4XHBA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with pentanediol and ches
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain atcc baa-334 / tigr4)
total genus 194
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xhbA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xhbA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xhbA02
1ULGA 2SLIA 4GEZA 1QNWA 3FLRA 4M3MA 2VW0A 2D43A 1E8VA 2JECA 2F13A 3MW4A 4YGBA 1LOGA 1KJLA 5DZFA 1IOAA 1A8DA 1B9SA 1V6NA 2KM2A 4ISQA 4FPYA 4P9XA 4Y1XA 4WA4A 4YZ3A 3APBA 1NCAN 1NCCN 1CJPA 3ATGA 4M3CE 4U36A 1SLCA 3WG1A 1UL9A 5JOWA 5DG1A 4B7JA 2WSVA 5T52A 2ZKNA 1V6KA 4HIZA 4WA3A 1URXA 2ZGTA 2UWAA 3D6EA 5EXOA 4KS4A 5B2CA 4XDQA 3A4UA 2GMMA 3WVJA 2ZA9A 4LBNA 2ZHNA 1W8OA 1W6PA 4Y26A 4FP3A 2C5DA 1GANA 5CBLA 2F29A 2AR6A 2V5YA 4R9DA 2E51A 4RL7A 1IS6A 4GXLA 4XMIA 1C57A 1USRA 4H52A 1NNCA 4RA0A 1N1YA 1F5FA 2ZGUA 1V3EA 5HCBA 5KXCA 1SBDA 2QWAA 2GALA 4B7RA 4YZ5A 4U2AA 1W6OA 1DBNA 4WV8A 3I4IA 4Y1YA 4K1JA 5DG2A 4QN5A 2WNEA 1AX1A 2X9MA 3ZVXA 4Y22B 3TIAA 2R1DA 3KQRA 1S0EA 4DPNA 3RSJA 4M3CF 4YGEA 2AYHA 2PELA 1JW6A 1AVBA 4B7MA 4DRVA 1UKGA 1INWA 5JLVA 4DQAA 1MS8A 1Q56A 1UPSA 3NV4A 1GLHA 4JCKA 2W20A 3GVKA 4MZAA 3O9JA 3K3AA 5IUQA 3B01A 2F12A 2YDTA 2YDPA 2GNTA 4FVVA 1DYPA 3TI6A 4XJWA 1W21A 3RG0A 1GYKA 1D0HA 3IMNA 1Q8VA 4Y20A 2ARBA 2B8HA 1DIMA 1MS9A 3V0BA 2ZHLA 2HTVA 1DZQA 2YA4A 1S0CA 5F9TA 4FJ6A 5KXEA 1G9FA 2R1BA 4MZEA 4K1YA 5JMCA 5CNAA 5T54A 2DWRA 2D3RA 2D6LX 1W6PB 2QWKA 1G8WA 5T50A 1GNHA 3SLIA 1JYCA 1MACA 2W38A 2ZAAA 1GZWA 4K3YA 5E89A 3RMYA 5IK4A 1N47A 4CRQA 3JUUA 1CN1A 3MW2A 2JE7A 3WCRA 4Q1PA 4F83A 2JDZA 3TIBA 2F11A 4NCSA 1CIWA 2HTRA 2EXHA 2LTNA 5HCFA 4MWJA 2CL2A 1W6OB 4Q27A 3NV3A 1JN2P 4XXPA 2ZACA 4R9AA 4YM3A 2D6OX 1INXA 1SLTA 1ULCA 1Q8QA 2V73A 3AYAA 1XOEA 2P3IA 1LULA 4YM2A 4UW5A 5CA6A 3AFKA 4XJAA 3PJQA 1FYUA 1GV9A 3NN9A 4Q8LA 1A4QA 3B9CA 3TB0A 4FPLA 4DS0A 5F5QA 1V3CA 3N7LA 5GLUA 1WLWA 2HU0A 1VAVA 3OJBA 4QNPA 2A75A 1Z0HA 4SLIA 4LBJA 3K36A 3K37A 1L7GA 2C4AA 1LOAA 1Z4YA 2A3YA 1H9PA 3IPVA 2HTUA 1CESA 7NN9A 2W68A 3ZXKA 4HZZA 1JHNA 4LBQA 2OW4A 1AXYA 4XOGA 4Y20B 1OQ1A 1QDOA 4XJUA 2JE9A 3V0BB 3O0VA 1V0FA 2VY0A 1V6LA 5GZDA 4GDJA 2YZ4A 5CAZA 4XBNA 1VIWB 2F27A 3VKOA 4WEFA 4ASMB 2XB6C 4KS1A 3SNMA 4B7QA 2YY1A 3O0XA 3INBA 1INVA 1SBEA 2SBAA 1GZCA 3M3OA 1ENSA 2F24A 4K1ZA 1GZWB 4YZ4A 2QWCA 2D7FA 2F10A 4YGDA 4MWLA 5HUNA 1S0DA 3OBRA 4M4VA 4H53A 2EXIA 3VKLA 4UW3A 1Q8SA 1KRIA 2D44A 2W5NA 2HTYA 2W5OA 4Y1VA 5H9SA 4GWMA 3M3EA 1INHA 4AGVA 4MYEA 3AP5A 2NMNA 1G9DA 4K20A 1ZA4A 3AYEA 3M3QA 2GNMA 2ZGRA 1DGLA 3TI8A 3SILA 1LESA 4XJZA 4GZPA 2GMEA 1N3QA 4KBBA 4FP2A 2VW1A 1H9WA 4XXAA 4LBOA 1EUSA 1INFA 1WD3A 2P3KA 2HT7A 4Q8KA 3GNEA 3WDYA 1SNTA 1SCRA 1BQPA 3TICA 3VKNA 4BBWA 3OY8A 3T1MA 1JBCA 1SFYA 2XZKA 3WDUA 3IPVB 3PVNA 4MWQA 3CNAA 2ZABA 1L7HA 3BIWE 5GZGA 1WCQA 1LEMA 1YRZA 3AP9A 4LBQB 2BATA 2PHRA 1G9BA 4CPOA 4FOYA 1N1SA 4LBQD 1QOOA 1C1FA 1DQ0A 2W52A 1UAIA 2R0FA 2ARXA 1HDKA 2QWJA 5T55A 4H55A 1SLIA 2AENA 2VVZA 3O5SA 3H0OA 4KS2A 1WBLA 1LHWA 1QF3A 5GLTA 4AGGA 5GLWA 3MEPA 5B2DA 3SH3A 2WJSA 3GVLA 3DGTA 3VKFC 1S0FA 4YW4A 4FOQA 4GWNA 1F9KA 3A0NA 3H71A 2G4IA 5L73A 5LK5A 1LHOA 3RQ0A 5HUGA 3L2YA 1DQ4A 1CR7A 2DURA 2RHPA 4X4AA 3MPPG 2ZMLA 3AZXA 1EUTA 1NSCA 2CWMA 2EXKA 3OBTA 3LSDA 2TEPA 1C1LA 1LJ7A 3ASIA 3HMYA 2XZIA 4AVSA 1LU1A 1A3KA 4GZWA 3AP6A 4XZPA 5IK8A 1MS4A 4BLJA 1LTEA 1Z4WA 2YXSA 2WT2A 1QOSA 3OY8B 1I1EA 1EUUA 1JYIA 4MWRA 5DUVA 1W0PA 5JYYA 4NOTA 4FQ4A 4BMBA 1BJQA 5CB7A 4XJ8A 3R05A 1NCBN 4BM8A 3RS6A 3WDVA 3CL0A 1DQ2A 3TI3A 4XHBA 3D5OA 4M4NA 4GZQA 1PZ9A 3ZXLA 4C1XA 1KJRA 2NM1A 5SV8A 1KQRA 2CNAA 1VCUA 1QGLA 3UK9A 3USUA 1F31A 2HT5A 6NN9A 2QWDA 2D6NA 3ZXFA 2VU9A 1YI7A 1NMAN 3ILRA 1LGBA 4HZWA 2DVGA 2OUJA 5GZEA 4XJRA 2WT1A 1LODA 3BOPA 1S0JA 4UW4A 2D6MA 4ITCA 1AX0A 3TI4A 4MWXA 1G86A 3W09A 4BLIA 3AZVA 3FUQA 1WW4A 4Q2FA 3ZYPA 2DU1A 4MJUA 1CQ9A 1INGA 2WSUA 2QWGA 4K21A 3POWA 1W1XA 4M3CA 4QN3A 4XTPA 4GDIA 4MWVA 1HQWA 2A6XA 2A6WA 2BZDA 4YW1A 1NNAA 3SH5A 2AGSA 2F26A 1DQ5A 1MWEA 1GICA 1W6QA 2FMDA 5KXBA 1Z78A 1IVDA 4CZSA 3ZXJA 2VK5A 2ES3A 3FBYA 3ILNA 3R4SA 4P9WA 3D11A 1G7YA 1ZM1A 3V0AA 2PHTA 2GN7A 1KITA 3WLUA 2A7AA 1WCSA 4PBOA 1RITA 4CPYA 1AXZA 2PHFA 5KXDA 4KS5A 3Q9OA 1O4YA 1J1TA 1Z50A 1LOEA 4QN6A 4WVVA 3A0KA 5T5LA 4M01A 3OYWA 5DUUA 2E7TA 2SILA 4K1HA 5E8AA 2ZGPA 3PMEA 3WOGA 3AZYA 4XJQA 3N7KA 3USUB 5DZEA 5FREA 3SALA 4AWDA 1ULDA 2UWBA 1DYKA 1MVEA 2DUOA 5H9RA 1MS1A 4YLZA 1DQ6A 1IS3A 1LOBA 1LHVA 4FPHA 3T1EA 1SLLA 3PVOA 1N3OA 5BYNA 2QWHA 2A70A 2AREA 4FOVA 1DIWA 1WD4A 2ZB6A 1W6MA 2HTQA 2GNDA 4GA9A 2ZGNA 1GBGA 2ZMKA 3N36A 3H72A 3AXDA 4XJ9A 4M3CB 3WUCA 2E53A 1APNA 5GZFA 2Q5TA 2AEPA 4XTMA 1CPNA 2PHUA 3AX4A 4XBQA 1UZZA 1HQLA 4IQPA 5IK7A 1S0BA 2BQPA 4XYXA 1SBFA 4GZOA 3WHUA 4TZDA 3FUOA 2DVFA 1W6QB 2YROA 1USXA 3WUDA 3A72A 4AVTA 3O12A 1DILA 1CPMA 3O0WA 2A6ZA 5AVAA 1EURA 3NSSA 2ZHKA 4GZTA 1LHUA 3V0AB 3AK0A 2YA5A 3UJQA 5IT6A 1PZ7A 1V3DA 1H30A 4GJTA 4YG0A 3AJYA 4FPOB 1AJOA 5FRAA 3ZPYA 1IVFA 4PCRA 2NZ9A 1V0EA 1LHNA 4MWWA 4X49A 1CONA 3SH4A 1QU0A 2XZJA 1V6IA 4Q1RA 3OYWB 4XMAA 3JU4A 5GM0A 3WG3A 1YIFA 2WLQA 3LSEA 1INYA 1DQ1A 3BTAA 2I2SA 3VKMA 1WW5A 1VALA 4FPJA 2EIGA 2A3WA 5GJ6A 5NN9A 1W20A 4JF7A 1FATA 2P34A 1V6MA 2A71A 1EPWA 1IS4A 1ULFA 3FLPA 3HR9A 4LBLA 2HU4A 3RMXA 5HX0A 4Y1ZA 4HL0A 4XIOA 1B9TA 2E7QA 1GNZA 1W6MB 3ILFA 5GZCA 1MS3A 3WHTA 2C9AA 4Q26A 1F8CA 2ZGKA 4GKXA 1A14N 1AX2A 2FHRA 1V00A 1DHKB 3T2TA 5GLZA 4GALA 1Z4XA 2BERA 4CPMA 2ZHMA 1PZ8A 2XCYA 3WDTA 4YFWA 1CVNA 2R16A 2VW2A 3RRDA 3IKWA 4YW3A 1BXHA 4BPZA 2NP0A 3CKZA 5H9QA 3W58A 1LENA 2C4LA 3D12A 1NLSA 2PHXA 2VH9A 4D8SA 5JVVA 4YG3A 3JU9A 2ZGMA 4JC1A 4I00A 3AYCA 2OUHA 3OPZA 2NYYA 3UJOA 4Z8BA 4FOWA 2EAKA 1NMBN 1SLBA 3LCPA 3B7EA 2F0ZA 1F8DA 1UMZA 4LBMA 2VSKA 1HLCA 1R1ZA 4P9YA 2DUQA 3VV1A 4CPLA 2YV8A 2QWFA 3TAYA 1A4GA 3ZSKA 4YZ1A 2QWEA 1IVBA 1F8EA 3U4XA 1NCDN 4PBPA 3SISA 3B3QE 1BJIA 4NN9A 1NSDA 3K39A 1MZ5A 1O4ZA 1LOCA 2P37A 1L7FA 3N7JA 1IVCA 1Z4VA 2YA7A 5H9PA 2HYKA 4ZKTB 2R0HA 2VWDA 1KDKA 2H0BA 2EF6A 3C2UA 1LEDA 4I30A 1ENQA 2YMZA 3DUIA 4HZYA 4YM1A 1IKQA 5DUXA 1FNYA 3ALWA 4UF7A 1SLAA 2UURA 4R9CA 2D3SA 3NV2A 3MW3A 1KDMA 4C1WA 4CPNA 2DTYA 3AZWA 2WKKA 4M4UA 5HUKA 4QN7A 1QNYA 1Z4ZA 1FAYA 1OKQA 1BYHA 5JDBA 1IKPA 3TI5A 3M2MA 4K1IA 4HANA 1LU2A 3AP7A 1Q8PA 1WW6A 1FX5A 2NN8A 3M3CA 3NWKA 1LECA 2ZB5A 5IK5A 3NV1A 4PF5A 2ZMNA 3GVJA 4JRAA 4Y24A 3AP4A 2GN3A 1U0AA 2JD4A 4K1KA 2E6VA 2A5ZA 4FPGA 3BODA 2NMOA 4HZXA 4DRRA 3N7MA 3KM5A 2CYFA 2DUPA 2D3PA 1WLCA 1FNZA 2QWBA 2W08A 4ISRA 4FQZA 4QN4A 3SANA 2EXJA 4DGRA 4X6KA 4X47A 2CY6A 4NC5A 3N3HA 2DVDA 1BKZA 4GB1A 4R9BA 2YA8A 1G9AA 3QLQA 3WDWA 1E8TA 1V2IA 1YXWA 4HZVA 2UWCA 1GZ9A 1ENRA 1JXNA 2VXRA 1B9VA 1W0OA 4XBLA 1I3HA 3HN1A 4GZXA 3ENRA 4L8QA 2QWIA 3W59A 1QDCA 1X50A 3R4UA 2A6VA 4WA5A 5T5JA 4M00A 1NMCA 2R49A 1IVEA 4Q6KA 4FVKA 5T5OA 3WZ1A 2Z42A 1WUVA 1C4RA 1VCJA 1NXD1 4FPFA 3WG4A 1YO8A 1ONAA 1AF9A 2CWSA 2P3JA 2DTWA 1DFQA 3WG2A 2GDFA 4UW6A 1D2SA 1RIRA 3IM0A 3CYEA 3IN9A 3ZSMA 1NNBA 3H6JA 4BOWA 3V65A 1N1TA 3FLTA 4XILA 2UU8A 1N1VA 1LCLA 2ZZJA 2SIMA 5HCAA 4XHXA 1NN2A 1F8BA 1HKDA 1IS5A 3WCSA 1LGCA 2GMPA 2VUAA 2RKCA 2GNBA 5EWSA 4LBKA 4ATEA 4MWUA 4ATFA 4BQ1A 1NSBA 1MR5A 4WEGA 1JUIA 4YW5A 4MJVA 2ENRA 2CTVA 4GKYA 2YA6A 4MC7A 4DFSA 3ZXEA 1WW7A 2F28A 4J9TA 3GALA 1ULEA 3ZSJA 4XIKA 3OGGA 3POYA 4YG6A 1MS0A 2ZGQA 3FFZA 3H73A 4YW2A 4PQ9A 3SITA 1SCSA 1Q8OA 1G9CA 4W65A 3PVEA 5HUMA 4XE9A 4FPKA 1YYNA 2P2KA 2AUYA 4YZ2A 2D6KA 1GKBA 5GALA 5T5PA 4CTEA 3K38A 2A3XA 1W6NA 5JOYA 1SO7A 1S1AA 3AXEA 4KS3A 1S0GA 4YGCA 3UL2A 1V0ZA 2AEQA 4ZXKA 4YM0A 3ZSLA 5E88A 1LOFA 1MZ6A 2DVAA 2VSMA 3BEQA 2VK6A 4CPZA 2PHWA 4P14A 3WDXA 2AH2A 1AZDA 3B69A 5JOXA 1W8NA 1VAMA 2WT0A 1FV3A 1UN1A 5M1ZA 1SACA 1AXKA 1E8UA 3O9KA 2ZGOA 3CL2A 4MX0A 2WQZC 4MWYA 2DVBA 5DXDA 1V6OA 2JJ6A 1LGNA 5DZGA 3WNXA 3N35A 1QKQA 2A6YA 1VLNA 1WBFA 4AGRA 1V3BA 1DLLA 1JOJA 3INAA 1QMJA 4OZXA 4BMEA 1A78A 2D6PA 2XG3A 1XOGA 4FPCA 4AVVA 3AJZA 1MS5A 1GSLA 2HTWA 2DU0A 3D4KA 1WLDA 1AJKA 3B00A 2ZGSA 5EYYA 1XQNA 5JOZA 2LALA 3WV6A 4NO4A 1UZYA 1Y7BA 4D69A 4Y1UA 3POSA 2W39A 1N3PA 3ZYRA 2JKBA 4YFZA 1TEIA 1QOTA 1V6JA 2CMLA 1OFSA 4FZHA 1UX6A 1FV2A 2BF6A 4FPEA 5DUWA 1RINA 2F25A 2ZGLA 3ALXA 2ERFA 1LOFC 1IVGA 3A71A 2HT8A 3M1HA 4WVWA 4TYSA 1MVQA 2OVUA 1W6NB 3AZZA 3I8TA 3VUOA 5GLVA 2DV9A 5EYXA 2ZBJA 4Y22A 3T1LA 1BZWA 2VK7A 3V64A 4GZSA 3QCWA 2EALA 3AYDA 1S0IA 4AYUA 2DYCA 4WZFA 2B7YA 1B09A 4B7NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ULGA 4A6OA 5IVYA 3VD3A 2SLIA 4O61A 4GEZA 3WNMA 1QNWA 1OBNA 3FLRA 4J1WA 4M3MA 1VBA2 1I5PA 3ZLIA 1HRV3 2J1AA 3N9LA 3VHOA 5F3GA 4IGOA 2VW0A 5BNOA 3J26N 3MF6A 4WVMB 4EWDA 3AC0A 2D43A 3IDEA 1E8VA 2JECA 3LFMA 3MW4A 4YGBA 2F13A 1LOGA 1KJLA 2WWUA 5DZFA 5FY9A 1ND2A 2ORZA 5FY7A 5FR3A 4WBBA 1IOAA 3RWNA 3SEEA 3HQRA 1EV12 2ZAHA 3H1YA 1A8DA 1WCUA 3RZGA 1B9SA 1V6NA 1VMHA 3CLPA 1DILA 3RDIA 2OS2A 2KM2A 2X09A 4ISQA 4ZHNA 4FPYA 2IZWA 3S5QA 5C3SA 3THTA 1RWLA 2VUDA 3NJXA 4P9XA 1U5ZA 4I02A 1OVPA 3FE5A 4Y1XA 4IXLA 4AAXA 3A7QA 4WA4A 2CAUA 5B4NA 5FIXA 3VGIA 3T2PA 4YZ3A 1GP4A 1YFUA 2VECA 3APBA 1DU3D 1PMJX 3T0AA 1NCAN 1NCCN 1CJPA 1US2A 4IDZA 1W90A 1R092 3NO0A 4QU2A 3AMMA 3ATGA 4H3WA 4M3CE 1XYOA 2AC1A 4U36A 1SLCA 3PVBB 3WG1A 3ACFA 2PN5A 1V70A 1UL9A 2WR9A 3C8XA 3LEIA 4D0QA 5JOWA 5DG1A 4B7JA 3GZUC 3NJYA 2HWD2 5A7PA 3I2IA 5F8PA 1CX1A 2WSVA 5T52A 4NHMA 4BA6A 3POBA 4YNIA 5I0UA 4INDA 2ZKNA 4CYDA 4XF3A 3LDKA 1V6KA 3TEZA 4HIZA 2CDPA 1RC6A 3LD8A 4WA3A 2HQSA 4CP9B 5AC92 1VB4A 1URXA 1W04A 3PIGA 1J59A 1YEWA 3K4DA 1F4HA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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