4FPYA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-bromobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 196
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpyA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpyA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpyA02
1W6MB 3ZSKA 2AEPA 3AJZA 5AVAA 4UW3A 4Y20A 1F8CA 2VSMA 4RA0A 3CKZA 4CPLA 1G7YA 2NYYA 3LSDA 3ZXJA 1NMCA 1B09A 1W0PA 5T55A 2NN8A 3D12A 3N3HA 1Z50A 2YA6A 2EAKA 3UJQA 4FPGA 2ZGQA 2WNEA 1XQNA 3AYDA 2R0FA 3VKOA 4Y20B 3NSSA 2HT5A 3SITA 5T5JA 5FRAA 3WG1A 2ERFA 1Z78A 5GZDA 1LU2A 4GB1A 1OKQA 5CAZA 1SFYA 4FPEA 2QWDA 3AZWA 4BBWA 1F31A 2VK6A 1W6OA 4ISQA 2OW4A 2DUPA 2FHRA 4R9DA 1MS1A 2DWRA 2A6VA 5GJ6A 1JW6A 1WBFA 3OY8A 3AX4A 4NO4A 2F12A 1FAYA 1S0DA 1DILA 1QDCA 2R16A 1W6OB 2ZABA 2WJSA 1ULFA 2DURA 1O4ZA 5GLVA 4HZXA 1CJPA 1N1YA 4MC7A 3BEQA 5B2CA 3OY8B 2CWSA 4Z8BA 5IK7A 1QOOA 4HL0A 1MWEA 1N1SA 4YZ4A 3AP7A 1NNCA 1S0JA 3AP4A 1KJRA 1ONAA 2P34A 3AP6A 2AENA 3WCRA 4DRRA 4C1WA 4WA3A 4WZFA 4LBQA 4GKYA 2WKKA 3ILFA 1GZ9A 2ZHKA 3TB0A 2P2KA 2VU9A 5JOYA 1WUVA 2GNTA 3WUCA 4R9AA 1FX5A 3H71A 4BMEA 1LEDA 5CNAA 4LBJA 2F0ZA 3IN9A 4LBQB 3WHTA 2D6OX 3UK9A 3NV2A 2YDPA 4XYXA 1USXA 1N1TA 2A7AA 3V0AA 4XE9A 1V3DA 4WVVA 1KQRA 1YXWA 5JLVA 3O5SA 4MZAA 1YO8A 1IVBA 1N3OA 2AGSA 2A75A 1CESA 3ZVXA 4YFWA 5DUWA 2DU1A 3ILRA 1W6NB 2ZHMA 2EF6A 2PELA 4ATFA 1SCSA 4PF5A 3FUQA 2CY6A 3ALXA 2OVUA 5HUNA 4MYEA 3V0AB 4GKXA 1QGLA 3W59A 3TI8A 5IK8A 3AZZA 1LOBA 3HR9A 1V6LA 1DQ0A 4AGRA 1OFSA 5T50A 3PMEA 1B9TA 2XG3A 2WT0A 1NNAA 4KS2A 2UURA 1IS4A 1SLLA 4ZXKA 2HT8A 2JDZA 4YFZA 4GDIA 1J1TA 2ZGMA 1LEMA 3FFZA 2OUHA 4Q8KA 2YMZA 4MWJA 2ARBA 4Y1ZA 3B7EA 2LTNA 2PHUA 1GYKA 3VV1A 2GN3A 4FPLA 4XXPA 2X9MA 5IK5A 4GA9A 2GNMA 5CA6A 1UMZA 2JJ6A 3M3CA 4M3CA 1INYA 1MS5A 1VCUA 2A6ZA 4XILA 4UW5A 1S0BA 5EYYA 1L7FA 4X6KA 4B7NA 2VW1A 5GLTA 5SV8A 3ENRA 2WSVA 1NMBN 1WLCA 2ZKNA 4B7MA 5IT6A 5GZCA 2SIMA 2P3JA 4WEGA 5H9RA 2NZ9A 3ZYPA 4M3CE 2BF6A 2W20A 1GKBA 1SBDA 5HUKA 1PZ7A 3WHUA 1Z4XA 2TEPA 1SCRA 1W6QA 3AFKA 2EXKA 2HYKA 5DUXA 3WDUA 1GICA 1DGLA 1KDKA 3O0XA 5GZEA 3ZXFA 3O9KA 1C1FA 3NV1A 1U0AA 4L8QA 1LOGA 4B7JA 5BYNA 2W38A 2ZA9A 1AX1A 2P3KA 5GZGA 2SLIA 3POWA 1JYIA 1W6QB 1ENSA 5F9TA 3T1EA 3ZXLA 3D5OA 4P9WA 3BTAA 1WBLA 5HCAA 4WEFA 1ZA4A 3RSJA 1GBGA 1GNZA 1I3HA 2UWCA 1MS0A 2A3XA 3PVEA 2PHFA 2ZACA 3O0WA 5JYYA 3B69A 4HZYA 3W09A 5JDBA 1A8DA 1EUSA 1JOJA 3M1HA 1IVGA 1W1XA 6NN9A 2HTYA 3D6EA 1VCJA 5EYXA 1QDOA 3POSA 4D8SA 2A3YA 1QOSA 1WW6A 2P3IA 1GZWA 4XJQA 1L7HA 2G4IA 2YA7A 2GMPA 1W8OA 1D0HA 1IS3A 3N7JA 3FLPA 1HKDA 5DZGA 1B9SA 1V0ZA 4UW6A 3ZSLA 1NMAN 3ALWA 5HX0A 4BLJA 5KXCA 1GZWB 1V6IA 1DHKB 4GZXA 1A14N 1Q8QA 1DIMA 2HTQA 2W5OA 2A71A 5DG2A 2DVAA 3R05A 4U36A 2HU4A 3PJQA 2VXRA 1IVCA 3HN1A 3NV4A 4YGDA 5JOZA 1I1EA 4GDJA 3K3AA 2GMMA 1UZZA 1V6MA 2HTWA 2D6KA 5NN9A 3WDXA 1UKGA 1W6PA 1R1ZA 1JBCA 3HMYA 2DTYA 4XOGA 3WG2A 1KRIA 4UW4A 1GV9A 2C5DA 2F24A 1TEIA 3M3EA 3O9JA 1SNTA 1INWA 2XCYA 4NCSA 4W65A 1VAMA 5B2DA 2YA5A 4MWLA 1SLCA 1QKQA 3ZSJA 1SBEA 1W6PB 2ZMKA 2JECA 3H6JA 2DTWA 3MW4A 1X50A 5DUVA 1G86A 1JHNA 2VUAA 4GZQA 1NSDA 1DIWA 2YXSA 5HCFA 4M3CF 3UL2A 1CQ9A 1LU1A 4Q1RA 1NSCA 1MZ6A 3AP9A 3TICA 4DQAA 1A4QA 1NCAN 3D11A 1CIWA 2NP0A 4YW3A 2C4LA 3NN9A 2YZ4A 1DQ6A 4FOVA 3VKNA 4FPYA 1INXA 3POYA 2PHTA 2F27A 3A71A 4OZXA 2HT7A 4LBOA 2UU8A 1NCBN 1S0FA 3USUB 3SLIA 2QWCA 3IPVB 2QWEA 3N35A 3FBYA 3OJBA 4BQ1A 1CONA 1NCDN 2E51A 1SLTA 3OPZA 4CPMA 4Y1YA 4QN4A 2F28A 3GVKA 3AZXA 1VIWB 4LBQD 1S1AA 5T5LA 2E53A 2JKBA 3WUDA 3CNAA 4AVSA 5F5QA 4M4VA 4M01A 1LHWA 3CL0A 1JUIA 1MACA 2ZB5A 3K39A 4FPKA 2W68A 4KS3A 3AJYA 1IKPA 1AX2A 4FP2A 5E88A 2PHRA 5IUQA 2ZAAA 1LGBA 2ES3A 3AYCA 5KXBA 1AJKA 1E8VA 4ISRA 2A6XA 4J9TA 2BQPA 3ASIA 2D43A 4KS4A 1AXKA 2W08A 4P9YA 4AGGA 2I2SA 3SANA 3Q9OA 1C57A 1LTEA 1CN1A 2H0BA 4XHBA 2A3WA 1GSLA 4LBKA 4X49A 4IQPA 5H9QA 5GLZA 5M1ZA 1IVDA 2V73A 1HDKA 3AZVA 1LENA 2WT1A 3B9CA 3WV6A 1MS8A 3SH3A 4GWMA 5DUUA 3TI5A 3D4KA 2QWGA 1W6NA 3R4SA 1NSBA 1A4GA 3WLUA 1WW4A 1PZ8A 2F25A 2VY0A 3T1LA 2CTVA 2E6VA 4KBBA 1XOGA 4ATEA 2D3PA 5HUMA 2DYCA 5JMCA 2BATA 4K1JA 1GZCA 4C1XA 4GZWA 4YW4A 4WV8A 4TYSA 1F5FA 1LOAA 1SO7A 1AJOA 4FP3A 5T5OA 4FOWA 2DVDA 1QMJA 2AREA 3BOPA 3JU4A 1DQ2A 4YGBA 1DYPA 2ZGTA 1SLBA 2YROA 4YLZA 1Z4ZA 3WNXA 1C4RA 4JRAA 5L73A 4RL7A 3ILNA 5DG1A 1L7GA 4AVTA 4KS1A 1G9FA 4BM8A 3AZYA 1WCSA 4YG0A 1DBNA 2QWBA 4MJUA 3V64A 1SACA 1VLNA 1FV2A 2GNDA 3T1MA 2RKCA 2WLQA 4Q1PA 4K20A 1INGA 5CBLA 4QN5A 3M3QA 1IKQA 1IS5A 3M3OA 4XJ9A 4R9CA 2GALA 3C2UA 3UJOA 4AGVA 1E8TA 4M3MA 1H30A 3MEPA 1HQWA 5HUGA 1AVBA 4XMIA 1AXZA 1BQPA 1BYHA 4FOYA 4Y1VA 2FMDA 4MJVA 3V0BA 3VKMA 1DZQA 3BIWE 1HLCA 4AYUA 2F10A 1KDMA 4FVVA 5T54A 1DYKA 1ULGA 1N3PA 4CPOA 4Q26A 4BLIA 1H9WA 2A6YA 1E8UA 1G9DA 3V0BB 3MPPG 1Z4WA 1F9KA 3N7KA 4P9XA 5GALA 2Q5TA 4FPFA 4GALA 5GLUA 1S0IA 3FLTA 4ITCA 3K38A 4I00A 2W5NA 5KXDA 4HZZA 2R0HA 3O0VA 5DXDA 1Z0HA 4YZ1A 4XJZA 2ENRA 5LK5A 5CB7A 1EUUA 4XJAA 2ZGPA 3WDTA 4NOTA 2VW0A 1WCQA 4D69A 3TI3A 1Z4YA 3OYWA 1ENRA 4H55A 4HANA 1INFA 3CYEA 3CL2A 2ARXA 4QN3A 4YG3A 1LGNA 1UAIA 3RMYA 3IMNA 3N7LA 4XXAA 1Y7BA 1UZYA 2ZGUA 4XJUA 1A78A 3OYWB 5H9PA 3SISA 1HQLA 4XJRA 3QCWA 1LCLA 4GZTA 4H53A 4WA5A 1Q56A 2LALA 1C1LA 2PHXA 1FNZA 2BERA 4GWNA 4FVKA 2R49A 4CPZA 4YW5A 4K1IA 4LBLA 3ATGA 3WG3A 1UX6A 4YZ5A 2GN7A 4FOQA 2B8HA 3JUUA 2CL2A 3VKFC 2DUQA 5H9SA 4XHXA 1MR5A 1N47A 4QNPA 1ULCA 3K36A 1S0EA 1YYNA 1VALA 1INHA 2VK5A 2D6LX 2ZGRA 4ZKTB 1MZ5A 3INAA 4LBMA 4DGRA 3DUIA 4BPZA 2D7FA 3SILA 2NMNA 4YZ3A 2YDTA 1FYUA 3LSEA 4B7RA 4K1YA 4GEZA 2RHPA 4GZSA 3VUOA 1V6NA 3OGGA 1UL9A 2E7QA 1F8DA 4Q6KA 2YA4A 4GXLA 1V00A 2QWJA 1PZ9A 1LHOA 2AH2A 3USUA 2AEQA 2QWHA 3IPVA 4QN7A 5IK4A 2AR6A 2P37A 1APNA 1JN2P 3ZXKA 3ZYRA 5JVVA 2XZJA 5JOWA 1WW5A 2AYHA 3B00A 1ULEA 1USRA 4PQ9A 1LHVA 2D44A 3OBRA 2F11A 1DQ5A 2HTUA 4SLIA 1DQ1A 3H0OA 1LULA 3RRDA 1DFQA 2ZGLA 3W58A 4UF7A 3N36A 3U4XA 3OBTA 1RIRA 2HU0A 4XIKA 4F83A 1MS4A 4XBLA 5DZEA 3A0KA 1IVEA 1WD3A 1LJ7A 1QOTA 4U2AA 2PHWA 3WOGA 4FJ6A 1H9PA 2JE9A 5EXOA 1W21A 1QU0A 1NCCN 2E7TA 3MW2A 1Q8SA 4CPNA 4K21A 3ZSMA 1G9AA 2DU0A 4DRVA 4AVVA 2D6NA 4YW1A 4YZ2A 4CZSA 4MWQA 4CPYA 1V0FA 3TI4A 2CYFA 3GNEA 2F13A 4YM0A 1W0OA 4BMBA 1AXYA 5HCBA 2GDFA 5DZFA 1DLLA 3IM0A 1LECA 1YIFA 2ZHLA 1KITA 3WDWA 1BXHA 1LODA 3B01A 2ZGSA 4FPJA 3KM5A 3A0NA 2ZGNA 1F8EA 4H52A 4FQZA 3TIAA 1V2IA 2GNBA 2ZZJA 1W20A 2QWKA 2D6PA 4MWXA 1N1VA 3QLQA 3SH4A 3FUOA 1EUTA 4DPNA 1LOFC 4K1KA 1CVNA 4YM2A 2F26A 3GVJA 3WVJA 2VW2A 1G9CA 5E89A 1SLIA 4FPOB 1O4YA 4YG6A 3M2MA 4Q27A 1MS3A 2EXJA 2VK7A 2VVZA 4Q8LA 1QNYA 4KS5A 3AYAA 3TAYA 1Q8VA 1Z4VA 4MWUA 3WG4A 4YGCA 1Q8OA 2NM1A 3FLRA 3AXEA 2CWMA 5KXEA 1A3KA 2DVGA 4MX0A 4R9BA 2JD4A 3B3QE 3O12A 4HZVA 2NMOA 4HZWA 1BJIA 1QF3A 2Z42A 3T2TA 4DFSA 2WSUA 1ULDA 1V6JA 4XMAA 3PVNA 4I30A 4Y26A 1MS9A 1CR7A 4PBOA 4WA4A 2V5YA 2R1BA 3A4UA 1URXA 1FATA 1V3EA 1RITA 4M4NA 2ZHNA 2CMLA 2A70A 1NNBA 1FV3A 4NC5A 4XDQA 4MWYA 4GJTA 4K1HA 4MWWA 4CRQA 2AUYA 1G8WA 2JE7A 2ZBJA 4XJ8A 2ZGKA 1EPWA 2ZB6A 3LCPA 3WCSA 2UWAA 1Q8PA 2YV8A 4AWDA 1G9BA 1SBFA 1S0CA 2QWFA 2DVFA 4XIOA 1ENQA 4HIZA 1XOEA 2XZKA 2D3SA 1LOFA 1EURA 4QN6A 3TI6A 1V3CA 1B9VA 1SLAA 5T5PA 4PBPA 4MWVA 4JCKA 4Y1XA 4LBNA 1V3BA 3WDYA 3R4UA 2OUJA 4XBNA 3ZPYA 5E8AA 4B7QA 3L2YA 4NN9A 1LGCA 4M3CB 1AF9A 3I8TA 1RINA 4FPHA 4GZOA 4Y24A 1NN2A 2UWBA 4P14A 2A5ZA 3H73A 2B7YA 4Y1UA 3GALA 1N3QA 5FREA 3DGTA 3VKLA 1V0EA 2XB6C 2VSKA 5GM0A 4PCRA 2WQZC 2QWAA 7NN9A 3KQRA 2EIGA 4M00A 1YRZA 1ZM1A 4X4AA 4YM3A 3SH5A 1NLSA 2XZIA 1V6KA 3ZXEA 1BZWA 4JC1A 3NWKA 1GNHA 3IKWA 2VH9A 4K1ZA 3AP5A 1OQ1A 1GANA 1DQ4A 5JOXA 2D3RA 3A72A 1D2SA 2CNAA 3GVLA 1MVEA 5T52A 2R1DA 4Y22A 3RS6A 2EALA 1UN1A 3PVOA 4Q2FA 4DS0A 3APBA 4FQ4A 1BJQA 3K37A 3AXDA 4YW2A 3JU9A 1UPSA 2DUOA 4K3YA 1JYCA 3AK0A 4ASMB 4BOWA 4YGEA 3MW3A 1CPNA 2A6WA 4WVWA 4FPCA 4Y22B 5EWSA 4XBQA 4XZPA 2EXIA 1LHUA 1V6OA 2GMEA 1JXNA 2D6MA 2HTRA 4M4UA 4JF7A 3SALA 3N7MA 1MVQA 1VAVA 2VWDA 4XJWA 1IOAA 2QWIA 3WDVA 1S0GA 2HTVA 3H72A 4X47A 3RMXA 3I4IA 1AX0A 1BKZA 2WT2A 3BODA 2YA8A 3INBA 2KM2A 4XTMA 2BZDA 4FZHA 4YM1A 3RG0A 4XTPA 1AZDA 2ZMNA 2C9AA 2W52A 4GZPA 2DVBA 3V65A 1INVA 1WLWA 1W8NA 1YI7A 2W39A 1GLHA 4CTEA 3RQ0A 2C4AA 1CPMA 2ZMLA 2ZGOA 1LOCA 1F8BA 1IS6A 5GZFA 2EXHA 3NV3A 1NXD1 5GLWA 1W6MA 1FNYA 3WZ1A 2F29A 1WLDA 4MZEA 1KJLA 1IVFA 1LOEA 2SILA 3SNMA 3AYEA 2DV9A 1QNWA 1WD4A 1WW7A 4MWRA 4TZDA 3TIBA 1LESA 2YY1A 1LHNA 2SBAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4UFHA 4XURA 1COV3 4FXGB 3RWNA 1W6MB 1H6LA 4MVTA 3OGVA 3I2KA 1VBD1 3OGJA 3ZSKA 2AEPA 1NCRC 1XSQA 4C90A 4IETA 1RUC3 5FOBB 5A32B 3E97A 5C8CA 3AJZA 5AVAA 1U5XA 2DFCA 4UW3A 3ZN5A 5GX3A 5CFCC 4Y20A 1F8CA 4AH4A 5KHHA 2OZ6A 2VSMA 1YQ6A 3VDAA 3AL5A 2WQ8A 3PURA 5FBZA 2RM22 5F1RA 4RA0A 3K2OA 3CIHA 3CKZA 4CPLA 1NA1A 3B02A 1HB1A 4Y4RA 5FZMA 1G7YA 2WFF2 5FNTA 2NYYA 3LSDA 1XNCA 2ET7A 3ZXJA 1NMCA 5A1LA 1B09A 4FT8A 5EQUA 4MJUA 1BHGA 1W0PA 1PO13 1JI6A 5T55A 3RYKA 1Z4XA 1V9U2 3LWCA 4LXLA 4DMIA 4ZLRA 5FZNA 1C8NA 2NN8A 4GB32 5F39A 3RZMA 3D12A 2AC1A 3AVRA 3N3HA 1Z50A 2YA6A 1O59A 4IESA 4QKBA 4HKOA 2EAKA 4MGSA 2E31A 4FPGA 3UJQA 2ZGQA 1DP0A 5IVEA 5FPAA 2RVAA 4KMQA 1MEC3 1XNAA 2WNEA 4M0HA 1XQNA 1OOPC 2B42B 3I2JA 4R8HA 1QJZA 3AYDA 2YGMA 5DAPA 5C8CB 2HWF2 2R0FA 3VKOA 4Y20B 4QHOA 3NSSA 4ZY9A 2WNUC 5FXWA 1AR72 1CAXB 3SITA 4Z2WA 5A1FA 2HT5A 5T5JA 2XKOA 1K5MA 5FRAA 5EO8A 2VZRA 2RDSA 1NA1B 3WG1A 1FOD3 2ERFA 3VD3A 1Z78A 2CGNA 4CA9A 1O3TA 4E4SA 5GZDA 3ZFEC 2HWC3 2Y6HA 1QJU2 3M8LA 1LU2A 2RJLA 3PUQA 5F7UA 4GB1A 4QPGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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