4FPKA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-methylbenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 190
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
190
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 190
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpkA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpkA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpkA02
1IS6A 4HZWA 4YFWA 6NN9A 2ZGTA 2ENRA 4SLIA 1LHOA 2D6LX 3A72A 3HMYA 5HUKA 2UWCA 1U0AA 3AX4A 2ZGMA 1LESA 1IKPA 3H71A 2GNDA 1A78A 4YZ2A 4XBLA 3ZSLA 2CTVA 3UK9A 3N7JA 3TI3A 5T52A 2DVGA 4GWNA 4YM1A 1LJ7A 3B9CA 3ZVXA 2SILA 2E7TA 5HCFA 5GALA 4CPOA 4Y1XA 4FZHA 3B00A 1V6NA 2VW0A 2CYFA 1Q8PA 3ZSKA 2VSKA 1NSCA 1QF3A 4L8QA 3B7EA 3B01A 1A4QA 3O9KA 4XIOA 5EYXA 4YM2A 2YV8A 2ZACA 4WVVA 2Q5TA 3WOGA 2EF6A 5DXDA 2OUJA 3JU9A 3H72A 1IVBA 3RMYA 1ULDA 1SNTA 4XJWA 1V0ZA 1DQ0A 4BMEA 2W20A 1N1TA 1IS4A 1IVFA 2ZHKA 2NN8A 1YO8A 1CESA 5FREA 3AZVA 4LBKA 3OPZA 3M3OA 4M3CF 1JUIA 2DTYA 5DUVA 3ZSJA 1B9TA 2ZAAA 4XTMA 1INFA 1W6QA 4WV8A 3A0KA 2RHPA 3OYWA 3FBYA 3M1HA 1J1TA 5GLZA 1IVGA 1Q8OA 3ZXJA 4JF7A 3RMXA 3VKFC 1KDMA 2C5DA 1GZWB 3GALA 2F11A 1V3DA 1C57A 4YM3A 1NLSA 1ENRA 3BIWE 1KJLA 2D44A 4DGRA 3PVEA 3SISA 1S0CA 1AXZA 1Z50A 3GVLA 1HLCA 1NCBN 1VIWB 2XCYA 4XTPA 1G9AA 3OBRA 2ZGLA 5JOXA 2R0HA 1MR5A 4FPCA 2BZDA 4XJ9A 1WCQA 1LU1A 1NMCA 3AP9A 4WEGA 1V3EA 3BODA 1S0FA 1ZA4A 2DUQA 1W6PA 2R49A 2R1BA 2OUHA 3AJZA 2W5NA 1WCSA 4FP3A 1YRZA 4K1IA 2WKKA 1IS3A 3IPVB 1QNWA 4B7NA 2JKBA 2WT0A 1MVEA 4Q26A 2HTYA 2PHTA 2YA8A 3TI8A 1Q56A 5HUMA 1ONAA 2BF6A 4Y1YA 2VK7A 4YLZA 2UU8A 2GMEA 4MWXA 1GZCA 3B3QE 1YI7A 2ZHMA 4DRVA 1JOJA 1MS5A 1S0JA 3BOPA 3ASIA 3T1EA 3POWA 2ZZJA 2F25A 1R1ZA 2X9MA 4M4VA 4YFZA 2GALA 1B9SA 1INGA 3V0AA 4DPNA 1BJIA 4MWQA 4LBLA 4R9AA 1W0PA 3N7MA 1AJOA 2YY1A 1SLCA 1LOCA 4ZXKA 1F8BA 3U4XA 2E53A 2V5YA 4GDJA 2R16A 1N3PA 2WSVA 4YGEA 4KS5A 1Z4VA 3K37A 2ZABA 4Q1RA 1LEDA 3WZ1A 4Y22B 1GNZA 4QN3A 5IT6A 3ILFA 1A3KA 3R05A 4XJ8A 3L2YA 3VKOA 4M00A 3FUOA 2WNEA 1EPWA 1B9VA 3QCWA 1S1AA 1ULFA 2EIGA 1QOOA 3A0NA 1H30A 1INXA 4LBQA 4Y1UA 1MS8A 1APNA 3GNEA 1WW4A 1NNAA 1KRIA 3TIAA 3W09A 1MS4A 2SBAA 5SV8A 4IQPA 1LOEA 2AH2A 4CZSA 4TYSA 1DGLA 1QNYA 3D6EA 2D3SA 3VV1A 1AVBA 1JYIA 1W6MB 1ULGA 4F83A 4YW5A 1SACA 3POSA 1LGNA 3ILNA 2E6VA 4GA9A 5CAZA 1C4RA 1LENA 2D3RA 4HIZA 4QN5A 4H53A 1QKQA 1V6OA 3USUB 5CBLA 1RIRA 4AVTA 2ZMKA 2BATA 1SCSA 2QWCA 2F0ZA 2D6PA 2D7FA 2TEPA 3N7KA 1G8WA 2OW4A 3JUUA 5KXDA 1EURA 1BYHA 5IK7A 1FV2A 2NP0A 3W58A 4FPOB 2GNBA 3MW3A 4LBQD 4P9XA 4CPMA 3CL2A 4B7QA 4FJ6A 3KQRA 3AP7A 1LOFA 3TIBA 4BBWA 1GZWA 5HX0A 4GKYA 1WBLA 1D0HA 1E8VA 2JJ6A 4WA5A 3MW2A 1V3BA 4NC5A 1DQ5A 3O0XA 3K3AA 3WCSA 4GZTA 4FPKA 3AYEA 4FPHA 4QN7A 1DHKB 4XJAA 5AVAA 2A6ZA 1Q8SA 3INAA 3N36A 5GLTA 3OY8B 4DS0A 1DIWA 2DURA 1F8EA 2WLQA 2GMMA 4C1XA 5GM0A 2ZMLA 4FPJA 1JN2P 5B2DA 4YZ5A 4YW3A 1WUVA 1KQRA 4K1JA 3FLTA 1BZWA 1DYKA 5KXBA 1MWEA 4JC1A 4XJZA 5BYNA 4Q6KA 4Z8BA 3R4SA 4CPLA 4K20A 1ULEA 1CQ9A 4MJUA 3ZXKA 2EAKA 1CR7A 3ZXEA 4KS3A 3UJOA 1DYPA 1QDOA 2W08A 4X6KA 3WLUA 1QMJA 4Q8KA 4FP2A 1Z4ZA 4YW4A 4UW4A 4YM0A 5CB7A 1PZ9A 2HU4A 1IVEA 4B7MA 4B7JA 4K1HA 4MWRA 1W21A 3ZPYA 3V0BB 3SILA 3TI4A 4UW6A 2QWJA 3TB0A 2W52A 1LGBA 2AREA 5F9TA 2D6OX 3ALWA 2AR6A 4XJRA 4YG0A 1W6OA 1UMZA 4X47A 1XOGA 4D69A 5E8AA 3IN9A 3RSJA 1S0EA 2NM1A 3RG0A 3WG3A 3PMEA 1LHVA 2NZ9A 1EUTA 3AZYA 2B8HA 1LTEA 1LODA 2A6VA 3O12A 2W38A 2ZGSA 2CWSA 3TICA 2ZGRA 1HKDA 2A75A 4QN4A 4DQAA 1LHUA 1L7GA 2AEPA 4KS1A 1NCDN 2XZKA 3WDYA 4H55A 3B69A 3DGTA 4MJVA 2ZGQA 4XXAA 2VWDA 3AZZA 2D43A 5EWSA 2CL2A 2HTUA 1UKGA 5JOWA 4PBPA 2JD4A 4AGGA 2C4LA 1V0FA 2PELA 1N1YA 4XMAA 5EYYA 4MWUA 2ZHLA 1INYA 3VKLA 1WBFA 4CPYA 3M3QA 2CWMA 5HUNA 5T5PA 5GZGA 2EXKA 4K1YA 3V64A 1DQ4A 2XZIA 1W6NB 2DTWA 1NSDA 5T5LA 5GLWA 4HZVA 1FX5A 3WG4A 2QWHA 2PHWA 5GZEA 1RINA 1I3HA 3APBA 1KDKA 1QDCA 5DUUA 4M3CB 1GZ9A 1IVDA 2GMPA 2CMLA 2NMOA 4MWJA 4GZPA 4P14A 1G9FA 3WG2A 2E7QA 1QOSA 4I00A 1GSLA 5HCBA 4AYUA 2A3XA 2ZGUA 1MVQA 1NSBA 5NN9A 1WW5A 4QNPA 1UX6A 4NO4A 2DUOA 1N3QA 2CNAA 4XZPA 1V6KA 5H9RA 2DVFA 3ZYRA 4PBOA 3ATGA 2ZB5A 1LHNA 4Q1PA 3N7LA 2YA7A 1G86A 3OGGA 1V6IA 3WDWA 4BLIA 3ZXLA 1LECA 1Y7BA 3VUOA 5IK4A 1BKZA 2RKCA 3FFZA 3SANA 3KM5A 3LSEA 4MZAA 3H73A 4XIKA 4RA0A 4M3CE 5CNAA 4XMIA 3PVOA 2HT8A 1SLAA 3WHTA 2HTVA 5DZFA 3DUIA 2GN7A 1TEIA 3NV2A 4YW1A 1Z78A 3WNXA 4AGVA 3NV3A 4MX0A 2A5ZA 3WDXA 1MACA 3M3EA 3K39A 4GXLA 5T50A 5CA6A 5JDBA 2BERA 4DRRA 5T5JA 5H9QA 2F28A 3M2MA 2GDFA 5JMCA 2JE7A 1G7YA 5IK8A 3A71A 4GZSA 3T1MA 2GNTA 2DU1A 2P3KA 1DFQA 4FPFA 5DUXA 3AP4A 3ILRA 2YDTA 4Y20A 4FPYA 2WQZC 1W6QB 1IVCA 3AZXA 3OYWB 3H6JA 1SLIA 1QOTA 4HL0A 3SITA 2QWBA 1KITA 2D6MA 3OY8A 4YGBA 1SO7A 1URXA 4UW3A 5GLVA 3SLIA 1N1SA 4GWMA 3POYA 4YZ1A 1GBGA 2BQPA 4WEFA 2DU0A 1NNBA 4WA4A 1Z4XA 1SBFA 1WLCA 1BXHA 2SIMA 1XQNA 2F27A 4HZZA 4KS4A 4PQ9A 4BOWA 4XJQA 5DUWA 1BQPA 5IUQA 1MZ5A 2P3JA 5JLVA 1QU0A 2YA6A 5GZDA 4GALA 2P3IA 1LOBA 3O5SA 2DYCA 3RRDA 4W65A 2QWFA 1DBNA 4FPEA 4JCKA 1W6PB 2F26A 1KJRA 3AJYA 5B2CA 4CRQA 5GZFA 1G9DA 5DG1A 1F31A 2UURA 1INHA 3VKMA 2F12A 3N3HA 4RL7A 1MS9A 4FOWA 4CPZA 4WZFA 4KS2A 3T1LA 3I4IA 3MW4A 2ZBJA 3FLRA 4Q8LA 2ZMNA 5H9PA 4M4NA 1UAIA 3LSDA 3O0WA 2DVBA 4UW5A 2VW2A 1CPMA 4M01A 4XJUA 4TZDA 2ZHNA 1VLNA 3SH5A 2C4AA 4YGDA 2DVAA 1AX1A 3V65A 1LOFC 4NOTA 2W39A 1LULA 3NWKA 4OZXA 1B09A 3M3CA 1CJPA 1HDKA 4CPNA 1LOGA 3WG1A 2F13A 4XDQA 2VK6A 1Q8QA 2VSMA 3V0AB 1SFYA 2ZGNA 2AUYA 1GICA 3TAYA 3ALXA 1NCCN 4ATEA 4ISQA 4FOVA 1VAMA 2LTNA 4GEZA 4C1WA 4FOYA 2ZGPA 1ENSA 3NV4A 2QWEA 2YA4A 4HANA 2XZJA 2F10A 5JVVA 1AX2A 2P34A 1ZM1A 2F24A 2WJSA 2R1DA 1OQ1A 1INVA 2ARBA 4YG3A 3BEQA 3ZXFA 4MWVA 7NN9A 2VVZA 2YMZA 1IS5A 1H9WA 3VKNA 3A4UA 3R4UA 3IKWA 1SBEA 3LCPA 3I8TA 4ISRA 1FATA 4ASMB 1VCUA 4LBQB 4GB1A 2A3WA 1SLLA 3IPVA 4MYEA 3UL2A 4Q2FA 1ENQA 1DQ6A 1A4GA 3Q9OA 2LALA 4YW2A 2FMDA 1N47A 2Z42A 3OJBA 3D12A 1HQWA 5E89A 4PF5A 4H52A 2AENA 2I2SA 3WDTA 5L73A 3WHUA 1AX0A 3H0OA 1Z4YA 1UPSA 1JW6A 1QGLA 2ZGOA 3W59A 2A6WA 4R9DA 1V00A 1YIFA 1SCRA 1OKQA 4NCSA 3CKZA 1LU2A 2FHRA 3JU4A 2AYHA 4LBOA 2ERFA 2QWAA 1A8DA 2VU9A 4AGRA 3HR9A 2YDPA 2HYKA 3AFKA 3T2TA 1W8OA 3AZWA 1USRA 1S0IA 3ENRA 2W5OA 2A7AA 4Y1ZA 2YROA 1S0DA 4FQ4A 3O0VA 1BJQA 4WA3A 1HQLA 1CIWA 4BM8A 5GZCA 4P9WA 1GKBA 2HTQA 4K21A 1F8CA 1UZYA 4AVSA 1NMBN 1CONA 3QLQA 2EALA 1Z0HA 1JHNA 4Y22A 5JOYA 2VW1A 3D5OA 4XYXA 5GJ6A 1CPNA 4BPZA 1FYUA 1FNZA 1JXNA 2GN3A 3BTAA 4GKXA 2WT1A 3SH4A 2VK5A 1O4ZA 4MC7A 3C2UA 1DZQA 5GLUA 4YZ3A 4BMBA 4YZ4A 1S0GA 1L7HA 3D4KA 2VUAA 5KXEA 4GZOA 2G4IA 5KXCA 4Q27A 3PVNA 1W8NA 2JDZA 4HZYA 3IM0A 1V6LA 1YXWA 2XB6C 1AF9A 4LBNA 2YA5A 4GZXA 3PJQA 2DUPA 3GVKA 4KBBA 4GZQA 1EUSA 3NN9A 1DQ1A 1N3OA 1W6MA 4ZKTB 2YZ4A 3OBTA 2VH9A 2VY0A 3HN1A 2UWAA 4MZEA 5E88A 4GJTA 2DWRA 2P2KA 1WLDA 5HCAA 1I1EA 4I30A 1ULCA 4UF7A 3WVJA 1UZZA 4PCRA 2B7YA 1LHWA 4XBNA 3ZYPA 4BLJA 1LGCA 1X50A 1DLLA 3WDVA 2D6NA 2A70A 2PHUA 1C1FA 2QWGA 1F8DA 4XILA 3USUA 3CL0A 1WD3A 2A6YA 2CY6A 1NXD1 3ZSMA 1C1LA 1JBCA 1PZ8A 1LOAA 4FQZA 1E8UA 1S0BA 3AP5A 2QWDA 4ATFA 2ZA9A 4K3YA 5DZEA 1F9KA 2DV9A 3SH3A 4FPLA 1W6OB 1NN2A 4FOQA 1V6JA 1L7FA 4X49A 5F5QA 2AGSA 2WSUA 3IMNA 4X4AA 4U2AA 2KM2A 1H9PA 4HZXA 3N35A 4JRAA 4Y24A 1AXYA 1W1XA 4BQ1A 2V73A 4R9BA 2D3PA 3AXEA 1WW6A 4FPGA 1O4YA 2A3YA 1Z4WA 1RITA 3AK0A 1N1VA 3AYAA 2PHXA 4MWYA 5IK5A 3CYEA 1A14N 4YGCA 4GZWA 1G9BA 1FV3A 4XOGA 2HT5A 1AJKA 1IOAA 3O9JA 1V2IA 2F29A 4J9TA 2HTWA 4XE9A 4M4UA 2WT2A 3AYCA 1GNHA 3AP6A 1CVNA 2P37A 1Q8VA 2EXIA 3TI6A 1DIMA 4D8SA 2EXJA 5T5OA 2XG3A 2NMNA 5HUGA 4AWDA 4K1KA 1MS0A 4FVVA 2NYYA 2DVDA 4B7RA 1GLHA 4LBMA 1AZDA 3SNMA 1DILA 1XOEA 5LK5A 4QN6A 1OFSA 1GANA 1SBDA 1NNCA 2YXSA 5JOZA 3AYDA 2A71A 4XXPA 2OVUA 4ITCA 2VXRA 4P9YA 1JYCA 3FUQA 1LCLA 2SLIA 1UL9A 1USXA 4YG6A 2GNMA 1G9CA 3WDUA 1AXKA 3K36A 3WUCA 1V3CA 3V0BA 3WCRA 1WW7A 1VALA 4R9CA 4MWWA 1GV9A 1W0OA 3D11A 4K1ZA 1IKQA 5M1ZA 2W68A 1NCAN 3RS6A 4LBJA 1EUUA 2JE9A 3WV6A 2ARXA 1DQ2A 1V0EA 3FLPA 4MWLA 3RQ0A 4Y1VA 1LEMA 5H9SA 3SALA 1CN1A 4Y26A 4FVKA 3WUDA 2ZKNA 3UJQA 2ZB6A 3K38A 2QWIA 2ES3A 4NN9A 1MZ6A 1INWA 1F5FA 4GDIA 2HT7A 1V6MA 5FRAA 3INBA 4U36A 5T55A 3MEPA 3NV1A 1YYNA 2R0FA 1MS1A 1WD4A 3AXDA 3TI5A 3GVJA 5EXOA 2ZGKA 2AEQA 2PHFA 1PZ7A 2JECA 4XHBA 3NSSA 5JYYA 1WLWA 2C9AA 1FAYA 1E8TA 2HU0A 5T54A 2D6KA 3CNAA 2EXHA 1W20A 1SLTA 4XBQA 2A6XA 2QWKA 2H0BA 3MPPG 1W6NA 2HTRA 4CTEA 1MS3A 1D2SA 1GYKA 5DG2A 2E51A 2UWBA 4AVVA 4DFSA 1VCJA 1FNYA 1UN1A 5DZGA 4M3MA 4M3CA 1SLBA 4WVWA 1VAVA 4Y20B 4XHXA 2PHRA 1NMAN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IS6A 4AI1A 4HZWA 4YFWA 5FY5A 1POQA 2VUCA 5FK7A 1CZVA 3GBGA 6NN9A 1GQHA 4G4FA 4ASLA 2ZGTA 4CEWC 3FX3A 2WS93 4LHSA 4AQ6A 2ENRA 4LNVA 3VZNA 2XGXA 1UOGA 4C91A 4P00B 4SLIA 1H2MA 1LHOA 1ZA7A 2D6LX 3U4SA 3O7OA 4Q0SA 3UESA 3A72A 3HMYA 4GN9A 5GX3A 2UWCA 5HUKA 1U0AA 1H2LA 1OVPA 2ZGMA 3AX4A 1OKOA 4YNIA 4ZU4A 1UKRA 2ZAHA 1LESA 3AKPA 4K8FA 1IKPA 2VMDA 4CU7A 3MF6A 5CFCA 4E4SA 3H8UA 4O9EA 3H71A 2GNDA 4GH4C 1X82A 2VMGA 1A78A 1KS5A 3QD6A 4YZ2A 3J7LA 4CVUA 1OUSA 2C1FA 4FTEA 4AI3A 2QQOA 1WMDA 2DBIA 2I45A 3Q8EA 4XBLA 2DFCA 2OQ7A 2VQ0A 3VZLA 3OCPA 4OI4A 1OA4A 1X2JA 3ZFEA 3ZSLA 2CTVA 2HEWF 2IXKA 3UK9A 4PI2A 4QT6A 3N7JA 3KMHA 5FY7A 4O7XA 5A3OA 3TI3A 3BALA 5FO8B 3JBG3 1NQDA 3KGLA 5ACA1 5T52A 2DVGA 1UYZA 2JEMA 3ES1A 4DXSA 1S2KA 3PHMA 4GWNA 4IQKA 1GP4A 3MUZ1 2B46X 1K32A 1U5XA 4YM1A 1LJ7A 3B9CA 3ZMOA 3ZVXA 2SILA 4AI9A 3T08A 2OZJA 1RUD3 2E7TA 5HCFA 5GALA 3ES4A 4CPOA 2XUEA 4Y1XA 4FZHA 4BB3A 2XQXA 2C26A 5J98B 5J1XA 5GX5A 3B00A 1V6NA 5HV0A 2VW0A 5HXVA 5L9BA 4H7MA 2CYFA 3ITQA 4X6QB 4I01A 4EWAA 1Q8PA 2L9LA 1FPN3 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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