4FP2A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2[(cyclohexylmethyl)ammonio]sulfonate
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 192
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fp2A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fp2A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fp2A02
2R0FA 4Y22A 1INGA 1DQ5A 2DUOA 5CB7A 1DZQA 3IN9A 4P9YA 1F9KA 5T5PA 5CAZA 5HCAA 1LOFC 3NV2A 5FREA 2HT7A 3WHTA 4LBQB 4QN4A 1WW4A 3AP9A 2YA6A 3SH3A 2D6LX 4WEFA 4GALA 1Q8QA 4TZDA 2QWGA 3V65A 1SLAA 1NMAN 4WEGA 5DZEA 1LENA 2HU0A 2D3RA 4Q8KA 1CPMA 4B7RA 1NNBA 3W58A 3VKOA 1G7YA 3N7KA 1APNA 1Q56A 1SLTA 5GZCA 1HQLA 3ENRA 4GDIA 5DZGA 4ATEA 1AJKA 1GKBA 4WV8A 2ZGSA 4FPCA 2SLIA 3SISA 3ZYPA 1SO7A 3K39A 1NMBN 4W65A 3H0OA 3NN9A 4QNPA 2ZA9A 4DPNA 1NSCA 3LSEA 4K1JA 1DILA 2QWFA 2C4AA 2TEPA 3Q9OA 5JDBA 3WDTA 1NCAN 2GN7A 1Y7BA 4R9CA 2AR6A 1AXKA 3O0WA 1A3KA 5IK8A 2F10A 1V6MA 1IVEA 1MS8A 2HTRA 1DQ6A 1RIRA 1OFSA 1Q8SA 2NMNA 1MVQA 3ZYRA 1F31A 2WJSA 4GWNA 4XE9A 1KITA 1BKZA 2JD4A 1CVNA 2QWDA 1C4RA 2UURA 2GMMA 2DUPA 3K37A 1INYA 5IK5A 1KRIA 3RMXA 4CRQA 4YZ2A 4XIOA 2C9AA 3IMNA 4LBOA 4PQ9A 4HZWA 4FQZA 1EUSA 2SILA 5GZFA 1LU1A 3OBTA 1V6LA 1VCUA 1NLSA 2W5NA 3OYWB 1DHKB 1A14N 2ZGPA 2A6YA 3CKZA 1GICA 1Q8VA 2YDPA 1IS6A 2R49A 1MS4A 2D3SA 3PJQA 3WDVA 3CL0A 2DUQA 2ZGTA 3LSDA 1Z50A 4UW6A 2W38A 4XJ9A 1H9WA 2PHWA 1Z0HA 1VCJA 2QWAA 4XJWA 1KDKA 4YM2A 3WLUA 3AZYA 1S0DA 4PBOA 4BM8A 2WSVA 2DVAA 1WLCA 5JYYA 1DYPA 4CTEA 2F28A 1DFQA 4XJZA 3KQRA 2GMPA 1GNZA 5FRAA 1V0EA 3AZZA 4M00A 5GLVA 4LBQA 4FPEA 4KBBA 3GVJA 3ILFA 1H9PA 3A0KA 3N7JA 2AREA 3JUUA 3ZSMA 4LBLA 2F11A 5B2CA 3A4UA 1PZ8A 4UW5A 1GZCA 3INAA 5L73A 2WLQA 3LCPA 3O12A 3HMYA 4GEZA 2R0HA 1SCRA 1DQ4A 5HCFA 2QWHA 4QN3A 2DYCA 3DGTA 4KS1A 3HR9A 3AFKA 4XXAA 4K21A 3H72A 4Q1RA 4Q2FA 4Y26A 3BODA 1AZDA 2UWAA 3O9JA 1BYHA 1ONAA 1FAYA 4QN6A 1QNYA 1UMZA 1SLCA 1Z4WA 1BQPA 1MZ5A 3D6EA 3BEQA 4MWWA 2OW4A 1H30A 4K3YA 3I8TA 1GZWB 1N3OA 3AJYA 1FYUA 3USUB 2B8HA 2Q5TA 1SCSA 2SBAA 5EYXA 4YZ1A 3CNAA 3AXEA 1TEIA 1PZ9A 2D6KA 1GLHA 1ULGA 4KS4A 4B7JA 2WQZC 3QCWA 3V0BB 2D44A 2VK5A 1W6OB 1FATA 4SLIA 1DIMA 3IPVA 3N36A 3DUIA 2YDTA 2AEPA 1SFYA 3AP5A 4AGGA 1GBGA 3OYWA 1E8VA 3AP6A 4WZFA 2ZGKA 5F5QA 3V64A 4XHBA 2CMLA 1U0AA 3AZVA 3ATGA 1FV2A 4QN7A 2F13A 3ZPYA 1FNYA 2D6MA 2YMZA 1VLNA 4MZAA 3MW2A 1B09A 3KM5A 1YXWA 2EXKA 4Q27A 2NM1A 4Y1UA 1LOFA 1WUVA 4P9WA 2X9MA 1JOJA 2LALA 2ZMLA 4H55A 3FLPA 7NN9A 4NOTA 4MJVA 1WW6A 4BMBA 3D5OA 2FMDA 4GZPA 2R16A 2UU8A 2B7YA 1B9TA 4DQAA 2VUAA 1W21A 4Y1ZA 1Z78A 3AYAA 1GV9A 2GNDA 2OVUA 4K20A 4Q1PA 3L2YA 4R9BA 2ZABA 3PVNA 2G4IA 2CWMA 3OY8B 5T50A 4Y1YA 2HTWA 2W52A 4PBPA 4UF7A 1NMCA 1PZ7A 4CPNA 5EWSA 1ZA4A 1S0JA 4LBJA 2KM2A 4K1ZA 2HU4A 3CL2A 4FVVA 4X6KA 1IVFA 4AVTA 2ES3A 4HZXA 4YW4A 1OQ1A 2F26A 4MWQA 4CPOA 1V3DA 2D43A 1G9CA 1AX0A 4LBKA 4XTMA 6NN9A 1LESA 1G9BA 3QLQA 3WCSA 1GZWA 5H9RA 3USUA 4NN9A 4Z8BA 1LHWA 5CA6A 3ASIA 1MZ6A 2DVBA 2P2KA 1BXHA 1KJRA 2A3WA 4AGVA 2EXHA 5IT6A 3O0VA 3I4IA 4GB1A 1E8TA 4MYEA 3SITA 2ZAAA 1HQWA 2EXJA 1URXA 3V0BA 5DG2A 1W6OA 2DVFA 3U4XA 3VKNA 3TI8A 3NV1A 2DWRA 4XJUA 2CL2A 1G9AA 4YW3A 1YYNA 5DUXA 1W6PB 5T55A 2QWCA 2HTVA 2ZGOA 1MWEA 5CBLA 4M4VA 1C1FA 4FPHA 4FPFA 1V3EA 3B01A 2PHUA 2ZGQA 4KS3A 1CONA 1W6QB 1LHNA 4YFZA 2YY1A 1HKDA 4FJ6A 4FOYA 3ZSLA 3WV6A 4Y24A 3SALA 1MACA 4FPJA 1ENQA 2D6OX 3WNXA 2A6XA 4GKXA 4YGBA 3SNMA 1INFA 4JCKA 2W39A 1S1AA 3N35A 4GA9A 3TICA 3ZXJA 1DQ1A 2GNMA 4M4UA 1W8OA 1LHUA 5DUUA 1W6MA 2ARBA 4D69A 1F8EA 2V73A 2ZBJA 2A5ZA 1LODA 4ISRA 1LCLA 3T1MA 4WA5A 2HT8A 1S0BA 4H53A 4MJUA 5LK5A 2ZHMA 1UPSA 2P3KA 2ARXA 4DS0A 3FLRA 1UN1A 4BOWA 4NCSA 3SANA 5JOYA 2ZB5A 1Z4YA 3GVLA 2EAKA 3OY8A 2JECA 3NSSA 4GDJA 1LOGA 1W6NA 1QGLA 3H73A 3ZVXA 1CR7A 5DUVA 3TIBA 4ASMB 1V6IA 1NCBN 3IPVB 2AGSA 4DRRA 2ZACA 1IS4A 5GLUA 1AX1A 4YM0A 3GALA 2GNTA 2RKCA 4AGRA 2QWBA 1W0OA 2ERFA 3UJQA 1LGCA 2JKBA 3T1EA 4KS2A 2Z42A 4U36A 2DURA 4MWRA 5E8AA 4KS5A 4YGDA 3GNEA 2R1BA 4Y1XA 4XIKA 1W8NA 1UAIA 5GZGA 1SNTA 3T1LA 1UKGA 2DTWA 4DRVA 3T2TA 2VW1A 4X4AA 4XHXA 4XBLA 1CQ9A 1Z4VA 4MZEA 1V6NA 1JYIA 4H52A 3M1HA 5M1ZA 2EALA 1LU2A 2QWJA 5DZFA 2YV8A 3POYA 4GZQA 4PF5A 1QMJA 1YO8A 5NN9A 2YROA 2ZMKA 4K1IA 2WT2A 1W6PA 2A7AA 1HDKA 1I3HA 3WUCA 4YM1A 3B9CA 3AYEA 3ZSKA 4BLJA 1GZ9A 3TAYA 5E89A 1QDOA 3A0NA 5EYYA 1OKQA 1W6QA 4XTPA 5AVAA 1V6JA 3SH5A 1FX5A 3M3OA 3IM0A 4WA3A 1W20A 3WZ1A 3RS6A 3JU9A 1LOEA 1AF9A 2A3YA 5T5OA 3RMYA 1DGLA 2F27A 3FUQA 1GNHA 2E51A 3ZXFA 5HX0A 3AX4A 1GSLA 3A71A 4XXPA 4AVSA 4XOGA 3ZXEA 3B69A 3OGGA 1WLWA 3ZXLA 2DU0A 1B9VA 4LBQD 5CNAA 4XMAA 3AZWA 3N7LA 1NNAA 1SLLA 3CYEA 4HIZA 3R4UA 2A3XA 4Q6KA 1AXZA 2ZGNA 2YA7A 1IVGA 1WBLA 1WW7A 2AYHA 3SILA 1MS5A 3W59A 1VIWB 5GM0A 4YW1A 5H9SA 4C1WA 1ENSA 4XMIA 4YZ3A 1SACA 1JW6A 1LGBA 2ENRA 1FNZA 2WKKA 3MPPG 2AENA 5BYNA 2V5YA 5E88A 5JLVA 1QNWA 1A8DA 4UW3A 2A71A 1UL9A 2EIGA 4M4NA 3AYDA 4QN5A 2YA8A 1I1EA 1CPNA 1MS3A 1LULA 3AJZA 2CY6A 2A6ZA 2HTYA 4D8SA 1ULEA 2A75A 4GZWA 4I00A 1LGNA 5KXCA 1CIWA 4GJTA 3B7EA 4MWJA 2ZGLA 4FP2A 3HN1A 1F8BA 4FPKA 4HL0A 1AXYA 3C2UA 4GKYA 1FV3A 1IS5A 1W0PA 3B00A 2W20A 4FP3A 2ZHLA 4Q8LA 1BZWA 2P37A 3K36A 5T54A 1O4YA 1W6MB 1IKPA 4BPZA 2JJ6A 2F24A 4YG0A 2ZKNA 1CJPA 1D0HA 1N1TA 5IUQA 2YA4A 2VSKA 3OJBA 2D7FA 4RA0A 2SIMA 1SBEA 4IQPA 3ZXKA 5F9TA 4HZYA 4R9AA 2ZGRA 4FPGA 2WT1A 4CPZA 5GLTA 1S0CA 3BIWE 1WW5A 3WUDA 2I2SA 1YI7A 1LTEA 5HCBA 2BF6A 3WCRA 1F5FA 1W6NB 4WVVA 2F0ZA 1F8DA 4FZHA 4BQ1A 4HANA 1WBFA 1ZM1A 1UX6A 4M3CE 2VK6A 3M2MA 2GALA 3W09A 5JMCA 2R1DA 3VKMA 2NYYA 4AYUA 2DVDA 2XG3A 2QWEA 1G8WA 4YW2A 1QDCA 3RRDA 2WSUA 2VSMA 2A70A 5KXBA 1V00A 1INXA 3NV3A 3PVOA 3RQ0A 1C1LA 4JF7A 4U2AA 1VAMA 2GN3A 2PHFA 3FFZA 2GDFA 2UWCA 2A6WA 1ULDA 2XB6C 4L8QA 5GJ6A 2P3IA 2BATA 4GZXA 1GYKA 4Y1VA 3POSA 1ULFA 1S0FA 2OUJA 5HUGA 4LBNA 1N3PA 2YA5A 2EF6A 4K1YA 1QOSA 4ZXKA 5JOWA 3UK9A 3VUOA 5GLZA 4GZTA 2DTYA 2JE7A 2VU9A 4YG3A 1V0FA 1LOCA 4UW4A 3AXDA 2W08A 3AP7A 1IVDA 1MR5A 5B2DA 3AK0A 4K1HA 1Q8PA 4DFSA 4DGRA 3TI3A 3JU4A 4GZOA 1INVA 1YIFA 1L7HA 1EURA 4CPMA 1INHA 2VVZA 1G9DA 5IK4A 1V0ZA 4B7NA 4P9XA 1KJLA 2UWBA 1EUUA 3TI5A 5DXDA 4XBNA 1LHOA 3D12A 5GZEA 4M3CB 3K38A 2CTVA 4YZ5A 1INWA 3RSJA 1J1TA 2NMOA 1WCQA 1IS3A 3FUOA 3UJOA 2ZB6A 3M3CA 2D6NA 4BBWA 5JVVA 3R05A 4PCRA 1V6OA 4YFWA 3VKFC 1RINA 3OPZA 4HZZA 4XJ8A 2P34A 4P14A 3O0XA 5GLWA 4R9DA 1KDMA 1V3BA 3UL2A 1N1VA 1S0IA 1YRZA 4MWUA 1DYKA 4GZSA 3K3AA 1G9FA 4NO4A 2A6VA 2NN8A 2QWKA 1SBDA 1QKQA 3MEPA 1MS1A 4YGEA 3NV4A 4YGCA 1XQNA 3WG3A 1VAVA 2CNAA 2W5OA 3TI4A 4Y20A 4X47A 1DIWA 3D4KA 2H0BA 4J9TA 4F83A 3MW4A 3GVKA 4K1KA 1QOTA 1LEMA 3V0AB 1N1YA 1QF3A 2DU1A 3FLTA 1NCDN 4WA4A 1AJOA 1MS9A 1DLLA 2OUHA 3SH4A 4ISQA 1LOAA 4B7MA 5EXOA 3WOGA 4YW5A 4RL7A 5H9QA 3WDUA 3WG4A 2W68A 2PELA 2VH9A 1XOEA 2DV9A 1IVCA 2HTUA 2FHRA 1UZYA 1N1SA 4OZXA 3FBYA 2JE9A 1NCCN 3PVEA 4FPOB 3NWKA 1DBNA 2VY0A 2CYFA 5H9PA 1NN2A 1JXNA 4M01A 1GANA 1ULCA 4YG6A 4HZVA 3INBA 3ALXA 3TIAA 1CN1A 4M3MA 3BTAA 1IOAA 3B3QE 3ALWA 1KQRA 4MWVA 1V3CA 1UZZA 3M3QA 5DG1A 2AUYA 4BMEA 2AEQA 4XJQA 1QU0A 1IKQA 2BZDA 5HUKA 3N3HA 3SLIA 1WD3A 5JOXA 2PHXA 4XZPA 5KXEA 4YZ4A 1B9SA 2F29A 4M3CA 4FQ4A 1JUIA 3AP4A 1X50A 1L7GA 4TYSA 1BJIA 1O4ZA 2P3JA 3IKWA 2XZJA 1D2SA 1DQ0A 4XBQA 4ITCA 1JN2P 1NNCA 2C4LA 1HLCA 1JBCA 2JDZA 4M3CF 3WVJA 3ILNA 3WG2A 3TB0A 2F12A 4ATFA 3O9KA 3O5SA 3PMEA 1N3QA 2VW2A 5DUWA 5GZDA 2XZKA 4FVKA 1N47A 4XJRA 1USRA 4AVVA 4FOWA 1W1XA 4WVWA 5HUMA 1NXD1 2WNEA 1Z4ZA 1NSBA 4Y22B 1LHVA 2YZ4A 2RHPA 1WLDA 4X49A 2ZHNA 5JOZA 2VXRA 4FOVA 5T5LA 3AZXA 1LJ7A 2ZZJA 3BOPA 4MWLA 2VK7A 2ZMNA 1S0EA 2ZGUA 4JRAA 4JC1A 1DQ2A 2ZHKA 4GWMA 4FPYA 3A72A 3V0AA 1SBFA 2EXIA 1JHNA 2LTNA 2E53A 3RG0A 1G86A 2VW0A 4XJAA 4BLIA 1MVEA 2ZGMA 1AX2A 1XOGA 3VKLA 2HYKA 2NZ9A 2GNBA 1BJQA 2CWSA 1CESA 3OBRA 1E8UA 2YXSA 2XCYA 2D6PA 4AWDA 1USXA 2PHTA 2NP0A 4I30A 4CPYA 4MX0A 1RITA 4CZSA 4MWYA 4CPLA 5T52A 3WDWA 2BERA 1JYCA 3H6JA 5SV8A 2E7TA 2WT0A 3M3EA 1SLBA 5KXDA 1IVBA 5IK7A 2VWDA 2AH2A 2XZIA 1A4QA 3ILRA 2C5DA 4GXLA 4MC7A 4XYXA 1LECA 3POWA 1SLIA 3VV1A 3WHUA 4C1XA 3WDXA 2HTQA 4FOQA 2D3PA 4ZKTB 1ENRA 4YM3A 3WDYA 1Q8OA 1EUTA 5HUNA 3R4SA 4B7QA 2E6VA 2GMEA 3N7MA 4Q26A 3APBA 1A4GA 4Y20B 1LOBA 1V2IA 3D11A 3AYCA 2F25A 5T5JA 2E7QA 4XILA 5GALA 4XDQA 2HT5A 4FPLA 1F8CA 4MWXA 1V6KA 2PHRA 1WD4A 1C57A 3MW3A 4NC5A 3WG1A 1VALA 1MS0A 1L7FA 3ZSJA 1EPWA 1R1ZA 3TI6A 1A78A 4LBMA 1QOOA 4YLZA 2DVGA 1LEDA 1AVBA 1Z4XA 1S0GA 1NSDA 2QWIA 2BQPA 1WCSA 3H71A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3E6CC 2R0FA 1PGSA 4Y22A 1OQEA 5M0TA 2TBVA 1UQXA 1JZ7A 2W8BB 2OKXA 1IPSA 1KS4A 1UO9A 5A70A 4W6WA 5ABJA 5IVVA 1INGA 4B1LA 2GVWA 3LI3A 1DQ5A 1YWKA 2BV4A 3KS7A 5IVYA 5FP9A 3BPZA 3U75A 2XJUA 1ND2C 1XNBA 3ZIXA 3RJ2X 2DUOA 5CB7A 3POIA 4HK8A 5GX2A 1PO12 3HQUA 1XNDA 1DZQA 3IN9A 3GJAA 1F9KA 4P9YA 5T5PA 5CAZA 5HCAA 2XHKA 3MF9A 5DMYA 1WMXA 2BW8A 1LOFC 1RMU2 2IFWA 4JTNA 1RHI1 3AL5A 5F3CA 1HB4A 3NV2A 2X8KA 5FREA 1NXMA 2VZUA 4D7SA 2HT7A 1W2TA 3WHTA 5JZGC 3U11A 2Q1ZB 4LBQB 4QN4A 1WW4A 3AP9A 2VUJA 2VZPA 5FYUA 2YA6A 4B4PA 3SH3A 2D6LX 2Z69A 4GALA 4WEFA 3KHBA 4NMIA 2A73B 4QQOA 3WF4A 5FWJA 1YQ6A 1Q8QA 2QQIA 4TZDA 4RS5C 2QWGA 1XYOA 4AEDC 1EPZA 4HSJA 1D4VB 2WZR3 3V65A 2WNUA 1PO23 3POGA 2FD8A 4QX0A 5HCHA 1SLAA 1VRH3 4RQPB 4QKNA 3TBDA 3ZR6A 4C8DA 1NMAN 2IATA 2VOXA 5JSPA 5FBJA 3I2GA 4WEGA 1EAH1 5FKBA 2P5BA 1DGWA 3T2QA 1TMF2 4A7YA 5DZEA 1R081 3LB9A 5J09A 2FQPA 1LENA 3VGIA 5L9VA 2IZWA 2HU0A 1CZVA 2D3RA 1W9TA 4Q8KA 1MPXA 1CPMA 4B7RA 2K9ZA 3CKHA 1MQTC 4MGZE 5CFDC 1NNBA 1RUI3 3NVCA 3W58A 3VKOA 1RB8G 2G8SA 3FVZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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