4FP2A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2[(cyclohexylmethyl)ammonio]sulfonate
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 192
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fp2A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fp2A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fp2A02
3R4UA 3B3QE 5JVVA 3K37A 1GZWA 2QWGA 3AP5A 1INXA 1DQ6A 1NLSA 4WV8A 1U0AA 2A6WA 2W38A 4Y1UA 2QWFA 1QOTA 3TI3A 4CZSA 3ASIA 4KS4A 3SILA 2ZGLA 1V2IA 2WNEA 3USUB 1PZ9A 4JRAA 1WD4A 2FMDA 2ZBJA 5LK5A 1C1FA 2AEPA 4PBPA 2DVBA 1KJRA 4YW5A 5GLVA 4UW3A 1V00A 3K3AA 4MC7A 5EXOA 3AJZA 4B7RA 3WDTA 4UW5A 1NCBN 3AYDA 2WT1A 1HLCA 2R1DA 4BOWA 4XHBA 1NSDA 1MZ6A 3MEPA 5GLUA 1OFSA 3OPZA 3CYEA 3T2TA 2TEPA 1LOFC 4C1WA 3OY8A 4HZWA 5GZDA 4CPNA 1B9TA 2D6KA 3N7KA 4LBQD 3SALA 1JHNA 4XJ8A 2DU0A 3L2YA 1BZWA 4YFZA 1LOCA 3ALXA 1W8NA 2ZGNA 2EXIA 4LBKA 2QWJA 4X47A 1LGNA 2HTYA 2YZ4A 1NN2A 1ZA4A 3WHTA 1CONA 3N35A 2W20A 4YW2A 2F11A 2W08A 1WLCA 1WW6A 1DFQA 4XBLA 2YROA 1UAIA 1W1XA 1W8OA 1QNWA 3VKNA 1USRA 1W6QA 3LCPA 2GMPA 1W0PA 2I2SA 1LHVA 3AP7A 2A6YA 2DVGA 3AK0A 4DQAA 4LBMA 4BLIA 3T1EA 5DG2A 2WSVA 4Y20A 1Q56A 4MX0A 2EF6A 2CYFA 1V6IA 2CWSA 2NMOA 2F10A 2OUHA 1ZM1A 1WBFA 4Q6KA 1YI7A 2WKKA 1D2SA 1IS6A 2VW0A 2QWDA 1B9VA 4FPJA 4XILA 4GZSA 2G4IA 3HMYA 1WW7A 2PHUA 5GZFA 4YW3A 4XJUA 1EPWA 3TICA 1AXYA 2DUPA 2GNDA 5KXBA 4XJWA 4X6KA 1W6NB 1A8DA 2W68A 2ZHNA 4PQ9A 3D12A 1V6KA 4YM3A 1V6LA 4RA0A 4YZ2A 1S0FA 4XTMA 4M4NA 3IMNA 1JOJA 2NZ9A 2QWEA 1LOEA 4FPYA 3TI6A 1W20A 3SH4A 2P34A 3LSDA 3CL2A 1AX2A 4ITCA 3WZ1A 4R9AA 2AEQA 3O9JA 2VU9A 2PHFA 1O4YA 1CJPA 1SFYA 2F27A 1G9DA 1F9KA 5GM0A 1ENSA 2A70A 1G7YA 4K21A 4ZKTB 2AR6A 3PVEA 2C5DA 4PCRA 3BOPA 1CPMA 1N47A 4Y1XA 1AF9A 3ILFA 1CESA 4Y22A 1LTEA 2XZJA 4BLJA 4Y1ZA 1LHNA 5KXDA 5E89A 4WA5A 4QN5A 3RS6A 4FPLA 2Z42A 4MZEA 2LALA 4GB1A 2AENA 4XTPA 4FZHA 2VH9A 1O4ZA 3AZVA 3WNXA 2D6MA 4YZ4A 2YV8A 1QF3A 1YRZA 2VY0A 3RMYA 3N3HA 2QWAA 4Y22B 1G8WA 3V64A 2D3SA 5HCAA 3OYWB 4Y1YA 4GZWA 3KQRA 1HDKA 4AVVA 1Q8QA 2YY1A 1LECA 4HL0A 3FUOA 2ERFA 4YLZA 2C9AA 2PHTA 3V0AA 4ATEA 1UN1A 3ZYPA 1ULCA 5DUVA 3B7EA 1CR7A 4FOQA 2P2KA 3VUOA 3INBA 2ES3A 3HN1A 3PJQA 2V5YA 1N3QA 5IUQA 1NSCA 3POSA 4CPZA 4M4VA 2BERA 2XCYA 2EIGA 4MWUA 4YZ3A 4U36A 4BMBA 4K1HA 2ZZJA 4K1ZA 3FLPA 4X4AA 2ZHMA 4XJRA 1IOAA 1IVGA 4ISRA 3ATGA 1SLTA 1IVDA 4KS2A 2CWMA 4NO4A 1ENRA 4M01A 1QOOA 3TIBA 2W52A 1PZ7A 1UL9A 1F8CA 2UWBA 3OGGA 5IT6A 4YZ1A 5T52A 2DTYA 3VKLA 2A71A 5JYYA 4FPFA 3RRDA 2E7QA 4X49A 1AX0A 1F31A 4M3CE 3N7MA 1F8BA 4FOWA 1V0ZA 2HU4A 1EUSA 2EALA 2HU0A 3ILNA 5CNAA 2P3KA 1Q8SA 1EUTA 5BYNA 1DQ5A 3ENRA 3D4KA 3FUQA 3N7LA 2H0BA 1OQ1A 4PBOA 5IK7A 4MWXA 2NMNA 3JU9A 3POYA 1NNAA 4I30A 1QDCA 1SLIA 2QWIA 1G9FA 5B2CA 1DGLA 4Z8BA 3A0NA 3PVNA 1UZZA 2DVDA 4FQ4A 1C4RA 5T54A 3AP4A 1B09A 2WT2A 5GJ6A 3GALA 5DG1A 6NN9A 5JOWA 4AVSA 2V73A 1N1YA 1G86A 1LOBA 5T5JA 1KJLA 4YGBA 1VCJA 3MW3A 2VK7A 1IKQA 3ZXFA 2LTNA 4MJVA 4MWRA 3GVJA 1SBFA 5SV8A 1NCCN 3T1LA 2D6PA 2YA4A 4HZVA 2A75A 3A4UA 2F12A 1YO8A 5L73A 1MS9A 1MS4A 2RKCA 1RITA 4WEGA 4Q8KA 2BZDA 2A6ZA 3WG3A 3D5OA 2CNAA 3WVJA 5DZEA 4KBBA 4HIZA 4BPZA 2Q5TA 2F25A 3A72A 1FNZA 4MWYA 4OZXA 5JOXA 3AZXA 1GZWB 2A7AA 4QN3A 4FOVA 4AGVA 1S0CA 1DLLA 1HKDA 1A3KA 2E51A 5T5OA 3W58A 3M3EA 1GICA 5GLZA 3B69A 4YG0A 3MW4A 5T5LA 1GSLA 2P3IA 5F9TA 3M2MA 1WLDA 1LOGA 2RHPA 1INWA 2DYCA 2R0FA 4H53A 1N1TA 1URXA 3AFKA 1FNYA 2YA5A 1KQRA 3AYAA 3H73A 4AGGA 1GNHA 2HT8A 1GYKA 5H9QA 2HTUA 2ZGUA 5GZGA 1VLNA 1MS3A 4GZPA 1LCLA 1Z4YA 2HTWA 4HZXA 4M3MA 2DTWA 3AP9A 3ZXEA 1BKZA 5H9SA 5T55A 2B7YA 2EXKA 3O0XA 1W6OA 2W5NA 2R16A 1MWEA 4QN4A 1KITA 1W21A 2EAKA 3OY8B 1JN2P 5FRAA 4LBJA 5E88A 1SBEA 4K1JA 1N1VA 1S0BA 4MYEA 3WUCA 3TI8A 3SH3A 4QNPA 1C57A 2JJ6A 3AZZA 1MZ5A 2R49A 1G9CA 3O0VA 2YA7A 3A0KA 4Q27A 1FV2A 4UW6A 1GNZA 1N1SA 4ISQA 4XIOA 2HYKA 2UWAA 3TB0A 4QN6A 3JUUA 1CVNA 4K3YA 1OKQA 1BJIA 2NM1A 4XMAA 1PZ8A 3W09A 4K1KA 5B2DA 4ATFA 1VAVA 2P37A 4XXAA 3WCSA 4B7QA 1LULA 1W6QB 3APBA 1AZDA 1GV9A 2BATA 4CPMA 3GVLA 1ENQA 2YDTA 3O5SA 4Y20B 3UJQA 1DIMA 3NV1A 1QMJA 2DU1A 1SO7A 2PELA 4NC5A 4AWDA 4UF7A 5DZFA 4YZ5A 4M3CF 1XOGA 2ZAAA 2VSMA 2WLQA 1Z4XA 2AGSA 2DWRA 3VKOA 1Z50A 4Y24A 3B00A 3MPPG 2F26A 1A4QA 1RIRA 3OJBA 2GDFA 2ZACA 3B01A 4XE9A 1WLWA 2R1BA 3PVOA 2ZHKA 1INYA 2D43A 1GKBA 3NV4A 2CTVA 2KM2A 3NSSA 2AREA 1LU2A 2ZMLA 3M3QA 4Y26A 1LGCA 1AX1A 2DV9A 3AJYA 4WVVA 3TIAA 1LHUA 3PMEA 2SBAA 2ZMKA 4GJTA 5EYYA 5CAZA 1GBGA 1A4GA 4P14A 3ZSMA 5T5PA 5HUKA 2P3JA 3T1MA 3U4XA 3BEQA 1Z4ZA 4NCSA 1S0EA 3NV2A 2NP0A 1KRIA 4XXPA 4MWVA 3UK9A 5CA6A 1IVCA 1FV3A 1X50A 1ONAA 2GMEA 1VCUA 1YIFA 3AXDA 1ULEA 5M1ZA 4NN9A 2ZABA 3I8TA 4WA3A 1S0DA 5DUXA 4DS0A 1JYCA 2C4LA 4FPOB 4HANA 2QWHA 1SNTA 2ZA9A 3AZWA 1ULDA 3Q9OA 2BQPA 2A3XA 4XHXA 1DQ1A 1IS3A 1MVEA 4UW4A 3AYCA 2UWCA 2DVAA 3WDUA 1RINA 4XJ9A 2R0HA 3FLTA 2SIMA 1NMBN 4Q8LA 3ALWA 1AXKA 3M3OA 3WLUA 2VWDA 1N3PA 1NCDN 1JBCA 2CY6A 5KXEA 5T50A 1DQ0A 3M1HA 1G9AA 5JDBA 5E8AA 3V0AB 1BYHA 1C1LA 3TAYA 2E7TA 4B7JA 4FPHA 1XQNA 5EYXA 5DUUA 1USXA 3FLRA 1AXZA 5HX0A 2W5OA 1WW5A 2YA8A 3POWA 2EXJA 1LOFA 2VSKA 2B8HA 4Q26A 1V0EA 2ZB5A 1QNYA 5DXDA 4XMIA 3O9KA 4CRQA 2YXSA 1LHOA 4WZFA 2UU8A 3DUIA 1CQ9A 4LBQA 4M00A 4LBNA 3FBYA 2HT7A 2CMLA 4XIKA 3OBRA 5CB7A 2WT0A 1EURA 2ZGKA 2E6VA 3RQ0A 4KS5A 5FREA 3GVKA 3N7JA 2QWBA 5GALA 1B9SA 1W6PA 1FATA 3A71A 2VW1A 1VAMA 4GDIA 4XOGA 5H9PA 3V0BA 1EUUA 1ULGA 1V6NA 4D69A 4P9YA 4YW1A 5HUGA 4HZZA 5IK4A 2ZGOA 4H52A 1CIWA 3ZXKA 4DRVA 2E53A 1MVQA 4WEFA 2A3YA 2ZHLA 1SACA 4Y1VA 2HTVA 2VW2A 2QWKA 4MWQA 1J1TA 1QGLA 3V0BB 3O0WA 3IKWA 3USUA 3SANA 4YM1A 1A14N 2XG3A 1JXNA 2GNMA 4FP2A 1INHA 1MR5A 4XZPA 1LJ7A 1KDMA 2FHRA 4FVVA 1IVFA 3WDVA 4MWLA 3WDWA 3R4SA 2ZGPA 4I00A 1CPNA 1V3DA 1MS1A 5JOZA 4HZYA 1WW4A 1GZCA 3IN9A 3UJOA 1DQ4A 2ZB6A 1L7GA 2HTQA 1S0IA 4XBNA 1Z0HA 4XJAA 5JMCA 1BJQA 1NSBA 1V0FA 3QLQA 1WBLA 2F29A 2WQZC 1NCAN 4JF7A 1V3CA 2OVUA 2D3PA 1Q8PA 2EXHA 3WUDA 3QCWA 1E8VA 3AXEA 5IK8A 2PHXA 2ZKNA 2VXRA 1IS5A 4W65A 4XJZA 2ZGSA 4YG6A 3BTAA 4GALA 1E8UA 2JECA 4JC1A 1MACA 4FJ6A 4DRRA 4B7MA 1UMZA 1DYPA 1WUVA 2YDPA 1AVBA 1IKPA 1FAYA 4JCKA 4GWNA 3WG2A 2ZGRA 4GA9A 1IVBA 3VKFC 1INFA 4YG3A 1UX6A 1SLLA 4GKXA 4GKYA 3ZYRA 2HT5A 5AVAA 3H6JA 1Y7BA 4TYSA 2ENRA 3FFZA 3WDYA 3AP6A 1YYNA 2JD4A 2F28A 3HR9A 4GDJA 1Q8OA 4M4UA 2GNTA 1W6OB 2ARBA 5GZCA 3D11A 1WCQA 3WOGA 4YGEA 1V6MA 3K39A 3INAA 2F24A 1QU0A 1DBNA 1W0OA 1AJOA 1UZYA 4FPGA 3SITA 4BQ1A 3W59A 3LSEA 3BODA 2NN8A 3RG0A 5CBLA 2VK6A 5EWSA 4GXLA 4XDQA 2GALA 2VK5A 1H30A 2VUAA 1AJKA 1IS4A 2W39A 5F5QA 3C2UA 4YFWA 5H9RA 1VIWB 3OBTA 1DZQA 2YMZA 3NV3A 2QWCA 4FPKA 3TI4A 1H9WA 4LBLA 4L8QA 3SLIA 1QKQA 3SH5A 3N36A 2AUYA 3UL2A 1LENA 1GLHA 2X9MA 1W6NA 3H0OA 1FX5A 1V6JA 1Z4WA 3VV1A 1APNA 4DPNA 1F8DA 1JW6A 4FP3A 4DGRA 3IM0A 4MWWA 3I4IA 3IPVA 4C1XA 5IK5A 4R9BA 1S1AA 1UPSA 1SCSA 3R05A 2PHWA 5JLVA 3ZSKA 5HCBA 1DQ2A 4DFSA 5KXCA 3WDXA 7NN9A 2NYYA 4WVWA 3ILRA 1LU1A 4PF5A 4YM0A 1BXHA 2XZKA 4CPLA 3ZXJA 2D44A 3SNMA 2F0ZA 1S0GA 3WG1A 4H55A 2GN3A 2UURA 2DUQA 3IPVB 4NOTA 1NNBA 1WCSA 2SILA 3RSJA 3NN9A 1F5FA 1SBDA 1HQWA 4XJQA 5GLWA 2HTRA 4GZTA 2DVFA 1L7HA 4GZOA 1L7FA 2AYHA 3ZXLA 1I1EA 1CN1A 1N3OA 2ZGMA 3WV6A 3SISA 3MW2A 3CNAA 1INGA 1LGBA 4LBOA 2A6VA 3O12A 4YM2A 1LEMA 1LODA 1DILA 4M3CA 1G9BA 2PHRA 1NNCA 2SLIA 3OYWA 4YGCA 4FPEA 3WCRA 1DYKA 1NXD1 2JE7A 3K36A 1MS0A 2ZGQA 4D8SA 4WA4A 2A3WA 5DZGA 4R9CA 4GZXA 1NMCA 4K20A 4R9DA 3D6EA 4BBWA 2C4AA 3ZVXA 4M3CB 1LESA 2BF6A 1Z4VA 1HQLA 4GEZA 4GWMA 1QOSA 1E8TA 2XZIA 4K1IA 4TZDA 3KM5A 4RL7A 4FVKA 2OUJA 1ULFA 3V65A 1YXWA 1NMAN 3GNEA 1A78A 1BQPA 2JE9A 1V3BA 2F13A 1Z78A 4K1YA 3WG4A 4U2AA 5GLTA 2D6NA 1QDOA 4FPCA 3DGTA 1LOAA 2D7FA 5HCFA 2GNBA 4F83A 1F8EA 3AZYA 2GN7A 1JUIA 2DURA 5HUMA 4ASMB 3ZSJA 2D6OX 2AH2A 5GZEA 1D0HA 1SCRA 4XYXA 3BIWE 4B7NA 4CTEA 4KS3A 1V3EA 3H72A 1IVEA 2A6XA 3NWKA 2OW4A 2WSUA 1FYUA 4YW4A 4AGRA 2JKBA 3VKMA 3M3CA 4J9TA 1GANA 5HUNA 2ARXA 3ZPYA 4AYUA 2YA6A 1LHWA 2JDZA 1XOEA 4AVTA 1S0JA 2CL2A 4SLIA 2GMMA 1SLCA 4MZAA 2DUOA 5DUWA 1UKGA 4IQPA 3TI5A 4BMEA 2D3RA 3JU4A 4FQZA 4MJUA 4XBQA 3CKZA 1DIWA 2A5ZA 1W6MA 3AYEA 3CL0A 2XB6C 4LBQB 4BM8A 3AX4A 5NN9A 4YGDA 4CPOA 3K38A 4P9WA 1KDKA 1R1ZA 4Q2FA 4QN7A 1INVA 2ZGTA 4ZXKA 1GZ9A 1I3HA 1MS5A 1WD3A 1H9PA 4MWJA 1SLAA 4GZQA 1SLBA 4P9XA 2VVZA 4CPYA 1Q8VA 1MS8A 3WHUA 4KS1A 5JOYA 1VALA 3ZSLA 1W6PB 2D6LX 1LEDA 3B9CA 3RMXA 1W6MB 4FOYA 4Q1RA 1V6OA 1JYIA 1TEIA 4Q1PA 2WJSA 3H71A 1DHKB 2ZMNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3R4UA 5KR7A 4GN8A 1E5IA 4P5YA 1UQXA 4L0PA 5A6YA 3HVDA 4KU7A 3K3NA 1KGYA 3B3QE 2BWAA 3PMSA 4K8FA 1JZ6A 4AH4A 2P6HA 1D2QA 5JVVA 3K37A 2QZ2A 4YW6A 1GZWA 1BVP1 4AVAA 2QWGA 3AP5A 1RUE2 5JXIA 2QZ3A 1INXA 1DQ6A 1NLSA 2VBBA 3SC7X 3PUAA 5FDBA 1NT0A 4NPMA 1SDWA 4WV8A 1U0AA 2A6WA 4CYDA 5FOJB 2W38A 4HXCA 4Y1UA 3C7FA 2QWFA 2ORXA 3CJIB 1QOTA 2X05A 4F7ZA 4BYYA 3TI3A 4CZSA 3LIHA 2WO3A 3BPSA 1YQ2A 1KS5A 4AHZA 3URFA 1B35C 2J1TA 5A33A 3ASIA 4KS4A 1ST8A 4XUQA 3SILA 5FZ1A 3PTRB 4GIQA 2ZGLA 3KGLA 1V2IA 1YHFA 4N7IA 4HHOA 2WNEA 2E31A 4JAAA 3SKVA 4K7JA 5GTQA 5F32A 4KMQA 5FZFA 4IE7A 3USUB 2VMFA 2WZEA 1PZ9A 4JRAA 4IUGA 1WD4A 2B9UA 1WWYA 2FMDA 1H1IA 1R64A 4IV3B 2ZBJA 5BNNC 1RUG3 1OLME 5LK5A 1H6YA 4OMCA 5J3UA 4AGTA 1C1FA 1CZVA 2O1QA 2L9LA 5JPMB 5E6HA 3HNYM 3MLLA 3GXUA 5EHDA 3WEZA 3ZM8A 5BY5A 1ZZ7A 2AEPA 1H4HA 2K2SA 4PBPA 5ANNA 2RV9A 2DVBA 2ZJCA 3B5LB 5C5UA 2XPJA 1KJRA 4YW5A 4RR3C 1JI6A 1QJX3 5GLVA 2OX0A 3MI8A 1V00A 4UW3A 1WA6X 1S2KA 3MF9A 2VMDA 4ZZ5A 5JZGB 3ZFEB 4AF9A 2J1RA 3K3AA 4FFIA 1ZNPA 4MC7A 2FZ1A 3HAGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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