4FOWA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 3-ammoniopropane-1-sulfonate
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 200
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fowA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fowA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fowA02
3ALWA 4MZEA 2SBAA 1L7GA 3T2TA 1PZ8A 4GJTA 3N7JA 1V6MA 3FLRA 1LOCA 4FPEA 3IM0A 1QKQA 4CPYA 4DQAA 5IK8A 1SFYA 5HUNA 4MWXA 1C57A 3BEQA 3D11A 4UF7A 4IQPA 4KBBA 4M3CE 3GVKA 1QMJA 1YIFA 2AREA 1KDKA 5HUMA 1KITA 1USXA 1I1EA 4LBMA 3RS6A 4R9DA 5GLWA 2PELA 4M01A 3RRDA 2HT7A 1DBNA 1SNTA 4YW5A 5T55A 3PJQA 1DQ5A 2ZGRA 1NSCA 3ENRA 4P14A 5CBLA 1MVQA 4XJWA 4AVVA 4HZWA 3FFZA 1LU1A 2KM2A 1W0OA 1S0EA 4XTMA 2JDZA 2XCYA 3ZSKA 1SBDA 2E6VA 1N47A 1IS4A 1G9BA 2RHPA 2NN8A 3W09A 1LHWA 2NP0A 2JKBA 2JECA 2XG3A 1UPSA 4PF5A 4LBQD 3D4KA 3ZSLA 3SITA 2TEPA 1BZWA 1EPWA 5T5OA 1VCUA 1AXKA 4FPJA 4YZ2A 3ZPYA 3M1HA 4FP2A 4GWMA 2GMMA 2Q5TA 1BXHA 1I3HA 3BODA 1RINA 1QNYA 2DURA 3LCPA 1LHUA 1FYUA 2P3IA 1N1YA 5GZCA 2P34A 4CTEA 4QN4A 5IK7A 4AYUA 2GDFA 4M4NA 2W08A 3AFKA 3WDXA 2QWBA 2HU0A 1LEMA 1AXZA 4M3CB 2D6PA 2D6OX 3N35A 5LK5A 4DPNA 2AEPA 1BJIA 2R1DA 1YI7A 4BM8A 4XMIA 2VK5A 4SLIA 4QN7A 3SANA 4B7QA 1ULCA 2YV8A 1RITA 4X47A 2A71A 5DG2A 3WG3A 3SLIA 1BKZA 3B01A 2W5NA 1FX5A 2ARBA 3TI3A 5E88A 1UAIA 4FPFA 3B9CA 2F25A 3ILFA 4Q6KA 4X6KA 5JOWA 1VIWB 2F27A 4XHXA 2HTUA 2A6ZA 3AP4A 3WNXA 3Q9OA 3UJOA 2EALA 3I4IA 2DVFA 2ZGKA 2ES3A 5GALA 3AK0A 4ATEA 1MR5A 2QWGA 3MW2A 2BQPA 3AP5A 1SCRA 2OW4A 1LULA 5T50A 1NMCA 1AVBA 1HKDA 3N7MA 1FATA 1Z4VA 2ZGSA 3R4UA 3D5OA 2F29A 4CPNA 4MWRA 4CZSA 3V64A 1G86A 2FHRA 2LALA 1F31A 3OGGA 4XBQA 1NCDN 3K36A 1V0FA 1B9VA 4Q27A 5HX0A 1W6OA 3N3HA 1ONAA 1GKBA 3ALXA 4WVWA 3AXDA 3O9KA 1IVGA 4GKYA 3PVOA 4XZPA 1WW4A 3AP9A 1A14N 1F8CA 3TI4A 1GLHA 1NNBA 2A70A 1XOEA 1IVBA 1YYNA 2WQZC 4M4UA 4FPCA 3WG1A 2AGSA 4KS1A 3H72A 2CYFA 1MS1A 4YFWA 3O0XA 3UJQA 4Q8LA 4Q1PA 2CMLA 1YO8A 2AYHA 1H9WA 1SLAA 2XZJA 1Q56A 1IVFA 5IT6A 4XJRA 3IPVA 1LHVA 3WUDA 5GZFA 1GZ9A 2VY0A 5IK4A 2ZZJA 4NC5A 1INFA 2DV9A 4H52A 4BBWA 4GDIA 1FNYA 2V5YA 1GNHA 2D6LX 2F12A 2ZGLA 3WLUA 5H9SA 1QGLA 1W8NA 4J9TA 1DQ2A 3M3QA 2QWFA 3AYAA 2R16A 3APBA 1MACA 3BOPA 1SO7A 5JOZA 2AH2A 2WT1A 3JU4A 2NM1A 3OYWA 2AR6A 1Z0HA 4YZ1A 2OUJA 1S1AA 1GV9A 4CPOA 3AP7A 3M3CA 1WLWA 5EWSA 2WSUA 3AJZA 1V3CA 3IN9A 1V6KA 1N1VA 5JMCA 5F9TA 2CL2A 2YA5A 4WA5A 1GBGA 1O4YA 4PQ9A 1INVA 4JCKA 1UZZA 3USUA 1ENSA 1LCLA 4Q2FA 4DS0A 3SH4A 3FUOA 2HT8A 2VSMA 1C1FA 2PHXA 3W59A 4K1ZA 4FPKA 1GANA 2DYCA 3SNMA 4KS3A 1N1TA 2HTVA 4XYXA 2GMEA 2ZGUA 3WDYA 1W6OB 4FVKA 1DYPA 5F5QA 1KDMA 1IVEA 1V2IA 4GZXA 4HZZA 2DVAA 3N36A 5B2CA 2CTVA 1NMAN 3T1EA 3U4XA 1MVEA 3RG0A 1L7FA 2OVUA 1CONA 4I30A 1YXWA 5HCFA 1MWEA 4K20A 2H0BA 3WDTA 3O5SA 3AZVA 1D2SA 1J1TA 4FVVA 2B7YA 3TI8A 5H9RA 5M1ZA 1W6NA 1V6IA 3IPVB 3UK9A 1INXA 2E53A 5GLZA 2XZKA 4UW6A 3OBRA 2ZACA 3A0KA 2EXHA 2NYYA 3R05A 2VW2A 2SILA 3A4UA 2A6XA 2CY6A 5T52A 2YA8A 1UMZA 2ZGNA 2ZGTA 2ZMKA 4DGRA 1C4RA 5DG1A 2BF6A 2HU4A 1JOJA 1Z4ZA 1EURA 3WHTA 3OYWB 1Z50A 4YZ5A 2ZB6A 4GZTA 4HZVA 4PBOA 2CWSA 1MS5A 3NV2A 4FQZA 2D44A 3TI5A 3SISA 4FP3A 2YXSA 2ZGMA 4HZYA 1S0GA 4UW3A 3K38A 1DYKA 3IMNA 2QWHA 4XXAA 1CN1A 3LSEA 4YW1A 1UZYA 4Y24A 3USUB 1DILA 2VW0A 2SLIA 2YY1A 4W65A 4BMEA 2B8HA 2HTYA 3WDVA 3WDWA 2D3PA 3SH5A 2YDPA 4HZXA 1NCAN 1KQRA 2GMPA 1B9SA 1NLSA 1W8OA 1SLLA 4FZHA 4LBOA 3ZXKA 2GNMA 1WD4A 5DZEA 2VH9A 2VK6A 2ZGPA 1DIMA 1JYIA 7NN9A 3WV6A 2HT5A 1F8BA 4LBNA 4OZXA 1GSLA 2UWAA 1DQ0A 5E8AA 2AENA 1Q8QA 1LEDA 1V3DA 2DTWA 2EXKA 4DRRA 1B9TA 3CNAA 1B09A 2I2SA 3I8TA 5JOYA 2ZMLA 3TB0A 3O0VA 4K3YA 3LSDA 5GM0A 1A4QA 1W6NB 3WOGA 2AUYA 4B7MA 2BZDA 2R0FA 4B7JA 1JXNA 1WUVA 3OY8A 4HL0A 4BPZA 1ULEA 4P9YA 2EXJA 3MEPA 4B7RA 1CESA 1GYKA 3TIBA 4XOGA 1QF3A 1V3EA 3OPZA 1IKQA 4XE9A 3WG2A 2JE9A 3TIAA 4GWNA 5DXDA 4XJAA 1JHNA 4Y22A 1CQ9A 2C4LA 2D43A 4D8SA 4C1XA 2ZHMA 5L73A 2VSKA 3N7KA 2QWEA 3HMYA 1XOGA 1BYHA 1S0JA 1W6MA 4MWQA 2YMZA 2DVDA 2G4IA 3QCWA 2VUAA 1ULDA 2D6MA 4FOYA 2W68A 4P9XA 4AGVA 2LTNA 3AYEA 3C2UA 4K1IA 2D3RA 1NXD1 3WVJA 1MS4A 2R0HA 1YRZA 1SBFA 1H30A 3RMXA 4BQ1A 1F8EA 1MS3A 5EXOA 2ZABA 1Z4WA 4FOVA 4NCSA 2GNBA 1SBEA 4YGBA 4GDJA 4FOQA 1TEIA 5E89A 1F5FA 4Y1VA 5T5JA 1NN2A 1HLCA 1N3QA 4Q8KA 2CNAA 1INWA 4YW2A 1AF9A 4LBJA 2A6YA 4BLJA 4FQ4A 1SLTA 2YA4A 4RA0A 1SLBA 3VKMA 3B00A 2PHWA 2XB6C 4L8QA 1NCCN 1SCSA 5EYXA 1CPNA 3ZXFA 1JYCA 1JW6A 1LENA 1WBLA 1V6LA 4ZXKA 2RKCA 1LOAA 2A5ZA 2HYKA 1G9DA 1WW5A 3FUQA 4DFSA 2A7AA 4MWWA 3N7LA 4M3MA 3KM5A 4BOWA 4YW4A 4LBQA 3V0BA 2ZGQA 1E8UA 3OY8B 5HCBA 4FPOB 2A3YA 2VWDA 2ZA9A 3ASIA 1W20A 5HUGA 1AX0A 3GNEA 4Y1XA 1V0EA 4WEGA 4WA4A 5KXEA 1WCSA 4GALA 1LOEA 5GJ6A 3WHUA 5B2DA 1AJKA 2F10A 3CL0A 4Y22B 3RMYA 4XXPA 4FJ6A 1EUTA 1CVNA 3DGTA 1E8VA 4U36A 1MS9A 3SILA 3JU9A 2VXRA 2ZKNA 1LOBA 1LJ7A 4R9BA 4YGEA 2YA6A 1WW7A 4JC1A 6NN9A 3ZSJA 3NN9A 5T5PA 5H9PA 2ZHNA 1W6MB 1G9FA 2A3WA 3A0NA 1VALA 1ENQA 4JRAA 5HUKA 4ATFA 4AVTA 4R9CA 1AZDA 4XJQA 4GXLA 3M3OA 3AP6A 1V6JA 2ERFA 3ZXEA 1NMBN 4KS2A 2PHRA 4ISQA 2CWMA 1WLCA 1APNA 1LOFA 4GZOA 1VAVA 4QNPA 2ZAAA 3AJYA 3GVLA 1PZ9A 1FV2A 3BTAA 3WCRA 1KJLA 1SACA 2UURA 4GZSA 4KS5A 5BYNA 1IOAA 3PMEA 2F28A 1JUIA 1VAMA 1N3PA 4NO4A 1A78A 3AYDA 1E8TA 4M3CF 2BERA 1LESA 3FBYA 4YLZA 2D6NA 3RSJA 5JYYA 1VCJA 4CPZA 3TI6A 1O4ZA 5DZFA 4QN6A 5KXBA 3H71A 1LODA 2D3SA 2UU8A 1INGA 1GZCA 2X9MA 1PZ7A 2QWKA 3K3AA 1W1XA 2EF6A 4XBNA 2W39A 4R9AA 2NMOA 1DIWA 4YM3A 4YM2A 4GZQA 2VVZA 1NSBA 1F8DA 1A8DA 3A71A 4LBQB 3V0BB 1NNAA 2A3XA 2WSVA 5T5LA 1ENRA 3VV1A 4MZAA 2YDTA 1Q8SA 1H9PA 3UL2A 4YZ3A 1G9AA 4BLIA 1LTEA 2F13A 1Z4XA 2EAKA 4Z8BA 1DZQA 4Q26A 1MS0A 5FRAA 5GZDA 4DRVA 3O0WA 2E7QA 2A6WA 2GALA 2XZIA 1AX1A 1JBCA 2GNTA 1SLIA 2ENRA 4MWJA 1URXA 4HANA 3TICA 5GLUA 1MZ5A 4MJUA 1FNZA 3T1MA 3VKLA 2F26A 3IKWA 4XTPA 2EIGA 1F9KA 2WT2A 2E51A 4YM0A 1Q8OA 4U2AA 4GZWA 3ZXJA 4YG6A 1BQPA 1IS5A 5DUVA 1AJOA 2P2KA 2DU1A 3BIWE 4H53A 3POSA 1QNWA 3ZYRA 2PHTA 2C5DA 3AZYA 3O12A 4MWUA 2VU9A 2UWBA 4Y1UA 1FV3A 4XHBA 4XBLA 4WV8A 1Z4YA 4HIZA 4XILA 4YW3A 4TYSA 4TZDA 5DUUA 3ILRA 5AVAA 1N1SA 1GZWA 4ISRA 4MC7A 2HTRA 4K1YA 3CKZA 1Y7BA 3CYEA 2W20A 1Z78A 4K21A 4K1JA 4XJZA 2UWCA 2QWCA 3WG4A 3PVEA 4D69A 2DVBA 3K39A 1LECA 2W38A 1DQ1A 1LHOA 1AX2A 4FPHA 1C1LA 3W58A 3L2YA 4NOTA 5GLTA 4MWVA 3AXEA 1DLLA 5JOXA 1W6PA 5T54A 3ZYPA 2VK7A 1RIRA 5KXCA 1QOTA 4AVSA 1R1ZA 2DTYA 2EXIA 3NV3A 1V6OA 3TAYA 1EUSA 4XIOA 4YGDA 1ZM1A 1LOGA 1W0PA 1D0HA 4H55A 3ZVXA 2A75A 3NSSA 5JVVA 4K1KA 1IS6A 4BMBA 2ZBJA 5CNAA 1LGNA 2ZGOA 3NV1A 4XDQA 2ZMNA 5GLVA 1U0AA 3R4SA 3VKOA 4M4VA 4XJUA 4YGCA 2YA7A 1W6QB 4CPLA 3H6JA 4AGGA 2JJ6A 1WD3A 2VW1A 4FPLA 3RQ0A 4M00A 3NV4A 1UX6A 2R49A 3O9JA 5GZGA 3CL2A 3GALA 1LGCA 3V0AA 1LOFC 3V65A 1HQWA 1WW6A 3GVJA 3AX4A 3SH3A 2E7TA 1IVCA 5DUWA 2SIMA 1S0BA 4AWDA 2HTQA 4GB1A 4XJ9A 1V3BA 5IUQA 1OQ1A 5DUXA 1V00A 3B7EA 2OUHA 4Y1YA 4MJVA 4FPYA 3HR9A 2FMDA 4Y20A 3D12A 4PBPA 1HQLA 3ZXLA 2ZHLA 2DUQA 1GNZA 3INAA 1DFQA 3AYCA 5CAZA 4AGRA 3AZWA 5GZEA 1USRA 4YFZA 4MWYA 4CPMA 4C1WA 4ZKTB 4FPGA 1FAYA 3MPPG 2NMNA 1WLDA 4CRQA 1QDCA 2P3KA 4MX0A 3INBA 1IKPA 5JDBA 1GZWB 2C4AA 3VUOA 2WKKA 1W21A 5H9QA 1SLCA 1N3OA 2F0ZA 1EUUA 1HDKA 1CPMA 1DHKB 3SALA 1VLNA 2WJSA 4GKXA 1CR7A 3JUUA 4I00A 4KS4A 4XJ8A 1S0DA 2NZ9A 1W6PB 1LHNA 3POYA 5CB7A 3B69A 2HTWA 1UN1A 3VKNA 4YM1A 4UW5A 1WBFA 3WCSA 2DVGA 4PCRA 2JD4A 5FREA 3ATGA 1NSDA 1A4GA 2QWJA 2WT0A 5EYYA 4LBLA 3T1LA 1Q8VA 1QOOA 1IVDA 2QWIA 3FLPA 2ZHKA 1INYA 4Q1RA 3KQRA 3OBTA 1DQ4A 1ZA4A 1XQNA 3K37A 4YG0A 5CA6A 4JF7A 1JN2P 1OFSA 1V0ZA 1QU0A 3AZXA 2V73A 4X49A 3MW4A 2C9AA 4XIKA 4FOWA 1KRIA 5DZGA 4LBKA 1Q8PA 1BJQA 4WEFA 3V0AB 5HCAA 2BATA 2Z42A 1UKGA 3B3QE 2GNDA 3H73A 4Y26A 2P37A 3M2MA 2W5OA 2YROA 1G9CA 4QN5A 1WCQA 4WVVA 5JLVA 1AXYA 2DWRA 5SV8A 3FLTA 1G7YA 3H0OA 2F11A 3A72A 2YZ4A 2P3JA 4Y20B 4MYEA 2QWDA 4RL7A 4UW4A 4WA3A 2W52A 2R1BA 2D6KA 5IK5A 1MZ6A 3QLQA 2D7FA 1G8WA 3ZSMA 2F24A 2DUOA 4YG3A 3POWA 2QWAA 3D6EA 4QN3A 1LU2A 1CIWA 1A3KA 1LGBA 3PVNA 4GEZA 1L7HA 3WZ1A 3ILNA 4MWLA 1INHA 3M3EA 4YZ4A 1ULFA 3MW3A 1CJPA 2PHFA 1S0IA 1V6NA 2GN7A 1X50A 4Y1ZA 2ARXA 2DUPA 4WZFA 2AEQA 1NCBN 1IS3A 1MS8A 1S0CA 4K1HA 3DUIA 5KXDA 5NN9A 3OJBA 2WLQA 1OKQA 3WDUA 4P9WA 3NWKA 1KJRA 3VKFC 1DQ6A 3HN1A 1QOSA 4XMAA 4ITCA 2WNEA 2PHUA 2A6VA 2JE7A 4B7NA 1GICA 1S0FA 2GN3A 4M3CA 2DU0A 4ASMB 1NNCA 4X4AA 2ZB5A 4F83A 4NN9A 1QDOA 4GA9A 1ULGA 4GZPA 1W6QA 3WUCA 1UL9A 3AZZA 1DGLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Q4X3 1GUIA 1XNKA 4YRDA 2Q8OA 4AFBA 2SBAA 3ALWA 4MZEA 1L7GA 5C5UA 5LB6A 3T2TA 1RVF2 1AR83 4QX1A 1HV1A 3J8F1 5E6HA 1PZ8A 5D2AA 5I0RA 5LCWL 4GJTA 1XJAA 3LFIA 1GWKA 3N7JA 4XFGA 1V6MA 3FLRA 2AC1A 1LOCA 1HX6A 1PO12 4FPEA 4WM8B 1NKGA 3EJKA 3IM0A 1QKQA 4OUEA 4QHOA 4DQAA 4CPYA 5IK8A 3HBZA 1SFYA 4BZ4A 4RQPB 4L9BA 2E63A 5TSWA 4YW7A 5HUNA 4HK9A 4N43C 4MWXA 2VQUA 1X36A 5ANQA 3WP6A 1OD5A 1C57A 3BEQA 3D11A 4UF7A 2ORXA 4IFLX 1XPWA 1NZIA 4IQPA 4V1PA 4KBBA 4M3CE 3GVKA 1D0GA 3B02A 1QMJA 1LNSA 1YIFA 2AREA 3F2ZA 3TN91 1BLZA 1W39A 4CYDA 5JR2A 4LHNA 1AR71 5SV5A 2WLPA 3LI4A 1KDKA 4MH0E 4PIZA 5HUMA 1FPN2 1XE8A 5FWEA 2J1VA 4L7CA 2D97A 4QKBA 4EYUA 4LO4B 1KXGA 5T3NA 1W8ZA 2PAEA 2GC3A 5FO9B 1KITA 3O1SA 4K7JA 1USXA 3K4DA 1I1EA 4LBMA 3RS6A 4XFAA 2QQMA 4JKMA 1W2AX 4R9DA 1SQ4A 2HWB3 2IXHA 4RS5B 5GLWA 4GNBA 2PELA 1RUNA 4JTOA 4M01A 3RRDA 5GTQA 2HT7A 1DBNA 5A7SA 1US2A 1SNTA 4YW5A 2H6CA 2YBPA 5DAQA 2DCZA 3BTYA 5T55A 4UT5A 3H1YA 3PJQA 1WMXA 2VOXA 4QKDA 4BXFA 5C9AA 1V9U1 5F3CA 3L9JT 1DQ5A 4PI2A 2ZGRA 3S0MA 3IBMA 3G4EA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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