4FPOB

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-chloro-4-methoxybenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 193
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
B PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
B PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpoB03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpoB01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpoB02
2VW0A 2GALA 1LHNA 3M3QA 1A14N 5HUGA 4JCKA 2QWKA 1CONA 1FNYA 2ZZJA 4YGDA 2VSKA 1DIWA 1CIWA 4M3CF 3IMNA 4XBNA 2HTRA 2W39A 3AP6A 3A4UA 1NNBA 1GNHA 2CWSA 2HTQA 1W6PB 1Q8SA 4R9AA 3NN9A 2I2SA 3ALXA 4Y20B 2YY1A 4Z8BA 3H71A 1JW6A 2C9AA 4FPYA 5T50A 3K37A 1Z78A 3OGGA 2JD4A 2ZGUA 1A8DA 4FPGA 4U36A 4RL7A 2R0HA 5T5PA 2E7QA 2QWFA 2A70A 1SBFA 1AX2A 2PHFA 3ILRA 2P34A 3AJYA 4YM3A 3O9KA 1IS5A 5FRAA 1LOFC 1FATA 3D12A 4L8QA 1IVDA 3FLPA 1V6IA 5EYXA 2W20A 3N3HA 3WG2A 1IVEA 2R49A 2WKKA 1DYKA 1VAVA 1V6LA 2C5DA 3RRDA 1V0ZA 1G7YA 5HUNA 3SH5A 1LHWA 1UPSA 3LCPA 3ZXJA 3ILFA 3AYDA 1ENSA 2GNMA 4AYUA 4ATFA 4XJ9A 1OFSA 4WVWA 1L7HA 1V3BA 2HU4A 3CL0A 4WEGA 3MPPG 3JU9A 2AREA 2EALA 1F5FA 1S1AA 4PF5A 2E6VA 4YW5A 1V3DA 2KM2A 1NCDN 5DUXA 3FLTA 1MS1A 1SLLA 2DUQA 3FLRA 3WG3A 3JUUA 4JF7A 4DRRA 4M4NA 4K1ZA 2P3KA 4M3CA 4YG0A 1OKQA 1BQPA 1ULCA 4BPZA 3O0WA 2EIGA 2XG3A 1ZA4A 3V0BB 1AJOA 1HQLA 4GJTA 7NN9A 3ZXEA 4KBBA 2ZHMA 5E89A 1WLWA 3AXEA 2A5ZA 1S0GA 5AVAA 1DFQA 3A0NA 1W6QB 4TZDA 4X6KA 1SLCA 1ENRA 4Y22A 4FPFA 3AZYA 2HYKA 1WD3A 2R1DA 1X50A 2QWEA 1IVFA 1LJ7A 1Z4WA 3FUQA 4FPOB 2HT7A 1WW6A 3BTAA 4X4AA 3ZYRA 3AK0A 2B8HA 3WV6A 4ZXKA 4FJ6A 1S0EA 1GZCA 2ZGTA 5HUMA 1RITA 4HZZA 1LHVA 1Z50A 1NLSA 3O9JA 2OUJA 3LSEA 1KITA 1S0JA 2A71A 1SLAA 1D0HA 3OBRA 2DVAA 3WUCA 4Y26A 1BYHA 5CBLA 2D7FA 1UZYA 1Q8PA 3R05A 4FPKA 2W5NA 1LODA 2W52A 4Y1UA 3U4XA 4MC7A 1NMCA 2BF6A 1MACA 1VALA 3V0AB 3ASIA 4Q6KA 3OY8B 4KS5A 2ERFA 4AGGA 3B7EA 4QN5A 2ZGSA 2CMLA 4P9YA 2ES3A 1UMZA 2A3YA 4Y1YA 1AX0A 2VU9A 3IM0A 3DUIA 5DG1A 2QWBA 5F9TA 3TIBA 1YIFA 1V6MA 1QGLA 2AENA 4XMIA 4FP2A 4AGRA 5JYYA 2ZMNA 4GZWA 4C1WA 2D3RA 3CYEA 3NV2A 5DG2A 2XZJA 4ISQA 3N7MA 5JOXA 4JC1A 3VKOA 3RSJA 2YV8A 2DURA 2BERA 3WDYA 2D44A 3GVLA 4D69A 3T1MA 5EWSA 3ZXKA 4DGRA 4J9TA 4BMEA 4BLJA 4KS1A 2YROA 4MWWA 1H9WA 4FOQA 4AWDA 2VK7A 3ZXFA 2XZIA 4Q26A 4CPOA 3A0KA 2ZB5A 2AGSA 4XTPA 3AP4A 1V2IA 3M3OA 1CVNA 1HQWA 2YA5A 1AVBA 3QCWA 1IS6A 4UW4A 3SANA 1PZ9A 1QOTA 4LBQA 1VLNA 1DIMA 1AZDA 3AZWA 2NP0A 2F25A 1QKQA 4FOVA 2PHUA 4H55A 5H9QA 1GZWB 1LHUA 3TICA 1G8WA 5HCBA 4FPHA 1RIRA 1KQRA 3AZZA 3K39A 2F10A 1AXYA 3AP5A 1URXA 4AGVA 1JXNA 5HUKA 4M00A 2B7YA 4Q2FA 4MWVA 4XJQA 4FQZA 3WVJA 2EXHA 2GMPA 5T5LA 1WBLA 4H52A 1LOFA 4Q1PA 4HZWA 2ZHLA 2AUYA 1QU0A 2JE7A 3ZSMA 2WNEA 1LECA 1WW7A 5GALA 1UN1A 2ZGKA 1YXWA 4GALA 3O0XA 1GBGA 1N3PA 5JOWA 4M3CE 2YA4A 4B7RA 3WZ1A 2NMNA 3D6EA 4B7JA 4GEZA 1GANA 1LHOA 4WZFA 4Y1ZA 1FX5A 4Y1VA 1FAYA 3RMYA 3OYWB 5H9PA 4XHBA 2HTUA 1XOGA 2DUOA 1MZ5A 2WSVA 4MWLA 4PBPA 1FNZA 4CRQA 4OZXA 1MR5A 3CNAA 4K1KA 2A6VA 2NZ9A 1W6NA 5HX0A 4FVKA 2YA6A 2BQPA 3VKFC 3POSA 1MVEA 4MJVA 1GICA 3AZVA 3AXDA 1WUVA 4YLZA 3UJQA 2VK6A 3NV4A 2VW1A 2YA7A 3GNEA 2BATA 1A4QA 1BZWA 1NSDA 4FQ4A 4QN7A 4M3CB 2YDPA 1JOJA 2SILA 4UF7A 1C1LA 3TI8A 5EXOA 3ZVXA 1UL9A 4RA0A 5KXDA 1F8BA 1JUIA 4MWJA 2NM1A 1N47A 3I4IA 4Q27A 2F28A 4XJAA 4YW3A 1F9KA 3N36A 1YYNA 3B3QE 5JDBA 3FFZA 1PZ8A 5GM0A 2D6MA 1VAMA 4GZOA 3VKNA 1GYKA 3B69A 2F24A 4Q8KA 3JU4A 1V6KA 4LBMA 4XBQA 1BKZA 5DUWA 2EF6A 1OQ1A 1W0OA 3VV1A 2Z42A 4UW5A 4M01A 3GVJA 1LOGA 1N1VA 4Y1XA 3KQRA 4GZXA 1RINA 1DQ2A 4YG6A 4PBOA 1APNA 3VKLA 4Q8LA 3GALA 3WCRA 3R4SA 2SIMA 2SLIA 1GV9A 3V65A 1DQ4A 3MEPA 4GA9A 4FPEA 4GZPA 2SBAA 4GKYA 3UK9A 3I8TA 3WCSA 1USXA 5E88A 1LEMA 4LBKA 2ZA9A 5M1ZA 1DLLA 4YM0A 3VKMA 1SCSA 4FOYA 2GDFA 1A4GA 3OBTA 3MW2A 3ENRA 3AZXA 4MJUA 1AXZA 4YFZA 4GWNA 3AP7A 3ZSKA 5IT6A 3WDUA 3VUOA 3AP9A 1SO7A 4XIKA 5HCFA 4XJRA 3NSSA 3SITA 1USRA 4XE9A 4LBOA 1LENA 4BBWA 4GXLA 2YMZA 3NV3A 2HU0A 1YO8A 3KM5A 4MYEA 3O12A 3OJBA 2D6KA 1CESA 1ZM1A 3N35A 1DILA 2AEQA 1DYPA 1DQ0A 2GNDA 2BZDA 2GN3A 2A3XA 4PCRA 4D8SA 1DBNA 3PMEA 1QNYA 1SNTA 1IS4A 2VSMA 1VIWB 1UX6A 4GZTA 2RKCA 1J1TA 2FHRA 4DQAA 1WW4A 5B2DA 3B01A 2ZABA 1JYIA 2ARXA 5IK7A 5GLWA 2ZGMA 1NSCA 3M3CA 3BODA 2VUAA 1NMAN 3HN1A 4B7QA 3D4KA 4DFSA 1B9SA 2D3SA 4K1HA 5IUQA 1FV2A 1F31A 2DVDA 3QLQA 3APBA 3H72A 1Q56A 1O4YA 2DUPA 2DYCA 4NC5A 1U0AA 3NWKA 1WBFA 5GZEA 1GNZA 3CL2A 4LBQB 1N3OA 4YGBA 3ZSJA 3IPVB 3Q9OA 5NN9A 1YRZA 2WT2A 1SBDA 4KS2A 3D11A 1Q8QA 2C4AA 3RS6A 3USUA 2DVFA 1NN2A 1YI7A 2EXJA 1W6QA 1V3EA 2JKBA 1LULA 1WD4A 2NN8A 3A72A 1INHA 1E8UA 3WLUA 4WA4A 3K36A 1KDMA 4XHXA 3AYCA 5GZFA 3TIAA 2OUHA 1KDKA 4WA5A 2W5OA 4ISRA 1UKGA 2F26A 2WJSA 2P37A 1N1YA 5H9RA 2ZHKA 3BEQA 3PVNA 2QWHA 5IK5A 4WVVA 3WNXA 3HR9A 1MS0A 2PELA 4K1YA 2A75A 3OPZA 1I1EA 1Z0HA 1W6OB 2AR6A 4PQ9A 3O0VA 4WA3A 4QN6A 2VWDA 1A78A 5EYYA 1S0IA 3WUDA 5T5JA 4FP3A 5GJ6A 4C1XA 2PHTA 2VK5A 5JMCA 1B09A 1LOEA 1DZQA 2GNTA 5DUVA 4B7NA 5SV8A 4HL0A 1Q8OA 3T1EA 4XIOA 1W8OA 1W0PA 2VY0A 1W1XA 5F5QA 1GKBA 2DTYA 1V6JA 4X49A 3H73A 3M1HA 1UZZA 1H9PA 5JVVA 4AVSA 3D5OA 5JOZA 1XQNA 4QN3A 1KJLA 1JHNA 2YDTA 4R9CA 2ZMKA 2UURA 5HCAA 5GLZA 4W65A 4WEFA 2NYYA 1JBCA 2F0ZA 3GVKA 3WG4A 2JJ6A 4XOGA 1QOOA 2CL2A 5T52A 4YZ1A 3PVEA 3CKZA 4UW6A 4UW3A 1C4RA 1NNCA 1LESA 1LOBA 3SNMA 1I3HA 3SLIA 1IVBA 1N3QA 2PHXA 4BOWA 4MWYA 1SLIA 3H0OA 4JRAA 1W6MA 3B9CA 1ULGA 1B9VA 1S0DA 2ZB6A 2V73A 2ZKNA 1Z4VA 1ULFA 3MW3A 3AFKA 1KRIA 2W38A 3WDTA 1JYCA 1QNWA 2A3WA 2DVBA 1SCRA 4GDJA 3FUOA 4M3MA 1Y7BA 3WDVA 2VVZA 4U2AA 4AVTA 1N1SA 2ZGOA 2QWAA 4XXPA 1IS3A 5IK8A 2A6WA 1INYA 2V5YA 1ENQA 2CWMA 4XTMA 5FREA 3UJOA 4CPNA 2F29A 1IVCA 3ALWA 4NOTA 2Q5TA 1GSLA 1MS5A 4GWMA 1V0FA 2YXSA 6NN9A 1ULEA 1SLBA 5E8AA 1ONAA 4LBJA 3ATGA 2DVGA 2E51A 1CR7A 3M2MA 5GZDA 4YZ4A 3TI6A 1VCJA 4BLIA 4YW1A 2D6PA 1PZ7A 1LCLA 2ZMLA 4LBNA 4NO4A 4XJWA 4ATEA 3POWA 1FYUA 1QDCA 2GMEA 3C2UA 1DQ6A 4X47A 3H6JA 2HT8A 1NCCN 3TI3A 1LEDA 3ZYPA 1MS3A 1MS4A 1SBEA 2ZAAA 2X9MA 4XJ8A 1G9DA 1F8EA 1EUSA 1NCBN 1R1ZA 1MS8A 3BOPA 4YW4A 3SALA 1V00A 1L7FA 4MWRA 4HZYA 1IVGA 1H30A 3FBYA 2DV9A 4YW2A 2LTNA 1BJQA 4I00A 1LGBA 2CY6A 4NCSA 4FOWA 4Y22B 3AJZA 1GZ9A 2UU8A 2R1BA 2XB6C 2HT5A 1DGLA 1DHKB 1HLCA 3OYWA 2ZGRA 2R16A 1LGCA 2ZGNA 4H53A 5CA6A 2GN7A 1G9FA 4XZPA 4TYSA 1UAIA 4HANA 4LBQD 5LK5A 2D6LX 2WT0A 1AXKA 3AX4A 1INGA 5GLTA 3T1LA 3WDXA 3O5SA 1Q8VA 1JN2P 2UWCA 4AVVA 2UWBA 4XYXA 4NN9A 4M4UA 3ZPYA 2ZGQA 3ZXLA 2ZHNA 4P9WA 1Z4YA 5DZEA 4XXAA 2NMOA 5DXDA 4R9BA 4XJZA 3BIWE 2G4IA 1CQ9A 5KXBA 3SILA 5BYNA 2A6XA 2HTVA 1NNAA 3N7JA 1W6PA 2YA8A 2ENRA 5CB7A 4Y20A 2VW2A 2A6ZA 1IKPA 4CTEA 3N7KA 4YM1A 5JLVA 3HMYA 1WLDA 4K21A 2RHPA 5L73A 2AYHA 3W58A 4DS0A 2XZKA 2DTWA 2P3JA 4F83A 1CN1A 1IOAA 2F12A 4R9DA 5CNAA 3USUB 1INFA 1TEIA 4P9XA 2HTWA 2JE9A 1V0EA 2VXRA 3RG0A 5GZCA 3W59A 3ZSLA 4CPMA 1NXD1 3AYEA 3K3AA 4YGEA 2WT1A 2D43A 2D6NA 3TAYA 4MZEA 5DZGA 4FZHA 2WLQA 2P2KA 1F8DA 5GZGA 1HKDA 4HIZA 4KS3A 3TI4A 1V6NA 1BJIA 5KXCA 2QWCA 3SH4A 1LGNA 2DU1A 4XILA 1Z4XA 4YG3A 1NSBA 3AYAA 5JOYA 1L7GA 1FV3A 2W68A 1BXHA 4YFWA 4P14A 3N7LA 4MZAA 2YZ4A 1N1TA 4YM2A 4LBLA 1SLTA 2PHRA 2A6YA 4DRVA 1IKQA 3V0BA 4FPLA 1QDOA 3RMXA 3INAA 1NCAN 3SH3A 4FPCA 4IQPA 2R0FA 4QNPA 2UWAA 3T2TA 2ZGLA 4YZ2A 2TEPA 2CYFA 1W21A 2F27A 2VH9A 3IN9A 1ULDA 4YZ5A 4GDIA 3A71A 2A7AA 1NMBN 4CPLA 1CPNA 1F8CA 4CPYA 1C1FA 3W09A 4B7MA 1EURA 1LOCA 3NV1A 1SFYA 4MWUA 1INWA 4CPZA 2F13A 1LTEA 3UL2A 4MWXA 5T5OA 4ITCA 4FVVA 2C4LA 4DPNA 4Y24A 2PHWA 1W6MB 3PVOA 4I30A 4BM8A 1LOAA 1DQ5A 1WLCA 1LU2A 4YZ3A 3DGTA 3TB0A 1QF3A 1AJKA 4MWQA 3WG1A 1S0FA 2ARBA 2P3IA 1AF9A 2OW4A 3B00A 2ZBJA 4CZSA 4XBLA 1MWEA 4XJUA 5IK4A 4BQ1A 3M3EA 3V0AA 3R4UA 2WQZC 2EAKA 4ASMB 3OY8A 1G86A 1EUTA 2HTYA 2W08A 3WDWA 5DZFA 1VCUA 3IPVA 1O4ZA 4GKXA 4Q1RA 3WHTA 4SLIA 5DUUA 2AEPA 1D2SA 4HZVA 1AX1A 4BMBA 3K38A 4XMAA 2H0BA 1MZ6A 1W6NB 1V3CA 1GLHA 3TI5A 1Z4ZA 3PJQA 2DU0A 1DQ1A 1WCSA 3RQ0A 1B9TA 1SACA 2D3PA 5T54A 2ZGPA 3L2YA 2QWGA 2D6OX 1E8VA 2DWRA 2E53A 4FPJA 4QN4A 2OVUA 4XDQA 1E8TA 1A3KA 1CJPA 4WV8A 4KS4A 4M4VA 2XCYA 2AH2A 4K20A 3SISA 1LU1A 1W20A 1S0BA 3MW4A 1W6OA 1INVA 2GNBA 1G9AA 1WCQA 2EXKA 2E7TA 5CAZA 2JECA 1V6OA 3IKWA 2F11A 3POYA 5KXEA 2GMMA 4HZXA 1W8NA 4GZQA 1S0CA 1G9BA 3ILNA 2QWIA 1EUUA 1MS9A 2CNAA 4K3YA 4MX0A 5GLUA 5GLVA 4K1JA 1G9CA 1WW5A 1INXA 4YGCA 2EXIA 5T55A 5B2CA 4ZKTB 2QWDA 2WSUA 1MVQA 2FMDA 3WOGA 4GB1A 1HDKA 1EPWA 5H9SA 2LALA 4GZSA 2JDZA 1QOSA 2CTVA 3INBA 1CPMA 1GZWA 1C57A 3V64A 3WHUA 2ZACA 1KJRA 1QMJA 3LSDA 1XOEA 2QWJA 4K1IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KVBA 4HOOA 1COV2 2VW0A 2B42B 2GALA 1LHNA 3M3QA 3WINE 1A14N 4ZLRA 5HUGA 3N9PA 5C8CB 5FWWA 4CSDA 1WZXA 5FY7A 3ELNA 3TWIA 4AXOA 1QIQA 4JCKA 4CXYA 2WDBA 4S2DA 1JHJA 3V65B 3PHMA 3ZYGA 4CEWC 1QJEA 4RD7A 1C5KA 3X29B 2QWKA 3CKHA 3P5BL 1CONA 1W0NA 3VBFC 4XFCA 4XF3A 3GHNA 1FNYA 2ZZJA 4XF9A 2QZ2A 4YGDA 2QQPA 2X09A 4GH4B 1NUKA 2XUEA 2VSKA 1DIWA 3OGJA 2E33A 4E8CA 3U0ZA 2YFZA 1ZRDA 1CAXA 3PUIA 4NN0A 4OMDA 3A21A 5DAPA 3SEEA 3RZMA 1MQTA 5LA2A 2V4AA 4UI9L 5AC91 4QX5A 3RPQA 3O1MA 4OI4A 1AR63 1CIWA 4M3CF 3AMHA 4P5YA 3IMNA 3BIEA 4GNCA 2B4KA 2WNOA 2BNOA 4XBNA 2NLRA 5L9BA 2HTRA 2W39A 3AP6A 3A4UA 1NNBA 1GNHA 2CWSA 1ZGKA 2D98A 4Q4Y3 4QX7A 5B4NA 1W6PB 2HTQA 2QQJA 5DAXA 1Q8SA 3CJIA 4RGGA 1NT0A 2GC2A 4R9AA 3NN9A 3LA7A 5FK7A 2I2SA 3ALXA 4MOAA 4Y20B 5A3PA 2BJSA 4CCMA 4LK7A 3G4EA 2GH2A 2YY1A 4IV3B 3NNJA 2XJSA 3HJRA 3H71A 4DY5A 2Q4SA 4OCTA 4Z8BA 1JW6A 3ZYFA 2C9AA 4FPYA 4WM8A 3OGVA 4V1PA 3WW9A 5T50A 4KG8A 2BDRA 3K37A 1Z78A 4CCNA 3ZYHA 3OGGA 2HEYF 2JD4A 2ZGUA 5D8AB 1FI2A 1O3QA 1A8DA 1ZYBA 4EN9B 4IE5A 1ND3C 4FPGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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