4XIOA

Crystal structure of apo nanb sialidase from streptococcus pneumoniae at ph 8.0 with mpd as the cryoprotectant
Total Genus 194

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
100200300400500600600500400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 194
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xioA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xioA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xioA02
3WHTA 3SANA 3POSA 2HT8A 1L7GA 4YM1A 1VAVA 1EURA 2F25A 5T50A 4F83A 1S0IA 4TYSA 2D6LX 1A4GA 1CVNA 4MZAA 1FV2A 4GJTA 1W6PA 3TI4A 1Z0HA 2QWDA 3UL2A 2R49A 2DV9A 4LBQD 1AF9A 1IVFA 5EYXA 3USUB 4AYUA 1MS8A 1D2SA 3TI5A 1DQ2A 2ZMLA 2AEQA 1W6OB 1UZYA 4XMIA 1V6KA 3V65A 4DRRA 4NN9A 3RMXA 5HUKA 3WUDA 5GZDA 4MC7A 3GVLA 1A78A 2VH9A 4YZ4A 3WG2A 1DFQA 1V3DA 4AVSA 4DRVA 2ZGMA 3N36A 7NN9A 2A71A 2YDTA 2SILA 3VKLA 2WT2A 2ZHMA 4R9BA 2H0BA 3A0KA 2VK6A 1LHVA 3WG1A 4DS0A 3AYAA 2NN8A 3I4IA 5JMCA 4Q8LA 2C5DA 2F24A 2VW0A 4AGRA 2V5YA 1GNZA 3CL0A 1C57A 2A6XA 2D6NA 2A6WA 5AVAA 1IKQA 4R9AA 1DGLA 2UU8A 4AGGA 2WNEA 1DHKB 3USUA 2WSUA 1QDCA 1UL9A 4XYXA 1INWA 3K36A 4QN3A 1QMJA 1SO7A 2YMZA 1JN2P 4FPCA 1LHWA 3M3OA 4BMEA 4WVVA 3RQ0A 4YG3A 3NSSA 1UPSA 1W8NA 4K1IA 1S0CA 5JVVA 3RSJA 3K38A 1H9WA 1AX1A 4FOYA 1QDOA 1Z4WA 1KRIA 2AEPA 2VSKA 3QLQA 5JOZA 4M3MA 1DZQA 1UX6A 3TIAA 1W0OA 3AZZA 2AENA 3DGTA 1A4QA 1LHNA 2DYCA 1W6NB 3AJYA 3O5SA 2AUYA 4XIKA 1WD4A 1IVDA 1NCDN 1DQ6A 5FRAA 4FPGA 1Q56A 1G9CA 1PZ9A 4IQPA 3ILNA 3APBA 4LBLA 4YZ1A 3AK0A 3TICA 1W1XA 1A14N 3OGGA 3RRDA 5GZEA 5B2DA 4FPOB 4NC5A 5EYYA 4MWLA 2JE7A 1NMCA 4YG6A 4QN6A 5GM0A 4HZXA 4HZZA 4YW3A 3AX4A 2GMPA 4FOVA 4XXAA 1U0AA 5JLVA 3CKZA 3A72A 4MWWA 2UWBA 4AVVA 5IK7A 2R0HA 3WNXA 1Z50A 2Z42A 1HQWA 1F5FA 1UAIA 4WEGA 4Q26A 3B69A 3ZXLA 1S0JA 4Q2FA 1W6NA 4QN5A 4XHXA 1DQ0A 3OBRA 4LBOA 1E8TA 4X4AA 2JD4A 1ENSA 1S0FA 2UWCA 3H71A 1NSDA 4Y1UA 2EXIA 2OUJA 2OVUA 3GNEA 3SILA 1JUIA 2D43A 4RA0A 1DIMA 2WT1A 4QNPA 4C1XA 3NN9A 1XOEA 4X6KA 1LTEA 1W6QB 4JF7A 2VY0A 2UURA 3POWA 5EWSA 1MS3A 1E8VA 4M4VA 2A75A 3AFKA 3D6EA 1QU0A 2NMOA 4LBQB 3VUOA 2A5ZA 3OY8B 4M3CB 1WUVA 3D5OA 2GN3A 4YFWA 2EXHA 1SLCA 4ISQA 4XHBA 2NYYA 3FFZA 1S0EA 2RKCA 2DTYA 1VCJA 2B8HA 3IM0A 4UW6A 3D12A 4Q8KA 1V6JA 1NCAN 4KBBA 3M1HA 1FNZA 1YRZA 5LK5A 1KDMA 4M4NA 1NLSA 3FUOA 4B7MA 2F27A 1SCRA 1WBFA 3M3CA 4GXLA 1N3QA 4ZXKA 1Z4VA 1Q8VA 1B9SA 1N1VA 4MJVA 2W38A 1CR7A 4P9XA 5FREA 1FYUA 4MWYA 2A6VA 1CPMA 4CRQA 3BEQA 5GLZA 1ULGA 3WDUA 1XOGA 1N3OA 2EAKA 3UK9A 2AGSA 1NMBN 2QWJA 2GNMA 2P3JA 2YA4A 2D3PA 3IPVA 1WW7A 4Q1RA 4YM2A 1LGNA 3N7LA 3T1LA 4XBQA 1N3PA 3OY8A 2R0FA 4M3CA 2ARBA 4LBKA 4PF5A 1VCUA 5GLVA 3A4UA 4GALA 4DPNA 2HYKA 1NSCA 1UKGA 2D6KA 2D3SA 4KS2A 1JHNA 3AP5A 2ZACA 2A3XA 1MWEA 1GBGA 3WUCA 1WCQA 2VK5A 5GLTA 3QCWA 4UF7A 1NNCA 2PHUA 3B01A 4M00A 3OPZA 2QWIA 1BXHA 1MS9A 4YW4A 4U36A 1NNAA 1PZ7A 5GJ6A 1RIRA 4W65A 1QNYA 4DGRA 1NN2A 4YGDA 4WA3A 4FPEA 1IS5A 1GICA 4XILA 2A6ZA 4YM3A 1YXWA 4GB1A 3H72A 2ZB6A 4RL7A 3N7JA 3W09A 1F8EA 2TEPA 4PQ9A 4AGVA 3LSDA 2WT0A 3T1EA 3BIWE 4LBMA 2VWDA 2ZGQA 4D8SA 2F13A 4D69A 5KXDA 2D3RA 5CAZA 2ZMNA 3NWKA 4FPKA 3SISA 1ULFA 5BYNA 2RHPA 5CB7A 1O4ZA 3O9KA 4M3CF 1SLLA 2DUQA 2X9MA 4KS5A 1VALA 1S0DA 2EALA 1G86A 4BM8A 1DLLA 2C4AA 3NV2A 2A6YA 5IK5A 1DQ4A 1Z78A 1G9AA 1SCSA 2ZGSA 1MACA 2ZHNA 3INBA 1S0GA 1JYIA 4FP3A 3V0BB 4MX0A 2ZKNA 1G9DA 2SBAA 4MWUA 4FZHA 4B7NA 4AWDA 4HZWA 1CN1A 3WOGA 3ZSMA 4X49A 1D0HA 1WW4A 2ZGNA 1YI7A 2DVBA 1LHUA 2LALA 1WW6A 5JOWA 3V0AB 2G4IA 3CNAA 3M3EA 2E7QA 1ENQA 4HL0A 2B7YA 1V3CA 1V3BA 3AJZA 1SBDA 2FHRA 2VU9A 1GSLA 1FATA 4MJUA 2P37A 4HIZA 3AP7A 2F10A 3N7KA 4XXPA 3O12A 3WDYA 2C4LA 1RINA 4WEFA 4ISRA 4GZWA 1HQLA 1V0EA 5H9PA 2HU0A 4C1WA 2F29A 3TI8A 3M2MA 2ZABA 3PVNA 3Q9OA 2XG3A 3AXEA 4YFZA 1AJOA 2ZGRA 4ATEA 1QOOA 3AP9A 4GWMA 4L8QA 1B9TA 1SLTA 5HUMA 1W6OA 1BQPA 1CONA 4K1JA 3ZXFA 4XJQA 1H9PA 1I3HA 1LESA 2ENRA 2DTWA 3V0BA 1S0BA 2DVAA 1INHA 4YGBA 3C2UA 5HUNA 2CTVA 3WDTA 1LOFC 4MWJA 2DVFA 1KQRA 3DUIA 1AVBA 2ZHKA 4GDJA 3ZSJA 3PVEA 4UW5A 4WZFA 5GZGA 3ZYRA 1AX0A 1Y7BA 4XBLA 2A7AA 1KJRA 4UW4A 2D6OX 3WDXA 3OYWB 5F9TA 1J1TA 3GALA 4LBJA 1MS5A 1SFYA 2AYHA 4KS4A 3KM5A 2ZB5A 4Y1VA 2YDPA 2BF6A 3B00A 3LSEA 4XE9A 5IK4A 4XTMA 2W08A 4XZPA 4GKXA 3D4KA 2D6PA 1F31A 3CYEA 1SBEA 3RS6A 2E53A 1GLHA 3A71A 2HTUA 1KJLA 3MEPA 1DYKA 4JRAA 4Y26A 1GZCA 1E8UA 4GZOA 4CPNA 3WG3A 1WW5A 3R4UA 1IOAA 1Z4ZA 5DZEA 4BLJA 4YZ2A 5DUVA 1SNTA 5E89A 2CY6A 1AX2A 1JOJA 2W5OA 1IKPA 4Z8BA 5E88A 2QWKA 2AREA 3SLIA 1DQ5A 1ZA4A 2ZGLA 4YLZA 1W8OA 5IT6A 1A3KA 3AP4A 4K20A 1UMZA 4FVKA 4WA4A 3AZVA 3WZ1A 3ENRA 4ASMB 1LOAA 4GZQA 4MYEA 1BYHA 1N47A 2WKKA 1PZ8A 2F0ZA 5H9RA 3WCRA 4YW5A 3W59A 3AYCA 2YA6A 2SLIA 1MS4A 4MWXA 2DUOA 3U4XA 3N3HA 2QWBA 1F8BA 2OW4A 2YY1A 4FQ4A 3AXDA 2PHXA 3WLUA 1LOFA 1LEMA 5DXDA 2QWGA 1G7YA 5IK8A 2ZHLA 2JJ6A 2PHFA 1W21A 1Z4YA 2E6VA 1SLAA 1LGBA 3T2TA 1G9BA 2EF6A 2W68A 4QN7A 1CQ9A 3ATGA 4GZTA 5T5JA 2HTQA 2NM1A 3BOPA 1AXKA 3O0XA 3IMNA 3WG4A 3O9JA 1YYNA 1ENRA 2SIMA 1LOCA 1BJIA 4XJZA 4R9CA 3D11A 4YGEA 1H30A 1V00A 4WA5A 4KS1A 3TIBA 1OKQA 1MVEA 5H9QA 4J9TA 4Q1PA 4YG0A 2XB6C 3I8TA 1YO8A 2DURA 1BKZA 1IVBA 3SH5A 3JUUA 1G9FA 4ITCA 4YW2A 1GV9A 1W6QA 1IS3A 5T5LA 1QF3A 3K3AA 3HMYA 4P9YA 3WDWA 2CWMA 1CIWA 2F26A 1CPNA 4Y20B 2BERA 4LBQA 4BOWA 4Y1YA 1USRA 4DFSA 1F8DA 2PHRA 4TZDA 1BZWA 4GZXA 2GNDA 2CNAA 4LBNA 2A70A 4M3CE 4UW3A 2GNTA 3VKMA 4K3YA 1LOGA 1B9VA 1OQ1A 1QKQA 2YA7A 5DUUA 4YZ5A 5JOYA 4MZEA 5HCBA 3B9CA 2YA5A 1URXA 1ZM1A 5DZFA 3K37A 4FPJA 3SALA 4B7QA 1VLNA 1SLBA 4HZVA 2ZBJA 4H55A 4NO4A 1AJKA 4Y22B 1AXYA 3FLRA 2CL2A 2HTYA 5DG1A 4AVTA 2GALA 4HZYA 2YXSA 5JOXA 1EPWA 1C4RA 5DG2A 1N1SA 3NV3A 3PVOA 1QNWA 1W6PB 2ZGUA 2PELA 1DBNA 2ZAAA 4B7JA 4GZPA 4BPZA 3HN1A 4FJ6A 4Y20A 2HTRA 1ONAA 4YGCA 5T54A 2HTVA 5GALA 4PBPA 2NMNA 3LCPA 4CPLA 2ZGOA 1LECA 1L7FA 3N35A 2WJSA 3B3QE 1INXA 3RMYA 4U2AA 1RITA 2W52A 1V6MA 3AZYA 1NMAN 1IVGA 1WLCA 3JU9A 1JBCA 3MW4A 4OZXA 1WLWA 3FLTA 3R4SA 3ASIA 2C9AA 1F8CA 4XBNA 1Q8PA 5L73A 4GWNA 4Y22A 3ZXEA 4XJRA 2YZ4A 5CNAA 2GN7A 1LJ7A 1JW6A 5KXCA 1HDKA 4FOQA 2EXKA 1KITA 4MWQA 3RG0A 4WV8A 2OUHA 4K1HA 2VUAA 2ZGKA 4H52A 1CESA 5EXOA 5GZFA 1MS0A 2HTWA 4XOGA 3ILFA 4WVWA 3WDVA 1NCCN 2ARXA 1W6MB 4XIOA 4GEZA 5JYYA 2NP0A 3GVKA 1TEIA 1XQNA 1V2IA 4XJ9A 1V6OA 4FP2A 3AZWA 3H6JA 4CZSA 1GYKA 1HLCA 3PJQA 2DWRA 4I00A 1INVA 1V6NA 2XZIA 2XZJA 1GZWB 2P3IA 1SLIA 1Q8OA 4K21A 4MWVA 5B2CA 1HKDA 2HT5A 1GKBA 4KS3A 1N1TA 4JCKA 3OBTA 2ERFA 4XJAA 4FPFA 1V0FA 2XCYA 5KXBA 2YV8A 3FUQA 2WQZC 3L2YA 3O0VA 1I1EA 5CA6A 3SH3A 5GLUA 4ATFA 3BTAA 4YM0A 3VKFC 3HR9A 2YROA 5HX0A 3NV1A 1IS4A 2JECA 1FX5A 1FNYA 3WVJA 3MPPG 1NSBA 1NNBA 2PHWA 1SACA 1YIFA 2CMLA 1W6MA 2QWCA 2QWAA 1X50A 3R05A 4CTEA 2E51A 2D44A 4XJWA 5DUWA 5HUGA 1GANA 3V0AA 3KQRA 3GVJA 3TI3A 1Z4XA 1MS1A 5GZCA 3H0OA 2NZ9A 3ZPYA 4YZ3A 1GZWA 2BATA 2E7TA 2UWAA 1FAYA 3B7EA 1LGCA 4HANA 2D7FA 2F12A 1QGLA 1ULEA 1DILA 1Q8QA 3VKNA 5JDBA 1LOEA 1L7HA 2ZA9A 3FBYA 2YA8A 4M4UA 1DYPA 4SLIA 3OJBA 4B7RA 3ZSKA 2VXRA 4CPZA 1SBFA 4FPHA 1S1AA 1MVQA 2VW1A 1INFA 5HCFA 3ILRA 2VW2A 3SITA 1MR5A 2JKBA 1KDKA 2FMDA 4K1KA 1DQ1A 2P3KA 2ZGPA 3ALXA 3H73A 4PBOA 6NN9A 1AXZA 5H9SA 1NXD1 4XJ8A 4XJUA 1W20A 2XZKA 5KXEA 3K39A 1A8DA 4GKYA 1IS6A 3TB0A 3O0WA 3NV4A 4BBWA 3IN9A 2PHTA 4XDQA 1QOSA 3N7MA 3OYWA 4CPMA 1LCLA 3TI6A 1JXNA 4XTPA 4FVVA 1APNA 2R1DA 3V64A 1EUSA 4NCSA 4Y1XA 1V3EA 1IVEA 1WD3A 5T55A 2QWFA 4K1ZA 3ZYPA 3T1MA 3AYDA 1ULDA 1GNHA 3WV6A 3SNMA 3ZSLA 4BQ1A 1MZ6A 2ES3A 3PMEA 2W39A 3CL2A 2A3WA 1USXA 1LHOA 1C1FA 2EXJA 1LENA 3ZXJA 1EUTA 3IPVB 4I30A 2P2KA 1INGA 2R1BA 4NOTA 3WCSA 1LEDA 1OFSA 3A0NA 5GLWA 5IUQA 4P14A 2DU0A 3INAA 4R9DA 3VV1A 1LULA 2BZDA 1IVCA 4Q27A 5T5OA 4P9WA 1Q8SA 1WLDA 2A3YA 1INYA 2AH2A 1F9KA 3ZVXA 4DQAA 1WBLA 2V73A 4BMBA 3UJQA 2QWEA 2JE9A 2VVZA 1UZZA 1NCBN 1GZ9A 4JC1A 1V6LA 5DZGA 3IKWA 3TAYA 2DUPA 2DVDA 2LTNA 1B09A 5E8AA 4K1YA 4FOWA 3SH4A 2AR6A 3W58A 4H53A 5DUXA 1UN1A 1WCSA 1W0PA 4CPOA 2F11A 2GMMA 3M3QA 4X47A 3JU4A 1ULCA 2GDFA 2ZZJA 1VAMA 2VSMA 4GZSA 2BQPA 1C1LA 2ZMKA 1N1YA 1R1ZA 1VIWB 3MW3A 4Y1ZA 2GMEA 1O4YA 2WLQA 5T5PA 1FV3A 3AYEA 2DVGA 5SV8A 4GDIA 3AP6A 2CYFA 2QWHA 2I2SA 2R16A 4Q6KA 5T52A 2ZGTA 3BODA 1EUUA 2DU1A 2F28A 1DIWA 1LODA 2EIGA 4BLIA 1BJQA 4XMAA 5NN9A 4PCRA 2Q5TA 1AZDA 3AZXA 1QOTA 4ZKTB 4YW1A 2JDZA 4M01A 3VKOA 2VK7A 4FQZA 5HCAA 5F5QA 4GA9A 3POYA 4MWRA 1V6IA 1LU2A 4FPYA 3ALWA 4Y24A 5M1ZA 1JYCA 3UJOA 2CWSA 3MW2A 3WHUA 1LU1A 1LOBA 1MZ5A 2GNBA 1G8WA 3ZXKA 2D6MA 4QN4A 2P34A 2HT7A 5CBLA 2W20A 2HU4A 4FPLA 1CJPA 3FLPA 4CPYA 2WSVA 2KM2A 2W5NA 1V0ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WHTA 3ZYIB 4XC9A 5J37A 3SANA 3HWJA 1NZCA 3POSA 2PAMA 2HT8A 3AKSA 3I97A 1L7GA 1UYPA 1POV0 4C91A 5FBZA 1UY1A 4YM1A 1VAVA 2DG1A 5B2GB 3PDQA 5CKNA 1EURA 2F25A 2RS53 3W21A 1PK6C 4QQLA 5CZKA 5T50A 4F83A 1S0IA 3ZFFA 5FNUA 4TYSA 5F3IA 1VPHA 5KHHA 4CPBA 3I3BA 1C8M3 1ACCA 1ZYBA 1UYZA 2D6LX 1A4GA 2FDKA 3PU3A 4LOSA 2BFUL 3AMMA 1R082 1CVNA 1VBD3 2WS92 5FZAA 4MZAA 1FV2A 4IEOA 2DYHA 3D82A 1W6PA 4GJTA 1US2A 2XDVA 4BIOA 3TI4A 4Y5SA 4L7BA 1Z0HA 2LM3A 3LDBA 2QWDA 5A3NA 3UL2A 2WNOA 3EYPA 1NE6A 1ZZ9A 2WDBA 2R49A 3GZEA 5FUPA 2DV9A 3U78A 1PO22 4M0NA 4LBQD 1ZZCA 3RPQA 4AR2A 5FZBA 1AF9A 3PTRB 5EYXA 1IVFA 3USUB 4AYUA 1D7PM 1JS9A 1MS8A 1ND3A 1ZZ7A 3MIGA 1JI6A 1VBE1 2R073 5A7QA 3VDCA 2XKPA 1D2SA 1R1A2 2HWC3 3TI5A 2Y0OA 3SOBB 4QPIA 1DQ2A 1QJZA 4ORFA 3VZJA 2LW8A 3ZN6B 1KD7A 3E6CC 3E5ZA 2ZMLA 3NVCA 3LA7A 2ATFA 1W6OB 1IPKA 5J09A 2AEQA 5KWRA 1UZYA 1O91A 4AAPA 4JDNA 2JWPA 4QPGB 4XMIA 1W90A 2GH8A 1V6KA 4WVZA 4XF3A 4AFBA 4TSVA 3V65A 4AI8A 1D4M3 3LIHA 1KS5A 3O1TA 4KU7A 5F32A 4CCKA 4DRRA 4NN9A 3RMXA 4LIUA 5HUKA 3U10A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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