4FPOB

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-chloro-4-methoxybenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Sialidase B
total genus 193
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
B PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
B PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpoB03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpoB01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpoB02
1V0ZA 2E51A 3K38A 1INHA 1A78A 5KXBA 3WCSA 1H9PA 2HYKA 1UKGA 5HUGA 4XJ8A 1W6PA 1DHKB 4PBPA 4FPJA 5JOWA 1DQ0A 1WW5A 4FOVA 1GBGA 2EXHA 3V0BA 3NSSA 3B69A 3IMNA 3APBA 3FLTA 5B2CA 1FATA 5IK5A 1WW6A 2PHWA 1SBEA 3ZXJA 4DPNA 3O0VA 4LBKA 3SILA 1INWA 3N7KA 2YDTA 4XDQA 4SLIA 4XOGA 2DVAA 1W6MB 4XMIA 4YLZA 3WUCA 4UW5A 3W09A 3WG3A 4AWDA 4PCRA 3WG2A 1Z4XA 4H55A 4JF7A 4XILA 3K39A 2B7YA 1AXZA 4Q6KA 2A6WA 4Y20A 4K3YA 3VKOA 1JN2P 4QN5A 2ZB5A 2A6ZA 1AVBA 4HL0A 4I30A 3N35A 2VK6A 5E89A 2A6XA 1INVA 3QCWA 2V73A 5GZCA 2ZMNA 2ZGNA 1UZYA 2W52A 4GXLA 4XJZA 1CPMA 4UW3A 2R0FA 2YMZA 2GNTA 4LBQA 4WVVA 1Y7BA 1DIWA 3WV6A 2W38A 4QN6A 1NN2A 4XJWA 4KS1A 2XCYA 3N7JA 5M1ZA 1WBFA 1L7FA 4AGRA 2SILA 2F27A 2HT5A 3JUUA 2VWDA 1N1VA 4X47A 1BJIA 2JDZA 1PZ8A 2HTVA 1LHVA 3AX4A 3Q9OA 4K1HA 5GZFA 2DVFA 2DTYA 1G7YA 1S1AA 1N1TA 1QOTA 5B2DA 4K21A 5JDBA 4YW4A 2AEQA 2ZGPA 5JVVA 4ATEA 4NC5A 2CY6A 2JD4A 4Y1XA 2W5OA 3UK9A 5NN9A 2CNAA 4M4UA 4HZVA 4CPYA 4MX0A 4MWXA 1YI7A 2AENA 3ILRA 4HIZA 3FUOA 3OBRA 3A71A 3BIWE 1ENRA 1I3HA 1W6PB 2AUYA 4YFWA 2ZGUA 1SBFA 2QWKA 4BBWA 1MR5A 4B7QA 1JUIA 4D69A 2WT0A 4AGVA 4LBOA 1ULCA 3K37A 4JCKA 3O5SA 2F28A 2W5NA 4M3CE 1UZZA 3B01A 1F5FA 4FVVA 4YM1A 3MW2A 1QNWA 1DLLA 2LTNA 1ONAA 4NO4A 3ZXEA 3TI3A 1JW6A 1LHWA 3RG0A 3GVLA 1V3DA 1QDOA 3O12A 2BQPA 1UN1A 3B3QE 4X6KA 2EXIA 1KDMA 4P9XA 1W6NA 2ZMLA 3CL0A 1IVFA 1B09A 4Y20B 1FNZA 1KITA 2PHRA 3WDXA 3M1HA 3V65A 1HDKA 1DGLA 1VCUA 2ZGOA 5HCBA 2D3RA 2QWAA 4AVSA 4UW4A 4XMAA 5GLTA 2QWBA 2QWDA 4BLIA 4YZ1A 5EXOA 1LEMA 2ZGKA 5GZEA 1HQWA 1UMZA 1SCSA 1NMAN 2GMEA 3M3CA 5T5LA 1V0EA 4LBQB 1AXYA 1LOFC 5JOXA 1SLTA 3SANA 3HN1A 3CL2A 2R1DA 1LHNA 4MWWA 4ZKTB 1UL9A 5AVAA 3ZYPA 1ZM1A 5JLVA 3AZWA 1RIRA 2AYHA 3CYEA 5DUUA 2DUOA 5DG1A 1MWEA 1W8OA 1JYIA 1V6MA 5GM0A 1V6NA 1IS6A 4YG6A 1LODA 1FNYA 1E8TA 4YW5A 2ZACA 4K1KA 2ZAAA 1AX2A 4BMBA 3WOGA 4CPZA 3SISA 1LHUA 3WNXA 2JKBA 4ISQA 3NV3A 7NN9A 1NMCA 4GALA 2R1BA 1GZ9A 1V6IA 5IK4A 1IVCA 1WUVA 3TB0A 5IK7A 2WLQA 2YXSA 4KS5A 3POWA 4YW3A 1GZWA 1H30A 2P3KA 4KBBA 4RA0A 4QN7A 2YA8A 1U0AA 4FP2A 2Q5TA 4XE9A 1W21A 3VUOA 5T5PA 4FZHA 3T1LA 2EAKA 1I1EA 3RMXA 4CRQA 5T54A 1QU0A 2WSVA 4YG3A 3V0AA 2A7AA 3FLPA 2RKCA 1CPNA 1NXD1 2CWSA 3KQRA 3LCPA 1W6OA 2AEPA 2CL2A 1WLCA 2B8HA 2SLIA 1W6NB 4BOWA 1QDCA 5HX0A 1INFA 2VVZA 1F9KA 2DWRA 3NN9A 3JU9A 4X4AA 1FV2A 1DQ5A 4XIOA 5LK5A 1WLDA 3A72A 3ALWA 2DVBA 2EIGA 5F5QA 2AREA 4YM3A 3AYAA 2YV8A 2NMOA 2PELA 3D5OA 5GZDA 3DUIA 5E8AA 1F8EA 5T55A 2W20A 5GLUA 2I2SA 4Y1YA 3TIAA 3WLUA 1ENQA 1LOCA 1YO8A 1MZ6A 2CMLA 2VU9A 3D11A 3ALXA 4FVKA 3INBA 1B9TA 4MWVA 2D6MA 4FOWA 1EUTA 3TI4A 4P14A 1URXA 2E53A 3AXDA 3R4UA 4FPEA 3NV1A 4Y24A 1N3OA 5IK8A 3TI8A 2UU8A 1G9AA 4UF7A 4DGRA 1DFQA 2OW4A 4MWUA 3IKWA 2GNMA 4UW6A 4XBLA 3ATGA 2PHXA 4PBOA 1G9CA 1A14N 3SALA 1RINA 1NSBA 3USUA 1DILA 4FPGA 1XOEA 4HZYA 4GWNA 4WEGA 1GSLA 4FOYA 5GLWA 2NP0A 3PVNA 1N1YA 4IQPA 1D2SA 5DUWA 4LBNA 4XJUA 1Q8VA 4Y1ZA 4YZ4A 1Z4VA 4MWYA 5T52A 1JXNA 2ZGLA 1VAVA 3AP6A 1BQPA 1JYCA 4Q27A 3SNMA 2A71A 3RMYA 3VKMA 1IS5A 3ILFA 1SFYA 4FPKA 2ZZJA 1IS4A 3FUQA 3RSJA 2P37A 3U4XA 4GJTA 4CPMA 3VV1A 1DBNA 2GNDA 2P3JA 2ZGTA 3SH3A 5JOYA 1GV9A 3MW3A 4YM0A 3V0AB 2YDPA 5KXEA 4HZZA 3OY8A 2DU0A 1LGBA 4TYSA 1E8UA 5JMCA 3C2UA 5DZGA 2VXRA 1W6OB 6NN9A 2XG3A 1A4GA 2EXJA 1S0FA 2R16A 3OYWA 3WCRA 2VW0A 4LBLA 3SLIA 1ULGA 4B7MA 3ZXKA 4H52A 2QWFA 3IN9A 3A4UA 4P9YA 4K1IA 3H0OA 5CAZA 1V3EA 3ILNA 1S0DA 5HUNA 3INAA 2LALA 1H9WA 1VLNA 2XB6C 4MJUA 2H0BA 1KRIA 1YYNA 4LBQD 4ZXKA 4BQ1A 1S0GA 1EUSA 3T2TA 1HLCA 4DS0A 1CJPA 1SLAA 2F10A 2UWCA 4BPZA 4GDJA 1W0OA 2A3YA 4H53A 1EPWA 4GA9A 4Y1UA 1YIFA 3I4IA 3KM5A 3IPVA 4YW2A 2ZHNA 4XJRA 1J1TA 5IUQA 3PVOA 4GKYA 1V3BA 2EXKA 2HTWA 2VSKA 1INXA 5GLVA 2P2KA 2ZHMA 2VY0A 2AR6A 1SCRA 1BKZA 4B7RA 2WT2A 1LTEA 1AX0A 2C5DA 1GLHA 4GZPA 3V0BB 4L8QA 4DRRA 1CONA 3USUB 1IVBA 5EYYA 5T5OA 5DUXA 1VALA 1UX6A 1X50A 3POYA 1F8CA 1APNA 3A0NA 3M3QA 3NV2A 1WBLA 4HANA 5F9TA 4LBMA 2UWBA 1S0JA 5CNAA 1FV3A 4QN4A 3WG4A 4Y22A 5BYNA 2R49A 3AP5A 2ZABA 2W68A 1DQ4A 1G9FA 2D3SA 3PJQA 2F24A 3H72A 3FLRA 3FFZA 4TZDA 1Z4WA 5CA6A 1INYA 3POSA 1SLLA 1DZQA 1DQ6A 2ES3A 2DV9A 2DYCA 1UAIA 4QNPA 1SACA 4Q1PA 2PHFA 3ZSMA 2ZGSA 2QWIA 5E88A 1LECA 1GNZA 3JU4A 1MACA 2QWGA 4Q26A 4LBJA 2DVDA 2JE9A 4OZXA 3QLQA 5T50A 1NMBN 1F8DA 3TI5A 3OY8B 4QN3A 1NNAA 1DYPA 1BXHA 3LSDA 3A0KA 1NSDA 3NWKA 1AF9A 4NN9A 4MWLA 4HZXA 1VIWB 1FYUA 4YGBA 3AP9A 3OYWB 1FX5A 1CQ9A 4GEZA 1IKPA 1IKQA 1AJKA 1A8DA 1WLWA 3CNAA 2A3XA 1INGA 3VKLA 1KJRA 1NNCA 2A6VA 4Y26A 4YZ5A 2NN8A 1A3KA 3AJZA 2HU4A 4GZTA 3AZVA 4CPNA 2AH2A 1LGNA 3FBYA 1N1SA 3TI6A 2WSUA 5H9RA 1NLSA 2XZJA 4XHXA 3RQ0A 1S0BA 1MS1A 2VH9A 4K1ZA 4BMEA 3R05A 1YRZA 3WDVA 2YA5A 3H73A 1LOBA 4XXAA 3UL2A 1G86A 4YM2A 2UURA 1LOGA 3IPVB 2D43A 2HTRA 4WVWA 1SLBA 3TIBA 1Q8PA 2D6KA 1B9SA 1F31A 1W6QA 2YA7A 4XBQA 3AK0A 2JJ6A 1LU1A 1LGCA 3WG1A 4WA5A 3N3HA 1KDKA 4MWQA 4YW1A 2YROA 1W0PA 4ISRA 3UJQA 1W8NA 1LENA 4CTEA 3PMEA 3ASIA 4ATFA 3M3OA 2HT8A 1B9VA 3BEQA 2ZBJA 2HT7A 4XXPA 3H71A 2WNEA 3ENRA 4Y22B 5HUMA 3O9KA 4R9CA 2A6YA 1LJ7A 4GZQA 2F0ZA 1SLCA 4C1XA 3WDWA 4WEFA 3WZ1A 4XZPA 1GANA 3GALA 4Z8BA 1Q56A 1UPSA 4I00A 2CWMA 1XQNA 2WQZC 4BM8A 2D3PA 4AVTA 3K36A 2CTVA 2GNBA 2X9MA 4FPYA 3RS6A 4FJ6A 1ULFA 5HCAA 3SH4A 2KM2A 4WV8A 2PHTA 1NCBN 3B7EA 1SBDA 3B00A 1NCAN 3D12A 4FQZA 2A75A 4M3MA 2OUJA 1S0IA 1DQ2A 4YGEA 4YGCA 2DTWA 3W59A 1DQ1A 2WJSA 1V3CA 3LSEA 2D6LX 3WVJA 1Z4ZA 2QWJA 1C1LA 4P9WA 3M3EA 4MZAA 5DZFA 1SLIA 2ZHKA 2E7TA 1A4QA 5JOZA 2P34A 3SITA 3M2MA 2FHRA 4YZ2A 3WDYA 1ZA4A 3ZYRA 3O9JA 1NCCN 4M00A 1WD3A 3GNEA 1MS0A 4M4VA 4JC1A 2OVUA 4F83A 3T1MA 1MZ5A 4WA4A 1MVEA 4FPFA 2EF6A 2RHPA 5H9PA 3ZPYA 4X49A 3L2YA 4FPHA 3UJOA 5KXDA 3N36A 3VKFC 5GLZA 4WZFA 4Y1VA 2YZ4A 1Z78A 2NMNA 2HTUA 1V6LA 2ZKNA 3ZXLA 1ENSA 1W6QB 4XHBA 2D7FA 4MYEA 2NM1A 4C1WA 4K1YA 4XBNA 4KS4A 4M3CF 1V2IA 2XZIA 3GVJA 2AGSA 4MWRA 3WDUA 1W20A 4GZOA 3D4KA 2VW2A 1GZWB 1HQLA 3ZXFA 2F25A 2OUHA 5GZGA 1O4ZA 4M3CA 3BTAA 5GALA 1WD4A 2UWAA 3AJYA 1G9DA 2FMDA 3AP4A 2G4IA 5IT6A 2A3WA 1MS9A 2C9AA 2XZKA 4JRAA 4AVVA 2E7QA 3H6JA 1NSCA 2QWEA 2ZGMA 4YGDA 1R1ZA 1QGLA 2ARBA 4AYUA 5H9QA 1Q8SA 2W08A 1BJQA 3OGGA 5T5JA 1G8WA 1W1XA 2DUQA 3V64A 2ZB6A 2DURA 3OPZA 2QWCA 2GALA 2P3IA 1YXWA 4PQ9A 4MWJA 3NV4A 3W58A 1EURA 1MS3A 2ZA9A 4MZEA 1Z0HA 3R4SA 5JYYA 2YY1A 1GZCA 1WW4A 2V5YA 4CPOA 1QOSA 1FAYA 1OFSA 2HTQA 1GNHA 1BZWA 2GDFA 4AGGA 3AZYA 3WDTA 2NZ9A 1LOEA 1O4YA 1HKDA 1V6KA 2GMMA 1USRA 2F12A 1CN1A 1GYKA 1IVEA 1G9BA 1AJOA 2SIMA 1TEIA 1CR7A 1Z50A 4KS3A 1MS5A 4HZWA 3TAYA 1AX1A 2YA6A 2A5ZA 2CYFA 4GZSA 1JOJA 2ENRA 2W39A 4DRVA 1C57A 2YA4A 2F29A 4FPOB 1XOGA 4B7NA 4BLJA 2Z42A 2JE7A 2WT1A 4DFSA 3BOPA 1LEDA 3K3AA 4XJAA 1OKQA 1QNYA 2VK7A 4R9AA 3AYCA 3HMYA 1QOOA 3RRDA 2DU1A 3MW4A 1QMJA 3CKZA 4Q2FA 2D6OX 2D44A 1C4RA 4XJ9A 1GKBA 2NYYA 1MS8A 4XYXA 3D6EA 4GKXA 3T1EA 3AYEA 3TICA 1IVGA 1AZDA 4J9TA 3AYDA 1V0FA 4M3CB 5EWSA 1ULEA 2ZGQA 2F11A 1CVNA 1DYKA 5SV8A 4FQ4A 5FREA 3PVEA 4ITCA 1WCSA 1MVQA 1USXA 3I8TA 1S0EA 2ZHLA 2ARXA 4W65A 5HUKA 5FRAA 5HCFA 3MPPG 1Q8OA 2VW1A 2SBAA 2QWHA 4PF5A 1E8VA 3AXEA 3N7MA 3OJBA 1CESA 1LOFA 2DVGA 1N3QA 2R0HA 3GVKA 1JBCA 4XTPA 1C1FA 2F26A 3AZXA 4B7JA 1N3PA 4U2AA 3ZSKA 2F13A 1V00A 4YZ3A 4U36A 2TEPA 3BODA 2JECA 5KXCA 4KS2A 2VSMA 1V6OA 1LULA 3MEPA 4FPLA 5L73A 2PHUA 1LCLA 2WKKA 1LOAA 5GJ6A 4XIKA 4FP3A 4FPCA 3OBTA 1SO7A 3HR9A 1L7HA 2VUAA 1S0CA 5DG2A 1KQRA 1Z4YA 1N47A 5EYXA 3AFKA 1F8BA 1LU2A 2BATA 4Q8LA 2ZMKA 4Q8KA 2GN7A 1W6MA 1DIMA 3ZVXA 5DZEA 5DUVA 1IS3A 1QKQA 2ERFA 1WW7A 1WCQA 1NNBA 1RITA 4DQAA 1GICA 2C4LA 4ASMB 1CIWA 4K20A 3AZZA 1PZ9A 3ZSJA 1D0HA 1KJLA 2VK5A 1LHOA 1VAMA 2BZDA 3ZSLA 2BF6A 4GDIA 3WUDA 3B9CA 5CBLA 4CZSA 1QF3A 4MC7A 2D6PA 1EUUA 1IOAA 4GB1A 4K1JA 2HU0A 2DUPA 4D8SA 5DXDA 4GWMA 4RL7A 2ZGRA 4XTMA 1MS4A 4M01A 4NOTA 2EALA 4YG0A 4YFZA 2BERA 1JHNA 4FOQA 4CPLA 1VCJA 1SNTA 4Q1RA 2A70A 2GN3A 3DGTA 5CB7A 1AXKA 1LESA 3O0XA 2HTYA 1ULDA 3WHTA 1NCDN 2E6VA 4MJVA 4M4NA 4XJQA 1BYHA 3N7LA 3SH5A 3O0WA 2C4AA 1PZ7A 4GZXA 1L7GA 2GMPA 4WA3A 1OQ1A 3IM0A 1IVDA 1Q8QA 4GZWA 3VKNA 2D6NA 1V6JA 4R9BA 4NCSA 3WHUA 4R9DA 5H9SA 3AP7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NQYA 1TQ5A 2RMU2 3AL5A 3IAQA 1V0ZA 4D94A 1X2RA 2ADDA 1JU3A 4ARXA 2E51A 3K38A 1INHA 3U37A 1A78A 1O8PA 1W99A 5KXBA 3WCSA 2IAQA 1SEFA 2K0GA 3ACFA 2XKOA 4IEZA 1H9PA 1XXNA 2HYKA 5FY4A 1UKGA 3JD72 5HUGA 4XJ8A 2YB7A 1W6PA 4XUQA 3P3NA 3WNOA 2RMU1 3LB9A 4D52B 2YBPA 4M0HA 3EXUA 1DHKB 4AEDC 4PBPA 3OF1A 4CCJA 4FPJA 3ALQA 5JOWA 2XJTA 3SKVA 3EMRA 5KHGA 3HT1A 3H3ZA 3ETQA 1VBC2 3OPWA 2PQSA 2OX0A 2Q8OA 1VBB3 3AFGA 3CZUA 3ZFFA 1DQ0A 2KA3A 1GQGA 1WW5A 2DBIA 3POJA 4IFNX 4FOVA 3PIGA 5LA0A 1RUJ2 1GBGA 2EXHA 3V0BA 2UYAA 1SMVA 2VQ0A 4NRQA 3VBOB 5IVCA 1XNKA 3NSSA 5LA9A 3B69A 3IMNA 4UBHA 3APBA 2HJIA 1W8ZA 1RUG3 3IDBB 5FXXA 3I1CA 3FLTA 3IAXA 3VLBB 4D6RA 4HK8A 1VBC1 4KG0A 4UFMA 2VVEA 5B4XA 3KT4A 5B2CA 1C8NA 2QQJA 2JDUA 4GH4B 1FATA 5FZAA 3OEBA 5F5CA 5IK5A 4P08A 1RUJ1 4IW3A 4UFHA 5TSWA 1OKOA 1WW6A 2CDPA 1OUSA 3HVDA 3OEAA 1VJ2A 3HNYM 2PHWA 1SBEA 3ZXJA 3J9SA 5FP8A 3O0VA 3MIHA 4DPNA 1OH3A 1ND2B 4C8DA 5JAXA 3N4MA 3N9MA 4LBKA 4AEKA 5A1FA 1ASJ3 4H7MA 4BJ0A 4CEYA 1BBT3 3SILA 1INWA 3N7KA 2YDTA 4XDQA 5FZ7A 1F4AA 4SLIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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