4FPLA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3,4-dichlorobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 198
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
198
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 198
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fplA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fplA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fplA02
2ZGMA 2A6VA 1JN2P 1A3KA 4GZTA 4JCKA 4Y24A 1W6NA 1PZ7A 1USXA 5F5QA 5KXEA 5GZEA 2VSMA 4ATEA 2F27A 2DVGA 1MZ5A 3AJZA 4LBNA 5CAZA 5JOXA 4Q8KA 3B00A 5HCAA 4K1KA 4M4NA 2QWFA 2A7AA 2JD4A 3WZ1A 2HT8A 1NSBA 4DFSA 5BYNA 3WUDA 1G9FA 1Q8OA 5IT6A 1CONA 3TAYA 2EXHA 3GVJA 1JXNA 2DVBA 4Q27A 3POSA 3LSEA 3LSDA 3PMEA 3NV3A 2NYYA 3N7LA 2VSKA 1W6OB 1DYKA 4LBQA 2NMNA 2LTNA 2ZGKA 2D3PA 3INAA 1GZWA 2HTQA 4XDQA 3RRDA 1SLAA 4GXLA 2ARXA 1UN1A 2A3YA 1S1AA 2AH2A 2D6MA 2SBAA 1SCSA 1JW6A 2QWDA 5JMCA 3AZWA 3WCRA 1AXZA 3H0OA 3MEPA 1QNWA 1WLDA 2ENRA 2R1BA 3FUQA 1AXKA 4JC1A 4MWXA 2HTYA 4FJ6A 1B9SA 1G7YA 4FPEA 4J9TA 2XB6C 2VUAA 1LULA 4Z8BA 2HTWA 5HUGA 3D6EA 1LEMA 1LEDA 2NMOA 4GZQA 1INWA 4P14A 1F8CA 1JYCA 4YG6A 3N36A 4ITCA 3CKZA 3MW2A 4B7QA 3O0WA 5L73A 1W8OA 1HQWA 5DUWA 1RIRA 2GMPA 2GNTA 3TI8A 4D8SA 5H9QA 4YZ4A 3APBA 4XJRA 1S0JA 4GKYA 2VXRA 3O12A 2ZHMA 2JECA 4M00A 4GWNA 1DQ0A 3AFKA 2E7TA 2PELA 5IK7A 1V6OA 3V65A 4AGGA 1XOGA 1OKQA 4YG0A 1MS5A 2VH9A 2F11A 2NP0A 4U36A 2ES3A 3M3EA 5JLVA 4RA0A 3NV1A 2A75A 3AZXA 1Z78A 3WUCA 1H9PA 5IK8A 1QU0A 1F31A 1QDCA 3SANA 1QOTA 4UW6A 1QOOA 2QWJA 2HU0A 5M1ZA 5GZDA 4XTPA 3W59A 2A6XA 4FOYA 1AX1A 1A78A 3JU4A 1HKDA 1DIMA 5HUKA 5JDBA 1IS5A 2VW0A 3UJOA 4ZKTB 3NV4A 3V0BA 2ARBA 1MVEA 2ZA9A 1LU2A 3ZXKA 1SBEA 2ZACA 2GALA 4PQ9A 1IS6A 1OQ1A 4LBMA 2ZZJA 2A5ZA 1W6QB 1RINA 1MS9A 4XJAA 1LENA 2ZGLA 7NN9A 4FQ4A 4M3CF 4P9YA 4B7NA 4QN7A 4Q6KA 2LALA 1LODA 1DHKB 1MR5A 2P3KA 1QNYA 2AEPA 2F12A 1G9DA 5HCBA 3WG4A 4HZXA 1V3DA 3T1MA 3AYEA 1UX6A 3OY8A 2E51A 1NCDN 3INBA 2P2KA 4QNPA 3OPZA 3AXDA 2ZAAA 5JYYA 3T1EA 1C4RA 1HDKA 5DG1A 5DUVA 4K20A 2AYHA 1FYUA 1DYPA 4MJUA 3IKWA 4IQPA 4GB1A 3HN1A 3PVNA 1YI7A 1S0BA 2DTYA 4YFZA 5IUQA 2C9AA 3M1HA 2WSUA 1QGLA 1W6PA 4XE9A 4NCSA 2YZ4A 4BBWA 1GNZA 1ULCA 4MWYA 4Q1RA 1DZQA 3ZXEA 3AXEA 1NNBA 1IVEA 2D6NA 3FBYA 1S0IA 3OYWA 1NMAN 1E8UA 3WDVA 3ILNA 1KDKA 3ZPYA 3USUB 4MWJA 1C1FA 4AWDA 1EPWA 4Y22B 1UMZA 2YMZA 1G9CA 5IK5A 3WG2A 4FOWA 1W0OA 4GWMA 1IVGA 1V0ZA 1BKZA 4AVVA 4MX0A 1IVFA 4YM0A 4HIZA 4XZPA 2SILA 1GSLA 2VVZA 4YZ3A 2AENA 1AX0A 2CWMA 2CTVA 2QWIA 2PHWA 2E7QA 4MJVA 3WDYA 5CNAA 5HCFA 4K1ZA 4QN6A 2AREA 1MS1A 4MWUA 3U4XA 3TI4A 4XBLA 1VAMA 4GZPA 2JJ6A 2QWCA 3T1LA 1FNZA 3RMXA 3WDXA 1W21A 4X49A 3TI3A 3PVOA 4KBBA 4XHBA 1Q8PA 2QWHA 4C1XA 1EUSA 2GNBA 1WD4A 1V6JA 4B7JA 3I4IA 4CPZA 2QWAA 1N3PA 1V6IA 1FAYA 1SLCA 1V6NA 1LGCA 1ONAA 1HLCA 2C5DA 4LBKA 1UAIA 1BJIA 1JYIA 3SALA 4XJWA 2P3JA 2G4IA 2HTUA 2DUQA 4GZOA 4H53A 5T5JA 1SNTA 1L7GA 4KS1A 2A6YA 4XHXA 4YM1A 3ZXLA 3GALA 4XXPA 4WEGA 1BYHA 2A6ZA 2DVDA 4Y1VA 2EIGA 4CTEA 2ZGQA 3M3OA 3O0XA 2X9MA 3BODA 3WHTA 4DRRA 5T5PA 5E89A 4JRAA 4FPHA 4MWQA 1U0AA 2YA5A 3R4SA 1INFA 1Z0HA 4DRVA 1FX5A 4XJ9A 5GZCA 1INVA 2SIMA 1ZA4A 4WZFA 1TEIA 1VIWB 1Z4ZA 1PZ9A 1YYNA 5DZEA 4GZWA 1BXHA 3AZYA 1GYKA 4Q26A 3AZVA 3ZXJA 1GNHA 5E88A 4LBLA 5H9PA 3WDWA 1W6MB 3JUUA 5GLUA 3MW3A 4FVVA 4MWWA 1WLCA 4NO4A 4OZXA 3ZSLA 1WW5A 4KS5A 3O5SA 5AVAA 5DZGA 1ULFA 4DQAA 2F26A 2A3XA 1S0EA 2BATA 4DGRA 3W58A 4Y1UA 2XCYA 4D69A 4ISRA 2F0ZA 1ULEA 3BOPA 5KXDA 1N47A 2D44A 4GJTA 1LOGA 3Q9OA 4CPOA 5DUUA 2NN8A 4W65A 3WHUA 1ULGA 3SILA 3M3QA 1IKPA 1V0EA 4XTMA 1S0DA 2DTWA 2BZDA 2F10A 1SLLA 1UZZA 4YZ5A 1QMJA 5CBLA 3CL2A 2EAKA 1V3CA 3M3CA 2EXKA 1LJ7A 3CNAA 4YZ2A 1DQ2A 4M3MA 3SH5A 1H9WA 2YA4A 1B09A 1ENSA 4WA3A 5T52A 2W5NA 2R1DA 4XIKA 1A4QA 2VK7A 4K1HA 2WLQA 4MYEA 2PHTA 2F28A 2XZIA 2HU4A 4XMAA 2D43A 1CR7A 4X4AA 1LECA 4LBOA 1ZM1A 2RKCA 4Y1XA 2EF6A 1B9VA 1JHNA 2DUOA 1WCQA 1INGA 4K1YA 2H0BA 3M2MA 2HT7A 1W0PA 3K36A 3PVEA 2PHFA 1BQPA 2YA6A 2WNEA 4B7RA 3H71A 4XJQA 2R0HA 3C2UA 4WVVA 4B7MA 4XJZA 1SBFA 3AK0A 1SLIA 2KM2A 2UU8A 3H72A 4MWLA 4F83A 1NLSA 3MPPG 3RS6A 3A4UA 4Q8LA 3UJQA 4Y20A 2D7FA 1AF9A 1UL9A 1B9TA 1LHUA 4X6KA 1CJPA 2AEQA 4X47A 4GZSA 4M3CE 3AP7A 3O0VA 2PHRA 3BEQA 1NCCN 3ASIA 3ATGA 2WKKA 2V73A 1NCBN 3FLTA 3AP9A 5KXCA 4HZZA 1DQ5A 1CQ9A 3V0BB 1LOBA 2QWGA 2ZGPA 4FQZA 2BQPA 3KM5A 2DU1A 2PHXA 3WDUA 2HYKA 2GNMA 1BZWA 1I3HA 1F9KA 1URXA 2C4AA 1NCAN 1FV2A 4YW3A 4PCRA 1MS3A 1O4YA 1V3BA 1W6QA 1L7HA 4BMEA 3LCPA 3UK9A 4FPJA 2JE7A 4HZYA 4XJ8A 3RSJA 1VLNA 3IPVA 1AXYA 4HZVA 3R4UA 4M3CB 2ZHKA 4Q1PA 2OUHA 2R16A 5T5LA 5JOZA 1N1TA 3AJYA 2W20A 1Z4VA 5NN9A 3I8TA 1F8DA 4TZDA 4AGVA 4WEFA 3OY8B 4Q2FA 1JBCA 2EXJA 4KS4A 3B69A 3V0AA 5KXBA 5LK5A 1NSCA 4M4UA 4I30A 2F13A 3A0NA 2P37A 2XG3A 4XXAA 5FRAA 5T50A 4HZWA 2VWDA 2W38A 5JOWA 5E8AA 4WVWA 2W39A 1J1TA 5EXOA 1E8TA 1YIFA 3SITA 4HANA 1NNCA 1MS4A 3ZSMA 4YLZA 4DS0A 1V6KA 1QF3A 2DVAA 1WUVA 1D2SA 2Q5TA 3D11A 2DVFA 1USRA 2UWAA 1ENRA 2ZHNA 1S0GA 1V6LA 3ILRA 1SFYA 4FPOB 4FPGA 2W52A 1Z4YA 4WA4A 1AZDA 3AP6A 1Z50A 1C1LA 2D6PA 1INXA 3POYA 4Y22A 2GMMA 4MC7A 1UKGA 2AGSA 2BERA 1H30A 1IS3A 1GANA 4AVTA 2CWSA 1GKBA 3DGTA 4R9AA 4YW2A 2ERFA 1LESA 1LHWA 1IS4A 4FPFA 2I2SA 4K1JA 4C1WA 5T54A 2YXSA 1EUTA 2UURA 1N3OA 4R9CA 2ZMNA 3CL0A 4PF5A 4LBQD 4MWRA 1S0FA 3SISA 4M4VA 4UF7A 2HTVA 4FPLA 3FUOA 3HR9A 1X50A 2GN7A 4WV8A 3SNMA 1V0FA 2CY6A 2CMLA 1SO7A 3RQ0A 4FP3A 2VK6A 1N1SA 2D6OX 4ISQA 4CRQA 1NN2A 4FVKA 4BMBA 3OBTA 3AZZA 4P9WA 1MZ6A 5CA6A 2B8HA 1SLBA 5T5OA 1LHNA 2WJSA 2WSVA 3ALXA 2GN3A 1LOFC 5HX0A 3NWKA 3RMYA 1KITA 3N35A 4FZHA 3POWA 1DFQA 1EURA 1Q8SA 4WA5A 2A3WA 4AGRA 2OVUA 4PBOA 1WW4A 1LGNA 2NM1A 4Y1YA 2XZJA 1FATA 2ZKNA 3WG1A 2DYCA 1Q56A 1W6NB 4KS3A 2DURA 1Q8QA 5DUXA 2R49A 1MVQA 1F8EA 4TYSA 1GBGA 1O4ZA 2FHRA 4CPNA 3V64A 4ASMB 2AR6A 1LU1A 3WOGA 2DU0A 2D6LX 5F9TA 5GZGA 3BTAA 3JU9A 1UZYA 2JDZA 3D5OA 4CPMA 1Y7BA 5EYXA 1CIWA 1L7FA 2UWBA 1W6MA 4Y26A 1FNYA 3AYAA 4FPKA 1N3QA 2YV8A 3OBRA 3ZSKA 1JOJA 2PHUA 3SH4A 2QWBA 2P34A 2ZB6A 2A6WA 1VAVA 1BJQA 4DPNA 1G8WA 3HMYA 3T2TA 1W6OA 1CN1A 3A0KA 3SLIA 1D0HA 4MZAA 1IVCA 4XIOA 3N7JA 3N7MA 1G9AA 4XJUA 4ATFA 5DG2A 3QLQA 1DQ4A 1LTEA 4LBQB 3FFZA 2WT0A 2OUJA 4FPCA 1GZWB 5EWSA 2NZ9A 1SACA 3TICA 4XOGA 2ZBJA 4P9XA 1WBLA 1LHVA 3VV1A 5JVVA 1WD3A 4XBQA 2VK5A 2GDFA 4CPYA 1QDOA 3VUOA 4K21A 1I1EA 1AJKA 2Z42A 2YA8A 4GDIA 3ZXFA 1UPSA 2E6VA 1CPNA 2CL2A 1NNAA 1C57A 3WG3A 3R05A 2ZMLA 1YRZA 1RITA 2QWKA 3B01A 4H55A 4BQ1A 3ZYPA 2F24A 1VCUA 3OJBA 1GV9A 3O9JA 2ZGSA 2C4LA 2E53A 3PJQA 2JKBA 3FLPA 1WLWA 2D3SA 1R1ZA 4GA9A 1IVDA 2JE9A 2EXIA 2ZABA 2ZHLA 3KQRA 1KJLA 2D6KA 3DUIA 2YDTA 3VKLA 1AX2A 1HQLA 4GKXA 1LHOA 1LOEA 3TI6A 2AUYA 2HT5A 2ZGOA 4YGDA 2ZGUA 4YZ1A 2CNAA 2W08A 1SBDA 3VKMA 4YW4A 1DILA 4FOQA 3D12A 1WW6A 1V2IA 1DQ6A 4CZSA 1KDMA 1IVBA 1SLTA 5H9RA 4YM3A 2W5OA 3GNEA 1GICA 1Z4XA 2XZKA 3TIBA 2GMEA 4YG3A 2ZB5A 2YA7A 3WV6A 1AJOA 4R9BA 2UWCA 3K38A 1NSDA 5HUNA 4AYUA 2YDPA 4Y20B 3B9CA 3UL2A 1PZ8A 3AP4A 3AP5A 3VKNA 4XYXA 2OW4A 2YROA 1DIWA 4BLIA 5JOYA 3ZYRA 1KJRA 3BIWE 3ILFA 4QN4A 4GZXA 3WCSA 3H6JA 4K3YA 3AYCA 3FLRA 4YFWA 2ZGNA 1VCJA 3IM0A 4NN9A 4XBNA 5H9SA 4U2AA 1WBFA 1YO8A 4SLIA 1LOFA 5GLWA 1LGBA 5HUMA 1CVNA 2ZGRA 3WVJA 1MACA 1V00A 1INYA 3RG0A 5GZFA 3NSSA 1QOSA 3NV2A 2WT2A 4UW3A 4KS2A 1FV3A 2SLIA 4LBJA 5FREA 4M3CA 1YXWA 3ZVXA 1INHA 3IPVB 2F25A 1S0CA 1OFSA 5GJ6A 4NC5A 5B2DA 4YM2A 1GLHA 1G9BA 3VKFC 3AX4A 4M01A 4K1IA 2ZGTA 1W1XA 1W8NA 4FOVA 4QN3A 5GALA 4I00A 1Z4WA 5SV8A 1NMBN 3CYEA 3TIAA 4Y1ZA 2B7YA 4RL7A 4YGCA 1NXD1 4ZXKA 3V0AB 1F8BA 3ENRA 1MS0A 2VU9A 5GLVA 3B3QE 3K37A 3IN9A 4YW5A 2A70A 1SCRA 4CPLA 3K39A 3W09A 1LOCA 2W68A 4GDJA 1W6PB 2EALA 1N1YA 4PBPA 2R0FA 5T55A 1LOAA 3N3HA 3TB0A 5EYYA 1QKQA 1ENQA 1CPMA 4H52A 1V6MA 2CYFA 3USUA 3O9KA 4GALA 2WQZC 3A71A 2F29A 3OYWB 2VW1A 1NMCA 2DV9A 3GVLA 3QCWA 2V5YA 1E8VA 1VALA 2VW2A 1LCLA 1F5FA 1XOEA 1MWEA 3SH3A 1Q8VA 3TI5A 1KRIA 1V3EA 5B2CA 3B7EA 2WT1A 3OGGA 1CESA 1N1VA 2D3RA 5GLTA 1GZCA 4JF7A 3L2YA 3ZSJA 4L8QA 4FP2A 1IOAA 3AYDA 4MWVA 5DXDA 1DGLA 1IKQA 1MS8A 4XILA 1DLLA 1APNA 1KQRA 1A14N 2HTRA 1WW7A 1XQNA 4MZEA 3D4KA 2YY1A 2DUPA 5GM0A 1AVBA 1ULDA 4BOWA 1A4GA 4QN5A 5DZFA 2BF6A 2TEPA 2ZMKA 4BPZA 4YGEA 3N7KA 5GLZA 4UW4A 2P3IA 6NN9A 3H73A 3K3AA 1G86A 4BM8A 3WLUA 3NN9A 4NOTA 5CB7A 1EUUA 2A71A 4YW1A 4AVSA 4FPYA 4BLJA 4XMIA 1GZ9A 1WCSA 1A8DA 1W20A 1JUIA 3GVKA 4R9DA 3MW4A 4GEZA 2VY0A 4UW5A 4HL0A 2RHPA 2FMDA 4YGBA 2GNDA 5IK4A 2QWEA 1DBNA 1DQ1A 2DWRA 3ALWA 3WNXA 3VKOA 3IMNA 3WDTA 3A72A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZGMA 4D8MA 2A6VA 4P9LA 1UPIA 4KI5M 1JN2P 1A3KA 4GZTA 2XUMA 3SOVA 4JCKA 4Y24A 1W6NA 1PZ7A 2Y6JA 2JB8A 1USXA 3RVHA 2VMIA 5F5QA 2WZR2 5KXEA 5GZEA 4XW3A 4COVA 3FN9A 4IL7A 3AMSA 5C4WC 4KMQA 4ATEA 2VSMA 2Y64A 2F27A 1QJU3 1REEA 2DVGA 4K3UA 3O1UA 5CADA 1MZ5A 2WL1A 4HPKA 1PVC2 2X5IA 4GNAA 1RXFA 4B3NA 3AJZA 2D93A 2Y0OA 3ME2A 4LBNA 5CAZA 1LKNA 1GFF2 2HWD3 2VCCA 2G9GA 4KQ7A 5JOXA 1UOFA 4Q8KA 3B00A 4IV3A 5HCAA 2PQSA 4AGTA 4KG0A 4K1KA 3A7QA 4M4NA 2W8BA 1BEV1 3DV8A 2QWFA 2A7AA 2WZ8A 3OPTA 1NLQA 4KGQA 4XZUG 2JD4A 5FV3A 2A73B 4M0NA 3G4EA 3WZ1A 2UY8A 4BQXA 2WINB 3SREA 4O9EA 2BOIA 1NSBA 1FXZA 3KV4A 2HT8A 4DFSA 1CQ1A 2WWUA 1HXS2 3WP3A 4DUXA 1IUCA 5BYNA 2BBAA 3BOWA 3WUDA 4D3WA 3ZGDA 5HXVA 2O8OA 3WF4A 5JIAA 1G9FA 4DXZA 3VBHC 3BTZA 1Q8OA 4LKSA 1XYPA 2WAAA 3GM8A 4E4HA 5IT6A 5L19A 1CONA 1O4TA 3TAYA 5A80A 4IGPA 2EXHA 3GVJA 1H2LA 3POJA 2XL9A 5GX5A 4WM8B 1VAKA 4ARXA 1QJU2 1JXNA 2DVBA 2QQNA 4XFIA 3A9HA 1ASJ1 5C9AA 4Q27A 5JSRA 3BN6A 3POSA 3VZKA 1RUE1 2C9KA 2Z4FA 3ZYHA 4TXWA 2VVDA 3S5QA 5LK7B 2BRTA 4PQQA 5GKAC 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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