4FOWA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 3-ammoniopropane-1-sulfonate
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 200
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fowA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fowA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fowA02
2A3YA 3QCWA 2YA6A 2BQPA 3VKOA 4XBQA 2EIGA 1Z4XA 3A0KA 3K39A 5HCFA 1UKGA 5DUWA 1JW6A 4CPZA 3SITA 4BMBA 2PHRA 3OY8A 2ZHLA 3WUCA 2V5YA 1KITA 1VALA 5JVVA 4MJUA 4FPGA 2GNMA 2R1BA 2UWAA 2YDPA 3ZSMA 4Q2FA 3OYWA 3APBA 3K36A 3KM5A 4W65A 1WCQA 4PBPA 5T5JA 4WA4A 1NMAN 3NSSA 4MX0A 4GDIA 3T1MA 2VSKA 4B7QA 1EUUA 4H53A 4XOGA 1ZA4A 1S1AA 3SH5A 5E88A 1N1SA 1AX1A 2D3PA 1W8OA 2W68A 2GN7A 1JYIA 2ZGQA 3MEPA 1QOSA 1AZDA 4MWWA 1WD3A 3O0VA 2EXHA 4YG6A 5EWSA 4LBQD 2AEQA 2R1DA 2W38A 5DUUA 1USXA 2GNTA 2ZGLA 2D6MA 2QWJA 1G9CA 1DIMA 2F24A 4K1IA 2ZA9A 4XDQA 4NC5A 2W52A 1H9PA 1N1YA 4ATFA 1NSCA 3IPVB 2ZABA 4ISQA 5NN9A 4GB1A 3I4IA 1GZ9A 5FREA 3GVJA 3CKZA 2JE9A 5DZGA 4Y1ZA 3V0BB 1BQPA 1SCRA 4XIOA 1YXWA 2I2SA 4XILA 1JXNA 1CN1A 2ZGRA 1W6PB 2YA5A 5AVAA 4UW5A 1V6KA 1LHWA 4XXAA 3BEQA 2A6VA 2P37A 1LU1A 4FOQA 1VIWB 3OGGA 2JE7A 1FNYA 1V3EA 3IM0A 3N7MA 1W6MA 4IQPA 3ALWA 1OQ1A 1S0BA 5JOYA 4ISRA 5DG1A 4XJ8A 1LCLA 2WT0A 2ZACA 1INXA 2OW4A 4X47A 2PHWA 1ULCA 1G86A 5JOXA 1W6QB 1HKDA 4MWJA 1N3QA 4YW1A 3OJBA 1ULGA 4QN3A 4YM1A 4FOYA 3V0BA 1MVEA 2D44A 2UU8A 4X4AA 3CL0A 1NCAN 3M3EA 2P3JA 4Y1XA 1RITA 4U36A 2YV8A 4FOWA 5KXDA 2ENRA 5JOZA 1E8TA 2ZGSA 1NSBA 1GYKA 4M4VA 1V3DA 1GLHA 1RINA 4GKYA 4R9BA 1ZM1A 4GWMA 4Y20A 3H72A 2ZHMA 1QMJA 3ILRA 4LBMA 6NN9A 4UW3A 1UZYA 1E8VA 1SO7A 1LOFA 4HIZA 3JU4A 3B00A 4Q6KA 1LECA 2FHRA 2A6WA 4GZSA 3O5SA 1W6OA 3D6EA 4MWQA 1J1TA 5T5OA 1Q8SA 4YM3A 1BJIA 1H9WA 1W21A 2YA4A 3JUUA 1WW4A 1AX0A 4GZTA 2VK6A 4FJ6A 4C1WA 1LU2A 2BERA 4HZXA 2ZAAA 1UZZA 3M3OA 4YW4A 1V6OA 2Q5TA 4Y1UA 3VKNA 2D3SA 3VUOA 1AF9A 3LSDA 3WLUA 4AVTA 3PJQA 3N36A 2LALA 3GVLA 1Z78A 3WVJA 4D69A 2RKCA 2P3KA 4ZXKA 4FP2A 4AVSA 1LOCA 2ZMNA 2HTRA 4X49A 1S0IA 2E7QA 1DQ6A 1F8EA 2DYCA 1WW7A 4MYEA 5BYNA 3IKWA 1Q8PA 3INAA 1UX6A 4Z8BA 3H0OA 1IVCA 4K1KA 1DGLA 4CPMA 2CNAA 1EPWA 2EXKA 2A75A 3WG4A 1ENQA 4YGBA 4FPOB 3H73A 4Q1RA 2D7FA 3B69A 1NCBN 2ZGTA 4YGDA 4KS3A 2F11A 2QWHA 2VK7A 1MS1A 4QN4A 5GLWA 1HLCA 4TZDA 3WG2A 4GZPA 2C4LA 1W8NA 4ATEA 2YA7A 3W59A 2HT5A 4WA5A 1G9BA 1DQ1A 4MWVA 3V0AA 2C5DA 1F5FA 1KJRA 1SFYA 2PHTA 5T52A 1SLCA 2GN3A 3DGTA 4FVKA 4YM0A 1C1LA 4YGEA 3SISA 3UK9A 4CRQA 4DPNA 1X50A 4Q1PA 4GWNA 3TICA 3OBRA 2DV9A 4M3CB 2CYFA 1S0FA 4JCKA 3N35A 2F10A 4QNPA 1QOTA 2GDFA 4U2AA 1LTEA 3K3AA 5IUQA 1DQ2A 1SLLA 4YG0A 1EUSA 3TB0A 2AREA 1GANA 2W5OA 3BOPA 1G9AA 3RMXA 3A4UA 1F8CA 5CA6A 5CBLA 4XMIA 4M4UA 4ASMB 1V6LA 2BZDA 3RMYA 4PF5A 3AYAA 3AJZA 1VCJA 4LBQB 4M3CE 1F9KA 2D6PA 1E8UA 3MW3A 3OPZA 4Y26A 1QF3A 2VY0A 1GICA 5HCAA 5T5LA 5B2DA 4K1HA 1GZWB 1AX2A 3BTAA 1MWEA 1Z4WA 2W5NA 3AP6A 1ULFA 4M3CA 5B2CA 3ENRA 1LHVA 4L8QA 1V00A 5EXOA 4CPYA 5E89A 4M3MA 1SLBA 4QN6A 1CPMA 1SACA 3AP5A 2VW1A 4M01A 2QWDA 4JF7A 4YGCA 2ZGUA 1B9VA 5KXEA 2W39A 4BM8A 3AYCA 1W6NA 5IK7A 2DU0A 3VV1A 3VKMA 4J9TA 4GALA 1W0PA 5F9TA 1IS5A 1IS3A 3M1HA 4C1XA 2RHPA 2OUHA 2VUAA 2F29A 4MWRA 1MZ5A 2ZGNA 2WJSA 1QKQA 3WDYA 1GZCA 3M3CA 5JLVA 4XHBA 3WDTA 3FFZA 3IMNA 3QLQA 3UL2A 2AR6A 1V2IA 1NN2A 4XZPA 4ZKTB 1IOAA 3AP7A 2DVGA 4YZ5A 3B7EA 2AGSA 3A0NA 2D6OX 3R4SA 4GZQA 5T5PA 4LBLA 4Y1YA 1PZ9A 3AYDA 2V73A 5JMCA 1SNTA 5DXDA 1N3OA 1FV3A 5CAZA 4CPOA 3SANA 1PZ8A 5GLVA 1GSLA 2AENA 4OZXA 3PVNA 3WUDA 1DFQA 4DQAA 2XCYA 5EYXA 2F28A 1FV2A 4MC7A 2VW0A 1S0CA 3HMYA 1VCUA 4GZXA 3VKLA 1AXKA 1V6NA 2PHFA 4K3YA 1W1XA 2HTYA 5HUNA 4WZFA 4MZAA 1JBCA 1DYPA 4YFWA 5DZFA 3WCRA 5HUGA 5KXCA 1MS8A 1MS9A 3WHUA 1XOGA 2XZJA 1DHKB 1GNHA 3NV1A 3INBA 3WDUA 1N1TA 1GKBA 1LOAA 2HT8A 3NWKA 1G9DA 4D8SA 1MACA 1GBGA 4I00A 5T55A 2NP0A 4P9YA 1QDOA 2E6VA 4XJQA 1INYA 1BYHA 2ARXA 5GLTA 5DG2A 3M3QA 1IVEA 3NN9A 1VAMA 2A6ZA 3IPVA 4B7JA 1XOEA 3MW2A 2YXSA 3SH3A 3RSJA 2HTWA 3TI4A 1RIRA 5IT6A 4FPKA 1DQ4A 2R0HA 4K1YA 1W6PA 1SLIA 4HZYA 1WW5A 4GZWA 4GJTA 1WBLA 1V3BA 3POWA 1QU0A 3ZVXA 5GLZA 2WLQA 3C2UA 2E53A 2PHXA 4CPNA 1A14N 2AEPA 2ERFA 1HQLA 1N47A 3WDVA 5GALA 1LGBA 3SLIA 3B3QE 1FX5A 4MZEA 3VKFC 1V6IA 1SBFA 3H71A 1W6QA 3KQRA 4YG3A 1INVA 2HT7A 4XBLA 4XJZA 1YO8A 2F0ZA 5CB7A 3HN1A 5DZEA 5T54A 4YLZA 1QNWA 2F26A 3H6JA 2B7YA 1LGNA 1EURA 1G7YA 4MJVA 1QGLA 4BMEA 3AFKA 2GMEA 3ASIA 4RA0A 2B8HA 3TI8A 4Q26A 2WSUA 4UW6A 4BBWA 1LGCA 4MWUA 3NV3A 3PVOA 1UMZA 1V6JA 2OUJA 3I8TA 3K37A 1L7GA 1Z4VA 2A5ZA 4K1JA 3N7LA 4CTEA 3N7JA 3RRDA 2WKKA 2W08A 2EALA 2YMZA 1CR7A 2CMLA 5E8AA 3AXEA 5M1ZA 4KS2A 1DZQA 5JDBA 2CL2A 1ULEA 2JJ6A 1JYCA 1Y7BA 2ES3A 4JC1A 5HUKA 3DUIA 2DWRA 2BF6A 2CWMA 1INFA 1CPNA 3WDXA 4AGRA 1NMBN 3BIWE 2ZB6A 3WG3A 4AGVA 2DUQA 5IK8A 3ZPYA 4BLJA 2NMNA 3N3HA 4AWDA 2ZMKA 4WV8A 4FP3A 1DQ0A 3ZYPA 1DIWA 3FUOA 4Q8LA 3GNEA 3A72A 4NCSA 1H30A 2TEPA 1TEIA 1DBNA 1C4RA 4RL7A 2SIMA 2DURA 1V0FA 1V0ZA 5KXBA 1AXZA 3BODA 1A4QA 2P3IA 2DU1A 2WT1A 5HUMA 1XQNA 3ZXKA 1CONA 1V3CA 2EF6A 2UWCA 3R4UA 1FATA 4XJWA 4HZZA 2A6XA 3SH4A 4M4NA 2EXIA 1D2SA 2R16A 1INGA 5T50A 4WEGA 2H0BA 3TI3A 2CY6A 4BOWA 3V65A 4GZOA 1CVNA 4Y24A 4KS5A 4XJRA 4WEFA 2HU4A 3T2TA 2SILA 1WD4A 2X9MA 3ATGA 1NCDN 5IK5A 2F27A 2WNEA 1MS4A 2VH9A 4CZSA 3K38A 4FVVA 3O12A 2ZBJA 4B7RA 1USRA 2DVAA 1B9SA 4WVVA 4YW5A 3AZWA 2ZKNA 2XG3A 3ALXA 3WZ1A 1APNA 1ONAA 2VWDA 2QWFA 3WHTA 3OY8B 4DRVA 2EXJA 4M3CF 1CESA 2VU9A 3R05A 3U4XA 1WCSA 1JN2P 1HQWA 5JYYA 4XIKA 2NM1A 2GMMA 4GXLA 3TIAA 1WLDA 2QWBA 4GEZA 1AJOA 4XYXA 1LOFC 3V64A 2PHUA 1LEMA 4FPJA 1S0EA 2AH2A 3OYWB 4R9DA 2DUPA 2BATA 2CWSA 2ZGKA 1PZ7A 3GVKA 1O4ZA 2A3XA 2ZHNA 3N7KA 2VK5A 1MR5A 4PQ9A 5HX0A 1OFSA 4B7MA 1WLCA 2G4IA 2A70A 3CNAA 2ZGOA 1S0GA 5H9RA 3ZYRA 1URXA 4PBOA 3O9JA 4FPLA 4Y1VA 3CYEA 4M00A 3W09A 2F13A 2XB6C 1KJLA 1UPSA 3AZYA 2GNBA 1LHNA 1MS3A 3RG0A 2DVFA 2WSVA 4LBQA 2AYHA 1N3PA 1LJ7A 1L7FA 1R1ZA 1IS6A 2QWCA 3WG1A 2JECA 2ZHKA 1NNAA 3NV2A 1KDKA 1GZWA 5GZEA 1NMCA 1C1FA 4XHXA 4H55A 1NNCA 1MVQA 3A71A 2D6NA 4AVVA 2D6LX 5GM0A 4FZHA 3AP4A 4NO4A 3PMEA 4WVWA 1VAVA 4XMAA 4YW3A 2NZ9A 2VW2A 1IVGA 1A3KA 1BZWA 3WOGA 4DRRA 5GZDA 1VLNA 5SV8A 4DGRA 1SBDA 3AZZA 2XZKA 4XTMA 2EAKA 1G8WA 1UAIA 4Q27A 2D6KA 2WQZC 2YZ4A 3JU9A 1FYUA 3TAYA 4BLIA 1W0OA 1W6MB 2YA8A 2JKBA 1CJPA 4KS1A 2OVUA 2C4AA 1Z4ZA 1N1VA 3O9KA 1JUIA 4FQZA 3T1LA 3W58A 3RS6A 3T1EA 1GNZA 3FUQA 3B01A 4P9XA 2W20A 1YIFA 4NOTA 1O4YA 1YRZA 3NV4A 4XE9A 2F25A 3AX4A 1Q8OA 3AZXA 3AZVA 3SILA 4XBNA 3POSA 1D0HA 2D43A 2ZMLA 3LSEA 2A7AA 3WCSA 1LULA 2A3WA 2XZIA 1ULDA 1ENRA 1JOJA 2ZB5A 3AXDA 1F31A 4YZ2A 4HL0A 4Y22B 4R9AA 1V6MA 5H9PA 5CNAA 2DUOA 4K1ZA 1NXD1 2Z42A 3WV6A 2FMDA 2KM2A 1ENSA 1U0AA 3D12A 3GALA 3UJOA 1BKZA 3FLTA 1NLSA 1LHUA 4Y20B 1IVDA 4XJAA 5F5QA 1MS5A 2NN8A 2NYYA 4I30A 1OKQA 3ZXLA 4YW2A 4YZ4A 1F8DA 5HCBA 1G9FA 1S0DA 3POYA 3AK0A 2GMPA 1UL9A 1YYNA 4XJ9A 4UF7A 3MPPG 4P9WA 2F12A 4HZVA 1DQ5A 5H9QA 1IS4A 1W6OB 2QWEA 4YM2A 1WW6A 1BXHA 1NCCN 1SCSA 4Y22A 4Q8KA 5GLUA 1KRIA 1L7HA 1MS0A 2YY1A 1A4GA 1LESA 4KS4A 3D11A 2ZGMA 4YFZA 2SLIA 1QNYA 4AYUA 4UW4A 4FPCA 1Z0HA 2GALA 4TYSA 4FPYA 4MWLA 1FNZA 1WBFA 4X6KA 4FPHA 2JDZA 1CQ9A 2ARBA 1LOBA 2C9AA 4B7NA 3MW4A 4F83A 1BJQA 4R9CA 4PCRA 2SBAA 2AUYA 1Q8QA 2LTNA 2HYKA 2ZZJA 3OBTA 3AYEA 1IKPA 1WLWA 4XJUA 4ITCA 1F8BA 5DUVA 2HTUA 2QWIA 3FBYA 2UWBA 1C57A 2VVZA 4HANA 1CIWA 1INHA 4CPLA 2QWKA 2VXRA 2ZGPA 2HTQA 2A71A 4FPEA 5GZCA 2E51A 3RQ0A 5DUXA 2YDTA 2DTYA 4MWXA 4QN5A 3ILNA 4BPZA 1GV9A 2P2KA 1AVBA 1B9TA 5GJ6A 3HR9A 2WT2A 4XTPA 1LOEA 3ILFA 2GNDA 1IVFA 2D3RA 4YZ1A 5LK5A 3UJQA 4MWYA 1SLTA 2UURA 3V0AB 1Z4YA 1V0EA 1DYKA 1LHOA 3CL2A 3D5OA 1UN1A 1LODA 3AP9A 3ZSKA 1INWA 3L2YA 4AGGA 4GDJA 4K21A 3USUB 4LBOA 1I1EA 1QDCA 4GKXA 4QN7A 3ZXFA 1EUTA 3FLPA 2A6YA 2VSMA 3SNMA 2P34A 3TIBA 1A8DA 1IVBA 1SBEA 4BQ1A 1HDKA 4WA3A 4FPFA 2DTWA 3TI6A 4GA9A 2R0FA 4K20A 4KBBA 2E7TA 1A78A 4YZ3A 3O0WA 4DFSA 1NNBA 3ZSJA 2YROA 2DVBA 1KQRA 1AJKA 1Z50A 2R49A 3TI5A 1B09A 1I3HA 1SLAA 4HZWA 1Q8VA 4LBJA 1NSDA 4NN9A 1AXYA 1DLLA 3B9CA 1YI7A 5GZFA 3LCPA 2QWAA 2DVDA 1WUVA 4H52A 4LBNA 1JHNA 1FAYA 1LENA 5EYYA 5GZGA 4LBKA 3IN9A 3FLRA 5JOWA 2CTVA 1MZ6A 5L73A 3USUA 3ZXEA 3AJYA 1DILA 2JD4A 1LEDA 5FRAA 4XXPA 3D4KA 1QOOA 3M2MA 1KDMA 4DS0A 7NN9A 3WNXA 1S0JA 1LOGA 2QWGA 3ZXJA 1IKQA 2PELA 4JRAA 4FQ4A 1W20A 1W6NB 3Q9OA 3PVEA 3ZSLA 5IK4A 4SLIA 2HTVA 1Q56A 2HU0A 4FOVA 3O0XA 4P14A 3SALA 3WDWA 2NMOA 5H9SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UU6A 2IXIA 3MV01 3VZJA 1UD1A 3Q8EA 5I0DA 3AKTA 2A3YA 1DG6A 1PO21 1CJDA 3JXSA 3NSTA 4CDXC 5AFBA 3QCWA 2YA6A 5GLTA 4ONUA 4DEVA 5D21A 3C7GA 2BQPA 3VKOA 3OGRA 4PDWC 3JD73 3KF5A 2JG9C 4XBQA 2QJVA 3WY6A 2BJSA 2EIGA 3IBMA 5F6KA 2VMIA 3A0KA 5FYHA 1Z4XA 1R091 5FOBB 4KWUA 4S2HA 3RGBA 3K39A 3PLQA 5HCFA 1UKGA 4IERA 3VBHA 3ZLIA 4O5SA 5FWEA 1XC6A 1JZ2A 4CPBA 5DUWA 4AQSA 4OQ8A 1JW6A 3ITQA 4XDPA 2XPJA 5FP9A 3ZM8A 5L19A 4RN5A 2P17A 4LE3A 1DGRN 4IW3A 1TMF3 4OHXA 4CPZA 5IW0A 4MH0E 3NQHA 2ARAA 3ZFEB 3KCYA 2XJQA 4DXZA 4LITA 2LRPA 4E4HA 3SITA 4R40A 1JZ6A 4NHMA 2IAQA 2P4OA 4CXWA 4JZRA 2PHRA 4BMBA 4XF3A 3WSOA 3OY8A 1X2JA 5FP8A 4AOCA 2ZHLA 5FP4A 3WUCA 1VMJA 4CUAA 3JBG2 4CDQB 1HXS2 4IV3A 3DF0A 2VO5A 3N9OA 1W8WA 2Y6JA 3AMSA 4N7IA 2V5YA 3W9AA 1KITA 2W0XA 5F32A 5K0UA 4MVTA 1VALA 5JWPA 1ZBA3 1B9VA 3ES1A 3CBNA 2R062 5JVVA 3T2PA 3WQ7A 4MJUA 1CZTA 1W39A 5JXGA 5JSRA 4FPGA 2ZZQA 4JKKA 3ZKYA 2ORZA 5C4WB 2GNMA 3MICA 2R1BA 5EHDA 1HRI3 1JZ4A 2QKDA 1ZBE2 2UWAA 2YDPA 3ZSMA 1RUOA 3OBAA 1QBIA 5AC92 1RUI2 1RGSA 4Q2FA 1FPN2 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