4XILA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin at ph 7.4 in pbs with mpd as the cryoprotectant
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 194
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xilA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xilA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xilA02
2NZ9A 4XILA 2OVUA 1B9VA 3AZYA 2YXSA 3WDTA 4WA5A 3TI3A 4QNPA 2YA7A 1JW6A 1L7FA 1FAYA 3A4UA 3M3QA 4KBBA 1D2SA 1WD4A 1MS0A 2GMEA 3PVOA 5M1ZA 1S0BA 2ZHNA 2OUHA 1GANA 5EXOA 1NMBN 1DQ0A 4DFSA 4HL0A 1SLIA 1LOAA 3OGGA 3V0BB 5DG2A 3WCSA 1SCRA 4Y1XA 3ALXA 2VUAA 4GDIA 3TIAA 2NMNA 1NCBN 5SV8A 3INAA 1V0EA 4UW3A 4M01A 1YIFA 4P9YA 2D6OX 1JXNA 2ZGUA 4AGGA 4GKXA 4P9XA 5DUVA 3V64A 3GVKA 1XOGA 4KS5A 2A3XA 5GZFA 3ASIA 1URXA 3WZ1A 1ZA4A 1DYPA 3RG0A 4KS2A 3R4SA 2ZMKA 1LOGA 1DYKA 1LENA 2YA4A 4YW1A 5HUMA 2VU9A 3BOPA 1V2IA 1INGA 2WLQA 4CPNA 4RA0A 4GEZA 3ZSJA 2G4IA 1V6IA 4MC7A 4D8SA 1CIWA 1XOEA 3ZSMA 1INYA 5HUNA 3RSJA 3W09A 1N1VA 3ZYRA 1CN1A 4M3CB 1LESA 1Z0HA 2ZMNA 2QWBA 1IVCA 4YGBA 2PHFA 3HMYA 3W58A 2DVAA 1Z78A 3POSA 4CPMA 4FP3A 2PHWA 1INXA 3D5OA 4NOTA 1N3QA 1SACA 3ZXFA 4FPYA 1IVFA 5FREA 2W38A 4XYXA 1V6OA 1W6MA 2ZMLA 4X6KA 5E89A 4MWJA 2P2KA 1R1ZA 4AGVA 1SLAA 4M3CF 4R9CA 4WA4A 1AF9A 4UF7A 1MZ5A 4GZXA 4M4UA 2D7FA 1INFA 4AGRA 2AUYA 2EALA 5DUWA 4LBJA 3V0BA 1OQ1A 1Z50A 4YZ2A 3OY8B 1WBLA 5DG1A 5JLVA 1W8NA 3AJZA 3M3CA 1OFSA 1NCCN 2QWGA 1YRZA 2UWCA 2ZGOA 3WUCA 1H30A 3CYEA 3ZSLA 1KJRA 1IKPA 1FNZA 1W6PB 3BTAA 2ERFA 5L73A 1IS5A 5IT6A 4ASMB 1MS9A 4XIOA 2V73A 3TIBA 1E8TA 2C4AA 2RHPA 2HTWA 3WCRA 1Q8SA 1V3CA 2BERA 1I3HA 1WLWA 4BMBA 1SFYA 5H9RA 2A6VA 5IK7A 2RKCA 5E88A 4Y1ZA 3AK0A 1QOOA 2PHTA 4XJRA 5EYXA 4DS0A 4B7QA 1NCAN 1L7GA 4C1WA 1UAIA 1VIWB 1AX0A 1ZM1A 5AVAA 2R1DA 4ZXKA 2WT1A 4XBNA 2GN3A 5JMCA 4PCRA 2VW0A 3WDYA 5T55A 3USUB 3SALA 4W65A 5DZFA 4JRAA 3JU4A 2JKBA 2PHXA 1RIRA 2R49A 3NV1A 4AWDA 2ZGRA 1GLHA 2DU1A 4MWVA 3SH5A 4YW5A 1G9FA 5KXBA 1ONAA 1N3PA 5DZEA 1YI7A 4GJTA 1AJKA 1ENQA 2DV9A 5IUQA 2CY6A 2A6WA 2A6ZA 1LHWA 2CL2A 2DUPA 4DPNA 2NYYA 2XG3A 1KDKA 1AXZA 1IS4A 3OYWB 1DIMA 1GBGA 2YA6A 5JOWA 1GSLA 2VSKA 2F29A 4FVKA 3O0VA 2CWSA 3GVJA 1IVEA 3TI4A 4XXAA 3AP7A 1WW6A 1C57A 2CNAA 3D6EA 3OY8A 4H53A 1V3BA 5T5OA 2WJSA 2GNTA 1H9WA 3B01A 4M00A 1W6NA 3WVJA 1DIWA 5IK8A 1BJIA 2VVZA 4YLZA 3IM0A 2VK6A 1CPNA 1VAMA 4AVTA 4GZOA 1W0OA 5T52A 4Y22A 4ATEA 4WEGA 3AP9A 1HDKA 3WDUA 2B8HA 3OPZA 1FYUA 4HZYA 4HZXA 1LHNA 1AZDA 2JDZA 1DGLA 1WLCA 1Z4VA 1TEIA 3O9KA 2W08A 1FX5A 4I00A 4GXLA 2EAKA 1DQ4A 2WSUA 2VK7A 4XJ9A 4BOWA 1NNCA 3CL0A 4CPLA 1C1FA 3H73A 1A14N 3ZXLA 4HIZA 4FPGA 3SITA 2WNEA 1BZWA 2I2SA 4KS3A 5DXDA 1G8WA 1MZ6A 4FPFA 2QWDA 2HTRA 1AVBA 1ULCA 4ATFA 3IN9A 3OBRA 5CA6A 1IVDA 2SLIA 3BODA 2GNBA 4YM0A 3I8TA 3T1MA 3VUOA 4B7RA 2ZGKA 4JCKA 4LBLA 1IKQA 2Q5TA 5GLUA 4MWYA 4YZ5A 2EF6A 4AVSA 4Q26A 3RS6A 4M4NA 3FFZA 4MWXA 4J9TA 4PBOA 3V0AB 4GZPA 4R9AA 1G9AA 2XCYA 1LHOA 5GLWA 4OZXA 3VV1A 1DFQA 5IK4A 4MJVA 2E53A 4YG3A 1CESA 1Q8VA 2D6KA 1NMAN 3C2UA 4YZ1A 1B09A 1S1AA 5GLVA 2VSMA 2ZHKA 1SLBA 2ZAAA 2WKKA 5T50A 2ZABA 3MW3A 5GJ6A 1JN2P 2E7QA 4XZPA 2YA8A 1SBDA 3N3HA 2HU4A 4XJZA 4R9DA 1LOEA 1INHA 2QWHA 1JYIA 3ZVXA 2AYHA 4LBQD 1W6MB 2YA5A 2JJ6A 5KXEA 2F25A 4K3YA 1S0IA 4XXPA 3SILA 3AFKA 3IKWA 3O0XA 2P37A 3I4IA 2X9MA 2ZGQA 2D3RA 3DGTA 2WT0A 1LTEA 1UN1A 1IS3A 3WDWA 4XMAA 2DVGA 3TI5A 4XE9A 2KM2A 3AZXA 5GZDA 3AZZA 3WHUA 1UKGA 1G9DA 2HYKA 3ZPYA 1KRIA 2ARBA 4XBQA 3H71A 2WSVA 3QCWA 4M3MA 2P34A 1LJ7A 5HUGA 1LGNA 3T1LA 4K1ZA 4IQPA 2Z42A 2AGSA 4MYEA 3TAYA 1X50A 1KITA 4XHBA 3O12A 2D6PA 3IPVA 5F9TA 5B2DA 4UW6A 3MPPG 4XJUA 2HTUA 2FMDA 2OW4A 1GZCA 3L2YA 4AYUA 3D12A 3N7KA 2CMLA 3V0AA 2D6NA 1GZWB 1GYKA 4YGDA 3ZXJA 3AP6A 1DQ2A 4FJ6A 2XZJA 4MWLA 1VAVA 2JE7A 4F83A 3GVLA 4Z8BA 2E51A 3UJQA 5JVVA 3WOGA 2YDTA 3TI6A 4C1XA 3UK9A 1MS4A 2F24A 1WLDA 4NC5A 4FZHA 1B9TA 5GZCA 1S0EA 3H0OA 2VW1A 5T5JA 1F8CA 1AXYA 1DQ6A 2D6LX 1V3EA 2A70A 1QU0A 2YY1A 2A3YA 2WT2A 2E7TA 4DRVA 1MS5A 1V0ZA 2ZKNA 4HZWA 1EURA 2W5NA 3AP4A 3H6JA 4XJAA 1N1TA 3ILFA 4ZKTB 2NP0A 3NWKA 1MVQA 5JYYA 4YFWA 1DQ5A 1UPSA 1SLLA 4CTEA 2AEQA 2A5ZA 4BBWA 4X47A 5T5LA 3R4UA 1MVEA 3TB0A 4QN5A 2ES3A 2BATA 1AJOA 4DRRA 4YM3A 2F11A 1BKZA 3ILNA 1F9KA 1VCJA 3TI8A 2HTVA 2C4LA 1W6QA 4WZFA 2YMZA 3CKZA 5GLTA 4M4VA 1W6NB 5E8AA 2SBAA 4QN6A 3U4XA 1PZ7A 1Z4YA 1NNAA 3N36A 3FBYA 1W1XA 1L7HA 5GLZA 4Y24A 5GZEA 5CB7A 4XTPA 4Y22B 1UL9A 2ZGLA 1W0PA 1MS3A 1V6NA 4CPYA 4Y1VA 2EXKA 4XDQA 1SBEA 3N35A 4XOGA 4Q1RA 1WW5A 2JD4A 3UL2A 3AXEA 4CPZA 4GB1A 2WQZC 1YXWA 4GWNA 2CYFA 1GZWA 2PHRA 4DQAA 5JOZA 4MX0A 5FRAA 2YDPA 3LSEA 1QDOA 1NNBA 2P3KA 4QN4A 1NMCA 2D44A 1B9SA 1EUTA 4GDJA 4XJQA 1GNZA 4BPZA 4YZ4A 1V3DA 2FHRA 4LBOA 4FOVA 1DQ1A 3FLPA 4JC1A 2GNDA 3WHTA 1WUVA 1EUUA 2CWMA 2UU8A 5GALA 2AENA 3WG1A 4MJUA 1LU2A 3HN1A 3AYCA 3A71A 2NN8A 3B00A 4GZSA 4GZTA 6NN9A 2P3JA 2F13A 4Q27A 4K1IA 2GNMA 1SCSA 3FLRA 1OKQA 1ENSA 2ZBJA 1YO8A 1BYHA 1EUSA 1ENRA 3OBTA 5KXDA 3WDVA 2F27A 1UX6A 5BYNA 3ZXEA 4X4AA 3MEPA 3K3AA 4BLIA 3A72A 2DU0A 4X49A 4XIKA 1PZ8A 1G9BA 4FPLA 3O0WA 2YZ4A 4RL7A 1SLCA 1O4ZA 1V6KA 3W59A 4GZWA 3AX4A 3PMEA 4UW5A 3K37A 3H72A 1D0HA 1QDCA 3B9CA 3LCPA 3AYEA 4FOQA 3B69A 2OUJA 1H9PA 3OJBA 3WNXA 4LBKA 1A4GA 5DZGA 4FPCA 1HLCA 4NO4A 3M3OA 1MS8A 3RMYA 2HT7A 4YFZA 3AP5A 1LU1A 3INBA 1V6LA 4LBMA 1U0AA 4WV8A 1QOSA 1A8DA 4XJ8A 1LECA 1LOFC 1NSDA 3ATGA 1SNTA 5HCBA 2W39A 4YM1A 3B7EA 3PVNA 4NCSA 2DTWA 3BEQA 2P3IA 4PBPA 2XZKA 2A6YA 4WEFA 4AVVA 1Q8QA 3IPVB 4Y26A 2F10A 1DHKB 4BMEA 3M2MA 1WBFA 2QWCA 2LTNA 2HU0A 1USXA 1UMZA 4GALA 4FPJA 4K1HA 3SH3A 1NLSA 3JU9A 2YROA 3ZXKA 3FUOA 3CL2A 1WD3A 1W8OA 1NXD1 1NN2A 4M3CE 5DUUA 2UURA 3T2TA 4BQ1A 2JE9A 4D69A 3D4KA 4TYSA 2HT8A 1AX1A 1S0CA 3QLQA 1F5FA 1G7YA 1BXHA 1FATA 5GZGA 1CVNA 2DTYA 3AYDA 1USRA 2DURA 5CAZA 2ZB6A 2ZHLA 1HQLA 1V0FA 1N1YA 2BZDA 1ULDA 1LHUA 4MZAA 4FPKA 1V6JA 2HTYA 3LSDA 3ILRA 2PHUA 5JOYA 2ENRA 1E8VA 4Y20B 1F8BA 1CPMA 1GKBA 3SANA 4XTMA 5DUXA 4FQ4A 2ARXA 1W6OB 1N1SA 3UJOA 4XBLA 3DUIA 4XJWA 4MWUA 3K39A 1A78A 3VKNA 1C1LA 1JUIA 1LOFA 1ULGA 4FOWA 1W6QB 1DBNA 1WCSA 4ITCA 4K20A 4Q8LA 2ZGTA 3O9JA 1G9CA 2F0ZA 3VKMA 2ZGNA 3GNEA 3N7MA 5H9QA 5JOXA 2QWEA 1FNYA 1QNWA 1IVBA 1S0GA 1SBFA 3RMXA 4CZSA 2R1BA 4FPHA 2QWJA 4YG6A 1WW7A 4XHXA 1CR7A 4Q6KA 2HT5A 1NSBA 4WA3A 1MR5A 2ZACA 2D43A 4MWQA 4CPOA 1Z4ZA 2W52A 4K1JA 5HUKA 1VALA 1LEDA 2PELA 1JYCA 1MS1A 4K21A 5T54A 5HCAA 1GNHA 4YGEA 1GICA 4FPEA 2W68A 4XMIA 3T1EA 1QGLA 4GWMA 2ZZJA 1QKQA 3SNMA 2GMMA 2TEPA 3NSSA 3V65A 3WV6A 3WUDA 1LCLA 2JECA 4KS1A 4H52A 1V00A 4JF7A 2UWAA 2EXJA 3RQ0A 1GZ9A 3NV3A 5IK5A 2BF6A 3TICA 1S0FA 2AR6A 4R9BA 1INVA 3APBA 1S0JA 4YG0A 4YW2A 1AXKA 1KQRA 3B3QE 1WCQA 2V5YA 4HANA 2VW2A 2AREA 4Q1PA 3NV2A 4Y20A 3POYA 1IS6A 4CRQA 1APNA 3ENRA 1W6OA 2CTVA 1IOAA 3SLIA 1G86A 4KS4A 2ZGSA 2D6MA 2DVBA 1RINA 2A3WA 4PF5A 3WG4A 1AX2A 2QWKA 4BM8A 1F8DA 3POWA 4BLJA 2QWAA 1VCUA 1ULEA 2NMOA 3FUQA 1EPWA 1Q8OA 1Q56A 3KQRA 1PZ9A 3WG2A 4H55A 5NN9A 2VWDA 3AYAA 2F26A 4U36A 4LBQB 3ZSKA 2VXRA 4MWRA 5F5QA 2D3PA 2GDFA 2VY0A 1J1TA 1F8EA 1IVGA 1SLTA 1NSCA 4B7JA 3MW2A 4K1YA 1HQWA 3ZYPA 2DVFA 2GALA 1FV3A 5HCFA 2EIGA 1CJPA 2W5OA 4TZDA 4QN7A 4FQZA 4FPOB 1S0DA 3WDXA 2SILA 1Z4WA 2C9AA 1INWA 1QMJA 5T5PA 1JHNA 4U2AA 2EXHA 4UW4A 4WVWA 2R16A 4PQ9A 4LBNA 2GN7A 4M3CA 4WVVA 3SISA 5EWSA 1VLNA 4P9WA 3A0NA 2LALA 5H9PA 4HZVA 2R0FA 1Q8PA 5B2CA 4YW4A 2DWRA 2ZB5A 2DUOA 1JOJA 4GZQA 2HTQA 1Z4XA 2AEPA 2ZGMA 3FLTA 1JBCA 2B7YA 1DLLA 4GKYA 4DGRA 2DVDA 5EYYA 2QWFA 2H0BA 2NM1A 2ZGPA 3CNAA 2A6XA 3VKFC 2YV8A 3GALA 2VK5A 1MWEA 2W20A 1LOBA 5GM0A 1CQ9A 1C4RA 1GV9A 1NCDN 2F28A 5LK5A 1N3OA 2EXIA 1E8UA 1LEMA 3NN9A 3PJQA 2AH2A 3KM5A 3RRDA 4Y1YA 1KJLA 4YW3A 2ZA9A 3Q9OA 1HKDA 2R0HA 1BQPA 2XZIA 2QWIA 1UZZA 5CNAA 4L8QA 2A75A 4LBQA 2F12A 1W6PA 2DUQA 3K36A 1LOCA 1QF3A 1BJQA 3JUUA 2UWBA 4YZ3A 1KDMA 3IMNA 1I1EA 3HR9A 7NN9A 4P14A 1LODA 3AJYA 3K38A 3M3EA 3N7JA 3R05A 1WW4A 4K1KA 3VKOA 1YYNA 1F31A 1QNYA 1SO7A 1XQNA 4FVVA 2BQPA 2ZHMA 4Q2FA 4SLIA 1A3KA 3BIWE 4ISRA 4MZEA 2E6VA 1Y7BA 4HZZA 1ULFA 3AZVA 1LGBA 4I30A 3USUA 2C5DA 4B7NA 3WLUA 1A4QA 3MW4A 1DILA 2XB6C 1V6MA 4NN9A 3AXDA 1UZYA 3AZWA 4QN3A 1DZQA 5H9SA 5KXCA 3PVEA 1N47A 5JDBA 2GMPA 1QOTA 3NV4A 1W20A 4FOYA 1LHVA 3A0KA 3OYWA 4Y1UA 3N7LA 3O5SA 4MWWA 1O4YA 1FV2A 1MACA 2D3SA 1CONA 2A71A 1W21A 2DYCA 3D11A 4B7MA 4YGCA 2SIMA 4YM2A 5HX0A 2A7AA 2VH9A 4ISQA 4Q8KA 5CBLA 1LGCA 3VKLA 3WG3A 3ALWA 1LULA 3SH4A 3M1HA 4GA9A 4FP2A 1RITA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NZ9A 4XILA 2OVUA 1YUDA 1B9VA 1UX7A 1U5ZA 3AZYA 1DGWA 4LHLA 4HW6A 3LDKA 1AYN1 1UY0A 2JDNA 1YQ2A 2VD7A 3L9JT 2YXSA 3OEAA 4NHMA 3WDTA 4WA5A 3TI3A 4QQLA 4MHUA 2PHLA 3NNMA 4NAMA 4QNPA 4WM8B 5J36A 2YA7A 5AFEA 3KCYA 2IAVA 5CKMA 1JW6A 3HEIA 4ZLRA 4MSVA 4XAAA 3M4FA 4K8RB 1L7FA 3LKJA 3OTFA 4LXLA 1FAYA 4QB6A 5FXXA 5JIAA 4BK4A 1RUC1 2O8OA 3A4UA 3M3QA 3HT1A 3ON7A 4KBBA 1D2SA 3ZYJB 4WM8C 3LA7A 4EE2A 4MGKE 4BWOA 2BJSA 4GZ9A 4LKDA 5SV5A 1WD4A 4AG4A 2XVKA 3PUHA 1DP0A 1MS0A 2GMEA 3DYMA 3PVOA 4QX5A 5M1ZA 2ZX0A 4N9HA 4XFIA 2RR12 1V0AA 1RUF2 5G04L 1S0BA 5JI7A 1ZREA 2NQYA 3ZKYA 2F17A 2ZHNA 2EIDA 3IDCB 4UI9L 5CKQA 1AR91 2AEYA 5LRRA 2OUHA 3VZNA 3T3YA 5ABJB 1GANA 3SALA 5EXOA 1NMBN 2OX0A 1DQ0A 2LS6A 4DFSA 4Y3OA 4HL0A 2FDIA 1SLIA 1SPPB 3T2OA 2I07B 4FAHA 1LOAA 4PF1A 2D97A 5ABJC 3VBUA 2JIJA 3OGGA 4PI0A 3R6SA 3NKTA 3V0BB 3U4SA 4PWZA 4MGQA 4HOOA 4ZXEA 5DG2A 3TWIA 3ZLIA 5C6CA 2GH8A 1FOD2 1E5IA 2XLAA 2Y34A 5IFTA 5FPBA 1BEV3 3WCSA 1SCRA 1RUD2 4NHLA 2VNGA 5BNNB 1NZCA 1JZ6A 4QX3A 4Y1XA 1GWMA 2P5BA 3NRUA 3ALXA 1PGL2 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