3OPZA

Crystal structure of trans-sialidase in complex with the fab fragment of a neutralizing monoclonal igg antibody
Total Genus 176
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
634
structure length
625
Chain Sequence
SLAPGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAHM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Trypanosoma cruzi trans-sialidase in complex with a neutralizing antibody: structure/function studies towards the rational design of inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/immune system
source organism Trypanosoma cruzi
molecule keywords Trans-sialidase
total genus 176
structure length 625
sequence length 634
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2010-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3opzA02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 3opzA01
1CIWA 4X47A 1C4RA 2AYHA 1NNBA 1G9BA 1S0EA 1SBFA 2EXJA 4SLIA 3N7JA 4YG6A 4WZFA 1N1TA 1WLCA 2R0FA 1WW7A 3USUA 3ZYRA 1L7GA 1UL9A 1NNAA 3N7LA 2B7YA 1YRZA 2DWRA 4FOVA 1FNZA 4Q27A 5DUVA 3BEQA 3SH5A 1H9WA 1L7FA 1CONA 5E88A 3SALA 1SLBA 2YA7A 2HTYA 1LGBA 4Y22A 1QDCA 4U2AA 3T1EA 2HTUA 5KXBA 4W65A 3IM0A 2BF6A 2A7AA 3B00A 3OGGA 2D43A 1N1VA 3JU9A 5EWSA 2A6XA 5GLTA 1INFA 4MYEA 1O4YA 5H9RA 3A71A 3K38A 1LCLA 4CPYA 3ZSMA 1LHVA 4MWLA 4GWNA 4RA0A 1ENSA 4DRRA 4Q8LA 3QLQA 2ZABA 1UZYA 2NZ9A 1B09A 1KITA 3FUQA 3TB0A 3AP6A 3POSA 3RMXA 1E8VA 5DUWA 2ZGPA 1ULEA 4KS2A 4OZXA 5E8AA 1NMCA 2ZA9A 4YM1A 1S0GA 5HCBA 3H0OA 2GALA 1DGLA 4HL0A 5IK5A 1WBLA 3V0AB 4BLJA 3AP7A 1FYUA 4XBLA 4XTPA 1SCRA 2VK6A 3A72A 3AP4A 2GMPA 1IVBA 1ULCA 1Z4VA 2E7QA 4GWMA 4GALA 2EXIA 4XJQA 4H52A 3TI5A 1QOSA 2QWEA 4X49A 5AVAA 3NSSA 3CL2A 2WT1A 3AYAA 4XIKA 2VK7A 2AEQA 2CMLA 1DQ0A 3ENRA 2P2KA 1W6NB 2AREA 3WVJA 2EIGA 1VCJA 1LOCA 4ATFA 1UX6A 1N3PA 2ZGUA 3R05A 2QWAA 4YZ3A 2PHWA 2RHPA 3ATGA 2ZHKA 2AR6A 4TZDA 2D6LX 3D12A 4GZOA 4LBQB 2XZJA 3AJYA 3IMNA 3LSEA 3RMYA 3PVEA 4QN3A 1D2SA 4XZPA 3O9JA 1BKZA 1W0PA 3VKFC 1NMBN 5T54A 2QWKA 2D6MA 3ZXLA 4MX0A 4MZEA 1Q8SA 2E6VA 2JKBA 1LJ7A 1IS3A 1BZWA 4K1IA 2VW0A 3B7EA 2ZACA 4MZAA 1GKBA 2WJSA 3TICA 2F29A 2PELA 1AJKA 1XQNA 3V0BB 2YMZA 1JUIA 2D3RA 4KS3A 5JYYA 4F83A 4MWXA 1ULGA 4XBQA 2NMNA 2W52A 5IK8A 2F10A 2P37A 2P3KA 4WVWA 1CPNA 3T2TA 3AYEA 3RG0A 3USUB 4HZXA 2P34A 4Q2FA 2GN7A 3U4XA 3AJZA 3BODA 2ZGSA 4NN9A 2A3XA 1QKQA 2GNBA 4ZXKA 2B8HA 1EUUA 4FQ4A 1B9VA 4CZSA 1JXNA 3CKZA 1IKPA 2YY1A 4Y22B 7NN9A 4ISQA 1Z50A 3L2YA 5KXDA 3NV2A 1UPSA 2YZ4A 3WLUA 2ZGTA 4R9BA 1LOBA 2DVDA 2CWSA 1TEIA 2AEPA 3OJBA 4MWJA 2W20A 1H30A 2QWJA 2ZGKA 1VCUA 5EXOA 1NCAN 3ZPYA 2PHFA 4BOWA 3MEPA 1FAYA 1IVCA 1SO7A 3TI8A 4PCRA 2VK5A 1MR5A 1W6MA 2VXRA 5CBLA 5IK4A 4XE9A 4WA4A 1INGA 3CYEA 1SLLA 1W6QA 4P9WA 3V0AA 3PVOA 1FX5A 1KDKA 4XXAA 1LESA 1SLAA 2UWAA 4HANA 2EXHA 2DVBA 2YA6A 1SFYA 1LU1A 1AF9A 1LGCA 1DYPA 1S0JA 4K1YA 2UURA 1GBGA 4DS0A 3WDWA 2VVZA 3PJQA 5IK7A 2YA5A 3QCWA 4Q1RA 5HUGA 1LOAA 2AH2A 3HN1A 1JYCA 4XHXA 1LHOA 2VWDA 1Q8PA 4FJ6A 5GZGA 4MJVA 4FPKA 3SILA 1QMJA 1GLHA 1W6NA 4GZWA 5CNAA 2CY6A 1S1AA 1AZDA 2GNMA 1DILA 4KBBA 4YG0A 1SACA 4WA5A 1OQ1A 3SLIA 4ASMB 5F9TA 5GZCA 2RKCA 3NN9A 4Y1XA 4FVKA 1SCSA 2QWCA 1UAIA 2WKKA 1CR7A 2DU0A 4M3CB 2W08A 1IS5A 4MC7A 1Q8OA 1AXYA 3K3AA 4BM8A 2NYYA 1DQ2A 4BBWA 1A4GA 4R9DA 1MS4A 1SBEA 5HUMA 4J9TA 2D3PA 5GZDA 2ZGNA 1ENQA 3WHTA 4UW5A 2E53A 1U0AA 4L8QA 3NV3A 4B7RA 2ZMKA 1YIFA 4AYUA 1G9FA 2VSKA 2JE9A 2BQPA 1WW5A 4ATEA 4YW5A 2VW1A 3UJQA 5DG2A 3FBYA 1C1LA 3AP5A 3B9CA 3V0BA 2F12A 5HX0A 3W09A 1LEMA 2VY0A 1F31A 2DUQA 4FPLA 1V3CA 3ZYPA 2FHRA 3K37A 4XHBA 4Q26A 3O0XA 1URXA 3WCSA 1VLNA 1A3KA 4M4VA 4NOTA 2ES3A 4U36A 1V6OA 4DPNA 5GLWA 2E51A 1Z4WA 3AX4A 2CL2A 3O12A 1KJRA 3D6EA 1PZ7A 3MPPG 1LOFA 3DGTA 4XBNA 4FPEA 4GDJA 1RINA 3TIAA 1S0FA 3ZSKA 3WCRA 1QF3A 1LHUA 1DIWA 1CPMA 1A14N 3ZSJA 4MJUA 3SISA 1WBFA 3POWA 4HZVA 1GNHA 4CPOA 3NV1A 3FLTA 4YW2A 3FFZA 1CQ9A 2C9AA 1AX2A 3VUOA 1Q8VA 1RIRA 3JU4A 3AZWA 5H9QA 4QN5A 4AVVA 4QN7A 2QWBA 1LOEA 4I30A 2AGSA 4CPMA 2AENA 3WDVA 2GNDA 1V6NA 3R4SA 1N1SA 2AUYA 2YDTA 5JDBA 3LCPA 2D7FA 3N7KA 2ZGOA 4B7QA 1GZ9A 5KXEA 1IOAA 4XILA 2PHUA 1SBDA 1W21A 1MS5A 1F8EA 3ZVXA 3M3CA 3ASIA 4YLZA 1SLTA 1LULA 4FPGA 3I4IA 4LBQD 1HDKA 3AP9A 4K21A 4GB1A 3AXEA 2A75A 1W6MB 3TI3A 2CTVA 2QWGA 2YDPA 1W6QB 3N35A 4YZ4A 3ILFA 2GN3A 1NCCN 2F26A 2SBAA 1L7HA 2A71A 3H6JA 3OYWB 5DZFA 1QOOA 3DUIA 1WCSA 1ZM1A 1NSBA 3POYA 1QU0A 3ZXFA 1NN2A 1G8WA 3RS6A 4PBOA 1OFSA 4M3CA 1VIWB 2G4IA 3PMEA 1UZZA 4XJUA 1WLWA 2HTVA 5IUQA 4FOWA 5FREA 3O0WA 3BIWE 1LOFC 3V64A 2QWFA 3AZYA 4UF7A 5B2DA 2F25A 1BYHA 3TAYA 1Z78A 1F5FA 1QGLA 2HTQA 4R9AA 4KS1A 1A78A 1V0EA 2ZKNA 2CYFA 2Q5TA 4YW1A 4ITCA 4H53A 2CWMA 1Q56A 3GVKA 3D11A 3WG1A 1UKGA 2A70A 3UJOA 3INAA 4FPFA 4BMBA 1KRIA 4YM2A 1V2IA 1GICA 2R16A 5JLVA 3AZVA 3AZZA 2WLQA 2ZGLA 3N36A 4ZKTB 2DUPA 5BYNA 1PZ8A 4Y1YA 1LEDA 5T52A 4Y24A 3ZSLA 4GKXA 1BJIA 1Q8QA 5GZFA 1FV3A 4PBPA 3IPVB 4HZWA 3CNAA 1KDMA 1INWA 3D4KA 2W5OA 4GJTA 5F5QA 2ZB6A 1Z4ZA 3Q9OA 3RQ0A 3INBA 4M01A 1MACA 3NWKA 1V6KA 4JC1A 2HT7A 4YM0A 4FP2A 3OY8B 2ZGRA 4FQZA 4FOYA 2VU9A 2ZMLA 4GZTA 2D44A 3VKMA 4QNPA 1MS0A 1EUSA 4YW3A 1EPWA 5T50A 2A5ZA 1XOEA 4JCKA 4FPHA 2ARBA 1DQ6A 3TI6A 1W6OB 1IVGA 1DYKA 1GNZA 5JOWA 1F8DA 2DU1A 4XXPA 1W0OA 2DTYA 1APNA 2V5YA 4XJRA 6NN9A 2QWDA 4FZHA 1V00A 1V3EA 3ALXA 2D6PA 2R0HA 1A8DA 1NXD1 3GALA 2ARXA 1AVBA 4NC5A 1NSCA 3W59A 1SLIA 2FMDA 1YI7A 1DLLA 4K1ZA 4NO4A 4TYSA 2VW2A 2F28A 4WA3A 2DUOA 1MS8A 1WD4A 3OYWA 3HMYA 1QNYA 1V3BA 2XZIA 1V6MA 4X4AA 2X9MA 2C5DA 1IS6A 2XZKA 1YO8A 3TIBA 1ONAA 2W39A 3AZXA 4CPZA 3R4UA 2ZHLA 2PHTA 1W8OA 2LALA 1BQPA 2P3IA 3SANA 4CRQA 1WD3A 3I8TA 2YXSA 1AXKA 1MZ6A 4YGCA 2BATA 4GZXA 4MWWA 4MWQA 4M3CF 4XMIA 2GDFA 1BJQA 1V0ZA 1IVEA 1MVQA 4XJWA 3OPZA 2VSMA 2JDZA 5DUXA 4LBMA 4MWVA 4M3CE 4LBLA 5HCFA 2HYKA 3WUDA 3IKWA 2ZAAA 5JOZA 1BXHA 4M4NA 1S0CA 1HQLA 1INVA 2WNEA 4YW4A 3FLRA 2BERA 3ZXJA 1A4QA 4IQPA 1I1EA 2WSUA 5T5LA 5DG1A 2W38A 4K1JA 1DIMA 4K20A 3M1HA 4XJ8A 2I2SA 2LTNA 4LBKA 1FNYA 1ENRA 1IKQA 4XJZA 3ALWA 4AVTA 4UW6A 1F8CA 2UWBA 5T5PA 2YROA 4P14A 2PHRA 3IPVA 1NLSA 3C2UA 2HU4A 4YFWA 3VKOA 2HTRA 2EF6A 1LHNA 3AYCA 4NCSA 2UU8A 2V73A 1G9DA 3WG4A 1FATA 4K1KA 1UN1A 2SILA 2NN8A 4AVSA 1EURA 4Z8BA 4GZQA 1N1YA 4GEZA 3T1MA 3M3QA 4Y1VA 3OY8A 4B7JA 1N3OA 1Y7BA 5GZEA 1AX1A 2E7TA 4FP3A 1KJLA 3WUCA 2XCYA 1LODA 1SNTA 5DUUA 4YM3A 3GVJA 5JVVA 1V3DA 2D6OX 3KQRA 3A0KA 2SLIA 4CPNA 2WSVA 4K3YA 2C4AA 5GJ6A 1GZCA 4Q6KA 2DVGA 3AYDA 4GXLA 1GV9A 3AK0A 3JUUA 5GLUA 1OKQA 1W6OA 1GYKA 4XDQA 1Z4YA 1USRA 3K39A 1ZA4A 4XIOA 1JYIA 1G7YA 2F11A 5KXCA 4PQ9A 1YXWA 4XOGA 2GMEA 5JMCA 3N3HA 3W58A 1DBNA 2KM2A 5T55A 2ZHNA 3UL2A 2ZHMA 4ISRA 1DZQA 4BMEA 1GSLA 4JRAA 1V6JA 5DXDA 3WDYA 5B2CA 4DQAA 1IVFA 2NMOA 4AGVA 1EUTA 4BQ1A 1NMAN 2HT5A 1DQ5A 5IT6A 1JN2P 1HQWA 5E89A 1Z4XA 3T1LA 1I3HA 4MWRA 2ZBJA 1W6PB 3M3OA 3N7MA 4X6KA 1W1XA 4RL7A 4GDIA 2A6YA 4XJAA 1MVEA 1E8UA 2A6ZA 4AWDA 1WLDA 1H9PA 4YGBA 3WNXA 3GVLA 2W5NA 1AXZA 4FPOB 4YZ2A 1SLCA 4FOQA 1WUVA 4LBJA 5NN9A 4FPYA 1F8BA 4M3MA 2PHXA 1GZWB 3TI4A 1DQ1A 3A4UA 4CPLA 1LOGA 4Y1UA 3B3QE 2R49A 2YA8A 3O5SA 4KS4A 2ZZJA 1X50A 1E8TA 1CN1A 1JHNA 4Q1PA 1VALA 3M3EA 4AGRA 4GA9A 3M2MA 4DGRA 2TEPA 1ULFA 2SIMA 5HCAA 5L73A 1DFQA 1LHWA 2F13A 2H0BA 4XMAA 4UW4A 4WEGA 3WDXA 2D3SA 3AXDA 4B7NA 1WCQA 2ZMNA 1DHKB 2Z42A 3PVNA 1QNWA 3VV1A 4Y20A 4D8SA 1CESA 4FPCA 5CAZA 3WOGA 2DVFA 2QWHA 4BLIA 4M00A 4DRVA 5JOYA 3WV6A 4HZYA 4YGDA 2ERFA 2WT0A 4BPZA 4CTEA 3CL0A 4B7MA 2ZB5A 1S0DA 5GM0A 3FLPA 4LBOA 2WQZC 2XB6C 1LENA 1F9KA 4HIZA 2A3WA 1MS1A 4XJ9A 1NNCA 4R9CA 2XG3A 1VAVA 3ZXEA 5T5JA 2HTWA 4FPJA 3D5OA 4P9YA 1N47A 1S0BA 3LSDA 1R1ZA 2R1DA 4C1WA 2HU0A 3A0NA 3VKLA 2F24A 2DVAA 4YZ5A 4C1XA 1CJPA 5EYXA 3NV4A 1G9CA 2OUJA 1AX0A 2OW4A 4H55A 2ENRA 2NP0A 1IVDA 4XTMA 3B01A 2C4LA 3MW3A 3SITA 3SNMA 1JW6A 4KS5A 4WEFA 5GALA 1MS9A 4GKYA 1Z0HA 1YYNA 3B69A 4QN6A 3K36A 4MWUA 1G9AA 3WG3A 1LTEA 1PZ9A 1KQRA 1C1FA 2W68A 1HLCA 2JE7A 1LECA 2P3JA 5H9SA 5JOXA 2D6NA 2QWIA 1LU2A 1UMZA 4GZPA 3WDUA 2A3YA 3APBA 1WW6A 3H73A 1W6PA 1V6IA 4P9XA 3MW4A 3BOPA 5DZEA 1B9TA 4K1HA 2EXKA 2VH9A 2DURA 2F0ZA 1D0HA 5DZGA 2JECA 1JBCA 5LK5A 5CB7A 2HT8A 4HZZA 3UK9A 3O9KA 3VKNA 1NSDA 1MWEA 4XYXA 1GZWA 5EYYA 3WHUA 1NCBN 1B9SA 1FV2A 1CVNA 2GNTA 1HKDA 4GZSA 3WZ1A 3V65A 1DQ4A 5HUNA 1N3QA 2A6WA 5T5OA 3WG2A 5GLZA 3O0VA 5H9PA 1W8NA 4Y1ZA 4D69A 4YGEA 3SH4A 1AJOA 2ZGMA 3H72A 1MS3A 5GLVA 2GMMA 3ZXKA 1G86A 1QDOA 5HUKA 1JOJA 2R1BA 5SV8A 5FRAA 2CNAA 4WVVA 1GANA 4WV8A 4PF5A 1MZ5A 1RITA 2WT2A 2JD4A 3RSJA 2OVUA 4M4UA 4JF7A 3WDTA 2F27A 1INYA 2JJ6A 1ULDA 3MW2A 3H71A 1J1TA 3BTAA 2ZGQA 3OBRA 1V0FA 4DFSA 3GNEA 1QOTA 5M1ZA 1V6LA 2YV8A 4LBQA 2DTWA 4Y26A 4UW3A 3SH3A 1W20A 5CA6A 1WW4A 3IN9A 1XOGA 4MWYA 2VUAA 3RRDA 1O4ZA 4QN4A 2DV9A 4YFZA 1S0IA 2A6VA 2EALA 4YG3A 2YA4A 3OBTA 4Y20B 4Q8KA 3ILRA 3AFKA 3KM5A 2EAKA 3ILNA 2OUHA 1INXA 1IS4A 2DYCA 2UWCA 1NCDN 2D6KA 4LBNA 4YZ1A 1INHA 4AGGA 1USXA 4I00A 3FUOA 1C57A 2NM1A 3HR9A 1LGNA 4FVVA 2BZDA 1VAMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2TBVA 3IDBB 4UYBA 1ZBA2 3GYDA 5KXBA 3RGBA 3RZGA 5F32A 4A2UA 4DB5A 4W65A 2G9FA 4TLFA 4IERA 2H6BA 3IM0A 4HVRA 4QU1A 3DKWA 1JZ4A 1JZ6A 3IAPA 4B3NA 2VNOA 3B7MA 2BF6A 2A7AA 2WZR2 1OVPA 3B00A 5IFTA 4IFNX 3OGGA 4KU7A 2D43A 1N1VA 4Q0UA 2YC2A 4QDSA 4QHBA 3JU9A 5EWSA 2V5DA 2Z4FA 2A6XA 5F8PA 4UF0B 2DBIA 4IXLA 3RNSA 5GLTA 1Y3TA 4AH4A 2F17A 2BYVE 1INFA 4MYEA 1MQTA 2PYTA 5JAXA 2WOZA 3VBSC 3QH6A 4GB31 1O4YA 2VOKA 1SPPB 4Y5TA 4CUBA 3FWEA 4MXWB 4TTGA 5H9RA 3QACA 3A71A 4LKFA 1LCLA 4QPIC 3K38A 5DABA 4WVMB 2BP6A 1IPJA 1O59A 4ET7A 3ZSMA 4CPYA 4FXGB 1UQXA 2Q1ZB 4CYDA 1LHVA 2WR9A 4A4AA 2PQSA 4LA2A 1JYVA 1IUCA 1UY2A 3A9HA 5LRRA 4MWLA 4GWNA 4MV2A 4RA0A 1ENSA 3U07A 3U0ZA 1ALYA 1TNRA 1A6CA 4Q8LA 4DRRA 1W2NA 3DYMA 4ZXEA 3MZHA 5I0SA 2Y26A 3GCWA 3LE0A 3QLQA 2ZABA 2HH9A 3ORJA 3BYWA 1UZYA 2NZ9A 1OLME 1CAVA 3RWNA 2BV4A 4CDXB 1B09A 1KITA 3FUQA 5FY0A 3M3IA 3TB0A 3AP6A 3POSA 2JB4A 3RMXA 5FYUA 1ZA7A 3O1VA 1E8VA 2IXCA 2JG8B 3HBKA 3AMPA 2VZTA 4QKFA 5DUWA 1JMUB 2ZGPA 3VDDB 5D9BA 1MEC3 1XPWA 4AQSA 2DFCA 4A6OA 4A7KA 2HBTA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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