2VW2A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of the Nanb Sialidase from Streptococcus Pneumoniae
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords SIALIDASE B
total genus 185
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2008-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 2vw2A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 2vw2A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 2vw2A02
5KXEA 3AP9A 4YM3A 1LOFC 2P34A 1FV2A 2SILA 2CWSA 4XJZA 1FATA 1S0DA 4X47A 4AVSA 1MS5A 1R1ZA 1S0CA 3WHTA 2YA6A 5DZGA 2ES3A 1ZM1A 1X50A 2AGSA 2HYKA 5NN9A 4DRVA 1WUVA 1SBDA 1G9BA 3IKWA 1Z4YA 1Z4VA 2F11A 1JOJA 1V00A 4YGEA 1SLCA 3WDXA 3PVEA 1ENQA 3IPVB 2ZHMA 3KQRA 4B7QA 4IQPA 1V2IA 3W09A 2GN7A 2D6LX 3WDVA 4XOGA 4K1ZA 4FOQA 3BOPA 1GZWB 4GALA 1SLAA 2W20A 1KJRA 4U36A 2ZGPA 3SILA 3RMYA 1MS1A 1Q8SA 1SBEA 3O12A 5T54A 3TIAA 2F0ZA 4M3MA 1IOAA 1OKQA 2XCYA 4NCSA 1S1AA 2WKKA 2SIMA 2BF6A 4XIOA 2GALA 3SNMA 4WA3A 3Q9OA 2ZHNA 1WLCA 1SFYA 2NN8A 1FNZA 1IS6A 2YROA 4LBKA 1EUSA 5GM0A 4JRAA 4MWRA 5LK5A 1N1VA 2CL2A 2E6VA 4QN7A 3TI4A 1PZ9A 4ATEA 2PHRA 3INAA 3RSJA 3FUQA 1U0AA 4CRQA 3WDUA 3ILNA 4U2AA 1V0ZA 2WNEA 4GB1A 1QGLA 2HTQA 3N7MA 7NN9A 3D5OA 3A71A 1H9WA 1LCLA 1IVFA 2VW2A 2HU4A 4FPLA 4MWWA 1SACA 1DYPA 3IPVA 1CPNA 2V73A 3AXDA 5JMCA 2HTRA 5HUGA 3B01A 2ZMKA 2YZ4A 2JDZA 2I2SA 1DQ4A 2ZHLA 2PHFA 3BODA 1AXYA 4Y20A 1H30A 4XXAA 2HTVA 3ZXJA 3MW2A 2JD4A 5HX0A 1IVGA 1GZWA 3NV4A 2YA7A 3CL0A 3TI5A 4FPFA 1D2SA 3ZYPA 2GMMA 5JDBA 1I1EA 2OUJA 4YM0A 4XJUA 3SH3A 2A6ZA 4HL0A 2W5NA 3AFKA 1EUUA 2VU9A 2DURA 4I30A 2A70A 4LBLA 1AJKA 4MWXA 3N35A 1KITA 3NV2A 4WZFA 4MWVA 4LBOA 1WCSA 5T55A 5SV8A 1VCUA 1B9TA 2LTNA 1URXA 1UAIA 1QOTA 1USXA 3ATGA 3BEQA 5CAZA 2VK7A 2GNMA 5DG1A 5GZFA 1E8UA 2Q5TA 3VV1A 2DV9A 3TI8A 4WVWA 2CY6A 1NMBN 2ZGRA 2OVUA 2ZAAA 4HIZA 4XJ8A 1Z4XA 4GJTA 5T52A 2GMEA 4BM8A 2BERA 2JE7A 1KDKA 5H9QA 3W58A 1DQ0A 1A8DA 2D6OX 1W20A 1JW6A 3NSSA 2AH2A 1HKDA 1CIWA 3SH4A 3V0BB 3GVJA 4K3YA 1VAVA 2EALA 4WEGA 1S0GA 1HLCA 1LEDA 3A72A 4R9CA 1LHWA 4HZVA 3H0OA 4QNPA 4QN3A 4YM1A 1CR7A 4MZEA 3AK0A 2ZA9A 5T50A 1INFA 5EYYA 1JUIA 2AEPA 2QWAA 1JHNA 5DZEA 1XOEA 1MACA 1INXA 1OFSA 3VUOA 5E8AA 5GZDA 3WG3A 1W6NB 1F8EA 3O0WA 1DZQA 2WT0A 3RQ0A 6NN9A 4DQAA 1F8DA 5IK7A 1NNBA 5FRAA 2A3XA 2DWRA 3B9CA 4WA4A 3B3QE 3BIWE 1KRIA 3ZPYA 1WBLA 1LU2A 1H9PA 3PMEA 3H6JA 3MEPA 5IK8A 4P9XA 4XJWA 1L7GA 1WCQA 3AZWA 4YW5A 4M4UA 1AZDA 2CYFA 3HR9A 1USRA 2C4AA 4HZYA 1AVBA 4YW4A 3ZXLA 1LULA 4CPOA 4R9DA 2ZB5A 1LENA 4L8QA 3V0BA 4WV8A 2GNBA 1V0EA 2D6MA 4XILA 3T1MA 2ENRA 2QWIA 2A71A 1NCBN 1QU0A 4BMBA 4TYSA 1AXZA 3TICA 1LGBA 1SNTA 5JOXA 5IK4A 1DGLA 3M2MA 1IS4A 4LBQB 4YG6A 3WDTA 3BTAA 3POSA 4YG0A 5GLWA 2VH9A 4AGVA 2NM1A 2VW0A 2E53A 1W6NA 3GALA 2BZDA 4PQ9A 2XZJA 4DS0A 3WZ1A 4XJRA 2EXJA 4AWDA 5L73A 1QOSA 4XDQA 3CNAA 3VKOA 3M3OA 1LHUA 4GZQA 2D6PA 4YGBA 4XZPA 2QWHA 3WCRA 1INWA 1VLNA 3K38A 1W6PB 3ZSJA 4C1XA 1LOGA 2HT5A 2YA5A 4GZTA 1GICA 1LEMA 4UW4A 4PF5A 5DG2A 2YDPA 1NMCA 4XBNA 2F28A 4B7NA 3WVJA 4K1JA 1MS3A 1MZ5A 4Q27A 3OBTA 3K39A 1G8WA 3D12A 1VALA 1LODA 1IS3A 3FUOA 1LOBA 1Z78A 3RMXA 1NMAN 1DQ1A 1MZ6A 4X4AA 4M01A 1B9VA 4NN9A 2F27A 4YW1A 4Q8KA 1E8VA 5KXCA 1LECA 2JECA 2YV8A 4GZSA 1A4GA 1O4ZA 1MS8A 2ZGNA 3AYEA 4C1WA 1JBCA 2QWFA 1DHKB 1W8OA 1UKGA 1GBGA 1IVEA 4AVVA 1Z4WA 2ZGLA 1CN1A 2UURA 2ERFA 5DXDA 4K1YA 1Z0HA 3M3QA 1NLSA 2A5ZA 2D7FA 1L7FA 2ZGKA 4Y20B 4LBQA 2P3KA 3D6EA 2TEPA 3OY8B 2AENA 3AX4A 2FMDA 1PZ8A 4XJ9A 1NCCN 2DVBA 1DIMA 1G9AA 3MW3A 3WHUA 1SLBA 2YDTA 3H73A 3TIBA 2VY0A 1RIRA 2DU0A 1VCJA 1W6PA 1V3EA 3LCPA 3VKLA 4KBBA 3KM5A 4MX0A 4B7RA 1QDOA 1UPSA 4CPZA 5H9PA 3OJBA 1W21A 1AF9A 1QKQA 5IUQA 1Z50A 3V0AB 4CPNA 2WLQA 3VKMA 4X6KA 4GDIA 1D0HA 4OZXA 2QWCA 4LBMA 1W6OB 3I4IA 1GZCA 3B69A 3M3EA 3GNEA 4P9WA 1RITA 1KDMA 1NCDN 1W8NA 2HTYA 1W0OA 4B7MA 1Q8VA 4M3CA 3HMYA 1WBFA 4GA9A 2QWJA 5GLZA 2VWDA 2DUOA 5H9SA 4MZAA 4PBPA 4PBOA 5F5QA 1S0JA 3WG2A 4Q1PA 1F8BA 4KS2A 3M3CA 3N3HA 4M00A 2JE9A 1N47A 2ZBJA 3A0NA 1C1LA 2V5YA 3OBRA 4YW3A 1B9SA 4FP2A 2NMNA 3IMNA 1A4QA 2ZMNA 4K1IA 5M1ZA 1BZWA 4GXLA 5GZGA 2GNTA 3M1HA 1BKZA 3A0KA 2ZGOA 3OY8A 4BLJA 4YW2A 2AREA 2W38A 4AGGA 3ZVXA 3TI6A 1G9FA 1GSLA 1N1TA 1WD4A 1DQ2A 5HUNA 3AYDA 5E88A 4MJUA 4JC1A 1NNCA 4GZOA 4FPCA 2ZGSA 3ENRA 2ZB6A 3B00A 2XZKA 2YA8A 4Z8BA 1SCRA 2QWGA 5CA6A 2W39A 1FNYA 5T5JA 1WW7A 1UZYA 1GNHA 3T2TA 5DUXA 3AYAA 3R05A 4XIKA 4LBNA 2GDFA 4Y26A 5AVAA 2ZGTA 4MWYA 2B8HA 3V0AA 1IKPA 4YLZA 4FPKA 2F12A 4YM2A 3UJOA 3ZSKA 1G7YA 2LALA 4YG3A 4PCRA 1W6OA 1C57A 1LHNA 3DGTA 3CL2A 3SANA 4MWJA 4XE9A 1Q8PA 2A6WA 4GKXA 4MWQA 1A14N 4FVKA 3NN9A 1TEIA 1JN2P 1SLTA 3I8TA 1IVCA 4FQ4A 1Q8OA 2WQZC 1ULFA 2D3SA 4YZ3A 1MVEA 1V6IA 4J9TA 2DVAA 1S0FA 4Q1RA 4UW6A 3IM0A 1F31A 1V3DA 3T1LA 1YRZA 1I3HA 4QN5A 4Y1UA 1GYKA 2R16A 3WV6A 4FVVA 1NN2A 1JYIA 2VW1A 1O4YA 1A3KA 2HTUA 4CTEA 3ZXKA 1ULDA 5IK5A 3IN9A 4XTPA 1A78A 1N3PA 2ZGUA 3UK9A 4NOTA 3MPPG 3RS6A 1YI7A 1V6KA 4RL7A 3USUA 3ALWA 2R49A 1S0EA 1WLWA 1N3OA 1LTEA 1CVNA 1XQNA 1Q8QA 3ZXFA 3MW4A 5EXOA 2WJSA 3AXEA 2F24A 4MJVA 4I00A 1CESA 1WW4A 3TB0A 3WDYA 1EUTA 1DIWA 1VIWB 1INGA 4W65A 3H71A 4FZHA 1S0IA 2QWKA 5HCAA 1INYA 3HN1A 3D4KA 2DUQA 3OYWA 5DUVA 3A4UA 2OUHA 2GNDA 1BYHA 3DUIA 4ITCA 3ZSLA 1NSDA 2HU0A 1MS9A 4H52A 2A3YA 3RRDA 4BLIA 3N7JA 3ZSMA 1APNA 3FFZA 4CZSA 4CPLA 2DTWA 5GLTA 1BJIA 1YYNA 3ILFA 4KS1A 1B09A 4HZXA 4MWUA 4ZXKA 2WT2A 2VSKA 1V3BA 3GVLA 2P2KA 4GZXA 4RA0A 2UU8A 1G9DA 3C2UA 2E51A 5GLUA 3K3AA 5BYNA 5B2DA 4AGRA 1GV9A 4FOWA 4P9YA 2PELA 4FJ6A 3K37A 4D8SA 2A6XA 4FQZA 4XTMA 1W0PA 1N1SA 1ULEA 3WCSA 2OW4A 4X49A 2ARBA 2G4IA 4UF7A 3R4SA 5CNAA 4MYEA 1C1FA 1XOGA 4GWMA 4MC7A 4XBLA 1ENRA 1LOFA 1HDKA 1INVA 4H53A 1ULCA 5E89A 1HQWA 4YGDA 3N7LA 5B2CA 3OPZA 1C4RA 4XJAA 2PHXA 4ISRA 1CONA 5KXBA 1UN1A 3L2YA 4Y24A 2DYCA 2HTWA 4FPEA 4K20A 4HZWA 4XMIA 4BOWA 2Z42A 4FPJA 5T5PA 2P3JA 3PJQA 2NYYA 1AJOA 2EAKA 2XB6C 1NNAA 4GZWA 4M3CB 4Y1ZA 2YXSA 2D43A 5GALA 1J1TA 4FPHA 4K1KA 2C9AA 3N7KA 1FAYA 3ZYRA 3O0VA 1BJQA 4KS3A 1NSCA 3ALXA 4XXPA 4XJQA 2JKBA 4YZ4A 2E7QA 1DYKA 1G86A 2RKCA 4M4NA 2ZGQA 4K21A 2A6YA 2HT8A 1SO7A 4R9AA 1NSBA 3O5SA 2DUPA 3B7EA 3ILRA 2AR6A 4YFZA 1SCSA 2UWAA 4ASMB 3SH5A 3POWA 1FX5A 2D6NA 2R1BA 2BQPA 4Y22B 4DFSA 5EWSA 1IKQA 1NXD1 2QWDA 4GKYA 2DU1A 4K1HA 1S0BA 5JOYA 1AX1A 5CB7A 3QCWA 2PHWA 1LESA 5GJ6A 2QWEA 1LHOA 2R1DA 4M4VA 3NWKA 1PZ7A 3V64A 3TI3A 1UX6A 2AYHA 3RG0A 2VK6A 2CNAA 3JU9A 2AUYA 4FP3A 1ZA4A 2XZIA 1LOAA 1V6LA 4HANA 3WNXA 1SLIA 2D44A 3CKZA 3SITA 2P37A 4YZ1A 2PHTA 1QNYA 1CQ9A 5JLVA 3WLUA 4Q26A 3WG4A 1V3CA 2D6KA 1YO8A 4HZZA 3K36A 1W6QB 3JU4A 2ZHKA 1GANA 1N1YA 2VK5A 5DUUA 3AP7A 1MVQA 4GEZA 3AZZA 3UL2A 2A7AA 3POYA 4XHXA 3H72A 5T5LA 3OGGA 2H0BA 1Z4ZA 1UMZA 1WW5A 2C4LA 4NO4A 4BPZA 2XG3A 4DGRA 3O9JA 2PHUA 2ZACA 3WUCA 1GKBA 5GLVA 1AXKA 4GWNA 2VUAA 1YXWA 4Q2FA 4M3CF 1W1XA 1QNWA 2EF6A 1L7HA 3O0XA 5GZCA 1DBNA 3APBA 1GNZA 1V6MA 3USUB 3W59A 3JUUA 3ZXEA 2ZMLA 2HT7A 3GVKA 4Y22A 4YZ2A 3SISA 1V6JA 2JJ6A 1F5FA 4XMAA 3NV1A 4Q8LA 2X9MA 1QDCA 1VAMA 3FLPA 1DQ6A 1QMJA 1W6MB 2EXIA 3FLTA 3ASIA 1JXNA 5HCFA 1YIFA 3LSEA 1G9CA 4MWLA 3WOGA 1AX0A 3FLRA 1LU1A 3V65A 1SLLA 2R0HA 2ZABA 3OYWB 4ZKTB 5JOZA 2CMLA 3AJYA 1INHA 5HCBA 2F13A 4H55A 4XBQA 1OQ1A 2A3WA 2P3IA 1QF3A 3VKFC 4FPGA 4DRRA 5F9TA 1LOEA 1W6QA 1DLLA 2DVDA 4ATFA 2CWMA 1WW6A 1V0FA 2FHRA 1RINA 1UZZA 1MR5A 4UW5A 1MWEA 4Y1YA 3VKNA 4FOVA 2ZZJA 2NMOA 3FBYA 2W08A 1GZ9A 3AP5A 1MS4A 2CTVA 2KM2A 2VVZA 2F29A 3QLQA 3WG1A 1V6NA 3UJQA 1MS0A 1QOOA 2W5OA 1LJ7A 2QWBA 3U4XA 3AZXA 2D3RA 1EPWA 5GZEA 5T5OA 2WSVA 1DFQA 4FOYA 2E7TA 2W68A 5EYXA 2AEQA 3O9KA 1Y7BA 2A75A 1CPMA 4R9BA 5HUMA 2NP0A 4WA5A 4M3CE 2YMZA 2NZ9A 4GZPA 2ZKNA 2EXKA 4LBQD 1LGNA 1CJPA 1FV3A 1BQPA 2EIGA 3PVOA 1EURA 4BQ1A 1KQRA 2D3PA 1ONAA 1W6MA 3WDWA 1JYCA 3PVNA 1BXHA 1LGCA 1E8TA 5FREA 2YA4A 5JYYA 1F9KA 4Y1XA 2SBAA 1V6OA 4FPOB 1Q56A 2F26A 2F25A 2A6VA 1FYUA 4CPMA 1IVDA 3D11A 4XHBA 5CBLA 3INBA 5HUKA 1WD3A 2UWBA 2DVFA 3LSDA 3AYCA 4SLIA 2WSUA 1LOCA 2VXRA 4B7JA 4AVTA 2VSMA 3AP6A 3WUDA 2BATA 4QN6A 4YGCA 2ZGMA 2B7YA 2GN3A 2SLIA 4LBJA 1F8CA 3CYEA 4FPYA 5JVVA 2DTYA 1DILA 4F83A 5IT6A 3AZYA 5DUWA 1AX2A 3AZVA 4UW3A 2YY1A 2C5DA 2WT1A 1NCAN 2ARXA 2RHPA 3SLIA 4Q6KA 4WVVA 2EXHA 4KS5A 5JOWA 1UL9A 4YZ5A 4QN4A 4XYXA 4ISQA 1ULGA 4KS4A 4TZDA 5H9RA 4JF7A 1ENSA 3AJZA 4Y1VA 1LHVA 4GDJA 3TAYA 1IS5A 5DZFA 2F10A 1KJLA 1WLDA 2R0FA 1HQLA 4BMEA 1DQ5A 4P14A 3T1EA 2W52A 4D69A 4DPNA 1IVBA 4WEFA 4CPYA 3AP4A 1SBFA 4AYUA 2GMPA 4JCKA 5KXDA 2UWCA 3R4UA 4YFWA 4NC5A 1GLHA 3SALA 2DVGA 3NV3A 4BBWA 3N36A 1N3QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1E57A 5KXEA 4OI2A 5KBFA 1ND3B 2ZPXA 1NCRA 1POV0 5A3LA 5AC92 2MEV1 1XU1A 2VCAA 1C5HA 2MHFA 3AP9A 1RUE3 4L7BA 4YM3A 1HW5A 1LOFC 1CAVA 5IFPA 1AHSA 1GOFA 1SDDB 2P34A 3LI4A 1UYPA 1FV2A 5FYSA 2CWSA 1DYOA 2SILA 2B42B 4XJZA 1O7FA 1FATA 1S0DA 3VGIA 3ZFEA 3FHIB 3GZAA 1OPOA 4X47A 1ODMA 5AFBA 4A6OA 5A70A 2HBTA 3MUY1 4AVSA 5FY4A 1MS5A 1CZVA 1L7QA 1OQEA 3TEWA 2IXIA 2V4AA 3RZMA 1R1ZA 1S0CA 1MZFA 3WHTA 3H7YA 1RUNA 2YA6A 4EWDA 3U11A 3HT1A 5L19A 2FDHA 4LHLA 1SEFA 2PLV3 1U5ZA 5DZGA 3D8CA 3VLBB 4QQLA 1BVP1 2ES3A 4ZS2A 1ZM1A 4QB1A 3KV6A 5EIYB 1X50A 4GDJA 2XN4A 2AGSA 5LATA 1CAWB 4LHNA 3RZZA 2HYKA 4CDUB 2IXKA 5NN9A 5J98B 2A73B 4DRVA 5FY7A 1WUVA 1SBDA 5I8SA 1G9BA 1N6EA 3FE5A 2CSGA 3IKWA 1Z4YA 1EYBA 3LAGA 5C3QA 1Z4VA 3NO0A 1VBE2 1JOJA 3MHZA 5CG8A 2F11A 1BK0A 1V00A 3HT2A 3MLLA 5FZEA 5FPBA 4AEDC 4YGEA 2RE9A 1SLCA 3WDXA 2BTVC 4D52C 3BPZA 1VMHA 1A8MA 4NN0A 4XETA 4O9GA 3PVEA 1Z7S3 2VZTA 3O14A 1XE8A 2Y64A 1RUI1 4CDWC 1ENQA 1ZZ9A 3IPVB 4XF4A 2ZHMA 3KQRA 2W8BA 1BEV3 2VXJA 1CWPA 4CP1A 4HSJA 3I49A 3ALQA 1SZBA 2L9LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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