4FPEA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(4-methoxybenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 192
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpeA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpeA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpeA02
2ZGOA 2ZGPA 1G9CA 4Q8KA 1YI7A 4Y1YA 3H6JA 1ULDA 2Q5TA 1INGA 4MWVA 1DLLA 3L2YA 4DFSA 2CWSA 5H9SA 1F8DA 1INHA 1V6LA 1BJQA 3GVKA 1QOTA 1GYKA 3IPVA 3PJQA 4GZSA 5DUVA 1INFA 1CPNA 4HZYA 1MS1A 1SLAA 2NMNA 2XZJA 2WSUA 1IVDA 4YGCA 1FV3A 4WVWA 3WDWA 4Y20B 1H30A 3D12A 2A6XA 3SLIA 5CAZA 2ARXA 3AYCA 2P3KA 2W5NA 3T1EA 4ATEA 1CN1A 4YW1A 2QWJA 1F8CA 4XXPA 1SO7A 3TI8A 4CPYA 4X4AA 3H72A 4RL7A 2W20A 2YA8A 1Q8OA 3B3QE 3AZVA 4MZEA 4XXAA 1V3EA 5IK5A 1DHKB 3AZZA 2YA4A 4UW3A 3VKMA 1IKPA 3T1LA 4MWRA 2RHPA 1G8WA 2NN8A 4XTMA 2VK7A 4MWJA 4YG3A 3H71A 1DYKA 4HZZA 3MEPA 3AZXA 3WCRA 2VW0A 4Y20A 2VW2A 2AUYA 3TI3A 1DQ2A 2NM1A 1SFYA 3OJBA 3CNAA 2YZ4A 5EYYA 1W6PB 3LSEA 1G9DA 2P3JA 1WD4A 3RG0A 1O4ZA 4DPNA 1KJLA 4LBJA 1AXZA 3USUB 1ULGA 4XBLA 5DUUA 1W6MB 2JD4A 1UZZA 2YV8A 3AP7A 4MJVA 3OPZA 4M3MA 1KDMA 1UMZA 4WA5A 2PHFA 4X49A 2F0ZA 4ATFA 3ZXKA 2XB6C 3GVJA 1F8BA 4FPKA 1JYIA 3ZXFA 2YDTA 4GKXA 2CYFA 4FVKA 2A3XA 3O0WA 1XOGA 1W0OA 4GZOA 2HTYA 1FV2A 2ZB5A 1D0HA 2XZKA 4FQ4A 5JOZA 5GLUA 4BMBA 1F31A 4KS3A 1W6PA 3CYEA 2SIMA 5GLWA 3AK0A 2D43A 5AVAA 5JMCA 1MVEA 3WDXA 3FUOA 1MZ6A 3USUA 5GZEA 4GZWA 4GALA 1W6OB 2DVAA 4LBKA 1NLSA 1Z78A 3INBA 5GZGA 1PZ7A 4YG6A 5KXDA 3BEQA 3O0VA 5JOWA 5JOXA 3OBRA 1MACA 2A75A 2GN7A 2ZMKA 1VCJA 3H73A 4MC7A 4YGDA 1AX0A 4CPMA 3ILRA 5L73A 1JYCA 3A71A 1Z4XA 2E7TA 1S1AA 1DIWA 4YZ2A 5GZCA 3WDUA 1CR7A 3RS6A 4GZXA 4IQPA 4Y1XA 4M3CF 1LOCA 1MWEA 2DUOA 4GZQA 1IOAA 1HQLA 1F9KA 4GWNA 3A4UA 1CESA 4MWXA 2D3PA 1ENQA 1W6OA 3AXDA 5KXCA 2F13A 2A6WA 2VW1A 4FOYA 4WA3A 2VXRA 1QF3A 1V6NA 1E8UA 3AYEA 3KQRA 2TEPA 2WT1A 3UJOA 4R9AA 1LU1A 3AJYA 2YA6A 1LOGA 4Q6KA 1S0DA 2ERFA 2QWBA 3WZ1A 2ZBJA 1LGCA 2SLIA 3ZXLA 2EF6A 2HTUA 1YIFA 1FX5A 3NN9A 2QWGA 1LJ7A 1V6KA 1AX2A 4L8QA 2AREA 3SH5A 2DVGA 4HZWA 4P9YA 1WLDA 1VALA 2A7AA 1BJIA 4YFWA 4HANA 2Z42A 3AZWA 3ENRA 4FPJA 4K1HA 2OUJA 2VH9A 3HMYA 4P9WA 2BATA 4WEGA 3SALA 7NN9A 1UZYA 2DYCA 3OY8B 2ES3A 2H0BA 2R1DA 1N1SA 1ENRA 1IS5A 3SISA 2P2KA 4FPOB 4CPNA 4MWYA 1KITA 5DG1A 4ZXKA 2FHRA 1E8VA 4D69A 3GALA 1WW4A 4FPLA 1AF9A 5T55A 1JW6A 3K37A 1V6JA 4C1XA 1NMAN 3KM5A 4NOTA 3WDTA 4MZAA 1LOEA 3OYWB 1ULFA 1MS3A 2VY0A 4HIZA 1USXA 1NSBA 3JU9A 1QKQA 3K36A 2A6YA 4LBOA 1W20A 2QWCA 1GBGA 1MS8A 4LBQB 4GB1A 3OY8A 3M1HA 4LBLA 1NCBN 2GMEA 1YO8A 1JUIA 3V0AA 4UW5A 5E8AA 3FBYA 4XHBA 4YM2A 2E53A 1GZCA 1ZA4A 3QCWA 1NNBA 5B2CA 1H9PA 4M4UA 2LALA 4Y22B 3JU4A 1MS0A 2YDPA 3GNEA 1CONA 3W58A 2AEQA 4AGVA 1V3DA 1IVGA 4JC1A 3POSA 1ONAA 3ZSLA 3OYWA 1KDKA 2ZACA 4I00A 1I1EA 2ZHLA 1EURA 3ZSJA 1J1TA 3RMYA 4M3CB 3VV1A 5HUKA 4DRRA 4LBQA 4YZ1A 4R9CA 2WT0A 1RINA 4B7QA 2EAKA 1V2IA 2QWDA 3DUIA 1NSCA 4NN9A 2SILA 5DUXA 4K1YA 1PZ9A 1HDKA 4LBMA 2R0HA 5GLVA 1XOEA 5JDBA 4QN6A 4ZKTB 1UKGA 1X50A 1LGBA 4Y22A 1SCSA 1KJRA 1NN2A 3AZYA 5T5OA 5DUWA 1MS5A 1W6QB 3M3CA 5DXDA 5GALA 1OKQA 4BOWA 1A4GA 4XJ9A 4GA9A 1AXYA 1LESA 2NP0A 3V64A 4XILA 5T50A 1W21A 5CNAA 4K1IA 1Q8SA 1QOSA 4X47A 2SBAA 2DV9A 4WEFA 2ENRA 3OGGA 1RITA 3K39A 3N35A 4M3CA 1L7GA 5HCBA 1GLHA 1N1VA 2R16A 2ZGMA 1NNAA 3QLQA 2WJSA 4YW2A 3T1MA 1GNHA 2WQZC 2PHUA 1Z4YA 1N3PA 3ILNA 4XE9A 4GZTA 2GALA 1A4QA 1AXKA 4UW4A 3VKOA 3TI5A 1NNCA 3WVJA 2YY1A 1ULCA 2AYHA 4W65A 4HZVA 2F11A 3W59A 1L7FA 4FP2A 4HL0A 2YROA 2F10A 2A3YA 2GDFA 1SACA 2PHRA 4Q2FA 2JE7A 1W6QA 1EUUA 1NSDA 1G9FA 1LULA 3CL0A 3WOGA 3NSSA 4P14A 4Y24A 3OBTA 2JKBA 1YRZA 5M1ZA 3I4IA 2ZHMA 4AVSA 1JN2P 1V0EA 3TIAA 4KS4A 2W5OA 3K3AA 4WVVA 1IKQA 1AJOA 4XJQA 1S0CA 1DZQA 2WKKA 4FPGA 4M4VA 5GZFA 2F26A 4FJ6A 2GNDA 1LOFA 1IS3A 3TI4A 1DQ4A 5JVVA 4CRQA 3VKNA 4XJAA 4WV8A 3R4SA 2EXIA 4XHXA 1CJPA 3B00A 4P9XA 4FQZA 1N1TA 4FPCA 2C5DA 2D3SA 3NV3A 4KS2A 4BMEA 1LENA 4YZ5A 4AVVA 3A72A 4YLZA 4XBQA 4ISQA 2QWAA 1PZ8A 4YW5A 1Z4VA 2A6ZA 2AR6A 4KS5A 2PHWA 2ZGUA 4K20A 3WUCA 3NV4A 5EYXA 3WG2A 1INXA 4K21A 1W6MA 2GNBA 1VCUA 1D2SA 1LHUA 1UAIA 4Y26A 1VLNA 3MW3A 2EXHA 2ZGKA 1APNA 3HR9A 2DURA 4J9TA 3NWKA 3T2TA 3A0NA 2F28A 4K3YA 3R05A 1LECA 3AX4A 3NV2A 1G9BA 4K1ZA 3D6EA 4MYEA 3RQ0A 1BZWA 5IK8A 4YM3A 3RSJA 1N47A 2D44A 2FMDA 1INYA 3R4UA 2VVZA 1DQ5A 2ZKNA 5GLZA 4BPZA 5IK4A 2F12A 2ZGNA 4RA0A 2B7YA 4FVVA 1FNYA 1C1LA 3PVNA 3SH3A 1BQPA 1Q8PA 2BQPA 1GANA 2BZDA 5GM0A 4BBWA 1C57A 3V65A 1AX1A 1V0FA 1LOAA 1AZDA 2P34A 4FPYA 2D6LX 4Q1PA 1QNWA 1MR5A 4UW6A 1V3CA 1A3KA 2W38A 4GZPA 2P37A 1QGLA 4NC5A 1LOFC 4BLIA 4DGRA 3AFKA 2YA7A 2QWEA 4XOGA 3FLTA 2P3IA 1QDCA 4XYXA 1G86A 4FPFA 1V3BA 1LEMA 4SLIA 3B9CA 3AYDA 1SBEA 2HT7A 3WG3A 4M01A 1VAMA 1QNYA 4MWWA 3ALWA 1SBDA 1CVNA 3RMXA 3O9KA 4BM8A 4MX0A 2ZABA 5DZFA 3D5OA 2DTYA 2X9MA 1W8NA 4BQ1A 1SCRA 1C4RA 4YM1A 5H9RA 2DU0A 3SANA 4XJUA 2JDZA 2VK6A 5GJ6A 2E7QA 2ZGQA 2ZMNA 5F5QA 5HUNA 1YXWA 5B2DA 2DVBA 2XCYA 1MS4A 3TI6A 4WZFA 1LHNA 3ZSKA 2JECA 4ITCA 1CPMA 1SNTA 2WNEA 3BIWE 3ATGA 2BERA 4AGRA 3VKFC 5CA6A 3ZPYA 1SLCA 1EUTA 1YYNA 4DQAA 2D6PA 4QNPA 2ZGTA 3ILFA 3PMEA 1UN1A 3DGTA 2UWBA 1N3QA 4XMAA 5HUGA 4FZHA 3POYA 5HCFA 1FYUA 2E6VA 1VIWB 1GSLA 3SNMA 3M3OA 2HYKA 3WHTA 1Q8QA 5GLTA 1IVFA 3SILA 2GNTA 4Y1ZA 2W52A 3SH4A 4CPZA 2VSMA 3M2MA 2A5ZA 3FLRA 3Q9OA 4BLJA 1HKDA 4B7RA 2A71A 4QN5A 3D11A 4YZ3A 4Z8BA 2ZB6A 3N7MA 5JLVA 3UK9A 1DGLA 1W6NB 4FPHA 2WLQA 5T5LA 1WW7A 3AP5A 2R0FA 2HU4A 2V5YA 1W8OA 1MVQA 1Y7BA 2ZMLA 5T54A 3O9JA 4MJUA 1QDOA 1BXHA 1GZ9A 1S0IA 5T52A 4CZSA 3UJQA 1R1ZA 1IS4A 4LBQD 4YFZA 2VK5A 1EPWA 2DWRA 4XJRA 4GEZA 1I3HA 2A6VA 1S0BA 1NCCN 2YMZA 1VAVA 4YG0A 1NMBN 1Z4ZA 2JE9A 2PELA 3WDVA 1NCAN 3N7LA 3TICA 2R1BA 4YZ4A 1W6NA 2I2SA 2HTVA 3APBA 4AVTA 5T5PA 1OFSA 4NO4A 3C2UA 1LGNA 2B8HA 4Q26A 3K38A 1L7HA 2F25A 3LCPA 3AP9A 3LSDA 3M3EA 5NN9A 3TAYA 4GDIA 3FLPA 5CB7A 4UF7A 2QWHA 6NN9A 3CL2A 4GXLA 4MWUA 4JCKA 1KRIA 4M3CE 2C4LA 1S0EA 2CNAA 4K1KA 1E8TA 2W68A 3WG1A 2UURA 2CMLA 1BYHA 1QMJA 1FAYA 4FOVA 2ZGLA 3FFZA 4ASMB 2D6OX 1LU2A 3RRDA 1RIRA 5F9TA 1SLTA 2QWFA 5HUMA 3BOPA 5FREA 4X6KA 1DQ6A 4LBNA 3WCSA 2AENA 1C1FA 2NMOA 1LODA 3WLUA 3ASIA 2CY6A 2D6MA 4CPLA 1WCQA 3GVLA 4FOWA 4AWDA 2UWAA 1N1YA 4H53A 2ZZJA 4MWQA 1AVBA 1HQWA 1B9VA 4B7MA 1IVCA 5DG2A 4XZPA 2CWMA 5T5JA 1WUVA 1UL9A 4DS0A 4XJZA 1NCDN 2ZAAA 4AYUA 2OUHA 3A0KA 3AP6A 3TB0A 1Z4WA 1W0PA 1JBCA 4YGEA 4GKYA 3B01A 4OZXA 1W1XA 5SV8A 3ZSMA 2CL2A 1DYPA 2HT8A 5HX0A 5IT6A 4JF7A 1WBLA 2ZA9A 1Q56A 4YW3A 1CIWA 3WV6A 4XMIA 4CTEA 1EUSA 3FUQA 1S0GA 4FOQA 1LHWA 4XDQA 2A70A 3B7EA 1IVBA 3N3HA 4K1JA 2DU1A 4Q8LA 3WUDA 1SLBA 2VSKA 3TIBA 4Y1VA 2EALA 5HCAA 2HTWA 1SBFA 2NYYA 2EXKA 1INWA 5LK5A 3AJZA 1WW6A 4Q1RA 2UWCA 1UX6A 2NZ9A 3V0BB 1F8EA 3HN1A 1NXD1 1LHOA 1QU0A 2HTRA 1V6OA 5JYYA 1A8DA 4PBPA 5H9PA 4PBOA 4FP3A 2XZIA 2OW4A 1ULEA 2HTQA 3IM0A 4HZXA 1GICA 1O4YA 2PHXA 1USRA 5DZEA 1HLCA 2XG3A 3VKLA 3PVOA 4H52A 4ISRA 4MWLA 2GNMA 2QWIA 5FRAA 4XJWA 1LTEA 3M3QA 3SITA 4XTPA 2GMMA 2DVFA 5EXOA 4YM0A 1URXA 1SLIA 1INVA 3AXEA 2ZGSA 1G9AA 3ZVXA 1V6IA 1JHNA 1TEIA 3O5SA 3V0BA 5KXBA 1DIMA 3MW2A 2E51A 2VU9A 4YW4A 2UU8A 5EWSA 1GNZA 1DBNA 4M00A 2ZHKA 3N7JA 2D6NA 4QN4A 2AH2A 2DTWA 2D7FA 4PQ9A 3H0OA 1SLLA 4DRVA 2DUPA 1WCSA 1V0ZA 2PHTA 3WNXA 3AP4A 3INAA 3UL2A 1WLWA 4TYSA 2HT5A 2EIGA 1V6MA 2RKCA 1B9TA 3BODA 5IUQA 4F83A 3POWA 3D4KA 1GKBA 2AEPA 4U2AA 4XJ8A 4YGBA 2F27A 2A3WA 1A78A 3O12A 1A14N 1CQ9A 2C4AA 4TZDA 2AGSA 1ENSA 3N36A 1WBFA 1WD3A 1GZWB 1JOJA 3B69A 5E89A 3ZXEA 4PF5A 1FATA 2OVUA 2YXSA 1DFQA 4U36A 4I30A 4D8SA 5BYNA 2W39A 1DQ1A 3JUUA 5GZDA 4KS1A 3ALXA 4B7NA 1U0AA 2GN3A 2ZHNA 4CPOA 4GDJA 3IN9A 2G4IA 2LTNA 4JRAA 1IS6A 1KQRA 1LHVA 3AYAA 1XQNA 4M4NA 5H9QA 4B7JA 2DUQA 5DZGA 4Q27A 4WA4A 1B09A 3IKWA 2HU0A 3U4XA 3WDYA 1ZM1A 1Z0HA 2ARBA 4NCSA 2R49A 3ZXJA 3V0AB 1LEDA 5CBLA 5E88A 4GJTA 1GZWA 3IMNA 1FNZA 2F29A 3N7KA 4AGGA 1B9SA 4XBNA 1JXNA 1WW5A 3I8TA 1LCLA 4GWMA 4FPEA 1LOBA 3WHUA 1F5FA 1DQ0A 4H55A 2YA5A 1QOOA 2D3RA 4PCRA 3WG4A 4QN7A 1S0FA 1UPSA 1Z50A 4QN3A 5JOYA 2WSVA 3MPPG 1NMCA 3ZYRA 1Q8VA 2WT2A 3MW4A 3ZYPA 2CTVA 1H9WA 3PVEA 2KM2A 2JJ6A 4Y1UA 2D6KA 1GV9A 3CKZA 2BF6A 2VWDA 1DILA 1MS9A 5KXEA 1S0JA 1MZ5A 1IVEA 1OQ1A 4C1WA 3NV1A 2QWKA 3O0XA 2W08A 1AJKA 2C9AA 3IPVB 2GMPA 4R9DA 2F24A 4R9BA 1V00A 1WLCA 1N3OA 3VUOA 2V73A 4XIKA 5IK7A 3BTAA 3W09A 4XIOA 4KBBA 1BKZA 2DVDA 2ZGRA 1G7YA 2EXJA 2VUAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QEXA 2ZGOA 5HI0A 2BWAA 1FOD1 5KHHA 2ZGPA 4YARA 3T2QA 3ZN6A 5EO7A 2QZ2A 3KCYA 1AR82 3I3BA 2WZ8A 2C6SA 5LBCA 3PHMA 1G9CA 3OGSA 2CV6A 1UXXX 1YI7A 2E31A 3GDBA 1UYXA 4JKMA 4KWLA 4Y1YA 5K4LA 3SHRA 4A42A 3POEA 1GQPA 2DYHA 3H6JA 3AC0A 2Q8CA 1RJ7A 3TC9A 5L7OB 1ULDA 2Q5TA 5CIRA 1VMHA 4HN0A 4RQPB 1AR92 3V1SA 3WF0A 1INGA 1G6NA 1YJKA 3ZFFB 4YSFA 4BIOA 4MWVA 3RNSA 3RYPA 1DLLA 2C0ZA 2VCAA 2XQRA 1MEC1 4DUWA 3Q8BA 4UXAA 3L2YA 4DFSA 3TEYA 1XXNA 2CWSA 5H9SA 2YYOA 4COYA 5C3OA 4E4HA 1F8DA 2Y64A 4AAXA 4KGGA 1INHA 1RUI3 1EY2A 1X8MA 1MQTB 1V6LA 1QXPA 5AC93 4Q4V3 1BJQA 4OHYA 1PK6A 3OBZA 1TE1B 4QM9A 3GVKA 2OPWA 3MIEA 1QOTA 1JZ2A 3VD3A 3G4HA 3RWKX 2XVGA 2R6QA 5FYHA 1DGWA 1GYKA 1XYPA 1AR61 2JEMA 2RS12 2QQMA 3IPVA 3PJQA 4OI0A 4GZSA 3I2GA 4QB2A 5DUVA 4RFRB 1INFA 3P6BA 3ITQA 4XDPA 1KFXL 3ACIA 4KGQA 4OI1A 4EN9B 1CPNA 4HZYA 4QXCA 5A3UA 1MS1A 3C7EA 1SLAA 2NMNA 3KV6A 2XZJA 4N9IA 1KEXA 2WSUA 4LT5A 3WW9A 1IVDA 5KHGA 4YGCA 1AYM2 2HJIA 1FV3A 5KHKA 3MFCA 4WVWA 3WDWA 4CCLA 1KGYA 2IAXA 4NHYA 2VTFA 4D7SA 4KNCA 1LKNA 2J42A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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