4FPHA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-fluorobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 191
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 191
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fphA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fphA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fphA02
1C1FA 3AP6A 2EALA 3AZWA 1JHNA 3BOPA 3IM0A 5LK5A 5EXOA 4ITCA 3INAA 4MJVA 4CPLA 2DVFA 1H9WA 1MS9A 4XTPA 4JC1A 1USRA 1B9SA 4B7MA 3B00A 3SILA 2TEPA 3GALA 3AYEA 1LHNA 3K3AA 1INHA 2D3RA 2YV8A 4DS0A 1BZWA 3POWA 3INBA 4H55A 2E7QA 1W6MA 1F8BA 3V0BA 2FHRA 2ZMNA 1LHWA 1OQ1A 1G9BA 5DG2A 3FLTA 1S0FA 4HZYA 2ZHMA 1Q8VA 3ZYPA 4YW4A 2WT0A 2RHPA 2VVZA 1LGNA 5B2DA 2DUOA 4K20A 4XDQA 3CNAA 2SILA 2EXJA 4R9AA 1KITA 1NCCN 2CY6A 1QMJA 1VAVA 5CAZA 2YZ4A 5AVAA 4M4VA 5GZDA 1CR7A 1INWA 4FPEA 5GM0A 4AVSA 1F8DA 3QLQA 2D6MA 2DU0A 4QN3A 4M4UA 1JOJA 3POYA 1MS0A 3V0BB 1DGLA 1G8WA 1NMBN 2HT7A 2P3JA 4HZVA 2NMNA 1IKQA 3K37A 1DQ2A 3ZSMA 1NXD1 1INGA 1SLIA 1W6OB 2XB6C 4GWNA 3MW3A 3FLRA 4UW6A 4WZFA 2QWCA 2VH9A 1BJIA 2DVGA 3H6JA 1WUVA 1S0CA 2GDFA 2AGSA 1Q8OA 2XZIA 1E8VA 5KXCA 2WKKA 3HN1A 3IMNA 1WBFA 1LEMA 5F9TA 1GSLA 5EYXA 3RQ0A 3BTAA 1V3EA 1NCDN 5GALA 4WVVA 2A6YA 4YM0A 4YM2A 4XBNA 1SLAA 1GNHA 2NN8A 2PELA 3WUDA 4ISQA 4X47A 1DFQA 3VKOA 4MC7A 1QOTA 2ZMLA 4C1WA 4Y22A 3WG2A 2F29A 4GZSA 2HTVA 3W09A 4DQAA 1G9FA 2NMOA 1DYKA 1LTEA 2GNDA 1Z4VA 3VKMA 3RSJA 2NM1A 2QWEA 4XTMA 1FV2A 1NCBN 2D6LX 2XG3A 4UW3A 4WA5A 2D3SA 3AJZA 1F8CA 4WEFA 3NV3A 3USUA 1I3HA 4XYXA 1NSDA 5DZGA 4UW5A 4XJAA 1S1AA 2GALA 3Q9OA 4HIZA 4CPNA 1INFA 1DQ5A 3OJBA 1UPSA 4Y20A 4UF7A 3ZSKA 3AFKA 3AZYA 3DGTA 2E6VA 3C2UA 1DLLA 4FPYA 1A3KA 4GDIA 1QOSA 4ATFA 3V65A 4FPGA 2ZZJA 1Y7BA 3ZVXA 5JDBA 3D12A 1X50A 1GZWA 3N7LA 1E8TA 5T54A 4FOVA 2VY0A 1MS1A 4P14A 4GZXA 1W1XA 2ZHNA 2PHRA 1INVA 2GMPA 1Z78A 3M3EA 4XBQA 3ILNA 4YGEA 2YY1A 5HCAA 2ZGKA 3SNMA 4M3CE 1FV3A 2EIGA 2UWAA 3A71A 2DU1A 1LU1A 2F12A 1Z50A 1ONAA 3CKZA 1LULA 1DZQA 3WOGA 1ZM1A 1XOEA 1MS4A 3SISA 1V0FA 1IKPA 2P2KA 4D69A 3AX4A 2ZGTA 2DV9A 4AGGA 4YGBA 3WDXA 1SBDA 1WLWA 2QWDA 1Z4YA 3OYWA 4HZZA 3WDUA 1LECA 3M3CA 4GKXA 5DUVA 1GZWB 4BOWA 1FNZA 4ZXKA 3V0AA 2AENA 4Q6KA 3AP4A 2F25A 3ZXLA 5JOXA 1JN2P 1A8DA 2F13A 3PVEA 4FJ6A 2UWCA 5GZFA 2VK5A 4TZDA 2BERA 2EXIA 1MVQA 1HDKA 3OY8A 1W6QB 3AYCA 2JECA 3AYAA 5IT6A 5FREA 2W5NA 1W6PB 3NV1A 4LBLA 2HT8A 4Q2FA 1Z0HA 2VW2A 3AXDA 2Z42A 4U36A 4BPZA 3SH4A 4M01A 4BQ1A 4FOWA 1HQWA 4GWMA 2V5YA 2ENRA 4PCRA 3OYWB 4XJZA 2YA8A 1IS4A 5T52A 1USXA 3FUQA 2DUPA 3L2YA 3RG0A 5T5JA 2ARXA 3AP9A 1GYKA 1S0GA 2E7TA 1AJOA 3V0AB 2ZGNA 2VW1A 2QWIA 1V6NA 4WA4A 1B9TA 1L7HA 4GJTA 4M4NA 4C1XA 2NZ9A 2GMEA 4XIKA 5FRAA 1TEIA 4GDJA 5IK7A 4X49A 3MW2A 4UW4A 5JYYA 3OY8B 1VLNA 1WCQA 1V6LA 1Q8PA 1WBLA 4XZPA 2VWDA 2WSVA 2DURA 3POSA 1QGLA 4FPLA 4P9WA 1V6JA 1GLHA 5T5LA 4LBQD 3PVOA 1KDMA 2R1DA 1YYNA 2AREA 2D6NA 1FAYA 2JE9A 3O0XA 1RIRA 1JYIA 4YZ3A 2JKBA 3QCWA 4GKYA 5BYNA 1W8NA 4CZSA 4XJ8A 1O4YA 2A6WA 1VAMA 1LOGA 4YFWA 4Y1XA 5DUUA 2QWJA 1JW6A 1VCUA 1G9DA 1EURA 3OGGA 2VK6A 4LBQA 3WHTA 3TI6A 3WV6A 4MYEA 4K21A 2A6VA 4K3YA 3OBTA 4FPJA 3K38A 2W20A 4YW3A 3AXEA 2VXRA 2WT1A 1J1TA 1WW5A 2C5DA 1WCSA 3ZXEA 3K39A 5DZEA 4GZWA 1XQNA 4LBMA 5T5PA 1RINA 5KXBA 3N7JA 5HX0A 4K1IA 5SV8A 4MX0A 3TIBA 4PQ9A 3H73A 4KS5A 3W58A 2P37A 5B2CA 1FNYA 3FLPA 5EWSA 2JJ6A 3MPPG 1UZZA 1C1LA 1KDKA 2A6ZA 4GEZA 1S0JA 2YROA 4FPKA 2AR6A 1ENQA 2FMDA 3BODA 4MWXA 1AX1A 1Q56A 4LBQB 5GLWA 2JD4A 4DRVA 5JMCA 2DTYA 3K36A 2XZKA 4F83A 2D44A 4XILA 2GNBA 3U4XA 1FYUA 2YXSA 3AP5A 4XJUA 2A71A 4DGRA 2OUJA 5DG1A 2R16A 3TI8A 1SBFA 2A7AA 2B7YA 3VKNA 2BATA 1WW6A 1DIMA 4AWDA 5E89A 4AYUA 3NV4A 4DFSA 2C4LA 1DQ4A 3O5SA 1ENRA 2A70A 2VSKA 1N1TA 3AZZA 2V73A 5HCBA 3V64A 4B7RA 5GLUA 1DIWA 4CRQA 4FQZA 4IQPA 1W6MB 3AK0A 1W21A 2W52A 4BMBA 2SLIA 2KM2A 4YZ5A 2D43A 4XHXA 3N7KA 1HKDA 3I8TA 2HTQA 4GZQA 1GKBA 2W08A 3AZVA 1V6OA 3T1LA 2GMMA 1Q8QA 1NNBA 2W39A 1JBCA 1ZA4A 1JUIA 3N36A 2CNAA 1NNCA 1LOCA 4Y1UA 1WW4A 2VSMA 4X6KA 1LGBA 1F5FA 5E8AA 3VUOA 4MWWA 3RRDA 1CIWA 3TI3A 3R4SA 4ASMB 1NSBA 3ILRA 5CBLA 2DTWA 4KBBA 2YMZA 5JOWA 3NN9A 4MWUA 2YDPA 3BIWE 1CJPA 2F26A 4YW5A 3D11A 4PF5A 3R05A 1YIFA 2A3XA 2X9MA 1I1EA 4MJUA 4XHBA 4FPFA 5IUQA 1V0EA 2WNEA 1MACA 1H9PA 4XMIA 1S0IA 4JCKA 1AXYA 2ZKNA 5NN9A 1MVEA 3N35A 4Q8LA 1SCSA 3SH5A 1EUTA 4FPCA 2F24A 1CPNA 3IKWA 2ZGQA 3TIAA 3PVNA 1EPWA 1CONA 4KS4A 3H71A 2ZB5A 4WA3A 2ZGUA 1SFYA 4JF7A 1CESA 3IN9A 2B8HA 1LHUA 1MS8A 4GZOA 1DQ0A 2LTNA 1QU0A 4Y1ZA 3DUIA 5JOYA 2WSUA 3AYDA 4Q26A 2E51A 2HTRA 1LOFC 3AJYA 3AP7A 4Y22B 2H0BA 1W20A 3APBA 3PJQA 1AX2A 3IPVA 1LENA 5GLZA 1ENSA 2D6KA 4D8SA 4YZ1A 4WEGA 3AZXA 4FOYA 1W8OA 1A14N 1A4QA 4PBPA 3B01A 3ZSLA 4AGRA 3LSDA 4M3CF 1N1YA 1XOGA 1OFSA 3UJOA 1PZ9A 1HLCA 3USUB 4CPYA 2A3WA 3WVJA 3JU9A 1YO8A 2PHFA 4I00A 5L73A 4L8QA 3LSEA 2JE7A 4Y20B 2DVAA 3PMEA 2NP0A 4RL7A 3T2TA 1D2SA 1AJKA 4BLIA 1GNZA 1GBGA 3B69A 4LBJA 4B7NA 2PHWA 5E88A 4YGCA 1SCRA 3ZSJA 3UK9A 5JLVA 5KXEA 2D3PA 1W6NA 4LBKA 3UL2A 4Y24A 1N3PA 2OUHA 4WVWA 1OKQA 1BJQA 4Y1VA 3ZYRA 3WZ1A 1MS5A 2AH2A 1ULGA 1C57A 4YW2A 5IK8A 4AVTA 1BYHA 5H9PA 4Q27A 3M2MA 3SANA 4HZWA 2CTVA 1IVFA 4J9TA 2W5OA 5H9SA 1V0ZA 4KS3A 1WLCA 4GZTA 2P3KA 3T1EA 4R9BA 5M1ZA 3ZPYA 2DVDA 1LESA 5HUNA 2HYKA 3JUUA 3VKLA 2DVBA 1S0BA 4K1YA 1SLTA 4MWLA 1KRIA 3ENRA 1EUSA 1SO7A 5T55A 2ZGMA 1UL9A 2JDZA 2ZGPA 1VIWB 2ZHKA 3O12A 1QDCA 3HMYA 3LCPA 2YA7A 3NSSA 1GZCA 1NN2A 1LCLA 1LOAA 5CB7A 1YXWA 1F8EA 3A0KA 1Q8SA 1INYA 1UAIA 5F5QA 2QWKA 3ALWA 1UKGA 2A6XA 4TYSA 1UMZA 1CN1A 5CNAA 1AXKA 2P3IA 2WQZC 1N47A 3GVLA 1AVBA 3WDTA 1Z4ZA 1B9VA 3H72A 4H53A 4XXAA 3A72A 2CWSA 2CL2A 4M3MA 2HTWA 3FBYA 5JVVA 1NNAA 4H52A 1O4ZA 1IVDA 3ATGA 2YA4A 3ZXJA 4YW1A 3WNXA 1MWEA 4LBOA 2ZBJA 4YM1A 3NWKA 2E53A 1WLDA 2F27A 4XOGA 2ZB6A 3FUOA 2DWRA 1IVEA 1AZDA 5IK5A 1Z4XA 1B09A 3UJQA 1QNYA 2AEPA 2YDTA 5HCFA 5GLTA 2QWBA 1BKZA 2ARBA 3WG4A 3A4UA 1NLSA 1QOOA 1S0EA 4Z8BA 4P9YA 2Q5TA 1GV9A 1A4GA 1R1ZA 4XJWA 1FATA 1IS6A 4B7QA 3RMYA 1ULDA 2W38A 5HUKA 1ULEA 1PZ8A 4AGVA 4FZHA 3WDYA 2RKCA 2GNMA 3SH3A 3M3OA 1V6MA 3VV1A 3CL2A 2F28A 4MZEA 1N3OA 1NMAN 1H30A 4K1HA 3ZXFA 4QN4A 4YZ4A 1FX5A 1SBEA 4NCSA 1W6OA 4BMEA 2W68A 1C4RA 4LBNA 4FOQA 4AVVA 1VALA 4XXPA 1V6KA 2R1BA 2F11A 3M1HA 2A3YA 2WLQA 5GZGA 3TI5A 3JU4A 2CWMA 3VKFC 1MR5A 1SLCA 2ZGOA 3GNEA 1DYPA 1AXZA 3B7EA 2SBAA 2D6OX 1URXA 1LOBA 1SNTA 5DZFA 2PHTA 2F0ZA 2VUAA 4FVVA 2OVUA 3WCSA 1W0OA 1CPMA 4B7JA 2ZAAA 2HU4A 2QWHA 1YRZA 2BQPA 4MWYA 1N1SA 1LHOA 3ZXKA 3O0VA 4FPHA 2DYCA 1CQ9A 3I4IA 4BLJA 4K1KA 2I2SA 3RMXA 4MWQA 3TI4A 1GICA 4HZXA 3WDWA 1WD3A 2QWFA 4MWRA 1IOAA 3M3QA 2CMLA 4HANA 5GZCA 1IS3A 3GVKA 1LOFA 2PHXA 1E8UA 4QN5A 4KS2A 1GZ9A 1S0DA 4X4AA 4GZPA 2D7FA 2GN7A 1LEDA 5DUWA 1UN1A 2VU9A 4MZAA 1HQLA 4YZ2A 2A5ZA 4YG3A 1F9KA 2ZGSA 2F10A 3CL0A 3TICA 4KS1A 1CVNA 2XZJA 3B9CA 2R0FA 2UWBA 3WG1A 1KQRA 4XMAA 3WLUA 1JXNA 1WD4A 4XIOA 4M3CA 2BF6A 2WT2A 5DXDA 2AEQA 2WJSA 1QNWA 4JRAA 2NYYA 1LOEA 1SLBA 2ERFA 4R9CA 1WW7A 4OZXA 5GLVA 3WDVA 3HR9A 1KJRA 2HT5A 3N7MA 4P9XA 1INXA 4XE9A 1EUUA 4YM3A 1UX6A 4FP2A 2QWAA 4PBOA 2C4AA 1AF9A 3H0OA 4FP3A 3SLIA 2CYFA 2C9AA 1UZYA 2ZHLA 3FFZA 6NN9A 4SLIA 1DHKB 1LU2A 4YFZA 4YG6A 3GVJA 3CYEA 2EAKA 4FVKA 2VW0A 1A78A 3W59A 5H9RA 1LHVA 5HUMA 1MZ6A 4M3CB 2D6PA 2YA5A 4XBLA 2EXKA 4ISRA 1DBNA 4GXLA 1MS3A 4CTEA 4QN7A 4WV8A 4YGDA 3TAYA 4GALA 2ZACA 4W65A 4ATEA 4CPZA 5GJ6A 1N1VA 2A75A 1RITA 1NCAN 3BEQA 3NV2A 1DQ1A 4XJQA 2GNTA 3A0NA 4QNPA 1W6QA 3WCRA 1V00A 4U2AA 3O9KA 2VK7A 1W6PA 5T5OA 3ALXA 3KM5A 3ILFA 3IPVB 3T1MA 4Q8KA 1V3CA 2AUYA 2AYHA 3D4KA 2LALA 3SALA 2YA6A 3ASIA 4MWVA 1IS5A 1DILA 1W0PA 2BZDA 1Z4WA 1IVCA 4K1JA 1GANA 4CPOA 1JYCA 5HUGA 1ULCA 1BQPA 2ES3A 2P34A 4NN9A 1KJLA 3D6EA 4YLZA 1LODA 2ZABA 1V2IA 2R49A 4Y1YA 5H9QA 2XCYA 2HTUA 1QKQA 4FPOB 1G86A 1F31A 1L7FA 1BXHA 5T50A 1SLLA 1APNA 4GB1A 1N3QA 3WHUA 2EXHA 2ZMKA 3MEPA 1QDOA 3MW4A 1NMCA 4M00A 4DRRA 3TB0A 2PHUA 1QF3A 1V3DA 2GN3A 1G9AA 4DPNA 4NO4A 2G4IA 4RA0A 1W6NB 2HU0A 2HTYA 2OW4A 3WUCA 1ULFA 2UURA 3B3QE 4Q1PA 4BM8A 1DQ6A 3R4UA 5DUXA 1LGCA 1YI7A 3OPZA 1LJ7A 4FQ4A 4NOTA 4I30A 3O0WA 1V6IA 4YG0A 3O9JA 4GA9A 4ZKTB 2ZGLA 4R9DA 2EF6A 4Y26A 4XJRA 5KXDA 1IVGA 4MWJA 1G7YA 1V3BA 5CA6A 1MZ5A 4Q1RA 3N3HA 3OBRA 4XJ9A 1IVBA 4QN6A 2QWGA 5GZEA 1AX0A 1NSCA 3KQRA 5IK4A 4BBWA 1SACA 1D0HA 2SIMA 1VCJA 3SITA 2R0HA 7NN9A 3D5OA 1PZ7A 4CPMA 1L7GA 2DUQA 2ZA9A 2UU8A 3WG3A 1G9CA 5EYYA 5JOZA 1U0AA 4HL0A 4K1ZA 4NC5A 2ZGRA 3RS6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XL9A 2WUHA 1C1FA 3AP6A 1C8M1 2YPDA 3UKTA 3C7EA 1AYN2 1QHDA 2EALA 1JHNA 3AZWA 3BOPA 3IM0A 4OUSA 5LK5A 1NCQC 5FXWA 5EXOA 4ITCA 3AMMA 3INAA 5C8CC 3G4HA 4MJVA 4CPLA 1H8TC 3EYPA 1L7RA 4NJ4A 2QQKA 1H4GA 2DVFA 4AAXA 2D5HA 2XMLA 1H9WA 1JUHA 5FLIA 1MS9A 1NZCA 1CAVA 4JC1A 3LFMA 4XTPA 1GR3A 1UO9A 5FZKA 1OF3A 3KD4A 5JZGA 1B9SA 1USRA 4HFSA 3S0MA 2Q1FA 2JENA 4B7MA 3B00A 3SILA 1BCXA 4JTNA 2TEPA 1FMD1 2WWUA 2ZX0A 4QWNA 1PGSA 3GALA 2IAQA 3AYEA 3H1WA 2HWF1 1LHNA 1NA1B 4I0AA 1GOHA 3VDBA 3K3AA 4F7ZA 5A7WA 1INHA 2IZWA 3T09A 3O1PA 1DDLA 1AR91 3PUSA 3CZJA 2D3RA 3KZ4C 3LPGA 4QGLA 1NAEA 3E6BA 3MDPA 5FYCA 2VMHA 2YV8A 2NPIA 5FZDA 3RVHA 3T2QA 4GH4C 4DS0A 1BZWA 4J1XA 3SCGA 4D6RA 2JDUA 1FMD3 1PO21 3POWA 3INBA 4Z82A 2N7GA 4H55A 4PDWC 3AKRA 2E7QA 1W6MA 2DCKA 3OB8A 1F8BA 1CZVA 5FZHA 3K3OA 3AKPA 3V0BA 1H2LA 1R092 2FHRA 4ZZ8A 4KQ7A 2JG9C 5F39A 2ZMNA 5FP4A 1AR93 4A4AA 4C91A 1LHWA 1OQ1A 4CH9A 2VD7A 4GMP0 5ABJA 1G9BA 1CWPA 4LKSA 3RJ2X 5DG2A 3EMRA 2XJQA 3FLTA 4NPLA 3H8UA 1S0FA 1QJY2 1AL23 4HZYA 2IFRA 2OQ6A 2WAAA 3I2KA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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