4FOYA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-(benzylammonio)ethanesulfonate
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 193
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4foyA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4foyA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4foyA02
2W20A 5KXCA 4FP2A 2W08A 2HTYA 4XJ9A 3H0OA 4Q27A 1INWA 2A71A 3SILA 3B7EA 5KXDA 1BZWA 3O9JA 5L73A 3A72A 2BQPA 3H73A 4Y20A 2JECA 3ILFA 3ZXKA 2VH9A 1MS1A 2R0FA 2P3JA 2WSUA 3W58A 1W8NA 4B7QA 5DZGA 5T55A 5HUGA 4KS4A 4BQ1A 2ZHLA 2F26A 3OY8A 4XIOA 3LSDA 3BOPA 2E7TA 2D6OX 3T2TA 3T1MA 2VSMA 1GNHA 4FVVA 1WUVA 2CY6A 2QWEA 5E8AA 1B9VA 5NN9A 2ZHMA 4QN7A 1HKDA 1LHOA 1LOEA 3V64A 4M01A 4U36A 4FPJA 1ENSA 4B7NA 1Z4XA 1DIWA 1W6PB 5F5QA 4Z8BA 5DZFA 1MS8A 3ZPYA 2JJ6A 4XBLA 4NOTA 2SILA 4YG6A 2D3RA 2C9AA 1LESA 5BYNA 3WCSA 5JDBA 1EUUA 1IVEA 3HMYA 2EF6A 1IS4A 1H30A 4GZSA 5JOZA 2WT1A 1Q8QA 5E89A 3WG3A 3A0KA 1WBLA 2QWHA 1S0DA 1LGCA 4GZOA 1W20A 1W1XA 1QDOA 2C4LA 4JRAA 2D43A 1DQ6A 1DQ1A 2CTVA 2YA8A 3O5SA 2VK5A 2F29A 3HN1A 3AYEA 1F8CA 2R0HA 1I3HA 2XZKA 1MS4A 4CRQA 4XDQA 2QWFA 3PMEA 3ASIA 1H9PA 3SANA 4K1YA 5KXEA 1HDKA 2VWDA 4UW3A 4B7JA 2GN7A 1LHUA 4DS0A 4GDJA 4NO4A 4XZPA 2QWKA 2WJSA 2DVGA 3O0VA 1SBEA 2ZZJA 4PF5A 3V0BA 4XOGA 4UW6A 3PJQA 3T1EA 4OZXA 3B01A 4ITCA 2CWSA 3C2UA 3OYWA 1DYKA 2GNBA 1GKBA 1QKQA 1V6JA 2WSVA 2A6WA 4FJ6A 3IM0A 3POSA 2YA6A 1DZQA 4FPLA 4MWQA 3RQ0A 4GDIA 4GA9A 4M4VA 4XTPA 2ZB6A 4X4AA 1V0FA 1V2IA 4K3YA 3BEQA 4YZ2A 1SCSA 1WCSA 1QDCA 4YGEA 3U4XA 2HT5A 3RS6A 2BF6A 4MWLA 3OGGA 4DGRA 4UF7A 4MWUA 3D4KA 4R9DA 4M3CB 4XHBA 1EURA 1CPMA 5T5PA 4BMBA 4WEFA 4CPOA 1GZCA 1BQPA 2YMZA 4Y1XA 4YLZA 3MW4A 2YROA 1MACA 5DUXA 2CWMA 3I4IA 2ENRA 2F25A 4XMIA 1N47A 1AJOA 2FMDA 3R4SA 4WA4A 3MEPA 4XXPA 3WDXA 1OKQA 1CVNA 2D7FA 3LSEA 1LOCA 5HUNA 2UWCA 1YI7A 1Z4VA 4YGDA 4XYXA 2VVZA 1L7FA 4XJRA 3NV3A 5JLVA 1N1VA 1GLHA 4P9WA 1GZWB 5AVAA 1NSBA 3UJQA 3TB0A 1LU1A 1JYIA 1CESA 4XMAA 1W6QB 1FX5A 3A4UA 2PELA 4HZYA 1S0BA 2A3WA 1ULEA 1LOBA 1F8DA 1QMJA 3VKOA 3WZ1A 1O4ZA 5GZFA 4K21A 2YV8A 4BLJA 2R16A 1W6PA 4YGCA 2F0ZA 2EAKA 4CZSA 1V6KA 2YXSA 3TI6A 2ERFA 4Q2FA 1SFYA 3RMXA 4FQZA 4MWJA 4CPMA 3VKNA 1H9WA 4AYUA 2NP0A 3D5OA 4MWVA 3GVKA 1I1EA 4FOWA 4YW2A 3PVOA 4XHXA 2ZGKA 2DVBA 4AGRA 3BODA 1Q8OA 2VW1A 2F10A 1NSDA 1IS6A 2GNDA 5DUVA 2ZGSA 3AYAA 1LU2A 1JUIA 3FUQA 4R9BA 5JMCA 1QOTA 1OFSA 4I00A 4QN3A 1S0GA 3B9CA 3M3OA 3IPVB 3UJOA 2DTYA 3IN9A 2P34A 2VUAA 1KQRA 2XZJA 3W59A 3AYDA 2Z42A 2ZACA 1C1FA 3JU9A 3VKLA 1SLIA 5SV8A 1B9TA 1SBDA 2W68A 1VLNA 4CPLA 2ZGUA 1WW6A 5JYYA 2EXJA 4SLIA 4MWWA 2XG3A 3T1LA 1CJPA 4GKYA 2X9MA 2A6XA 4LBNA 3AP7A 3DUIA 3SNMA 3WG4A 4DRVA 2AH2A 5IK7A 3TI3A 1NCCN 2YDTA 3ZSJA 3SISA 1W6NB 4XILA 4KS1A 5GLZA 3BIWE 5GLUA 5H9RA 5CA6A 5DUWA 1MZ5A 3ZXJA 2DWRA 4YM3A 1AXKA 5GZCA 1SNTA 1S0JA 1SLLA 3AP6A 3FFZA 5JOYA 1W8OA 4BPZA 1A4QA 4Y1ZA 4M3CA 2AEPA 5H9QA 1YO8A 3SH4A 2ZKNA 4M00A 1A3KA 3I8TA 3HR9A 5EYYA 5DZEA 3ZSKA 3H71A 1Z4YA 5JOWA 4GZQA 4YM1A 1GZ9A 4MWXA 2EXHA 2P2KA 1V00A 2XB6C 3GVLA 3AZVA 4WA3A 3NV4A 1USRA 2G4IA 1PZ8A 3USUA 4FPOB 1NNBA 4FPFA 3VKFC 5HX0A 1QNWA 5DXDA 4ATEA 2HT7A 2WQZC 1MWEA 1WLWA 1BJQA 2QWBA 4YM0A 4R9CA 5GLTA 2VXRA 4M3MA 2QWGA 4QN5A 3RRDA 3AXEA 1KJRA 3R05A 1JBCA 3AK0A 5T5JA 1GZWA 2ZB5A 2VW0A 2EALA 4GZWA 1IVFA 2HTVA 2A6VA 1Y7BA 1ULFA 4ZKTB 1INFA 2ZABA 1E8UA 5T50A 4MJUA 2XZIA 1CONA 1AXZA 4FOQA 4K1JA 2E6VA 3MW2A 1WW4A 2I2SA 2UWBA 2DUQA 1IVDA 3D6EA 1MVQA 2AREA 2WT2A 3N3HA 2E7QA 4YW1A 1C57A 2F24A 4Y26A 3WDVA 4H52A 3N36A 4GZPA 4YZ4A 2DYCA 2DUPA 2W52A 1INHA 4K20A 4FPEA 3VKMA 3IMNA 1IOAA 1WW5A 4MJVA 4M3CF 2BZDA 1IS5A 4MX0A 1V3BA 1LENA 4HANA 3AX4A 2BATA 4CPZA 1Z4ZA 2E53A 2AGSA 4KS3A 3WUDA 2EIGA 2VW2A 1Q8VA 3CNAA 2HYKA 3OBRA 2ARBA 3IPVA 1FYUA 4C1XA 5GZGA 3MW3A 2HTQA 4K1KA 3K38A 3AP5A 1LHVA 2SLIA 3K36A 3ZXEA 4YZ1A 2P3IA 4DFSA 4Y1UA 2A75A 2ZA9A 2CYFA 4C1WA 4UW4A 3ZXLA 2DURA 4FOYA 4FPHA 1SCRA 3ALXA 2WNEA 1LHNA 4K1IA 4FPKA 3A71A 1UX6A 2DU0A 2VU9A 1WBFA 4GJTA 3D11A 4XJQA 4AGVA 3MPPG 4GXLA 3M3CA 2DVFA 2YZ4A 4FP3A 2VSKA 4Y22B 2GMPA 1MZ6A 1UL9A 1W6NA 4ASMB 4DPNA 4YW5A 5GALA 3WOGA 2UU8A 3WG1A 1G9DA 3M3QA 3ENRA 3FUOA 3GVJA 1DBNA 4Q8LA 1N3PA 4M4UA 3AZYA 2C5DA 3AP4A 2OW4A 3WDWA 4PBPA 2SIMA 2A3XA 1BKZA 1AJKA 3O0WA 4FPYA 5B2CA 3M1HA 2DTWA 4KBBA 2AENA 4KS5A 1D2SA 2YY1A 2A6ZA 1W0PA 3WCRA 2NM1A 3CKZA 4Y20B 2ZGRA 1AX0A 1LOAA 2DUOA 2R1DA 1UZYA 4AWDA 4AVSA 2P3KA 2B7YA 3B00A 1DQ0A 5H9PA 2DVDA 2SBAA 1URXA 4FZHA 1RIRA 2JDZA 2UWAA 3OY8B 1LEMA 3WG2A 4QN4A 1NCAN 1PZ7A 3AZZA 3QLQA 5KXBA 1FNYA 5E88A 1G9FA 3AYCA 4GB1A 1IKPA 2YA7A 1S0FA 3Q9OA 4XXAA 1WD3A 4X6KA 6NN9A 2GNMA 5EWSA 3M3EA 3KQRA 4MZEA 4NC5A 1JN2P 5GZDA 1WW7A 1KDMA 4BM8A 1A14N 2AR6A 1V3CA 5B2DA 5HCFA 3ILNA 2ZAAA 1G9BA 2W39A 5GJ6A 3NV2A 5HCAA 5LK5A 1LCLA 2AYHA 1G9AA 2YA5A 5CBLA 2NMNA 2ZMKA 1GYKA 3LCPA 1NMBN 1CQ9A 2QWDA 2F12A 2P37A 1VCJA 4U2AA 4FQ4A 4YM2A 3AFKA 1CIWA 1UMZA 1HLCA 3TIAA 1WCQA 4WEGA 2ES3A 1VAMA 2HU4A 3D12A 1NMCA 2D6PA 1EUSA 1Q56A 1A4GA 1FNZA 3CL2A 3PVNA 4FPGA 1DFQA 1MS5A 3SITA 3AJZA 1YRZA 3GNEA 1IS3A 1BXHA 4ISRA 4Y1VA 1AF9A 1D0HA 5IUQA 3GALA 3JU4A 2A7AA 1GBGA 3R4UA 1AZDA 3JUUA 1HQLA 3QCWA 1V0EA 1LOGA 4PBOA 2NN8A 2ZMLA 1N3OA 3FBYA 3V0AB 4Q26A 3WVJA 2F13A 2KM2A 1L7HA 4XJAA 2RKCA 1GICA 2D6LX 2W5OA 1DHKB 3M2MA 1F31A 1VALA 1S0CA 4L8QA 4Q8KA 3TI5A 1UKGA 3B3QE 2GNTA 1INXA 5FRAA 4XBNA 1NNAA 2LTNA 2GALA 1QOSA 3N7KA 3VV1A 1C4RA 1UZZA 4MWYA 2DVAA 5CNAA 1NCBN 4LBOA 4LBJA 1W6MB 4Y22A 2FHRA 1INYA 4PQ9A 1GV9A 5DG1A 5GLWA 2CNAA 1LODA 3TIBA 1AVBA 1Z4WA 1DIMA 1QF3A 3OBTA 4YW4A 1BJIA 1SLTA 3POYA 4JCKA 1R1ZA 3SLIA 1RITA 4AGGA 2HT8A 2R1BA 4ATFA 5JOXA 5IK5A 1SACA 4Q1RA 4HZZA 3V65A 1B09A 3TI8A 1NXD1 2ZHNA 3N7LA 4H53A 1NSCA 1TEIA 3APBA 1ULGA 2ZHKA 2VK7A 4XJ8A 4BBWA 4PCRA 1LEDA 1SLAA 1G8WA 1F5FA 2V5YA 4GKXA 5FREA 3OJBA 4WA5A 1JHNA 4D8SA 2E51A 1ENRA 2ZMNA 2OUHA 1S0IA 4ISQA 3N7MA 2F27A 2DV9A 3WHTA 4YG0A 2QWIA 1KRIA 2HTRA 5T54A 1F8BA 2F28A 3O12A 3BTAA 5HCBA 4MYEA 1LHWA 1BYHA 1UAIA 1V6IA 1V6LA 1W6QA 4GZXA 5IK8A 3SH3A 1N1YA 2D6MA 4Q1PA 2D44A 1A8DA 1MVEA 4MWRA 2PHTA 2QWCA 3UK9A 4LBQB 5CB7A 4BMEA 4HZVA 1RINA 4F83A 5GLVA 2LALA 2VY0A 2A3YA 2ZGMA 1QU0A 2B8HA 1V6NA 1JOJA 4LBKA 4QN6A 5GZEA 1CPNA 1SLCA 1CN1A 3H6JA 1ZA4A 2NYYA 3FLRA 1L7GA 2CL2A 1B9SA 2NZ9A 4YFWA 1CR7A 3CL0A 1N3QA 1XOGA 2D6KA 2PHUA 1XQNA 1NMAN 2PHRA 2ZGLA 3AXDA 4B7RA 3TI4A 1FV3A 1LJ7A 3WLUA 1A78A 1IVGA 1USXA 1MS3A 3B69A 4IQPA 3PVEA 4WVVA 2NMOA 1W6OB 2JE9A 4XTMA 1WLDA 4QNPA 4XJWA 4TZDA 4AVTA 3O0XA 1QGLA 1MS0A 1DQ5A 2VK6A 7NN9A 1ZM1A 2ZBJA 4WZFA 1S1AA 1DQ4A 1QOOA 3ALWA 1VIWB 1DQ2A 1GSLA 1ULDA 2GN3A 4XJUA 1N1SA 1X50A 1INVA 3INAA 1OQ1A 1Q8PA 1W21A 3V0AA 4WV8A 1UN1A 4XE9A 4RA0A 2ZGTA 3AZWA 1V6OA 1AX2A 1IVBA 1DILA 1AX1A 3ZVXA 2A5ZA 1GANA 5CAZA 1F9KA 1EPWA 1V0ZA 1LECA 2RHPA 4BLIA 5DG2A 1KITA 2WKKA 2JE7A 2OVUA 2GMMA 1V6MA 1NN2A 1G86A 4R9AA 2EXKA 4P9XA 3A0NA 1MS9A 1IVCA 2ZGQA 4YW3A 1W6MA 1V3DA 3H72A 1O4YA 1JYCA 1NCDN 4MZAA 2QWAA 3L2YA 3KM5A 4DQAA 4KS2A 1F8EA 2BERA 4CPYA 1YIFA 3RMYA 3WDYA 1MR5A 3K3AA 5IT6A 2HTWA 3FLTA 2C4AA 4W65A 1WD4A 3WNXA 4H55A 1Z78A 1Z50A 4FOVA 1ULCA 2WT0A 4XBQA 2JD4A 3RG0A 5H9SA 2HTUA 4NN9A 1Q8SA 3WHUA 1JXNA 4B7MA 1DLLA 2QWJA 2A6YA 4GALA 4CTEA 4LBLA 5T5OA 1G7YA 1HQWA 3USUB 3UL2A 3FLPA 2F11A 1APNA 1VCUA 2OUJA 1IKQA 5EYXA 1EUTA 3ILRA 2GDFA 4RL7A 2AEQA 2GMEA 5DUUA 1G9CA 4CPNA 3NWKA 3VUOA 1S0EA 5HUKA 1KJLA 3TICA 4LBQD 1LTEA 2PHFA 4UW5A 4M4NA 4FPCA 3POWA 1INGA 1SO7A 4X47A 2UURA 4Q6KA 4LBMA 2R49A 4MC7A 1WLCA 4YGBA 3SH5A 3WDUA 4BOWA 2D3PA 1E8TA 1VAVA 4YFZA 1LGNA 2ZGPA 3WUCA 1J1TA 1YXWA 4XIKA 5HUMA 4LBQA 1YYNA 2YDPA 4I30A 1LULA 4P9YA 1LOFC 3TAYA 1E8VA 3ZYRA 2JKBA 4HZXA 4YG3A 5IK4A 5F9TA 1KDKA 4D69A 1NNCA 5GM0A 5T52A 2A70A 2XCYA 3O9KA 1Z0HA 4M3CE 2H0BA 3NSSA 2HU0A 1SBFA 1JW6A 3ZXFA 4HIZA 4J9TA 3K37A 1AXYA 4P14A 4AVVA 4DRRA 4HZWA 1NLSA 4GEZA 3W09A 4YZ5A 5M1ZA 2V73A 4JF7A 1QNYA 1ONAA 4ZXKA 4GZTA 3CYEA 4X49A 3ZSLA 3NN9A 3ATGA 1XOEA 1W6OA 3AJYA 2ZGOA 1N1TA 4GWNA 2PHXA 1C1LA 4YZ3A 1FATA 3WDTA 4Y24A 1FV2A 3WV6A 2YA4A 2W5NA 2D3SA 2D6NA 1FAYA 3SALA 2TEPA 1U0AA 3RSJA 3V0BB 2AUYA 2CMLA 1V3EA 4K1ZA 1DGLA 3OYWB 4XJZA 2EXIA 4GWMA 3AZXA 4WVWA 1SLBA 1UPSA 1ENQA 3INBA 4JC1A 4FVKA 1GNZA 3ZYPA 1DYPA 1PZ9A 2W38A 2PHWA 3OPZA 2WLQA 3K39A 3DGTA 5JVVA 1W0OA 3IKWA 1LOFA 2ZGNA 4TYSA 4NCSA 3AP9A 4Y1YA 2ARXA 3N7JA 1LGBA 2DU1A 3NV1A 4K1HA 5T5LA 3ZSMA 3N35A 5EXOA 4HL0A 2Q5TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2W20A 1VBD3 5FY1A 5KXCA 2VCCA 4ZU5A 4FP2A 2W08A 4XFHA 4DXSA 4Y4YA 2HTYA 4XJ9A 3TWIA 3HD8B 3H0OA 4Q27A 2XPJA 2X29A 1YUDA 4XACA 1INWA 5CG9A 4UAPA 5JR7B 1Y9MA 2A71A 3VDDA 3B7EA 3SILA 4XPVA 4N43B 2RJKA 1R64A 3AVRA 3POJA 3PU3A 4NUBA 1UY4A 2DDUA 3E5UA 5KXDA 4A0PA 4EN7B 2D5HA 4CDWC 1FOD2 1B35B 3Q8EA 3P6BA 5J37A 1BZWA 2W95A 2IAUA 3O9JA 4XABA 4OZOA 2ZKLA 2W1QA 5A1LA 5L73A 5EJZB 3A72A 4Q0QA 2Q30A 1IQDC 4PHZA 4GN9A 2BQPA 3RZHA 1VBB2 4E4DX 3H73A 5L7OB 1OMIA 4Y20A 5FJHA 5AVPA 1R082 1ACCA 2IATA 3ITQA 2JECA 3NJYA 1FOD1 2E7AA 3ILFA 4QGLA 1WA4A 3ZXKA 5HBAA 1HB3A 3AMSA 4OHZA 2VH9A 1MS1A 3THPA 2XUEA 4AEMA 5A33B 5B4NA 4GH4A 4D7TA 3M7AA 4MLOA 2R0FA 2P3JA 2WSUA 2I07B 1SG3A 2XJQA 3W58A 2GVXA 4NAOA 1W8NA 1JYNA 4OZXA 4B7QA 4BDVB 5DZGA 3U11A 5T55A 5HUGA 3GZTB 1RYYA 2VZUA 4KS4A 2XOMA 1RVF2 4MG2A 4BQ1A 2ZHLA 1ODMA 2F26A 1CAVB 3J9SA 3OY8A 3GF6A 4D6SA 4XIOA 3LSDA 4BZ4A 1HRI1 3BOPA 5A3UA 4RYDA 4BQYA 2GP5A 5FZLA 4XUNA 1QJY3 2E7TA 3FWEA 2XJRA 2F12A 2D6OX 5DQ0A 3LFMA 3T2TA 5FJKA 3UT0A 2IAOA 3B7MA 1RVF1 3T1MA 5FP9A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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