4FPGA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-hydroxybenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 190

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
190
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 190
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpgA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpgA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpgA02
3VV1A 3WG3A 1G7YA 2VSKA 4JCKA 1F8CA 3GALA 1V3EA 2SIMA 3HR9A 1FNYA 1CR7A 3OJBA 4YW2A 1HQLA 1NLSA 1Z4VA 3A0KA 1SFYA 2DU0A 1SLCA 4YM0A 4DFSA 4YFZA 2DUPA 4Q6KA 3KQRA 1LHVA 3ALWA 1OKQA 4M01A 1SO7A 4GEZA 3NV4A 3TI6A 5FRAA 2B7YA 4XILA 1IS6A 4MWRA 2R0HA 3AZXA 4M4NA 1KJLA 1MS9A 1W20A 4YFWA 3H71A 4GKYA 4UW3A 4KBBA 5NN9A 1IS5A 5L73A 4MJVA 4TZDA 2OUHA 3WDWA 5CAZA 1V0EA 3AP6A 2OUJA 1YO8A 5H9PA 5HX0A 1QOTA 4Y22A 2DURA 1W8OA 3BTAA 1GV9A 4LBQD 2HTVA 3D6EA 4M4UA 2PELA 2WSUA 3I4IA 2WJSA 2VW2A 1LODA 2QWBA 1WD4A 5IT6A 2AYHA 3B7EA 2PHTA 3K39A 2A6ZA 1CJPA 3VUOA 4Q1PA 2GNTA 3INBA 3AP5A 3AFKA 2XG3A 1EUTA 2OW4A 2RHPA 4XOGA 2ZB5A 1AJKA 1E8UA 1QNYA 1W6OA 2WT0A 4ASMB 2A6XA 1V6NA 2AH2A 1INYA 3A72A 2HTRA 3ZSKA 3RQ0A 1IVFA 5F5QA 4QN3A 1QOOA 4GKXA 3DUIA 1FATA 1INHA 1XQNA 2XB6C 3OY8B 4XJQA 3NV3A 2F24A 1AXZA 4BPZA 3T1LA 4YZ4A 2NZ9A 1SLBA 4XYXA 4XTMA 3HN1A 4XJRA 1C4RA 2FMDA 2ZGTA 5DZGA 4XBNA 1N1VA 1V6LA 5KXEA 4WVVA 1DZQA 1AX0A 1KQRA 3Q9OA 3CKZA 4FP2A 1V0FA 4GZOA 2HYKA 3HMYA 1D2SA 2JECA 3FBYA 5T54A 1WW7A 4YM2A 2SLIA 1Z50A 1A3KA 4F83A 1G9BA 4XE9A 3ALXA 2SILA 1WUVA 1SLIA 3OBTA 1Z0HA 1IVBA 2AGSA 4XTPA 4FOVA 2VK5A 3QLQA 1LEMA 3IPVB 1ULDA 4X6KA 3AYEA 1DIMA 2JE9A 1MS0A 1CPMA 4GWMA 4QN7A 1U0AA 2QWHA 2ARXA 4FPHA 2EAKA 2NMNA 4MZEA 4GXLA 2WT1A 3GVKA 4LBOA 3WCRA 1JN2P 4K1YA 5JOXA 3DGTA 2AENA 2YROA 3AK0A 5B2DA 1USXA 5DUUA 2HU4A 1NCBN 4XZPA 3C2UA 1EURA 4XIKA 3FFZA 2NMOA 2LALA 4HZVA 4Q27A 2JD4A 3WG2A 3AZZA 1MZ5A 4FOWA 2HTUA 4B7JA 4MYEA 2ZHMA 2QWFA 2A3WA 2D43A 2F28A 1WBLA 5GZGA 1HLCA 2ZB6A 3CL0A 5EYXA 3JU4A 1LOCA 1AXKA 1SCRA 1LGBA 1UZZA 3SILA 3V0BA 5HCFA 4BQ1A 5DUXA 1S0GA 4NCSA 3SISA 2X9MA 4HL0A 4XJZA 4SLIA 1RIRA 4M3CF 5E8AA 3PVNA 3LSEA 5JOYA 4YZ5A 2I2SA 2ZKNA 2ZGMA 2P3JA 2PHUA 2FHRA 2YY1A 1NCDN 1NCAN 1G86A 3OBRA 2W08A 4HANA 4FPGA 3N7MA 2DUQA 4Q8KA 4X49A 4M3MA 2ZGKA 1V6MA 4ZXKA 4CPZA 1V3BA 3ASIA 1ZA4A 1XOGA 1BZWA 4FZHA 4XHXA 3WVJA 5E89A 1N3QA 2W52A 4M3CA 5GALA 1H30A 5IK7A 3N3HA 3T1MA 2YDTA 4Y22B 1UMZA 2CL2A 1AZDA 2DV9A 5IK5A 4YGCA 1Q8PA 5T55A 4Y1XA 3AP9A 4AGVA 5DZEA 1EPWA 4XXPA 3FLTA 1NSDA 4YZ2A 2V73A 3AZWA 2YA6A 4NO4A 4D69A 3ZYPA 5GLZA 3B01A 3IMNA 3V0AA 2GMMA 1O4YA 1Q8OA 4BOWA 1A14N 3CYEA 2BZDA 4YW3A 1W6OB 2F11A 4MWVA 1KITA 1V6KA 1Z4ZA 2HTQA 3RSJA 2R49A 4CPLA 5F9TA 5H9RA 4AWDA 4R9CA 2ZAAA 1G9AA 4P9XA 1MS1A 3OYWA 2RKCA 2D7FA 1LULA 1CVNA 3WCSA 4FPLA 1QU0A 1URXA 4ZKTB 4XBLA 3WDVA 4FP3A 1W0PA 1SBEA 1V00A 4Y1ZA 4CTEA 4UW4A 1YYNA 2DYCA 4ITCA 4XJWA 3INAA 2DU1A 2E51A 1GANA 3T2TA 1FAYA 3MPPG 2JDZA 1ENQA 5GZEA 3WG1A 3ILRA 3OGGA 4KS5A 2W5OA 2QWEA 4LBLA 1CQ9A 1GZCA 4FPKA 3TB0A 1S0FA 1RINA 1WD3A 2GDFA 2UURA 2WQZC 1X50A 1NMAN 4YGDA 1RITA 2NM1A 3H72A 1FV3A 3IKWA 4I30A 1BXHA 4GZPA 2F27A 4K3YA 4AGRA 2A75A 3K37A 2F0ZA 1MZ6A 2A70A 1ULCA 4BLJA 4QN4A 1NXD1 1QGLA 3N7LA 4KS1A 3GVLA 5JOZA 1F8DA 5FREA 4UW5A 1GKBA 3M1HA 4PBOA 2WLQA 1SCSA 4AVTA 2P2KA 2WNEA 3WHTA 1YXWA 1JHNA 3AYAA 1CONA 1QMJA 2CYFA 2Q5TA 4NOTA 3LSDA 5AVAA 1ZM1A 4YLZA 1INFA 4Q2FA 2BATA 3AP4A 4FVVA 3SH3A 2SBAA 2ENRA 2DVGA 4YM3A 4M3CE 4K20A 1BJQA 1UKGA 1W1XA 1LHUA 1IVEA 1KJRA 4GZQA 2VUAA 5JYYA 1A8DA 1O4ZA 4LBMA 2C4LA 1Q8SA 4WA5A 2ZACA 3O12A 2HTYA 1E8TA 2D6LX 4H52A 2AEPA 4PBPA 1LOBA 3WOGA 2GMEA 1MVEA 2JJ6A 3V0BB 3FLPA 2JKBA 3PVEA 2YV8A 2UWCA 1LGNA 1NNCA 2BQPA 4P9WA 1BQPA 1LOGA 4XHBA 4PF5A 3ZXLA 3BODA 1FNZA 2V5YA 1BYHA 3N7KA 3SH5A 1B9SA 2F25A 1S0CA 1F8EA 1DQ4A 4K1IA 3AP7A 3V65A 2UU8A 1SNTA 2E6VA 2QWGA 4H53A 3ILFA 5HCAA 1W6PA 2DWRA 1TEIA 3W58A 4YW1A 2P34A 3D5OA 1B9TA 1DQ1A 4MWQA 2VW0A 2GNBA 1VAVA 1B9VA 2EIGA 2G4IA 2CMLA 5H9QA 4B7RA 4I00A 1QOSA 1EUSA 1GZWA 4M3CB 3ZPYA 5CBLA 1DQ0A 1SBFA 1LHWA 2VWDA 2LTNA 2C5DA 1LHOA 1N1YA 1JYCA 4WZFA 2YMZA 4R9AA 4MWXA 3L2YA 4U36A 3WUDA 1W0OA 3M3OA 3AYCA 1B09A 5DG2A 2HU0A 3UJOA 4XJ8A 2XZJA 3M2MA 1LECA 1IS4A 2YDPA 5DZFA 1NSCA 1W6MA 4CPNA 3POWA 3MW4A 5KXDA 1Z4XA 1N47A 1WCQA 3V0AB 5B2CA 1CIWA 1IVDA 2A7AA 1KRIA 2DUOA 4RA0A 2R16A 1W21A 2R0FA 2D3SA 3T1EA 1ENSA 2JE7A 2YA8A 3I8TA 3POSA 4K1JA 3OYWB 1S0IA 3MEPA 1NMCA 1LHNA 1FV2A 2PHWA 3ZXEA 1MVQA 4XMIA 4KS4A 2ES3A 1GLHA 1F5FA 2W39A 5EYYA 4NC5A 2CWMA 2A3YA 5IK4A 4PQ9A 3V64A 1F8BA 2ZGQA 1SLLA 2ZABA 2B8HA 1LENA 2QWAA 2DVDA 2WKKA 3SALA 2AREA 2BF6A 1DIWA 1R1ZA 2NP0A 2H0BA 5DUWA 3WV6A 3UK9A 1Q8QA 3MW3A 4FQ4A 1DQ5A 1LJ7A 4Y20A 2ZGNA 4Q26A 1OQ1A 3QCWA 1JXNA 3PVOA 1UAIA 3O0XA 4XIOA 1LU1A 1MR5A 1SACA 4FQZA 4HZYA 1NNBA 4GJTA 2ZZJA 4HZXA 4CRQA 1CN1A 5CNAA 4FJ6A 2R1BA 4WVWA 5GZFA 1QDOA 4X47A 2GALA 4CPYA 2A6WA 3PJQA 5GLTA 2C4AA 3O9JA 1VLNA 2VH9A 1AX1A 1IKQA 1GICA 1S0EA 3FUOA 3ZYRA 3WHUA 4R9DA 1VAMA 1LGCA 5GM0A 2DTYA 4P14A 2F13A 1FX5A 3WLUA 2W20A 4B7NA 3ZXFA 4WEFA 4KS3A 5JDBA 4BBWA 2E7QA 3AXDA 3BIWE 4GZSA 3O0VA 5JMCA 3ZSJA 2VU9A 3K3AA 4PCRA 1OFSA 4Y26A 1QDCA 2QWKA 3UL2A 1C57A 1WCSA 4XMAA 2GN7A 4FPCA 2ZGPA 2VXRA 4MJUA 3D4KA 2CTVA 1LOAA 2TEPA 2HT8A 3AZVA 4XXAA 4XJUA 1IOAA 2WSVA 1HDKA 2ZMLA 5EXOA 4TYSA 3WDXA 4LBNA 2HTWA 4YM1A 5GLWA 1NSBA 2VSMA 1UZYA 2YA7A 1LCLA 5EWSA 1G9CA 5GZCA 4U2AA 4RL7A 3K36A 5BYNA 3ENRA 2XZIA 1BKZA 1W6PB 1GSLA 1H9PA 2E53A 4YGBA 4GZWA 5HCBA 4Q1RA 3AJZA 1S0BA 4WV8A 1NN2A 1W6QA 2D44A 1MS3A 2E7TA 1W6NA 2ARBA 4GALA 4AGGA 3H6JA 3CNAA 1HQWA 1LESA 2C9AA 3MW2A 3APBA 3NV2A 1VCUA 4LBJA 1N1TA 2P3IA 3H0OA 1GZWB 4MWWA 3M3CA 4AVSA 1A78A 2EXJA 4LBKA 4UW6A 1VCJA 2ZGRA 1JYIA 2GNDA 1V2IA 3JU9A 1UN1A 2A5ZA 4LBQA 1PZ9A 3U4XA 3GVJA 2PHFA 1AVBA 4XJAA 1I1EA 3R4UA 3GNEA 1S1AA 1G9FA 2DVAA 2KM2A 1W6MB 2QWDA 3BOPA 2WT2A 2ZGSA 1YI7A 1INXA 3WDUA 1WLWA 3R4SA 3W09A 4YG6A 1CESA 4BMBA 3RS6A 2ZBJA 1INVA 1Q8VA 1GZ9A 4YW5A 3SNMA 1S0DA 1CPNA 3N7JA 4X4AA 1DFQA 3TI4A 4FPJA 4M4VA 2D3PA 4J9TA 4FPEA 1AJOA 5GZDA 3VKNA 4ISRA 1YRZA 1NNAA 1UL9A 3TIBA 4R9BA 2ZMNA 1GYKA 3AYDA 1NMBN 4IQPA 4MZAA 1UPSA 1UX6A 3O9KA 1WLCA 3NSSA 2CY6A 3ILNA 1DQ2A 1F9KA 2EXIA 4OZXA 1VALA 1DLLA 1FYUA 5T5JA 4GDIA 4YW4A 3B3QE 4K1ZA 4MX0A 2D3RA 4Y20B 4QN6A 3AX4A 2XCYA 4QN5A 1LOFC 3ZSMA 2ZHKA 2ZHLA 3AJYA 4DPNA 1VIWB 1PZ7A 5KXCA 3PMEA 2QWJA 4QNPA 1V6OA 1Z4WA 1C1LA 1APNA 3USUA 4FPYA 1LOFA 2D6MA 2ZGLA 1I3HA 5JOWA 1V0ZA 1ONAA 4W65A 1A4QA 1ENRA 3B9CA 2A3XA 2PHXA 1MACA 3NV1A 1DBNA 2CWSA 4JF7A 4FOYA 5DXDA 1LU2A 1N1SA 1N3OA 5CB7A 4UF7A 5JVVA 5T5OA 2P37A 3SLIA 1GBGA 1IVCA 7NN9A 1INWA 5GLUA 1DYPA 4JRAA 3FUQA 4Y1UA 1PZ8A 5T5PA 1V3DA 4MWLA 4HIZA 5CA6A 1LTEA 1EUUA 3WZ1A 2GN3A 5T50A 4YG0A 2VW1A 3RG0A 6NN9A 1MWEA 1L7HA 3AZYA 2F12A 3CL2A 4B7MA 4AVVA 3WNXA 2VK7A 3WUCA 3IN9A 1MS8A 3RMXA 2UWBA 1JW6A 4D8SA 3POYA 3VKMA 3K38A 2HT7A 4FPFA 3NWKA 4CPMA 5SV8A 1G9DA 4ISQA 3D11A 1DQ6A 4FVKA 2ZA9A 1DYKA 2CNAA 4ATEA 4XDQA 3ZVXA 3N36A 4Y1VA 4GZTA 1G8WA 2DVBA 1BJIA 2ZMKA 3VKLA 2YZ4A 3O5SA 2VY0A 1Z4YA 3B69A 4BM8A 1MS4A 4GZXA 4K1HA 2EXKA 4XBQA 3BEQA 2W68A 4M00A 2VK6A 1WW4A 2NN8A 2EALA 4GDJA 1W6QB 2UWAA 3N35A 4HZZA 2P3KA 3TI5A 4YG3A 3WDYA 1W6NB 1WW5A 3ATGA 4Y1YA 2QWIA 4KS2A 4DQAA 5GJ6A 5E88A 1XOEA 1SLTA 3ZXJA 2YA5A 4HZWA 4JC1A 1WW6A 3A4UA 1Z78A 3SANA 1HKDA 2XZKA 3ZSLA 1YIFA 1MS5A 4MWUA 4LBQB 1QF3A 3IM0A 4Y24A 4WEGA 3TICA 4YGEA 3RMYA 1AF9A 3AXEA 1V6IA 4C1XA 3RRDA 5GLVA 4CZSA 1DHKB 2GMPA 2ERFA 3TAYA 2GNMA 2HT5A 3A0NA 2EXHA 2W5NA 4FPOB 4DRRA 1D0HA 2AR6A 1DILA 4H55A 4Z8BA 2DVFA 3SH4A 2A6YA 4CPOA 1NCCN 1S0JA 2W38A 4K1KA 4GB1A 3VKFC 3VKOA 1A4GA 3ZXKA 2VVZA 4BMEA 3O0WA 1JOJA 1AXYA 2OVUA 4DRVA 5M1ZA 1INGA 1ULFA 2BERA 1IKPA 3R05A 1WLDA 1KDMA 1QNWA 4K21A 5HUNA 1WBFA 1ULGA 2F26A 1IVGA 5T52A 2QWCA 3OY8A 4MWJA 2EF6A 3JUUA 3A71A 4DGRA 1Y7BA 2AUYA 1IS3A 1V3CA 4C1WA 2A6VA 4GA9A 3WG4A 1DGLA 4FOQA 4YZ1A 2R1DA 2Z42A 3SITA 1GNZA 1AX2A 2D6OX 2AEQA 4YZ3A 3TI8A 1Q56A 2YXSA 2F10A 3H73A 1F31A 1H9WA 3D12A 1LOEA 4L8QA 5DG1A 1SBDA 5T5LA 2PHRA 3USUB 4Q8LA 3IPVA 1W8NA 3M3QA 3UJQA 2D6PA 5IK8A 3TI3A 4XJ9A 5HUGA 1LEDA 4MWYA 2DTWA 2ZHNA 3NN9A 4AYUA 1JUIA 2F29A 5H9SA 1V6JA 5HUMA 5HUKA 1N3PA 1ULEA 1L7GA 4B7QA 1JBCA 3TIAA 2ZGUA 2ZGOA 5JLVA 5KXBA 4GWNA 4NN9A 1SLAA 1QKQA 1E8VA 1L7FA 1GNHA 3KM5A 5DUVA 4WA3A 2A71A 3LCPA 4BLIA 4ATFA 4P9YA 3OPZA 2YA4A 4WA4A 4MC7A 1J1TA 2NYYA 3WDTA 2D6NA 4DS0A 1KDKA 1C1FA 3M3EA 3B00A 5LK5A 1USRA 5IUQA 3FLRA 3W59A 2D6KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KQ4B 4LKEA 4QPGB 3VV1A 3WG3A 2E31A 3WW9A 1ND3B 2R041 5I8TA 4L7BA 3KMHA 4OI2A 2XXZA 3JXSA 1G7YA 1S2EA 2VSKA 1UMIA 4NN0A 5JMOA 3PTRB 3JBG3 4JCKA 1CIYA 4V2WA 3ON7A 3OGJA 1J83A 4EZHA 1A6CA 1F8CA 3GALA 4YVWB 1V3EA 2SIMA 3KVBA 3HR9A 4TTGA 1U5IA 1FNYA 2IAOA 1CR7A 1NCQC 4Q4V1 2OA2A 3WF3A 1YNAA 5JSRA 3OJBA 2OZJA 4YW2A 1HQLA 1YHFA 5A7PA 1NLSA 2JENA 4DG6A 1Z4VA 2GVVA 5LZ6A 4M0NA 2E26A 2XN4A 4QX5A 1BBT3 2QQKA 1SFYA 2DU0A 1SLCA 1XNCA 3A0KA 3O7OA 4YM0A 4DFSA 4YFZA 2VAQA 4MGZE 3DPRB 2BJSA 2EVXA 4L99A 3WF2A 3O4PA 2DUPA 3Q6KA 4Q6KA 3KQRA 3W20A 3QD6A 1LHVA 2DFBA 2VZTA 4QQHA 2XQRA 3ALWA 4IERA 1OKQA 4LK6A 1COV1 2QQOA 3LDKA 2IXHA 5LY1A 1MEC2 4HN0A 5FYVA 1NCQA 4YNIA 3J7LA 3K77A 4M01A 5IVVA 3SKVA 3KS7A 4A6SA 4OI1A 1X7NA 2W0XA 4DOUA 4HKOA 1SO7A 4GEZA 2XL9A 4RGKA 3NV4A 1AYN1 3TI6A 5FRAA 2C4XA 4AEMA 4G3YC 3S2KA 1W2AX 2WZEA 3VN4A 2B7YA 4XILA 5ACA3 1IS6A 4CEWB 4MWRA 1KGYA 2AACA 2ZEYA 4MOAA 1P8JA 1JZ5A 3T2QA 3I97A 1DZRA 1NUKA 1SZBA 4Q0QA 1PO23 2DCTA 3FZ3A 2R0HA 3AZXA 4MVTA 4D7TA 3V1SA 1AHSA 5F3CA 4AHAA 2JDUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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