4FP3A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(furan-2-ylmethyl)ammonio]sulfonate
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 185
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fp3A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fp3A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fp3A02
3W09A 4X49A 1AXYA 4D8SA 1Z4YA 1S0JA 2ZGQA 4LBQB 2F12A 3POWA 3WNXA 4XOGA 4XJZA 1DQ0A 1INFA 3OYWA 4Y22B 4OZXA 3KQRA 2I2SA 3WG2A 1NN2A 2UWAA 1GANA 3L2YA 2VSMA 3H73A 1E8VA 4KBBA 2XZKA 5KXDA 4MYEA 3OJBA 1V6KA 4GZOA 1NMCA 4NCSA 3FLPA 1OQ1A 2OUHA 2ENRA 3ATGA 2A71A 1MS3A 2GNTA 3HR9A 4UF7A 3B9CA 2DVAA 4Y1ZA 3DUIA 4AYUA 2V5YA 2CY6A 4H52A 1RITA 2P37A 2YDTA 3JUUA 4GDIA 1QKQA 3R05A 1HQWA 5GLVA 3VKFC 2C4LA 4B7QA 4Z8BA 2E51A 2DYCA 1CQ9A 4M01A 1V0ZA 2A75A 1ENRA 1J1TA 4UW5A 4XJWA 4R9AA 3AYCA 1C4RA 4JF7A 1Y7BA 2D6MA 2ZMKA 2DVBA 1QDCA 2BQPA 4WEFA 2XZIA 3WLUA 4Q6KA 1MS4A 1V6MA 3INBA 4YW2A 1V0FA 3O0WA 2AREA 3B01A 1MS8A 2PHWA 1LESA 1A4QA 1MZ6A 2D3SA 1MS5A 3SANA 4YM2A 2DVDA 4ZKTB 2SIMA 1INVA 4GZTA 1BJQA 1WLDA 4UW4A 1F5FA 4YZ4A 5IT6A 3Q9OA 5H9RA 3GVLA 4YW5A 4XTPA 4KS5A 1LJ7A 2QWFA 4GZQA 1ULGA 4FOWA 4CZSA 4LBMA 4PF5A 1CJPA 1DQ2A 1UZZA 3VKOA 4LBQA 5CAZA 1C1LA 3PJQA 2AEQA 1N1YA 2EXHA 5CA6A 5IK4A 4FJ6A 5T5OA 1L7GA 1L7HA 4Y22A 3SALA 3KM5A 1FV2A 4UW3A 3AK0A 2WJSA 1XQNA 2ZGMA 4BLIA 3DGTA 2VK6A 1CVNA 1A14N 2HYKA 3B7EA 4RA0A 2XG3A 2D6OX 4YGBA 2OW4A 5GZFA 1WUVA 5GZGA 2CL2A 4XILA 1G9FA 3R4UA 4XBLA 1PZ7A 5JOWA 1GYKA 1GLHA 2Z42A 4P9WA 1YYNA 2DTYA 3USUA 3ZXKA 1WW5A 2AGSA 4CPZA 3BEQA 4LBNA 4KS2A 3V0BA 1WCSA 3MEPA 4KS3A 3I4IA 1AX1A 1W6MB 3ZSJA 3TAYA 3WDXA 3FUOA 4IQPA 2D6KA 3ZSLA 1SCSA 1USRA 1FNZA 1IVEA 7NN9A 2X9MA 2JECA 1Z50A 4RL7A 4YG3A 1VLNA 2QWJA 1LU2A 3ZPYA 2NM1A 2TEPA 2HTQA 1S0IA 1V00A 1IOAA 5EXOA 1WBFA 1W8NA 2CWSA 2ZHMA 1LENA 1QNWA 4XJUA 4YGEA 3WHTA 3AYAA 1DQ6A 1LOGA 4PQ9A 4L8QA 1Q8SA 1WW6A 3WV6A 4MWQA 2QWKA 2YV8A 4DQAA 4B7RA 2ZAAA 2P2KA 1DQ5A 3NV1A 4FPEA 4ISQA 2ZGSA 3VKLA 4FPFA 1ULFA 1HLCA 4M4UA 1IVBA 4GDJA 4AWDA 3UJOA 4XZPA 3M1HA 3TB0A 2GMEA 4YW4A 1H30A 4X4AA 1WCQA 3TIAA 5FRAA 5JOYA 2QWCA 3CKZA 1IS3A 1EUTA 2HU0A 4M3CF 1RIRA 3QLQA 4CPYA 1D0HA 1UKGA 4XBNA 1H9PA 1ULEA 1DIMA 4GWMA 3WZ1A 3O0XA 1SLLA 3K3AA 1CONA 1W6PB 3OGGA 3ZYPA 2F27A 5HUGA 1MS1A 1V6IA 1G9DA 2A6YA 4B7MA 4CPNA 3AZYA 1LOBA 2R16A 3C2UA 2YY1A 3AJYA 2WNEA 3WHUA 4BLJA 4WA4A 1V3DA 4Q8LA 4XTMA 2NYYA 1UMZA 5GALA 2AENA 3D4KA 1F8CA 3H0OA 1YIFA 4KS4A 1W6MA 4M00A 4BOWA 3TI4A 4C1WA 4PBOA 1UL9A 5M1ZA 3WG3A 4ISRA 1F8EA 4YM1A 4MWVA 3BOPA 2GMPA 1ZM1A 1G9AA 1WD4A 2W5NA 1DYKA 3IMNA 4HZYA 1CESA 1GBGA 1WW4A 1VIWB 3D6EA 3O9JA 2VW0A 5DZEA 2VVZA 4CPMA 3NSSA 1YRZA 1B9SA 1VCUA 4MZAA 2QWHA 4YFWA 3RSJA 3GVJA 1FATA 1V6NA 1Q8VA 2JE7A 4GALA 2VK7A 4TYSA 1OFSA 1WD3A 3AZWA 4X47A 3WVJA 5H9QA 2VXRA 1APNA 3N3HA 1N3OA 4NN9A 4K3YA 5JOZA 3AP4A 4KS1A 2AR6A 4XJAA 1V3BA 1I3HA 1V6LA 3ZSMA 3ASIA 1W21A 1UAIA 1INWA 2AH2A 1Z0HA 3TI5A 5AVAA 2ZGKA 1DQ1A 1RINA 2D44A 2EAKA 3LSEA 4XJQA 3AP9A 2A6ZA 4YFZA 4Y26A 3JU4A 2P3KA 3B00A 5IK8A 2PELA 1AXZA 3FFZA 5JYYA 1WW7A 1QOTA 2YXSA 2VW1A 2R0FA 1SBEA 1SFYA 4GZXA 2F28A 3W59A 5DZGA 2QWEA 2PHTA 4GJTA 3V65A 1W1XA 3WOGA 1LHUA 5GZCA 2OUJA 1MS0A 2Q5TA 2ZGTA 1NMBN 2OVUA 2A3YA 2ZGOA 5CB7A 4FPKA 4M3CB 5LK5A 1LTEA 1Q8PA 1S0BA 1E8TA 5GZEA 3OPZA 5SV8A 2UWCA 3PVEA 1NMAN 5GLWA 2JDZA 5F5QA 3WUDA 1NCDN 1ULCA 4XJ8A 1LHWA 4YW1A 1W6QA 4P9YA 3N7MA 1N1TA 3N36A 2HT7A 1LGCA 4YW3A 1WLCA 1NCAN 4CPLA 2C5DA 1YO8A 2EIGA 3ZSKA 1KJLA 1NXD1 3OBRA 3AP6A 4MX0A 2BATA 2FMDA 4WA5A 1Z4WA 5DUVA 3TI8A 1LOAA 3WDYA 3H6JA 3ZXEA 3V0AB 3PMEA 3WDWA 2P3JA 3TI3A 4XHXA 2YDPA 4Q26A 3OBTA 2R49A 4FPHA 1DYPA 1W0OA 5T5PA 4AGRA 3OY8A 1L7FA 3HN1A 2ZHLA 4MZEA 4QN3A 2EXIA 2EXJA 2P34A 4XIOA 4LBQD 1NLSA 4Y20B 2XB6C 3M3OA 1LULA 1SBFA 2JJ6A 1IVDA 2R1DA 3CNAA 1BYHA 3NV4A 4GB1A 5HX0A 1Z78A 4HIZA 3VUOA 3K36A 4F83A 4P14A 1DILA 3AZZA 3WDUA 1W6NB 3RS6A 4DFSA 4BBWA 1ENQA 4XDQA 1QGLA 1W0PA 1AVBA 5GLTA 2GDFA 4QN7A 4FVVA 4GEZA 2VK5A 1LECA 2AUYA 4WV8A 3GVKA 1LOFC 2ZMNA 2DURA 1NNCA 1XOEA 1UN1A 3ILNA 3VKMA 3SNMA 2A70A 1V2IA 3I8TA 2QWAA 1USXA 4XMAA 2SILA 1Q56A 1GNHA 4Y1YA 2HT8A 3IPVB 4WEGA 3T1EA 3WCSA 4XMIA 3CL2A 2ERFA 4PBPA 1GV9A 5IK7A 4XXAA 4JCKA 1R1ZA 5HCBA 1A4GA 3TIBA 4I00A 1MWEA 2DV9A 3AJZA 3K37A 1N47A 3WG4A 5BYNA 1N3QA 3WG1A 2P3IA 4SLIA 1JYIA 4ITCA 1PZ8A 2GN3A 1IKPA 3D11A 2D3PA 2NMNA 2F11A 2B7YA 3NWKA 4C1XA 4DRVA 1FV3A 3JU9A 4CPOA 4FPOB 4XE9A 4LBKA 1V6OA 4R9BA 1BQPA 1AXKA 4XJRA 3AX4A 1G8WA 2FHRA 4D69A 1G7YA 1JW6A 3MW3A 1S0CA 1MS9A 3AYDA 4ATFA 3V0AA 1GZWB 4HZVA 2ZBJA 3A0KA 3AFKA 1DBNA 2E7QA 5E88A 3FBYA 3ZXFA 2YA4A 4WVWA 1DQ4A 2A5ZA 1B9VA 1KDMA 3NV2A 4Y20A 2RKCA 5B2DA 1UX6A 3B69A 3O0VA 1GNZA 5T5LA 5JMCA 4YZ1A 5FREA 1MVEA 1JBCA 1ZA4A 2HTRA 4FOQA 3N7LA 3M3CA 1WLWA 3NN9A 1F8BA 2DVFA 3ALXA 4AVVA 4GKYA 2DUPA 5KXCA 1HQLA 1NCCN 3RG0A 4HZWA 5HUMA 2ZKNA 5DUXA 2BZDA 3RRDA 4K1HA 1N3PA 4Y24A 1VAMA 2QWDA 5JLVA 1NNBA 4FQ4A 4FPYA 4NOTA 1MZ5A 4BQ1A 2VW2A 4GZSA 5HCAA 1DHKB 3SITA 4YGCA 5H9SA 5IUQA 3SH3A 4BM8A 1QOSA 3M2MA 4R9DA 3IPVA 1KITA 4HL0A 5NN9A 2DUOA 2VU9A 3T2TA 2YA7A 1CR7A 4U2AA 2HTVA 2DUQA 1O4ZA 2AEPA 5H9PA 5DUUA 1HKDA 3T1LA 2YMZA 1DIWA 1MACA 4MWUA 4FOYA 5T55A 3A4UA 5KXEA 5HUKA 1ONAA 4MC7A 2XZJA 4MWWA 5DUWA 3PVNA 2VH9A 2W39A 1ULDA 2ARBA 4XHBA 1LEDA 4Q8KA 2E53A 5T52A 2NZ9A 3D12A 5GJ6A 3LCPA 1Q8OA 2E7TA 5L73A 3W58A 2EXKA 2R0HA 4BPZA 2C9AA 2H0BA 2W20A 3K38A 2SLIA 1CPMA 1SLIA 2ZZJA 3UL2A 1DZQA 1LODA 1EPWA 2PHRA 2F29A 1AZDA 2W5OA 3WUCA 1W20A 2A6WA 1VAVA 2YZ4A 4DRRA 2YA6A 3O9KA 4XBQA 3MPPG 1IKQA 4FQZA 4QN5A 1GZ9A 3AP7A 4BMEA 4K21A 3UK9A 2LALA 2KM2A 1LHOA 4FP3A 4WZFA 3D5OA 6NN9A 1V3CA 2PHXA 5CBLA 4UW6A 1LOCA 1JHNA 2ZACA 5GLUA 4ZXKA 2YA8A 1Z4ZA 1A3KA 1GZCA 2A3XA 2DVGA 2D43A 4XJ9A 2W68A 3GALA 3RQ0A 1B9TA 1JOJA 2F26A 4YLZA 4YGDA 1W6PA 4QN4A 1F8DA 3B3QE 1F9KA 3GNEA 4FZHA 1LGNA 3A71A 2ZB5A 2HTYA 2E6VA 1SNTA 4FPCA 5T5JA 1JXNA 3IKWA 2F25A 1C57A 4DS0A 3CL0A 4GKXA 1CN1A 4MJVA 4HZZA 1AJKA 3H71A 1V3EA 1AF9A 3FLRA 1MR5A 1SLTA 4WVVA 2DWRA 1S1AA 3N7KA 3POYA 1JUIA 3USUB 1CPNA 4I30A 1LHVA 5GM0A 3V0BB 1W6OB 1NSDA 2B8HA 1QF3A 2ZHKA 2HTUA 3SILA 1C1FA 4YZ2A 4Y1XA 2WT1A 4NC5A 4JC1A 1SCRA 1IS4A 3U4XA 1WBLA 1KRIA 1QOOA 4H53A 1SO7A 4PCRA 4P9XA 3UJQA 2A3WA 4Q1RA 1LOFA 1V0EA 5T50A 2QWGA 4CTEA 1OKQA 3R4SA 2BF6A 5E8AA 1A78A 4Y1VA 4H55A 1X50A 4AVSA 2ZGNA 2CNAA 1SACA 2WSVA 4GZPA 3HMYA 5JVVA 1U0AA 1CIWA 5KXBA 3MW2A 2VUAA 4AVTA 4WA3A 2G4IA 5CNAA 1IS5A 2ZABA 4K1ZA 3V64A 2UU8A 2W38A 4TZDA 4AGVA 1VCJA 4MWLA 2F13A 3TI6A 1A8DA 4ATEA 2HU4A 1BJIA 2F24A 3AP5A 1Z4VA 1QNYA 3ZVXA 4W65A 3H72A 3BODA 4Q1PA 4GWNA 4GXLA 2D6NA 1QMJA 3IN9A 2GNDA 3LSDA 4LBJA 3NV3A 3BIWE 3SLIA 3T1MA 1DLLA 1URXA 2ARXA 1KJRA 4M4NA 4M3CE 3ZYRA 2D7FA 4Q2FA 4YM3A 2F0ZA 1UPSA 1XOGA 4X6KA 4K1KA 4M3MA 5EYXA 4M3CA 4FPGA 1JN2P 1S0EA 3BTAA 3A0NA 4K1YA 2ZB6A 1LEMA 3ZXLA 3MW4A 2YROA 1G9CA 2NMOA 1W6OA 2DU0A 3AZVA 1NCBN 3AXEA 4B7NA 2ES3A 5JDBA 1MVQA 3PVOA 2BERA 2WT0A 2EALA 1O4YA 3O12A 3VKNA 2V73A 2GNBA 3QCWA 4LBLA 2DU1A 1INYA 1NNAA 3K39A 4YZ5A 1TEIA 2JE9A 5F9TA 1KDKA 4LBOA 2PHUA 1SBDA 4MWYA 4K20A 2D6PA 4HZXA 4K1JA 1EUUA 5HCFA 4FOVA 4U36A 3VV1A 1BZWA 4XXPA 1QDOA 1B09A 3SISA 3M3QA 4MWXA 4FP2A 3AZXA 4B7JA 1BKZA 4YG0A 2ZGPA 2ZA9A 4CRQA 4J9TA 2W52A 4QNPA 1PZ9A 3POSA 1IS6A 1Q8QA 4MWJA 5B2CA 4YG6A 1INGA 1HDKA 4MJUA 5DXDA 2JD4A 2D6LX 1DGLA 2CYFA 2SBAA 1W6NA 1FYUA 2WT2A 3IM0A 4FVKA 1YXWA 5DZFA 1S0GA 5EYYA 1ENSA 2F10A 1AX0A 2A6XA 3ILFA 3AYEA 2A7AA 2ZHNA 1AX2A 1G86A 1LCLA 1SLAA 1KQRA 2ZGLA 1IVFA 1DFQA 2C4AA 1W8OA 4ASMB 2XCYA 1UZYA 2PHFA 4AGGA 3ZXJA 4Q27A 1F31A 2NN8A 3OYWB 1SLCA 2GN7A 2UWBA 5DG2A 2RHPA 5IK5A 2QWIA 1LU1A 4M4VA 4DGRA 1S0DA 1Z4XA 2WSUA 2EF6A 2W08A 2VY0A 2R1BA 2AYHA 2D3RA 3WCRA 1INXA 3ALWA 1LHNA 2GMMA 3WDTA 2CMLA 2NP0A 3WDVA 2ZGUA 2YA5A 1N1VA 5GLZA 3ENRA 4K1IA 1IVGA 3N35A 1V6JA 2CTVA 3FUQA 4GZWA 1FAYA 3CYEA 1JYCA 1SLBA 4JRAA 1YI7A 1VALA 4R9CA 3FLTA 2UURA 1G9BA 4FPLA 4QN6A 4Y1UA 1W6QB 2ZMLA 2HTWA 1EUSA 4FPJA 2LTNA 1GKBA 3AXDA 1GZWA 2CWMA 1N1SA 2GNMA 1QU0A 1GICA 2VSKA 4XYXA 1AJOA 3SH5A 1LOEA 1NSBA 4YZ3A 2QWBA 2DTWA 5E89A 5GZDA 4NO4A 4BMBA 2A6VA 2ZGRA 3INAA 5HUNA 4DPNA 4HANA 1GSLA 1EURA 2VWDA 3O5SA 4YM0A 4XIKA 5DG1A 3OY8B 1NSCA 5EWSA 3ILRA 5JOXA 1IVCA 1FX5A 3SH4A 3RMYA 2WLQA 1E8UA 4GA9A 3M3EA 1BXHA 1S0FA 2GALA 3TICA 3N7JA 1D2SA 3A72A 4MWRA 1I1EA 3APBA 2HT5A 1H9WA 2JKBA 5T54A 1FNYA 2WQZC 1INHA 2WKKA 1LGBA 3RMXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3W09A 4X49A 1AR63 4AZZA 1AXYA 4FTEA 4D8SA 1Z4YA 1S0JA 2ZGQA 4LBQB 5FPLA 1AR83 2E63A 3KQ4B 2RS11 1PM7A 2D5FA 2H0VA 2F12A 4D3WA 2HBTA 1PIV1 2YG0A 1W2OA 2J1UA 2ZX1A 2P3YA 2WNVB 3POWA 1H2LA 4XOGA 4XJZA 1DQ0A 1KD7A 5I8SA 1INFA 4LO7A 3UNPA 4A7KA 3OYWA 2B46X 4Y22B 5CKMA 5K7PA 5JPNB 4CDUC 4H7LA 3DKWA 4L99A 4OZXA 2Q0AA 3KQRA 2I2SA 1HJGA 1Q3EA 1XNKA 5FY0A 4W4ZA 2HWC3 4XABA 2J1SA 3VHOA 3WG2A 1NN2A 2G9GA 4JTOA 2ADDA 1SQ4A 4W6YA 3LKJA 3U14A 3P3PA 1RUD2 1QBIA 1LKNA 1H1MA 2UWAA 1OF3A 2C1FA 1GANA 1PK6A 3H73A 3L2YA 5BXXA 2VSMA 3WWAA 5I91A 5FZEA 1E8VA 3CIHA 4KBBA 1FMD3 1NYWA 3HAGA 3ZFGB 4CUCA 5DDJ3 5KXDA 4MYEA 2GVXA 2XZKA 1JOPA 3PU3A 3FW0A 1ND3B 2PLV3 3VD4A 3OJBA 5ANNA 2Z79A 2MHFA 4TXWA 1V6KA 4PQQA 4UBHA 4GZOA 1H8VA 1POV3 3NJYA 4DNYA 3T0BA 5FLHA 1NMCA 5E6HA 3I2FA 2IXCA 1X33A 4GZ9A 2RVAA 3MDPA 4D6QA 3THPA 4DUWA 1HRI1 4NCSA 1W8ZA 3FLPA 2B8MA 2ZKLA 1RGSA 5FZ1A 1OQ1A 2OUHA 4HLTA 1JZ2A 1ZI0A 3CEWA 1EV13 2ENRA 3OBAA 1CWPA 1ZBE2 3ATGA 4EROA 2A71A 1MS3A 5FNSA 1ZRIA 2GNTA 3HR9A 5D9DA 3JCIA 2I45A 4NWWA 4UF7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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