4FPFA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-chlorobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Sialidase B
total genus 195
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpfA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpfA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpfA02
1N3OA 2D44A 5JLVA 2BATA 1NNAA 1MS1A 1O4ZA 4P9YA 1LJ7A 5T5OA 2YDTA 4FZHA 1V0FA 4DFSA 2E7TA 2YA8A 3VV1A 2VK5A 2YDPA 1HQLA 2P34A 1WUVA 1NLSA 1G9DA 4XJUA 4K20A 1ULFA 3M2MA 1W6PB 1G9AA 3IPVB 4KBBA 1NXD1 4LBQA 2AH2A 3W59A 4YGEA 1YYNA 2CL2A 2D3PA 1FV3A 3AP6A 2CYFA 1FYUA 1V0ZA 1Z0HA 4MC7A 4PCRA 2XZKA 1AJKA 3RSJA 3JU4A 4MJVA 4KS1A 2W68A 2CMLA 1IKQA 2A5ZA 3WLUA 4CTEA 3WHUA 1UX6A 2P3JA 2XB6C 2YXSA 5HUMA 4AWDA 1AX0A 1S0IA 3USUA 3N7LA 1DYPA 5T55A 1Q56A 5DXDA 1LECA 2WT0A 3RRDA 1SO7A 2ZACA 4XZPA 1WD3A 1PZ7A 3O0VA 3VUOA 1UKGA 4DGRA 1NSBA 3C2UA 3A72A 2OVUA 3GVJA 3NV2A 2ZA9A 5CBLA 4M3CF 2ZHNA 2ZKNA 4YW5A 5T52A 3B69A 3AZZA 1Z4ZA 2PHWA 2XZJA 3AP9A 2ZAAA 4MWRA 5B2DA 2UWCA 1V2IA 3FLPA 1VIWB 2EXJA 4Q2FA 1F8DA 2P37A 3MW2A 4QN7A 1W6NA 2UU8A 1N1YA 2W39A 3PVNA 3WZ1A 2OW4A 2F27A 2BQPA 4NCSA 1QDOA 4LBOA 4GA9A 3O12A 2SBAA 2AENA 1HQWA 2GNDA 3T1EA 2A3WA 3AZXA 3B3QE 5GZFA 4Y22B 2B8HA 4WEFA 4TYSA 1MZ6A 1IKPA 4F83A 4YGBA 4FPJA 1AXKA 4Q6KA 1CPMA 4YG0A 3WCRA 1LESA 1WW5A 2VU9A 3A0KA 1F8BA 2HTRA 1MR5A 4Q26A 3POSA 1F5FA 5LK5A 1N47A 1L7HA 4FPKA 2R1BA 3TAYA 4XBLA 1DGLA 4BPZA 3SNMA 4K1IA 5L73A 3V65A 4Y1ZA 1OQ1A 2AGSA 5JDBA 1N1SA 1ONAA 1Z4VA 3VKFC 3O9KA 4K1JA 4XJRA 3ILFA 2GDFA 2VW1A 2LTNA 3INBA 1U0AA 1SFYA 1V3BA 1LU2A 1USRA 2CWSA 1QF3A 2CTVA 1AX2A 2XCYA 1MZ5A 1FNYA 4HL0A 1DIMA 1IVBA 5HUGA 1CIWA 3BIWE 4YFWA 4FP3A 4M01A 2GNBA 3FUQA 3RMXA 2ZBJA 4YM1A 1QNWA 1IS4A 4Y1XA 2D3SA 4YZ5A 1KITA 1V6OA 4JCKA 4TZDA 4FPOB 4GALA 2D43A 1MS4A 1WBFA 1Q8PA 3A71A 1LOEA 3AYDA 1QOTA 1SLAA 2W52A 3O0WA 5EYXA 2ZABA 3AK0A 1GBGA 1IS6A 4UW4A 4QN3A 3JU9A 2AREA 4GWMA 4WEGA 2VK6A 2JE7A 1CESA 5JOWA 1Z50A 1FAYA 4GZPA 2PHUA 2BF6A 2A3XA 1S0BA 1C1FA 3SH4A 1NCCN 2ZGOA 4B7RA 2SLIA 4R9AA 5DG2A 2YA6A 4LBQB 1WW7A 3ASIA 1W0PA 3ZXKA 3V0AA 4K1ZA 2NN8A 4GZSA 2DVGA 3ZYPA 3I4IA 4W65A 4YW1A 4FOYA 4MWYA 2UWAA 2HT7A 2YA4A 3BTAA 4YW3A 3ZXEA 1ZM1A 5CAZA 5KXBA 4YW2A 1CVNA 1KRIA 2NMNA 2PHRA 3H72A 2R49A 1JYIA 1QDCA 4YZ2A 5HCBA 1ULDA 1AXZA 4XIKA 3PJQA 4C1XA 2DTYA 3USUB 2UWBA 3WDTA 4SLIA 1C4RA 1YO8A 1IS3A 4D69A 2OUJA 6NN9A 3ZXFA 1NSDA 1GV9A 1BXHA 2NM1A 2YA5A 2D6LX 3AYAA 5DZFA 1LHWA 4D8SA 4ISQA 3WCSA 5GJ6A 1W8NA 1DFQA 3FFZA 2AUYA 2HYKA 1YI7A 1WLCA 5DZGA 3B01A 2FHRA 2XZIA 2KM2A 3ZPYA 1JW6A 1VCUA 4XJ9A 4LBQD 1DQ0A 3WHTA 2ZGPA 1MS8A 1E8VA 2D7FA 4Z8BA 2PHXA 1DQ4A 2VUAA 4Y24A 2R16A 5JMCA 2ZMLA 2ZB6A 1IS5A 2DVDA 4BLIA 2UURA 1LGCA 1F31A 2D6PA 1S0EA 1W6NB 3TI3A 2NP0A 2F0ZA 4MX0A 1NNBA 4R9DA 1QNYA 4PF5A 2VSKA 3WG4A 2YMZA 2DWRA 1C57A 3N3HA 5EYYA 1LOFA 5DUUA 2D6KA 1ENRA 1V00A 3B9CA 2E53A 1B9VA 1LEMA 5FRAA 3WDUA 1VALA 5KXDA 1NN2A 1DHKB 4PBPA 2ZGTA 3ENRA 4Y1UA 4I00A 4Y20A 1UAIA 2D3RA 2NYYA 3BEQA 1B09A 4FPFA 3AYEA 2ZHLA 4XJWA 4WVWA 3UK9A 3WNXA 2EXIA 2D6OX 3DGTA 3POWA 2W5NA 1H9WA 2HU4A 4BBWA 2ARBA 1CJPA 1KJLA 4HZXA 4WA3A 4MZEA 4CPNA 4YG3A 5IK5A 1IVFA 1SBDA 4KS2A 4KS4A 4YFZA 2WKKA 4FPYA 2BERA 3AJZA 1NCAN 1LTEA 1W6QA 5IT6A 4M4NA 1DQ5A 2DUOA 1TEIA 2EXKA 4CPYA 5GZGA 2ZMKA 4UW5A 1XQNA 2WQZC 3LSDA 4WA5A 1S0GA 3WG3A 1V6JA 4K21A 1BKZA 4L8QA 4MWQA 2E51A 2CY6A 3RS6A 3ALXA 3IKWA 3NV1A 2DTWA 1Z78A 4M4VA 1IVCA 4GDJA 4I30A 4XMIA 1WLWA 4XXPA 4P14A 1V6NA 3FUOA 5GZDA 2A6ZA 1G86A 1WCSA 3N35A 3AZYA 1ZA4A 5DG1A 1KDMA 2EF6A 4R9BA 4Y1YA 3NSSA 1GZ9A 3VKOA 2QWDA 2GN7A 3AXDA 3M3EA 4PQ9A 4Y1VA 5DUVA 4YZ3A 1LGBA 2GMPA 2W5OA 1YRZA 4MWVA 2A70A 4H53A 2R0FA 3OBRA 1WLDA 1WW4A 1LGNA 1QOSA 2WJSA 4Q27A 2NMOA 4XJQA 2ZHKA 1MS9A 4GZWA 3PVEA 4QN6A 3D4KA 1G9CA 3H71A 5F9TA 4FVKA 2YROA 1LOAA 3I8TA 3V0AB 5CA6A 1FX5A 2GMMA 2R1DA 1NSCA 3CYEA 1URXA 4LBMA 4XOGA 1GNHA 3SANA 3NWKA 4FOWA 3UJOA 1RITA 1EPWA 4B7QA 2V5YA 3N7JA 3ZYRA 1LULA 2Q5TA 4H55A 1F9KA 3UJQA 1FNZA 5B2CA 4GEZA 4KS5A 1MACA 1INHA 4Q1RA 3SILA 4HZVA 2AR6A 1NCBN 3OBTA 2QWKA 2ENRA 3KQRA 2QWEA 3TI6A 2A3YA 4PBOA 4LBKA 3AFKA 4HANA 4MWWA 1DIWA 2ZGMA 3FLRA 1DLLA 1GSLA 1AZDA 1SCSA 2EALA 4UF7A 1L7GA 3WUDA 1INWA 1INGA 1V3DA 2NZ9A 1NMCA 5IK8A 2AEPA 2W38A 4AGVA 3IPVA 3LCPA 5DUXA 1CQ9A 4X6KA 1PZ8A 3AZWA 1DYKA 1NCDN 1V3CA 1G9FA 4DS0A 3WV6A 2JD4A 2QWFA 1W6MA 1V3EA 5IK4A 5GLTA 3FLTA 1WD4A 1HLCA 4M4UA 2CWMA 3D6EA 2AEQA 3ZXJA 2W08A 2ZMNA 1Z4YA 3TIBA 5T5JA 4GZTA 5E8AA 5JVVA 1N1VA 1CR7A 1IVEA 3WVJA 1HDKA 1WW6A 2GNMA 3LSEA 4Y20B 1MVQA 2A75A 1BJQA 3HN1A 2JECA 3B00A 5JOXA 4FPEA 1VLNA 5KXCA 3WDYA 2EXHA 3JUUA 2GNTA 4ASMB 1DBNA 2VWDA 4M3CA 3T2TA 4ISRA 1H9PA 3A0NA 1GICA 3H6JA 4ATFA 1UMZA 3M1HA 5T5LA 1W20A 1APNA 4CPLA 1B9SA 1A3KA 4XTMA 2D6MA 2YV8A 3R05A 1GZCA 1UZYA 1AX1A 3N7MA 4CZSA 3AYCA 1RINA 4XTPA 4WVVA 1GZWA 4MWXA 2PHTA 5HUNA 1W6QB 2GN3A 5JYYA 1H30A 1O4YA 1KJRA 2VY0A 5IUQA 3K38A 4NOTA 1B9TA 3R4UA 4XMAA 4QNPA 1AVBA 4FOQA 1Z4WA 1KQRA 1AJOA 3L2YA 1LHUA 1S0CA 5E88A 3V0BA 2ZHMA 2HT5A 4CPZA 4XBNA 4BLJA 3K39A 3NV3A 1LHNA 3O0XA 5E89A 1F8CA 3WG2A 1XOEA 3DUIA 4FPCA 2JE9A 3H0OA 1GLHA 4BOWA 2HT8A 4C1WA 3B7EA 1DILA 1EURA 4BMEA 2A6WA 3NN9A 4B7JA 2DVAA 2A7AA 4GB1A 4H52A 1MWEA 4XIOA 1CONA 1JUIA 1SLIA 4DRRA 3O5SA 3SH3A 2QWHA 5HX0A 3TICA 1NMBN 4Q1PA 3NV4A 1JXNA 1E8UA 4XJ8A 3WDVA 2F24A 2F13A 2DUQA 3OY8A 4JF7A 1UN1A 1ULCA 3OYWA 4MJUA 1INXA 4YW4A 1UL9A 5T54A 3CKZA 4X49A 1Z4XA 4K1KA 4Q8KA 1CPNA 2A6VA 4NC5A 2B7YA 1S1AA 2HU0A 4ATEA 1BQPA 2ZGQA 2GALA 2EAKA 4QN4A 4DQAA 1LU1A 3ZXLA 1UPSA 3GVLA 4FPLA 3TIAA 4AVVA 1OKQA 2V73A 2H0BA 1QKQA 2LALA 2A6YA 2X9MA 5GLUA 4HIZA 1LOCA 4U2AA 1YXWA 1FV2A 1FATA 2WNEA 4GDIA 4XHBA 2DYCA 4IQPA 3TI5A 4GKYA 3D5OA 1S0FA 4LBJA 3IM0A 3ILNA 4FQZA 3SLIA 3AZVA 1Q8QA 5HCFA 3IN9A 1MS0A 4ITCA 3MW4A 3RMYA 4HZZA 4HZWA 3U4XA 2GMEA 2TEPA 1S0DA 1C1LA 3KM5A 1LOBA 3WDWA 5DZEA 1Q8VA 1QMJA 2VVZA 2F10A 5CNAA 1JN2P 3M3QA 4WV8A 2ARXA 3RG0A 4GWNA 2VXRA 1JOJA 1RIRA 2XG3A 1S0JA 1W6MB 5H9PA 2JDZA 1Q8SA 1DQ6A 3MPPG 2YA7A 1SLLA 2F25A 2DUPA 2PELA 2EIGA 2HTVA 1Y7BA 4B7NA 2DVBA 5GZEA 1AXYA 2F26A 1LHOA 2BZDA 1LENA 2C4LA 4NN9A 1A8DA 2ZGNA 2WLQA 3ATGA 3N7KA 2A71A 2YY1A 4K3YA 2P2KA 1A4GA 4K1YA 1LOGA 4XYXA 3PMEA 4GZQA 4M3CB 2VW0A 3TB0A 2I2SA 1R1ZA 4XXAA 3OPZA 1W0OA 2F11A 4DPNA 4B7MA 1SCRA 2ZZJA 4GZXA 5BYNA 5IK7A 2G4IA 1GYKA 4Y26A 3CNAA 3CL0A 1N3PA 3RQ0A 4YM3A 3AP4A 1GZWB 1HKDA 1W6OA 4FQ4A 2QWJA 3AXEA 1I1EA 3BODA 4JRAA 3IMNA 3BOPA 3GVKA 4CPMA 2C4AA 2VK7A 1F8EA 1EUTA 2DV9A 1LCLA 1L7FA 4NO4A 3O9JA 5CB7A 1N1TA 1NNCA 2C5DA 1V6LA 3D12A 4MWJA 5GLVA 2P3KA 1X50A 2WT1A 4AYUA 3V0BB 3ALWA 2RHPA 3FBYA 1ENSA 4UW3A 1BZWA 3ZSKA 4BM8A 1LEDA 2ZGLA 1IOAA 4J9TA 1MS5A 3H73A 4CRQA 5EWSA 2QWIA 4YM2A 2E7QA 4LBLA 3HR9A 1JHNA 3QLQA 4YGCA 4BMBA 4DRVA 3SALA 4QN5A 1AF9A 1ULGA 2E6VA 1I3HA 3ZSJA 1V6KA 1A78A 3HMYA 3CL2A 3UL2A 1SNTA 5AVAA 2CNAA 5GLWA 1KDKA 3W09A 1W6PA 3M3OA 5HCAA 3PVOA 4RL7A 5JOZA 3OY8B 4OZXA 3INAA 1W1XA 1NMAN 3OYWB 4XDQA 4YLZA 3AX4A 2DU1A 2ZB5A 4GJTA 1GANA 2ES3A 2DVFA 2VH9A 4YZ4A 5DUWA 3GALA 4K1HA 4KS3A 4X4AA 1G7YA 3T1MA 4FP2A 3Q9OA 1A4QA 2A6XA 1SLCA 1INYA 4P9WA 1EUUA 2DU0A 1SLBA 5EXOA 1SBFA 4GKXA 5GM0A 4R9CA 7NN9A 1YIFA 2PHFA 3TI8A 2DURA 4UW6A 1N3QA 4ZKTB 2HTQA 1WCQA 4XBQA 5SV8A 4CPOA 3WUCA 4GXLA 4JC1A 1VAMA 4LBNA 5GZCA 1J1TA 4U36A 1JYCA 3WDXA 4YM0A 2RKCA 2SILA 5GLZA 1QOOA 1DZQA 3T1LA 2ZGUA 2QWBA 1INVA 3MEPA 1E8TA 2FMDA 1ULEA 3GNEA 3AP7A 4XILA 2W20A 2AYHA 2OUHA 4XE9A 5T50A 1WBLA 4M00A 4P9XA 2JKBA 4RA0A 1OFSA 1USXA 2SIMA 5JOYA 2F28A 1VCJA 3WG1A 2HTYA 1W21A 4YZ1A 5H9QA 2ZGSA 3K36A 2QWAA 4WA4A 5KXEA 1BJIA 2QWGA 1EUSA 4MWUA 4M3MA 5F5QA 1DQ2A 4Y22A 2HTWA 3K37A 3ILRA 5FREA 5NN9A 2F29A 2ZGRA 4AGRA 1MVEA 1XOGA 5M1ZA 4FPGA 2ZGKA 3V64A 1QU0A 3M3CA 4MWLA 1D0HA 1A14N 1SBEA 3MW3A 2JJ6A 4WZFA 3POYA 4ZXKA 3QCWA 1INFA 5T5PA 1SACA 3W58A 2ERFA 2VW2A 1LODA 1V0EA 2WSVA 4FJ6A 3VKNA 1VAVA 1DQ1A 1G9BA 3ZVXA 4AGGA 4AVSA 4HZYA 4YGDA 2D6NA 5GALA 3ZSLA 3R4SA 3OGGA 2P3IA 1Q8OA 1GNZA 3N36A 4XHXA 2QWCA 1V6MA 2F12A 5HUKA 4FPHA 4AVTA 3VKLA 4FVVA 2Z42A 1UZZA 4XJAA 1W8OA 3TI4A 1W6OB 1BYHA 2VSMA 3D11A 1D2SA 2WT2A 3SISA 1QGLA 4MYEA 2R0HA 1V6IA 4X47A 5H9SA 4M3CE 1SLTA 4BQ1A 3AP5A 3APBA 3K3AA 2C9AA 1ENQA 1GKBA 3AJYA 4FOVA 4GZOA 1LHVA 4XJZA 2YZ4A 4Q8LA 5H9RA 1CN1A 1G8WA 2WSUA 3SITA 3A4UA 1MS3A 1PZ9A 3OJBA 3VKMA 1LOFC 3ZSMA 4YG6A 1JBCA 2HTUA 3SH5A 1IVGA 4MZAA 1IVDA 3WOGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1N3OA 2D44A 4FTEA 3II7A 1XE7A 5JLVA 2BATA 1RUE3 1UCXA 1X2RA 4MLOA 5EHDA 3H3UA 2WWUA 2IAWA 1FOD2 1OVPA 2LUWA 4Q0VA 1CJDA 5FP3A 3PLQA 1NNAA 1MS1A 5F32A 3MUY1 5A7PA 3W5MA 3AFGA 2IFWA 2JIJA 4UBHA 1O4ZA 4ZLRA 4P9YA 2DBNA 3J8F1 5F5AA 3ZIWA 1LJ7A 5T5OA 3G4HA 2YDTA 4FZHA 3S94A 4LHNA 1V0FA 4DFSA 2E7TA 3T0BA 2I45A 2YA8A 3VV1A 3UGGA 3RZKA 3L9JT 3ZFGB 2VK5A 2BEOA 1DG6A 4LO4B 4P5HA 4QPGB 4COVA 1NXMA 4ZONA 1HQLA 5BNPC 2YDPA 4O5SA 2E9QA 2P34A 2VMCA 5SV5A 1WUVA 4CXYA 1NLSA 1G9DA 2ZJCA 1OA3A 4XJUA 4K20A 1YFWA 1NCRB 1NQDA 1YUDA 3ADEA 1ULFA 1SUUA 4YSFA 3M2MA 5BNOC 1C28A 1W6PB 3CJIA 2Z69A 3IPVB 3KCYA 4OHXA 5FPAA 3V56A 2YDEA 5A6YA 3BU7A 2V4VA 4W50A 1S4CA 4KBBA 3ZXGA 1X82A 2IVJA 4CCLA 1NXD1 1D4VB 1YI9A 4QPIA 4CP1A 2RMU1 4LBQA 2AH2A 2VVEA 1CAUA 4D7TA 3K39A 4HONA 5FMDA 3W59A 5LWBA 1QXPA 1XPWA 3GZUC 5HV0A 4HW6A 1ENXA 4XFGA 1IPSA 2VBBA 4AEDB 4YGEA 3TN92 1YYNA 1UNBA 2DCYA 2DFBA 2VECA 2CL2A 1SG3A 1H1IA 2D3PA 1FV3A 3V1SA 3AP6A 2CYFA 2VNOA 2J7MA 1FYUA 3ZKUA 2CU5A 4FFGA 1VBB3 3VBFC 1V0ZA 1ZYBA 1Z0HA 4MC7A 1W8FA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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