4FP3A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(furan-2-ylmethyl)ammonio]sulfonate
Total Genus 185

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 185
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fp3A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fp3A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fp3A02
5T55A 4DRRA 1BZWA 3SNMA 2A6VA 3K39A 4KS1A 3LCPA 4FVVA 1W8NA 4XTPA 4CPMA 3AK0A 3B01A 1URXA 4MWWA 1AXKA 1DHKB 1INXA 1WLWA 4XE9A 1IOAA 2ZGTA 4MYEA 4BMEA 1O4YA 2PHUA 4GKYA 4BLIA 4YGDA 1L7GA 2W5NA 5GLVA 2G4IA 2D3PA 3ZXLA 2ZHNA 3ASIA 2EIGA 3IPVA 1JOJA 4B7MA 1SLLA 2A70A 4M3MA 2EALA 4DFSA 4BPZA 1QU0A 2KM2A 2QWKA 2NP0A 1IS6A 2WKKA 2XZIA 1FATA 3TI3A 4MJUA 4HIZA 2YXSA 3FFZA 4GZPA 1GYKA 2HTYA 3B69A 1V3BA 1NCAN 2W52A 3R4UA 2QWFA 2WLQA 1HLCA 4XJ9A 4DS0A 1IVBA 2DUQA 1KITA 1W6QB 5L73A 2Z42A 2HU4A 4K1IA 3NV2A 1F9KA 3D4KA 3VKOA 1MS1A 3C2UA 3VUOA 5JLVA 2LALA 2ZZJA 3TI6A 3T1MA 4YM2A 2A6WA 5HUKA 5T5JA 2ZABA 4TYSA 3WCRA 3WDWA 3OYWA 5CA6A 2VK5A 1V6JA 2QWCA 2HT5A 1IVCA 3ENRA 1G9DA 2DUPA 2F0ZA 3RMXA 4H53A 1ULFA 1Q8OA 4MWLA 5T54A 4K1YA 2NMNA 4FOWA 4Y24A 5H9RA 1G7YA 3QCWA 5B2CA 1IS5A 1WLDA 4CPZA 2DU1A 1WCSA 1W8OA 1GZWB 3BODA 2UU8A 2F12A 4XZPA 4DQAA 1SACA 1NCDN 1ENSA 4LBQA 4M00A 2FHRA 3ZVXA 5IK4A 4M3CF 3V0BB 3ZYPA 3ILFA 4K1JA 3WDXA 6NN9A 4GALA 1Q8VA 4R9AA 3AZXA 1R1ZA 3A4UA 4XIKA 2D6LX 2W5OA 1BJIA 4Q8LA 4PBPA 1FAYA 2GN7A 4YLZA 1JUIA 4GZOA 1JN2P 3INBA 4M4VA 4Q6KA 2PELA 5HCAA 2BF6A 4J9TA 4FPEA 1MVQA 4AVSA 2UWCA 3ZSLA 2VWDA 3MPPG 1AXYA 4WA4A 4YZ3A 5DZGA 1EUTA 1DFQA 4HL0A 5H9PA 1IVFA 3WZ1A 1N1SA 1U0AA 1PZ8A 4BQ1A 3V0AA 3WDYA 2AEQA 5HUMA 3HMYA 2CNAA 4YZ4A 2DVDA 3AZVA 5DZEA 1WCQA 1V6KA 3MW3A 2HTRA 4XXAA 2QWAA 1LEDA 4K20A 4Y1VA 2UURA 1Y7BA 2ZBJA 2ARXA 4UW4A 5DUVA 1F8DA 3WG4A 1F8BA 1USRA 3APBA 2JDZA 1CESA 3ZSJA 3RRDA 1V3DA 4WA3A 2XZKA 4XJWA 4MWXA 4BLJA 3FBYA 1V3CA 3AZWA 3BIWE 1A3KA 3LSDA 1WW4A 1Z4XA 2HTWA 5KXEA 1F31A 2DVAA 1W6MA 2HU0A 5DZFA 1SBFA 1V0EA 1MR5A 2ZGMA 2WSVA 2ZHLA 3NV3A 3T1EA 4NC5A 4BOWA 1B9TA 1DBNA 4ISRA 4K21A 1Q8SA 4FPYA 4ITCA 3ILRA 5E88A 1B9VA 4K1ZA 2WQZC 1SCRA 3O5SA 2QWDA 2A7AA 3K37A 3O0VA 3PMEA 1GZ9A 4C1WA 3USUA 4U36A 1ULEA 4B7QA 2GALA 3B9CA 3BEQA 1YXWA 2XCYA 2R1BA 3DUIA 2EAKA 3N7JA 4WEGA 2D3SA 1VCJA 1VIWB 3TICA 4MC7A 1MWEA 1KJLA 1LOAA 1S0IA 2AYHA 2CWMA 1INHA 3W58A 2YV8A 4Q1PA 4IQPA 4P9YA 4L8QA 1NXD1 1L7FA 2VK7A 3ILNA 4QNPA 2D3RA 2VXRA 1UMZA 2WT0A 3B00A 4QN5A 1DZQA 2GMEA 4BM8A 4FP3A 1B9SA 1Z4WA 1FNYA 1LOFC 3SISA 1UPSA 1C1LA 3TIAA 4XBNA 3B7EA 2D6OX 1QF3A 1H30A 1ZM1A 4ATEA 3SILA 1A4GA 4LBOA 3GVKA 4XJRA 4XJ8A 1KDKA 2DVGA 1W6OB 4PCRA 4AGRA 5HX0A 4YG3A 3NV1A 5GLZA 5IK5A 1NSBA 1BYHA 3JU9A 3AZYA 1S0JA 1EUUA 2D44A 2OUHA 1V2IA 1LOEA 2YA5A 2D6MA 3SH5A 4XOGA 1NSCA 1N3QA 1HKDA 1INFA 1Q56A 1LODA 4I30A 3O9KA 2DTWA 2F25A 2R0FA 1W0OA 2JE9A 2YA8A 1AZDA 1SLIA 3CL0A 5T52A 3W59A 2HTUA 1Z0HA 7NN9A 4Y22B 1LU2A 3NSSA 4PF5A 2SILA 1QDCA 2SLIA 4M3CB 4YZ1A 2NN8A 4LBLA 1MS3A 1APNA 4BMBA 1QNYA 1UL9A 2E51A 2P3IA 2TEPA 3TI4A 1SBEA 2YA4A 2ZGQA 3ZSKA 4GEZA 5CAZA 4UW3A 3M3QA 2ZA9A 1Z4ZA 3GVJA 4LBJA 4MWRA 2ENRA 2ZMNA 2QWHA 5DUUA 2BATA 1Z4YA 1UKGA 1DIMA 1AJOA 1INVA 2H0BA 5DUXA 4MWYA 1OFSA 1V0ZA 1PZ9A 4XJZA 4HZWA 4Y20A 4K3YA 5JYYA 1DYKA 3WNXA 5H9SA 1DIWA 3M3CA 4FPJA 5IT6A 4YG6A 1LTEA 1BKZA 2EXIA 2P2KA 2ZGPA 3AYCA 3FLRA 3ATGA 4P9XA 1W20A 2PHWA 5B2DA 2D43A 3RG0A 1DQ2A 5JOWA 1ZA4A 3SITA 5DG1A 4JCKA 5H9QA 2CYFA 5T5PA 3RS6A 1G8WA 2ZGRA 4B7NA 2WJSA 3GALA 4FVKA 2RHPA 1ULGA 4MWUA 1E8TA 2VVZA 2RKCA 1GANA 2V5YA 1SFYA 3UK9A 1YIFA 1LENA 4CPYA 2GNDA 2BQPA 3ALWA 1NMAN 1JBCA 2VH9A 2P3KA 1W6PB 2F13A 2XB6C 2UWAA 1AXZA 3WDVA 2I2SA 3I4IA 1VAMA 1UZZA 2VSKA 4YGEA 4FPLA 4M3CE 2D6NA 4P14A 3O12A 2C4LA 2DWRA 3JUUA 1V6OA 2VW0A 2ERFA 1WW6A 2HT7A 4YGBA 3D6EA 1CQ9A 3DGTA 2EXHA 3WOGA 3NN9A 1FX5A 4AYUA 4QN4A 2DU0A 4DPNA 1G86A 4LBKA 1JHNA 1KQRA 1XOEA 3WG2A 1LHNA 3VV1A 4JRAA 1FNZA 4MX0A 3RQ0A 1MVEA 4U2AA 4FPHA 3WHTA 3WHUA 1WBLA 3K36A 1FYUA 4DGRA 4MWQA 3IPVB 2W08A 4PBOA 2R1DA 4MZEA 2GN3A 1NCBN 5EYYA 2DVFA 2HTVA 3AP4A 2P3JA 2X9MA 1UAIA 2F26A 1NNAA 2WNEA 1MS9A 1RINA 2C9AA 2AH2A 2OUJA 1CVNA 4FQ4A 1WW7A 2VU9A 3GNEA 3SLIA 3POSA 1LOCA 3K3AA 3AZZA 1AX2A 4JC1A 2R0HA 1J1TA 1KDMA 1QMJA 1ULCA 3OJBA 4KS5A 1Q8QA 2F10A 1ENQA 2ZKNA 3H72A 4H55A 5EYXA 2HYKA 3VKMA 5DG2A 4XYXA 1SLCA 2XG3A 4CPNA 3WDUA 4XBQA 3ZSMA 1AJKA 2F24A 4FZHA 1W6NA 2AENA 2JJ6A 1NN2A 4YM0A 3WUCA 1VALA 4Y1ZA 5GZFA 1W21A 1YYNA 4XJQA 2ZGLA 4YM3A 3OYWB 5T50A 1B09A 3WDTA 3AYDA 2JE7A 1F5FA 4GKXA 4MJVA 1NCCN 4YG0A 2SIMA 1S0DA 4ASMB 4Y1XA 5T5OA 1LEMA 3UL2A 5HUNA 1S0BA 1C57A 5CBLA 1DLLA 2AREA 1C1FA 1GSLA 4ATFA 1WD4A 4CZSA 4MZAA 2ZGSA 1YO8A 4FOQA 2ARBA 3M2MA 4LBQB 3W09A 2NYYA 5FRAA 2ZB6A 4XHXA 1AF9A 1GLHA 4AVVA 5LK5A 1JW6A 4CPOA 2WSUA 1INGA 2W20A 2B7YA 5HCFA 2E6VA 5BYNA 1CR7A 1IS3A 5T5LA 3H0OA 4C1XA 3O9JA 3AXDA 3ALXA 4CPLA 3O0WA 3BTAA 3ZXKA 3AJYA 1N1VA 3ZXFA 1SCSA 3A72A 3WLUA 3SH4A 1A78A 1GBGA 3TB0A 4BBWA 1Q8PA 1BXHA 4HZYA 4Q27A 3VKFC 4Y1YA 2JKBA 3TIBA 1SO7A 1LHOA 5EXOA 2ZGUA 4X6KA 3AP9A 2YDPA 1Z50A 1I3HA 2AGSA 4UW5A 3V0AB 3Q9OA 5CNAA 3POWA 3AYEA 5JOYA 5IUQA 2CL2A 1IVGA 5JOZA 1DILA 3FLPA 2R16A 3R05A 1A14N 1LGNA 3H71A 4KBBA 4WEFA 4YM1A 1CPNA 1KRIA 2A71A 2VW2A 4R9BA 3M3EA 1HQLA 1S0CA 5DXDA 3AXEA 1N1YA 2B8HA 3KQRA 4X47A 5JDBA 3UJOA 5GLUA 5EWSA 2GDFA 2QWBA 2YA6A 4NO4A 3OBTA 1W6QA 4Y1UA 2YZ4A 3AP6A 1AX0A 2D6KA 4GDJA 1N47A 5GJ6A 1D2SA 3T1LA 2ZAAA 2BZDA 4KS4A 2CY6A 4CRQA 1W6MB 1W0PA 1H9WA 3UJQA 2AUYA 2LTNA 4AWDA 1NSDA 1MZ5A 1XQNA 3PVEA 4YZ5A 2DTYA 5F5QA 3RMYA 5AVAA 1A8DA 4ISQA 1QDOA 2YA7A 3ZXJA 1NNCA 1UX6A 1VAVA 4QN6A 2W39A 4NCSA 3VKNA 3ZPYA 1MACA 3PVOA 1EUSA 5SV8A 5GZCA 3USUB 4NOTA 4K1KA 4M4UA 4GZQA 4YFWA 2DUOA 1CN1A 1NNBA 1BQPA 2ZMLA 4JF7A 1F8CA 2D7FA 2CMLA 5KXBA 2A75A 5KXCA 1DGLA 1LULA 3M1HA 1NMBN 2OVUA 3A71A 4ZKTB 1GZWA 1OKQA 2A6ZA 2YY1A 4FOYA 4FJ6A 1FV3A 2W38A 2A3YA 3N35A 1NLSA 4Q26A 3IM0A 1USXA 2HTQA 4XJUA 4FPKA 2FMDA 4D69A 4HZZA 1V6IA 1IS4A 1UN1A 4UW6A 1AVBA 3V0BA 1VCUA 2A6YA 4KS2A 3D5OA 1YRZA 1V6LA 1MS0A 1QOOA 2W68A 4FPOB 5E89A 2C5DA 5DUWA 1NMCA 1D0HA 1RITA 4WVVA 3POYA 3WG3A 4R9DA 2EF6A 1PZ7A 4WZFA 1OQ1A 1IKQA 4XXPA 4KS3A 2EXKA 1GNZA 1YI7A 3I8TA 3AJZA 5GALA 4AGVA 1V00A 3OBRA 2DV9A 2EXJA 5IK8A 5JOXA 1ENRA 1LHVA 3AFKA 3WV6A 3M3OA 3OY8A 5F9TA 4FP2A 3AX4A 3A0KA 1G9BA 4YZ2A 3NV4A 1LOGA 3T2TA 1N3PA 4W65A 1WLCA 2WT2A 4FQZA 1G9AA 1LU1A 1S1AA 4HZVA 4I00A 4GZTA 4XMAA 1S0FA 4GXLA 2UWBA 3GVLA 1DQ0A 2YROA 4Q2FA 3WG1A 2F28A 4B7RA 1DQ6A 2VK6A 5M1ZA 3H6JA 4HZXA 3V65A 4TZDA 3OPZA 4XIOA 1V0FA 3NWKA 5GLTA 2PHTA 2PHRA 2YDTA 3IMNA 3JU4A 4LBNA 3D12A 1QNWA 1QGLA 1G9CA 3BOPA 4YGCA 3MEPA 5HUGA 1LCLA 2QWEA 1CPMA 4WA5A 4M4NA 1EPWA 1DQ4A 4Y20B 1DQ5A 4YFZA 2ZB5A 4RA0A 4OZXA 3CYEA 2V73A 3TAYA 1RIRA 1GZCA 5GM0A 2QWIA 4MWJA 2XZJA 5E8AA 3WVJA 3TI8A 3MW2A 4XDQA 2C4AA 3HR9A 2AR6A 4Q1RA 1V6MA 2CWSA 1TEIA 1I1EA 4GZXA 2P34A 1CIWA 1X50A 3FUOA 3O0XA 4QN3A 2DYCA 2P37A 4GZWA 2A3XA 1S0EA 1O4ZA 5NN9A 1LECA 1EURA 1INYA 3SANA 5FREA 4AGGA 3FUQA 3N3HA 3D11A 1S0GA 1IKPA 1SLTA 1LJ7A 4XMIA 3V64A 4F83A 3WCSA 3FLTA 3OY8B 4YW3A 3IKWA 2NMOA 2ZGOA 1IVDA 5KXDA 1IVEA 1JXNA 1HQWA 1H9PA 1JYIA 2GMPA 2NZ9A 1W1XA 2GNMA 4XBLA 4GJTA 5IK7A 1Z4VA 2DVBA 1F8EA 2Q5TA 1W6OA 3N36A 1V6NA 5JMCA 1C4RA 1WW5A 1Z78A 2HT8A 3N7KA 3CKZA 4NN9A 2A3WA 1VLNA 1HDKA 4XJAA 2WT1A 2F27A 4YW4A 1GKBA 3A0NA 1UZYA 1E8VA 2E7QA 4GWMA 2ES3A 2ZHMA 3H73A 1SLBA 4YW1A 4CTEA 3TI5A 4LBQD 2VUAA 4FPGA 3CNAA 1E8UA 4SLIA 4XILA 3ZXEA 1DQ1A 2OW4A 4RL7A 1GNHA 4WV8A 1MZ6A 1KJRA 4YW5A 2DURA 2BERA 3SALA 4Y22A 4HANA 1GICA 2GNTA 1WD3A 1LOBA 2PHFA 4M3CA 3INAA 3LSEA 3PVNA 4FPFA 4QN7A 4X49A 2E7TA 5CB7A 4H52A 2ZMKA 1ULDA 3RSJA 5GZGA 3ZYRA 1N3OA 1MS8A 4P9WA 3AYAA 3PJQA 4FPCA 1JYCA 4GWNA 4DRVA 1CONA 4M01A 4GZSA 2A6XA 2E53A 1GV9A 2ZHKA 1LGBA 2GMMA 5HCBA 4K1HA 4MWVA 1QKQA 1QOTA 2A5ZA 1SNTA 3L2YA 2QWJA 2QWGA 1MS4A 2PHXA 4PQ9A 3K38A 5JVVA 4FOVA 3B3QE 3R4SA 1A4QA 1MS5A 1SBDA 3IN9A 1LOFA 3CL2A 2VY0A 5GZEA 3N7LA 1W6NB 2D6PA 3N7MA 1FV2A 4GB1A 3KM5A 1L7HA 3U4XA 1LHUA 1LGCA 4XTMA 3OGGA 5GZDA 2CTVA 2VW1A 3WUDA 3AP5A 4GDIA 3AP7A 4B7JA 1QOSA 2JD4A 2SBAA 2YMZA 1AX1A 2F11A 4D8SA 1SLAA 2VSMA 2JECA 1DYPA 4GA9A 3VKLA 4UF7A 2ZGKA 1V3EA 1CJPA 1N1TA 1W6PA 4Y26A 4Z8BA 4XHBA 1WUVA 5GLWA 1LESA 1BJQA 4ZXKA 3QLQA 1INWA 4X4AA 2R49A 4YW2A 4Q8KA 1ONAA 4R9CA 3HN1A 4WVWA 2GNBA 2NM1A 1WBFA 3SH3A 1XOGA 1G9FA 2ZACA 2F29A 1LHWA 4AVTA 2AEPA 2ZGNA 3MW4A 4LBMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PVBB 5F39A 2ATFA 2WFF1 5T55A 4A6OA 4FTSA 4DRRA 3RI8A 4H3WA 2WIIB 1BZWA 3OBAA 3Q8EA 1SPPA 3SNMA 2A6VA 1HX6A 4N7IA 4FCAA 5FP4A 1UIKA 1X82A 5FBZA 2Z2SB 5DQ0A 4KS1A 1OF3A 1W8NA 2XJQA 3LCPA 4FVVA 4XTPA 4CPMA 1VBD1 3GBFA 3AK0A 3B01A 1URXA 3OTFA 4JDMA 3WP3A 4S2HA 4MWWA 3KT4A 4AOCA 1AXKA 1ZZ9A 1DHKB 1D7PM 2VQUA 3SOVA 1BLZA 1INXA 2XLGA 2K2SA 3C7OA 2RS31 5FPUA 4DMIA 3DKQA 1WLWA 1X2RA 4XE9A 4D0QA 4CDXA 2ARAA 5FYSA 1H4HA 4YVSB 1IOAA 2C9KA 2ZGTA 4BHPA 3EJKA 1U12A 3ZN4A 4MYEA 4BMEA 1ZX5A 5FY1A 3ZYFA 4FI9A 1S18A 4AFCA 1O4YA 2ARCA 4IGOA 2PHUA 1IGOA 4GKYA 4RS5B 4CDXC 1JS9A 2WNVC 4DXTA 4BLIA 4YGDA 1L7GA 3I2GA 4BQ2A 3ELNA 2W5NA 5GLVA 1OLME 2YBSA 3WNNA 2G4IA 2D3PA 4XUTA 5FMBA 4GZ9A 4LXLA 5DAXA 3CL1A 3ZXLA 1AYM2 3VDBA 2WS92 2ZHNA 4HKLA 4BISA 4IFJA 3ASIA 2Y34A 5F5CA 4Q4X1 2EIGA 5C3SA 1GOGA 3IPVA 1JOJA 3KCCA 1JODA 3O14A 4GULA 4L0PA 5CKNA 4B7MA 5FLIA 1AR63 1RUJ2 3RWNA 1SLLA 1VBC1 2DCKA 4E4ZA 4W8JA 3AC0A 2A70A 4M3MA 2HWC1 2EALA 4DFSA 3AMNA 4W6XA 4BPZA 1QU0A 4MH0E 4LK6A 5C4WB 2LW8A 2KM2A 3VB9A 4EJRA 3HNYM 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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