4FPKA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-methylbenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 190
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
190
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Sialidase B
total genus 190
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpkA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpkA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpkA02
3DUIA 3VKMA 4QN5A 3ALWA 1PZ9A 2ENRA 5HX0A 3H0OA 2GNTA 3FLPA 2JECA 3B7EA 5F5QA 1N3PA 1ENSA 4GKXA 4FPLA 2VSMA 1DHKB 1V0FA 4LBQD 2TEPA 3OPZA 4IQPA 2F28A 4YM0A 2GNBA 1W20A 4BLJA 5HCAA 1W6NB 1HDKA 2ZGTA 4X4AA 1SCRA 1IVDA 5DZFA 1NCAN 1S1AA 2ZZJA 4YGBA 3T2TA 1U0AA 3KM5A 1S0JA 2ZB5A 3WDXA 1JYCA 1VCJA 1ULCA 2LALA 1ENQA 2F29A 1PZ8A 2PHFA 2D6MA 2ZBJA 1LGNA 1V3CA 3INBA 5JMCA 1DFQA 2ZHLA 2QWHA 3ZXEA 4YGEA 1NN2A 4FZHA 1CESA 2PHTA 4OZXA 5DZGA 1MS9A 3IKWA 4GZPA 4Z8BA 2HTYA 3Q9OA 4FPYA 2WSUA 3BIWE 1Q8SA 3KQRA 4DQAA 5JDBA 4ITCA 4WVVA 1B9TA 4M3CB 4X47A 1W6OB 4QN7A 3H71A 3AXEA 1MZ5A 1YYNA 3V0BB 4WZFA 2D44A 4FP2A 5EYYA 4Y1ZA 3A0NA 1INXA 2EIGA 5T50A 1RIRA 2JKBA 1G86A 1UPSA 3RRDA 3AJZA 3ZYRA 1W0OA 5EYXA 2ZGQA 1KJRA 1W6QA 4AYUA 5IT6A 4Q8KA 1WW4A 2VXRA 4M4NA 1Z50A 1LODA 3A72A 2GMPA 2F25A 1NSBA 1IVCA 5HUGA 1KJLA 4KS3A 2F0ZA 4Y26A 3UL2A 4YZ5A 1EURA 1UZZA 4Q6KA 3I4IA 4SLIA 2VW2A 1V6NA 2EXHA 2ZGPA 2WKKA 1NSCA 4XJRA 5HUMA 3FFZA 1WD3A 1LOFA 4FPHA 1MACA 2HT7A 1WW5A 1F8BA 4XBNA 2A3YA 1Z4VA 1APNA 2JDZA 2ZMLA 4QNPA 3RG0A 3O0WA 2DUPA 4PBOA 4C1XA 2BERA 4YW4A 5JLVA 1NSDA 5JOXA 5GZFA 4QN6A 2B7YA 1JOJA 4P9YA 1Z4YA 3K38A 3WOGA 4YM3A 4XBLA 1GZCA 3ATGA 1GLHA 5T5JA 2P34A 4XJUA 1JHNA 1Q56A 2XZJA 5KXEA 1V6JA 3OBRA 1BZWA 1LHUA 3TAYA 1IKPA 1XOGA 5DZEA 4WA4A 2ZHMA 2C9AA 2ERFA 1MS4A 1DQ1A 1WBFA 1Q8OA 1IVBA 2ZGNA 2DU0A 5IK7A 3V65A 4YZ4A 2ZGKA 1VAVA 4GXLA 4BPZA 3MW2A 2CWMA 2DU1A 1G9CA 4DS0A 3NN9A 2AEQA 1G9AA 4JCKA 4MWJA 4FPOB 3ZVXA 1W6QB 4GKYA 3ILRA 4MWUA 3WV6A 1Q8QA 4B7RA 4LBKA 1X50A 3M3QA 3A71A 4YW3A 2QWAA 4YW1A 4CPMA 3ZXKA 3AP5A 4RA0A 5DUVA 1VALA 1ENRA 4W65A 4MWLA 1SO7A 4WEFA 1V2IA 1QU0A 4YZ2A 1F8CA 2VK6A 4GA9A 1UZYA 2SLIA 2DV9A 3OGGA 3SISA 4ATEA 1V6OA 4XJ9A 1LOFC 4Q1PA 3PVEA 4D8SA 1W8OA 1DIWA 5FRAA 4M3MA 2VUAA 2HYKA 4BMBA 4LBJA 1WBLA 4ISQA 1EPWA 1FATA 3ZSJA 4K21A 3TIAA 4B7NA 2EXIA 1KDMA 2C4LA 1IVGA 2ZGOA 2YA8A 1OKQA 2PHXA 1UAIA 4K1KA 1AVBA 1ULDA 1O4ZA 1DIMA 1EUSA 4HIZA 3PVOA 1DGLA 1CN1A 4GZXA 3PMEA 4FVVA 4B7QA 2DVGA 2UWBA 4GZTA 1IS6A 2UWAA 4GALA 2W68A 4Y1YA 1E8UA 1LOCA 4TZDA 2V73A 1YIFA 3VUOA 4AVTA 1KRIA 1HKDA 1V6IA 3SANA 4FPCA 2A6ZA 3AXDA 2HT8A 1Z0HA 2X9MA 4DGRA 1MS0A 1A8DA 1DYKA 1KQRA 2HTRA 1AXZA 1IS4A 1WCSA 4NCSA 3TI3A 1I3HA 5L73A 3TI4A 1D2SA 5T5PA 4K1HA 1V6LA 2UURA 2HTUA 5GZGA 4YGCA 3I8TA 2WQZC 3RMYA 1E8VA 3O5SA 3ILNA 3AYDA 4R9BA 3O9KA 1GBGA 4MC7A 1USRA 4DPNA 2CL2A 4XTPA 2D6PA 1SLBA 2CY6A 4MJVA 4YFWA 2DWRA 1G9FA 1MVQA 3AZWA 1SLLA 3AP4A 1NMCA 2W20A 4K1JA 2XZKA 4UF7A 2W52A 3INAA 4XJAA 1H9WA 2OUJA 3H72A 1UX6A 4AVSA 2D3SA 1DZQA 1QNWA 2FMDA 4TYSA 1G9BA 3B69A 1N3OA 1GZ9A 1JN2P 4P9WA 4FOVA 1YO8A 3U4XA 3CYEA 2PHWA 1S0BA 2R0HA 3WDWA 4FPJA 2VU9A 4QN3A 4BQ1A 5CAZA 2H0BA 4UW4A 1Z4WA 2ZKNA 4HZXA 1W6MA 1W1XA 2ZAAA 4HZZA 4MWXA 1GNZA 3BOPA 3AYAA 3VKOA 1I1EA 4CPOA 4K3YA 1FV3A 4GEZA 5HCBA 5GZCA 5AVAA 2AH2A 4XXPA 3AFKA 4RL7A 4D69A 1LOGA 1INVA 1FNYA 3OJBA 3POYA 2XG3A 3MW4A 2ZB6A 4Q27A 3POSA 3V0AA 1WW6A 3K37A 1EUTA 2W39A 3CL0A 2DTWA 3GVKA 1BJIA 1Z4ZA 1LHNA 2BZDA 4HZWA 5GLWA 1ONAA 5M1ZA 3OY8A 2DVBA 1DILA 2PHRA 4Y1VA 4AGRA 2QWKA 1INYA 1WLDA 1CPNA 3ZPYA 1Z78A 1LEDA 1NXD1 2QWJA 4K1ZA 4ZXKA 4FPKA 2P2KA 1N1TA 5T52A 5H9QA 2EXJA 2QWIA 1INFA 2CTVA 4FPFA 1YI7A 1CJPA 2DURA 3WZ1A 3HR9A 1Q8PA 4Q1RA 1MVEA 4NO4A 2C4AA 4XOGA 1BQPA 4P9XA 2F13A 3V64A 1FAYA 4YZ3A 3NV1A 2A75A 4Y1XA 4XJQA 3T1LA 4QN4A 3TB0A 2A6WA 4C1WA 4CTEA 4PQ9A 1W6MB 1NMBN 4GDIA 2ZGMA 1WD4A 2JE7A 1SBFA 3B00A 4X49A 4MZAA 4I30A 1BYHA 1QKQA 1UL9A 1IVFA 1C4RA 3WCRA 4GWMA 4GZOA 3AYEA 4ASMB 5DUXA 4M3CE 2R1BA 1DBNA 3RQ0A 3GVLA 4KBBA 3V0AB 4WV8A 2GMMA 4LBMA 5GLUA 4LBQA 1PZ7A 1QOOA 2CNAA 4XIOA 4Q8LA 1WCQA 3BODA 2AR6A 4YGDA 5CB7A 3ZSKA 4CRQA 2LTNA 5DG2A 4ZKTB 5GJ6A 3OY8B 3LSDA 4X6KA 4Y24A 3T1MA 1VAMA 4YLZA 3DGTA 3UJOA 2P3JA 3HN1A 4JRAA 2NYYA 4ISRA 3D12A 1F31A 1N1VA 4M3CF 2ZACA 1ULEA 3AK0A 4FQZA 1KDKA 4J9TA 3ZXFA 1QDOA 1W6PA 2HTVA 1F5FA 1GNHA 3AZZA 2WSVA 1A78A 1LHWA 4H52A 5EXOA 7NN9A 2QWFA 2W08A 4XTMA 1AXKA 4M01A 1A4GA 4KS5A 2QWBA 5DUWA 5IK5A 4DFSA 4GWNA 4MWYA 1MR5A 4K1IA 1L7HA 2AENA 4YG6A 5IK4A 2DUOA 1LOBA 2WT0A 1XOEA 1SFYA 2Q5TA 3JUUA 4CPZA 1C57A 1Y7BA 2CYFA 2SILA 4GZQA 1HQWA 1VLNA 3UK9A 2D6KA 2VK5A 3WDVA 2EF6A 3AJYA 3CKZA 1AF9A 1ULFA 1C1LA 3ZXLA 5DXDA 4Y1UA 5KXCA 1AJOA 1LU2A 3TI8A 5T5LA 3WHUA 1QF3A 3BEQA 4BLIA 2A5ZA 4LBQB 1LOAA 4Y22A 3NWKA 5FREA 4XILA 1NCDN 2UU8A 3RS6A 1LEMA 4XXAA 1RINA 4XHBA 1XQNA 3VKFC 1HQLA 4FPGA 1WW7A 2VWDA 1JUIA 2GDFA 1INHA 5EWSA 2E6VA 4HANA 4CPYA 6NN9A 1LOEA 3B01A 2YMZA 4UW6A 4JF7A 2P3KA 1S0DA 3ZXJA 4JC1A 3WNXA 4YFZA 1URXA 1C1FA 4YZ1A 3ENRA 3WG2A 1ZA4A 1S0CA 3N7JA 3RSJA 2A6XA 4M00A 2GN3A 1FYUA 1W6PB 3R05A 3NV2A 2D6NA 2F24A 2YA4A 3A4UA 1NNBA 1G8WA 1GANA 2ZMNA 1DQ5A 2E51A 1WUVA 3NV4A 2A7AA 2VVZA 2UWCA 3FBYA 3WG4A 1QMJA 1LGCA 1SLCA 1W8NA 1QOSA 1B9SA 5JOZA 1UN1A 3TIBA 4K1YA 4LBNA 2EAKA 1CIWA 2WT1A 4MWQA 1SBDA 2E7TA 1R1ZA 5T55A 4GDJA 3SALA 1KITA 1V3DA 1LHOA 4AGVA 3RMXA 3AZVA 1AZDA 4LBLA 4UW3A 4I00A 1TEIA 4P14A 2EXKA 2GMEA 1SLTA 1LGBA 3K3AA 2YA5A 4GJTA 5H9RA 3D11A 2E53A 4Y22B 1V0EA 1AX2A 2C5DA 4XIKA 1YRZA 2W38A 2GALA 1NMAN 1N47A 2GNDA 5GZDA 1V0ZA 3H73A 5CA6A 1AJKA 4HL0A 1N1SA 1BJQA 3M3EA 2BQPA 2F11A 2OVUA 4MJUA 2QWEA 2HT5A 1VIWB 3ALXA 2OUHA 5CBLA 4R9DA 2DYCA 3TI5A 1UMZA 2YY1A 3VKNA 2NMNA 4R9CA 2PELA 1MZ6A 3O12A 2FHRA 1BKZA 4NN9A 3K36A 5KXDA 3W09A 1GICA 1QGLA 1IOAA 1WLWA 2BATA 3SLIA 1N3QA 1Q8VA 1AX0A 4BM8A 4FJ6A 5GZEA 5NN9A 3PVNA 1LJ7A 2VK7A 2HTQA 1V3BA 1JXNA 1S0EA 2EALA 2PHUA 2NN8A 5HUNA 4BMEA 5BYNA 2B8HA 1V00A 4YW5A 1A3KA 2ZGLA 1FX5A 2BF6A 3R4UA 1GV9A 4XE9A 1GKBA 3MEPA 2A70A 3ZSMA 1MS5A 1L7FA 4WVWA 4FPEA 1DQ2A 2HTWA 4YG0A 3FLTA 5JVVA 1GYKA 3AP7A 1LHVA 1ZM1A 3T1EA 2D3RA 3W58A 3WCSA 4Q26A 4FVKA 5E8AA 2R49A 2Z42A 1DLLA 1YXWA 1GSLA 4M4VA 2ARBA 2DVDA 3WG3A 2D43A 3UJQA 1LESA 4Q2FA 4XJZA 4GZSA 2YA7A 2DVAA 4XJWA 2ZA9A 2SIMA 1A4QA 3M3OA 1DQ0A 3JU9A 2KM2A 2ZABA 2R0FA 4CPNA 4PCRA 2YZ4A 4DRRA 1CR7A 4FP3A 1V6MA 1BXHA 1OFSA 3GNEA 4GZWA 3M3CA 1H30A 3L2YA 1IVEA 2A6YA 3WVJA 5DG1A 2I2SA 4MYEA 1SCSA 2WJSA 1AXYA 4PBPA 4FOQA 3D5OA 4YG3A 3SH4A 2ZHNA 4H55A 1CQ9A 4XHXA 3LCPA 4WA3A 4B7JA 5JYYA 4KS1A 2D6LX 3BTAA 4L8QA 3VV1A 2AUYA 4XMIA 2NZ9A 2WLQA 1F8EA 5GALA 4FOYA 3AZXA 3WDYA 2A71A 1G9DA 5IK8A 4FOWA 4M4UA 1LCLA 2G4IA 3SNMA 3N7KA 3H6JA 2JD4A 2GN7A 2YDTA 3D6EA 4HZYA 2VH9A 2RKCA 3SH5A 1OQ1A 2A3WA 3CNAA 2VY0A 4GB1A 1F9KA 4PF5A 3N36A 1QOTA 1IKQA 3VKLA 1H9PA 4YW2A 2HU0A 3M1HA 1W21A 5E88A 2D6OX 2P3IA 3SITA 1RITA 1N1YA 2W5NA 5GM0A 1IS5A 2P37A 5GLTA 4MWRA 2ES3A 4NOTA 1LECA 4Y20A 2F10A 1MS8A 3WG1A 1A14N 2DVFA 1ULGA 4B7MA 1LENA 3O9JA 3JU4A 3ILFA 1GZWA 2A6VA 3AZYA 3ZSLA 3OBTA 2JJ6A 2AREA 3M2MA 1FV2A 1UKGA 2GNMA 4UW5A 4WEGA 3GVJA 3IPVA 4R9AA 2F12A 2NP0A 1LTEA 3AP6A 4XDQA 5JOYA 2VW0A 3O0VA 1SBEA 4WA5A 3WHTA 1DQ4A 1IS3A 2F26A 1G7YA 3USUA 1SLAA 5KXBA 2ZGSA 5DUUA 1JBCA 5F9TA 4CZSA 1B09A 3SH3A 2A3XA 3IM0A 3NSSA 1SLIA 1QDCA 2D3PA 4DRVA 5CNAA 2D7FA 4BOWA 1DQ6A 3FLRA 3LSEA 2OW4A 2AGSA 5HUKA 4AWDA 4KS2A 2JE9A 5B2DA 1S0FA 1USXA 3AP9A 1QNYA 2AEPA 1F8DA 4F83A 2R16A 3HMYA 3AYCA 4ATFA 5T54A 3W59A 1B9VA 3B9CA 1MS1A 1D0HA 1WLCA 2ZMKA 3POWA 4MWVA 4K20A 3N3HA 2XZIA 4U2AA 3NV3A 5B2CA 1Z4XA 1CONA 3QCWA 3N7LA 1NNCA 3OYWA 1MS3A 2SBAA 2ZGUA 3QLQA 2VW1A 2CWSA 4YM1A 2AYHA 4Y20B 4BBWA 3AX4A 4XYXA 1MWEA 3IMNA 1S0GA 5LK5A 2VSKA 3PJQA 3WLUA 3WDUA 1CVNA 2WNEA 4XJ8A 5HCFA 5JOWA 1VCUA 3ZYPA 2YV8A 2QWDA 1INGA 1GZWB 2V5YA 1E8TA 2E7QA 5IUQA 1HLCA 1CPMA 3MPPG 4XMAA 4FQ4A 3R4SA 1W0PA 2DTYA 5GLZA 1J1TA 1NLSA 2YDPA 2HU4A 4H53A 2DUQA 4MZEA 4AGGA 4U36A 1FNZA 3IPVB 1W6NA 4YM2A 1NCCN 3WUCA 3O0XA 3K39A 2YA6A 2QWCA 4KS4A 5SV8A 5E89A 1O4YA 4XBQA 1V6KA 5H9SA 3IN9A 3USUB 3FUOA 5H9PA 4MWWA 2RHPA 1L7GA 2YROA 3MW3A 3WUDA 4NC5A 1EUUA 2XCYA 5GLVA 4HZVA 4XZPA 3FUQA 3SILA 2YXSA 1AX1A 3C2UA 1S0IA 5T5OA 3TICA 4MX0A 2NM1A 3D4KA 3WDTA 3ASIA 3CL2A 1SNTA 3APBA 1NNAA 1LULA 1LU1A 1NCBN 3N7MA 2WT2A 2ZHKA 2W5OA 2R1DA 3TI6A 3N35A 4AVVA 3GALA 1SACA 2NMOA 1DYPA 3A0KA 2ZGRA 2ARXA 2CMLA 4M3CA 2F27A 1W6OA 2QWGA 4LBOA 3V0BA 3OYWB 1JW6A 1INWA 1JYIA 4CPLA 3B3QE 1V3EA 2XB6C
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IT8A 3DUIA 1T2XA 3IMMA 2ZZKA 3RWKX 3UKTA 4XURA 3VKMA 4W4ZA 2FCVA 3EBRA 1CVMA 3H3ZA 4QN5A 1AYN1 2WS92 2QUOA 3ALWA 1OPMA 4G3NA 1PZ9A 2ENRA 4XFFA 2CAVA 2WABA 4WVMB 2MEV2 5HX0A 5C3OA 4EJRA 5C7GA 1XBFA 2HLEA 2ISMA 3DF0A 5FIXA 1OF3A 3ABZA 3H0OA 2GNTA 3FLPA 3BIEA 1OD3A 2JECA 3O7OA 1D4M1 2BVVA 3D8CA 1N3PA 5F5QA 3B7EA 1CAUB 2XLAA 1ENSA 1SPPB 2RR13 2HEYF 2IUWA 4FPLA 4GKXA 3WNPA 4AL9A 1QQP2 2VSMA 2MEV1 1PVC3 3AL5A 4P9JA 4PLMA 4OI0A 4XEZA 2J1EA 2HKXA 2CDPA 3VZKA 2WO1A 4HT1T 1EV11 1DHKB 4N7IA 2WUHA 1X9PA 1WKYA 4Q4Y3 1K5MB 4YVSB 2OT7A 1XE8A 1QH6A 1BK0A 3NRUA 1RUE2 1UNBA 4LBQD 2TEPA 3OPZA 5FZHA 2VMIA 5FWJA 2Q1ZB 1ZRDA 4I09A 4IQPA 4RS5B 2F6BA 4MUVA 2F28A 3HBZA 4E2QA 5A7NA 3N9QA 4YM0A 4YPJA 4CEWB 3S2KA 2GNBA 1W20A 1BEV1 1JOBA 4BLJA 4COVA 3WQ1A 1W6NB 2XMLA 5HCAA 2PHLA 1HDKA 2ATFA 4EE2A 2VVFA 2ZGTA 1HRV2 3O1VA 5CU1A 3C8XA 4HFSA 4X4AA 5TSWA 5CG8A 2F17A 1SCRA 4IESA 1IVDA 1CGPA 4IQKA 5DZFA 2VCMA 4JGZC 3HT1A 3RI9A 4BIOA 2JG8A 4GNAA 1NCAN 2P3YA 3PNAA 4IV3C 5CFDB 1AYN3 2OIIA 4D52C 5JWPA 1S1AA 2ZZJA 4AFDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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