2VW0A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
657
structure length
657
Chain Sequence
SPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of the Nanb Sialidase from Streptococcus Pneumoniae
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords SIALIDASE B
total genus 192
structure length 657
sequence length 657
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2008-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 2vw0A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 2vw0A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 2vw0A02
5JOWA 1F8DA 4WA5A 1R1ZA 1G9AA 5DUVA 3USUB 1WLWA 1LTEA 3N7LA 1Z0HA 1VCJA 1W6PB 2AREA 2VVZA 1W6OA 2GNBA 2D6MA 3AP9A 3SNMA 4XZPA 3RSJA 4XJUA 2UWAA 1ENSA 1IVBA 1V0FA 2W20A 2DTYA 1GNZA 1WBLA 5GLVA 3V0AA 1WCSA 2QWHA 4FPCA 2QWFA 4GZOA 1QF3A 5GZEA 4JF7A 1I3HA 2AYHA 4XTPA 4AGRA 3H72A 3L2YA 4I00A 2A3WA 3BEQA 4FPFA 4R9DA 1V6MA 1GZ9A 3ZXKA 4HZWA 4YZ5A 1GV9A 3ZSJA 2P3KA 2DYCA 4Y1UA 1LGNA 1G9CA 5GLTA 2FMDA 1INWA 2AENA 4FVKA 4YGCA 5T5LA 1F8CA 2C4AA 1HLCA 4LBQD 2P34A 2F27A 4YFWA 4UW3A 4GA9A 1C57A 1S0DA 1DQ5A 1CQ9A 5T5OA 4GZTA 3W09A 2QWJA 3ZYRA 4XILA 3FUQA 4R9AA 2RKCA 5EXOA 1DHKB 4AVVA 1GBGA 2HTWA 1WLCA 1LHWA 2XZIA 3W59A 3TI5A 2ZMNA 4BLIA 4ZXKA 4ATFA 1UKGA 2F11A 2D6KA 1SCSA 5T50A 4TZDA 2A5ZA 2YA4A 4FQ4A 3AP7A 1YO8A 3SALA 1H9WA 4XBLA 1V0ZA 3BODA 1ENQA 1B9TA 2D44A 2VH9A 1NCBN 3AYEA 3RMYA 1WBFA 1W6NB 2B7YA 5AVAA 3AZXA 5DG1A 5F5QA 2PHUA 3WOGA 3BTAA 3NSSA 2VW0A 4XXPA 4GZXA 2OW4A 2OVUA 1N47A 5CB7A 3IPVA 1NSBA 4YZ3A 5CBLA 4LBNA 2ZGTA 4FVVA 2EALA 5GZGA 2CMLA 2D43A 4YW2A 5H9RA 1XQNA 3OY8A 1CIWA 5DUXA 3TI8A 5B2DA 3ILRA 1W8NA 1UX6A 2WKKA 2EXHA 2PHWA 4XMIA 3AJYA 3WVJA 3V0BA 4YGBA 3HMYA 4JRAA 3IN9A 2YY1A 4FPHA 1QGLA 2WT1A 1QDCA 4YW3A 2VK5A 5DG2A 4H52A 4M01A 1JBCA 2NM1A 3C2UA 1V3BA 4UW4A 3UJQA 5DXDA 2VSMA 1BYHA 3VKFC 4FP3A 3TIAA 1DLLA 1W6MA 1LOFC 3A72A 4BMBA 3LCPA 1AJOA 1SACA 3O5SA 4XMAA 4XTMA 1LODA 2VK7A 5KXCA 3SANA 1Q8PA 1LGBA 2D7FA 4J9TA 1OQ1A 2EAKA 1KITA 1DQ1A 3ZXFA 5KXEA 5DZFA 2X9MA 4KS3A 3R05A 2DUQA 3I8TA 1H30A 2QWAA 2ZB5A 4FOQA 3H71A 2ZGMA 2QWBA 1HQLA 5GLZA 2GMMA 2DVFA 2VUAA 4XHBA 5GLWA 3RRDA 1USRA 1FNYA 2R0HA 1D0HA 4YW4A 1LOGA 1DQ6A 1Q56A 1AXZA 4M3MA 1V6OA 1F5FA 4CPZA 3K3AA 1MVQA 2W5OA 3M3QA 1LOCA 2D6NA 4KS1A 2GDFA 4U36A 3MW2A 1VLNA 1MWEA 4DGRA 1AVBA 3TB0A 5DUUA 3WHUA 3WG4A 4MWXA 3AK0A 1Z4ZA 2WT2A 1L7GA 2DUPA 2HTUA 3OBTA 3WDTA 1W21A 1V3EA 1LHOA 4CZSA 1RINA 3A0NA 2ZHLA 3FBYA 4NOTA 5IK8A 3ZSLA 4MYEA 4FOVA 5IT6A 3RQ0A 4FPJA 4YLZA 4XIKA 1S0JA 3M3OA 4GWMA 4XJZA 2YZ4A 2WNEA 3M2MA 1N1YA 2ENRA 3AYDA 5GZCA 1V0EA 1NN2A 4JCKA 4YG0A 2ZBJA 3ASIA 5JVVA 4AWDA 3WDVA 5KXBA 4BPZA 4HZZA 5F9TA 4MZAA 2P37A 3AZYA 4GKXA 3POSA 5E8AA 2WSVA 1IVDA 2DVGA 1KRIA 4UF7A 2NZ9A 4Y20B 1W6NA 1RITA 3FFZA 1J1TA 4M00A 2QWIA 3O12A 4C1XA 4QNPA 2D6PA 4RA0A 1MZ6A 1GZWA 1APNA 2SIMA 3WV6A 2D3RA 3TAYA 1CPNA 1JUIA 1MS1A 4HZVA 3K37A 4XHXA 1LHNA 1AX2A 3POWA 5EYYA 2ZMLA 5T55A 4Q2FA 1Z78A 2ZHMA 1Z4WA 1QOSA 1FNZA 1IKQA 1NNCA 1Z4VA 1LENA 1H9PA 4WVWA 3ATGA 1LOEA 1L7HA 4M4VA 4MWQA 3PJQA 5IK5A 3JUUA 2YROA 3UL2A 4XJRA 3SLIA 5IK7A 1Q8OA 1N1TA 4XJAA 1E8VA 2A75A 1SLBA 1F8EA 2ZHNA 2DWRA 1HQWA 2PHRA 2JE9A 3AP6A 4K20A 4MWYA 2ZGUA 4GKYA 1YYNA 1NCCN 2GN7A 1AX0A 3PVNA 1GSLA 1Q8VA 2UWBA 3R4SA 2QWEA 4XDQA 4GZPA 3RG0A 2GNDA 4RL7A 1AX1A 1V6IA 1QKQA 1B9VA 2NYYA 2W08A 2W38A 4TYSA 4X4AA 1QOOA 2I2SA 2WSUA 2SLIA 4H53A 3MPPG 1DBNA 2QWDA 3CL0A 4AYUA 2E6VA 4B7JA 1ULCA 1URXA 1VAVA 4CPOA 1FV3A 3M3CA 1JYCA 2V5YA 2VU9A 1QU0A 4WVVA 4R9CA 4PCRA 3WUDA 1QDOA 1GZCA 2A6YA 3VKLA 1DFQA 4FPLA 3KM5A 1IKPA 1MS0A 4X6KA 4WEFA 1MVEA 3OPZA 4HIZA 1JN2P 2E51A 1F31A 1G7YA 2ZAAA 2F28A 1EUSA 1FYUA 4YGDA 1IVFA 4MWUA 3N7JA 3K38A 4AGGA 4GXLA 2HT5A 5HUNA 2HTQA 3SILA 1LHVA 4FP2A 4KS5A 3TI4A 3WCSA 1MS5A 3AFKA 1A14N 2PHTA 5B2CA 3AXDA 2A70A 1NMBN 2ZA9A 2DV9A 2YDTA 4M3CA 3AXEA 2AUYA 5KXDA 4XE9A 1UZYA 4SLIA 3AYAA 2NP0A 2PELA 2JE7A 4CRQA 1NMCA 3D5OA 1AF9A 1UPSA 3NV3A 2ARXA 3CL2A 4XJQA 1GZWB 1SCRA 3ILFA 3FLTA 3NN9A 3SH5A 4LBJA 3VUOA 2ES3A 2DVDA 1W6QB 2ZHKA 3TICA 2GALA 4HZYA 1KJRA 4Y22B 4B7MA 2YXSA 4LBOA 1NMAN 4Y20A 1RIRA 1WD4A 1B09A 3ZXJA 3NV1A 4WA3A 4K1JA 4GB1A 4K3YA 3INAA 1CPMA 4B7RA 4H55A 4QN3A 2W39A 2Q5TA 1A4GA 1LEDA 2DUOA 1GANA 3N36A 1A8DA 5JDBA 2A71A 2P2KA 1HDKA 4FJ6A 3APBA 5BYNA 1V2IA 4DPNA 3HR9A 1E8TA 3A71A 1AJKA 4WA4A 4DRVA 3T1MA 3ZSKA 5T52A 1DIMA 4MZEA 2ZACA 3CNAA 2NMNA 4D69A 1VCUA 3K39A 3IKWA 4FOYA 1HKDA 2E53A 3WDYA 2PHXA 4YZ2A 4NC5A 4Q1PA 4KS2A 1IOAA 3SH3A 3GVJA 4M4UA 4ISQA 2C4LA 2F24A 1JOJA 4BQ1A 1YI7A 2QWGA 1SFYA 1WW6A 4QN4A 2DVAA 3H6JA 3ILNA 2DURA 3GNEA 2XG3A 3O0WA 1ONAA 4CPNA 1VALA 3WG1A 1ULDA 1NCAN 5JOXA 5SV8A 1WD3A 3OYWB 2HU0A 2QWCA 2D6LX 4F83A 1UZZA 1Z4XA 4C1WA 2WJSA 5LK5A 1NSCA 1DQ2A 2P3IA 4FPGA 3CYEA 1DIWA 4BBWA 1MZ5A 4XYXA 1SLTA 3R4UA 3B9CA 2EIGA 2WQZC 4MWLA 3PVOA 2XZJA 4ATEA 3AJZA 1WUVA 2ERFA 5JOZA 2UU8A 1WLDA 4DQAA 1KDKA 1CN1A 4YZ1A 4U2AA 1FV2A 4LBLA 1ULEA 4P14A 1WW5A 2DVBA 3VKOA 3CKZA 1N3OA 1MACA 1G9FA 1S0BA 1C1LA 4GZSA 2VXRA 2AH2A 2JD4A 4D8SA 1INFA 1MS8A 4M3CB 3JU4A 4FOWA 3HN1A 1V00A 5HUKA 4FPOB 3GVLA 2R1DA 3A0KA 1N3PA 5L73A 1Z50A 3WDUA 1MS3A 2ZGSA 4MWVA 4JC1A 1GICA 1KQRA 1SLCA 4I30A 1NNBA 1V6KA 3ALXA 2GMEA 1LESA 2AGSA 2ZGOA 1V3CA 2LALA 3V64A 2JECA 1SBFA 1CR7A 3VKMA 1ZM1A 1SLLA 4YZ4A 5JLVA 1S0IA 2OUJA 1F8BA 4Q8LA 1Z4YA 2R49A 2ZGLA 1G8WA 2VK6A 2CWMA 2R1BA 3WCRA 4FZHA 2V73A 3A4UA 2JKBA 5IUQA 1DGLA 1V6LA 4NCSA 5T5JA 5GZDA 1ULFA 4MWJA 1GLHA 1W6QA 2ZZJA 1LECA 1DYPA 1V6JA 3D12A 2GNTA 4ZKTB 2CTVA 1BKZA 2EXKA 4Y22A 4HZXA 1N1SA 4Q6KA 2HU4A 1V6NA 3K36A 5E88A 1DZQA 2F12A 1YRZA 4BLJA 3UK9A 1LGCA 1INHA 5FREA 4UW5A 5DZGA 5GM0A 4PF5A 3BIWE 3DUIA 5NN9A 2A3XA 4K21A 2CL2A 2PHFA 1F9KA 4AVSA 1W0OA 3N7MA 3T2TA 5H9PA 3POYA 2H0BA 2C9AA 1LOFA 1VIWB 3O0XA 2EXIA 2F0ZA 2KM2A 1INYA 2UURA 2OUHA 2A3YA 5CAZA 1EUUA 4CPLA 4UW6A 2CY6A 4XJ8A 4QN6A 3OJBA 3RS6A 3WHTA 3D4KA 6NN9A 4AVTA 3M1HA 1SLAA 4ASMB 2VW1A 1S0FA 2ZABA 1JHNA 1EUTA 3PMEA 4AGVA 5HUMA 2ZGNA 1QMJA 4YM1A 1NCDN 1FAYA 1NNAA 2BERA 5IK4A 2XB6C 2HTYA 3Q9OA 4BOWA 3WUCA 4YGEA 4P9YA 2BQPA 4CTEA 1UMZA 4Q1RA 2EF6A 1S0CA 4WZFA 2QWKA 3SISA 2GN3A 1ENRA 1CONA 1E8UA 3OYWA 1LOAA 2D3PA 1W8OA 1N3QA 3B01A 3LSDA 4XBNA 1UAIA 5M1ZA 5GLUA 1LU2A 3OBRA 4CPMA 1IS3A 3WZ1A 1SBEA 1IVEA 4FPKA 2SILA 4YM3A 2Z42A 4GJTA 3MW3A 3B7EA 2YDPA 3FUOA 3H0OA 3AX4A 3ZPYA 4ISRA 4XJWA 1W20A 1DYKA 1QNWA 5T54A 1OKQA 4B7NA 1LHUA 1INVA 4K1YA 4X49A 1D2SA 4ITCA 2YA8A 1BQPA 1N1VA 2G4IA 2JJ6A 4QN5A 4BMEA 4GZQA 4YM2A 3WLUA 1U0AA 5HCAA 3FLRA 1BZWA 1EURA 1MR5A 3QCWA 1YIFA 3H73A 2HTVA 4P9XA 3T1LA 4FPEA 5GZFA 2XCYA 3N7KA 3WNXA 3ZXLA 3W58A 1OFSA 2R16A 1IVCA 1VAMA 4MWRA 7NN9A 1SLIA 4YM0A 3IM0A 1B9SA 1BXHA 1DQ0A 1UN1A 1WW7A 4FPYA 1XOEA 4QN7A 2VSKA 4KS4A 4PQ9A 1X50A 4CPYA 1LCLA 1DQ4A 2GNMA 4PBOA 1LEMA 1W0PA 1AZDA 1I1EA 1O4ZA 1Q8SA 5EWSA 1IVGA 2BATA 4XXAA 4DS0A 1BJQA 1TEIA 2W52A 3WG2A 1JW6A 1FATA 4XIOA 2LTNA 2P3JA 2UWCA 1S0EA 5HX0A 3T1EA 2F26A 1O4YA 5GALA 2ZGRA 3AYCA 3NV4A 2RHPA 1G9DA 1DILA 4LBQB 2AEPA 1IS6A 2A6XA 3U4XA 1A78A 3SITA 3B69A 2YMZA 4KBBA 4HANA 4M3CE 1NLSA 3FLPA 3OGGA 2AR6A 3GVKA 4LBKA 4Z8BA 4WV8A 3O0VA 1GYKA 2D3SA 5DUWA 4MJUA 2BZDA 4Y1YA 3ALWA 5H9QA 5JMCA 2YA7A 2A7AA 5JYYA 3AZWA 3AZVA 5HCBA 5H9SA 1BJIA 1WCQA 5HUGA 1SNTA 3LSEA 3V65A 3B00A 1W6OB 2DU0A 1A3KA 2WT0A 1A4QA 4K1KA 1WW4A 2EXJA 1PZ8A 1EPWA 5HCFA 4YG6A 3TIBA 1MS9A 1SO7A 4GEZA 4IQPA 2YA6A 3DGTA 2WLQA 2JDZA 4MWWA 1CJPA 1LU1A 1C4RA 3V0AB 3VKNA 3VV1A 4Y1VA 4NO4A 3USUA 2HTRA 5EYXA 1S1AA 2F10A 3ZVXA 2CNAA 2A6WA 4PBPA 4MC7A 2E7TA 1W6PA 4XBQA 4NN9A 4K1ZA 1LULA 3AP5A 2F25A 2ZGPA 1AXYA 3TI6A 3ZYPA 1S0GA 4MX0A 4DRRA 1ULGA 4YW5A 4LBMA 2NMOA 3D6EA 4GWNA 2F29A 2ZB6A 1GNHA 4R9BA 4BM8A 2YV8A 2D6OX 3D11A 2YA5A 1UL9A 4W65A 2BF6A 1L7FA 5T5PA 2HT7A 3SH4A 3WG3A 2F13A 4YFZA 2A6VA 3ZSMA 2ARBA 3NV2A 1XOGA 4Y1XA 2SBAA 3NWKA 4GALA 1CESA 1G9BA 1USXA 4XJ9A 1IS5A 1INGA 2VW2A 3MEPA 4P9WA 4B7QA 4Y26A 1MS4A 1FX5A 5FRAA 2ZGQA 4M4NA 3B3QE 2W5NA 3UJOA 1NSDA 2VWDA 3ENRA 3M3EA 2HYKA 3N3HA 4X47A 2XZKA 2R0FA 1AXKA 1QOTA 3RMXA 1C1FA 4Q8KA 4K1HA 4Q26A 4FQZA 1GKBA 2TEPA 2VY0A 5E89A 1JYIA 4HL0A 3WDXA 3TI3A 4YW1A 1PZ7A 3IPVB 2ZMKA 1KJLA 3AP4A 4Q27A 2C5DA 2DTWA 3O9KA 1SBDA 1CVNA 3OY8B 4DFSA 2ZGKA 4Y1ZA 1QNYA 1KDMA 3I4IA 3ZXEA 3INBA 3GALA 1INXA 5JOYA 3JU9A 4Y24A 4YG3A 2DU1A 2NN8A 2A6ZA 3N35A 5DZEA 1ZA4A 3V0BB 1V3DA 1YXWA 1Y7BA 5GJ6A 1JXNA 1IS4A 3AZZA 2E7QA 3WDWA 4L8QA 4WEGA 1G86A 2W68A 4GZWA 4K1IA 3QLQA 2ZKNA 3MW4A 4LBQA 5CA6A 1Q8QA 2CYFA 3KQRA 4OZXA 1NXD1 4M3CF 1W1XA 4GDIA 3PVEA 3IMNA 4XOGA 1W6MB 3O9JA 2FHRA 5CNAA 2GMPA 2HT8A 4MJVA 1LOBA 2B8HA 1LJ7A 1PZ9A 2CWSA 2AEQA 3BOPA 4GDJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NA1C 5JOWA 1QJX2 4YY8A 4KL1A 2DBNA 1H8TA 5BNNB 1F8DA 1X2JA 3J9SA 3WEZA 3IMMA 4EN6B 4P9JA 1XB9A 1OURA 1TNFA 2ADDA 5JCTA 2FDHA 5L9RA 4WA5A 1FT9A 3ST7A 4P08A 1R1ZA 4DXRA 1G9AA 5I0RA 5DUVA 1SG3A 2XJTA 3PIJA 4OMCA 1WLWA 3Q8AA 3USUB 2QQMA 4QXBA 5F7UA 1YJLA 4EROA 2X10A 5IJRA 1LTEA 4LO7A 3SRGA 3HBZA 2EA7A 3N7LA 4D6QA 4V2VA 1Z0HA 3HLIA 1VCJA 4DB5A 1E5IA 1RYYA 3SOVA 3M7AA 3LF7A 5FY4A 1RUF3 1W6PB 2AREA 2WL1A 3GJBA 3KV5A 2VVZA 2VO5A 1FPN1 4XF3A 5I91A 4MUVA 1W6OA 5A3OA 1WCDJ 2GNBA 2D6MA 3AKQA 4XFAA 3O4PA 3MFAA 4RR3B 5FXXA 2MEV3 3AMMA 3AP9A 5EHDA 3T08A 4BQ5A 3LPFA 4RQPA 1PK6A 3SNMA 4DUXA 3T3YA 1ZBA2 4XZPA 4IFLX 3A22A 4Q4X2 4IEZA 1JMUB 3RSJA 5C4WB 2XQRA 4XJUA 2UWAA 1ENSA 2XBO3 2PXJA 4JAAA 5JSPA 1IVBA 1V0FA 5GX1A 4A0PA 1AYM3 4FXGB 2W20A 5I0DA 1RUJ3 2J1TA 3L6VA 4LO8A 2HYXA 2DTYA 1AL22 1GP5A 1H6LA 4CU9A 1OPMA 5LWBA 4JGZC 1F35A 2IXHA 2RDNA 1GNZA 3TN91 1WBLA 2WNVA 4ZZ5A 1US2A 2BOJA 3LWCA 4AFDA 5GLVA 3V0AA 1RUC1 4LA2A 2VOKA 3OTFA 4GMP0 4CXYA 4QPIA 3NSTA 1WCSA 1ZGKA 2QWHA 4FPCA 2QWFA 5A3WA 3LZZA 1JYTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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