4FPCA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(4-chlorobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 191
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 191
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpcA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpcA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpcA02
4YZ3A 2ZMLA 2XCYA 4WA3A 2D6OX 1QDCA 4HZWA 4GDIA 1JXNA 1O4YA 4WEGA 5JOXA 1SNTA 4ATEA 4KS3A 5T54A 1LESA 4CRQA 1KJLA 3WG3A 4YFWA 2XB6C 3AP4A 2V73A 2WNEA 4Q2FA 4X49A 4NOTA 4UF7A 1Z4WA 3POYA 3SISA 1G86A 4Y22B 2VK6A 4XJ8A 4YGCA 2AEPA 1CESA 4Q6KA 2C5DA 1NSBA 1AF9A 1F8CA 1XQNA 2AREA 4BM8A 3SNMA 2YZ4A 3N35A 1SLBA 5IK7A 1EUUA 1GZWA 4YW3A 1DILA 3JU9A 3UJQA 3AZWA 1AZDA 1BQPA 4J9TA 3HN1A 3A4UA 2C4AA 1QMJA 4GKYA 4Q8LA 1JOJA 3CYEA 3ZXLA 1LHOA 4D69A 2DWRA 1VLNA 5H9PA 1GICA 3AP9A 1S0DA 1KITA 2W39A 4Q26A 1SBEA 1Q56A 2JE9A 1INVA 4GALA 3RS6A 4H55A 3ZXFA 2D6NA 1V3CA 1N3QA 1FV2A 4XZPA 1N47A 2W38A 4YZ5A 2YMZA 1Q8OA 1WW7A 3R4UA 4XJUA 4K3YA 3VKFC 3K37A 4DRRA 1DIWA 3RMYA 4C1XA 4P14A 1APNA 3M3EA 2W5OA 2QWKA 1V6LA 2ZGOA 2ZBJA 2ZABA 4MWRA 1G7YA 1INYA 3CKZA 4XHBA 1MS4A 2DURA 1L7FA 2GMPA 3AXDA 1W6PB 3IMNA 1LHUA 2PHFA 2NMOA 1G9BA 1KDMA 2R1DA 3PMEA 1QOTA 1NMAN 1V3BA 3HR9A 3LCPA 4K1HA 1GSLA 1PZ9A 2ZB5A 1QOSA 4K1YA 2YY1A 5GLZA 2FHRA 1E8TA 3SITA 1DBNA 1DQ2A 1KRIA 1IVGA 5H9RA 2VK5A 4D8SA 1GV9A 3PJQA 2DVAA 3T1MA 4I00A 1E8UA 4NN9A 2DYCA 5HUNA 3D12A 3TI6A 1SO7A 5KXEA 4DFSA 4ZKTB 1OQ1A 1SCSA 2C9AA 3KM5A 3PVNA 3WCRA 5B2CA 1JBCA 1YIFA 1LOCA 1CPMA 1CQ9A 4CPLA 4GWNA 5DUXA 2F0ZA 3M3QA 2BQPA 3B69A 1DZQA 2QWIA 4ZXKA 4HZZA 1YO8A 3B7EA 3ZSLA 1OFSA 1UPSA 4XJQA 4AVVA 4NC5A 1X50A 1D2SA 3MW3A 2PELA 3AYDA 1LOBA 4XXPA 3W09A 2FMDA 3ENRA 4YZ1A 1UN1A 3SH4A 3M1HA 2YV8A 4YFZA 1AXZA 1IS4A 4FVKA 3B00A 2HU4A 4P9YA 2NZ9A 3AYCA 2A6WA 1LOAA 3VKLA 4MC7A 4FPFA 1URXA 4LBKA 3VV1A 1INGA 5HUMA 1DQ6A 1S1AA 1B9VA 5DUWA 2DUPA 4RL7A 2VUAA 3FLTA 1Z78A 4M00A 2ZZJA 4H53A 5FREA 2W52A 4MYEA 2V5YA 4MWQA 3D5OA 5E88A 2SILA 5FRAA 2ZGSA 4QN6A 2VK7A 4YGEA 1C4RA 4CPMA 4DRVA 1W6NB 3ALXA 4YW1A 3ZPYA 2YROA 4CPZA 4SLIA 2DVFA 2AYHA 3FLRA 4GZPA 1J1TA 3AJZA 2EIGA 2BATA 4BBWA 1YYNA 1AXYA 2OUHA 3I8TA 4MWUA 2D3PA 4NO4A 4DQAA 3SH5A 3CL2A 2DTWA 4BPZA 4M4NA 4DS0A 2GNTA 2XZKA 4H52A 4CTEA 1MVQA 1TEIA 4FPYA 1WD3A 3WDWA 5JOZA 2JECA 1GNZA 1AXKA 1V6NA 1QGLA 3SILA 3V0BB 4XDQA 1F5FA 4I30A 3AP7A 1V6KA 3K39A 2RHPA 3POWA 4UW4A 1IVDA 1V0EA 3JUUA 1EURA 2P3JA 4Y24A 2A3YA 3T2TA 4B7RA 2VU9A 3USUA 1ENSA 2PHXA 5B2DA 3D11A 4KS4A 2YA5A 2P37A 1W20A 5EYXA 5T5JA 4YM3A 1N1SA 1DHKB 3WUCA 3WDYA 1BZWA 5DZEA 3ATGA 1IS6A 3H0OA 2BERA 3W58A 1AVBA 1W6NA 4HZVA 1LU2A 5HUGA 4YM0A 1HKDA 3TIBA 1MS0A 3K36A 2RKCA 1QOOA 5JDBA 2E7TA 6NN9A 4JC1A 5KXBA 4QN4A 4FQZA 1NCCN 3UL2A 4Q27A 4Y20B 5JYYA 2ZACA 1LEMA 1JYCA 2VWDA 2F13A 2CNAA 3O5SA 3VKOA 4MWVA 2CWSA 3VUOA 3VKNA 3T1EA 1V6JA 3V0BA 3TI8A 1WW6A 3H73A 2D6LX 2GDFA 4Q1RA 1FV3A 2DVBA 2A6ZA 4KS1A 1B9SA 2E51A 3WZ1A 1RIRA 2UWCA 1G9CA 4FQ4A 1VAMA 4XOGA 1SFYA 2AGSA 4MZAA 3UJOA 2XG3A 4XJZA 1Q8PA 2VW2A 2WLQA 2DU0A 3WHUA 1IVCA 3AYAA 2VSKA 2GMEA 3N7KA 1LULA 2UURA 1F8DA 2F11A 5DG2A 1H9WA 3I4IA 3TI4A 4HIZA 3ZXEA 2YA6A 3PVOA 2VSMA 1MS9A 3INBA 1IVFA 3IN9A 5T50A 1IKPA 2YDTA 1V00A 1EPWA 4Y20A 5DXDA 5DUUA 1SACA 4BLJA 3D6EA 3N7MA 1NXD1 1GZCA 1NCBN 1H30A 4JRAA 4YW2A 3WNXA 1V3DA 4XTMA 2A71A 4LBMA 2W68A 1LGCA 1F8EA 1IVEA 2ZGMA 3AZVA 5T5PA 3IM0A 3WVJA 5IK4A 3WG4A 1ULFA 1YRZA 1ULEA 1LEDA 4XHXA 4R9DA 3H6JA 2QWBA 4P9WA 4JF7A 2BF6A 5L73A 4FP2A 5E8AA 2ZHMA 1V6IA 5DZGA 1Q8QA 4NCSA 1MS1A 5GZCA 3WHTA 2EXKA 2ES3A 5JLVA 1ENQA 2HTYA 3ASIA 4CPYA 2HTRA 3NV2A 5T5LA 2R49A 3A71A 2TEPA 4XIKA 2CWMA 1IOAA 5JMCA 2ZGPA 1MACA 2CL2A 5E89A 4AVSA 4YW5A 4WV8A 2A7AA 2F12A 2B7YA 1LU1A 2E53A 2AUYA 2YDPA 3WLUA 1A14N 3K3AA 2YA8A 4MWWA 4GJTA 2A6XA 1LOFC 2ZMKA 5BYNA 5DG1A 2QWHA 1G9FA 5CNAA 4AVTA 1NLSA 3ZYPA 2DU1A 1WCSA 1UX6A 4BMBA 5F5QA 4QN7A 4YGDA 5LK5A 5IK8A 1INFA 1IS5A 1WLDA 2DUOA 4X47A 2ZKNA 1GANA 2LTNA 2D44A 3WDTA 4RA0A 2VVZA 5T55A 3B01A 1NCDN 3AZYA 4YG0A 1RINA 5T52A 1DIMA 1F31A 3SALA 4F83A 1JN2P 2WT0A 1GKBA 3ZSKA 2PHWA 2HT5A 1CPNA 1S0FA 3JU4A 4FPEA 2D3RA 1GBGA 4AGGA 3TIAA 4UW3A 2F24A 2CY6A 4XMAA 3O0XA 4MX0A 1WUVA 2JDZA 4FPOB 1W21A 4FOVA 4W65A 2P3IA 1ULGA 4AGVA 1H9PA 1DQ1A 3FBYA 1FAYA 1MWEA 3INAA 4M01A 2ZB6A 3O0WA 3O0VA 4CZSA 5KXCA 4KS2A 1N3PA 2ZHNA 4U36A 4R9BA 1W6OB 3USUB 4GEZA 1PZ7A 2H0BA 1MZ6A 5GLVA 1UKGA 3ILNA 2A5ZA 1FX5A 3M3OA 4GKXA 4LBQD 2ZGRA 2A3XA 3ALWA 4L8QA 1W1XA 1QNYA 4Y1YA 1KJRA 1FNYA 5T5OA 3TICA 2YA7A 2GMMA 4ASMB 2ZGKA 1WLCA 2NN8A 2Z42A 3FFZA 1N1VA 4WZFA 4X4AA 2CYFA 3M2MA 5EXOA 1I3HA 1NSCA 3FLPA 2P34A 1WW4A 4GXLA 2JD4A 2ZA9A 4FPLA 1EUTA 1BKZA 1V0FA 2HTWA 1WBFA 5AVAA 3C2UA 4B7JA 2W08A 1W6MB 4XIOA 4XE9A 1CN1A 1QNWA 3IPVB 1A8DA 4K1IA 4KBBA 3ILRA 1IKQA 1V0ZA 4PBOA 2PHRA 5JOWA 4LBQB 2LALA 1I1EA 1XOGA 2VXRA 4Y1UA 2F10A 1WBLA 3DGTA 2R16A 2ZGNA 4FPKA 4GWMA 4K1ZA 4FOYA 1WW5A 3GALA 2GNDA 2G4IA 2F29A 1HQLA 4K20A 1GLHA 1W6OA 4R9CA 1MS5A 2NM1A 4YLZA 1DFQA 4Y26A 3ZSMA 3TB0A 1LTEA 1B09A 3BODA 1W6QA 1G9DA 1KDKA 5HUKA 5GALA 4K21A 5H9QA 4UW5A 4Z8BA 1F9KA 2GNMA 3ZVXA 1SBFA 3CNAA 2A70A 4XYXA 1A4QA 1FNZA 2JJ6A 1U0AA 1C57A 1NMCA 1Q8VA 1Y7BA 3A72A 4IQPA 3OBRA 4Q8KA 1W0OA 5GZEA 2UWAA 3MEPA 2VW0A 4BLIA 2NYYA 1SLIA 1INXA 1LOFA 1QKQA 1ULDA 5M1ZA 1W6MA 3OGGA 2SLIA 1SCRA 4MZEA 3B3QE 2QWCA 4C1WA 3IPVA 2DVGA 4M3CF 2ZHLA 4XBNA 4Y1ZA 1S0JA 4ATFA 4PBPA 2C4LA 4XILA 4XJRA 4LBQA 4YW4A 5GLTA 4MWLA 4QN3A 4GZSA 1DQ0A 4KS5A 3NV1A 2AH2A 1DGLA 3PVEA 2SIMA 4FZHA 1BYHA 1ULCA 1A78A 3AZZA 3HMYA 1QDOA 2ENRA 3ZXKA 3AFKA 1C1FA 1CR7A 1JUIA 3ILFA 1S0IA 2DUQA 1Z4YA 1C1LA 1S0BA 4XBLA 1B9TA 3WG1A 1NN2A 3R05A 2ZGLA 1INHA 3KQRA 1SLCA 2R0FA 4MWYA 2UWBA 2QWJA 1ENRA 2SBAA 3AP6A 1YI7A 4B7NA 3QCWA 3U4XA 1AJOA 1VAVA 5GM0A 1N1YA 5EWSA 1LGBA 2WKKA 2HTQA 5EYYA 2KM2A 3ZSJA 3BIWE 3WDVA 3ZXJA 2ZGUA 1UMZA 4GZQA 4DPNA 2F27A 2HT7A 3GVKA 4FPGA 2WSVA 3ZYRA 1V3EA 2VH9A 4MWXA 1NCAN 1A3KA 1LOGA 4M3MA 3O12A 1KQRA 4HL0A 2DVDA 5HCBA 2ZMNA 4HZYA 3OY8A 1LGNA 2D6PA 4B7MA 2PHTA 4XBQA 3WV6A 5SV8A 2F26A 1ZM1A 1V2IA 3NSSA 4U2AA 1S0GA 4FPHA 3WDUA 1NNBA 2R1BA 3POSA 2YXSA 4GZXA 1IS3A 4PQ9A 3N36A 4WVWA 2ARBA 4M4VA 2XZJA 1FATA 2CTVA 3VKMA 1UL9A 1LENA 1Z4ZA 2E6VA 2QWDA 4WEFA 4JCKA 1VCJA 4X6KA 2PHUA 1N3OA 4YG3A 3WDXA 1SLLA 4ITCA 5CB7A 1VIWB 1DYKA 2X9MA 1G8WA 4CPOA 3CL0A 1JHNA 3NV4A 2ZAAA 4TZDA 5IK5A 4FPJA 1WD4A 3N7LA 5JVVA 1LOEA 4XJ9A 2XZIA 3V64A 5DZFA 3WUDA 4MJUA 1WCQA 1CJPA 3V0AB 4Y22A 2D3SA 1VCUA 3SANA 3O9JA 2BZDA 3L2YA 2DV9A 2OVUA 4FP3A 5H9SA 3RSJA 2D7FA 1WLWA 1USRA 4HZXA 2OW4A 5F9TA 4AWDA 1CIWA 3UK9A 1AJKA 1Z0HA 4YM2A 2A75A 5CA6A 3H72A 4BOWA 2HU0A 2Q5TA 5IUQA 1L7HA 1NNAA 5HCAA 4HANA 2B8HA 2F25A 4LBNA 1NSDA 2YA4A 1LHVA 4FVVA 3AYEA 1ONAA 4K1KA 3NWKA 1GZ9A 3OPZA 1Z4XA 2HT8A 2W20A 5DUVA 2EXIA 1LCLA 4BMEA 4ISQA 1F8BA 1R1ZA 4GZTA 3V65A 2A6YA 2WT1A 3MPPG 1UZYA 3H71A 2WSUA 1RITA 4M3CB 3OBTA 4YGBA 2A3WA 2WQZC 2EAKA 1V6OA 2ERFA 1AX0A 4XXAA 4CPNA 1BJIA 4QNPA 4PCRA 2GALA 2JE7A 2CMLA 3AK0A 1G9AA 1W8NA 3BEQA 4WVVA 3NV3A 2GN7A 1IVBA 4XJAA 2ZGQA 3DUIA 3N3HA 3V0AA 1BXHA 1AX1A 3TI3A 2VW1A 1FYUA 3Q9OA 4UW6A 3IKWA 4ISRA 4LBOA 3BTAA 2EF6A 4Y1XA 1LHNA 3LSDA 5GJ6A 4YZ4A 4OZXA 4XTPA 1MR5A 4GZOA 1W6PA 2AR6A 4GB1A 1MS8A 3NN9A 1Q8SA 2HTVA 4WA5A 5GZDA 4MJVA 4M4UA 1LECA 1V6MA 1N1TA 2EXHA 3RRDA 4Y1VA 2D43A 1W6QB 4FJ6A 4B7QA 3AP5A 3OJBA 5GZGA 2I2SA 1W0PA 1BJQA 2HTUA 5JOYA 1CONA 2P3KA 4GA9A 3WCSA 2D6KA 4FOWA 1XOEA 3AZXA 2EALA 4M3CA 4WA4A 2VY0A 2QWAA 1VALA 1A4GA 2ZGTA 3B9CA 1SLTA 2D6MA 1Z4VA 4DGRA 3M3CA 3TAYA 4TYSA 3AJYA 1LHWA 1QU0A 4XJWA 1DYPA 4Q1PA 2QWEA 1INWA 3OYWB 3N7JA 4LBJA 1S0CA 1E8VA 1UAIA 1HDKA 2QWFA 3FUQA 1DLLA 4GDJA 5KXDA 1EUSA 5HX0A 2AENA 4FPCA 3O9KA 7NN9A 4FOQA 2OUJA 3RQ0A 1PZ8A 1O4ZA 2NP0A 1SBDA 2E7QA 1LODA 2EXJA 3D4KA 1GYKA 1OKQA 3GNEA 4YZ2A 5GLUA 3GVJA 3MW4A 1QF3A 1CVNA 2UU8A 4LBLA 1JW6A 1S0EA 1JYIA 4R9AA 4K1JA 1NNCA 4GZWA 1LJ7A 5CAZA 3BOPA 4M3CE 4P9XA 1MS3A 3GVLA 4QN5A 2ZHKA 2WJSA 1NMBN 2W5NA 3SH3A 4YG6A 3WOGA 1HQWA 2R0HA 1MZ5A 3A0NA 2F28A 3APBA 1SLAA 4AGRA 4YM1A 1W8OA 2DTYA 5GLWA 2QWGA 3K38A 3R4SA 3AX4A 3WG2A 2ARXA 2A6VA 2P2KA 3OYWA 4XMIA 2NMNA 5GZFA 1DQ5A 1HLCA 1GZWB 1YXWA 4BQ1A 5CBLA 3MW2A 3LSEA 1L7GA 1Z50A 1UZZA 1USXA 3W59A 3FUOA 2JKBA 3OY8B 1D0HA 1MVEA 3T1LA 1AX2A 4AYUA 2GN3A 1GNHA 5IT6A 3QLQA 1DQ4A 3RG0A 2GNBA 3A0KA 1ZA4A 2HYKA 3AXEA 5NN9A 4MWJA 2AEQA 4PF5A 3SLIA 5HCFA 3TI5A 3RMXA 2WT2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OQEA 1W28A 2BWAA 3AKSA 1FPN2 5L19A 4YZ3A 5GX1A 1NCRA 2QDNA 2ZMLA 2W0XA 1FMD3 1H6LA 2IATA 5FP8A 2QE8A 5FP3A 5C4WB 2XCYA 5KWRA 3I3DA 4W8JA 5FZGA 1N6DA 2HBTA 4WA3A 2D6OX 2G9GA 1QDCA 4HZWA 4GWJA 4GDIA 3OGVA 5FNSA 1QXRA 5FO7B 1JXNA 3SOVA 5B4XA 4LIVA 5I0UA 1K12A 1RC6A 4CH9A 1O4YA 1RVF2 1W9YA 4G3YC 4QU1A 4WEGA 5JOXA 1C3HA 2CGOA 3K2OA 1BVVA 5ABJC 3RWKX 1ASJ2 1SNTA 2JIJA 4MV2A 4ATEA 5LZ6A 1NAEA 4KS3A 2IAUA 2E32A 5T54A 4QX3A 5CGJA 3T2OA 3ZMNA 3AMPA 1LESA 4LHNA 3B7MA 3JQWA 4RSUA 3AKTA 4EZ4A 1PIV2 3MIDA 3O7OA 1QXPA 4CRQA 1PO12 2OX0A 2WNVB 4N9HA 3SQOA 4P9JA 1KJLA 1POV1 4FFIA 3WG3A 1NQJA 1ZRDA 4YFWA 4COVA 2XB6C 3AP4A 2MHFA 4NRPA 3AKQA 2V73A 1ULPA 1YHFA 4G4FA 5HXVA 4N7IA 2WNEA 3AMMA 4P9IA 5IW0A 3ZLIA 2Q8DA 2HWC3 4Q2FA 4X49A 1H6YA 3MICA 4NOTA 4CA9A 5FP7A 4UF7A 5J96B 4IGPA 5DAPA 5FZMA 1Z4WA 3POYA 3SISA 4NROA 1TNFA 5FFOC 4AEDB 1G86A 4XZUG 4Y22B 2VK6A 1OA2A 2JX9A 3GHNA 3PIGA 3M4FA 3Q8BA 4XJ8A 4X8NA 4YGCA 2WA4A 1QQP3 2AEPA 3N9MA 4HFSA 3V1SA 1F5JA 2CAUA 3IAQA 5BNPB 3GJAA 1CESA 4Q6KA 1XNKA 3P1IA 3WW3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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