4FPJA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-methoxybenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 189
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
189
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Sialidase B
total genus 189
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpjA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpjA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpjA02
5JDBA 2UWAA 1FX5A 4WEGA 4CPZA 1E8VA 4FOYA 2W68A 3R4SA 2XZJA 3GVJA 4XJAA 4JRAA 4XTPA 3USUB 2VY0A 2DTWA 4M4UA 1SLAA 4KS3A 1QU0A 4HL0A 7NN9A 3LSEA 1H30A 1Q8PA 1IVDA 1LHWA 2TEPA 2ZGOA 3MEPA 3A72A 4M3MA 4AYUA 3O9KA 2A6VA 2HT7A 1LECA 5KXEA 5HCBA 1E8UA 2AUYA 1MS8A 2R1DA 2NZ9A 4WEFA 3R4UA 1INGA 3ZYRA 5JOYA 6NN9A 4GDJA 1DQ2A 1UMZA 1R1ZA 4HZYA 1VALA 2W20A 4PF5A 1MS5A 2A3WA 3RMYA 3AZXA 4HANA 2ZHKA 1QNWA 2PHRA 4AGGA 1IVBA 2YA6A 5DZEA 2DURA 2HTQA 1N47A 4GZQA 4Y24A 3WDTA 5CB7A 3OYWB 4IQPA 1W6NB 1QF3A 2W52A 2A6XA 4NCSA 3AJYA 4YZ2A 3AP6A 2XG3A 1V3EA 2LALA 1WLDA 2GNBA 2D7FA 4H53A 4NN9A 2D6NA 4OZXA 4CTEA 1DQ0A 1MACA 1F31A 3WHUA 4YZ1A 1HKDA 1LOAA 1EPWA 4DPNA 2EF6A 3SISA 4X6KA 3AJZA 4XXPA 1N3QA 4FPJA 2WQZC 2VU9A 3WLUA 1AJKA 1MS3A 4ATFA 4WV8A 1ULCA 2QWCA 2OUJA 1PZ9A 1D2SA 4F83A 1A8DA 2ZB6A 4YW2A 1N3OA 4Y22A 3K36A 3OBRA 2YROA 3ZSJA 2HU0A 3ILRA 3ZXJA 2A6ZA 1G9BA 3BEQA 1O4ZA 2P37A 1V3DA 5T5LA 1W20A 1BKZA 3AP4A 3DGTA 5CNAA 4UW3A 4AGVA 4UW6A 3SANA 5T50A 5E89A 2W5OA 1N3PA 4ZXKA 2B8HA 4XOGA 3POYA 1Z4XA 5JVVA 4GALA 3V0BA 3WCSA 2H0BA 4M3CB 2DVDA 1V0FA 1SBFA 4XBLA 2PHFA 1KRIA 1EUSA 4DS0A 5T5PA 4HZXA 1UX6A 4K1YA 2ZB5A 1MS1A 1UPSA 1HLCA 4Q8KA 1QDCA 1OQ1A 5H9RA 1ENRA 1JN2P 1NNCA 2E51A 4Y1VA 3N36A 4K1HA 1W8NA 5HX0A 2GN3A 1F8CA 3ALXA 1RIRA 1OKQA 2D44A 3RG0A 2PHUA 4ZKTB 1AF9A 2D6PA 3I4IA 1INXA 1C1FA 4R9BA 2P3IA 2ZGKA 3IPVA 2GALA 2Z42A 1SACA 1XOGA 1YXWA 3NWKA 4FPOB 1GZCA 2SIMA 1IKPA 3V0AB 5DG2A 3R05A 3CL0A 3VV1A 1LENA 4FOVA 1QDOA 1WW7A 4C1XA 2VK6A 1XQNA 2AREA 4BPZA 2WT0A 2CTVA 4MWJA 5IT6A 1PZ7A 2BERA 4XJZA 5GM0A 1GNHA 5EYYA 3TIBA 2DVFA 4FZHA 1I3HA 3RSJA 3O9JA 4BMEA 2D6KA 4LBQD 2AENA 1MS0A 5DXDA 2E7TA 1G9AA 3CKZA 3A4UA 3C2UA 4LBJA 5GALA 2P34A 1JYIA 5CA6A 5KXCA 2UURA 5HUMA 2XZIA 3W59A 1IOAA 5IK7A 3POWA 3AZYA 1CQ9A 3NV1A 2ZBJA 1GKBA 1V0EA 2F28A 4YGBA 3WVJA 2R0FA 4XJWA 4YM2A 1AXKA 1H9PA 3IN9A 1G7YA 1LOCA 1LGNA 1S0FA 1WD4A 1DQ6A 2D6OX 1I1EA 1CONA 2YZ4A 1LODA 5GZCA 4KS1A 2A75A 1BZWA 3NV2A 4BOWA 2HTYA 4YZ4A 1SLBA 3V65A 3ZXLA 2ZGNA 1DZQA 3ZXEA 5DUXA 1NMBN 4M3CE 1LULA 2PELA 3B01A 4KBBA 1NCAN 4GWNA 4LBQA 2QWBA 1MVQA 1F8DA 3ILNA 3SLIA 3AK0A 4XJQA 4Q2FA 2BF6A 3ATGA 4FPGA 1AZDA 3SH4A 4QN5A 1LHVA 4MX0A 2ZGUA 4I00A 1Q8QA 3ZVXA 1G9FA 5BYNA 1URXA 1W6PB 4XHXA 1H9WA 4AVTA 4JCKA 5B2DA 5EWSA 1IS6A 1F9KA 4HZZA 1V6IA 2ZMKA 1A14N 3O0WA 1JHNA 3I8TA 2GMPA 5HCAA 2VW0A 4GKYA 2HTRA 1QKQA 1W6MA 4BM8A 2ZABA 3TAYA 4ISQA 4CPMA 3NV3A 3H6JA 2NMNA 3AYCA 1W6OA 4YG6A 2DU0A 3VKNA 2W5NA 1KDMA 1DQ4A 3RS6A 4DRVA 3POSA 4XJ8A 2QWDA 3NSSA 1AXZA 2P2KA 1AJOA 4HZWA 2DVBA 1ULFA 4BLIA 4KS2A 5H9PA 1AVBA 3PVNA 4NO4A 4KS4A 1A4GA 5JOWA 2GDFA 4MWLA 1MZ5A 2DU1A 2NN8A 4YG3A 3JU4A 1S0CA 3RMXA 4Q8LA 4X47A 3D4KA 3QLQA 4LBQB 1GZ9A 4CRQA 1CVNA 1YRZA 3N3HA 2F24A 5H9QA 2YA5A 3SH5A 1SBDA 4XBNA 4YM0A 3M3OA 1U0AA 3CYEA 1CESA 3AP7A 3V64A 1SNTA 1S1AA 5T5JA 1VIWB 3VKFC 4K3YA 1MVEA 4FVVA 1Y7BA 4YGEA 4BBWA 5IK8A 4YM3A 2WLQA 3Q9OA 1N1SA 4P9WA 3TI8A 1LTEA 3W09A 3K38A 4L8QA 4CPYA 2ZGPA 3QCWA 3ZSKA 2C4AA 2JDZA 4B7RA 4PBPA 1W6MB 2A3YA 1MWEA 2WJSA 3FLRA 3O12A 5F5QA 2QWHA 4YLZA 1Q8OA 4GJTA 3ZXKA 4FPLA 1LOEA 1W6OB 1WD3A 4R9DA 1DQ1A 2E7QA 2HU4A 4CZSA 2AEQA 2F27A 1JXNA 3BIWE 5DUWA 4BQ1A 2FMDA 4UW4A 2G4IA 3PJQA 3INAA 3KM5A 2EAKA 1A78A 1FATA 3TI5A 2A5ZA 3WNXA 4K20A 3AZWA 1DYPA 4CPNA 4Q6KA 2WNEA 1NSDA 1SLLA 1CN1A 2GNTA 2ZGLA 1B9VA 1BXHA 5JOXA 4WVWA 3ZXFA 4J9TA 2D6LX 1SLIA 2YXSA 4M01A 5JLVA 2P3KA 2NP0A 1FV3A 4DRRA 5F9TA 2YA4A 1KQRA 3JUUA 1FNZA 1GZWA 1W6QA 2A71A 1AXYA 2YDTA 1GNZA 5M1ZA 5JYYA 3HMYA 1NMAN 1VCJA 4LBNA 3AYEA 2D3RA 4UW5A 1USXA 4YFZA 2BATA 1RITA 2ZHMA 2A6WA 4PCRA 2CMLA 2F13A 1G9CA 1INWA 2R1BA 2F11A 3UK9A 3RQ0A 1AX0A 5KXDA 5HUNA 2AR6A 4D8SA 2QWFA 2C9AA 4GA9A 3MW2A 2VUAA 1LGBA 2C4LA 3INBA 4YM1A 4TYSA 4XMIA 3TI6A 4JC1A 3AP5A 4QNPA 4SLIA 4XJ9A 1DGLA 1YIFA 1W21A 1S0EA 3GVKA 1W1XA 1SLTA 4YFWA 3H72A 3OY8A 5CAZA 4AWDA 1Z78A 1MS9A 1INVA 2CNAA 2CWMA 5IK4A 3H71A 3WUDA 1WW6A 1F8EA 5DZFA 1NCCN 1GSLA 1WW5A 2NM1A 3OJBA 3N7MA 1S0JA 3N35A 2VK5A 1B9TA 2F0ZA 3FLTA 1NMCA 2VXRA 1SCSA 3CNAA 1OFSA 1W6QB 3WOGA 1UN1A 3UL2A 3GALA 1IVEA 2PHWA 4XZPA 1WUVA 1V3CA 4R9CA 1O4YA 2DTYA 1G8WA 1L7FA 2OUHA 2QWIA 2DUPA 1S0BA 4Y22B 4XTMA 2JKBA 2PHXA 1E8TA 5AVAA 3SALA 1SLCA 3A0KA 3NN9A 4B7MA 3WZ1A 2B7YA 3M3CA 5LK5A 2DVGA 2ARXA 1FNYA 4I30A 4WA4A 2ZGTA 3OGGA 3AXDA 1S0DA 1GICA 5L73A 4K1ZA 2OW4A 2HTUA 2JE7A 1NSCA 1HDKA 1ZM1A 5HCFA 2EXKA 4Y1UA 1DILA 1V00A 3V0BB 4WA3A 3ZYPA 1J1TA 1WBFA 4FOWA 1HQWA 4Y26A 2I2SA 4FPYA 1VAVA 1LEMA 3HN1A 4MZAA 1TEIA 3AZVA 1N1YA 3BODA 1G86A 2VWDA 3D5OA 3IMNA 3OY8B 4MWRA 5FRAA 1SO7A 1WW4A 3DUIA 2AGSA 3N7LA 4CPLA 4QN6A 1QOTA 1QOSA 1UL9A 1IKQA 3TICA 1DIMA 2CL2A 2QWJA 1W0PA 5GZEA 3IPVB 2DYCA 2ZGQA 2AEPA 1V2IA 4Q26A 1Z50A 5IUQA 1EUTA 1GBGA 3WDYA 5GLVA 3WG2A 3NV4A 1WCSA 3BOPA 2F25A 1LU2A 4GDIA 1RINA 4MJUA 4AGRA 4MWQA 1CR7A 5GLUA 4MYEA 3ENRA 1Z0HA 3T2TA 2D6MA 2YMZA 2ZHLA 1DQ5A 1W8OA 2JE9A 2ZACA 4LBKA 3USUA 2D3PA 2VVZA 4YZ3A 2VW1A 4Y1XA 2XB6C 2EXHA 1JW6A 4ATEA 4QN3A 1BYHA 1V6JA 2A70A 4M4NA 4ITCA 4K1KA 5GLWA 3WG3A 1NSBA 1B09A 1UAIA 3U4XA 4Z8BA 2QWEA 1WLWA 2W39A 3UJQA 1YO8A 3ZSLA 5HUKA 1X50A 3AZZA 4GWMA 1KITA 4YW1A 1NN2A 2ZZJA 1V6OA 4MWVA 2VSMA 1LHNA 3SNMA 4TZDA 2WSUA 1FYUA 2A6YA 3B7EA 3N7JA 1ZA4A 4R9AA 3PMEA 1IS3A 3RRDA 4FQZA 3WDVA 1GANA 2D3SA 2UWBA 2HTWA 4FVKA 1ULDA 4QN7A 4GB1A 3B3QE 1F5FA 1LOFA 2ARBA 4C1WA 1IS4A 3JU9A 4YZ5A 1LHOA 3HR9A 2RKCA 2VW2A 1N1VA 2QWKA 3LCPA 4GZXA 3A71A 1V6MA 1W6NA 3WDXA 2OVUA 1V0ZA 4XJUA 3TIAA 3APBA 1LJ7A 2C5DA 2SLIA 1NLSA 4DQAA 3T1LA 4MC7A 1GLHA 2ZHNA 4P9XA 3ZPYA 1YI7A 1JUIA 1ENSA 2EXIA 1GYKA 1DIWA 1SCRA 3KQRA 4XE9A 2V73A 3IKWA 1WBLA 1Q56A 2DUOA 4W65A 2XCYA 3WDUA 4U36A 2DV9A 1YYNA 4YW4A 1INFA 3FLPA 1UZYA 2ZGSA 1A4QA 4Y20A 3AP9A 1DHKB 1UZZA 2ENRA 3LSDA 1INHA 2XZKA 4X49A 3TB0A 1LEDA 4BLJA 1LHUA 4MWUA 4PBOA 1VCUA 2GNDA 2AYHA 4AVSA 2ZAAA 5T5OA 4XJRA 1C4RA 1F8BA 2A3XA 5HUGA 3OPZA 5T52A 2LTNA 1ULGA 3M3QA 4NC5A 4CPOA 2RHPA 2F26A 2EXJA 4M3CA 4Q27A 4GZWA 2JJ6A 1EURA 3N7KA 1CPMA 2SBAA 1B9SA 3CL2A 3VUOA 4XYXA 3SITA 3GNEA 2VK7A 4DGRA 2CY6A 3PVOA 2CYFA 3T1MA 3FBYA 1Z4YA 4K1JA 1V3BA 1FV2A 4AVVA 2ZA9A 4YW3A 2WT2A 5JOZA 4GKXA 3L2YA 1QGLA 4FPCA 4Q1PA 1CPNA 3D12A 4GZOA 3W58A 4XIOA 5DUUA 2ZMNA 4GZTA 2SILA 1QNYA 2ERFA 2EIGA 4MWWA 1DYKA 3V0AA 1IVCA 1KJLA 4Y20B 2GMMA 2VH9A 2HT5A 5NN9A 1DBNA 3AX4A 4XBQA 3AXEA 5CBLA 2YY1A 3H0OA 3O5SA 3GVLA 4P14A 2W08A 3WDWA 3FUQA 4FP3A 1NCBN 3SILA 2FHRA 2Q5TA 4D69A 3T1EA 2R16A 2HTVA 3UJOA 3FFZA 5GJ6A 2BQPA 2YV8A 1KJRA 2V5YA 1XOEA 3B9CA 2E53A 3WHTA 5H9SA 4GEZA 2WT1A 2EALA 4B7JA 5GZGA 2YA8A 3K39A 2E6VA 3BTAA 1VLNA 4LBOA 3IM0A 1LCLA 1CIWA 4XXAA 2QWAA 1AX1A 1JYCA 4YGCA 1CJPA 5GZDA 1HQLA 1MR5A 3A0NA 4P9YA 2P3JA 2VSKA 3VKMA 4BMBA 1QOOA 3K3AA 1DFQA 4FOQA 1GZWB 5DG1A 2F10A 4U2AA 3VKLA 4H52A 2YDPA 1MS4A 3O0VA 3B00A 4X4AA 3M1HA 5EYXA 1LGCA 2DVAA 1IVFA 5DUVA 3SH3A 2ZGMA 3D6EA 4Y1YA 2A7AA 1L7GA 3ALWA 2JECA 5EXOA 3AFKA 4GZSA 3WV6A 5KXBA 2D43A 2DUQA 1LESA 1ONAA 2JD4A 1IVGA 1LOFC 3WG4A 4FJ6A 1JBCA 1G9DA 1AX2A 1BQPA 3WG1A 4B7QA 4FPHA 1ULEA 4ASMB 4M3CF 2GN7A 4B7NA 3FUOA 4M00A 4LBLA 4Q1RA 1W0OA 4XILA 1A3KA 4XDQA 2ZMLA 1NXD1 5E88A 4DFSA 1SFYA 1IS5A 1W6PA 3PVEA 4YGDA 3AYDA 1C57A 4WA5A 4MWXA 5E8AA 5B2CA 1ENQA 1L7HA 4WVVA 4XMAA 2ES3A 1EUUA 5DZGA 3ZSMA 1QMJA 4YG0A 2HT8A 2F12A 1NNAA 5SV8A 4YW5A 2GNMA 2NYYA 3M2MA 2GMEA 5GLZA 1S0GA 2ZGRA 2CWSA 2BZDA 1N1TA 4Y1ZA 2QWGA 1DLLA 2R0HA 1JOJA 1Q8VA 1APNA 4ISRA 1NNBA 3TI3A 5GZFA 4JF7A 4RL7A 3M3EA 4GZPA 4KS5A 2AH2A 4FP2A 1BJQA 3AYAA 4LBMA 4PQ9A 2X9MA 3H73A 1SBEA 4K21A 1LOGA 4QN4A 3VKOA 2UU8A 2R49A 3D11A 3WCRA 4K1IA 3ILFA 3MPPG 1LU1A 3MW3A 1PZ8A 1GV9A 3ASIA 2WSVA 3O0XA 3WUCA 1NCDN 4MJVA 4FPEA 1LOBA 2DWRA 3K37A 1Q8SA 5FREA 1WCQA 4MZEA 4UF7A 4FPKA 1V6NA 2ZKNA 1FAYA 1Z4ZA 2YA7A 3TI4A 1Z4WA 2WKKA 5T54A 2NMOA 4H55A 1V6KA 1USRA 4XHBA 4WZFA 3B69A 1BJIA 4RA0A 4FPFA 2HYKA 2W38A 2F29A 1D0HA 4M4VA 4FQ4A 1C1LA 1Z4VA 5IK5A 1KDKA 1UKGA 3MW4A 3OBTA 1V6LA 3OYWA 4GXLA 1MZ6A 5JMCA 4MWYA 1VAMA 4HZVA 4XIKA 5GLTA 4NOTA 2KM2A 1S0IA 1INYA 2PHTA 1WLCA 2UWCA 5T55A 4HIZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5JDBA 2UWAA 4PHZA 3KV9A 1FX5A 4D52A 2Y34A 2Y0OA 2VZRA 2KXLA 3FWEA 4WEGA 4KWLA 4CPZA 1E8VA 4OI0A 4FOYA 2IAXA 3IAQA 2W68A 3R4SA 2XZJA 3N9MA 2BRTA 4EROA 1RVF2 3GVJA 4XJAA 4JRAA 4XTPA 2HWF1 3T08A 3USUB 4UYBA 1KXGA 2VY0A 3EO6A 2DTWA 3OBAA 3H3ZA 2JDMA 2GH8A 2QQIA 4NRQA 1Q3EA 1SLAA 4KS3A 4M4UA 1WMFA 2E9QA 2XHKA 4QB2A 1QU0A 3K48A 4L7CA 2AZ5A 4O5SA 1H2KA 1W8ZA 2FLUX 5HBAA 5AFBA 2WA3A 4IFLX 4HL0A 7NN9A 3LSEA 5FOJB 2G9ZA 1C8NA 1RUF3 2R073 4ZGCA 5FZDA 1H30A 1Q8PA 4IFNX 2RV9A 2BU9A 4Q4V3 1LHWA 1W8TA 2TEPA 4E2GA 3H8UA 2XQXA 2ZGOA 2VCCA 3CIHA 3MEPA 5FMDA 5JIAA 2ORXA 3A72A 4B8EA 1RUC3 1U5YA 2WABA 4AYUA 4M3MA 5IVVA 1E5HA 5FZCA 3CJXA 4RR3A 1ZX5A 2P4EA 1YEWA 4FCAA 4G9SB 4Y5Z0 2NP0A 3O9KA 2A6VA 5C8CC 2HT7A 3U0ZA 1LECA 3BUCA 1PJXA 4D6SA 2BVBA 2EAAA 4YVSB 4IEUA 5KXEA 2F4PA 3GHMA 1AYM1 5HCBA 2AUYA 1MS8A 1E8UA 2R1DA 2ZWAA 1GP4A 1GZTA 1Q5OA 3CHXA 3KV6A 2NZ9A 4ARXA 4WEFA 4YVWB 1U5ZA 3R4UA 5F39A 4AOCA 1UPIA 5ISLA 1INGA 1F5JA 2D97A 1RUF2 2R072 3ZYRA 5JOYA 4PIZA 5K0UA 2BGPA 3M4FA 4AQTA 6NN9A 1PM4A 2E31A 4GDJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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