4XE9A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin
Total Genus 191
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 191
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2014-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xe9A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xe9A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xe9A02
4BMEA 2YA6A 4XBNA 5GZDA 3NV1A 4GKYA 3SISA 3RQ0A 1N3PA 1YI7A 5DZGA 5EYXA 1UPSA 1QOSA 2A6ZA 4JRAA 4XE9A 3LSEA 4Y1XA 4K1IA 3WHTA 3V64A 4R9DA 2ZGLA 2WT2A 1GANA 3TB0A 5HUNA 3R4UA 1AZDA 2HTQA 4Q27A 1B9SA 4XIOA 1ULFA 4ITCA 1UZYA 4HZYA 1S0JA 2A3YA 1S0EA 3AZWA 3UJOA 1VCUA 2GNMA 3AP7A 3IPVB 4GA9A 3KM5A 2VK5A 3GVLA 1W8OA 1NCCN 2VK7A 2UURA 1N3QA 2GALA 3AP9A 1C1FA 2R1BA 3VKMA 4MJVA 2ZGQA 3FLTA 1F8CA 4H55A 5GZCA 3RSJA 1DQ4A 5EWSA 1UL9A 1W0OA 2AEPA 4GEZA 1Q56A 2QWBA 1NNCA 2F26A 4X6KA 5GLTA 4FVKA 2B8HA 4DRVA 5DZEA 1DQ6A 1GZWB 4AVSA 3ZSLA 4WA5A 4MWVA 2R49A 3SITA 1FAYA 3B01A 1INWA 3WG1A 1BKZA 2NM1A 3IN9A 5JOYA 4BBWA 3WDWA 4GWMA 1XOEA 2W08A 4NOTA 3MW3A 4XMIA 4FOYA 1LOAA 5DUUA 1MS5A 2GN3A 4MWWA 3L2YA 1IVCA 2DUQA 3WCSA 1DQ5A 4K1ZA 1AX0A 1GZWA 1WUVA 2ZGSA 2VW0A 4DRRA 2JKBA 1NSDA 2D3PA 1IOAA 3SANA 1IS5A 3B69A 1LCLA 2D3SA 4MX0A 1D2SA 1Y7BA 2A5ZA 3WG4A 2ZGPA 5JMCA 1KDKA 2QWKA 1EUSA 3USUB 2ZZJA 1HQLA 1MS1A 3AX4A 1G7YA 3ZSMA 4GZSA 1N1SA 2BERA 2P34A 4F83A 1WCQA 4FPLA 2A71A 3O9KA 2BZDA 1IKPA 2HTRA 3SILA 2XG3A 5E89A 4KS2A 3M3CA 4XXAA 1Z4ZA 3O12A 2NZ9A 5SV8A 4BQ1A 5FRAA 2CWSA 2XZJA 2A3XA 1ENRA 4U36A 1INFA 1SLBA 3USUA 5GLUA 2R0HA 4BLIA 1WW4A 1Z4XA 3N3HA 1MS3A 1A8DA 1F8BA 4MWQA 1INVA 2YY1A 4KS5A 4XILA 2EF6A 1F9KA 1V2IA 4CPYA 2DTYA 1VAMA 3MW2A 4TYSA 2GMPA 1R1ZA 3AXDA 4YW4A 2DUOA 4CPNA 2LALA 1LOBA 2PHUA 2HTYA 1RINA 1W6NA 4FVVA 5DG2A 2EXJA 3WOGA 1LODA 3RG0A 3LSDA 2DU0A 1QF3A 3JUUA 1W20A 2CL2A 1KJLA 4W65A 5T52A 1NMAN 1QNWA 2ZGTA 4HANA 1MR5A 3AP4A 2WQZC 2PHTA 3M3OA 3O0VA 4FPKA 1KDMA 2A7AA 1INXA 1HLCA 4FPJA 2HTWA 3CNAA 2WJSA 1CESA 2HT8A 1OFSA 2ZMKA 1RIRA 4D69A 4L8QA 4P9YA 1WBLA 3ILFA 1JXNA 1QNYA 4Q1PA 3N7LA 5IK8A 1N1VA 1LULA 1V6KA 3I4IA 4LBJA 3AZZA 3V0BB 4XOGA 4HIZA 5EYYA 3OBTA 1ZM1A 5M1ZA 1DIWA 3VKOA 4BLJA 2X9MA 2ZMNA 3D11A 3T1MA 1INYA 2PELA 1DGLA 5JVVA 1MVQA 1CJPA 1LHVA 3H73A 1JUIA 1VAVA 1V0FA 5HUMA 4FPCA 4GDJA 4R9AA 2DU1A 2QWAA 1AVBA 3D12A 3A0NA 2Z42A 3AJZA 2EAKA 1LOFA 2ES3A 3B9CA 1CIWA 3VKNA 1FV2A 2W38A 5FREA 2FMDA 1ULGA 2P2KA 1AJKA 1QDCA 2XZIA 4NC5A 2E53A 1GYKA 1NCDN 1W0PA 4WEFA 4PF5A 4Q8KA 1LU2A 1AX2A 1UZZA 1EPWA 4FQ4A 3WZ1A 4XYXA 1FNZA 5T55A 2D6KA 5IK7A 3IKWA 1V3DA 2YXSA 2ZB5A 1MZ6A 2DYCA 2WLQA 3A0KA 1SLTA 4GB1A 3ILNA 4GDIA 1H9WA 4YGEA 4M3MA 1PZ7A 1QMJA 1UN1A 2AH2A 3POSA 4FZHA 2VW1A 4CTEA 5CBLA 1LHUA 4FOVA 4FOWA 2CTVA 2ZGRA 4GKXA 1W1XA 5LK5A 3K3AA 2NP0A 3B00A 1G8WA 4U2AA 4GXLA 3TI5A 4H52A 1WD3A 1DQ1A 4KS3A 1CR7A 3WVJA 4CPLA 2YDPA 4AGGA 2WNEA 3MEPA 1FV3A 2BQPA 1YRZA 4LBOA 3APBA 4XHXA 4KS4A 1IS4A 1C1LA 1DYKA 3AYEA 4XJZA 2QWCA 2AGSA 4MWXA 1IVDA 4YZ4A 2QWEA 4FP3A 3FLRA 1GZCA 4CPZA 3AP6A 4YM0A 5KXDA 4FOQA 4K1KA 4NN9A 3WDXA 4XJUA 4DPNA 1ENQA 3M3QA 4PCRA 4PBOA 4FJ6A 2CY6A 4M4UA 4UW6A 3GVKA 2YZ4A 4LBMA 4FPHA 1NSBA 4GZTA 3K36A 3WV6A 7NN9A 4P9WA 3WDUA 1YO8A 4YFZA 1WW6A 4GZQA 4CPOA 5JDBA 2UU8A 3UL2A 4LBQA 1NMCA 1W6QB 5HCFA 4CZSA 2CMLA 5B2DA 1OQ1A 1CPMA 5NN9A 3PVNA 1V3BA 4HZWA 1DFQA 4BM8A 1KQRA 1QGLA 1B9TA 4AVTA 1WW5A 1AF9A 2ZGOA 3WUDA 5F5QA 2QWHA 1L7HA 3R4SA 1SACA 4KS1A 2G4IA 4WV8A 3K39A 1Q8SA 2P3KA 3TI3A 3ZSJA 1A3KA 4TZDA 5E8AA 3O0XA 1Z4VA 1W6QA 1MACA 1N1TA 1GKBA 4MWJA 5HCBA 2SILA 1DQ2A 1V00A 1V6IA 1W6OB 3FLPA 1ULCA 3K37A 3WHUA 2EXIA 2D43A 2HU4A 3VKFC 2UWBA 4KBBA 2D7FA 1QOOA 2WT1A 1QKQA 3M3EA 4GZXA 3TI4A 3D4KA 1V6MA 4YW2A 3WDYA 5GLVA 3WUCA 1A78A 5L73A 4Y22B 2CWMA 2QWJA 2DVGA 3BOPA 2HT5A 2YV8A 1W6OA 1YYNA 4LBLA 1BZWA 3BIWE 5AVAA 4FPOB 1LOGA 3NSSA 4WVVA 3RS6A 4M4VA 2EALA 1LHWA 3SH3A 4HZXA 1NNAA 5H9RA 1URXA 1D0HA 1G86A 4MWYA 2VXRA 3W59A 3H72A 1LEMA 2W68A 2SLIA 3NV3A 4Y20A 1VCJA 2ZMLA 4LBNA 3K38A 4Y22A 2F11A 2R0FA 1H30A 3N7KA 5H9PA 5DG1A 2HU0A 5GJ6A 3ALXA 1FX5A 1CQ9A 2TEPA 2ZKNA 2YA5A 4GJTA 4UW4A 1LGNA 1V3EA 1RITA 3ALWA 2F13A 1MVEA 4UF7A 2F0ZA 1IS3A 2EXKA 3WLUA 1BQPA 1C57A 1W6NB 1VLNA 2ARBA 3VKLA 2W5OA 1IS6A 2ZGNA 3H0OA 2P3JA 5GZEA 5KXBA 4JC1A 2UWAA 2YMZA 5GLZA 5IUQA 3TI8A 2GDFA 1ENSA 5IT6A 1S0DA 2PHXA 4X49A 2V5YA 1L7FA 2W52A 3MPPG 5HX0A 3NWKA 4AYUA 2QWFA 2ENRA 3I8TA 4I30A 3RRDA 2E7QA 1INHA 2OUJA 4FP2A 5DUWA 4UW3A 2A3WA 4BOWA 1ULDA 4P9XA 1Z78A 1LHOA 3A72A 4QN5A 2ZABA 1KJRA 2JE9A 1O4ZA 1Q8VA 2D6LX 2EXHA 1TEIA 1MS9A 3U4XA 1JBCA 1LGCA 4YFWA 2ZGKA 3OY8A 2P3IA 1W8NA 4M00A 2A75A 4B7QA 3WG2A 1ZA4A 4WZFA 3ZPYA 3AFKA 3KQRA 1LOEA 3MW4A 1W6PB 4FPFA 2F24A 5F9TA 4XJ8A 1SLIA 4JF7A 4Q8LA 3LCPA 4C1XA 2DVDA 3SH4A 2ZHLA 1N47A 1MZ5A 2GNDA 1BJIA 4PQ9A 4RA0A 2VSMA 4ZXKA 1GLHA 4BMBA 4ATFA 3CL2A 4XJWA 4Y24A 1Q8PA 2F28A 1W6PA 1Z4YA 4QN4A 3HMYA 4AVVA 2XCYA 5T5PA 4K1YA 1KRIA 2JECA 1CONA 2VVZA 2AR6A 5GZFA 3AYAA 3WDTA 1E8UA 1UAIA 3PVOA 2DVFA 1I3HA 1L7GA 2ZGUA 4R9CA 2PHWA 3POYA 2C4LA 1EUTA 1WLCA 4X4AA 5BYNA 4NCSA 1YIFA 3FUQA 3TICA 1W6MB 1QDOA 4NO4A 2WT0A 3HR9A 2RHPA 5DUVA 3TIAA 4YG6A 1Z50A 4Q6KA 5H9QA 2YA4A 3AZXA 2WSVA 4FQZA 1X50A 3CYEA 1GNZA 2JDZA 3WCRA 1V3CA 2RKCA 5JOWA 1ULEA 2PHRA 1LJ7A 1N3OA 2GN7A 2YDTA 3WG3A 2D44A 1GV9A 1S0CA 1J1TA 4YM1A 1LEDA 4Z8BA 2D6MA 3GVJA 1WW7A 1A14N 3ZSKA 4WA3A 1W6MA 4GWNA 2W20A 1F8DA 2V73A 3POWA 1LESA 1G9FA 1GBGA 1N1YA 3C2UA 3BEQA 4LBQD 1KITA 3IM0A 4YGBA 2CYFA 1OKQA 5IK4A 5JYYA 3RMXA 2ZHKA 2QWGA 1LOCA 5T50A 2ARXA 5DXDA 2OUHA 1LGBA 2C4AA 4YW5A 2D6OX 1G9AA 1BXHA 3PVEA 2XB6C 1NMBN 3ZYRA 4LBKA 2ERFA 1CPNA 2ZGMA 5GALA 2E6VA 3OYWB 3OJBA 4P14A 3NV4A 1MS8A 4LBQB 1W21A 1YXWA 5T5JA 4SLIA 5CAZA 3AXEA 3SNMA 1SCRA 2D6NA 1QOTA 4YLZA 2D3RA 4Y1VA 4XDQA 3TI6A 3V0AA 4YGDA 1C4RA 5CNAA 1AXKA 1AJOA 2A6VA 1S1AA 1USRA 3INBA 1F5FA 3OYWA 1E8TA 3H6JA 1IVFA 5EXOA 2A6YA 3ATGA 3DGTA 3TIBA 1V0ZA 3PMEA 2DVBA 3W09A 3ENRA 5KXCA 1GNHA 1V6NA 4UW5A 2VW2A 3ZXEA 2LTNA 1UKGA 4BPZA 1G9CA 2VH9A 1CVNA 3B3QE 4M4NA 1NCAN 3M2MA 1V6LA 1MWEA 4XJRA 1HKDA 1E8VA 4YM2A 4XZPA 4PBPA 4MZAA 3O0WA 2WKKA 2D6PA 1SCSA 3AK0A 2I2SA 4YW1A 4YGCA 1BJQA 1NSCA 1SBDA 1NN2A 4ASMB 2R1DA 4RL7A 1EURA 2VUAA 3IPVA 4ISQA 4I00A 4IQPA 1DZQA 1FNYA 2ZACA 4K1JA 3OGGA 3OPZA 3NN9A 4M3CB 2HT7A 3W58A 2VY0A 2CNAA 4DGRA 2AEQA 2ZHNA 1SLCA 4Y20B 1JOJA 3AJYA 3QCWA 4OZXA 3WDVA 3HN1A 2OVUA 1S0FA 4AGRA 3AZVA 4XIKA 4FPGA 4XMAA 2EIGA 3GALA 5T5OA 4GALA 5GLWA 3Q9OA 1FATA 1MS0A 3V65A 3D6EA 2A6WA 3AYDA 4WVWA 3T2TA 4K3YA 1IKQA 3N7JA 2R16A 4MWLA 3IMNA 4Y1YA 1Z0HA 2HTVA 4M3CA 3VV1A 1H9PA 2WSUA 1A4QA 3ZXJA 2A6XA 1F31A 1WCSA 1G9BA 1U0AA 2E7TA 4K1HA 4YG3A 3N36A 5T54A 1A4GA 1JYCA 1HDKA 3ZXFA 2AYHA 2NMNA 3AZYA 1O4YA 3DUIA 5KXEA 2F25A 1DQ0A 1I1EA 1PZ9A 1NLSA 1DLLA 4M01A 4YW3A 4QN7A 3CL0A 4B7JA 3ZYPA 1IVGA 2ZA9A 4HZVA 2SIMA 4DQAA 1SBFA 1Q8QA 1JN2P 4GZPA 4Q1RA 4XBLA 1MS4A 5T5LA 1LECA 4DS0A 3PJQA 5DZFA 4K21A 4B7RA 3M1HA 3A71A 2AENA 3FBYA 5GZGA 2FHRA 1DIMA 1WBFA 4YM3A 4H53A 2NYYA 1SNTA 3OY8B 4ZKTB 2BF6A 1S0IA 1EUUA 2W39A 1HQWA 4FPYA 1WD4A 1SFYA 3D5OA 4MWUA 1XQNA 1LU1A 1LENA 2B7YA 1V6JA 2F29A 1V6OA 1VIWB 1G9DA 2A70A 1CN1A 3TAYA 2YA8A 2C5DA 2GMEA 3WNXA 3T1LA 4AGVA 4X47A 3O9JA 4YZ3A 2VWDA 4YZ5A 2HTUA 1SO7A 4FPEA 2F27A 1S0BA 3JU9A 4HZZA 4XHBA 1NCBN 1GSLA 4R9BA 2AREA 3SLIA 1LOFC 5HCAA 1JW6A 4K20A 4Q26A 1B09A 1JYIA 4XTPA 4GZOA 4MWRA 3GNEA 1UMZA 3QLQA 4MZEA 2ZAAA 2ZHMA 4MC7A 5E88A 3ZXKA 2VU9A 1NXD1 2E51A 2OW4A 4XJQA 4DFSA 3UJQA 4YZ1A 3ASIA 5HUGA 2AUYA 2F12A 2GNTA 1USXA 2JD4A 4WA4A 4B7NA 5H9SA 1QU0A 1F8EA 3N35A 1SBEA 1XOGA 2GNBA 4JCKA 5GM0A 1DILA 1INGA 5JOXA 4B7MA 1ONAA 4M3CE 3RMYA 4MJUA 3AP5A 4CRQA 3OBRA 3O5SA 4D8SA 2DURA 1SLAA 4YG0A 4QN3A 2VSKA 1GZ9A 2QWIA 1BYHA 4QN6A 5JOZA 1V0EA 2QWDA 2H0BA 3ZXLA 2DUPA 2DVAA 2F10A 4GZWA 1IVEA 2ZB6A 3BTAA 4CPMA 4QNPA 1GICA 2ZBJA 3CKZA 2NN8A 3R05A 3V0BA 5B2CA 4HL0A 1SLLA 3AYCA 2JE7A 5CA6A 2DTWA 4XJ9A 3SALA 3FUOA 3H71A 3BODA 4C1WA 4M3CF 1WLWA 2XZKA 4WEGA 1B9VA 1NNBA 4Y1UA 2DWRA 3ILRA 4MYEA 3ZVXA 2UWCA 4Q2FA 1AXZA 1LHNA 2NMOA 1AXYA 2VK6A 1LTEA 3FFZA 3N7MA 3B7EA 5JLVA 3VUOA 1IVBA 3A4UA 3NV2A 2SBAA 1APNA 2P37A 5CB7A 3V0AB 2W5NA 2DV9A 4XXPA 2YROA 4Y26A 2C9AA 6NN9A 4YZ2A 3INAA 4XJAA 4XTMA 1DYPA 2BATA 1JHNA 1UX6A 3JU4A 2Q5TA 1Z4WA 5HUKA 5IK5A 4AWDA 2YA7A 4J9TA 1S0GA 1PZ8A 1Q8OA 1VALA 2GMMA 1DBNA 5DUXA 3T1EA 2KM2A 2PHFA 1WLDA 2HYKA 4Y1ZA 1AX1A 4ISRA 1FYUA 4ATEA 3UK9A 2JJ6A 3SH5A 4XBQA 1DHKB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BMEA 1J84A 4CU7A 2YA6A 3RWKX 3DCQA 2RS53 4HN0A 4XBNA 5GZDA 3NV1A 1POV0 2J1SA 4KQ7A 4GKYA 4IE4A 3SISA 3KT4A 5FY8A 3RQ0A 1N3PA 3Q8EA 4RS5B 2FCTA 1YI7A 2VXJA 1JYVA 2GH8A 5DZGA 5EYXA 4D7YA 3ZR5A 1DP0A 1QOSA 1UPSA 2A6ZA 2B39A 4XE9A 2H0VA 4JRAA 2OJHA 3LSEA 4Y1XA 2XBO2 1LR5A 1CRZA 4K1IA 5FCCA 4IV1C 1IQDC 4E4DX 2JG8A 1ZZCA 3WHTA 1XYNA 2X5IA 3AMHA 3HQUA 2DF7A 3V64A 2VCMA 4XDOA 4R9DA 2IATA 2Q1MA 2X09A 2KA3A 2ZGLA 5LRRA 2WT2A 3BVCA 1GANA 1WMDA 4IDZA 1CX4A 4LPLA 4GD4A 1NA1A 3CJXA 3R4UA 4MHUA 3S30A 5C8WA 5HUNA 4Q4X1 3UGGA 2WO7A 1X33A 1AZDA 5LA2A 4H7LA 3LA2A 2HTQA 4Q27A 1HXS2 5JPNB 1B9SA 1L3JA 1RUD3 4CDXA 4XIOA 5BNPA 3VHOA 2XVKA 5FNUA 4HVQA 1OOPC 1ULFA 5J1XA 1ZVFA 5EIYB 4ITCA 1NCQC 1UZVA 5FMBA 4ZHNA 4PI2A 2L9LA 4PLNA 1RUE1 4BB3A 3RZHA 3MF9A 1LNSA 3R0RA 4BQ4A 5FUNA 4C0HA 3POBA 1UZYA 4PJYA 1N6DA 1OI6A 3CDZB 4RSUA 5E16A 4HZYA 1XNKA 1S0JA 2E33A 3GDBA 1OLMA 2A3YA 4IW3A 1OMIA 5FQ0B 2Z32A 2VVEA 2WNVC 1S0EA 3AZWA 1ND2B 3UJOA 1VCUA 1A8MA 2GNMA 2OPWA 2F17A 4N9IA 4ZXEA 3AP7A 1NZIA 1OF3A 3IPVB 4KU7A 4GA9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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