4FPOB

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-chloro-4-methoxybenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 193
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
B PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
B PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpoB03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpoB01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpoB02
2EXIA 2F12A 3WG2A 1IVDA 1QOOA 2XZKA 1UN1A 4IQPA 2AR6A 1ENSA 1N1TA 1YO8A 2ERFA 1ZA4A 1SO7A 1W0PA 1USXA 3AFKA 2BZDA 2HTUA 1LHVA 5L73A 5DZGA 3H72A 1UZZA 1NMBN 3ENRA 2R0FA 3AYDA 4BOWA 2D43A 3ALWA 1LOFC 1LOBA 3QCWA 1SBEA 3O0XA 1WLWA 1V00A 4UW5A 4JRAA 1NCDN 1V2IA 3WDTA 2PHTA 3NWKA 4FZHA 2ZZJA 2QWBA 5B2DA 4YGBA 3TIAA 4MWYA 1AJOA 3O0WA 2VSKA 3BIWE 3NN9A 1SCSA 1GLHA 4Y22A 4MWQA 3GVKA 4JF7A 1INWA 1QKQA 1VAVA 1IKQA 1BXHA 3CL2A 3MW4A 4ZXKA 1Q56A 5CB7A 2CY6A 2WSVA 2WLQA 2SIMA 4NN9A 4F83A 1UAIA 2G4IA 3N7KA 4XJWA 1O4YA 4YW5A 4YG6A 2YV8A 1ZM1A 5KXBA 2NYYA 5H9RA 4K1HA 4LBNA 5GM0A 3HR9A 3O5SA 1XQNA 3LSEA 3FUOA 2ZGKA 1V0ZA 5T5PA 3AX4A 1S0CA 2HTWA 2RHPA 1LOFA 2JE7A 1H9WA 2P3IA 2NM1A 1MS8A 1V6NA 1DQ1A 4B7MA 1KJLA 2D3PA 2PHFA 4JCKA 1LU1A 1JW6A 3OGGA 4FVKA 3WDVA 2A3XA 3WDWA 3AP6A 4XJ8A 4U2AA 2DWRA 3PVEA 5FREA 1OFSA 3M2MA 4FPKA 1AVBA 1F31A 4AWDA 4LBOA 3RSJA 1MS9A 4B7NA 3ATGA 1SLCA 1W6QA 1Z4ZA 1E8UA 5EYXA 2ARXA 4K1ZA 1SCRA 3SALA 2D6NA 4Y1YA 3HMYA 4GKYA 2YA6A 2VVZA 3AP7A 3MEPA 3POWA 3IM0A 3WV6A 4MZEA 3WVJA 5HCBA 1MWEA 2SLIA 2I2SA 1S0IA 4TZDA 4Y22B 1C4RA 3FFZA 2GN7A 4D8SA 1NLSA 4QN3A 1MZ5A 1WW7A 1NCBN 1DQ2A 2HYKA 4CTEA 3OYWA 3AP9A 5HUGA 1QOTA 2HT5A 2DTWA 4ZKTB 2YY1A 3FLPA 3T2TA 5HUKA 1GKBA 1F8DA 4Q1RA 1USRA 1CPNA 2A6WA 2P3KA 2YROA 3V0AA 1W8NA 4M3CF 4AVTA 2A6YA 2C9AA 2QWIA 3SH5A 1Z0HA 3RRDA 1DHKB 4WZFA 2V5YA 5JOYA 1WW4A 2A6ZA 1G9DA 3AXDA 1SNTA 1V6OA 3ZSKA 4J9TA 3AK0A 4YFWA 4YZ5A 1DYPA 4Q8LA 2Z42A 4KS5A 2A5ZA 2R16A 1MS0A 2GNTA 3N36A 4YW1A 1V3CA 5GLWA 2D44A 2JJ6A 2NMOA 2DU0A 1H30A 4YM0A 1QDCA 3WHTA 2UURA 1MS1A 3ZXFA 3NSSA 3ILRA 2DTYA 2C4AA 2DUQA 4K20A 4AGRA 4GB1A 1Z50A 2DVFA 3H71A 2R0HA 2D6OX 1LOCA 2A7AA 2A6VA 4WA5A 5GZGA 3ZVXA 4FP2A 2OW4A 5F5QA 4Y1XA 3WDUA 3FLTA 1G9BA 1V6KA 1QDOA 1INYA 2JE9A 4WEFA 3AZXA 1GZWA 2VK7A 1R1ZA 4GDIA 1S0BA 1UL9A 4YGEA 3H0OA 4ASMB 4DRVA 4PCRA 2UWBA 2ZGQA 4YFZA 5CBLA 4KS4A 1W6PB 5GZDA 1S0FA 2E7TA 1CQ9A 2ZBJA 5T5LA 4QN6A 4XBQA 1KDMA 5EXOA 4Y1UA 5DXDA 1V6JA 4TYSA 1XOEA 2X9MA 5HCAA 3UL2A 1EURA 3OYWB 1APNA 2DU1A 2AEQA 1N3PA 4HANA 5JOWA 1HDKA 1B9VA 1UPSA 2C5DA 5T5JA 2GNDA 1VCUA 1QGLA 3SANA 5IK7A 3AZWA 4GWNA 5JOZA 3V0AB 2EAKA 2YMZA 4GZTA 3TICA 4M3CB 2TEPA 3ZSLA 3K36A 4YZ3A 2GN3A 3SITA 1LU2A 4FOYA 1C1FA 4PQ9A 3K38A 3C2UA 4P9XA 4I00A 5H9SA 2A6XA 1S0DA 3ASIA 3AP5A 4MYEA 1RIRA 4LBKA 3B01A 3BEQA 4XOGA 1YXWA 4M3CE 3QLQA 3GVLA 5B2CA 1LCLA 5GZFA 1WCSA 3V64A 5KXDA 1FNZA 1GV9A 4LBMA 4YG0A 3D5OA 3TAYA 1QF3A 2ZGLA 2HT7A 2F27A 3U4XA 3ZXKA 4QN4A 4GDJA 1F9KA 2ZMKA 3BTAA 1EUTA 1B9TA 1WCQA 4B7QA 1VLNA 3OBRA 1QNWA 4BMEA 4B7JA 1A78A 2QWCA 4MWJA 4Z8BA 1V6IA 3A4UA 1CN1A 2R1DA 1YYNA 3K3AA 4XILA 4FOQA 1QOSA 1DBNA 1MACA 2YDPA 3SILA 2QWAA 2F10A 1N1YA 2VWDA 4DS0A 1A4GA 4FOWA 3SH3A 1NN2A 1PZ8A 4CPNA 2PELA 5E89A 3GNEA 1DLLA 1BYHA 3KM5A 3SISA 1LGBA 1NMCA 1BJQA 4P9YA 1LGCA 3ILNA 2ZKNA 4HL0A 4UF7A 2W5NA 1V3DA 1INHA 3WCSA 3V0BA 2ZHLA 4MWUA 3TB0A 4GXLA 2VK5A 1CPMA 4GA9A 5DG1A 2D6KA 4PF5A 2XCYA 1NNCA 5KXEA 4K1JA 3FUQA 1URXA 3WUCA 5JLVA 3TI3A 3UK9A 1DYKA 1UX6A 4YW2A 2BATA 1A8DA 1LULA 4Y26A 3AJZA 4CZSA 4XIKA 3UJOA 3TI6A 1DIMA 5IK4A 3T1MA 2F25A 4QN5A 5GLZA 1U0AA 4B7RA 5DZFA 4FOVA 4YW3A 3SH4A 5DUUA 2ZMLA 1DZQA 2OUHA 2W5OA 2CNAA 2ZHNA 4R9AA 4ISQA 3MW2A 3OPZA 1LEMA 4GZOA 1ULEA 1W6OB 1DILA 2F0ZA 4Y24A 1Z78A 4XIOA 1YRZA 4GZPA 2YA5A 4YLZA 2VSMA 1CIWA 2BQPA 2ZABA 1NSCA 4FPOB 4CPYA 1AXYA 3NV1A 4GKXA 2W52A 4AGGA 2VU9A 1S1AA 2XZJA 5GJ6A 3AZVA 2D7FA 3KQRA 5DG2A 3OY8B 4JC1A 4K1YA 3R4SA 2ZHKA 3A71A 2FHRA 1CR7A 1IVEA 4KS2A 3WUDA 2WNEA 2H0BA 3VKOA 4GEZA 4H53A 2DVDA 1DGLA 7NN9A 2BERA 2ZGRA 2P34A 1Z4YA 1V3EA 2WSUA 3VUOA 4MWVA 1IVCA 3V0BB 1WLCA 1FX5A 2R49A 4MX0A 4H52A 4BPZA 4FPCA 2JKBA 1KQRA 4MWRA 1AXZA 1I3HA 1W6PA 4XE9A 2HTVA 2ZB5A 3JU9A 4MJUA 1OQ1A 4XJQA 1V6LA 1WBFA 4C1XA 1B09A 1SBDA 2F29A 4K21A 4AGVA 1SACA 1ONAA 1X50A 2YXSA 2WT2A 3AXEA 1LESA 3VKFC 3MPPG 2CMLA 1JXNA 1AJKA 4LBJA 1WLDA 4X4AA 1LHWA 5F9TA 3N7LA 1H9PA 1NNAA 3SLIA 1LHUA 4FQZA 2A3YA 4BQ1A 4YM2A 1C1LA 5JOXA 3AJYA 4MZAA 3ZPYA 4XJZA 3D11A 1WBLA 4AVVA 1HQWA 5JYYA 4XTMA 5T55A 5IUQA 2XB6C 2E51A 4M3CA 2DUOA 1Q8QA 1YI7A 1JOJA 2VW2A 1S0JA 1IS3A 1FV2A 2CL2A 4DQAA 4WVVA 3ZSMA 1SFYA 2HT8A 3B00A 2D6LX 4M4UA 3PJQA 4BLIA 3RG0A 1JYIA 2VXRA 3IKWA 4XBNA 2GNBA 1DQ0A 1LOAA 1Z4WA 5E88A 2WT1A 2A75A 4RA0A 3IMNA 3D6EA 1B9SA 1TEIA 4NC5A 1AF9A 3CNAA 3CYEA 1JBCA 4HZWA 1GNHA 4Y20B 2UU8A 2EXKA 4WV8A 4XXPA 5H9QA 3AZZA 2HU0A 3WG4A 4Q26A 3JUUA 1LHNA 2A70A 2VK6A 4NOTA 2ZHMA 2YA8A 2GALA 1N3QA 5KXCA 4M00A 1Q8SA 4FPGA 1NCCN 1A3KA 2QWKA 5T5OA 5M1ZA 5HX0A 5CA6A 3WHUA 4R9BA 2ZACA 4LBQD 1GICA 2QWHA 3OBTA 3GVJA 3M3QA 1VCJA 1IS6A 2ZGNA 2VH9A 1IS5A 3M3CA 4AVSA 2WJSA 3GALA 4U36A 2P2KA 3WLUA 3FBYA 1V0EA 4HIZA 4LBLA 2PHXA 3AP4A 4MWWA 4Q2FA 3HN1A 3AYCA 3RMYA 1KRIA 1CONA 1Q8VA 2EALA 3ZXJA 1MZ6A 2WQZC 1RINA 5IK5A 4FQ4A 4XHXA 4QN7A 1L7HA 1PZ9A 1WW6A 1FV3A 2WKKA 2LTNA 4LBQB 1D0HA 1WW5A 4BBWA 1GSLA 3B3QE 2EXJA 4C1WA 4UW4A 1FYUA 1F8EA 5T50A 5T54A 2CWMA 3I8TA 4Q8KA 1AZDA 2NP0A 4M4VA 4CPZA 1KDKA 1JUIA 1V6MA 1DFQA 5DUWA 1W6OA 1F5FA 3CL0A 3PVOA 1G8WA 1L7GA 5HUNA 4Q27A 5GLUA 4XZPA 4HZZA 1Y7BA 4FVVA 3B69A 1NSDA 5BYNA 3JU4A 2WT0A 2B8HA 2F24A 1INVA 1O4ZA 1XOGA 3AZYA 2AYHA 3O0VA 2GNMA 3OY8A 2HU4A 2ENRA 4YG3A 2HTQA 1IKPA 3MW3A 4Y1VA 4X49A 3W09A 5H9PA 2YA4A 1MVEA 4NCSA 3W58A 2W08A 4CPLA 4PBPA 4XJAA 4FPJA 2P3JA 1DQ6A 4K3YA 3O12A 3O9JA 4FPLA 3RQ0A 4GZSA 5CNAA 4WA3A 3H73A 4SLIA 2R1BA 3WCRA 3POYA 5CAZA 1W6NA 1LTEA 5DUVA 4W65A 1F8CA 5IT6A 1N1VA 4D69A 2JD4A 2E6VA 1EUSA 4KS3A 1IVFA 3N7JA 2FMDA 3NV2A 2NZ9A 2VY0A 4ITCA 1W0OA 2OUJA 1INFA 2D6PA 3H6JA 1V3BA 1KITA 2YZ4A 3O9KA 4Q6KA 3L2YA 4MJVA 3A0NA 3A0KA 3A72A 4WA4A 2HTYA 3BODA 3IPVA 4ATFA 3DUIA 1WD4A 3WG3A 2ZMNA 3CKZA 4YGCA 1UZYA 1FAYA 2XZIA 1NNBA 1AX1A 4P9WA 3WZ1A 2JECA 1N1SA 5SV8A 4L8QA 4YZ2A 1W20A 4XXAA 1GBGA 2NMNA 4YZ1A 4YM3A 2F13A 1MS3A 1CJPA 2GDFA 4KBBA 3WNXA 5JVVA 3BOPA 2YA7A 2PHWA 4HZXA 2GMEA 4MWXA 3N35A 3B9CA 2A71A 2ZGUA 3PVNA 3APBA 3AYEA 1W6MB 3ZYPA 1GZCA 1WD3A 3POSA 1QNYA 2AH2A 3WOGA 4RL7A 3D12A 1BZWA 5DZEA 2CTVA 4DFSA 2EXHA 3PMEA 3LCPA 1OKQA 2DVAA 4Y20A 4GZXA 4AYUA 2SBAA 1DQ5A 2VW0A 2F26A 3M1HA 4GALA 3VKMA 1QU0A 4HZVA 1HQLA 1W6NB 3VKLA 4FPYA 4CRQA 1UMZA 1LOGA 2ZAAA 4WEGA 1LENA 3TI4A 1NCAN 4YGDA 1E8VA 3DGTA 4DRRA 4XHBA 4BLJA 2EIGA 4QNPA 4MC7A 4MWLA 4WVWA 1DQ4A 3ALXA 1GYKA 1VAMA 5GZEA 5AVAA 2W20A 1Z4VA 4GWMA 3VKNA 2GMPA 3SNMA 1LJ7A 3IPVB 3V65A 4M3MA 4UW3A 5E8AA 1SBFA 1G86A 2W39A 1G9CA 3ILFA 1CESA 4OZXA 4FP3A 4M01A 2DURA 1NSBA 1G9FA 1BQPA 2JDZA 2PHUA 1LGNA 2ZGPA 3USUA 1LEDA 1W21A 2D3RA 1G7YA 1UKGA 3INBA 5EWSA 4ISRA 2ZGTA 2AENA 3M3OA 3M3EA 2ZGMA 2W38A 3ZSJA 3UJQA 1HLCA 2DVGA 1G9AA 1IVBA 3WDXA 4XJ9A 2ZGOA 1N47A 4FJ6A 3W59A 3IN9A 3TI5A 5JMCA 3NV3A 3Q9OA 3T1LA 2QWJA 2A3WA 3OJBA 2AUYA 3T1EA 1YIFA 1LECA 4BMBA 2KM2A 4CPOA 1IOAA 1S0GA 4ATEA 4PBOA 5EYYA 1AX2A 1V0FA 4NO4A 4LBQA 2UWAA 2NN8A 5DUXA 1I1EA 3ZXLA 3TI8A 4P14A 3NV4A 4BM8A 2QWGA 2B7YA 3LSDA 2DUPA 1A14N 2YDTA 1SLAA 5IK8A 1INGA 2BF6A 4DPNA 4M4NA 2QWEA 1SLIA 5GLTA 2GMMA 1IVGA 4XJRA 3INAA 3RS6A 2ZA9A 1BJIA 1ULFA 2OVUA 1JYCA 1SLTA 1QMJA 1WUVA 5FRAA 2VW1A 1SLLA 5JDBA 4XJUA 1LOEA 1LODA 3R05A 3N7MA 2VUAA 2D6MA 1W6QB 1EPWA 3N3HA 1S0EA 1F8BA 4FPEA 2PHRA 2RKCA 4CPMA 4R9DA 1IS4A 4XMAA 1D2SA 4KS1A 2ZGSA 2C4LA 4K1IA 2DVBA 2AEPA 4FPHA 4GJTA 1VIWB 4FPFA 2AREA 2F11A 1RITA 2E7QA 3K37A 2CYFA 5HUMA 5GLVA 2QWDA 1MR5A 4R9CA 1VALA 3USUB 2LALA 3B7EA 2QWFA 3D4KA 2W68A 5GZCA 1KJRA 3TIBA 1GANA 1HKDA 5GALA 1W8OA 2V73A 1E8TA 4I30A 4K1KA 5LK5A 2AGSA 2HTRA 4YM1A 1ULDA 4XTPA 5T52A 4X47A 2ARBA 5NN9A 6NN9A 1Z4XA 1ENRA 4HZYA 2UWCA 1A4QA 2DV9A 1PZ7A 2ES3A 4DGRA 3AYAA 1W1XA 2SILA 4GZQA 1SLBA 1AX0A 2Q5TA 1J1TA 3FLRA 1N3OA 3ZYRA 2P37A 3K39A 1FATA 1CVNA 1GNZA 3RMXA 1AXKA 4Q1PA 1FNYA 3I4IA 3ZXEA 1INXA 3WDYA 2E53A 1ENQA 4H55A 4X6KA 4Y1ZA 1NMAN 1MS5A 1MS4A 5HCFA 1JN2P 4XMIA 1Q8OA 2D3SA 3WG1A 1LHOA 1GZ9A 1C57A 1DIWA 1NXD1 1JHNA 1Q8PA 3VV1A 4GZWA 1W6MA 1EUUA 2F28A 2EF6A 1ULGA 4UW6A 4YZ4A 2ZB6A 1MVQA 1GZWB 4XYXA 2CWSA 3R4UA 2XG3A 1BKZA 4YW4A 1ULCA 4XBLA 4XDQA 2DYCA 1L7FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2OYZA 2EXIA 1QY4A 2XLGA 2PYTA 3IBMA 5EO8A 2F12A 3BTXA 3WG2A 3U0SA 1IVDA 2JG9C 1W9SA 1QOOA 4LHSA 1RHI2 3BB6A 2XZKA 3AMQA 5F5CA 2FP9A 2CGNA 1UN1A 4CDXC 2C1FA 3OEBA 4IQPA 2H6BA 2AR6A 4YNIA 1X2RA 1ENSA 1CAXA 1MEC2 1N1TA 3A9GA 2WL1A 1Y4WA 5F5IA 4C1YB 4O65A 1XOYA 3I59B 1YO8A 3I3DA 3GHMA 2DG0A 2ERFA 5KWRA 1ZA4A 2XVKA 3VZOA 1SO7A 1W0PA 5FZEA 3KV6A 1USXA 3AFKA 2BZDA 3SRGA 5ACA2 1UY3A 2HTUA 2W1WA 5BNQA 3SHRA 3ZIWA 1LHVA 5F3EA 5L73A 3NNJA 1JYVA 4EN7B 5C9AC 4WVMA 1R1A1 2Y6KA 5DZGA 3A21A 3H72A 4NJ4A 4DMIA 1UZZA 4ZS2A 1NMBN 4FFGA 3ENRA 4K8FA 1B35B 2ET1A 1VBB1 2B9VA 3LQCA 2R0FA 1NYWA 3AYDA 4QDRA 4BOWA 1C3HA 2D43A 4JGZA 3ALWA 1LOFC 1LOBA 3QCWA 5DDJ2 4CXWA 1SBEA 1YHFA 1UCXA 5DAPA 4D6RA 3O0XA 4NRPA 3P5BL 3AMRA 4LA2A 3KT1A 1WLWA 1V00A 3SKVA 3JXSA 4UW5A 4JRAA 4XFHA 1NCDN 1V2IA 2E31A 5C5TA 3WDTA 2PHTA 4K6BA 1HRI2 3J8F2 3NWKA 5ERLA 4WM7A 4NIGA 1PO13 2X53S 2ZZJA 3OGVA 4QGNA 2QWBA 4FZHA 1QIQA 1OVPA 4YGBA 3TIAA 5B2DA 4MWYA 3DPRC 3M4FA 2HH9A 3HOBA 1AJOA 1XC6A 3O0WA 3HQUA 4N7UA 1TMF3 2VSKA 1VB2A 2RS32 1SQ4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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