4FPGA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-hydroxybenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 190
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
190
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 190
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpgA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpgA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpgA02
3OBRA 1GBGA 2XB6C 4CPMA 3AYEA 4QNPA 4XHBA 1E8TA 1LECA 5LK5A 5T50A 2VY0A 1NCDN 3AP6A 3V65A 2ZMNA 3O0XA 2A3XA 4WZFA 1CJPA 2W52A 2QWKA 4M3MA 2ZGNA 1LOFC 4PCRA 1I3HA 4DRVA 5GZGA 5DZFA 2DVGA 3CKZA 1TEIA 4BLIA 4GKYA 5JYYA 5GM0A 4XMIA 3VKOA 3SISA 2GNMA 2R0HA 2E53A 4MJVA 2C4LA 3IKWA 5F9TA 2UU8A 2YMZA 1GZWB 4M4UA 1GICA 4QN6A 2WSVA 2VW2A 3OYWA 1L7FA 4MWXA 4Y26A 1QOSA 5H9SA 4XYXA 2PHXA 4BQ1A 1JOJA 2HTUA 2AEQA 5IT6A 1INVA 4M4VA 4XBLA 4Y1XA 4FPFA 1FAYA 1Q8SA 1VLNA 1DYKA 3WDTA 4MWRA 1EPWA 2LTNA 2EXIA 3IM0A 4XJWA 3T1EA 1DQ5A 1D2SA 2E7QA 1SBDA 5GLVA 3WZ1A 4XTMA 5JOWA 2ZGRA 2YV8A 4FVVA 4PBPA 2CMLA 2YZ4A 4LBQA 2DYCA 5DUVA 3SALA 3ZSMA 1AXYA 4GB1A 2BQPA 3DUIA 3TIAA 1IKPA 5KXBA 1DFQA 3AK0A 2AEPA 3ATGA 3N7JA 3WCRA 2A3WA 1DQ6A 3ENRA 4QN4A 1LGBA 5GZFA 5T5LA 3OY8A 3W09A 1FX5A 3PMEA 3OYWB 3O5SA 1CESA 1RINA 2DU1A 1DIMA 5CA6A 1QOOA 3APBA 2VK7A 2EALA 2XZJA 1V0ZA 1RIRA 2E51A 4Q1RA 1GZCA 4MWVA 1MS4A 3B7EA 2ZGPA 2R16A 2D43A 2W5NA 4FQZA 5JOZA 4YFWA 1H30A 3WDWA 1C1LA 1NNCA 1SACA 1QMJA 1NNAA 1QU0A 1N1YA 2D3PA 1S0JA 3HR9A 4XTPA 1DQ2A 1MS8A 4GZOA 4MJUA 4XXPA 2P3IA 4H53A 2BATA 1KDMA 1G7YA 2JECA 4QN7A 4LBQB 2P3JA 1G9AA 1A14N 2ZGLA 2A5ZA 3WOGA 4XJUA 4AWDA 2EIGA 5DG2A 5E8AA 3K37A 3ZXKA 4WVVA 1ENRA 2A3YA 2W08A 4GWMA 4PF5A 2G4IA 2Z42A 1V3BA 1A4QA 1N3PA 4Q6KA 3OY8B 5F5QA 2LALA 2EXJA 2A6YA 4ITCA 1V00A 4BM8A 1AF9A 1JW6A 4D8SA 4B7QA 2DTWA 4C1WA 1LOBA 3FLPA 2XZKA 1PZ8A 1QDCA 1INFA 1GNZA 2KM2A 2AR6A 3DGTA 3H0OA 1S0BA 1IVBA 4C1XA 1I1EA 1SLCA 3O12A 1NLSA 4AVSA 4LBNA 3HN1A 1BKZA 3V0BA 2WJSA 2V5YA 5EXOA 3CL0A 1IOAA 4U2AA 1IVDA 4L8QA 4LBQD 4YM3A 5E89A 1SLLA 2ZGKA 1AX1A 3Q9OA 1FATA 3FUQA 2NP0A 3ZSLA 2TEPA 1AJKA 5CAZA 1WUVA 4ATFA 1V6NA 2ZKNA 2DUPA 3N7MA 3U4XA 5DZEA 2XG3A 1GV9A 1WW7A 4YW5A 2YY1A 2DURA 4Y22A 2CTVA 1WBFA 4H52A 1W6MA 2ES3A 4NO4A 2HU0A 1SNTA 2WQZC 4B7RA 2WSUA 3AZZA 4X49A 3ZXJA 4QN3A 1A78A 4MYEA 6NN9A 4HZYA 3WDVA 1LESA 3L2YA 4Q8LA 2ZGUA 3MW2A 2AH2A 2A6ZA 2F13A 2P34A 3KQRA 1N3OA 1NSDA 1X50A 3CNAA 3V0BB 1QDOA 1ULFA 4CPLA 4TZDA 4AGRA 3MEPA 1INYA 1JYCA 4OZXA 1O4ZA 1LHOA 2ZACA 1UAIA 3WNXA 1KITA 4R9BA 4FOYA 1WBLA 2WLQA 2VK6A 2QWDA 1GLHA 3IMNA 4LBKA 5HUKA 4Q8KA 2AREA 1E8UA 1S0EA 5KXEA 2DVFA 3AZYA 3R4UA 2F25A 4U36A 4UW3A 2D6PA 4Y22B 3H6JA 5GALA 4CPZA 3RMXA 3LSEA 2F12A 3WLUA 1MVEA 4XJRA 2BZDA 1IVGA 4ZKTB 3ZXEA 5JOXA 2W5OA 2D6NA 2ZAAA 2NMOA 4XJ9A 2DU0A 3D5OA 1LENA 2EF6A 1Z4ZA 4GZSA 3CYEA 2WNEA 4D69A 4Y1ZA 5IK5A 1MS3A 2W38A 2YA7A 3AYDA 2XZIA 3RMYA 1LEMA 1ULDA 5DXDA 4CTEA 4R9CA 3TIBA 4K1HA 1W6OA 2X9MA 2D6MA 1IS5A 1DQ4A 3M3QA 2WT0A 4BOWA 2F11A 4MWQA 2CNAA 2A70A 3GVLA 1B9SA 3SNMA 3JU9A 4NN9A 3I4IA 3N35A 3SITA 2VXRA 1L7HA 1SFYA 4J9TA 3N36A 3A0KA 4X6KA 1USXA 1DLLA 3A72A 2JKBA 1FV3A 2GDFA 4WV8A 4XDQA 3ZSKA 4B7MA 1EUUA 1JUIA 3O9KA 4UW4A 3R4SA 3WG3A 2YDPA 3ILNA 4YW2A 1WCSA 4HIZA 2WKKA 4AYUA 4GZXA 1APNA 2DVBA 4BMEA 3AYCA 3N3HA 5DUUA 1L7GA 3IN9A 1VCUA 5SV8A 2ZMLA 4MWLA 2D44A 4XILA 5DZGA 1LEDA 1SLTA 2HTRA 1JXNA 2A75A 1YIFA 1Y7BA 4ZXKA 1GYKA 4M3CF 5H9RA 1NSBA 3AP9A 1Z4YA 1W6OB 2NYYA 1VAMA 3UJQA 2ZA9A 1G86A 2NM1A 2EAKA 4GDJA 1MZ6A 3WHTA 4MZEA 1AVBA 2FHRA 1G9DA 1UMZA 2DVDA 3A0NA 1BYHA 2JJ6A 5GLTA 3VKLA 4K3YA 4YZ4A 1N1SA 4F83A 4CPOA 1INGA 5HUNA 3KM5A 1W6QA 3TICA 3WUDA 1W6NA 2E6VA 2A71A 1NMCA 1Z4VA 1HQLA 1WCQA 4YZ1A 3LSDA 4WVWA 4GKXA 3TI6A 3H72A 4FPKA 1IVFA 5JMCA 4CRQA 1UPSA 4YZ3A 2QWCA 1LU2A 2SILA 3I8TA 4I00A 3WDUA 1NCCN 4FPOB 2R0FA 3OBTA 1S0CA 1INXA 4YG0A 4MWYA 1C1FA 1W0OA 3ALXA 1YO8A 4P14A 1WW6A 1OFSA 2ZBJA 4R9DA 3UL2A 3ZXFA 1SBEA 5HUMA 2VW1A 3RSJA 1KDKA 1VIWB 1IKQA 2VUAA 4IQPA 3ILFA 4DFSA 3M3CA 4XXAA 5AVAA 1MS1A 1UZYA 4GA9A 1INWA 4YG6A 1F5FA 1B09A 5KXDA 3VUOA 2F27A 4FOQA 1ULEA 4DS0A 4YM1A 1NXD1 4DRRA 4WA5A 3GVKA 1W6QB 1W6NB 3RQ0A 4GXLA 4Y20A 1N47A 3V0AA 1FV2A 3FUOA 4JF7A 2A7AA 4HZWA 2P2KA 4HZVA 1BJQA 2A6VA 4DQAA 1C57A 4X4AA 2C9AA 1V6JA 2ZHMA 1NCAN 2D7FA 2D3RA 2RKCA 4LBMA 1LHUA 3BIWE 2QWHA 1LGNA 2C5DA 2F24A 1V3EA 4GDIA 2BF6A 4WA3A 4K1IA 1HKDA 1W1XA 1O4YA 2GMPA 4XMAA 2AENA 2PHWA 4AGGA 1F8DA 1VCJA 4WA4A 3AJZA 1S0FA 1V6LA 1FNZA 1EUSA 3TB0A 3N7KA 2GNBA 4YZ2A 4AVVA 1Z4WA 1SO7A 4GEZA 2D6OX 3UK9A 2CWMA 4K21A 1FNYA 2OUHA 3MPPG 1INHA 3D6EA 1SCRA 3WHUA 4Y20B 5GZCA 1A4GA 3V0AB 3OPZA 3POWA 2VK5A 5DUXA 4UF7A 4MC7A 4MZAA 2GMMA 2YA4A 4HL0A 5H9PA 4YGCA 4JRAA 1SLIA 3WG1A 2QWFA 4KS5A 5GZDA 4LBOA 1CVNA 2ZMKA 2HTVA 1S0GA 1UL9A 3BODA 2HT7A 4KS2A 2GNDA 1USRA 4FPHA 3M3EA 4XZPA 5IUQA 3JUUA 4YGBA 1G9FA 2A6WA 5JDBA 2RHPA 1GKBA 3OJBA 1JHNA 1QKQA 3W58A 2EXKA 2SLIA 1LULA 1N3QA 1LHVA 3PVOA 1ULCA 1EURA 3WDXA 1LODA 3PVEA 4AGVA 4CPYA 5HCBA 2QWEA 3C2UA 2YXSA 2ZABA 1AXZA 1MWEA 2FMDA 1IS6A 2JDZA 3ZYPA 5IK7A 4P9WA 4Q26A 2I2SA 3NV1A 1XQNA 3M1HA 3TI5A 3K36A 3ZYRA 3IPVA 2VW0A 1AJOA 1CPNA 3NWKA 3VKNA 2UWAA 4CZSA 3T1MA 4XIOA 5B2CA 2AUYA 3V64A 1IVCA 4XJAA 3MW4A 2D6KA 4GZPA 4GZQA 1E8VA 1B9TA 4GJTA 1SLAA 4K1KA 1NCBN 3AX4A 2GALA 1Q8OA 4Q1PA 1PZ7A 2HTQA 1SCSA 1JN2P 2NN8A 2GN3A 3SH4A 5E88A 1W8NA 1U0AA 1Z4XA 2CL2A 1QNWA 1S0DA 1YRZA 4FOVA 3AXEA 2OVUA 2QWIA 4WEFA 2VU9A 5GLWA 1LTEA 2CY6A 3K3AA 2XCYA 4MWJA 3NV2A 4JCKA 4NCSA 3ALWA 1HLCA 3CL2A 3FLTA 1JYIA 1YXWA 4XHXA 3FFZA 3IPVB 3O0VA 3PVNA 5JLVA 4YM2A 1F8CA 3SLIA 1ENSA 1R1ZA 2ZHNA 1N1TA 2DV9A 3FBYA 4FPYA 3B01A 1CONA 4DPNA 4XE9A 3RRDA 2F29A 3VKFC 4YGEA 2ZGTA 2ARXA 1IS3A 4SLIA 4Q2FA 5GLZA 2DTYA 1BXHA 4JC1A 1VALA 5BYNA 5T55A 2QWBA 2ZB5A 2F26A 1V6MA 2SBAA 4UW5A 1HDKA 2VWDA 4FPCA 5HCFA 4M00A 1W6PB 3LCPA 2ZHKA 4ISQA 3POYA 1Z78A 1WD3A 4XBQA 2HT5A 4Y1VA 1UKGA 2BERA 1LJ7A 2UURA 4R9AA 1S1AA 3T2TA 2CWSA 4RA0A 1V2IA 4LBLA 4AVTA 1NMAN 7NN9A 2PHUA 2W39A 4FOWA 1Q8VA 2GN7A 2YDTA 2QWJA 3FLRA 2UWCA 4P9XA 1SBFA 4ASMB 1AZDA 3VKMA 4Y1UA 1VAVA 2GMEA 4M3CA 2YA6A 4Y1YA 1UX6A 3B9CA 2D6LX 4I30A 4X47A 1RITA 1NN2A 4ATEA 1A8DA 1LOFA 1F9KA 1LGCA 2F28A 4YLZA 1AX2A 3AZXA 3AFKA 1DGLA 2V73A 4K20A 3TI8A 5T5JA 1GZ9A 3UJOA 1ZA4A 2ZGSA 1A3KA 3M3OA 4BBWA 1OQ1A 1IVEA 3TI3A 2EXHA 1HQWA 2YROA 3TAYA 4FVKA 5H9QA 4Z8BA 3NN9A 3NSSA 1LCLA 3WG4A 2ZGMA 2ZB6A 2R1BA 3WVJA 1W0PA 2D3SA 1DILA 4K1JA 2E7TA 1D0HA 1GSLA 3SANA 1YYNA 2B8HA 2WT2A 1QNYA 1F31A 1NMBN 1BJIA 3RG0A 1YI7A 5HX0A 1QGLA 2VH9A 1BZWA 2YA8A 4M3CB 1WW4A 1W21A 1NNBA 2NZ9A 1GNHA 4B7JA 2QWGA 3GVJA 1CIWA 2YA5A 5GZEA 4XBNA 2H0BA 3SH5A 3H71A 3SILA 4CPNA 3NV4A 4QN5A 2PELA 4Q27A 3R05A 3POSA 3OGGA 4NC5A 3SH3A 3A71A 2F10A 3VV1A 2OW4A 1ULGA 1OKQA 1LOGA 3BTAA 4FJ6A 1CQ9A 5EYYA 1WLDA 1LHWA 1V0EA 2AGSA 5EWSA 2W68A 2HT8A 2HU4A 2R49A 1KRIA 4MX0A 3BOPA 5NN9A 4M3CE 1MACA 1LOAA 1G9CA 2ARBA 5IK8A 3D12A 1BQPA 1MVQA 4FP2A 2ENRA 5DG1A 2GNTA 2WT1A 1Q56A 1V6KA 3TI4A 3INAA 4FP3A 2VVZA 3B69A 3K39A 2DUOA 2OUJA 1J1TA 3BEQA 1F8BA 4FQ4A 1UZZA 4YW3A 1XOEA 4B7NA 1V3CA 3NV3A 2NMNA 1SLBA 4BLJA 3K38A 5JVVA 5HUGA 2DVAA 2DWRA 1DQ1A 2R1DA 2A6XA 2HTWA 1DQ0A 4GWNA 5GJ6A 5T5OA 2HYKA 4K1YA 5HCAA 1WLWA 4YM0A 1ENQA 4PQ9A 4TYSA 4YW1A 2ZGOA 5GLUA 3ASIA 1H9PA 4NOTA 1V0FA 1ONAA 1B9VA 2PHTA 1V6IA 4P9YA 1LU1A 4YFZA 3H73A 1UN1A 1ZM1A 1V3DA 3ZSJA 3JU4A 2C4AA 3WV6A 1CPMA 1WW5A 4GALA 4ISRA 2VSMA 1NSCA 1GANA 1H9WA 3RS6A 5M1ZA 3D4KA 4H55A 1QF3A 1W8OA 3ZVXA 5EYXA 3GNEA 2F0ZA 3QCWA 3MW3A 3WCSA 3O9JA 1Z50A 1G8WA 5T5PA 4BMBA 4YG3A 4UW6A 5KXCA 1LHNA 1DYPA 3N7LA 2P37A 4HANA 1IS4A 4MWUA 2ERFA 5JOYA 4YW4A 2HTYA 4WEGA 1CR7A 1DZQA 4FPJA 2W20A 3AP7A 3D11A 2PHFA 4HZZA 4FPLA 3AYAA 4GZWA 4KBBA 4KS4A 5CB7A 4FPEA 2AYHA 2PHRA 3PJQA 2JD4A 2CYFA 1G9BA 1MR5A 3ZXLA 1KJLA 2VSKA 1W20A 4KS3A 4YGDA 1PZ9A 1DIWA 5T54A 1URXA 4BPZA 1LOEA 3AP4A 4M01A 1MS9A 2JE7A 3WG2A 4KS1A 4XIKA 1Q8PA 4XJQA 3INBA 2UWBA 3USUA 1AX0A 1W6PA 1Z0HA 2ZGQA 4K1ZA 3B00A 1C4RA 3AXDA 1AXKA 4XJZA 5IK4A 1S0IA 4M4NA 1MS5A 4MWWA 4PBOA 1DBNA 5CNAA 1W6MB 3GALA 3A4UA 3AZVA 2QWAA 1JBCA 4Y24A 3AZWA 4RL7A 2ZHLA 3B3QE 3HMYA 4XOGA 3ZPYA 3QLQA 5FRAA 4GZTA 5L73A 2DUQA 1DHKB 5T52A 1EUTA 3O0WA 2JE9A 1KQRA 1XOGA 4FPGA 1CN1A 3T1LA 4FZHA 2SIMA 2B7YA 3WDYA 1FYUA 4DGRA 2P3KA 1F8EA 4YZ5A 1MZ5A 5B2DA 1WD4A 1MS0A 4XJ8A 1GZWA 1N1VA 3ILRA 1LOCA 1WLCA 5FREA 1V6OA 2Q5TA 4HZXA 3M2MA 1KJRA 3AJYA 5DUWA 4LBJA 3AP5A 3W59A 2ZZJA 4W65A 3WUCA 5CBLA 3USUB 1QOTA 1Q8QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VL4A 3OBRA 3SEEA 1GBGA 4A0PA 2XB6C 1JS9A 1NLQA 4CPMA 3MV11 1RUI2 3AYEA 2HWE1 3VBSC 2F4PA 4HPKB 4YVWC 1NY72 3ST7A 5LCWL 4QNPA 3FE5A 5JXJA 3DPRC 2VQUA 4XHBA 1ALYA 3KS7A 4LKFA 5FBZA 1JU4A 1LECA 4AEDC 1E8TA 4CPBA 2AEZA 5LK5A 2V91A 3BUCA 1CAUA 5T50A 1E5HA 4GB32 4P00B 4PIYA 4XAEA 2KA3A 2VY0A 3AP6A 3ES1A 4IL7A 1NCDN 1UYPA 1VMFA 2IXIA 2A3XA 2ZMNA 3O0XA 5A33A 3V65A 2OQ6A 2YBPA 4WZFA 5AC93 3I1CA 5FWWA 3W5NA 1CJPA 2W52A 2TUNA 3I7DA 2BUKA 2QWKA 2X5IA 5FYSA 3WF3A 4M3MA 2ZGNA 2VAUA 1LOFC 1WMFA 1AYM1 1C8M3 2NLRA 4PCRA 4IETA 4QU1A 3J7HA 3WDZA 2XJSA 1EY2A 1I3HA 4DRVA 5GZGA 5DZFA 2DVGA 4H3WA 3CKZA 3LI5A 3RZGA 1TEIA 4BLIA 4CUGA 5ACA3 3LA7A 2GAUA 2Y0IA 1W8ZA 3TRSB 3T2OA 4A3XA 1TMF2 4GKYA 1O7FA 3VBSA 4YVWA 2ET1A 5D2AA 4CCOA 1Q7FA 2IAWA 3PU3A 3Q6TA 5FAXA 3DPRA 5JYYA 1I6XA 5GM0A 2VD7A 4XMIA 4AEDA 3WY6A 2CGOA 3VKOA 2XJPA 4CU8A 1HRI1 2ZEZA 3BN6A 3MIDA 3SISA 2GNMA 2BJSA 1PGW2 2R0HA 1DF0A 2WDBA 3R0RA 4IV3B 2E53A 2XPJA 4MJVA 1RVF3 1J83A 1OF4A 5AFEA 4AXOA 2C4LA 3IKWA 3KWVA 4BYYA 3USSA 4AQ2A 5F9TA 2UU8A 4NIDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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