4FPEA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(4-methoxybenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 192
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpeA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpeA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpeA02
1FV3A 1MS5A 4WA3A 2WT1A 1ULGA 1LENA 1W6OA 5SV8A 1IVDA 1G7YA 3AP7A 2VK7A 5HUNA 2A3YA 1Z4ZA 1U0AA 3OBRA 1V6IA 4B7NA 2R1BA 4X47A 1LHVA 4BQ1A 4M3CB 2VSKA 1CPNA 5JOWA 1DLLA 1G9FA 2ZBJA 1YIFA 4XMAA 3ALWA 1F8BA 3IM0A 1HKDA 1V6NA 1V3EA 4GWMA 2NP0A 5HUMA 2DVAA 3T1MA 5T5LA 4B7RA 1INVA 3B69A 1CPMA 4GKYA 4YW5A 3OY8B 3C2UA 1IVEA 1F8CA 3T1EA 3K39A 1YYNA 3MW4A 1INHA 1S0IA 3HMYA 1KRIA 1WCSA 5GZEA 4Y1UA 4GKXA 1YRZA 2YDPA 2AEPA 2F26A 5GLTA 2RKCA 4AWDA 2D6NA 1GZWB 1FYUA 2R16A 1WLCA 3SILA 2W68A 2ZHLA 2WNEA 1S0GA 2ZGLA 2D44A 2A70A 2C5DA 1NN2A 4BM8A 4K1IA 1W6PB 4M3CE 4PF5A 2F0ZA 3V0BA 1ULCA 4XTPA 1GNHA 3SLIA 4HZYA 2A6YA 2V73A 3GNEA 4Q26A 1LU1A 1MS3A 4P14A 2ARXA 4YW1A 3RQ0A 3INBA 3WG1A 2VXRA 4D69A 1O4ZA 1ULFA 2BERA 3AZZA 3L2YA 1PZ8A 3PVEA 4M4NA 3FLTA 5IK8A 4GALA 2R0FA 1AVBA 2D6LX 4M3MA 2B8HA 4P9WA 1GNZA 1NCAN 1LTEA 2QWKA 4YGEA 4P9YA 1DILA 4LBOA 1F8DA 3NV4A 2QWCA 2SBAA 3ENRA 3W58A 5IT6A 1GYKA 3WG3A 4XJZA 1DYPA 1IVGA 4FVKA 2JDZA 1LGCA 2JD4A 3WDTA 2P3KA 4GZWA 1AJOA 2QWBA 2WSUA 4AGVA 3AZXA 4DRVA 5JLVA 4XHBA 4M00A 2DURA 3M3OA 4UF7A 3R4SA 2VSMA 4JF7A 4WV8A 4GB1A 2VK6A 3WZ1A 1JHNA 2GNDA 1LHWA 1LHNA 3T2TA 4XIKA 3N36A 2XZKA 1ENRA 3BEQA 1SO7A 4XXPA 3H72A 3N7KA 1N1TA 3FUQA 5KXDA 2ZGOA 3WNXA 5DG2A 4JC1A 5DG1A 2ZMKA 3AFKA 3WHUA 3LSDA 3H73A 2GALA 4Y1ZA 4YZ4A 1NNCA 1NCDN 2ZHNA 1YXWA 3ILRA 4GDIA 3ZPYA 5GM0A 1MVQA 2PHRA 1EURA 4M4UA 2OUHA 3OJBA 3W59A 4XTMA 2F24A 3FLPA 2VU9A 1CVNA 4M3CA 3AP9A 3V0AA 4Q1RA 1Z50A 4DS0A 2EXJA 4FPYA 3NSSA 2XCYA 4Q6KA 2AREA 1IVFA 1L7GA 3OY8A 1CR7A 1AXYA 3WCRA 4K1JA 3USUB 2D6OX 4I30A 2Z42A 5JDBA 2HU0A 3SH3A 1MS0A 4KS2A 1UX6A 1UZZA 1FAYA 3WDUA 1MR5A 1INWA 3ASIA 3AYCA 2D6KA 3AZWA 2B7YA 1LEDA 4YM3A 1LOFC 4FPOB 3BOPA 1GLHA 3ZSJA 4B7MA 1F31A 5HUKA 2UWBA 4MZEA 4U36A 1UPSA 2VW2A 3DUIA 4YG6A 1Q8QA 4CZSA 2H0BA 2YDTA 4MWYA 4L8QA 4TYSA 1RITA 1UAIA 1IS6A 4YW2A 2ZB6A 3UJOA 3AJZA 1W6PA 2ZGPA 3QCWA 4MX0A 4YZ2A 1F8EA 1N1VA 2AR6A 2ES3A 5E8AA 2CTVA 3WDXA 4SLIA 2BATA 3AZVA 1MZ6A 5HCFA 2DU0A 1LOEA 1W21A 3ZSLA 1Q8PA 5EYYA 4Q8KA 2YZ4A 2DU1A 1NNBA 1V3BA 5GLVA 2F25A 3MW2A 2EXHA 1GZCA 3AP5A 2A3WA 4DFSA 1MWEA 4NN9A 1F9KA 1PZ9A 3TIBA 2NMOA 1LEMA 1AZDA 1Z4YA 2A71A 1G9AA 1DZQA 4MJVA 2ZAAA 4WA5A 1N1YA 1R1ZA 1I1EA 1E8TA 3LCPA 1EUUA 2W38A 1JUIA 2A75A 4ZKTB 2QWDA 2YA5A 1WCQA 1CN1A 1OFSA 4B7QA 1LHOA 4XMIA 4QN3A 2WKKA 4AGGA 2VVZA 3PVOA 3V65A 4GDJA 1W0PA 4B7JA 2YROA 2VY0A 2PELA 4XJUA 1MVEA 4WEFA 4GWNA 2AUYA 1DQ2A 2A6ZA 5T54A 1GANA 1QOTA 2SILA 3FBYA 3N7JA 3GVLA 4ATEA 4XJRA 2F12A 5JOZA 1GBGA 1N3PA 3AXEA 1W6MA 3OBTA 3SH5A 2DVFA 1DBNA 3D11A 2VW1A 3PVNA 1UL9A 2X9MA 4Q2FA 4NCSA 1Q8VA 1AXKA 4R9DA 2DUOA 3MW3A 3ZYPA 3A71A 3VKLA 3KM5A 2WLQA 4XJAA 1Q8OA 2ZABA 4YFZA 1A4GA 5BYNA 1EUTA 4CPOA 1AX0A 3M2MA 2HTVA 4XBQA 1WLWA 1DQ5A 2F29A 5GJ6A 1NCBN 2FHRA 1LOCA 3NN9A 2C9AA 1V6LA 1ULDA 2ZKNA 4U2AA 3OYWA 1MS9A 2OW4A 1G8WA 5FREA 1KDMA 1QDOA 4M01A 3K3AA 1S0BA 1BYHA 4K1ZA 3UL2A 1WBFA 4K3YA 2EXKA 2F11A 4PQ9A 4AVTA 2JJ6A 3IMNA 3AP6A 4FOYA 4Y26A 2AEQA 2OVUA 4FPEA 1XQNA 4FP3A 3WUCA 4CPYA 1C57A 1WD3A 1NLSA 3RMYA 2P3JA 1OKQA 4DRRA 1NSBA 3SH4A 4XE9A 2P37A 2PHXA 1SLLA 1MACA 3ILFA 1APNA 1KJRA 2AYHA 2DUQA 3VUOA 4GZQA 3B7EA 4PBPA 1N1SA 1V3DA 2QWGA 4MJUA 1S0FA 3CYEA 2XB6C 1V0FA 1GSLA 4FOWA 2R0HA 3K38A 4LBQB 1GKBA 2A3XA 5CNAA 1V6OA 1NCCN 1VCJA 3NV1A 4HZZA 4DQAA 5GZGA 2WSVA 4W65A 2ZMLA 5CBLA 5B2CA 2DV9A 3TI3A 1B9TA 2AGSA 4QNPA 1VIWB 3APBA 5GALA 2BZDA 3WLUA 2HU4A 4KS1A 1W6NB 1INFA 3VKFC 5DUUA 1SACA 1LODA 5LK5A 3GVKA 1UN1A 1I3HA 4K1KA 2DVDA 3POYA 3AYEA 1SLTA 3CL0A 5FRAA 4YM1A 4ATFA 3TB0A 4ITCA 3WDYA 3N7LA 4AVVA 5DUWA 1SBFA 2DVBA 5F5QA 2NM1A 3B3QE 2Q5TA 2ZGQA 1VLNA 4ISRA 5GZDA 1SLAA 1BXHA 3WUDA 1LOGA 1QOSA 1W6QA 1IVBA 3PMEA 1QF3A 3WG2A 1TEIA 2QWEA 2HTUA 2D3RA 1IKPA 3WOGA 1DYKA 5T50A 5IUQA 1SLIA 3D5OA 1SFYA 2C4LA 2HTRA 3T1LA 3ZXFA 3AZYA 1DQ1A 4MZAA 1UZYA 2W20A 4K21A 5JMCA 4YGDA 2BQPA 3D12A 2PHFA 3O0XA 4CPZA 1ENSA 5KXBA 2W08A 3N7MA 1NXD1 4BOWA 1SCSA 1MZ5A 2F28A 1V00A 2D6MA 4GZOA 1LU2A 1JYIA 5GLWA 2QWJA 3OPZA 3NWKA 3A0KA 1LOFA 7NN9A 5H9QA 1WW7A 3FLRA 1NMAN 4XDQA 1G9BA 3ZVXA 1ENQA 5JOXA 2YXSA 1KQRA 5HUGA 4D8SA 1W6OB 4XJWA 1DQ0A 2QWAA 1ZM1A 4YLZA 1LGBA 4H55A 2ZGSA 3TIAA 1O4YA 2CWSA 2ZGKA 1KJLA 4Q8LA 4YW3A 3AX4A 2VWDA 1BJIA 3V64A 1AX1A 2E7TA 4H52A 2W39A 1GICA 1V0ZA 1CQ9A 4M3CF 1NSDA 1W0OA 4OZXA 5EWSA 2GNTA 4KS5A 4GZTA 1JOJA 3K36A 2G4IA 5CA6A 2ZZJA 1HLCA 2UURA 4YW4A 1UMZA 1QGLA 1B9SA 3R4UA 4YZ3A 2NMNA 5HX0A 1GZWA 1LHUA 5GLUA 2R49A 2VUAA 4CPLA 1GV9A 1HDKA 2DVGA 4JCKA 3O0VA 1W1XA 3INAA 4K20A 1WBLA 3H71A 1G9CA 4FOQA 3VKOA 1GZ9A 1X50A 4H53A 2ZMNA 1IS3A 3M3CA 1EUSA 3ZYRA 1LESA 2QWHA 1DIMA 1S0EA 2D3PA 4WVWA 1INYA 3BIWE 5HCBA 4YG0A 4FJ6A 2A5ZA 2CWMA 1JN2P 3V0BB 2WT2A 3A4UA 1W6NA 4AVSA 5HCAA 3OGGA 3A72A 2ERFA 1A8DA 1Q8SA 3WG4A 5F9TA 1C1FA 3RRDA 1LCLA 3ZXKA 3AYAA 1EPWA 2F27A 1URXA 4LBKA 4FZHA 1BKZA 1SLCA 2HTWA 4KBBA 5IK5A 1A78A 2E51A 5IK4A 4YM0A 2VH9A 1FNYA 1BQPA 1WW4A 5E89A 1W20A 3TI5A 4LBLA 4MWRA 5KXEA 1ULEA 1HQLA 2YV8A 1N3OA 2ZHMA 3IPVB 3WDWA 1E8VA 3TI8A 2KM2A 1KITA 2YA8A 4IQPA 1LJ7A 4K1HA 2CL2A 2NZ9A 1DHKB 5CAZA 5JYYA 1C1LA 5H9PA 2C4AA 1ZA4A 3TI4A 1XOEA 2PHWA 2HTQA 4HANA 1C4RA 3GALA 4CTEA 4BMBA 4Y20B 1Z78A 1QOOA 1LOAA 4FPLA 3RS6A 2ZHKA 1QNYA 3VKMA 2EAKA 2W5NA 2R1DA 1V6MA 3KQRA 1V3CA 5JVVA 4DGRA 4MWLA 2WT0A 1G9DA 1JYCA 3CL2A 4BBWA 2YA4A 1Z4WA 1S1AA 5DZEA 1W8OA 4P9XA 3O0WA 3O12A 4NO4A 1XOGA 3TI6A 1FX5A 1IS4A 5AVAA 1MS1A 1FATA 4DPNA 4JRAA 1A3KA 4GJTA 3IN9A 4WVVA 3I4IA 4MWUA 1JBCA 1FV2A 4XYXA 4X4AA 4FVVA 4FPHA 2OUJA 2HTYA 1S0CA 4AYUA 3VKNA 2DWRA 4UW6A 1Q56A 4GZPA 1QKQA 2GMMA 4MWWA 4AGRA 4YZ5A 4YGCA 3B9CA 3V0AB 1INGA 3SALA 2JE7A 2LTNA 4FPCA 4MWQA 3RSJA 4Z8BA 3ALXA 2QWFA 3AK0A 1A14N 2YMZA 1QMJA 4Q27A 4Y22B 2WJSA 4PCRA 3BTAA 3USUA 1L7FA 4WEGA 4HL0A 2CYFA 4FPFA 4Y1VA 3LSEA 5T5JA 3PJQA 2E7QA 2EIGA 4YG3A 2ZGRA 4HZVA 1IKQA 5T5PA 3SNMA 4R9AA 4NC5A 2JECA 1IVCA 1SNTA 1PZ7A 4MWVA 1Z4VA 5H9SA 4HZXA 5L73A 2D6PA 1BZWA 4M4VA 1L7HA 4UW5A 3ZSKA 3O9KA 3NV2A 2TEPA 4QN4A 1E8UA 3WVJA 2VK5A 4GEZA 3N35A 1J1TA 1DGLA 2GMPA 2DYCA 4XBLA 3POSA 3RMXA 3NV3A 2D43A 1LULA 4BMEA 2PHUA 1SBEA 3QLQA 4CRQA 3AP4A 2EALA 4XJQA 4GZXA 2ZGUA 2HT8A 4QN7A 4MWJA 1CJPA 1H9PA 2D7FA 4F83A 2DTYA 3CKZA 1CIWA 1YI7A 3UK9A 2WQZC 4FQ4A 4FPGA 2W5OA 2ZACA 4QN6A 1S0DA 2D3SA 3TICA 5EYXA 3SITA 2NN8A 4FP2A 3FFZA 2UU8A 4XZPA 3MPPG 3IPVA 5DZGA 5CB7A 2AENA 2W52A 1V2IA 1A4QA 5T5OA 4TZDA 2DTWA 4J9TA 1D2SA 1JXNA 6NN9A 1VALA 2AH2A 4XJ9A 4C1XA 1V6KA 3H0OA 2A7AA 5M1ZA 3B01A 1IS5A 4XXAA 3M3EA 4Y1YA 5JOYA 1QU0A 1DFQA 3AJYA 4Y20A 1DIWA 5T52A 2A6VA 2P3IA 4WZFA 2CNAA 2NYYA 1NSCA 4BLIA 2CMLA 2HT5A 4BPZA 3ZXLA 1WUVA 3SISA 1SBDA 1RIRA 5GZCA 1AXZA 2RHPA 1W6MB 4RA0A 4XILA 4HZWA 4KS3A 3MEPA 5H9RA 3TAYA 1W8NA 2GMEA 3GVJA 2ARBA 4LBNA 2P34A 3I8TA 5IK7A 1AX2A 3DGTA 4RL7A 4XOGA 4ISQA 3BODA 1H30A 2GNBA 2E53A 4X6KA 2FMDA 5DXDA 3JU9A 5T55A 4PBOA 1OQ1A 4YFWA 2UWAA 3WDVA 1NMCA 1VAVA 1BJQA 2GNMA 4XIOA 1JW6A 1SLBA 2V5YA 2XG3A 5DUVA 3R05A 4ZXKA 1Z4XA 1B9VA 1AJKA 1CESA 3OYWB 1WLDA 4HIZA 3AXDA 4XJ8A 4FQZA 2EF6A 4LBMA 1UKGA 2BF6A 4Y22A 1Y7BA 2ZA9A 1G86A 2YA6A 1LECA 4FPJA 1MS8A 1QDCA 3RG0A 1WW6A 3Q9OA 3CNAA 1CONA 2JKBA 3AYDA 4UW3A 3ATGA 1VAMA 3VV1A 1ONAA 1WD4A 2HYKA 1USXA 1V0EA 4GA9A 1FNZA 1DQ4A 5DZFA 3POWA 1N47A 3W09A 4FOVA 2A6XA 2F10A 1HQWA 3ZXJA 3H6JA 4LBQA 2GDFA 2P2KA 2YY1A 3SANA 4YZ1A 2PHTA 2ZGNA 3N3HA 1INXA 3M1HA 2SLIA 4Y24A 1QNWA 1RINA 2UWCA 3FUOA 1NNAA 2SIMA 1SCRA 2ENRA 3ZSMA 2HT7A 4MC7A 2LALA 4FPKA 4BLJA 3K37A 1YO8A 4Y1XA 2ZGMA 4CPMA 5EXOA 3ILNA 4I00A 4NOTA 2DUPA 3WCSA 2QWIA 1D0HA 2GN3A 5GLZA 2E6VA 5NN9A 2XZIA 4ASMB 1VCUA 1F5FA 4WA4A 1V6JA 1H9WA 2EXIA 3WHTA 4K1YA 1AF9A 1B09A 1WW5A 4XHXA 4GZSA 3D4KA 4CPNA 4MYEA 5E88A 2XZJA 2GN7A 5B2DA 1MS4A 1USRA 3IKWA 2ZB5A 3ZXEA 3WV6A 2A6WA 5GZFA 3A0NA 1W6QB 2CY6A 3O9JA 3JU4A 1IOAA 2JE9A 1NMBN 4KS4A 4XBNA 4X49A 3M3QA 1S0JA 4UW4A 3D6EA 2ZGTA 1KDKA 4Q1PA 1LGNA 4C1WA 4R9CA 4GXLA 4YM2A 4R9BA 2F13A 2I2SA 1N3QA 1LOBA 1DQ6A 4MWXA 4LBQD 3HN1A 3U4XA 4LBJA 2VW0A 3B00A 1Z0HA 4YGBA 3HR9A 4QN5A 2YA7A 5KXCA 3UJQA 5DUXA 3JUUA 3O5SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FV3A 1POV1 1MS5A 4WA3A 2WT1A 1ULGA 2CSGA 2Y6FA 3IIIA 4EJRA 1LENA 5JXHA 1W6OA 1J84A 5DAXA 5SV8A 5I8TA 5FK7A 1Y9QA 2BV4A 1IVDA 1IPSA 2EIEA 3H3LA 2WZR3 4HPKB 1G7YA 1SPPB 4QMAA 2B9UA 2WC2A 3NNFA 1WMEA 3AP7A 5FYSA 3I59B 5JZGB 3ZM8A 4CCNA 2E7AA 2VK7A 2RJKA 5HUNA 2I45A 5LEJA 4KQ7A 3K48A 2A3YA 1JZ2A 1Z4ZA 5KWRA 2FDIA 2UY8A 1GP5A 3HNMA 4I0BA 4QQOA 5LZ6A 4IYGA 4AFBA 3RI9A 3LE0A 4LUKA 1W39A 1U0AA 5FY1A 1FI2A 4QU1A 1TME3 1GU3A 3NL1A 4XFGA 3CU7A 3IB3A 4HVRA 5A32B 5K4LA 3OBRA 2WNUB 3PUQA 5C7GA 1FOD3 1V6IA 3BIEA 4QPWA 5J3UA 3U75A 4CU7A 4BHPA 4R4ZA 3GBWA 4ES8A 1N6FA 5C8CC 4JGYB 1Y9GA 5FZ0A 5HV0A 4B7NA 2R1BA 4X47A 5F8PA 1LHVA 4RS5C 2CGPA 1WMXA 1PGSA 4BQ1A 1CZTA 4KH9A 5F2SA 4HHOA 4M3CB 3LOBA 2VSKA 3D82A 1CQ1A 1CPNA 2YHJA 2YC2A 3WF4A 4HOOA 1COV3 5JOWA 1K42A 5KHGA 1JZ7A 1DLLA 4I01A 1G9FA 1K5MC 2ZBJA 1PM7A 4XMAA 1QIQA 1YIFA 2NQYA 3PDQA 5EPAA 1F8BA 3ALWA 3IM0A 1IJQA 1NCRA 1HKDA 1V6NA 1V3EA 3HBZA 2JD9A 4OUMA 4GWMA 2NP0A 1BHGA 5HUMA 1L3JA 2DVAA 1F2NA 1H6YA 1XNKA 3FX3A 4NN0A 2ORZA 4IL7A 3A9HA 4LKFA 3T1MA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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