4FPYA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-bromobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 196
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpyA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpyA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpyA02
1LU2A 2OUJA 2VK5A 3I4IA 4FPEA 4Y24A 1L7HA 1MS5A 3AP6A 4RL7A 3M3EA 3POWA 2ZMLA 4GALA 4M00A 3O12A 2DVFA 2ZHNA 1NMAN 4Y1ZA 2PHRA 3R4UA 4FPFA 2DVAA 3NWKA 2CTVA 2ZGPA 4K1IA 4JC1A 1V3EA 4XJ8A 1LOGA 1ULEA 5JOXA 5B2CA 2ZGUA 5IK5A 4GA9A 4XJ9A 1W6OB 2R0HA 3FUOA 5JYYA 1H30A 4FOWA 1V3CA 2DYCA 1SBEA 5F5QA 2GNDA 1W6QA 3WOGA 4XHXA 5DUUA 3OYWA 3WVJA 1QOTA 1SFYA 1GZCA 2D3PA 2P2KA 1SBFA 4GWMA 4MZAA 4AWDA 2C5DA 4YGBA 1WCQA 2OW4A 4GZOA 2P3JA 4BQ1A 3Q9OA 1B9VA 1SLIA 1C1FA 3SILA 1Y7BA 1QMJA 3M3OA 3IM0A 1JYIA 4KS2A 1Z0HA 3TAYA 2P3IA 4FZHA 1KRIA 1S0DA 1INYA 2F10A 2W08A 1CPMA 1O4ZA 4Y1YA 4I30A 4LBQB 2DVDA 2D3RA 3KQRA 1I3HA 4LBNA 3MEPA 1INWA 3OYWB 1SLBA 3FFZA 1E8VA 1W1XA 1V6OA 1NCCN 1LHOA 1UKGA 3ZSKA 4MWJA 4FVKA 1DLLA 4QN3A 4M4UA 3WHTA 3WHUA 1MS4A 3N35A 3AX4A 5HCBA 3AP7A 3MW2A 4XJZA 5DUWA 1LENA 4W65A 1INGA 1V6NA 2C9AA 2VUAA 4GZTA 3RMYA 1Z50A 3SALA 2ZMKA 4YFZA 5GJ6A 2AEQA 3ASIA 2VSMA 3PVNA 3T1EA 1V0ZA 3D4KA 4XIOA 2Z42A 3VUOA 3ZSMA 3A0NA 1AJKA 4R9AA 3OY8A 2NMNA 1IVEA 2AGSA 5DZGA 3ILNA 4MWXA 3AP5A 2AYHA 4ISQA 4HZVA 1G9BA 3IKWA 3FLRA 2CNAA 1J1TA 4ATEA 3BTAA 4K1KA 2UWBA 3B7EA 1IS4A 1YI7A 4KS1A 2B7YA 3GVKA 2YY1A 2XB6C 3W58A 4Y22B 4LBJA 4F83A 4YW2A 3M3CA 2A70A 4WA3A 2ZKNA 4GEZA 3ALXA 2ZB5A 4GZQA 4IQPA 1S0BA 5JOWA 4Q6KA 1Z4YA 3SANA 3AJZA 2X9MA 1QNWA 1DZQA 4BLIA 5DXDA 1CQ9A 3SH5A 3LSEA 3SITA 1WW7A 4ISRA 1IVBA 4X49A 2BATA 4C1XA 4YZ4A 2YDPA 1NN2A 4XMIA 2D7FA 1QU0A 2DURA 1JW6A 1LEMA 1EUSA 4QN7A 2VU9A 1ENQA 2XZJA 4AYUA 1APNA 6NN9A 1G8WA 4MWRA 1G9DA 3INBA 5DUVA 4QN4A 2HTUA 1EUTA 1V6LA 3I8TA 3R05A 3ZXKA 2VY0A 2QWDA 3HN1A 3ENRA 4Y1UA 1N3QA 4DQAA 2HU4A 5DG2A 2V73A 1QDCA 4XJQA 2ERFA 4QN5A 2WT2A 1W0OA 2VK7A 1AXKA 2YROA 3WDWA 1VCJA 4FPKA 2UU8A 1E8UA 4XIKA 1B09A 3AYDA 4ITCA 2DWRA 2DUOA 3IPVB 3AK0A 4BMBA 4XHBA 3TI4A 1WW4A 1W0PA 1C1LA 2E6VA 2B8HA 1LECA 3ZVXA 4YZ5A 4K21A 3OJBA 2WJSA 1DYKA 1UX6A 2JE9A 4WA4A 2ZGQA 1LHVA 3V0AA 2A3XA 1QF3A 5HUGA 1BZWA 5JOZA 4P9YA 3A72A 1JYCA 4M3MA 3AXDA 1W6PA 2QWFA 2GDFA 2HT5A 2ENRA 3B01A 3APBA 1DYPA 2TEPA 1ONAA 1G9AA 2A7AA 4QNPA 1L7GA 2D6OX 3AZXA 4Y20B 1ULCA 1SLCA 2A6VA 3NV1A 1X50A 1C4RA 5T55A 1AJOA 1YIFA 2QWKA 3D5OA 4SLIA 2ZGOA 2LALA 5AVAA 2XZKA 4ATFA 1CR7A 3MPPG 2ZABA 1V6KA 1WLDA 3R4SA 5H9SA 3FUQA 4BMEA 1SCSA 4XJUA 5EWSA 4FP3A 2AH2A 3TI8A 4GB1A 3M1HA 4DPNA 1XOGA 1GSLA 2F24A 3TB0A 2D6MA 2VXRA 3AYAA 1INHA 3HR9A 4Q27A 2JDZA 1MR5A 1V2IA 4LBKA 3CL2A 1AXYA 4YM2A 2EIGA 3A4UA 3K38A 4Q1PA 3O0VA 2EXHA 1W6MA 1ZA4A 2WKKA 5JDBA 1V0EA 3N7LA 2WLQA 4NCSA 3INAA 3TI3A 1V00A 3K39A 1A14N 5GZDA 1IVGA 4XBQA 4C1WA 1BJIA 4GZSA 2YDTA 1BXHA 2NYYA 4FPLA 1URXA 3SH4A 4B7JA 1LCLA 1GZWB 1OFSA 1N1YA 2YA4A 4YG0A 4YM3A 2PHFA 4XTMA 4J9TA 1C57A 2W5OA 4M3CB 3USUB 5CA6A 3U4XA 4YGEA 1FATA 3WG3A 3WZ1A 4K20A 3AFKA 5H9PA 5T54A 3FLTA 3A0KA 4GWNA 4Q2FA 4WA5A 1PZ8A 3UL2A 4B7RA 2F26A 5E8AA 1UMZA 4BM8A 4UF7A 1Q56A 4Q8LA 1GYKA 1IS3A 2ZGTA 1SBDA 4D8SA 2YA5A 1UL9A 2A71A 1JOJA 1QOSA 1EPWA 2E7QA 1HDKA 2ZGMA 2F25A 2EXIA 2QWAA 3TIBA 5T50A 2EXKA 1USXA 4Y1XA 3VV1A 1W21A 1LODA 5CB7A 4H52A 4D69A 4HZWA 4MJUA 1LGBA 4DGRA 1WUVA 4GJTA 3TICA 2WT0A 3JUUA 3QCWA 2CWMA 3M3QA 4TZDA 1CESA 2QWCA 1LGCA 4GZWA 2ZGNA 1PZ7A 3QLQA 1G9FA 5NN9A 5GM0A 4YLZA 1SNTA 3NV4A 3V0BA 1S0JA 1FNZA 1IVFA 3IMNA 3VKMA 3WDTA 1Q8PA 1UZZA 1AXZA 3N36A 4GKYA 3NN9A 1W6QB 1F8DA 4FPOB 3A71A 4CPOA 1W6NA 1AVBA 2H0BA 1WW6A 2ZA9A 3WG4A 5E89A 4AGGA 2XCYA 4YZ3A 4FQZA 3B9CA 3WV6A 1GNHA 5F9TA 2WT1A 1BQPA 5HUNA 4CRQA 2YA8A 4PBOA 1INXA 4NC5A 2SIMA 3W59A 2ZGSA 2F27A 2DTYA 2ZGLA 5EXOA 5SV8A 1QOOA 1DQ6A 5GZCA 4MWWA 4BPZA 4XJAA 3V64A 1JUIA 1BJQA 4CPMA 2DU1A 3N7JA 3T1LA 4DFSA 1JBCA 3AZYA 1CPNA 5KXDA 3H6JA 1LTEA 4FOYA 2F29A 1DQ2A 4GZXA 3VKLA 4UW4A 4GZPA 1U0AA 1XQNA 4CPNA 1SLAA 1ZM1A 3AJYA 4JRAA 1G7YA 3D11A 1KQRA 3L2YA 4Q26A 2NZ9A 1ULFA 3O0XA 4MWYA 2AREA 3HMYA 2BF6A 1ULGA 2D6PA 1FYUA 4YG6A 1IS5A 1ULDA 5GZEA 2W68A 4YZ2A 1BKZA 1NSBA 2GN7A 2YV8A 4ZXKA 1LOBA 1EUUA 4NOTA 3NV2A 1GLHA 1KJLA 2D6NA 4DRRA 1DHKB 2HTWA 2F28A 2CWSA 4U36A 1MVQA 1CONA 1KDMA 5EYYA 4YZ1A 4AVSA 3T2TA 2P3KA 2R49A 3VKFC 5EYXA 1CJPA 2NMOA 5M1ZA 2GMMA 5H9RA 2V5YA 3OY8B 1GICA 2QWBA 1GZ9A 4X6KA 3AZZA 1NMBN 1A3KA 2QWIA 1WBFA 4HANA 3ILRA 4R9BA 3IN9A 2GMEA 4K1YA 3GALA 4XOGA 4CPZA 4MJVA 4DRVA 1AX2A 4XXPA 5HCAA 3WCSA 4FPJA 3O9KA 4B7NA 5KXCA 1ENSA 2A3WA 1A8DA 4UW3A 2G4IA 1MWEA 1O4YA 2W38A 4HIZA 4CPYA 1FNYA 1N1SA 2GNMA 5IT6A 1G86A 5T5PA 1W20A 4L8QA 1MS9A 1D0HA 4PCRA 4WV8A 1Z4WA 4KBBA 4M4NA 2SBAA 4AVTA 4BLJA 1WBLA 3ZPYA 2BQPA 2ZAAA 4HL0A 1RIRA 1W8NA 2R1BA 2D6LX 3CYEA 3BOPA 2W20A 3SH3A 2HTQA 3FLPA 2JKBA 1RINA 2EALA 2A75A 3MW3A 1N47A 1G9CA 1LULA 2GALA 3AP9A 3PJQA 2ZBJA 2JJ6A 1D2SA 4XJWA 1IVCA 1NNCA 3WCRA 5L73A 1VIWB 1FX5A 2ZGRA 4XDQA 1F8CA 5JVVA 1MS0A 3PVEA 1YXWA 4AVVA 3KM5A 1VAVA 3TIAA 1GNZA 1FV3A 1SCRA 2YMZA 1DIWA 2C4AA 4MYEA 1V6MA 1VCUA 3RMXA 4K1ZA 3WLUA 2DVBA 2R16A 1SLLA 4LBLA 2PHTA 2P34A 2JECA 2QWEA 4Z8BA 4MWUA 2R0FA 4B7MA 2DU0A 1INFA 2E7TA 5IUQA 2AENA 1GV9A 3RRDA 1PZ9A 3NSSA 1NMCA 4FQ4A 1V6JA 2HTVA 3WDVA 1NLSA 3MW4A 2FMDA 4OZXA 3ZSLA 1DGLA 1YYNA 2AUYA 1USRA 5GLWA 4I00A 4BBWA 4XJRA 1W6OA 4K1HA 3RG0A 3JU4A 1Q8SA 5T5LA 1AF9A 3H0OA 4MWVA 1KJRA 1N1TA 4XILA 4B7QA 3V0AB 1UZYA 1FAYA 1DQ5A 4YGCA 3ATGA 5DZEA 2OVUA 1W6PB 2I2SA 1L7FA 2EAKA 4YG3A 5T5JA 4WEGA 2VW0A 1YO8A 1Z4XA 1LESA 4LBQD 3AYEA 2ES3A 1LHUA 2A6WA 2PHUA 3B69A 3WG1A 5JLVA 3ZYRA 1KDKA 5BYNA 4PQ9A 3OGGA 4FPHA 5GALA 1DIMA 1LHNA 3W09A 1AX1A 3BIWE 4GXLA 4YW4A 1AZDA 4XMAA 1LOFC 3BEQA 3OPZA 1LOCA 4FP2A 2NN8A 4H53A 2A3YA 3VKOA 1A4GA 3N7KA 1A4QA 3ALWA 1N3OA 5T5OA 2WSVA 3GVJA 1Z78A 4YFWA 5CAZA 2DTWA 1S0CA 1S0GA 2E51A 1MVEA 4FPYA 1W6MB 1CVNA 3BODA 2QWJA 1VALA 1H9WA 3DGTA 1NCBN 4LBQA 1NCDN 3B00A 4UW6A 3AYCA 3M2MA 5DG1A 5GLZA 1S1AA 2CL2A 3AXEA 2P37A 4H55A 4LBOA 1GBGA 5H9QA 1CIWA 2ZACA 1MS3A 1FV2A 1R1ZA 1LU1A 1V6IA 2GMPA 3PMEA 3D12A 1OKQA 1QKQA 4MX0A 3RSJA 2QWGA 3T1MA 1B9TA 4CPLA 3VKNA 1IKPA 1HQWA 4NO4A 4XXAA 4HZZA 4WZFA 2W5NA 1NCAN 3N3HA 3DUIA 2QWHA 4KS4A 2F0ZA 2WSUA 1V3DA 1LOEA 1BYHA 1F8EA 1VLNA 4P9XA 2ZB6A 4XBNA 4BOWA 2D3SA 2XG3A 2RKCA 3C2UA 4FJ6A 1DQ4A 3WUCA 1IKQA 4WVWA 3O9JA 4XBLA 4Y1VA 3WG2A 1F8BA 2A6YA 2OUHA 2HT8A 4GDIA 5GZGA 1A78A 1CN1A 1MACA 4MC7A 5GLUA 4Y22A 2UWAA 2SLIA 2ARBA 5GLTA 2W39A 1ENRA 3POSA 5FRAA 4GKXA 5KXBA 3N7MA 2HU0A 3ZXFA 3WDUA 1S0IA 2E53A 4K1JA 3CNAA 4M4VA 3V0BB 3UK9A 4YGDA 2CYFA 2C4LA 4X4AA 3LSDA 3ZYPA 1IS6A 1UN1A 3AP4A 1V0FA 1DQ1A 1HLCA 1RITA 4XZPA 3AZWA 4X47A 1W6NB 1NXD1 2YA7A 4K3YA 1Z4ZA 4CTEA 1SO7A 4AGVA 4RA0A 2HTRA 1QNYA 2HYKA 3H72A 2UURA 5DZFA 1Q8VA 4M01A 5GZFA 3ZXEA 2ARXA 4PBPA 3CL0A 1JN2P 2R1DA 4MWQA 2VW1A 1QDOA 2YZ4A 2ZMNA 4U2AA 1OQ1A 1MZ6A 1KITA 5HUKA 2VW2A 3UJOA 4Q8KA 1H9PA 2VH9A 2ZHKA 1LEDA 4YW3A 2EF6A 1NSDA 3PVOA 2JD4A 4JF7A 1LOFA 2Q5TA 1QGLA 3FBYA 3CKZA 1I1EA 3POYA 3OBRA 4P14A 3TI5A 1F9KA 1JXNA 1LOAA 4DS0A 4FOVA 3WDXA 1UAIA 2DV9A 1DFQA 3D6EA 5CNAA 4WEFA 1LJ7A 4HZXA 4R9DA 1N1VA 3LCPA 4FVVA 1WD4A 3IPVA 2YXSA 2BZDA 3TI6A 1NNAA 2PHWA 1B9SA 4PF5A 3JU9A 1S0EA 7NN9A 2GNTA 5CBLA 2D44A 2A6XA 1AX0A 5JMCA 5IK8A 2F12A 1V3BA 2GNBA 1N3PA 4XYXA 2AR6A 5HX0A 1HKDA 2W52A 1YRZA 4Y26A 4Y20A 1TEIA 3RS6A 2CMLA 2VK6A 4XTPA 3WNXA 2ZHMA 5LK5A 4KS3A 1S0FA 2ZZJA 2XZIA 2KM2A 2D43A 2F13A 1NNBA 1IVDA 4AGRA 2DUPA 2ZHLA 2SILA 5GLVA 1Q8QA 5IK4A 1LGNA 2A5ZA 4QN6A 3ZXJA 5HUMA 1MZ5A 1EURA 1Q8OA 1UPSA 5DUXA 1JHNA 2WQZC 1IOAA 3H71A 5B2DA 1DBNA 4YM1A 4MZEA 2PELA 1WCSA 1XOEA 2NM1A 4HZYA 2A6ZA 1LHWA 5JOYA 2NP0A 3AZVA 3SLIA 3WUDA 1Z4VA 2ZGKA 3K37A 1MS8A 2FHRA 4TYSA 4M3CF 3GVLA 3K3AA 3ZSJA 4P9WA 3ILFA 4M3CE 4ASMB 3K36A 2D6KA 2WNEA 2HT7A 3SISA 3V65A 4YW1A 2CY6A 3H73A 3ZXLA 4KS5A 1WLWA 1MS1A 5IK7A 2VSKA 1WD3A 1GZWA 1WLCA 3WDYA 2AEPA 2DVGA 4JCKA 3UJQA 4R9CA 4Q1RA 5HCFA 3O0WA 3SNMA 1F5FA 3O5SA 2VWDA 2DUQA 4NN9A 4M3CA 4UW5A 2F11A 3USUA 1NSCA 1W8OA 3OBTA 4LBMA 3B3QE 2GN3A 2UWCA 1INVA 2BERA 4XE9A 5KXEA 4MWLA 4ZKTB 5FREA 1F31A 4GDJA 4YM0A 3GNEA 1DILA 1E8TA 1SLTA 5E88A 4FPGA 1SACA 4FPCA 2LTNA 2PHXA 2YA6A 3RQ0A 1HQLA 2VVZA 2RHPA 4YW5A 1GANA 4FOQA 2JE7A 2HTYA 1GKBA 1WW5A 3NV3A 4CZSA 4WVVA 5T52A 1DQ0A 1VAMA 2EXJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1O8PA 1VBA2 3C7EA 3KF5A 3I7DA 3K48A 5A3NA 5FPAA 5F3GA 1H2LA 1LU2A 1OC1A 2OUJA 3O7OA 5FZEA 3VBRA 3ZMNA 2VK5A 1WMEA 4B4PA 5ACA3 4OQ8A 4CP0A 3I4IA 1CRUA 2B5HA 2WFF1 3H42B 3HIFA 4CUAA 1UOFA 4LKEA 4B1LA 5K7PA 4QXHA 4FPEA 1GQHA 4Y24A 4DXTA 1L7HA 3UC1A 3U07A 1LNSA 4NRQA 1MS5A 5G05L 3AP6A 4RL7A 3I2KA 3ZR5A 2KA3A 1L3JA 3M3EA 2BNOA 3KV6A 3POWA 2ZMLA 3AVRA 5CIRA 4GALA 4IV1A 4M00A 5L9RA 3S5QA 4GULA 1C9UA 4UOUA 4KGGA 5FLJA 1JH5A 3O12A 3H8RA 5IHRA 4E2SA 5HCHA 2VAQA 1SEFA 3MV01 4QPGC 2DVFA 2ZHNA 1NMAN 4Y1ZA 3IDEA 2PHRA 2XUEA 4H7MA 1Y9GA 4UF0A 1JYNA 1NKGA 1UYZA 3R4UA 4FPFA 2DVAA 1NE6A 2W1UA 1PVC3 3NWKA 1HQNA 1QJZA 2CTVA 2ZGPA 3MF9A 1FOD2 4NHKA 2J1VA 4K1IA 2WYFA 5C3QA 4JC1A 3PURA 3FVZA 3GYDA 3KWVA 5F3EA 4NIHA 1V3EA 4XJ8A 1LOGA 3CJIA 4H53A 2DCTA 1ULEA 3MFAA 2BTVC 2L9LA 5B2GB 2CDOA 5LRSA 2Y6GA 2E7AA 2Z79A 4LUKA 4XFGA 5JOXA 2RDSA 2ZKLA 5B2CA 1OA3A 2QNKA 2ZGUA 5KR7A 4BK5A 4GA9A 4R52A 4XJ9A 1W6OB 3NQHA 5IK5A 1NQJA 3LIGA 2R0HA 3LEMA 5FZ7A 3DYPA 3E5QA 2VTFA 3LF7A 3MLKA 2JICA 1ODMA 2GH8A 3LAGA 1Y9MA 4PF1A 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