4FPJA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-methoxybenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 189

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
189
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
100200300400500600600500400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 189
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpjA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpjA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpjA02
2X9MA 3INBA 1RITA 4CPYA 3B7EA 2DVDA 5JOWA 1E8VA 3SLIA 1DQ4A 2AENA 4GZSA 1YYNA 2NP0A 3TIAA 1GSLA 1IVDA 3LCPA 4BLJA 1H9WA 2D6KA 4WVWA 5H9PA 1SBEA 4Y1YA 1SBFA 3POWA 4R9CA 3RSJA 3A71A 2ZHNA 1O4YA 3K39A 3RG0A 1QDOA 2GMPA 1Q8QA 4LBQB 1G9FA 4FPOB 4FOYA 1AJOA 4K1IA 1BJQA 1LHVA 1UAIA 3H71A 3TI6A 1LHWA 4MWQA 4AYUA 1MS0A 3NV3A 4AGVA 1V3BA 1WLWA 2EIGA 1AX0A 4X4AA 3RMYA 4XJUA 2VXRA 1LOAA 5EWSA 3WUCA 1KITA 1FNZA 3USUA 4M4UA 4ATFA 1SLAA 1MWEA 5T50A 3OPZA 2YMZA 1INFA 1WLCA 1G9CA 2DVFA 3WG2A 1FX5A 2D3RA 3OYWA 4XJQA 2BATA 4AGRA 3APBA 1AXZA 2D3PA 4UF7A 1L7HA 4HIZA 1MACA 2CWSA 3OY8B 1BXHA 2AH2A 5EYYA 1F8DA 1KQRA 3O0XA 3WDUA 1CPNA 4Q1PA 2P3KA 1V0ZA 2UWAA 3IPVB 1KDMA 4XXAA 5T5LA 1YO8A 2QWIA 4FPCA 4PBOA 2F28A 4MWLA 1LHNA 4NO4A 4X49A 3FUOA 4CZSA 1W8OA 2WLQA 3USUB 5HCBA 3NWKA 4U2AA 2NMNA 2D6OX 4BPZA 1LU2A 1SCSA 3OJBA 4XBLA 3WHTA 3ZVXA 6NN9A 1QU0A 4GALA 5E88A 3OYWB 2ZBJA 3PVOA 3VV1A 1NCBN 1MS3A 3K38A 1INVA 3DGTA 2ZGTA 3O9KA 4XTPA 5GLTA 2D43A 3I8TA 1N3OA 1BYHA 5CBLA 3O12A 2CL2A 1DQ1A 4KS3A 4Y1XA 4FOVA 3B9CA 3ILRA 3O0WA 4YZ3A 1DQ6A 2P3JA 3RRDA 3HN1A 1A4GA 1GV9A 1L7GA 2EAKA 1W6NA 2UWBA 4GZXA 2A70A 2DUQA 1LECA 1ONAA 3U4XA 2VSKA 4FPHA 3B3QE 3AP7A 3GNEA 4TYSA 4M01A 3H6JA 3M3QA 3D11A 1Q8SA 1GANA 2A6XA 2ZACA 4UW4A 1D0HA 3AZZA 2DVBA 3AP9A 1VAMA 1DBNA 4XDQA 1CPMA 4ATEA 1SBDA 2ZGLA 4R9DA 4RL7A 3RQ0A 5T5PA 1GZCA 2P3IA 2E6VA 1KJRA 1S0FA 3OBRA 3K3AA 3WCSA 4K1ZA 2SBAA 1LJ7A 3M1HA 1QKQA 1R1ZA 1NSCA 4B7JA 2CTVA 3W58A 4MWJA 5DXDA 5JOYA 3ILNA 3UK9A 4FPJA 3BIWE 4DRVA 1W6NB 5GM0A 2VK6A 1INHA 2DYCA 2F27A 3N35A 3AP4A 4YW5A 1OKQA 5JOZA 2QWJA 5HUNA 2YA6A 4XMIA 5B2CA 4M3CE 1WBLA 3WG4A 1URXA 3D6EA 3O0VA 2ZZJA 3N7KA 4RA0A 2XZIA 1IOAA 1GYKA 2YV8A 2F24A 3SH4A 2W5OA 5DUUA 4JRAA 3C2UA 5GJ6A 4AGGA 1NCDN 3MW2A 4GZTA 2NN8A 1NSDA 2D7FA 3IM0A 4QN3A 3ENRA 5CAZA 4Y1VA 2YA5A 2QWEA 1YRZA 1V6KA 1VAVA 3WUDA 2ZGKA 2EXJA 5F5QA 2CMLA 2R1DA 2YA8A 1DHKB 1JBCA 4XOGA 5GALA 5GLVA 3VKNA 3TI8A 3AX4A 2NM1A 1C4RA 3WVJA 5DG2A 4PCRA 2Q5TA 1JW6A 3IMNA 4XHXA 4Q8KA 4K1HA 2AR6A 2ES3A 1MZ6A 1SACA 1AX2A 2A6WA 1G8WA 3NV4A 4B7MA 1F31A 2VWDA 2NYYA 2JJ6A 4WA3A 2ZGMA 2WQZC 4PBPA 4YGEA 2A6VA 2ARBA 4BLIA 4ITCA 2ZMNA 1NCAN 2GNDA 1IS3A 2ZGQA 5HCAA 4M4VA 2C9AA 1V3EA 3SNMA 1C1FA 1WW6A 4P9YA 2A6YA 1EPWA 5F9TA 4MYEA 4SLIA 3TIBA 1Z0HA 3ZXKA 5GZCA 2DTYA 4K3YA 3PJQA 4UW5A 3ZXJA 1S1AA 2WT1A 4K1JA 1NLSA 4AVSA 7NN9A 1HKDA 3ZSMA 1EURA 2W5NA 4C1XA 4WV8A 1U0AA 2AEQA 4FOQA 4GZOA 1MS4A 4CPLA 1B9TA 1NNBA 1W1XA 3ZXEA 3GVLA 5GLWA 1BZWA 1AXYA 2DVGA 1SFYA 1ULDA 1IVCA 4NC5A 4Y24A 2E7TA 1LOEA 4MC7A 3N7JA 1A4QA 3Q9OA 4MWRA 2OVUA 4Z8BA 2DTWA 2VY0A 2HT7A 3M3OA 3WZ1A 2HTQA 4NOTA 3ZYPA 2F10A 2YXSA 5KXEA 2R1BA 5KXCA 5DZGA 3WOGA 1UPSA 2HTWA 3MPPG 4M3CA 3JU4A 5JYYA 1L7FA 1LEMA 2DU0A 1W0OA 3TI4A 2JE7A 4KS4A 2ZHKA 4H55A 1W6PB 1V6LA 4OZXA 4GA9A 4YZ5A 3RMXA 1V3DA 5IT6A 3WDXA 3UJQA 4GKXA 4FP2A 4Q27A 3AYCA 2P34A 3UL2A 1JYCA 2TEPA 1CQ9A 4R9BA 2AYHA 1QOTA 5KXDA 3OY8A 1ENQA 1HDKA 1Z4VA 4FJ6A 3TI5A 1W8NA 5BYNA 2ZA9A 2C4AA 4LBKA 1G86A 2PHTA 3IPVA 4UW6A 3NSSA 1V6IA 2UWCA 2YA4A 1WW5A 1V0EA 3LSDA 2OUHA 4FPFA 2A71A 1LOBA 2NZ9A 1S0EA 1RINA 5EXOA 1B9VA 1Y7BA 1ZM1A 2AGSA 2DV9A 4BOWA 1SLCA 4M3CB 1Z4YA 2DU1A 5T52A 3K37A 1N1YA 3V65A 2XZJA 3SANA 3WG3A 1DGLA 3A0KA 1V6MA 4WA4A 1FV3A 2KM2A 5IK5A 3AXEA 1G9AA 3M3EA 3ZYRA 2D6LX 2PELA 3FUQA 2VK7A 5DUVA 1LODA 4GWMA 1N1TA 3TICA 1UKGA 4MWUA 3BODA 2YDTA 1FYUA 2R49A 4WVVA 4LBQD 3WDYA 2VW1A 1VCUA 1DIMA 3OBTA 1IVEA 2VU9A 3I4IA 1DILA 2ZGRA 5CA6A 1W20A 5HX0A 1OFSA 1PZ8A 4WEFA 1WCSA 2AUYA 2OW4A 2WSUA 4XJRA 4C1WA 3ALWA 2WT2A 5E8AA 2CWMA 4MWVA 4YFZA 5HUMA 1S0IA 2HT5A 1N1SA 3VKFC 3ILFA 4K1KA 4YM2A 3R4UA 4XJ9A 2F13A 1LHOA 3LSEA 1A78A 1LTEA 2VSMA 2HU4A 4QNPA 1G9BA 1INWA 1VLNA 4DQAA 5NN9A 1AF9A 1EUSA 1DYKA 3ASIA 4Q2FA 4K20A 4YG0A 3OGGA 4H52A 1WW7A 4AVVA 1IS4A 2GNMA 4FQ4A 4PF5A 4B7QA 1JYIA 4CPNA 1MR5A 1ZA4A 3AXDA 2QWBA 3WHUA 4CTEA 3JUUA 1KRIA 2WKKA 1GICA 4YGCA 4XJZA 2ZGOA 1N3QA 2V73A 4QN4A 3VKLA 4BQ1A 1Z4ZA 2XCYA 1LENA 1INXA 4YZ4A 3ZXLA 3A4UA 2UU8A 2VW2A 2PHFA 2DWRA 4WEGA 1SLBA 1LOFA 1LHUA 1KDKA 4GZWA 2FMDA 3TB0A 3WV6A 4K1YA 1W0PA 1EUTA 1Z50A 3N36A 4Y20B 1F8CA 1A8DA 1WW4A 2EXHA 1FAYA 1IKQA 4MX0A 5GZDA 1QNWA 3N7LA 2JKBA 1VALA 2C4LA 1SLIA 1D2SA 1SLLA 2E53A 4HANA 4Y1ZA 1CN1A 2XB6C 5GZFA 3T1LA 1XOEA 3AK0A 1NMBN 1I3HA 4GWNA 4YGBA 1LEDA 3R05A 4YLZA 1LGBA 2ZHMA 3SILA 1IS5A 3AP5A 3O5SA 4KBBA 4CPZA 4GDIA 2A6ZA 1VIWB 2WJSA 3WDWA 3QLQA 1V2IA 2JECA 2W08A 4BBWA 2PHUA 4P9WA 1MZ5A 1WCQA 3H0OA 3HMYA 4X6KA 2VW0A 2OUJA 4XTMA 1AZDA 2ZKNA 2CYFA 3ZXFA 1LU1A 4ISQA 1AJKA 2ZMKA 4FPEA 4YM1A 3FFZA 1MS1A 3TI3A 3CL0A 5FRAA 1SCRA 4Q1RA 4CRQA 3IKWA 4NCSA 2RHPA 3WCRA 1JHNA 2YROA 4P9XA 3D4KA 3CKZA 4I30A 1W21A 1WD3A 4MWWA 2BZDA 2WSVA 5IUQA 2D6PA 2V5YA 2YDPA 4TZDA 3SH5A 2ERFA 3BEQA 4XYXA 4XILA 1BQPA 4YW4A 2QWFA 4BMEA 5AVAA 3SALA 2W20A 1INYA 1V00A 4FVKA 1QF3A 2GMMA 4DS0A 1N3PA 4KS2A 5SV8A 4Y26A 2GNBA 2BF6A 1MVQA 3IN9A 1WUVA 2ZB5A 1LCLA 1IVBA 4XJWA 3AZXA 4GKYA 3ZSJA 2JDZA 4FQZA 1V6NA 4YG6A 4F83A 5LK5A 3GVKA 4FPLA 1YI7A 2GNTA 1HQLA 4NN9A 2DUOA 1S0CA 1W6PA 1H30A 4XIOA 5H9SA 3T1MA 3PVEA 3BOPA 1DIWA 1EUUA 4GDJA 4CPMA 1V0FA 4MZAA 1AVBA 1OQ1A 2F12A 4HL0A 2EALA 4YM3A 3MW3A 1NNAA 2F29A 2QWCA 1HLCA 1Z4XA 2VH9A 1DFQA 1W6QB 2ZHLA 1E8UA 3H72A 1F8EA 3FLPA 3AJZA 1H9PA 1JN2P 1Q8OA 5HUKA 5DG1A 1XOGA 2QWKA 1NXD1 4M00A 4WA5A 5GLUA 1QNYA 1W6MB 4ZXKA 2AEPA 3N7MA 1Q8PA 1DQ2A 2ZABA 3V64A 1WD4A 4FVVA 1V3CA 4H53A 2YA7A 1BKZA 2ENRA 3KQRA 2I2SA 1NMAN 2HU0A 3SITA 1LESA 1DQ0A 2ZMLA 4MJVA 5JVVA 3AZWA 1B9SA 1KJLA 1E8TA 1CVNA 3O9JA 2Z42A 1UMZA 1VCJA 3PVNA 5H9QA 1BJIA 3WLUA 3CYEA 3B00A 1W6OA 4CPOA 1LOGA 2HT8A 1FV2A 3FLRA 4KS1A 4XBQA 4DRRA 4HZYA 1JUIA 3AFKA 3V0AA 1MS9A 3L2YA 3KM5A 2SIMA 5L73A 2R16A 4JCKA 2F0ZA 3FBYA 2A3XA 4XJ8A 3CL2A 3AYDA 1IS6A 4KS5A 1S0JA 4LBNA 2H0BA 2JD4A 3WNXA 1LGNA 5JDBA 3MEPA 1IVGA 1JXNA 4XJAA 1QMJA 3ALXA 2B8HA 3NV2A 2RKCA 4GB1A 1MVEA 1WLDA 2ZAAA 2A3YA 2VUAA 2W52A 3AJYA 2QWDA 2A7AA 3VKOA 2YY1A 1O4ZA 2BQPA 2PHWA 1Q56A 2R0HA 1W6OB 4IQPA 4WZFA 1J1TA 1DQ5A 1LOCA 1GZ9A 2GN3A 4ISRA 4Y22A 3V0AB 3VKMA 1QDCA 5DZFA 1DZQA 5CB7A 2GN7A 1APNA 5HUGA 3N3HA 4LBLA 1UZZA 5E89A 5DZEA 2W68A 3GVJA 4BM8A 2D6MA 3NN9A 2JE9A 3MW4A 2R0FA 2ZGNA 4FPKA 2AREA 4L8QA 3W09A 1NNCA 3WDVA 3K36A 1Z4WA 4AWDA 2ZGUA 1NMCA 1SLTA 5GLZA 2QWAA 1AXKA 2BERA 4LBMA 4Q8LA 4BMBA 1DYPA 1ULFA 2QWGA 3TAYA 3ZSKA 1NSBA 5IK8A 4Y20A 1AX1A 4J9TA 4M3CF 4XBNA 1PZ9A 3R4SA 3W59A 4UW3A 1QOOA 4X47A 1GZWA 4Y22B 4R9AA 2LALA 5T5OA 2C5DA 1F5FA 4HZWA 3T2TA 1MS8A 1SNTA 2XZKA 1G7YA 1A14N 4HZVA 3POYA 1IVFA 1GNZA 4FP3A 2WT0A 2VK5A 3JU9A 4XXPA 3A72A 4PQ9A 2NMOA 4YGDA 2ARXA 5B2DA 1PZ7A 5T54A 2GMEA 1UL9A 3CNAA 3RS6A 4I00A 1GBGA 1UZYA 4ASMB 2GDFA 4QN7A 1CESA 1FATA 5CNAA 2WNEA 1Q8VA 5T5JA 1UX6A 5HCFA 5IK4A 4LBOA 4XIKA 1YXWA 1CIWA 3PMEA 1GZWB 2SLIA 1TEIA 3BTAA 2YZ4A 1X50A 1F9KA 4D69A 4B7NA 1GKBA 1N1VA 2GALA 5H9RA 4YM0A 1A3KA 2EF6A 4Q6KA 4DGRA 2E51A 4B7RA 2P2KA 5M1ZA 2CY6A 4YFWA 3WDTA 4XZPA 1YIFA 3A0NA 4FPGA 2DVAA 3V0BA 2F26A 1DLLA 4XE9A 2E7QA 4GEZA 4AVTA 4MWYA 4YW2A 1GNHA 1SO7A 1QGLA 5JOXA 4QN6A 4GZPA 4QN5A 4Y1UA 1I1EA 2W38A 2HTUA 1JOJA 1ULCA 1V6JA 1USRA 3INAA 2HTYA 5JMCA 4P14A 1G9DA 2QWHA 2EXIA 5GZEA 2P37A 3ZSLA 3AYEA 4YZ2A 4FOWA 4MZEA 2D6NA 2HTVA 5EYXA 4MJUA 4M3MA 4FZHA 3DUIA 2LTNA 2G4IA 3VUOA 2DURA 3POSA 1B09A 4FPYA 2FHRA 4HZZA 1XQNA 3NV1A 4Q26A 3V0BB 1CJPA 2EXKA 2A3WA 4HZXA 5DUWA 2B7YA 1QOSA 3D5OA 3FLTA 4GJTA 3UJOA 3SH3A 3ATGA 3M3CA 2F25A 3M2MA 4DFSA 4ZKTB 2A75A 4JF7A 2ZGSA 3AP6A 1C1LA 1WBFA 4MWXA 1W6QA 1S0GA 3QCWA 1FNYA 3AYAA 1C57A 3ZPYA 2VVZA 2F11A 4M4NA 1N47A 3B01A 1USXA 4JC1A 5GZGA 1F8BA 1RIRA 4W65A 1ENSA 1NCCN 1ULEA 4K21A 1S0BA 4XHBA 5IK7A 1MS5A 1W6MA 1V6OA 3T1EA 2ZB6A 1ULGA 2D3SA 1LGCA 2HYKA 2A5ZA 2PHRA 3H73A 1CONA 1INGA 1GLHA 2XG3A 4LBJA 2PHXA 3SISA 1NN2A 1ENRA 3WG1A 4YW1A 3AZYA 4XMAA 4YZ1A 2D44A 5JLVA 5FREA 4DPNA 1Z78A 3HR9A 1CR7A 1LULA 1IKPA 4U36A 1HQWA 3GALA 5KXBA 1LOFC 2W39A 5DUXA 2HTRA 2UURA 4LBQA 1UN1A 4GZQA 3AZVA 3D12A 5T55A 2ZGPA 4YW3A 3B69A 1S0DA 4D8SA 2DUPA 2CNAA 4YG3A 4GXLA 2SILA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AFEA 5A7OA 5A7QA 2X9MA 3INBA 3LOBA 1FOD3 4IDZA 3KYAA 1RITA 4HN1A 4BQWA 4K8RB 5FZLA 3BTXA 2ARCA 4ASLA 3MZHA 4CPYA 4NVPA 3BOWA 1D4M3 2WRAA 4KU7A 3IBMA 2OZJA 4YPJA 3B7EA 1RUI1 3TEWA 2DVDA 2WABA 1UU4A 1YEWA 3HRPA 1K5MB 3OUHA 1Q3EA 4UT5A 1H1MA 3EBRA 4YRDA 3SLIA 1DQ4A 2AENA 5JOWA 2V72A 5JXJA 1E8VA 3LOIA 4FFIA 4GZSA 2VBDA 4L0PA 1XC6A 1YYNA 2NP0A 3TIAA 1GSLA 2WNVB 1IVDA 3TC9A 3LCPA 1ZBA1 4XW3A 1LR5A 5F6LB 4Z92B 2HWE1 2VOTA 3QOPA 4BLJA 4D94A 5LWBA 5LATA 1H9WA 2Q8DA 3RPQA 2D6KA 4WVWA 5FMCA 4QKBA 5FNUA 5H9PA 2BGOA 2W5FA 3VDAA 4DB5A 1CZSA 3C7HA 5CADA 5C8WA 2WA3A 4DOUA 5CU1A 2WN2A 3LI4A 1CAVB 3SMHA 1SBEA 4Y1YA 2GSYA 5FZOB 3LDRA 1SBFA 3POWA 4R9CA 5CKNA 3RSJA 5K7PA 3A71A 5H47A 4HMZA 3KCCA 2VNRA 1X8EA 5F5IA 1H8VA 3B5LB 3GJBA 5FY7A 2ZHNA 5FP8A 1O4YA 1U5XA 4CP2A 1JS9A 5LZ6A 2FD8A 3K39A 1RUF2 2Z32A 2XLFA 3RG0A 1QDOA 2UYBA 3KV9A 2GMPA 1Q8QA 4LBQB 2PHLA 2YPDA 1G9FA 4WM7C 3ZXGA 1ZRCA 4FPOB 5C5TA 2P17A 1CGPA 4BXFA 5F2SA 5FZKA 4FOYA 4AR2A 2XJTA 3VBOA 3CU7A 3OCPA 4I3PA 1JU3A 2WNUC 4M0HA 4IE5A 4I0WB 5CVRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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