3OPZA

Crystal structure of trans-sialidase in complex with the fab fragment of a neutralizing monoclonal igg antibody
Total Genus 176
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
634
structure length
625
Chain Sequence
SLAPGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAHM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Trypanosoma cruzi trans-sialidase in complex with a neutralizing antibody: structure/function studies towards the rational design of inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/immune system
source organism Trypanosoma cruzi
molecule keywords Trans-sialidase
total genus 176
structure length 625
sequence length 634
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2010-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3opzA02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 3opzA01
2WKKA 4WEGA 3KQRA 3RSJA 2E53A 4YG3A 5CA6A 4FPYA 1WBFA 2ZGSA 1VCUA 4GZTA 1QF3A 4PQ9A 1E8VA 5M1ZA 1Z4WA 1GNHA 2F29A 1VAMA 4NO4A 3NV4A 3N7MA 4Y26A 3LCPA 1MS1A 4FPHA 3O9JA 1DQ5A 1DIMA 1KJLA 2X9MA 2D7FA 2XZJA 2QWDA 1FATA 4P14A 5CAZA 2EXHA 2F11A 4X4AA 1LCLA 3INBA 2ES3A 1U0AA 1INFA 1L7GA 4H55A 1V6OA 1I1EA 2R49A 3O0WA 2W39A 2D6LX 1AVBA 2JDZA 3FUOA 1W6MA 3AFKA 1LEMA 3O0XA 4XXAA 4ISRA 1BQPA 3C2UA 4M00A 4FOYA 4C1XA 4Y1VA 4LBQB 2CWSA 1QNYA 1G8WA 1G9AA 2QWKA 2SIMA 3VV1A 4LBOA 1AJOA 5E89A 4Q27A 1Q8PA 2SILA 2B8HA 3T2TA 3V0AB 3ENRA 1V0ZA 3HMYA 1S0JA 2D3RA 5E88A 5JYYA 3A0NA 4R9CA 1Z4VA 1CIWA 4MWLA 4YG6A 2R1BA 1WCSA 1IVFA 4DRVA 3QCWA 1GYKA 1N3OA 1DBNA 3BOPA 4F83A 2WLQA 3I8TA 4XBNA 1YXWA 1UPSA 1QDCA 1GSLA 2NN8A 4MJUA 1NCAN 1XOGA 1USXA 3TI8A 3AYDA 1F9KA 3OGGA 1VALA 1OFSA 1NNAA 1SLIA 1LODA 2ZMKA 4YM0A 1W6PB 4YW5A 3TICA 2VW0A 3BODA 3HN1A 1NMBN 1C1FA 3V65A 4R9BA 3AZYA 4M4VA 5DUVA 2ZA9A 2CNAA 2GMMA 5DUWA 5EXOA 3ZXLA 3AP5A 1LOAA 1CVNA 3AX4A 1F8BA 4CRQA 3D11A 4UW3A 4Y20A 4L8QA 1BZWA 4D69A 4AGGA 2D6PA 1IKPA 3K3AA 3V0BB 1KRIA 1MVEA 5JOZA 1DQ6A 4MWVA 2ZGRA 4I30A 1GZ9A 2WSUA 1LULA 2UURA 3TI6A 2F28A 1BYHA 3D6EA 4YFWA 1Z4ZA 1WBLA 2DUPA 4K1ZA 1FNYA 3SLIA 4GZOA 4AVTA 4HANA 2P3JA 2XZKA 2PHXA 3ZXKA 4B7RA 2GMPA 2CWMA 1Y7BA 1WD3A 4LBNA 1IS6A 3OY8B 1RINA 2ZHNA 3B69A 4XXPA 4MZEA 2W20A 5JOYA 2YA7A 1H9WA 1N1YA 1YYNA 3POSA 1MZ6A 4QN3A 1APNA 1IKQA 1HKDA 2UWAA 3NV3A 3B3QE 2NYYA 4GKXA 1UL9A 4XJ9A 3FBYA 2ZZJA 1BJIA 4FQ4A 1USRA 4M4NA 2BQPA 1RIRA 4UW4A 4FOVA 4HZXA 1A4QA 1Z4XA 2DU0A 2P34A 2DVGA 2GN3A 4KS5A 3ZVXA 5HUKA 2A3XA 4BM8A 2WNEA 2D6OX 2GNTA 4Q1RA 3VKNA 4BLIA 2AEPA 1SBEA 2YMZA 1KQRA 4BMBA 3D4KA 1JUIA 1CQ9A 3AP6A 1UZYA 1SFYA 1N3PA 4CTEA 3K39A 5GZGA 1FX5A 1EPWA 2YXSA 2AUYA 2PHTA 2UWCA 2RKCA 4GZWA 2ZGQA 4LBQA 4NC5A 1WW7A 4WA5A 2VU9A 3WUCA 4AVSA 1MR5A 3V0AA 4K1JA 4CPLA 1AX1A 1O4ZA 1WW6A 1JYCA 3TI5A 2PHWA 2XG3A 4LBMA 1V0FA 4AGRA 1N3QA 1RITA 4FPFA 4XOGA 1VCJA 1B9SA 4XBLA 2VW2A 4GKYA 4XMIA 1F8EA 3SILA 4YW1A 1JW6A 4MZAA 2YDPA 2W68A 2R0FA 1GKBA 1AXYA 1IS5A 2F10A 4KS4A 2UU8A 4BPZA 1NNBA 4XILA 3WHTA 3JU4A 2P3KA 1VIWB 3ZPYA 2AENA 3AZVA 4DGRA 3CYEA 1GZWA 3N36A 1NMCA 2SBAA 5E8AA 3WV6A 1LGBA 2P2KA 4KS3A 4Q2FA 1S0GA 4DRRA 1V2IA 4TYSA 4LBJA 4RA0A 1FAYA 1V0EA 2VK6A 1CONA 2EIGA 3ILNA 4YZ3A 3WVJA 2ZKNA 1Z78A 2A5ZA 3SH3A 2A70A 1DQ1A 1F8CA 2ZGNA 4JF7A 4KBBA 2YA5A 4PBPA 1V6IA 1LOBA 3IPVB 2W52A 3TI4A 2A6ZA 3V0BA 4FPLA 3M3CA 4YLZA 2D3PA 4B7NA 1NSBA 2D3SA 3M3OA 1INGA 1MS8A 2QWFA 3AJZA 5JDBA 3NN9A 1W0PA 1HDKA 1V6JA 2F12A 3SNMA 5IUQA 2EXJA 5DZFA 2GMEA 2OW4A 2AGSA 4K1YA 1BJQA 4M3CF 1V3BA 4PF5A 5FRAA 1C4RA 1WCQA 2QWHA 4H52A 1CPNA 3OY8A 2CMLA 4YZ1A 3M3QA 3ILRA 3PVEA 2EXIA 4FPKA 4Q6KA 2QWBA 3H6JA 4YZ2A 5DZGA 4FJ6A 1MS5A 2QWAA 1V3CA 3MW2A 1B09A 2WT1A 4WVVA 2JD4A 3R05A 1F8DA 4XIKA 1V3DA 3FLRA 4GEZA 3WCSA 4XTMA 1LHNA 4XTPA 1G9BA 4XDQA 5DXDA 5H9QA 3O12A 2YV8A 1L7HA 1Q8QA 4BLJA 1W6OB 5GZDA 4CZSA 3POYA 3WG3A 3WG2A 2W08A 3AZXA 4XHXA 2AH2A 4GZSA 1ENQA 3WDXA 1G86A 1MWEA 1A8DA 4AGVA 4UW5A 4GZPA 2E7QA 2DVBA 1UN1A 1CPMA 4IQPA 1LOCA 4XMAA 1PZ7A 5DUXA 2A7AA 1DFQA 2VVZA 2EALA 5F5QA 3ZSLA 1N47A 1DGLA 3SALA 1V6NA 1F5FA 3SANA 4FPCA 2ZGLA 2DURA 4HZYA 2E51A 4FPGA 1DQ2A 1DYKA 2A6WA 3GNEA 4YFZA 1AF9A 2C4LA 1QMJA 1L7FA 4MWYA 3JU9A 3R4SA 4MYEA 3RMXA 2ZGPA 4GDJA 2PHFA 3VUOA 4YM1A 1LU1A 4ZXKA 2PHUA 4DFSA 1KITA 5HCAA 2JKBA 1MACA 3TI3A 4HZWA 4FVKA 3ZSJA 1VAVA 3GALA 5DG1A 3H71A 2JE9A 7NN9A 2EF6A 2VY0A 5H9SA 4WV8A 1QU0A 2OUJA 3PVOA 3B9CA 2XCYA 4Y22B 2F13A 2OUHA 2XB6C 4XHBA 2A3YA 1SLAA 2ZBJA 4XBQA 1WLCA 2EXKA 1FYUA 2ZAAA 1NSDA 3O9KA 3TIBA 1LGCA 5GALA 2V5YA 4FPEA 1V3EA 1E8TA 2GNBA 1NLSA 4Y1UA 4Q8KA 4K20A 1KDMA 3ATGA 1DZQA 4XJZA 2QWJA 4HL0A 1SNTA 2VH9A 3AK0A 5HUGA 2NM1A 4YGDA 4CPMA 4XYXA 2ZHKA 2NMNA 5GLZA 1DYPA 1PZ9A 1SO7A 5GZCA 4XJAA 3INAA 1E8UA 4FVVA 1V6LA 3N7LA 2R1DA 4Q8LA 2WT0A 4M01A 2GNMA 3K37A 2GN7A 3ASIA 1B9TA 1CESA 3D5OA 5IK5A 1Q8OA 1LOFC 5IK8A 4XJQA 1JN2P 2JJ6A 2WT2A 3WUDA 5LK5A 2F25A 2DTWA 1SLCA 1AX0A 2JECA 4AYUA 3WDYA 4U36A 3FUQA 3NSSA 4JC1A 4J9TA 3RQ0A 3GVJA 1UKGA 4XJWA 1EUSA 2HT8A 4B7MA 1IVDA 3FLPA 3N7KA 5EWSA 2HU4A 4HZZA 3D12A 3WCRA 3SITA 4JCKA 5GJ6A 3ZSKA 4XIOA 1W6OA 5GLUA 3ZYRA 3AP9A 2DUQA 1FV2A 1N1SA 3NV2A 5JLVA 2C4AA 5T50A 3ZXJA 3H0OA 3I4IA 3T1LA 4Q26A 1O4YA 1XOEA 2DVFA 1S0CA 3RS6A 1G7YA 1DLLA 3WLUA 4K1KA 2CTVA 1XQNA 3SISA 4PBOA 2A75A 3SH5A 3USUB 4Y1YA 2VSKA 5T5JA 1R1ZA 2YA4A 4GWMA 1V6KA 2ZMNA 1NCBN 2HTWA 2EAKA 1Z4YA 2VK5A 4QN4A 1WW4A 1W0OA 1ZA4A 1UZZA 1W8OA 1LESA 4YW4A 5CB7A 4GDIA 3UJOA 4NN9A 1W6QB 1SCSA 4XJRA 1LGNA 2D6MA 3WDVA 1JBCA 4XJUA 2G4IA 1INXA 4GWNA 2VSMA 1MZ5A 1ULGA 2ZGMA 1INWA 4BBWA 5DG2A 3QLQA 1GANA 4YGEA 1S1AA 4ATEA 4U2AA 3VKFC 2ENRA 1QDOA 1D2SA 5KXCA 1SLTA 3W58A 3WDTA 1S0FA 1SLBA 4FPOB 3APBA 4R9AA 3H72A 4WVWA 4GALA 1QOSA 4RL7A 4ZKTB 1X50A 4PCRA 4Y22A 1AXZA 4CPOA 4XZPA 2YY1A 4BQ1A 5B2DA 1GICA 3V64A 4HZVA 4ASMB 1W6PA 4MWWA 4WEFA 2GDFA 3GVLA 4YW2A 5IK4A 2BF6A 1W20A 1G9DA 1GV9A 2AYHA 3WDWA 2ZGUA 2ZGOA 4FP3A 1QGLA 1KJRA 2A3WA 3BTAA 4M3CB 3GVKA 2HT7A 1W6NB 3DGTA 1IVEA 2ZHMA 3OPZA 2YROA 2ZACA 4LBLA 1QKQA 2KM2A 2NMOA 4CPZA 4W65A 1HQLA 1ULCA 1S0EA 3U4XA 5FREA 4YM2A 1IOAA 2SLIA 1A14N 1DILA 2NZ9A 2A6YA 2HT5A 1Z0HA 3UK9A 2W5NA 1ULFA 1IS3A 2ZB6A 1MVQA 3WDUA 4QNPA 1HQWA 2ZGKA 2QWIA 3AYCA 5T52A 1S0DA 3AYAA 5IK7A 1IVBA 1CR7A 1I3HA 1WLWA 2VW1A 1D0HA 5SV8A 1W21A 1G9FA 4OZXA 4FPJA 2ERFA 2VXRA 2CY6A 1NNCA 2F0ZA 4Q1PA 3AJYA 1WW5A 1GNZA 4MWUA 2FHRA 1C1LA 3AZWA 5GZEA 5HCFA 3VKMA 4AVVA 3PVNA 3MW4A 2W38A 1LOEA 3WG1A 2D43A 4DQAA 1AJKA 5L73A 3ALXA 3PMEA 1EURA 3USUA 1SCRA 1LECA 3CL2A 2OVUA 4MX0A 2D6NA 2ZABA 2R16A 1QNWA 4ATFA 1DQ4A 4DS0A 5HUMA 1CN1A 5EYYA 4Y1XA 3ILFA 1WD4A 2ARBA 1LTEA 1ENSA 3AP7A 5HX0A 5EYXA 3OBTA 4M4UA 1W6QA 3LSEA 5NN9A 4UW6A 5T55A 3OYWB 4GA9A 2YZ4A 1C57A 1NXD1 4AWDA 1YO8A 3M1HA 4Y1ZA 4QN6A 3W09A 5DUUA 3WHUA 2HTYA 1EUUA 3PJQA 2AEQA 3ZXEA 4GXLA 4Z8BA 4K21A 1LOFA 2E6VA 2YA8A 4YM3A 1QOOA 3IMNA 3N3HA 4YZ4A 3RMYA 1ENRA 2ZGTA 4FP2A 4K1HA 4WA4A 2QWGA 1A4GA 1A78A 3M2MA 5F9TA 2C5DA 4BOWA 2HTVA 4B7QA 1S0IA 5T54A 2DTYA 3NWKA 3KM5A 4KS1A 4NCSA 1GZWB 2DYCA 3N35A 2W5OA 1INYA 1B9VA 3O0VA 3IKWA 1W1XA 1GZCA 1DQ0A 5JMCA 1ULDA 4KS2A 2ZHLA 1V00A 2A71A 3R4UA 4M3CA 1INVA 2Q5TA 4JRAA 3IPVA 1LENA 1W6NA 2ZB5A 4R9DA 1S0BA 2HU0A 1Q8VA 3AYEA 2VWDA 1GLHA 1NMAN 3DUIA 1YIFA 4BMEA 1Q56A 2DV9A 5T5OA 4YG0A 5B2CA 3HR9A 3M3EA 3TIAA 2GNDA 2C9AA 1IS4A 1H9PA 3SH4A 1EUTA 3B01A 2YDTA 5CNAA 2WQZC 3B7EA 2WJSA 3FFZA 3W59A 2HTQA 4K3YA 1ULEA 4P9XA 4M3CE 2F26A 3AXDA 2AR6A 1AX2A 2P37A 1LJ7A 2LTNA 3UL2A 5GLWA 1N1TA 1MS9A 3T1MA 4TZDA 4ISQA 1PZ8A 4B7JA 1NN2A 1UMZA 2PELA 1MS3A 2DWRA 3OJBA 3WNXA 1CJPA 3Q9OA 1QOTA 2DUOA 4MWQA 3CL0A 4XJ8A 4LBQD 4MWRA 1YI7A 3CKZA 1LEDA 3A72A 5HCBA 1WUVA 1BKZA 3LSDA 4WA3A 1OQ1A 6NN9A 2BATA 3NV1A 3WOGA 4UF7A 2F24A 2FMDA 5JVVA 5BYNA 3A0KA 1SACA 2ZMLA 5GZFA 1ZM1A 4QN7A 4X6KA 3K38A 4FQZA 5T5PA 2BERA 1KDKA 4P9YA 4YW3A 2WSVA 4MWJA 2D44A 4C1WA 4NOTA 4P9WA 1MS4A 1MS0A 2AREA 2VK7A 5GLTA 3ALWA 4FZHA 2LALA 1ONAA 5KXDA 5AVAA 4GB1A 3AP4A 1IVCA 3ZXFA 3IM0A 1UX6A 3OYWA 3A4UA 3A71A 2A6XA 3VKOA 2R0HA 1BXHA 1W6MB 4MJVA 2CL2A 3RRDA 1SLLA 4X47A 3IN9A 4SLIA 2ARXA 2VUAA 5IT6A 1TEIA 1JYIA 1G9CA 5JOXA 3JUUA 4GZXA 2UWBA 4XE9A 1SBDA 2I2SA 2NP0A 3RG0A 3ZSMA 2A6VA 5KXBA 3FLTA 1F31A 3BIWE 1JHNA 3TAYA 1URXA 1LHWA 3N7JA 2HTUA 4LBKA 5DZEA 5H9RA 1AXKA 3POWA 4FOQA 1JXNA 2P3IA 4ITCA 4GZQA 4MWXA 5HUNA 1FNZA 1IVGA 4HIZA 3AZZA 1FV3A 4WZFA 3K36A 4MC7A 3WG4A 4X49A 1JOJA 2GALA 1AZDA 5T5LA 4H53A 2HTRA 1HLCA 3B00A 3AXEA 2Z42A 1INHA 3BEQA 5JOWA 1LHVA 4CPNA 1WLDA 2E7TA 1GBGA 3UJQA 2TEPA 2V73A 5GLVA 1DIWA 5CBLA 2D6KA 1YRZA 4FOWA 4Y20B 3TB0A 2BZDA 3MW3A 1LHOA 4I00A 3OBRA 4K1IA 3T1EA 1VLNA 3H73A 1SBFA 4D8SA 3VKLA 4Y24A 1J1TA 2RHPA 4YZ5A 1LOGA 1NCDN 2HYKA 2YA6A 1LU2A 1DHKB 1H30A 1Z50A 1Q8SA 2PHRA 3O5SA 2DVAA 2QWCA 3CNAA 2B7YA 1LHUA 2CYFA 1N1VA 4YGBA 4QN5A 1NCCN 4GJTA 2F27A 2JE7A 5KXEA 5H9PA 1V6MA 4CPYA 2DU1A 4YGCA 5GM0A 4M3MA 3ZYPA 3MPPG 1A3KA 1OKQA 1UAIA 1W8NA 2XZIA 3L2YA 3WZ1A 3MEPA 2QWEA 4DPNA 1NSCA 2H0BA 2DVDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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