4FOWA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 3-ammoniopropane-1-sulfonate
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Sialidase B
total genus 200
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fowA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fowA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fowA02
4YGDA 2AUYA 3WOGA 2X9MA 1A78A 1OQ1A 1G9CA 2VSKA 2VW0A 4GA9A 4Q1PA 5IK7A 2W38A 1B09A 1LHUA 5T5LA 1NNBA 3WZ1A 2EALA 4XTPA 1EUTA 5E89A 2KM2A 2JD4A 1G86A 2E51A 2HT7A 3SITA 1A3KA 1V3DA 3AX4A 1WLDA 1DZQA 2AEPA 2YY1A 1S0BA 2ZHNA 4GJTA 3N36A 2V73A 3FLPA 4CPYA 4H52A 2W08A 3IMNA 3NV1A 2VK7A 3WDYA 1YYNA 1ZM1A 1DYKA 4MWWA 1N3OA 4QN7A 3AFKA 3SH4A 4RA0A 4LBNA 1NSCA 1AJKA 4H55A 1LOEA 3QLQA 1YO8A 1SCSA 4MWUA 4M4UA 4ATEA 4XHBA 1QOSA 3DUIA 4NOTA 4M4VA 5T52A 1AX1A 5HCAA 1GNZA 2ARBA 1GICA 1V6LA 1C1FA 4XJ8A 4HIZA 1A8DA 3ILNA 3C2UA 4GALA 1LODA 4JCKA 4BQ1A 1E8UA 3WCRA 2DTWA 1VCJA 2C5DA 3ILFA 1QGLA 3LSDA 3WG1A 4NCSA 4XJWA 5HUNA 2D3RA 1USXA 3FFZA 4UW5A 2D3SA 3WG2A 5HCBA 1VCUA 3T1EA 1JW6A 1LENA 4YM1A 3SALA 1J1TA 2CY6A 4SLIA 1W6OA 4AGGA 2EXHA 1LHOA 3A71A 3M1HA 2AH2A 4M3CE 2XCYA 2DVDA 2YA8A 3JU9A 1CR7A 2ZGPA 3D5OA 1F9KA 2ZGSA 2JKBA 4MWLA 2XZJA 2QWBA 1PZ9A 1LEMA 4CPZA 1V0EA 3HR9A 2CMLA 1CIWA 5GZGA 1UL9A 3TI8A 1LHNA 4XMAA 4LBQD 3ZSKA 3WG3A 2ZGTA 4GDIA 1DQ0A 2ZBJA 5CNAA 4P9WA 2YA7A 3R05A 1GV9A 2F10A 3POWA 3RRDA 4DRRA 1DIMA 4UW3A 4Q26A 3O9KA 2YXSA 3A4UA 4Y20A 3O9JA 1AF9A 2FHRA 3CL2A 2XZKA 2C9AA 3JU4A 4LBMA 1QU0A 1INVA 2ZABA 3VKNA 4YM3A 1G9BA 1QDCA 1NCCN 5HUGA 1LECA 1MZ5A 1PZ8A 4YZ5A 3TB0A 1RITA 1DQ6A 2ZGKA 2PHWA 1JYIA 1AX2A 3BODA 1DILA 4WVVA 5JDBA 2GMEA 1F8EA 5F5QA 1Z4YA 2YDPA 1GZ9A 1N3QA 3WV6A 2BATA 3AZWA 2HTQA 1IS3A 2HT8A 5T5PA 1LHWA 2P37A 2DU1A 1F8BA 2PHXA 5H9SA 3OPZA 5JOZA 4F83A 4FP3A 4Y1YA 1LGNA 4ATFA 1KDMA 4R9DA 1WW5A 2WJSA 3IN9A 1W6PA 5CBLA 4HZYA 4ISQA 2A5ZA 1FX5A 2QWGA 5AVAA 3TI6A 1SLCA 1Z4WA 2YA4A 1NNCA 5F9TA 2QWEA 1Q56A 2CNAA 4MC7A 1GNHA 2DU0A 1W6MA 3B9CA 1G9FA 2EF6A 5GM0A 4ITCA 4BM8A 2F25A 3A72A 1W6OB 1MACA 1LOBA 3A0NA 2ERFA 4KS4A 4GWMA 1W21A 2ZZJA 1QNYA 3NN9A 2UWCA 2WSVA 3OYWA 2D3PA 4XXAA 1S1AA 4Y1VA 3ALWA 2UWBA 4WZFA 4YG0A 3GALA 5IK5A 1OKQA 2WSUA 3V65A 1BXHA 1V6MA 5JOWA 3H6JA 4KS2A 1OFSA 4DFSA 1GYKA 1DHKB 1V3BA 1AZDA 4Y22A 4QN4A 3K39A 2VW2A 1Q8QA 1WW7A 1NN2A 2WT0A 4HANA 2VH9A 3H73A 2D6LX 1V6OA 1UZYA 3AP5A 5DZFA 1LCLA 4XILA 4Y20B 2PHFA 5GLZA 3RSJA 1LJ7A 1ONAA 4FOVA 2P3IA 2F0ZA 3W58A 4XBNA 1A14N 4CPNA 1LEDA 4FVVA 1UAIA 5IUQA 4R9AA 1XQNA 3INAA 4XBQA 2VVZA 3D4KA 2RKCA 5DUWA 1A4GA 1USRA 2I2SA 4M4NA 1W6NA 1WLWA 1WCQA 3ZXFA 4YGBA 4YZ3A 4YG3A 1INHA 3OBTA 2F26A 3D11A 1O4ZA 2A6XA 4TZDA 1V3CA 1MWEA 2V5YA 4I00A 5B2DA 1INGA 4KBBA 3NV2A 1VIWB 2BF6A 2QWKA 2QWIA 1V6JA 2JDZA 2ZGLA 4Y1ZA 5EYXA 4WA5A 3FLRA 4FPKA 3M2MA 3HN1A 4GZPA 3Q9OA 2DVBA 4B7QA 1XOGA 3WHUA 1W6PB 3ZSMA 2D6OX 2VW1A 1KJLA 3R4SA 5SV8A 3O12A 4JRAA 1LU1A 3VKOA 2JJ6A 2JECA 4HZXA 3MW4A 3M3EA 2A70A 4XJUA 1QDOA 2SIMA 2NYYA 3RQ0A 2D6MA 1I3HA 1JXNA 1WW6A 2ZGRA 1W6MB 2H0BA 1Q8SA 2A3WA 4FPGA 3WDWA 2P3JA 2ZGNA 4MYEA 1LTEA 3N35A 2UU8A 4DGRA 4U36A 1WBFA 2OUJA 4ISRA 1MR5A 2W39A 3WVJA 2GDFA 4YW3A 1QNWA 1LHVA 2HU0A 1XOEA 3TI5A 3RMXA 2F28A 3NSSA 4X47A 5BYNA 2WKKA 2QWHA 2BERA 2ZB6A 2DVGA 1ENRA 4AYUA 2HTUA 5CAZA 1DBNA 3SH5A 1QOOA 5H9PA 1L7GA 4ZKTB 4YW2A 4B7NA 2XZIA 2EIGA 3WDUA 2ZHLA 4YZ1A 1V3EA 4GDJA 1W6QA 4OZXA 3WG4A 3ENRA 1JOJA 2YMZA 1ULDA 4CPOA 1GANA 3W59A 3SILA 4FPLA 4X6KA 1NSBA 2AENA 1SFYA 2PHTA 4CTEA 3HMYA 3FBYA 1FV2A 2NP0A 4H53A 4TYSA 4NN9A 1SBEA 2A6VA 4BMBA 1FNZA 3AJZA 1V00A 5M1ZA 5KXDA 4K20A 4XOGA 1INWA 1JHNA 3RG0A 1V0FA 4YM0A 2YROA 5DZGA 2DYCA 3BOPA 1NCDN 5GZFA 1MVEA 1HLCA 1LGCA 3WDTA 1MS1A 2OVUA 3VKLA 1IVCA 3ZSJA 4BMEA 5KXCA 4HL0A 2BQPA 2ZGOA 5IK4A 4AGRA 3MEPA 5GZCA 4Q6KA 1N1YA 5T5OA 3INBA 4C1WA 2ZKNA 3GVKA 4GZOA 2DURA 1WLCA 1WD4A 4AVTA 2C4LA 5DUVA 3W09A 2HU4A 3BEQA 1SBDA 2YA5A 1LOGA 3U4XA 4GZWA 2VXRA 1LOFA 3QCWA 5IT6A 3CL0A 3AZYA 5L73A 5DG2A 3V0BA 3VUOA 4CRQA 1W8NA 1IOAA 1FATA 3ZPYA 3SLIA 1DGLA 4BLIA 1APNA 1IKPA 2CL2A 1CESA 4FPHA 1NCAN 1AJOA 1MS0A 4FOWA 1HQLA 3H71A 4GXLA 4MWVA 2PHUA 1UPSA 4UW6A 1D2SA 4NO4A 3V0AA 2A6WA 1W1XA 1MVQA 5LK5A 2VUAA 2E7TA 2ZGUA 4D8SA 1NLSA 3VKMA 4BLJA 4Q8KA 4FPEA 1W6QB 1ULCA 1MS4A 1V6IA 2GN3A 1IS5A 3IPVA 4Q1RA 3DGTA 2D44A 2HTYA 2BZDA 2PELA 1G9DA 4ASMB 4MWRA 1Z4XA 1ENSA 1D0HA 4MZAA 1FAYA 1UN1A 3M3QA 2CWMA 5NN9A 1IS6A 3WLUA 1MS8A 1INXA 1AVBA 3AZXA 1F8DA 1IVDA 1S0CA 3SISA 1F31A 4XDQA 3TI4A 1DIWA 4GKXA 4CZSA 2WNEA 4GZXA 1B9VA 4NC5A 1G7YA 1YI7A 4JF7A 3CKZA 3LCPA 4Y1UA 5EWSA 1SO7A 4MWJA 4U2AA 2ZGMA 2P34A 1CPMA 3ZXEA 1TEIA 3JUUA 5DUXA 2SBAA 1GZWA 5T50A 3OJBA 1QMJA 4FPOB 2ZHMA 2R49A 1SLBA 4FPFA 4R9CA 4FQZA 1NMCA 2D6KA 4LBJA 1A4QA 1YXWA 1SCRA 4ZXKA 4HZZA 4YM2A 4PF5A 2FMDA 1EPWA 2QWJA 2AEQA 4Q27A 1KRIA 4YZ4A 1VLNA 1Z78A 4M3CA 3CYEA 2F29A 1BQPA 1WBLA 2QWCA 1V6KA 3AP6A 3VV1A 4XMIA 3AYDA 2OUHA 2HTRA 2CTVA 4YGEA 3GVLA 2R1BA 4CPLA 1WD3A 4XYXA 4LBKA 3D12A 3V0BB 1CPNA 1NMBN 3SANA 1EUSA 4WEFA 3WUDA 3N3HA 4Y26A 2HTWA 5HX0A 1SBFA 1AXZA 3POYA 2Z42A 4JC1A 3WHTA 3ZVXA 2OW4A 5CB7A 1DQ2A 3AZZA 4MZEA 3PJQA 3B7EA 2HYKA 1FNYA 3N7LA 3V0AB 2C4AA 1LOAA 1UZZA 1H30A 5JOYA 4DRVA 4AWDA 3L2YA 2AGSA 4PQ9A 2DUOA 3ZXKA 1S0DA 2ARXA 1C4RA 2A3XA 2F27A 3UJOA 3RMYA 4K1HA 1V6NA 1IVFA 1UKGA 2ZHKA 3B01A 1N1VA 5T55A 3MW2A 3IPVB 2AREA 4P14A 3K38A 1S0JA 3UK9A 2E6VA 1VALA 1YRZA 2NZ9A 1INYA 1LOFC 1SACA 1L7HA 3AXEA 2B7YA 2JE7A 4XJAA 1YIFA 2WLQA 1S0IA 4K1JA 4L8QA 2A75A 5IK8A 2GN7A 1NSDA 5GLWA 1U0AA 4XJRA 1UX6A 3AJYA 1KDKA 2CYFA 2UWAA 3APBA 1GZCA 3GVJA 3D6EA 1E8TA 4WA3A 1NNAA 2ZA9A 4XBLA 4W65A 5DXDA 1ULGA 1QF3A 3ALXA 3B69A 1V2IA 6NN9A 5H9QA 2GALA 5JMCA 5GLVA 2QWAA 4XTMA 1B9SA 4BBWA 1W8OA 2E53A 1DQ1A 1GZWB 2ENRA 1AXKA 1R1ZA 3TIBA 5DUUA 1ENQA 2QWFA 2ZMLA 4LBOA 7NN9A 3H72A 1H9WA 1IKQA 2SLIA 2F24A 3B00A 3MPPG 2A3YA 4K3YA 2GMMA 3OYWB 3M3OA 1E8VA 2XG3A 2ES3A 1WCSA 4M01A 1CJPA 1EUUA 4BOWA 4K1IA 3AP7A 1Y7BA 1BJQA 4M3CB 5FREA 3TI3A 1GBGA 3PVEA 1JYCA 4PBPA 1DQ5A 1HQWA 4GWNA 4Y22B 1SLLA 2WT1A 3BIWE 5JVVA 3K37A 4MWQA 3AZVA 4XJ9A 4QN5A 2F11A 2R0FA 2ZMKA 5FRAA 1HDKA 3RS6A 2A6YA 2NMNA 1PZ7A 2PHRA 3WCSA 1DLLA 2EXIA 3FLTA 1F8CA 1CN1A 5GJ6A 3WDVA 4B7MA 4Q2FA 1SLIA 1JUIA 2ZMNA 1V0ZA 2D7FA 1RIRA 3I4IA 5T54A 3FUOA 2SILA 4YFWA 4X49A 1JBCA 2DWRA 3PMEA 5DZEA 1WUVA 3PVOA 5HCFA 5GALA 1W6NB 1N1TA 1WW4A 3IKWA 3ZYRA 3CNAA 4P9XA 1AX0A 4MWYA 1MS5A 1L7FA 1N1SA 2HTVA 2D43A 5KXEA 3WNXA 2NN8A 4Z8BA 2Q5TA 5KXBA 5GLTA 5B2CA 4XJZA 1DYPA 2VSMA 2B8HA 1N47A 1S0EA 1AXYA 3ZXLA 2CWSA 3N7KA 5H9RA 2A7AA 4C1XA 3ASIA 1B9TA 4YZ2A 1DFQA 1LU2A 1IVGA 4UW4A 1FYUA 1KQRA 2F12A 3WUCA 4LBQA 3UL2A 3TICA 3AK0A 4I30A 4XHXA 4WA4A 3A0KA 2YDTA 4YW4A 3TAYA 1Q8PA 4AVSA 5E8AA 1LESA 4GZSA 3R4UA 1FV3A 2DTYA 1MZ6A 1NXD1 4FPYA 2VK5A 3K3AA 4KS3A 1CQ9A 3T1LA 2ZACA 1C57A 2W68A 1IVEA 1IS4A 3T1MA 2DUQA 1GLHA 4GZQA 4WEGA 2ZGQA 4DQAA 2GMPA 4FP2A 1URXA 3O5SA 5JOXA 3NV4A 2NM1A 3AP9A 1Z50A 3ZYPA 4P9YA 3WDXA 3NV3A 4FVKA 3OY8A 5GZDA 1LOCA 1HKDA 1G8WA 4XXPA 4Q8LA 2AYHA 5GZEA 2XB6C 2VY0A 1ULEA 2GNTA 5E88A 3POSA 4GEZA 1CVNA 4YG6A 5EYYA 4RL7A 4MX0A 3V64A 4DS0A 4M3MA 3USUA 4FOQA 3N7JA 4KS5A 3O0XA 2HT5A 2ZAAA 3MW3A 1INFA 4UF7A 5HUKA 2DVAA 5EXOA 1DQ4A 1W0OA 2EXJA 3O0WA 3AYAA 4X4AA 4K1ZA 1Z0HA 3ILRA 4GZTA 4DPNA 3LSEA 4YGCA 1ZA4A 5T5JA 1Q8VA 2WT2A 2GNMA 4KS1A 4AVVA 1VAVA 4FOYA 3T2TA 3KM5A 5DG1A 4Y1XA 2E7QA 3PVNA 2D6PA 2UURA 1W20A 2R0HA 4XIOA 4GKYA 4YLZA 4FJ6A 4FZHA 5GLUA 3ZXJA 4J9TA 4PBOA 4AGVA 3ATGA 1N3PA 1VAMA 4LBQB 1CONA 3AYCA 2EAKA 2R16A 3SNMA 4MJVA 2RHPA 2TEPA 1C1LA 4QN3A 4GB1A 1KJRA 2D6NA 1IVBA 4M00A 4HZVA 4FQ4A 2A71A 4Y24A 2G4IA 3TIAA 3FUQA 1BZWA 3AP4A 1LULA 2W52A 4QN6A 1BKZA 1BJIA 3B3QE 1ULFA 1H9PA 3I8TA 4IQPA 4MJUA 4CPMA 1SLAA 3OGGA 3ZSLA 1I1EA 1UMZA 3UJQA 5CA6A 1X50A 2W20A 2DUPA 1EURA 4LBLA 2JE9A 1MS3A 2VU9A 3OY8B 2F13A 4YFZA 4XE9A 1LGBA 1O4YA 2VK6A 4YW1A 2YA6A 3AYEA 4FPJA 1RINA 2QWDA 1NCBN 4XJQA 4WVWA 2W5OA 4HZWA 1JN2P 1SNTA 3SH3A 2P3KA 3BTAA 2R1DA 1Z4ZA 3M3CA 1QOTA 3USUB 4D69A 4XIKA 3AXDA 2AR6A 2YZ4A 1BYHA 4QNPA 5JYYA 4YW5A 4B7JA 1SLTA 1S0FA 3KQRA 2GNBA 1GKBA 2LTNA 4XZPA 1G9AA 1QKQA 2GNDA 4R9BA 4MWXA 4B7RA 3O0VA 2VWDA 2WQZC 2DVFA 4K21A 1NMAN 2NMOA 4PCRA 3H0OA 4K1YA 4K1KA 1KITA 2W5NA 5HUMA 1Z4VA 4BPZA 2ZB5A 2DV9A 2A6ZA 5JLVA 3IM0A 2YV8A 1Q8OA 3NWKA 1S0GA 3K36A 4WV8A 2P2KA 3OBRA 1W0PA 3VKFC 3GNEA 1F5FA 3N7MA 2EXKA 1MS9A 4FPCA 1GSLA 2LALA 4M3CF
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PUAA 4YGDA 2AUYA 2CAVA 4YNIA 3RZGA 4IV3C 3WW9A 1ND3C 2ZTNA 2QTWB 5JZGA 5GX2A 3WOGA 2JKXA 1C28A 2WZR3 2X9MA 4X6RB 1PMHX 3TNPB 4IEWA 4CP9A 3WP6A 1A78A 1OQ1A 5ANNA 1AR83 1WZXA 4FSJA 1NA1C 1G9CA 4CXXA 2VSKA 5D9CA 3AMRA 3RYKA 2VW0A 4EE2A 4GA9A 4Q1PA 1VBA2 1N6EA 4WM7B 5IK7A 1VBE2 2RG4A 2AEYA 3T4VA 1B35A 2W38A 3H9AA 1UY4A 2G9ZA 1B09A 3E97A 3EQEA 2IXKA 3GZAA 1LHUA 3OCPA 4JKLA 4UT5A 5T5LA 4K40A 2JB8A 1NNBA 3WZ1A 2EALA 4XTPA 1EUTA 3OF1A 4LOSA 5GTQA 1PIV3 1JZ6A 2WABA 5GKAC 5E89A 5B4XA 3S7EA 4BK5A 2KM2A 1O8PA 2JD4A 4QX3A 1PO22 1G86A 2E51A 2HT7A 5BNNC 3SITA 4A6SA 4AW7A 1A3KA 1ZRRA 4PIXA 3WP5A 2J1RA 4Z07A 3TN91 5AC93 2EAAA 1V3DA 3AX4A 1WLDA 1DZQA 1SZBA 2AEPA 5FWEA 2YY1A 4AEJA 4XFIA 1S0BA 2ZHNA 4GJTA 1V0AA 1VRBA 2VOTA 3N36A 1OFZA 5I0SA 1C8M2 2V73A 3FLPA 2QDRA 3MIHA 1VR3A 1O5UA 1H8VA 5AVPA 1TNFA 4NMIA 5JXGA 1H2MA 1CAWA 4ORFA 2H6BA 4Q4Y1 3POIA 5C9AC 4CPYA 1I6XA 4XFBA 5FZCA 4H52A 3ETQA 2W08A 4XFGA 4UOUA 3IMNA 4AEDA 3NV1A 1OUXA 2LROA 2XBO1 1OT5A 1HJGA 2R062 2HYXA 3JD72 2VK7A 1W9SA 4GH4C 4HVRA 4XAAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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