4XE9A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin
Total Genus 191
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 191
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2014-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xe9A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xe9A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xe9A02
3R05A 2F24A 3BOPA 4GZPA 2HTWA 3H71A 2A75A 4I00A 2JJ6A 5GALA 3V65A 4H53A 3UJOA 5M1ZA 1DYPA 3HMYA 4CTEA 1B9TA 3USUA 2ZGRA 2JE7A 5T50A 4BLJA 4YW4A 1F9KA 4AGGA 1LOEA 2WT1A 3RS6A 4ASMB 3TAYA 2A6WA 2V5YA 3WV6A 2EF6A 4Q1RA 3AJZA 4FVKA 1AXZA 4XZPA 4SLIA 3IPVA 2H0BA 3VKNA 2AUYA 3O9KA 2DTYA 4Z8BA 2CWMA 1QU0A 3SANA 2WSVA 4BPZA 4FPGA 3TI8A 1MVQA 2NMNA 2YV8A 2EALA 1KJLA 1A78A 3ALXA 3M3OA 4NC5A 1V3EA 4WV8A 4BOWA 2TEPA 2W68A 4IQPA 3Q9OA 3NN9A 4QN6A 2SBAA 4U36A 1CPMA 5T5LA 3TB0A 1VIWB 3CL0A 1ULEA 1V0FA 1JXNA 1LHUA 1S0JA 1IVGA 4Y24A 1NCDN 1U0AA 4XOGA 4YGBA 4GKXA 4AGVA 3OJBA 2VK6A 2GALA 4K3YA 1AXYA 5T5OA 3RQ0A 1QDOA 3OYWA 3AZYA 1S0FA 1LULA 1S1AA 3FLPA 5T5PA 4XBLA 3HR9A 5EYYA 1CONA 2YA5A 1S0IA 3GVKA 3D5OA 4LBMA 1BJIA 2NZ9A 3ZXJA 4ATFA 1LOGA 4U2AA 3AYCA 2F0ZA 4AVSA 3SH5A 2XB6C 2OUHA 2P34A 3TICA 3FBYA 1LENA 1G86A 1SCRA 1ZA4A 1RIRA 4PBOA 4M01A 4WA3A 5KXDA 4FOWA 4K21A 2C9AA 2AYHA 3CYEA 4RA0A 2V73A 3AP6A 4AVTA 3OBRA 4WVWA 3NV4A 2CTVA 2HTYA 3V0AA 4YFWA 5GZFA 2XZJA 5JMCA 2ZHNA 4GZQA 3AP5A 4WA4A 3APBA 2F28A 1C57A 1SLTA 4P14A 4B7NA 1V0ZA 1SLCA 3IPVB 1XOEA 1MS4A 1O4YA 2SILA 1D2SA 2DWRA 3POWA 4WZFA 4FOYA 2R16A 4P9XA 3I8TA 3N7MA 3AP4A 4H52A 1NLSA 4HZVA 2R0HA 4MWVA 3AZVA 2G4IA 3AP9A 2XZIA 5E88A 2W38A 1J1TA 2EXKA 1MS8A 3BTAA 1W6OA 1ZM1A 1WW7A 3UK9A 1S0CA 2UU8A 2D6LX 2GNDA 1UN1A 1GYKA 1QMJA 2D7FA 3OGGA 3N7KA 3TIBA 1MS3A 1WCQA 1G9CA 2WSUA 1NXD1 3OYWB 2GNMA 3DUIA 1ENQA 1GBGA 4D69A 3B01A 1RINA 3K38A 3N36A 2WKKA 2PELA 3M3EA 2HTRA 3BEQA 1F8BA 2DU0A 1N1SA 5IUQA 1V3BA 3SNMA 1GSLA 1Z4YA 1QNYA 2ZB6A 1SLBA 3VKOA 3H72A 1F8CA 4WEGA 3I4IA 2NP0A 1FV2A 1KITA 2A6YA 1IVDA 1E8TA 3N7LA 4K1ZA 1W1XA 1A4GA 5T5JA 1BKZA 5HCAA 5DZEA 1V2IA 2VW2A 3WDVA 3IKWA 2A6ZA 5IT6A 1FAYA 3SISA 4XJUA 3NV3A 4LBLA 3PVOA 4FP3A 1ULFA 4MWLA 2R1DA 2ZHMA 3A71A 1YI7A 2AR6A 3AYEA 3POSA 1MWEA 2ZBJA 5SV8A 3ZYRA 5DUUA 1W6QA 4MYEA 3AYAA 3MW3A 3AZZA 2A3WA 5JLVA 2P37A 2GN7A 2AEQA 4YW5A 2E6VA 2VW0A 4JC1A 3ZSKA 3A72A 1WLCA 4R9CA 1YRZA 4YZ2A 3ZSMA 1LECA 3MW2A 3ZXKA 2W5NA 1CIWA 1W6NA 4XBQA 2W20A 1VAVA 2ZGSA 5KXBA 3ZSLA 3KM5A 2QWFA 2NM1A 4NOTA 1N1TA 1W20A 3T1EA 1NMAN 2A3YA 1IS3A 1UKGA 5CB7A 3VV1A 1INFA 1E8VA 1BXHA 2D6PA 2NN8A 4XHXA 4FPLA 1V6IA 2ES3A 3NV1A 4JRAA 5JOWA 2AGSA 4I30A 4FPYA 2P3JA 1INGA 1CESA 2FMDA 4XXAA 1FYUA 1S0BA 1YXWA 1V6JA 5H9QA 4FP2A 1GZWA 5B2DA 3RMXA 3TI4A 1UL9A 3QLQA 4Y22A 4WVVA 3TI3A 4XJZA 4XJ9A 4CPNA 1V0EA 1C4RA 2A5ZA 5DUVA 3K36A 4DFSA 2UURA 2VK7A 4J9TA 2JKBA 1FNYA 2GMMA 4B7MA 1GANA 2PHRA 5DUXA 2D3PA 1G9DA 1CN1A 4YZ1A 1DQ0A 4X6KA 4TZDA 1USXA 3V0BA 4FJ6A 4YM0A 1V3DA 1WD4A 4H55A 4Y1ZA 7NN9A 1I3HA 1C1FA 2DVAA 2WT2A 2YA8A 1LOBA 3CNAA 1IS6A 1B09A 4GDJA 1MVEA 3RRDA 1H30A 2ZGMA 5CBLA 4HZXA 1W6QB 4MWJA 1VLNA 3DGTA 3WZ1A 1IVBA 2CL2A 1S0DA 1VCUA 4CPOA 3SILA 4NO4A 3WDUA 4HL0A 1WD3A 5IK4A 3M1HA 2E51A 1QOTA 4QN7A 3AYDA 5HX0A 1W6NB 1SBDA 5NN9A 3NWKA 3WUDA 1SLAA 1KDKA 3N35A 1INYA 1GZCA 1ULDA 2ZHKA 4MWWA 1DBNA 3H0OA 3WCSA 5F9TA 1GNZA 4D8SA 1A8DA 3BODA 4XTMA 3T1MA 4YGEA 2YY1A 4WA5A 2QWBA 1N1VA 1QNWA 4LBJA 4PQ9A 1SFYA 4F83A 4YW1A 4FPEA 1NNCA 1URXA 4GKYA 3WUCA 1G9AA 4MWRA 4YFZA 2ZGTA 3AJYA 1DZQA 2SLIA 5B2CA 4ZKTB 1NMBN 3O0VA 1GZWB 4UF7A 3UJQA 2P3IA 2NMOA 1GLHA 4Y22B 4OZXA 1NSCA 2C5DA 2W52A 1EUSA 3B9CA 1JOJA 5H9PA 4DS0A 1WBLA 2ZGKA 5JOYA 5T54A 1QF3A 3INBA 5GM0A 1W0OA 3PVEA 3V0BB 1QGLA 3VUOA 1EPWA 4UW4A 2ZGNA 3U4XA 1SLLA 2DVFA 2WT0A 2VK5A 1BZWA 1DLLA 2DU1A 4UW3A 2F27A 3QCWA 4FPJA 4LBNA 2ZAAA 1GZ9A 3MPPG 1N47A 2YDPA 3ZXFA 1MS9A 1LOFA 1DFQA 4HIZA 2BQPA 4XDQA 2I2SA 4GJTA 1G8WA 4BQ1A 3AP7A 3VKMA 2VUAA 3L2YA 3WLUA 4M4UA 2AEPA 1SBEA 4B7QA 4GALA 4FQ4A 2D6KA 1E8UA 4YZ5A 2PHXA 1SACA 1CJPA 2DUQA 1DGLA 1WUVA 1IS5A 1H9WA 1JHNA 5T55A 4XILA 1Q8PA 2AREA 2DYCA 3UL2A 4YW3A 3FUQA 1KJRA 3GALA 1A4QA 1SCSA 2D3SA 3OY8A 2YMZA 2F26A 5DZGA 3R4UA 2A71A 4BLIA 2A6VA 2F12A 4DQAA 3WG2A 4X47A 2RHPA 3LCPA 2QWGA 4LBQA 3K3AA 2BERA 1AX1A 4BBWA 2GMEA 5EYXA 1AVBA 4FPCA 2WQZC 4QN3A 2ENRA 1Z4XA 2CWSA 1UPSA 4DRVA 3AZXA 2XG3A 1Q8VA 2ZACA 3SITA 1Z4VA 1HQLA 3D4KA 4M4NA 1WW4A 2OVUA 4BM8A 2VSKA 4CRQA 4MWYA 1SO7A 2HT8A 3TI5A 3LSEA 3ILRA 1HDKA 4ITCA 1N3OA 1EUUA 3W58A 1UZYA 5L73A 1V6KA 1Y7BA 4K20A 1USRA 5EWSA 3M2MA 1MS5A 2HT7A 2R1BA 2ZMLA 4XJAA 1L7FA 4ATEA 5DUWA 1XQNA 1S0GA 4YZ4A 4YGDA 1DIMA 2QWJA 1ENSA 1UMZA 4ZXKA 3FUOA 3O0WA 1ENRA 3JUUA 4Y1YA 1OFSA 3KQRA 4QN5A 4CZSA 1W21A 1LCLA 4AGRA 2A70A 1EURA 1JW6A 5IK5A 4FOQA 1WW6A 4MJVA 5GLWA 1CVNA 2ZGQA 1PZ8A 1IKPA 3B7EA 4JCKA 1LJ7A 1X50A 2EAKA 1I1EA 1INXA 3WVJA 3D11A 1KRIA 2EXHA 5GZGA 2F11A 1RITA 5HUGA 4M3CF 1A3KA 3IN9A 3OPZA 3D12A 2W5OA 4K1KA 1YYNA 5CAZA 4L8QA 4YM2A 1W6PA 3OY8B 4XXPA 1Z4ZA 3GVLA 3C2UA 4XMIA 5DZFA 6NN9A 3SLIA 2LALA 4ISRA 3O0XA 2DVBA 4MZEA 4LBQB 1HLCA 1W8OA 1C1LA 2QWAA 1V00A 2EIGA 3WG1A 1MZ6A 4C1WA 1AJKA 1WLDA 4CPZA 3A0KA 1IVFA 2D6OX 2YA4A 3T1LA 2LTNA 3ILNA 3JU9A 2PHWA 3IMNA 4XMAA 1DQ2A 1W0PA 1CQ9A 2W39A 1SNTA 4Q1PA 3GNEA 4Q26A 5FRAA 2A3XA 1MS1A 1V6LA 3PMEA 3WHTA 1H9PA 3B00A 1GV9A 3SH4A 4B7JA 2C4AA 2QWHA 4DGRA 1WLWA 1LTEA 3FLRA 1LHWA 2ZKNA 4W65A 3ATGA 3T2TA 4XJ8A 5GLVA 2W08A 4XHBA 3RG0A 2KM2A 1NSDA 1LU1A 1KQRA 3O12A 4Q8LA 4GZSA 2ZGOA 4NN9A 3OBTA 2YROA 2D3RA 3A4UA 4XJWA 4YZ3A 1V6OA 2GNBA 1O4ZA 4C1XA 1AF9A 3AXDA 1JN2P 1INWA 2WJSA 2OUJA 2D44A 5HUKA 5JYYA 4GXLA 4K1YA 1LHNA 2AENA 3ILFA 1G9FA 1S0EA 4YW2A 1V6NA 1ULCA 1ONAA 2HU0A 1IVEA 4HZYA 2OW4A 2RKCA 4NCSA 4B7RA 2QWEA 1Z78A 4GB1A 1JYCA 1W6PB 4YM1A 3O5SA 4YG6A 1YIFA 1DQ1A 1LHVA 4Q6KA 2E7TA 4UW6A 4Y20A 1AXKA 2EXIA 1JBCA 2YDTA 4XYXA 1PZ7A 3WG3A 4KS1A 5CA6A 5F5QA 1FATA 1AX2A 4PF5A 4MC7A 4Y26A 5E89A 1GKBA 1DQ4A 1NCBN 2GN3A 4FPHA 3V64A 2JDZA 2ERFA 1QOSA 1UZZA 1DQ6A 2BZDA 4JF7A 1INHA 2VW1A 2A6XA 4GA9A 2DUOA 5BYNA 2VSMA 4X49A 1SBFA 1AZDA 4FPFA 3WOGA 3WDXA 4P9YA 1NSBA 4XIOA 1NCCN 2R49A 2F29A 2UWCA 4Q8KA 4R9DA 5GZCA 4KS3A 5H9SA 4AVVA 1NMCA 1D0HA 1V6MA 1KDMA 1G7YA 4UW5A 1LEDA 2JD4A 5T52A 5FREA 1Q56A 2ZMKA 1F31A 4YGCA 4QN4A 4XBNA 1WW5A 2ZABA 3MW4A 2GDFA 1LOCA 3WCRA 1SLIA 5GLTA 3ALWA 4BMEA 1Q8OA 3MEPA 4KS4A 4MWUA 3W59A 4M4VA 3H6JA 4LBQD 1W6MA 3B69A 2VWDA 1NCAN 1L7HA 1VAMA 2PHFA 5JOXA 3K37A 2AH2A 3AX4A 2WLQA 4R9BA 1LGCA 2HTVA 5JOZA 5GZDA 2XZKA 4Y1UA 1F8DA 1A14N 1UAIA 1LODA 1UX6A 5DXDA 4LBOA 1B9SA 1L7GA 1CPNA 4Y1VA 1F5FA 4BMBA 4Q27A 1QOOA 2B7YA 4Y20B 4M3CA 3M3CA 3ZSJA 4DPNA 3USUB 2HU4A 2GMPA 4GZOA 2F13A 2YA6A 3O9JA 1G9BA 3FFZA 1VCJA 3NSSA 5H9RA 4GZTA 4FZHA 1IKQA 3FLTA 2ZHLA 3WHUA 5GLZA 1Q8QA 1LHOA 4K1HA 2DVDA 4RL7A 4MWQA 1N3QA 2D43A 1CR7A 3JU4A 4KS2A 3ZVXA 5HCFA 4FPOB 1MR5A 1DYKA 2NYYA 1Q8SA 1YO8A 2QWKA 4M3CE 4HZZA 1IOAA 3WDWA 3ZXLA 5IK8A 2YXSA 1NN2A 4CPMA 3VKLA 3PVNA 1F8EA 3INAA 4DRRA 1Z50A 3ENRA 3ZYPA 1DILA 2DVGA 1BJQA 5DG1A 1AJOA 2B8HA 2HT5A 4MX0A 4GDIA 1MZ5A 1HKDA 5EXOA 2ZGUA 4YM3A 4WEFA 1R1ZA 3M3QA 1LESA 3AZWA 2P3KA 4PBPA 4YG0A 4LBKA 3B3QE 3LSDA 4MZAA 3HN1A 5HCBA 3GVJA 4FQZA 1DIWA 3D6EA 2P2KA 2ZZJA 5AVAA 1TEIA 2ZA9A 4PCRA 1AX0A 4ISQA 4TYSA 5E8AA 1GICA 4CPLA 2EXJA 2UWAA 2F25A 3CL2A 2C4LA 2CNAA 1W6MB 2QWDA 2D6MA 1Z4WA 3A0NA 1VALA 1XOGA 1IVCA 4KS5A 2VY0A 2VU9A 4GEZA 4M3MA 4FVVA 3AK0A 5CNAA 3IM0A 2ZGLA 2D6NA 4FPKA 4K1IA 4KBBA 2PHUA 2CMLA 4CPYA 2DUPA 3POYA 4M3CB 3V0AB 4MWXA 2ARXA 4GZWA 2DTWA 1NNAA 4AWDA 5HUNA 4P9WA 3R4SA 2CYFA 1MACA 2HYKA 4YLZA 4MJUA 4XTPA 1BYHA 3WDYA 4HANA 1QKQA 3AXEA 3TIAA 3WNXA 4X4AA 5HUMA 5KXCA 1Z0HA 3N3HA 5GZEA 1N1YA 2WNEA 4K1JA 1DHKB 3ZXEA 3AFKA 2HTQA 1NNBA 1PZ9A 2XCYA 5JVVA 4R9AA 3WDTA 1OQ1A 2VXRA 1LEMA 1FV3A 2F10A 1INVA 1IS4A 2ZMNA 3N7JA 3ZPYA 2E53A 2BF6A 3BIWE 1WBFA 2Q5TA 2X9MA 4XIKA 1GNHA 1HQWA 1W6OB 4Y1XA 3VKFC 3W09A 2ZGPA 2ZB5A 1QDCA 2QWIA 2SIMA 3H73A 5GLUA 2JECA 2UWBA 1MS0A 4XJQA 3K39A 2YZ4A 1ULGA 2DV9A 5JDBA 2R0FA 5LK5A 4GWNA 2CY6A 4GZXA 3SH3A 1JYIA 3NV2A 2YA7A 1JUIA 5KXEA 1N3PA 4Q2FA 2PHTA 2DURA 2QWCA 4GWMA 2VH9A 3RSJA 1LOAA 1APNA 4QNPA 2BATA 1FX5A 4FOVA 2GNTA 3SALA 3CKZA 2HTUA 2A7AA 4M00A 2VVZA 5IK7A 1LGNA 2FHRA 3TI6A 1LU2A 1OKQA 4HZWA 2Z42A 1WCSA 3ASIA 4XJRA 2JE9A 5GJ6A 4AYUA 3WG4A 1LGBA 1LOFC 1W8NA 4YG3A 1FNZA 5DG2A 3PJQA 1B9VA 1EUTA 2E7QA 1BQPA 1DQ5A 4XE9A 3RMYA 1V3CA 2ARBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3R05A 5ERLA 4Q4X1 2F24A 5BNNB 1H2LA 3BOPA 4GZPA 4AGTA 1PO11 2HTWA 5IWFA 2XJUA 3H71A 2A75A 2HEYF 5FZ1A 2Q1MA 1VBC1 5A32A 4I00A 2JJ6A 5GALA 5A3TA 3V65A 3K4DA 4H53A 2E32A 2YBKA 4I09A 1PO23 4LA2A 1XJAA 3UJOA 5IFTA 1CVMA 1DYPA 5M1ZA 1H4HA 3HMYA 4CTEA 1ZRIA 5A1LA 1SQ4A 3AB0A 4Q4W3 5L19A 2ADEA 1B9TA 3K4ZA 1UWWA 5I0UA 2C4XA 2OXBA 5LBCA 3USUA 1OXCA 5GX1A 2C0ZA 2P6HA 4N53B 3SCGA 2IAVA 2WC2A 3MV11 5LRRA 5A3OA 3BALA 3KYAA 1HJFA 2JE7A 2ZGRA 5T50A 4L7CA 2RJ2A 4BLJA 4YW4A 1F9KA 2HWC1 4C8DA 4NROA 1XOYA 4AGGA 1W28A 1LOEA 2WT1A 3GBGA 3RS6A 4ASMB 1EAH1 1LKNA 1HN1A 4QGLA 3TAYA 3UNPA 2A6WA 2V5YA 3U75A 3WV6A 2EF6A 4Q1RA 3AJZA 4IGOA 3BB6A 4FVKA 3BTZA 4LA3A 3F95A 1AXZA 2GH8A 4XZPA 4PLOA 5CFDB 2W0XA 4SLIA 1MQTB 1ULOA 2PAEA 5F2SA 3IPVA 1LB2A 2P4OA 1YIPA 3WR0A 3ORJA 1KFXL 2H0BA 2O8OA 2QVSB 2R073 3VKNA 1DGRN 1E57A 2AUYA 3O9KA 1J58A 2XLGA 3ROUA 2DTYA 4CP9B 5BNPC 3VNHA 2AEZA 1W8UA 1W99A 4LIUA 4Z8BA 3FBMA 2XVKA 2XJPA 3MBWA 4WM8C 4B1LA 4EROA 2CWMA 1QU0A 1UXXX 3SANA 2WSVA 2Q1FA 4Q4V3 5CYYA 1ZNPA 4BPZA 4FPGA 5A70A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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