3OPZA

Crystal structure of trans-sialidase in complex with the fab fragment of a neutralizing monoclonal igg antibody
Total Genus 176
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
634
structure length
625
Chain Sequence
SLAPGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAHM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/immune system
molecule keywords Trans-sialidase
publication title Trypanosoma cruzi trans-sialidase in complex with a neutralizing antibody: structure/function studies towards the rational design of inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma cruzi
total genus 176
structure length 625
sequence length 634
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2010-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3opzA02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 3opzA01
3FLTA 4YFWA 3AYCA 1AVBA 4LBQA 1LODA 2F29A 4M3MA 2A6XA 1GSLA 1UPSA 3ILRA 1W6QB 2DUPA 4X4AA 1I1EA 4GJTA 3OJBA 1LEMA 1S0CA 1KRIA 4MWQA 3WHTA 1AF9A 4DS0A 3VKNA 2GNTA 4QN7A 2AUYA 1BJQA 5JMCA 2DU1A 3WUDA 2UWBA 3N3HA 5JVVA 1UKGA 1DIWA 2DVGA 1QOTA 1UN1A 4XXAA 1F9KA 4KS3A 3MW3A 4YZ4A 2JE7A 2JD4A 2ARBA 4HZVA 5DXDA 3Q9OA 2A6VA 3ZXKA 1E8VA 1DBNA 1DLLA 3TI4A 4UW4A 4K3YA 2F10A 4WA3A 5B2DA 5H9QA 4XTPA 1DIMA 1V6KA 2ZGSA 2YY1A 2A5ZA 4R9AA 5DUXA 1GZWA 2ZZJA 1DILA 2ZMLA 3A0NA 1ULGA 1QMJA 5HCAA 3SANA 2A70A 2ZGNA 2VUAA 5HUKA 3BOPA 2E51A 1FNYA 1SBDA 1N3QA 1NCAN 1N1YA 1JUIA 1F8BA 4XJRA 4GZSA 3OGGA 2W52A 2YA5A 1IOAA 3OBTA 2QWHA 1N47A 3ILFA 1LGCA 2QWDA 3A72A 2ARXA 3UL2A 5T5OA 2A6ZA 2RHPA 1GKBA 1V0EA 1MZ5A 1LENA 1VCUA 3POSA 1SLTA 4K21A 4WEFA 1W21A 3OBRA 1NXD1 1GZCA 1AJOA 3TI8A 3GVLA 3VKFC 3N7LA 3WHUA 4H53A 1NCDN 4XIOA 5CBLA 1IKQA 4YZ5A 4HZYA 1NLSA 3OYWA 1WLDA 1HQLA 1Z4YA 2EXHA 2F12A 1V2IA 2OUJA 2UWCA 2YA6A 1IVEA 2W20A 1W6QA 1UZYA 3RS6A 4WVWA 4GEZA 2NN8A 2X9MA 3LSDA 2SILA 1SBFA 5HCFA 3PVNA 4XMAA 2P37A 1CQ9A 2CL2A 4LBKA 4XDQA 1LOFC 1IKPA 4YW5A 4U36A 1C57A 4YLZA 1LJ7A 2PHUA 2E53A 4CPZA 5BYNA 4YGDA 4NO4A 2GNDA 4M01A 4BMBA 1GYKA 1NCBN 2F13A 1QDCA 4B7QA 1H9WA 3CKZA 2CYFA 3ZSLA 5GLUA 2C4LA 3DGTA 3NSSA 2QWGA 4M3CE 1FAYA 1AX2A 5CNAA 3N7KA 4ISRA 3FFZA 3WG1A 2VXRA 1NNAA 1NNCA 4GKXA 4X47A 4AWDA 5HX0A 1CESA 1Q8OA 4XE9A 2W38A 2VK5A 1WD3A 1IVCA 2ZGKA 3AFKA 3SH4A 3V64A 2GMMA 2OVUA 2ZAAA 1MVQA 2QWBA 1ENRA 2H0BA 3W59A 1F8EA 1L7GA 2F25A 1S0FA 6NN9A 1F8CA 1XOEA 5KXCA 1D0HA 4Y1VA 1V6OA 2HTWA 3JU9A 4C1WA 3W58A 3M1HA 4MWXA 2HT5A 4YM0A 4UW5A 2YA8A 1YXWA 1BYHA 4ATEA 1KJRA 1LHNA 3ZXEA 1MWEA 1AXYA 4KS2A 5CB7A 2WQZC 3TI3A 4L8QA 1MS1A 1Y7BA 3AP6A 1LOBA 1SLIA 4P9WA 2UU8A 4LBJA 1Q8PA 1QU0A 2PHXA 5DUVA 4Y1UA 2DTYA 4GWMA 1VCJA 2XZJA 1LGNA 2DV9A 2A75A 2DYCA 1W8NA 4Q2FA 2B8HA 4U2AA 4LBQD 2NM1A 1NMAN 4XMIA 1N3OA 2E7QA 3FBYA 5GZDA 3SNMA 3VV1A 1B09A 4Y20A 4FOYA 2JE9A 1WD4A 2HYKA 2KM2A 1V3BA 1VAVA 1V3DA 2AEQA 2F24A 4Y26A 2WJSA 5GLZA 2D6OX 4FVVA 1GANA 2GN3A 1SLBA 1WCSA 1JYIA 1YI7A 5GZFA 2EXIA 5T5LA 4X49A 2FHRA 2V73A 1S0BA 3SH3A 1DQ0A 2E6VA 1WBLA 4M4VA 4XBLA 3L2YA 3AP5A 4YGBA 1JXNA 1B9VA 1MS4A 1CPMA 2BATA 2CWMA 1IVGA 1JN2P 4ISQA 4XTMA 3D12A 2NYYA 2DUQA 1WW6A 5IK7A 2YROA 4YW4A 4PQ9A 2QWCA 3AP7A 1AZDA 2F0ZA 2VW2A 3K3AA 1INHA 4UW3A 1FATA 3HMYA 3ALWA 2DVAA 2GN7A 1ZA4A 4XZPA 3ZPYA 1G9CA 4YZ2A 2QWJA 1URXA 4P9XA 1FX5A 3ZXJA 4HIZA 3D11A 1VAMA 1ONAA 4LBLA 2C5DA 2NMOA 5EWSA 3IMNA 4FPLA 1EUSA 2D44A 4FP2A 2DTWA 1L7FA 2ZHKA 3A71A 3RG0A 3GVJA 1QOSA 5NN9A 1IS4A 3I4IA 2D6KA 1MZ6A 2XCYA 1NSCA 1A78A 4XJZA 2P2KA 2DVDA 1G9DA 2EF6A 5HUGA 4XBQA 2XB6C 4NC5A 1DQ4A 1SCRA 2VSKA 1GNZA 2ZB5A 2CNAA 3RSJA 1G9AA 4YW3A 2ZABA 3O12A 5IUQA 1ENSA 2ZHNA 3M3EA 1MS3A 1WBFA 2YDTA 1V6MA 4K1KA 3NV1A 2GMEA 4AVTA 2AR6A 5IK5A 3OY8B 5T54A 1IS3A 4AVSA 4YM2A 3AYDA 3AXDA 3UK9A 1G7YA 4Q1PA 2PHTA 4MWJA 3V0BB 1F8DA 1MACA 2P3KA 4Q6KA 1SACA 3GVKA 4KS5A 4QN3A 4Y22A 1BZWA 3B7EA 2ZACA 3B00A 1HKDA 3RRDA 2A6YA 2QWFA 4MWWA 1Z4XA 3WLUA 5AVAA 4FVKA 3ZXLA 4YW1A 3H0OA 3O9JA 3B01A 5DG1A 3ZXFA 2JECA 1EURA 1FYUA 3T1EA 2XZKA 2ZGRA 1L7HA 2PELA 5DUUA 2TEPA 3AX4A 3SALA 4GA9A 2BERA 1A8DA 2EXKA 1WW5A 3K38A 3IPVA 2ZGUA 4M3CF 4MWYA 1V3CA 2ENRA 1RITA 3BODA 1G8WA 4RA0A 5JOYA 4H55A 3BIWE 1IVBA 3M3QA 1APNA 1H9PA 2OUHA 3RMXA 3SISA 2ERFA 3AJYA 5IT6A 4Y24A 4LBOA 3ASIA 3NV3A 5HCBA 3SITA 4YZ1A 4GB1A 4BPZA 4M4UA 3K36A 1GNHA 4HL0A 3TIBA 5F9TA 4QN6A 4CRQA 1W6OA 4MJVA 4FPGA 3WV6A 2CY6A 4Q1RA 1A3KA 1S0JA 4FPFA 4YGCA 3V65A 3TI6A 1ULFA 3AZZA 4XJWA 3SILA 1LESA 2ZHMA 4WEGA 1ULEA 1UL9A 1V6NA 5E89A 2HTUA 1LHVA 4XILA 1FV3A 1S1AA 2LALA 1D2SA 4YG0A 3TB0A 1OFSA 1C1FA 2ZGLA 2SIMA 4BLJA 4M00A 2ZGMA 4PF5A 4YZ3A 5KXBA 5L73A 3DUIA 3VKMA 4XHBA 3AYEA 2DU0A 2HU4A 1GV9A 4M3CB 5F5QA 4K1IA 3FLPA 4YGEA 4K1JA 1H30A 4FJ6A 5KXEA 1SLLA 3O0WA 1I3HA 2GALA 4DQAA 4MWLA 3AYAA 1DYKA 5GZEA 2WSVA 2DVFA 3FUOA 5DZGA 4JRAA 4FZHA 2QWAA 1W6NB 3WDUA 4WVVA 2A7AA 1BQPA 2NZ9A 3WDTA 2SLIA 4B7NA 3T1MA 2UWAA 3HN1A 2AREA 1LECA 4P14A 5CA6A 3FUQA 2A71A 1NNBA 1G86A 2YMZA 3N35A 4JCKA 3ZYPA 3ALXA 3A4UA 1S0IA 4UF7A 4HZWA 1AXKA 2P3IA 4XXPA 1UAIA 2WT2A 4AGRA 2AYHA 3R4UA 4P9YA 1W8OA 2SBAA 3POWA 1YIFA 2DUOA 4QN4A 1V0FA 2D6MA 1LHWA 1DYPA 4QN5A 3OPZA 1WW4A 4GZXA 1FV2A 4GZPA 4BMEA 1OKQA 5GLVA 1PZ7A 4ATFA 1IVDA 1U0AA 4LBMA 3AZWA 2A3YA 3V0AB 2P34A 2AGSA 4PCRA 1C1LA 1HDKA 5DZEA 5FRAA 3ENRA 1AX0A 1FNZA 4MWRA 4WA5A 5EYXA 1WLWA 4NN9A 2D3PA 1LOEA 2XZIA 4TZDA 2NMNA 1NMBN 1KQRA 1YYNA 2PHFA 2F28A 5GM0A 3H71A 1AXZA 4GZTA 4GALA 1ULDA 3WCSA 3W09A 2W5OA 3M2MA 1O4ZA 1E8UA 2V5YA 3HR9A 1EUUA 1LOCA 1WUVA 1Z4WA 1NSDA 4KS1A 3BTAA 1AX1A 1LU2A 2NP0A 2HT8A 1LULA 2F11A 4LBQB 1V6LA 3NV2A 1DQ1A 2PHRA 1KJLA 1LTEA 3N36A 7NN9A 3T1LA 2GNBA 1AJKA 4YW2A 2YDPA 3WZ1A 1KDKA 4Q26A 1KITA 2EALA 3O0XA 1ULCA 2D43A 2Z42A 3M3CA 1WW7A 1INWA 4XJ8A 2GNMA 4CPOA 1KDMA 5KXDA 1MS8A 3NN9A 4GDJA 4MZAA 3MPPG 3ZSMA 1Q8SA 4AVVA 1LCLA 2ZGTA 2VWDA 1CONA 1N1VA 4AGGA 1BXHA 5GZCA 4GZQA 4CPMA 3TIAA 2VW1A 1SFYA 3NV4A 1USRA 4NCSA 3MW4A 4Y1ZA 4LBNA 1CR7A 4XIKA 1GZWB 1N1TA 2WT1A 1MS5A 2RKCA 1BKZA 1PZ9A 5T50A 3ZVXA 1RIRA 5GLTA 4AGVA 5M1ZA 4GZOA 3H72A 1W1XA 2AH2A 3USUB 1QF3A 4BBWA 4FPHA 4XJ9A 4XJQA 4FPKA 2OW4A 3H6JA 2ZA9A 2W68A 4XBNA 1WCQA 1HQWA 1JYCA 3AXEA 5JOXA 1GICA 3AZVA 4HZXA 3ZSJA 4DRRA 4K1ZA 1B9SA 1SLAA 3JUUA 1XQNA 4DGRA 2W39A 1W6MB 2ZGOA 2EIGA 2CTVA 5SV8A 4FQ4A 2W5NA 2HTYA 1NCCN 3ZSKA 1LHUA 4I30A 3AJZA 4ASMB 5GZGA 1LU1A 1V6JA 3WG3A 4DFSA 3CL2A 1ZM1A 3GNEA 3OYWB 3WG4A 3WUCA 3FLRA 1EPWA 2R16A 2VH9A 3D5OA 5IK4A 4ZKTB 2ZMKA 1INYA 4DRVA 5T52A 3TI5A 2C9AA 3APBA 3R05A 2WNEA 2QWKA 3C2UA 3WDYA 2XG3A 1LGBA 3IN9A 1BJIA 4BLIA 1SNTA 4XJAA 1LOFA 3AZYA 1YO8A 2HTVA 3ILNA 3UJOA 1PZ8A 1MR5A 2P3JA 4MC7A 1Z4VA 5HUNA 4CPYA 4MZEA 3IKWA 5FREA 4FPCA 4BM8A 4IQPA 2AEPA 1VIWB 3ZYRA 1NMCA 1HLCA 1UMZA 3ATGA 2R0FA 3N7MA 5T5PA 3MEPA 1MVEA 3R4SA 4YG3A 3WOGA 5E88A 2W08A 4ZXKA 1CVNA 2G4IA 2HTRA 1RINA 2CMLA 2QWIA 2D3RA 4QNPA 4CPLA 1CJPA 3WDVA 3USUA 2A3XA 1JBCA 1QNWA 4R9CA 2I2SA 4FPOB 4FPEA 4KBBA 1SCSA 3O9KA 1UZZA 1IS5A 3B69A 3RMYA 4BOWA 1MS9A 2VK7A 3A0KA 1INXA 1INGA 1GZ9A 5DG2A 2YV8A 4PBOA 1VALA 1A4QA 5JOZA 1Q8VA 1XOGA 1V3EA 4XYXA 1W6MA 4FPYA 1IS6A 2VU9A 1W6PB 3AZXA 4FQZA 4JF7A 2YA4A 1UX6A 4XJUA 3QCWA 2R1BA 3OY8A 3SH5A 4W65A 3M3OA 1GLHA 5GLWA 2WT0A 1E8TA 1F31A 1Z4ZA 1J1TA 2WLQA 4ITCA 3WVJA 4TYSA 3V0BA 4SLIA 3WNXA 4Q27A 2VVZA 4GXLA 5EXOA 5DUWA 2WKKA 3O0VA 4YM3A 3K37A 1DQ5A 4NOTA 3TICA 4B7RA 2E7TA 1S0DA 1QGLA 1YRZA 3T2TA 1EUTA 3GALA 2BZDA 4Z8BA 4Y20B 3VKOA 3PVEA 4Q8KA 4YG6A 5HUMA 3VUOA 1CN1A 2ES3A 4XOGA 4C1XA 1JOJA 3TAYA 4FPJA 1QDOA 3K39A 1QNYA 4Y1XA 2BF6A 3O5SA 4OZXA 1W0OA 3WG2A 1A14N 3LSEA 4KS4A 5B2CA 1V6IA 5JLVA 3N7JA 4FP3A 5DZFA 3D4KA 1G9BA 2LTNA 2ZMNA 2ZBJA 2D6PA 1DQ2A 4FOWA 1DZQA 2VW0A 4K1YA 5JDBA 1W0PA 4B7MA 3BEQA 5EYYA 3CL0A 1B9TA 1WLCA 3RQ0A 2YZ4A 5LK5A 2YA7A 5H9PA 1OQ1A 1LHOA 2R1DA 4D69A 5JOWA 3U4XA 1MS0A 4X6KA 4MYEA 1Z0HA 5T5JA 2PHWA 5E8AA 1LOAA 2B7YA 1SO7A 3LCPA 4MJUA 2DURA 1S0EA 4XHXA 5IK8A 3B9CA 2FMDA 1V0ZA 3SLIA 2CWSA 4F83A 1GBGA 3WDWA 2HTQA 1DHKB 1W6PA 2HT7A 4UW6A 1QKQA 4R9BA 4MWUA 2JDZA 1INFA 1TEIA 4AYUA 4GWNA 4DPNA 3AP9A 2AENA 3INBA 1USXA 2QWEA 1NN2A 5GJ6A 5GALA 1G9FA 1SLCA 2R49A 4M3CA 3INAA 1DGLA 4FOVA 4J9TA 4WZFA 2UURA 1INVA 4FOQA 4WA4A 4B7JA 1DFQA 4GZWA 3D6EA 2GDFA 3I8TA 2VSMA 4K1HA 2Q5TA 4YM1A 1W6NA 1F5FA 1JHNA 1QOOA 4HANA 1VLNA 3IM0A 1Q56A 3KQRA 3PMEA 2R0HA 1LOGA 1Z78A 2YXSA 1N3PA 4MWVA 3QLQA 2EXJA 2F27A 3PVOA 1JW6A 2VY0A 2F26A 4Y22B 3KM5A 2A6WA 2A3WA 1DQ6A 1CPNA 1Q8QA 4M4NA 3NWKA 2C4AA 1A4GA 4CZSA 2ZHLA 2DVBA 2ZB6A 4BQ1A 2BQPA 4CPNA 4D8SA 5H9RA 1V00A 2HU0A 4MX0A 4I00A 3MW2A 3UJQA 1ENQA 3AK0A 5T55A 3POYA 1CIWA 2ZGQA 4R9DA 2JKBA 3V0AA 3IPVB 2DWRA 3AP4A 1LEDA 2D7FA 5H9SA 2ZKNA 4GDIA 3B3QE 1NSBA 2JJ6A 2D3SA 1O4YA 4GKYA 4PBPA 1S0GA 4YFZA 3PJQA 4HZZA 5JYYA 1Z50A 3CNAA 1W20A 4Y1YA 2D6LX 3WCRA 4Q8LA 1X50A 3VKLA 3CYEA 4K20A 1N1SA 2D6NA 4CTEA 1W6OB 3H73A 1R1ZA 2EAKA 4WV8A 4JC1A 1SBEA 2WSUA 4H52A 2GMPA 5CAZA 1IVFA 1C4RA 4RL7A 2VK6A 3JU4A 3WDXA 2ZGPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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