4FPLA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3,4-dichlorobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 198
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
198
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Sialidase B
total genus 198
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fplA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fplA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fplA02
3ZSJA 2ZMNA 1LTEA 4GDJA 3AXDA 3AZVA 2VU9A 4MWWA 1JYCA 4MWQA 4DFSA 2DUOA 3M3CA 1IVBA 2EF6A 4Q8LA 4K20A 5EYYA 1AXZA 4KBBA 1QKQA 1L7GA 1NXD1 3OYWA 4HZZA 4RA0A 4FPYA 1LJ7A 5DZFA 3O9JA 1H30A 3AP6A 3IPVA 2HTUA 3LSDA 2D3PA 3NV3A 5T5JA 2VSMA 4U36A 2DVDA 4XJUA 2YA4A 3FLTA 3A0NA 1IVCA 3O0XA 2QWBA 2ZACA 3WCSA 5IUQA 2EAKA 1G7YA 4XOGA 4IQPA 5IK7A 2ZMLA 1AJKA 3N7JA 1E8TA 5GJ6A 2A6WA 2F29A 2HTQA 4Y1UA 2DU0A 1VCJA 4DRRA 4M3CE 1IVDA 3SILA 1I3HA 1NN2A 4P9YA 1USXA 4LBQB 3H72A 1BJQA 2E51A 4Q27A 2WLQA 4FPKA 4B7MA 2FHRA 1JBCA 1Q56A 3FUOA 4F83A 1Z4YA 1Z4WA 1FNZA 3NN9A 1YXWA 1V0FA 2SIMA 2C5DA 3NV2A 4YZ2A 4K21A 3PMEA 2GNDA 1VCUA 1XOGA 4U2AA 3D5OA 3M2MA 1IKQA 2QWEA 1S0EA 4AGGA 1MS0A 1DQ4A 3O12A 5GALA 4CZSA 4XJ9A 2TEPA 3W09A 1DIMA 1BZWA 5B2CA 3N36A 1WD3A 1FATA 4BLIA 3TIBA 4C1WA 4WVWA 3N3HA 1ULEA 5NN9A 4BMEA 2JDZA 1CVNA 1QNWA 3FBYA 4HZWA 1YO8A 3FFZA 1S0BA 3BODA 3IM0A 2QWJA 1LODA 4MYEA 2R49A 4Q1PA 2ARBA 1H9PA 1OQ1A 1AX0A 2BF6A 2YXSA 2JE7A 1FNYA 3AK0A 1RITA 1ULFA 4CPZA 1W6QA 4XYXA 4Q6KA 3NWKA 3AYCA 4M4VA 4JC1A 3UJOA 4XJQA 3W59A 1YRZA 2GMPA 1MWEA 3ENRA 1LOBA 1WW5A 2SILA 4M01A 4BBWA 2VK6A 2JECA 5AVAA 4B7QA 2P3JA 1LHWA 1TEIA 1UX6A 1DYKA 3WDVA 1S0JA 2W08A 1NCBN 4UW5A 5GM0A 3SISA 3V0AA 4NN9A 4XIOA 3WG2A 1SCSA 1AF9A 5T54A 4QN6A 4Y24A 3KM5A 4H53A 4FOQA 3WHTA 4Y1VA 2OW4A 4GKYA 1W6QB 3RRDA 1IS4A 4K1ZA 1N3OA 3ZXJA 4MZAA 3JUUA 1A4QA 2VXRA 4PBPA 1KQRA 1LESA 4M3MA 3AP7A 1INYA 4XMAA 3OBRA 4DPNA 2CNAA 1AXKA 2PHRA 4ATEA 3I4IA 1A8DA 1W6OA 1EUSA 5HCFA 1S1AA 4C1XA 1PZ7A 4YW5A 1ULGA 5IK4A 3M3OA 3V0AB 4BPZA 1MS1A 1O4ZA 1OFSA 5IT6A 5JDBA 2Q5TA 2AREA 3TI3A 3C2UA 4M3CB 3WZ1A 2PHUA 1DILA 4LBJA 3AJYA 3JU4A 5IK8A 2GNTA 2F10A 1N1VA 1LOGA 3USUB 4Z8BA 3OBTA 3PVEA 1HDKA 1QDOA 4XDQA 1LHVA 4K1KA 2WKKA 2D3SA 5EWSA 5H9PA 4XJZA 2GMEA 4W65A 2V73A 4LBNA 1U0AA 4XZPA 1WW7A 5KXCA 3SH4A 2CMLA 4MZEA 1NSCA 1S0CA 3VUOA 2HYKA 2ZGPA 2GN3A 2W39A 3AYEA 2D6MA 2ZGRA 4LBLA 2F28A 4FPFA 5T5LA 4R9CA 1KJLA 4R9BA 3KQRA 4HANA 4AWDA 2A5ZA 1X50A 2GMMA 1W8NA 4MJUA 4YM0A 4Y20B 1V0ZA 2YA8A 1QOTA 3V0BA 4MWYA 4GZPA 3INAA 4QN3A 2ZKNA 4P9XA 4QN7A 1UPSA 1S0IA 2P3IA 2R1BA 5CB7A 3MW3A 4MWRA 2JJ6A 5GLVA 2ZGMA 1UN1A 3MW4A 2A3XA 4ISRA 3WDWA 1IS6A 1HKDA 1J1TA 1CPNA 5DXDA 1A78A 2HTWA 5JOWA 1GYKA 1V6LA 4XILA 1LOAA 4FJ6A 2R0FA 1DQ6A 5HX0A 4GKXA 3V0BB 3K3AA 3VKLA 4J9TA 1GNHA 1INVA 2QWKA 4ATFA 3H71A 4AGVA 1CIWA 1FYUA 1CJPA 3V65A 3B00A 2YDTA 3WUCA 2PHXA 1V3CA 5GZDA 1LULA 4I30A 2VY0A 2VH9A 1DIWA 3H73A 1W1XA 1W0PA 3WNXA 2F25A 1QNYA 1CPMA 4AGRA 6NN9A 1APNA 1V6MA 2ZHKA 3R4SA 1F9KA 4FPCA 2UWBA 2GNBA 1JYIA 1W20A 4H52A 3HMYA 4D8SA 1N1SA 2D6KA 5GZFA 1SNTA 2PHWA 1VIWB 2F26A 3N7LA 2VK5A 4YW4A 2PELA 3AFKA 3AZYA 1INXA 3HR9A 2A6XA 4X49A 2YA6A 5GZGA 1LGNA 1H9WA 3RG0A 5JMCA 1DLLA 1MVQA 2VW0A 1QOSA 3T2TA 1Q8VA 4H55A 1YYNA 1AX1A 4FP3A 2DV9A 1IOAA 1LGCA 3TI4A 2EALA 7NN9A 1LHNA 4LBQA 2ZHNA 3WCRA 2D6NA 5HUGA 1W8OA 2ZGTA 4XJWA 2ERFA 1F8DA 4MWJA 3CNAA 2ZA9A 4GALA 4JRAA 2DURA 4YG6A 1LOCA 3L2YA 1WBFA 3MEPA 5E89A 1Y7BA 4WEGA 2NP0A 1IVFA 4YZ4A 5L73A 3TB0A 4UW6A 5T5PA 4YM2A 2ZAAA 1LHUA 2CY6A 1Z4VA 5JVVA 2WT0A 3CL0A 4GWMA 3ZXFA 1NNCA 1UL9A 3ZXEA 1LEMA 5FRAA 2W38A 2ZGLA 1G9FA 3AP5A 4QNPA 2A6YA 5JOYA 5HUKA 3SH5A 4TZDA 2DU1A 4MWVA 1HLCA 1ONAA 2F11A 4BMBA 2BQPA 1CESA 2VK7A 2AR6A 4WA3A 1G9DA 3BTAA 4P9WA 4YM1A 4R9DA 3RQ0A 1WD4A 1LU2A 2XG3A 3AZZA 5GLWA 1ENQA 1W6PB 2F0ZA 4Q26A 4XE9A 5EYXA 2VSKA 1VALA 4CPLA 2W52A 3B3QE 2JKBA 1O4YA 1Z4XA 3GVJA 3AYDA 1IVGA 2F13A 2V5YA 2XZKA 4NC5A 4DQAA 1ZA4A 2P2KA 5BYNA 2F27A 1WW6A 2SLIA 2YA5A 3HN1A 3VKNA 1W21A 1NCDN 5KXEA 4Y22B 1CONA 4FOWA 3A72A 1LGBA 2I2SA 1V3DA 1GV9A 4BM8A 1Z4ZA 3ILNA 2GNMA 1F8CA 5HUNA 4Y26A 2DTWA 2Z42A 3H6JA 3WG1A 1UZZA 3IMNA 3WV6A 3CYEA 5DUWA 1NNBA 2ES3A 1LEDA 1B09A 4XIKA 2DTYA 4PF5A 4BLJA 2ZBJA 5DUVA 1B9SA 5FREA 1V2IA 1V6IA 2YMZA 1QGLA 4Q1RA 4AVSA 2OVUA 4GXLA 4ZXKA 3PVNA 2H0BA 1Z0HA 2R0HA 2HU0A 5DG2A 5F9TA 1Q8QA 3D12A 2PHTA 3B69A 3O0WA 5DG1A 2VWDA 1W6NB 5CNAA 4M3CA 2CWMA 4Q2FA 2GDFA 4BQ1A 4GZTA 3K36A 3VKOA 3H0OA 3DGTA 4JCKA 4DS0A 3USUA 2X9MA 2LTNA 3APBA 4YFZA 4MWUA 4UF7A 1NSDA 5M1ZA 5DZGA 2WT2A 4LBMA 1SBFA 1AJOA 3A71A 3V64A 3POYA 3GNEA 1WCSA 1AVBA 3ZXKA 4HZXA 4GA9A 2YDPA 3VKFC 2W68A 4P14A 2XZJA 1G9AA 2ZB6A 3WLUA 2WSVA 2VW1A 4XXPA 2F24A 1JXNA 2NMNA 2VW2A 1F8EA 2YROA 4RL7A 4Y20A 3SH3A 4WVVA 4XHBA 1DHKB 3U4XA 1GLHA 4FZHA 4CTEA 4FOYA 1YI7A 3SALA 4CPYA 3ZYRA 4GZWA 4XJRA 3AJZA 1G9CA 3RSJA 2WQZC 2R1DA 2QWHA 4M3CF 1HQWA 2ZABA 1GBGA 1GZ9A 2YA7A 2VVZA 4YGEA 4XXAA 2DUPA 3N35A 2HTVA 2QWCA 4GB1A 2AH2A 4YZ5A 3M1HA 4B7JA 2EXHA 1Q8OA 1WW4A 3LSEA 4YZ1A 1V3BA 2QWFA 2QWIA 1N3QA 4CPNA 2AEPA 3WUDA 4X47A 2EXJA 3BEQA 1N3PA 2UWAA 1LECA 2CYFA 4XJ8A 4GZSA 2YZ4A 3RMXA 3UK9A 2AGSA 1NSBA 1PZ9A 3WDTA 5HCBA 1E8VA 2AEQA 1DQ1A 3ILFA 3SNMA 5KXBA 4NO4A 3AYAA 4XJAA 4JF7A 1DGLA 4Y1ZA 4KS2A 4X4AA 4FVVA 1JOJA 1GICA 1SLBA 4FVKA 2QWGA 1WLCA 2B7YA 3RS6A 1L7FA 3PVOA 1B9VA 3M3QA 1SLLA 1XOEA 5IK5A 1MZ6A 4PCRA 1SACA 2CTVA 2QWAA 3T1LA 4Y1YA 3UJQA 1NMAN 1JUIA 3WG3A 2ZGUA 1UKGA 3SITA 3B9CA 5JOZA 1YIFA 3MW2A 4YM3A 1A3KA 3ALWA 1ZM1A 1VAMA 1HQLA 4UW3A 3OGGA 5CA6A 3A4UA 1V6KA 4X6KA 3OJBA 3VKMA 3K37A 4MWLA 1MACA 1SLCA 4TYSA 4XMIA 3ZSMA 5EXOA 1G8WA 1DZQA 2D6PA 4NOTA 3WDUA 2KM2A 2AENA 1SLAA 3WVJA 3WG4A 1EURA 4KS3A 4FOVA 2NMOA 2D44A 1IS3A 4YG3A 4GZQA 3OY8A 1S0DA 3O5SA 3AP9A 3ZVXA 4D69A 1IS5A 3WOGA 4YW3A 4FPGA 5T50A 3W58A 1UZYA 2DVAA 4GZOA 2DUQA 1D0HA 2SBAA 4YLZA 1LHOA 4R9AA 2W5OA 3GALA 1NMCA 1NNAA 1Q8PA 1WBLA 1S0GA 1GZWB 1EPWA 4ISQA 3R4UA 2D6LX 1MR5A 3B01A 4K1JA 1N1YA 5H9QA 3LCPA 1MS3A 2C9AA 2NM1A 3OY8B 5T55A 2A6ZA 1ULDA 4WZFA 3A0KA 4PBOA 3NV1A 2YV8A 1DBNA 4WEFA 4QN4A 4Y1XA 4YG0A 1INWA 4K3YA 5SV8A 1WLDA 1INHA 1SFYA 1QF3A 2WNEA 2HU4A 3INBA 3O0VA 2E7QA 1CQ9A 3PJQA 1W6PA 2JE9A 5JLVA 4UW4A 4KS4A 1BXHA 1ULCA 1KITA 1QMJA 1D2SA 1L7HA 3B7EA 3IKWA 4AVVA 1GNZA 3TICA 3D6EA 3QCWA 1CR7A 1LCLA 1BQPA 3OYWB 5H9RA 3I8TA 4FP2A 4M00A 1KDMA 3K39A 5T52A 4QN5A 3GVLA 1DQ2A 4Q8KA 1AXYA 4DGRA 3IPVB 1S0FA 1LOEA 4Y22A 3POSA 1GANA 1LOFA 2BATA 3T1MA 4FPOB 1BJIA 1NMBN 1RINA 1XQNA 2DVBA 5HUMA 1C4RA 1DQ5A 1IKPA 1F31A 3M3EA 1I1EA 2ZMKA 1WLWA 2RHPA 1OKQA 2P37A 1WCQA 4YGCA 4CPMA 4XTPA 1UMZA 2EIGA 1MS9A 1A14N 5GLZA 2DWRA 1EUTA 3R05A 2ZHMA 4MX0A 3IN9A 2EXIA 4BOWA 1A4GA 2HTYA 1E8UA 1BKZA 3AP4A 5GLUA 2CWSA 4LBQD 4YGDA 4NCSA 5GLTA 3Q9OA 1W6NA 1V6NA 2A71A 5DUUA 2A3YA 1MS5A 2D6OX 2A75A 4XTMA 1V0EA 1GZCA 3WDXA 1C57A 1VAVA 4CRQA 5E8AA 4B7NA 2AYHA 3AZXA 1V6JA 2NN8A 2HT8A 5E88A 1SO7A 2NZ9A 2DVGA 3JU9A 5JYYA 1FX5A 3NV4A 4FPHA 3BOPA 4MJVA 3FLPA 4FPLA 4YW2A 5HCAA 2W5NA 5CAZA 4B7RA 2FMDA 4AYUA 1V00A 3K38A 1G86A 2HTRA 3BIWE 2P3KA 1QDCA 4LBOA 1NCAN 5T5OA 4YZ3A 1G9BA 4K1IA 2RKCA 4XBQA 1JHNA 3POWA 2ZGKA 4ASMB 3AX4A 3GVKA 1SBDA 1W0OA 2D7FA 3AZWA 2UU8A 1F8BA 1MS8A 1SBEA 3D11A 3DUIA 2LALA 4ITCA 1F5FA 1W6MA 3RMYA 5DUXA 2OUHA 1USRA 4YGBA 1FV2A 1WUVA 3TIAA 4FQ4A 5KXDA 1GKBA 2YY1A 1QU0A 3WHUA 5GZEA 1MVEA 4KS1A 4HL0A 2XCYA 1MS4A 4K1YA 4HIZA 2OUJA 1EUUA 4XHXA 1CN1A 1INFA 2JD4A 1BYHA 3AXEA 3ATGA 4GEZA 2EXKA 3ALXA 4I00A 3WDYA 2BERA 2E53A 1B9TA 1ENSA 1VLNA 2B8HA 1W6MB 4WV8A 1C1LA 4MWXA 4GDIA 1KDKA 4KS5A 3TI8A 2ZGNA 1RIRA 3ZSLA 3SLIA 2BZDA 3CKZA 4GWNA 1UAIA 1W6OB 1FV3A 2A3WA 1IVEA 5DZEA 4M4NA 1PZ8A 3T1EA 3ASIA 1FAYA 1V6OA 5F5QA 3FUQA 3ZXLA 3OPZA 4SLIA 1LOFC 3D4KA 2C4AA 4M4UA 3UL2A 3SANA 1QOOA 2WT1A 3ZSKA 1SCRA 2ZHLA 2W20A 1Z78A 2UURA 5GZCA 3ILRA 2ZGOA 1C1FA 1KRIA 2AUYA 2ENRA 2R16A 1Z50A 2XZIA 4HZVA 4XBNA 2HT7A 2DVFA 3TI5A 1V3EA 2G4IA 5JOXA 3N7KA 4WA5A 2GN7A 1NLSA 3FLRA 2ARXA 2WSUA 4HZYA 2E6VA 5LK5A 4GJTA 1LENA 1LU1A 4YW1A 1MZ5A 4XBLA 2ZGQA 3VV1A 4K1HA 2WJSA 3TAYA 1NCCN 2PHFA 4PQ9A 4L8QA 4WA4A 3MPPG 2D3RA 3NSSA 1URXA 5H9SA 3ZPYA 2A70A 2DYCA 4OZXA 1DFQA 1Q8SA 3CL2A 4DRVA 1ENRA 2NYYA 1AX2A 4ZKTB 2UWCA 1N47A 1GSLA 4FPJA 3O9KA 1SLTA 1GZWA 4AVTA 2VUAA 1AZDA 3QLQA 2CL2A 2C4LA 2QWDA 1KJRA 2E7TA 4MC7A 4GZXA 4CPOA 2A6VA 4YFWA 1N1TA 2GALA 1INGA 2ZGSA 1JN2P 2A7AA 4LBKA 1SLIA 4FQZA 3TI6A 1JW6A 2XB6C 1DQ0A 2P34A 2D43A 2HT5A 2ZZJA 1R1ZA 5CBLA 2F12A 1DYPA 4FPEA 3N7MA 2ZB5A 5B2DA 3ZYPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2F6BA 1NT0A 3ZDVA 3RZZA 2VR4A 3ZSJA 4UFJA 4D6RA 5GTQA 2R043 1TME1 2ZMNA 1MQTC 1LTEA 4ES8A 2W1QA 3IB3A 1US3A 4GDJA 2VCBA 3AXDA 3BGAA 3N4MA 2ZEXA 3CF6E 4Q0QA 1F2NA 2VU9A 3AZVA 3BB6A 5BNOC 3VZNA 4EROA 1JYCA 1K32A 1ND3A 3KZ4C 5D2AA 4DMIA 3CZUA 3UT0A 5J96B 4MWQA 4DFSA 2DUOA 3IMMA 3M3CA 4ZY3A 3OPTA 1IVBA 2EF6A 1QJU3 2X5IA 4K20A 3R0RA 4Q8LA 1AXZA 1W2OA 4KBBA 1QKQA 5EYYA 3VBUB 1L7GA 5FWEA 1NKGA 1NXD1 4P08A 3OYWA 4HVQA 1W8UA 2GZWA 1RVF2 4HZZA 5LCWL 1HB2A 1XNDA 5FZLA 4WVZA 4MHUA 4FPYA 1LJ7A 4RA0A 4XAEA 1CJDA 2POOA 2Q8DA 2WR9A 3P5BL 5DZFA 4LE3A 5IVEA 2ZX4A 4IE0A 5FZFA 4C0HA 3O9JA 3FWEA 4AEDA 1H30A 5K0UB 4HZVA 3CKHA 1COV1 3AMHA 3LA7A 3HLIA 1JZ8A 2HWF2 2JDKA 4XABA 3UETA 3MPBA 5LY1A 3AP6A 2ZAHA 3IPVA 1QH6A 2HTUA 1PM4A 2FMYA 4QX3A 4CEWC 2QVSB 3LSDA 5JIUA 2BW8A 3GHMA 1W9WA 2XKOA 2D3PA 1A6CA 3NV3A 3PU8A 2QQMA 5T5JA 3H7YA 2VSMA 1OF4A 1CX4A 4Q0UA 2VMGA 4U36A 4LLOA 4LOSA 3NKTA 4AEJA 4CDWB 2DVDA 4XJUA 2YA4A 5FZHA 3FLTA 3A0NA 5DAXA 3PJYA 1IVCA 1RUG3 3NJYA 3O0XA 3JD71 3NNLA 2ZACA 5FLIA 5EP9A 2QWBA 2IAPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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