4FPLA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3,4-dichlorobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 198
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
198
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 198
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fplA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fplA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fplA02
4BBWA 1MS5A 1N1SA 4K20A 4FOQA 3SH4A 3M3CA 4Y24A 4M3CA 3C2UA 3M3QA 4M4UA 4XJQA 4FPFA 4FZHA 4K1JA 1FX5A 4XDQA 1VALA 1GLHA 1QF3A 4RA0A 1KQRA 4Q1RA 4YFWA 1G9DA 5DUVA 4ZKTB 1V6OA 2HU4A 1UZYA 1JW6A 3INAA 3L2YA 3A0NA 2E7QA 1DBNA 1NMBN 1ZA4A 2PHUA 3ZYPA 4XZPA 2ZGOA 3AP7A 4NOTA 2CMLA 2R1BA 4M4VA 4YM1A 3TIAA 3OY8A 3TICA 1IVDA 4HIZA 4YM2A 5IK5A 2D6PA 1QDOA 4XHXA 2BQPA 3UK9A 2JDZA 3JU9A 1N1YA 5H9PA 3K36A 2ZAAA 2W68A 1F31A 4J9TA 4YGEA 2DVAA 2SIMA 2A3XA 4I00A 2SLIA 2ARBA 1WLWA 3VUOA 3H73A 5JDBA 3AXDA 2UWAA 5AVAA 2XG3A 2XB6C 1CVNA 4LBOA 2AGSA 2ZGTA 3OJBA 4B7MA 1LCLA 2ZB6A 3IPVB 4XOGA 1NSDA 1AZDA 2HTUA 4GALA 1MZ6A 1EUSA 1NSCA 4K21A 4AYUA 4GJTA 1R1ZA 1DQ0A 4ASMB 1DQ5A 1WLDA 5M1ZA 2W20A 1AX1A 2W5OA 4LBLA 1PZ7A 2YDPA 1YYNA 3O0VA 2R49A 4QN7A 4BMBA 2JJ6A 4YW5A 3ZXFA 4CZSA 1DZQA 4WA4A 3M3OA 1LTEA 1ULEA 2YXSA 2DURA 3ZXLA 4XTPA 1V3CA 1LHUA 1IVCA 4GKXA 1DQ4A 1B9VA 2WSVA 2F13A 3B9CA 1MWEA 4AWDA 4YZ4A 1S0GA 3D11A 4GWNA 1YIFA 1LEMA 4P14A 1F8CA 1DQ2A 4ITCA 1IS3A 4B7JA 1SLTA 2E53A 1W6QA 3WDTA 2OVUA 1A4QA 3CNAA 3ZXKA 3AZZA 1LENA 1LULA 1DILA 5T55A 2ES3A 2E6VA 1LOBA 5DG1A 1JN2P 3JU4A 5KXDA 3TI5A 3N35A 2D6MA 1BKZA 1H9PA 3IN9A 2DUOA 5FRAA 4Q26A 4FPKA 3V0AB 2EALA 1I3HA 2CWMA 1NSBA 3TI4A 1FAYA 1D0HA 1H30A 2CTVA 3BIWE 3UJOA 2G4IA 2R0FA 3RS6A 3WV6A 2ZGMA 4CPYA 4XJ8A 4XMIA 3A0KA 2A5ZA 2ARXA 4YGCA 1WW7A 1JYIA 1JOJA 5IK7A 2DUQA 3HN1A 2AR6A 1KJRA 1E8VA 4NO4A 3SH3A 5B2CA 4YW4A 5HUGA 1GSLA 4GA9A 4XHBA 1SBDA 4GZWA 3W09A 5CBLA 4MC7A 1Q8SA 2D6NA 3OBRA 1CR7A 4XJZA 1ULDA 3POWA 3TB0A 2PHXA 1BZWA 1INXA 4KBBA 1LU1A 1SNTA 3ALWA 4HL0A 4MWJA 2QWEA 4Y22A 4GZQA 1S0IA 3CYEA 1G9AA 3FUOA 2DUPA 4WZFA 4QNPA 3AFKA 3R05A 2ZGRA 1V6MA 4GZPA 3TAYA 1O4ZA 1IVBA 1HKDA 2YMZA 1BQPA 3NV2A 4F83A 2QWAA 2GN3A 5JYYA 4FPJA 1SLIA 4XBQA 3RRDA 4KS3A 1PZ8A 2C5DA 2ZABA 4LBKA 1WLCA 5KXBA 1S1AA 3UL2A 3O9KA 2WLQA 3AZWA 2ZHNA 3WCRA 3N3HA 2A75A 3PMEA 3GVKA 2A3YA 4ATEA 3LSDA 5E89A 4XBNA 4QN5A 3WLUA 1NN2A 1UZZA 4IQPA 1INFA 2F10A 4FJ6A 3N7KA 5DXDA 3D6EA 1MZ5A 4K1IA 3OY8B 2EXJA 1QOSA 1G8WA 4WVWA 1N47A 2LTNA 2D43A 4YG6A 4YZ5A 1V3BA 4LBMA 1L7GA 1Q8QA 5DZEA 4GDJA 1W6PB 1WW6A 3HMYA 2BATA 1CJPA 2P3KA 2VH9A 5DUXA 4XIKA 3ZVXA 3AYEA 3VKLA 1WW5A 5HCBA 3O5SA 3AZYA 5JVVA 4KS2A 1LEDA 4MZEA 1QKQA 2ZHMA 4YG0A 3ZSJA 3TI6A 4GB1A 3FLRA 4YFZA 4CPOA 3APBA 1W0PA 2C4AA 2XZJA 1UPSA 2VU9A 1INWA 1AXYA 3B01A 2WT0A 1UAIA 2VW1A 2GNDA 4D69A 1VCUA 4K1ZA 1DHKB 3GVJA 4B7NA 2GMPA 1C4RA 1RITA 2DVDA 4H55A 3SILA 1QGLA 2OW4A 1Z4YA 2ENRA 1XOEA 1Z4WA 4MWQA 1QU0A 2GN7A 4GDIA 1D2SA 2A6VA 4DGRA 2B7YA 3FUQA 1W6NB 4WVVA 2ZGUA 1XQNA 1RINA 4K3YA 1W20A 3NSSA 2JECA 2A6WA 2R1DA 1Z4ZA 3FFZA 1W1XA 1QNYA 4ATFA 2FHRA 1W6OA 5GALA 1QMJA 2JE7A 2EAKA 3GVLA 2F29A 4MWXA 3A72A 1LOAA 1W6QB 2NMOA 4WA5A 4FOVA 1JXNA 1AX0A 5IT6A 2ZGQA 1ZM1A 1LOEA 5HUNA 1BJQA 2Q5TA 4UW6A 3WZ1A 4Y1VA 4XJUA 3HR9A 1F8BA 2VSKA 2JKBA 2DVFA 3VKMA 4YZ2A 3T1MA 3CKZA 2GMMA 2ZGPA 4UF7A 1GANA 1F8EA 2YA5A 4XJWA 2D3PA 2QWHA 1NNCA 1FNZA 1DYPA 3SNMA 5F9TA 3MW4A 1LESA 5HX0A 2AYHA 3N7MA 4KS5A 1HLCA 1Z78A 2VUAA 4XILA 1W6PA 1GV9A 1MS3A 1SLCA 1YXWA 4M3MA 4L8QA 1W0OA 1AF9A 3PJQA 5GLTA 4GZXA 1AX2A 2QWDA 3AYDA 1IS5A 5DZGA 2F25A 3AJYA 3U4XA 3K39A 4MWYA 2YDTA 4QN6A 2GNMA 4BQ1A 2I2SA 1HDKA 4YGDA 5F5QA 2D44A 2C9AA 2HTQA 4HZXA 4Y22B 4MJVA 2DTWA 4CTEA 2QWJA 2ZACA 3WNXA 4FOYA 4Y20B 1LODA 3MW2A 1Z4VA 3ILNA 1ULGA 4P9XA 3V64A 1XOGA 3NV4A 1N3PA 4FPEA 2ERFA 3TI8A 4FPOB 1V6JA 1EURA 3TIBA 1J1TA 1NCBN 3WVJA 4U36A 1PZ9A 1CONA 4MWWA 1GZWA 4YM0A 5T5PA 1Q8VA 2YV8A 2BERA 4M01A 1LGBA 1AJOA 2GALA 3I8TA 4GZTA 4LBJA 1EPWA 2CYFA 1W6NA 4CPLA 2EF6A 3ALXA 3D5OA 2F0ZA 1QOOA 1GNZA 1LGCA 1JYCA 4XJAA 1E8TA 4GWMA 1OKQA 1GZ9A 1KITA 2AREA 3AX4A 4WEFA 3WUCA 1ENRA 4FVVA 3WG2A 2W39A 2XCYA 2DTYA 3RG0A 5HCAA 3WHUA 1N1TA 1BXHA 4ISRA 3RMYA 4AGVA 1B9SA 2EXHA 4W65A 4R9AA 3H72A 2D3SA 5CB7A 3V65A 4ISQA 4KS4A 3M3EA 5HUKA 3AZXA 2QWIA 4NC5A 5EWSA 3AXEA 2P3IA 3ILRA 4P9YA 1FYUA 4UW4A 2A3WA 1APNA 3A71A 4M3CE 2Z42A 1NCCN 2F26A 1S0BA 1ONAA 2UWBA 5T5OA 1UKGA 1WCQA 2R0HA 4B7RA 2XZKA 1V0ZA 4H52A 1W8OA 2ZB5A 3OYWA 4HZYA 1IVEA 1YRZA 2EIGA 1CPMA 4LBQD 1SBFA 2AH2A 2UU8A 3T1LA 1HQWA 2C4LA 2NMNA 4UW3A 3ZXEA 5T5JA 2WKKA 2W38A 4XXPA 3SANA 2ZGLA 4PBOA 2VK7A 3WCSA 1LU2A 3WG4A 3ENRA 1Y7BA 2HTVA 1SBEA 4AVTA 1Q56A 1WBLA 3IM0A 3FBYA 2AEPA 2QWCA 4Y20A 1MS0A 4LBQA 1SLAA 1FV3A 5CA6A 1L7HA 1SCSA 1LHVA 1QOTA 1W6OB 2OUHA 3INBA 2HTRA 4Y26A 2SILA 1V0FA 4BOWA 3B7EA 2PHRA 1LHOA 1A3KA 2P37A 4DQAA 2NP0A 1LGNA 1LECA 2P3JA 3WOGA 4XBLA 1TEIA 1Z4XA 1DQ6A 3O0WA 1AVBA 1WBFA 2ZBJA 2ZHKA 1SLLA 2ZKNA 1ENSA 2XZIA 2QWBA 3T1EA 1F5FA 2HTWA 3BEQA 4X49A 1UL9A 4MWUA 4Q1PA 3FLPA 1NMCA 2QWFA 2YROA 4OZXA 3AP9A 1MR5A 2YY1A 4HZWA 3GALA 3IKWA 2EXIA 1GZCA 5IK4A 5JOWA 4FP3A 1UX6A 2ZZJA 4AVVA 2UURA 2JE9A 1NNAA 5DUWA 2CY6A 1DYKA 1E8UA 2D6KA 4JRAA 1NXD1 2GNBA 4M3CF 1C57A 3WDXA 1VIWB 4FPCA 1DQ1A 3NN9A 4R9BA 2VWDA 1CPNA 1MS9A 4LBNA 4Y1UA 1RIRA 1FNYA 4FOWA 3B00A 4I30A 2ZGSA 1HQLA 3CL2A 2KM2A 3WHTA 1NMAN 5JMCA 1IOAA 4Q8KA 4XJ9A 1SACA 2VW0A 2F12A 2RHPA 2NM1A 1VCJA 4GEZA 5H9SA 4D8SA 3KM5A 5T5LA 2VXRA 1UN1A 4YZ3A 4GKYA 4XE9A 1KDMA 5GZDA 2YZ4A 1DIMA 2X9MA 2H0BA 3O12A 5GZFA 1S0FA 1MS4A 1WUVA 3PVEA 2PHFA 1GZWB 1LOFA 1LJ7A 1GBGA 3B69A 1JBCA 5GZGA 1AXKA 4BLJA 1LHNA 5H9QA 5BYNA 2GDFA 1DIWA 3AP6A 3VV1A 4RL7A 1Q8OA 2ZMKA 1QDCA 3ZSMA 3V0BA 5EXOA 2YA6A 1G7YA 3WUDA 4GZSA 5GZEA 1S0CA 2HYKA 3SLIA 3WG1A 4XIOA 3OBTA 4U2AA 3D12A 4DFSA 4X6KA 4M00A 5HCFA 3A4UA 2HTYA 3POYA 2F11A 2VY0A 4MX0A 4ZXKA 3O0XA 1AJKA 3RQ0A 1AXZA 4MWVA 4YM3A 4R9CA 2EXKA 1S0EA 5SV8A 1OQ1A 1A14N 2ZA9A 5CNAA 2PHWA 1INVA 1V0EA 4P9WA 4KS1A 1FV2A 4DRRA 5FREA 2F27A 2B8HA 1V6LA 3M1HA 3OGGA 1NLSA 1URXA 3IMNA 5T52A 5T54A 1CQ9A 1V3EA 3N7LA 1GYKA 3ZSLA 3H0OA 1G9BA 3GNEA 1W6MB 3OYWB 4MWRA 2WQZC 1Q8PA 3ZYRA 1UMZA 2CNAA 5JOZA 3SALA 2D6LX 4HZZA 4CPNA 5KXCA 3W58A 5L73A 1CIWA 2A7AA 2DU0A 1KJLA 4Y1XA 2A70A 1V3DA 4CPMA 1G86A 4GXLA 1MVEA 2CL2A 1BJIA 1WCSA 2GMEA 2E51A 2PHTA 3CL0A 2WNEA 3POSA 3WDUA 3H6JA 3MEPA 3NV1A 4HANA 5JOYA 3RSJA 5IK8A 4BPZA 4XXAA 4YW3A 5GLWA 4LBQB 4BLIA 4K1YA 2ZMNA 1USRA 1A78A 4DRVA 5NN9A 3RMXA 4YW2A 1DLLA 5B2DA 4FPYA 2DVBA 3K37A 5KXEA 2WSUA 1USXA 1FATA 1DGLA 3ILFA 4PF5A 5GZCA 2R16A 4X47A 2WJSA 1IS4A 3QLQA 1A4GA 3MW3A 3R4SA 1G9FA 3NWKA 2VW2A 2AUYA 1WD3A 1L7FA 2QWKA 3WDYA 4Y1YA 1F9KA 4FQZA 2BZDA 3AP5A 4FVKA 4DPNA 4FPGA 4DS0A 4K1HA 3Q9OA 4SLIA 3K38A 4PQ9A 2PELA 2W52A 1BYHA 3BOPA 2E7TA 1INHA 4XYXA 2A6XA 2W08A 1V6NA 1SLBA 4NN9A 1I1EA 2D3RA 2DU1A 2UWCA 1CN1A 1Z50A 2OUJA 3NV3A 4YZ1A 5IUQA 6NN9A 1JHNA 1LOFC 4FPHA 1V2IA 4M4NA 5H9RA 4TYSA 2DVGA 2P2KA 1ULFA 3VKNA 1KDKA 1GNHA 2HU0A 1B9TA 5HUMA 2HT8A 2DV9A 4Q8LA 4Q2FA 1MVQA 1C1FA 4HZVA 4CRQA 1WD4A 4C1WA 1S0JA 2JD4A 2YA4A 1V00A 2RKCA 3SITA 5EYYA 5LK5A 2D7FA 1LOGA 1O4YA 5GLUA 4XMAA 5GJ6A 2A71A 3AP4A 1LHWA 2FMDA 1MACA 2D6OX 3N7JA 3QCWA 3FLTA 4AGRA 3LSEA 1EUTA 5E8AA 2GNTA 2F28A 4TZDA 1W6MA 3SH5A 1Z0HA 2P34A 3TI3A 3ASIA 2QWGA 1SFYA 4B7QA 3H71A 4WV8A 1V6KA 2YA7A 4XJRA 2LALA 4C1XA 4FP2A 4UW5A 1VAVA 2NZ9A 1SCRA 1INGA 1DFQA 2WT1A 2BF6A 1NCAN 5E88A 3AJZA 1WW4A 4MWLA 4K1KA 3V0BB 1VLNA 1SO7A 2AEQA 3ATGA 3R4UA 5JOXA 1JUIA 1H9WA 3ZPYA 1V6IA 3IPVA 3M2MA 3ZXJA 1N3OA 2A6YA 3OPZA 3USUB 3VKOA 4JF7A 3LCPA 4YG3A 4YGBA 2WT2A 1NNBA 1OFSA 4BM8A 3AK0A 3JUUA 1GKBA 1C1LA 5DUUA 1X50A 3DUIA 4M3CB 4WEGA 1B09A 3WG3A 1INYA 1IKQA 3T2TA 5T50A 2HT5A 4AGGA 3BTAA 3VKFC 2V73A 3PVNA 4GZOA 3MPPG 4PBPA 2HT7A 3WDVA 1A8DA 4AVSA 4X4AA 1S0DA 2CWSA 1IS6A 2TEPA 4MJUA 3DGTA 1N3QA 1YO8A 4Q27A 1NCDN 1MS8A 2DYCA 3KQRA 2VSMA 3D4KA 5DG2A 3AZVA 4FQ4A 2VK6A 5CAZA 2DWRA 4R9DA 4PCRA 2NYYA 7NN9A 2YA8A 4QN4A 3AYAA 4YW1A 1CESA 1YI7A 4CPZA 4QN3A 1ULCA 5EYXA 1W8NA 2W5NA 4BMEA 1IVFA 5GLZA 5JLVA 4XTMA 3N36A 3V0AA 3O9JA 1IKPA 3SISA 1MS1A 3B3QE 4H53A 5DZFA 2AENA 3BODA 4MZAA 2VVZA 1GICA 3I4IA 2V5YA 4JCKA 3PVOA 1KRIA 2ZMLA 4YLZA 3K3AA 2NN8A 5GM0A 3UJQA 1N1VA 3AYCA 1U0AA 4JC1A 2ZGNA 3W59A 4Q6KA 2VK5A 1VAMA 1IVGA 2A6ZA 2ZHLA 4Y1ZA 1G9CA 1W21A 1F8DA 2SBAA 1QNWA 4Z8BA 4NCSA 5GLVA 2ZGKA 4FPLA 3ZSKA 4MYEA 1LOCA 3USUA 3WDWA 1ENQA 1EUUA 4WA3A 2F24A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BBWA 1LR5A 1MS5A 1OF3A 4LT5A 1N1SA 4AHAA 5F3GA 3CBNA 4K20A 4CDXB 4FOQA 1NZIA 3SH4A 3M3CA 1O3RA 4Y24A 4Z82A 1W9TA 1OUSA 5FWJA 4M3CA 2ZPXA 3C2UA 3P1IA 4NHLA 3S0MA 3IBMA 3M3QA 4O5TA 4MLOA 2Y64A 3DN7A 3HOBA 3U4SA 4M4UA 4XJQA 5FYMA 5FYUA 3VBRA 4FPFA 4B4QA 4FZHA 2BP6A 4G3YC 4HMZA 4OMDA 3VBHA 1FX5A 4CDUB 4K1JA 3VD3A 4IFNX 4XDQA 3SHRA 4JRLA 3A9HA 1BK1A 4QB2A 1RUF3 1SEFA 4FFIA 1VALA 5A7PA 1GLHA 4IV1B 1QF3A 4KWJA 4RA0A 1AR83 1N6DA 1L7QA 1YWKA 1KQRA 4MGKE 4Q1RA 3LIGA 4PIZA 4YFWA 4CVUA 2VQTA 1PIV3 2WZ8A 5KHKA 3WWAA 1G9DA 3DPRB 5DUVA 2POOA 4ZKTB 1V6OA 4UFLA 2HU4A 3LI4A 4YVSA 2C6SA 3FX3A 1UZYA 2FDKA 2DYHA 1JW6A 3GBFA 4BQYA 1IG3A 3INAA 1CX1A 3CJIC 5FZAA 5D2AA 3L2YA 1J84A 1D4VB 4N43A 5A70A 3A0NA 2E7QA 1PO12 3H3LA 1ZZBA 3M4FA 2IARA 3PVBB 1DBNA 1VBD3 1PMHX 5FYCA 4BU2A 1AYM1 2WAOA 3CO2A 3ACGA 4HKWA 4JGYB 4ZS3A 2VCAA 1VMFA 1NMBN 1CIYA 1V9U1 1Y9QA 5APAA 2QQMA 3I7DA 2N7GA 3RNSA 1PMIA 2TBVA 4A7KA 2UYBA 2IAPA 5FNTA 1ZA4A 2PHUA 3NSTA 4MG2A 3ZYPA 2AACA 2W46A 4D8MA 4XZPA 4LIVA 1UYXA 3CZUA 1QXPA 2C9KA 2ZGOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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