4FPLA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3,4-dichlorobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 198
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
198
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 198
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fplA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fplA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fplA02
1S0BA 1N47A 1NNCA 4YW5A 3AP4A 3UL2A 4CTEA 2D6OX 1USXA 3WLUA 3BIWE 4WZFA 5DUWA 2C4AA 1LEDA 5FREA 4GWMA 4AVSA 2H0BA 3K37A 1A4QA 4LBKA 2FMDA 2A6XA 2NN8A 4Y22B 1L7FA 1KRIA 4K21A 4WEGA 3DGTA 1E8UA 1A78A 1LJ7A 3POSA 3AZVA 1ULDA 3AXEA 3WVJA 2F13A 2ZB6A 3W58A 2GMEA 1MS0A 5GLVA 1NSBA 1AX0A 1W8OA 5DG1A 1S0FA 3WDTA 4XXPA 3BTAA 5T5LA 3NV4A 3PVEA 1LEMA 3FFZA 4QN4A 4SLIA 1LENA 1Z50A 2CMLA 3ZXJA 1W6NA 1DQ2A 1LESA 5GLUA 1NN2A 3V64A 3ASIA 1V3DA 1ONAA 4BBWA 5NN9A 3TAYA 3PJQA 2CNAA 2G4IA 5JOXA 1V6MA 1AXZA 1LOEA 1V6LA 4XJRA 1DIMA 1SLTA 4DS0A 1INHA 4X47A 1B9TA 3RMXA 1WLDA 4PBOA 1QF3A 1SBFA 4GXLA 2W5NA 2A3YA 4Q27A 3SH4A 2VVZA 3FLRA 2WSVA 4P9YA 5DZEA 2QWIA 1CQ9A 1E8VA 4XIKA 3WCRA 4K1HA 2XB6C 2ZGQA 1WCQA 5GALA 3N36A 2SBAA 2JE7A 1QOOA 3V65A 1N1VA 3AFKA 4HZWA 3WDUA 3HN1A 4GJTA 2F26A 2HT8A 4D69A 4FPJA 1W0PA 5GZCA 3N35A 1LHVA 4R9BA 3B7EA 1N3PA 4FVKA 1JBCA 1W6OB 1INVA 1ENSA 4XJAA 1DBNA 4YG3A 4IQPA 1APNA 1Q8QA 2ARBA 1G9DA 1NNAA 1VLNA 4M3CE 4XJWA 3CL2A 4WA4A 2QWDA 4CPLA 2VW0A 1H30A 3TI4A 4LBQD 1GZWB 3TI3A 3WG4A 4MC7A 1MS8A 1W1XA 4MWVA 2WT2A 2JECA 2QWEA 2YA7A 1LHWA 2WT1A 1QGLA 2ZGUA 1RITA 3VUOA 3ZSLA 3SITA 4ISQA 2AEQA 2WLQA 4ZKTB 5E8AA 1Z4XA 3M1HA 2F27A 3BEQA 1QDOA 1ULEA 1LOBA 1NCCN 2XG3A 1KJLA 3H72A 3SANA 6NN9A 2E53A 2CYFA 3T1LA 1WLCA 3AP6A 4CPNA 1XOEA 2R0FA 3H0OA 3GALA 1SFYA 4BLIA 1NXD1 5F9TA 1DFQA 4YG6A 1O4YA 2NZ9A 4GZTA 4MZEA 1V0EA 1C4RA 3L2YA 2D3PA 1GV9A 2UWCA 2W20A 1BQPA 3RS6A 4PQ9A 3GVJA 3MW2A 2GDFA 4LBMA 2KM2A 3M3QA 1INYA 2SILA 5M1ZA 5CB7A 3FLPA 5IK8A 1DGLA 4AGRA 4YW3A 2XZIA 4GWNA 2YROA 1V3CA 3N7JA 2ZB5A 2YXSA 3OPZA 5GLZA 4Q2FA 2OUHA 1IS6A 4YGDA 4MWJA 4GZWA 4MX0A 2I2SA 1V6IA 3O9KA 2D3RA 1CJPA 1D0HA 3ZYRA 1NSCA 2YDTA 1JW6A 4R9AA 4XZPA 2WQZC 4Q26A 3B69A 1JYIA 3TICA 4OZXA 3WDYA 4JCKA 3ZYPA 1SCSA 2AYHA 1QMJA 4XJQA 2ZMNA 2DWRA 3ZSMA 2B7YA 4Y22A 5HUNA 3SNMA 3AYDA 1LU1A 1LGBA 5JDBA 2BZDA 2Q5TA 4KS5A 1HQWA 2YA5A 4BMBA 2W68A 2VK7A 2VWDA 2A71A 4GA9A 1QDCA 1A3KA 1LECA 1Q8PA 4B7QA 1LCLA 4HZYA 3INBA 4HZXA 1NCDN 2ZZJA 4U36A 1JHNA 4BQ1A 1RIRA 1LOFA 2V5YA 4Y1UA 2CWSA 5HCAA 3NV3A 4YLZA 3OBTA 1YIFA 4GZPA 2JJ6A 1G9CA 3B3QE 3LSDA 3JU9A 2PHRA 2LALA 2E7TA 1CPNA 4FQ4A 4MZAA 4WEFA 5IUQA 2QWFA 4J9TA 1BJQA 4CRQA 3ENRA 3WHUA 1Q8OA 1MVQA 4CPZA 2VK6A 1J1TA 3FUOA 1VCUA 1JUIA 4PBPA 5T5PA 1GKBA 3C2UA 3ATGA 3NN9A 4I30A 1GICA 1SCRA 2NMNA 2ZGTA 4YM3A 4MJUA 2PHWA 2ZGNA 3RMYA 2QWHA 2QWAA 4KS2A 2DVGA 3B00A 2FHRA 1UKGA 1PZ8A 4XBLA 3APBA 2HTVA 4K1IA 4FP2A 1N1YA 3FLTA 4CPYA 3SALA 2A6VA 4GALA 2GALA 2B8HA 3K36A 4M4NA 1KDMA 3NSSA 1BJIA 3RSJA 1VAVA 1W6OA 3AP5A 4UW6A 2C4LA 1BXHA 4PCRA 3V0BB 1R1ZA 3A0KA 5CBLA 4YM1A 2X9MA 1IKPA 2A6WA 4DGRA 1GBGA 2F0ZA 2AGSA 3B9CA 2PHFA 4XTPA 1C57A 2A75A 4RA0A 1GZWA 1F31A 1LGCA 1V3BA 3SH5A 2HTYA 1WW7A 4XYXA 1INWA 2NM1A 4YZ5A 3POYA 4AYUA 1S0GA 3WG1A 1LODA 3M3OA 3TB0A 4XILA 4U2AA 4Q1PA 2OVUA 3POWA 1ZA4A 1DYKA 4QNPA 2YY1A 2WSUA 3IN9A 1AXKA 5T5JA 3AZWA 2CWMA 3ZXFA 2F28A 1W6QB 2ZGOA 1YRZA 2XZKA 3WZ1A 3MW4A 1MZ5A 2VW2A 1IVDA 2CL2A 2D6MA 5HCFA 3T1EA 1DZQA 1A14N 2VW1A 4MWLA 3KQRA 4Y24A 4Q1RA 5GJ6A 1F8DA 3UK9A 2C5DA 3CYEA 1ENRA 1QNYA 1C1LA 1NMCA 5CA6A 5EXOA 2CY6A 4AGVA 1SBDA 1G86A 4DQAA 1N1SA 2P34A 1SO7A 1DHKB 2SIMA 2DTWA 1BZWA 3R4UA 3QLQA 5IT6A 1NMAN 4K3YA 1AX2A 4M4VA 1SLAA 4Y20A 1Z4YA 3AYCA 4NO4A 1RINA 1ENQA 3M3CA 3H6JA 1WW6A 1L7GA 1GSLA 4QN6A 1V2IA 1Q8VA 2W52A 4P9WA 1SACA 2E6VA 1VIWB 1IS4A 2GNMA 2HT7A 3FUQA 1MR5A 1IVEA 3GNEA 4AGGA 4ITCA 4GEZA 4X49A 3N3HA 1EUSA 2DU0A 2R1DA 1QNWA 4YFWA 3JUUA 4LBQB 4FOQA 1FV2A 2ES3A 4UW4A 2HTUA 1C1FA 3AZXA 4F83A 2W39A 4LBOA 1LHOA 1PZ9A 4XHXA 1A4GA 1DLLA 1AVBA 1JOJA 4AVVA 2EALA 3AP9A 4C1WA 1Y7BA 2HTQA 5IK7A 2D44A 1SLLA 1YYNA 1S0EA 4XBNA 1Z4ZA 5H9RA 1QOTA 1F8BA 4YZ2A 2D3SA 5E88A 1MS1A 3MW3A 3AZYA 4K1YA 5CAZA 1N3OA 1S1AA 4XTMA 1MS9A 4H55A 4XJ8A 1JYCA 2WNEA 4HL0A 3D11A 1NLSA 2R49A 2F25A 1QU0A 1WW4A 2GN7A 3SILA 1V3EA 3USUA 1KJRA 4FZHA 4XJUA 4YW2A 1IS3A 2D6KA 2VH9A 1JXNA 4AVTA 2R16A 4KS4A 1WLWA 2YZ4A 4LBJA 1V6NA 3OY8B 1N3QA 5E89A 2XCYA 5H9PA 5T55A 3MPPG 4CPOA 1FNZA 1IVBA 1SLCA 1Q56A 2AEPA 2DVBA 5CNAA 1ULFA 1CPMA 2QWCA 1W20A 5KXDA 1WBLA 1W6MA 4D8SA 2ZABA 2A6YA 1MZ6A 2ARXA 1LU2A 3IM0A 4LBNA 3B01A 4XBQA 2BF6A 1U0AA 4KBBA 1ULGA 3VKLA 1VAMA 1S0DA 1G9FA 4UW5A 4NN9A 3UJOA 2TEPA 3V0BA 2JE9A 4FPLA 4FPCA 2NYYA 3ZVXA 5HX0A 4Y20B 5JMCA 1CESA 1F5FA 5HUGA 2HU0A 5GM0A 1UN1A 5BYNA 1YI7A 4MJVA 3CNAA 2P3JA 1LHNA 2A7AA 2ERFA 1H9PA 5JOZA 3WDXA 5H9QA 5AVAA 1MVEA 4NOTA 4XXAA 3D6EA 3ZPYA 5T50A 4B7RA 3VV1A 1W6QA 4M3CB 3WG2A 4GB1A 2LTNA 1V6JA 3R4SA 5DUVA 2A5ZA 3H73A 3WCSA 4QN5A 4BLJA 3LCPA 4HIZA 3AX4A 3TI8A 3ILFA 4YM0A 1LTEA 1QKQA 3AP7A 4MWWA 4Z8BA 3HR9A 2BQPA 2GNTA 5L73A 4FPEA 3K39A 2QWGA 4BPZA 1GNHA 1VALA 3PVNA 1Z78A 2ZBJA 5B2CA 2ENRA 3V0AB 4FVVA 2ZA9A 2UWBA 1S0IA 1BYHA 4FOYA 5KXEA 2F29A 2ZHKA 1XOGA 1ZM1A 4KS1A 3HMYA 1WCSA 1DQ5A 3ZSJA 3USUB 4BM8A 1GNZA 2UURA 3O5SA 4W65A 4AWDA 3AYEA 1CR7A 3VKNA 2DV9A 5JOWA 2PELA 2ZACA 4HZZA 4LBQA 2GMPA 1Z0HA 4MWYA 1INXA 2EIGA 1A8DA 2AENA 1UZZA 1W0OA 1MS5A 2P3IA 4R9DA 3NV2A 4YZ4A 2HTWA 2PHUA 4L8QA 5LK5A 3M3EA 2C9AA 4QN3A 2UWAA 2DU1A 2DUPA 1O4ZA 1W6MB 4WA5A 5B2DA 2ZGSA 2CTVA 2ZKNA 4MWRA 1CONA 4Q6KA 3QCWA 2JKBA 3OJBA 1HDKA 4KS3A 4X6KA 1CVNA 1HKDA 4GDJA 4MYEA 3D4KA 1LGNA 1AJOA 1EUTA 4UF7A 4Y26A 1DQ4A 2AUYA 2W5OA 4P9XA 2HTRA 2PHTA 2A3WA 1F9KA 2GNBA 4XDQA 4M4UA 2A3XA 2P3KA 2DUOA 1G9AA 1AX1A 3DUIA 1V0FA 2AH2A 2ZGPA 1DIWA 3CL0A 4B7NA 3W09A 1MS3A 1W8NA 2D7FA 4DPNA 2A70A 3T2TA 3D5OA 5H9SA 1AF9A 3WOGA 3OY8A 1B09A 4FPHA 4QN7A 3AXDA 2F11A 1CIWA 3WDVA 5T52A 2R1BA 2VSKA 1LOCA 3GVLA 5T5OA 3ZXLA 4TYSA 1GYKA 1LULA 1W6PA 1DQ1A 1AZDA 4GKYA 3LSEA 3ZSKA 1KITA 1SLIA 1LOGA 2YDPA 4XMIA 3A4UA 1OFSA 1NCAN 1H9WA 3OYWB 4Q8KA 4MWQA 3WUDA 2DYCA 3AYAA 2RHPA 1JN2P 3O0WA 4ISRA 3I8TA 1V6OA 3O0XA 1INFA 1XQNA 1UL9A 3IPVB 4Q8LA 1FNYA 2QWKA 3VKMA 5GLWA 4XJ9A 5F5QA 3M2MA 1G7YA 2VSMA 1F8EA 1URXA 4WA3A 1INGA 1B9SA 4YZ3A 4H53A 3U4XA 5GZDA 5FRAA 2EXJA 3SISA 2ZGRA 3IKWA 4P14A 2P2KA 2VXRA 3UJQA 1IS5A 2PHXA 1SLBA 1PZ7A 4YW4A 4M01A 4C1XA 4M3CA 4JF7A 4YGBA 5DG2A 4GZQA 3OBRA 3OGGA 2D6LX 5IK4A 5HUKA 1IVFA 5DZGA 1EURA 1YXWA 1AJKA 1Q8SA 5GZEA 2RKCA 2E51A 2D6PA 4YW1A 3WDWA 2ZGMA 4YGCA 3FBYA 4ATEA 2WKKA 3A71A 4B7JA 4K20A 1WUVA 3AJYA 2QWJA 1KQRA 3ZXKA 3N7LA 3SH3A 4K1KA 2W08A 1SNTA 1UMZA 3V0AA 1UX6A 3AK0A 4DRRA 2EF6A 2WT0A 3SLIA 4FOWA 4M00A 3O9JA 1TEIA 3ILNA 2V73A 1OKQA 3WV6A 4FJ6A 2DUQA 5JOYA 2HYKA 4YFZA 3WUCA 1G9BA 4CZSA 5DUXA 4B7MA 5DXDA 5HUMA 2D43A 3R05A 1GZCA 1GANA 4H52A 3WHTA 4WVWA 4CPMA 1DILA 3O0VA 2GNDA 1IVCA 2YV8A 2HU4A 4FOVA 3D12A 2YMZA 3WNXA 2AREA 5DZFA 4XIOA 2VUAA 1UPSA 1W6PB 4HANA 5DUUA 1WW5A 1S0JA 1LOAA 4GKXA 4LBLA 4MWUA 1CN1A 1VCJA 3KM5A 4K1ZA 4FPKA 4ASMB 1DQ0A 3VKOA 2YA4A 2ZAAA 1WBFA 3I4IA 4XOGA 4FPFA 2DVFA 1Z4VA 1AXYA 4WVVA 4ZXKA 1V6KA 1QOSA 4Y1XA 3TIBA 4XMAA 2BATA 2OW4A 2ZHMA 2A6ZA 5EWSA 4JRAA 2DURA 2UU8A 1WD3A 1ULCA 3WG3A 4GZXA 3TIAA 2EXKA 5EYXA 2NMOA 1BKZA 3ALWA 4K1JA 2ZHLA 3RQ0A 4BMEA 2VK5A 1W6NB 5T54A 4JC1A 2VU9A 2ZMLA 2ZGLA 1FYUA 1DYPA 2Z42A 3TI6A 3VKFC 4YZ1A 1MACA 1N1TA 5GZFA 3BODA 3RRDA 5SV8A 4DRVA 1I3HA 1OQ1A 2YA8A 4MWXA 3BOPA 3OYWA 2NP0A 3PVOA 4HZVA 2D6NA 7NN9A 3IMNA 4BOWA 2R0HA 1V0ZA 3IPVA 2P37A 3GVKA 2EXHA 1FAYA 2DTYA 1GZ9A 3A0NA 4I00A 1G8WA 1GLHA 3AJZA 1EUUA 3MEPA 1UZYA 5KXBA 2VY0A 2AR6A 1I1EA 3ZXEA 4NC5A 2BERA 2EAKA 3H71A 4DFSA 2F12A 5IK5A 4YGEA 3CKZA 1E8TA 1EPWA 1NMBN 1HQLA 4YG0A 1FATA 5EYYA 3Q9OA 1V00A 2JDZA 4XE9A 3K38A 1F8CA 4TZDA 2QWBA 3INAA 4GZOA 2GMMA 3A72A 1D2SA 3N7MA 2GN3A 5HCBA 4M3CF 4FPGA 2EXIA 3ILRA 1NCBN 3NWKA 3PMEA 3ALXA 3TI5A 5JLVA 1IKQA 1NNBA 4X4AA 4RL7A 2HT5A 1KDKA 4YM2A 4Y1ZA 4PF5A 2JD4A 2ZHNA 4M3MA 4FPOB 4ATFA 1L7HA 2DVAA 1X50A 1B9VA 2OUJA 2WJSA 3JU4A 4UW3A 4GZSA 5JVVA 1UAIA 2XZJA 1Z4WA 5GLTA 1FV3A 3O12A 1MWEA 5JYYA 4R9CA 2ZMKA 2F10A 1IOAA 5GZGA 1WD4A 3RG0A 4WV8A 1MS4A 1USRA 1S0CA 4Y1YA 2W38A 1HLCA 4Y1VA 3K3AA 4XJZA 4NCSA 2SLIA 3N7KA 2YA6A 4GDIA 3NV1A 1YO8A 1NSDA 1LHUA 4FP3A 2DVDA 3AZZA 1W21A 3T1MA 1SBEA 3W59A 2F24A 4FPYA 4XHBA 2ZGKA 1DQ6A 1FX5A 2E7QA 1LOFC 5KXCA 4FQZA 1IVGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EHKA 2B4KA 2WQ4A 3FJSA 3T0BA 5CISA 4NJ4A 2P4OA 2BU9A 4LA3A 1S0BA 5FWEA 4EV0A 4CDQC 2JIJA 2Y6GA 2RM23 1N47A 1QXRA 1Z7S2 3DCQA 1NNCA 2BNOA 3ZFGB 1NYWA 4YW5A 3AP4A 3WNMA 4KWLA 1TMF2 2BNMA 2WWSA 4EWAA 2YHJA 2VMCA 1E1AA 4Q6KA 4CVUA 5FZ7A 4R4XA 4NE9A 2ZEWA 3UL2A 2WO1A 1DZTA 4CTEA 2D6OX 1USXA 4XFHA 3WLUA 2W1UA 2DFBA 3S0MA 3BIWE 4WZFA 1AR93 1AR91 3S2KA 1W8UA 5DUWA 4N43C 5KWRA 3VZKA 2C4AA 1LEDA 1CRZA 4A4AA 2TNFA 3WX5A 4AE2A 1IG3A 1RUC2 5FREA 4AQ2A 4GWMA 4IMBA 4AVSA 5FMOS 5IAXA 2H0BA 1ZZBA 1OBNA 3ZPOA 3GM8A 3A9HA 1A4QA 3K37A 4XURA 4LBKA 5AC93 5AC91 1CAXB 5A3OA 3T30A 2FMDA 2QKDA 2A6XA 1OOPC 4JDNA 2NN8A 4Y22B 3OBAA 1AL22 4A45A 5F37A 1L7FA 1Y4WA 5DDJ2 2WO7A 5C5UA 3LE0A 1KRIA 4K21A 5J7MA 3PL0A 2HWE2 4WEGA 1GP4A 2DCJA 3PVBB 2FDKA 3DGTA 1YFWA 4HBNA 2HBTA 1E8UA 1A78A 1LJ7A 1BEV2 4KH9A 3VDCA 4QM9A 4GNCA 1PX4A 3ZMNA 4AHAA 2EIBA 3KT4A 4IV3B 2WS92 2JICA 3SEEA 5J48A 1JZ6A 3HLIA 4PI0A 3POSA 3AZVA 4XCBA 5I8SA 4BK4A 1W2UA 1ULDA 1RJ7A 1ASJ1 4HSLA 4BQ1A 2BOJA 3AXEA 3VD4A 1C3HA 4LE3A 3U0SA 4PBOA 3J7HA 3WVJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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