4FPLA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3,4-dichlorobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 198
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
198
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 198
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fplA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fplA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fplA02
2DV9A 4M3CF 1QDOA 3QCWA 4LBQB 4FPYA 1U0AA 4XJRA 3WCSA 1GZWB 4M3MA 5JOZA 2DTWA 1S0DA 1DQ1A 5M1ZA 5EYXA 2VH9A 3UJOA 5JMCA 3AYEA 4ZKTB 1S0JA 4XJQA 2QWJA 3UL2A 3MPPG 1DZQA 1G8WA 1SBFA 3GVKA 2E7QA 2P37A 2NP0A 3VKLA 5NN9A 2UU8A 4KBBA 3NV2A 4GZQA 1V6KA 4XTPA 2PHUA 3WV6A 5E89A 4YW3A 2DU0A 2XZKA 1W6QA 4AWDA 1YYNA 2A6VA 4XYXA 1MZ6A 3TI4A 1KDKA 5DUVA 4YG0A 2ZMLA 3ZXLA 3IN9A 1G9BA 3BODA 3LSEA 1Q8VA 3GNEA 3TI6A 2AENA 1IOAA 1LGNA 5HCBA 2WT2A 1INWA 2FHRA 3R4UA 3OY8A 3AZZA 2A71A 1OFSA 1SLTA 1UPSA 3W09A 5EYYA 5GLWA 4Q8KA 1QOTA 1YXWA 4GKXA 4BOWA 2AEQA 5GLUA 5GZFA 5HCFA 3DUIA 3PJQA 1VALA 5SV8A 4B7MA 4AVVA 3NV1A 3RRDA 2ARBA 2HU4A 2DURA 1QKQA 3SLIA 5GZCA 3QLQA 2HTQA 2P3IA 5T52A 1VLNA 1A8DA 1Q56A 1URXA 1SNTA 5CA6A 1ENRA 3TAYA 5BYNA 1GV9A 1Z4YA 5T5PA 1SLLA 3WG3A 3KQRA 4XXAA 3RSJA 1MVQA 2QWBA 5DG2A 4Y22B 3ALWA 3M3CA 3AX4A 1KRIA 4BLIA 1TEIA 5HUKA 4XIOA 3WG4A 4GZXA 2GN7A 4U36A 4XBQA 2WQZC 3WDTA 4DS0A 4LBLA 2HTUA 1INVA 7NN9A 1LOFA 4YZ1A 4PQ9A 4QN7A 2BATA 1XOGA 4Q1RA 5KXBA 4Y1YA 3POYA 1S1AA 3H6JA 1VAVA 4CTEA 1G9FA 3CL2A 3T1EA 1MS5A 3ZPYA 2QWEA 4YGCA 3WUCA 3M1HA 2ZGOA 3A0NA 4AGRA 2F13A 2PHWA 4XJAA 2HTYA 5DZEA 4QN5A 4FP2A 4UW4A 2D6MA 1KJRA 3O12A 4DFSA 3ENRA 4NO4A 2EALA 4FJ6A 1LU2A 4FP3A 3N36A 1W6QB 4WEFA 4ZXKA 4GALA 2ZHKA 3O5SA 4FVKA 4NCSA 2E6VA 1AX2A 1LOBA 2HT5A 2BF6A 2A3YA 5IK7A 2ZGQA 5H9RA 2EF6A 2OUHA 3K3AA 4XDQA 2ARXA 1O4YA 1AJKA 2ZGNA 4GZWA 2F26A 1EUTA 2ZACA 3TIBA 1GKBA 1R1ZA 4YW4A 3O0WA 2R49A 4WA5A 3A72A 1NCBN 3AZYA 2OUJA 1AJOA 1V6OA 1NMBN 1KITA 3AP9A 2QWKA 3POWA 5T5OA 3GALA 3IMNA 1INYA 4HZYA 1F9KA 4IQPA 1PZ7A 1IKQA 2X9MA 2YDTA 2JDZA 4WVVA 1V3BA 1CONA 1MS8A 4Q27A 1Q8SA 4GDIA 4HZXA 3AZVA 4P14A 2JKBA 3VKMA 3ILFA 4PCRA 1JOJA 2EXHA 4MWJA 1V0EA 3R05A 1V6LA 1FV3A 1DHKB 4FPGA 2TEPA 3GVJA 1S0FA 1INFA 1V6MA 1ONAA 1S0IA 1FX5A 3D5OA 3BOPA 1MS0A 1INHA 3ZYRA 4GWNA 5T50A 4XBLA 1W8NA 4YW1A 1APNA 3KM5A 1DBNA 2OW4A 4K3YA 1W20A 1QOOA 4R9AA 1UMZA 1W0OA 1Q8PA 4JF7A 1Q8OA 3V0BB 1JYCA 4M3CE 2HYKA 2YA5A 2CY6A 3T1MA 5DG1A 4HZVA 2YMZA 2ZAAA 2CTVA 2ENRA 2F24A 1LEMA 5F9TA 3W59A 2Z42A 4YG6A 4HL0A 1VCUA 1B9VA 3OJBA 1ULCA 2WSUA 1FATA 1WD3A 5T5LA 3AFKA 3A0KA 4NN9A 5EXOA 3OBTA 1UAIA 1S0EA 2XZIA 2YXSA 2CNAA 2AR6A 3IKWA 4ATEA 1AXZA 1H9PA 1F8DA 2XG3A 1DIMA 2YA7A 1UZYA 2HTWA 1F5FA 2F10A 4UW6A 4B7QA 1RITA 1HKDA 1C4RA 1LHVA 2CWMA 1LOAA 5DUWA 2D3PA 2PHFA 4LBQD 1NCCN 3AZWA 2LTNA 3O0VA 4DPNA 1ULEA 1XOEA 4XJZA 2D44A 4M3CB 4WA4A 1WBFA 5H9PA 4YW2A 5IK4A 1QDCA 1V00A 1QF3A 1F8BA 3NV3A 2W68A 4YZ2A 2ERFA 3USUB 1MACA 1QNWA 5T54A 4AYUA 4YG3A 3NN9A 1A78A 2ZMKA 2ZKNA 1EURA 4Y26A 2P2KA 1MS1A 3V0AA 1CN1A 4GZSA 1W6MA 2ZHNA 3WG1A 3TIAA 1N1YA 3CNAA 4MZEA 3JU9A 1MZ5A 3ZSKA 1KQRA 1WW4A 2A6YA 4XMIA 1ZA4A 3HN1A 3VKOA 4MWRA 2VY0A 2E53A 4YZ5A 2LALA 3OGGA 1YI7A 1SACA 2DVAA 4MZAA 1KDMA 4WA3A 3AYCA 1AXYA 1EPWA 2XZJA 3HMYA 2A5ZA 4R9CA 3FLPA 2HTVA 1DQ4A 1WW7A 5JDBA 1QOSA 3AP4A 1N3PA 3AP5A 2ZGUA 3RS6A 4SLIA 4YFWA 1GNHA 4FPEA 5GM0A 4XXPA 2A70A 2CWSA 1DYKA 1AX0A 2PELA 2JE7A 2UWCA 4BPZA 5CB7A 1WLCA 5JOWA 3A4UA 2GNMA 2WSVA 3VUOA 3IM0A 3M3QA 2VXRA 4GWMA 4R9DA 1V3EA 3RMXA 1NMCA 4FPKA 3K39A 4Q2FA 4FOQA 1N1SA 2YV8A 3NWKA 1C1LA 3D12A 1HQWA 5JOXA 3M3OA 1NSDA 1CIWA 3WHTA 2VK7A 3H72A 4X47A 4WVWA 3ZYPA 4YLZA 4AVSA 3D4KA 1W6NB 1WCQA 1NSCA 1V3DA 3V64A 3DGTA 1CQ9A 4L8QA 4FQZA 4ISRA 3CYEA 1IS5A 1I1EA 2BQPA 1N1TA 1C1FA 1INGA 2UWAA 2C4AA 2ZGKA 4KS1A 4UW3A 2QWDA 4LBJA 1G9CA 1SBEA 4YGBA 1Y7BA 1SCRA 2DWRA 1BKZA 1JYIA 3TI3A 4CPOA 3OYWA 4YM3A 4Q1PA 1IVBA 5F5QA 2WLQA 4YM0A 2NMNA 2V5YA 4MJVA 2PHXA 4PBOA 4YW5A 3AP7A 5DZFA 1LHUA 1KJLA 3WDYA 4CPNA 4WV8A 1X50A 1MR5A 4Y20A 1W6OA 3VKNA 1G86A 4H55A 5E8AA 1QNYA 3H0OA 1E8VA 3AYDA 4Y1XA 1W1XA 1B9SA 2QWFA 5KXCA 2DUQA 3AZXA 5L73A 4YZ4A 1LTEA 5HUNA 4FOVA 2ES3A 3AXDA 5GZGA 2VW2A 4NOTA 2A75A 4K1JA 3SANA 4I00A 1AZDA 2B8HA 2NM1A 2AYHA 5IK8A 5JVVA 3ZSLA 3APBA 2EAKA 3B7EA 1LHNA 1WW6A 2AUYA 2WNEA 3ZXEA 4I30A 2WT0A 3INAA 1QMJA 3ZSJA 3OY8B 2SIMA 1Z78A 2D3SA 2A3XA 2WKKA 1V2IA 2QWIA 2SLIA 4XE9A 1Q8QA 2NYYA 3N7KA 1JHNA 4D69A 3AYAA 3PVNA 1E8UA 1GZCA 3PMEA 5DXDA 4GZOA 3N7LA 2QWHA 2DVBA 2SBAA 4PF5A 4CPMA 4B7NA 2ZMNA 2GALA 4P9XA 4Q8LA 4OZXA 2W52A 2VK5A 1N3OA 3RG0A 5IT6A 5E88A 1USRA 4Y1UA 3ASIA 1A14N 1NSBA 3MW4A 2YZ4A 4HIZA 3WDWA 4K20A 4K21A 1C57A 2NN8A 4XJUA 1A4GA 3AXEA 5GZDA 1USXA 1SFYA 1OQ1A 1O4ZA 2A7AA 2H0BA 1GSLA 2DTYA 3AJYA 2R1BA 1ULGA 2AH2A 3W58A 3K36A 2GMPA 3TICA 1UKGA 3BIWE 4MWXA 1CPNA 5H9QA 1HQLA 2DVDA 2GDFA 5DZGA 1Z4WA 1IVDA 2YA4A 1JUIA 3LCPA 4DRRA 1A3KA 1IKPA 1S0GA 1NLSA 4FPJA 3L2YA 2PHTA 1H9WA 1DQ0A 5T5JA 4BMEA 3OYWB 3FLTA 3SH3A 1LOFC 1FAYA 1WW5A 3TI8A 1IS3A 3JU4A 3WLUA 1XQNA 3K38A 1SLIA 1CJPA 1WLDA 1NCDN 2QWCA 2GN3A 1DIWA 5H9SA 3WDUA 3ILNA 3ZSMA 4B7JA 2A6ZA 2G4IA 2ZGRA 1SO7A 4D8SA 4BMBA 2ZB5A 1SLAA 1JN2P 4HZWA 1CPMA 1V0FA 3TI5A 4F83A 1GNZA 1IVFA 3ZVXA 2ZGTA 1LOCA 3OBRA 1JXNA 1UZZA 2DUPA 1FNYA 3N7MA 1H30A 5EWSA 1LEDA 3B9CA 5T55A 3IPVA 5FRAA 4GKYA 4B7RA 3U4XA 3SALA 2C4LA 1DFQA 4GJTA 4Z8BA 4JC1A 3TB0A 4X4AA 2VSKA 4LBNA 2Q5TA 4XOGA 1GANA 1CVNA 5CBLA 4M00A 5JOYA 2B7YA 5LK5A 1WD4A 3WOGA 1NMAN 2ZHLA 4H52A 3D6EA 5IUQA 4K1IA 5KXEA 3ALXA 4BQ1A 4AVTA 1UL9A 2GMEA 1LOGA 3LSDA 4XTMA 1W21A 2CMLA 5CAZA 4MYEA 4PBPA 2FMDA 1VIWB 4GA9A 1NNAA 2QWGA 4GEZA 1LULA 1J1TA 4MJUA 1IVCA 2DVGA 4C1XA 1WCSA 3O9KA 3K37A 1PZ9A 2EIGA 3FUOA 4LBKA 1V6IA 2WT1A 1WLWA 1MWEA 6NN9A 3WCRA 4K1KA 1QU0A 2HU0A 2DU1A 1Z4VA 3B69A 2PHRA 1BJQA 2A6WA 3FBYA 1ENQA 4XHBA 1DQ5A 3A71A 4M4UA 4KS3A 4Y1VA 4QNPA 3ZXKA 1DLLA 5B2DA 3T2TA 4GZPA 4BBWA 4X49A 3WVJA 1AX1A 1SLBA 4K1YA 2JD4A 2QWAA 5JLVA 2NMOA 1MS4A 4NC5A 4UF7A 4H53A 1ENSA 2P3JA 3O0XA 5DUUA 4QN4A 5JYYA 1VCJA 1FYUA 4XIKA 3MW3A 1B9TA 2E51A 5FREA 1NXD1 3WDVA 1F8CA 4KS2A 4CPZA 4CRQA 4FPOB 4GB1A 2GNBA 1EUSA 1JBCA 3IPVB 1LHWA 4FQ4A 1ZM1A 3ZXFA 3NV4A 2CYFA 4ASMB 4UW5A 2EXJA 2D6PA 5GZEA 2YA6A 1IVGA 2VU9A 1BQPA 3WDXA 2DVFA 4YM2A 1W8OA 3H73A 4XJWA 3SH5A 3WUDA 4TZDA 4MWQA 2VW1A 1VAMA 4HZZA 3AK0A 4MX0A 2ZB6A 1NNCA 4KS5A 1N3QA 4P9YA 3OPZA 1NCAN 1A4QA 1Z4XA 3CL0A 1YRZA 3CKZA 2JE9A 3FUQA 5DUXA 2F25A 3SH4A 3B3QE 4AGVA 3ZXJA 5B2CA 1CR7A 1AVBA 4YM1A 1DILA 2P34A 4Y24A 4FPFA 4DRVA 2ZGSA 3M3EA 3AJZA 2RKCA 4QN6A 3PVEA 1WBLA 3V0AB 1LESA 1W6MB 2EXIA 2BERA 1UN1A 4M4VA 1YO8A 2ZA9A 2A3WA 3I8TA 1N1VA 4GXLA 1BYHA 1RINA 1W6PA 1YIFA 2C9AA 3V0BA 3MW2A 3VV1A 4W65A 1OKQA 2D6LX 4YFZA 1JW6A 4QN3A 2W38A 1SBDA 2ZHMA 4ITCA 2F28A 5GJ6A 4CPYA 2KM2A 4JCKA 4DQAA 4YGDA 5HUMA 2ZGPA 1L7HA 2V73A 5HUGA 1Z50A 4HANA 1Z0HA 4LBMA 5GLTA 2W08A 5GLVA 2NZ9A 4YGEA 3UK9A 2GMMA 4R9BA 1LOEA 3Q9OA 3ATGA 4KS4A 3D11A 3PVOA 1GLHA 1LENA 1D0HA 1INXA 1LHOA 4FPHA 2ZBJA 2W20A 5HX0A 5CNAA 2R1DA 1LU1A 2CL2A 2R0HA 3SITA 3SILA 1GZ9A 2SILA 1IS6A 4MWYA 1MS3A 1HLCA 1L7GA 3O9JA 3NSSA 2DUOA 2I2SA 3ILRA 1LJ7A 4Y1ZA 5HCAA 4AGGA 1BZWA 2W5OA 3V65A 3C2UA 4GDJA 2D3RA 2F27A 3RMYA 4K1HA 2WJSA 4CPLA 3WHUA 1GBGA 1EUUA 4XHXA 1ULFA 2HT7A 2GNDA 4M3CA 3N3HA 2YY1A 4ATFA 1V6NA 2VWDA 1E8TA 1N47A 1MS9A 1V6JA 2ZGMA 2VW0A 4MC7A 2ZZJA 4LBQA 1NNBA 3USUA 1GZWA 3N35A 2D6OX 4U2AA 3UJQA 5GALA 1HDKA 4LBOA 1QGLA 1B09A 4M4NA 4FPCA 1LGCA 2UURA 2A6XA 1FNZA 1V0ZA 2F29A 3WZ1A 3FLRA 4FPLA 2F0ZA 4CZSA 4XILA 4J9TA 3B01A 4BLJA 1CESA 3WNXA 4RA0A 4TYSA 2UWBA 4FZHA 3B00A 2C5DA 4M01A 4ISQA 3N7JA 3BEQA 4JRAA 4MWWA 4Y20B 1I3HA 4Q26A 3MEPA 4WZFA 1W6OB 1IVEA 1FV2A 1W6PB 1SLCA 4GZTA 1F31A 3M2MA 4RL7A 2ZABA 4X6KA 2D6NA 1LECA 4XJ8A 1S0CA 1PZ8A 5AVAA 4DGRA 3I4IA 2ZGLA 2BZDA 1AF9A 2E7TA 1ULDA 2F11A 2GNTA 4Q6KA 5IK5A 1MVEA 2RHPA 1BXHA 2EXKA 1RIRA 3JUUA 3SISA 3HR9A 2W39A 3FFZA 1DYPA 1G9AA 2VUAA 4K1ZA 1GYKA 2AEPA 2VVZA 3VKFC 4BM8A 2HTRA 4WEGA 1S0BA 2R16A 1DQ6A 2F12A 2R0FA 3POSA 1LGBA 1GICA 2VSMA 2DYCA 2HT8A 4MWLA 1DGLA 2AREA 3AP6A 1L7FA 1UX6A 2XCYA 1W0PA 3H71A 3SNMA 4FOWA 2VK6A 4MWUA 1AXKA 1BJIA 1G9DA 1D2SA 1NN2A 2P3KA 4MWVA 2JJ6A 4FOYA 1V3CA 1Z4ZA 2YA8A 5KXDA 3WG2A 4XJ9A 4Y22A 1W6NA 3GVLA 1LODA 2OVUA 1SCSA 1DQ2A 2XB6C 2W5NA 4P9WA 2AGSA 2D6KA 2YROA 4C1WA 4XMAA 3INBA 1LCLA 2JECA 4YZ3A 5GLZA 3T1LA 1F8EA 2D43A 1WUVA 3R4SA 2D7FA 4FVVA 3RQ0A 1IS4A 3BTAA 4XZPA 2YDPA 1G7YA 4XBNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Z92B 2DV9A 2ZZKA 4QQ2A 4IV3B 3AB0A 3IT8A 3RZHA 2VUJA 2ZXQA 3ES4A 4M3CF 3ZIXA 3NJVA 1QDOA 2WN3A 1VMJA 3QCWA 4LBQB 4FPYA 2WQ4A 1U0AA 4JHTA 5L9BA 2DFBA 3R6SA 4XJRA 3VB9A 3FWEA 3WCSA 1GZWB 4CA9A 4M3MA 2G1MA 4IV3C 4MHUA 1IPSA 5FPAA 3BKZA 2VQ0A 5JOZA 1RVF1 3BUCA 4RD7A 4OHXA 2DTWA 5C3RA 1S0DA 3VDAA 5D1IA 1DQ1A 4KL1A 5M1ZA 1H0BA 5EYXA 1HV1A 3Q8BA 4LLFA 5FP8A 1RUNA 2VH9A 3UJOA 3TNQA 3WNKA 1RUC2 3CF6E 3WEZA 5JMCA 2YBPA 3AYEA 4MSVA 5K0UA 3PUQA 1R1A1 2WINB 3AMQA 2VUCA 1PK6A 3NJXA 4ZS2A 2VQTA 4S2DA 3POBA 5JZGA 2IVJA 4QB2A 5C4WB 1NZCA 2E63A 2J42A 4ZKTB 5GX1A 4KH9A 1S0JA 2Y64A 1GP5A 1H2NA 2ORZA 3Q8FA 5F6LB 3GHMA 3VZKA 4XJQA 2FDFA 2QWJA 3DYPA 2WRAA 1IQAA 3UL2A 2J1UA 3VDBA 3K4ZA 3MPPG 5C4WC 2Q30A 2RS32 1DZQA 1ZBE3 4CVUA 2E26A 1G8WA 2JKXA 1SBFA 4S2GA 3IIAA 3I3BA 2CGNA 1VB2A 3GVKA 1PNGA 1H8TB 2E7QA 2P37A 3P3NA 2NP0A 4XEZA 3MLJA 4GIQA 2F4PA 3UKNA 3VKLA 5NN9A 1GWMA 4JV4A 2UU8A 2IUWA 4KBBA 1BEV1 1I5ZA 3NV2A 3O14A 3LDBA 1JZ3A 3CJIB 1S55A 1NCQA 4B7KA 4GZQA 1V6KA 3K48A 4UOJA 5DAQA 4V2VA 2R062 5D9BA 1GWKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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