4FPHA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-fluorobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 191
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 191
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fphA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fphA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fphA02
2A6WA 3JU9A 1C1LA 1KJLA 1N1SA 4MWXA 1INHA 2A5ZA 1V00A 1SNTA 2AH2A 1BQPA 3IM0A 2AUYA 1LOFA 3JUUA 3V0BB 2VU9A 1Q8OA 3M1HA 2RKCA 4D69A 4L8QA 1S0EA 1IVEA 3MPPG 1JHNA 4Y1YA 2F28A 3WVJA 1C1FA 3VKOA 1Q56A 4BOWA 5BYNA 4XJ9A 4MZEA 1GZWB 4B7NA 1HKDA 1DQ0A 2GNMA 2EAKA 1WBLA 1UX6A 4XBLA 4DS0A 4QN6A 3VKLA 1W6OB 2QWFA 3V64A 4NC5A 4PBPA 4D8SA 5FRAA 5GLZA 3ZSKA 4GJTA 1DQ6A 1JN2P 2V73A 3BEQA 5IUQA 1H30A 1QOTA 2XZJA 4GDIA 1WW4A 3AX4A 5T5JA 4MC7A 1DBNA 1S1AA 2YV8A 1WW6A 1EUUA 1IKQA 1EUSA 5GLWA 1E8TA 4UF7A 2P3JA 5SV8A 5B2DA 3U4XA 3R05A 5T54A 1YIFA 2QWCA 4UW6A 1Q8VA 1W6MB 2E51A 2EXIA 2ARXA 4DRVA 2QWJA 3GVLA 4FPLA 3WHTA 4WZFA 1NLSA 1CONA 4WEGA 3N7JA 3WUDA 1AX1A 2UWAA 1CR7A 3POYA 2BF6A 2A7AA 1DLLA 3M3OA 5LK5A 4XHXA 5E88A 3D5OA 2GN3A 4QN5A 1BYHA 1DHKB 3OGGA 2JE7A 2HTRA 3MW2A 2HTYA 4C1WA 2XG3A 3WCSA 1A3KA 2CL2A 2A3XA 4Q1RA 3WG3A 3HN1A 1G9BA 2HU0A 2VW1A 2OW4A 3SH5A 3T1LA 4P9WA 2CWMA 3O0WA 3B69A 1NCCN 2PHTA 4TZDA 1SCRA 4YW1A 3WCRA 4K1YA 2HTUA 3AYAA 1URXA 3C2UA 4TYSA 4GDJA 4HL0A 1EPWA 1DYPA 4WVWA 3OJBA 1LHNA 3AP5A 1G8WA 3SLIA 1IVGA 3A0KA 2ZACA 5JLVA 1SLLA 3AZXA 1NCBN 3W59A 2WKKA 3QLQA 1QDCA 1DYKA 5FREA 1BKZA 1W6NB 3H6JA 2C4AA 1ENQA 2WNEA 2OUHA 1Z4YA 1IVBA 1MS4A 1FNZA 4XJUA 3AJYA 3GNEA 2NN8A 2D6OX 2VY0A 4H53A 1SLIA 4SLIA 2QWAA 5T5PA 2VSKA 3R4UA 2E53A 2NYYA 1N47A 4CZSA 2QWIA 2ZGNA 5DZGA 2GMEA 4LBQD 3N7MA 4KS5A 1KQRA 3V0BA 3IKWA 4Q27A 4Y1UA 4MWJA 1V3CA 1JOJA 2C4LA 1RINA 1BJIA 2A3WA 2VSMA 1LHOA 3LSEA 3WDUA 5GZEA 4X4AA 4NO4A 4ISRA 1LEDA 3D4KA 5JDBA 1GZWA 5L73A 4FJ6A 1ULCA 5GZFA 1LTEA 3NWKA 2OVUA 1Z50A 1G7YA 2LALA 2VK5A 4YFWA 1USRA 1W6OA 2ZZJA 3UJOA 4AGRA 1DZQA 4PCRA 3AP7A 3B01A 4K20A 5IK4A 2DV9A 1A4GA 4FPOB 2BZDA 1A8DA 2JECA 3OY8B 3K39A 1QOSA 2YY1A 1LESA 4HZXA 4GZWA 2ZGSA 1KDKA 1KJRA 5EXOA 2G4IA 3O0VA 4CTEA 4JC1A 1F8BA 2WQZC 5M1ZA 1GZ9A 5GALA 2QWHA 1INGA 2JKBA 4F83A 1V0ZA 2V5YA 2DU0A 1V6NA 3I4IA 2P37A 2YROA 4Y22B 3TI5A 1LGNA 3MEPA 1I3HA 5DUVA 4KS1A 4B7QA 1NSCA 3WG2A 3USUA 4Z8BA 4C1XA 4X49A 4J9TA 2H0BA 1HLCA 3H71A 4AVVA 3AXDA 4AGGA 1MR5A 3O5SA 4W65A 2DWRA 2SIMA 2HT8A 3RMYA 5T5OA 3ALXA 3GALA 1W0OA 1BJQA 4K1JA 2ES3A 1B9VA 4YFZA 1MWEA 5HUMA 2ZGMA 3ATGA 2UU8A 3ASIA 2F12A 3ALWA 4XJ8A 1MS1A 2F25A 4BLJA 3VKMA 3PMEA 4FVKA 3VKNA 3GVKA 2D3PA 2D6KA 1NNBA 5JMCA 3RS6A 5T55A 3FFZA 1LECA 2R16A 5H9RA 1JYCA 3I8TA 1LU1A 1LEMA 2I2SA 4BPZA 2WSUA 3SITA 5JOZA 4K3YA 1IVCA 3ZXFA 4ZXKA 4AGVA 1WD3A 4ASMB 2YXSA 4R9DA 3A0NA 1IS6A 2A6XA 1Z0HA 5DUWA 4MWQA 1GSLA 2NMNA 4BLIA 2W52A 2UWCA 1WCQA 3T2TA 2D7FA 4QN4A 1MS5A 1F8EA 1DIWA 4AVTA 1UZZA 3B3QE 4XDQA 2W5OA 1W6NA 3ZXKA 1ONAA 1Q8PA 1SLCA 3NV1A 4JF7A 4MX0A 2HTQA 3W09A 1Q8QA 2VW0A 5H9PA 1QKQA 5DXDA 3DUIA 5DZEA 4BMEA 4KS4A 4FQ4A 4GB1A 3TI4A 1W6PB 2CYFA 3OBRA 4YZ2A 4XMAA 3IPVB 3T1MA 2DTYA 5GLTA 1HDKA 2ZHNA 4X47A 2ZKNA 3ZSLA 3HMYA 4XXPA 5JYYA 4ATEA 2EIGA 4YZ4A 4YZ1A 1G9CA 3ZSMA 3B7EA 1W0PA 2R0HA 5CNAA 4GALA 4NOTA 3WOGA 3ZPYA 4Q26A 1NCAN 4Y1VA 1NN2A 2NP0A 3MW4A 5IK8A 2R49A 1NCDN 2BATA 4YGBA 3POWA 4Y24A 4PBOA 1FYUA 4LBKA 5KXEA 1R1ZA 5KXBA 3PVOA 3SH4A 3WDVA 2AYHA 4Y1XA 4X6KA 4B7RA 4AVSA 4FZHA 1S0JA 1CQ9A 4XJQA 3CNAA 4KS3A 1D2SA 1AX2A 2DVGA 3O9KA 4LBQB 4GA9A 1YO8A 4YG3A 3O0XA 1LOFC 1CIWA 4HANA 3OY8A 5HUNA 1VCJA 3TI6A 1YI7A 4YG0A 4LBLA 1D0HA 3IMNA 1AVBA 2ZB6A 4GKXA 2YA5A 3W58A 4BQ1A 3CL0A 4YGDA 1F8CA 5DG1A 1IVDA 2HT7A 2CWSA 1RIRA 1V2IA 4Y22A 5HX0A 1TEIA 2WT2A 1GV9A 3V0AB 2VWDA 1Z4XA 1B09A 1FX5A 4Y20B 2GMMA 3CL2A 2R0FA 1H9PA 2WT0A 1NNAA 1S0BA 4KBBA 4Q8LA 1KITA 4XOGA 1ZA4A 3LSDA 1OFSA 4OZXA 1SBEA 2X9MA 1W20A 4R9CA 1G9FA 1S0GA 1DFQA 2A6VA 5EYYA 3APBA 1GBGA 4Y1ZA 4P9YA 3AYDA 3N7LA 4M01A 4RL7A 4NN9A 4LBNA 4GZQA 2ZGOA 2F10A 4Q6KA 5CAZA 1B9TA 2ZMNA 2F27A 4WA5A 2VK7A 4MJVA 1BZWA 4AWDA 2D3SA 1INFA 4AYUA 2A3YA 2PHWA 4Q8KA 3TI8A 2DTWA 5JOWA 2JD4A 2F29A 2NMOA 5HCFA 1IKPA 2R1BA 4MWRA 5H9QA 2JJ6A 1LOGA 2UURA 1SACA 3PVEA 1AZDA 1F8DA 1ZM1A 1S0DA 1UZYA 2QWEA 1E8UA 4YLZA 4XBNA 1KRIA 2VK6A 1U0AA 2DUPA 2NZ9A 1UN1A 2HTVA 4M00A 3TB0A 2YA6A 4B7MA 4YW2A 3K3AA 1W6PA 3VUOA 4GWNA 3O12A 1QNYA 4XJZA 2YA7A 4K1KA 3IPVA 2A71A 1LHUA 2AGSA 4FVVA 2W08A 2PHRA 5E8AA 3Q9OA 3FUOA 4ITCA 4GZOA 1N1TA 1GLHA 1VCUA 1O4ZA 4YZ3A 2RHPA 4HZVA 1ENRA 2F26A 3KM5A 4XILA 5F5QA 3AZWA 4ATFA 2EXJA 1OQ1A 2ENRA 1Y7BA 1ENSA 4FQZA 3ZYPA 5KXDA 1MZ5A 1A78A 4CPYA 2R1DA 3HR9A 2ZHMA 5GZGA 1IVFA 2D44A 1KDMA 1SCSA 4UW4A 1DIMA 1HQWA 1YYNA 3N3HA 5JVVA 2DVAA 3UL2A 4WV8A 1ULDA 4LBOA 1SBDA 5DUXA 3RQ0A 2EXHA 1APNA 5CB7A 3T1EA 3OYWB 1QOOA 5T52A 1W6MA 1MZ6A 4LBQA 4Q2FA 5GJ6A 2BQPA 2DYCA 3OBTA 2SBAA 5T50A 4XIOA 2ZGTA 3N7KA 5CA6A 1MVEA 4R9AA 1QF3A 1CVNA 5NN9A 1USXA 3AFKA 1LULA 1UPSA 1MS3A 2D6MA 2PHFA 3WLUA 1B9SA 1AJOA 1YRZA 2WT1A 1MVQA 2DUOA 4B7JA 2W39A 2PHUA 1QGLA 4QN7A 3A4UA 4K1ZA 4HZZA 1GYKA 4WA4A 3PVNA 2P2KA 3NV4A 2Z42A 1V6IA 2GNBA 1EUTA 1NNCA 2HYKA 1WLCA 2E6VA 1NMCA 3DGTA 1H9WA 2ARBA 3V0AA 3N35A 3H72A 1SFYA 2CY6A 2XB6C 4Y20A 1O4YA 1L7GA 4GZXA 1VAVA 2XZKA 1PZ9A 1QDOA 3UJQA 1GZCA 4XJAA 5HCBA 1X50A 2E7QA 2WJSA 3WV6A 1I1EA 1VIWB 1VAMA 1V6KA 1CJPA 4DQAA 1F31A 4GZPA 2ZAAA 1EURA 3FLTA 2F11A 2ZMKA 4MWWA 1LHVA 1CPNA 1FV3A 6NN9A 4XMIA 1N3OA 2FMDA 3V65A 4XBQA 3AK0A 1JW6A 1LHWA 3RRDA 1GKBA 4CPOA 4YGCA 3K36A 2DVDA 2OUJA 4FOVA 3RG0A 2VXRA 2W5NA 3WHUA 2AENA 1N1YA 2YA4A 1W21A 3FLRA 3TICA 2GNDA 3AP9A 1INXA 1LGBA 4BMBA 3D6EA 2YMZA 4M4NA 4JCKA 1LCLA 4YGEA 5GLVA 1E8VA 2A6ZA 2UWBA 4FPEA 3TIBA 5DUUA 3NSSA 4ISQA 3D11A 3M3CA 1NXD1 4P9XA 2EXKA 3CYEA 1BXHA 5IK5A 4GXLA 2VH9A 1V3EA 3ZVXA 1Z78A 2ZB5A 1XQNA 5T5LA 3INAA 3FBYA 2W20A 2XCYA 3IN9A 1XOEA 4GKYA 2F0ZA 1PZ8A 1G86A 3UK9A 2ZGQA 1AX0A 1MS8A 1INWA 1SLTA 4GWMA 1Z4WA 2AEPA 4PQ9A 3B00A 1INVA 4YG6A 2LTNA 1AXZA 2ZHLA 2AR6A 1LU2A 1V6LA 3SISA 4XTPA 3RMXA 3WDWA 4YW5A 3WDYA 3GVJA 1N3PA 1LOEA 3TI3A 2D3RA 4YW4A 1F5FA 3H73A 5KXCA 2EALA 3A71A 4FP2A 4U2AA 4I00A 4MWVA 3VV1A 1WCSA 4YM0A 1MS9A 1QNWA 3AJZA 4YW3A 3WG1A 3OPZA 1RITA 3POSA 3TAYA 2HU4A 1N1VA 4DFSA 2GDFA 3BIWE 4M3MA 3WUCA 4H52A 3K37A 4ZKTB 3ILRA 4WA3A 4Y26A 4MWUA 1LOCA 2P34A 2D6PA 3AXEA 3KQRA 1QMJA 2QWKA 2WLQA 2KM2A 1V3DA 2AREA 4M3CB 1FV2A 1CPMA 4M3CE 2C5DA 1FAYA 3K38A 1W6QB 4XE9A 1JYIA 3OYWA 1LODA 3AYCA 5F9TA 3USUB 2B8HA 2QWBA 4GEZA 4M3CF 4P14A 4XJRA 2CMLA 1FNYA 2D6NA 2ERFA 4R9BA 3N36A 3AYEA 4MYEA 1C4RA 2Q5TA 2DVFA 3WG4A 4CRQA 2CNAA 3A72A 1VALA 4CPLA 5HUKA 4FPYA 5EWSA 4FPHA 1N3QA 1WW7A 2B7YA 4FPCA 1SLBA 4XZPA 4HZYA 4CPNA 4I30A 2D6LX 5HUGA 3SILA 1AXKA 3SNMA 4RA0A 1GNHA 1WUVA 4MWLA 1DQ2A 1A14N 4NCSA 4LBJA 2TEPA 3MW3A 4IQPA 2WSVA 4BM8A 1ULEA 4GZTA 2BERA 2ZBJA 1IOAA 1IS3A 3LCPA 4XIKA 2D43A 3QCWA 5DG2A 1IS5A 1SLAA 2F13A 2SLIA 1V3BA 3RSJA 4Q1PA 1LJ7A 3BODA 2XZIA 1FATA 2ZGKA 3ZXJA 1V6MA 2F24A 2VUAA 2A6YA 3ZSJA 1LOBA 1W8NA 2JDZA 3AZZA 2VVZA 4XTMA 5GZDA 2A75A 4BBWA 2ZGPA 4HZWA 3FUQA 3ILFA 3L2YA 4KS2A 3B9CA 1WD4A 2ZABA 3WNXA 5IT6A 4MZAA 1S0IA 4WEFA 3ILNA 4FPFA 2ZMLA 1G9DA 2GNTA 1ULGA 1LOAA 3AZVA 3M3EA 1AXYA 1IS4A 2HTWA 2DURA 3M3QA 2ZA9A 1L7HA 1Z4ZA 3TIAA 1V6OA 2ZGUA 4K21A 2PELA 4XJWA 2CTVA 1WLDA 2YDPA 3INBA 1MS0A 1GICA 7NN9A 1PZ7A 1W1XA 3NN9A 1L7FA 3WDTA 4FOYA 3PJQA 1NMBN 3O9JA 5H9SA 3ZXEA 2EF6A 1G9AA 3WDXA 4JRAA 4M4UA 2W68A 4WVVA 1V0EA 1DGLA 4MWYA 3AP4A 2YDTA 5GLUA 4H55A 4FOWA 4XYXA 2QWDA 4K1HA 4CPZA 1AJKA 4DPNA 3ZXLA 1DQ1A 1LENA 2YA8A 4FPJA 5AVAA 4M4VA 2JE9A 4MJUA 2A70A 1A4QA 4DRRA 1Z4VA 1S0CA 1QU0A 1NSDA 1C57A 5GM0A 1JXNA 5E89A 1Q8SA 2VW2A 1CESA 1V0FA 3AZYA 4GZSA 1HQLA 5HCAA 2DUQA 4PF5A 3SANA 4YM2A 3VKFC 1W8OA 4LBMA 1XOGA 2P3KA 3R4SA 5JOYA 1V6JA 1S0FA 4DGRA 2AEQA 1GNZA 4UW5A 2C9AA 1MACA 2PHXA 4HIZA 1ULFA 2GMPA 1NSBA 4YM1A 2QWGA 5DZFA 1CN1A 1LGCA 1OKQA 4U36A 3AP6A 4FPGA 4M3CA 1INYA 4XHBA 1W6QA 1YXWA 3CKZA 2ZGLA 2SILA 1AF9A 3ENRA 1J1TA 3ZYRA 3BTAA 1SBFA 2YZ4A 3NV2A 2DU1A 4CPMA 1WW5A 1GANA 5GZCA 3M2MA 1NMAN 3H0OA 3D12A 2GALA 1JUIA 2E7TA 1JBCA 5JOXA 2DVBA 1UMZA 2FHRA 2HT5A 2GN7A 4K1IA 4UW3A 4QNPA 3FLPA 2ZHKA 1WLWA 1DQ5A 1UKGA 3SH3A 5B2CA 1UL9A 1SO7A 4QN3A 1DQ4A 1UAIA 4FP3A 2P3IA 5CBLA 3BOPA 4YM3A 1WBFA 3WZ1A 4YZ5A 2NM1A 5IK7A 3NV3A 4FOQA 3JU4A 2ZGRA 4XXAA 3SALA 1DILA 1VLNA 4FPKA 5EYXA 2W38A 1F9KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2X5IA 4BWOA 4CYDA 5DMYA 2QQMA 1YJKA 4IYGA 4XUOA 4CDXA 1PO13 2A6WA 3JU9A 1C8M1 1C1LA 2WS93 4QHOA 1KJLA 1N1SA 1V9U2 4MWXA 3P5BA 2RR11 4FFHA 4NVPA 4Q1UA 4D52B 1INHA 3CF6E 3LI5A 2A5ZA 3PL0A 4XUTA 4HKLA 2Q8EA 4YARA 1V00A 1W0NA 2YC4A 2Z32A 1OHFA 2J42A 3PTRB 4N9HA 4DMIA 5C4WC 1SNTA 2AH2A 1AR73 1BQPA 3IM0A 1GFF2 2AUYA 1LOFA 3LEKA 3U37A 2VMDA 5FBJA 4FT8A 4LO7A 1RVF2 3ZFFC 1TE1B 5LCWL 3SKJE 3JUUA 3NL1A 2VOKA 1NT0A 3V0BB 2VU9A 1Q8OA 3M1HA 3P5BL 3GJBA 3SMHA 3JD73 2HJIA 1UMHA 1C3HA 4B4QA 4LQRA 1R091 2OJHA 4D69A 4L8QA 2RKCA 3RYRA 1OUXA 3IIIA 1S0EA 3RZJA 3C7FA 1IVEA 1UIKA 3MPPG 4Q4V1 1JHNA 1UY3A 4UI9L 4IV3B 3SOQA 1PX3A 1NAEA 2ZEXA 1ZBE1 4W6WA 4Y1YA 1W9FA 1HJFA 1OA3A 1ZRIA 3WVJA 2F28A 1QJFA 4B7KA 1OLME 3T09A 1ZRDA 4J1XA 3IDAA 1C1FA 1NA1A 4FXGB 3VKOA 3GHNA 4CDQB 4AI9A 4IDZA 5DAXA 1HW5A 1Q3EA 1Q56A 1VBE2 1CAXA 5A3PA 1J1LA 4BOWA 3AMSA 5TSWA 5A33B 1QJEA 2ZW9A 4BQ4A 5BYNA 2AACA 4XJ9A 3WW3A 2Y6LA 1AR91 1W03A 1GWMA 1OMIA 5C5UA 4MZEA 5KHIA 3C7OA 1GZWB 4B7NA 5EP9A 1HKDA 4KQ7A 4OHYA 4CH9A 3KQ4B 4QDQA 4AZZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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