4FPKA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-methylbenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 190
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
190
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Sialidase B
total genus 190
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpkA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpkA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpkA02
3WG2A 1DYPA 2JDZA 5HUNA 4Y1ZA 2ZGUA 2R1DA 3AYAA 2CTVA 3RQ0A 2EF6A 2R0FA 4PBOA 1EUUA 4PCRA 4XJWA 3D6EA 4HZYA 2DYCA 2A3XA 4HIZA 4JF7A 4M4VA 4NCSA 2WNEA 4MZAA 3PJQA 5CA6A 2XZIA 3AZYA 5GLVA 5KXCA 5JOXA 1UAIA 1INFA 2WSVA 1FATA 4XJUA 1INVA 3N3HA 2VW0A 1UL9A 4K21A 5GZEA 1FNYA 1J1TA 1S0JA 4FPCA 1PZ7A 2AGSA 3LSEA 5GZFA 2E6VA 1N3OA 4XHXA 1Z4ZA 5GM0A 1WD3A 3M1HA 4YM0A 1LESA 3TI3A 2RHPA 2ZKNA 5KXBA 2HTVA 3ZSJA 1NSDA 1LULA 1NMBN 2ARBA 1A14N 3AK0A 2ZA9A 2ZHNA 4GXLA 1GZCA 4M3CF 2OUHA 1FV3A 2R49A 1IVFA 4NN9A 4DGRA 2HT5A 3SILA 1LECA 1QOTA 2ZMLA 1OKQA 1ULCA 4YW5A 3GALA 2ES3A 2D44A 1JOJA 2ZABA 1HQLA 1KITA 3ZSKA 1W20A 2QWKA 1SCSA 3N7JA 2PHXA 2P3JA 2P2KA 5IK7A 1RINA 1W6QB 2W52A 1V2IA 2D3SA 3HN1A 4BOWA 1Q8OA 1F8DA 3HR9A 4NO4A 3AX4A 2ZBJA 4YG3A 2JE9A 3WOGA 3BEQA 1CPNA 2HTYA 4GZXA 2OUJA 4HZVA 4MX0A 1Q8QA 1CVNA 5JOWA 1C1FA 2PHRA 1MS9A 2GNMA 2YA8A 3V64A 4B7NA 2F0ZA 1N47A 5DUUA 1GKBA 4XBQA 4YM1A 1N1TA 5GLWA 4MZEA 4P9YA 2BQPA 1TEIA 1V3EA 2ZHKA 3CNAA 3M3CA 3UL2A 1MS4A 1HDKA 2A6VA 1W21A 3MPPG 3WNXA 3ASIA 1IVEA 1NNBA 1YXWA 2XZJA 4AWDA 4R9AA 4FPYA 1WW7A 1U0AA 1F8BA 4UW4A 2ZHLA 5DUXA 2QWBA 4FPJA 3VKFC 2HTQA 4ISQA 1MS3A 5GLZA 4CRQA 2HTRA 1LHVA 3ZYPA 1IS5A 1V0EA 1Z78A 4UW5A 1BJQA 2DU1A 1MVEA 3UK9A 2V5YA 2DVGA 4Q1RA 1UKGA 2YA7A 1VAVA 1V6MA 3ZSLA 1YYNA 4AVTA 1V0FA 4Q1PA 4XJQA 5EYXA 4Y1UA 2F25A 1V6IA 4QN3A 4FP2A 1IKPA 3OJBA 3T1EA 1A78A 4YG0A 4GZOA 2VK6A 2JE7A 3VV1A 2D3RA 2VWDA 1SLIA 1ENSA 1H9WA 1YIFA 5FREA 2F11A 1V6LA 3H0OA 2WJSA 4CPLA 2DVDA 3IKWA 2AENA 4WVVA 3CL2A 1UZYA 1W6QA 2CYFA 3WHTA 3WCSA 4YZ5A 1QGLA 1G86A 2SBAA 4XMIA 1SLAA 2DVAA 1V3CA 1W6OB 1W0PA 2H0BA 4XJ9A 3GNEA 5T54A 2E51A 4YW3A 4QN6A 3B00A 2AUYA 4GZSA 1APNA 2VK5A 1IS6A 5IK8A 3R4UA 3GVKA 3TICA 5H9RA 2AEQA 4I00A 2ZAAA 3TIAA 5E88A 1Q8VA 2A5ZA 1C57A 4Y1XA 1QDOA 2W5NA 1CN1A 4L8QA 4XTMA 4FPKA 1CIWA 4QNPA 1V6NA 4DS0A 1W8OA 1MZ6A 3RMXA 3FUOA 4FPGA 3AZWA 3NV3A 2PHWA 4JCKA 4HANA 1DHKB 2D6MA 1AXKA 1SBFA 2JD4A 2QWCA 3INBA 1LGNA 3POWA 4Y26A 1LHWA 1BZWA 1XOEA 4OZXA 4DQAA 3NSSA 2DV9A 4X4AA 4M3CB 4XILA 4IQPA 4J9TA 3OGGA 2P3IA 3OPZA 4MYEA 3UJOA 4BLIA 4YGCA 1DILA 2EALA 3D5OA 3N7LA 4M4NA 1XQNA 4XJZA 5JDBA 1QKQA 1WUVA 2NP0A 5DUVA 4Q27A 4ZXKA 2F28A 1LHNA 2GMEA 1W8NA 1EUSA 1AXYA 3A4UA 3K39A 1ULGA 5JYYA 1BJIA 3MW3A 4XXPA 3WDYA 4LBLA 1LEMA 3TI6A 1IKQA 3C2UA 1KJLA 2ZMNA 3KM5A 3VKNA 1URXA 4XIKA 2JJ6A 3LCPA 2GNTA 3N7KA 1SBDA 1W6OA 2WT1A 1V00A 1NSCA 5H9SA 4KS4A 4X49A 2D3PA 1BYHA 1WD4A 4NC5A 3SLIA 3ZXKA 4M4UA 4FOWA 1D0HA 2QWFA 2GN7A 3APBA 2QWAA 1MS8A 2HT8A 1FV2A 5AVAA 3FBYA 1GANA 1WLWA 1LOCA 1SLCA 4KS2A 5GZDA 2B8HA 4XE9A 2ZGPA 3AP5A 3PVOA 1V0ZA 1CQ9A 1QOSA 3AZZA 1QMJA 4ZKTB 5H9QA 2A6ZA 2EXJA 1Z4WA 1SO7A 4BMBA 4WA4A 2C9AA 1MWEA 2YA4A 1DQ1A 5DG2A 2DTWA 5DXDA 4XOGA 1LOFC 2EIGA 4Q8LA 2BATA 4M3CA 5T5OA 2VW2A 3M3OA 3AYCA 1S0IA 4P9XA 4QN4A 3IPVB 5DZGA 1QDCA 4JC1A 1S0FA 3K38A 4CPMA 5GZGA 1YO8A 1AX1A 2YZ4A 2P34A 4X6KA 1IVDA 2A6XA 3CKZA 5GLTA 1E8TA 2ZGRA 3MW2A 5JMCA 4CPYA 4MWWA 5HUGA 4HZZA 2CMLA 1ULFA 5KXEA 3QCWA 2DVBA 4YFWA 5JLVA 4GEZA 2ZGTA 2UWBA 4NOTA 3ALXA 2NMNA 1ZA4A 3SITA 1NSBA 1JW6A 1VALA 4YW2A 1F31A 4AVSA 3V0AB 1WLDA 5HCBA 2VW1A 2R16A 3ILNA 2FMDA 3AXEA 2F24A 3M3QA 3VKLA 3V0BB 4GALA 1B9TA 4H52A 4CPZA 4F83A 4UW6A 3JU9A 3ZXLA 2VUAA 1G8WA 1MZ5A 4YG6A 4KS5A 1FYUA 1RIRA 1NNAA 4K1KA 4SLIA 3TIBA 3AYEA 4FVKA 5T5LA 3VKOA 5IK5A 5T5JA 3CL0A 1F9KA 1NNCA 1LOAA 4CTEA 4YZ4A 4FP3A 4GKXA 4DRVA 1ENQA 4B7JA 1Z4VA 1H30A 1GSLA 1A4QA 2C5DA 4R9CA 2ZB6A 2OVUA 3B9CA 2QWGA 4PQ9A 4XJ8A 4XJRA 4LBMA 2WT2A 5DUWA 3NV4A 4YZ3A 1X50A 1Q56A 2ZGKA 3IPVA 1NMAN 1AVBA 3K37A 4U2AA 1A4GA 1S1AA 2GMMA 1DIWA 4M3MA 4QN5A 3FUQA 2CY6A 4GA9A 2BERA 4R9DA 2ZGNA 5FRAA 3O9JA 3ZVXA 1A3KA 2ZGLA 5H9PA 1WBLA 2HT7A 4GDJA 2GNBA 4R9BA 4AGVA 1GNZA 1VLNA 3SALA 3H6JA 1F5FA 3V0AA 2DUQA 4FPEA 2D43A 3WV6A 5M1ZA 3NN9A 4WEFA 1VCJA 1LU2A 2DUOA 4FPHA 1Z4YA 2D6KA 2VSKA 4GZPA 6NN9A 2AREA 2CWSA 1LOFA 2HU0A 3DUIA 3V0BA 1HKDA 3OYWB 1INGA 1UMZA 1MR5A 3ZSMA 3USUB 1GV9A 3NWKA 2XB6C 2I2SA 2CWMA 2W5OA 4PBPA 1KJRA 3JUUA 1FAYA 1S0BA 4PF5A 4WEGA 1GZ9A 1ULEA 1GYKA 2F12A 4GZWA 5NN9A 3WHUA 2LTNA 5B2CA 3WG1A 3GVJA 2Z42A 1G9DA 2JECA 1DZQA 2HYKA 1WLCA 1LJ7A 4WVWA 1AX0A 2FHRA 4K1HA 4K1YA 4XXAA 1E8VA 1LENA 4UF7A 1G9FA 1VIWB 2SLIA 5B2DA 4B7MA 2B7YA 3BTAA 2NM1A 3M2MA 4RA0A 1LGCA 4FQZA 1H9PA 2ENRA 1FX5A 1LCLA 5GJ6A 1A8DA 2A75A 3V65A 5JOZA 2YXSA 2D6NA 4K1JA 1IVGA 2ERFA 2XG3A 4GKYA 1NCDN 3ILFA 3A71A 4LBQB 4W65A 1DLLA 3OBRA 3OY8B 1C4RA 2QWHA 4K3YA 3SISA 4FJ6A 4AGRA 5HUMA 3TAYA 1V6JA 4BLJA 2XCYA 3OBTA 4FPFA 4YLZA 2KM2A 2NZ9A 5JVVA 3D12A 1XOGA 1KRIA 1DGLA 1QOOA 2P37A 3SNMA 1YI7A 4RL7A 1GLHA 3AFKA 3TI5A 3ZXJA 2AYHA 1QU0A 1AZDA 3H72A 1S0CA 2NN8A 3W09A 4WA3A 5CB7A 4HL0A 3H73A 1GICA 4K1IA 4LBOA 3RG0A 1SBEA 1G9AA 4KS3A 4Y1VA 3OYWA 3WDUA 1UN1A 4XZPA 2P3KA 3RSJA 2WT0A 3USUA 1BQPA 3VUOA 4H55A 2YY1A 3POSA 4UW3A 3ILRA 5T52A 1RITA 5IK4A 1KDMA 2DVFA 2CL2A 1WCQA 1UPSA 5IT6A 4XDQA 3WLUA 4MWLA 1JXNA 5EWSA 1ULDA 3IM0A 2UWCA 3DGTA 3TB0A 4GB1A 1DQ2A 1QF3A 1EUTA 1F8CA 2YA6A 1I3HA 1L7FA 2VK7A 3Q9OA 1LHOA 2VSMA 2W39A 1W6PB 1INYA 3WVJA 4YZ1A 2PHUA 3T1LA 4MWUA 2EXIA 4YW1A 1G9BA 4C1XA 3R05A 1UZZA 4DRRA 4DFSA 4HZWA 3TI8A 3O9KA 4GDIA 2VY0A 2E53A 3AP6A 1SCRA 4AYUA 4LBQA 1DFQA 1IVCA 2F13A 3B7EA 1SLTA 3OY8A 4Q26A 2HTWA 2YDTA 1WW5A 3AJZA 4XTPA 2ZMKA 3D4KA 2YDPA 1G7YA 3WDTA 2D6OX 1AJOA 3ZXFA 2ZB5A 1Z4XA 3AP7A 1WCSA 2DURA 2R1BA 2D6PA 5GLUA 2EAKA 1WW6A 4FQ4A 1SNTA 4YM3A 2EXKA 3ALWA 4YZ2A 1S0EA 1Z50A 3GVLA 3IMNA 3TI4A 3IN9A 4M3CE 1VAMA 2A7AA 2ZGQA 4GZQA 3L2YA 4Q8KA 5E8AA 2PELA 1W0OA 4FOVA 4ASMB 2E7QA 1W6MB 4P9WA 2SIMA 3AP4A 3INAA 1NCCN 4I30A 4YGDA 4WV8A 2SILA 1CJPA 1BKZA 3HMYA 1LOEA 1W1XA 5L73A 1EURA 2F10A 3O0WA 1IS4A 3BODA 3M3EA 3I4IA 3WCRA 2AEPA 1Z0HA 5E89A 2VVZA 3SH3A 2D7FA 3A0KA 1W6PA 2OW4A 5KXDA 3CYEA 5CNAA 4BBWA 2YROA 5GALA 4MWQA 2GNDA 3B69A 4GWNA 1SFYA 1LODA 5DZFA 1E8UA 1Q8SA 3WZ1A 3K3AA 4P14A 3MW4A 1MACA 1AJKA 4XHBA 1KQRA 1USXA 4K20A 4DPNA 1I1EA 3A72A 1R1ZA 1GNHA 1DQ6A 3WUCA 1KDKA 4BQ1A 1ONAA 2AH2A 5IUQA 3U4XA 1F8EA 1ENRA 3RS6A 1WW4A 1LOBA 2A71A 1Q8PA 1V6KA 2D6LX 2F29A 1WBFA 4XMAA 4LBNA 1O4YA 2ZGSA 1NXD1 4Z8BA 1INHA 4FPOB 3AZXA 3POYA 1AX2A 2DU0A 4FOQA 5BYNA 2YMZA 3W59A 4MWYA 5F9TA 3FLTA 1SACA 4MWJA 2F26A 3B3QE 1LEDA 1W6NB 2TEPA 1JUIA 1W6MA 3ZYRA 4MJUA 1PZ9A 3NV2A 4XIOA 1JYIA 4B7RA 1IS3A 1OQ1A 2BF6A 2ZHMA 4M00A 4KS1A 1GZWB 1ZM1A 4U36A 4H53A 4YFZA 4XBNA 2PHTA 1DQ0A 4TYSA 3H71A 3O12A 1QNYA 4MWVA 1FNZA 4B7QA 3VKMA 1D2SA 5F5QA 2WLQA 3WG4A 3FLPA 4Y20B 1SLBA 2EXHA 1S0DA 2W20A 4M01A 2QWIA 5T55A 1V3DA 2DUPA 3N35A 3NV1A 2DTYA 4ITCA 2GMPA 1DIMA 2QWDA 4FZHA 3MEPA 2G4IA 3A0NA 4AGGA 4TZDA 2A6WA 5GZCA 3WG3A 2ZGMA 4MJVA 1NMCA 4ATFA 4D8SA 2DWRA 3ATGA 3FFZA 1AXZA 4FVVA 5EXOA 3RMYA 4JRAA 2YA5A 2GALA 4BMEA 2WQZC 2C4AA 2NYYA 3WUDA 4XBLA 3QLQA 4Q2FA 4CPNA 4XYXA 3BIWE 3ENRA 4WZFA 3B01A 1NCAN 3ZXEA 5HCAA 4Y22B 4K1ZA 1HQWA 2VH9A 2ZACA 3AZVA 2UU8A 1PZ8A 3O0VA 1G9CA 3D11A 2R0HA 2QWEA 1W6NA 4CPOA 2JKBA 2UWAA 1N3PA 4AVVA 2ARXA 4FPLA 3PMEA 1DBNA 5EYYA 1JBCA 3AP9A 2VU9A 2GN3A 1GZWA 7NN9A 1V6OA 5CAZA 1LU1A 3WDVA 4Y24A 1SLLA 4LBKA 1CPMA 2QWJA 1VCUA 4HZXA 1YRZA 4Y20A 1INXA 1N3QA 3K36A 3SH4A 1AF9A 2XZKA 3KQRA 3BOPA 4YM2A 2W38A 2VXRA 2W08A 2A70A 2YV8A 3JU4A 1CONA 4MWRA 3R4SA 5JOYA 2A3YA 4YGEA 4YW4A 1MS5A 2LALA 1N1VA 2PHFA 3N36A 2W68A 4KBBA 4QN7A 3AYDA 4C1WA 1INWA 2ZZJA 1L7GA 1B09A 2V73A 1Y7BA 3FLRA 4YGBA 5HX0A 1L7HA 3SH5A 5T50A 2F27A 5T5PA 2X9MA 4FOYA 3PVEA 1MVQA 1LGBA 2NMOA 5SV8A 2RKCA 2Q5TA 1CESA 5DZEA 2C4LA 3O0XA 2A6YA 1USRA 4ATEA 5HCFA 4ISRA 4MC7A 1NCBN 1CR7A 2BZDA 1DQ5A 1JHNA 1IOAA 2HTUA 2WSUA 4GJTA 1HLCA 3LSDA 2ZGOA 4Y22A 1DYKA 3T1MA 1LOGA 1JN2P 1MS0A 5HUKA 4X47A 1NN2A 3PVNA 2UURA 2WKKA 1QNWA 1LHUA 3ZPYA 3W58A 1JYCA 3RRDA 1O4ZA 4XJAA 1N1YA 1S0GA 4BPZA 4LBQD 1OFSA 2GDFA 5CBLA 4BM8A 3WDWA 5DG1A 4LBJA 3AXDA 4Y1YA 2E7TA 4WA5A 3AJYA 1B9VA 1V3BA 4D69A 3UJQA 2HU4A 4GWMA 1B9SA 1IVBA 1BXHA 1N1SA 2AR6A 1UX6A 3WDXA 5LK5A 1GBGA 4GZTA 1NLSA 4Q6KA 1DQ4A 3N7MA 3O5SA 4MWXA 1C1LA 3I8TA 4CZSA 1LTEA 3T2TA 3SANA 2CNAA 1EPWA 1MS1A 2A3WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DOUA 1OFNA 2BDRA 2W91A 2VBPA 1B35C 5C9AC 3NNJA 4PT6A 4DXTA 5DDJ1 3WG2A 5C71A 1BVP1 1DYPA 2JDZA 3NKTA 3FX3A 4MGQA 2ZZKA 5HUNA 4LR4A 2WS92 4Y1ZA 4JQTA 4MVTA 2ZGUA 3DECA 2RDSA 4XFFA 3HLIA 1CRUA 1A8MA 2R1DA 5FZOB 1ZZ9A 3N9QA 3Q6PA 5AFBA 3AYAA 4EROA 2CTVA 3C7EA 3RQ0A 3I49A 2EF6A 3IDEA 1WZXA 2R0FA 5FQ0A 1VRH3 1EUUA 4PBOA 3HQUA 2Z69A 4PCRA 3VBSA 5K7PA 4PI2A 5F2SA 4XJWA 4KQ7A 1CIYA 4BISA 1RC6A 1PIV2 2WAOA 4KU8A 3WF0A 1Y9MA 3D6EA 4P9GA 4F3JA 4HZYA 2DYCA 4GWIA 3USSA 2BGOA 1YFYA 4BB3A 1OI6A 2O14A 2XUEA 1NCQB 1TME2 1GNYA 4LK6A 4UOJA 4MGZE 4AQ2A 2VJXA 3NSTA 3M8LA 2A3XA 2W92A 3DCQA 4UT5A 4XZUG 1L7QA 3T2QA 4AF9A 2IVZA 4HIZA 4JF7A 2FQPA 4M4VA 3VBOC 4CXXA 1NLQA 4NCSA 2WNEA 2J22A 4CEYA 3VBFA 1QQP3 3ZN5A 3TEYA 4W6XA 1OOPC 3VBHB 4MZAA 2N7GA 3PJQA 5CKNA 4CDWA 1WMEA 5CA6A 3BOWA 1XC6A 3H7JA 4EWAA 2XZIA 4ZS2A 5CG8A 1QJX3 3AZYA 1PGW2 2WFPA 5FY4A 5GLVA 1UY3A 2Y0OA 1JODA 5KXCA 4CSDA 2WZR3 5JOXA 1UAIA 4LKSA 4NPLA 3JXSA 5FZ7A 2GH8A 3HIFA 1FOD3 1INFA 2WSVA 5BNQA 3MICA 1FATA 5EX7A 1BMV2 5L7OB 4JZRA 4XJUA 1NAEA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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