2VW1A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae
Total Genus 184
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
184
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of the Nanb Sialidase from Streptococcus Pneumoniae
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords SIALIDASE B
total genus 184
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2008-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 2vw1A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 2vw1A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 2vw1A02
2ZB5A 2WLQA 4MWJA 4M3CF 3NV2A 1WLCA 1RINA 3M3EA 1WCSA 1NCBN 1LEMA 5B2CA 3LCPA 2JE7A 4YW3A 1LULA 4YG3A 4U36A 1MZ5A 4YZ3A 1DLLA 3POYA 1S0JA 3V0AA 3RMXA 2AYHA 1MR5A 2D3PA 1S0GA 5DUWA 3RQ0A 1YRZA 4K1KA 2TEPA 5EYYA 1F8EA 1MS9A 1E8TA 4GZSA 4WVVA 3O12A 2A3WA 5DUVA 5IUQA 4XJ9A 1W20A 4HZXA 2W20A 3ZYPA 4M3CB 4YW5A 4R9AA 4H52A 1G9AA 4RA0A 1V6NA 1LGNA 4JF7A 2JKBA 4YG0A 5KXBA 1INYA 2C5DA 2XCYA 3D12A 4ITCA 4XTPA 1O4YA 1USXA 4KS4A 1IS4A 5H9QA 3TIBA 4XOGA 3NWKA 3V0AB 3I8TA 3AP7A 4YM0A 2W38A 3APBA 3O9KA 1NLSA 4YW2A 2D6LX 3GALA 2LALA 2WT0A 1AVBA 5CB7A 3AFKA 2CNAA 2OW4A 3D6EA 2XZKA 2W68A 2QWIA 1BXHA 4WEGA 1MS5A 3LSDA 2DV9A 2EIGA 1LTEA 3ZPYA 1IVGA 1DFQA 1KDMA 2QWDA 1Q8VA 2DWRA 3SANA 2ZABA 1H9WA 4AGRA 1PZ8A 1SLAA 2W52A 2F28A 4QN7A 1W6QB 3WDWA 3W09A 2F27A 2YXSA 2QWAA 1KJRA 1QDCA 1SLTA 2PHUA 3C2UA 5GM0A 1INXA 2D3SA 2D43A 1DYPA 1BKZA 3NV3A 2A75A 4GDIA 2UWAA 3FBYA 1LHWA 1C4RA 2D6KA 1Z4XA 4ATFA 4K3YA 3K37A 1Z0HA 3WZ1A 1FV2A 1S0IA 3WUCA 2ZGNA 3AP4A 3AP5A 2YMZA 1N1YA 1LU2A 1DQ6A 2OUHA 2QWCA 4GXLA 1Z4VA 2A6VA 2ES3A 2DTWA 3N7MA 2A6WA 1CQ9A 1DQ2A 2DURA 3N7LA 5HX0A 1LOFC 1V6LA 3W58A 5H9PA 2D6MA 3UK9A 4JCKA 3KM5A 3POWA 1QDOA 3JU4A 1VAMA 3WDYA 5M1ZA 3FUOA 5IK5A 4Y1UA 1G9BA 4MYEA 2FMDA 3BIWE 3IKWA 2A70A 4BOWA 3L2YA 3ATGA 2UWCA 2DVBA 4X4AA 4MWRA 3POSA 2JECA 4BM8A 2QWKA 2EXIA 4JRAA 4BQ1A 4WV8A 1Q8SA 3CNAA 4ATEA 2AENA 2ZGPA 1EUSA 4Y22A 4XYXA 4DPNA 1GKBA 3WG3A 2R0HA 2CWMA 1MS4A 2OUJA 4QN3A 5T5LA 3T1MA 4GALA 4R9BA 4K21A 1S0BA 4YW4A 2GNTA 3A71A 3INBA 4XTMA 2EXKA 4XIOA 3WCRA 2D7FA 4FPGA 4UW5A 1UKGA 4HL0A 4GA9A 3SNMA 4LBOA 2HTQA 2ZHLA 1DQ1A 1WW6A 1OFSA 4FOVA 2NM1A 2LTNA 3SH5A 4U2AA 2PHRA 1GZ9A 5GLVA 3M1HA 1ULDA 2YROA 4M00A 1DHKB 4M4NA 2ZGTA 3JU9A 1Q8QA 4B7NA 4FOYA 4WVWA 4H55A 1U0AA 4HZZA 1J1TA 4MX0A 5T52A 1W8NA 3ZSLA 2HT5A 3AP9A 3O0XA 4YFWA 1WLDA 3MW3A 2YDTA 3WNXA 3WLUA 1IOAA 4PCRA 4Y24A 4ZKTB 3RG0A 2GDFA 2X9MA 3PVNA 1B9VA 3M2MA 4K20A 4BLIA 2ZMKA 3WHTA 2A6ZA 3WG1A 3ZYRA 1FATA 4LBQA 4Q1PA 1V0FA 2A6YA 1MWEA 1LOEA 3K38A 4FPFA 2WQZC 1INFA 4K1IA 4F83A 1MS3A 2R0FA 2RHPA 5E89A 4YZ4A 5DG2A 1S0DA 2DUPA 2DTYA 3OYWA 1INVA 1RITA 2NN8A 3M3QA 5HUNA 3ALWA 4CPYA 3MPPG 2RKCA 4FOQA 2A7AA 4D8SA 4GEZA 2PHTA 3H71A 1V6MA 3A4UA 3AJYA 3HMYA 5F9TA 2ZMLA 2CY6A 2PHXA 5KXEA 2PHFA 1A14N 3FLRA 5DZFA 4K1YA 4XJZA 1SO7A 1CPNA 1E8VA 1NSDA 5GJ6A 3QLQA 4FPHA 1E8UA 2SILA 5L73A 1N1SA 1HKDA 1V3EA 4M4UA 3OYWB 1N47A 1CESA 1F8DA 1NMAN 1WW7A 3WV6A 5DUUA 5AVAA 1N3QA 1YO8A 4FOWA 1C1FA 1HQWA 2YY1A 4UW4A 2C4AA 3TB0A 3WCSA 1MACA 2ZA9A 1NMBN 4H53A 2GNBA 5JOYA 2VWDA 2W5OA 2A3XA 4AVVA 5HUMA 1SBFA 3AZWA 4C1XA 2D3RA 3N36A 4MWUA 2H0BA 2GNMA 3NN9A 3HR9A 4M3CA 1KQRA 1IVBA 1IS3A 5T55A 1X50A 1DBNA 2Q5TA 1URXA 1ZA4A 2JE9A 5DG1A 1V2IA 5T50A 1XOEA 3ZXEA 1WCQA 4FPJA 1UL9A 1N1TA 4XXAA 5NN9A 1AF9A 3AYEA 3USUB 1Z4ZA 1Z78A 3V0BA 3MEPA 7NN9A 4MZAA 4GWNA 2R1DA 1HDKA 1GNHA 4MJVA 3GVLA 1LHNA 1S0FA 4KS5A 4AVTA 3PJQA 1W8OA 1MS8A 1UN1A 4B7MA 5HUGA 1A4QA 1L7HA 4MWLA 1DIWA 1W0PA 3ZXLA 5CBLA 1VIWB 2VUAA 3FFZA 1W6QA 1DZQA 4BBWA 1FNZA 2P3KA 2VK5A 1LCLA 1KJLA 3N35A 2GNDA 2AUYA 3V0BB 4DRRA 1L7GA 3HN1A 3OBTA 4CZSA 1HQLA 1F8BA 3A0KA 2YA5A 2A6XA 4FVVA 1QGLA 1C1LA 3IMNA 5JYYA 3SH4A 3BOPA 4YM3A 4PF5A 2AGSA 4M3CE 1YI7A 4GZPA 3TICA 4HIZA 1YXWA 4LBLA 4M3MA 4Q8KA 1SLLA 4P9XA 4FPOB 4KBBA 1UZZA 4I00A 4Y1ZA 4FPKA 1LECA 4MZEA 2CTVA 2HTRA 3UJOA 3SISA 4ISQA 5DZGA 4Q8LA 4GZOA 4MWXA 1WUVA 4XBQA 1V3BA 5FRAA 5E8AA 3V65A 1DQ4A 3AK0A 3PVEA 5GLZA 2GMPA 4K1ZA 4UW3A 5GZGA 4Y1XA 4Z8BA 1NXD1 3WDXA 4FPYA 3AZYA 4GB1A 3MW2A 1D2SA 3WDVA 3SILA 4NOTA 5T5JA 1S0CA 5GZEA 1F5FA 3FUQA 1LJ7A 2VH9A 1JUIA 3TI6A 2CL2A 3ZXJA 1GZWB 2VW1A 2R1BA 3VKOA 4AGGA 4YZ1A 1LOCA 4X49A 3CL0A 1MVEA 4UW6A 1YYNA 2R49A 1UAIA 1EPWA 1PZ9A 2CWSA 2HTWA 3D4KA 4YGEA 1OQ1A 3B00A 1CR7A 1V0ZA 1L7FA 1V6IA 4UF7A 4YGDA 1GNZA 4GJTA 3H72A 4YLZA 1GANA 2ZGQA 1LOAA 3FLTA 2ARXA 4TZDA 3VKMA 4Y1YA 2F0ZA 2BF6A 1GZCA 1LHVA 1GV9A 4Y20A 4DGRA 3PVOA 3ZVXA 1SCRA 2G4IA 2P2KA 5H9RA 1SLIA 3I4IA 2ZGRA 1FX5A 4MWYA 2QWBA 1W6NB 4LBKA 1IVDA 2AR6A 3ENRA 3TI8A 1CJPA 3RS6A 4XJRA 2NMOA 1I3HA 2GMMA 4BPZA 4DRVA 5HUKA 3BTAA 1FV3A 1LENA 5DXDA 3OJBA 2WJSA 3PMEA 2YDPA 3KQRA 1IKPA 3WG2A 4LBJA 3SLIA 5SV8A 2VK6A 2FHRA 4AGVA 4KS3A 2ERFA 4Y20B 2PHWA 1AX0A 2W39A 1N3OA 4C1WA 4FQ4A 3AXDA 3ZSJA 5IK8A 1NSBA 5KXCA 2YA8A 2QWFA 1A78A 1BJIA 3AZZA 4BMEA 1NMCA 3SITA 4YW1A 1XQNA 4P9WA 1A4GA 2Z42A 2CYFA 4MWVA 1UZYA 2P34A 3ZSMA 1Q8PA 1Q56A 3IN9A 2NYYA 2ZMNA 1HLCA 1W6OB 2D6OX 3B7EA 3FLPA 4B7QA 4DS0A 1VAVA 4GKYA 1GLHA 2XZJA 1N1VA 2P3JA 1JOJA 1SLBA 1IS6A 1DIMA 4XIKA 3O0WA 2ZAAA 2YA6A 1O4ZA 3CYEA 4ASMB 3D11A 1V3CA 2BZDA 4YZ2A 1V6OA 4QN5A 2AREA 2UU8A 2QWGA 1QNWA 1GICA 4RL7A 5H9SA 1KRIA 2VW2A 2DVGA 3NV4A 3B01A 3VUOA 3VKLA 6NN9A 2WSUA 3INAA 2ZGUA 4KS1A 1ENQA 4WA4A 4M4VA 2ZACA 1LESA 5EWSA 1IKQA 3NSSA 3SALA 4GDJA 4XJWA 2EALA 4TYSA 2AEQA 2V73A 2I2SA 3TIAA 3RRDA 2YA7A 4PBPA 2BERA 1GBGA 1NNCA 1CVNA 1QF3A 1AZDA 4AYUA 2YA4A 1LOBA 5EXOA 2PELA 1INGA 1MVQA 3OBRA 4FPCA 3UL2A 4GKXA 1FAYA 4CRQA 5JOXA 2WT2A 2A71A 2WKKA 2W5NA 1AXYA 2EF6A 4OZXA 1B09A 2F10A 1A8DA 1Z4WA 2WT1A 1W21A 1KDKA 2AH2A 4XXPA 1VCJA 1UPSA 5CA6A 4YGCA 2C9AA 2HT7A 4P9YA 1SFYA 1IVCA 1AXZA 3VV1A 1F8CA 1AX2A 2DYCA 4NO4A 4CPNA 3WDTA 4XBLA 2GN7A 3USUA 3AXEA 1BJQA 3CKZA 1F9KA 4DQAA 3T2TA 4Q2FA 5B2DA 1SBEA 1V3DA 4XZPA 2ZHKA 1WBFA 4WZFA 2ZGLA 1BZWA 2QWJA 1LODA 4XMAA 2E7TA 3IPVB 3N7JA 2P37A 1NN2A 1OKQA 2B8HA 2ARBA 1PZ7A 3IM0A 4BLJA 5GLTA 2SBAA 4XJ8A 3TI5A 4MC7A 4P14A 1B9TA 2ENRA 1USRA 2D6NA 3AZXA 2ZGMA 1V6KA 2HU4A 1W6PA 4LBMA 3ILRA 1RIRA 2GN3A 1W0OA 1FNYA 1W1XA 4W65A 1LHOA 1V00A 1NNBA 5BYNA 4QN6A 1IS5A 2UURA 4CPOA 1NSCA 4QN4A 1LEDA 4K1HA 4YM1A 1CIWA 2E53A 3W59A 1ENRA 4FP2A 4AVSA 2HT8A 1WLWA 1LOFA 2DVAA 2P3IA 3B3QE 1QMJA 4HZYA 2ZGOA 3ZSKA 3O0VA 3SH3A 1S0EA 3OGGA 1Y7BA 5CNAA 1W6PB 4LBNA 1AXKA 4HANA 2A5ZA 2UWBA 2V5YA 2OVUA 3WUDA 4R9DA 4GZQA 1INHA 1JBCA 1N3PA 3R05A 2JJ6A 1ULFA 3NV1A 5CAZA 1QOOA 1QKQA 2GALA 5IK4A 1DQ0A 3AYDA 1Z50A 4FJ6A 4GZTA 4XE9A 5T5OA 4ZXKA 1A3KA 3A0NA 2VXRA 5T54A 3WHUA 3R4UA 1B9SA 2B7YA 3MW4A 5JVVA 3AYAA 2HTYA 1EUTA 4NCSA 3GVJA 2ZB6A 3B9CA 1R1ZA 4WA3A 5GZFA 1VLNA 1GZWA 3OPZA 1DGLA 2DUQA 1LU1A 1AJOA 4XMIA 3GNEA 5DZEA 2ZKNA 1ULGA 2VSMA 1G86A 4XJQA 4B7JA 2F29A 3H6JA 3K3AA 2XG3A 3TI3A 2YZ4A 1AX1A 2VSKA 1DILA 3ASIA 3JUUA 2DUOA 4MWWA 1YIFA 3OY8A 1APNA 1V0EA 3D5OA 5EYXA 3RSJA 2DU0A 1ULEA 4MWQA 4CPLA 2WNEA 1ZM1A 3ILNA 4FPEA 3V64A 4GZXA 4XBNA 4PBOA 3N3HA 3AYCA 1Z4YA 1W6MA 4FQZA 4DFSA 4WA5A 2HTUA 3AJZA 2GMEA 1FYUA 1W6NA 2QWHA 5GZDA 1QOTA 5JMCA 3CL2A 5JLVA 2F26A 3OY8B 1G7YA 1KITA 1IVEA 4CPZA 3T1EA 3Q9OA 3ZXFA 1G9DA 1LGBA 2KM2A 4K1JA 1JYCA 4X47A 3DUIA 2NP0A 5IK7A 4FP3A 2ZGSA 1I1EA 4CPMA 4X6KA 1W6MB 1JHNA 1DYKA 2AEPA 2BATA 5HCAA 2WSVA 1BQPA 1H9PA 5F5QA 1CN1A 4AWDA 4YFZA 4SLIA 2F25A 4B7RA 4XJAA 1NCCN 4FPLA 2ZHNA 2QWEA 5GALA 4XHBA 1G9CA 2HTVA 2NZ9A 1QOSA 4CTEA 2VVZA 1UX6A 3U4XA 4MJUA 4GZWA 1NCDN 2F11A 1W6OA 4M01A 1BYHA 2D44A 4XILA 1ULCA 1SNTA 1JN2P 3H0OA 1WBLA 3ZXKA 5GLWA 4HZWA 1D0HA 1Q8OA 1WW5A 5HCFA 1S1AA 1LHUA 1SLCA 2E51A 2DVFA 5IT6A 1JW6A 4Y22B 5JOWA 4PQ9A 3K36A 3LSEA 1SCSA 4YG6A 2F12A 3N7KA 1ENSA 3AZVA 1EURA 1DQ5A 1GYKA 4XJUA 2YV8A 4YGBA 2A3YA 5E88A 1JXNA 4Q27A 1LOGA 4JC1A 5LK5A 2ZHMA 4QNPA 2ZZJA 1WW4A 1F31A 4HZVA 3WVJA 4FVKA 1NCAN 4D69A 2VU9A 2F13A 3A72A 4KS2A 2W08A 1IVFA 1QU0A 2JDZA 4LBQD 2EXJA 4XDQA 4Q6KA 1EUUA 2NMNA 2EXHA 5T5PA 2ZGKA 3T1LA 5JDBA 5GLUA 2CMLA 4WEFA 5GZCA 2BQPA 4I30A 3B69A 3BODA 2SLIA 1JYIA 3RMYA 2E7QA 2E6VA 3QCWA 1SACA 3H73A 5KXDA 2EAKA 4FZHA 5DUXA 3VKNA 2SIMA 1G9FA 2ZBJA 4Y26A 1INWA 1GSLA 4LBQB 4YM2A 3K39A 1XOGA 3M3OA 4NC5A 1QNYA 3IPVA 3AX4A 4NN9A 1SBDA 3R4SA 1CPMA 2C4LA 1V6JA 3BEQA 3WG4A 4Y1VA 3M3CA 2DU1A 4ISRA 4R9CA 4J9TA 2VY0A 5JOZA 1MZ6A 3TAYA 4Q26A 2VW0A 2DVDA 2VK7A 1MS1A 3AP6A 4YZ5A 3DGTA 3ILFA 3GVKA 4L8QA 1G8WA 4BMBA 1NNAA 4XHXA 1ONAA 5FREA 1VALA 2R16A 3WOGA 2HU0A 1WD3A 4GWMA 3WDUA 3VKFC 1UMZA 1AJKA 1MS0A 2JD4A 2F24A 3O5SA 3ALXA 1WD4A 3TI4A 1C57A 1H30A 2D6PA 3O9JA 1TEIA 2XB6C 1CONA 1VCUA 2HYKA 4Q1RA 4IQPA 3UJQA 2XZIA 1LGCA 5HCBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CKQA 4AVBA 2ZB5A 2W9XA 5FZNA 2WLQA 3RWNA 4MWJA 1NKGA 4M3CF 1W9SA 1Y43B 4A7ZA 3NV2A 1WLCA 3U75A 5ACA3 1RINA 1S4CA 3LAGA 1WCSA 3M3EA 1NCBN 1ASJ2 1LEMA 5D2AA 5B2CA 3LCPA 4LULA 2JE7A 4YW3A 2XQXA 4OUSA 4R52A 1W99A 1LULA 1C8M1 1RHI1 4YG3A 5FZEA 4HVQA 3UKTA 3POIA 1NPEA 3SOQA 4U36A 4ZZ5A 4DB5A 1PJXA 1MZ5A 3X29B 4YZ3A 4L7CA 1DLLA 3POYA 4XFAA 1RUG2 1Q3EA 3FL7A 5A33B 4ZU4A 2ILMA 1U6DX 2WRAA 3E5QA 1S0JA 3DN7A 4K7JA 1O3SA 3V0AA 3RMXA 2AYHA 4TLFA 1MR5A 2QQUA 4I02A 2D3PA 4IE0A 5IVYA 1S0GA 5C8CC 3HQUA 5DUWA 3RQ0A 1YRZA 3LZZA 2R061 4GJYA 4K1KA 1XNCA 4QKFA 1K32A 2TEPA 4RSUA 3T4HB 2XOMA 4CU7A 1S55A 5EYYA 1YCIA 5IVVA 1F8EA 1MS9A 1HIXA 5BNPC 5E16A 3VD7A 1E8TA 3SEEA 4GZSA 1K5MA 4WVVA 3O12A 1O7FA 3EYPA 2A3WA 1US3A 2VMCA 5C9AC 5DUVA 5IUQA 4XJ9A 1W20A 4JGYA 1YHFA 3LA3A 4HZXA 2W20A 1AYN2 4FO9A 1PVXA 4PDWB 3ZYPA 4M3CB 2DCZA 1UO9A 4YW5A 5I0UA 1QHDA 3MIEA 1CZVA 4XW3A 4R9AA 4DXTA 4H52A 1G9AA 1I5PA 2BDRA 4I3PA 4NHLA 3S30A 4RA0A 1AR73 2QFEA 1V6NA 1QJY3 1LGNA 4OMCA 4A3ZA 5A1FA 2PAMA 4IL7A 4JF7A 2JKBA 3CJIB 3MFCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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