4FPKA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-methylbenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 190
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
190
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 190
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpkA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpkA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpkA02
3ZYPA 1NSCA 1IVBA 1E8TA 3ALXA 1KDKA 2ARXA 2E7TA 3U4XA 3N35A 1WD3A 4FPKA 4LBOA 4NO4A 3BODA 1V6KA 2QWIA 1QU0A 3ZSLA 1AJKA 3OGGA 2R16A 2PHRA 3SANA 4LBNA 5GALA 4AVTA 4HZYA 3MW2A 5HCBA 4XBQA 3WDYA 1V3DA 2AUYA 1QNWA 5DUWA 3IPVA 1WBLA 3A72A 1DILA 2D43A 3A71A 5F9TA 1GYKA 1NCAN 1LTEA 1USXA 4XJ9A 1F5FA 1VAMA 3M3CA 3WNXA 4K1YA 2ZHKA 4FJ6A 5B2CA 1A3KA 2PHFA 2DVGA 4ZXKA 2F0ZA 1GSLA 1MS8A 3N7LA 1IVCA 4CPYA 1W8NA 2LTNA 1UN1A 4K3YA 4YZ1A 4GZTA 2YA8A 5IK5A 4C1XA 1VALA 2NP0A 3VKMA 1CESA 5DZFA 2XB6C 5GZFA 3SH3A 4GKYA 2AGSA 3N7KA 4KS3A 5T54A 4BOWA 3CNAA 2DVDA 1LCLA 1IOAA 3CL2A 3VUOA 1W21A 1DQ4A 2VW1A 5JDBA 1WW5A 2PHUA 3AXEA 4GZOA 4YG6A 3C2UA 4JC1A 3BTAA 5KXBA 4FPGA 2WSVA 1SACA 1G9AA 1C57A 1LODA 3SH4A 4Y26A 3NV1A 2DUPA 3FLRA 3LCPA 4FZHA 1MACA 2DVBA 4FOWA 1ENRA 3WVJA 1SCSA 1NNBA 3ZXKA 3O12A 2EXKA 4GZPA 2JECA 4JCKA 4R9CA 4LBLA 3ASIA 3ENRA 3N3HA 2BERA 2ZMNA 1YI7A 5T50A 2W39A 2OUHA 1N47A 1UZZA 3K38A 3ZSKA 3FUQA 3O5SA 1NSDA 3IMNA 4YFWA 3B69A 4YGDA 2PHTA 4Q1PA 5GLVA 4XBNA 3TIAA 4XTPA 2YA7A 2QWHA 2P3KA 4U36A 1LHUA 4FP2A 4YG0A 3OY8B 3DUIA 3WG4A 2HU0A 4ZKTB 2VK6A 2CWMA 3SILA 2D3SA 4XJUA 4AVVA 2F12A 1DBNA 1IVEA 2ZB6A 1IKPA 2D6OX 1KQRA 4LBJA 3SALA 3APBA 2YY1A 1JUIA 4MWLA 4PCRA 1CPNA 3H73A 2AEPA 4TZDA 2ZGRA 1HQWA 2SILA 3K3AA 3RMYA 1Z4ZA 1DYPA 1BJIA 1GLHA 4GA9A 1F31A 4FOVA 1SBEA 1DQ0A 2R1BA 1LEDA 3H72A 5GLTA 5EYYA 1W6PA 3R05A 3VKLA 3HR9A 3AYDA 3TIBA 1JXNA 3ILRA 4BMBA 4XIKA 1VAVA 1TEIA 1DQ2A 1J1TA 1V6NA 3BEQA 2ZABA 4BMEA 5KXEA 4B7JA 1SNTA 4ISQA 1FV3A 2VU9A 4LBQA 4DFSA 1Q8PA 4DRVA 4KBBA 1YO8A 3NV2A 3ILFA 4YM3A 1S0EA 3N7MA 1DQ6A 2RKCA 2CL2A 1S0IA 2DUOA 4FQZA 2NYYA 4Q8LA 2YDTA 4FPOB 1Q8VA 3ZSMA 1KJLA 2GMPA 2VK7A 4YM0A 1Z0HA 1W6QB 3WV6A 1V6OA 2W20A 1CR7A 4AGRA 1N3PA 4GWMA 6NN9A 4H55A 3IM0A 1I1EA 4MWUA 3WDXA 1B9TA 2HYKA 1V3CA 3TI8A 2QWFA 4HZVA 1NMAN 1IVGA 1Q8OA 4FPJA 1V6LA 2AENA 1PZ7A 4F83A 2UWBA 4FVVA 1ULDA 1NXD1 3ZSJA 1Z4VA 2JD4A 4GZXA 4M4NA 3ILNA 2VUAA 4QNPA 1GICA 2QWAA 2GALA 4X6KA 1BYHA 1B9VA 4D8SA 2P3JA 4XXAA 1W6OA 1X50A 2JDZA 4H52A 4GZWA 1L7HA 2C4LA 4DGRA 5GLUA 1JOJA 3H6JA 2XG3A 4FPYA 4DQAA 3VV1A 2ZMLA 1IS5A 1KITA 2VXRA 4XJWA 1KRIA 1A78A 1NNAA 1MS5A 2P2KA 3UJOA 1LGNA 4X4AA 1WW7A 1IS4A 3IN9A 4Y20A 4Z8BA 1N3OA 4MZAA 2RHPA 3OYWB 2ES3A 4CZSA 4Y24A 4AWDA 1UX6A 2CYFA 2EIGA 4ATFA 2C9AA 4HL0A 2EAKA 4NCSA 4QN6A 4Q8KA 5JLVA 2EXIA 1BXHA 3VKNA 4P9YA 4B7QA 4YW4A 2WT0A 1QOOA 5CBLA 1WLWA 4M3CE 1W6MB 1CVNA 2UWCA 2NZ9A 2D6NA 2XCYA 1SLTA 1SLIA 2GN7A 1C4RA 2B7YA 5T5OA 3AP9A 3V64A 1HKDA 2EF6A 1W6PB 1H9WA 1LENA 4MWVA 4GDJA 2YROA 4NOTA 3D12A 2E7QA 4HZXA 2UURA 3WDUA 3RRDA 3B3QE 5DZGA 5F5QA 4FPLA 1G86A 4MWYA 2D7FA 2F29A 1QNYA 4LBQB 1QOSA 2A75A 2CY6A 2WLQA 4J9TA 1KJRA 4K1JA 3AP4A 4UW6A 3GVKA 1YYNA 1QDCA 2HTUA 4DS0A 1UZYA 2SBAA 2VY0A 4XHBA 3SNMA 1W1XA 2F24A 3B01A 4Q1RA 1N1SA 2QWKA 2P3IA 2A6YA 1W6NA 1V6MA 5HUGA 4WEGA 1AF9A 2VW0A 4MWRA 1AXZA 4PQ9A 2A7AA 4B7RA 5EXOA 2NMOA 4FPEA 3M1HA 1YRZA 1CQ9A 2F13A 4XIOA 5IT6A 1L7FA 1Z4WA 4B7NA 4W65A 4WVVA 4NN9A 5GLWA 2VVZA 1Z4XA 1N1VA 2ZBJA 5E89A 2ZGPA 1CIWA 3W59A 3GNEA 2D6KA 1I3HA 3D11A 1E8VA 1MVEA 3K37A 5HUMA 1YXWA 2ERFA 4UW3A 1QF3A 1C1FA 2AR6A 3USUA 3T1LA 1B09A 3TAYA 2FHRA 4DPNA 3NSSA 1L7GA 1EUSA 4KS2A 2R0HA 1HDKA 1FX5A 1FNZA 3T1EA 4P9WA 1VCUA 4CTEA 2W08A 4FPFA 1ULEA 3L2YA 1ULGA 4GXLA 2ZGNA 3PVOA 2QWJA 1SLAA 3MEPA 4Y22A 1FNYA 1JYCA 1LU1A 3T2TA 4M4UA 4OZXA 2ARBA 2JJ6A 1INYA 1JW6A 1JYIA 4YW1A 1GZ9A 3ALWA 2E53A 3WDTA 5T5LA 2GMEA 2NN8A 2QWCA 5H9SA 2Q5TA 4QN5A 1S0CA 3DGTA 2B8HA 3UL2A 2HU4A 1LOGA 2DYCA 3ZXLA 2AREA 3RS6A 3B7EA 4GB1A 1DIMA 1UMZA 3AYCA 1ULCA 1NNCA 5JOYA 1MZ5A 5DUUA 4XHXA 1HQLA 2AEQA 3AJYA 3POYA 2ZGSA 4QN4A 1EURA 3WDWA 5GM0A 3SLIA 3FFZA 4WA5A 4H53A 5DG1A 2DUQA 1AVBA 1LOCA 5JVVA 2QWGA 1APNA 2GNTA 2HTYA 3GVLA 1A4QA 4NC5A 2W68A 5GZGA 3AZXA 5E8AA 3ZXFA 4XJZA 3ZXEA 4C1WA 5DUVA 3KM5A 2D3RA 3ZXJA 2ZA9A 3FUOA 2A6VA 4AGGA 4YW5A 3V0BA 1N1TA 2ZKNA 1Z4YA 1WLCA 1NCBN 5GZEA 5T52A 1AJOA 1LHWA 1O4YA 3IPVB 4LBKA 1FATA 4YLZA 4M3MA 2D44A 2YA4A 2A6ZA 4HIZA 4CPMA 1MVQA 4LBQD 1V2IA 5BYNA 3RQ0A 2P37A 1NN2A 1ULFA 5JMCA 2DVAA 1LESA 2D3PA 4RA0A 5KXDA 3AZWA 2DVFA 2A6XA 4QN7A 1WCQA 3FLPA 3D6EA 1SLBA 2GDFA 4ATEA 4YZ2A 2TEPA 2D6PA 1A8DA 1DLLA 1MS9A 4K21A 4Y1XA 3HMYA 5HUNA 1QMJA 1EUTA 1LOAA 3HN1A 4UW4A 2AH2A 3ZYRA 1VLNA 2GNDA 5DG2A 4X49A 2HTQA 1V0FA 3O0WA 2W5OA 2X9MA 5JOZA 1IVDA 3GVJA 1Q8SA 2V5YA 3QLQA 2WT2A 1G9BA 1F8EA 3FBYA 2HTRA 2R49A 3OJBA 1WUVA 1DZQA 3WUCA 2ZGLA 3NV3A 1DYKA 1UAIA 4Y1YA 2DU0A 5HX0A 2A3XA 4HZWA 3D5OA 3WDVA 1F8BA 1W20A 2NM1A 3R4UA 1FAYA 1ENSA 4YM1A 1DQ5A 4Y22B 2XZJA 3TB0A 2DURA 4YZ4A 3AFKA 1LHVA 2OUJA 4M3CF 5H9PA 3POWA 2PHXA 1PZ9A 1LECA 3INAA 2W38A 3PMEA 4GKXA 2BQPA 1INGA 3NN9A 1GNHA 2R0FA 2ZACA 1DHKB 1IKQA 4BPZA 1VCJA 2ZB5A 4MJVA 4XYXA 1OFSA 1LJ7A 1WW6A 1GNZA 1OKQA 4MYEA 1DFQA 2F10A 4K1ZA 1IS3A 4UF7A 3D4KA 3MPPG 5JOXA 4TYSA 1GV9A 4XMIA 1LOFC 1AX1A 5HUKA 2DU1A 3V0AA 3A4UA 1EPWA 4XBLA 1C1LA 1LU2A 2EXJA 1Z50A 1GKBA 4MZEA 3MW3A 2ZGQA 1S0BA 2OVUA 1MWEA 2D6MA 3WOGA 3AZZA 4FQ4A 4X47A 1BKZA 1G7YA 4YZ5A 4XJRA 1Y7BA 3AK0A 3AYEA 2JE9A 5DXDA 1HLCA 2WSUA 3AZVA 4XTMA 1WCSA 4P14A 4GDIA 2XZIA 5M1ZA 4BM8A 2YDPA 5FRAA 3AXDA 4YM2A 2WNEA 1QOTA 2UU8A 1USRA 4JF7A 4ASMB 3O9KA 4FPHA 1WW4A 2HT5A 4M01A 4R9BA 1LGCA 1D0HA 4XDQA 3JU9A 1INVA 3WHUA 4Q26A 2JKBA 1AXKA 2VWDA 1BQPA 2GN3A 5HCAA 5EYXA 2VSMA 1WLDA 2LALA 2A70A 1SO7A 4GZSA 3INBA 4FP3A 4YFZA 5DUXA 1XQNA 1NMCA 2P34A 3OBRA 1S0DA 1E8UA 2ZAAA 1XOEA 3WG3A 4WEFA 3A0NA 1NMBN 2ZGMA 3N36A 1W0PA 3PJQA 2DTYA 1FV2A 1RIRA 1CPMA 1INWA 2VSKA 2F28A 1V0EA 1G9CA 3N7JA 1JBCA 3JUUA 1S0GA 1CJPA 1F9KA 5E88A 3K36A 1Q8QA 5CAZA 1VIWB 5T5PA 1DIWA 4GZQA 5AVAA 4XOGA 1LEMA 3GALA 3TI5A 5H9QA 1H9PA 1LOBA 1A4GA 1INFA 3ZPYA 2W5NA 2EXHA 1QKQA 3IKWA 3VKFC 1CONA 1N3QA 2G4IA 1MS4A 1V00A 3W09A 4K1HA 5B2DA 5EWSA 1EUUA 4AVSA 4HANA 3K39A 3QCWA 3PVNA 1G9FA 1V3BA 2F25A 2CTVA 3BIWE 2ZGUA 4WA4A 4Q6KA 3ATGA 1W6OB 4FPCA 3B9CA 4M4VA 3OPZA 2ZHNA 4ITCA 2PHWA 4RL7A 2HTVA 1QDOA 4BBWA 1ZM1A 4BLIA 2CMLA 3TICA 4XJQA 1W6QA 1SCRA 3BOPA 3CYEA 3V0AB 3NWKA 3FLTA 2YV8A 2W52A 4Y20B 4GJTA 1UPSA 2ZHLA 1KDMA 3SH5A 1Q56A 1WBFA 1S0FA 5GZCA 1INHA 3WZ1A 4CRQA 5HCFA 2VK5A 4IQPA 1NLSA 2DTWA 3SITA 1AZDA 1W8OA 1V6IA 2YA6A 4FVKA 3AZYA 4HZZA 4MWJA 1LHOA 4XILA 5IK8A 1O4ZA 1SLCA 1AXYA 1OQ1A 1LGBA 5JOWA 1SFYA 1IVFA 5SV8A 4PBPA 5CB7A 5GLZA 4K1KA 3O0VA 2A3YA 4YZ3A 4CPOA 2QWBA 3AJZA 1NCDN 3M3EA 1RINA 1LOEA 3WUDA 3UK9A 1S0JA 4CPLA 3TI3A 3NV4A 4YW2A 4Y1UA 1GZCA 4FOYA 2AYHA 1GZWA 3W58A 3T1MA 3O0XA 3A0KA 3WCRA 2HT7A 2WQZC 5DZEA 3CKZA 2QWEA 5T5JA 4XXPA 1PZ8A 4GEZA 4YGEA 3OYWA 2ZHMA 4YG3A 4R9DA 3VKOA 4YGCA 2EALA 5IK7A 3WG2A 3TI6A 2YMZA 2XZKA 4UW5A 1QGLA 1W6NB 3M3OA 2E6VA 4WV8A 2F11A 7NN9A 1B9SA 2WJSA 5CA6A 1G9DA 4PBOA 1W6MA 3AP5A 2A71A 3OBTA 4M3CA 4ISRA 1N1YA 2ZGKA 3H0OA 4Q27A 3SISA 2A3WA 4KS5A 4XZPA 3RG0A 1GBGA 2YZ4A 4MWQA 2ZGTA 2F27A 4XJ8A 2VW2A 4KS4A 1LOFA 1D2SA 4BQ1A 3RSJA 3RMXA 4K20A 1IS6A 5NN9A 4JRAA 4GALA 3USUB 2CNAA 2BZDA 3H71A 1ONAA 2H0BA 4MC7A 3AP7A 4U2AA 3AP6A 4XE9A 4DRRA 4AGVA 4LBMA 5LK5A 3B00A 1W0OA 1AX0A 4MX0A 3M3QA 1H30A 2YXSA 4Q2FA 2CWSA 2ZMKA 4D69A 1A14N 2F26A 1LULA 2ZGOA 3TI4A 2A6WA 1SLLA 4WVWA 3UJQA 2C4AA 2HTWA 5GJ6A 3JU4A 2PELA 2SIMA 4XMAA 1MS1A 2ZZJA 2V73A 2OW4A 2DWRA 1F8DA 4PF5A 5GZDA 3Q9OA 3POSA 1RITA 4MWXA 2QWDA 4XJAA 1BJQA 4WZFA 4L8QA 1NSBA 2ENRA 1UL9A 3LSEA 2SLIA 4MJUA 1GANA 1YIFA 2VH9A 4QN3A 3I4IA 5FREA 3V65A 3WHTA 1LHNA 2NMNA 1ENQA 2FMDA 3PVEA 3I8TA 3R4SA 2YA5A 4MWWA 2C5DA 3M2MA 1WD4A 4Y1VA 2R1DA 1MR5A 3AYAA 5L73A 4CPNA 4FOQA 2WT1A 1DQ1A 3KQRA 4M00A 1MS0A 2UWAA 1Z78A 4R9AA 1SBFA 2D6LX 1INXA 1SBDA 1NCCN 2E51A 3WCSA 4YGBA 1FYUA 1U0AA 4CPZA 3ZVXA 2JE7A 3LSDA 5IUQA 4YW3A 1AX2A 1F8CA 1GZWB 4AYUA 4Y1ZA 5IK4A 3O9JA 3WG1A 1XOGA 2KM2A 3V0BB 2DV9A 4SLIA 1URXA 2Z42A 1UKGA 1DGLA 1G8WA 3AX4A 2A5ZA 4KS1A 2WKKA 2GMMA 5H9RA 4I30A 1JHNA 1CN1A 1S1AA 2GNBA 1ZA4A 2BF6A 4BLJA 4WA3A 1MZ6A 4I00A 2BATA 4GWNA 2GNMA 2HT8A 1BZWA 5CNAA 4P9XA 5KXCA 3MW4A 1MS3A 4M3CB 5T55A 4K1IA 5JYYA 1V0ZA 1V3EA 3WLUA 1JN2P 4B7MA 1R1ZA 1V6JA 3CL0A 2I2SA 3OY8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZYPA 1NSCA 1IVBA 2N7GA 2OIIA 2Q4SA 1E8TA 3ALXA 1KDKA 4LOSA 2ARXA 2E7TA 4CPBA 5FUIA 2I07B 3DPRC 3U4XA 3VBHA 1I5ZA 4AL9A 3N35A 1JUHA 1X82A 2VMCA 1H8TC 1WD3A 1F4AA 4FPKA 2PN5A 3EQEA 2D40A 3JD73 4PF1A 2XKPA 2WNOA 3FWEA 4KU7A 1OI6A 1OURA 2W3JA 4I3GA 4LBOA 3QBQA 5FZGA 1UZWA 4NO4A 2HWB3 2EIDA 3BODA 1V6KA 3H3ZA 1QU0A 4CXYA 3ZSLA 2Y8KA 4P5HA 4PIXA 1ZRFA 2PHDA 3K3OA 5GX2A 1AJKA 3OGGA 2Z2SB 4EN8B 5LA0A 2VCCA 2R16A 2PHRA 3ETPA 1NZCA 1IG3A 2WZR2 3CEWA 4AW7A 4E4HA 3SANA 4LBNA 4A2UA 5GALA 4AVTA 4HZYA 1HXS2 1O6UA 2XGXA 1D4M2 3J4UH 4PHZA 3MW2A 5HCBA 1POV1 3VD3A 2QDRA 4XBQA 3WDYA 2YBPA 3WNNA 4CDWB 1GU3A 2VNGA 2KA3A 1VPHA 1I6XA 2E31A 2X10A 5BY5A 2B9VA 2WQ8A 4L7CA 5LATA 4UOUA 3NJYA 1V3DA 2VZ3A 2AUYA 3SQOA 1QNWA 5DUWA 4CDQB 4FSJA 4G4FA 1NYWA 2JDAA 3FX3A 3IPVA 1PO11 4DNYA 1WBLA 5D8AC 4ZY9A 2QFEA 2P6HA 2XJRA 5A3NA 3A72A 1A6CA 4RHV2 1W8HA 3TOJA 1XE7A 3SREA 4BH9A 2W8BA 2VMIA 3EYPA 1UKRA 1DILA 2D43A 2JD9A 3A71A 3AMHA 2Q1MA 5F9TA 4AXOA 4N1BA 4AE2A 1GYKA 5FZ8A 2HBTA 1NCAN 4AAXA 2PTMA 2XH6A 1LTEA 4QXBA 5D1IA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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