4FPFA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-chlorobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Sialidase B
total genus 195
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpfA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpfA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpfA02
4B7MA 1ENRA 2YDTA 4Y1XA 1QDCA 1WBLA 5DG2A 2ZB5A 1GSLA 2DVAA 2QWHA 2PHFA 2DVGA 2EALA 4FJ6A 1ONAA 2ZKNA 4X4AA 1CR7A 1BJQA 1GICA 4XJWA 2D3SA 1DQ5A 3VV1A 5HX0A 1MS3A 1L7HA 1SLAA 1EURA 1O4YA 2DVDA 4XJAA 4LBLA 1Z50A 3T1EA 5GZGA 4YLZA 3AZWA 1NCBN 4HANA 2YMZA 5CNAA 3RG0A 2A5ZA 3V0BA 4WA3A 5HUNA 1O4ZA 4MWQA 3RMXA 5GLUA 1NNBA 1V0EA 4FZHA 1DZQA 3A4UA 4QN3A 1LU1A 1WW5A 4DRVA 1MVEA 3AK0A 1GLHA 3ATGA 4FPEA 4BQ1A 4B7NA 5JOYA 2YA4A 5KXDA 2QWCA 1GNHA 4I30A 3BTAA 1KJRA 1V6MA 3GALA 4FPFA 1FV3A 3RS6A 5CAZA 5DUWA 4PBOA 2WJSA 4AYUA 5BYNA 1N3OA 2XZKA 1NXD1 2ZGLA 3APBA 3AXEA 4K3YA 3DGTA 2F13A 3WCRA 1YYNA 3T1LA 1B09A 3FBYA 1W6MB 4U36A 1QDOA 2ES3A 5GJ6A 1W6PA 2XB6C 3NV4A 1DQ4A 3N7JA 1CJPA 4MX0A 2CTVA 1UX6A 4AGVA 2R0FA 1QNWA 1SNTA 2X9MA 1F31A 3VKLA 1NMAN 3SNMA 1OKQA 3H6JA 3FUOA 2A71A 4ITCA 1NNAA 3TI6A 1USXA 4PF5A 4TYSA 3GNEA 1B9SA 2AYHA 4GWNA 4M00A 3C2UA 2CWMA 1S0DA 4NC5A 1INGA 4FOWA 3UK9A 1LOEA 5JOWA 3OBRA 4GXLA 3I4IA 3SANA 3IN9A 3ZSMA 1ULDA 1SBDA 3OY8B 5T5LA 1WLWA 1MACA 3CL0A 3SH4A 1C57A 4M4VA 2E53A 3AZZA 2ZACA 4H55A 3A0KA 4R9AA 2BERA 2F10A 4B7JA 3H72A 4M3CF 3DUIA 2EIGA 1R1ZA 2GMEA 1LCLA 1AZDA 1GZWB 1AX1A 2WNEA 1W21A 4CPYA 4YW5A 2ZHKA 1YIFA 4LBQD 5DZGA 2P37A 3B7EA 2GN3A 4XIKA 1Y7BA 4CRQA 1W6PB 4P9WA 1CVNA 1GBGA 1BQPA 1AXKA 2A6ZA 1NCCN 1VCUA 3AP6A 2YA6A 3M3CA 1G9DA 2EXKA 3WDWA 1EPWA 4YW1A 2ZGRA 2VUAA 2JE7A 3ALXA 3K3AA 1A3KA 4Y22A 4XJZA 1AJKA 4XHBA 1V6JA 4GZPA 4K21A 4J9TA 3M2MA 4UW3A 4YG6A 1IVFA 3M3QA 4QNPA 1N1SA 4K20A 1NMBN 4YFZA 5GLTA 4SLIA 2KM2A 5HCAA 4HZZA 2EAKA 1USRA 3H73A 1G7YA 3M1HA 4AWDA 2XCYA 4BMBA 1DILA 4YZ1A 4TZDA 1W0PA 5FREA 1LGNA 1LGCA 2JECA 4LBQA 1ZM1A 4Q1RA 3AYAA 2CNAA 4FVKA 1HQLA 3RRDA 1Z4WA 3WLUA 2E7TA 5B2CA 4ZKTB 3N3HA 3W59A 2LTNA 3B01A 5B2DA 4AVVA 2F27A 4XMIA 1LOBA 1LOFC 3A0NA 4FP2A 4GA9A 3JUUA 4K1HA 5T55A 2HT8A 1FAYA 4QN7A 2OUHA 1IVDA 3WG1A 2GNDA 3SLIA 3O0XA 1Z4VA 2XG3A 1C4RA 4FQ4A 2LALA 1V6IA 3D6EA 1Z0HA 1MS8A 5F5QA 3WDXA 2VSKA 1J1TA 1GNZA 2VU9A 4LBJA 5CB7A 2R49A 4GZXA 2ZBJA 4K1IA 4FOQA 4FPOB 2TEPA 1ZA4A 2SILA 4FVVA 3N7LA 4Y20B 2D3RA 3INAA 2W52A 4MYEA 4I00A 2GMPA 4JCKA 2WSVA 1ULFA 2YV8A 1N1TA 2ENRA 4P9YA 1DYKA 1LGBA 4Y22B 2HTUA 1Q8VA 4WEFA 3U4XA 1IS3A 2JDZA 2VK6A 3QCWA 2F28A 1E8TA 3TIBA 4MWJA 2A6YA 1JXNA 2XZJA 1S0JA 1HDKA 1WW6A 4DQAA 1SACA 2GNMA 4HZWA 2OW4A 4MC7A 3V64A 1N3QA 4LBQB 2WLQA 2D6PA 4R9CA 1H9WA 3WVJA 5FRAA 2HYKA 5HUGA 2A3WA 3QLQA 1PZ9A 3TI3A 5HUMA 2NN8A 1APNA 2GALA 4YM0A 4YZ3A 4YZ4A 4Q6KA 1BZWA 3PVEA 3KM5A 1RITA 1W8OA 2P3JA 2AEPA 3OGGA 2VW0A 3ILFA 1NMCA 1A4GA 3FLRA 1G9BA 3B69A 4GWMA 4CPOA 4ISRA 2ERFA 1S0CA 2R0HA 3ILRA 1W6MA 2ZHMA 4CTEA 2Z42A 3GVKA 4Q8LA 3A71A 1V3CA 4KS4A 1SCRA 1EUUA 3WG3A 3ZSKA 2BQPA 4GDJA 2QWDA 3ZXKA 5IK4A 1RINA 1LHNA 4XZPA 4FPCA 4FOVA 2VXRA 1AJOA 4ASMB 5SV8A 2F0ZA 3M3EA 2W5NA 3K39A 1ULEA 1XOEA 3TI8A 4LBOA 2C9AA 1MS5A 2AR6A 3LSDA 4DGRA 1W6NA 1DIWA 4YM1A 3M3OA 1JBCA 5E88A 1YI7A 1SFYA 4BPZA 5GZCA 5GZDA 3NV3A 4P9XA 5EWSA 1Z4XA 4DFSA 1E8UA 3CNAA 3AZXA 1YO8A 2EF6A 2HTYA 4YGDA 2HU4A 1NSDA 1PZ8A 2NMOA 3OYWA 4R9DA 1C1LA 3OY8A 4YFWA 1FV2A 4UF7A 2YA7A 2AUYA 2EXIA 5KXEA 4GZTA 2C4AA 4R9BA 3CKZA 4C1WA 1F9KA 1UL9A 4Y1UA 2UU8A 1F8EA 4Y1ZA 1LJ7A 3NV1A 4CPLA 1V0FA 3TI5A 3WG2A 1HLCA 2A7AA 2R1BA 3W09A 4XTPA 4QN4A 2D7FA 4XMAA 5IK7A 4XJQA 3R4UA 4QN6A 1GZWA 3ZXEA 3VUOA 5IUQA 2GDFA 4MWVA 2QWFA 3HMYA 1IS5A 1ULGA 4W65A 5JDBA 1WCQA 2G4IA 3TB0A 4DPNA 2D6OX 3AZVA 1EUTA 3LSEA 1OQ1A 4FP3A 2DU1A 3ZYPA 3WDTA 3AP4A 3MEPA 1SBFA 1B9TA 2JD4A 2YZ4A 2HTWA 3WG4A 3AJZA 3SH3A 1KJLA 4GEZA 1IS6A 1QGLA 1MS1A 1S1AA 2QWJA 1N3PA 2ZMKA 5T50A 2PHTA 3ZYRA 4M01A 3IM0A 1NSCA 1W6NB 3FUQA 1WW4A 2YA5A 5JLVA 1W1XA 2B7YA 4XHXA 2QWAA 3V0AA 1INYA 5T5JA 1SLTA 5DG1A 2D6KA 6NN9A 4U2AA 4BLJA 3KQRA 3UL2A 2YROA 1F8DA 4XJRA 1A78A 3OYWB 1A4QA 2WT1A 3O12A 3CL2A 4WA5A 3MPPG 2Q5TA 1NLSA 4X47A 1KRIA 2JE9A 1NCAN 1MZ5A 1WUVA 2FHRA 2W38A 1NNCA 1HKDA 3FLPA 4XBQA 5GZEA 4P14A 2GNTA 1LEDA 2QWBA 4ATEA 4YGCA 2YA8A 3WHTA 2XZIA 1GV9A 2DVBA 1LEMA 1V00A 1VAMA 4XIOA 4XDQA 4AGRA 4GALA 2AGSA 4HZXA 1JYCA 1LU2A 3WCSA 3AP5A 2R16A 1H30A 1C1FA 2VY0A 4XYXA 1S0IA 1SLIA 4Y20A 3ZXFA 1V3DA 4KS2A 1S0GA 2ZAAA 1IVCA 5GLVA 2WT2A 4Q8KA 1V0ZA 3R05A 1YRZA 2ARXA 1INWA 3K38A 3AJYA 3NV2A 2VK7A 1JW6A 1JYIA 5E8AA 3POWA 1LESA 4Y1VA 4LBKA 2ZGTA 3Q9OA 4Q1PA 1G86A 4BLIA 2BATA 2D44A 4WV8A 3V0AB 4Y24A 4MWLA 1DQ6A 2AH2A 1D2SA 3A72A 4B7QA 4UW5A 1IVBA 4MZAA 2CWSA 1LHVA 3USUA 4GJTA 2UURA 1D0HA 1H9PA 1N1VA 1Q56A 2CMLA 2D3PA 3ZVXA 1N1YA 1MWEA 3HR9A 1KDMA 3WDVA 1VLNA 3T1MA 1EUSA 5M1ZA 1LOGA 2D6LX 4QN5A 2PHRA 2GNBA 1WD3A 2VH9A 4K1ZA 1U0AA 1F8CA 4BM8A 2D43A 4M3MA 3LCPA 2RHPA 2WT0A 3N7MA 4FOYA 1QOSA 1CN1A 3ZSJA 1DFQA 2ZGKA 2A6WA 3JU9A 1VIWB 2ARBA 1QNYA 3ALWA 4HZYA 1AVBA 4M3CE 4AVSA 1W6OB 3RQ0A 1E8VA 5L73A 2HTRA 5JVVA 3VKFC 1W8NA 5H9PA 1LOFA 2AREA 2E7QA 3AZYA 3RMYA 5JOXA 4XBLA 3B00A 5F9TA 1X50A 4NN9A 2BZDA 1INHA 2P3KA 5GALA 3W58A 2UWAA 2VW2A 1MS9A 4MWWA 5H9QA 4HZVA 2A75A 4MJVA 3BODA 3POSA 1BJIA 1CQ9A 4XXPA 2CY6A 4AGGA 2VSMA 1ULCA 1BKZA 4XE9A 2DU0A 4D8SA 5CBLA 3ZSLA 2F26A 2W5OA 1VALA 1V2IA 2DYCA 4YGBA 5KXCA 4DRRA 1IKQA 2ZHNA 3D12A 3K37A 4YZ2A 2CL2A 2ZMNA 4Z8BA 2WQZC 2NM1A 1S0FA 2ZGUA 2ZHLA 3WV6A 3PVOA 4KBBA 3BEQA 5H9RA 2VW1A 1UN1A 3H71A 3OJBA 3USUB 1UZZA 3TIAA 3IMNA 4MZEA 2V73A 4MWRA 4Q26A 4K1KA 5GZFA 2D6MA 4XTMA 4M4UA 4PBPA 2E51A 1URXA 2NZ9A 1IVGA 4WA4A 4X49A 1QF3A 3H0OA 2D6NA 4PQ9A 3FFZA 1CIWA 4WEGA 1LOCA 3OPZA 2DUQA 1UZYA 1A8DA 1XQNA 3T2TA 1WCSA 4CPMA 3D4KA 4GZWA 4JF7A 3SILA 1XOGA 3WUCA 4BOWA 1AF9A 4YM3A 5IT6A 4FQZA 2F12A 5DZEA 2DURA 3O0VA 3BOPA 1PZ7A 4H53A 5EYXA 3V65A 1SCSA 1LHOA 2WKKA 3R4SA 3L2YA 1WBFA 2NP0A 1V6OA 2DUOA 4FPLA 1BXHA 1G9CA 2UWBA 2PHWA 2ZGMA 2JJ6A 2R1DA 1N47A 3D11A 5KXBA 1W6QA 3CYEA 3ENRA 4WVWA 3O0WA 2JKBA 2F11A 1DQ0A 3VKOA 3SALA 5T52A 2DTWA 3O9JA 2SLIA 2W08A 3UJQA 3MW4A 4L8QA 4GZOA 5CA6A 5HCBA 4MJUA 1GZ9A 2ZMLA 3AYEA 3AFKA 4ISQA 1TEIA 1DLLA 3AXDA 1ENQA 4FPJA 4YGEA 3MW3A 1I3HA 5JMCA 3HN1A 3K36A 1AXYA 2P2KA 3SH5A 4B7RA 4D69A 3JU4A 4YG0A 1MZ6A 5E89A 5JOZA 3WOGA 3AX4A 4M3CB 2PHXA 1SLCA 3UJOA 2ZGQA 1INXA 1KQRA 4XBNA 2VVZA 4JRAA 1GANA 1FATA 3SITA 1QKQA 3WHUA 2VK5A 4WVVA 5LK5A 2C4LA 3N36A 4UW4A 1Q8QA 4GB1A 1A14N 2OVUA 5T5PA 2F24A 3ASIA 3ZXJA 3NSSA 3AP7A 2BF6A 2RKCA 1V3BA 3ZPYA 2YXSA 1V6NA 5IK8A 3GVLA 4MWYA 3PMEA 2C5DA 4KS1A 1W6QB 4XOGA 1DBNA 2DV9A 1F5FA 2I2SA 1DQ2A 1OFSA 2ZGSA 4GDIA 3PVNA 5GLZA 3OBTA 1S0BA 4LBMA 3O9KA 2ZA9A 3AYCA 2B8HA 1SO7A 1RIRA 1NN2A 5DZFA 4DS0A 3WDYA 3WUDA 1JUIA 4BMEA 1DIMA 4FPGA 5HUKA 1GYKA 2DVFA 2F29A 4MWUA 3IPVA 4H52A 2H0BA 1MS0A 4LBNA 1IS4A 1CESA 3V0BB 4K1JA 1FNYA 3N35A 4NOTA 1HQWA 2DUPA 1JHNA 1LODA 3B3QE 2A3XA 1V6KA 3B9CA 4XILA 4KS3A 4XJ9A 1W6OA 1UAIA 5NN9A 4RL7A 4KS5A 4XJUA 2ZB6A 1VCJA 1Z78A 1W0OA 4GKXA 2ZZJA 2P34A 4JC1A 1WLCA 4GZSA 2SIMA 1WD4A 2ZABA 2ZGNA 4XJ8A 2EXHA 2DTYA 1YXWA 1LECA 2F25A 2HU0A 1Q8OA 1MS4A 3BIWE 1L7GA 2A70A 2GMMA 1ENSA 3VKMA 2VWDA 5DUXA 1SBEA 2P3IA 1GKBA 4NO4A 2GN7A 1CPNA 5H9SA 1FNZA 2QWIA 2SBAA 1B9VA 2ZGOA 1G9AA 1LOAA 3TI4A 2YDPA 1DGLA 3FLTA 1F8BA 4FPHA 4YW3A 4M4NA 2FMDA 3TAYA 1FX5A 3VKNA 1DQ1A 3AP9A 2W39A 2QWKA 2V5YA 5GLWA 3N7KA 7NN9A 3NWKA 2PHUA 1KITA 1FYUA 3IPVB 2UWCA 3TICA 1LTEA 1JN2P 3PJQA 1QOTA 1G8WA 2AENA 5AVAA 1V6LA 3WZ1A 4GKYA 2ZGPA 2HT5A 5HCFA 1UMZA 3O5SA 1QOOA 3MW2A 2W20A 1AX0A 5T5OA 5T54A 4AVTA 4YW2A 4Y1YA 4YW4A 1QMJA 2OUJA 4GZQA 4ZXKA 1SLBA 4CZSA 4CPNA 1G9FA 1WW7A 4YM2A 4CPZA 3INBA 4BBWA 1JOJA 4Q27A 1CPMA 5EYYA 4YZ5A 1INVA 2PELA 2QWGA 2A6XA 1WLDA 1LENA 1AX2A 4HIZA 1Z4ZA 4MWXA 2QWEA 5JYYA 3ILNA 4Y26A 2W68A 4FPKA 3I8TA 3POYA 5DUUA 4FPYA 1S0EA 1INFA 5EXOA 4UW6A 3NN9A 2E6VA 1IOAA 1IVEA 5IK5A 4C1XA 2NYYA 4WZFA 2HTQA 3WNXA 1IKPA 1UKGA 1SLLA 4OZXA 3RSJA 1V3EA 4RA0A 2YY1A 3ZXLA 2NMNA 3WDUA 2DWRA 3SISA 1LHWA 1CONA 4K1YA 2A3YA 3IKWA 1Q8SA 1BYHA 2AEQA 1MVQA 5GM0A 1LHUA 1DYPA 4IQPA 1MR5A 1DHKB 4PCRA 4NCSA 4M3CA 2A6VA 1LULA 2CYFA 1W20A 1QU0A 2HTVA 1I1EA 5DUVA 3AYDA 1NCDN 1NSBA 1L7FA 4ATFA 4F83A 1Q8PA 1GZCA 4Q2FA 1KDKA 2EXJA 1Z4YA 4XXAA 4YG3A 3D5OA 1AXZA 2WSUA 4X6KA 1UPSA 4HL0A 1VAVA 3GVJA 5DXDA 2HT7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4B7MA 1H2LA 1SPPA 1ENRA 1LNSA 1QH6A 1W04A 2ID4A 2YDTA 2Q30A 1QDCA 1WBLA 2GSYA 4Y1XA 5IYYA 4S2GA 1NCRA 3FE5A 5DG2A 3W20A 5J48A 2ZB5A 1GSLA 5F3EA 3HNBM 2VJXA 4CEWB 3KT1A 5C70A 4BCUA 1CVMA 2WABA 2DVAA 1W39A 2PFWA 2Z5WA 5C4WC 2QWHA 1OH4A 2QZ3A 1U5IA 3AKPA 2XHKA 5FYSA 2PHFA 2DVGA 5A7SA 2WNUC 5J3UA 4COVA 4LMFA 4KMQA 3BUCA 5FPBA 2EALA 4FJ6A 2VBPA 1ONAA 2ZKNA 4X4AA 1NA1B 1W8ZA 1I6XA 2BOJA 4Q4V1 3KMHA 4D6QA 3WN7A 4M4RA 5KC5A 1CR7A 3N4MA 1BJQA 1XJAA 4GH4A 1GICA 2HWE3 4XJWA 2PQSA 3EO6A 2D3SA 3NJVA 5FZGA 2R062 1J1LA 1DQ5A 3LPFA 4AQ2A 3GHNA 3KZ4C 4NN0A 4PLOA 1NCQC 5FJHA 3AMRA 3VV1A 2XL9A 2XVLA 4C8DA 4DOUA 4B1LA 2CHHA 2C6SA 2P6HA 2ZTNA 3DXUA 4MXVA 5DABA 4GMP0 5HX0A 3MHZA 1MS3A 2IAUA 3EMRA 3AMMA 4IEPA 4NAOA 2XWJB 3DYMA 2JDYA 4F8AA 2OS2A 1SLAA 5J36A 1EURA 1O4YA 5C3PA 1TME3 1RUI1 2DVDA 2G9GA 4QWNA 3CJIC 1NKGA 1K5MB 2YPDA 4XJAA 4R52A 1PIV3 1AL21 4LBLA 3BTZA 1Z50A 4CUAA 3T1EA 2VE1A 3DN7A 5GZGA 4CCNA 2RM21 1EV13 1QWRA 2Y26A 4YLZA 3AZWA 1NCBN 4HANA 2YMZA 3GBWA 1DCSA 4E4SA 4CXYA 1ZI0A 2PA7A 1O3QA 5FZ8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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