4FPOB

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-chloro-4-methoxybenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 193
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
B PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
B PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpoB03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpoB01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpoB02
2DUPA 3AYCA 4PF5A 2DU1A 1WD4A 5SV8A 1FNYA 4MJUA 3I8TA 2DTYA 2R1BA 2HU0A 4XJAA 3U4XA 1LOBA 2A71A 3NSSA 3K36A 5B2DA 1MR5A 1W8NA 3M1HA 1B09A 1KQRA 2CY6A 3WDWA 3AK0A 3O12A 2BERA 1NCAN 5DZGA 3OY8B 2ZGQA 2D6KA 3JU4A 5GZDA 5GZEA 5CNAA 4WEFA 1LOAA 5LK5A 5IT6A 5M1ZA 1C57A 3M3QA 1XOEA 3B00A 1SLLA 3FBYA 4M4UA 5HUMA 2DVGA 1FAYA 1MS8A 2ZGSA 4HANA 3VUOA 3BIWE 5CBLA 4HL0A 3OBTA 3KQRA 2WLQA 3LCPA 1W1XA 3NV2A 4AVTA 5DXDA 3PVNA 1KJLA 1W6PB 4QN4A 2ZHLA 2ZACA 1MS4A 3MW4A 3M2MA 2YA4A 3T1LA 2DVBA 4BMEA 4XBLA 3ZYRA 1G8WA 4FPCA 5DUUA 2DVAA 5B2CA 3RRDA 1DLLA 4MJVA 1INFA 2GNBA 1QOSA 4JRAA 4BLJA 3AXEA 4M4NA 4FPFA 2DYCA 4PBOA 1LTEA 3USUB 4YZ3A 4FPLA 4WA4A 1USXA 3H6JA 2EF6A 1EUTA 2D6LX 1AF9A 1LHWA 1LHVA 3POYA 2WT2A 2BQPA 2F25A 3K38A 4H55A 5KXCA 1IS4A 1DFQA 1FATA 1CONA 3CL2A 4ZKTB 2A3YA 3WNXA 2UWBA 1ZA4A 2GMMA 2D6PA 3R4SA 4WA3A 1YRZA 5JOXA 3GVLA 1DGLA 4GZOA 4WZFA 4K1HA 5DUWA 1DIWA 1YIFA 2PHFA 1RINA 2CWSA 4GWMA 2F28A 1B9VA 2R0HA 3AJYA 4NC5A 2F13A 1KDMA 1GZWB 3GVKA 1ULCA 4GXLA 4GJTA 4SLIA 1V6NA 1W21A 4X4AA 2A5ZA 4CZSA 1GNHA 3ZXFA 3LSDA 1VALA 3A0NA 1WW4A 1S0DA 1EURA 4GDJA 2OUJA 3TAYA 3A0KA 1H30A 3SALA 4M01A 3RG0A 2ZGUA 2QWAA 1ONAA 2LTNA 2AR6A 1UMZA 4K1IA 1QKQA 3HMYA 1R1ZA 2ZBJA 3ILNA 1UAIA 1OQ1A 4CPZA 2VK6A 3T1MA 2GNDA 4AVVA 5BYNA 1LOFC 3O0WA 1AZDA 2GALA 2W5OA 1MVQA 1U0AA 3L2YA 1W0PA 2A6XA 3AYAA 4XILA 1AX1A 2YXSA 2YA8A 2JD4A 4PBPA 2EIGA 2ZHMA 3O9KA 4GB1A 4Y1ZA 2ZGNA 1D0HA 1IKQA 5DUXA 1YI7A 4K3YA 2YROA 1W8OA 3WLUA 3ZXJA 2CWMA 3V0BA 3VKLA 2HTUA 4XJWA 1CJPA 1NCCN 4ISRA 3D12A 3ZXKA 5T5PA 2HT7A 1W0OA 2CL2A 3ZSLA 5IK7A 2UU8A 5CB7A 1DZQA 2E7TA 3ZXEA 1BYHA 5HCBA 1IVCA 2ZHKA 5JVVA 1XQNA 4Q26A 2QWHA 1NNAA 4YM0A 1HQWA 2GNTA 5E8AA 2NZ9A 4XHBA 4XMIA 1HQLA 1ENRA 1INWA 4M3CA 5GLVA 1SLIA 2F12A 4RA0A 5GM0A 4BM8A 3SH3A 5CA6A 5CAZA 2AH2A 2WT0A 1LHUA 1W6OB 3AJZA 1C1LA 1A78A 3OYWB 1QMJA 1S0JA 1WD3A 1YO8A 5GZCA 4GZXA 2RHPA 5HCAA 4MWUA 3ZSJA 4FZHA 4Y1YA 3TIBA 3WG4A 1V3EA 1MACA 1BQPA 3WOGA 2XCYA 4L8QA 2ZMLA 3AYDA 1KDKA 5JYYA 1A4GA 1TEIA 4WVVA 4XYXA 5T55A 1S0CA 4YZ4A 1DBNA 1NMCA 3V65A 2NMOA 1L7FA 2WJSA 3NN9A 4UW5A 2ARBA 4MWLA 1GNZA 5T5JA 3I4IA 1LU2A 4MWJA 2GMPA 1F8CA 2F10A 4NO4A 1IS6A 1GSLA 4XJZA 2P34A 3B69A 4MWQA 3WUCA 2HYKA 4YGEA 3SITA 1SBDA 1G7YA 4B7NA 4FOYA 1N1TA 3IN9A 1IVFA 1JHNA 2HT5A 4R9DA 4NN9A 3WUDA 1S0BA 1Q8OA 3ZXLA 1INHA 3SLIA 5GLUA 4C1WA 4MZEA 4K1ZA 5T54A 3AZWA 3INBA 1JYCA 3CKZA 2A3XA 4YGDA 2PHUA 3WDXA 2I2SA 2P37A 2SLIA 1QOTA 2DU0A 1V6OA 2V73A 4YG0A 1NSBA 4M00A 1LGBA 3Q9OA 1LOGA 5IK5A 2A3WA 4MWWA 3OJBA 3WCRA 1SCRA 1YXWA 2JJ6A 1WLDA 2R0FA 4YW4A 3VKNA 3W58A 4MWXA 3POWA 3DGTA 4GZWA 4M3CF 2ZB5A 3K39A 3O5SA 2ARXA 3V0BB 1LENA 4P14A 1B9TA 2YDPA 3WVJA 2A70A 3PMEA 1SLTA 4D8SA 4YZ2A 4X6KA 5DG2A 4XJQA 2W39A 1OKQA 1V6JA 3AX4A 1GV9A 1ENSA 5EYYA 4YZ1A 3D11A 3RMYA 3JU9A 4Y20A 3D5OA 2A6YA 2HTRA 2R49A 1AJOA 1Q56A 4YG6A 3GVJA 1WBLA 1LGCA 4K1JA 4XJ9A 2XZKA 4FOQA 3WDYA 4DRVA 4QN5A 2ENRA 1SLBA 3TI5A 4XOGA 4UW4A 2AREA 2ZZJA 4GALA 3TI3A 3KM5A 1JW6A 1F31A 4BLIA 2QWEA 4M4VA 4LBOA 1E8UA 4WEGA 4R9BA 1S0EA 5GZFA 3N7LA 3N36A 4Y22B 4Y1UA 3VKMA 5KXEA 5JOWA 4Q1PA 4NCSA 4XXPA 1JBCA 1BZWA 1MZ6A 4FP2A 2SIMA 3AYEA 1SFYA 2H0BA 5L73A 3H71A 2D7FA 4XMAA 2OW4A 1IVDA 1L7GA 1LULA 4Q27A 5T50A 4WV8A 1N3QA 1AXZA 3D4KA 1SBFA 1SLAA 1JOJA 1N1YA 4XXAA 1AX2A 1CVNA 2YMZA 3W09A 2XG3A 4MZAA 2HT8A 1ULEA 2A75A 3NV3A 2P3KA 4FVVA 2D3RA 1NNCA 1PZ7A 1AX0A 3M3OA 4AGGA 3N35A 4KBBA 1G9AA 4XJRA 3V0AB 1WBFA 4LBMA 4XDQA 3CNAA 2VK7A 1DQ1A 3ENRA 4FPEA 3BTAA 3GALA 1SNTA 2CNAA 1VCUA 1LESA 1D2SA 4B7JA 1LGNA 4BBWA 1VAMA 2WNEA 4UF7A 1O4ZA 4FQZA 1XOGA 4XJUA 3FLPA 4LBLA 5HX0A 3W59A 1IOAA 1GBGA 3HR9A 4BOWA 1IS3A 4MX0A 3NV4A 3OGGA 1UZZA 3WG3A 3ILRA 1Z4XA 1Q8SA 3QLQA 1AXKA 4BPZA 4DQAA 1PZ9A 3CYEA 1O4YA 1EUUA 4ZXKA 3DUIA 4CPYA 1V6IA 3JUUA 2CTVA 1NLSA 2E51A 1Y7BA 1INYA 4GDIA 4AGVA 1URXA 1Q8PA 4UW3A 1JYIA 2GN7A 4DS0A 3PVEA 2EALA 3UJQA 2SILA 4QN7A 2Z42A 4FPKA 2E53A 2UWAA 2DV9A 4YM2A 5NN9A 1MS5A 2W5NA 1HKDA 2C9AA 4Q6KA 3H0OA 1V0ZA 2ERFA 3B3QE 2BATA 1MS9A 2ZGMA 4YW5A 1MVEA 2PELA 3B9CA 3POSA 4YGBA 4FVKA 3PJQA 4YFZA 1QU0A 2YA5A 3TI8A 2GN3A 6NN9A 3RMXA 3IKWA 1CPMA 1VCJA 1C4RA 2UURA 4M3MA 1GZ9A 3UK9A 1Z0HA 1H9PA 3FUOA 4KS4A 1N47A 4K21A 2A7AA 3WDUA 3AZXA 1WLWA 4R9CA 5GLZA 4YM3A 1MS0A 1V3DA 4ISQA 3MW2A 5E88A 2GMEA 4XBNA 3UJOA 2VXRA 5JLVA 1Z50A 4YGCA 1QF3A 3H72A 3ALXA 4KS1A 3R05A 2YZ4A 3OY8A 5H9QA 1Z4WA 2DUOA 2P2KA 1NMBN 2ZKNA 5EXOA 3PVOA 1UPSA 4ITCA 4OZXA 2F0ZA 2DVFA 3TIAA 2HU4A 2YV8A 4HZWA 3SNMA 3A4UA 3ZVXA 3A72A 2JECA 3ZPYA 1Z4YA 3C2UA 2WQZC 3IM0A 4JCKA 4X49A 2D6OX 2W08A 4MWYA 1MS3A 3SANA 4ATEA 5KXDA 1SLCA 3SISA 4P9XA 4K1YA 4XE9A 2D6MA 5JMCA 2BF6A 4FPHA 4FJ6A 1I3HA 1CQ9A 1AVBA 2JDZA 5IUQA 2EXHA 5H9RA 3INAA 2WSUA 1CN1A 2ZA9A 2AGSA 2ZB6A 3T2TA 1GKBA 1W6MA 1PZ8A 3O9JA 3NWKA 3WG2A 1X50A 3V64A 2E6VA 4XZPA 2NN8A 1CESA 1V3CA 1UN1A 3WHTA 4XIOA 4M3CE 2D6NA 1G9BA 2G4IA 1DYKA 4Y1XA 2DUQA 4CPLA 2HTYA 2WT1A 4W65A 1BJQA 1ULGA 3GNEA 1FX5A 4GZQA 1C1FA 2PHTA 5KXBA 4R9AA 2ZGOA 3H73A 1F9KA 3IPVA 1S0IA 1GZWA 3UL2A 3B01A 3ATGA 1A14N 2AYHA 3B7EA 4Q8LA 4HZZA 3AP5A 1LJ7A 1GANA 1N3PA 4AWDA 1NCBN 1A8DA 1S1AA 4MWRA 1WW6A 1NN2A 3TICA 2HTVA 4H53A 1Z78A 2XB6C 2VK5A 2ZMNA 1JUIA 5F9TA 1A4QA 4XIKA 1E8TA 4FPGA 1V6KA 4U36A 1V6MA 4LBQA 3ILFA 5E89A 1SO7A 1I1EA 2VY0A 1LOFA 3WZ1A 2B8HA 2ES3A 1USRA 2QWCA 4GWNA 1LECA 1LODA 4CTEA 5HUGA 1V6LA 2FHRA 3APBA 3AZZA 1N1SA 1Z4VA 4YZ5A 5IK8A 2EAKA 1V00A 1LEDA 4HIZA 1W6NA 2PHRA 1EUSA 3AP4A 4QNPA 3QCWA 4GKXA 1MZ5A 3T1EA 2YDTA 1JN2P 1QDOA 3ZSKA 2QWFA 2TEPA 3WV6A 3VKFC 4TYSA 2AEQA 1Z4ZA 1YYNA 2ZGLA 4CPOA 3M3EA 1S0GA 2W52A 2NP0A 4M3CB 7NN9A 2QWBA 2D3SA 1HDKA 2BZDA 1E8VA 1VLNA 5HUNA 4GZTA 1ULDA 1J1TA 2WSVA 2F24A 1NNBA 1MWEA 2AEPA 4GZSA 1UZYA 2NMNA 1N3OA 1AXYA 1ULFA 2AENA 3FLRA 1S0FA 3SH5A 5IK4A 4MC7A 4BMBA 4P9YA 4ASMB 1V0FA 3ALWA 5DZFA 4XJ8A 5EWSA 5FREA 1NXD1 2XZIA 2ZHNA 2ZGTA 2W20A 4RL7A 1VAVA 1G9CA 2VW2A 4I30A 4X47A 2HTQA 2DURA 3WCSA 3K37A 3BODA 2A6WA 2R1DA 1SBEA 2NYYA 5GLWA 3IMNA 3AP7A 2ZGRA 4KS5A 1LOEA 1W6OA 2F11A 2F27A 4YG3A 1NSCA 2VW1A 1W6MB 1DHKB 2QWGA 1ZM1A 3OYWA 5JOYA 4AYUA 5T5LA 3TI6A 1UX6A 2PHWA 1DIMA 2R16A 4FP3A 1F8BA 4K1KA 3R4UA 3MPPG 3N7KA 3O0VA 5DG1A 4Z8BA 2HTWA 4U2AA 4NOTA 2JE9A 2DTWA 3AP6A 4C1XA 2W68A 3IPVB 1V0EA 4YLZA 4DPNA 5HUKA 5EYXA 1DQ2A 1L7HA 3LSEA 4ATFA 3OPZA 1DQ0A 1W20A 1LU1A 1IVEA 4FQ4A 2FMDA 2GDFA 4XHXA 3WDVA 3MEPA 2NM1A 5GJ6A 4AVSA 2AUYA 4Y1VA 2SBAA 4Q8KA 3TI4A 3MW3A 4LBQB 3M3CA 2VU9A 1H9WA 1W6QA 1IS5A 5GLTA 2EXKA 1G86A 1FNZA 4DFSA 1RITA 2DVDA 4CPMA 2YA6A 4J9TA 1WCQA 1MS1A 1QNYA 4DRRA 1GZCA 1IVGA 1JXNA 3WHUA 2QWDA 2YA7A 3O0XA 4Y20B 2ZABA 1W6NB 1SACA 2D3PA 2LALA 4YW2A 4TZDA 2OVUA 1WUVA 1INXA 4JC1A 3RQ0A 3AXDA 4Q2FA 3N7MA 2JKBA 1DYPA 1GICA 4XTPA 2PHXA 1F8DA 4QN3A 3WG1A 5F5QA 4B7QA 4IQPA 5HCFA 4QN6A 2ZMKA 3AFKA 2EXIA 1IVBA 4YW3A 2VUAA 4B7MA 2DWRA 4CRQA 2QWKA 1V3BA 2B7YA 2C4AA 1N1VA 1F5FA 1NCDN 1LHNA 4MWVA 4PCRA 2E7QA 4B7RA 1GYKA 3A71A 3WDTA 4KS2A 1A3KA 5GALA 1OFSA 2EXJA 3RSJA 2ZGKA 3N7JA 2P3IA 3HN1A 1QNWA 3FFZA 1LEMA 4UW6A 1CIWA 2A6ZA 1CPNA 3NV1A 4LBKA 1W6PA 4XBQA 4D69A 3SILA 5DUVA 5FRAA 2XZJA 3VV1A 2CYFA 2ZGPA 1KITA 1LCLA 2OUHA 4HZYA 1QGLA 4JF7A 1UL9A 2RKCA 1LHOA 2VWDA 1UKGA 1INVA 1NMAN 1VIWB 4Y22A 1KJRA 1SCSA 4XTMA 3AP9A 3FUQA 1V2IA 1BXHA 2VSKA 3SH4A 4CPNA 3BOPA 1CR7A 1WLCA 3ASIA 3ZYPA 5GZGA 5H9PA 4WA5A 5JOZA 1KRIA 4FOVA 1APNA 3RS6A 5H9SA 5T52A 3USUA 4K20A 1F8EA 1QDCA 4YM1A 4GZPA 2VH9A 4H52A 2A6VA 1HLCA 4GEZA 5JDBA 3AZYA 1WCSA 4KS3A 1LOCA 1GLHA 2F29A 4MYEA 1B9SA 4FPOB 3V0AA 5DZEA 2VSMA 1FV2A 4Y26A 1G9FA 4F83A 2GNMA 2C4LA 2JE7A 1WW7A 3ZSMA 2P3JA 1EPWA 4LBJA 4YW1A 1Q8QA 1G9DA 2C5DA 2Q5TA 1NSDA 2KM2A 4PQ9A 5AVAA 4DGRA 1W6QB 1QOOA 2YY1A 3CL0A 2X9MA 4LBQD 4FOWA 1DQ6A 3D6EA 1FYUA 3N3HA 1DQ4A 1FV3A 4LBNA 1BJIA 2UWCA 1RIRA 4BQ1A 2D44A 1INGA 1IKPA 4GA9A 4I00A 5T5OA 4HZVA 4HZXA 2QWIA 4FPYA 2V5YA 4P9WA 3FLTA 1AJKA 3AZVA 1BKZA 2WKKA 4YFWA 2VW0A 2ZAAA 3BEQA 4FPJA 1Q8VA 1DQ5A 1ENQA 3K3AA 4Q1RA 2QWJA 1DILA 3VKOA 4Y24A 2CMLA 2VVZA 4GKYA 3OBRA 4AGRA 4WVWA 2D43A 2W38A 3TB0A 2F26A 1WW5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2R6QA 2DUPA 1X7NA 1UIJA 2WN3A 1F15A 3AYCA 2VZSA 4PF5A 2DU1A 1UO9A 5J37A 4AOCA 3LWCA 4DY3A 2PN5A 1YQ5A 1GWLA 1WD4A 2VE1A 3ZM8A 2PA7A 2Y6HA 5JCTA 2B4KA 1KS5A 5SV8A 1FNYA 4QU2A 4JGZA 5C4WB 3I8TA 2DTYA 2R1BA 1RUJ2 4YW6A 5IVJA 2GVWA 4GNBA 5JUVA 3Q8AA 2HU0A 4IGOA 4LHKA 2FP8A 3POBA 3ZFGC 4UBGA 3CZJA 4ZU7A 1VBB2 1ZZ6A 1WKYA 1IUBA 4RHV3 4XJAA 1W8UA 4OHXA 1BMV2 2ZKLA 2WYFA 3ITQA 1LOBA 4B1MA 3NKTA 2A71A 3U4XA 3NSSA 3KD4A 3K36A 3T08A 4QX1A 1MR5A 1W8NA 4MVTA 5B2DA 3MBWA 5C4WC 3M1HA 4UF0B 2E32A 4D7TA 2V4AA 4MG2A 3WQ7A 1B09A 4AXOA 4R40A 3LIGA 5JAXA 5FYIA 2XOMA 1KQRA 4X8NA 2CY6A 3CO2A 4L0PA 3VBRA 3WDWA 4HZFA 4GD4A 3AK0A 2BERA 3O12A 5C7GA 3CU7A 3LPGA 3PU8A 1NCAN 2V4VA 1XU1A 1FMD1 3WQ1A 5DZGA 2BRTA 3SEPA 4AR2A 2W8BA 5FP4A 2WFF1 3OY8B 2YB7A 2ZGQA 2D6KA 5FQ0B 3JU4A 1RUD1 1NLQA 2VXJA 4QPYA 4QX7A 5ANNA 4WM7B 5E6HA 1JZ6A 5GZDA 5GZEA 1JS9A 4XETA 3JBG1 5CNAA 4WEFA 5DABA 1ZVFA 1LOAA 5LK5A 4LA3A 1VBB3 3EYPA 5IT6A 3JD71 2WWUA 3K75B 5M1ZA 2WWSA 3HIFA 1W8ZA 2EIDA 2XXZA 1C57A 3LKJA 4MGKE 4BQXA 3M3QA 1XOEA 3C7OA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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