4XIOA

Crystal structure of apo nanb sialidase from streptococcus pneumoniae at ph 8.0 with mpd as the cryoprotectant
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
total genus 194
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xioA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xioA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xioA02
2ZGPA 1DIWA 3VKMA 1WCSA 4K1HA 2YXSA 1Z4ZA 4LBJA 3ZVXA 1R1ZA 2EXKA 4L8QA 4FPJA 3MEPA 1HQLA 2QWDA 3RSJA 3WDTA 3A0KA 2CYFA 3A72A 1VALA 3AYEA 2ZHKA 1WBFA 1GLHA 3BOPA 5JLVA 3AZXA 5HUMA 2SBAA 3AYDA 2R0FA 1IS5A 2X9MA 5GJ6A 2E51A 1A4GA 4B7QA 1C1LA 1W6NA 3SILA 3M3OA 3IM0A 2HT7A 2HU4A 4XJZA 2WSUA 2P3IA 3ZXKA 1AX0A 3M3CA 2D7FA 2ZGSA 1KDKA 5JDBA 3N36A 1ULEA 2WT0A 2A3YA 4YFZA 1GNHA 3AZWA 2EF6A 4ZXKA 4Y26A 1LHVA 5DUXA 2ENRA 2QWJA 1LOBA 3HN1A 3O0XA 1S1AA 3BIWE 4DFSA 4HANA 4MC7A 4I30A 4XTPA 4FOVA 5F9TA 2CY6A 2R1DA 1GZCA 1C1FA 1LU1A 1QGLA 2YROA 5DG1A 1IVGA 4Q6KA 3SH3A 4K1JA 1QF3A 2GMMA 3ZSLA 2EXJA 4B7NA 1G7YA 4C1WA 2W52A 1Q8QA 2ZHMA 3AP6A 1LEDA 3WHTA 1KJRA 1LU2A 2AYHA 4OZXA 2PHRA 3ZXLA 1IVCA 1G9AA 4Q8KA 4PBPA 1INVA 1E8UA 3H6JA 2HU0A 2GNTA 2F11A 2JDZA 4KS3A 4Q2FA 1LULA 5HUKA 1VAMA 4FOYA 5L73A 4CPMA 4AVTA 1HLCA 2ZMLA 1APNA 1W6PB 4FZHA 1GICA 1BQPA 1HQWA 2P34A 2A6XA 2QWEA 4QN7A 1DLLA 1NSBA 2AEPA 1SFYA 3WVJA 3M2MA 3ASIA 1FYUA 3PVOA 3SITA 3TI8A 4K21A 4XTMA 1I1EA 4YM0A 2WNEA 3AP5A 3BTAA 1JUIA 4FPKA 2ZABA 3CKZA 3APBA 2DVFA 3WOGA 3GVJA 3AYAA 1MVQA 1N47A 4YGBA 3WNXA 4KBBA 5EXOA 4KS4A 1N1SA 2CWSA 4D8SA 1Q8SA 2A5ZA 2AGSA 2C4LA 1X50A 4GZSA 2F0ZA 4FPFA 3OPZA 4WA4A 1Q56A 1PZ9A 2VK7A 4Y1UA 3OYWA 1C57A 2A75A 2OUJA 1LOAA 3FLPA 4YGEA 1C4RA 2ZHNA 2D6PA 1AJKA 1F9KA 1NNBA 1KITA 3TIAA 4MYEA 4WEGA 1JW6A 4WA3A 1QOOA 5IK8A 1GZWA 1WW5A 1YIFA 1LOFA 4K3YA 3OY8B 1V6JA 2JE7A 4Y20A 2EXIA 1DQ6A 4MX0A 4CRQA 3NSSA 3DUIA 2ZHLA 4HZXA 2AREA 3AP4A 3ENRA 4YZ2A 2DVDA 2OW4A 2W20A 3ZPYA 1DFQA 2H0BA 2GNMA 2BERA 1BXHA 3LSDA 1G9BA 1Y7BA 1O4YA 1USXA 1LENA 3WCRA 4M3CE 4HL0A 1URXA 4YG3A 3TI3A 4W65A 3WG4A 3HMYA 3R4UA 2YMZA 1DGLA 2GNBA 2EALA 2XCYA 1L7FA 3RRDA 3WDYA 4M01A 2F26A 3IKWA 1V3EA 1IS4A 2A6ZA 1LHOA 5GLVA 2WT1A 1N3QA 2ZGOA 2E7QA 2HTVA 2ARXA 3POWA 3POYA 1ZM1A 1ENSA 1VAVA 5E88A 4AVSA 1LGBA 4I00A 1KDMA 1MS0A 2ZGTA 4LBQA 1FV2A 1ONAA 4K1ZA 4M4NA 1QDOA 3UJQA 2WT2A 1S0JA 4PBOA 2R0HA 3ILRA 1ULDA 1JN2P 3TIBA 1SCSA 1S0CA 3D4KA 4DS0A 2F29A 1INHA 2C9AA 3L2YA 3WUCA 2WQZC 4BQ1A 3TI6A 4FPGA 1W6QA 2JKBA 4GZOA 1W21A 2A7AA 5FRAA 1CIWA 1LOFC 4GDIA 4YW4A 3H0OA 1MZ6A 4MZEA 3K38A 4FQ4A 4GWMA 4AVVA 2ZMKA 2GN7A 5DZEA 1A4QA 4K1YA 3C2UA 2D6NA 1NCDN 1YO8A 2VXRA 3RQ0A 5IUQA 2ZBJA 4AYUA 1EUTA 4K1KA 1XOGA 3WDXA 3LSEA 3T1LA 1CPNA 4Z8BA 1WW4A 4GKYA 3VKOA 1EUUA 4MWLA 1MACA 1MZ5A 1SLCA 3AYCA 1IKPA 4P9WA 4CPLA 3B7EA 3NN9A 4KS2A 3I4IA 5SV8A 3M3EA 3A4UA 3K39A 1LHWA 4DPNA 2VU9A 4X49A 2HTYA 3M3QA 2P2KA 2RHPA 3JU9A 1G8WA 1NNAA 1Q8PA 3INBA 2YY1A 2HT5A 4XDQA 2ZGUA 4GB1A 1V6NA 1LEMA 2HTRA 4K1IA 5M1ZA 3WDVA 1E8TA 2QWIA 1FATA 1FNYA 3UJOA 1NNCA 5B2DA 3N35A 4FP2A 2P3JA 2AUYA 1F8EA 4XJWA 4ATEA 4J9TA 5CAZA 3FFZA 1J1TA 1MS8A 1QMJA 5T52A 4YM2A 2GMPA 3MW4A 4SLIA 2GALA 1DILA 3SANA 4HZZA 4GZWA 3PVEA 1S0EA 2PHFA 4UW6A 1B09A 4NCSA 2PELA 4FOWA 1QOTA 2AR6A 4CPZA 5HCBA 1NXD1 3MPPG 3V0AA 4FJ6A 2G4IA 4Q1PA 2ES3A 4H55A 1JBCA 2VUAA 1ENQA 2DUOA 4CZSA 4WVVA 2QWFA 4M3MA 2EAKA 2YA6A 1IS3A 2P37A 4M4VA 1V6OA 1CN1A 2NM1A 2ZGQA 1W6MA 2VY0A 5GZFA 1W1XA 5HCFA 5T54A 1Q8VA 1B9SA 1INWA 3O0WA 3ZSJA 1IOAA 2R1BA 1YRZA 2WKKA 1JOJA 1GANA 4HIZA 2HYKA 3H73A 3IMNA 1B9VA 4GEZA 1MS9A 4ISQA 2ZB6A 3NV1A 1S0DA 4BMEA 1V00A 4PCRA 2ZGLA 3ZSMA 4Y1VA 3WDUA 4QN5A 1DQ1A 5DZGA 5HCAA 3R4SA 1F5FA 3GVKA 4XMAA 1RIRA 3QCWA 3SISA 3OBTA 5H9PA 2A6VA 2UWBA 3I8TA 2ARBA 1G86A 4XJ8A 5EYXA 3AX4A 2F13A 1QOSA 3PJQA 3CL0A 2QWGA 4PQ9A 2SLIA 4K20A 3IPVB 1V3BA 3AXDA 1W0OA 2NYYA 5CA6A 5H9RA 2ZAAA 2D6MA 1OFSA 1HKDA 2A6WA 2JE9A 4Y1ZA 4MZAA 4QN4A 4YFWA 1RINA 1N1YA 1AX2A 1INGA 4UW5A 5IK7A 2B7YA 1UAIA 1A78A 5H9QA 1GSLA 3SLIA 4Y22B 3UK9A 2D3PA 4M3CB 4CPOA 2ZZJA 1XOEA 4XZPA 1ULGA 5DXDA 2PHUA 2W68A 4GZXA 4H52A 4X6KA 5CNAA 5KXEA 2QWCA 2YA7A 3CYEA 1QNWA 3AZYA 1WUVA 1SNTA 4XBLA 1V0FA 1UX6A 1WD4A 1LECA 4FPYA 2DTWA 1YXWA 2A6YA 5T55A 4XMIA 2XZJA 1XQNA 3ALWA 4NOTA 1UZZA 1FAYA 5JOZA 4KS1A 1H9WA 4YG6A 1F8CA 2ERFA 4RL7A 4MJVA 1Z4WA 3USUA 1F8DA 4MJUA 1IVBA 3V0BB 4GWNA 2YA4A 3N7MA 2DU0A 5JVVA 3AXEA 4XJRA 1WCQA 1CQ9A 1LJ7A 3SH4A 3Q9OA 3A0NA 1NSCA 1UMZA 2LALA 2F12A 1DYPA 3GVLA 1ULFA 4UW4A 3T1MA 1Q8OA 1LOGA 2D3SA 1A8DA 2BZDA 5KXDA 1EUSA 5JOYA 3D12A 3ZYRA 3POSA 1DHKB 4MWRA 3AJZA 1BJQA 1W8NA 3OBRA 4NN9A 4IQPA 7NN9A 1EPWA 1SBFA 5F5QA 1KQRA 1DQ5A 1MR5A 4ITCA 1MS1A 4LBOA 2W5OA 1MS4A 3O12A 4ISRA 5LK5A 2YDPA 2QWHA 1MVEA 4JC1A 1UKGA 4DGRA 4XYXA 1NLSA 3AZVA 1B9TA 2YV8A 2E7TA 2GDFA 1H9PA 5HUNA 2VK6A 2FMDA 1LGCA 1V6KA 1W6PA 3B00A 3SNMA 4TZDA 1W6OB 4YM1A 1G9CA 1WW7A 4YGCA 4XJ9A 4UW3A 3DGTA 1V6MA 2DUQA 1WLCA 4YZ1A 4LBMA 4R9DA 2DV9A 4XJQA 3WDWA 5NN9A 1V2IA 2CWMA 5GALA 1FX5A 2ZKNA 4MWVA 4YZ4A 4UF7A 1OKQA 2A3XA 2Q5TA 2D43A 3TI4A 3BODA 1JYIA 1DQ0A 3HR9A 2V73A 4P14A 4YW2A 1MS5A 4ASMB 3UL2A 4XJUA 5E8AA 1W6NB 2CNAA 2DWRA 4DRVA 1USRA 4F83A 2VK5A 4Y1YA 4Q27A 3B69A 1SO7A 4DRRA 5GM0A 1AXZA 1GKBA 2W39A 4JCKA 3H71A 1LOCA 4Y24A 4YZ3A 4NC5A 2DVBA 1DQ2A 2QWKA 4MWYA 4Y1XA 4GALA 5AVAA 2UWCA 2D6LX 2B8HA 3OY8A 2C5DA 1UZYA 4MWWA 2QWAA 4X4AA 4XILA 3NV4A 2XG3A 1UN1A 4QN3A 5GZDA 2XZKA 1AF9A 1KRIA 5HUGA 1RITA 3BEQA 1LHNA 4XBNA 1Z50A 2BF6A 3RG0A 3NV3A 2D6OX 2HT8A 3IN9A 4LBQD 1VLNA 2W38A 1HDKA 2LTNA 4R9AA 3OJBA 3B9CA 1QKQA 5DG2A 4M00A 3TAYA 5CBLA 4YW3A 3N7JA 1Z4VA 3AZZA 3ILFA 4XOGA 1N3OA 1EURA 2SIMA 1SBEA 1CESA 1LCLA 1Z4XA 1U0AA 1YYNA 2DUPA 4LBKA 3TB0A 3VKFC 1VIWB 3B01A 1LESA 3N7LA 1AXYA 1G9DA 4GA9A 4H53A 3WG2A 4ZKTB 1W8OA 1O4ZA 5DUUA 1L7GA 4XXPA 1NMBN 4BMBA 3AK0A 4ATFA 2A71A 4P9YA 3GNEA 3WG1A 3AFKA 2E6VA 1JXNA 3ZXFA 1WW6A 4WA5A 3TI5A 3FLRA 1S0GA 1SACA 3O5SA 4TYSA 4XXAA 3PVNA 1F8BA 3ZYPA 2ZACA 4R9BA 3N7KA 1I3HA 1WD3A 2NP0A 3AP9A 2UU8A 2YA5A 3OYWB 1V3CA 1AVBA 2SILA 1Z78A 1KJLA 1AJOA 5H9SA 3VKLA 3USUB 1JHNA 4DQAA 4YM3A 1SBDA 1JYCA 1BKZA 4CPYA 1GZ9A 1SLTA 1UL9A 1DBNA 4YW5A 1GZWB 1WLDA 3ATGA 2R49A 4QNPA 1N3PA 2YA8A 3A71A 3U4XA 2NZ9A 1SCRA 4Y20B 4U2AA 2PHXA 1GV9A 5BYNA 4BOWA 3TICA 2HTQA 3FUQA 4HZWA 1CONA 1NCCN 1GYKA 3WUDA 1LTEA 4FP3A 1FV3A 5T50A 2F10A 1D0HA 2KM2A 1BZWA 4YG0A 3INAA 1DQ4A 4GZPA 5JYYA 3T2TA 2W5NA 1D2SA 4HZYA 1S0IA 2ZMNA 1LGNA 5CB7A 2D3RA 4XE9A 1INFA 2UURA 1MWEA 5GZCA 2ZGNA 4GDJA 3K3AA 4WEFA 2DVAA 2F28A 4XBQA 2CTVA 2BATA 2GN3A 4FVKA 3WLUA 1V6IA 2ZGMA 2ZB5A 1ULCA 1DYKA 4LBLA 4Q1RA 4BPZA 2JD4A 3OGGA 4LBQB 3VUOA 4BBWA 2PHWA 1Z4YA 4CTEA 5JOXA 4GXLA 2FHRA 1L7HA 5GLUA 1MS3A 4M3CF 1V0EA 2VW2A 3D6EA 5JOWA 4GJTA 2F27A 2F25A 1INXA 1W6QB 2WLQA 2D6KA 3V64A 3WZ1A 3W59A 4R9CA 3AJYA 2VSMA 3KQRA 4Q26A 2AH2A 4U36A 2CMLA 3B3QE 1W20A 4WZFA 1LOEA 1UPSA 4LBNA 1IS6A 2EIGA 5DUVA 3R05A 4GKXA 3RMXA 3K36A 4FQZA 3MW3A 2JECA 4X47A 1VCJA 4PF5A 3WV6A 4AGGA 1V0ZA 3KM5A 4AGVA 1CPMA 4FPCA 1IVFA 3PMEA 5GLZA 2W08A 1W0PA 1IVDA 2D44A 5T5LA 2VW0A 4D69A 4XHBA 1TEIA 2UWAA 5DUWA 3ALXA 4MWXA 5EYYA 1NMCA 1N1TA 4WV8A 5E89A 3W58A 2BQPA 2ZA9A 4YLZA 5IK4A 3AP7A 2ZGRA 2YZ4A 1ENRA 2TEPA 3ILNA 4YZ5A 1S0BA 3WHUA 4C1XA 5EWSA 1SLIA 2V5YA 2NMOA 4XIKA 3H72A 4BLIA 1CJPA 1SLAA 4FPLA 3CNAA 4FPEA 3IPVA 5GLTA 3T1EA 3O9KA 1PZ7A 1Z0HA 4XJAA 4CPNA 1DZQA 1CR7A 1NCBN 5GZGA 2AENA 5T5JA 1NSDA 4NO4A 2GMEA 3D11A 3N3HA 2A70A 2DU1A 3WCSA 2HTUA 4FPOB 4FVVA 4JRAA 2RKCA 4AGRA 4Y22A 4M3CA 4MWJA 1QNYA 2JJ6A 4KS5A 3SH5A 1WLWA 1A3KA 4GZQA 4FPHA 2VVZA 2OVUA 3LCPA 3MW2A 4WVWA 4JF7A 3K37A 5JMCA 5KXCA 4BLJA 1CVNA 1A14N 3GALA 1GBGA 3V0AB 1NMAN 2ZGKA 4Q8LA 3WG3A 2DVGA 2PHTA 2GNDA 2YDTA 1H30A 1SLBA 1E8VA 3FBYA 5T5OA 1QU0A 1IKQA 2NMNA 3M1HA 2EXHA 3O9JA 2I2SA 2HTWA 2DTYA 1LODA 1NCAN 1ZA4A 3RMYA 3FUOA 4GZTA 1W6MB 4BM8A 3V0BA 2VW1A 1QDCA 5DZFA 2R16A 2VSKA 1LHUA 3O0VA 1DIMA 4B7JA 4AWDA 6NN9A 1AZDA 2VWDA 1WBLA 1VCUA 1F31A 3VKNA 1PZ8A 3NWKA 3CL2A 1NN2A 1INYA 3QLQA 2DURA 1FNZA 5GLWA 4B7RA 5B2CA 3RS6A 4YGDA 3W09A 2AEQA 3JU4A 3FLTA 4MWQA 1V6LA 3NV2A 1BJIA 3SALA 1SLLA 5GZEA 2C4AA 4RA0A 2NN8A 4M4UA 1V3DA 2F24A 1YI7A 5IT6A 3D5OA 4YW1A 1S0FA 4XIOA 2E53A 3ZSKA 4HZVA 3VV1A 1OQ1A 2VH9A 5HX0A 2DYCA 2WJSA 4MWUA 4QN6A 1G9FA 1N1VA 2Z42A 5IK5A 1GNZA 3ZXJA 1BYHA 2OUHA 2A3WA 1IVEA 5T5PA 1W6OA 1AXKA 4B7MA 3JUUA 2WSVA 4XHXA 3ZXEA 5KXBA 4P9XA 2CL2A 5FREA 2XB6C 2XZIA 2P3KA 4FOQA 2QWBA 1AX1A 3V65A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NAEA 2ZGPA 1DIWA 2R041 4CE8A 1PGL2 3VKMA 3GBWA 1WCSA 2WN3A 4K1HA 4HMZA 4A44A 1IPJA 3BB6A 3OSDA 1WCDJ 2OZ6A 5KHJA 4CCLA 2YXSA 4YW7A 1ZRRA 1R082 3K4DA 5FO8B 1Z4ZA 4LBJA 1X33A 3ZVXA 1R1ZA 2EXKA 4L8QA 4LO7A 3N9OA 4FPJA 3MEPA 4AL9A 1AL0G 1HQLA 2FCVA 4IV3A 5FP9A 2QWDA 3RSJA 1UO9A 3N9MA 4QX1A 3WDTA 3HWJA 4Q0UA 4IN4A 4QU1A 5CADA 3A0KA 2CYFA 3A72A 2W87A 1VALA 4QHBA 3AYEA 2ZHKA 4L97A 1WBFA 1GLHA 3BOPA 5JR2A 3AZXA 5JLVA 5HUMA 1QJFA 2SBAA 3AYDA 4NAOA 2R0FA 3S7EA 4BYYA 5ACA1 1JYTA 1IS5A 4YYOA 2X9MA 5GJ6A 1BBT2 2E51A 1PGW2 1WLTA 2Q1MA 4MLOA 1A4GA 2YG0A 1RJ8A 5IAVA 1D4VB 1C1LA 1QJU3 2OX0A 4B7QA 1W6NA 2G19A 2FQPA 3JBG3 3NNFA 3S94A 2J1VA 5F8PA 4RR3A 5D8AB 4BK4A 4IERA 3M3OA 3SILA 1CAXA 3IM0A 3KV4A 3MFAA 3RDIA 2E31A 4E4DX 4CCCA 4MUVA 1W8TA 3BPSA 3HT1A 1WCKA 4O61A 2HT7A 2EA7A 2HU4A 3WP3A 4XJZA 1IPKA 2AC1A 3U37A 1E1AA 2FDHA 5FYZA 2WSUA 1AYN3 2P3IA 1U6DX 1EAH2 2QDNA 4D0QA 3ZXKA 1XB9A 2WWSA 1XBFA 1AX0A 1Y9GA 4Q4Y1 2E26A 4QB2A 4RQPA 3GCWA 3PVBB 4D6RA 2CDPA 2R062 3M3CA 2D7FA 1S2EA 3LAGA 3MV11 5CZKA 3AMSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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