4XHBA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with pentanediol and ches
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain atcc baa-334 / tigr4)
molecule keywords Sialidase B
total genus 194
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xhbA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xhbA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xhbA02
1LEMA 2X9MA 1VLNA 2NZ9A 3AJZA 4HZVA 3HN1A 4P9XA 3H0OA 2YDTA 1S0EA 3D6EA 2R0FA 3TICA 2A75A 4Q1PA 4XBLA 2F13A 1CPMA 2YA6A 1CONA 1V6NA 2F28A 2R16A 3UJQA 3B9CA 2SIMA 1DQ5A 5HUKA 5DUWA 4FPYA 5E8AA 4KS1A 4LBQD 4D8SA 4CPYA 3ATGA 2DTWA 1W6QB 2F26A 1B9SA 2ZGRA 1V2IA 1HQWA 5HX0A 5H9RA 3M2MA 1HDKA 1L7HA 2RHPA 1FYUA 3AZWA 3MW2A 1ULCA 2ZGSA 1O4YA 1AX2A 3CYEA 1UN1A 4XTPA 1BXHA 2P34A 2HT7A 1N3PA 1BJIA 1UZYA 3ASIA 1BKZA 4MWJA 1OQ1A 1MVEA 1EUUA 2ZKNA 1JXNA 1Z0HA 1TEIA 4MYEA 4WA3A 2VK7A 3B69A 3JU4A 5DG2A 2DU1A 3N7LA 5EYYA 2HTWA 1W6MB 2DUPA 2ZGOA 1KITA 2VUAA 4K1KA 4M01A 1NNCA 4U36A 2XZKA 5HCFA 2GMMA 1INWA 1Z4XA 4WA4A 1F5FA 4GZWA 3SLIA 1KJLA 1GNZA 4WEFA 3R4SA 2FMDA 2WSVA 4B7QA 3ZSKA 4YW2A 5KXDA 2DVGA 1W6PA 4MWXA 4FPCA 4YGDA 2E7QA 3AZZA 1G9AA 1SBFA 5F9TA 4P9WA 2HTYA 3H72A 3VUOA 2CYFA 2ZHNA 4RA0A 1SNTA 3W58A 3WZ1A 2D6PA 2P37A 2UURA 4AGGA 3N36A 4XHBA 2W52A 4ZKTB 3ILFA 3VV1A 3ZXKA 2WT1A 3RG0A 1QDOA 4YZ3A 5BYNA 1A14N 2PHXA 1INHA 1W8OA 1INGA 3WUCA 1GLHA 5GLUA 1B9VA 1LESA 1AVBA 1LHUA 4MX0A 4XIKA 2QWCA 1W21A 1KDKA 2PELA 4FJ6A 2TEPA 2BERA 1MVQA 4UW3A 1W6NB 4XHXA 2AYHA 5M1ZA 4DRRA 1W6OA 1DILA 5HCAA 4M3CA 4MWQA 5CAZA 4GWMA 1BZWA 2WT0A 2ZHKA 4M4VA 1QOTA 4BLJA 4KS3A 2GNBA 2P2KA 1OKQA 2JKBA 5DZGA 3JU9A 3ALWA 3OGGA 3ILRA 1DYPA 2PHUA 1C4RA 1D0HA 2C5DA 1G86A 1UL9A 4K1YA 4FPJA 2ZBJA 5CA6A 3KM5A 4XOGA 5KXEA 4GZTA 3VKLA 3V0AB 1NSCA 2YMZA 5JVVA 4XE9A 3R4UA 1MS3A 4M3CF 1R1ZA 2ZGTA 3LCPA 2W20A 4X6KA 2I2SA 4M4UA 2HT5A 2NYYA 1S0CA 3SH5A 2H0BA 1WD3A 1X50A 2NM1A 1G9DA 2LTNA 2A6ZA 1XOGA 5DXDA 4CPOA 3HMYA 4DRVA 1U0AA 4R9BA 2QWGA 1YO8A 2D6LX 2F11A 1VAMA 2Q5TA 4LBKA 4NO4A 1ULEA 2ZGPA 2DU0A 2A3YA 1DIWA 2ZB5A 4CPZA 2AEQA 4FPGA 3MPPG 3CNAA 1MS9A 1ZA4A 4XJ8A 3ZSMA 4PF5A 5HUNA 1PZ7A 1CIWA 1JN2P 3V64A 1MWEA 2W38A 1USRA 3WVJA 1XOEA 2VH9A 2NMNA 1LGNA 2ZZJA 3SH4A 5H9SA 2VW1A 4B7RA 2SLIA 3SALA 4Y24A 1Q56A 4X49A 1LOAA 4GZQA 1OFSA 1LGBA 2HU0A 4FOYA 2AGSA 5GM0A 3SNMA 4FPFA 1V00A 3D5OA 2AR6A 4K1HA 1NMCA 3B00A 1WUVA 1QGLA 4YGEA 1A78A 5GJ6A 1SFYA 4HZYA 4YM1A 5CNAA 4M00A 5NN9A 2E51A 1ENQA 1SBEA 2GN3A 3WHUA 1AX1A 4OZXA 1MS0A 1DLLA 1S0BA 5IK7A 3ZXEA 1NNAA 5JMCA 2CY6A 1G8WA 2YXSA 3AZYA 3D11A 1F8CA 3A0KA 2E7TA 3SITA 4AGVA 1SLCA 1NNBA 2EIGA 3JUUA 2YA5A 4XDQA 3AFKA 2F24A 2WT2A 5GLTA 5T54A 1H9PA 4Q27A 5DUUA 2D3SA 3ILNA 1RINA 1QKQA 3SILA 5IUQA 3O5SA 1N1SA 1SLTA 1V6LA 2EALA 1WW4A 1LU1A 3RMYA 1E8UA 2KM2A 4GXLA 2SBAA 2CTVA 3O0XA 1MS8A 4YG6A 2YZ4A 3BEQA 4CPMA 1W20A 4YZ2A 1GZ9A 2R1DA 4H53A 1LOBA 4XXPA 1ZM1A 2A71A 1GZWA 3NV4A 5EYXA 5JOXA 1Q8QA 2D3RA 3A4UA 1NSBA 2QWAA 1SLAA 4QN5A 1GBGA 5T5LA 1FV3A 1LOFA 5DUVA 3AYCA 1W6PB 4PQ9A 2DV9A 5F5QA 3N7JA 4GKYA 5T55A 1JW6A 4TZDA 1A4QA 1A3KA 5SV8A 3CL2A 4XJWA 4QN4A 1IS3A 2OW4A 3USUA 4MWRA 2Z42A 4GJTA 2ARBA 1ULFA 2JE7A 1SLBA 3SISA 4YZ1A 3NWKA 4C1XA 4FVKA 1LOFC 2UU8A 3LSEA 2CNAA 4GA9A 2JDZA 3I8TA 3RSJA 2B7YA 4R9AA 1ULGA 5DZFA 1WW5A 4R9CA 4MZAA 4Y1XA 5GLZA 3INAA 6NN9A 2E53A 3WG4A 1ENRA 2EXJA 4D69A 5HUGA 3WDUA 1MZ5A 4XJAA 1SACA 4F83A 2F12A 4K21A 4RL7A 3GVKA 2R49A 1SLLA 1W6OB 2DVDA 4TYSA 1WW7A 1CR7A 1L7GA 4XYXA 1DQ0A 1N3QA 4BLIA 4LBNA 1V3DA 4XJRA 5T5PA 1GICA 1S1AA 4HZWA 1O4ZA 3O9JA 1MR5A 1GANA 1H9WA 1F31A 4Q6KA 4UW5A 1LTEA 4K20A 1UPSA 1SCSA 2XG3A 2ZHMA 4PBOA 4AVVA 2A7AA 2W08A 1KDMA 4JRAA 1Z4ZA 4XBNA 3IMNA 1QDCA 1DIMA 1S0JA 5E89A 3SH3A 1DYKA 2C4AA 1LCLA 5CBLA 1PZ9A 3OY8A 3VKFC 1IVCA 2GNTA 3AX4A 4QN7A 1C1LA 2RKCA 3POYA 3WG2A 1L7FA 2QWIA 4MWUA 2WQZC 1B9TA 1FATA 3RQ0A 3WDXA 4P14A 4B7NA 3WDTA 5LK5A 1WLDA 4FPKA 2NMOA 5E88A 2A6YA 3O9KA 4KS4A 2DYCA 1KRIA 3IKWA 3V0BA 3ZYRA 4GDIA 4HANA 2HTRA 3POSA 1DQ4A 2A70A 4LBMA 2ZABA 4AYUA 3H6JA 4KBBA 1Q8PA 2EXKA 3ZXLA 3ZXFA 1V3EA 2W5OA 2AEPA 1S0DA 4YW3A 2WLQA 2UWAA 5IT6A 2EF6A 3UL2A 4QNPA 1QOOA 2PHTA 4FOWA 4FPLA 4KS2A 3ENRA 1XQNA 3LSDA 1NMBN 5IK5A 2DVBA 4YW5A 3VKNA 4YW4A 4YW1A 1IS6A 4HZXA 1A4GA 1QNWA 1QMJA 1H30A 1JHNA 2D7FA 5HCBA 2QWKA 2VU9A 1LJ7A 1C57A 2VW2A 4C1WA 3I4IA 3VKOA 3TB0A 2VK5A 3OYWA 3DUIA 2YY1A 1EPWA 4XBQA 3TI5A 2F10A 1UKGA 2SILA 2QWBA 3POWA 1GYKA 1VCJA 1D2SA 1F8DA 1KQRA 4I00A 2D43A 1LHNA 4FPEA 1MS1A 2ES3A 3D12A 1LENA 2BZDA 3QCWA 5FREA 3MEPA 3ZYPA 3AP5A 3TIAA 2G4IA 4SLIA 1FX5A 3WCSA 1EUSA 1V6MA 5FRAA 1WBFA 1CJPA 2AUYA 5H9PA 3NV3A 1NCCN 1W6NA 2ZGMA 2ZAAA 3TIBA 1G9BA 1S0IA 4FPOB 2CMLA 4YGBA 3O0VA 1G7YA 1W8NA 1G9CA 4MC7A 1AXKA 1UZZA 2D44A 3B01A 2ZGQA 1APNA 1JBCA 2D6MA 5GLVA 5DZEA 4CPNA 1GZWB 2D6KA 1EURA 4M3CE 4Y22B 1AJOA 4ISRA 4PCRA 1NN2A 5GZEA 1INFA 1AXZA 5KXBA 3IPVA 1USXA 4BMBA 3AK0A 3V65A 2QWEA 2W5NA 3TI6A 1V3BA 1V3CA 4X4AA 1FNZA 1DFQA 4K1ZA 3AP4A 3RS6A 3FUQA 1BYHA 7NN9A 2PHRA 3IN9A 3M3OA 3USUB 3M3QA 1I1EA 4DQAA 1FNYA 2VWDA 3M1HA 4IQPA 1Z4VA 4MWWA 2QWFA 3N7MA 4AVTA 2DURA 2HU4A 1FAYA 3WDVA 5H9QA 3FLTA 4YLZA 4FZHA 3VKMA 1LOCA 4MJVA 1F8EA 4MWVA 4M3MA 2PHFA 4NN9A 4AGRA 4LBOA 4GZSA 2D6NA 4Y1YA 2NP0A 1DZQA 4GDJA 3WNXA 5AVAA 2YV8A 3ZVXA 1BJQA 1SCRA 3HR9A 4FOQA 2W68A 5GZCA 2A6WA 5GZDA 4ATEA 5IK8A 4HZZA 1LODA 4GZPA 2VY0A 3OPZA 2OUHA 2PHWA 2D3PA 1MZ6A 5EWSA 2ZGKA 3NN9A 2JJ6A 5DG1A 2ERFA 2VSKA 3AXEA 1N3OA 2HTVA 2VW0A 2V73A 4LBJA 2A3WA 5JOYA 1V6KA 4Q1RA 4UF7A 4ITCA 1SO7A 2CL2A 4CZSA 4W65A 2W39A 1N1TA 3T1LA 4KS5A 3AP7A 1IVBA 1IVEA 1Q8OA 4Y1VA 3WLUA 3T1MA 3UK9A 1Z4YA 1I3HA 1DQ6A 2R0HA 2E6VA 5L73A 4FPHA 1GSLA 2UWBA 2WSUA 1LGCA 4P9YA 2ARXA 2BATA 1ULDA 2XZJA 3DGTA 1AJKA 1V0ZA 3N35A 1WW6A 3WG3A 2ZGLA 3AZVA 1IS5A 3BODA 1JUIA 1NXD1 5JYYA 1INVA 4BPZA 3OY8B 4WEGA 1VIWB 1A8DA 4NOTA 4FP3A 1EUTA 2HTUA 1LHWA 2ZACA 1LHVA 1B09A 2EXHA 3ZSLA 4XJUA 1J1TA 2AREA 3ZSJA 4J9TA 2NN8A 1CN1A 1HQLA 4Q26A 2C4LA 3FLPA 4I30A 4Y20A 1YYNA 3AXDA 4FQ4A 3V0BB 4BOWA 2VVZA 1IVGA 4JF7A 4WA5A 4M3CB 2DUOA 3CL0A 3T1EA 4GZXA 1HLCA 4JC1A 4YZ4A 2DVAA 4Q2FA 2ZMKA 2YROA 3AYAA 4ATFA 4BM8A 4GALA 1V6JA 4CRQA 1W1XA 4BMEA 1LECA 2DWRA 2JECA 2CWMA 2GMPA 2QWHA 1V6IA 2DTYA 4LBQA 2GN7A 1INXA 1GV9A 4XMIA 4FOVA 2HYKA 1W6MA 3W09A 4Z8BA 1S0FA 1YRZA 1DBNA 4K1JA 4MZEA 4ISQA 3WDYA 2EXIA 3OBRA 3M3EA 5EXOA 1W0OA 4LBLA 2P3JA 3PVNA 1JOJA 5JDBA 4FVVA 2FHRA 1DQ2A 2A5ZA 1Y7BA 4XTMA 2YA7A 4NC5A 3AYDA 4XXAA 1W6QA 1IKQA 2JE9A 4AVSA 4PBPA 3OYWB 1IVDA 3WOGA 1G9FA 3TAYA 2XCYA 3GVJA 4HIZA 3BOPA 4Y1ZA 2V5YA 3APBA 4UW4A 2CWSA 3PMEA 1V6OA 3UJOA 2DUQA 2VSMA 4MJUA 4K1IA 3PJQA 3OBTA 3FLRA 4YGCA 3TI3A 4DPNA 5JOZA 1IKPA 4QN6A 3C2UA 3WHTA 3PVEA 1QF3A 4FQZA 4K3YA 4H52A 1GZCA 1YXWA 2EAKA 1LEDA 1MS4A 3AP6A 3OJBA 5T50A 3GALA 5DUXA 1ENSA 3A71A 2WKKA 4YM2A 1N1YA 4GZOA 3WV6A 2BQPA 1WBLA 4HL0A 3WCRA 1HKDA 4R9DA 1QOSA 3L2YA 4DFSA 3K39A 4GWNA 3GVLA 1QNYA 2P3KA 2YDPA 2ZGNA 3AJYA 1AZDA 2HT8A 1CESA 4Y26A 4BBWA 3PVOA 2GDFA 3Q9OA 2A3XA 2D6OX 1JYIA 5GALA 4GB1A 1IOAA 4WVVA 2OUJA 3IPVB 2WJSA 4NCSA 5KXCA 1C1FA 1GKBA 1KJRA 1S0GA 4YM3A 1WD4A 4YM0A 1LOEA 5B2CA 1NCAN 1DGLA 1VCUA 2GNMA 2F25A 1BQPA 1N1VA 1DQ1A 4XJ9A 5T52A 2XB6C 1Q8SA 3ALXA 2ENRA 3RRDA 4MWLA 2F29A 3A0NA 2WNEA 2F0ZA 2ZA9A 1NMAN 2VK6A 4FP2A 4AWDA 1AXYA 2YA8A 4JCKA 3K37A 4YG0A 1E8TA 1YIFA 2P3IA 2A6VA 1F8BA 5IK4A 2OVUA 4B7JA 4U2AA 4YG3A 4B7MA 2GNDA 3W59A 3TI4A 3K36A 4MWYA 3U4XA 2ZHLA 5JOWA 3GNEA 1LOGA 3K3AA 1Z50A 2ZMLA 4X47A 4WZFA 5GZGA 4YFWA 4M4NA 4L8QA 3WDWA 4DGRA 3B3QE 1V0EA 4XZPA 1CVNA 1NCDN 1WCSA 3H73A 1RIRA 4ZXKA 3RMXA 1URXA 1W0PA 3AP9A 3O12A 3INBA 3AYEA 4QN3A 1ONAA 3SANA 2A6XA 4BQ1A 1UX6A 4GEZA 3R05A 2AH2A 1GNHA 1DHKB 5T5OA 1FV2A 3FBYA 1V0FA 1VAVA 4YZ5A 4WVWA 5CB7A 3IM0A 2YA4A 5B2DA 1CQ9A 3H71A 1MS5A 1Q8VA 4WV8A 2AENA 3O0WA 1UMZA 3MW3A 3ZXJA 1WLWA 1UAIA 3T2TA 5GZFA 3FUOA 3V0AA 3FFZA 1INYA 3N3HA 4Q8KA 1AX0A 4ASMB 2DVFA 3NSSA 2GALA 1NSDA 5T5JA 2JD4A 3CKZA 4H55A 4CTEA 3BTAA 2HTQA 3AZXA 3NV2A 4XJQA 3N7KA 4Q8LA 3D4KA 1N47A 3MW4A 1VALA 4GKXA 1NLSA 2QWDA 1NCBN 2C9AA 1F9KA 1WLCA 1LU2A 1Z78A 2ZGUA 1IS4A 2ZB6A 4DS0A 1IVFA 2VXRA 1JYCA 1WCQA 1PZ8A 1AF9A 1QU0A 1LHOA 2UWCA 4XJZA 5GLWA 1LULA 3NV1A 4Y20B 3B7EA 2QWJA 1E8VA 4CPLA 3WG1A 3TI8A 2R1BA 1Z4WA 2LALA 1MACA 2F27A 4Y1UA 2BF6A 2B8HA 3BIWE 2XZIA 3K38A 4XMAA 4XILA 1SBDA 3WUDA 3QLQA 1SLIA 1RITA 3ZPYA 3KQRA 1CPNA 3A72A 4YFZA 1YI7A 4LBQB 4XIOA 3M3CA 2ZMNA 4UW6A 2GMEA 4Y22A 5JLVA 5HUMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2WUHA 1LEMA 2X9MA 4RN5A 1VLNA 5CKNA 1YI9A 4INDA 1UX7A 4Q4X1 4CU9A 4O65A 4K8RB 4Y5TA 1CAVB 5K0UA 1OOPA 2NZ9A 3RFRA 5ABJA 4MWVA 4NE9A 3ZGCA 3AJZA 4KGQA 4HZVA 1H2KA 3HN1A 3Q8EA 4P9XA 3H0OA 2YDTA 3ZMNA 1S0EA 3D6EA 2R0FA 4N9IA 3UV9A 1XYNA 3TICA 2A75A 4Q1PA 4XQDA 4XBLA 2F13A 4KBZA 1CPMA 3I7DA 4IGOA 3UGGA 4CCNA 5A6YA 1K5MC 1RJ7A 3AKQA 1UZ0A 2YA6A 2AC1A 1CONA 4M4PA 1CZVA 3IZOA 3NKTA 1V6NA 2KXLA 4AH4A 3RYPA 2F28A 2R16A 3UJQA 4XF3A 3B9CA 1JI6A 2SIMA 3VBSB 1DQ5A 5HUKA 5DUWA 4FPYA 1V70A 3A7QA 2DCKA 4CUCA 5E8AA 4KS1A 1GWLA 1SPPA 2PFWA 3KMHA 2QQLA 2BFUL 4LBQD 2WR9A 4BYYA 1QJEA 4DXTA 4CPYA 4D8SA 3ATGA 4JTNA 2DTWA 1V9U3 3SOBB 1DDLA 3QOPA 1TZOA 1W6QB 2F26A 1F4AA 1NE6A 5J48A 2HEVF 3VZLA 3LPFA 4EZHA 1SG3A 1W8TA 1B9SA 4UOUA 2ZGRA 1V2IA 2Q0AA 2CU5A 1D7PM 3VBFB 5K8SA 1KFXL 5FZGA 1EY2A 1HQWA 5HX0A 5H9RA 4A0PA 3M2MA 5K0UC 4JGZB 1IHMA 1U5XA 4BQWA 5ABJC 1HDKA 4HPKA 1NPEA 4FTEA 1L7HA 2RHPA 4LR4A 3O1SA 1Z7S3 4XFCA 1FYUA 3AZWA 4QHOA 2HLEA 2PQSA 2VQUA 2HWF1 4P9IA 1V9U2 3MW2A 3WNNA 3OGJA 1RUE3 3LIHA 1ULCA 4LPLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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