4XHXA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin and 2-[(3-chlorobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain atcc baa-334 / tigr4)
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 196
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xhxA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xhxA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xhxA02
3WCRA 2DUQA 5T50A 2B7YA 1CQ9A 3WCSA 5KXCA 5GJ6A 4M3CE 3BOPA 4Q26A 2PHFA 5GZDA 1JUIA 2QWHA 1N3OA 2XB6C 1NCAN 3ILNA 2ZB5A 4GWMA 5H9QA 1WUVA 5DZFA 3NV2A 3H73A 1S0EA 1INVA 3H0OA 1INGA 2WT2A 4WV8A 2JJ6A 3UJOA 4X6KA 5H9SA 2D3SA 2HYKA 2OVUA 1UX6A 2ZGPA 3W09A 4MWXA 2GNTA 2GALA 4DPNA 5CNAA 2D6MA 1W8NA 2PHXA 2HTUA 5HCAA 4QN6A 3UK9A 3R4UA 1V0ZA 2GNDA 2ZGRA 3Q9OA 4LBQD 3AYCA 4YW4A 1RIRA 3VKNA 1V6IA 1V2IA 4UW5A 2ZHNA 4FPOB 2HU4A 4GB1A 1L7HA 5EYXA 1AF9A 1LJ7A 2VK5A 4FQZA 2YA7A 5DG1A 3NSSA 2ZACA 2ZMLA 3AZZA 3H6JA 4Q6KA 2ZGLA 1ULDA 5JOWA 4B7NA 3IKWA 1O4YA 1WBFA 2LTNA 4WA4A 2F11A 1AX1A 2UU8A 5HUNA 2YZ4A 3K3AA 2A6YA 3M3CA 3JUUA 2AGSA 2YMZA 1V6LA 1JXNA 3ZSMA 4ISQA 2ARXA 4FPYA 2ENRA 1B9SA 4MWJA 2QWDA 2CL2A 2DUPA 1BJIA 4CPOA 3M1HA 1S0FA 1SNTA 2YDTA 1Q8PA 1R1ZA 4FPHA 5HCFA 1ULEA 3TI4A 4K3YA 3K38A 4RA0A 2VW0A 2ERFA 5KXBA 1F31A 1SLTA 4XJ8A 2XG3A 2ZGNA 4GKXA 5JMCA 5GM0A 1LCLA 1IOAA 1IVDA 2SLIA 1DQ0A 4XBLA 5DUXA 1Z4ZA 1DQ4A 4BBWA 1FYUA 3M3OA 5M1ZA 3TI3A 3B01A 2NZ9A 3O0XA 1LGNA 2BF6A 3AJZA 4YW2A 1NNAA 4XTPA 3D4KA 1QKQA 5F9TA 2CY6A 4TZDA 2YA8A 4QN5A 4H55A 3O9KA 2DVGA 1INWA 5HUMA 3GVLA 3SH3A 1OKQA 2UWAA 1BJQA 4M4NA 5FREA 1NSDA 4Q2FA 1WW5A 1BZWA 2F0ZA 1LOGA 3PJQA 3BTAA 1LOEA 3FLPA 2V5YA 5H9RA 2F28A 4LBLA 4HZYA 1GYKA 4GZSA 3VV1A 3POSA 1D2SA 4P9WA 1YI7A 5DG2A 1XOEA 1F5FA 5IK7A 4KS4A 1JW6A 1GZ9A 4TYSA 2GMEA 2VK6A 3OPZA 5HUKA 1S0IA 3WDXA 1HKDA 4WVVA 4YW1A 4AVVA 1A4QA 2C5DA 2ZMKA 3BIWE 4XTMA 1ZA4A 4Q27A 3RRDA 1VAVA 2F24A 1V6MA 4AGRA 1WW7A 2PHUA 1GANA 3B00A 4YFZA 2C4AA 4GZWA 1H9WA 1LHOA 2C9AA 2D44A 1EUUA 5T5PA 2F13A 1S0BA 3M3EA 3TI5A 2ZGTA 4CPYA 3SISA 4C1WA 3TI8A 3I4IA 1W6NB 1USRA 4U2AA 1APNA 1AZDA 2AUYA 3SH5A 1F8CA 1Y7BA 3ZXJA 4ISRA 3ZSLA 3APBA 3INAA 5EYYA 2VUAA 3WDTA 3NN9A 3USUB 3I8TA 4AVSA 2OUJA 3OJBA 3AP4A 2DVFA 1V3CA 3PMEA 1LHNA 4DGRA 1IVBA 3A4UA 3WDUA 4Y1VA 4XE9A 3IM0A 4B7MA 2AH2A 1G9DA 3AK0A 3USUA 1ULGA 3V65A 2ZABA 1G8WA 1LECA 4K1IA 1S1AA 3O0VA 1IKPA 4Y22B 4FPCA 2EXHA 4GA9A 3T2TA 1INYA 2HTQA 4OZXA 4P9YA 3D12A 2PHRA 4NO4A 1CJPA 1U0AA 2BZDA 1W6MB 4YW5A 1QOSA 1KDMA 4U36A 1SFYA 4XJQA 4Y22A 1FX5A 2DVAA 4XHBA 4CTEA 1FATA 2E51A 1USXA 3AYDA 2CTVA 4PBOA 2W52A 1N47A 1LHVA 1W6MA 3WVJA 4BMEA 4XJAA 3WLUA 4P14A 4ZXKA 3H71A 1WBLA 3FLTA 1DYKA 1DQ1A 2E7TA 1W21A 4AGVA 2YDPA 1SLAA 1JBCA 5E89A 1INXA 4MJVA 2D43A 1Z78A 2B8HA 3PVOA 2QWIA 3ZVXA 5DXDA 3N7LA 2VW1A 1MS1A 4PQ9A 3WZ1A 3CKZA 1LODA 1YYNA 3K37A 4FP3A 3AZVA 1A78A 2W5OA 3C2UA 3OBTA 3OY8B 1SCSA 3VKFC 3RQ0A 3N36A 4HZWA 2A6XA 4X49A 1ENRA 2ZGMA 3AX4A 1FV2A 1IS3A 4XHXA 1JYIA 4GZOA 4XJWA 2HTWA 5LK5A 4YM0A 3OY8A 3T1MA 1H9PA 1V3BA 2YXSA 3B7EA 2A3WA 3N7KA 4PCRA 4X47A 5EWSA 1FAYA 3WG4A 2HT8A 1W6OA 4FPLA 6NN9A 1PZ8A 4GZTA 4B7QA 3MEPA 3TIAA 5HUGA 1MVEA 2PHWA 2QWGA 1WW6A 3BODA 1I1EA 3D11A 2EXIA 1Z4YA 1W1XA 3HN1A 2HT5A 3MW2A 1IS5A 2ZZJA 2QWBA 4XJ9A 2DU0A 2D7FA 2P3IA 3ZPYA 4F83A 3U4XA 1G86A 3OBRA 2NMNA 1A8DA 3ASIA 1Q8SA 1IVCA 3FUQA 3DUIA 2YROA 1B9VA 1DQ6A 1SLIA 2HU0A 2JKBA 2Q5TA 4BPZA 2I2SA 3WDYA 2X9MA 2WSUA 3GVJA 4XOGA 1N1TA 5T5LA 1SLBA 2CWMA 4ATFA 2FHRA 5T52A 4MJUA 1CESA 1SLLA 4WVWA 5GZFA 4DFSA 3VKMA 1CPNA 4JC1A 2YY1A 1JYCA 2NN8A 3AP5A 1NN2A 1V6NA 1W0PA 3AYAA 3TB0A 1A3KA 3ILRA 3CL0A 4JCKA 1EUTA 4CPLA 5IK8A 1QU0A 3ZXLA 1W0OA 1KQRA 3ZXFA 2VSMA 1MVQA 2UWCA 3MW3A 2JE7A 2A6WA 4CPMA 2ZHLA 1S0JA 2JDZA 4KBBA 4K1ZA 3B69A 3FBYA 3WV6A 1QF3A 4Q8KA 5L73A 3KQRA 1JHNA 2A6ZA 3AP7A 2GDFA 2NYYA 4Q1RA 1GKBA 4K1HA 3HMYA 3SITA 4GJTA 2ZA9A 5CB7A 4B7RA 1HQLA 4MWQA 1AVBA 2GN7A 3ZSJA 4UF7A 4FP2A 2DTWA 1NMBN 1V0FA 4XBQA 4BM8A 2XZJA 2R0HA 1I3HA 1SBEA 3R4SA 2D6LX 1UZZA 2AYHA 1V3DA 4JRAA 4XIKA 4BLIA 5JOZA 3POYA 3RMYA 4CRQA 1MZ5A 1WLWA 3ZYPA 1ULFA 3AZYA 4I30A 2PHTA 2ZB6A 2GNMA 3PVNA 2WQZC 1BKZA 4WZFA 3H72A 2DU1A 1LU1A 4NOTA 2VU9A 4XDQA 5H9PA 1Z4WA 2A3XA 1V6KA 1DQ2A 4IQPA 2GMPA 4HZZA 1KDKA 1OFSA 4NCSA 1L7FA 1EURA 4FVVA 5DUVA 4WA5A 1N1VA 1V6OA 1HLCA 1DFQA 2E53A 2VH9A 3AP9A 5IT6A 3WG2A 1NSCA 3V0AB 2ZKNA 3K39A 3AFKA 1WD4A 4FZHA 3V0BB 2DVBA 2XZKA 2D3RA 1X50A 1XOGA 5FRAA 3NV4A 3JU4A 5CA6A 4PBPA 3T1EA 3TIBA 4GZPA 3POWA 4YFWA 2AR6A 3LSEA 1NCBN 1NCDN 3RSJA 1KJRA 2NMOA 1Z50A 4M3MA 2WT0A 5JOXA 4H52A 4MWVA 4Y26A 1B09A 1QNWA 5E88A 1VALA 1CN1A 4AVTA 1EPWA 4M3CB 2A7AA 2OW4A 4M01A 2VXRA 1V00A 1MR5A 4YM2A 3A72A 2G4IA 2F26A 1V0EA 1IS6A 3D6EA 1MACA 5HX0A 1H30A 3IPVB 4Y1UA 3CNAA 1NMAN 4M3CA 1PZ7A 4WEFA 5E8AA 3M2MA 1GNHA 2H0BA 3ATGA 4FPGA 1XQNA 3WHUA 1E8UA 3WOGA 1VCUA 5GLTA 1HDKA 1A14N 4L8QA 3IPVA 4GALA 1W6NA 1A4GA 1DILA 3SNMA 4FJ6A 2P3JA 1LHUA 1NCCN 2GN3A 2E7QA 2EF6A 5IK5A 3FLRA 4XJUA 2WT1A 4DRVA 4MYEA 4AGGA 2QWCA 4XIOA 1QGLA 2GMMA 1UPSA 3D5OA 2DVDA 1V3EA 4C1XA 2EXJA 4FOWA 2JE9A 2WJSA 2SBAA 3AXEA 5AVAA 3M3QA 4YG3A 1AJKA 2A5ZA 1LOAA 2A3YA 1WW4A 4W65A 4FOYA 1AXYA 3N7JA 1GBGA 4BOWA 3WDWA 1BYHA 2W39A 2CWSA 4RL7A 5JVVA 1VIWB 1AXZA 4UW6A 2ZGKA 1ONAA 1F9KA 1UN1A 4MWUA 5B2DA 3LCPA 4FOVA 1NMCA 2W38A 1BXHA 3O12A 1E8VA 2UWBA 4I00A 3NWKA 4YGDA 5F5QA 2D3PA 2C4LA 4K1KA 1C57A 1LHWA 4XXPA 1QOOA 3V64A 1LOBA 2EIGA 3WG3A 3BEQA 4Z8BA 4MWYA 1FNYA 2ARBA 2ZMNA 1G9AA 1J1TA 2DYCA 2WLQA 2BATA 2DTYA 2ZBJA 2DV9A 5GLWA 2HTVA 4Y1ZA 4KS3A 4DRRA 1SLCA 2ES3A 5GLZA 1S0GA 4YZ5A 2F29A 1B9TA 4PF5A 2P3KA 4GZXA 1VLNA 4FVKA 1JN2P 2BQPA 3ALWA 2SILA 1ENQA 1LGCA 3ZYRA 2SIMA 4KS5A 5EXOA 1QMJA 2RHPA 1O4ZA 3QCWA 3OYWB 1FV3A 1RINA 3RG0A 1ZM1A 1MS4A 4XYXA 4YW3A 4H53A 1AXKA 3ENRA 1MS9A 1WCSA 4JF7A 4HZVA 1VAMA 3VKLA 2PELA 4ZKTB 4MX0A 3ILFA 4CPZA 1URXA 4UW3A 5GLUA 2VY0A 1VCJA 1INFA 3AP6A 3KM5A 1W6QB 5DUWA 5GALA 5T55A 4Y1YA 2Z42A 1LTEA 1LGBA 3ZSKA 2VWDA 1UMZA 4LBOA 4B7JA 1CR7A 2ZGUA 5NN9A 1W6QA 4BLJA 2DURA 3TI6A 2D6OX 2AEQA 3CL2A 1CIWA 5BYNA 4HIZA 4HZXA 4M4VA 2YA6A 2DWRA 1GICA 3DGTA 3W59A 4WEGA 2QWJA 7NN9A 3WUCA 4XXAA 5IUQA 3JU9A 4KS1A 1ULCA 1DBNA 4XBNA 1GV9A 4R9DA 4YG6A 2HTYA 3FFZA 1Z4XA 2EALA 2R1DA 4ASMB 5GLVA 1G9FA 5DUUA 4BQ1A 1WCQA 4LBMA 2W20A 4R9CA 1MWEA 2R1BA 4Q1PA 3WDVA 3W58A 4XMAA 3IN9A 1LOFA 1LEDA 4ITCA 2HTRA 2P2KA 1DZQA 3TICA 4YM3A 1SO7A 5JYYA 1AX2A 1F8EA 1AJOA 3K36A 4XJRA 4FOQA 2ZGQA 1QOTA 3GALA 2W5NA 3IMNA 2QWFA 1KRIA 4YLZA 3GVKA 3SH4A 5T5JA 4FPJA 1QDCA 4GEZA 1UL9A 1S0CA 3T1LA 2A70A 3ZXEA 5SV8A 4CZSA 5IK4A 1W20A 1JOJA 4HANA 2QWKA 1AX0A 3WHTA 1RITA 2ZGSA 3UJQA 4YGBA 4YZ3A 2V73A 1S0DA 3UL2A 1DQ5A 3QLQA 2RKCA 4YM1A 4FPFA 4Q8LA 1MS5A 4HL0A 4M00A 4MZEA 4XJZA 1FNZA 4GZQA 1DLLA 1LESA 1C1FA 3N35A 3B3QE 1UAIA 2R16A 2ZHKA 4LBJA 1C4RA 5JLVA 2QWEA 5GZEA 2WSVA 1EUSA 1QNYA 5KXEA 2R49A 1G9BA 1BQPA 3AJYA 1WLDA 4WA3A 4FQ4A 1N1YA 3B9CA 1LOFC 2VVZA 1MZ6A 1MS3A 1YO8A 5JDBA 1SCRA 4D69A 5HCBA 4NC5A 1F8DA 2W08A 2DUOA 2CNAA 1KJLA 3O0WA 2JD4A 2NM1A 1GNZA 2UURA 4K1YA 1DHKB 1Q8OA 4YZ2A 1GLHA 4FPEA 3WNXA 3V0AA 4NN9A 4KS2A 4X4AA 5T5OA 3V0BA 5KXDA 3SANA 4GDJA 4R9BA 4MWWA 4LBNA 2AENA 4QN7A 2XCYA 4XZPA 3MPPG 1IVFA 1YIFA 2FMDA 2VK7A 1Z4VA 5DZGA 5GZGA 4XMIA 3O5SA 2R0FA 2F25A 1LOCA 3SILA 1MS0A 2EXKA 2P34A 1NSBA 1N1SA 1KITA 2VSKA 4MWLA 4Y20B 4MZAA 4ATEA 4YZ1A 2KM2A 4GWNA 3WG1A 1QDOA 1ENSA 1WD3A 1NLSA 4Y1XA 3HR9A 1INHA 4J9TA 1W8OA 1CONA 3A71A 4K1JA 4QN4A 4YGEA 4M4UA 1NXD1 2A6VA 1D0HA 4Y20A 2GNBA 3ALXA 4MC7A 3A0NA 1IS4A 3ZXKA 5B2CA 1CVNA 1IVGA 2ZGOA 4YGCA 3RS6A 4AWDA 2W68A 1DIMA 3N3HA 2OUHA 3FUOA 3TAYA 3SALA 4CPNA 1Z0HA 1IVEA 1PZ9A 2D6PA 2A75A 3VKOA 3LSDA 1LULA 2BERA 2TEPA 4YG0A 1C1LA 4DS0A 4XILA 4DQAA 2AREA 1G7YA 4GKYA 4P9XA 1YRZA 2VW2A 4YZ4A 3A0KA 1UKGA 1YXWA 3GNEA 1DGLA 5GZCA 2AEPA 3CYEA 1N3PA 5CAZA 4D8SA 4GXLA 3MW4A 1WLCA 2F12A 1IKQA 4FPKA 3L2YA 2NP0A 4R9AA 3INBA 4MWRA 2F27A 2YA4A 1OQ1A 1Q8VA 4QNPA 1TEIA 1L7GA 1Q56A 2F10A 1W6PB 4M3CF 4Y24A 3AZWA 4QN3A 1GZWB 2E6VA 2XZIA 2YV8A 4UW4A 4LBQB 3OGGA 2D6NA 2EAKA 1LEMA 1GSLA 1NNCA 5DZEA 3SLIA 3O9JA 2YA5A 4SLIA 1V6JA 1CPMA 3VUOA 3AZXA 2HT7A 1DIWA 5CBLA 1HQWA 2CYFA 1N3QA 3AYEA 1W6PA 3NV3A 2JECA 2ZHMA 2D6KA 2ZAAA 1GZWA 5JOYA 4K21A 1GZCA 1MS8A 1SACA 3NV1A 4LBQA 5T54A 2P37A 2WNEA 2QWAA 3WUDA 1G9CA 2WKKA 1Q8QA 1SBFA 2A71A 3AXDA 4K20A 2CMLA 1UZYA 4LBKA 4BMBA 1LENA 2LALA 3PVEA 1SBDA 1E8TA 3R05A 1LU2A 4AYUA 1F8BA 4GDIA 3RMXA 3OYWA 1DYPA 1W6OB 3N7MA 1NNBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WCRA 4XF1A 1F2NA 4P9JA 2ZAHA 4BU2A 2FDIA 3FHIB 2DUQA 1G6NA 1OVSA 1RUI2 5G05L 4BK5A 4GNAA 2GHSA 2R063 3NAPB 1L7QA 4FFIA 1H8TB 3KGLA 1YUDA 4LIUA 4H14A 2B7YA 5T50A 4ES9A 1RUD3 3GZEA 2XLAA 4OYUA 1T6BX 1V70A 2Y6LA 1ENXA 2K2SA 4CP9B 2Z4FA 2PTMA 2WQ4A 3UNPA 4X6QB 4JV4A 2F17A 5I91A 2VMDA 3KF3A 1CQ9A 3WCSA 5KXCA 4KMQA 5FYCA 3DF0A 3KVBA 1OOPB 3EYPA 4MGTA 5FPBA 1VB2A 1JZ5A 4JKLA 1CAUA 5GJ6A 3ZMOA 4GJZA 1OH4A 4M3CE 1LB2A 1JZ3A 2KD7A 3CZJA 2VTXJ 4WVMB 3PDQA 4QX1A 3UGHA 3BOPA 5FLJA 3OD4A 2QZ3A 1H4HA 3HJRA 2VZUA 2GZWA 2PHFA 4Q26A 5CVRA 5F5CA 5E16A 3NAPA 5GZDA 2WOZA 4NMIA 1JUIA 1YFYA 2VVDA 1H8TA 5C4WC 3TEWA 2QWHA 1N3OA 2B45X 2XB6C 3ZFFB 2WZR2 2ZX0A 3PUSA 3ILNA 1AL23 5FZ3A 1P8JA 1NCAN 3A21A 2DDUA 4Q0SA 2JDAA 2ZB5A 1DZRA 3NRUA 4GWMA 4J25A 4Q0QA 5H9QA 1CVMA 3OD0A 1WUVA 5FJHA 4AI0A 5L36A 3ZM8A 2G9ZA 3OB8A 5J37A 1OOPA 2VZRA 1I5ZA 3OEAA 5DZFA 3NV2A 4FAHA 5FY8A 2E33A 3H73A 3IIIA 4A4AA 1S0EA 1INVA 3JD72 4JVAA 3RZJA 3TN91 3H0OA 3NVCA 2QNKA 3VZNA 2WT2A 4WV8A 1INGA 2YFZA 4CU8A 3S30A 3TOJA 4RS5B 5GX2A 2E9QA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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