4FQ4A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(4-fluoro-3-methylbenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Sialidase B
total genus 194
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fq4A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fq4A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fq4A02
2VVZA 1NCBN 3VUOA 1SLTA 1ULEA 4LBNA 4FPGA 1ENQA 3FLRA 4ITCA 3VKFC 2Z42A 4M3MA 4Q8LA 4RA0A 2R1BA 1MS5A 5KXBA 5F9TA 1INFA 3R4SA 1V6IA 3O9JA 2ERFA 2D6PA 3FBYA 1A4QA 4M4NA 1AX0A 2PHFA 1W6PA 1PZ9A 2YDTA 1ULFA 1FNZA 2AYHA 1BXHA 1CPNA 2B7YA 2W20A 1LOFA 1IS3A 4YM3A 3V64A 2UWBA 4X47A 1DIWA 4LBQB 2A71A 2XZKA 1GICA 1LU2A 3O0WA 4HZWA 1C1LA 3TI6A 1CONA 4ZKTB 2ZHNA 5KXCA 1LHWA 1Q8QA 4KS5A 5EYXA 4NO4A 3BEQA 2WLQA 3GVKA 2P37A 4LBQA 3D12A 1JYCA 3AP4A 1N3PA 3IPVB 1V6MA 2F25A 3AP7A 2YZ4A 2DYCA 2A3XA 4GKYA 5DZGA 1V3DA 3AJZA 2ZABA 3SH4A 1FNYA 1E8VA 1NXD1 4BMBA 3IPVA 1LCLA 3DGTA 3L2YA 4WVVA 3RMXA 1LHOA 3USUB 3QCWA 3SALA 2HT7A 4I00A 1WUVA 4CPOA 1SCSA 4MWLA 1BJIA 4GWMA 4H55A 2P3IA 4DPNA 3WG4A 3TIBA 4R9BA 4YZ4A 1JUIA 2QWEA 2C4AA 5JOYA 2GDFA 3LCPA 4GA9A 1SFYA 2H0BA 2W38A 3WHUA 2QWBA 2ZGSA 1YXWA 4UW6A 3SITA 1GNHA 5H9RA 1F31A 3CL0A 4YLZA 4MC7A 5DZEA 4K1YA 3WDTA 4K1IA 4ISQA 2PHTA 5DUWA 1GZCA 4Y20B 2HTWA 2D3SA 4B7NA 3BOPA 1UPSA 5IK4A 2W39A 5JDBA 2F26A 2C9AA 4FZHA 4PQ9A 3WZ1A 4FQ4A 2ZHKA 3UJQA 1JW6A 4GJTA 2CMLA 3OGGA 1V6LA 1LGCA 4XHXA 3K37A 1XOEA 4Y20A 4YGBA 5HCBA 4XXPA 2D6OX 1FATA 2ZA9A 2SILA 4XYXA 4MJUA 4XBNA 1B9SA 2GN3A 2D3RA 2YROA 2JDZA 4IQPA 1N1TA 1AF9A 4C1XA 4YFZA 3Q9OA 5IK8A 2ZGUA 1A3KA 4QN4A 1UL9A 1Z0HA 2QWKA 4M3CF 4DS0A 4HL0A 1AXYA 3WOGA 4H52A 3CKZA 2PHRA 1GZ9A 1V3CA 4YZ2A 2RHPA 2ARXA 4KS1A 1EUSA 2EIGA 1O4YA 4M01A 1Q8VA 1GYKA 1LEDA 5IT6A 5F5QA 2ZACA 1DGLA 2CYFA 2ZGPA 1LOFC 5DG1A 5JVVA 3TB0A 4LBQD 1KDMA 3LSEA 1G9AA 2AH2A 1W6MB 2HTQA 2ZAAA 1IVGA 3QLQA 1WCSA 1SLBA 5GALA 1LEMA 3UK9A 2AEPA 1UAIA 1W6OB 1Z4ZA 4YGEA 1NNBA 4JF7A 1Q8OA 2WSVA 1W6MA 3RMYA 1HDKA 1Z4XA 3H72A 2EAKA 1SBEA 3GALA 4GZQA 1NCAN 3WVJA 3T1MA 4R9DA 1INXA 1LTEA 2G4IA 3AXDA 3VKOA 4NC5A 3ZYRA 1RITA 2DTWA 3TICA 1JBCA 4U2AA 4WVWA 4DQAA 3SISA 1MS8A 2OUJA 4C1WA 1JN2P 4FPYA 3UJOA 1BJQA 3FUOA 1YO8A 3OJBA 1APNA 2EXKA 2XZJA 2A3YA 5HUGA 1Z4VA 2B8HA 1W0PA 2ZHMA 1SLLA 2V73A 5DXDA 1SCRA 2YMZA 2ZGNA 2EF6A 3I4IA 1KRIA 3WDUA 3O5SA 2VW2A 1VALA 2DUOA 2DUPA 1NSDA 1GSLA 1CVNA 1C4RA 5B2DA 2QWAA 5L73A 4D8SA 4XIOA 1U0AA 1QNWA 2ZB5A 1W6QA 1UZYA 1W21A 3LSDA 1D0HA 2VK7A 6NN9A 2YXSA 1WW7A 1FV3A 1MS4A 1WBFA 3ATGA 3O12A 5IUQA 3OBTA 1YIFA 5GLUA 3U4XA 1MS9A 4R9CA 2JKBA 2C5DA 2ZZJA 2GN7A 1F8CA 2A6XA 3K3AA 3ASIA 1SO7A 1S0DA 3IM0A 4XHBA 2VU9A 3BIWE 1IOAA 1V6OA 1WLCA 2HTRA 1S0IA 1CPMA 3D6EA 1S1AA 3SH3A 3H0OA 4Q1PA 3H73A 4XJAA 1ULGA 3GVJA 3JU4A 3K39A 4XBQA 1W8OA 3RG0A 2VW0A 1QNYA 1USXA 3AZXA 1H9PA 1C57A 4D69A 2F0ZA 1UMZA 5KXEA 4TYSA 4BBWA 4UW3A 5DZFA 3TI5A 2ZGQA 4BMEA 4YZ3A 3K38A 3A72A 4GKXA 3TI4A 1F8EA 2ZBJA 3TI8A 4CTEA 2P3JA 1W20A 2SBAA 4B7QA 1V2IA 3OY8A 2R1DA 4HZVA 3WLUA 3WUCA 2AGSA 2ARBA 5JOWA 5JMCA 1V0ZA 3FLPA 2DV9A 5H9QA 4YW5A 3OYWA 4GZTA 4LBKA 1EUTA 4QN7A 3PVEA 1WW6A 2OW4A 2DU0A 3FUQA 1DHKB 1QGLA 2ZGOA 4K20A 1FYUA 4M00A 3ALWA 1MS0A 2GMPA 4K1KA 1INGA 3O9KA 2HT8A 4FOQA 1DIMA 2DTYA 3ZSLA 3A0NA 3INBA 4BLJA 1Z50A 3NV4A 1KDKA 4XJ8A 1DFQA 4ATEA 2D6MA 1YRZA 1Z4YA 3V0BB 3WV6A 2A70A 2PELA 4YM0A 2PHWA 5T55A 1AJKA 1S0JA 2ZGMA 1A14N 5T5LA 2ZGTA 4YG0A 5E8AA 4XJQA 4PF5A 1S0EA 1RINA 1G7YA 3AXEA 5GLZA 4XXAA 2X9MA 5HCFA 1H30A 1ENSA 4B7RA 1IVCA 4M3CE 4FPEA 2LTNA 2NMNA 4H53A 3POWA 3ZXLA 1JYIA 3NWKA 4MWJA 1LULA 2D6KA 3ZVXA 2D7FA 5E89A 1CQ9A 3AYEA 1Y7BA 3ILFA 2YDPA 2HTUA 1GZWB 1B9TA 3AZWA 1N1SA 1NMBN 3B3QE 1JHNA 4FVVA 3JU9A 1LOAA 1OKQA 1GANA 1N3OA 5CNAA 4Z8BA 2QWCA 3NSSA 1W1XA 3AYDA 1GZWA 2P2KA 4Y1ZA 4WEGA 5DG2A 1TEIA 4M3CB 4GZOA 4NOTA 2OVUA 2R0FA 2YA8A 2F28A 1DYKA 1V0FA 3RRDA 3WUDA 1NCDN 2E7TA 2RKCA 3HR9A 3IKWA 3USUA 4LBLA 4XIKA 4M3CA 1G8WA 4BLIA 2VXRA 4MWUA 4DGRA 5NN9A 5T50A 1ULCA 3W09A 1SBDA 1Q8PA 4GZXA 2NN8A 4DFSA 2ZMLA 3VKLA 4NN9A 3GNEA 4WV8A 1AXKA 3ZXEA 4Q26A 2BF6A 4CRQA 3WDYA 3KM5A 3M3QA 5T52A 3V65A 5GLWA 1BYHA 1H9WA 4J9TA 1A78A 1CN1A 5SV8A 3VKNA 1Q8SA 2ZGKA 4GZSA 2DVDA 3PJQA 5HUKA 1WW5A 2NYYA 3OPZA 5CA6A 1ONAA 1QDCA 3K36A 1F5FA 2R0HA 4UF7A 4Q8KA 2A6VA 3V0AB 1MS1A 3INAA 1LOEA 4F83A 5GZFA 2W5OA 1V0EA 1KITA 2WSUA 2QWGA 2BERA 2AUYA 3M3EA 1GLHA 5DUUA 5CAZA 1NMAN 3JUUA 2BQPA 2W52A 1NCCN 2W68A 1V6KA 1V6JA 1R1ZA 3O0XA 5GLVA 4SLIA 2CWMA 3WG1A 3B01A 2E6VA 2F24A 2NP0A 1NLSA 4BOWA 1BZWA 3M3CA 1NMCA 1XQNA 4ZXKA 5JOXA 4ASMB 1FAYA 1N47A 1N1YA 1SBFA 4CPLA 5GM0A 1QOOA 3AYAA 2F12A 5CBLA 1VAVA 4WA3A 2GALA 1QF3A 4AGRA 1EUUA 4MWQA 4JC1A 4QN5A 4WA5A 5GJ6A 5GZEA 1USRA 3MEPA 3HMYA 2BATA 1Q56A 1GV9A 1VIWB 5JLVA 1AXZA 5GLTA 4K21A 2YY1A 3RQ0A 1G9DA 3N7JA 2F13A 2UWCA 3SNMA 1SLAA 1HKDA 3N36A 4X4AA 1UZZA 2VUAA 3MW3A 1J1TA 2DURA 2LALA 2A7AA 1W6OA 1MACA 3ZPYA 5IK5A 5T5PA 3TI3A 4YG3A 2JJ6A 3N7MA 5B2CA 4KS4A 4HANA 4FPOB 4AYUA 1WD3A 3AYCA 1YYNA 3WDXA 4AVVA 2YA4A 1VCUA 4LBJA 4AWDA 3D4KA 3H71A 1WD4A 1WCQA 3MPPG 1GBGA 3SH5A 1INHA 2F29A 2EALA 1QKQA 2WQZC 4K1JA 1LOGA 4FPFA 2UURA 1IS6A 2QWFA 2JD4A 4Y1YA 1BKZA 3VV1A 4MWVA 4AGVA 4JRAA 3RS6A 4Y22B 1VLNA 4ATFA 4XOGA 1F8DA 1NNAA 1CIWA 4YGDA 1E8UA 1XOGA 1MR5A 3AP9A 4GZPA 3R4UA 4K3YA 2P34A 1MS3A 2HU0A 3SILA 1LECA 1WW4A 4YFWA 3UL2A 4R9AA 1NN2A 4XTPA 2CWSA 1ULDA 2HYKA 4FP2A 1LGBA 1AJOA 2EXIA 3ENRA 5EYYA 3ILRA 1FX5A 1L7FA 3AZVA 3POSA 2QWHA 4Y1XA 5DUVA 2VSKA 4P14A 1LGNA 1V00A 5EWSA 2WT2A 4NCSA 3T1EA 5FREA 2DU1A 4LBMA 4XZPA 4BQ1A 4MJVA 5JYYA 4M4UA 1KQRA 3T2TA 1OQ1A 1INVA 1HQWA 4PCRA 2PHUA 4FP3A 4Q1RA 4M4VA 4TZDA 4YW3A 1QOTA 2A6WA 1UX6A 1C1FA 3WG3A 5BYNA 2ZGLA 4X6KA 4XJUA 2WJSA 4WZFA 1HLCA 2AEQA 5H9PA 2ZMNA 1NSCA 4AVTA 4XJWA 1JXNA 2A75A 4P9WA 2E7QA 3IMNA 1IKQA 2A5ZA 5LK5A 5HX0A 1IS5A 1KJLA 2A3WA 3M1HA 3W58A 3ZXFA 4K1ZA 2WT0A 2ZGRA 5HUMA 3TAYA 2D6LX 1L7GA 4XDQA 2EXJA 4FOYA 4YM1A 2QWJA 1W6PB 1URXA 4YZ5A 4GB1A 1IVDA 1CR7A 5T5JA 4X49A 2TEPA 4HZZA 1G9BA 3OBRA 1S0CA 1DQ6A 3SLIA 1LOBA 4XTMA 3C2UA 4AGGA 2XZIA 3WDWA 2VWDA 1MWEA 3AFKA 3GVLA 4CPMA 1IVEA 4FPCA 2VSMA 3B9CA 1EPWA 2NZ9A 5GZGA 4XJ9A 3MW2A 1YI7A 3AJYA 1V3BA 4U36A 3CYEA 3V0BA 1SLCA 1CESA 3FLTA 2DVBA 4XMIA 3KQRA 4HZYA 1W8NA 1Z78A 3W59A 1W0OA 2HTVA 4P9YA 1LENA 1I3HA 1DQ1A 3ZXJA 1WLWA 4QNPA 3N7LA 3WG2A 1FV2A 4GDIA 4MYEA 4L8QA 4FQZA 3ZYPA 1DBNA 2AENA 3CL2A 2HT5A 4GALA 2JE7A 4RL7A 1W6NB 1A4GA 4DRVA 1DQ5A 7NN9A 1A8DA 3A4UA 1IVBA 3ZSMA 2Q5TA 2F10A 1QDOA 3WCRA 5DUXA 4GDJA 2A6ZA 5HUNA 4MWYA 4MWXA 4YW4A 5E88A 1L7HA 1S0FA 4WEFA 1AX1A 4Y1UA 1W6NA 4XJRA 1E8TA 3PVOA 3M3OA 4CPZA 1QOSA 2UU8A 3H6JA 1VCJA 3AP5A 1KJRA 1EURA 2A6YA 1IKPA 2W5NA 1G9FA 1DLLA 5GZDA 4MWRA 1LOCA 1GKBA 1X50A 2DVAA 2QWDA 1UKGA 3IN9A 2D43A 2E51A 1PZ7A 2D3PA 3FFZA 3A0KA 2YV8A 1AZDA 3N3HA 4FVKA 2SLIA 3AK0A 3NV1A 1F9KA 2DVGA 4B7JA 3D5OA 1OFSA 2WT1A 2XCYA 5JOZA 1CJPA 1DILA 3TIAA 4Q27A 3NN9A 2GMEA 3R05A 2KM2A 1S0GA 2FHRA 4FPJA 1G9CA 1F8BA 3V0AA 1JOJA 1O4ZA 1DZQA 2ES3A 4K1HA 1LU1A 2XB6C 5IK7A 1NNCA 2CNAA 4BM8A 4OZXA 1LHNA 2BZDA 3N7KA 2D44A 4Q6KA 2JECA 2AREA 3RSJA 1AX2A 1IS4A 3BODA 4JCKA 4XBLA 2VH9A 4ISRA 4PBOA 2HTYA 4DRRA 2E53A 2GNDA 1D2SA 2VK6A 1UN1A 3B00A 5H9SA 2NM1A 1SNTA 2EXHA 3WNXA 2AR6A 1HQLA 4Y26A 3WCSA 4BPZA 4MX0A 1MZ5A 1AVBA 3APBA 2VW1A 2P3KA 3SANA 2CTVA 3ZSJA 2I2SA 2ZHLA 3T1LA 2F11A 4CZSA 1DYPA 2GNTA 3O0VA 4GZWA 4YW2A 2PHXA 3HN1A 2V5YA 3PVNA 2DUQA 1QU0A 1MZ6A 2CL2A 4HIZA 4GWNA 4GXLA 2YA6A 2XG3A 3D11A 4MZEA 1DQ4A 4WA4A 1INYA 1V6NA 1DQ0A 1QMJA 3B7EA 4YGCA 2WKKA 5GZCA 1WBLA 4KS3A 3DUIA 4XE9A 2GNBA 4LBOA 1N1VA 1LJ7A 1MVEA 2ZKNA 2JE9A 1I1EA 4FPLA 2VY0A 5CB7A 4B7MA 1Z4WA 3AX4A 2R16A 1G86A 3ALXA 5M1ZA 3WHTA 4YW1A 1VAMA 4W65A 5HCAA 3AZYA 3AZZA 4CPNA 2HU4A 2OUHA 3WDVA 1B09A 4XJZA 3ZXKA 2WNEA 1N3QA 1W6QB 1INWA 4Y1VA 3PMEA 3M2MA 2NMOA 2D6NA 4Y22A 4YZ1A 3POYA 2VK5A 1RIRA 4FPHA 4Y24A 4P9XA 2W08A 5EXOA 4CPYA 4HZXA 3AP6A 2FMDA 4FJ6A 4PBPA 3A71A 1LHUA 3BTAA 4MZAA 3NV3A 3ILNA 4YG6A 2ENRA 1ZA4A 4YM2A 4FOVA 1MVQA 2UWAA 3MW4A 4XILA 2YA7A 1V3EA 4QN6A 5T5OA 2F27A 4I30A 4Q2FA 1WLDA 5FRAA 2C4LA 2SIMA 4FPKA 4QN3A 1IVFA 4UW4A 4UW5A 1B9VA 5T54A 1LHVA 1GNZA 3I8TA 3N35A 3B69A 1BQPA 2CY6A 5KXDA 2QWIA 1ENRA 2R49A 4MWWA 1ZM1A 2YA5A 2DWRA 2ZB6A 4KS2A 3OY8B 1S0BA 4KBBA 3CNAA 1DQ2A 4GEZA 1PZ8A 1LESA 2ZMKA 1SLIA 4AVSA 3NV2A 3VKMA 4XMAA 1LODA 1NSBA 3ZSKA 1SACA 2DVFA 2GNMA 5AVAA 3OYWB 2GMMA 4FOWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4MV2A 5I0UA 5A32A 2VVZA 2EA7A 3VUOA 1NCBN 5SV5A 2XLAA 5J96B 5L9VA 3CMGA 1SLTA 1TME1 1OFNA 1ULEA 4LBNA 2WNUA 4Q4X3 4FPGA 3PUSA 5F5AA 5C33A 1ENQA 3FLRA 4ITCA 4X8PA 4CP9A 1NT0A 4AEDC 5C7GA 3J7HA 5CG9A 3VKFC 1VBE3 2OZ6A 3VD5A 2Z42A 1O8SA 4JAAA 4PIXA 4M3MA 5EHDA 2XJSA 4Q8LA 3POFA 3HPNA 1BVP1 3PL0A 3WF3A 3V1SA 3KGZA 2RR12 1WZXA 2HWF2 4Q4V1 2AEYA 1NOVA 5FZIA 4NE9A 2X29A 3RJRA 4RA0A 3I49A 2R1BA 1MS5A 2R042 3ZYHA 4IV3B 4Q4X1 4AZZA 5KXBA 5F9TA 1HN1A 1U5IA 3NQHA 4KG8A 1YLLA 5F37A 5LK7B 1INFA 3ACLA 4P9GA 4WM7B 2B39A 4E4SA 1VBE1 3R4SA 1V6IA 2JB4A 5A3LA 3O9JA 3WP4A 1KXGA 3VZLA 2ERFA 1ENXA 2D6PA 3CIHA 3FBYA 3CZJA 1Y3TA 3SOQA 4MGQA 2WZR1 3WDZA 1A4QA 4M4NA 1AX0A 4IEQA 4RR3A 2PHFA 3J9SA 4BIOA 2VM9A 5C5UA 1C5KA 1W6PA 4HBNA 4IEPA 5JSPA 1PZ9A 4QX0A 3ON7A 1OD5A 1RXFA 4FT8A 2YDTA 4QGNA 4DXSA 5CIRA 1ULFA 1FNZA 4MGZE 1Z7S3 2AYHA 1H4GA 2XHKA 3EBRA 4A44A 5LW9A 3N9NA 2GVUA 1BXHA 4WM7A 3I2DA 1CPNA 3DKWA 1QHDA 5L19A 2W20A 2B7YA 3TEWA 5L9BA 5F1RA 4TWTA 1X8EA 1RUG1 4CDXC 2Y0OA 4QX3A 2VQTA 5I8YA 1LOFA 1CX1A 5JXHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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