4FPJA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-methoxybenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 189
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
189
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 189
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpjA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpjA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpjA02
2UWCA 2AUYA 4X49A 2EXJA 4DGRA 1E8TA 2BATA 2WNEA 3OBRA 3ATGA 5GM0A 1GZ9A 2CNAA 1F8BA 1CJPA 1V6JA 4YM2A 1SLIA 1ENSA 3M2MA 5GLVA 2YA4A 3WDWA 2WT0A 4YZ3A 2A3WA 2A6XA 4MJVA 3OJBA 4LBQA 4WZFA 2NMNA 2NZ9A 2BF6A 4KS3A 2AR6A 1LOFC 3OYWB 3TIBA 2F11A 3QCWA 1WUVA 2A6YA 2WSVA 5CBLA 1QDCA 3R05A 3JUUA 4TZDA 3O12A 1BXHA 1A4QA 3N7MA 1DQ2A 1SBDA 2QWKA 4XYXA 2F10A 3FUOA 3K37A 5EYYA 4GALA 2ZMNA 4YGCA 2UURA 4MWQA 1CIWA 4M3CF 5DUXA 1AX2A 4YZ4A 1UN1A 2ZGRA 1YIFA 3IM0A 4Y1UA 3KM5A 2VUAA 3OY8A 4NO4A 3W58A 4XXPA 4M3MA 2WLQA 5GZEA 5BYNA 5T5PA 3D12A 2UU8A 1YI7A 3AJYA 4YW3A 1ULGA 1BKZA 4Y1YA 2NP0A 1VCJA 1N3PA 1OKQA 2ZHLA 3T1EA 1L7HA 2LTNA 1QNYA 4BMEA 3WG1A 5GZCA 1DQ6A 1HLCA 2WT1A 1BYHA 5B2DA 4JRAA 1NSDA 1IVGA 1V3BA 3CYEA 4CPOA 4GZSA 4HZXA 2JDZA 4HZVA 2NN8A 1UAIA 4LBOA 1ENQA 2C4AA 1NN2A 2F26A 1SLBA 3POYA 2CYFA 1XOGA 2ZAAA 2AYHA 4PCRA 2ARBA 1DIWA 4NCSA 1GLHA 3M1HA 5GLWA 4YLZA 2QWDA 4MWUA 1F9KA 4KS5A 4FVKA 4XIKA 3RMXA 2HTRA 3POWA 3WDTA 4BOWA 2UWAA 2OW4A 4L8QA 1LHUA 2GN7A 1LODA 3TI5A 4DRVA 1ZA4A 1F8EA 4YW1A 2QWJA 1LOGA 2C9AA 3ZXFA 1DZQA 1W6OB 1GKBA 3D4KA 4UW6A 3D6EA 5L73A 1S0BA 2NM1A 2YROA 5DUVA 1GZWA 5HCFA 3WHUA 5H9SA 1SBFA 1NCCN 1C4RA 5HUGA 3Q9OA 1W6QB 3O0XA 1IS5A 2ZKNA 1S0DA 1S0FA 1Q8VA 2RHPA 2VY0A 4FPFA 3SISA 1YXWA 2P3JA 4CPMA 4DPNA 2D6MA 4MWRA 3LSDA 1AVBA 3GVLA 1VALA 2D6OX 2YA8A 5HUMA 4BLJA 4XXAA 1IS6A 3WDUA 1S0EA 2SBAA 4AGGA 1G9BA 3B3QE 3OBTA 2ZGMA 2YY1A 5IK4A 1DIMA 1KJLA 4JCKA 4W65A 1LU1A 3AYAA 3WG4A 3V0BB 2EXKA 2DVFA 4UW4A 5DZFA 3ZXEA 4K21A 1CPMA 1LCLA 4XBLA 3HN1A 5DZEA 4UW5A 4FPKA 3OPZA 1LHVA 3TI8A 5KXDA 2DVGA 3UK9A 1SBEA 2HT7A 2NMOA 1IKPA 2XZJA 2KM2A 1LHOA 2A3XA 1B09A 3K38A 1ULDA 3ZXKA 1MS1A 4Q6KA 1HQLA 4LBLA 3D5OA 4Q26A 2DVDA 2DV9A 1WW6A 3BOPA 3BEQA 5CB7A 2WQZC 4PF5A 1J1TA 5JYYA 3I8TA 4BQ1A 1LENA 1W20A 3FUQA 2F28A 1UKGA 4D8SA 5DUWA 4AGVA 1GBGA 1SCRA 1CVNA 3AK0A 2VVZA 4X4AA 5GZFA 3ASIA 5H9QA 4GZWA 1IVFA 4Q8KA 3V0AB 4Q2FA 1MS8A 1RIRA 2HT8A 4XZPA 5HUNA 1LGBA 4XJWA 3NV3A 1LHNA 2E7TA 1IVBA 1BJIA 2ZACA 1UZZA 1C1LA 2WSUA 2ZB5A 1CPNA 4LBKA 1W6NB 5T54A 1O4ZA 1G86A 1MS0A 2JE7A 1Q56A 1N1SA 1DQ0A 4Y1VA 2XCYA 1DILA 3ALWA 3ENRA 1Z50A 2R1BA 1JYIA 1EUSA 1Q8PA 1NSBA 2HTUA 1AJOA 1YO8A 2GMEA 2F13A 4YZ1A 5E89A 3V64A 4YZ2A 1L7GA 4XJRA 3O0WA 2ENRA 3WLUA 5DG1A 1DQ4A 3AYEA 5T5JA 3PVOA 1MZ6A 3ZYRA 4Y20B 3RS6A 1ULCA 2R0HA 1NNCA 5GJ6A 1IVEA 2D3RA 1V6MA 4XE9A 2BQPA 4J9TA 4FPCA 2P3KA 4CZSA 1H9PA 1F8CA 2ZGNA 4DQAA 1GANA 4YM1A 4NOTA 3QLQA 2QWIA 1V6OA 4XHBA 1SNTA 1Q8QA 4JC1A 2DUPA 2R1DA 1NCDN 1SLLA 4M4UA 1IVCA 5SV8A 2VK7A 2ZGLA 4LBQB 4XMAA 3C2UA 4GJTA 2OVUA 5H9RA 5CA6A 5JLVA 3WCSA 1QNWA 5JVVA 2W39A 1VLNA 1S0GA 3LSEA 1V3CA 3AX4A 4CTEA 2DTWA 2E7QA 3A0NA 1V3EA 3SH4A 3CKZA 2DTYA 4XBQA 2F0ZA 1LOFA 1JHNA 3KQRA 1W6MA 1O4YA 4MWXA 1V0EA 5B2CA 1YRZA 2I2SA 4GKYA 1NLSA 1Z4XA 3WUCA 2DUQA 1SCSA 3SALA 1EPWA 5KXEA 1MVQA 3H71A 2GDFA 2ZHKA 4ISQA 5KXBA 2YMZA 1IVDA 2HTQA 2XZIA 5T52A 1FV2A 2F25A 3OY8B 4YW5A 1QOSA 1QOTA 4FQ4A 3M3QA 1U0AA 1ONAA 1V6LA 1GSLA 4WA3A 1NCBN 3WG2A 1LEMA 1LHWA 1MWEA 4HL0A 1N3QA 2JJ6A 2EIGA 1FAYA 2DURA 4LBQD 1N1TA 3FBYA 3ZXJA 1F8DA 1EURA 3MW4A 1G9FA 1F31A 1QDOA 3WOGA 3AZVA 1WLDA 1D0HA 4FPHA 1WW7A 4DRRA 2VW0A 3FLTA 4FPLA 1V2IA 3AJZA 3W59A 3N36A 4R9AA 4GA9A 3V65A 2A70A 1IS4A 2HYKA 4WEGA 2VU9A 2A6WA 2V73A 1HKDA 5DXDA 2A75A 2NYYA 2ZMKA 1KITA 3CNAA 1FNYA 1NXD1 1JOJA 3O9KA 3AXDA 2BZDA 1NNBA 3UJQA 1NSCA 4YFZA 1A8DA 2R16A 2A6VA 2D6PA 3SH3A 3ALXA 1JN2P 2A7AA 2JECA 4MWWA 1F5FA 4ISRA 3T2TA 2EAKA 2HTWA 1X50A 3MEPA 4GWNA 1SLTA 1WBFA 1URXA 2YA7A 1MACA 5HUKA 3SANA 1HDKA 4KBBA 1MZ5A 4X6KA 1BQPA 3WDXA 1QF3A 3K3AA 3AXEA 1ZM1A 2VK6A 1CQ9A 1DLLA 2D6LX 1GZWB 1WW4A 2YV8A 1LOBA 5EWSA 1UMZA 5T5OA 2X9MA 2YA5A 3B69A 3TI3A 2GNDA 4JF7A 2W38A 1S0IA 4PQ9A 1CR7A 1G7YA 1GICA 1SLAA 2ZGSA 4P9YA 5T55A 4DFSA 4FOYA 4UW3A 5IUQA 3R4SA 2F12A 1BZWA 3DGTA 4K1YA 4XDQA 3AZZA 4GXLA 4TYSA 3PMEA 1MS5A 4KS1A 3WZ1A 3WG3A 2P2KA 3FFZA 1V6NA 4AVSA 4C1WA 2R49A 4X47A 3WDVA 1Z4VA 2ZGQA 4FOQA 1N3OA 3B01A 4CPYA 4XBNA 2YA6A 2CWSA 5F5QA 3D11A 5M1ZA 1JXNA 1H9WA 2ZGOA 1W8NA 4FPYA 3A0KA 3DUIA 2HTVA 3AYDA 3BTAA 1W6PA 2QWAA 4QNPA 4FQZA 2DYCA 1XOEA 2F24A 2ZA9A 4GEZA 5E88A 3R4UA 1LTEA 1AX0A 1DQ1A 2CL2A 1RINA 1GZCA 2H0BA 3GVKA 3U4XA 4M01A 2GNBA 3NSSA 4M4VA 2DVAA 1QKQA 4M3CE 3I4IA 4ASMB 3M3CA 5FRAA 1VAMA 4Y1XA 2ERFA 2P34A 4NC5A 4QN6A 3MW3A 4BMBA 2VWDA 3NV2A 2YDPA 3RRDA 5DZGA 1A3KA 1B9VA 4YG3A 4UF7A 4ZKTB 1W0OA 1NCAN 1S0CA 1INYA 1SO7A 4OZXA 2GMPA 1LECA 3IPVA 1WBLA 2OUJA 4HANA 1FNZA 4FPOB 1KDKA 3JU4A 4FPGA 3N7JA 4QN4A 1INFA 2VXRA 1G9AA 4Y22A 4R9BA 4CPNA 3BODA 3IMNA 3TB0A 4MZEA 3ZYPA 1IKQA 4Q27A 5IK7A 2D44A 3VUOA 4AGRA 2HU0A 2D43A 4XJ9A 1E8UA 4U2AA 2A3YA 1V00A 1OFSA 4M00A 3RSJA 2CY6A 2WT2A 1EUUA 4HIZA 1AX1A 3USUA 3SILA 4K20A 4XILA 4M3CA 4AVVA 1USXA 2GNTA 4CRQA 4AYUA 1CONA 1I1EA 1PZ8A 1D2SA 2PHRA 3VKMA 1DBNA 3SH5A 2EF6A 4U36A 3OGGA 1LU2A 4YW4A 2SIMA 1W0PA 2YZ4A 3TICA 3GNEA 3ZPYA 2B8HA 3MW2A 4AVTA 4XJ8A 2Q5TA 1TEIA 1WCSA 4MYEA 3VKFC 4QN5A 3A72A 2C5DA 4XTPA 1KDMA 1MVEA 3AYCA 2EXHA 2VSKA 4YW2A 3FLRA 1QU0A 4GDJA 4YG0A 3GVJA 5GZGA 5T50A 4GZPA 1CN1A 1VIWB 2JKBA 4XMIA 3HMYA 4Z8BA 1JUIA 4F83A 4YFWA 5GLZA 3WHTA 4MWYA 3ZVXA 1W8OA 2PHFA 3WDYA 1V6KA 1B9TA 2EALA 4M4NA 1DQ5A 1XQNA 4FP2A 2D3SA 5AVAA 5JDBA 1AZDA 4RA0A 3INBA 3CL0A 2V5YA 1FV3A 4H55A 1LESA 1HQWA 3AFKA 4XJZA 3TI4A 1W6MB 2XG3A 1YYNA 3SNMA 4WA5A 4DS0A 1C57A 2B7YA 3WUDA 2F29A 4R9CA 4FP3A 2DU1A 5LK5A 3WCRA 2LALA 1N1VA 4MZAA 2A5ZA 4CPZA 4P9XA 2SILA 1AXYA 2F27A 2ZBJA 4PBPA 2PELA 3ZSJA 4FOWA 1Z0HA 3NV4A 1B9SA 5F9TA 4C1XA 4YM3A 1V3DA 2QWEA 2GN3A 1WCQA 3VKOA 2PHUA 1QOOA 3OYWA 2FMDA 3IKWA 2ES3A 3AZYA 4WVWA 4HZYA 1DGLA 5DUUA 1KQRA 4I00A 4MJUA 1C1FA 1UZYA 3O9JA 1LGNA 5JOYA 1INGA 4YM0A 3M3OA 1GNZA 3A71A 3H72A 2ZGUA 2QWHA 4KS4A 2PHTA 5CNAA 2SLIA 1H30A 2QWGA 1SLCA 2HTYA 1SACA 5JMCA 3AP6A 2ZB6A 1GYKA 5CAZA 1AF9A 4BLIA 1QGLA 2DVBA 5EXOA 2D7FA 4Y24A 1PZ7A 4GKXA 1OQ1A 1KRIA 1QMJA 4K1KA 1Z4WA 1BJQA 3NN9A 4YGEA 2RKCA 4D69A 2D3PA 3AP5A 2YXSA 3MPPG 3W09A 3BIWE 2JD4A 1UPSA 3H73A 3AP7A 2Z42A 1Z4YA 2VSMA 1USRA 2QWFA 1LEDA 3INAA 2GNMA 2HT5A 1DFQA 5GZDA 5DG2A 5KXCA 2VW2A 4MWJA 4QN3A 1RITA 2A6ZA 4B7RA 4YGBA 1MS4A 3O0VA 1DYKA 2ZHMA 2WKKA 2G4IA 4FJ6A 4XJUA 5JOWA 2WJSA 2HU4A 1MR5A 3AP9A 1S0JA 1FYUA 1WLWA 1AXKA 1CESA 4XJAA 5GLUA 5NN9A 3APBA 2VW1A 1PZ9A 2ZABA 1Z78A 1A4GA 4GZXA 3ZXLA 1NMBN 3T1LA 1KJRA 4GZQA 3N35A 3SLIA 3PVEA 1JBCA 3IN9A 3T1MA 4Q1PA 3PJQA 2A71A 3NV1A 1L7FA 3B7EA 1Q8OA 4WEFA 4B7QA 3RG0A 2E51A 3VV1A 4H52A 2YDTA 2JE9A 4K1JA 1WW5A 1ULFA 4AWDA 5H9PA 4BPZA 1E8VA 4MWLA 5HCAA 5IT6A 4GWMA 4YG6A 2W08A 2XZKA 2AREA 3ILFA 1I3HA 4Y26A 7NN9A 1DHKB 1W6OA 1AXZA 3WNXA 1LULA 2ZZJA 1V0FA 4XJQA 4GZTA 4P14A 4IQPA 2D6NA 4FPJA 2QWBA 1LOCA 2W52A 2AEPA 2UWBA 1LJ7A 5T5LA 4K1HA 1ENRA 3A4UA 4WVVA 3O5SA 1W6QA 4WA4A 2W5OA 3H0OA 4YZ5A 2ZHNA 1UL9A 2E53A 4YGDA 1W6PB 3AZWA 1ULEA 4Y1ZA 1Q8SA 4QN7A 2AEQA 1V6IA 2AENA 1IOAA 3NWKA 2GALA 3ZSMA 1A14N 1EUTA 3M3EA 3TI6A 5GLTA 1INXA 5JOZA 1V0ZA 4HZWA 3ZSLA 1G8WA 5HCBA 1NNAA 3VKLA 4R9DA 2ZMLA 3B00A 5FREA 2BERA 4CPLA 2EXIA 3GALA 3N7LA 3VKNA 2TEPA 4ATFA 4P9WA 4XOGA 3B9CA 4FZHA 4I30A 2PHXA 3V0BA 5HX0A 5GALA 3N7KA 4H53A 4MC7A 1IS3A 3IPVB 2CWMA 4B7NA 1SFYA 2CTVA 3L2YA 4Q1RA 3ZSKA 1INHA 4ZXKA 4Y22B 3SITA 4K3YA 1LOAA 2FHRA 2W20A 4XTMA 4BM8A 5E8AA 4RL7A 2DUOA 3WV6A 4PBOA 1Y7BA 4FOVA 3N3HA 2W5NA 2W68A 4GZOA 3UJOA 1G9DA 1JYCA 2D6KA 1INWA 4NN9A 3USUB 2E6VA 4MWVA 1WD4A 4M3CB 4ATEA 1G9CA 2XB6C 2AH2A 4HZZA 1N1YA 1MS3A 2ARXA 1GV9A 2VK5A 3RQ0A 2GMMA 3LCPA 3H6JA 4LBJA 4GDIA 5IK5A 1APNA 1Z4ZA 4XHXA 2ZGPA 5EYXA 5IK8A 1DYPA 4FVVA 2ZGTA 4MX0A 2PHWA 1UX6A 1S1AA 1W21A 4B7MA 3V0AA 3K36A 3FLPA 4SLIA 6NN9A 3ILNA 3TAYA 1A78A 3WVJA 1NMCA 1W1XA 1LOEA 2CMLA 4BBWA 1JW6A 5JOXA 3POSA 4K1ZA 4LBNA 4ITCA 1N47A 1W6NA 3K39A 3RMYA 3AP4A 4Q8LA 4FPEA 1LGCA 2QWCA 1FX5A 2OUHA 4GB1A 3PVNA 3CL2A 3UL2A 2AGSA 3JU9A 2DU0A 3AZXA 3HR9A 1WD3A 4LBMA 1WLCA 3ILRA 2P3IA 1GNHA 2C4LA 4K1IA 1R1ZA 4XIOA 1VAVA 2R0FA 4B7JA 1MS9A 2DWRA 3TIAA 1INVA 4KS2A 2P37A 1VCUA 4Y20A 2VH9A 1AJKA 2ZGKA 1FATA 1NMAN 4WV8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NOVA 2G9GA 2UWCA 1K5JA 4B8EA 2AUYA 1NKGA 5L7OA 1DP0A 1TMF3 4X49A 4AHAA 2EXJA 2VJXA 1X33A 1WMFA 3CZUA 1PO23 1H6XA 1DDLA 4DGRA 3F2ZA 4YW7A 4QPIA 5C8CC 2JB8A 1E8TA 5GX5A 5H47A 2BATA 1OLQA 3AKSA 4XABA 1M4WA 5A6QA 2WNEA 4QHZA 3ETQA 3OBRA 1X82A 4G3YC 1C8M3 1OPOA 3OOXA 3ATGA 3HPNA 5FZFA 4A0PA 3HT2A 3HNYM 5GM0A 3S6PA 3WR0A 4NIGA 1AR81 2XWJB 1GZ9A 3LWCA 4XF3A 2WNUA 4GNAA 1ZBE2 3VBRC 2CNAA 1F8BA 3TN91 3ZDVA 1Z7S1 1A6CA 1CJPA 3K4DA 4AEKA 1V6JA 4YM2A 4C0BA 3T09A 4CDQC 4NIAA 5L19A 1SLIA 2WO1A 3M8LA 2H2UA 1BBT2 1ENSA 1B35B 1GU3A 2KXLA 3M2MA 3ORJA 2IAWA 1GQHA 3S94A 3H42B 3U0ZA 5GLVA 2YA4A 4N43A 4XAEA 3WDWA 3WD5A 1LR5A 4GJZA 4C90A 1CX1A 1RUG2 1OXCA 4YZ3A 2WT0A 1QBIA 2VZPA 1PO12 3T2OA 3ECQA 4CCNA 5LATA 4B3NA 2A3WA 1NE4A 3MV11 2A6XA 4M0HA 1HB3A 4LE3A 2K2SA 4MJVA 1QJU3 3OJBA 4LBQA 1VBA2 1RUH2 3NNGA 4C0HA 2QDNA 5A70A 4WZFA 4N90A 4ZU5A 5IW0A 4NVPA 3TOJA 2WABA 2NMNA 5F2WA 2NZ9A 5A3PA 3H3UA 3IDCB 4CDUB 2BF6A 3HIFA 2FDGA 1NMAN 5KHGA 4EN7B 4KS3A 4ZXEA 4CPBA 1DGRN 3MGUA 1OBNA 2IWGB 2IZWA 3DN7A 2AR6A 1LOFC 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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