4FPCA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(4-chlorobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 191

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 191
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpcA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpcA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpcA02
4CTEA 5HUKA 1G9BA 2C4AA 1WLCA 2EAKA 3NV1A 3WLUA 1Z4WA 3WG1A 2ZBJA 1NN2A 5GZGA 2DU1A 1Q56A 2D6LX 4K20A 5GM0A 2W5OA 3NWKA 3WCRA 1DQ4A 3IMNA 2VW2A 4BLJA 2AUYA 1HDKA 2RKCA 2WT2A 4CRQA 1LEDA 1SLBA 4Z8BA 4FOQA 3WOGA 5E89A 1Z78A 2D44A 1RINA 3ZSLA 2HTQA 4DPNA 4R9AA 1ENSA 2R0HA 1OKQA 3K3AA 2ZHMA 2XG3A 4M3CB 1CN1A 1AXKA 4YW4A 4KS5A 4FOVA 3AZVA 4P9YA 3CL2A 3SALA 1LGNA 3GVKA 3SLIA 2P3KA 2ZGPA 2ZMKA 1MS4A 2A70A 3WHUA 3IM0A 2AEQA 4XZPA 5JDBA 2F12A 2WSUA 3QLQA 2YZ4A 2DV9A 1AXYA 4YG3A 2OVUA 4FPCA 3ASIA 1QNWA 1AX2A 3GVLA 1HQLA 1ONAA 3PJQA 1DBNA 2ZGOA 3B3QE 5H9RA 1CR7A 1I1EA 1SLTA 2NP0A 4X6KA 1LOGA 1CIWA 5HCFA 2QWHA 3B69A 1SACA 4XXPA 2YDPA 4WA4A 4Y22B 1F31A 2GDFA 3N7LA 1INVA 2DUPA 4UW6A 1NCAN 2YA8A 4MWXA 4FQ4A 4YW3A 2WKKA 4YW5A 3OBRA 1S0JA 4FVKA 1YO8A 2WLQA 4YGBA 1VCUA 2D3SA 1LEMA 1G7YA 3TIAA 1W21A 3GVJA 4WEGA 2NZ9A 4MJVA 2E53A 5IK7A 1W8OA 1G9DA 3I8TA 1WBFA 4LBQA 1W6PB 1NNAA 1V6IA 1ULCA 2CY6A 5T5OA 3R4UA 4YW2A 1N3OA 1GNHA 4B7MA 3KQRA 3LSDA 5L73A 2GMPA 3AP7A 2A3WA 4TYSA 5T5PA 4QN5A 2QWEA 4XHBA 1DIWA 3OGGA 4GDIA 2P37A 3ZXFA 1IKPA 4NC5A 1W6NB 3O9KA 1FV3A 4AVSA 1S0IA 3WG3A 2CMLA 1GBGA 3WCSA 2ZKNA 4YFWA 4HZVA 4YGDA 2EXJA 1WCSA 1DLLA 4YFZA 2E51A 3BEQA 4XBLA 1YIFA 1IVBA 4XJ8A 5KXDA 3H71A 1B9SA 3ALWA 3M3EA 4XMAA 2R16A 2F11A 1AXZA 3CYEA 1LHWA 1E8VA 1KQRA 3VUOA 4BMBA 3VKNA 2Z42A 2ZAAA 3K36A 2HT5A 1ZA4A 1N1VA 1DILA 4QN7A 1BJIA 2DVGA 1MS1A 3TICA 2HTVA 4MWWA 2F13A 1N47A 1NSBA 4B7RA 1S1AA 3AK0A 1DQ1A 2YV8A 4MWUA 4Q27A 1XOEA 2DUQA 4H55A 5DUXA 3WZ1A 2VWDA 4BM8A 2AEPA 4GZTA 4AWDA 2LTNA 3U4XA 4FPOB 2H0BA 2YA4A 3SANA 1LU1A 1X50A 4DRVA 4GJTA 1NCCN 1LOCA 1A4GA 3ZYRA 2X9MA 1CJPA 1CVNA 2DTYA 1E8TA 4YW1A 1GANA 5GZCA 4CPLA 5H9QA 2D6MA 4HZXA 1LGCA 3ILNA 3K38A 1KDMA 1V6KA 1A4QA 5KXBA 3VKFC 4KS1A 2P2KA 1V0FA 4XJUA 4GZSA 2W38A 4GZWA 2SLIA 2EXHA 1S0GA 2E7QA 1DHKB 1LU2A 1DYKA 2GN3A 4FPJA 4XJRA 5GZFA 3PVEA 1LHVA 2ZGSA 4RL7A 2CWSA 1SFYA 2SIMA 3JUUA 1H30A 1WBLA 2D6PA 5IT6A 3AP9A 3B00A 2VXRA 4X49A 4TZDA 3ZXKA 5E88A 2F29A 1QDCA 1LULA 2D3PA 2BATA 2YA7A 3INAA 3ZSMA 1WW7A 4LBOA 3TI5A 3ZSKA 5JOZA 3JU4A 2VW1A 1W6QB 4Q1PA 1SLAA 1TEIA 1V0EA 2D7FA 5FREA 1INWA 3WUDA 1SBFA 3POSA 1KDKA 4Y26A 1S0FA 5JMCA 4M3MA 4CPZA 4M01A 1GZWA 4GKYA 1HQWA 1W1XA 5EWSA 3SH5A 1WCQA 4GZOA 1BYHA 2C9AA 1O4YA 4DQAA 3ZXEA 2ZB6A 3TIBA 1QOOA 1D2SA 4UW5A 4YZ4A 1MS8A 2QWIA 4RA0A 4XHXA 1QU0A 1JW6A 1EPWA 1MACA 1FAYA 2F10A 4R9CA 3MEPA 2VU9A 1Q8QA 3V65A 1A8DA 3FLRA 1LOAA 7NN9A 4X4AA 2ZHKA 5DZGA 2A7AA 4LBQB 3AXDA 4D69A 1QNYA 4M00A 2R1BA 3IKWA 1BQPA 4GZXA 2D6OX 4XTMA 1NCBN 1FYUA 1G9CA 3AZZA 3AJZA 4WVVA 1YRZA 2I2SA 1AF9A 2NYYA 1DIMA 1Y7BA 4Q8KA 4M4UA 2YROA 1UZYA 4FPYA 5GZEA 1QGLA 2D6NA 5JOWA 4QN3A 4UW4A 5CNAA 3BODA 2HT8A 2DUOA 2PHTA 1CQ9A 3VKOA 2GALA 2QWBA 3SNMA 4K1JA 2ZMNA 5T50A 1CPMA 4AYUA 3OJBA 1KITA 1W0OA 2YDTA 1Q8VA 3WDXA 3WVJA 2XCYA 2W20A 1L7GA 2VUAA 2AH2A 3D5OA 1JYIA 4MZEA 4XIKA 5E8AA 2P34A 2FHRA 3FUOA 3D4KA 4GWMA 4ATFA 1NMCA 1JN2P 2UURA 2HU0A 3HN1A 2JKBA 4BLIA 5T54A 1SLCA 5GLZA 2R1DA 2AYHA 3ZXLA 1LGBA 5T52A 1W6MB 2OW4A 4DFSA 3D11A 2EXKA 3TI6A 5HCAA 1MS0A 5DG2A 1G9FA 1HLCA 4C1XA 2YMZA 2QWKA 1AZDA 4FPGA 2ERFA 3UJQA 2WJSA 1CONA 3SH3A 3UK9A 4XYXA 2B8HA 4M3CE 5IUQA 4XOGA 2GNBA 1RIRA 1IS6A 2ZACA 3M3CA 1WW5A 2F25A 4AGRA 3AZYA 1INHA 4XE9A 3NN9A 4FPLA 5HUGA 2W5NA 1MWEA 4MWJA 1W6QA 1V6OA 4FOWA 1PZ9A 1GLHA 1E8UA 2QWFA 3TI4A 1AX1A 4PF5A 4B7JA 1UKGA 5GZDA 2GNMA 3FBYA 1Q8SA 2A6WA 1Z4YA 4Q8LA 1NXD1 4GA9A 4CPOA 4FPHA 2KM2A 5HUNA 2A6VA 1F9KA 3CL0A 5HUMA 3VV1A 4Q1RA 3OYWB 1V6LA 3GALA 2A5ZA 2YXSA 2NN8A 2DVDA 4MWRA 3POWA 1JXNA 5DXDA 5BYNA 4H52A 4W65A 1FATA 1L7HA 5KXCA 3D12A 2SBAA 3L2YA 3WG2A 4U2AA 1WW6A 1OFSA 2V5YA 3VKLA 4Y1VA 1LJ7A 3RSJA 1JBCA 1SLIA 3WHTA 4GZPA 1GZWB 1IS3A 3NV2A 1LESA 4YZ3A 4XDQA 4AGVA 4OZXA 4MZAA 2VSKA 1INXA 2AREA 1UZZA 3NV4A 4PQ9A 1JYCA 2WQZC 4H53A 1QF3A 1FX5A 4ATEA 1V3BA 3RMXA 2JDZA 1G8WA 5M1ZA 1YI7A 4ZXKA 4GEZA 4GXLA 3RS6A 2UWAA 1INGA 4BPZA 2BF6A 1S0DA 5NN9A 2DYCA 1IVEA 4FOYA 2ZABA 2XZIA 1PZ8A 2W68A 1Z0HA 5H9SA 3W09A 4NOTA 1W6MA 3C2UA 4JCKA 2EF6A 2WNEA 1SCSA 5KXEA 3BOPA 3W59A 3RQ0A 1FNYA 1W6OB 1USXA 3VKMA 1AJKA 1LTEA 5B2CA 5F9TA 4QNPA 4F83A 3AYAA 1GYKA 4XMIA 3Q9OA 2D3RA 3V0BA 4Y1ZA 1G86A 1BJQA 2CTVA 5HCBA 2Q5TA 3ZVXA 3LCPA 4LBKA 2YA5A 1B09A 2DTWA 2PHUA 3MPPG 1EUUA 3UL2A 1V3DA 4XJQA 1U0AA 1MS9A 4YGCA 3POYA 3WDUA 3ZYPA 1BZWA 5F5QA 5T5LA 4ISRA 3RRDA 4MWVA 1O4ZA 3O5SA 1N1SA 1V3CA 2CNAA 4R9DA 4YM3A 5HX0A 2WT0A 2WSVA 3R4SA 2HTUA 1IVFA 5JOYA 4K1ZA 3WV6A 2C4LA 1AJOA 1C4RA 3W58A 1APNA 2OUJA 2D6KA 4WV8A 1GNZA 2VW0A 2ARBA 4NN9A 3OYWA 5SV8A 1NNBA 4FPKA 4XTPA 4NCSA 2ZA9A 3SILA 1WW4A 1URXA 2XZKA 4C1WA 4XBNA 5GJ6A 3WDTA 5JVVA 2AGSA 3D6EA 1B9TA 1ULFA 2GNDA 1LOFC 3MW3A 5DUVA 3DGTA 1JHNA 2PHWA 3ENRA 4AVTA 1CESA 3PVNA 3LSEA 4I30A 3TAYA 4QN4A 1RITA 4MC7A 3A4UA 1LOBA 1F8EA 3IPVA 2JE7A 1LHNA 3M2MA 3R05A 4I00A 1VLNA 2E6VA 2JJ6A 5FRAA 3O12A 4FP2A 1MZ6A 1CPNA 2OUHA 2F28A 4XBQA 3DUIA 1UPSA 2PHFA 3AJYA 4K1HA 4FZHA 3AYEA 2XZJA 1LHUA 1INYA 1N3QA 1V6MA 1YYNA 4ISQA 3WG4A 5H9PA 1IOAA 3AXEA 1A3KA 1QOTA 3PVOA 1GSLA 4HANA 4HZWA 3TB0A 5EXOA 4YZ1A 5DUWA 2GMEA 3GNEA 4IQPA 1A78A 3WDYA 3V0AA 3WUCA 1IKQA 4YM2A 1LENA 4Y1XA 1R1ZA 1D0HA 3AZWA 3BIWE 2JECA 1DGLA 4HZYA 4HL0A 1C1FA 3APBA 1AVBA 1VAVA 1W20A 2VVZA 4M4NA 1F8BA 5DZFA 1W6OA 4K3YA 1WUVA 4X47A 1VIWB 2VK6A 4P9WA 1N3PA 4YG6A 2A75A 3ALXA 2GMMA 1S0CA 3M1HA 1PZ7A 4Q26A 5B2DA 2B7YA 1NCDN 5T55A 1F8CA 3AYCA 2LALA 2ZGRA 3NSSA 4YM1A 1DQ0A 3T2TA 1NNCA 2HTRA 3H73A 3AP6A 1OQ1A 2ENRA 1EURA 1H9WA 1C1LA 4K1YA 2QWCA 2P3JA 4WVWA 1EUSA 1WD4A 4FP3A 3O0VA 1Z4ZA 2V73A 3PMEA 1MVEA 4PCRA 4WA3A 1GKBA 1YXWA 1ENRA 4YZ5A 2WT1A 2NMOA 1W0PA 2R0FA 2HYKA 2HT7A 4JRAA 4P9XA 2F27A 4AVVA 3SH4A 4XILA 4XJZA 1VCJA 2R49A 2GN7A 3V0BB 3MW2A 2HU4A 2A6YA 3V64A 2ZGLA 2VK5A 4YM0A 1FV2A 4LBJA 1IVDA 1S0BA 3OBTA 1USRA 1V00A 2GNTA 1XOGA 2A6XA 1H9PA 4LBQD 4GALA 1NMAN 5GLVA 4FQZA 1F8DA 3HR9A 5IK4A 3OY8A 1V6JA 2AR6A 1W8NA 3B7EA 4XJWA 1IS4A 4JF7A 3CKZA 2ZZJA 4BMEA 4WZFA 3N7MA 1LCLA 4Y1UA 2EXIA 4K1IA 2A6ZA 1SO7A 4Y20B 2DU0A 5T5JA 3FLPA 1KJLA 2VH9A 4FPEA 2UWBA 1WD3A 1IVGA 3RG0A 2ZHNA 2QWDA 2CL2A 1UL9A 2QWAA 1GZ9A 2AENA 1L7FA 4R9BA 4YLZA 2HTWA 2F24A 1UX6A 1LHOA 1BKZA 4D8SA 2G4IA 4Y24A 3H6JA 4BBWA 1N1YA 3A0KA 3H0OA 4AGGA 1C57A 2VK7A 1DZQA 4K21A 3A72A 2UWCA 4GB1A 1NLSA 2ZGQA 1A14N 3IPVB 1V3EA 3JU9A 2HTYA 4GKXA 3B01A 4KS4A 4PBOA 4XJ9A 5IK8A 1Q8OA 1JUIA 2E7TA 1Z50A 3K37A 4DS0A 1V6NA 1QOSA 2JD4A 2VY0A 3B9CA 1SCRA 3IN9A 3ZSJA 4PBPA 1LOFA 4YGEA 3ZXJA 4ITCA 1WLWA 1ENQA 3RMYA 3O0XA 2YY1A 3USUA 4CPMA 3QCWA 5CAZA 2NM1A 2EALA 3AYDA 2ZHLA 4GWNA 3SITA 3WDVA 5IK5A 2RHPA 5GLUA 4XJAA 4MJUA 5JLVA 4BOWA 4NO4A 4B7NA 3I4IA 3T1MA 5GLTA 3N36A 3V0AB 1SLLA 1WLDA 3FLTA 4U36A 2ARXA 3ATGA 4UW3A 1B9VA 5CBLA 2ZB5A 4UF7A 3M3OA 5AVAA 4MWYA 1LOEA 2A3YA 4CPYA 4K1KA 3FUQA 4BQ1A 4L8QA 3BTAA 2DWRA 5JYYA 3T1LA 2PHXA 2QWGA 1MS3A 5GALA 4M3CA 2EIGA 4HZZA 4CZSA 1UAIA 2JE9A 2ZGNA 4GDJA 2ZGTA 4JC1A 3T1EA 5JOXA 3M3QA 2XB6C 3AX4A 3N3HA 4XXAA 4MWLA 4LBLA 2ZGUA 4M3CF 1DFQA 1VAMA 1MZ5A 1LECA 1NSCA 4FVVA 1QMJA 1MVQA 1DQ5A 1GZCA 2P3IA 3O0WA 1VALA 1HKDA 1BXHA 4LBNA 2YA6A 3MW4A 1UN1A 5DG1A 1DYPA 1F5FA 5LK5A 4WEFA 4YG0A 1J1TA 3N7JA 4ASMB 3WNXA 4Y20A 6NN9A 1N1TA 4KS2A 5DUUA 2CYFA 2UU8A 1SBDA 4WA5A 4Y22A 2C5DA 3WDWA 4MWQA 2DVBA 3HMYA 2W52A 1V0ZA 1LODA 4Q6KA 1AX0A 4DGRA 1KRIA 2NMNA 3OPZA 4FJ6A 1IS5A 1SBEA 2DVFA 4P14A 3TI8A 4SLIA 3A71A 3TI3A 3AZXA 3OY8B 3N7KA 3NV3A 3ILFA 2CWMA 5CB7A 1W6PA 2PELA 1FNZA 4YZ2A 1I3HA 4QN6A 5EYXA 2A3XA 1ULGA 2DURA 1Q8PA 1QDOA 3N35A 3H72A 1V2IA 4LBMA 3A0NA 2FMDA 1W6NA 1Z4VA 1DQ2A 2ZGMA 4Q2FA 4DRRA 1S0EA 4M4VA 2VSMA 1INFA 2TEPA 4J9TA 4HIZA 1NSDA 4KBBA 2D43A 2A71A 2QWJA 3K39A 1QKQA 3ZPYA 2BZDA 4ZKTB 4Y1YA 4KS3A 2ZMLA 4B7QA 3UJOA 3KM5A 2ZGKA 4CPNA 1IVCA 1UMZA 3INBA 1KJRA 1MS5A 1ZM1A 1Z4XA 3FFZA 3AFKA 2BQPA 3AP4A 3AP5A 4GZQA 1NMBN 5CA6A 1GICA 1ULDA 3CNAA 4FPFA 2F0ZA 1GV9A 1MR5A 5GLWA 2DVAA 2W39A 1ULEA 2BERA 1EUTA 2PHRA 2ES3A 2F26A 1XQNA 1SNTA 1DQ6A 3ILRA 4XIOA 2W08A 2SILA 4MYEA 5EYYA 3O9JA 1G9AA 3USUB 1JOJA 5DZEA 3SISA 4MX0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B9VA 1REFA 3POGA 2MEV1 1X2JA 4JTNA 1CX4A 3QH7A 4I0AA 4CTEA 3I97A 4KU8A 3HNBM 3P5BA 5FY8A 3WP3A 4FAGA 2WNUA 1LR5A 1ACCA 5HUKA 2WFF1 4CDQC 1G9BA 2C4AA 5F3EA 3QOPA 5A1AA 2FD8A 1WLCA 4IE6A 2XLAA 3IT8A 3WNKA 4BIFA 4B7EA 3H1WA 1OHFA 1OUXA 2PFWA 3S0MA 3BKZA 2EAKA 3JD73 1NUKA 3RWKX 4C1YB 1EP0A 3IDBB 3NV1A 2RR13 1C8NA 3WLUA 4MXWA 5A6YA 4L7CA 1K5JA 1Z4WA 3WG1A 3NNMA 5A3NA 3O1MA 5HI0A 2Q1FA 5LATA 2Y6HA 2ZBJA 5K0UA 3ZFGA 3K2OA 4EN8B 3RZGA 1NN2A 5GZGA 2DU1A 2XPJA 2VOTA 1Q56A 3POFA 4ARYA 2Y6LA 3A22A 3C7GA 3LQCA 1RUI1 2D6LX 3OUHA 4GWJA 3NWKA 4K20A 4RS5B 3POJA 5GM0A 3WCRA 2W5OA 2Y64A 4O5SA 2GC2A 1DQ4A 3IMNA 3MLJA 1QJX2 1TQ5A 2VW2A 4IEZA 4S2FA 4QB1A 4BLJA 5FZ9A 1C28A 2CAUA 1PMHX 1RUD2 2AUYA 1HDKA 3LA3A 1YHFA 5FZ3A 5I0SA 2QDRA 4MSVA 2XQRA 4OMCA 3HQXA 2RKCA 2WT2A 3U4SA 1LEDA 2XHNA 3E5QA 3ZN6B 4A7YA 1SLBA 4CRQA 4EN9B 5BNQA 5KWRA 5FAXA 4Z8BA 4FOQA 3VDDC 3WOGA 3NRUA 5CKMA 3BUCA 3S57A 4MZUA 1Z78A 2J7MA 1PMJX 2D44A 2WN3A 1NCRC 1RINA 3ITQA 5E89A 4B3NA 1EAH3 1W04A 3ZSLA 5BNPC 4JZRA 2HWE3 3TBDA 3ZLIA 1JZ3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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