4XHBA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with pentanediol and ches
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain atcc baa-334 / tigr4)
total genus 194
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xhbA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xhbA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xhbA02
1W1XA 2VUAA 2P3IA 1JYIA 2VK5A 4WEGA 1V00A 2D6MA 1QDCA 3K36A 4DQAA 1VAMA 3M3EA 3ALXA 2EAKA 2A75A 1HQWA 5KXCA 5IK8A 2F12A 3TI3A 3WDXA 1HKDA 1C4RA 2YA4A 4XJRA 1KJRA 4TZDA 3I4IA 3O9KA 4NCSA 3WDVA 3IKWA 3AP5A 2A5ZA 1PZ7A 5HCBA 1BKZA 1GV9A 1NSCA 3AZZA 1MR5A 1Y7BA 2I2SA 4NC5A 2W5OA 1F8CA 1YO8A 2H0BA 3K37A 4XYXA 3NV1A 3OY8B 2EXKA 2F13A 4M3CF 4QN4A 4F83A 4YW5A 4Y1XA 1WBLA 3WUCA 4ATEA 3AZXA 2B8HA 3WVJA 5GZCA 1W6OB 4YZ5A 4JCKA 2ZGTA 2AYHA 2D3RA 3ZSKA 2YA8A 1S0CA 1YRZA 1Z4WA 1EUUA 4Q27A 3AYEA 4AGVA 4K1JA 2VVZA 1V6MA 5GZGA 4LBOA 4Q8LA 1DQ4A 5E89A 2YROA 4M00A 4Y22B 5KXDA 1EPWA 4YZ4A 3A0NA 4XE9A 1YIFA 2D6KA 4DRVA 3M3OA 1GICA 3B7EA 1L7HA 5GLZA 2QWBA 3FLPA 2QWHA 4YZ2A 3JUUA 2A6WA 4XXPA 4GZQA 1N1YA 5DUUA 3O0WA 3TI4A 2GMEA 3WZ1A 1INVA 3WG2A 4Y1YA 2NN8A 3BODA 3N7KA 4YW2A 2A6ZA 3T1MA 2HTQA 3Q9OA 1SLLA 2SIMA 5JVVA 4CTEA 1GSLA 1A14N 2DTWA 1GYKA 1RIRA 1Z4VA 1L7GA 4XMIA 3WUDA 1Q8QA 1WBFA 4LBKA 1DQ5A 1W6QA 2AR6A 3CYEA 5F5QA 2DURA 5GLTA 3WDYA 4B7JA 2PHFA 3QLQA 3TIBA 2JKBA 1HQLA 2GNDA 2SBAA 4KBBA 4UW4A 1H30A 3GVKA 4YM0A 1FNYA 2F27A 5T50A 4GZWA 4JC1A 1OQ1A 3ZYRA 4C1WA 2ZAAA 4HL0A 3WCRA 2VSKA 3V65A 4DGRA 2JE7A 4FPLA 2ZHLA 3AK0A 4M4NA 1FV3A 3UK9A 1RITA 2A3YA 4Y1ZA 2P3JA 3R05A 1WW6A 3B01A 4PBPA 5HUKA 4DRRA 2EXIA 3ZSLA 4GJTA 2PHUA 5GZFA 5H9RA 4FPYA 3WG4A 3ILRA 4YM2A 1C57A 5DZEA 1INXA 4HZXA 5B2CA 5DG2A 2KM2A 1CONA 2HT7A 1JXNA 4ZXKA 3H71A 2VU9A 1V3CA 1ULCA 1F31A 2C5DA 4HANA 4C1XA 2DVGA 2NZ9A 4PBOA 5CAZA 1SLAA 2ARXA 1LOCA 1BJIA 4Y26A 1ENRA 1LGBA 2BZDA 3USUA 4BLJA 1JBCA 3MEPA 4R9BA 5L73A 3IPVA 1AJOA 3INBA 1E8TA 1SLTA 2WNEA 4KS3A 4M01A 3AYCA 3ZXLA 2PHRA 1V0FA 4FP2A 4FQ4A 2A6VA 7NN9A 2Q5TA 3ZXJA 4HIZA 5H9PA 1MS3A 4MWYA 3NSSA 4B7MA 2CYFA 1USRA 1SBDA 2QWEA 5GLVA 4Q6KA 5HCAA 1NLSA 5T52A 4Z8BA 4XHXA 3W58A 1GKBA 3AX4A 4MWQA 2QWCA 1S0EA 4CPMA 1SCSA 2HU4A 1U0AA 1LHNA 2PHXA 4LBNA 5T5OA 1LENA 4P9XA 2ZB6A 3ZVXA 2ZMLA 3IN9A 4GKYA 1W6NB 5EYYA 1XOEA 1S0IA 3OGGA 2ZMNA 4XOGA 4BMEA 4UF7A 1ENQA 1UZYA 2YA7A 2A6YA 3RMXA 2R49A 1IVBA 1ENSA 1Q8VA 2R16A 4LBQA 1G8WA 4M3CA 5CB7A 1XOGA 4KS4A 4GALA 1MS0A 5GJ6A 5T5LA 2W5NA 1GZ9A 5GM0A 3A4UA 2V73A 2FMDA 4Q8KA 4QN6A 1NMAN 1V2IA 1AX2A 4YW1A 3D4KA 4YLZA 2OUJA 4WA4A 4SLIA 3D5OA 1W8OA 4U36A 4XIOA 1IVCA 1USXA 2WSUA 1BQPA 4KS1A 1DIWA 2EALA 1CQ9A 4YFZA 5IK5A 4GWNA 3AYAA 3POSA 5DZFA 3FUQA 1APNA 1AF9A 4Y20B 1V0EA 4FOWA 3LSDA 1GZWA 2NP0A 1NNCA 3ILFA 3WV6A 2ENRA 3FBYA 4FVVA 1MVEA 2HT5A 1SLIA 4Q26A 2HU0A 2ZACA 2SLIA 3OYWB 5CNAA 3FLTA 1NCCN 4YGEA 3WLUA 1ULFA 2GMPA 2UWBA 1NSBA 3M3CA 1LECA 2TEPA 3DUIA 3RMYA 5T5PA 1UX6A 2VH9A 5IUQA 2CWSA 1QF3A 3ALWA 1LOAA 3CL2A 3TI5A 3V0BA 1DLLA 3WOGA 1V3EA 5HUNA 1QMJA 4QN7A 2XZKA 1WLWA 3ZPYA 3GVJA 1KJLA 2ZHNA 2ZABA 3BTAA 1FAYA 4XJ9A 1F8DA 4XJ8A 1SO7A 2DU0A 3ILNA 5GZDA 3B3QE 2ZB5A 1EUTA 1E8UA 4XJWA 3POYA 3PMEA 1G9CA 1N1VA 1JUIA 4YG6A 1DQ0A 1G9FA 1LTEA 2F10A 1FYUA 2VXRA 3ZXFA 2CWMA 1SBEA 4GWMA 3VUOA 3FUOA 3A72A 2DVDA 3C2UA 1LODA 1UAIA 4PQ9A 1Z4ZA 2C4LA 1CN1A 1BXHA 1DHKB 4WZFA 1QOTA 2E7QA 2F24A 2DUPA 2D44A 2GMMA 2YV8A 2VW2A 4WEFA 2D6LX 3PVOA 4YG0A 2QWFA 2DV9A 2VK7A 4FJ6A 4HZVA 1CPNA 4ISRA 4OZXA 1LOGA 3MPPG 4NN9A 5T55A 3WG1A 1DYKA 3POWA 1Q8OA 2WQZC 2YXSA 3VV1A 1Q8SA 2PHWA 5JDBA 3JU9A 4FP3A 3V0AA 4FPEA 4WVVA 3IMNA 1NMBN 2D3PA 2OW4A 2D6PA 4MWLA 4FPCA 1N47A 2WJSA 1ONAA 1C1LA 4MJVA 1MZ6A 2VW1A 2JECA 1ULGA 1O4YA 1BZWA 4K1KA 3NN9A 1F9KA 5FRAA 3N3HA 1KDKA 1S0FA 2XZJA 4M3CE 1IKQA 4CPNA 2DVAA 1MS4A 4CZSA 4HZWA 5IK7A 5EXOA 3WDUA 3TI8A 4AVSA 5JOYA 1QDOA 5IT6A 3LCPA 1IS6A 2YZ4A 3WG3A 4L8QA 3BEQA 3WHTA 1WCSA 2GDFA 1FV2A 1VIWB 2ES3A 1N1TA 5KXBA 5T54A 2UWCA 5JYYA 1CJPA 1DQ6A 5E8AA 2ZGRA 1QNYA 2ZGSA 1JHNA 2ZGUA 2R0FA 3N35A 4FVKA 1SBFA 3CKZA 2GALA 1W0PA 4K3YA 3OPZA 3FFZA 3RS6A 4R9DA 2HYKA 4CPYA 3K38A 3OY8A 4LBQB 5HCFA 3AXDA 1EURA 2JD4A 2QWKA 2ZHKA 1OKQA 1SLBA 2XG3A 1NN2A 3WCSA 2YDTA 4UW6A 2WLQA 3TIAA 1W6OA 1SNTA 2NYYA 2A71A 3ZXEA 4XHBA 3SISA 4X6KA 4M4VA 1V6JA 4FOQA 3SLIA 4LBQD 1WW4A 4XJUA 1ULEA 1O4ZA 2E51A 4BOWA 2HT8A 3SALA 3NWKA 3AP9A 3WNXA 3O9JA 1A3KA 5DXDA 1I1EA 4Y22A 3SH4A 4AWDA 3UJOA 1FNZA 4K21A 1WW5A 3RSJA 2W68A 1G7YA 3M3QA 1LOEA 4K1IA 4XIKA 2A3XA 2EXJA 2F29A 4WV8A 1KRIA 3B9CA 3OJBA 4AGRA 2WSVA 4RA0A 3AP6A 2BERA 1LHVA 1JW6A 4XMAA 1CIWA 4P9WA 1SLCA 2F11A 1WD4A 2XB6C 3W09A 4Y24A 1LHWA 4YG3A 4XJQA 4GZXA 1VCJA 4GZTA 1B9TA 3NV4A 4FPJA 2P34A 1LU1A 4Q2FA 4JRAA 1V0ZA 5E88A 2CTVA 3AXEA 1RINA 1W6MB 3TI6A 3O12A 1MS5A 1QU0A 4K1ZA 1LOBA 3ATGA 2P3KA 1E8VA 1ZA4A 1CESA 3N7MA 4GKXA 2D7FA 4RL7A 2UURA 3GALA 1MVQA 1YYNA 1Z4XA 4KS5A 3R4UA 4YZ3A 3ZYPA 2EXHA 2ERFA 2JE9A 5EWSA 6NN9A 3RRDA 2RHPA 2GN7A 1DQ2A 1AJKA 2VK6A 4B7RA 1V6KA 4X4AA 2GNMA 3NV3A 1INHA 2AUYA 4D69A 1GLHA 1KQRA 4XTPA 1AVBA 1MWEA 2DWRA 4AVVA 2HTVA 2ZBJA 4CRQA 2QWGA 2JJ6A 2A70A 3KM5A 4XBQA 3PJQA 5FREA 1G9BA 4BLIA 2AENA 1HDKA 2YA5A 1SACA 4GEZA 2GN3A 1QNWA 1INGA 1DBNA 3MW2A 1GZCA 5DZGA 3R4SA 3D11A 3A0KA 2AEPA 1IVDA 2DTYA 3VKNA 5JLVA 5IK4A 1H9WA 3CNAA 1X50A 5BYNA 3AZVA 2QWDA 2E53A 4XJZA 1QOSA 3RQ0A 1FATA 3O0XA 3DGTA 4GXLA 1L7FA 1Z50A 4WA3A 4AVTA 1JYCA 4BMBA 1GNZA 2QWIA 1DZQA 2LALA 5DG1A 2HTRA 1B9VA 2W39A 2WT1A 4AGGA 4MZEA 2DVFA 4MWXA 5AVAA 4GDIA 4FQZA 4XJAA 4NOTA 2AH2A 4B7NA 4FPKA 5NN9A 1LHUA 4XBNA 1AXKA 4P14A 3SANA 5B2DA 2R1BA 4MWVA 3JU4A 4FPOB 1A8DA 3H0OA 1LGCA 4R9CA 1W6QB 2C4AA 2A7AA 3AZYA 1W6NA 1NCDN 4MWJA 4X49A 3ENRA 4WA5A 1IVGA 1NNBA 2QWJA 3K39A 3HMYA 2DYCA 1S0JA 4QNPA 1SFYA 4GA9A 1MS8A 1S1AA 5SV8A 3TAYA 2VW0A 3H6JA 3AP4A 1CVNA 1D2SA 3SITA 4X47A 1TEIA 3APBA 1Z4YA 4MWUA 1UL9A 3RG0A 4HZZA 2CY6A 4MYEA 2F28A 2F26A 3TB0A 2PELA 2E6VA 2XZIA 1WW7A 2CNAA 1MACA 2D3SA 3H72A 1Z0HA 4K1YA 1V6NA 1XQNA 4U2AA 4MJUA 3BIWE 4GDJA 5EYXA 1W6PA 1DYPA 2W38A 3D6EA 2AEQA 3GNEA 2UU8A 1F5FA 3B00A 1GNHA 1URXA 2NMOA 1UPSA 1I3HA 3GVLA 3T2TA 2XCYA 4Y1VA 1NMCA 2SILA 2VY0A 2B7YA 2JDZA 3HN1A 5LK5A 4H55A 5GLUA 1V3DA 2DU1A 2R0HA 2YMZA 2QWAA 1CR7A 1UN1A 1MZ5A 4JF7A 3K3AA 3B69A 4Y20A 2YDPA 1LHOA 2EF6A 1LGNA 4QN3A 3USUB 3MW4A 4YW3A 1D0HA 3IPVB 4K20A 5JMCA 3SNMA 3M2MA 1JOJA 2OVUA 3AJYA 1GANA 3OYWA 5JOXA 1WLDA 4YFWA 1NNAA 4GZOA 1G86A 2A3WA 2EIGA 5HUGA 4QN5A 4I30A 1INFA 2DUOA 4YM1A 1W0OA 3AP7A 3N36A 1SCRA 3I8TA 5F9TA 2W08A 2VSMA 1LESA 4YGBA 4Q1PA 2F0ZA 1AXZA 4HZYA 1WD3A 2ZKNA 2Z42A 1KITA 4M4UA 2V5YA 4CPOA 2ZGNA 4J9TA 2CL2A 2ZGPA 1FX5A 4XDQA 4FPFA 3D12A 3AYDA 1PZ8A 3W59A 1C1FA 1KDMA 1NXD1 4XBLA 2FHRA 3PVNA 4P9YA 4M3CB 3N7LA 4B7QA 4DFSA 4W65A 4MZAA 3QCWA 2D6OX 1LOFC 1UMZA 1B9SA 4FOVA 1LU2A 2YY1A 2NMNA 1S0GA 5CBLA 1A78A 3WDWA 4LBLA 1F8BA 4AYUA 2ZMKA 1INYA 1OFSA 2F25A 1INWA 4GZSA 4LBJA 4BM8A 1VCUA 2D43A 3AZWA 3TICA 2ZGLA 1W20A 1AXYA 3H73A 1V6IA 2VWDA 2OUHA 1V6OA 2UWAA 4MX0A 4YW4A 4UW3A 2ZGMA 5CA6A 1N3PA 4LBMA 4FOYA 2GNBA 4YM3A 5JOWA 1H9PA 4R9AA 1ULDA 1NCAN 4MWRA 2W52A 2HTWA 3VKOA 2P37A 1IS4A 4K1HA 5M1ZA 1HLCA 1LEMA 1VALA 1CPMA 1N3OA 4XXAA 1IOAA 2RKCA 1LJ7A 1IS5A 4TYSA 4CPZA 1GZWB 2ZGQA 1IKPA 3AJZA 2A6XA 5H9SA 4MC7A 3CL0A 1W21A 3ASIA 1BJQA 3O0VA 3VKFC 3BOPA 1S0BA 1S0DA 2PHTA 2WT2A 5HUMA 3OBTA 4BBWA 4YZ1A 4WVWA 5GZEA 4NO4A 1N3QA 1N1SA 2HTUA 4ATFA 1G9AA 4IQPA 2BF6A 3VKMA 1IVEA 2DVBA 3V64A 2GNTA 3AFKA 3O5SA 3UJQA 2ZA9A 2WKKA 1Q8PA 4DPNA 5DUXA 4ISQA 3V0BB 4MWWA 1WLCA 5GLWA 3T1LA 1DIMA 4UW5A 1UKGA 4DS0A 1V6LA 1AZDA 3ZXKA 3U4XA 1Q56A 1W8NA 3INAA 5DUWA 1MS9A 4GZPA 1QKQA 1J1TA 3N7JA 1EUSA 4XILA 2LTNA 4BQ1A 2X9MA 4Q1RA 1IS3A 4ITCA 2C9AA 2ZZJA 4XTMA 4H52A 4YGCA 2CMLA 1QOOA 2WT0A 3T1EA 1YI7A 1A4QA 4CPLA 2E7TA 4H53A 1NCBN 2W20A 3ZSMA 2BQPA 2ARBA 2ZGKA 5H9QA 1DFQA 3UL2A 1QGLA 4Y1UA 3SH3A 1AX1A 1W6PB 1V3BA 2AGSA 3NV2A 1WUVA 1WCQA 1F8EA 2P2KA 1DGLA 4YGDA 1LCLA 1JN2P 2G4IA 4I00A 3SH5A 2HTYA 4ZKTB 3OBRA 1BYHA 3M1HA 2AREA 5T5JA 3MW3A 4ASMB 1GBGA 4D8SA 4M3MA 4FPGA 1R1ZA 1PZ9A 3L2YA 2DUQA 2D6NA 5HX0A 1ZM1A 1VLNA 3V0AB 2ZGOA 5DUVA 1DQ1A 3SILA 3A71A 1A4GA 1IVFA 1LOFA 3WHUA 5KXEA 3ZSJA 1B09A 4KS2A 2NM1A 5JOZA 1VAVA 3IM0A 3FLRA 3WDTA 4FZHA 2R1DA 2ZHMA 4PF5A 4GB1A 4FPHA 4XZPA 2YA6A 1LULA 1NSDA 3PVEA 1Z78A 1G9DA 3VKLA 1W6MA 4BPZA 1MS1A 4PCRA 1LEDA 5GALA 1AX0A 3LSEA 1UZZA 3HR9A 1DILA 3KQRA 2BATA 1YXWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EMRA 1W1XA 3I2FA 2VUAA 2DCYA 1POQA 5CFCA 2C0ZA 1W0NA 2P3IA 2ZS6B 3VL9A 2JG9A 2VK5A 1VAKA 1V00A 1AL0G 1AYN1 2D6MA 3AVSA 3BALA 4JVAA 3NKTA 2BP6A 2EA7A 1QDCA 4CVUA 1PIV1 4CDWA 1XRUA 4JKLA 5JMOA 4DQAA 1S55A 1VAMA 3M3EA 4UF0B 5HV0A 3N4MA 4AW7A 3ALXA 3RNSA 4O61A 1WMXA 4NAOA 1YHFA 1K45A 3CLPA 2EAKA 5GX5A 2WFF3 1FMD3 1BEV1 1J1LA 2A75A 3MF9A 1HQWA 5IVFA 5KXCA 1SHWB 3CEWA 4FSJA 3BU7A 3TRSB 5IK8A 3DKQA 3S5QA 3T4VA 2F12A 1QXRA 3TI3A 4QAWA 1CAUA 3O14A 1HKDA 3WDXA 1VBD3 1C4RA 1PX4A 5LWBA 2YA4A 3VV1A 4XJRA 3ZN5A 1X7NA 1KJRA 1VBE2 4TZDA 2WS91 4N43C 5IVVA 2W5OA 1US2A 3LB9A 3LQCA 1JI6A 2CGOA 1NUKA 3I4IA 3SCFA 3O9KA 4MG2A 4NCSA 3WDVA 5FZMA 4NHLA 2Y38A 3IKWA 3I3EA 3ZN4A 3KT7A 5BUVA 3AP5A 3IDBB 5L7OB 1KXGA 1QWRA 5D9BA 4UAPA 2A5ZA 2BNNA 3HAGA 1J3PA 2Q30A 1PZ7A 2VZUA 2ZCWA 3MGUA 5HCBA 3VDAA 5FP4A 1BKZA 3AMMA 1GV9A 4YVWB 4A4AA 1NSCA 1KGYA 2QJVA 3AZZA 4XF3A 1MR5A 2UY9A 1Y7BA 2I2SA 3BCWA 1PHMA 4RSUA 5FLJA 3SKJE 3VGIA 1YO8A 5ABJC 2H0BA 3IDEA 4N7UA 1SDDB 3DEMA 1F8CA 2DBNA 4MVTA 5FZEA 5F37A 3JQXA 3K37A 4XYXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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