4XIKA

Crystal structure of nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with dmso
Total Genus 200

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 200
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xikA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xikA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xikA02
5EWSA 2SLIA 3AP6A 2W20A 2HU0A 3IKWA 4M01A 1AJKA 2D6LX 1S0JA 4MWWA 4FPKA 1JBCA 3WV6A 3SNMA 3VKFC 2QWEA 3WDWA 2ZMLA 4K1JA 1V0ZA 4GKYA 1V6JA 4GZTA 5HUMA 4R9DA 3ZSLA 5CNAA 4KS5A 4M3MA 1NLSA 4FPLA 1JYCA 3H72A 5H9RA 1YO8A 1VCUA 3RG0A 1G8WA 5KXDA 1I1EA 3M2MA 1UN1A 4CZSA 4LBJA 2ZBJA 2A3WA 1JOJA 2XB6C 3W58A 4YG6A 4M00A 2F0ZA 2DURA 3UJOA 3A72A 1GZCA 1WUVA 2PHXA 2A6XA 5SV8A 4RA0A 1LHOA 2JE9A 1VALA 2UWCA 1ENQA 1WW5A 4Y22B 1KDKA 3UL2A 4GZXA 4D69A 3C2UA 3IMNA 3AX4A 1MS0A 1L7GA 4LBQD 3U4XA 3VKLA 3N3HA 4BPZA 5GJ6A 1D0HA 1N3QA 5CA6A 1VIWB 1FAYA 1H9PA 5HUKA 1DQ4A 4GZWA 2HTYA 2R1BA 3ILFA 5HX0A 1V3CA 1FV2A 3LSEA 3MW4A 4XE9A 5T54A 4FQZA 1VLNA 5T50A 3NSSA 1SO7A 1V3EA 4LBOA 1HDKA 4XTPA 2ZABA 1S0EA 4Y1ZA 3OJBA 5KXCA 1WW4A 3AXEA 2GNDA 1BJIA 4FPCA 1JN2P 1LOAA 4K20A 4Q6KA 4AGRA 2BF6A 4BQ1A 2F10A 4XJRA 1U0AA 3OPZA 1INWA 1F9KA 2H0BA 3B9CA 1CIWA 1IVEA 3O9JA 4GWNA 4DRRA 4FVVA 2A75A 1MS1A 4J9TA 3AZZA 3USUB 1SLBA 3TB0A 3TI4A 2ZGPA 4GZOA 1B9VA 4U2AA 1HQLA 1LEDA 1DQ6A 5DG2A 1INHA 3N7LA 3POSA 1QOTA 2ZB6A 3AFKA 5JOWA 1FV3A 1YRZA 1KDMA 4GA9A 1AVBA 5IK5A 1NCAN 1X50A 2D3RA 5T52A 4UF7A 3AK0A 4PCRA 2HYKA 5DXDA 3ZXLA 2AR6A 7NN9A 2YA5A 3ZSMA 2QWFA 4MZAA 3AP7A 3FLPA 1AJOA 4GZPA 4M3CB 1KJRA 4HANA 2DU0A 1CJPA 3AYDA 2ZGKA 3GNEA 1GBGA 2ARXA 1V6MA 3RQ0A 4FP3A 4Y22A 3WOGA 5E88A 2HT7A 2GALA 2ENRA 3Q9OA 4CPNA 1W0PA 1INYA 1V6LA 4YGCA 5B2CA 1CPNA 2W5NA 4Q1PA 3VKMA 3AYCA 3OYWB 2G4IA 4Y1VA 2VW2A 2EXKA 2SIMA 3O5SA 1MS8A 1SBEA 4KS4A 1NCDN 2DVAA 1UZZA 3FUOA 2A6VA 3O0WA 3FLTA 4BLJA 4P9YA 2VSMA 4YW5A 2GMMA 4HZXA 4R9CA 3CL2A 1QOSA 1MS3A 2ZGUA 1QOOA 1ULGA 2CTVA 2ES3A 5KXEA 2B7YA 1INVA 2A6YA 4WZFA 1Z4XA 3ALWA 4B7NA 2XZJA 2ZACA 1W20A 3CYEA 2A6ZA 5JDBA 1W6QA 1G9DA 1NSDA 1SLAA 1NMBN 2CNAA 4QN5A 4AGVA 3WDUA 4ISRA 3PVOA 4WVVA 3O9KA 3WNXA 4XJ8A 5HCFA 4NOTA 2QWIA 1V00A 3N7JA 3K37A 4ZKTB 3K38A 1SBFA 3ASIA 4GEZA 4NCSA 1IVCA 2B8HA 3RRDA 1LJ7A 1NMCA 3CNAA 2VUAA 3RMYA 1WCSA 5IK8A 3USUA 4B7MA 2AEPA 1DFQA 3AP9A 3FFZA 2WSUA 1AF9A 4XXPA 1WCQA 3GVJA 4MWLA 4XHXA 1BZWA 4QN6A 1IKPA 4YM1A 2HTWA 3TI8A 4NO4A 2GN3A 1CONA 2EXJA 4ITCA 4R9AA 3JUUA 4GJTA 3RMXA 2A6WA 1GZWA 4CPLA 3APBA 4YLZA 4YZ4A 4UW3A 4XZPA 2VW0A 5GZFA 1KJLA 1EUSA 3D12A 3SALA 1SBDA 3DUIA 3BEQA 2ZGLA 3V65A 1W21A 1BYHA 2JE7A 4BLIA 2W38A 3ENRA 1R1ZA 1SNTA 1NCBN 2LTNA 4MC7A 1LHUA 3OYWA 3WCRA 2PHUA 2A3XA 3W59A 1C57A 3V0AA 1N3OA 2BZDA 3MW3A 4DQAA 3NWKA 2UU8A 4MX0A 4BMBA 1WD3A 2QWBA 5E89A 4KS2A 1DILA 1Z78A 4LBLA 4FJ6A 1INFA 1LCLA 1S0BA 2HTQA 2VVZA 4CPOA 1EPWA 1Z4WA 2XCYA 4X49A 2NMNA 1S0DA 1MR5A 1MZ6A 5KXBA 2OUJA 1SFYA 4GWMA 4FOQA 4GXLA 2EALA 2DV9A 5JYYA 2VWDA 4GB1A 2NP0A 3AXDA 3MW2A 1IS3A 2BERA 1UX6A 1S0FA 2P34A 3ZVXA 4AYUA 4M4UA 2F24A 3O12A 4YM3A 4GZQA 3D11A 3SLIA 1A14N 2R16A 4NN9A 5JMCA 2F28A 5DUUA 2F25A 5GLUA 4ATFA 4WEFA 1G7YA 2YV8A 2WNEA 3GALA 2YA6A 2JDZA 3HMYA 1ULEA 3H6JA 1WW6A 2ZGTA 4FOWA 4XILA 1W6MB 1GICA 5FREA 1Q8PA 2D6PA 2YY1A 3SITA 1MVQA 2D3SA 3CKZA 4FPOB 4Y20B 2AUYA 2E6VA 4YZ1A 1QGLA 2W39A 1GZ9A 1W6NA 2UURA 2PHRA 2DWRA 3VV1A 1NNAA 2DUPA 4KS1A 1AXYA 3ILNA 1N1SA 1LOFC 2P3JA 3UJQA 1EUTA 3IM0A 3ZSKA 4MWYA 1LOEA 3LSDA 5GZGA 1NNCA 1GANA 5DUXA 3POYA 4Y1UA 4HZZA 5BYNA 1LESA 4NC5A 4B7QA 4XTMA 1USRA 4YW4A 3ZSJA 4LBNA 3ZYPA 4WA3A 2D6KA 5E8AA 1LULA 1DHKB 4XJAA 1N1YA 2WLQA 4M3CE 3PVNA 3T1LA 4FOYA 5JOXA 3TIBA 2P3KA 1Q8VA 4I00A 1JYIA 1DZQA 2ZGOA 2YA7A 5GALA 4JCKA 2ZGSA 3R4UA 2WSVA 1XQNA 4YZ3A 3JU4A 4MWRA 1C1LA 5AVAA 1HQWA 4IQPA 1IVFA 5DUVA 2E7TA 3H0OA 1CESA 1DLLA 2QWGA 1ULCA 4I30A 2VW1A 3D4KA 1NNBA 1ONAA 1AX2A 4MYEA 3IPVB 3B00A 3N7MA 2NYYA 1AXZA 4BOWA 4YG0A 1SLIA 4PBPA 5GLVA 5H9SA 5T55A 2FMDA 2ARBA 4X47A 1MZ5A 1WBFA 4YW1A 1CQ9A 1O4YA 3ZYRA 5H9QA 4K1HA 1W6MA 4CRQA 4K1IA 1PZ8A 1RIRA 1DQ0A 4GKXA 4K21A 4PBOA 4YM0A 1TEIA 2A71A 2ZGQA 1LTEA 5HUNA 3MEPA 2YA8A 2AENA 2F12A 2JECA 1GKBA 1VAMA 3AJYA 4QNPA 1Z4ZA 4AGGA 1XOGA 3N36A 2ZMKA 4L8QA 1UKGA 1V3BA 2XZKA 1G9CA 3PJQA 2D6MA 3RSJA 2WT0A 1W6OB 1LEMA 5F5QA 3AYEA 2QWCA 1V6KA 1OKQA 4FP2A 2DUQA 1GLHA 3WG2A 2E53A 2D6NA 4QN7A 1APNA 3AP5A 2YROA 1V2IA 3AZWA 1ZM1A 1D2SA 6NN9A 1V6NA 2CYFA 4CPZA 2RKCA 4YFZA 1N3PA 1BJQA 1LHWA 4YG3A 2P37A 2V5YA 1LENA 5EYXA 3K3AA 1S0CA 4M4NA 5IK4A 3JU9A 5IUQA 1W8OA 1G9BA 2XZIA 3PVEA 2CMLA 3ATGA 4FPGA 4OZXA 2NZ9A 3I8TA 4ISQA 1UPSA 3IPVA 2HT8A 1GYKA 5EXOA 3K36A 4Y26A 4SLIA 3W09A 1YYNA 4X4AA 3BIWE 1H30A 1IVGA 5B2DA 4KBBA 1JUIA 2PHWA 2A5ZA 2EIGA 1IKQA 1NXD1 2EXIA 4XDQA 4LBKA 3WDXA 2CWSA 3MPPG 2FHRA 1N47A 2X9MA 3WG3A 1SLCA 2JKBA 2VK7A 1DIWA 1KRIA 3FBYA 3M3CA 4JC1A 3TICA 1IS4A 4P14A 2ZMNA 1F8DA 1FATA 1PZ7A 1A8DA 4B7JA 4R9BA 4XHBA 1E8UA 2A3YA 3FLRA 2ZB5A 4QN3A 2VH9A 2GN7A 1YXWA 2D44A 2UWAA 1IS5A 1QMJA 1AX1A 4K3YA 1YI7A 2HU4A 3V0BB 3OY8B 3INBA 1C4RA 5DZGA 2VY0A 2AH2A 3SISA 3AZYA 1W1XA 1A4QA 5DZFA 4K1YA 3SH4A 1S1AA 3M3EA 2F13A 1PZ9A 4M3CA 4KS3A 1ZA4A 5T5LA 3NV4A 4XJZA 3WG1A 4MWJA 5GZCA 5GZDA 1UL9A 2GNBA 1RITA 1MS4A 2PHTA 5CBLA 5IT6A 4YZ5A 3SH5A 1SLLA 4FPJA 1A3KA 4M4VA 1FNZA 2CY6A 1UAIA 4Q1RA 5FRAA 3TAYA 1UMZA 4PQ9A 1B9TA 4WV8A 1INXA 1S0IA 1IVDA 2WJSA 1DYPA 2ZGNA 2ZAAA 1JXNA 2F26A 1MS9A 2QWAA 2YZ4A 5DZEA 3LCPA 2A7AA 4UW6A 4P9XA 1IVBA 2GNTA 1WLCA 3B3QE 1JHNA 1AZDA 3WVJA 1MACA 3ILRA 2OVUA 1AX0A 2UWBA 5T5OA 1Z4YA 3R4SA 2I2SA 4LBMA 1QNWA 2DVBA 2W68A 4HZYA 1GNHA 2DUOA 5CAZA 4AVVA 1V0EA 2CWMA 2D6OX 2E7QA 2DVFA 4XIOA 4H55A 4BMEA 4GZSA 2P2KA 2QWJA 1SLTA 1Q8QA 2QWDA 1ENSA 4M3CF 1N1VA 3O0XA 4FPEA 1HLCA 1LGNA 1URXA 1W6PB 4XOGA 5HCAA 4AWDA 2NM1A 5JVVA 2RHPA 3BOPA 1EUUA 3A71A 2ZA9A 3OY8A 4XJUA 2W08A 1V3DA 3WZ1A 5JOZA 1F5FA 1GNZA 3NV2A 1DIMA 2JD4A 2AREA 4CPYA 1V6IA 4YGEA 2AGSA 5JLVA 1AXKA 1SCSA 1CN1A 2NMOA 2D3PA 1LU1A 4PF5A 4B7RA 2OW4A 4YFWA 2YXSA 5T5JA 4JRAA 3I4IA 4F83A 4WEGA 3NN9A 1CVNA 4Q2FA 3SH3A 5LK5A 2C4LA 1DGLA 1H9WA 2PELA 2C9AA 1FYUA 1USXA 1G9FA 2BQPA 5GLZA 2KM2A 3D6EA 4XMAA 3ZXKA 1Q56A 1UZYA 4Q8LA 4DGRA 3QLQA 2XG3A 3H73A 4UW4A 5HUGA 1EURA 1LOBA 5GLWA 4DRVA 2DTYA 2GMEA 1WD4A 1I3HA 1A78A 2VK5A 2LALA 2V73A 1WW7A 1WBLA 4FOVA 3HN1A 1LOGA 2ZHMA 1Q8OA 1VCJA 3RS6A 3AZXA 5DUWA 1IOAA 3WDVA 3H71A 2OUHA 2WQZC 2VSKA 1MWEA 1G86A 3B69A 4C1XA 3NV3A 2EXHA 2ZGRA 4BBWA 1F31A 1SACA 3N7KA 2YDTA 1VAVA 3AZVA 1WLWA 3GVKA 1W6PA 4UW5A 5JOYA 1E8TA 1KQRA 2BATA 1LGCA 3BODA 1V0FA 1INGA 1NN2A 4WVWA 3V64A 1W6QB 1Z50A 4TZDA 1QKQA 2C5DA 2VU9A 3VKOA 4Y20A 4AVSA 3M3QA 2PHFA 2DU1A 2WKKA 5T5PA 3ZXEA 3VKNA 3TI6A 4MWUA 1C1FA 4H52A 4MJUA 1N1TA 4Q26A 4FQ4A 2F29A 4WA5A 3PMEA 2R49A 2R1DA 1CPMA 3QCWA 1LOCA 1S0GA 2EF6A 3WLUA 4FPFA 3WCSA 2DYCA 2F11A 4DPNA 3T1MA 2Q5TA 3TI5A 4ASMB 2HT5A 3AP4A 3IN9A 4MWVA 4W65A 1ULDA 4ZXKA 5GZEA 4XBNA 3WUDA 4C1WA 1LU2A 1BKZA 1J1TA 2TEPA 1MS5A 2R0FA 1LHVA 3VUOA 2SILA 4CPMA 1KITA 1QF3A 4XJ9A 2GNMA 1DQ1A 2HTVA 4HZVA 1GZWB 1B09A 2Z42A 1RINA 4XBQA 4MZEA 5GM0A 1LGBA 4RL7A 3R05A 1E8VA 4H53A 1NMAN 1DBNA 2WT1A 2DVDA 1BXHA 1OQ1A 3KQRA 2AEQA 4HZWA 2C4AA 4CTEA 1DQ5A 3T1EA 2W52A 1FNYA 4XMIA 4GDIA 3POWA 5EYYA 1Y7BA 2ERFA 2VK6A 1ENRA 4D8SA 1FX5A 2A70A 4Y1YA 2ZKNA 3KM5A 3V0AB 4P9WA 2HTUA 2EAKA 4Q8KA 1LHNA 3INAA 4GALA 3ZXFA 1QU0A 1B9SA 3HR9A 2GMPA 1F8EA 3GVLA 3WDYA 3K39A 2ZHNA 2P3IA 4YGDA 3WG4A 3SILA 3ZPYA 4HIZA 4XIKA 2DVGA 3T2TA 4Y24A 1HKDA 1Q8SA 4FVKA 4FZHA 3WDTA 4WA4A 1O4ZA 3AYAA 4Y1XA 1W8NA 4YW3A 4LBQB 2VXRA 1F8CA 3WHUA 2D43A 1L7HA 3UK9A 3N35A 3A4UA 5NN9A 2W5OA 4HL0A 2JJ6A 2YMZA 1ULFA 4FPYA 2ZZJA 1NSCA 2HTRA 3OBTA 1YIFA 2SBAA 4QN4A 5HCBA 4XJQA 1BQPA 1Z0HA 2DTWA 1W6OA 3A0NA 3ZXJA 4MJVA 4ATEA 3L2YA 4XYXA 3DGTA 5H9PA 4MWXA 2NN8A 4YM2A 3TIAA 3SANA 2YA4A 4TYSA 5L73A 1LOFA 3CL0A 3ALXA 2QWHA 1WLDA 5IK7A 2ZHLA 2QWKA 1DYKA 1W6NB 3D5OA 2D7FA 4DS0A 4AVTA 4BM8A 4YZ2A 4XBLA 3WHTA 1JW6A 1QDOA 1G9AA 4MWQA 4YW2A 1XOEA 4Q27A 1L7FA 4XXAA 4DFSA 1GV9A 4FPHA 2ZGMA 3B01A 1LECA 4X6KA 2R0HA 2GDFA 3FUQA 4XJWA 4Z8BA 3TI3A 3BTAA 2ZHKA 3NV1A 3M1HA 1NCCN 4YGBA 5M1ZA 3O0VA 1DQ2A 1Z4VA 5GLTA 1F8BA 3AJZA 3B7EA 4LBQA 1NSBA 4GDJA 2WT2A 1IS6A 2AYHA 1SCRA 1A4GA 3WUCA 2YDPA 1GSLA 4U36A 3A0KA 4JF7A 1MVEA 2CL2A 4K1ZA 5DG1A 2F27A 1W0OA 1QNYA 4K1KA 1CR7A 3OBRA 5F9TA 3M3OA 1V6OA 5CB7A 3V0BA 2E51A 1OFSA 1QDCA 3OGGA 1LODA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2LS6A 1V0EA 2WWSA 5EWSA 1YNAA 4CP0A 2TUNA 4YVWC 2SLIA 3AP6A 2Z4FA 1FOD3 3CJIC 2W20A 4ZZ8A 2HU0A 2P6HA 3IKWA 3ZFEC 2HWD3 4M01A 1AJKA 2D6LX 1POV0 1IQDC 1NXMA 2VUCA 2XHKA 1S0JA 3IWZA 5CG8A 4XDOA 1AYN3 4MWWA 2DF7A 2WR9A 4FPKA 2RS52 3WEZA 4B4QA 1JBCA 1FMD1 3NL1A 4RHV2 1UOBA 3ZYBA 3WV6A 4NWVA 3SNMA 4QX3A 4R4ZA 1VBA3 4Q4V3 5FY0A 4OHZA 3VKFC 3WDWA 2QWEA 1HRI1 1FOD2 1RHI3 3HVDA 3I3QA 3V1SA 1R64A 2ZMLA 4JGYA 1J3QA 4LKEA 2JENA 1ZBE3 2V09A 4C8DA 3HT1A 2ARCA 4K1JA 4XC9A 1V0ZA 3LOBA 4GKYA 2YG0A 1CAUB 5I8TA 1V6JA 4XUTA 3VDCA 4GZTA 5EPAA 4R9DA 5HUMA 1BBT2 2VMFA 4I0WB 3ZSLA 1VBE1 2J1EA 4OYUA 4ZLRA 4PJYA 1UY1A 4EYUA 1ULOA 1RHI2 5CNAA 4KS5A 4G4FA 1NLSA 4FPLA 1JYCA 5F32A 3H72A 4D7SA 3KYAA 4M3MA 1ZBE2 4OQ8A 4AXOA 4CDUB 3POFA 2YC4A 5H9RA 4N43C 3KSCA 1YO8A 1VCUA 2JG9B 3F95A 4FCAA 3RG0A 3WN7A 1G8WA 2W91A 1PK6B 4XCAA 3AM2A 1PNFA 5KXDA 1WMXA 1BEV2 2LROA 2JX9A 1C8M2 4NPLA 4UF0B 1GFF2 1I1EA 3HLHA 3S8ZA 2VTFA 3M2MA 4PIZA 3UNPA 1B35A 1JYVA 3ZR6A 1UN1A 4CZSA 1NA1B 3PUHA 4M0NA 4S2GA 4D3WA 4LUKA 1F4HA 1OD3A 1GP5A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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