4XHBA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with pentanediol and ches
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain atcc baa-334 / tigr4)
total genus 194
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xhbA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xhbA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xhbA02
2CY6A 1MZ5A 4M4NA 1IKQA 5HUMA 2DTYA 2YY1A 2HU4A 2ZMNA 5CNAA 1F8BA 1SLTA 4XXPA 2WT1A 4Y20B 4Q6KA 2GNDA 2G4IA 1LHOA 2EF6A 4FPFA 4Q26A 1O4YA 1KQRA 4BOWA 1GBGA 2C4AA 4YZ5A 1LGCA 4ISRA 4K1KA 3RG0A 1FV3A 1G9FA 1AX0A 5T55A 1DFQA 1AX2A 4Y24A 2A70A 2YDTA 1ZA4A 1Z78A 4GKYA 1IKPA 1A78A 2QWBA 4MZAA 1EUTA 4YW1A 1GYKA 2VY0A 1KDKA 3A0KA 5BYNA 4BMEA 1N1SA 4Z8BA 2R1DA 1F8EA 1IS6A 4XHBA 1WW6A 1G9BA 5IUQA 2VW0A 4XJWA 1IS3A 2P3JA 3M3EA 1LU2A 1QKQA 1CR7A 1BYHA 2A3XA 4YG3A 2AEPA 2H0BA 5SV8A 3WDUA 3SANA 3H71A 1DILA 3A71A 2F0ZA 2ZA9A 3VKFC 1IVEA 4JRAA 2V73A 4PCRA 1INYA 1EURA 4LBOA 2DVAA 5T5LA 2QWCA 2A75A 3A4UA 3KQRA 2QWKA 4XJRA 4HANA 3ZXJA 1F5FA 1VAMA 4D8SA 4PBPA 2HT7A 1AX1A 4NOTA 1LOAA 2ZAAA 2UWBA 4AYUA 3SLIA 1KITA 5DXDA 3W58A 2W5NA 1V0EA 5JOXA 3JU9A 1G7YA 5GJ6A 1FNZA 4P9WA 1S0IA 3N3HA 4BM8A 3A72A 2QWFA 6NN9A 4YG0A 2SILA 4LBNA 1DQ4A 2P2KA 2DURA 4GJTA 3OY8B 3B69A 5HCFA 3V0BA 3KM5A 2X9MA 3DGTA 4XXAA 3AP5A 3R05A 4CPMA 1CJPA 1A14N 2A6WA 2A3YA 5LK5A 1LHWA 1QNYA 2XZKA 4X6KA 2WT2A 1GKBA 2F28A 5DZGA 1W0PA 3AYEA 2GMEA 3O9JA 2D6MA 2AUYA 1EUSA 2P37A 2YZ4A 3WNXA 2HTVA 1Q8PA 1ENSA 3SNMA 4BQ1A 4XIOA 2XZJA 3VUOA 1INHA 1IVCA 4LBLA 3WDWA 1NMAN 2EXHA 4WA4A 2F10A 4LBQD 5GZFA 2VSKA 5GLUA 1KJRA 2E7TA 4PBOA 4K3YA 4YW5A 2WSVA 1JYIA 2D43A 1WLDA 4AGVA 5T54A 1UZYA 4FOYA 4DGRA 1QOTA 2OUHA 5F5QA 1W6NA 3RS6A 3JU4A 4FPCA 1W6MA 2W20A 1DLLA 2R0HA 3AFKA 1MWEA 4GA9A 1F8DA 3FUOA 2VK6A 4Q8LA 2ZGNA 4MWQA 3DUIA 1USRA 4LBJA 1LOFA 1INFA 3PJQA 1IVDA 5E89A 4XJ9A 1DIMA 2TEPA 1UAIA 4I00A 4K1HA 3VKMA 1W1XA 4MWYA 3AZXA 2A6VA 3PVOA 1BJIA 3SISA 4W65A 3V0BB 2F12A 3N36A 4GWNA 2LTNA 1LOBA 1I3HA 1UMZA 3WUCA 5EYYA 1SLCA 3AP9A 4MZEA 4Y1ZA 4IQPA 2WJSA 2ZHLA 4HZXA 3IPVA 3ALXA 4YW3A 3NSSA 2R16A 3M1HA 1SLIA 2WNEA 1GZCA 2HTRA 1YI7A 2P3KA 1NSDA 2ZB5A 2R0FA 3TIAA 5DUWA 3WCSA 4AWDA 1AXKA 2F29A 1ULFA 4XZPA 4H55A 1JOJA 5EYXA 2VWDA 2ZGQA 4LBKA 1IS4A 5H9QA 1V6MA 4CPNA 5GM0A 2ZHNA 3K38A 1V00A 2KM2A 3TIBA 2ZGTA 1GLHA 5GLVA 1QOSA 1YIFA 2DV9A 1NNCA 3ASIA 4K21A 2GNMA 3WZ1A 5GZDA 1JXNA 5DZFA 2UWAA 3BODA 4CZSA 1OQ1A 4DRRA 2EAKA 1WD3A 2ZB6A 1CN1A 4XBLA 1W8OA 4Q8KA 1INWA 4K1JA 1W6MB 3SH3A 3H0OA 5GALA 1OKQA 5M1ZA 2AGSA 1NMCA 2YDPA 2NM1A 1RIRA 4FOQA 3K36A 3B01A 3RMXA 2Z42A 1LODA 3USUA 3IN9A 1MS0A 2R1BA 5JLVA 4FPYA 3FLTA 4RA0A 2PHWA 3W59A 1VAVA 4PQ9A 2W38A 1S0EA 1E8TA 2ENRA 3HN1A 1LULA 1S0DA 1APNA 3IM0A 1WBFA 1IS5A 2A6XA 3ZSMA 1Z50A 1GANA 2XB6C 4XBNA 2CNAA 2ZGPA 5IT6A 1EUUA 1ONAA 2HT8A 1Y7BA 3PMEA 4DS0A 3AZZA 3AXDA 1QDCA 1MS1A 4GZQA 1SLLA 3TI6A 1Z0HA 4WVVA 2A6YA 3GALA 2UWCA 2ZGMA 5T5JA 1AJKA 1SCRA 4CPZA 1HQWA 2QWDA 5JMCA 2GN7A 1GNHA 1U0AA 1MS9A 3OJBA 3RMYA 2YA8A 1JYCA 1C57A 5JOZA 1WUVA 4FVVA 4JC1A 1V6NA 2ZGSA 4KS3A 1L7HA 4XDQA 4RL7A 2C4LA 3H73A 3O0VA 3AYAA 4K20A 4AVVA 5GLTA 4C1WA 5CBLA 5JDBA 3T1MA 4GB1A 1N3OA 3MW4A 1CPMA 5GZCA 1LOFC 3BTAA 5GZGA 2EXKA 1FATA 1TEIA 3D12A 4MX0A 1NSBA 5EXOA 2PHFA 1D0HA 5KXBA 1DQ0A 3OY8A 2GMPA 4M00A 3TI8A 2YMZA 4H53A 4F83A 1B9TA 1INVA 2PHXA 3USUB 4YZ4A 3RRDA 4BMBA 2ZACA 1A4QA 3N7JA 1G8WA 3UJOA 1C4RA 2YV8A 1W21A 4R9AA 3LSDA 4GWMA 3FFZA 2QWEA 3AJZA 3TI4A 1KJLA 3NV1A 4M3CA 2D44A 1Q8VA 1YO8A 5T52A 1LHVA 4MWLA 3TAYA 4AGGA 3PVNA 2OUJA 1DYKA 4WZFA 5IK7A 2Q5TA 5HCAA 4HZVA 3N35A 2V5YA 2VVZA 5DG2A 3APBA 1MS5A 4ASMB 1IVGA 2DYCA 3FLRA 3RSJA 1AJOA 4YM2A 4U2AA 2HTQA 1NNBA 1H30A 4Y1XA 1HDKA 2ZABA 2C9AA 4KS2A 1GZ9A 4UW6A 2SBAA 1DHKB 1B9SA 4YZ1A 3WCRA 4XJZA 3WHUA 4XTPA 4MWXA 3B3QE 4FP2A 4TYSA 2BQPA 4DQAA 1UPSA 1SLAA 1MACA 3Q9OA 3AJYA 1H9WA 2PELA 1AXZA 2GNBA 4FPJA 2PHTA 5CAZA 1WW4A 2SLIA 3OBRA 4Q2FA 3AYCA 4L8QA 2ZGOA 3VV1A 3AK0A 2WKKA 2D7FA 4UW4A 3PVEA 2DU1A 4QNPA 3UL2A 2UURA 1QNWA 4Y1VA 3NV2A 4XTMA 4FP3A 4X47A 4MYEA 1BKZA 4Y1UA 2DU0A 3B9CA 2VH9A 4M3CB 1V6KA 4FOWA 4AVSA 1DQ5A 4TZDA 1GZWA 1WD4A 1MR5A 4U36A 1W6QA 3TB0A 5IK8A 1LU1A 5E8AA 2GMMA 3AYDA 4GEZA 1WW5A 3ZYRA 3M2MA 4FPHA 4MWUA 2AENA 4YZ3A 1VALA 1XQNA 1NN2A 4LBMA 1W8NA 5JVVA 1WLCA 4P9XA 3R4SA 4D69A 3ZXKA 3H72A 4GDJA 4YFWA 3WV6A 5T5PA 1QF3A 4GZOA 3TI3A 2BATA 1H9PA 1A4GA 4Y1YA 1LOCA 3SALA 5HCBA 1UKGA 1ENQA 3O0WA 1LHNA 3CL2A 3D6EA 1L7GA 4BBWA 3BIWE 4R9CA 3WOGA 3AP4A 3D4KA 2YA4A 4YGEA 1V0ZA 2F27A 2A3WA 4YG6A 1NMBN 3OPZA 1V3EA 1SBFA 1DQ2A 2JE7A 2F25A 1FAYA 3CYEA 4YGDA 1GV9A 3GNEA 2EALA 2R49A 2ZGUA 2FMDA 3ILFA 1QMJA 5JYYA 2VW2A 4NN9A 2EXJA 4DFSA 3UJQA 1BJQA 2LALA 2WT0A 4HIZA 1UZZA 4XILA 3VKNA 4GZWA 1OFSA 3A0NA 1GZWB 1LCLA 4KS5A 1W6QB 2XZIA 1AZDA 3MW2A 3VKLA 3QLQA 2JJ6A 3WLUA 3ZSKA 1DZQA 1V6IA 5NN9A 2ES3A 1MS4A 5FRAA 2XCYA 4PF5A 4WEGA 4C1XA 1MS8A 5HUGA 2YA7A 2CYFA 4YGBA 1AXYA 2EIGA 1NCCN 1V6OA 4GXLA 1E8VA 1V3DA 3MW3A 1URXA 4FPLA 2VXRA 2AH2A 1FNYA 4WVWA 2W5OA 3WDYA 3T1EA 1V2IA 4QN4A 2ZZJA 3AP7A 3AP6A 3I4IA 2HTWA 4R9DA 3POSA 3K3AA 2JD4A 3OYWA 4B7QA 4YLZA 3ZYPA 1SNTA 5H9PA 1LTEA 1N1VA 3V64A 2DVGA 4M3CF 2GN3A 1LHUA 1Q8QA 4JCKA 4KS1A 1CESA 4YW4A 1W0OA 4FQZA 2NYYA 1Z4YA 5L73A 4UW3A 1N3PA 1VIWB 4OZXA 4YZ2A 3O12A 4M4VA 1LJ7A 1INXA 1PZ9A 2VU9A 1L7FA 4ITCA 5DUUA 4YM3A 3W09A 2SIMA 3FLPA 2VK5A 2D6KA 4BLIA 4NCSA 2W39A 2OVUA 4YFZA 1SCSA 3LSEA 3GVJA 2GALA 1C1FA 3SILA 5E88A 1V6JA 2NMNA 3WDXA 4MC7A 4YM1A 2QWJA 3AZVA 1GNZA 4FZHA 2VUAA 3WDVA 2WQZC 2JE9A 3GVLA 2QWIA 1YYNA 1GICA 4Y22A 4DPNA 1NSCA 1NCBN 1NCDN 1LESA 3TICA 2AYHA 2YXSA 2D3SA 1S0CA 3D11A 1V6LA 2DVFA 4XMIA 4GKXA 4M01A 1SACA 1HQLA 4B7NA 4Q1PA 2CL2A 1V3BA 1AVBA 1JBCA 3OYWB 2W68A 3V0AA 1LECA 4M4UA 1E8UA 1S0FA 2DVBA 1QGLA 4K1ZA 4HZYA 2VK7A 4NO4A 4XE9A 1JW6A 3ENRA 1WCQA 1A3KA 4HL0A 1S0BA 3MPPG 4FPGA 2NMOA 1JN2P 1C1LA 1Z4XA 3WG2A 5T50A 2CWSA 4P9YA 1QOOA 3CKZA 1USXA 3ZSLA 2AR6A 3ILRA 2P34A 2ZMLA 2HU0A 5DZEA 5KXDA 3U4XA 3VKOA 4X49A 3OGGA 7NN9A 4ISQA 2ARBA 1QDOA 1ULDA 1MS3A 5EWSA 3IKWA 4DRVA 4X4AA 5IK5A 2XG3A 4SLIA 1Z4VA 1EPWA 1XOGA 2PHUA 1J1TA 1MVQA 3ZSJA 1B9VA 3O0XA 3OBTA 3WG4A 4XOGA 1SO7A 4ATEA 1ULGA 4FOVA 2W08A 4Q1RA 4Y22B 2I2SA 4K1YA 1DYPA 1X50A 1I1EA 1ZM1A 1SBDA 1UN1A 4J9TA 4MWWA 5HX0A 4LBQA 3ALWA 1VCJA 3CNAA 2ARXA 2RHPA 3V65A 3R4UA 2F26A 4CPYA 1A8DA 4YW2A 2B8HA 2F13A 3INAA 1V3CA 3ZXFA 3HMYA 1B09A 1F31A 1CVNA 3B00A 4HZWA 4B7RA 3V0AB 1KDMA 4GZPA 4AGRA 2GNTA 3O9KA 3SH4A 3C2UA 1CIWA 4MJVA 1KRIA 4ATFA 1MZ6A 3D5OA 5JOWA 1V0FA 4H52A 1FYUA 2JDZA 2NP0A 2F11A 4JF7A 2NN8A 3ILNA 2BZDA 3AXEA 2RKCA 4GZSA 1YRZA 2D6OX 2ZHMA 1Z4ZA 1VCUA 2A5ZA 5FREA 4M3CE 1VLNA 3ZPYA 2PHRA 1LEMA 2D6PA 1LOEA 3K39A 2E6VA 1YXWA 1N1TA 4B7MA 2ZGKA 3N7KA 3UK9A 4YGCA 1BXHA 4I30A 2ZHKA 1IVBA 1LEDA 1G9AA 5KXCA 1Q56A 1ULEA 3M3QA 4YM0A 4B7JA 3JUUA 4FPEA 1HKDA 2QWGA 4HZZA 2E51A 4CPLA 2WLQA 2JECA 3BOPA 1BZWA 3B7EA 2C5DA 5GLWA 4GALA 2YA5A 5H9RA 2A71A 1G9CA 3POYA 2ZBJA 3AX4A 4WA5A 2ZKNA 3WDTA 4K1IA 1DGLA 2ZMKA 2D3RA 1F9KA 4XJ8A 2HYKA 1CONA 1W6PA 2E53A 4LBQB 3WG1A 4QN6A 4BLJA 1ULCA 5IK4A 1LGBA 1PZ8A 4GZTA 2QWHA 5B2CA 5DUVA 4XJQA 2BERA 1FV2A 3LCPA 1CQ9A 1G9DA 1SFYA 1DQ1A 1JUIA 1O4ZA 5DG1A 3HR9A 5GZEA 3INBA 1RINA 2ERFA 1JHNA 1GSLA 2YA6A 4BPZA 3K37A 5CA6A 2VSMA 5KXEA 4MJUA 1LGNA 2W52A 1RITA 1WCSA 4FJ6A 1NXD1 1W6OA 2GDFA 3O5SA 4R9BA 1F8CA 4WV8A 1DQ6A 3POWA 1Z4WA 3FUQA 4UF7A 4MWJA 4GDIA 3WVJA 2DUPA 2CTVA 3MEPA 1N3QA 3GVKA 4Q27A 1PZ7A 2P3IA 1W20A 2WSUA 4CPOA 2HTYA 1SBEA 5HUKA 3ZXLA 2YROA 4XJAA 1DBNA 3ATGA 2DUQA 3NN9A 2F24A 2UU8A 2ZGRA 4FVKA 4XJUA 1UX6A 1NCAN 3ZXEA 3T1LA 4MWRA 2DVDA 1SLBA 1G86A 3CL0A 4ZKTB 2ZGLA 2NZ9A 3H6JA 5AVAA 4XBQA 5CB7A 5T5OA 1ENRA 2FHRA 4M3MA 5F9TA 1AF9A 3AZWA 1W6PB 2VW1A 3NWKA 4Y20A 1W6NB 4UW5A 3M3OA 1INGA 3WHTA 4QN5A 2B7YA 1WW7A 2EXIA 4XYXA 3M3CA 4KBBA 2OW4A 4ZXKA 1MVEA 4CTEA 1S0GA 4Y26A 5HUNA 5B2DA 2DWRA 3I8TA 3AZYA 1NNAA 1Q8OA 4FPOB 3FBYA 4QN3A 3NV3A 3N7MA 5DUXA 3TI5A 1N1YA 3RQ0A 3ZVXA 1R1ZA 3WUDA 2A7AA 3WG3A 1DIWA 3BEQA 3QCWA 3N7LA 1UL9A 1HLCA 2AREA 4XIKA 4P14A 4MWVA 5H9SA 1LOGA 3T2TA 1D2SA 4WEFA 4KS4A 3SITA 2HTUA 3IPVB 2CWMA 1WBLA 4XHXA 1W6OB 2AEQA 1WLWA 1CPNA 1IOAA 1S1AA 3IMNA 1QU0A 1S0JA 4AVTA 2DUOA 2D6LX 4FPKA 1IVFA 2HT5A 3NV4A 4FQ4A 1LENA 3L2YA 1BQPA 2JKBA 3SH5A 4QN7A 1XOEA 2D3PA 2DTWA 4CRQA 2E7QA 2D6NA 5GLZA 4GZXA 1FX5A 2BF6A 4NC5A 4XMAA 2QWAA 5JOYA 2A6ZA 2CMLA 1Q8SA 1NLSA 4WA3A 1N47A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2CY6A 2PXJA 1MZ5A 3GJAA 1IKQA 1DDLA 4M4NA 3TEXA 5HUMA 4XUPA 3SXWA 2DTYA 1O3TA 2QQKA 2ISMA 4MLOA 2XGXA 1BHGA 1D4M1 4LKEA 2YY1A 2GSYA 2HU4A 1PVXA 2ZMNA 3AMNA 4JQTA 1NCRC 3RZGA 2QBXA 1OQDA 5A33B 4UOUA 1HRV3 4IEVA 5CNAA 1F8BA 1SLTA 2C24A 4XXPA 1PGW2 3LI3A 2ZEZA 3CEWA 2PAEA 1RB8G 1F8VA 5CG8A 2WT1A 4Y20B 4CPMA 2OKXA 4Q6KA 3HT1A 4AOCA 3ZDSA 2Q30A 2GNDA 1OOPC 5C3OA 2FD8A 4IGOA 2G4IA 1QEXA 1LHOA 1NCQA 2EF6A 4HVRA 3Q6KA 4IMBA 2RJ2A 4FPFA 3SOVA 3VBSC 4Q26A 1O4YA 3HPNA 3HD8B 2Y0IA 1KQRA 4BOWA 5FUPA 3K75B 3NAPC 1C8M2 1GBGA 2VMDA 4DY5A 2C4AA 4IE0A 4YZ5A 1JZ4A 1LGCA 2XJUA 4ISRA 3QD6A 4KWJA 1B35B 1RUI3 4K1KA 3RG0A 1FV3A 2BWAA 1UU6A 5CKQA 1PGW1 4AI2A 5FV3A 1G9FA 3N9QA 1Z7S2 5BNNC 1TNFA 1CRZA 3LA7A 1AX0A 4F7ZA 2VNGA 5C3RA 1AR61 2VMIA 3WNMA 3BALA 3GZEA 5T55A 4LHKA 1DFQA 1AX2A 1BBT3 4Y24A 3HJRA 2A70A 3OG2A 1H8TB 2YDTA 1ZA4A 4ZONA 3WW4A 2VAQA 1Z78A 4GJZA 1W9YA 4GKYA 4RD7A 2ZAHA 5J7MA 1IKPA 1A78A 1XC6A 2QWBA 4MZAA 1EUTA 3IIIA 4YW1A 1GYKA 2JG8A 2VY0A 1KDKA 1UOGA 1Z7S1 3PTRB 3A0KA 4JTOA 4LT5A 2HEVF 5BYNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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