4FQ4A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(4-fluoro-3-methylbenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 194
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fq4A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fq4A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fq4A02
1KDKA 3WNXA 4ASMB 1UN1A 3MEPA 1AX1A 3B01A 1MZ5A 1VAVA 1A4QA 2CL2A 1MVQA 4FPEA 1F9KA 5CNAA 4YFZA 1DQ1A 4P9XA 1IVEA 3TI5A 3AP7A 4XJQA 2D3RA 2YDPA 1JYCA 1LJ7A 2BF6A 3WUCA 4U36A 3ZYPA 1MS1A 2A7AA 5T5OA 2YXSA 3IN9A 1FYUA 4JC1A 3VKOA 3MW4A 1IVCA 2JE9A 2XZIA 1L7GA 1ONAA 1A78A 4WEGA 2ZMLA 1NMCA 3NV2A 1W21A 2BERA 2EAKA 4MJUA 1F8BA 1USRA 1W6QA 4K1IA 2EXHA 3H72A 3V64A 2I2SA 1INGA 2DVFA 3AYEA 4YM0A 3AJYA 2UURA 2ZAAA 3O9JA 4DPNA 3ZPYA 1G86A 3AZZA 2PHWA 4WZFA 3NV1A 1Q8VA 3AXDA 4FP3A 3NN9A 3SLIA 4FPLA 1BXHA 4Q6KA 3ENRA 4MWJA 1ULEA 4FP2A 2JD4A 2GNBA 2C4LA 1V6NA 4UW6A 3ASIA 3IPVA 4H53A 2EF6A 4M3CE 4H52A 3A0NA 1CONA 5E8AA 2VSMA 2R1BA 3K3AA 3UJQA 2XG3A 2EXKA 3POWA 2WLQA 1CPNA 3AZVA 1PZ8A 2DU0A 1IVDA 3CL0A 1GKBA 1LEMA 2GMMA 4D69A 1UKGA 2LALA 1LGNA 1LOFA 4M4UA 4X4AA 1LTEA 4AVVA 5HUMA 4MWWA 3DGTA 2BATA 4XXPA 1MS4A 2HT5A 1LOAA 4M3MA 4DS0A 2F24A 5F9TA 1DYPA 1C4RA 3O0VA 3PJQA 2CNAA 5DUWA 1CR7A 1Z78A 4U2AA 3FFZA 2ZKNA 2ZHKA 3AJZA 1E8VA 1LHUA 5GLTA 3BIWE 2ARBA 2GMEA 3N3HA 5H9SA 4GALA 4QNPA 1H9WA 4ATFA 3OPZA 3H6JA 5B2DA 3M3QA 4HANA 1WLCA 2A70A 2D6NA 2R0FA 3N7MA 4D8SA 2GDFA 1CN1A 3ALXA 4FPKA 5E88A 1IS6A 2HYKA 2OVUA 1Z4VA 4P14A 2NP0A 4FPYA 4Y1UA 2E7TA 1USXA 3VV1A 1DILA 1VAMA 1LECA 3BEQA 4FPCA 5CA6A 1V3BA 1BJQA 3GVJA 2F26A 4XDQA 4AWDA 4DRRA 1W6MA 2F10A 1SBDA 1IVFA 3TIAA 2XB6C 5DUUA 3K36A 5AVAA 2XZKA 2D6LX 5H9RA 4CTEA 3SALA 2ZGUA 1SFYA 3T1MA 4FPGA 1MS3A 3T2TA 4CZSA 1FAYA 4FOVA 1ULDA 4XHBA 2ZB6A 1JBCA 1DQ2A 1MR5A 2NM1A 4XTMA 4WVVA 1CPMA 2JDZA 1FNZA 2DTYA 2DYCA 1G9AA 2ZGNA 1AJOA 3ZXJA 1N47A 3M3OA 3A4UA 3WG4A 1DFQA 2E51A 1A3KA 3ZXLA 2ZGSA 1DGLA 4FOYA 2D7FA 5DG1A 5LK5A 3ZSKA 2W38A 6NN9A 1Q8QA 2QWIA 1S0CA 5JYYA 2YA6A 5T52A 4FQ4A 2PHRA 3FLPA 4LBJA 4FVKA 4NCSA 4HZWA 3WDWA 2H0BA 4Y1ZA 3TI8A 4XXAA 3FLRA 1IS4A 4Q8KA 4FOQA 3VKMA 3WLUA 2DU1A 1I1EA 4Y1VA 1D0HA 4UW5A 2DTWA 4TZDA 1QDCA 1V0FA 4GZTA 2AGSA 1WW7A 3WG1A 2HTVA 1H30A 4XTPA 5DG2A 4YW5A 4YZ1A 3OYWA 4WA4A 4K3YA 1EPWA 1U0AA 4XYXA 4SLIA 1WLWA 1ZM1A 1KJLA 3CYEA 4KS3A 1ENRA 3TB0A 1NNCA 1WW4A 1NMBN 4XJRA 4ISRA 2AEQA 4CPNA 2ZACA 1B09A 2HTQA 3WOGA 2CTVA 3T1LA 5HCAA 1G9DA 1LESA 4GA9A 1UZZA 5GZGA 3RQ0A 2Q5TA 2CWMA 4DRVA 1LU1A 2A6YA 3UJOA 2VUAA 2WKKA 2ZMKA 2A71A 3N35A 4B7MA 1CIWA 2ARXA 2NMNA 1INXA 1DIMA 4YM2A 1MS5A 3UK9A 3QLQA 2F12A 5F5QA 2FHRA 4LBNA 4LBMA 3V65A 4C1XA 1BJIA 1NSCA 1IKQA 3KM5A 2A5ZA 1SLAA 1N3OA 2PHXA 2VXRA 3OBRA 4MZAA 1Q8OA 1NMAN 3FBYA 1CVNA 2VW0A 1BKZA 3SISA 2OUJA 1F8DA 4AYUA 2DUQA 2YY1A 5IK8A 1QDOA 3WG3A 1PZ7A 1Z4XA 3D11A 3PVOA 2JECA 4QN5A 4GJTA 1Y7BA 3OJBA 3M3EA 1DBNA 3AP9A 1ULFA 2EXIA 3K37A 1BZWA 4GZPA 2CYFA 4X49A 1IKPA 3ZXEA 3W09A 1W6OB 1SLBA 4PF5A 1NNBA 3V0AB 4K21A 5JOWA 4Q1PA 5GZCA 3WVJA 1DQ6A 1G7YA 4UF7A 1W6NA 2HU0A 1QOSA 2D6MA 4RL7A 2ZMNA 1WD4A 5T54A 5IK5A 1VCUA 1I3HA 2DVAA 3CNAA 1F8CA 1GV9A 2W39A 1GYKA 2ZHNA 1W1XA 4B7RA 3LCPA 1RIRA 2NN8A 1UZYA 3LSEA 1LGCA 1MVEA 3RS6A 3HMYA 2ZABA 5IK4A 2X9MA 2ZA9A 2A6WA 5CAZA 3USUA 4R9CA 4R9DA 1S0IA 2V5YA 2YV8A 2DVBA 1WBLA 3WCSA 1G9FA 4ZKTB 5NN9A 4XJUA 4DQAA 2BQPA 4K1YA 1V3EA 4KS5A 3RG0A 3CKZA 1JHNA 4P9WA 4Q1RA 2DWRA 2ZBJA 4XZPA 1Z50A 3H73A 2GNTA 4QN4A 4GZXA 4LBQA 4GKXA 2EIGA 1G9BA 1W0PA 2D43A 2SILA 1G9CA 1N3PA 1DQ5A 4GDJA 3D6EA 4PBOA 5IT6A 4XIKA 3JU9A 1NSBA 2GNDA 4B7JA 4XMIA 5JDBA 2HTRA 3W59A 3I8TA 5FREA 1R1ZA 1A14N 4Y26A 3V0BA 3ZXKA 2AREA 5KXCA 1XOGA 4OZXA 3A72A 4WVWA 4M3CA 2A3WA 1L7FA 3O9KA 4Q2FA 3M2MA 2YA7A 1GZ9A 1SLTA 1QKQA 2EALA 1GICA 5EYXA 2CY6A 3OY8A 3HR9A 1E8TA 4HZXA 1UL9A 4WEFA 2DUPA 3JUUA 2E53A 1NCAN 3AP4A 3RMYA 3NWKA 5GALA 1WCQA 4QN6A 4MJVA 2QWBA 2A6XA 4BPZA 4MWLA 1V6KA 1VLNA 2ZHMA 4MYEA 1WD3A 1GZWB 2EXJA 2R16A 4BM8A 1S1AA 1KDMA 2PELA 1W6PB 1JW6A 1H9PA 4DFSA 3VKLA 4MWRA 4GZSA 4K20A 3GALA 4XBQA 3O5SA 3FUOA 3K39A 4AGGA 4HL0A 3SNMA 2ZZJA 3WDYA 4MWUA 1FX5A 1LHVA 3PMEA 1QU0A 1RITA 2PHFA 1GSLA 4B7QA 3WDVA 3B3QE 4F83A 5CBLA 2PHUA 1V0ZA 1QMJA 1FATA 2P2KA 2ZGOA 4YGBA 4BOWA 1SLIA 1NLSA 4QN7A 1INVA 2FMDA 1Q8SA 2WT0A 1G8WA 3K38A 4PCRA 1OQ1A 3D5OA 1V6JA 2AEPA 1O4YA 4AVTA 5JOZA 5GZDA 2P34A 2WSVA 3RRDA 2OUHA 4Z8BA 4MX0A 4LBOA 1LENA 1INWA 2QWKA 2G4IA 5IK7A 1MWEA 4YGCA 2D6PA 4PBPA 1SCSA 4AVSA 4BLJA 3HN1A 1B9SA 2A6VA 3AYDA 2R0HA 3AYAA 3SH4A 1VCJA 3N7JA 1LOBA 4Y24A 3POYA 1N1VA 3H71A 1FV2A 2D6KA 2HTYA 1HQLA 2F13A 4YFWA 1W20A 3I4IA 4GZWA 2QWDA 2VU9A 3RSJA 4Q26A 2GN3A 5GLUA 5GZEA 4ZXKA 1S0GA 3U4XA 3AP6A 1VIWB 2D3SA 5DUVA 1UPSA 2NMOA 2QWFA 3M1HA 3WZ1A 4HZZA 4P9YA 1NCBN 1HDKA 1AF9A 1AXZA 4QN3A 3ILFA 5T50A 3WG2A 1SBFA 3LSDA 3NSSA 4YZ2A 1ENQA 4GKYA 4TYSA 1WLDA 2ZGTA 1EURA 1Q56A 1QGLA 1S0FA 1NCDN 2QWGA 1A4GA 3WV6A 4NO4A 4ISQA 3H0OA 1GNHA 5GZFA 1EUTA 2B7YA 1FNYA 1VALA 2ZB5A 1W6QB 2YZ4A 1JN2P 3O12A 4XOGA 1UMZA 3Q9OA 3ZSMA 3OBTA 2A75A 4K1ZA 5GM0A 4HZVA 1C1FA 1GBGA 1XOEA 2ZHLA 3WDXA 2F28A 3ILNA 4CPYA 4WV8A 3QCWA 4YW4A 2CMLA 3T1EA 2C5DA 4GZOA 1LGBA 5H9PA 4LBKA 4XBLA 5M1ZA 4GB1A 2OW4A 5T5PA 5CB7A 4BMEA 4B7NA 3IPVB 2HT8A 2DV9A 2ZGPA 5JOXA 3TI4A 2QWJA 1HKDA 3SH3A 1ULGA 3AFKA 1V0EA 4Y1YA 2WNEA 1LODA 2ZGKA 1HQWA 1QOTA 5SV8A 2A3YA 5HUKA 4Y22A 2D44A 4Y20A 1N1SA 4GZQA 2P3IA 2AUYA 3ILRA 3N7KA 1W0OA 2QWAA 4XMAA 4PQ9A 4FOWA 4UW3A 4YG0A 2TEPA 3B9CA 1AXYA 2RHPA 4W65A 2V73A 3CL2A 1GLHA 4IQPA 2R49A 1J1TA 4MWQA 4YGDA 1AZDA 2QWHA 4WA5A 2HT7A 1LOFC 4KS2A 4CRQA 3POSA 2GNMA 2YMZA 1YO8A 3MW2A 3WUDA 1DLLA 1WUVA 1V6MA 3ZYRA 2GN7A 4AGVA 1C1LA 2YA8A 3B7EA 1V6LA 2UWCA 5L73A 5KXDA 1D2SA 2A6ZA 4CPOA 3IMNA 4JF7A 4J9TA 3BODA 3ZVXA 4BMBA 1S0JA 2JE7A 4Q27A 5GJ6A 2VSKA 5HCBA 1KITA 1B9VA 4XJ9A 3AYCA 4K1JA 4K1HA 4M00A 4XHXA 1DHKB 1N1YA 2F0ZA 2VW2A 1WBFA 5BYNA 2DUOA 2UU8A 1LOGA 3AZYA 1Q8PA 1OFSA 3R4UA 2JJ6A 3A71A 4YW1A 2W68A 5GLZA 4CPZA 2W5NA 1MZ6A 2VK7A 2YA5A 3VKNA 1S0BA 2HU4A 1GZCA 1W6MB 3INAA 3L2YA 2W52A 4K1KA 3O0XA 3FUQA 1XQNA 5GLVA 1SO7A 1AX0A 4X47A 4GWMA 2ERFA 1Z4ZA 2F29A 1TEIA 3SILA 2E7QA 2P37A 2VY0A 1SNTA 2YDTA 4XBNA 4HIZA 4MZEA 3BTAA 3TICA 2SBAA 4X6KA 1BYHA 4FQZA 3TAYA 5EWSA 4YZ5A 4FPJA 1EUUA 4M4NA 1MACA 1LCLA 3SH5A 3AZXA 1W8NA 1YXWA 1V6OA 1JYIA 2ENRA 2NYYA 4YLZA 1RINA 1SBEA 4I00A 4GDIA 2WT1A 3AX4A 1AJKA 4XE9A 3PVNA 2VVZA 3C2UA 1JOJA 2F27A 1MS0A 1NCCN 2QWCA 1MS9A 1INFA 5JVVA 2DVDA 4BBWA 2VWDA 4YW2A 1CESA 2QWEA 3ZXFA 2ES3A 1SLLA 3RMXA 5JLVA 1LOEA 2AYHA 3GNEA 3GVKA 1V00A 3D12A 3R05A 4AGRA 1DQ0A 3NV3A 2AR6A 5T5LA 2ZGMA 5DZGA 2BZDA 4LBQD 4FPOB 7NN9A 4NOTA 3M3CA 1LHOA 2D3PA 1N1TA 2ZGRA 2D6OX 4FVVA 3VUOA 3BOPA 1S0EA 1YI7A 4XJZA 2YROA 1EUSA 1W6OA 2XZJA 4KS1A 1IS3A 3V0AA 1INHA 3R4SA 1WW5A 4H55A 2NZ9A 2VK6A 4NN9A 3OYWB 2B8HA 4LBLA 4XILA 1IVBA 3SITA 3O0WA 2XCYA 1DIWA 4CPLA 1NXD1 1F31A 1AX2A 1HLCA 5B2CA 1LULA 4GXLA 3ZSLA 3B69A 4R9AA 4MWYA 3GVLA 1E8UA 2SLIA 1F8EA 1IOAA 2UWAA 3N36A 4I30A 2WQZC 5HCFA 2GMPA 1OKQA 3TI3A 4YM3A 2DVGA 3APBA 3B00A 2VW1A 3FLTA 3WCRA 2F25A 4C1WA 1YIFA 5IUQA 4M4VA 2KM2A 4JRAA 1ENSA 1LHNA 4Y22B 3VKFC 4Y20B 5KXEA 4HZYA 2P3JA 4YG3A 2AH2A 3ZSJA 3MPPG 1QNWA 2A3XA 3MW3A 4YW3A 1NN2A 2UWBA 1JUIA 3JU4A 5T5JA 1L7HA 4MC7A 1YYNA 4RA0A 4CPMA 4XJAA 3AK0A 4YZ3A 1DQ4A 2GALA 2VH9A 5JOYA 2VK5A 1X50A 2LTNA 2C4AA 1IVGA 5HUNA 1URXA 1ZA4A 1LHWA 2JKBA 2Z42A 5T55A 2WJSA 1UAIA 3AP5A 1ULCA 1WW6A 1YRZA 4YM1A 3ATGA 2AENA 1S0DA 1DYKA 4JCKA 1B9TA 5DZFA 5HX0A 3INBA 5E89A 3WHTA 1W6NB 4NC5A 1UX6A 4M3CF 3NV4A 3OGGA 4YZ4A 2PHTA 4Q8LA 1QNYA 1GZWA 1DZQA 1AVBA 4R9BA 5DXDA 1INYA 3SANA 1N3QA 5GLWA 5H9QA 1GANA 1SCRA 1Z4YA 3PVEA 2W5OA 3USUB 4MWXA 1W6PA 1W8OA 1LEDA 1A8DA 2W08A 4XIOA 1QF3A 1V6IA 2HTWA 4YG6A 3AXEA 3IKWA 5EXOA 1GNZA 2CWSA 3DUIA 1C57A 5FRAA 2ZGQA 4DGRA 1JXNA 2E6VA 1SLCA 5JMCA 4ATEA 4MWVA 4WA3A 3UL2A 1NSDA 2WSUA 4LBQB 3A0KA 3D4KA 1NNAA 1KQRA 4ITCA 5DZEA 1V3CA 3KQRA 5DUXA 1BQPA 3N7LA 1Z4WA 2SIMA 2DURA 1SACA 2ZGLA 2R1DA 4YGEA 2HTUA 4GEZA 4Y1XA 1LU2A 3V0BB 1APNA 4BLIA 3AZWA 4M3CB 4BQ1A 2P3KA 4FJ6A 4FPHA 2RKCA 3WHUA 2C9AA 3TIBA 1O4ZA 1KRIA 4FPFA 1F5FA 1MS8A 4M01A 5EYYA 3IM0A 4KS4A 1V3DA 3WDTA 4XJ8A 4UW4A 4GWNA 1LOCA 3OY8B 1PZ9A 2W20A 1IS5A 1AXKA 2F11A 3W58A 2YA4A 1CJPA 1WCSA 3TI6A 1KJRA 4L8QA 4XJWA 5HUGA 5KXBA 1V2IA 3ALWA 1QOOA 4KBBA 3WDUA 1CQ9A 4FZHA 1Z0HA 1FV3A 2WT2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KF3A 4PDWB 3THTA 2RVAA 4NAOA 1KDKA 3NQHA 4HPKA 1WMXA 2Z5WA 3WNXA 1S55A 4ASMB 4E2SA 1UN1A 1XE7A 3MEPA 2VGDA 5JUVA 3UGGA 1AX1A 2FD8A 3B01A 2ATFA 1VBA1 4OFGA 5ACA1 3WT3A 3DKQA 2ZX0A 3OPWA 4CEWB 3CF6E 4BQYA 1MZ5A 5I0DA 1VAVA 2HWE1 1VJ2A 1A4QA 3RGBA 2CL2A 4PDWC 4QQPA 1MVQA 3A9GA 3PUIA 2O0OA 5I0RA 1RL3A 4IV3B 3ZSEA 4QDSA 4B3NA 3N9PA 1B35B 2BW8A 3THCA 4FPEA 3LI3A 2MNGA 1F9KA 4QB2A 3LGRA 3T08A 5CNAA 1DYOA 1DQ1A 2RM21 4P9XA 4QHBA 4YFZA 4CEWC 1IVEA 2C26A 1QJEA 1SFPA 3AP7A 4XJQA 3SOBB 3TI5A 4P00B 4LLFA 4TSVA 2D3RA 2YDPA 4OQ9A 2RDNA 3HT1A 4FXKB 5IVJA 4IV3C 1UIKA 3DN7A 1B35C 1JYCA 1LJ7A 3BGAA 3W21A 4N8MA 5FMCA 3S0MA 1T2XA 3LE0A 2BF6A 2VBPA 3AL6A 3WUCA 1GUIA 1PO22 4U36A 1H1MA 3ZDVA 4XCAA 3ZYPA 5F5IA 1MS1A 1OQDA 1PO12 2XQRA 2XBO1 5B4NA 2PLV2 2A7AA 5T5OA 2B5HA 3N4MA 5D1IA 1ACCA 5LA9A 2YXSA 2JDPA 1W8TA 3IN9A 2ETEA 3BYWA 3PU8A 5L36A 1FYUA 5CEHA 4JC1A 2FDGA 1RUC3 3GBFA 1VBC1 4HMZA 1WA4A 2CGOA 3VKOA 3ZN6B 2HWF3 4EWAA 3MW4A 1BHGA 1OLMA 3TBDA 1NLRA 2CV6A 5KBFA 4F7ZA 5ERLA 3R4DB 5C8CB 3OPTA 3D8CA 1IVCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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