4XIOA

Crystal structure of apo nanb sialidase from streptococcus pneumoniae at ph 8.0 with mpd as the cryoprotectant
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
total genus 194
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xioA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xioA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xioA02
3B69A 4X47A 2HTYA 1GNZA 4R9CA 1ENRA 3ZXJA 1BJQA 5GLTA 3AP7A 1DILA 4CPZA 3PVEA 4JF7A 4M01A 1Z4YA 1N1YA 2EIGA 3RMYA 3ZPYA 2NP0A 2ZMLA 3AX4A 1EURA 3WDWA 1LEDA 4K21A 5DZFA 2SBAA 3RS6A 1V6LA 1SNTA 1Z78A 5IT6A 1INVA 2AENA 1IKQA 5T5LA 4HL0A 1SFYA 1C1LA 1LENA 1HKDA 5F5QA 4M3MA 2ZBJA 2GMMA 1MS8A 2VVZA 4AVTA 3NV2A 3IM0A 1S0GA 4CRQA 3AP9A 4KS1A 1KDMA 3TIAA 4FP2A 2QWCA 1NMCA 4Y24A 1F31A 1E8UA 1H9PA 1RIRA 2B8HA 2Z42A 1V0EA 1RINA 4XJRA 2UU8A 1F5FA 5LK5A 1LGBA 3B00A 4P9YA 5JMCA 5HCFA 1DHKB 1GZCA 4WVVA 3ILRA 4FPKA 3ENRA 1NSBA 4WVWA 2NN8A 1L7HA 4M4NA 5JDBA 2PHRA 1I1EA 3AYEA 1AZDA 5KXCA 5H9RA 4ITCA 4FPCA 1QF3A 3KM5A 1BXHA 1BYHA 5H9PA 1V2IA 4D69A 2D6LX 1JOJA 2A7AA 1VLNA 4LBQB 3WNXA 1A4GA 4FOYA 1QNYA 2R1DA 1S0IA 4HZWA 5M1ZA 2DVAA 1NLSA 4FVVA 1PZ9A 5IK4A 1SCRA 1SLIA 4XJ8A 4LBQA 1FATA 4CTEA 3K37A 2CY6A 4SLIA 1AX2A 4YW5A 1W8NA 4PBOA 2ARBA 2D3RA 1G8WA 2A5ZA 3A4UA 1MVQA 1W6QB 3VKOA 2V5YA 3LSEA 2YZ4A 3AZXA 1W6PA 5JLVA 5GZEA 2ZAAA 4MX0A 2JE7A 1JW6A 3WV6A 1SLLA 1W6QA 2D7FA 4PF5A 1CN1A 2VK5A 2XZIA 5T55A 1WLDA 3SALA 4UW4A 1CQ9A 1ENQA 4F83A 4BBWA 2GNTA 1MZ5A 3RRDA 1USRA 2DVDA 5E88A 2XZKA 2AEQA 5T50A 3C2UA 2A6XA 1FV3A 4XE9A 3N7MA 1V00A 5T54A 4CZSA 2W39A 1OQ1A 3H0OA 2E51A 4M3CF 3M3CA 4QN7A 1QDOA 2SIMA 1Q8OA 3OBTA 1V6OA 5GZDA 4Y22A 4AGRA 2BF6A 2B7YA 3ATGA 1ULEA 2UURA 2D6NA 1SLBA 1IVBA 3IPVA 3ASIA 2HU4A 1N1SA 3O5SA 4JC1A 4K20A 4WEGA 2D6OX 4B7QA 3NN9A 4BLIA 1Y7BA 2ERFA 5F9TA 1S0JA 3ZXKA 3NV3A 2SILA 2ENRA 1SLCA 2F24A 3L2YA 1GNHA 5DUUA 5T5OA 2F10A 1G9FA 5DUVA 5KXDA 2W5OA 1DIWA 3TI3A 1J1TA 4YM2A 5DXDA 2W38A 1LJ7A 3T1EA 3CNAA 4QN5A 4XYXA 2R0HA 4K1IA 1LGCA 4DRRA 3M3QA 2JECA 1FYUA 3MW3A 2ZHLA 2NMNA 1DFQA 3H72A 1URXA 2GN7A 2DV9A 3M2MA 1GICA 3M3OA 1EPWA 1GV9A 2QWGA 2PHWA 2A6ZA 4K1KA 4QN3A 2HT5A 2GNBA 2NMOA 4AVSA 2YMZA 3FUQA 1BKZA 3V64A 4AGVA 3D11A 3HR9A 4DS0A 3ILFA 3PVOA 1QU0A 2WQZC 2D3SA 4YW4A 5GLWA 1W6NA 4MJUA 4XDQA 4KBBA 5E8AA 1F8EA 5GALA 2E6VA 4MJVA 1QOTA 2HTVA 3WG4A 4DQAA 3UJOA 3KQRA 3PVNA 2CWMA 3W58A 2UWAA 2NYYA 4Y1UA 3WDUA 3WZ1A 4L8QA 2F27A 1A3KA 3R05A 4NOTA 2VSMA 1MS9A 1DYPA 4Y20B 3IKWA 4Q1RA 2WT0A 1SLTA 1CVNA 1FV2A 4YG0A 1MS0A 3JU9A 3OPZA 2ZGLA 4XTMA 2ZHMA 4Y20A 4FPHA 3T2TA 1CR7A 1Z0HA 5JVVA 5GJ6A 1LOCA 2YXSA 3GVJA 1X50A 1Z50A 2EXIA 2XG3A 2ZGPA 5HCBA 1WW5A 2WNEA 4YGCA 4FVKA 1LOBA 1CJPA 5GLZA 1BJIA 1N1TA 1INWA 5IUQA 1IS5A 2PHUA 1UN1A 4PCRA 1AXKA 2GALA 1WBFA 4H53A 3POWA 4BPZA 2GNMA 1NNBA 1GKBA 5EYYA 1INXA 4WA3A 3GALA 3TI5A 5E89A 4DFSA 4M00A 3AZVA 4M3CE 2EXJA 3WLUA 3LSDA 1AX1A 4H52A 4GZXA 4QN6A 3R4UA 3SH4A 1G9BA 1DQ4A 4H55A 1LOFA 1S0DA 1GYKA 1MACA 1F8BA 5IK7A 3BTAA 4ATFA 1UKGA 1W8OA 3ZXEA 4X6KA 4RL7A 2A6YA 3WCSA 3SANA 4XJZA 4YZ2A 1A78A 4YGBA 2JJ6A 4JCKA 1JHNA 1B09A 1YIFA 2AYHA 3TI6A 3AXEA 1QGLA 1YYNA 5KXBA 2A75A 5T5PA 4CPLA 1H30A 4MWYA 4Y1YA 1GLHA 4MWWA 2OW4A 5HCAA 1V3BA 1GBGA 4X49A 3WDTA 2CL2A 1LCLA 3N7JA 1IVGA 4NN9A 4Q8LA 3NV4A 4HZXA 1FX5A 1GZ9A 1G9CA 1YO8A 1DBNA 3RMXA 1F8DA 5EXOA 1MZ6A 2HTRA 1NMBN 1IS4A 2JDZA 3FLPA 4HZZA 2FHRA 3GNEA 4FQ4A 4YZ4A 5JYYA 1WLWA 4XBNA 4JRAA 4FZHA 5GZCA 2HT7A 1UX6A 3RSJA 2P34A 2PELA 1LHNA 2WT2A 2C9AA 4XJAA 3B3QE 4DPNA 1VAVA 3K36A 3SILA 1EUUA 4B7JA 1S0EA 5HUKA 1F8CA 1CPNA 3BEQA 5AVAA 4YG3A 4ZKTB 2P3JA 1Q56A 5IK8A 1WCQA 4CPYA 4YG6A 4K1JA 4C1XA 4BLJA 3D12A 2JD4A 3D6EA 1Q8VA 3ALXA 5GZFA 2DUPA 3N7KA 1LHUA 2DU0A 3M1HA 2DVBA 4BM8A 2QWEA 3V0AB 3CKZA 1JXNA 1DQ6A 4LBOA 1W1XA 3NWKA 1VAMA 1NNAA 2D43A 1AJKA 1FNZA 3V0BB 1O4ZA 2HYKA 3V0AA 4FPGA 3PJQA 1QOSA 2YDPA 4ASMB 1LOGA 5CB7A 2D6MA 1INYA 5GM0A 3V0BA 1LODA 4GZPA 1N3PA 2VH9A 2ZB5A 4M3CB 1WD4A 2DWRA 4LBQD 4PBPA 2YA5A 3A0NA 3D4KA 3WUCA 4AVVA 2YDTA 4XXAA 3ZSKA 1UMZA 3O0WA 2BATA 5GZGA 3AP5A 1I3HA 5L73A 4CPOA 4DRVA 2E7QA 4M3CA 2W20A 5CA6A 2VW2A 4WZFA 3AYDA 4FOQA 5HUGA 4GXLA 5DZEA 5B2DA 3VV1A 4GZOA 5B2CA 4LBJA 4Q1PA 1OKQA 1FNYA 4GJTA 1KJLA 2DTYA 4NCSA 1DZQA 2DVGA 2RHPA 1IOAA 2VW1A 1DQ5A 5H9QA 2OVUA 5IK5A 2ZGUA 2WT1A 3UL2A 3SH3A 4BQ1A 1W6OB 4Z8BA 1LESA 1NMAN 4MZEA 3CL2A 4Q8KA 1MS4A 5EWSA 2QWAA 1V6NA 2NM1A 1XQNA 2W08A 4CPNA 3SISA 3D5OA 1W6OA 1B9SA 2Q5TA 2DTWA 1INFA 2F26A 3WUDA 2WSUA 1IS3A 4XOGA 4FOWA 4FPLA 3APBA 4KS3A 4FQZA 1YI7A 4YZ3A 4W65A 2CWSA 3T1LA 1Z4WA 4ATEA 4XBLA 1UZYA 4MWUA 2OUJA 1AXZA 4UW6A 4KS2A 3R4SA 2X9MA 4GWNA 2DUQA 2XCYA 3DGTA 3O0XA 2CNAA 3B9CA 3GVKA 2EAKA 4KS5A 3AZYA 1QMJA 2VY0A 4GDJA 3NSSA 3MPPG 1C57A 1JYCA 4Q2FA 1A8DA 1N3QA 4XXPA 3ILNA 3AZZA 1G9DA 1JN2P 3DUIA 2CTVA 2BERA 1LOFC 4K1ZA 2CYFA 1IVCA 4I00A 3VKLA 1HQLA 2PHTA 1IS6A 2PHXA 1ENSA 3T1MA 2GNDA 2A6WA 3WG2A 3O12A 1SBEA 1INHA 4P14A 4NO4A 4BMBA 2XZJA 1CESA 3WVJA 2W5NA 2DYCA 1Q8QA 1ULDA 1Q8SA 4UW3A 2QWKA 2WJSA 4XZPA 2HTWA 1VCUA 5DG1A 3POYA 3IMNA 1S0CA 1SACA 3WHUA 1PZ7A 2KM2A 5EYXA 1W20A 5HUNA 1NCBN 2BZDA 3FFZA 2A70A 4YGDA 4MWXA 4FPEA 4AWDA 2QWFA 4XJ9A 2HTUA 2ZB6A 3WDXA 1QNWA 1UAIA 3K39A 3I8TA 4GEZA 4PQ9A 1E8TA 5BYNA 2D44A 3SITA 4IQPA 2I2SA 1MS3A 3AJYA 3TI4A 1MWEA 2AEPA 4UF7A 1CPMA 2VUAA 4GZSA 1GZWB 3OGGA 3JUUA 1AXYA 1DLLA 1ULFA 1D0HA 1HDKA 1AF9A 2R49A 2QWIA 5DG2A 3ZSJA 3H71A 1GZWA 1H9WA 3VKMA 4YGEA 7NN9A 1IVDA 2AGSA 2R16A 3A71A 1BZWA 2D3PA 3POSA 3B01A 4M4VA 2XB6C 1ONAA 4GB1A 3FLRA 3B7EA 1L7FA 4YZ1A 1V3EA 4GA9A 4GZQA 2ES3A 3OYWB 4TYSA 3UK9A 1PZ8A 1INGA 1D2SA 1KRIA 5FREA 1C1FA 1QOOA 2VWDA 3AYAA 3H73A 1WLCA 3WG3A 2SLIA 1APNA 4P9WA 3O0VA 2D6PA 3RQ0A 3TAYA 4B7RA 1IVFA 1Z4XA 3WOGA 3VKNA 1R1ZA 3INBA 1VIWB 1DGLA 1EUTA 4FJ6A 3HMYA 1BQPA 4MZAA 1V6IA 2OUHA 2NZ9A 2UWBA 2WSVA 1HQWA 3WHTA 3SLIA 2JKBA 2E7TA 4XJWA 2R0FA 4FP3A 2W52A 2YA7A 4TZDA 3INAA 1ZA4A 1USXA 2VW0A 3BIWE 4R9AA 2BQPA 1B9TA 3AP4A 5CAZA 3AXDA 1NNCA 2A71A 1YXWA 1LULA 3VKFC 5KXEA 4MC7A 2VK6A 2EALA 1SBFA 2EXKA 2E53A 4Q6KA 2YROA 1JUIA 2CMLA 4YM0A 4R9DA 1B9VA 1GSLA 4GZTA 3ZYRA 1KITA 2ZGTA 4K1YA 3FUOA 1MR5A 2A6VA 3PMEA 5HUMA 5JOYA 2P3KA 1NSCA 2WKKA 1U0AA 1LHOA 3AYCA 4YFZA 2GMEA 1GANA 4WA5A 3OY8B 1G9AA 4Q27A 5T5JA 1SBDA 2QWJA 2AREA 1AX0A 4ZXKA 3ZSLA 4RA0A 3FBYA 1VCJA 1G7YA 3OY8A 4XBQA 2F12A 4FPYA 3N7LA 4C1WA 1L7GA 1NXD1 1LU1A 1Z4ZA 2ZGOA 1AJOA 2ZGSA 1WD3A 3ZYPA 1NSDA 4YM3A 4YFWA 4KS4A 4CPMA 4WV8A 2QWBA 4Y26A 1G86A 1LOEA 4XHBA 4GWMA 3AK0A 1W21A 3I4IA 3K38A 3N3HA 1UL9A 4YM1A 1ZM1A 4Q26A 1Q8PA 3MW4A 2G4IA 1V0ZA 2D6KA 1XOEA 4MWVA 2F0ZA 1W6PB 4LBLA 3UJQA 1A14N 2DURA 5DUWA 1N3OA 1C4RA 4ISQA 2ZHNA 4BOWA 2TEPA 1DQ1A 3LCPA 1IVEA 1WBLA 1DQ2A 1VALA 4OZXA 4I30A 3TICA 2C4LA 4HIZA 2W68A 1DYKA 4BMEA 3SH5A 2F13A 1W0PA 2ZKNA 4GALA 4X4AA 2DU1A 4AGGA 3ZSMA 2ZGQA 2A3YA 2P37A 1NCAN 5HX0A 3A72A 4MWRA 2YY1A 5JOWA 3M3EA 4Y22B 1DIMA 2P3IA 2ZA9A 1W6MB 3BOPA 1CIWA 3AP6A 1NCCN 2HU0A 1V0FA 2GMPA 1TEIA 2LALA 1KDKA 1RITA 2AR6A 1JBCA 5CNAA 3IPVB 2FMDA 4MWJA 3VUOA 2YA8A 4YW3A 1W6MA 2ZMNA 4U36A 1MVEA 2A3WA 4XJQA 4M4UA 3AJZA 1LOAA 5JOXA 2F28A 1SCSA 3JU4A 2VXRA 3MEPA 1OFSA 2VK7A 3ZXFA 4J9TA 5GLUA 1SO7A 1EUSA 2R1BA 1SLAA 3NV1A 2GN3A 1LEMA 3WDVA 4MYEA 2PHFA 2ZACA 4Y1VA 3MW2A 1LGNA 1FAYA 1HLCA 4GDIA 2ZZJA 2C4AA 1A4QA 1LHVA 4LBNA 1WW7A 3RG0A 2LTNA 1UZZA 3ALWA 2YA4A 1E8VA 4XTPA 4XMIA 4ISRA 4YZ5A 2AUYA 1WUVA 4UW5A 6NN9A 4GKYA 4MWQA 1S1AA 1LTEA 1V6KA 2ZGMA 4AYUA 1LHWA 1QKQA 2HTQA 4XHXA 1ULGA 5NN9A 2YV8A 1W0OA 4FPFA 2C5DA 2ZABA 2HT8A 4YW1A 3Q9OA 2V73A 2EXHA 1IKPA 4YLZA 3FLTA 2DUOA 1V6JA 1AVBA 2F29A 3QLQA 1N47A 4XILA 4K1HA 1V6MA 3A0KA 4LBMA 3BODA 2P2KA 3WCRA 1LECA 3O9KA 2WLQA 1W6NB 1N1VA 3SNMA 1KQRA 3AZWA 2F25A 4HZYA 1V3DA 5H9SA 4U2AA 4XJUA 3HN1A 4HANA 2QWHA 3W09A 3CYEA 4R9BA 4MWLA 1WCSA 2AH2A 2VSKA 2QWDA 3USUB 5GLVA 2ZGRA 1NN2A 1MS1A 1KJRA 3TIBA 2F11A 4D8SA 2YA6A 4YW2A 3ZVXA 1NCDN 4XMAA 3N35A 4Y1XA 2UWCA 3U4XA 3USUA 1S0FA 4Y1ZA 1XOGA 3WDYA 4FOVA 4FPOB 3GVLA 3V65A 3CL0A 4LBKA 4FPJA 1F9KA 2ZGKA 1WW6A 2ZHKA 4NC5A 2RKCA 1MS5A 4B7NA 1V3CA 2JE9A 5DZGA 2GDFA 3N36A 4GZWA 4QNPA 1QDCA 5JOZA 1S0BA 1ULCA 1O4YA 3TB0A 2ARXA 5DUXA 4GKXA 5SV8A 4HZVA 2H0BA 1Z4VA 5FRAA 1CONA 3H6JA 2DVFA 3IN9A 3OBRA 2VU9A 1WW4A 3OJBA 4DGRA 4WEFA 1DQ0A 4QN4A 4K3YA 3OYWA 2ZGNA 5CBLA 5T52A 4XIOA 3WG1A 1LU2A 4WA4A 3AFKA 3TI8A 4P9XA 2A3XA 3O9JA 3K3AA 2ZMKA 3QCWA 1YRZA 4XIKA 1JYIA 4B7MA 3ZXLA 1UPSA 2EF6A 3W59A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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