4FPLA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3,4-dichlorobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 198
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
198
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Sialidase B
total genus 198
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fplA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fplA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fplA02
3FUQA 4QN5A 3NSSA 3TI8A 5EYYA 4YZ5A 1DBNA 4MWYA 1XOGA 2A6VA 2ZMKA 1BZWA 1Z4ZA 1DIWA 1G9AA 2CTVA 3U4XA 4PF5A 4YG0A 1NN2A 1CJPA 2VW2A 5IK5A 2A6XA 1AX0A 3KM5A 4K1HA 1MR5A 4WA4A 1MS3A 4GA9A 4UW6A 4XHXA 3ZXJA 2F25A 3LCPA 4GALA 2YROA 4B7JA 3SILA 2YA5A 2CMLA 1AJOA 2ZACA 1SBDA 1CQ9A 3TI6A 3IPVB 1KDKA 1LHVA 1W6QB 3UL2A 2CY6A 4FPYA 4XJRA 4IQPA 3ALXA 1MS0A 2VK5A 2DU1A 3VV1A 4LBQD 1C1LA 5HCFA 4P9XA 4HZZA 1G86A 4Y1ZA 3ZXLA 1YI7A 1AZDA 1OKQA 4FOYA 5T5JA 1ENSA 2VUAA 4M3CF 1NCCN 1L7GA 3POSA 2EXKA 4GEZA 2DVAA 4GJTA 1W6PB 1URXA 5JOXA 3GNEA 2WJSA 2G4IA 1NNAA 1QMJA 5DUWA 4XBLA 4HZVA 3NV4A 3OYWB 1LHUA 2WT1A 1S0DA 2DURA 3OBTA 2ZHMA 2GNBA 1SBFA 5H9RA 5EYXA 2YA4A 4JRAA 2B7YA 5T5OA 1NSBA 1XOEA 4YGCA 3BEQA 1WBLA 2JE9A 3BIWE 4M01A 2AEPA 5EXOA 3T1EA 4MWRA 2VSMA 3TI3A 1FYUA 2UURA 1JUIA 1Q8OA 4Z8BA 1CIWA 2YDPA 4GZWA 4BOWA 2ZGRA 2PHUA 2D6PA 3ZSLA 1IS5A 1ULDA 1LENA 2JDZA 1CR7A 4LBJA 5DZFA 2SIMA 5BYNA 3CL0A 4AVVA 1QKQA 1GZCA 2A6ZA 3M3EA 2V5YA 1W6OB 2LALA 1TEIA 2HU4A 4BMBA 2ZBJA 2GNMA 4NC5A 1ZA4A 2HT8A 3MW3A 3HN1A 3N7LA 1W1XA 4HZXA 4Y20A 1S0JA 4LBKA 2RHPA 1B09A 3PVOA 2FMDA 5CBLA 1GV9A 2F11A 3AYEA 4QN4A 1S0FA 3VUOA 1C57A 2ERFA 4Q2FA 3FLPA 1V6MA 4Y1XA 4BQ1A 2W5NA 3AXEA 2GN3A 4NOTA 1ULFA 3VKFC 4C1XA 4SLIA 3TIBA 1USRA 2HU0A 4R9AA 1LODA 4FP3A 4M3MA 4WVVA 4ZXKA 4NCSA 4M3CE 4XJAA 4GZXA 3RMYA 5M1ZA 2E6VA 1V3BA 4YW5A 1QGLA 2CWSA 2P34A 2UU8A 2LTNA 3FLTA 1APNA 4UW4A 1LU1A 4XBQA 1DQ2A 2ZHKA 1USXA 5E89A 3M3CA 4R9CA 1D0HA 1NCAN 2W52A 1JYIA 3INAA 3SH5A 2AYHA 3IM0A 2ZB5A 2ZHLA 1FATA 1QOSA 4DS0A 5KXBA 1FV3A 3SH4A 2EALA 1INGA 4HIZA 1CPMA 1VAVA 1VLNA 1D2SA 3ENRA 1SCRA 2VH9A 2A71A 4FPFA 1IVCA 2OUHA 1N3OA 3ZXFA 1Z78A 1UKGA 2R49A 2TEPA 2C5DA 2ARBA 1G9FA 1S0BA 3A4UA 2ZA9A 4MYEA 3IPVA 2WNEA 4HZYA 4CPZA 2SLIA 3AYCA 1W6QA 2W39A 1Z4WA 4YZ3A 2EAKA 5T52A 4FPEA 2ZGMA 4XJUA 1W6NA 4Q1RA 5B2DA 3R4SA 4K1ZA 2F0ZA 3SANA 1JYCA 1SLBA 1YO8A 3UK9A 4JF7A 1U0AA 4Y1VA 1KJRA 2ZGLA 1VIWB 3DGTA 1CVNA 3JUUA 3O12A 4PBOA 4UW5A 1NMAN 1CONA 1Q8QA 4AVSA 3AYDA 1INYA 5FRAA 4P14A 3H71A 2A3YA 2QWKA 1MS5A 3H73A 1MZ5A 2UWCA 3AK0A 2VSKA 3M3QA 2AUYA 1NNCA 4Q8LA 2YDTA 4AVTA 2B8HA 1GBGA 3AJYA 3ZSJA 4KS3A 2R16A 4M00A 1N3PA 4KS4A 3VKNA 2HTQA 1Q8PA 4CTEA 4B7RA 1AVBA 1RIRA 1UX6A 4XXAA 1F8BA 3ZVXA 1LECA 3N35A 1KITA 3HMYA 2VVZA 5DUXA 3H72A 4XJZA 1A78A 1LGNA 2ZB6A 1VCUA 2R1BA 2D3PA 3K39A 2DVDA 3WUCA 4Y20B 1GYKA 1WUVA 5SV8A 2VXRA 4XHBA 3LSEA 4MWXA 1WBFA 3A0KA 3POWA 4KS1A 4X49A 2ZHNA 3WDYA 4PCRA 1EPWA 5GALA 2A75A 5GLUA 5T54A 1NLSA 5T55A 3T2TA 4LBMA 4GZSA 3PVEA 3WVJA 2R0FA 2ZGSA 3T1MA 3AZZA 4GWMA 3WG1A 2DV9A 3V64A 2CYFA 4WA5A 3OPZA 5JLVA 3D4KA 5JDBA 3AXDA 3MPPG 2UWBA 5HUMA 1N47A 3OGGA 5IUQA 4X4AA 2ZGOA 2VY0A 3HR9A 3ILFA 1Z4VA 2XG3A 1GNHA 1WCQA 2HTYA 4Y1YA 1MACA 2A6YA 4FPHA 2DU0A 3M2MA 2XZJA 5E8AA 3V0BA 1JXNA 1HLCA 3OBRA 1SLLA 3AP6A 5IK7A 1S0EA 2C4LA 1UZYA 1WLWA 1F8EA 2ZGUA 4LBOA 1HQLA 3TB0A 1SACA 1IVBA 3WDXA 1OFSA 3SITA 2AR6A 2ZMNA 2QWIA 1WD3A 1N1VA 4K3YA 2GNDA 2VK7A 1A14N 1DYKA 3N36A 2DYCA 1XQNA 4D69A 1W6NB 1O4ZA 3A0NA 4FOWA 4M4NA 4MWLA 1V6NA 2YMZA 2BQPA 1GANA 2ZABA 2NMOA 1YRZA 1B9VA 1LCLA 1MS1A 1ENRA 4GZQA 1V6OA 2XCYA 1UL9A 1WW5A 1MVQA 3N7JA 1B9SA 2RKCA 2NMNA 4YM1A 4ATFA 4JCKA 1RITA 4K1IA 1S1AA 1W6MB 4YLZA 3R05A 1WW4A 5HUKA 2ZGTA 2D6MA 4FPGA 3IMNA 2DVFA 2ZMLA 1V0ZA 3WUDA 3CYEA 1KDMA 4OZXA 3ATGA 2D7FA 3NV1A 2BZDA 1FX5A 2E51A 5KXEA 2EXHA 1DLLA 4QNPA 4MWJA 4PQ9A 1WW6A 2F26A 4MC7A 4MJVA 2ENRA 1MS9A 2A3WA 5DUUA 4DGRA 2NP0A 4BMEA 3GVLA 2OVUA 1Q8SA 3V0AA 4K21A 5HUNA 1WLDA 3N7KA 1DZQA 2AENA 1QF3A 4J9TA 4YM2A 3MW2A 1DQ0A 1DQ6A 1V6IA 3TI5A 5HX0A 1ZM1A 3AFKA 2SBAA 4FZHA 2QWFA 4ASMB 5HUGA 2D44A 1Q56A 5AVAA 1ULEA 4XILA 1KJLA 4MJUA 1MWEA 2ZKNA 4HL0A 1V6JA 2AEQA 1NMCA 3UJQA 4M4VA 3WCSA 1QDOA 2WSVA 1JW6A 3AP7A 2WSUA 1NNBA 1LOBA 2D3RA 5JYYA 1V2IA 4ISQA 1EUUA 2DUQA 1QU0A 1FNZA 3LSDA 1LOFA 1WD4A 4W65A 1DQ4A 4YFWA 4I00A 4BBWA 1LULA 1NSCA 2JECA 4GZOA 4FPOB 4XJQA 3AZYA 3OY8B 2E7TA 5GZFA 2YV8A 2A3XA 3IKWA 1V6LA 4FQZA 1PZ8A 3WG3A 1J1TA 1WW7A 3V0BB 2Q5TA 2D43A 5DXDA 3GALA 2PHXA 4H53A 5JVVA 2BERA 3OJBA 1E8VA 1L7HA 5JOYA 2QWDA 4KS2A 4U36A 5H9SA 5F5QA 3WDUA 1V6KA 2W5OA 2H0BA 3AP9A 4FPCA 5GLTA 4YGEA 4YW2A 5B2CA 4H52A 3C2UA 4BLIA 1F9KA 1LGBA 2DTYA 3SISA 3MW4A 4XXPA 1ENQA 3AZWA 2FHRA 4MWWA 3B00A 1V3EA 2ES3A 1WCSA 1E8TA 1INHA 4YG3A 1AF9A 1DILA 3N3HA 3USUB 1KRIA 3O5SA 2F28A 4FOQA 3RG0A 2HT7A 2JJ6A 3M1HA 3NWKA 3TAYA 2YY1A 1NCDN 1VALA 3TIAA 1W20A 1UPSA 2YXSA 4P9WA 1LOGA 3RSJA 2YA8A 1W0PA 3JU4A 1BYHA 3KQRA 1LESA 1INXA 3NV3A 3RQ0A 2HTRA 1LOAA 3L2YA 3ALWA 1W6MA 1QOOA 4WEGA 3D12A 2HYKA 2HTWA 3FFZA 2D6KA 3AZVA 1HDKA 4YZ1A 1DHKB 1LGCA 1JBCA 3D5OA 4YZ2A 5GZDA 2VWDA 2NZ9A 4HZWA 4YW4A 1IS3A 3V0AB 5GZCA 3CKZA 4AGRA 3ZXKA 1I3HA 4FPJA 4CPLA 1N1YA 2X9MA 3APBA 1YYNA 1MVEA 1V00A 1VAMA 4FP2A 1IKQA 1NCBN 2YA7A 1A8DA 3M3OA 2AH2A 2QWJA 1JN2P 2WT0A 4Q27A 2AREA 1QNYA 2QWAA 3AP5A 1O4YA 1FV2A 4LBLA 3WHTA 3RMXA 2A6WA 5T50A 4XMIA 2P3IA 2W08A 2GALA 2Z42A 3ILRA 2CNAA 4KS5A 2HT5A 3POYA 2DUOA 4Y22A 4CPOA 2HTVA 1AXZA 4XBNA 1HKDA 4XYXA 1GLHA 1G9CA 3K3AA 4D8SA 4FPLA 1GZWA 2YA6A 4P9YA 4M3CA 4XMAA 3V65A 2ZGPA 1Z0HA 4CRQA 2GDFA 1CPNA 3A71A 2DTWA 2BATA 1ULCA 4QN3A 4U2AA 1G9DA 1LJ7A 3O0VA 5GM0A 4X6KA 1AJKA 3VKMA 2D3SA 1N1TA 5NN9A 1UMZA 3ASIA 1N1SA 1GKBA 3OY8A 3I8TA 1G7YA 1DGLA 2JKBA 3A72A 1CESA 3JU9A 3SLIA 1BQPA 1DFQA 1BJQA 3O0WA 1AXKA 5T5PA 4FOVA 3CL2A 4AGGA 2YZ4A 5IT6A 2WKKA 4MWVA 2DUPA 4YFZA 1NMBN 1FAYA 2QWGA 4DQAA 5CB7A 4HANA 5L73A 5DG2A 4BLJA 1V3DA 4GZPA 3WG4A 1IKPA 1UAIA 2D6OX 4K1JA 1MS4A 4FJ6A 4Y26A 3ZSMA 1LHWA 5JMCA 3USUA 3H6JA 2JE7A 5JOWA 2F24A 4YM0A 3BOPA 1OQ1A 1IOAA 1V0FA 3SH3A 3Q9OA 1IVFA 4XJWA 3FLRA 4YM3A 1KQRA 3GVKA 3K38A 3B7EA 1JHNA 4X47A 5GLWA 5FREA 4FVKA 4B7MA 1Y7BA 4K1KA 1L7FA 2R1DA 3I4IA 1F5FA 1NXD1 2EXJA 2AGSA 4B7NA 3D11A 5CNAA 4ZKTB 1SLCA 1AX1A 1N3QA 2C9AA 3ZYRA 2XZKA 2CL2A 5H9PA 2PELA 1FNYA 1MS8A 2ZGQA 2DWRA 3ILNA 3W58A 4LBQA 3ZSKA 1W21A 1QNWA 3VKOA 2A5ZA 4WEFA 2A70A 4C1WA 1EUTA 4MWUA 1BKZA 2GMMA 2WLQA 4MX0A 1GZ9A 1LHNA 2GN7A 2WQZC 2D6LX 4GXLA 4BM8A 4R9BA 2VU9A 5E88A 2P2KA 4DRVA 3ZXEA 4Q1PA 1SNTA 5JOZA 1YXWA 5GZEA 1VCJA 7NN9A 4XIOA 1E8UA 1IVDA 2GNTA 4YW1A 3TI4A 1W8OA 4NN9A 4RA0A 4Y1UA 2F27A 2XZIA 5HCBA 3RRDA 4GKYA 5DUVA 1A3KA 3WNXA 5F9TA 4XIKA 2R0HA 4FVVA 4Y22B 3UJOA 2F29A 3B01A 1H9PA 2DVBA 4K20A 4CPNA 4GDJA 1GZWB 5GJ6A 3AZXA 2WT2A 1Z50A 1LOEA 4M3CB 3RS6A 2NN8A 4FPKA 2P37A 3ZYPA 2P3KA 1MZ6A 4YG6A 3SNMA 1W8NA 4BPZA 3O9KA 3K37A 2HTUA 3WCRA 4MZEA 2W68A 2A7AA 4WV8A 1SLAA 1AXYA 1X50A 5KXDA 1W0OA 4I30A 2QWBA 2ARXA 1UZZA 1LEMA 4CZSA 4DFSA 2VW0A 1PZ9A 3R4UA 1C4RA 2NM1A 4PBPA 3SALA 1INVA 1EURA 1R1ZA 2EF6A 4MZAA 4ATEA 1V0EA 3W09A 1IS4A 1A4GA 2OW4A 3PJQA 5DZEA 5EWSA 3W59A 1UN1A 1LU2A 1V3CA 3INBA 1IVEA 1B9TA 3PMEA 1G8WA 1BJIA 1WLCA 3K36A 3WOGA 4YGBA 5IK8A 3AYAA 3WDWA 4AGVA 1S0GA 5GLZA 5HCAA 2GMEA 1F8CA 4Q8KA 4GWNA 1INFA 3BODA 4TZDA 4NO4A 4CPMA 2VW1A 3H0OA 2W20A 3AP4A 3NV2A 1H9WA 4AYUA 4YW3A 3AJZA 4XJ9A 5KXCA 1HQWA 4QN7A 3WDVA 4ITCA 3FUOA 1S0CA 5DG1A 2D6NA 4JC1A 1LOCA 2EXIA 4XJ8A 1IS6A 4XTPA 2V73A 4L8QA 1RINA 3MEPA 1QOTA 3WDTA 1LEDA 2EIGA 4M4UA 4XTMA 5T5LA 4XZPA 1EUSA 2BF6A 4TYSA 1ONAA 3B9CA 3O9JA 3TICA 4UF7A 3BTAA 4XE9A 1W6PA 4LBQB 4B7QA 1SFYA 1DYPA 4Q26A 4WZFA 2F13A 1F8DA 1SCSA 2JD4A 2I2SA 1LHOA 2VK6A 4F83A 1H30A 4UW3A 1QDCA 2E7QA 1C1FA 3OYWA 3N7MA 4XDQA 3CNAA 4FQ4A 4DRRA 4ISRA 2UWAA 3WHUA 5IK4A 4KBBA 3D6EA 4WVWA 2ZZJA 2QWEA 1ULGA 4QN6A 1SBEA 4GZTA 5LK5A 1SLTA 3PVNA 1I1EA 5CAZA 3GVJA 3FBYA 6NN9A 3T1LA 3NN9A 3VKLA 3DUIA 3O0XA 1CN1A 4LBNA 1AX2A 2SILA 4WA3A 3WG2A 3AX4A 1GICA 2QWHA 3WV6A 2W38A 3WZ1A 2F10A 1IVGA 4AWDA 4K1YA 1SO7A 1DQ5A 1W6OA 1G9BA 1Z4YA 4XOGA 1S0IA 4GB1A 1GSLA 4CPYA 1PZ7A 4RL7A 4Q6KA 4MWQA 2P3JA 2DVGA 2F12A 3QCWA 1DQ1A 1Q8VA 2XB6C 1BXHA 1DIMA 2KM2A 2QWCA 2PHFA 2ZGKA 1F31A 4GDIA 2PHRA 3B69A 1Z4XA 5H9QA 1NSDA 3QLQA 2GMPA 2CWMA 2ZAAA 2PHTA 3B3QE 1LTEA 3WLUA 2OUJA 4YZ4A 4GKXA 2E53A 1YIFA 3ZPYA 1LOFC 1INWA 5GLVA 4DPNA 5DZGA 5CA6A 1GNZA 5GZGA 2NYYA 4YGDA 2ZGNA 2C4AA 4R9DA 2PHWA 1A4QA 4Y24A 1SLIA 4H55A 1JOJA 3IN9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3FUQA 1ZRDA 3MLJA 4R52A 3T0AA 4QN5A 4QQ2A 4A4AA 3DXUA 1VRH2 5EYYA 4YZ5A 3NSSA 3TI8A 4B1MA 4HK9A 1AR63 1ZBA2 2Q4SA 2WYFA 1RUC1 1DBNA 3H8XA 4CDXC 2DYHA 4IGPA 3HJRA 2YUEA 3URFA 5IFTA 4MWYA 4QXKA 3AMHA 1XOGA 3JXSA 3M3IA 3O1RA 3JCIA 1QQP2 2A6VA 4MGQA 3BB6A 2XWJB 1I5PA 2ZMKA 3F2ZA 3I2DA 5FJKA 3U1XA 1BZWA 2IAXA 1FPN1 4Y4RA 4JV4A 3CO2A 1Z4ZA 4IFJA 1DIWA 1G9AA 2CTVA 5LBCA 3U4XA 1QHDA 2LS6A 4PF5A 2R7EB 4YG0A 2IFRA 2ADEA 1NCQC 1XB9A 4MX3A 1NN2A 1CJPA 1AYN1 2VW2A 1KFUL 1UPIA 2A6XA 5IK5A 4MXWA 2WNVA 1AX0A 4COUA 1RUF3 1Y9GA 4EN6B 2IZWA 3KM5A 4C90A 1AR92 5J7MA 4K1HA 1MR5A 3LOIA 2YBSA 4WA4A 1MS3A 2QNKA 2VO5A 2JDHA 1POV0 4GA9A 5CKNA 1R1A3 4UW6A 4OUMA 4XHXA 3OD0A 3ZXJA 2F25A 2YYOA 3LCPA 5FMDA 3WW4A 4GALA 2YROA 1LB2A 3ZFEA 3LD8A 4LQRA 5A3MA 4B7JA 2JWPA 2NPIA 2YA5A 2WWUA 1ND3B 3SILA 2CMLA 2VOXA 1AJOA 2OZJA 2QQMA 1GZTA 4MXVA 5FZDA 4JZRA 1LRHA 2W2IA 2ZACA 3MIGA 3T2PA 1CWPA 5A3WA 1DCSA 1SBDA 1CQ9A 4P02B 3TI6A 3IPVB 4N53A 1PMJX 5LBEA 1KDKA 5FNTA 1LHVA 1EV13 4XUTA 2N7GA 1OOPC 1W6QB 3UL2A 2CY6A 2KD7A 3LDRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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