4FP2A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2[(cyclohexylmethyl)ammonio]sulfonate
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Sialidase B
total genus 192
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fp2A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fp2A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fp2A02
4XIKA 1WLDA 4QN7A 4YGCA 1GZWA 1NNCA 1CPNA 3AYDA 5EYXA 4M01A 3WOGA 4GDIA 3PJQA 1H30A 2SILA 3GVJA 1SNTA 4K1ZA 5H9RA 4XJZA 3SH4A 3FLRA 1YO8A 4R9AA 1UN1A 4LBQD 3WCRA 4BMEA 1GSLA 2ZGMA 1Q8SA 3ILFA 1W8NA 3O9JA 1WBFA 2P34A 1IKQA 2ZA9A 1BKZA 3VKFC 4B7RA 2W68A 4NOTA 1G9FA 1ULFA 3RSJA 3GVLA 3DGTA 4MWVA 4M3CA 1Z4VA 3V0BA 3M3CA 3WHUA 1USRA 2W52A 5HUMA 1LECA 4MWYA 4ASMB 1BYHA 1NNAA 4Y1UA 1LGCA 4YW5A 4FP3A 3WUDA 3MPPG 3RG0A 1V6KA 1ULGA 3ALXA 2ZGPA 4Y24A 4CTEA 2NMOA 1AZDA 2BERA 5BYNA 4KBBA 4R9CA 4HZXA 5GLUA 1IVBA 4B7NA 4FPLA 2F12A 1C1FA 3USUA 1QOSA 3D6EA 5GM0A 1MS5A 2ZMLA 4QN4A 1BZWA 2D7FA 4U36A 1JHNA 4WVVA 3N7LA 3WG3A 1INWA 1WLWA 1LESA 1MS8A 1LHUA 4X4AA 2WNEA 4QN3A 1PZ9A 4LBQA 1Z4ZA 1B9SA 1N1SA 1JYIA 5E89A 4XBQA 2PHTA 2AGSA 1N1YA 4GZWA 1WBLA 1JYCA 1SLLA 4CRQA 3AZVA 2Z42A 3VV1A 4UW4A 4WA3A 2QWEA 3GALA 2P2KA 1YIFA 1NCDN 4AGGA 3RMYA 3MW3A 3AZZA 2SBAA 1KJRA 2DUOA 1BQPA 1MWEA 4DQAA 1YRZA 1DIMA 4LBJA 1JOJA 2FHRA 4Q8LA 5DZEA 4C1WA 3AYAA 2R49A 3B01A 2BATA 2GNDA 1ULCA 2OUJA 4HANA 4XYXA 1HQWA 3KQRA 2X9MA 2EXIA 3A71A 1HDKA 1KJLA 2R1BA 1G9AA 4GZXA 4FPGA 4H52A 1OFSA 4YZ1A 3OJBA 3WHTA 3ZYRA 1Q8VA 2P37A 1ULDA 4UF7A 5E8AA 3OBTA 2WJSA 4MWQA 1JBCA 1V3EA 1U0AA 4YM0A 4J9TA 2OW4A 2XG3A 1NSDA 1W1XA 1DFQA 3M2MA 2LTNA 3TAYA 3ILRA 4DRRA 1DQ1A 3CL2A 2GNMA 3W59A 3GNEA 1FV2A 3FUQA 4YZ2A 5FREA 4OZXA 2UWCA 2ZB6A 2NM1A 1IVGA 2F25A 4YZ5A 3JU9A 2QWHA 2PHWA 2CNAA 4Q26A 1LHNA 3A72A 3ZXEA 3ASIA 1DYPA 4CPNA 1LTEA 2ZGNA 1LOFC 4GEZA 4YGEA 4K1IA 2DYCA 1KDKA 1LOAA 1LHOA 2A75A 2EALA 1LJ7A 1GANA 1G9DA 3V64A 4BLJA 4NC5A 3K3AA 1VAMA 2YA5A 4XXAA 5GALA 1SO7A 1V6IA 1RITA 1QOTA 5HCBA 2D6MA 3IMNA 2F29A 1W6QB 1N3OA 1QMJA 1DQ6A 3WDWA 5T5JA 5HCAA 4XHBA 4AVVA 3VKOA 1V6NA 1LENA 4Y20B 4XXPA 5IT6A 3B7EA 4L8QA 1BJIA 1GBGA 5JMCA 2E6VA 2ZKNA 2F10A 5GLWA 2P3KA 5JYYA 2P3IA 5EYYA 1EUUA 1L7GA 2JE9A 1DLLA 2ZBJA 3MEPA 4XJ9A 1UKGA 4GZTA 4M3CF 1QDOA 3H72A 1VCJA 1Z50A 1A3KA 1LGNA 4HZZA 2ZGSA 3W58A 2LALA 2ZZJA 2P3JA 1G9CA 1D2SA 4HIZA 3QLQA 4D69A 1BJQA 1WD3A 4IQPA 4YFWA 1V3DA 4XDQA 4Y20A 3WG1A 5T5LA 4K1KA 4JCKA 2NYYA 3MW2A 2SLIA 2DTYA 4MWUA 2VH9A 3TI8A 4FPJA 2JKBA 2V5YA 5T5OA 5IK5A 2AEPA 4XILA 1AVBA 4LBLA 4GB1A 4FVVA 3SANA 5DG1A 2VSKA 1FAYA 3TI6A 2UU8A 2D3RA 2R1DA 3PVOA 1GNZA 7NN9A 4XE9A 4MX0A 2F0ZA 4XJRA 4R9BA 4XJQA 4NO4A 2ZMKA 1MS4A 3OPZA 1WW6A 1DHKB 4K20A 4ATFA 5GZDA 4MWWA 1C57A 2B7YA 3AXDA 2ZB5A 1DGLA 1KITA 3L2YA 1W21A 5CNAA 4B7MA 2F24A 2R16A 5DUVA 3QCWA 5GZGA 1GYKA 3POSA 1AX0A 3WVJA 1AXKA 1QU0A 2QWIA 2OUHA 3AYEA 3FBYA 1LU2A 3BEQA 2XCYA 3T1MA 2DTWA 4BM8A 2DUQA 3ZXFA 3N7JA 4AGRA 5DUWA 1N47A 3UK9A 2AYHA 1D0HA 4AVTA 4UW3A 1FYUA 3OBRA 4HZWA 1V0EA 4I30A 3ZXJA 4AVSA 1LEMA 5KXBA 2D43A 4XJAA 2WLQA 3M3QA 4FPOB 1CONA 1XQNA 1RIRA 1MS0A 2DVDA 2D44A 2NP0A 2DU0A 3K36A 4GKYA 4HL0A 4YZ3A 3JU4A 1WCQA 4MJUA 1WLCA 2A6VA 3HR9A 1NCBN 2WT0A 3CNAA 1LU1A 3W09A 3O0WA 3AXEA 4Q8KA 4GDJA 5DZGA 1NMCA 3H6JA 2CYFA 3OYWB 2EXKA 2A3YA 1S0EA 1R1ZA 1W6MB 1V6JA 2ZHLA 2CY6A 1Q8OA 2GN3A 3NWKA 2VVZA 4BBWA 1DQ2A 4GZOA 1SBEA 3WUCA 1HKDA 2YY1A 1OQ1A 4I00A 3SITA 2W08A 3OGGA 2HTQA 3FUOA 3AZYA 2DVBA 3O0XA 1S0DA 1TEIA 1XOGA 1LODA 2C5DA 5FRAA 2A3XA 2JDZA 4XJWA 2CWSA 1IS6A 4XZPA 4GALA 2R0HA 1CJPA 1NNBA 1MS1A 1MACA 1A14N 1YXWA 4GA9A 3N7MA 1INVA 1KQRA 4ISQA 2D6PA 2UURA 1ZA4A 3AP5A 1WCSA 2EF6A 2WQZC 1W6MA 4QN6A 2VU9A 2W38A 1ENRA 4XOGA 4XIOA 1MS9A 2PHFA 3FFZA 1N3QA 1DYKA 1LULA 5JOWA 2VW0A 2D3SA 2VWDA 5KXEA 1PZ7A 3FLTA 4GZQA 1CN1A 1DQ4A 4QNPA 5JOXA 1W6OB 3ZXKA 1S0FA 1W6PB 5JDBA 5GZEA 2VW2A 4XJ8A 4YFZA 3ZYPA 4FJ6A 2F13A 5DUUA 4Y22B 2V73A 1OKQA 4WEFA 3H73A 1E8TA 2WKKA 1RINA 3AZXA 1H9PA 3SALA 1CESA 3SLIA 1V6MA 4M4VA 2EXHA 2VUAA 3PMEA 3M1HA 2ZHNA 4X49A 3AFKA 1GICA 2HTWA 2ZACA 2ZHMA 1Z0HA 2ZGOA 4KS3A 4NN9A 1G86A 1FATA 2YA7A 1F8CA 1V0FA 1LOEA 1QKQA 4Y1VA 3B3QE 1INFA 3AK0A 5JOZA 3H71A 2JECA 5CBLA 4FPYA 1W6OA 3IPVB 3UJOA 3WDYA 1W6PA 5AVAA 5DG2A 4XMAA 2VY0A 4FPKA 4YM1A 2E7QA 2YDPA 4AYUA 2D3PA 2XZKA 2ZHKA 3O9KA 1IS4A 1KRIA 4YW3A 4YW1A 2RKCA 5GJ6A 4CPZA 1NCAN 3AZWA 2DVGA 4MC7A 3TIAA 3SH3A 3N7KA 1WD4A 4DPNA 1Z4YA 2GNTA 3R4UA 2QWAA 1FX5A 2AUYA 5F5QA 1FNZA 3AJZA 1NMBN 1USXA 1EUSA 2PHXA 4HZYA 4M4UA 3B00A 2QWDA 3BTAA 1IVCA 3D4KA 4FPEA 3AP6A 1INYA 5JLVA 3AP9A 4D8SA 3TICA 2F28A 3WLUA 2BF6A 4YG3A 4QN5A 1VALA 4WA4A 4HZVA 3IM0A 1LHVA 3R4SA 4FOWA 3POWA 3UL2A 4YM2A 1ENQA 1JXNA 1WW7A 3AP7A 1AX1A 3V65A 2WSUA 2JE7A 2YA6A 3NV1A 1UZZA 1FNYA 1LOCA 1W0OA 1I1EA 4BLIA 2YXSA 3ZSLA 1Q8QA 3WDVA 3U4XA 3ZVXA 4AWDA 4NCSA 1H9WA 2F26A 2G4IA 3R05A 4FOYA 3HMYA 1URXA 5IK8A 3POYA 5T50A 2CL2A 5GLZA 2ZABA 1NXD1 3CKZA 1F31A 2R0FA 4YG6A 4YZ4A 2W39A 3ZSMA 1F8BA 1W6QA 5B2CA 2XB6C 2C4LA 3ZPYA 1AF9A 2H0BA 3RS6A 3O5SA 3TIBA 3GVKA 1LOFA 1CR7A 2TEPA 3I4IA 3PVEA 5HUNA 4P14A 5H9QA 1LEDA 4P9YA 4K1YA 1A78A 4Q6KA 5DZFA 3K38A 3FLPA 1MR5A 2BZDA 1F9KA 4AGVA 3CL0A 2HTYA 2ZAAA 1UPSA 2ZGRA 3TI3A 2HYKA 2VK7A 3WG2A 4DFSA 1A4QA 1INHA 4Y26A 2PHRA 2VK6A 1V6OA 1IVDA 2D6KA 3OY8B 1S1AA 1IOAA 1V0ZA 1O4YA 3K39A 4PBPA 4X47A 4BOWA 5GLVA 2JJ6A 3AP4A 2GDFA 2NN8A 4P9WA 2UWAA 1IS3A 3IN9A 4M3MA 1LOBA 2W5NA 4GZPA 3LSDA 3VKNA 1EPWA 1GZWB 1ZM1A 4K1HA 1UMZA 4JRAA 4MWLA 2I2SA 1CVNA 3M3EA 3KM5A 1X50A 4XBNA 4YGBA 1KDMA 2A3WA 2HU4A 5KXDA 2EIGA 3D11A 4GKXA 1V6LA 1G7YA 1QNWA 3RRDA 3SNMA 1GKBA 2ZGLA 3K37A 3NSSA 1W20A 3OY8A 3APBA 2ZGTA 4MJVA 1YYNA 4M3CB 4MWJA 1IKPA 1E8VA 2NMNA 4GJTA 2YDTA 3BODA 1VCUA 4FP2A 5NN9A 1AXZA 1V2IA 5GZCA 1UAIA 1IS5A 2DVFA 1A8DA 1IVFA 5SV8A 2ZGUA 4WA5A 1UX6A 2D6OX 5EWSA 6NN9A 2NZ9A 4FZHA 1DILA 5IK7A 4XBLA 1Q56A 1N1TA 1SLCA 3SILA 1F8EA 1V3BA 3USUB 1WW4A 3WCSA 2A6YA 1ULEA 4Z8BA 2DWRA 3WV6A 4Y1XA 4WV8A 4YLZA 4X6KA 3ZSJA 1CIWA 1F8DA 4FQ4A 4K3YA 4XMIA 1B9VA 1GNHA 3ZSKA 4M3CE 2DVAA 1ONAA 5H9PA 1Z78A 4GWNA 4LBQB 3ZXLA 1S0GA 2QWGA 1DBNA 3C2UA 1MZ6A 2ZGKA 2C9AA 5DUXA 2EAKA 4WZFA 3Q9OA 4GZSA 2YA4A 3LCPA 2F11A 2AR6A 2XZJA 3ALWA 3I8TA 5CAZA 4Q1RA 1QOOA 3UJQA 5HUKA 1L7HA 5CB7A 1NLSA 3OYWA 2C4AA 1AX2A 1C1LA 3RQ0A 1NCCN 5HUGA 1E8UA 4TYSA 3INBA 2ERFA 2RHPA 2VXRA 1SLIA 3NV2A 2QWJA 1GZCA 1FV3A 2A70A 2CTVA 4R9DA 2E51A 4ITCA 4YGDA 2HT5A 4U2AA 1W6NB 2ES3A 2ZGQA 3VKMA 1GZ9A 3JUUA 1YI7A 2ARXA 5T5PA 4KS4A 1SBFA 2D6LX 4FOQA 1BXHA 1WUVA 2A6XA 3ENRA 2WT1A 1SCRA 4BPZA 1DIWA 5JOYA 1LGBA 1CPMA 2ENRA 1V00A 3IKWA 1W0PA 3WDTA 5HX0A 2YV8A 3WDUA 2XZIA 4RA0A 2W5OA 4JF7A 2HU0A 4GWMA 1G9BA 4M4NA 2DU1A 2VK5A 1W8OA 3INAA 2PHUA 4MZAA 1JW6A 1S0IA 1NSBA 1B9TA 1W6NA 2HTRA 2WSVA 2A6ZA 1NSCA 1PZ8A 5T55A 3SISA 4JC1A 2HT8A 1S0BA 4Y22A 3H0OA 4CPLA 2JD4A 4KS5A 3NN9A 1F5FA 3PVNA 4FPFA 2ZMNA 5IK4A 2VSMA 1SLAA 5E88A 1QF3A 4K21A 3ILNA 2E7TA 4UW6A 5GLTA 2ARBA 5DXDA 1UZYA 3T1LA 2QWKA 2QWCA 1Z4XA 3WNXA 4DS0A 3VUOA 2AEQA 1NMAN 2B8HA 3WZ1A 2W20A 1GLHA 2YMZA 3D5OA 1CQ9A 1G8WA 5GZFA 3WDXA 4C1XA 4PF5A 3IPVA 1Z4WA 4LBKA 1EUTA 1LHWA 1S0CA 2BQPA 1B09A 1A4GA 4WVWA 3A4UA 2CMLA 1HQLA 1I3HA 5T54A 4CPYA 1APNA 4M00A 5LK5A 4SLIA 4FPCA 4RL7A 3NV3A 3CYEA 1AXYA 2GMEA 2AH2A 1WW5A 1GV9A 4XHXA 3VKLA 4UW5A 1AJKA 1VLNA 4XTMA 2YA8A 3V0AB 4FPHA 2PELA 4W65A 4XTPA 4Q1PA 1XOEA 3TI4A 4ISRA 4H53A 2YZ4A 4YG0A 3SH5A 4CPMA 2DURA 4CPOA 4ZKTB 5B2DA 1V3CA 3N35A 2EXJA 4TZDA 1SLTA 1INGA 4PBOA 4BMBA 2AREA 1INXA 1N1VA 3M3OA 4LBOA 3B69A 4LBNA 4MWRA 3NV4A 3TB0A 3T2TA 1DQ0A 3ATGA 4ATEA 4Y1ZA 3RMXA 2F27A 4B7QA 3LSEA 2GN7A 3V0AA 1SACA 2YROA 1SFYA 3AJYA 3BOPA 4BQ1A 4CZSA 4GXLA 3TI5A 4MYEA 1EURA 4YW4A 2VW1A 2DUPA 3HN1A 4P9XA 1L7FA 3N36A 1N3PA 1S0JA 1MZ5A 3AYCA 1NN2A 4LBMA 5F9TA 3T1EA 4KS1A 1QGLA 4B7JA 4MWXA 5T52A 4Q27A 4FVKA 4Q2FA 4WEGA 5IUQA 2DV9A 1SCSA 1DQ5A 3WG4A 3N3HA 1IVEA 2UWBA 4XJUA 2A71A 1JUIA 1Q8PA 1QDCA 3D12A 1QNYA 5CA6A 4ZXKA 1DZQA 3BIWE 1VAVA 4FOVA 2CWMA 3B9CA 1LOGA 3DUIA 1JN2P 2AENA 5L73A 1MVQA 4H55A 4F83A 5JVVA 2GNBA 2HTUA 5HCFA 1C4RA 3A0NA 2A7AA 3A0KA 2QWFA 1AJOA 5H9SA 2SIMA 4PQ9A 4YM3A 2WT2A 2FMDA 2Q5TA 1SBDA 3MW4A 2OVUA 2A6WA 1MVEA 1UL9A 4KS2A 2D6NA 5EXOA 5KXCA 3O0VA 2GALA 1VIWB 4MZEA 4FQZA 2QWBA 1ENSA 2GMPA 1HLCA 2HT7A 2KM2A 4Y1YA 4YW2A 4DRVA 4DGRA 2GMMA 1O4ZA 3V0BB 1MS3A 1Y7BA 1SLBA 4K1JA 1J1TA 3AX4A 3O12A 4PCRA 1LCLA 5M1ZA 2A5ZA 2E53A 2HTVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4C90A 4UFIA 4XIKA 1WLDA 4AEKA 1HB3A 2VXJA 3OTFA 1GZWA 4YGCA 5F3IA 5FO7B 3A22A 1NNCA 1CPNA 4LLFA 3AYDA 5EYXA 2DSOA 4CVUA 2ZX4A 4M01A 5JXIA 4AH4A 3WOGA 1WA4A 1PO21 3PU3A 1BCXA 4GDIA 4YVWA 1UW8A 5ACA2 5BNPA 1ZRRA 3PJQA 1H30A 2SILA 1FXZA 5FZ9A 3GVJA 1C8M3 4X8PA 2B4KA 1SNTA 5FZDA 4A41A 2WFF3 1GZTA 4K1ZA 1CAWA 1YFUA 4XJZA 4XFFA 3MUY1 5H9RA 2BTVC 2ARAA 3D3AA 3SH4A 4AOCA 3FLRA 4WBBA 3VZNA 1JZ7A 1YO8A 4R9AA 4GN7A 3PLQA 1UN1A 1XNDA 5EP9A 1VBE1 1RWIA 4LBQD 4KG8A 2C1FA 4NHLA 4PQQA 4XFAA 5FP3A 2Q8CA 3WCRA 4AFBA 5B2GB 4D52C 1PJXA 5FY0A 4BMEA 1AL0G 1GSLA 2ZGMA 4QM8A 3S30A 2OPWA 3ZXAC 2B8MA 2VULA 5FK8A 1Q8SA 3ILFA 1HB1A 1FMD3 1W8NA 2IC1A 1UY0A 2QDRA 1ZX5A 3O9JA 2HKXA 3OUJA 4QPWA 1H2KA 1WBFA 2BNMA 2P34A 2VTXA 1IKQA 1HRV1 3RNSA 4CCOA 2ZA9A 2R073 1BKZA 2OQ7A 2RS12 1J1LA 2NPIA 3AB0A 2C9KA 4BQXA 3VKFC 4OI0A 5FLJA 4Z1VA 4RS5C 3UNPA 4B7RA 2W68A 4NAOA 2JICA 1W9SA 4NOTA 1G9FA 1ULFA 2RM23 3M7AA 3RSJA 4EROA 3I3BA 4F8AA 5L7OA 4AQTA 3TC9A 5FQ0B 4PF1A 3DGTA 3GVLA 4MWVA 3O4PA 3VZKA 2QVSB 4J1WA 4M3CA 5IYYA 5F8PA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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