4FPJA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-methoxybenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 189
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
189
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Sialidase B
total genus 189
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpjA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpjA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpjA02
1LODA 2PHWA 5FRAA 2JE9A 1N1SA 4NOTA 1XQNA 3WDVA 1JN2P 4Q27A 2WKKA 1VAMA 3R05A 4XXAA 2HTVA 2LTNA 2PHUA 3WG1A 1UN1A 4BLJA 5GALA 3O0WA 2CWSA 3ATGA 3ASIA 1G8WA 1IS6A 3TICA 3O9JA 2C4LA 3B7EA 4YG6A 4Q8KA 5GLUA 3CKZA 1IVGA 3H0OA 5BYNA 1Q8SA 3GVLA 2OVUA 1EUSA 4KS3A 1F8CA 3AZZA 1DHKB 3AZWA 2A75A 3ZXLA 4Q2FA 3IN9A 4JC1A 1AVBA 4WVVA 2H0BA 1W8NA 3FUOA 4GZQA 1LGCA 2AH2A 1Q8VA 1UX6A 7NN9A 3FLRA 1A8DA 3TIAA 4P9WA 2VVZA 1U0AA 4HZYA 3I8TA 2GNDA 2ES3A 3A4UA 3CNAA 2EF6A 4YM2A 2A3YA 1WBLA 5JOXA 4Y20B 4QN5A 4K1ZA 3WNXA 2XZJA 2AUYA 1E8UA 5GZGA 1V0EA 1VALA 1XOGA 5T5JA 1DIMA 4K1IA 3MPPG 4XHXA 4UW5A 3V0BA 4YZ5A 3AX4A 1HQWA 4MJVA 1RITA 1V0FA 2F12A 3NN9A 3AYCA 4I00A 1LOAA 3UK9A 1FNYA 2YA5A 3TI3A 5KXEA 2FMDA 3SLIA 4H55A 1INHA 1LULA 4X47A 4BOWA 4SLIA 4Y1ZA 2F28A 5H9SA 3LSEA 2GDFA 4Y1YA 4MZAA 1INYA 1MS5A 4XJZA 2CY6A 5T5OA 4MWUA 5JOZA 1A4QA 4RL7A 1G9AA 3JU4A 1V6OA 4P14A 4PCRA 4XILA 5DUXA 1LENA 5DG1A 5GLWA 1V00A 4X6KA 3HR9A 5B2CA 2WQZC 1ULGA 5IK5A 4CPMA 2W08A 3ALXA 2VUAA 4QN4A 2EIGA 3TI4A 3C2UA 3BTAA 3VUOA 1N3OA 2EXIA 1MZ6A 2YDPA 3HN1A 1USXA 3O12A 2DVFA 2YDTA 2NYYA 2E6VA 2F27A 5DXDA 4M3CF 3TIBA 4PBOA 2W38A 1SNTA 5GZDA 1NN2A 4MWQA 1AX1A 3AK0A 4AVSA 1VCUA 1V3DA 1QNWA 2A6YA 2SLIA 1LHNA 1BQPA 1UMZA 1INWA 1LHWA 4HL0A 1H9WA 1IVBA 5E89A 4MC7A 1V6MA 4K1HA 1Z78A 1FX5A 4GZTA 2YY1A 3TI5A 4B7NA 2UURA 4YW5A 1V0ZA 3SALA 3M2MA 1WLDA 3ZXKA 2ZB6A 3ENRA 4MWVA 3QLQA 1DFQA 1MS1A 1SBEA 3N36A 3AJYA 1SLIA 3T1EA 2OUJA 2AEPA 4Y22B 2GNBA 2D6MA 3OY8A 1IS3A 1MACA 2EAKA 5IK7A 4ASMB 1NXD1 4WV8A 3POSA 2F25A 5GM0A 1FATA 4MWJA 4GB1A 1LCLA 2HT8A 4YM3A 5JYYA 2SIMA 1W6QA 4GKXA 1CJPA 2VK6A 1NSBA 2R1BA 4WEGA 1SLBA 4FQZA 5HCAA 5EXOA 1B9TA 4GJTA 1KDMA 1FAYA 3D6EA 1LESA 5GLVA 1URXA 1QDOA 1LHUA 1W20A 1HKDA 5E88A 1AXYA 4Q8LA 1W1XA 1V6NA 2DVBA 1H30A 4WZFA 4WEFA 4AWDA 2JDZA 2HYKA 1W6MA 2FHRA 5EYXA 1I1EA 2VU9A 4XZPA 1PZ8A 2P37A 1VCJA 1OQ1A 2D6OX 4JCKA 4CRQA 2XCYA 3T2TA 3WDXA 3NV3A 2VK7A 2ZZJA 3OGGA 2W5NA 4JRAA 3DGTA 1NMCA 4YZ3A 3VKNA 4XDQA 1IVCA 4XJRA 2SBAA 4TYSA 4CTEA 3ZXJA 2ZMLA 3D4KA 3IPVB 4MZEA 3ILFA 4UW6A 2QWJA 1D0HA 1VIWB 1S0CA 1Z4WA 3R4UA 1B9VA 1NCCN 1RIRA 3M1HA 1DBNA 4LBOA 1CPMA 1MR5A 1JOJA 2YXSA 1B09A 2D44A 2ZGMA 4WA5A 4GEZA 3BIWE 4H52A 5HX0A 1W6PA 3V65A 5HUNA 1YIFA 4GDIA 5GJ6A 1DYKA 4WA3A 4K1YA 4L8QA 1IVEA 2JECA 3WG4A 2C5DA 1WW4A 5T5LA 2A71A 4UW4A 3RS6A 1EUTA 3B9CA 1XOEA 3V0BB 1N3PA 5KXDA 3UJQA 3WDYA 1V3CA 1F31A 5L73A 1WBFA 3W58A 3O5SA 1S0BA 1SCSA 4CZSA 2CMLA 1DILA 3M3QA 4KS5A 4YG0A 1INFA 5GZFA 2EALA 1S0FA 1G9FA 1JYCA 3MW4A 3PMEA 2SILA 2HTUA 3OJBA 1ENQA 1OKQA 3M3EA 3OPZA 2ARBA 4DRRA 4DFSA 5HCFA 2WLQA 1IVFA 4ISQA 1L7GA 3K36A 4XJUA 5CNAA 1DQ4A 4M4NA 1GZWA 3T1MA 4YZ1A 1MZ5A 2A6WA 2E7TA 4R9BA 5EWSA 3O9KA 3I4IA 3FLPA 1WW6A 3USUA 4X4AA 1Z4XA 2XG3A 4YW2A 2YA6A 4Y1VA 3V64A 2WSUA 2R0HA 3TAYA 5KXCA 1W6OA 4LBQA 5HCBA 4MYEA 4FPLA 1G7YA 1NSCA 2BATA 2E51A 4DPNA 2CWMA 4CPLA 1SLTA 2NM1A 1DGLA 2VH9A 2HTQA 2EXHA 3QCWA 5E8AA 1L7FA 4FPJA 4HZVA 3WZ1A 5T50A 1AJKA 4MWLA 1CR7A 1QDCA 1DZQA 4BBWA 4CPOA 1QNYA 4TZDA 2D43A 2P3IA 1WUVA 2GMMA 2DV9A 2D3RA 3PVNA 1BJQA 3TB0A 2VWDA 4YZ4A 1WW5A 4XJWA 5IK8A 2DURA 1HLCA 4OZXA 4R9DA 1Z4YA 1E8TA 3PVOA 1ULFA 5FREA 5CAZA 1C1LA 1CPNA 2ZACA 4YM1A 1JW6A 4Y1XA 3WHUA 2DUPA 1QMJA 1CIWA 3MEPA 3N7KA 2WT0A 1SBFA 1KJRA 1JBCA 2DVAA 1W6QB 1VLNA 4YZ2A 2QWEA 2DTYA 1INVA 3RMYA 5T52A 1FYUA 4FP3A 4Q6KA 4YM0A 5M1ZA 1AXKA 3AZYA 2A6VA 3N3HA 3INAA 4R9AA 2ZB5A 5F5QA 1FNZA 4GA9A 4QN3A 3AP9A 1DIWA 3SISA 4J9TA 4ZKTB 3SILA 2ZHMA 3RSJA 2DVGA 2YA7A 1D2SA 2ZGNA 1LJ7A 5H9QA 3O0XA 3M3CA 1ENSA 2B7YA 4K1JA 2F13A 5IK4A 2ZGOA 3SNMA 3MW3A 3WCRA 3NWKA 4D8SA 1QU0A 3OBRA 2UWBA 1BXHA 1RINA 2ZGPA 2RKCA 1S0JA 3FBYA 3DUIA 4LBQD 4AYUA 4MWRA 2ZHLA 3NV1A 2D6NA 4BQ1A 1DQ0A 2ENRA 3HMYA 2HT7A 2X9MA 1GV9A 1YRZA 2RHPA 3SH4A 4LBJA 2JJ6A 3ZVXA 2WT1A 2QWDA 1WCSA 4C1XA 3CL2A 5SV8A 1KJLA 4GZPA 2LALA 4Q26A 1A3KA 4FOQA 3AXDA 3WDTA 2ZHNA 3TI6A 3AP6A 3D11A 2ARXA 4GZSA 3POYA 2W68A 1AJOA 2F26A 1F8BA 1YO8A 2B8HA 1VAVA 5T5PA 1LU2A 1F9KA 2BZDA 1N1VA 1QOOA 3ILRA 3RG0A 4FZHA 3WV6A 4FPHA 3A0KA 1ENRA 1W21A 5H9RA 4U36A 3U4XA 2QWBA 1LOFC 1GNZA 2BQPA 2YV8A 3GVKA 4FPFA 4FPYA 1INGA 1IKPA 1NNAA 2Q5TA 2G4IA 2UU8A 2VW1A 1LECA 3VV1A 2HU4A 1W6PB 1HQLA 4CPYA 2JD4A 3ZSJA 4BMBA 4M3CA 1GBGA 4WVWA 4ATEA 2F29A 5DZGA 2EXKA 3A71A 1FV3A 3D12A 1LOFA 1V3EA 3AXEA 4H53A 2VXRA 1SLAA 4GWMA 3V0AA 5AVAA 3BEQA 2DVDA 4ITCA 2AYHA 5GZCA 3WDUA 4GDJA 5JLVA 2C4AA 3OYWA 3AFKA 1V2IA 5JMCA 3ZYPA 1QGLA 5IUQA 2W52A 2DUQA 4GZOA 1Z50A 1C4RA 4DRVA 1A14N 4GZWA 1JHNA 4M4VA 1YXWA 3UJOA 1CQ9A 1W8OA 4P9YA 1MS4A 1QOSA 3B3QE 2AENA 4HZWA 1ZA4A 2D3PA 2P34A 3N35A 2OW4A 3CL0A 1BZWA 1DLLA 3JU9A 1CVNA 1A78A 4RA0A 4D69A 3VKLA 2A70A 1J1TA 4K21A 4Y1UA 5B2DA 1USRA 2PHXA 4GZXA 2A5ZA 2AGSA 1JXNA 4GALA 1SFYA 2DU0A 1QOTA 3L2YA 2F11A 1S0EA 2GNMA 3GALA 1LOGA 5H9PA 1S0IA 3LSDA 5DUVA 2AR6A 1F8DA 4AVTA 1A4GA 1KRIA 4YW1A 3W59A 3KM5A 1LGBA 4X49A 1N1TA 2D6PA 4YGDA 1SACA 2CYFA 1F5FA 3WLUA 1SCRA 2D7FA 4XBQA 4P9XA 1W6OB 4LBQB 5DUWA 2YA8A 4KS4A 4IQPA 3WG2A 3H73A 5GLTA 1O4ZA 2VSKA 1APNA 1PZ9A 1DQ2A 2XB6C 2DYCA 2BF6A 1S1AA 1W6NA 4Q1PA 2ZGQA 2D6KA 2P3JA 2ZA9A 1LOBA 3IKWA 4FPOB 4MWWA 4AGRA 3SH5A 4YGEA 4C1WA 2PHRA 3H71A 1ONAA 1PZ7A 1LOEA 4FOWA 1TEIA 1GZ9A 1UL9A 1KDKA 1BJIA 3ZPYA 3A72A 4FQ4A 2NMNA 4XE9A 3FLTA 6NN9A 3SITA 1V6KA 3N7JA 5T54A 1GSLA 1MVQA 3FFZA 1LEDA 2OUHA 2A3WA 4UF7A 1UZYA 2CL2A 3WUCA 4YLZA 3K39A 1O4YA 1F8EA 1LEMA 2AEQA 1EUUA 5JVVA 2QWKA 2D6LX 3PVEA 2VY0A 2DUOA 4AGGA 4HANA 3ZSLA 2DU1A 4BLIA 2TEPA 3KQRA 2NN8A 5HUMA 3AP7A 5KXBA 1BYHA 2ZMNA 2UWCA 4FPCA 2DWRA 1WLWA 3AYEA 1NNBA 3NV2A 1IKQA 2ZKNA 2P3KA 4GWNA 1AZDA 2XZKA 1C1FA 4PQ9A 3H72A 4BM8A 1V6LA 1SO7A 2ZMKA 3IPVA 1B9SA 4M4UA 1SLCA 2HTYA 4LBMA 2A6ZA 1DYPA 4ISRA 2CTVA 1N3QA 2GMPA 1AX2A 5JOWA 4HZXA 4R9CA 1KQRA 5DZFA 2PHFA 3WUDA 3NV4A 4YW4A 3GVJA 1MS3A 1LOCA 5DG2A 4XBLA 1GICA 4BMEA 2ZGSA 3WOGA 4NO4A 4XIKA 1EPWA 2HTRA 4AVVA 2ZGKA 4QNPA 4M3CE 4MWYA 2W39A 1AXZA 2VW2A 3TI8A 2QWAA 3IM0A 4U2AA 1IVDA 3AZVA 2Z42A 1Z4ZA 4K3YA 5DZEA 4XYXA 1NMAN 4M01A 2GNTA 2YA4A 3ZSKA 3ZXFA 1ULEA 3R4SA 3JUUA 1JUIA 2ERFA 1GZCA 3OY8B 2WJSA 1SLLA 2VW0A 2D3SA 4XIOA 3D5OA 4YW3A 3OBTA 3T1LA 4B7RA 1V6JA 3Q9OA 4QN6A 2WT2A 5CB7A 4Q1RA 1AX0A 1UPSA 1ZM1A 4LBLA 3WHTA 1DQ1A 4DQAA 4FJ6A 1YI7A 1X50A 3SH3A 4HIZA 4F83A 3MW2A 1UKGA 1UAIA 3AJZA 4GXLA 1R1ZA 1W0PA 1MS8A 2AREA 3VKOA 2ZHKA 4B7MA 4FOVA 4M3CB 1INXA 2NMOA 2QWCA 4YGBA 2UWAA 2ZGRA 4MJUA 2DTWA 1BKZA 4XJ9A 5F9TA 3V0AB 1Q8OA 1LHOA 4XJAA 3WDWA 3OYWB 1MWEA 2PHTA 2ZGLA 2QWGA 2JE7A 1G9CA 2R16A 2VSMA 2A7AA 1W6MB 3LCPA 4QN7A 4B7JA 3M3OA 4ATFA 2WNEA 5LK5A 2ZBJA 2YMZA 1LHVA 1CONA 2V5YA 1ULCA 4NCSA 1EURA 2P2KA 4Y20A 2NP0A 3AZXA 2R49A 4W65A 2A3XA 1QKQA 3ZXEA 2WSVA 4FPKA 4K20A 1IS4A 3N7LA 5JDBA 1Z0HA 2W20A 1ULDA 4XJQA 4NN9A 1IS5A 2F24A 1YYNA 3UL2A 1WLCA 3BOPA 3FUQA 3B69A 3K3AA 4PBPA 4M3MA 1MS9A 1DQ5A 1G9DA 4XBNA 1CN1A 3IMNA 4Y24A 3K38A 3AYDA 1G9BA 1NCBN 2R0FA 1WW7A 1Q56A 5DUUA 4UW3A 3CYEA 1V6IA 4LBKA 2W5OA 3ALWA 2QWIA 1Q8PA 4XOGA 2YZ4A 3RRDA 4WA4A 4MX0A 1H9PA 3GNEA 1CESA 2GALA 4DS0A 4ZXKA 3VKMA 5CBLA 3AP5A 1LU1A 1W6NB 5NN9A 4FVKA 4GKYA 4NC5A 1GYKA 2F0ZA 3ZSMA 1DQ6A 1WD3A 1HDKA 4LBNA 4FVVA 5EYYA 1V3BA 4YG3A 2QWHA 2F10A 1Q8QA 5IT6A 4MWXA 5GZEA 4XXPA 4Y26A 2CNAA 2C9AA 3VKFC 1I3HA 4DGRA 2GMEA 4YFZA 5GLZA 4AGVA 2BERA 4JF7A 5CA6A 3B00A 1SBDA 3ILNA 3K37A 4Z8BA 4M00A 3WVJA 4XMAA 2YROA 5HUGA 3B01A 4KS2A 4XTMA 4YFWA 4KBBA 1LTEA 3NSSA 2A6XA 2KM2A 1WD4A 2EXJA 1NCAN 3BODA 3WCSA 4B7QA 1NCDN 1AF9A 5HUKA 4BPZA 4FP2A 4XJ8A 1C57A 1E8VA 2GN3A 4FPEA 1GZWB 2QWFA 1LGNA 4PF5A 1WCQA 1NLSA 3ZYRA 3USUB 3SANA 1S0DA 2VK5A 4Y22A 2ZGTA 1UZZA 5T55A 4KS1A 2ZABA 1MVEA 5JOYA 2PELA 1NNCA 2V73A 2ZAAA 1N1YA 3AP4A 1FV2A 2I2SA 4HZZA 1N47A 1GLHA 1GANA 2GN7A 4XTPA 4YGCA 2NZ9A 3APBA 1IOAA 1NSDA 4CPZA 1JYIA 2HU0A 4FOYA 2E53A 1MS0A 1L7HA 1QF3A 3N7MA 4XHBA 3AYAA 2ZGUA 4CPNA 1Z4VA 3RMXA 1W0OA 3RQ0A 1GKBA 2E7QA 1NMBN 1S0GA 4I30A 3INBA 3WG3A 4FPGA 2R1DA 2HTWA 1Y7BA 1G86A 4XMIA 3A0NA 2XZIA 1OFSA 3O0VA 1GNHA 2HT5A 3POWA 3H6JA 4K1KA 3W09A 3PJQA 1KITA 2JKBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KVBA 3LEMA 5AC91 2BJSA 1LODA 2PHWA 1SFNA 2WAOA 4WVMB 3PU8A 5FRAA 1DYOA 4A45A 2JE9A 1CWPA 1N1SA 4NOTA 4N53B 3DR2A 3K77A 4RQPA 1XQNA 3WDVA 5FXVA 1RUE1 4ZU4A 4MXWB 5JXHA 1JN2P 4S2FA 4Q27A 4ARXA 2ZXQA 1RXGA 1KS5A 4C91A 3NJVA 1EV11 1R083 2WKKA 4ZPIA 3U1XA 3BKZA 2XLFA 5JSOA 5C3SA 4D7TA 4AI3A 1OH4A 1NA1B 4GH4C 3ZXAC 1HB1A 2VQUA 2VE1A 5JZGA 4EN6B 1VMFA 1VAMA 5LBCA 3R05A 3RVHA 3GZEA 4HHOA 1NZCA 4OMCA 4XXAA 4YY8A 4LK7A 2HTVA 3MIDA 3TN91 2LTNA 2ZX3A 1TQ5A 2PHUA 3WG1A 2X5IA 4D3WA 3LEIA 4D52C 5GX3A 1UN1A 1TNRA 1DGWX 1YFWA 2BVVA 5GALA 3VZLA 2IZWA 4BLJA 3D8CA 3O0WA 2CWSA 3ATGA 3ASIA 4NRMA 1H2KA 3SQOA 2X10A 4CCOA 1JZ8A 1G8WA 1IS6A 4YVSA 5FZ3A 4AEKA 2XLAA 3TICA 3O9JA 2C4LA 4AL9A 3W9AA 3ZDVA 1A34A 3ZYHA 3B7EA 3NNLA 4YG6A 1AR63 3FW0A 1F4AA 4Q8KA 2YU1A 5GLUA 3CKZA 3V64C 1GUIA 3AMHA 4TN7A 5FMOL 3AKTA 3PLQA 4RR3C 5HPOA 1IVGA 1WA4A 3H0OA 1Q8SA 1X8MA 5BYNA 3GVLA 3UC1A 2OVUA 2X09A 3Q8EA 2JWPA 1EUSA 2VQAA 4Y3OA 2DYHA 3L6VA 3ME2A 2IXCA 5F37A 4KS3A 1NCQA 2Z4FA 1F8CA 3VBHB 5L9VA 2D40A 4NIHA 3BGAA 4GH4A 4MG2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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