4FOQA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-aminoethanesulfonic acid
Total Genus 196

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
100200300400500600600500400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 196
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4foqA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4foqA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4foqA02
2PHUA 3AP6A 3AJYA 2G4IA 2GN7A 3AXDA 2GNMA 1KDMA 4FQ4A 5BYNA 4YZ2A 4MWRA 2SLIA 4P9YA 2GMMA 3H72A 2VY0A 4CRQA 4R9BA 1GNHA 1RINA 2WQZC 2R1DA 3LSEA 2DURA 4DRRA 3TICA 1S0GA 3K39A 2QWJA 3FUOA 4YG6A 4GZWA 1NCBN 1IVDA 4MWWA 1PZ7A 4ISQA 2ERFA 5FRAA 4FPLA 3TB0A 1PZ8A 4QN3A 5GZGA 3BIWE 3T1LA 1Q8VA 1CR7A 1Z4XA 4KS3A 5JOZA 3MEPA 2P3JA 2HT8A 3HMYA 2HU4A 4XDQA 4YW4A 1MACA 4PF5A 4MWUA 1AJKA 3FFZA 5HCAA 2FHRA 4M4UA 1H30A 1LU1A 4Y24A 4Y1XA 2HTYA 3ASIA 1W6NB 4P9WA 4GJTA 1TEIA 1BQPA 4FPFA 1LGCA 4YM2A 1KJRA 1LULA 2ZGPA 2P3KA 1WD3A 2VK5A 4NO4A 2RHPA 4X47A 1SCSA 4Q26A 2VH9A 5IK7A 1AVBA 1I1EA 3ZYPA 3FBYA 3D12A 1DHKB 4Y20B 4XJAA 2F11A 4CPOA 1W0OA 3AYCA 2D44A 1FYUA 1INFA 2HT7A 2D6OX 1V3CA 4UW6A 4CPLA 4XJWA 5EYYA 4CTEA 5IK5A 2YV8A 3N7MA 4MX0A 3SH5A 4GKXA 2HTQA 2YY1A 1NLSA 1YI7A 2ZGQA 2YXSA 4XBLA 3M3OA 1NMAN 2D6LX 2DU0A 4RL7A 1UZZA 1Q8OA 3OYWB 1QNWA 3NWKA 4FVVA 2C4AA 4Q1PA 1WLDA 1W0PA 3VV1A 5JOYA 2F25A 2A6ZA 1XQNA 5KXEA 3PVEA 1A4GA 1WW7A 1NNAA 1DIMA 4D8SA 1QOSA 4X49A 1MZ6A 4YZ5A 3ZVXA 4FPCA 3H6JA 1Z4WA 1YYNA 2ZMNA 3R05A 5CB7A 5HUGA 1GBGA 4W65A 4LBQA 1NSCA 3NN9A 2OVUA 1SLTA 1LHOA 5B2CA 4FOYA 3ZSJA 2OW4A 2DUPA 1SLLA 3RSJA 3ZPYA 4WA5A 1LHWA 4P14A 2A71A 1AX0A 1GICA 4Q8KA 2ZHNA 5T5PA 4FP3A 4XTMA 1S0BA 1PZ9A 4C1WA 1D2SA 1IOAA 1V6IA 1N3QA 2ZZJA 1MS4A 1DYKA 4AWDA 2XB6C 3TI3A 5IK4A 1ZA4A 2ZACA 4FPHA 1INXA 4FQZA 6NN9A 2YA7A 4AVSA 1FATA 1WBFA 4HANA 5HUNA 2ENRA 3SH3A 2LALA 4JCKA 1UZYA 1NN2A 2CNAA 4DS0A 3AZWA 2A6XA 4JRAA 4XILA 4GDJA 2W5NA 2EIGA 1NCAN 1FV2A 2WT1A 4XXPA 3TAYA 4GZSA 3ZXEA 1LTEA 3H73A 3SNMA 3D11A 1CIWA 1WLWA 3PMEA 2D6PA 1GANA 1JW6A 1QGLA 1MVQA 2DTWA 4QNPA 1GZCA 1KQRA 2PHRA 2BF6A 3AX4A 2PHFA 2QWDA 4XBNA 5CA6A 5DUUA 4LBQD 1SLCA 1G8WA 4QN7A 4Q6KA 3N35A 2E51A 2QWHA 1DIWA 4LBQB 4MWYA 1B9TA 2WSUA 3OPZA 1AXZA 2VUAA 3I8TA 4ATEA 1N1YA 2ZGUA 2ZGKA 4P9XA 2XZIA 1IKPA 4H52A 2DVGA 1LECA 1USRA 1SLAA 1LU2A 4GDIA 1LENA 4PBOA 4Y1VA 3GALA 4U36A 3U4XA 4M3MA 4FOWA 1NCCN 2QWFA 3UL2A 2ZGSA 4FPJA 3CNAA 4ASMB 1OFSA 2E53A 2PHTA 5DG2A 4Y1UA 3UK9A 2A6WA 3GVLA 3H0OA 4YW1A 1VAVA 4FPYA 1NMBN 1RITA 1N3OA 4Y22A 1BXHA 1SNTA 3PJQA 4WEGA 2DU1A 1F8CA 1LOFA 4Q8LA 1ULCA 2F0ZA 1O4ZA 1INGA 2SIMA 3DUIA 1YO8A 5IK8A 3WHUA 4YFWA 4XXAA 1ULEA 1AX1A 3WDTA 4BPZA 2SILA 2A3YA 3CYEA 4J9TA 1GZWB 1V6KA 2GNBA 1E8UA 3KM5A 1GKBA 3HR9A 1NNBA 2AGSA 2GNTA 2EAKA 2B8HA 1WUVA 1LHUA 4X4AA 4KBBA 3B00A 4JF7A 4GZTA 3A71A 2AEPA 5GZEA 1O4YA 1N3PA 5HUKA 3ZSLA 1W6OA 2UURA 3V0BB 3BODA 2BATA 1N1VA 1EUSA 1JN2P 1NSBA 1ENRA 1AZDA 2ZGTA 1LOCA 3IMNA 4MWVA 3ZSKA 5F9TA 4XZPA 3BEQA 4MZEA 1W21A 1JXNA 3USUB 2EXJA 1R1ZA 3VKFC 3O12A 4GZQA 4YZ4A 2DYCA 3POYA 4B7MA 4FPOB 3W58A 3VKOA 1G9FA 2EXHA 5JLVA 1MWEA 1VALA 1DLLA 2E6VA 4RA0A 2YA5A 5DUVA 1WW4A 5E89A 3AK0A 4CPZA 1CESA 4DPNA 3UJQA 3GVKA 3IM0A 1DQ1A 1SBEA 2CYFA 2F28A 1CPNA 2DVDA 4YGCA 1V0EA 4XTPA 4BMEA 5GZCA 2V73A 2PHWA 2BERA 2HTUA 2DUQA 2NMOA 1EUTA 1FNZA 4HL0A 1USXA 1BYHA 1Q8PA 3MW2A 5DZGA 3K3AA 4YZ3A 1SBFA 1W6MA 1BJQA 2AR6A 4B7RA 3V64A 5T52A 3WG3A 2YA6A 1G9BA 2F26A 1S0FA 1NSDA 4WA3A 1IVFA 2QWGA 1IVGA 4YZ1A 2ZMKA 2E7QA 1QNYA 3SILA 2F27A 1V0FA 1AXKA 4XE9A 1DILA 3IKWA 4Q1RA 1WLCA 2JD4A 3B3QE 3ALWA 5L73A 3ALXA 4B7QA 3A4UA 2VSMA 1KITA 4GA9A 4Q27A 1GZ9A 2JJ6A 3M2MA 2D3PA 2UWBA 3TIAA 5HCBA 1W1XA 2F12A 2QWKA 4D69A 4CPNA 3TI6A 2R16A 4M00A 3V0AA 2D3SA 3AXEA 4BLJA 3N36A 4UF7A 1F31A 1Q8QA 4FOVA 2W52A 4DRVA 2QWIA 1V0ZA 5GM0A 1A3KA 4WVWA 3TI4A 4K1HA 3OBTA 3NV2A 4OZXA 5GALA 3WCSA 5E88A 1IKQA 1IS5A 1S0IA 2VK7A 2ARXA 2GALA 4K20A 5KXBA 2AREA 1IS6A 3PVOA 2E7TA 4M3CA 4LBOA 1NCDN 4M4VA 2LTNA 2CWMA 3OGGA 5T5OA 5T55A 3O0WA 4GEZA 1DQ2A 3D4KA 2JDZA 3N3HA 4U2AA 3LSDA 2YMZA 1INWA 2Q5TA 2I2SA 3FUQA 4XHBA 5B2DA 1FX5A 1ULGA 3QLQA 5H9RA 3O0VA 2NYYA 2YROA 3ATGA 2JE7A 2HTRA 3WOGA 1BJIA 4L8QA 2SBAA 1ENQA 3BTAA 1UX6A 5T5LA 1DQ6A 2NMNA 3B7EA 3T2TA 5JVVA 4Y1YA 1S0JA 2F10A 2YZ4A 4M4NA 5SV8A 4AGVA 1DFQA 4Y26A 2NP0A 2WLQA 5JDBA 1L7GA 5NN9A 2VK6A 5DG1A 4H53A 4FPKA 1MR5A 2D3RA 2OUJA 1UN1A 4BM8A 2ZB5A 4GZPA 2XCYA 3R4SA 4KS2A 3ZYRA 2R0FA 3V65A 3AYDA 3BOPA 4AVTA 1DBNA 1LOAA 3N7JA 5KXDA 1WCQA 2ZGOA 1J1TA 2W38A 4WA4A 2D6MA 1B9VA 2ZHLA 2R1BA 1GV9A 4WZFA 2WJSA 4YM1A 1ONAA 1QOTA 2ZHKA 2KM2A 3SH4A 1MS0A 3IPVA 3WDVA 1AJOA 5CAZA 1UL9A 5FREA 1ZM1A 4Z8BA 4QN5A 4FP2A 3INBA 1HKDA 3GNEA 2GNDA 1SBDA 4K3YA 5DUXA 3WZ1A 3AJZA 3AZYA 5EWSA 4NN9A 3OY8A 4WVVA 2VW2A 3K36A 1G7YA 3L2YA 4YG0A 5H9QA 5HCFA 3VKMA 2ZAAA 1S0CA 2Z42A 3WCRA 1VLNA 4XBQA 1C1FA 2EXKA 1W6PA 1W6QA 1N1TA 1QMJA 2F29A 1JOJA 3ZXKA 3Q9OA 1C57A 4XYXA 1IS3A 4GWNA 1IVCA 3GVJA 2JECA 4QN4A 3JU4A 2A3WA 4BOWA 2CY6A 3RS6A 3VKLA 4MWJA 1MZ5A 4R9CA 2WKKA 3WVJA 5JOWA 3WG2A 3MPPG 2YA4A 1KJLA 1RIRA 1INHA 1YRZA 3A0NA 2C9AA 1A78A 2JE9A 3FLRA 4Q2FA 4C1XA 1UMZA 2RKCA 4TZDA 1UAIA 3ENRA 3KQRA 1IVEA 1WD4A 4GZXA 2AYHA 2NZ9A 5T5JA 1QU0A 1LGNA 2EXIA 5GLVA 1YIFA 1HDKA 1Y7BA 1D0HA 1QOOA 2W68A 4YFZA 1URXA 5DXDA 1S0EA 4XJRA 2BZDA 1CJPA 1JYIA 4FZHA 1DQ4A 2OUHA 4M01A 1FAYA 3IN9A 3POWA 2VW0A 4ATFA 1AF9A 2DVBA 4DGRA 3OY8B 1JHNA 1DZQA 1A8DA 2DWRA 2W20A 4BMBA 3D5OA 1E8VA 1MS1A 4AYUA 1Q8SA 3FLTA 3N7LA 1JYCA 3AZXA 2NN8A 1W6PB 1DYPA 4FPEA 3AYEA 1JUIA 1CONA 1G9DA 2A75A 1W8OA 5T50A 1H9PA 4GALA 1CPMA 3WLUA 2QWAA 5LK5A 3HN1A 4K1KA 1LJ7A 3N7KA 5HUMA 2YDPA 4X6KA 3VUOA 1HQLA 1APNA 1HQWA 1LOFC 4PCRA 3OJBA 2ES3A 2A6VA 4AVVA 1XOGA 3SISA 4I30A 1ENSA 1LOEA 1A4QA 3M1HA 3O9JA 1S1AA 3TIBA 1VAMA 4NOTA 1YXWA 4KS1A 4MWXA 4YW3A 4Y22B 5DUWA 3WDXA 3OYWA 2DTYA 1LHVA 1L7HA 1GSLA 4ISRA 1QDCA 4H55A 1I3HA 5IUQA 1LCLA 4XIOA 5JMCA 3TI5A 4MYEA 2UU8A 1WBLA 1E8TA 1CN1A 2A5ZA 4PQ9A 5GZDA 5GLUA 4GKYA 3TI8A 2GMEA 4ZKTB 2VSKA 2VXRA 4K1YA 3ZXFA 1LEDA 4LBKA 2DVAA 2ZMLA 3WHTA 3NV4A 4MZAA 3PVNA 3B01A 4NCSA 5H9PA 3SLIA 2WSVA 1GYKA 4NC5A 3B9CA 1W6OB 1VCJA 4I00A 2BQPA 1MS8A 5KXCA 1XOEA 3JUUA 5GLZA 4WV8A 4ITCA 1VIWB 2NM1A 2P2KA 3AZVA 4CPYA 4F83A 1F8BA 2ZKNA 1SLIA 1SACA 1EURA 2UWCA 5E8AA 2A70A 1LOGA 1B09A 4HZZA 2AUYA 1GNZA 4DFSA 2PELA 2CWSA 4FPGA 2DVFA 2P3IA 4R9AA 2XG3A 1JBCA 1G86A 1NXD1 3WDWA 4TYSA 4UW5A 2C4LA 2CMLA 1W20A 5GLWA 1FV3A 1ULFA 1Z4ZA 4SLIA 3MW4A 4MWQA 4M3CF 1AXYA 2QWCA 1G9AA 3O0XA 2R0HA 4K1IA 3H71A 5AVAA 1ULDA 2CL2A 2ZGRA 3C2UA 1G9CA 1A14N 1UPSA 1HLCA 4LBMA 2X9MA 1MS9A 2D7FA 5GZFA 3CKZA 3INAA 1SCRA 1NNCA 4XOGA 4BBWA 5T54A 3B69A 4PBPA 1Z4VA 1LODA 4YGBA 4LBLA 1W6MB 5HX0A 2VWDA 4YM0A 4MC7A 4XIKA 2CTVA 1V3BA 1UKGA 2B7YA 2WNEA 4MWLA 2D6KA 4AGGA 1SFYA 2ZB6A 2HTWA 1B9SA 2A3XA 2R49A 4YW2A 3CL2A 3WUCA 2P34A 5CBLA 4JC1A 5IT6A 2GMPA 2W5OA 7NN9A 4MJVA 1LEMA 2C5DA 1NMCA 1V6OA 2W39A 1S0DA 3MW3A 1CVNA 3D6EA 1KRIA 1EPWA 5H9SA 5JYYA 2FMDA 2TEPA 4HZWA 5EYXA 4GXLA 3W09A 2JKBA 2WT0A 4Y1ZA 3O5SA 1V00A 4XJQA 5M1ZA 1BKZA 1WCSA 2DV9A 4HZVA 3V0AB 2AH2A 2ZBJA 1FNYA 3OBRA 2UWAA 3VKNA 1CQ9A 2HTVA 4HIZA 3NSSA 5DZEA 1C4RA 3LCPA 2D6NA 1Q56A 1W8NA 1KDKA 3K37A 5GJ6A 1H9WA 1LHNA 3ILNA 3ZXLA 4HZYA 1L7FA 4XHXA 1DQ0A 1EUUA 3RG0A 5JOXA 4K1JA 5CNAA 3O9KA 1V6NA 2EALA 2YDTA 2HU0A 4M3CB 1MS3A 4AGRA 4YW5A 3AP9A 4YLZA 3T1MA 1Z50A 2ZA9A 1GZWA 1WW5A 4ZXKA 3AP7A 4K1ZA 3CL0A 4FVKA 1Z78A 3WUDA 2F24A 4B7JA 1QKQA 1LESA 3QCWA 3WG1A 3K38A 2V5YA 1V6JA 4GB1A 4XJZA 4B7NA 3NV1A 4QN6A 2ZABA 3V0BA 1BZWA 1MS5A 5DZFA 1V3EA 4LBNA 3RMYA 2HT5A 3UJOA 3M3EA 2W08A 2VU9A 3APBA 4DQAA 4XJ8A 4GWMA 1SO7A 3USUA 3WDUA 4XMAA 3WG4A 4YG3A 2HYKA 1DGLA 3I4IA 2VW1A 1C1LA 4YGEA 4K21A 3WV6A 5GLTA 1LGBA 4UW3A 3WDYA 4UW4A 4YGDA 1U0AA 3ZXJA 3WNXA 3RRDA 3ILRA 4HZXA 2GDFA 3AFKA 3AP4A 4FOQA 2ZGNA 1AX2A 1WW6A 4YM3A 4BLIA 4CZSA 4FJ6A 4KS5A 2AENA 1V3DA 3IPVB 1IS4A 2A7AA 2F13A 3AZZA 1QF3A 1DQ5A 2A6YA 3M3QA 2QWEA 3NV3A 1V2IA 4CPMA 3M3CA 1X50A 2ZGLA 3FLPA 4XMIA 2XZKA 1OKQA 3R4UA 2P37A 1F5FA 1INVA 1GLHA 1INYA 2VVZA 2WT2A 1QDOA 5EXOA 2PHXA 4XJ9A 2QWBA 3RQ0A 3RMXA 4KS4A 1V6MA 4M3CE 1F8EA 1SLBA 4WEFA 2ZGMA 1LOBA 2DUOA 1W6QB 3A72A 1W6NA 2ZHMA 3AYAA 3T1EA 4XJUA 1N47A 1MVEA 3SALA 2GN3A 2XZJA 1V6LA 4LBJA 2YA8A 4BQ1A 3ZSMA 3AP5A 1Z4YA 3ILFA 3SITA 2ARBA 3DGTA 1IVBA 2AEQA 3W59A 4GZOA 2D43A 4Y20A 3SANA 4IQPA 1N1SA 3JU9A 1Z0HA 1F9KA 1F8DA 1OQ1A 3A0KA 2EF6A 2H0BA 5F5QA 4R9DA 3POSA 4MJUA 1VCUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ENXA 1JMUB 3VZJA 4AI9A 3UNPA 1K45A 1W06A 2C6SA 1V9U1 4WVMA 1ZZ9A 2PHUA 2P4EA 3AVSA 3AP6A 3AJYA 2G4IA 5FNQA 4YRDA 1UMIA 2GN7A 3AXDA 2GNMA 3BALA 4KNCA 3VBHA 4CEWA 1KDMA 3RVHA 4FQ4A 4YVSC 5BYNA 1BEV2 4YZ2A 4QPIA 4R52A 2SLIA 1RUC3 5SV5A 4XUNA 1QJU1 3LOIA 1IG0A 1HB1A 1RUG3 2F4LA 4HFSA 5HXMA 2R041 4EN8B 5J37A 4P9YA 2GMMA 3H72A 2VY0A 5LBBA 4CRQA 2OIIA 1BCXA 4N53A 2FMYA 1H8VA 1GNHA 1RINA 2WL1A 4R9BA 4YVWC 2WQZC 1GUIA 2VMCA 3HAGA 2LROA 3BIEA 2R1DA 2XVKA 3SMHA 1J3PA 3GF6A 4IMBA 3RPQA 4JAAA 1ACCA 4GIQA 2XKOA 4NHXA 3WXPA 4ARXA 4EN0A 4HETA 1WLTA 4KBZA 3I49A 3LSEA 4MX3A 4CU8A 2DURA 1TMF2 3MGUA 5DDJ3 1I6XA 1RUC2 3CQOA 4DRRA 1NQJA 2DG1A 4Y33A 4D0QA 4AGIA 3BU0A 4FFFA 3TICA 5IVJA 1S0GA 5BXXA 5IYYA 3K39A 2QWJA 2OPWA 3VZOA 4JHZA 3FUOA 4LQRA 2GAUA 1GNYA 4YG6A 4GZWA 5FZOA 1NCBN 2I07B 4QDRA 5FXZA 5EO8A 4URTA 4C91A 1XNBA 1IVDA 4MWWA 1PZ7A 1NZIA 4HKLA 4Q0UA 3MF6A 2G9GA 4RYDA 3I2JA 4XETA 4ISQA 4TLGA 5EJ1B 3O1OA 1QJY2 4YVSB 4HONA 2J1TA 1UY2A 2E26A 1C28A 2ERFA 1EYBA 5FRAA 3ZOIA 5CG8A 1DGWA 4FPLA 5DDJ2 3TB0A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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