4XE9A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin
Total Genus 191
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
molecule keywords Sialidase B
total genus 191
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2014-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xe9A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xe9A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xe9A02
3WDUA 4HZZA 1GYKA 1EPWA 3ZYRA 5DZGA 4CTEA 4K1IA 1UN1A 4BMEA 5JOZA 4K1HA 1L7GA 5JVVA 5E89A 1N3OA 1VALA 1G9BA 4KS2A 2PHUA 5EWSA 2AREA 1WW4A 4JRAA 4YFZA 1INFA 4GWMA 3K39A 4KBBA 4I00A 1OKQA 1BYHA 4K20A 1NSBA 3PMEA 3WCRA 3ZXLA 1V6IA 1LHVA 3GVJA 4DRVA 1O4YA 2XZKA 4Q2FA 2V73A 4K21A 2PHWA 1V6JA 2ZGKA 3SH3A 2F11A 1CPNA 5H9QA 1X50A 2DU1A 2A6VA 5JLVA 4FPHA 3N35A 1G9CA 3ASIA 1URXA 1F5FA 3PVEA 4GXLA 2E6VA 1PZ7A 1GZCA 1AZDA 3POWA 2QWBA 1DQ6A 2YXSA 1Q8PA 2GNDA 1QMJA 2GNBA 2DYCA 4LBQB 1NLSA 1YO8A 5HUNA 1VCJA 3KQRA 3CL0A 5H9PA 4Q8LA 4XMIA 3MPPG 3WG1A 4QN7A 1IVDA 3ZXJA 2RKCA 3V0BB 1A78A 4RL7A 4GKXA 1LHNA 2DVAA 3INAA 5JDBA 2CWMA 3BODA 3WZ1A 1MZ6A 3ALXA 1WLWA 4FOQA 2D3PA 2R0HA 1BJIA 2HT7A 3O9KA 5GLUA 1HLCA 4CPZA 1KITA 3O5SA 4R9CA 4MWVA 4ATFA 2NYYA 3SALA 5CB7A 3FFZA 1ENSA 4Y22B 4WVVA 3ILFA 1GICA 5GLTA 1CESA 1SBEA 5CA6A 2OVUA 1C57A 1FNZA 3WG4A 2Q5TA 1LOEA 1IVGA 3FLPA 3RS6A 4WA4A 1CPMA 1QNWA 3CNAA 2XZJA 1QOSA 3WLUA 3AYDA 3D12A 1W8NA 2HYKA 4QN5A 4M3CA 2P37A 3IPVA 5CNAA 4F83A 1JYCA 2DUQA 1AXKA 1NCDN 4GDIA 3AJZA 1I3HA 3OY8B 3AYCA 3K3AA 1QOOA 1IOAA 1S0EA 3LSDA 3V0AA 1XOEA 1JW6A 5HCBA 3T1LA 2XCYA 3WUDA 4MZEA 4CPMA 1JOJA 3VKMA 1LULA 1V3BA 3IM0A 1APNA 1QU0A 2HU4A 3TI5A 1MS4A 1Z4WA 1Q8QA 1A4QA 3D5OA 1W6NB 4GZQA 2DUOA 3NV1A 4XTPA 3AZZA 2ARBA 4ASMB 2VW1A 1SCRA 5GZDA 3NV3A 5M1ZA 2ZABA 1ENRA 3A72A 4M3CB 1UAIA 3IPVB 4CPNA 2D6OX 2ZGSA 2JECA 3ILRA 1C1LA 4UW4A 2ZGOA 3OJBA 4XDQA 3O0VA 3R4UA 3WUCA 2G4IA 3AFKA 2E7QA 3QLQA 4X4AA 4GJTA 3GALA 3OGGA 3K37A 2UWCA 4IQPA 2DTYA 1W20A 2QWDA 4FPFA 1GNHA 3O0WA 1IVEA 1V2IA 2EXHA 3TB0A 1B9VA 4FQ4A 2B7YA 1KDKA 3M3EA 1Q8SA 1MS8A 2HTVA 2VWDA 3ENRA 3SNMA 1SLLA 1LGNA 5T50A 1G7YA 4M4UA 4Q6KA 3HMYA 4BQ1A 1HQWA 2DUPA 4FPCA 3WOGA 1F31A 2GN3A 4XOGA 4XBNA 4YZ1A 3W09A 2F28A 1SFYA 3NN9A 1CONA 2NMNA 5F9TA 2QWFA 5HX0A 5KXBA 4FZHA 3VV1A 3NV2A 2CWSA 2W5NA 4FQZA 1IKPA 1DYPA 4XMAA 1JN2P 4GZPA 2ZGLA 2HTWA 3I4IA 4B7MA 1W6MB 3NWKA 4GZWA 2WNEA 1NNAA 1LU2A 4LBOA 4Q1PA 2HT5A 4SLIA 2CTVA 3USUA 5DUXA 2VY0A 5IK5A 3PJQA 1LECA 2W68A 1BKZA 3A0NA 2ZAAA 2V5YA 2BQPA 1AVBA 1XQNA 2ZGPA 2P34A 1B9SA 1ZM1A 5T52A 2VUAA 2CYFA 4GZOA 4FOVA 1G86A 3PVOA 2R1BA 5GALA 4YM3A 1G9DA 3N7JA 5GZCA 2NN8A 2LTNA 4BLIA 4QN4A 4XTMA 2QWEA 1WBLA 4B7NA 3V64A 4Y24A 2ZHMA 4YW2A 4MWRA 4CPOA 1W6OB 2A6XA 2PELA 2XG3A 4TYSA 2R1DA 3T1EA 2R0FA 4GZXA 4HZWA 2TEPA 3GVKA 3TAYA 2B8HA 1V3DA 3FUQA 4AVTA 3USUB 1Y7BA 5AVAA 2BATA 2EAKA 3JU9A 4LBLA 1KQRA 3ZYPA 1PZ9A 3B00A 1F8DA 5GLZA 2A5ZA 3OYWA 4P14A 2ENRA 2GMMA 4AGGA 1V3EA 3T1MA 2CNAA 4JCKA 4MYEA 4ZKTB 3OBTA 3VKNA 4YW3A 1C1FA 4XIKA 1CR7A 5JOYA 1V6NA 1SCSA 1W0OA 1LESA 2AUYA 1W8OA 4XZPA 1DQ2A 2DURA 2ZGMA 5HCFA 3ZXFA 2QWGA 2YZ4A 4M00A 2VW0A 1IKQA 3AX4A 1QDOA 1WW6A 1FX5A 1LHOA 1DGLA 4W65A 4CPLA 2VK7A 2UU8A 4X49A 4XJAA 1MZ5A 4YGEA 3ZSJA 1GV9A 4LBQA 2BZDA 1NSCA 4XHBA 4K1ZA 3WDTA 2ZGTA 1WD3A 2SBAA 4MX0A 4QN6A 4Y1ZA 3V0BA 4FVKA 3OYWB 1MVEA 3H6JA 2C9AA 4U36A 1V6KA 4L8QA 4FJ6A 1S1AA 1FV3A 1Z4ZA 3HN1A 5IK8A 3BOPA 2QWKA 3ZSLA 1V0FA 2DV9A 4X6KA 1V6LA 4XYXA 4MWXA 2GDFA 4FPYA 1NCBN 1N1TA 3N7LA 1Q56A 2ZACA 1N3QA 4OZXA 3BEQA 1N1VA 1V0ZA 1PZ8A 2C5DA 3OBRA 4LBKA 5DUUA 3WHUA 4Y22A 1XOGA 4LBMA 1Q8VA 1IVFA 3A71A 4GALA 4UW3A 3AP4A 1USRA 4YW4A 2A71A 2OUJA 1DHKB 2ZA9A 5JYYA 2F26A 2VK5A 4DGRA 4AVVA 4WVWA 2YROA 1AF9A 4PCRA 2DVDA 1ULEA 3WHTA 3MW3A 5GZGA 2W20A 1UX6A 5T5LA 5GZFA 1QGLA 1F8BA 3LSEA 3AYAA 1VAVA 4C1XA 2OUHA 1DILA 2YA7A 2F12A 2W52A 5T5PA 2VSMA 4GZTA 4M3MA 1ULCA 1SNTA 4R9AA 4H52A 3OY8A 5EXOA 2GALA 2NZ9A 4ISRA 3ZVXA 4XBQA 1INYA 2AGSA 1BJQA 4H53A 3BTAA 1S0BA 3FUOA 2FMDA 3B69A 2P3IA 3UJQA 1Z78A 1UL9A 4MWUA 3AK0A 4YGBA 1NNCA 2RHPA 5H9SA 2PHFA 1HQLA 2E7TA 3MW2A 4MWYA 3RQ0A 1LHUA 1W6NA 4AGVA 3SITA 6NN9A 1USXA 1EURA 1NN2A 2HT8A 3IKWA 3IN9A 2A75A 1INVA 3SISA 2GNMA 1DFQA 4B7RA 3TI4A 3R4SA 4XJUA 3WG2A 1GKBA 2P2KA 2YY1A 1CQ9A 2F13A 1LOGA 3POYA 3TI6A 2A3WA 1ONAA 3N7KA 5T55A 3B01A 4XE9A 4XJ8A 4YGDA 2D3RA 3VUOA 1AJKA 3CYEA 5JOXA 4GZSA 4MC7A 2AR6A 1A14N 4CZSA 4XJZA 1LJ7A 2C4LA 4QN3A 2JJ6A 1KDMA 1OFSA 1AXZA 3RMYA 1MS1A 3INBA 2W08A 4YM1A 1C4RA 3D4KA 2CL2A 1S0JA 1DIMA 3I8TA 2QWAA 3WCSA 1SLTA 3ZXEA 5HUKA 1NMAN 1BZWA 5NN9A 1A8DA 3WV6A 1RINA 5DUWA 4CRQA 1KRIA 1Z4YA 2VU9A 1R1ZA 5KXEA 4YW1A 5DG2A 3TICA 5EYXA 1WCSA 3W59A 2GN7A 2ZB6A 1G8WA 2D6LX 3HR9A 3UJOA 5E88A 2ZMLA 3APBA 4DPNA 4ISQA 1MR5A 2VVZA 2YA6A 4R9BA 3A0KA 3M2MA 1WW7A 3SANA 2YDTA 1MWEA 2AYHA 1W1XA 4YLZA 4MWLA 1W6MA 2ZHLA 1IS5A 1BXHA 3AJYA 1INHA 2HU0A 3ZXKA 2WJSA 5IUQA 2A6ZA 1CIWA 3W58A 4HZVA 4I30A 1SBFA 4M01A 1YRZA 4RA0A 4FPJA 1RITA 1INXA 1W6PA 1DQ1A 2ZHNA 3RRDA 3UL2A 3IMNA 1GBGA 4ITCA 1FAYA 1KJLA 2JE9A 4MJVA 1OQ1A 4BMBA 1LOAA 3JUUA 2JD4A 4HANA 4B7QA 1WW5A 2WT2A 5HCAA 2JKBA 1E8UA 2F10A 2AEPA 1G9FA 1W6OA 3FLTA 3SH5A 2W39A 2F25A 2VH9A 5DG1A 3O0XA 2EXIA 7NN9A 1DZQA 1VIWB 3NV4A 2H0BA 3ZSKA 2OW4A 1QDCA 4YM0A 4PF5A 1I1EA 3GNEA 1Z4VA 3TI3A 2ZGUA 1ZA4A 4K1JA 1UKGA 1WLDA 1W6PB 1ULDA 1HKDA 3AZYA 1WCQA 1GZWA 2YDPA 1D2SA 4Y1VA 1GANA 1SO7A 4WEFA 1QKQA 4Y20B 4Q26A 3PVNA 3AXEA 4NC5A 2AENA 4XHXA 1INGA 5HUGA 1W21A 5B2DA 3AP9A 3M3OA 4DRRA 3N7MA 3N36A 5L73A 1N3PA 2A3YA 5B2CA 3H0OA 2DWRA 4MWWA 4YZ2A 2XB6C 4PQ9A 3V65A 3NSSA 4AVSA 2E51A 1LEMA 2CMLA 3K36A 1O4ZA 1SLAA 4FPOB 2PHRA 4GB1A 2CY6A 1UZZA 2ZGRA 2XZIA 4WA3A 1GZWB 1AX2A 1ULGA 3M3CA 4P9YA 4YM2A 3VKLA 1B9TA 4XJRA 4HZYA 4DFSA 3CL2A 3CKZA 1DQ5A 5CBLA 4GDJA 4CPYA 4QNPA 1CN1A 1V00A 5JOWA 5LK5A 1IS6A 1AJOA 3AXDA 1E8TA 1KJRA 3B7EA 2WT1A 3TIAA 4NO4A 1LGCA 2NM1A 1YI7A 1IVBA 3D6EA 5KXDA 4AGRA 2DVFA 3H73A 1W6QA 1YYNA 4XBLA 5GJ6A 4KS5A 3O12A 1JHNA 1AX0A 1TEIA 4LBQD 2R49A 4YZ5A 1EUUA 4M4NA 4B7JA 1UZYA 4MZAA 3QCWA 4JC1A 1H30A 3RG0A 3A4UA 4FVVA 4JF7A 1DLLA 4Y1XA 4MWJA 3K38A 4PBPA 1MS9A 2DTWA 3ZPYA 2DVGA 4UW6A 4M3CE 1JYIA 1E8VA 3D11A 4DQAA 1JXNA 1YIFA 2ZGQA 2QWHA 4MWQA 1WUVA 2GMPA 4UW5A 1VAMA 2LALA 2C4AA 1U0AA 2D6MA 2HTYA 1CVNA 1AX1A 4LBNA 2HTRA 1W6QB 2EALA 1NCCN 1BQPA 3B9CA 2YA8A 2BF6A 5GLWA 2PHTA 4FPEA 1S0CA 1LEDA 2ZZJA 5DXDA 4FPKA 3AYEA 1S0DA 4WV8A 1EUTA 5H9RA 1F9KA 2D44A 3AP6A 1IS4A 4Y1YA 3AP7A 3C2UA 4D69A 1V0EA 3WDXA 4XJ9A 4XJQA 1DIWA 3DUIA 2UWAA 4Z8BA 1NCAN 1MS0A 4LBJA 1Z4XA 4YW5A 2WKKA 4YG3A 1NMBN 3ALWA 3H71A 2SIMA 1DBNA 2ZHKA 1IVCA 1W0PA 5GLVA 4ZXKA 1NSDA 2X9MA 3AZXA 4U2AA 3MEPA 3WDWA 2E53A 1B09A 3AZWA 5CAZA 4FPGA 2ZMNA 2ZKNA 1LENA 1LODA 4KS4A 3WDYA 1FNYA 3LCPA 3POSA 2A70A 2F0ZA 1V6MA 5DZEA 1F8EA 2QWIA 1EUSA 4H55A 1A4GA 5DZFA 5GZEA 2JDZA 1ENQA 1A3KA 4WZFA 1MS3A 2WLQA 3OPZA 4XJWA 5BYNA 2D43A 4D8SA 1LHWA 3R05A 2ZBJA 2A6WA 1GSLA 1Z0HA 1FATA 4KS1A 2WQZC 2EIGA 4Q1RA 4HZXA 3BIWE 2ES3A 2NMOA 4NCSA 2I2SA 2VW2A 4BBWA 3TI8A 1VCUA 2R16A 1J1TA 2ZGNA 3SLIA 2YV8A 4YFWA 4X47A 1GNZA 3N3HA 4FP2A 2F27A 1S0IA 4FP3A 5T54A 4FOYA 1IS3A 4NOTA 3WVJA 1H9WA 5FRAA 1NMCA 1LOCA 2WSUA 3WG3A 1UPSA 4BLJA 1GZ9A 2P3KA 2F24A 1SACA 4MJUA 4J9TA 1QNYA 2A3XA 3SILA 3JU4A 4XIOA 3L2YA 1G9AA 4GWNA 4K1KA 2WT0A 1LU1A 4WA5A 2D3SA 3WNXA 3U4XA 4XXPA 1QOTA 3V0AB 1N1YA 2EF6A 1FYUA 2AEQA 4AWDA 1LOFC 4HL0A 1V6OA 2FHRA 5FREA 2YA4A 4PBOA 4Q27A 3B3QE 1LOFA 3VKOA 4FPLA 1N47A 1MACA 4GEZA 4R9DA 4P9XA 1INWA 3SH4A 1L7HA 2A7AA 1VLNA 5GM0A 1JUIA 4XILA 4Y20A 4BM8A 5HUMA 3GVLA 4KS3A 4YG0A 2F29A 3FBYA 1AXYA 2DVBA 4YGCA 1F8CA 1MVQA 1NNBA 4M4VA 3ZSMA 2GNTA 5E8AA 1S0FA 1WBFA 1HDKA 1QF3A 3M1HA 3O9JA 5IK7A 4UF7A 1D0HA 2GMEA 1Q8OA 4WEGA 2JE7A 4AYUA 1V3CA 3TIBA 1UMZA 5IT6A 5T5OA 4GKYA 2A6YA 2ZMKA 1CJPA 2D7FA 2VXRA 4BOWA 3H72A 1S0GA 4YZ3A 1WLCA 2QWCA 5T5JA 4TZDA 2QWJA 4BPZA 1YXWA 2HTQA 1LCLA 2WSVA 1Z50A 1SBDA 2D6PA 5KXCA 4YZ4A 4Q8KA 1SLBA 3RMXA 1L7FA 3UK9A 1RIRA 4FOWA 4P9WA 1DQ4A 1DYKA 2ARXA 4YG6A 3VKFC 1JBCA 2YMZA 5IK4A 1LOBA 4C1WA 2SLIA 5DUVA 5F5QA 1WD4A 3DGTA 1SLCA 2DU0A 3WDVA 5SV8A 4Y1UA 3FLRA 3ATGA 2YA5A 2HTUA 1MS5A 2NP0A 2Z42A 3ILNA 2AH2A 4M3CF 2SILA 4ATEA 3RSJA 1SLIA 2KM2A 2PHXA 2D6KA 3MW4A 1LGBA 2UURA 3AP5A 4GA9A 2VSKA 1NXD1 3Q9OA 2BERA 3T2TA 5EYYA 2D6NA 2ZB5A 1ULFA 4XXAA 2P3JA 4HIZA 3KM5A 2EXJA 4NN9A 4DS0A 2W38A 2VK6A 4Y26A 3AZVA 1FV2A 1GLHA 1H9PA 2EXKA 1DQ0A 4K1YA 2W5OA 2UWBA 5JMCA 3M3QA 1N1SA 4K3YA 1LTEA 2ERFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YVSA 1F35A 3WDUA 5CFCA 1AR91 1GFF2 4HZZA 2CDOA 1C8NA 1GYKA 4KH9A 1EPWA 3IIAA 5A6YA 2B39A 3ZYRA 2H0VA 2X5IC 4IEOA 1UCXA 5DZGA 4CTEA 4K1IA 1UN1A 3W21A 4QAWA 1OPMA 2CAVA 4BMEA 5JOZA 3KYAA 4EN6B 4K1HA 1QJFA 2E32A 2B5HA 3CJIA 1NE6A 3DKQA 3ES1A 3JB8A 3M70A 3GGLA 1J3QA 5E89A 4GB32 1OFNA 1M4WA 1OLRA 1N3OA 4CDWC 3OGSA 1VALA 1G9BA 4KS2A 2PHUA 5EWSA 4BHPA 3VBHB 2AREA 3NNJA 1XXNA 3Q8AA 3MIDA 1Q7FA 5ABJB 1WW4A 1MEC3 1R1A2 2HYXA 2VBPA 4CUAA 3VDBA 4AQ6A 5FUNA 4BK5A 4JRAA 5FTTC 1OT5A 4YFZA 1RUI2 1INFA 5F3GA 5FV3A 3GF6A 2VQ0A 5I91A 4GWMA 3K39A 4KBBA 2HJIA 4Q4Y2 4I00A 1W3XA 3UGHA 1WMEA 1GU3A 1PK6C 1OKQA 1BBT2 1BYHA 3H42B 3WT3A 4FAGA 5C9AC 4K20A 1NSBA 3PMEA 3K51A 3WCRA 1Q5OA 3ZXLA 1TNRA 3MLJA 1V6IA 2JX9A 4IEUA 1LHVA 2WQ8A 3ALQA 4FXGB 4A6SA 5A7OA 3GVJA 1PIV3 1PK6A 4DRVA 2PYTA 1O4YA 1BVVA 1AR63 4XABA 2F6BA 5FMDA 4BE3A 4XEZA 4Q2FA 5C9AA 4OHVA 2XZKA 2V73A 3I7DA 4K21A 1YJLA 3AKQA 4NIIA 2PHWA 2P17A 4OQ8A 1V6JA 3RWKX 5F6KA 4LUKA 2ZGKA 3SH3A 2F11A 1CPNA 2OQ7A 5H9QA 1X50A 4A42A 2DU1A 2A6VA 1ULPA 2RJKA 4UWDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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