4FPLA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3,4-dichlorobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 198
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
198
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 198
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fplA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fplA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fplA02
1WW7A 3NWKA 4NOTA 1S1AA 5H9RA 1V6LA 3TI5A 1AJKA 5GLVA 3ASIA 4QNPA 2XB6C 3CKZA 4M3CE 3WVJA 1FATA 3PVOA 4BMEA 2CWMA 4YFWA 2XCYA 3B9CA 2D6PA 4AGVA 3FBYA 4FP3A 1UN1A 4AWDA 3AZWA 4MWLA 1NNCA 1N47A 4FOWA 4WV8A 2VXRA 3V0AB 3AXDA 2SLIA 4DGRA 1UMZA 3ZXJA 3T1MA 2ZKNA 1V2IA 1MWEA 4GEZA 1KJLA 2D6OX 3V0BB 1F8BA 4FPFA 1AXZA 3H71A 1UX6A 1BQPA 5B2DA 2WQZC 5T52A 4MWJA 4BBWA 3AX4A 4HIZA 3TAYA 2Z42A 2VY0A 3POSA 2UWCA 3WDXA 1DQ5A 3AYCA 5JOWA 3UJOA 5CA6A 1QNWA 1LHOA 3AFKA 4ASMB 4NO4A 3AP7A 1GZ9A 3AP4A 3R4SA 2D6LX 5CAZA 1MACA 1W6PB 4NN9A 1DYPA 5DXDA 4FOVA 5F5QA 2WSVA 3L2YA 5SV8A 4K1HA 1INWA 1ENRA 4DQAA 1AF9A 1CJPA 5T5LA 4XJRA 2V5YA 3ZVXA 2R16A 1QOSA 3WG1A 3VKOA 1YYNA 1NN2A 5DG2A 2WLQA 2ES3A 1S0DA 2QWAA 3WHTA 3RQ0A 1B9SA 1GZWB 4YZ1A 5KXDA 4MWRA 1Q56A 4LBOA 4DRVA 3WDTA 4Y22A 2NZ9A 1RIRA 4FPLA 5HCAA 4B7NA 1YRZA 4AGRA 2F11A 4Q8KA 1WW6A 3BODA 2YDTA 2SILA 2F10A 3RRDA 3INBA 2DVDA 3AXEA 1V6JA 2HTVA 4WA5A 1NSBA 2ZGKA 4ISQA 2W5OA 1KQRA 1LJ7A 2PELA 1W6QA 2R1BA 3N35A 4MWXA 4CPYA 1N1TA 3WCSA 4Q6KA 4ISRA 1L7HA 1GANA 1MVEA 1W21A 3VKNA 1B9VA 2WJSA 1GSLA 1NCBN 2E53A 3B3QE 4Z8BA 3C2UA 4PF5A 5FREA 4LBLA 4KS2A 4CPZA 1ZA4A 2ZB5A 4WA4A 3GVJA 4YG3A 2D43A 2ZBJA 5T5OA 4K1ZA 1W6OA 1LTEA 1RINA 2D6MA 4H52A 5GZCA 1SNTA 4FJ6A 1S0IA 2E6VA 3TI8A 1Q8OA 2F25A 4KS3A 4KBBA 2GN7A 2OUHA 2QWIA 4R9BA 2VW0A 1Z4ZA 4PBPA 4GJTA 1W6NA 1NSDA 3JU9A 4JRAA 4Q2FA 2YDPA 1IVEA 3AP9A 2ZGPA 4YM1A 1A14N 2EAKA 2CMLA 1QNYA 3PVEA 5HUNA 4QN3A 1SLCA 3OY8B 3PJQA 1JHNA 2ZACA 4FVVA 3GVKA 3A0NA 4SLIA 2VSMA 4FPOB 2YMZA 2A5ZA 2F28A 4FOQA 2R1DA 1V6IA 3ILFA 4P9YA 1R1ZA 3T1LA 1W6OB 4PQ9A 2ARXA 3BIWE 5JOZA 1Y7BA 5AVAA 4YZ3A 3CYEA 1KDKA 2WT1A 2GMEA 4PBOA 2DYCA 5EXOA 1FV2A 5HUGA 1V3BA 4GZOA 1EUSA 2YV8A 1LOAA 2A6YA 3SNMA 4GZQA 1V0FA 4FP2A 2DURA 2P3KA 1CVNA 4HL0A 1CIWA 4Q1PA 3AJYA 1NCCN 1U0AA 2SIMA 4DRRA 2HT5A 4TYSA 4YW1A 2YXSA 1DLLA 4Y26A 1FYUA 3WHUA 1DQ0A 2ZB6A 2A6ZA 3ALWA 2GDFA 1W20A 2DUQA 1HQLA 1I3HA 1IOAA 2G4IA 3OGGA 3ILNA 2D3RA 2Q5TA 4YM2A 1SCSA 2ERFA 3UK9A 4XHBA 2P3JA 3VV1A 2DU1A 1LODA 2HTUA 2JJ6A 2VK6A 2JE9A 1APNA 3SISA 5JDBA 1LOCA 3AZVA 1F8DA 1CESA 5GJ6A 2H0BA 2DUPA 1MVQA 2DVBA 2ZGRA 4LBKA 4LBMA 3CL2A 1ULCA 2FMDA 1GLHA 4K21A 1JYCA 1V3DA 1MS4A 2D6NA 1Z4WA 3K37A 4GZSA 2DUOA 1YXWA 1F9KA 1NCAN 1B9TA 4GALA 2OUJA 4ITCA 3RMYA 3H72A 1XOGA 4YW5A 1LULA 1IS5A 3H0OA 5IUQA 1F8EA 1ULGA 3M3OA 2GNTA 5E8AA 4P14A 4GWMA 5HX0A 1DYKA 2ZMKA 1N1SA 4WZFA 3AJZA 1DIWA 2A6WA 1SO7A 2QWKA 2JKBA 2A6XA 2WNEA 3T2TA 4BPZA 4FPYA 1EURA 2D3PA 3AK0A 1Z0HA 2QWFA 1SLTA 1AVBA 2DVGA 1MS8A 3LSEA 5DZGA 1KJRA 2BERA 4UW6A 1RITA 4FPHA 3ZXLA 4GZXA 4GDJA 3M3QA 1A4GA 5M1ZA 2DVAA 4QN5A 4C1XA 4GZPA 4GB1A 1DGLA 4YM0A 1IS3A 1AJOA 2BF6A 4YGEA 4C1WA 2A75A 1L7GA 2ZGNA 3AYDA 4AGGA 1LOGA 3M2MA 4RA0A 4YG0A 4AVVA 4XJQA 1FNZA 4Y1ZA 4H53A 4OZXA 3LSDA 4JF7A 1S0GA 3AP5A 1V6MA 2ZZJA 2JD4A 1CPNA 3I8TA 3ZPYA 2C4AA 5FRAA 4M4UA 4MJUA 4AVSA 2LALA 1YIFA 5GALA 3WUCA 1X50A 1GV9A 2A3WA 1F5FA 4CPLA 2YA5A 5T5PA 4Y1XA 3FUOA 3FFZA 1W0PA 1MZ5A 5IK4A 1SLAA 1VAMA 2HU4A 1NMCA 4KS4A 2EALA 1CN1A 1OQ1A 1PZ8A 5CNAA 1C1FA 3LCPA 2ZMLA 1N3PA 1GYKA 2FHRA 1A4QA 1E8UA 1GBGA 2NMOA 2E51A 1SFYA 1YO8A 3IN9A 1LENA 2A70A 2ENRA 1VCJA 1A8DA 5T54A 4QN7A 2ZAAA 1KRIA 3VKLA 2NYYA 5GLTA 4FPJA 1AZDA 1HLCA 3NSSA 5CBLA 2PHWA 4HZZA 1CONA 5GZEA 1S0JA 2HTYA 3O9KA 2D6KA 1AXKA 1NMBN 2UU8A 4KS5A 1QKQA 1WUVA 4XE9A 3WDUA 1VIWB 4R9DA 3M3EA 3QLQA 1LOFC 2PHXA 3OYWA 3D11A 1E8TA 3DUIA 4XZPA 2D3SA 1INYA 3VUOA 4M01A 1ULEA 1G9FA 3MW2A 4K1JA 1CPMA 1V0ZA 3TB0A 2EXIA 2OVUA 5GZGA 5L73A 1IKPA 2RKCA 2VU9A 2P3IA 6NN9A 4YGDA 2W38A 1WBLA 2WKKA 3ZYPA 4K1YA 3TIBA 4GA9A 4RL7A 3NV2A 2HTRA 1BJQA 4FZHA 2CNAA 2NP0A 4F83A 1MS1A 5GM0A 4ZKTB 2F29A 4GZTA 4XIOA 2QWJA 3SH3A 1G9CA 1WLWA 3BTAA 4HZVA 5IK5A 3WDWA 1FX5A 4HZYA 1LGNA 3N7JA 3SLIA 1BXHA 1A78A 2YY1A 1SBEA 1IVDA 4Y22B 2F26A 2YROA 3WZ1A 1GNHA 2NMNA 3ATGA 1QGLA 2PHUA 5KXBA 1GNZA 4QN4A 3K39A 1FAYA 2UURA 1UPSA 4B7QA 4WA3A 2D44A 4Y1VA 4WVVA 1UL9A 4DPNA 4MZAA 1INGA 2AYHA 4Q27A 1LHVA 2WT2A 5DUWA 1AXYA 3NV3A 3SH4A 1W6QB 3OPZA 1EUUA 2R49A 4M3CF 4U36A 4XJUA 2HT7A 4BM8A 2DTYA 3WG4A 3ZSKA 1OFSA 3A0KA 4FQZA 4FQ4A 1S0CA 3SANA 4K1IA 2GN3A 2CYFA 1Q8SA 2CY6A 1VAVA 2W68A 1HQWA 1E8VA 3RSJA 4XTMA 3AZYA 2P2KA 3TI4A 1TEIA 3ENRA 3WDVA 3R05A 2VUAA 1WCSA 2AEPA 5KXEA 3IM0A 1G9AA 3HN1A 3IPVA 3IKWA 1ENSA 2ZGMA 3IMNA 1LOFA 4Y1UA 3JUUA 2XZKA 4Y24A 1G9DA 1LHNA 2YA7A 1JBCA 5T5JA 1BZWA 1BKZA 4BLIA 1NNBA 1SLLA 2C9AA 2PHRA 4LBQA 1ULDA 4FPGA 1W6NB 4XJ9A 1V00A 4MJVA 1AX1A 3WG3A 1QDOA 1IS4A 4M3CA 3D4KA 1IVBA 2X9MA 3AZXA 3O0VA 4W65A 3V65A 3O9JA 4R9CA 1WLDA 2E7QA 4MWQA 4GWNA 1GKBA 2NM1A 3POWA 2PHTA 4XBLA 2GMMA 1A3KA 1F8CA 5GLWA 3USUA 3O5SA 2HU0A 1W8OA 2AUYA 1SBFA 1LHUA 2LTNA 3GALA 5H9SA 3IPVB 5GZDA 3K36A 2HT8A 3D12A 1UKGA 1O4YA 1L7FA 5HCBA 1DBNA 1EUTA 4XJ8A 1QMJA 2GALA 3BEQA 4XILA 4XYXA 3N7MA 1GZCA 1D0HA 5DG1A 1C1LA 2B7YA 7NN9A 4PCRA 4YGBA 1JN2P 4DFSA 2W20A 4LBJA 4Q1RA 3ALXA 1INVA 4TZDA 1IVGA 4CTEA 1V6KA 2SBAA 4Y20A 2W39A 2ARBA 3AZZA 4XJZA 2VH9A 4LBNA 1N1VA 4HZWA 2HYKA 3Q9OA 1WBFA 1ENQA 1N1YA 3N3HA 1H9WA 3AYAA 3H6JA 5NN9A 1INHA 4XHXA 4M3MA 3WOGA 2UWBA 1G8WA 5EYYA 1LEDA 1W8NA 4FPEA 1NLSA 5DUUA 1W6MA 2AGSA 2F12A 3CNAA 4MYEA 1YI7A 3O0WA 3I4IA 3B00A 2DVFA 2JECA 5B2CA 3B69A 1VALA 4IQPA 4GKXA 4XBQA 2GNBA 1QOOA 2F24A 1Z4XA 4YZ4A 4B7RA 1AX0A 1LU2A 1LOBA 2EF6A 3V0BA 4NCSA 1NSCA 1C57A 2ZMNA 3MW3A 1HKDA 1J1TA 4MZEA 1GICA 1KDMA 2D7FA 2EXJA 2W52A 4Q8LA 3CL0A 2DTWA 1N3QA 1BJIA 4YZ5A 1CQ9A 5LK5A 2C4LA 2YA4A 4I30A 3RG0A 1W6MB 1N3OA 2ZGUA 2ZGQA 1W6PA 4AYUA 1LECA 4GDIA 3MPPG 4K3YA 3O12A 1S0BA 2VW1A 1V6NA 3NV4A 3OBTA 1PZ9A 4AVTA 4XJWA 3A4UA 1DIMA 3TI3A 1DZQA 2ZA9A 1SLBA 3VKFC 1C4RA 2W08A 3ZSLA 3HR9A 1XQNA 1DQ1A 3SILA 2E7TA 2EIGA 1V6OA 2YA6A 5KXCA 3W59A 4ATFA 3INAA 3K38A 1FNYA 4X6KA 1SLIA 1OKQA 2VWDA 1Q8VA 3M3CA 4XBNA 1INXA 1UZZA 3WDYA 1GZWA 4XDQA 5T55A 1D2SA 1LGCA 1ULFA 5DUVA 2BATA 1JXNA 4K20A 3H73A 4FPKA 1G86A 1I1EA 3M1HA 4BMBA 3SALA 5HUMA 5BYNA 2JDZA 2ZHKA 3PMEA 3D6EA 1USRA 3QCWA 2CWSA 5CB7A 5JLVA 4M00A 3ZXKA 1QU0A 5JMCA 2QWHA 3POYA 3OJBA 2ZHNA 1V3EA 3GNEA 1EPWA 3D5OA 5HCFA 1DHKB 1G9BA 1SBDA 4HANA 3TI6A 1V3CA 1F31A 2A71A 5DUXA 1S0EA 3FLPA 3NV1A 1Q8PA 4YLZA 1AX2A 2R0HA 4WEFA 2AEQA 1KITA 5H9PA 1DQ4A 4WVWA 2ZHMA 2V73A 1IKQA 2BZDA 1WW4A 2AR6A 1H30A 4JCKA 4GXLA 1LOEA 1NNAA 2QWDA 3O0XA 1LCLA 5JOXA 3N7LA 1WD3A 3R4UA 5E89A 2YA8A 1UAIA 3ZXEA 4L8QA 4ATEA 3WNXA 1SACA 3WUDA 2HTQA 1WW5A 3APBA 1MS5A 2VW2A 4GKYA 3MW4A 3RS6A 4X47A 1WD4A 3ZXFA 3A71A 5GLUA 2TEPA 2NN8A 1W0OA 3AP6A 2CTVA 1BYHA 4FOYA 1HDKA 3AYEA 5DZEA 2ZHLA 4D69A 2XZJA 3N36A 1G7YA 4XXAA 1MS9A 1V0EA 1B09A 1LEMA 4R9AA 3OY8A 5GZFA 3UL2A 3DGTA 2AH2A 2ZABA 3OYWB 2ZGOA 4UF7A 5H9QA 5F9TA 4XJAA 1JYIA 3W58A 4YZ2A 3RMXA 4U2AA 2AREA 2P37A 2F13A 4I00A 4JC1A 4BLJA 1QOTA 2RHPA 2VK7A 3FLTA 4ZXKA 1IS6A 1LGBA 1NCDN 2VVZA 2XG3A 1MR5A 3FUQA 1ONAA 4YW3A 1IVFA 1LESA 4K1KA 2EXHA 4D8SA 1WCQA 2DU0A 1NXD1 1IVCA 1WLCA 4YW4A 4WEGA 3UJQA 4J9TA 3WCRA 3GVLA 1JUIA 3TICA 4YFZA 2QWEA 2DWRA 1DQ6A 4P9WA 2A6VA 4XXPA 1DFQA 4Q26A 1NMAN 3BOPA 2ZGTA 5IK7A 2GNDA 5DZFA 2CL2A 3KQRA 1JW6A 1Z4YA 4CZSA 5T50A 3B7EA 2EXKA 2JE7A 3U4XA 4DS0A 4B7MA 3ZSJA 2HTWA 2QWCA 1Z50A 4YGCA 4BOWA 1PZ7A 3V64A 3K3AA 4M4VA 4UW3A 3T1EA 1Z78A 4HZXA 2C5DA 2WSUA 2QWBA 4H55A 4MC7A 3MEPA 1QDCA 3WLUA 4CPOA 4FPCA 4UW5A 1USXA 4NC5A 3A72A 1VLNA 1W1XA 3HMYA 4X4AA 4YW2A 3SITA 2W5NA 2PHFA 4B7JA 4XOGA 1MS0A 4FVKA 1URXA 2A3YA 1MS3A 2XZIA 4P9XA 1UZYA 1O4ZA 4MWUA 4CRQA 5EYXA 2GNMA 4XIKA 5E88A 5JOYA 2F27A 2GMPA 3ZSMA 1LHWA 3OBRA 4MWVA 4MWYA 4LBQB 3N7KA 5GLZA 1XOEA 3JU4A 2VK5A 2VSKA 4MWWA 1Q8QA 1Z4VA 2R0FA 2YZ4A 2ZGLA 1DQ2A 4M3CB 3TIAA 4YG6A 4YM3A 2OW4A 2B8HA 4M4NA 2BQPA 2UWAA 4LBQD 2A7AA 4Y1YA 3B01A 3KM5A 2I2SA 2WT0A 4X49A 1QF3A 1MZ6A 3USUB 4XMIA 4UW4A 2P34A 2KM2A 5JVVA 3ILRA 1LU1A 3FLRA 1ZM1A 2DV9A 3WG2A 4BQ1A 4GZWA 4CPMA 3WV6A 4KS1A 4CPNA 3W09A 2A3XA 4XMAA 1JOJA 5JYYA 3V0AA 2ZGSA 2QWGA 4QN6A 1S0FA 4MX0A 3PVNA 1VCUA 5HUKA 2AENA 1DILA 5EWSA 3VKMA 2F0ZA 1H9PA 5IT6A 1SCRA 4Y20B 1CR7A 5IK8A 3ZYRA 3NN9A 3SH5A 4XTPA 1INFA 1FV3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WW7A 2BJSA 2E63A 1S1AA 3NWKA 3KT4A 4MV2A 1NT0A 4INDA 4NOTA 4LNVA 2XBO3 1V6LA 2RR11 5F5AA 1AJKA 4OUSA 1CAVB 5GLVA 3TI5A 3MIDA 4D0QA 4DUXA 5IW0A 3ASIA 2WS91 3PL0A 3VNHA 4QNPA 2WBKA 2FDIA 3VDCA 4FSJA 2WS92 4QX5A 1ODNA 2XB6C 5FP8A 4L99A 4BWOA 1JU4A 4HVRA 4M3CE 3WVJA 3CKZA 3OGVA 1U5YA 1W9FA 4N8MA 1UXXX 4OYUA 4IEOA 5A7NA 2VVFA 4RHV3 1FATA 3PVOA 3MIGA 5J98B 4BMEA 4LXLA 2CWMA 4N53A 4OUMA 1QEXA 4YFWA 3TN91 2XCYA 1FMD2 3B9CA 2D6PA 3C3VA 4L11A 5BNPB 3HLHA 3VZMA 4AGVA 3FBYA 3AKTA 3MYXA 4FP3A 1UN1A 4LORA 3FHAA 3AZWA 4PDWA 2VMDA 2QQOA 4AWDA 3GXUA 5F37A 4MWLA 1NNCA 1N47A 2I74A 3VBRA 2HKXA 4CUAA 5FXZA 5C3QA 2FDFA 4CP1A 4GMP0 3ZFGA 4QXBA 1QJY3 1HIXA 2C1FA 4QGLA 5C8CC 5LA9A 4XFFA 4FOWA 2RS13 4WV8A 1OD5A 2QQUA 3MPBA 2VXRA 5BV6A 4OHXA 4RGAA 2ZOEB 4LE4A 1PIV2 3V0AB 3AXDA 5A3PA 2SLIA 2J1AA 4DGRA 4YARA 1UMZA 5D21A 3MHZA 1OURA 4AE2A 4O61A 3ZXJA 1GOGA 4D7YA 1UY1A 3T1MA 2ZKNA 2WAAA 1V2IA 4IFJA 1OVSA 3J7LA 1AYN1 4Q0QA 1MWEA 2W92A 3BYCA 4GEZA 4Q4Y1 3CLPA 1KJLA 5A3TA 1HRI1 2VNVA 3KCYA 5J37A 4LK7A 2D6OX 3P6BA 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