD3A 5HX0A 1Z4XA 3V0AA 3DUIA 2WLQA 1C1LA 1EUUA 2EXJA 2QWJA 1H9PA 1SACA 3RG0A 1B9SA 4LBNA 1Z4ZA 1SLCA 3QLQA 2QWEA 1C4RA 3RS6A 4WA3A 2DVAA 5H9PA 2VH9A 1ULFA 1B09A 1MS8A 1WLDA 2EXHA 4XZPA 3LSDA 1V6JA 3L2YA 1V3CA 4GEZA 3B01A 4WZFA 2WSUA 5IT6A 1MVQA 4P9WA 1LHVA 2WJSA 5DUVA 2YROA 5CAZA 4BQ1A 3WG4A 3B7EA 2TEPA 1W6OB 1HDKA 4YGCA 1LENA 2D6LX 2GN3A 3WDTA 3INBA 1KITA 2GNMA 1HQLA 2ZZJA 4GZQA 1W6NB 4XJUA 1C57A 2QWCA 1R1ZA 4K1ZA 1DBNA 3ZSKA 3W58A 4YG3A 2CNAA 5H9RA 1VLNA 3UL2A 3Q9OA 5DZFA 1IOAA 3FFZA 4UW5A 3H6JA 4XJAA 4YFZA 4WEGA 3WDVA 3A4UA 4X4AA 1WBFA 4U2AA 4XTPA 1IVEA 5HUNA 1W0PA 3WG1A 3TICA 1LOGA 5T5LA 2Q5TA 1G9BA 1NNCA 1N1YA 1W6OA 1E8UA 1LTEA 3PVNA 1DYKA 1IVCA 1KDMA 4LBQD 3AX4A 1DYPA 1SBFA 1JUIA 1DLLA 5GZDA 5JDBA 4Y1XA 1GZWA 1G9CA 4NO4A 2HU4A 2QWHA 3SH5A 4BLJA 3INAA 3OYWB 4ZXKA 3FUOA 3CL0A 1AF9A 3WCRA 2AEPA 3K39A 1YXWA 3VV1A 1BJIA 1S0EA 4MYEA 2AENA 4K21A 2CWMA 4QNPA 1V6KA 5GLZA 3V0BB 3B3QE 4C1WA 2UWCA 4BLIA 1W1XA 4Y26A 1DQ6A 4DRRA 3AYAA 2C4LA 2ZGKA 3ALXA 3POWA 2DVGA 1L7FA 4FPYA 5T52A 4XYXA 5IK7A 3AXDA 2DUQA 3O0XA 4YM3A 2B8HA 5E89A 2F25A 3K37A 1A3KA 3AZYA 4UW4A 4XJ9A 1GZCA 2D6NA 4R9DA 4ISQA 2DUOA 1WUVA 2D7FA 2YA6A 4B7MA 2ZGTA 3FBYA 1IVDA 1MS5A 4BMEA 4NOTA 1CR7A 1G86A 4M3CA 4Q2FA 1TEIA 4YZ2A 3UK9A 2YA7A 3SH4A 4XE9A 4XXPA 1PZ8A 5HCAA 1S0JA 2GNBA 4YG0A 5GLVA 4NN9A 4Y22B 4M01A 1VIWB 3M1HA 4XBNA 4K1JA 3M3OA 4Q1PA 5GLTA 4AGRA 4MWVA 4TZDA 1ULGA 1CPNA 2CTVA 2CY6A 1KJRA 1Q8OA 1FX5A 1EPWA 1V0ZA 1VAMA 1AXYA 2VY0A 2WNEA 1NCAN 3AP5A 5HCBA 2EALA 5GALA 4XBLA 3SISA 2GMPA 4YW3A 4F83A 2CL2A 1CONA 1DQ1A 1G9DA 4AVTA 1MZ5A 2YA4A 1Z0HA 2GALA 1GZ9A 3H72A 2W38A 4CPLA 5T5JA 1WW6A 1V3DA 1LEDA 3TI3A 1DQ0A 5GZFA 2ZABA 3OBRA 1O4ZA 4PBPA 2PELA 1W6QB 4Q8KA 1W21A 3AP6A 3M3EA 4P14A 1AX1A 4MWYA 1YYNA 5GLWA 2QWAA 3WUCA 3N7JA 4WVVA 2P3KA 2UURA 2AEQA 1NSDA 3O9JA 1DQ4A 5FRAA 1V6NA 1Z50A 1F8DA 4W65A 3VKFC 3SITA 2SILA 2R1DA 2W5NA 2HYKA 1LJ7A 4FPGA 3BOPA 5AVAA 4Q8LA 4ITCA 1HLCA 2YA8A 4M3CF 4FVKA 1W6QA 3WV6A 2LALA 2A5ZA 1E8TA 1H30A 3ATGA 3ZVXA 5CA6A 3OGGA 4WA4A 4CPYA 3ZXKA 3VKMA 4GKXA 5GZGA 1ULCA 3NWKA 1QOOA 2R16A 3MPPG 4X49A 4U36A 1GKBA 4YGBA 2C9AA 3WG3A 4CTEA 3VKLA 1XOEA 1IKQA 1DQ2A 1Z78A 1INYA 4CPOA 1UKGA 2ZGUA 3CNAA 2ARXA 1A78A 1WLCA 2PHTA 1SFYA 1JBCA 4I30A 1KRIA 4HZVA 4J9TA 2ZGNA 3D4KA 4R9AA 3U4XA 2VU9A 2AH2A 4XJWA 1S0FA 4ISRA 2ZGOA 4HZXA 3ZXFA 4KS1A 1LGBA 1FNZA 4FVVA 2DUPA 3RMYA 4Z8BA 3AYEA 2D6OX 1WW7A 4R9BA 2YV8A 2ZAAA 3JU9A 4M4NA 2D6PA 2HTWA 5HUMA 7NN9A 3NV1A 3FUQA 1N1TA 4GZSA 2DYCA 4PQ9A 4BBWA 2E51A 4ASMB 1XQNA 1ENRA 4Y20B 1FATA 3ZSLA 1L7HA 5JYYA 3CL2A 1N47A 3MW2A 4FP2A 4BOWA 5DUWA 4B7NA 3ZSMA 1Q8SA 2W20A 4GZOA 1MS0A 1BQPA 1IVGA 2ZMLA 1GYKA 5CBLA 4FQZA 1NNAA 2HTYA 4K3YA 2DTWA 3WVJA 2E6VA 1S0IA 1ZM1A 2F29A 4K1IA 3NN9A 4FPLA 1AXZA 3O5SA 2W39A 2DTYA 5JOYA 4Y20A 3NSSA 1H9WA 2A7AA 4AWDA 1GANA 2ZMKA 4GZWA 1UMZA 1XOGA 5GM0A 4YZ1A 1AJKA 3A0KA 4MJVA 1DFQA 4XHBA 5DZEA 4K1YA 1GZWB 4FP3A 5FREA 3R4SA 1SCSA 2BATA 3MW3A 3TIAA 1CIWA 4CPZA 2F28A 1QF3A 2ZGLA 5KXCA 1AVBA 5LK5A 5JOZA 2HT8A 2E53A 3CKZA 3N7KA 1INHA 1LGCA 1O4YA 2LTNA 1QGLA 2HT7A 4GXLA 3H73A 2X9MA 4FPEA 4P9YA 2R49A 3T1EA 2GNDA 3ZXJA 1V6MA 4FPCA 1Z4WA 4YW5A 4L8QA 2WT1A 2SIMA 2VSMA 6NN9A 4XIOA 4WV8A 4Y1UA 1YO8A 1S0DA 5EWSA 4LBQA 2D3RA 1W20A 3NV3A 1IS3A 3UJQA 2C5DA 1LOFC 3ILNA 2VUAA 2A6YA 5T5OA 4DGRA 5CNAA 1SLLA 4YZ3A 1USXA 2F10A 5KXDA 4K1HA 3A0NA 1QNWA 1JYIA 4Y1YA 4XXAA 2BQPA 2R0FA 2F12A 2BF6A 1J1TA 2D3SA 2NP0A 3OJBA 2EXKA 4M3CB 2HTQA 1SLBA 4LBLA 4FJ6A 2VW2A 4KBBA 3V64A 1KJLA 3B69A 1DQ5A 1DZQA 2ZB6A 3D12A 4DFSA 4XOGA 1NNBA 3PVOA 1LOEA 3V65A 2NZ9A 1V3BA 3D11A 1S1AA 1V0EA 2A70A 4X47A 3SH3A 1W6MB 4FQ4A 3WUDA 1RIRA 1E8VA 4M4VA 1YIFA 1LECA 3TAYA 4AGVA 1FAYA 2E7TA 2RKCA 3UJOA 1SNTA 1Z4VA 2F24A 2ZHMA 3O0VA 4MWJA 2A75A 4Y24A 5T55A 4HL0A 3M3CA 4FPOB 3MEPA 4PCRA 2D44A 1N3OA 2A6XA 1S0GA 3WNXA 3POSA 2VSKA 4B7QA 5JVVA 3K38A 5DUUA 3D6EA 3AYDA 1NCDN 1JXNA 3D5OA 2JE7A 1DHKB 1WCSA 5F5QA 1MS4A 2YA5A 1W6MA 3IMNA 3PJQA 1WD4A 4H53A 4YG6A 3ZSJA 1X50A 2VW0A 1I1EA 1N3QA 2RHPA 3K36A 2G4IA 2OUJA 2HTRA 1HKDA 3RRDA 1QNYA 5GZEA 3NV4A 2BERA 2ZHLA 4MX0A 4XIKA 1G9FA 3AZXA 1Q8QA 4Q27A 5T5PA 1IS6A 3FLRA 1WW4A 4ATEA 4JF7A 4GZTA 1CJPA 4Q1RA 4LBMA 3LCPA 3TI4A 1W8NA 3BTAA 2GMEA 1BJQA 5H9QA 3N36A 3USUB 2W08A 2SLIA 1INWA 2EAKA 2VK5A 3AFKA 2ZGPA 1KQRA 3B9CA 3ILRA 4MWWA 1LGNA 2PHRA 5EXOA 4QN3A 1WCQA 1DIMA 4JRAA 1FYUA 1CQ9A 5KXEA 3HN1A 2ZGMA 1PZ7A 2W5OA 4ZKTB 2W68A 5L73A 3POYA 4MZEA 1NMCA 2JKBA 3BODA 4YGDA 3GVKA 1APNA 2HTUA 5H9SA 1AX2A 4YGEA 2C4AA 3USUA 4XJZA 4KS5A 1EUTA 1JOJA 4B7RA 3ALWA 1IS4A 1INGA 2YZ4A 2A71A 3R05A 4CRQA 2EIGA 4DPNA 1AJOA 1QDCA 4OZXA 2XZIA 1CN1A 5GZCA 5CB7A 1V6IA 1DGLA 2ZGSA 4WVWA 3DGTA 1UAIA 4MWUA 1QU0A 4FOVA 1L7GA 1LULA 3PVEA 1LODA 1VCJA 4BM8A 4XTMA 4QN4A 2ENRA 1ONAA 1CVNA 1B9VA 1MS1A 1SLTA 3M3QA 2ZGRA 1QKQA 1U0AA 2YDTA 4GALA 5T54A 4FOWA 1UPSA 2OVUA 2UWAA 1INFA 4H52A 1MS9A 1GNZA 1GV9A 4HZYA 3WDUA 4QN7A 3KM5A 3H0OA 1GNHA 1OKQA 3SANA 3SALA 2PHUA 4D8SA 1Q56A 1F9KA 1VAVA 1GBGA 3QCWA 1F31A 4I00A 4AGGA 2F27A 2JECA 2HT5A 2ZB5A 1V6LA 3SILA 1UX6A 3IPVB 3BEQA 4UW6A 4FZHA 4K1KA 5IK8A 3ZPYA 1I3HA 4D69A 3A71A 3OY8B 2FHRA 2JD4A 3O12A 1JW6A 1C1FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5BNQA 1J84A 1TMF1 2BNOA 2JE8A 3CKHA 2AGSA 3H1MA 3LPGA 4N53C 3THDA 3FWEA 4CZSA 1XNAA 1O6UA 4URAA 1YQ8A 1QJEA 1RUE2 5FZ1A 3T1LA 1HB1A 1AYN3 3WDWA 3CQOA 2D5FA 3HNYM 1S2EA 1EURA 4UBHA 5DUXA 3WP3A 1F8CA 1KEXA 1VRH3 2I2SA 3FBMA 3OD0A 4YRDA 3RYRA 4EZ4A 5BNOC 4LOTA 5IK5A 1H8VA 1HIXA 2Y60A 4GWNA 3NAPC 5LK7B 3AZZA 4X6KA 5EYYA 3T0DA 4COUA 4D6SA 2ZHNA 1OC1A 1Y7BA 3BIWE 3OPZA 1CESA 4MGZE 1NYWA 3GZEA 4WEFA 4YZ5A 3MLKA 3CBNA 5JWPA 1LOCA 4WA5A 3T0BA 3MUY1 4CXXA 2V5DA 4M3MA 2ARAA 2OUHA 2QKDA 1OOPB 2VZVA 4RQPB 5LATA 2K9ZA 4YARA 1MVEA 2BVBA 2BOJA 2DWRA 2NN8A 4CEYC 1PVC2 5M1ZA 2PA7A 3MI8A 4A44A 4AFDA 2G19A 3SREA 3PUSA 1GSLA 2HWC2 4IEQA 3JBG2 3ETQA 4GD4A 5JZGB 5LCWL 5DDJ2 1OPOA 4WM7C 1RUD2 2IAUA 3TB0A 1UIJA 1SFPA 1UU4A 3DKQA 4XILA 1LESA 1HXS3 1NA1B 2HYXA 2ZOEB 3IPVA 3OUIA 4IE7A 1R091 4KS3A 4UOUA 2QWDA 3H9AA 4XJ8A 1S0CA 3OB8A 4N9HA 2JE9A 2R1BA 3ZXLA 4OI0A 3UC1A 3JUUA 2NYYA 2VMCA 3OG2A 1QH6A 4GDIA 2VAUA 3FLPA 3DYMA 2Z2SB 3JD72 2JIGA 3AMHA 3OY8A 1NXD1 3IN9A 5E88A 3WZ1A 3RQ0A 2PXJA 1IVFA 5FLIA 1REDA 3AVSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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