4XJ8A

Crystal structure of apo nanb sialidase from streptococcus pneumoniae at ph 5.0 in 50mm sodium acetate with dmso
Total Genus 181
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
181
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
total genus 181
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xj8A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xj8A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xj8A02
3OYWB 1CESA 1Z4YA 4GA9A 5JMCA 4NCSA 4NC5A 2A70A 1N3PA 1NCAN 2ZGRA 3WUDA 2A71A 1D0HA 1ULDA 4X6KA 1ULGA 4FZHA 2VW2A 1AJKA 4XBNA 5GZGA 2DVGA 3Q9OA 2HTUA 1IKPA 3ZSLA 2RKCA 5T55A 3QCWA 1V3DA 3N7JA 5JOZA 3WDVA 2AR6A 4GJTA 3WOGA 4HANA 2ARXA 2EXIA 4LBQD 4UW6A 3GALA 2XZJA 3IN9A 4YW1A 1WLCA 2PHRA 3FUOA 1A4GA 1OFSA 3ZVXA 3OJBA 2BF6A 4CPZA 1QNWA 1LHOA 4MWJA 4XJZA 1LENA 4MWYA 4WEGA 4WA3A 3RMXA 3M3OA 1B9VA 4FPLA 1MS4A 1HQLA 3RS6A 5CAZA 4YM3A 1IS4A 1ZM1A 3B69A 5CB7A 1MS1A 3N35A 4XE9A 2D6NA 4Y1VA 4TZDA 1SLCA 3D5OA 1DFQA 2QWFA 5EYYA 1JYIA 3V0BA 1S0BA 1WW5A 5GZEA 2ZHNA 5GLTA 3K36A 5B2CA 2F25A 1W0OA 1GZCA 3QLQA 4GKYA 4OZXA 6NN9A 3AZWA 2E6VA 4YW3A 4Y22A 1MACA 2QWEA 1V6LA 3POSA 2OUHA 3V64A 4ITCA 4DS0A 1BXHA 2NZ9A 3NV3A 1V6IA 1SNTA 2EXHA 1DQ5A 4FPFA 2DVBA 3WDWA 3FLRA 5IK5A 4XTMA 2AGSA 1LGCA 4BM8A 1F8CA 4CPLA 1NMBN 4CPMA 4BLJA 1GZWA 5FREA 1W6QA 1VIWB 2F12A 2A3XA 1Q8OA 3ILNA 4DFSA 5T5LA 2NM1A 1LOFA 2WNEA 4XJAA 1IVEA 2E51A 1SCSA 1INYA 3VUOA 1A3KA 1KITA 1Z78A 3SH3A 3R05A 2F10A 2SLIA 2C4AA 1AF9A 3POWA 1MZ5A 1SACA 3ZSJA 3RRDA 1AX1A 4ISRA 2NN8A 1L7GA 4CPYA 3ILRA 3OBRA 4GZOA 1IS3A 4K1HA 1LULA 1V0ZA 1S0GA 1W8OA 2AEPA 1EUUA 1W6OB 1V3EA 3ZPYA 4HZYA 1C1LA 4YW4A 2BZDA 4FOQA 1F31A 1RITA 2R0FA 1BQPA 2F24A 4M3CF 2JE7A 4FP3A 3W58A 2B8HA 1KDMA 2CWSA 2HU0A 2D43A 3M2MA 3PMEA 1LGBA 4XMAA 1QDCA 4JRAA 4CTEA 3AJYA 3PVEA 1Q8SA 2W20A 1G7YA 4MWUA 3VV1A 3ALXA 3AZYA 4KS1A 3WLUA 3SANA 3IPVA 2DV9A 2EXJA 2B7YA 4XJ9A 4R9DA 5F9TA 2ZHMA 2DUPA 4XILA 3K3AA 4Q6KA 1H9PA 1N3QA 1G86A 3DUIA 3V0AB 2JJ6A 5IUQA 2JKBA 5JOYA 1SCRA 3CNAA 3HR9A 3OY8B 4K20A 1ULCA 4DRVA 4GZWA 2ENRA 1INFA 1W6NA 1U0AA 1H30A 3B3QE 4I00A 1UAIA 4DQAA 2QWAA 3SH4A 1WW7A 5HUGA 4GEZA 2D6LX 2ZZJA 3T1EA 1GSLA 2EALA 4ATFA 5GLVA 1E8UA 2YA5A 1BZWA 4MC7A 1VALA 4YM2A 2JE9A 1ULFA 4XYXA 1DQ2A 2HT5A 1NCDN 3AX4A 1E8VA 4YW2A 2R1DA 1AVBA 1LHWA 4CPOA 4YGEA 3ZXJA 1YIFA 4XOGA 1AXYA 3SNMA 3LCPA 1IKQA 1UKGA 1GYKA 3SH5A 1WLWA 1GICA 3MEPA 1WW4A 1N3OA 1JN2P 4B7NA 2W68A 3O0XA 5DZFA 2HTYA 1V6MA 3NV2A 4MJUA 5AVAA 1N47A 4U2AA 4W65A 4AYUA 1FYUA 5GLZA 3V65A 2EAKA 3KM5A 1CVNA 2P3KA 1RIRA 3TI4A 2OW4A 4GALA 1C4RA 1WCQA 3ASIA 1QF3A 2F0ZA 1A4QA 1C57A 3BTAA 2AREA 1NCBN 4H53A 1LECA 1FX5A 2A6XA 1IS6A 5CNAA 1S0EA 1XOGA 1USRA 5T52A 1TEIA 4Y20B 2GDFA 5B2DA 2BERA 4ZKTB 5GLUA 4GZPA 1NSCA 1L7HA 4Z8BA 4B7RA 1JHNA 4YW5A 2V73A 4YLZA 2VXRA 1KQRA 2NP0A 2QWIA 5M1ZA 1CONA 4M4NA 3A4UA 4K1KA 1ENRA 2ZGUA 3M3QA 2QWJA 4HZXA 3WNXA 1S0FA 2P37A 4QN6A 3TICA 4KBBA 4QN4A 3AYAA 3WUCA 4Q27A 3AK0A 2C9AA 5E89A 2Z42A 2GNDA 3WG3A 4SLIA 7NN9A 3PVNA 1OKQA 4P9XA 1NMAN 2W52A 4GZSA 4L8QA 1IVBA 3D11A 1W6PB 2NMNA 4PQ9A 5E88A 4XBLA 1MWEA 3LSDA 2A6ZA 1UPSA 2ZACA 4K21A 4XIKA 1LESA 3GNEA 3WV6A 4GXLA 4WA5A 3TI6A 1A8DA 2DU0A 2ZGMA 4RA0A 1DYPA 1LHNA 1WLDA 1UZYA 1A14N 4M3CE 3UK9A 1WD3A 1F8DA 1LOAA 4CRQA 2PHXA 1Q8PA 2VSKA 2YA8A 1PZ8A 1XQNA 4H55A 2I2SA 1QKQA 4WEFA 5SV8A 2R1BA 2YA4A 3T1MA 3ATGA 3W09A 4JC1A 2DTYA 2NYYA 1SBEA 5F5QA 4LBNA 4MYEA 2KM2A 2AEQA 1YYNA 2F28A 1FNZA 1V6KA 1Y7BA 5HUNA 4Q8KA 4UW3A 4AVSA 1LOFC 1JOJA 4UW4A 1AX2A 3NV1A 1SLBA 1QGLA 4MJVA 1G9AA 1KJRA 2BQPA 3O12A 3A0KA 1MVQA 4X47A 3WDUA 1RINA 2R0HA 3H0OA 3O9KA 2YV8A 4FPGA 1GBGA 4Q1RA 2QWDA 4MWVA 3RQ0A 4HIZA 5LK5A 4MWWA 3TI5A 4XMIA 2WSUA 3GVJA 2DU1A 4Y26A 1WCSA 1NLSA 3B01A 4GZQA 4WV8A 4BMEA 3AZZA 1V0EA 4KS4A 1F8BA 1DLLA 1CR7A 5L73A 2ZGPA 2H0BA 1SBFA 1W6MB 1V6OA 3FFZA 2VY0A 4KS5A 5DXDA 2GNTA 3GVLA 3USUA 4M4VA 2ARBA 4MWRA 1V6JA 3LSEA 2YA6A 1JXNA 3K38A 3RSJA 4M4UA 3AP6A 5GJ6A 3N36A 5H9RA 2WKKA 1INWA 2HTVA 2GNBA 3FLPA 5GZCA 3IM0A 4AGRA 1W1XA 3VKFC 4D69A 1N1VA 3OYWA 5HCAA 1SLTA 2HTQA 1L7FA 3SALA 3D12A 3NN9A 1EPWA 3AZXA 4AGVA 2FHRA 3RG0A 1NMCA 2SBAA 1GKBA 3ZXEA 1NNBA 2ZGQA 1Z0HA 4BOWA 2W39A 2UWCA 5H9QA 1MS8A 3N7LA 2Q5TA 1YRZA 1AJOA 3AXEA 2ZB5A 1NSDA 2VU9A 3O9JA 2YDTA 3WCRA 2PHWA 3TIBA 4YFWA 3UJQA 2F13A 2A6YA 4K1ZA 1MS3A 3SLIA 4XDQA 5KXBA 1UMZA 4F83A 1CN1A 4NO4A 1DBNA 3BODA 4Y24A 1DQ1A 4BPZA 2GN7A 2UU8A 5JDBA 4GB1A 2EXKA 3D4KA 4U36A 4XXAA 5T5OA 1Q56A 1AXZA 2QWHA 5EYXA 3O5SA 5NN9A 4FJ6A 4LBKA 1Q8QA 3N7MA 1DGLA 3KQRA 2ZGLA 2D3RA 2TEPA 3MW4A 4Q1PA 5DG1A 5JVVA 4FPKA 3CL2A 1UZZA 2ZMNA 5GALA 2P34A 5DZEA 2W38A 3W59A 1KRIA 1N1SA 1IVCA 4YZ2A 2YMZA 4CPNA 3HN1A 2AH2A 4FPJA 4PF5A 2DVDA 3FUQA 1DILA 4M3CB 3I4IA 3DGTA 4GWNA 3VKLA 2DTWA 4FP2A 4YZ5A 1IVFA 4XJWA 5GLWA 2A7AA 1IOAA 1F9KA 4LBQB 4QNPA 4DRRA 5CBLA 4YFZA 1G9DA 2YA7A 1EURA 4MWQA 2C4LA 2JD4A 5JOXA 2VW0A 4QN3A 4AVVA 1SFYA 3BOPA 1MS0A 2HTWA 1SBDA 4HZZA 4CZSA 5IK7A 1ENSA 4ATEA 1DQ0A 4XHXA 3O0VA 1INVA 3IKWA 2DURA 3ZSMA 2D6MA 2JECA 2XB6C 4GKXA 2ZAAA 5JLVA 1CJPA 3NSSA 3T1LA 2OUJA 1LEDA 1JW6A 2XCYA 5T5JA 1J1TA 1I3HA 5BYNA 3C2UA 3H73A 1E8TA 3ZXLA 2X9MA 2CWMA 2WT0A 4XJ8A 2VK5A 1PZ7A 1W6OA 2QWKA 2WSVA 4ZXKA 1GNHA 1YO8A 4PBOA 4XIOA 3TB0A 4YG6A 2DUQA 2ERFA 3TI3A 4NN9A 4LBLA 1NNCA 5DUWA 5H9SA 4WVVA 1APNA 1AZDA 1VLNA 4M00A 5T50A 4B7JA 1WD4A 1DQ4A 1GZ9A 3N7KA 1UX6A 3MPPG 4BMBA 2QWCA 2ZHKA 3L2YA 1QU0A 3MW2A 3CYEA 2ZMKA 3K39A 2HU4A 3I8TA 4QN7A 2YZ4A 2W08A 3AP7A 2HT7A 2ZGNA 1S1AA 4Q2FA 1JUIA 5EXOA 1CPMA 5HCBA 4HZVA 3AP4A 1INHA 3H72A 1Q8VA 4Q8LA 1Z4ZA 4FPCA 4YM0A 4YG3A 3V0AA 1KDKA 1GNZA 1QDOA 3V0BB 2CNAA 2AUYA 2D6OX 4QN5A 3INAA 1IVGA 2F29A 3OY8A 2HTRA 1H9WA 3IMNA 5T54A 3ZXKA 1DIWA 3U4XA 4RL7A 5GZDA 3AYEA 1Z4WA 2ZGKA 4Y22B 4TYSA 3WG4A 1INXA 1W21A 1FATA 1G9CA 5GZFA 1UL9A 2VW1A 2WQZC 4XJQA 4YGCA 2ZBJA 4YZ4A 3A0NA 1LU2A 4WVWA 3NWKA 3AJZA 3VKMA 3H6JA 2WT2A 5IK8A 2A75A 1WW6A 2RHPA 2VUAA 2DUOA 1GZWB 4XHBA 2QWGA 1W6QB 3JUUA 4HZWA 1WBFA 2CMLA 1AX0A 3ZYRA 2G4IA 2P3IA 2GMEA 5GM0A 3ZYPA 1F8EA 1O4ZA 3K37A 4ISQA 2VVZA 1V0FA 3A71A 5HUKA 1CPNA 3AP5A 3FBYA 3FLTA 1V00A 2ZGTA 2E7QA 4DGRA 4FVKA 2A6WA 4FQ4A 4HL0A 2CL2A 2F27A 4M3MA 3M3EA 3TAYA 2EF6A 4YZ1A 1IS5A 4XBQA 1N1YA 3WDYA 1UN1A 4D8SA 2W5OA 1KJLA 2BATA 4FPEA 4YZ3A 5KXDA 4R9AA 2VWDA 1BJIA 1O4YA 4B7MA 3JU9A 2XZIA 5IT6A 1SLLA 2V5YA 4Y20A 2YDPA 3A72A 3WVJA 1YI7A 2YXSA 5E8AA 3AXDA 1W8NA 1G8WA 3ZXFA 1PZ9A 1AXKA 2D7FA 4FPYA 4GZXA 5DUXA 1DZQA 4IQPA 4XJUA 2GALA 4GDIA 1F5FA 3AFKA 1B9TA 3SITA 1INGA 2A3YA 1BJQA 2AENA 3IPVB 3POYA 1WUVA 4YG0A 3B7EA 4LBMA 3ZSKA 4GZTA 1DIMA 4WA4A 4XXPA 4XTPA 1G9BA 4K1JA 2QWBA 1OQ1A 4YGDA 3UL2A 1NN2A 1NNAA 2ZB6A 1W6PA 2WT1A 1W6NB 4WZFA 1S0DA 4X4AA 1USXA 5DUUA 3TI8A 1LHVA 3NV4A 1YXWA 1S0IA 1EUSA 2SILA 4M01A 2DYCA 3TIAA 1ULEA 3RMYA 5H9PA 1BKZA 1VCUA 2XZKA 5HUMA 1LGNA 1VAVA 3N3HA 3O0WA 1N1TA 3WCSA 4DPNA 3M3CA 5FRAA 1SO7A 1ONAA 1GLHA 1BYHA 4FPOB 3AYCA 4FVVA 2LTNA 1ZA4A 4FOVA 3B9CA 1B9SA 2R16A 5HCFA 3OGGA 2HT8A 4Y1UA 1C1FA 2PHTA 1URXA 4AVTA 4GWMA 2ZGOA 2A6VA 5T5PA 2WLQA 1NSBA 1MS9A 4Q26A 2ZABA 1QMJA 3ILFA 5JOWA 1LEMA 3INBA 2ZA9A 3AZVA 1V3BA 4BBWA 4R9BA 5IK4A 4C1XA 4I30A 4X49A 3D6EA 3WDXA 1LJ7A 1V3CA 4MWLA 3HMYA 1Z4XA 2D6PA 2DWRA 4AWDA 3R4SA 4Y1ZA 1I1EA 2UWBA 4YGBA 1JYCA 1XOEA 2F26A 1HQWA 1W20A 2HYKA 1Z4VA 3CKZA 3WDTA 5HX0A 4K1IA 2GMPA 3MW3A 2D6KA 2VSMA 2E53A 3AP9A 1ENQA 2D3SA 1LHUA 4MWXA 4C1WA 2XG3A 1LODA 1CIWA 2CY6A 4JF7A 3CL0A 1QOOA 4FQZA 3UJOA 3APBA 1NXD1 4YM1A 1FAYA 4UF7A 1W6MA 2D3PA 3OPZA 1W0PA 3PVOA 4P14A 5CA6A 3PJQA 5KXCA 2PHUA 1V2IA 4KS2A 1JBCA 2FMDA 4UW5A 2WJSA 4P9YA 2E7TA 1MZ6A 3BEQA 2A5ZA 3SILA 2GMMA 2YROA 1VAMA 1GANA 2VK7A 1LTEA 4LBOA 4MX0A 3VKOA 2D44A 1MS5A 3VKNA 2R49A 2JDZA 2F11A 1FNYA 1LOEA 1GV9A 2LALA 2ES3A 3GVKA 1DHKB 1SLAA 4K1YA 4MZEA 2YY1A 1DYKA 4BQ1A 2UWAA 1SLIA 1A78A 3JU4A 4J9TA 1LOCA 3ALWA 1QOSA 4AGGA 1MVEA 1NCCN 5KXEA 1B09A 1EUTA 2P2KA 1HLCA 2CYFA 4FOWA 2ZMLA 3AYDA 4GDJA 1S0JA 1FV3A 1R1ZA 1D2SA 4XJRA 5EWSA 4XZPA 5JYYA 1LOBA 4R9CA 4NOTA 3H71A 1S0CA 3WHTA 4FPHA 1X50A 1HKDA 1HDKA 1LCLA 2ZKNA 2OVUA 3WHUA 3SISA 1LU1A 2GN3A 4FOYA 2P3JA 1DQ6A 2GNMA 3WG1A 2UURA 4Y1XA 2CTVA 3R4UA 2VK6A 1QOTA 4LBJA 2ZGSA 5DG2A 1CQ9A 4ASMB 3WZ1A 4PCRA 4H52A 1MR5A 2DVAA 4B7QA 2AYHA 4Y1YA 3BIWE 1IVDA 1G9FA 5DUVA 2SIMA 2NMOA 3WG2A 1VCJA 3B00A 3T2TA 2EIGA 5DZGA 4JCKA 4MZAA 4M3CA 2PHFA 1FV2A 3ENRA 1LOGA 3OBTA 2W5NA 1QNYA 3USUB 1Z50A 4LBQA 3M1HA 2ZHLA 2PELA 1V6NA 4BLIA 2DVFA 4P9WA 2A3WA 2VH9A 4K3YA 4KS3A 1WBLA 2C5DA 4PBPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4N43A 1REEA 4CCMA 4HXCA 5FPVA 4CEYB 3OYWB 4BQ3A 1CESA 3S57A 2Y0OA 4UBHA 1Z4YA 4GA9A 2VMEA 5FLIA 3FVZA 1O6UA 1D0GA 1UIKA 1QJU2 5ACA2 4O65A 5JMCA 3U4SA 4YVWA 4A7KA 1R64A 3A7QA 5CFDA 4XFIA 4CCDA 1JZ5A 4NCSA 4BH9A 4XDPA 4NC5A 1VP6A 5LCWL 2A70A 1ZBA2 4INDA 1N3PA 4LKDA 4QHBA 1CAXB 2ZGRA 1NCAN 3POJA 3WUDA 1VRH1 4URAA 5FOJB 2J1RA 3LEKA 2A71A 4PWZA 1D0HA 1ULDA 3OUHA 2QBXA 4OI0A 5BNPB 1AUYA 4X6KA 3KT7A 3I3DA 1ULGA 4AGIA 4FZHA 3MFCA 2VW2A 4X6QB 5LB6A 4BQ4A 5LWBA 1AJKA 4XBNA 4CP9A 4HKWA 5GZGA 2XONA 3RYRA 3SC7X 1GP4A 1H6XA 1DZRA 1KFXL 2DVGA 1LR5A 3Q9OA 1XNAA 5EJ3A 5FZ0A 5APAA 5JUVA 1K32A 5ERLA 4YARA 1IKPA 3ZSLA 4BB3A 2HTUA 3NJXA 5A7NA 3ETPA 3GYDA 2W3JA 2RKCA 4FTSA 5T55A 1NE6A 2BYVE 3QCWA 1V3DA 2XXZA 3N7JA 5JOZA 2VUJA 3ITQA 3U10A 4JQTA 3WDVA 2JB4A 2AR6A 4DXZA 4Z1VA 3RZJA 4XF9A 4IV3B 4NRMA 4GJTA 3WOGA 3KCCA 4P9LA 5DABA 3BTYA 5I0SA 2HKXA 3RYKA 3CHXA 3OEAA 4JHZA 4HANA 1BBT1 1HRV2 2ARXA 4HOOA 2EIDA 2EVXA 2EXIA 3LI5A 1GNYA 5J09A 4LBQD 2PAMA 2CDOA 1W8TA 3PTRB 2TNFA 1BVP1 2EIEA 4QU1A 4CHBA 2DBIA 4LOSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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