4FPHA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-fluorobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 191
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Sialidase B
total genus 191
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fphA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fphA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fphA02
1Y7BA 1S0BA 1B9VA 1RINA 4DFSA 1V6IA 2ZGPA 4YG3A 5JDBA 4XZPA 1Q8OA 1LOGA 1W0PA 4XDQA 2WT2A 2RHPA 3RG0A 5SV8A 1LESA 4KS5A 3Q9OA 3RMYA 4FPJA 1G9CA 2F0ZA 1UN1A 2R0HA 1DLLA 4PCRA 1ENRA 3ZXEA 2HYKA 4ISQA 1FNYA 5HCBA 2VSMA 1DYKA 1GNHA 3TICA 4AVSA 4MWJA 4RL7A 1SBEA 3WVJA 1V2IA 4LBMA 2XCYA 2HTVA 1YIFA 1SLBA 2V5YA 4LBLA 1KITA 3RS6A 3D6EA 3ASIA 1LTEA 4K21A 3AZVA 3R05A 2A70A 3ZYRA 2XB6C 5JOYA 4YW4A 4GZTA 2UWCA 1LENA 2AGSA 3M3CA 1AVBA 3WUDA 2C4LA 1LU1A 4GKYA 3RSJA 1GICA 5T5LA 4OZXA 3T1LA 4UW3A 7NN9A 2ZGRA 3FLTA 2HTWA 4K1YA 1QGLA 3VKFC 4B7MA 3JU4A 3MW2A 4FOWA 1WLCA 2GNMA 3HR9A 5FREA 1ULGA 3O0WA 5DG1A 2H0BA 2GN7A 2B8HA 1W6OB 4KS1A 2JDZA 4XE9A 4KBBA 2W20A 5NN9A 4FP2A 1LGCA 3AYCA 3CKZA 4P9WA 1Q8SA 2VWDA 4PQ9A 4Q8LA 3R4SA 4JCKA 3CYEA 4Q26A 3WDUA 1UZZA 3FBYA 5HCFA 2WKKA 4B7NA 3N7LA 2R1BA 1W21A 1QF3A 2GDFA 2X9MA 2ENRA 2F12A 4J9TA 1N1TA 4MZEA 2DVGA 1OQ1A 4GALA 1V3EA 2GNDA 1A4QA 3K3AA 3A71A 1JW6A 1LHNA 1W6MB 3H6JA 2D3PA 2BERA 5HUMA 1E8UA 2P3KA 2D7FA 2ZB6A 3MEPA 1JBCA 4HIZA 1V00A 1AX1A 3DGTA 5DZEA 2VK5A 1MS8A 3AP6A 2A3XA 3OBRA 1D0HA 3WG1A 4M01A 3VKNA 2ZGOA 4B7QA 4X47A 2Z42A 3OJBA 1Q8QA 4KS2A 5GJ6A 4CPLA 3ATGA 1I1EA 1V0ZA 1C4RA 1V6MA 2BZDA 4FPLA 4X4AA 1A8DA 2HTQA 2EF6A 3PVOA 4YZ3A 4BPZA 3AYEA 3LSEA 4WZFA 4FPHA 1G86A 3NV4A 4W65A 4C1WA 1LOCA 1DIMA 1QOOA 1S1AA 1GYKA 4M3CB 1USRA 2YMZA 2VXRA 2E51A 4WA3A 2SLIA 1R1ZA 2JE9A 3VV1A 4YZ2A 2W5NA 1YO8A 3AYAA 5IK8A 4K1HA 4CPOA 4WEGA 3BOPA 5H9RA 4MWRA 4CPZA 4YM0A 2NMOA 2YZ4A 4Q2FA 4LBQD 1CONA 2PHUA 4Y1ZA 5GZDA 2HT5A 4M3CA 3D5OA 1UMZA 4NOTA 3USUB 5CNAA 1URXA 1BJQA 2DWRA 1INHA 1MS4A 4FVVA 3IM0A 5GLTA 4Q8KA 3INAA 5GM0A 1W8OA 1MVEA 1F8BA 4CPYA 2YA4A 3ZPYA 3WDTA 1HDKA 1IKQA 4XMIA 4R9AA 1F8EA 1F9KA 1U0AA 2OW4A 3CL0A 3FLPA 3K37A 2ZGMA 4GZPA 2D6PA 5JOWA 1B9TA 1L7GA 1Q56A 4YW5A 4BQ1A 4JRAA 1E8TA 5CBLA 4GWNA 3USUA 2CNAA 3O0XA 4M00A 3ZXKA 4YGEA 3UL2A 4D8SA 4YG6A 1C1FA 4BMBA 3IKWA 2CMLA 1IVBA 1DQ0A 1NN2A 1HQLA 4PF5A 4BMEA 1N1VA 4AYUA 3IN9A 2ZB5A 3WDXA 4UF7A 1MS1A 2WT1A 3ZXLA 4R9CA 1ULFA 4GEZA 4FPYA 1IKPA 3H73A 2QWBA 3NV2A 4YFZA 6NN9A 5EWSA 1CPNA 1IVEA 5T52A 4YM1A 2ERFA 5F9TA 2ZHMA 2QWKA 4YZ5A 4ITCA 1INWA 2WSUA 1NMBN 2P34A 1S0IA 2P3JA 1MR5A 3VKMA 1W6PB 4Y1VA 3AP4A 2DVAA 2G4IA 2EXHA 2R0FA 1NCBN 3W09A 1DZQA 1SNTA 1LODA 1L7HA 5HUKA 2AENA 1NNCA 1Q8VA 5JLVA 2WNEA 1LGBA 3VKLA 3K38A 1EUTA 3WG3A 4XJRA 2JD4A 1WCQA 3N35A 4GZXA 3KQRA 4XJUA 5JMCA 3OBTA 2XZIA 4BOWA 2QWFA 4YGBA 2D44A 4HL0A 1FX5A 1QNYA 2E7TA 1V6OA 1NSCA 2VK6A 2VW2A 3M3QA 1UPSA 1PZ8A 5DZGA 4WV8A 1YYNA 1AXZA 2EXJA 2R1DA 1GKBA 4GZSA 2D6MA 3BODA 3ILNA 1JOJA 4Z8BA 4XMAA 1VAVA 2ZGLA 1Z0HA 1MZ6A 3N7JA 1O4ZA 3O0VA 3ZXFA 2NZ9A 1WLWA 5IT6A 4ASMB 2DU1A 4GWMA 4FPFA 5DUVA 3ZVXA 2PHTA 4Y1UA 1N1SA 4P9XA 1MVQA 3WCRA 4DQAA 2A7AA 1QOTA 1CJPA 1EURA 4Y1YA 4R9BA 1JYCA 3SITA 1WBLA 4NN9A 4MJVA 1N47A 2DUOA 1NLSA 1VCUA 1INXA 4MJUA 4GDJA 5HCAA 2E7QA 3TI5A 5DXDA 1Z4VA 1MS5A 3L2YA 2YA5A 2ZGTA 2PHXA 2W68A 1SBDA 2A3WA 3T2TA 3SALA 4FZHA 2ZGNA 4Q1PA 1SLAA 1LECA 2FHRA 2C4AA 2QWDA 4XILA 4FQZA 1C1LA 5H9QA 4CTEA 1GV9A 1VAMA 2VW1A 1F8CA 1FNZA 4FQ4A 2W39A 2F25A 2VY0A 1ZA4A 3NV1A 5IK4A 3AFKA 4YG0A 4FPKA 1MS3A 2HTUA 4AGGA 3TI6A 3N7KA 5T54A 1J1TA 1XOGA 1NCCN 1QU0A 4Y22B 4XBQA 3WG2A 1LHWA 4BLIA 5L73A 4X6KA 2ZAAA 2QWEA 3TI3A 4NO4A 5IUQA 5H9SA 2GMEA 4BLJA 1IS3A 2D3RA 3T1EA 5EYYA 5F5QA 1H9PA 3WDWA 4FJ6A 2LTNA 4Q1RA 4K1ZA 1CPMA 4TZDA 2DV9A 3MW4A 4KS3A 2PHWA 2RKCA 1KDMA 1QKQA 3WG4A 1A14N 1Z78A 3PMEA 4Y24A 3AP5A 4Y22A 2DVBA 4D69A 2W52A 5DZFA 5GZEA 1W6QA 3I4IA 1SLCA 5IK5A 3N3HA 1JN2P 4DPNA 3V65A 3TI8A 2UWAA 3ZYPA 4M4UA 2TEPA 1UKGA 3LSDA 4Y20B 2VUAA 2A6XA 1G9FA 3WHTA 3AJZA 2ZGKA 3O9KA 2BF6A 2D6LX 1SLIA 2A6ZA 3RMXA 3V0BB 1B09A 2XG3A 1Z4YA 3WUCA 1GZWA 1MWEA 4NCSA 1S0CA 5AVAA 5T5OA 4WVVA 3JUUA 1F8DA 4R9DA 2UU8A 4AVTA 4Y20A 5CA6A 5CAZA 2CTVA 1WD4A 2F26A 3BTAA 1I3HA 4RA0A 1WUVA 1LHOA 1IS5A 3I8TA 3B9CA 5CB7A 5GZFA 3V0BA 2ZMKA 3ALWA 1W6NB 4YZ4A 1KJLA 4MWYA 2CWMA 3BIWE 4SLIA 1BYHA 2DYCA 2ZGQA 2QWAA 2D6KA 1VIWB 2ARBA 1WW5A 1WW7A 3NSSA 1LOBA 1IVDA 3VUOA 1QNWA 2NYYA 3UJQA 3H0OA 3B69A 3M3EA 3AXDA 3NWKA 1YRZA 4DRVA 1GZCA 2EXKA 5KXDA 1W6NA 3AK0A 3WZ1A 1LJ7A 1DBNA 3AJYA 3B00A 3FFZA 4FPCA 4NC5A 4ZXKA 1NMAN 1YXWA 4XTMA 2WLQA 5GZGA 3DUIA 4K1KA 3TB0A 3N7MA 3O12A 3W59A 1CIWA 2ZHLA 1INVA 5BYNA 2ZHKA 2D3SA 1X50A 4WA5A 3POSA 1AXKA 4XJQA 2GMMA 2ZACA 1NMCA 2JKBA 2W5OA 4XBLA 1CESA 1BJIA 1KRIA 3ZSMA 1B9SA 2EAKA 2F29A 4HZXA 1AF9A 5HUGA 5GLVA 5B2CA 1V3CA 1DQ1A 3ZSKA 1FYUA 4C1XA 2ZMNA 2AEQA 1APNA 1FV2A 3FUQA 3HN1A 2C9AA 2YROA 1HKDA 4IQPA 2A6WA 4L8QA 4K20A 4UW6A 3C2UA 1DQ5A 4M3CE 4XIKA 4HZVA 2P3IA 3PJQA 3GVKA 4XHBA 1SCRA 2A5ZA 4YFWA 3AYDA 2QWHA 4Q27A 1L7FA 4JF7A 5E88A 1WCSA 3MW3A 1G9BA 2F11A 4YGCA 2YV8A 3SISA 5JOZA 2YA6A 1IVCA 2A75A 5T5PA 4B7JA 2HU0A 2AREA 3RRDA 1FAYA 2HT8A 1UAIA 4P9YA 2A71A 1KQRA 5T55A 4YM2A 3M3OA 1DHKB 3IPVB 3HMYA 3K39A 1S0JA 5T5JA 3CL2A 5EYXA 3ZSJA 3CNAA 5HUNA 2YDTA 4LBNA 1UL9A 2AEPA 1LOFC 3SNMA 1GZ9A 1WD3A 2E53A 2PHFA 1KDKA 2WQZC 2OUJA 4LBQA 3WOGA 1N3QA 1RIRA 1YI7A 1F31A 2CL2A 3IPVA 1XOEA 3TIBA 4AGRA 5EXOA 2HTYA 5KXEA 2DURA 3FLRA 3QCWA 1AXYA 2DVFA 4MWWA 2A6VA 2ZHNA 2DTWA 2F10A 5T50A 3IMNA 1ULEA 4DRRA 2UURA 1LHUA 1V6LA 2JECA 1N3PA 2HU4A 4GDIA 4H55A 2XZKA 1G8WA 2AH2A 1N1YA 1IVGA 4QN5A 4WVWA 4XJ9A 4XJWA 1WW4A 4Y26A 4GKXA 4AWDA 2W38A 5DUXA 2EXIA 4FOVA 1JXNA 1BZWA 2CYFA 3H71A 1MZ5A 4UW4A 5DUUA 2ZBJA 1FATA 1QDCA 1PZ9A 1OKQA 1JHNA 1TEIA 3A72A 2UWBA 1LU2A 1S0DA 1D2SA 2LALA 3U4XA 1GANA 1DQ6A 4K1JA 4AVVA 1AZDA 4CRQA 1DQ4A 1VCJA 1EPWA 4AGVA 1V0FA 1NNAA 4YW2A 3O9JA 3WLUA 3BEQA 4YGDA 2HTRA 1HLCA 5FRAA 2DVDA 5DUWA 1EUSA 2EIGA 4MC7A 4GJTA 1LOEA 1V3BA 3D11A 4GZQA 3SH5A 3APBA 5M1ZA 2DU0A 1WW6A 1USXA 2YA8A 1QMJA 3A4UA 2NN8A 1W20A 3T1MA 1IS6A 1DGLA 5GLZA 4LBJA 2ZABA 2D6OX 4ATEA 1JUIA 3SLIA 5E89A 2NM1A 4XTPA 1QOSA 4GXLA 4GZWA 1DILA 2F24A 1NCAN 4BBWA 1NNBA 3ZSLA 2ZGUA 1W1XA 3AP9A 2AR6A 2CWSA 1GLHA 5KXCA 1Z4WA 4MYEA 5JOXA 2W08A 3PVEA 1W6QB 2ZKNA 3ENRA 2QWGA 3WDYA 1F5FA 2WJSA 4DS0A 3OGGA 4K1IA 5KXBA 3GALA 4Y1XA 1MACA 1ENQA 1WLDA 1INGA 5LK5A 1AX2A 2F27A 3WDVA 2JJ6A 2OUHA 3NN9A 4MWUA 4YW3A 4QNPA 4X49A 4XJ8A 1GZWB 4CPMA 2YY1A 4YZ1A 2SILA 2F28A 1GSLA 4I00A 1FV3A 1LOAA 3POWA 4FPGA 2JE7A 3NV3A 3UK9A 4XOGA 4HZZA 2DTYA 2VSKA 1IVFA 3B3QE 4FOYA 1W6OA 2F13A 3TI4A 3ALXA 2HT7A 1LULA 1SCSA 4P14A 4XIOA 1CQ9A 1ULCA 2PHRA 2YDPA 3H72A 1LGNA 3A0NA 1CR7A 3AXEA 3D4KA 4HZWA 4TYSA 4M4VA 3INBA 5E8AA 1MS9A 2VVZA 4PBOA 1Z4ZA 2VH9A 4F83A 2VU9A 5B2DA 1BKZA 1BXHA 2D43A 1V0EA 4CPNA 3VKOA 1AX0A 3PVNA 4BM8A 5IK7A 2YXSA 1SBFA 1G7YA 4M3CF 3WV6A 1EUUA 4UW5A 4WA4A 4HANA 3OYWB 3D12A 2P37A 1DYPA 4MX0A 1W6MA 2V73A 1KJRA 2ARXA 3N36A 5HX0A 1Q8PA 1NXD1 2NMNA 3AZYA 1NSDA 4DGRA 1GNZA 2XZJA 4MWLA 2E6VA 4LBKA 1BQPA 4FVKA 1SO7A 3SANA 4YLZA 5JVVA 2QWCA 4M3MA 1AJOA 3W58A 2R49A 3OYWA 1VALA 1V6JA 1DIWA 1ZM1A 4MWXA 4FPOB 3R4UA 5GALA 1A78A 1LEMA 1RITA 1CVNA 2GALA 3LCPA 1C57A 1A3KA 4PBPA 4FOQA 1HQWA 1IS4A 2R16A 1LCLA 2NP0A 4QN7A 4XHXA 2BATA 1SLLA 2B7YA 3AZZA 4I30A 3WNXA 1QDOA 3FUOA 1SACA 1LOFA 1NSBA 2YA7A 1N3OA 4Q6KA 2P2KA 2WT0A 4JC1A 2ZMLA 4GZOA 1XQNA 2GNBA 4CZSA 1CN1A 2GNTA 3V64A 3QLQA 5H9PA 1LEDA 3TIAA 3M2MA 3ILFA 1W0OA 1W8NA 1G9DA 1ULDA 1S0GA 4MZAA 1JYIA 4YW1A 1Z50A 1UX6A 4M4NA 2SIMA 2KM2A 3MPPG 3SILA 4YM3A 2BQPA 3WHUA 3AP7A 4LBOA 3GVJA 4H53A 3B01A 3JU9A 1ENSA 2A3YA 1H9WA 2AUYA 4H52A 2GMPA 3TAYA 1MS0A 2EALA 1Z4XA 4ATFA 1PZ7A 1V6KA 4FP3A 4U2AA 1AJKA 2DUPA 1VLNA 4LBQB 1IOAA 1V6NA 1WBFA 3POYA 2Q5TA 3A0KA 2SBAA 5GZCA 3GVLA 2PELA 4MWVA 4XBNA 2I2SA 2ES3A 1SLTA 4K3YA 1LHVA 3M1HA 2QWJA 2AYHA 3AZXA 4GA9A 2ZA9A 4ZKTB 1INYA 4FPEA 2ZZJA 1INFA 3V0AB 4MWQA 5GLWA 4ISRA 3B7EA 4XXPA 1V3DA 3O5SA 3WCSA 4GB1A 3RQ0A 1DFQA 3AZWA 1S0EA 2GN3A 2D6NA 4QN6A 1SFYA 5JYYA 1H30A 3KM5A 3AX4A 1NCDN 3SH3A 2WSVA 2ZGSA 3SH4A 2OVUA 2VW0A 4WEFA 1DQ2A 3ZXJA 4XJZA 1UZYA 5GLUA 4KS4A 1A4GA 1G9AA 3OPZA 1ONAA 4HZYA 2FMDA 3V0AA 1W6PA 3OY8B 4QN3A 3K36A 3UJOA 2C5DA 2CY6A 4B7RA 2VK7A 4XXAA 1E8VA 2A6YA 2QWIA 1GBGA 3ILRA 4U36A 3GNEA 5DG2A 4XYXA 2DUQA 1O4YA 1S0FA 4QN4A 4XJAA 1OFSA 3OY8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Y7BA 2JDYA 4GB33 5CFDB 1S0BA 4FFHA 4CCEA 1B9VA 1SEFA 2C24A 1BVP1 4DNYA 2B5HA 1RINA 3LPGA 4LO4B 5DDJ3 2YPJA 4FTEA 2HEVF 4DFSA 2JWPA 1V6IA 2ZGPA 4NRPA 2NPIA 4YG3A 3ZOIA 4DO0A 5JDBA 4XZPA 3VDAA 1ZA7A 3SCGA 3S6PA 1Q8OA 2H2NA 1LOGA 1W0PA 2WIIB 4XDQA 2GC0A 1UU6A 2WT2A 3W21A 2VPJA 5DMYA 1UF2C 2RHPA 4XMBA 1H1AA 3RG0A 5SV8A 4IEZA 1LESA 4NIHA 1A8MA 2G8SA 4KS5A 4OHYA 3NNMA 3QH7A 4P9JA 3T0DA 5FUIA 2WO1A 3Q9OA 4Z82A 2W47A 4XF1A 3C7EA 1W8UA 5FMOS 1XBFA 5A3MA 1Z7S1 4IV1B 4MUVA 3RMYA 3SOVA 4XQDA 4FPJA 1RUC1 3AMMA 4KG0A 4UFIA 4XABA 5F2WA 3DPRB 1POV0 1WMFA 3VBFC 2WA4A 3VHRA 1G9CA 4CDXC 4G3NA 3WW1A 3AKQA 1OUXA 1SFNA 2MEV2 2QQJA 3O1OA 2F0ZA 2CAUA 2K0GA 1HV1A 1UN1A 2R0HA 1DLLA 4PCRA 5C9AA 3RZJA 2RE9A 1QXPA 3I97A 1R1A2 1ENRA 1I6XA 2P4EA 1ZZ9A 3ZXEA 1VBE3 2HYKA 3NKGA 3S5QA 4ISQA 1FNYA 2FCTA 3POGA 4H14A 5HCBA 3ZR5A 2VSMA 3DEMA 4AHXA 4AQTA 1BK1A 3PUAA 2FDKA 4LK6A 1W0NA 1DYKA 3OGRA 1GNHA 3PUSA 3TICA 2MEV1 2Y38A 5LA9A 1UNBA 4AVSA 1W9WA 4MWJA 4RL7A 3H9AA 1SBEA 5D9DA 4QPIC 4LKFA 3WVJA 1R1A1 1V2IA 4QD2A 4LBMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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