4XHXA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin and 2-[(3-chlorobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain atcc baa-334 / tigr4)
total genus 196
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xhxA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xhxA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xhxA02
2UWAA 4WVWA 1VALA 3O0XA 4FPJA 2ENRA 4WA3A 3PJQA 3JU4A 4Y1VA 2VK7A 2H0BA 3O12A 1I1EA 1INGA 4R9CA 1VIWB 4PBPA 3WLUA 2D6NA 2DV9A 2ZGPA 3OY8A 4Y24A 4XBQA 2WT1A 2PELA 1UKGA 5T5JA 1UMZA 1Q8VA 1MZ6A 1V0ZA 1XOEA 4XJWA 1VAMA 1DBNA 3TI8A 4UF7A 1W6OA 3W09A 1F9KA 4DS0A 2F11A 2F27A 4KS2A 4OZXA 1IS6A 4ASMB 4YGBA 2F28A 4XJ8A 2D44A 4M00A 1V6MA 3N3HA 2EXHA 4K1HA 1SLCA 5JMCA 1DLLA 1PZ8A 1LOGA 3V0AA 1C57A 3KQRA 1W6PB 3K3AA 4YM3A 1APNA 1H9WA 4AGRA 1FV2A 3TI5A 4XIOA 4B7RA 1V6OA 3CL0A 2DVGA 5IK4A 3O5SA 3ILNA 4MWRA 4X4AA 2ZBJA 4Q8LA 1E8TA 2QWBA 4YZ3A 4AVTA 2DYCA 1JXNA 3BODA 3AJYA 5EXOA 1USRA 5EYXA 2HTVA 4AGGA 4K1ZA 4Y26A 3SALA 2EXKA 1LHUA 1UZZA 3ZYPA 4XZPA 1CN1A 4ISRA 1A14N 4M4UA 2WJSA 3NWKA 3N7KA 2VY0A 2DVDA 4CPLA 4ISQA 4U2AA 2ZHKA 3BTAA 1B09A 2ZHMA 4FOYA 4BBWA 2JE9A 5HX0A 3AK0A 3WZ1A 1QKQA 2BZDA 4FPGA 1R1ZA 1D2SA 2UURA 5GZDA 2VU9A 4GXLA 5DUVA 2DUQA 4RA0A 3IPVA 2VW1A 2DVFA 4Y20A 1DQ5A 4MZEA 3USUB 4Q8KA 4I30A 1KJLA 1IOAA 1G8WA 2VSKA 1ZA4A 4FPEA 1YYNA 1UPSA 1CVNA 1GZCA 3AJZA 2YA4A 5KXCA 3POWA 1FNZA 5HUGA 4LBMA 5KXDA 2OUJA 4MWXA 4XXPA 3H0OA 1ONAA 3TB0A 4YW1A 2HYKA 3ALXA 2W38A 2ZGSA 4FPHA 2NN8A 4KS5A 2VWDA 1WLWA 3H72A 1LOFC 4NN9A 4Y1YA 3RMYA 1HDKA 2EAKA 3FLRA 2HTWA 4AVSA 4LBKA 1V6IA 3AP4A 5DG2A 2EIGA 3WDYA 1GKBA 4JC1A 3B00A 4BLJA 5IK7A 1LCLA 2AREA 2NMOA 3VKFC 5GZGA 1NSCA 4MWQA 4FPLA 4CPYA 2ZGNA 2D3PA 4KS1A 1GZWB 1G9DA 3ENRA 1F8CA 2LALA 3B01A 3FLTA 3FLPA 1WW7A 3TI6A 3OYWA 4GALA 4FPFA 4BM8A 2CL2A 4YW5A 4X47A 2W5NA 1NMAN 3ZXFA 2TEPA 1EURA 1YRZA 4FPKA 1C4RA 3WVJA 3N7JA 4XTPA 2P3KA 2GALA 2BF6A 2W68A 4HZWA 1OFSA 3WV6A 2YZ4A 1V0EA 4GB1A 2A71A 3AZVA 1W0OA 3JU9A 2D3RA 2YA6A 2ZB6A 4BQ1A 1LOEA 1DILA 1KITA 4UW4A 5DZEA 4Z8BA 1N1SA 1DIMA 1W8NA 3B9CA 3WG1A 2D7FA 2ZGLA 4HANA 3V0BA 3VUOA 3CKZA 3A71A 1BYHA 4MWLA 3INBA 2Z42A 1WW6A 3Q9OA 4FPCA 1LESA 4WVVA 2C4AA 4GWMA 2HTQA 1OKQA 1A8DA 3FUOA 1W6MA 5DG1A 4TYSA 2XZJA 4UW5A 1UX6A 4Q6KA 2AEQA 2YMZA 4CRQA 2A6XA 4ZKTB 5CBLA 2HTYA 2QWEA 3T1EA 3H6JA 3ZSMA 2X9MA 2YA5A 1W6OB 1U0AA 4K1YA 2PHUA 4FOQA 4LBJA 2D43A 4AWDA 1DQ6A 1EPWA 3LSEA 1HKDA 2CWMA 2OUHA 2JD4A 4LBQD 1CR7A 3SLIA 3IN9A 4XHBA 3LSDA 1W20A 2DWRA 2R1DA 3V0AB 3AYAA 4KS3A 2E51A 1WW5A 1DFQA 1XQNA 1QF3A 4U36A 3WUDA 2ZACA 2D6MA 1IKQA 3NV4A 2VH9A 1USXA 1N1VA 2QWAA 1G9BA 1GANA 4Q2FA 2D3SA 3WG4A 3I8TA 3A4UA 1ENSA 2NYYA 4XXAA 1AJOA 5M1ZA 5KXBA 4MWJA 3ASIA 2ZAAA 1QNWA 1Y7BA 5DZGA 4XJAA 3R4SA 4GZPA 4XHXA 1S0DA 2ZZJA 5HCBA 3RS6A 3WDTA 4XMIA 4FVKA 1Z0HA 4JRAA 1RIRA 2RKCA 1V3BA 5BYNA 2ZMNA 1SCRA 2ZMLA 4I00A 3B3QE 1QOSA 4GZWA 2YXSA 1W0PA 4GKYA 1DHKB 3MW2A 1CPNA 5IT6A 1QU0A 2R0FA 1GZ9A 1NMBN 2A3YA 1LU1A 3IPVB 3TI3A 4Y20B 3ZSKA 1S0IA 3K37A 1S0EA 4P9YA 3H71A 5DXDA 2VK6A 3FFZA 4AYUA 2WT0A 1RINA 3RQ0A 2ERFA 5E89A 1WBFA 3AYDA 1IS5A 4HZVA 3ZSLA 1UN1A 1INWA 3PVEA 1FYUA 3ZXEA 4XDQA 4GZTA 4LBQA 1AXKA 3LCPA 4FOVA 1FX5A 2PHFA 1GSLA 3T1LA 1W1XA 1Z4WA 4HZXA 5T50A 3D5OA 1GV9A 3O0VA 2F26A 1LHOA 3SANA 3N7LA 1F31A 2P37A 4JF7A 1DQ1A 4GZOA 4QN6A 2DTYA 2JDZA 3GNEA 1HLCA 1NNAA 4B7QA 1O4ZA 2A3WA 5HUNA 4YFWA 1KJRA 5EWSA 3ATGA 3D12A 2FMDA 2AH2A 2ZHLA 5GLWA 4GZSA 4FQZA 1V2IA 5GLUA 2P34A 4M3CE 2ZKNA 1G86A 3OYWB 6NN9A 3D6EA 3T1MA 2XCYA 1NCCN 2FHRA 4F83A 1H9PA 4FP2A 3OBRA 3T2TA 2OVUA 4X6KA 3MPPG 4NOTA 4Y1ZA 1MVEA 2W08A 2V5YA 1HQWA 2GMEA 1AX1A 1GYKA 1MS4A 1LGBA 4IQPA 1NCBN 3HN1A 4CZSA 4K1JA 1Z78A 1WD3A 4D8SA 2WQZC 4NC5A 2NZ9A 1DGLA 1LEMA 4HL0A 3GVLA 2A75A 1C1LA 4DGRA 2W5OA 3UK9A 1MWEA 3V0BB 1SLTA 2UWBA 2AEPA 1MACA 1W6NA 3WCRA 3AXDA 3AZWA 2ZA9A 4K1KA 3OJBA 3AP6A 2QWJA 2EALA 1QNYA 1A4QA 2BQPA 4YGCA 3ZSJA 4K1IA 1W6MB 1LHVA 1V6JA 1WW4A 5GZFA 2GMPA 4FPYA 3HR9A 4GEZA 2R1BA 1MS3A 3ILRA 4XOGA 4YZ4A 1Z4XA 3AXEA 3O9JA 1EUUA 4QN4A 2ARXA 1SFYA 2W39A 3C2UA 4DRRA 3M3QA 3NN9A 2QWHA 1G9AA 5KXEA 1SO7A 5F5QA 3N36A 2QWGA 1S0BA 4XE9A 2R16A 2PHRA 2VUAA 1JN2P 1C1FA 4H55A 1INFA 1EUTA 4MYEA 3H73A 2ES3A 1ZM1A 3TI4A 3NV3A 3A72A 4YM0A 4QNPA 3D4KA 5NN9A 2QWIA 2F0ZA 4R9AA 2ZB5A 4CPOA 4YGEA 1E8UA 1NCAN 3BEQA 1MVQA 3M3EA 1INHA 1MS1A 1ULFA 1QOOA 5CB7A 1BZWA 3M3CA 1NNBA 5GM0A 5H9SA 4SLIA 4M3CA 4M3MA 4Y22A 2P2KA 1VLNA 5H9RA 1V3EA 2D6OX 5E88A 4LBOA 2E53A 2YV8A 1YIFA 4RL7A 4B7JA 1MS8A 1CIWA 4FQ4A 1A3KA 5IK8A 4YM1A 1SCSA 5CAZA 1J1TA 3WHUA 4LBLA 3SH3A 2DVAA 3VKMA 5HUKA 1MS5A 1LODA 4PF5A 2B8HA 1DYPA 4YZ1A 1KDKA 1AX2A 2A6WA 3GVKA 1JBCA 2GN7A 5H9QA 4C1WA 1URXA 1V0FA 3GALA 1FAYA 1L7FA 5IUQA 2NMNA 1MS0A 1YO8A 2DURA 1W8OA 1IVGA 5LK5A 1QGLA 3WNXA 1SLBA 1B9TA 3SITA 4CTEA 5JOZA 2RHPA 4MJUA 3ILFA 2SLIA 1DQ0A 3AP5A 4X49A 5JOXA 4YFZA 4R9DA 3WDUA 4FJ6A 2EXJA 4FPOB 1H30A 2D6PA 2HTUA 4LBQB 4JCKA 1S0FA 1NLSA 2AGSA 4CPNA 2F10A 1WUVA 3NSSA 5T55A 4FOWA 2JECA 2WNEA 4YW2A 4K21A 1ULEA 5JOWA 5HCFA 1SBFA 2Q5TA 2VVZA 1AXYA 4Y1UA 3N7MA 3SISA 3O0WA 3K39A 4YW4A 5GZCA 3ZPYA 5GLZA 3TAYA 2C4LA 2CYFA 4L8QA 1HQLA 1N3PA 3AX4A 1V00A 2XG3A 1Q8OA 1W21A 1INVA 1FATA 1E8VA 1UZYA 3MW3A 5T5LA 3AZYA 4WEFA 4GKXA 3I4IA 4YM2A 2HT7A 3UJQA 2VK5A 1ENRA 3SH4A 4C1XA 2YY1A 3W59A 1N1YA 1Z4VA 1GICA 2DUPA 3CL2A 3ZXLA 2AR6A 4P14A 3BIWE 4XMAA 5JVVA 2QWCA 5JOYA 1OQ1A 2XZKA 4GJTA 4XILA 1IS4A 4YG6A 1VCUA 1YXWA 4D69A 2P3IA 1QMJA 1S1AA 1F8EA 1IVFA 3V65A 1BKZA 1SBEA 1N3OA 1NNCA 4QN5A 2GDFA 5EYYA 1IVDA 5JDBA 4AVVA 1LULA 1W6QB 4MZAA 1XOGA 2HU0A 3WUCA 3RMXA 2E7QA 3OBTA 2B7YA 3AZZA 3GVJA 5H9PA 4MWYA 1G7YA 2GNTA 1W6NB 4MWVA 4MJVA 4M3CF 2YDPA 4PQ9A 4UW3A 1A78A 1S0CA 4LBNA 5HCAA 2D6LX 5CA6A 1KQRA 4Y1XA 2F29A 1SNTA 3ZXJA 3OPZA 2PHWA 1INXA 2E6VA 3KM5A 4DRVA 1PZ7A 4YGDA 2W52A 2PHXA 1GLHA 1G9CA 2YDTA 2I2SA 1L7GA 3IM0A 2NP0A 4YZ2A 4CPZA 3CNAA 1Z50A 3WHTA 1DZQA 2NM1A 1B9SA 1ENQA 4BMBA 2DTWA 4XJUA 1F8DA 3WG3A 1LECA 1DYKA 4MWWA 1AVBA 1TEIA 1WLDA 1DIWA 4YG3A 3ZYRA 1WCQA 1N3QA 1LHNA 2GNBA 4ITCA 5GLVA 1BXHA 3VKOA 3AFKA 1AX0A 1DQ2A 2UU8A 2XZIA 4M4NA 4WZFA 1SBDA 2PHTA 1QOTA 1WD4A 4WEGA 1MZ5A 4XJRA 5GLTA 2GNDA 2JKBA 4ATFA 3TICA 3L2YA 5GZEA 5L73A 4DPNA 1QDCA 4M3CB 4Y22B 2A6ZA 2DUOA 3VV1A 1IVEA 1F8BA 1AF9A 3UJOA 1I3HA 2E7TA 4YG0A 1WBLA 2AUYA 5CNAA 1JYCA 2YA8A 1NCDN 2HT5A 1CONA 4FP3A 1KDMA 2A5ZA 5JYYA 1JW6A 4XYXA 1LENA 3FUQA 3AYEA 4WA4A 4R9BA 3QCWA 5DUXA 4J9TA 3UL2A 2ZGKA 4YW3A 3WDXA 5E8AA 1W6QA 4HZYA 3DUIA 3WCSA 3A0KA 1G9FA 1BQPA 4K3YA 3WDWA 3K36A 3DGTA 1JUIA 3O9KA 3V64A 2A6YA 2ZHNA 3B69A 1UAIA 3M3OA 1V6KA 2ZGUA 3SNMA 4QN7A 2VW2A 4KBBA 3VKNA 4TZDA 1NSBA 2QWKA 4BOWA 2GNMA 2HU4A 1LEDA 1Q56A 1AJKA 3M2MA 2A3XA 5FREA 2GMMA 2EXIA 2SBAA 5IK5A 5AVAA 4GDJA 1YI7A 1NMCA 2CY6A 1NXD1 2F25A 3TIBA 1LJ7A 4ATEA 4DFSA 4B7MA 2DVBA 2F13A 3WOGA 3U4XA 2HTRA 1JYIA 4W65A 4Q27A 4GA9A 4AGVA 2AYHA 3AZXA 4H53A 2P3JA 3FBYA 2QWDA 1CESA 2DU1A 1EUSA 3JUUA 4YZ5A 4M01A 1L7HA 1LOBA 1V6LA 2R0HA 4GZQA 1LOCA 3MEPA 3VKLA 3TIAA 4XJZA 4K20A 1Z4ZA 2R49A 1W6PA 2C5DA 4QN3A 2D6KA 3D11A 3OGGA 5T5OA 4XIKA 1SLAA 4PBOA 2ZMKA 5T5PA 1S0GA 1MS9A 4CPMA 3BOPA 3APBA 7NN9A 2HT8A 5JLVA 2WSVA 3NV1A 5B2DA 4Q26A 2DU0A 3QLQA 5T54A 2VSMA 1V3DA 2F24A 1D0HA 4NO4A 5HUMA 3AP7A 4M4VA 3ZXKA 4MWUA 5DZFA 3WDVA 3RSJA 2QWFA 5F9TA 5GALA 1LTEA 3IKWA 3B7EA 2JJ6A 4PCRA 1QDOA 4XBNA 2W20A 2ZGTA 4WA5A 1FV3A 1V3CA 3RRDA 5T52A 3POSA 2ZABA 1FNYA 1CQ9A 3ZVXA 4GDIA 4DQAA 3POYA 2KM2A 3A0NA 3HMYA 3R4UA 1BJIA 2A70A 2YROA 2LTNA 2G4IA 1F5FA 4P9WA 3IMNA 5B2CA 1JHNA 4H52A 2XB6C 3USUA 1MR5A 1VAVA 5DUWA 3R05A 3PVOA 3RG0A 4XJ9A 4MC7A 4BPZA 1IKPA 1DQ4A 3OY8B 4XTMA 4MX0A 3PMEA 2F12A 1Q8SA 4Q1PA 5GJ6A 3SILA 1SLLA 1O4YA 1ULDA 2OW4A 3AYCA 2VW0A 1LHWA 4FZHA 1AXZA 4GZXA 1WLCA 1Q8QA 2EF6A 1NN2A 1LGNA 3INAA 1JOJA 2UWCA 4ZXKA 4YLZA 1LOFA 2GN3A 1CJPA 1NSDA 1PZ9A 4FVVA 2A6VA 4KS4A 1CPMA 2CTVA 4WV8A 2CMLA 2WKKA 3K38A 1IS3A 1Q8PA 2YA7A 4XJQA 3ALWA 1RITA 3PVNA 1SACA 1A4GA 2CNAA 2WSUA 1WCSA 4B7NA 1Z4YA 1IVCA 2BERA 1LGCA 2BATA 2AENA 1GZWA 4BLIA 1LOAA 1LU2A 3SH5A 1X50A 2SILA 2WLQA 4GWNA 2WT2A 1SLIA 3W58A 3N35A 4UW6A 4Q1RA 2V73A 1B9VA 2ZGMA 2SIMA 4P9XA 2CWSA 1ULGA 2ZGRA 1V6NA 1UL9A 4HZZA 1GBGA 2JE7A 2ZGQA 1N1TA 4BMEA 1AZDA 1IVBA 4HIZA 1ULCA 1S0JA 3NV2A 2C9AA 1GNZA 5SV8A 5DUUA 3CYEA 3AP9A 1GNHA 1KRIA 1VCJA 3WG2A 2ARBA 1BJQA 2A7AA 4XBLA 4NCSA 2ZGOA 2VXRA 1INYA 3MW4A 1N47A 3M1HA 5FRAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YQ5A 2UWAA 3POEA 1CAVB 5I91A 1POV1 4WVWA 1VALA 2MEV3 3O0XA 5FUIA 4FPJA 3A9HA 1IGOA 2ENRA 4WA3A 3PJQA 3JU4A 5FZDA 4IEZA 3LI5A 3GBGA 4JTOA 1W39A 4A2UA 2IXCA 1XYPA 2YC4A 4Y1VA 5F37A 4YARA 3WNLA 4XABA 5HPOA 2VK7A 4LT5A 5LA2A 1CZTA 4CUCA 3PDQA 1TE1B 4IEPA 2CV6A 4OUEA 1CAWB 4KWUA 2H0BA 4MO3M 4MGSA 2JG9A 4ZZ5A 3O12A 5JUVA 2XQXA 4AR2A 1I1EA 3UGFA 1INGA 4R9CA 1F2NA 1X7NA 1VIWB 4XAEA 3SCFA 5LATA 3RI9A 4PBPA 2PLV1 1QJEA 1AYN1 2RM21 1D2QA 2WZR1 1F5JA 2VQTA 3WLUA 1BK0A 4K9SA 5F3GA 1D4M2 2VVEA 2D6NA 4IGPA 3ZLIA 2DV9A 2ZGPA 3OY8A 3J8F1 3OF1A 4Y24A 1DLCA 1NLRA 1QY4A 2UY9A 4XBQA 4CDQA 2WT1A 2PELA 1UKGA 5A3LA 2X5IB 5T5JA 1UMZA 2X5IC 1Q8VA 1VBA3 1XXNA 5JZGA 3E6BA 4NIIA 1LNSA 4ORFA 5C8WA 4PHZA 1MZ6A 4UFMA 1V0ZA 1XOEA 2YUEA 4GNBA 2WFF1 1RUJ2 3GBFA 3PU8A 5JIAA 3I3QA 4XJWA 1C8NA 1VAMA 1DBNA 2JDYA 2WS92 3MIGA 5C8CA 3TI8A 3ZM8A 4UF7A 1W6OA 3ZOIA 3W09A 3BVCA 1PMHX 1ZYBA 4LHSA 5CU1A 3VBFB 1F9KA 4DS0A 2F11A 3VBFC 2BP6A 2YG0A 2F27A 4OZXA 2G8SA 4KS2A 1IS6A 4ASMB 1RJ8A 1UXXX 4YGBA 4CEYA 1K5JA 4XQWA 4TTGA 3D8CA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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