4XIOA

Crystal structure of apo nanb sialidase from streptococcus pneumoniae at ph 8.0 with mpd as the cryoprotectant
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
total genus 194
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xioA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xioA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xioA02
4FPYA 5T5LA 3BTAA 3TAYA 5GLVA 3USUB 3N7LA 1G9CA 2YA8A 4JF7A 2JDZA 2AEQA 1NSBA 5T5JA 1VCJA 1SACA 1BYHA 1UPSA 4FOYA 2PHFA 1A3KA 4GZPA 1NMAN 2A5ZA 2A6WA 5LK5A 4D8SA 3ZVXA 1DQ1A 1QKQA 5EYYA 1BJIA 2F28A 1L7GA 1JBCA 2HTWA 4GEZA 3SISA 2P2KA 4QN7A 5DG1A 1IS4A 2GMPA 2PHWA 1INGA 2HTRA 1LOAA 5CA6A 3AZXA 1MR5A 4FOVA 2HYKA 4YFWA 3GALA 3TIAA 2ZB5A 4YM0A 1FATA 2ZMNA 3ENRA 2GN3A 3WUCA 1W6MA 2C5DA 2YY1A 4YW1A 4L8QA 3AXEA 4RL7A 1IVBA 5HX0A 4GB1A 1S0JA 3WG4A 2ZGMA 4M4VA 1V6KA 4MX0A 1CIWA 4RA0A 1LODA 3U4XA 1ULEA 2C9AA 4ISQA 4GZWA 2GMMA 2DTWA 1GYKA 1I3HA 5T5OA 3PVEA 1AXZA 1SLIA 4R9DA 1W6OB 3RQ0A 1QF3A 4GDJA 2NN8A 2D7FA 4Q26A 3WG3A 2PHRA 1WCSA 1SFYA 1SLTA 1N1TA 5GLTA 2DTYA 4BMEA 4MC7A 2I2SA 1WW4A 3FLPA 1JOJA 1G9FA 4GKYA 2WJSA 1ZM1A 1GZWB 4MJUA 3ILFA 5F9TA 2PHUA 4FPOB 1W1XA 2H0BA 1SCRA 2YA6A 2ZGRA 3AZWA 3CL0A 2R0FA 3WZ1A 4K1JA 1SLAA 4FQZA 2NM1A 3ZSMA 1INHA 1VAMA 1Q8PA 1IVFA 4B7QA 4FPLA 3K37A 4M3CE 1L7FA 5T55A 4XBNA 1KQRA 2A3XA 4IQPA 1LEDA 2WT0A 2YA7A 4M01A 1N1YA 1LHWA 1LJ7A 2QWFA 1RITA 1ULGA 1S1AA 3VKOA 5GZEA 1JXNA 1IVDA 4P9WA 3POSA 1G8WA 1AX1A 5JOZA 4NC5A 3JU9A 1S0IA 1BJQA 4NOTA 4XMAA 3TI4A 4AWDA 1UL9A 1H9PA 1A4QA 2ZABA 3KQRA 1DHKB 1HDKA 1SBFA 1W20A 4FP3A 2QWBA 5CB7A 4FOQA 3SALA 2VVZA 3A71A 2D6LX 4WZFA 2W20A 5KXBA 4UW5A 1AF9A 2ZMLA 3N3HA 3AJYA 3V0AA 1PZ9A 1R1ZA 2WQZC 4NO4A 1VCUA 1NMCA 3TI3A 3O9KA 1KITA 1A78A 3JUUA 3LSDA 3QLQA 3NSSA 2OVUA 3AXDA 4FPKA 1A14N 4FPGA 3MW3A 1INWA 3CYEA 4HIZA 3H72A 1NCDN 1DQ0A 3WG1A 3M1HA 2X9MA 4P9YA 5GM0A 2WNEA 1LECA 5L73A 4KS1A 2BQPA 1X50A 2VXRA 1VIWB 3CKZA 1S0FA 2HT8A 3MPPG 1N3PA 4YZ4A 4LBQA 5GLWA 1FV2A 2JKBA 1MVEA 2HU4A 1IOAA 2SIMA 3VKMA 2VW0A 4K20A 4QN4A 3ATGA 3SH3A 1S0DA 1LHVA 5SV8A 2GNDA 1V6MA 1WD4A 3IM0A 5EXOA 2DUPA 2AGSA 4FVVA 1MS1A 3INBA 3OY8B 2D3RA 4LBQD 4XJAA 1A8DA 1AX0A 1SCSA 5H9RA 3AZVA 2ZGUA 4ZKTB 3B7EA 3H71A 3N36A 1EUSA 1ENRA 4Y1ZA 5JMCA 1DQ4A 1F5FA 4YZ5A 1KRIA 1VLNA 4GZSA 1ENSA 2VK5A 2E6VA 3INAA 1E8TA 4FPJA 3W09A 2E7QA 4I30A 4LBLA 4F83A 2A3WA 1UX6A 2DU0A 2AR6A 1DILA 4WA5A 4UW4A 3O5SA 4AYUA 2VH9A 3Q9OA 3O0XA 5T50A 2RKCA 1LOEA 2NZ9A 1Q8OA 3M3EA 1G86A 4YG0A 1LULA 2P3JA 4MWVA 2EXJA 4YZ2A 1XQNA 4Y22A 3WDVA 2CYFA 3APBA 1D0HA 2XG3A 5CAZA 1ULDA 3AZZA 2QWKA 3T1MA 1XOEA 2GN7A 5BYNA 4MWWA 3WDUA 5HCFA 1GSLA 4JC1A 1NNCA 1LHUA 1SLLA 5HUNA 3K38A 1AXYA 1LHNA 1NSCA 1MS3A 2WKKA 5EWSA 5IT6A 1WLDA 1DQ6A 4XIOA 1HKDA 4XILA 4SLIA 1AJOA 4FJ6A 4Q6KA 1EURA 2XZJA 1N1VA 3D5OA 4Y1XA 2R0HA 3MEPA 4X49A 1DLLA 2ZGOA 5JOYA 2WSVA 1GICA 4LBMA 3AP6A 2AUYA 5GZGA 2E51A 2UWAA 4YM3A 3SLIA 2VSMA 2P3IA 4B7JA 1NNBA 3ZSJA 4ISRA 1CPMA 4LBKA 1L7HA 1S0CA 1LEMA 2CNAA 1WCQA 1W6NA 1V6LA 3HN1A 1SO7A 1YYNA 1EUTA 1Z50A 4U2AA 5HUMA 3WDTA 5DXDA 4XJ8A 4WVVA 2NP0A 2YMZA 1INXA 1Z78A 1QDCA 2R16A 3DGTA 4CRQA 3WLUA 3RS6A 3LSEA 2UWBA 4GALA 3VV1A 5DUWA 1G9DA 3O0WA 1QU0A 1C4RA 1S0BA 1YXWA 2D6PA 2A6YA 4XMIA 5HUGA 4YW5A 4XZPA 1IS5A 4AGRA 4Y24A 2LTNA 5HCAA 1V0ZA 5IK7A 1B9VA 1U0AA 4QN5A 4WA3A 2BATA 4MWYA 3V0BA 2VK6A 4GZOA 4XE9A 1A4GA 5FRAA 1CVNA 2V73A 1APNA 1V6NA 4YM2A 4JCKA 2BF6A 4YZ3A 3WV6A 3M3CA 1EPWA 3H6JA 2E7TA 4R9CA 2GNBA 1CR7A 3IPVB 3SNMA 3M3OA 1F9KA 1V0EA 4XYXA 4PCRA 1LENA 4P14A 3BEQA 1ULFA 1AZDA 2ZBJA 3ZYRA 4ATFA 1INVA 2AREA 3ZXEA 4PQ9A 1UKGA 1UAIA 4X4AA 1URXA 3ZPYA 1BXHA 1INYA 1GNZA 2F29A 2HT7A 1YI7A 1ULCA 3H0OA 4YFZA 4WEGA 1W6QB 2A75A 2D44A 4XJWA 3OJBA 2EXKA 1GZ9A 1OKQA 1LTEA 1HQWA 2DUQA 2VW2A 2DV9A 1NCAN 4BBWA 1LOCA 2ZHNA 3M2MA 1IS3A 1EUUA 1DBNA 1FV3A 2VU9A 1AJKA 3JU4A 1MS9A 2VK7A 2Q5TA 4Y22B 4FP2A 4K1ZA 4CPNA 3AP4A 2ZB6A 1O4ZA 3NV3A 4MJVA 4M3MA 4CPYA 3D4KA 2B8HA 4Y1UA 4Q2FA 1GLHA 2D3PA 3W58A 4K1HA 4DQAA 2W38A 5JOXA 1NCCN 3D6EA 1LOBA 3N7JA 1E8VA 1WBFA 1MZ6A 2W39A 4WA4A 3IMNA 3AYDA 2VW1A 4MWLA 1FX5A 2DUOA 5GZCA 5IK5A 4Q8KA 2WT1A 4HZXA 2OUJA 1UN1A 4XJRA 2GMEA 4Q1RA 3UJOA 5IUQA 3WHUA 1C1LA 2F11A 1IVGA 2LALA 1W0PA 2EAKA 4BLIA 7NN9A 1N3QA 3VKFC 5T5PA 6NN9A 3N35A 2DYCA 3BODA 4U36A 3MW4A 2XB6C 4UW3A 2CWMA 2PELA 1CJPA 2V5YA 3WCRA 1CESA 1BQPA 3K36A 4J9TA 3GVLA 1JW6A 1W6NB 3A0NA 4XDQA 2F12A 3NWKA 4MYEA 3ILRA 2VWDA 2NYYA 1NN2A 3QCWA 1F8DA 1LGBA 3I4IA 1USRA 4MZEA 5JYYA 1GBGA 1WLWA 1MS4A 1V6OA 4KBBA 1MS8A 1DYPA 4ASMB 3NV1A 2QWAA 3TIBA 1G9AA 2F24A 3ASIA 2AYHA 4UF7A 1OFSA 3W59A 2A3YA 4AGVA 2CTVA 4TYSA 4KS5A 2XCYA 1WLCA 2ZGQA 1QGLA 2DVGA 3V0BB 1Z4VA 1W8NA 4PF5A 1V3CA 1S0EA 4Q1PA 2OW4A 3RSJA 1G7YA 3NN9A 5GZFA 3SILA 2FHRA 3V64A 2DWRA 2A6XA 1JN2P 2W68A 1O4YA 4NN9A 1W6MB 3LCPA 1Z4YA 4X47A 1IVCA 4QNPA 3NV4A 3I8TA 1GV9A 3T2TA 5HUKA 1V00A 1SLBA 3FUQA 4AVSA 4YM1A 3R4SA 4Y26A 1WW5A 3FLRA 5T52A 2XZIA 3OBRA 4XBQA 4GKXA 5GLZA 2EALA 1MWEA 2D3SA 1MS0A 1Q8VA 5DZEA 2ZGTA 3HMYA 4WV8A 1IKPA 3NV2A 3ALXA 3K3AA 2ZA9A 4B7NA 2NMNA 1W0OA 2ZGNA 1NNAA 2GALA 4TZDA 3RRDA 3WOGA 1DYKA 1FYUA 4YGBA 2BERA 2BZDA 5JDBA 4XTMA 1NXD1 1B9TA 2E53A 1CONA 1MACA 3AP5A 3V65A 3OPZA 5GALA 4WEFA 2A6ZA 2UWCA 4DRRA 1UZZA 4XHXA 3AP7A 5JOWA 2W08A 2EXIA 5CNAA 3VUOA 3FUOA 4LBOA 4HL0A 3MW2A 3UK9A 2VUAA 3GVKA 5GZDA 1CQ9A 3D12A 1ONAA 1W6OA 5DUXA 1INFA 2F13A 4YGEA 4C1WA 5B2DA 1W6PA 1N3OA 4YW3A 1BZWA 2UU8A 3AX4A 2SILA 1Z0HA 4MWQA 2DVAA 4BQ1A 2P37A 1F8BA 4K1KA 2AEPA 2AH2A 2YROA 4XJZA 5H9QA 5M1ZA 3ZSKA 2QWDA 5JLVA 4H52A 4ITCA 2GNMA 1S0GA 3M3QA 4YGCA 4HZZA 4PBOA 2EIGA 3AZYA 4ZXKA 1IKQA 4YW4A 1DGLA 2ZHLA 4DPNA 3PVNA 1TEIA 3SITA 1GANA 1DZQA 3B00A 2JE7A 2ENRA 2GNTA 1Z4XA 4BOWA 3V0AB 2OUHA 3WCSA 3ZYPA 4GWNA 3TI5A 2DVDA 4FPFA 3B3QE 3SH4A 4YG3A 2PHXA 3O9JA 1AX2A 4FPHA 3UL2A 2FMDA 2R49A 1N1SA 4XJQA 4CPLA 4DFSA 1QNWA 5DZFA 2WT2A 4XJUA 3AYCA 3WDWA 4QN6A 3PVOA 1V3BA 3ILNA 3O0VA 4GA9A 1UZYA 4LBQB 1AVBA 2W5NA 1DIWA 2QWJA 1LGCA 1F8EA 1V6JA 2GDFA 2ZHMA 1VAVA 3OYWA 1B9SA 3SANA 3AYAA 4ATEA 4R9BA 5JVVA 1H9WA 2QWEA 4XXPA 4AGGA 5AVAA 3AYEA 2YV8A 1V6IA 5E89A 1Q8SA 3AP9A 4UW6A 3ZXFA 2JJ6A 2QWCA 5CBLA 1WW6A 4FOWA 1J1TA 4PBPA 4Y20A 3AJZA 2DU1A 4AVVA 2CMLA 4XTPA 4H55A 4M3CF 4YZ1A 5NN9A 4K21A 1F31A 1LOFA 1LESA 2JECA 4KS2A 4FVKA 4XJ9A 4K1YA 2WSUA 1QNYA 1C1FA 3C2UA 2D6NA 5DG2A 4XXAA 2ZACA 3L2YA 2DVBA 3FBYA 3OY8A 1Z4ZA 3RMYA 4X6KA 3A4UA 1LOFC 2ZKNA 1MZ5A 3OGGA 1GZCA 3K39A 4OZXA 3ZXKA 1YIFA 3GNEA 1KDMA 1AXKA 1LOGA 3PMEA 1W6PB 1LU2A 2HTUA 3A72A 3VKLA 5KXDA 5IK8A 5B2CA 1QOTA 5DUUA 2G4IA 1LCLA 3POYA 2WLQA 4XBLA 3WG2A 4H53A 1HLCA 1WUVA 1IS6A 2R1BA 2YA5A 1V3DA 2PHTA 1V3EA 1XOGA 1JYCA 1HQLA 3CNAA 1YO8A 4P9XA 4MZAA 2ZGKA 2EF6A 4CTEA 2QWHA 3BOPA 3N7KA 2P34A 4D69A 1WW7A 2A7AA 3H73A 1W21A 4YLZA 2UURA 4Q27A 4Z8BA 3AK0A 3RG0A 1D2SA 3FFZA 5T54A 2ARBA 1WBLA 3TB0A 2A70A 3PJQA 3R4UA 2D6MA 4M3CA 3HR9A 3ZXLA 4GZTA 1IVEA 4BM8A 2ARXA 1SLCA 2CL2A 3ZXJA 2QWGA 3B9CA 4XIKA 3WDXA 2R1DA 3B01A 3CL2A 4GXLA 3T1EA 1ENQA 2A71A 1NCBN 2W52A 1ZA4A 1LU1A 5GLUA 2AENA 4HZVA 5GJ6A 4FPCA 1GKBA 2YA4A 2NMOA 4R9AA 4Y1YA 4I00A 2DURA 4M4NA 4LBNA 3OYWB 3GVJA 5EYXA 4HZWA 1V2IA 5DUVA 4CPZA 1QOOA 1N47A 1QOSA 4K1IA 2P3KA 4YW2A 3USUA 5KXEA 4HANA 3N7MA 4M4UA 5HCBA 4CPMA 2D43A 4YGDA 3WDYA 4FPEA 1WD3A 3B69A 4Y20B 1V0FA 2ES3A 1QMJA 3OBTA 4QN3A 5KXCA 3O12A 5FREA 1OQ1A 2QWIA 1CN1A 4YG6A 3WUDA 1DQ5A 3A0KA 2ERFA 2JD4A 3WVJA 4GWMA 1SNTA 1USXA 2C4AA 1BKZA 3TICA 1LHOA 2CY6A 1VALA 4B7RA 4BLJA 3DUIA 2ZMKA 2RHPA 2YDPA 4DGRA 2HTQA 4GDIA 1NMBN 4KS3A 5H9SA 1FNZA 2F10A 4NCSA 1Y7BA 3WNXA 4K3YA 1MVQA 1SBDA 5F5QA 1RINA 3T1LA 1JYIA 4HZYA 4MWXA 2TEPA 3R05A 2YZ4A 2EXHA 1KDKA 2HTYA 2VSKA 1G9BA 1RIRA 3IPVA 4M00A 3RMXA 4DRVA 3VKNA 2ZGPA 1PZ7A 2C4LA 1KJLA 2YDTA 5E88A 2ZZJA 1B09A 2A6VA 1JHNA 3D11A 3UJQA 1W6QA 4CPOA 2SBAA 4DS0A 2F27A 1CPNA 1DQ2A 3IKWA 4AVTA 3POWA 1GNHA 4B7MA 4GJTA 4XHBA 4LBJA 4BMBA 1FNYA 1QDOA 4KS4A 4CZSA 3KM5A 2CWSA 3SH5A 2W5OA 4BPZA 1E8UA 2YXSA 4XOGA 1NLSA 1LGNA 1GZWA 2ZAAA 4FQ4A 2VY0A 2JE9A 1JUIA 1YRZA 4FZHA 2KM2A 4M3CB 2HTVA 4Y1VA 2B7YA 2D6KA 4MWJA 4MWRA 2XZKA 1C57A 4C1XA 2F25A 2F0ZA 2Z42A 3ZSLA 1W8OA 1I1EA 1KJRA 2HT5A 2ZGSA 1MS5A 3TI8A 3BIWE 1Q8QA 1SBEA 4JRAA 1DIMA 1DFQA 1Q56A 3WHTA 3IN9A 5IK4A 3TI6A 1PZ8A 1UMZA 3FLTA 4MWUA 1H30A 2ZGLA 1NSDA 2ZHKA 2F26A 5E8AA 2DVFA 1Z4WA 5DZGA 3ALWA 5H9PA 2HU0A 4Q8LA 3AFKA 1FAYA 4GZQA 1F8CA 4WVWA 2D6OX 4W65A 4GZXA 2SLIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FPYA 2OA2A 3AL6A 3GXUA 1YFXA 4I3GA 1O6UA 1RUI3 3BTAA 4JVAA 4Q4X2 5GLVA 3TAYA 3USUB 2VMCA 3N7LA 4YVWC 1G9CA 4PIYA 2HKXA 1OSGA 3WSOA 2XVLA 3WQ1A 3WNKA 4QPIC 3WF2A 1UW8A 3WNMA 5IVVA 2YA8A 2XBO2 4JF7A 4IESA 4W6WA 2JDZA 2AEQA 3E5XA 1C3HA 4XAAA 1UY4A 3PTYA 2Y0IA 4NPMA 4OUEA 4CPNA 1NSBA 5T5JA 3WN7A 1UPIA 2JB8A 3ZKUA 1SACA 2CDOA 4IE0A 1VCJA 1M06G 1ZRIA 5SV5A 5L7OC 1BYHA 2XONA 1H0BA 2WNVB 4EN7B 2F17A 5FNSA 1UPSA 2UYBA 3IAPA 2BEOA 3J7MA 4XQ4A 1IZ3A 3BPZA 3M7AA 3UKNA 1DGRA 1QJY2 4FOYA 2PHFA 2VGDA 1A3KA 1PO21 4GZPA 4FFHA 1NMAN 1JH5A 2A5ZA 1W8HA 3J7HA 3GZTB 4CXWA 1K42A 2A6WA 1ZGKA 5CADA 3ON7A 5LK5A 3FMGA 3DASA 4B4QA 2OIIA 3N9PA 5FO7B 5B2GB 3WDZA 4XETA 3K77A 3OG2A 5DDJ3 4S2FA 1DQ1A 2C4XA 4M4RA 5FY7A 1RUI1 1QKQA 2CHHA 5EYYA 3ZYBA 1BJIA 1ZBE2 5EPAA 2F28A 4C1YA 3LKJA 1L7GA 2X8KA 4XFAA 2BGOA 4MUVA 1JBCA 1UIKA 2HTWA 4ZY3A 4GEZA 3SISA 1QHDA 3JBG3 4HT1T 3NL1A 3O1VA 4IN4A 3S5AA 1YEWA 4Y5SA 3HAGA 4DMIA 2G9FA 1V9U2 2P2KA 2P6CA 1JOPA 1H2LA 4QN7A 4W8JA 5LASA 5DG1A 3W9AA 4D6QA 1IS4A 2GMPA 4XC9A 3I59B 5J98B 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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