4FPOB

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-chloro-4-methoxybenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 193

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
100200300400500600600500400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 193
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
B PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
B PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpoB03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpoB01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpoB02
3M3CA 1G7YA 2FMDA 2DVBA 4Q26A 1V3EA 4FOQA 1LODA 1NMCA 1VAVA 4W65A 2ZGUA 3TI5A 3AZXA 5GZCA 3INBA 1V3CA 4XTPA 2GMPA 2CWMA 2WQZC 1W8OA 3K3AA 5CB7A 2CNAA 4FQZA 4AGVA 5H9PA 4XMIA 3LSDA 2YMZA 3FBYA 3PVEA 4JC1A 4XE9A 1WLWA 1W6NB 5B2CA 1V6NA 1G9AA 1MS8A 4ITCA 2AGSA 2E51A 5FRAA 5DZEA 4UW6A 3UK9A 1MS4A 3SH5A 3OGGA 1W6NA 4GA9A 4XBNA 2BF6A 2DYCA 4P9YA 2P3JA 4L8QA 3RRDA 1HQWA 1LEDA 5IK4A 2VW2A 4MWJA 1V6KA 4FOWA 2RKCA 4M4UA 2ZGSA 4HIZA 1PZ9A 2JDZA 4ISQA 1MS1A 4YZ2A 1SLAA 2ZGPA 3AYCA 1Z4WA 2A75A 4XILA 2CL2A 3WDTA 1VIWB 2QWAA 1I1EA 4H53A 1AX1A 3QCWA 1C4RA 1AVBA 4PBOA 1DIMA 1UZZA 3V64A 1JYCA 1KJRA 1INHA 1JN2P 1JW6A 2ZAAA 2W5NA 3K39A 1B09A 2CYFA 5LK5A 1MZ5A 2ZGRA 4LBMA 5GALA 4OZXA 3AK0A 1SBFA 4LBQD 2VW1A 4XHBA 1APNA 3ZSJA 4KBBA 4YM0A 4BLIA 4YG3A 2D3PA 5T54A 2R1BA 4FP2A 2XCYA 1NMBN 3H6JA 4GKXA 4KS1A 1SCRA 5H9SA 3ZXEA 3DUIA 4K1HA 5DUXA 1OKQA 4Y1UA 4PQ9A 2CY6A 1YYNA 3WUCA 2E7TA 2VSKA 1W6QA 1NMAN 3FUQA 3U4XA 5CA6A 4K1YA 5HCAA 1IKQA 2ZHKA 4K1ZA 4Q8LA 5CAZA 3I4IA 4YW4A 1F9KA 3OYWB 4ZKTB 2DVAA 4QN3A 2F0ZA 2D6KA 1H30A 2QWBA 4FPJA 3ENRA 4MJVA 2EF6A 3IMNA 1ULEA 4CZSA 4Q1RA 1GSLA 4HZZA 3D4KA 3OYWA 1PZ7A 2YA5A 1QU0A 4Y24A 2VY0A 1GNZA 1MS5A 3IPVB 5CNAA 3GALA 4HL0A 2C4LA 1V6LA 4AVVA 1LHWA 1A4GA 1WW4A 1D0HA 3M3OA 1GKBA 4GJTA 1KQRA 2EXIA 2HYKA 1FYUA 5B2DA 1XQNA 2DU0A 3IPVA 3SILA 1OFSA 4X47A 4PCRA 1W21A 4CTEA 1FV2A 1JXNA 3MEPA 3TIAA 4ZXKA 2QWEA 1N47A 2VU9A 1W0OA 4M3CE 3GVKA 5HUGA 1OQ1A 3NN9A 5GZDA 2R1DA 3WV6A 1NCAN 4M3CB 1DYPA 5KXBA 2A6ZA 1LOAA 1ZA4A 3WCRA 3B01A 2D6MA 4H55A 2C4AA 2UURA 3PMEA 4CPYA 2ARBA 4NO4A 2QWJA 4QN7A 1O4YA 4GZTA 4ISRA 1XOGA 1LHVA 1Q8SA 2ZHNA 6NN9A 2NP0A 2YROA 3N35A 4XIKA 5KXCA 2D7FA 2DTYA 1KJLA 4CPZA 2YDPA 4M3CF 1ULGA 2AENA 3VKNA 1V2IA 1WUVA 2GNTA 3HR9A 3M2MA 3GVLA 4H52A 4FPEA 2A7AA 2C5DA 2ZGLA 2WT2A 3ASIA 5T55A 5HUMA 3BTAA 4MWQA 4YM2A 1KDKA 2OUJA 1NCCN 2DV9A 1G9CA 1JHNA 4LBJA 4Q8KA 3BIWE 1QF3A 1UL9A 3TIBA 3ILRA 3PVNA 4QNPA 3BOPA 1Z4XA 3KM5A 4YW1A 4BBWA 1S0FA 1EUSA 2QWCA 2D44A 5E88A 1DFQA 4FPHA 1JBCA 5H9QA 1ZM1A 3WLUA 4K1KA 3CL2A 2D6PA 1CPNA 3AFKA 4K21A 1ULDA 2NN8A 5IT6A 2D3SA 1NNAA 1H9WA 1N3OA 1KRIA 2GDFA 2KM2A 4Q1PA 2NMOA 3WDVA 3JUUA 1UKGA 1VCUA 4Y26A 3WDYA 1CPMA 3VKMA 1MS0A 3B00A 1LECA 3L2YA 3NV2A 1Z4VA 2YA4A 2EXKA 3NSSA 3T1EA 3ILNA 5GZFA 4TZDA 4QN6A 1S0CA 3IN9A 2Z42A 4CPOA 2D3RA 3C2UA 5IUQA 1AXZA 2V5YA 3WUDA 2A6VA 1ONAA 1IVDA 4XDQA 1Y7BA 5JOWA 1SBDA 3IKWA 4BLJA 3N7LA 2HTQA 1LOCA 3MW2A 2R49A 4XXAA 1W8NA 2P3IA 1LGNA 1CONA 5JOXA 1RIRA 4XHXA 2ZGTA 3MW4A 3DGTA 2GNBA 4XBQA 3ZXLA 1S0JA 2P34A 4J9TA 1IKPA 3CKZA 4K1JA 2RHPA 4MWRA 1XOEA 3O9KA 3ILFA 4XJQA 4GZOA 4WVWA 3BODA 2VH9A 3Q9OA 1N1YA 2HU0A 2C9AA 1GNHA 5JVVA 1INGA 3HMYA 5DZFA 4PBPA 2H0BA 5HUNA 2NZ9A 3B69A 3WDWA 2I2SA 2DUQA 4DRVA 1A78A 3D6EA 4C1XA 1MWEA 5GM0A 1V6OA 2YY1A 2SILA 2JD4A 3HN1A 5DUWA 1C1LA 1DQ1A 1W1XA 3AP7A 2WSUA 1UN1A 3ZSLA 2E7QA 2OUHA 4F83A 3ZXJA 5HX0A 4YFWA 1GYKA 4WEGA 1S0DA 2F28A 2D6OX 1GANA 3O5SA 1INVA 2ZGQA 3AXDA 4AVTA 1F8DA 1QOSA 1S0EA 3CYEA 5FREA 4WEFA 1GZ9A 1DYKA 1YO8A 4B7RA 4WZFA 3WDUA 4XJAA 3B7EA 2SLIA 1IS3A 1GZWA 5DZGA 4YZ4A 1NN2A 2W68A 2W08A 1NXD1 3WOGA 1SLTA 1IVGA 1LGCA 1W6MA 1ENQA 4AYUA 4XZPA 1AX2A 5GLVA 3MPPG 3UL2A 3R05A 1HKDA 1N1SA 3B3QE 4JRAA 4WV8A 3ZSMA 1DBNA 2WLQA 3N3HA 1SO7A 1Q8OA 1Q8PA 2EIGA 3SITA 5HCBA 3OBRA 1BXHA 4SLIA 1MS3A 2DU1A 4M01A 1Z50A 4XJ9A 2JJ6A 3AXEA 4BOWA 1CR7A 1URXA 2AEPA 4D69A 4FPKA 1QOTA 5JLVA 2UU8A 1F8EA 4YW3A 1VAMA 2UWCA 2GMMA 2FHRA 1W6QB 3R4SA 2WSVA 3AP5A 4XJ8A 3VKLA 4XJWA 3INAA 4MX0A 3BEQA 2R0HA 1LOFA 4GZXA 4MWXA 1BJQA 1GZCA 5F9TA 4YM1A 1N1TA 1BZWA 2ZHLA 3VKOA 3CNAA 3OJBA 3NWKA 4M00A 3W59A 1GICA 3V65A 1L7HA 1FAYA 1UMZA 1JUIA 1IVEA 2ERFA 2YV8A 2QWHA 1E8TA 2D6LX 4FVKA 1U0AA 1IVFA 3A71A 1KITA 2A6YA 1A14N 1LU1A 1DQ4A 2PHTA 2X9MA 5HUKA 4BPZA 3D11A 2F25A 1TEIA 4QN4A 5T5JA 1R1ZA 2W52A 3POSA 1HLCA 1ENSA 2LTNA 5SV8A 2CMLA 2HT7A 4CPMA 4GB1A 4LBQB 1VALA 4DS0A 4ASMB 4KS2A 3RMYA 2ZABA 1IS5A 4Y1ZA 4UW5A 1WBLA 3FLPA 2ZMLA 3WCSA 5T5PA 2VWDA 4LBQA 2F26A 1N1VA 5JOZA 3O9JA 1NSDA 2YA7A 2F24A 5IK8A 1SLBA 4YFZA 2SIMA 1INYA 3W09A 4GEZA 1UAIA 1MACA 4Q2FA 2AR6A 5IK5A 3CL0A 1USXA 1N3QA 4YZ3A 2JECA 1CVNA 1W0PA 1BQPA 4HZWA 1WW7A 4Y1YA 2QWFA 4XJRA 3O0XA 2GN7A 3TICA 4LBKA 1BJIA 1YI7A 2A70A 2B7YA 3WG2A 2ZGKA 4YZ1A 4UW4A 4HZVA 3GNEA 3AZVA 5GLUA 4KS5A 4D8SA 3WZ1A 4BMBA 1INWA 2XZKA 5JYYA 5GLWA 4AVSA 1L7FA 4GZSA 3M3EA 3UJQA 1LESA 1DHKB 3APBA 2ZHMA 3FFZA 4JCKA 3JU9A 2PHRA 1LOEA 1Z0HA 4XXPA 1KDMA 4PF5A 1CN1A 3O12A 5KXEA 1SCSA 2BERA 3NV3A 1N3PA 1YXWA 3OBTA 2ZB6A 4DGRA 2ZMNA 1EUTA 1MZ6A 2LALA 5GLTA 2UWAA 2TEPA 2DURA 2A71A 2P3KA 5DUUA 3H72A 4DRRA 2QWKA 1FV3A 4GALA 4FPFA 1CQ9A 4ATFA 2GMEA 3TI6A 2HTYA 1V6MA 1Z4ZA 5EYXA 2WT0A 2VK5A 3WNXA 4HZXA 2ZGOA 4YW5A 2NMNA 1WBFA 2P37A 2DVDA 3OPZA 3AJZA 1ENRA 1JOJA 3FUOA 3ALWA 2AREA 1LEMA 3OY8B 3RG0A 1IS4A 5NN9A 1S1AA 1V0ZA 3SH3A 2EXJA 2WNEA 4X6KA 2EXHA 3A0NA 3POWA 2F13A 1QOOA 2AUYA 4RA0A 4XJZA 2AH2A 4C1WA 1E8UA 3WG4A 2VVZA 2ZMKA 3OY8A 1A4QA 3FLRA 3V0BB 3LSEA 1V6IA 1X50A 2OW4A 1UZYA 1BYHA 4KS3A 2DVFA 2HT8A 3V0AB 1EURA 1WLDA 4GDJA 1LULA 1RITA 1S0GA 3V0BA 1V0EA 1IVCA 3H73A 3SISA 1WLCA 4X49A 1S0IA 1USRA 3V0AA 4Z8BA 2D6NA 4QN5A 3I8TA 4GZQA 1B9SA 2A3XA 4FP3A 4MWWA 2DUPA 4FZHA 5EWSA 1NCDN 4P9WA 1FX5A 1JYIA 1SFYA 5EYYA 4FPLA 1Q8VA 2ARXA 1SLCA 4Y1VA 2AEQA 1WD3A 4GDIA 2NM1A 3VV1A 5GZEA 4FJ6A 3WHUA 2V73A 1O4ZA 2D43A 1AJOA 1DQ2A 1E8VA 1I3HA 1WD4A 2PHWA 3N7KA 2ZZJA 2JKBA 4Y1XA 3R4UA 4M4NA 3AZZA 1BKZA 1L7GA 1AJKA 3ATGA 2QWIA 1INXA 1V3BA 1LCLA 4RL7A 1G9BA 1SLLA 4GWNA 2DVGA 2WJSA 3TI4A 4FPYA 4YLZA 3T1LA 3ZSKA 2OVUA 3W58A 4MZAA 4P14A 1LOFC 1SBEA 2ZKNA 3M1HA 3T2TA 3AP9A 1UX6A 1QKQA 5L73A 1WCQA 1FATA 2JE9A 1GZWB 1LJ7A 2JE7A 4YGEA 4M4VA 4CPLA 4Y22B 3H0OA 1HDKA 2VSMA 3ZPYA 1W6MB 4ATEA 2P2KA 2BQPA 5IK7A 5DG1A 1DLLA 3WDXA 5F5QA 4XJUA 1V6JA 1YIFA 4Y22A 1LOGA 2A3YA 1LHUA 2SBAA 2VUAA 1W6PB 4YZ5A 4I30A 4R9AA 4IQPA 1DQ5A 3TI8A 4FOYA 4MC7A 4MWLA 3ZVXA 1QDOA 1AF9A 1W6PA 1UPSA 2GNDA 1SNTA 5GLZA 4GWMA 4XBLA 2UWBA 1LENA 1DQ0A 3AX4A 4U36A 1INFA 5M1ZA 4XYXA 3SLIA 4WA3A 4FOVA 4YG0A 4Q6KA 1MVEA 4K3YA 1S0BA 5GZGA 2A5ZA 5DUVA 2HT5A 2GNMA 1WW5A 4K1IA 2VK6A 4GZPA 4UF7A 4BMEA 2HTRA 4LBOA 3JU4A 3AP6A 4DFSA 3B9CA 2VXRA 4B7JA 2CWSA 4NC5A 3TI3A 2F27A 1VLNA 1Z78A 2NYYA 3H71A 1DIWA 1A3KA 1DGLA 5T50A 1D2SA 2F12A 1NCBN 1ULFA 3N36A 1V0FA 1A8DA 3GVJA 1C57A 1G9DA 4XMAA 4YW2A 4MYEA 3SH4A 1RINA 2F29A 1MR5A 1Q8QA 3K37A 2YXSA 4B7NA 1NNCA 3RMXA 4X4AA 1GBGA 1NNBA 1CJPA 4MWYA 4GKYA 1AX0A 5KXDA 3PJQA 4KS4A 1PZ8A 3TAYA 3VKFC 1QNWA 3ZXKA 2WKKA 1LU2A 4R9BA 3LCPA 5T5OA 4YGCA 5EXOA 2B8HA 4MWUA 1Z4YA 4BM8A 4DQAA 2ZB5A 1SLIA 4UW3A 2ZGMA 2W20A 2ES3A 1DILA 4CPNA 2QWDA 3ZXFA 2ZBJA 4AGGA 2YA8A 3D5OA 3WG1A 5E8AA 4P9XA 2A3WA 4LBNA 1MVQA 3M3QA 4B7QA 1QMJA 4M3MA 3K36A 3RS6A 2HTWA 1B9VA 3A4UA 3AYAA 1YRZA 2ZA9A 3SANA 4M3CA 1NSBA 4K20A 2XZJA 2VK7A 1DZQA 1B9TA 1F8CA 1LOBA 1IS6A 4WVVA 3ZYPA 4XIOA 1CIWA 1F8BA 5CBLA 4TYSA 4U2AA 1AZDA 2ZGNA 5GJ6A 1V00A 5DG2A 1ULCA 2EALA 3MW3A 4GXLA 1C1FA 3IM0A 2HTUA 4R9DA 3AYEA 1G8WA 3NV4A 3TB0A 1NSCA 4NN9A 1IOAA 4FPCA 1G9FA 2EAKA 3ZYRA 2W5OA 2F11A 4MWVA 2YA6A 1EPWA 1QNYA 1WW6A 4Q27A 4LBLA 2XB6C 4YGBA 4CRQA 2VW0A 3QLQA 3N7JA 2CTVA 2F10A 2PHXA 3AZWA 3D12A 3RQ0A 4WA5A 4FVVA 4R9CA 2GN3A 3USUB 2YDTA 1F31A 3A72A 1AXKA 2PHUA 1VCJA 3VUOA 3O0VA 1F5FA 3AJYA 2E6VA 3RSJA 4XTMA 3USUA 4AWDA 4YG6A 4HZYA 4GZWA 2ZACA 1FNZA 1WCSA 4MZEA 3KQRA 4BQ1A 3WHTA 2PHFA 3K38A 1NLSA 2PELA 2DTWA 3WVJA 2G4IA 2A6XA 2BATA 3NV1A 2BZDA 4Y20B 2GALA 3AYDA 1GLHA 1V3DA 5E89A 1LTEA 4NOTA 2HTVA 4JF7A 1FNYA 2HU4A 5AVAA 1QDCA 1LHNA 1AXYA 2E53A 1W6OB 4Y20A 5JMCA 4FPGA 3ALXA 2XZIA 2ENRA 2R16A 3A0KA 4WA4A 3O0WA 1W20A 1W6OA 2YZ4A 5T5LA 4MJUA 3SALA 5JOYA 1MS9A 5T52A 1HQLA 2Q5TA 4YGDA 5HCFA 4XOGA 3PVOA 3WG3A 1SACA 3SNMA 2R0FA 2W38A 1GV9A 2DWRA 1J1TA 1H9PA 3AP4A 4B7MA 4YM3A 2A6WA 5BYNA 5JDBA 4I00A 1EUUA 1CESA 3FLTA 5H9RA 2DUOA 1QGLA 2WT1A 1DQ6A 4AGRA 1LGBA 1G86A 4HANA 4FPOB 1LHOA 4DPNA 4NCSA 2W39A 3N7MA 4FQ4A 2XG3A 3AZYA 3T1MA 3POYA 1Q56A 2QWGA 3UJOA 7NN9A 2AYHA 1IVBA 5DXDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1W8FA 2KD7A 4Q4V2 5L7OB 1TMF1 5FP7A 1W9YA 2XKOA 3M3CA 5A3NA 3NAPB 1G7YA 1HB3A 2FMDA 2DVBA 5C70A 4NRQA 3WX5A 1H6YA 4Q26A 1V3EA 1W0NA 4FOQA 1KXGA 1LODA 4AFCA 1NMCA 2VBBA 1VAVA 1WWYA 2XJSA 4XW3A 4W65A 2HWE1 5FO8B 2ZGUA 1UY1A 1E57A 3TI5A 1ND2B 4CE8A 1RUH1 3AZXA 1AR62 5GZCA 3INBA 1V3CA 3EYPA 1ZRIA 2A1XA 2CWMA 2GMPA 1PMHX 2WQZC 3HBZA 4GB33 4MGQA 4CDQC 1UXZA 2VMHA 3UESA 1W8OA 3K3AA 5CB7A 1BMV2 2CNAA 3MUZ1 4FQZA 4CP2A 3Q8FA 4AGVA 1XSRA 5H9PA 4XMIA 4P02B 3TYJA 4JQRA 1F15A 2BOIA 2YMZA 2WWJA 3LSDA 1RTVA 1X8MA 4MGIE 5A3WA 3FBYA 4UBHA 3OUJA 3VBOA 3TOJA 4AVAA 3PVEA 4COYA 2DDUA 4JC1A 4XE9A 1R081 5LBEA 1WLWA 1XSQA 3K75B 3ELNA 1W6NB 2WWSA 2Y6KA 5B2CA 1V6NA 3H3UA 2QQUA 2ZAHA 4D3WA 1JYNA 1G9AA 4LHKA 1MS8A 2JG8C 4ITCA 2VPJA 2AGSA 1AR91 2YHJA 3DR2A 2E51A 4EZHA 3T4VA 4UFMA 5E6HA 2BGCA 1BLZA 5FRAA 5DZEA 1RUF3 2ADEA 2J1UA 4UW6A 1AR83 2RM21 4CU7A 5I8SA 3UK9A 1PK6C 1COV2 4N9IA 4Q4X1 4RN5A 5F1RA 1MS4A 4LNVA 2R7EB 1HXS2 1QJU2 5F7UA 3H8OA 3ETPA 4AHZA 2IVJA 3SH5A 4QXKA 3OGGA 4URAA 1IZ3A 1W6NA 4GA9A 5BUVA 1NCRB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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