4XHBA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with pentanediol and ches
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain atcc baa-334 / tigr4)
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 194
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xhbA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xhbA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xhbA02
3AYCA 2B8HA 4B7NA 4DRRA 1JUIA 2ZGMA 4Q1RA 3D4KA 3RMYA 1LESA 1WW4A 3VKMA 2ZGUA 4LBQD 5EWSA 3KQRA 1N3OA 2I2SA 5IK8A 4AVTA 5T50A 2YDPA 4M4UA 1PZ9A 3PVNA 3AXDA 3QLQA 3PMEA 5DUUA 1TEIA 1G86A 2QWDA 4GZSA 6NN9A 4XBLA 2DU0A 2W39A 1DFQA 2P3IA 4GDJA 2D44A 5HUMA 2ZHNA 1YYNA 5DXDA 2VSMA 1XOEA 1V3CA 1NCCN 4XIKA 2WSUA 2W5NA 1LGCA 5H9QA 3KM5A 5DZFA 4CRQA 5JVVA 1LHOA 3AJZA 2UURA 4M01A 4FOWA 1AX1A 1LOGA 3IMNA 4ISQA 1IVGA 3T1MA 1PZ8A 4JRAA 2WT2A 1N1TA 2PHTA 3D12A 4XIOA 5DUWA 2NP0A 1B09A 2AH2A 5KXCA 2W38A 2YA6A 4M3CB 2RHPA 1SCRA 2F27A 2ERFA 3AP6A 1OKQA 3VKNA 5L73A 4HZZA 1YRZA 3PVEA 1HKDA 2WNEA 2JE7A 4YLZA 3AP5A 3JU9A 2GALA 1RITA 2SILA 4DGRA 5GZDA 3M1HA 2JE9A 2D43A 2DVFA 4X47A 4Y20A 2A6YA 1SLCA 4Y1XA 4XMIA 1HDKA 2VUAA 2VW0A 2W68A 4JCKA 4AGRA 4CPMA 2DTWA 1WUVA 5GZGA 3V0AA 4Y22A 2PHFA 2NYYA 3HR9A 2W08A 2YXSA 4QN3A 1W20A 5KXEA 1V3DA 4YM0A 5IK5A 5LK5A 4F83A 4HZVA 3ZXFA 1I3HA 2ZMLA 5CB7A 2ZABA 1IVCA 3H72A 1INHA 2CMLA 1SLLA 1B9VA 4XHXA 1AX0A 4XXAA 1INXA 1NMCA 3M3EA 1WLDA 3A71A 2GDFA 4BM8A 1DYPA 1IOAA 5GLVA 2W5OA 4XOGA 4M4VA 2HTVA 4YG6A 2F26A 4MJUA 2EXHA 1ULEA 1EPWA 2B7YA 2UU8A 4WA3A 3T1EA 3CKZA 1WCQA 1MS0A 1A78A 1FNYA 2R0HA 4FVVA 1DQ6A 2DVAA 1CQ9A 2E51A 2EIGA 4YM1A 3WDWA 3MW3A 4FPYA 3TI3A 3WCRA 4YG3A 4FQZA 2VK7A 2BERA 3I4IA 2E7TA 3VKFC 4XILA 1IS3A 4K1JA 2PHXA 2Z42A 4YGDA 4FOYA 4FP3A 3WDYA 2ZGLA 4HIZA 1MZ5A 1NNCA 1VCUA 1KJLA 1IVDA 2ZB6A 1F5FA 5T54A 2VW2A 2DUPA 4ATEA 4Y1VA 3MW2A 2EXJA 4Q8LA 1C1LA 1IKPA 3M3OA 1V6MA 3V65A 2R16A 5T5JA 1LOCA 2UWCA 2ZAAA 5AVAA 2CWMA 2NMOA 4XE9A 3AFKA 4XHBA 2VWDA 1MACA 3M3CA 4GEZA 3BOPA 4MWJA 3TAYA 3OBTA 1JOJA 4SLIA 2E7QA 3A0NA 3H6JA 3WG3A 3SITA 3TICA 3K38A 5JYYA 4MWLA 4GZWA 1L7GA 1N1VA 3IPVB 2A3XA 1BJIA 4AGGA 1Q8SA 2ARBA 2A6VA 2XB6C 4PF5A 4I00A 4AGVA 4R9DA 4KS2A 3Q9OA 1AX2A 1V6NA 3UL2A 2VU9A 4XJ9A 3AYEA 4U2AA 1WW6A 4LBQA 2HU0A 1MS8A 2A6XA 2WLQA 3NN9A 4CPZA 2UWAA 3GALA 3LSEA 4GALA 2RKCA 3TI5A 2VW1A 1AVBA 4KS5A 1LENA 2AYHA 1S0FA 1INGA 4P9YA 1ZM1A 2QWBA 1EURA 1NMAN 4M3CF 1SO7A 1A4GA 1XOGA 3W09A 1F8CA 1INVA 3HMYA 4NOTA 2CY6A 1W6NB 2A6WA 2YROA 1UZZA 1A8DA 1Z4WA 1IVBA 2GNTA 2HU4A 2W20A 3B3QE 1CONA 2HTYA 1NNAA 7NN9A 2YY1A 4YM2A 3WZ1A 5GLWA 1CPMA 4QN4A 1FX5A 2SBAA 1N1SA 4AYUA 1ENSA 5T5PA 4DS0A 1N3PA 1Y7BA 3N35A 5E8AA 4K1KA 4UW5A 3O9JA 4GJTA 4K1HA 1F8DA 1C1FA 5DZGA 2A7AA 1W6QA 3TB0A 5GLUA 2QWIA 4KS4A 2GMMA 5F5QA 1E8UA 5EYXA 2P37A 1YIFA 1XQNA 1UPSA 1YO8A 1FV3A 4WA4A 4Q2FA 5IUQA 4M4NA 5IT6A 1V0EA 2PHUA 3POWA 1W21A 4Y1UA 1MS5A 1W1XA 1GZWB 2V5YA 1SNTA 3TIAA 4ZKTB 3L2YA 4HL0A 2HYKA 3NV1A 1LECA 3BEQA 3NV4A 5GLZA 2AEPA 3M3QA 1A3KA 3B01A 1W6PB 1I1EA 2E6VA 1W6OB 4Y24A 5BYNA 4MWXA 2WSVA 1V00A 3VV1A 3NV3A 4FPKA 3WUDA 1PZ7A 3V0BB 2EF6A 4MZEA 3AXEA 1QOOA 4CPYA 3FLTA 5T5LA 2HTRA 1LOBA 2TEPA 3SISA 1Z4VA 3WDUA 1FV2A 3SH3A 3WHUA 3SANA 1NXD1 1GKBA 4DPNA 1QU0A 4LBJA 4XYXA 5HCAA 2DYCA 2ZGOA 1QNWA 4Y22B 3V0AB 3AZXA 2EXIA 1EUTA 4RA0A 3ZXJA 2R1BA 4H55A 3O0WA 1V2IA 1O4YA 2YA8A 1CIWA 2V73A 3FUOA 1G9BA 4FQ4A 3D11A 3NSSA 4X4AA 3INBA 4KBBA 2D6KA 3FLRA 2ZGQA 5DG1A 4YW1A 1NN2A 2DVDA 2F12A 1BYHA 1G7YA 3WVJA 1QF3A 1LULA 3R4SA 4LBNA 2OVUA 3QCWA 3CNAA 3VUOA 2XZIA 3ZSKA 2XCYA 4YGBA 2C5DA 2G4IA 4FOQA 2NN8A 1H30A 5FRAA 2AGSA 3VKOA 4NN9A 3OJBA 4YZ1A 4W65A 4QN5A 1DQ4A 2F24A 1E8VA 4GXLA 2ZGNA 4GWNA 3IN9A 4Q8KA 2WJSA 2A75A 2GMEA 1NLSA 2XG3A 5KXDA 4R9BA 1QGLA 3USUB 4MWVA 1LTEA 3AX4A 1JBCA 1FATA 4Z8BA 1S0JA 3WDVA 3ZXLA 3NWKA 4TZDA 4ASMB 2CNAA 1WBFA 2BZDA 1OQ1A 3TI4A 3WG1A 1WLWA 3O12A 1DLLA 1F31A 4P9XA 4NCSA 4YG0A 1LOFC 1Z78A 1S0IA 2EAKA 2D6NA 4M3CA 3MPPG 2JDZA 1LU1A 1QOTA 5KXBA 4BBWA 2VH9A 2F13A 4XDQA 4YFWA 2ZGTA 4BOWA 2D6OX 1U0AA 5HUKA 1EUUA 3FLPA 1UN1A 3RMXA 2SLIA 1S0EA 1HQWA 2E53A 2EXKA 1H9PA 1V6LA 1W0OA 4GKYA 1WW7A 3FUQA 1FYUA 4ISRA 1CVNA 2NM1A 2A5ZA 1IS5A 2LTNA 4UW3A 2VY0A 3UJQA 1Q56A 4LBOA 1ENRA 4GZOA 3SH5A 1URXA 4YFZA 3ZVXA 2R49A 1SLTA 1NCDN 1DILA 3BIWE 3WNXA 3B00A 2QWGA 2W52A 5JOXA 3H0OA 1MR5A 1MS4A 1SLIA 1N47A 2YMZA 1KRIA 1DBNA 1F8EA 4K1ZA 3R4UA 2NMNA 3OPZA 5GM0A 3U4XA 2F25A 1BXHA 2AEQA 3BTAA 2ZGRA 3WV6A 1L7HA 4XTPA 1CJPA 1MS9A 4L8QA 4LBKA 1S0BA 4XBNA 1HLCA 4B7RA 2D6PA 3B7EA 1W6MB 1WW5A 2C4AA 1G9DA 5JDBA 4XJUA 4CPLA 4C1XA 3ILRA 3B9CA 1JXNA 1VAVA 2ZACA 2SIMA 4MYEA 4RL7A 4QNPA 1S0DA 1MZ6A 1VIWB 4PQ9A 1Z4YA 1ZA4A 3K36A 3K37A 5SV8A 1NCAN 1W0PA 2CTVA 3ALXA 4M3CE 1SCSA 4GA9A 4WVWA 4GKXA 4D69A 3AZZA 2YA4A 1SFYA 2OUJA 4XXPA 1WLCA 1GANA 1Q8VA 1G8WA 1ONAA 3JU4A 1V6OA 4IQPA 1N3QA 2F0ZA 1AXZA 1KJRA 2QWEA 3N7JA 5EYYA 4FP2A 1C57A 3AZVA 3GVKA 3GVJA 1LEMA 4YW5A 2F28A 1LEDA 1D2SA 2GN3A 5HUGA 1UZYA 2ZKNA 2GNDA 1LOAA 4BPZA 3D5OA 2CL2A 3OY8B 4AVSA 4CPOA 1UX6A 1LHNA 3OYWA 4FPHA 4YW2A 1Z4ZA 1NSDA 1SLAA 1GZCA 1G9CA 4GZPA 4H52A 1VLNA 4FPEA 4WEGA 5JOZA 2AREA 1LHVA 2ZGSA 1S0CA 2A3WA 1KDKA 4CTEA 5DUVA 3SH4A 4Q6KA 2JKBA 1AXYA 3V64A 1BJQA 4GZXA 2KM2A 2R1DA 3IPVA 1KITA 1ULGA 1V6JA 5HUNA 2ARXA 3T1LA 5DG2A 2ZGKA 1SBDA 1GNHA 1INWA 3N7MA 3W59A 3ZYPA 3TI6A 1F9KA 5JOWA 4YGCA 1LGNA 1L7FA 1KDMA 5CA6A 4FOVA 4XJWA 1FAYA 3C2UA 4D8SA 2FMDA 2OUHA 1MVEA 3O5SA 4XJ8A 1INYA 2WKKA 4DRVA 5T55A 2P3KA 3W58A 1OFSA 4BMBA 4M00A 1QDCA 3AP7A 1LOFA 3OBRA 1IVFA 4M3MA 4QN7A 4DFSA 2EALA 3A0KA 2WT1A 1ULDA 3AP9A 1SLBA 1QOSA 4P14A 1BKZA 4Q26A 2D3SA 3WCSA 3CL0A 1AXKA 2XZJA 5HX0A 1Q8PA 1O4ZA 3R05A 1CPNA 4CZSA 2YV8A 3POYA 4ATFA 5IK4A 1UKGA 1NSBA 4Q27A 3WUCA 1GV9A 1V3EA 3ILNA 4FPFA 3AYDA 1NCBN 3WG2A 4XZPA 2CYFA 4MWUA 4BQ1A 1ULFA 4Y20B 2D7FA 2ZZJA 1JN2P 3VKLA 3ZSJA 5CNAA 3TIBA 4LBMA 1YXWA 1DZQA 2F10A 1QNYA 3MW4A 2HTQA 2QWFA 3SNMA 1GZ9A 3RSJA 1LHUA 4MC7A 3AP4A 5JMCA 2OW4A 4FJ6A 2ZMNA 2AUYA 2JECA 3POSA 3BODA 1HQLA 5FREA 4FPCA 3ATGA 3NV2A 4C1WA 2GNBA 1J1TA 3WHTA 5E89A 4R9CA 1GZWA 3WOGA 1V6IA 1NMBN 2HTUA 1F8BA 5T5OA 1N1YA 2ZB5A 1LODA 4Q1PA 5JLVA 2DU1A 5H9RA 4JF7A 1W6PA 4AWDA 4FPOB 1W6OA 1DYKA 2X9MA 1WBLA 4UW4A 3PVOA 4XJZA 2Q5TA 2C4LA 1IVEA 4MWWA 4QN6A 4Y1YA 1GYKA 1DQ0A 3ZSMA 1SBEA 4WZFA 3V0BA 2FHRA 4GB1A 3WLUA 2QWCA 5B2CA 2HT5A 4NO4A 1IKQA 2WQZC 1APNA 1WD3A 3DUIA 3A72A 1MWEA 4FZHA 4NC5A 4UF7A 3B69A 2ZHKA 1CESA 3WDTA 1KQRA 1Z0HA 2D6LX 4K1YA 4B7MA 2QWJA 3FFZA 2DUQA 1S0GA 2DURA 4K20A 1Z4XA 3OGGA 1V0ZA 4HZWA 1DQ1A 2AENA 1YI7A 1B9SA 4UW6A 4WV8A 1JYCA 1DIWA 4B7QA 1LCLA 2PHWA 1S1AA 4KS3A 1USXA 4YGEA 2CWSA 1GNZA 3N7KA 5B2DA 4YZ3A 4H53A 1W8NA 2ENRA 1MS1A 1GSLA 2ES3A 1RINA 1ENQA 5HCBA 4B7JA 2GNMA 5GZEA 2PHRA 2A70A 4YW3A 1DGLA 4FVKA 2A6ZA 3ALWA 4XJQA 3MEPA 1MS3A 4GDIA 1UAIA 3ASIA 3ZPYA 3DGTA 3H71A 2D3RA 3HN1A 4X6KA 4WEFA 1MVQA 3D6EA 4J9TA 2JD4A 1G9FA 2GN7A 2VSKA 1JW6A 1E8TA 3IKWA 4YZ5A 2ZMKA 3USUA 4MX0A 1D0HA 4LBLA 2DWRA 4LBQB 1LGBA 4YM3A 2VVZA 1SACA 3SLIA 4AVVA 4U36A 1V6KA 1NNBA 1GICA 3K3AA 1DIMA 3RQ0A 5H9SA 1DQ2A 3UJOA 3CYEA 2DV9A 2DVGA 2BF6A 5NN9A 2HT7A 2HT8A 1A14N 4FPGA 3OYWB 1BQPA 4XJAA 5IK7A 2QWHA 1LJ7A 4K21A 1C4RA 1QDOA 4Y26A 3RRDA 3RG0A 3A4UA 5M1ZA 1AZDA 1AJOA 1V3BA 2BQPA 1Z50A 3PJQA 4GZTA 2YZ4A 1G9AA 2R0FA 3O0XA 4YW4A 4I30A 1JHNA 5JOYA 4GZQA 1DQ5A 5GLTA 3ILFA 4YZ2A 1EUSA 1CR7A 4YZ4A 2D6MA 2UWBA 1VAMA 4BLJA 4ITCA 1UL9A 5DZEA 1W6QB 4XJRA 4OZXA 3AK0A 4JC1A 1QKQA 4K1IA 1B9TA 5GJ6A 2DTYA 3I8TA 2P34A 1UMZA 2YDTA 3CL2A 1A4QA 2WT0A 4WVVA 3ENRA 4TYSA 5H9PA 3O0VA 1JYIA 1R1ZA 2AR6A 3AZWA 3FBYA 1FNZA 1QMJA 3SILA 1DHKB 3GVLA 4HZXA 4BMEA 4XTMA 1LOEA 1ULCA 1WD4A 3K39A 4KS1A 2A71A 1CN1A 4X49A 1LU2A 1W6MA 3WDXA 4ZXKA 3ZXKA 2VK6A 1AF9A 5T52A 1VCJA 5F9TA 2QWAA 1H9WA 4MWQA 5CAZA 4PBOA 1USRA 2F11A 3LCPA 1IS6A 2BATA 4HANA 3ZSLA 1Q8OA 1LHWA 5DUXA 3N36A 4DQAA 4CPNA 5GZFA 4BLIA 1IS4A 2DUOA 4R9AA 2P2KA 2H0BA 2NZ9A 3APBA 2ZHMA 2P3JA 3AZYA 2ZHLA 1X50A 3ZYRA 4MJVA 2ZBJA 3UK9A 4GWMA 5EXOA 3M2MA 4FPLA 2C9AA 2DVBA 3O9KA 4FPJA 4MWRA 4WA5A 3N7LA 3WG4A 4Y1ZA 2GMPA 2D3PA 3LSDA 4XMAA 4PBPA 2PELA 5GZCA 2YA5A 2ZGPA 3H73A 3SALA 4MWYA 4XBQA 5CBLA 4K3YA 2VXRA 2JJ6A 4PCRA 3AJYA 4HZYA 1W8OA 3IM0A 2VK5A 1RIRA 1GBGA 1Q8QA 2YA7A 3T2TA 2LALA 1V0FA 2A3YA 1AJKA 1VALA 1WCSA 3OY8A 4P9WA 3GNEA 1NSCA 2HTWA 5GALA 2XZKA 2F29A 3ZXEA 3RS6A 2ZA9A 5E88A 1BZWA 1INFA 1SBFA 3INAA 5HCFA 1GLHA 3AYAA 3TI8A 1W6NA 3N3HA 4MZAA 3JUUA 2QWKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3K75B 3AYCA 1PK6A 3T2QA 4N1BA 4YWAA 4GNCA 4LUMA 2B8HA 4B7NA 2OQ7A 3OEAA 1HRV2 2BUKA 1VR3A 2W0XA 3RJ2X 4DRRA 4ZGCA 3WF0A 1JUIA 1ZBA3 3A9HA 5C8CA 2ZGMA 4Q1RA 4QAWA 3T3YA 4OI0A 4W4ZA 2RS33 4KNCA 4PLOA 5D9BA 1ND3B 1KGYA 3D4KA 4XETA 1IQDC 3K77A 4WM7A 2CGOA 4LOTA 4A42A 2J1VA 1V70A 1XE8A 2HEYF 2FDKA 3RMYA 3NJZA 3E6CC 1LESA 1WW4A 4MZUA 3VKMA 1JYVA 2ZGUA 2ZZKA 1ZZ9A 2MEV3 4LBQD 4AEDB 4PDWC 4FAGA 5EWSA 1MZEA 1ODMA 3KQRA 3MUY1 1N3OA 2I2SA 3ABZA 1UO9A 4IV3A 4XCAA 4AQ6A 3HJRA 5C71A 5IK8A 3OUIA 4A6OA 4NPMA 3NJXA 4AVTA 3LA7A 5T50A 2YDPA 1JZ3A 1ZRCA 4CU8A 4RFRB 5DMYA 3KZ4C 2FDFA 2IXLA 2OIIA 1RUF2 1RHI1 3ACHA 4CP2A 4M4UA 5A6ZA 3SCHA 4GMP0 1RMU3 2OXBA 1PZ9A 2XWBB 3PVNA 3AXDA 4R52A 5D8AA 5FBJA 5LASA 3WW2A 2VMHA 3QLQA 4FAHA 3GZUC 1VP6A 1MPXA 3PMEA 4NRPA 5DUUA 1TEIA 2H2NA 1G86A 2QWDA 4JRLA 2Q8OA 5FNSA 2TNFA 1ZBE1 4KWUA 2NLRA 5FFOC 4GZSA 6NN9A 1X7NA 1BMV2 1PIV1 4XBLA 4XW3A 2DU0A 2W39A 3AMMA 1DFQA 1DDLA 3E5XA 2P3IA 4GDJA 2D44A 5HUMA 1W3VA 4Z92B 2XUEA 4XDPA 3SCFA 3ECQA 4YVSC 1U6DX 5FMOL 2ZHNA 1VBD3 4RR3A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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