4XJ9A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin at ph 5.0 in 50mm sodium acetate with dmso as the cryoprotectant
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
molecule keywords Sialidase B
total genus 195
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xj9A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xj9A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xj9A02
2W5OA 3D5OA 2DVDA 3N7JA 4C1XA 3NV3A 3ZVXA 5T50A 2ZB6A 2YA5A 3C2UA 2EXIA 2JECA 3A72A 4K1ZA 1IVFA 3NV4A 4CPMA 4YG3A 2YA4A 2P3IA 4HANA 2ZHNA 2EXHA 1V6NA 2ZB5A 2HT8A 2DUOA 2A3WA 3POSA 4KS3A 2EF6A 5DUWA 4JC1A 1UMZA 4WVWA 1FATA 3WDWA 1LU1A 2VVZA 2F13A 1URXA 2ZGPA 1Z50A 4AVVA 2VU9A 3I8TA 1BQPA 4Y20A 1S0IA 3AJZA 1L7FA 1YI7A 4XE9A 1Z4XA 2E53A 1N1YA 1E8UA 3K36A 4YFWA 5GLUA 1DILA 1DQ6A 3WG4A 3WHTA 4K1IA 3OJBA 2VW0A 1NXD1 1Z4VA 4L8QA 1V6OA 3W09A 1SLTA 3L2YA 4NO4A 2AUYA 3ZPYA 1UAIA 4X6KA 3CYEA 5JYYA 2VWDA 1LHNA 4GB1A 5CA6A 4NN9A 1BYHA 5AVAA 3BEQA 4MJVA 4Y22A 5T5PA 2F0ZA 2F28A 4XIOA 2CTVA 1HLCA 3AYCA 3K37A 5HUGA 1LGCA 2Z42A 2A6ZA 3BTAA 4LBNA 3BODA 3UJQA 3AZVA 5JVVA 2I2SA 1CPNA 2ZHKA 1ENSA 4YG0A 5L73A 3IPVB 1JW6A 1Z0HA 1YXWA 1GZWB 5GZCA 2VH9A 3T1MA 1NNCA 1G9AA 5FRAA 3ZXEA 1WW7A 2YMZA 1GKBA 4MYEA 5GLTA 2VK5A 2PHWA 3ATGA 2GNBA 3GVLA 7NN9A 4F83A 4GZSA 5JMCA 1IKQA 3FFZA 4LBKA 2A6WA 1C1LA 3T1LA 4Q27A 3WDYA 3VUOA 3SH3A 1LCLA 1WUVA 4DPNA 4UF7A 3WUCA 1S0FA 3O0XA 4R9BA 4XJQA 4I00A 3WLUA 1NMAN 1X50A 4B7NA 1MVQA 1QNYA 2W68A 2D3PA 3TI5A 2QWIA 4B7RA 4Q1RA 3V65A 1S1AA 5GLWA 4MWVA 5NN9A 2ZGOA 3SITA 2D6PA 5IUQA 4Q2FA 2SIMA 1DYKA 1W0PA 5HUMA 1N3PA 3A4UA 1I1EA 3RS6A 2KM2A 2F27A 1EPWA 3O9KA 2EXJA 1LOAA 5DXDA 4WA3A 2JD4A 2DVBA 4K1KA 1W6PB 3N36A 5GLVA 4LBMA 2GDFA 1LOBA 3TIBA 4XJ8A 1PZ8A 4GA9A 2YV8A 2R1DA 5HCBA 4RA0A 2C9AA 2NM1A 1KRIA 5T55A 1W6MB 1MS1A 2D6NA 1LECA 1R1ZA 1D0HA 3SLIA 4YGDA 5GALA 4FJ6A 1QKQA 4D8SA 1CR7A 1W20A 2VSKA 1H9WA 4BBWA 3KQRA 3V0BB 3O0WA 2AEQA 3QCWA 2VK6A 2VW2A 4FOVA 5E8AA 5DZGA 4AVTA 4K1YA 2E6VA 3VKNA 2F12A 2HU4A 3JU4A 2XZIA 4B7MA 4DQAA 1OKQA 3GALA 1DIWA 5F5QA 3HN1A 1DFQA 2D6MA 3AZXA 1AXYA 2A71A 3JUUA 5E88A 1GZ9A 3T2TA 4XJZA 1SLLA 2GN7A 4GJTA 1GNHA 2VW1A 1H9PA 1GYKA 2P34A 3FUQA 3AX4A 1MS4A 2GNDA 2XZJA 1WCSA 1ULDA 2BQPA 3V0AA 4FP2A 5DUVA 3VKMA 2B7YA 5CAZA 1F9KA 3PVNA 2JE7A 3AYAA 2OVUA 1CESA 2VK7A 3H73A 4M3CA 4TYSA 1HQWA 5DZEA 2F11A 4DRVA 2D3SA 3TI3A 4XJ9A 1KQRA 1NNAA 2YA6A 4WA5A 1B9SA 3OGGA 4XBLA 3QLQA 1FX5A 2A70A 3AFKA 4GZXA 2A5ZA 3RQ0A 2ZMKA 2ZKNA 5DUUA 4CZSA 1G9CA 1F8EA 5GJ6A 1VLNA 2ZZJA 1ULCA 2G4IA 1INXA 4GKXA 3SNMA 3PVOA 1INWA 1W6NA 4NCSA 3TI6A 4ISQA 1USXA 5HUNA 1MS0A 1A78A 3WCRA 4W65A 1I3HA 2DU0A 3AP9A 4YM2A 1IKPA 5GZDA 1QMJA 1GZCA 1V6IA 2DTYA 5B2CA 3TICA 4YZ3A 2YA7A 1MR5A 2ZGUA 2UWBA 2ZGKA 3UK9A 2GMEA 4Y26A 3RSJA 1BKZA 4NC5A 2F25A 5DUXA 2ZGRA 1J1TA 1KJRA 2DUPA 3VKOA 1Q8OA 1L7GA 1GICA 2AEPA 5DZFA 1N1SA 2DTWA 2BERA 2ZGNA 2YXSA 4CPZA 4DGRA 4M4VA 2V73A 4GZQA 1WD4A 4HZZA 4GDIA 4YZ4A 3IMNA 1A8DA 4MWXA 2ARXA 4CPOA 4OZXA 4YZ5A 2OW4A 4H53A 3GNEA 2HTWA 1IOAA 4XOGA 2X9MA 4C1WA 2XZKA 3UJOA 3PMEA 3FUOA 3A71A 3B7EA 4CRQA 4FPGA 4YW1A 1N3QA 4U36A 3POWA 4XJWA 1N3OA 2W20A 3AP6A 1EUUA 4LBQD 2WT1A 2R0FA 4B7QA 2BF6A 4HIZA 4YZ1A 2D6LX 1LGBA 2AH2A 2C5DA 1JYIA 4P9XA 5T5JA 2CWSA 4XXAA 2D3RA 3ZYPA 3APBA 5M1ZA 3AP4A 4Q8KA 1INYA 3ILRA 2DU1A 3N7KA 3WG1A 3WG2A 2VXRA 2PHUA 1JN2P 2P3KA 4ASMB 1WLWA 5KXDA 1LOEA 2ES3A 1JYCA 1IVGA 1UPSA 1DHKB 3BIWE 1RIRA 3TI4A 3N7LA 3PVEA 4XZPA 4YW3A 1CIWA 4Y20B 5CNAA 5FREA 3T1EA 4YGCA 4M3MA 1O4YA 4CPLA 3H6JA 1V6JA 1LU2A 2QWGA 1LESA 2JJ6A 5IT6A 5JOWA 1NN2A 3V64A 4MWQA 4FPKA 2XB6C 5KXBA 2R49A 2JKBA 2PHXA 1F8DA 2JDZA 1DQ5A 1LOCA 4MWLA 3LSEA 1A3KA 2GALA 4TZDA 2VSMA 3K38A 4GDJA 2YDTA 2E7QA 2SLIA 2HT5A 1NNBA 4AGRA 4U2AA 1WLDA 4HL0A 5HUKA 1EUSA 4Y22B 1V0EA 1HKDA 4MWYA 2LALA 1UN1A 1F31A 1V3EA 4YW2A 3MW4A 1USRA 3ASIA 1LJ7A 1MWEA 4Z8BA 1MS3A 1HDKA 3ZSLA 2PHTA 2QWCA 1AX2A 1C1FA 4UW5A 3AYEA 2HTRA 1QGLA 5H9RA 1MS8A 1V3BA 2WT2A 1MZ5A 2W52A 4KBBA 3A0KA 3RMYA 4GWMA 1NSDA 1DLLA 3HMYA 4FPEA 3IN9A 3FBYA 1VALA 3GVKA 4YFZA 4WZFA 1SBFA 1LODA 3POYA 4X49A 2AGSA 1AX0A 1ULGA 4K1JA 4YGEA 3JU9A 4GZPA 4LBQA 3H0OA 1NCBN 3OYWA 1KITA 4WEFA 1W1XA 2QWHA 1CONA 1SACA 2ZACA 3NV1A 2HU0A 4XHBA 4BMEA 3M1HA 3KM5A 1W6QA 1SLCA 2ERFA 4PF5A 4KS2A 1S0EA 4DS0A 5GLZA 3ZXKA 1GV9A 1W0OA 3W58A 2FHRA 2F26A 2W08A 2D6KA 2YDPA 3WG3A 2CYFA 2D43A 4FPOB 3SALA 2P3JA 2AYHA 2CL2A 1BZWA 1APNA 1QU0A 2ZGLA 1GNZA 3SILA 3A0NA 2GMMA 1B9VA 2BZDA 4SLIA 4QN4A 3AZYA 1WW5A 5HX0A 4AWDA 1C4RA 5JDBA 2F24A 1A4QA 5CBLA 5IK7A 1AXZA 4KS5A 2HYKA 2A6YA 1G8WA 5B2DA 1IVEA 3AYDA 2VUAA 1AX1A 2HTYA 1SLIA 1SCSA 1KDKA 5EYYA 4MX0A 4FPLA 4M01A 1ENRA 1DQ0A 4FOWA 2CMLA 2E51A 1LEMA 3ZSMA 4YZ2A 5H9PA 2AR6A 4FOYA 4GZTA 2LTNA 2UURA 3INBA 4R9AA 6NN9A 4BPZA 4FPFA 1DQ2A 5JOXA 3WNXA 4ITCA 2R16A 2DVFA 3N35A 2NN8A 1IS6A 3O0VA 4DFSA 5T5OA 4ZXKA 1S0BA 5HCFA 1W8OA 2ZHLA 4JCKA 1V3CA 1WBLA 4MWRA 4BQ1A 1Y7BA 1LGNA 1B9TA 4MJUA 5GZFA 4I30A 3LCPA 4Q8LA 5IK5A 3V0AB 1VCUA 1NCCN 2PELA 1VIWB 4M4NA 1TEIA 3R05A 4MZAA 4LBJA 1DGLA 4BM8A 4MZEA 2UWCA 2P37A 5GZGA 3VKFC 3M3CA 2TEPA 4FPYA 4R9CA 1EURA 1AJKA 5CB7A 3D4KA 4M3CB 3D11A 4P9WA 4B7JA 4WEGA 4YW4A 5SV8A 3B9CA 4PBOA 2A6XA 3AXDA 4GZWA 1WW4A 4LBLA 1W6OA 3B3QE 2QWAA 3IM0A 4MWWA 1Q8PA 5JOZA 2A3XA 1UZZA 1LHVA 1V6LA 1IS5A 3ILNA 1SLAA 1IVCA 2W38A 2QWJA 5T54A 3ENRA 2Q5TA 4Y1ZA 4AYUA 2R0HA 4XBQA 1AJOA 3WUDA 1SNTA 1W6NB 1DYPA 1Q56A 1ZA4A 4K21A 2R1BA 4P14A 1QDOA 3WHUA 3WDUA 2DYCA 3CNAA 3USUA 3AP5A 4M00A 1F8BA 4IQPA 4Y1VA 3DGTA 4QNPA 3K39A 2W39A 1V6KA 4XJRA 4XJAA 1LULA 5HCAA 3VV1A 4PBPA 4NOTA 4XIKA 3OBTA 3OY8A 4KS4A 4X4AA 2YZ4A 1VAMA 1L7HA 3WCSA 4HZXA 2UWAA 4RL7A 4DRRA 1BJIA 3ALXA 4LBOA 1QF3A 1JOJA 3R4UA 5JLVA 1LOGA 1QOSA 4BMBA 4AGVA 3CL2A 3RRDA 4JF7A 3N3HA 1V6MA 1UZYA 4YG6A 1DIMA 3O5SA 1GLHA 5KXEA 2ZAAA 3D12A 3M3EA 1DBNA 2QWDA 2YY1A 2ENRA 2AREA 4YGBA 1WLCA 4M3CF 1NMCA 4ISRA 1Z4YA 2A75A 3ZSKA 5IK8A 2QWKA 2ZA9A 1G9FA 1A14N 3MEPA 1JXNA 1E8VA 2GNTA 2ZMNA 3AK0A 4MWJA 2W5NA 1O4ZA 1ULEA 1V0FA 1INVA 1N1VA 1FNYA 3ZYRA 3RMXA 4Y1UA 4MWUA 1ENQA 2FMDA 3TB0A 2V5YA 1Q8SA 1S0GA 1NMBN 1Z4WA 4UW3A 3WDXA 4AVSA 1RINA 4JRAA 1E8TA 3OPZA 3SH5A 2A7AA 2ARBA 2OUJA 4XMAA 1QOTA 5T52A 3AXEA 3O9JA 4HZVA 3GVJA 4GALA 3R4SA 1LHUA 1F5FA 3OBRA 3M2MA 5EXOA 2HTVA 1KDMA 1SBDA 1IVBA 3ZSJA 4K1HA 2DVAA 1KJLA 1DQ1A 4Q1PA 1IS3A 1JUIA 2NP0A 4GXLA 2B8HA 1LENA 1RITA 4GZOA 1NCAN 1QNWA 2VY0A 4FVKA 1GBGA 1GANA 2EXKA 2A6VA 4YW5A 2F10A 1FYUA 2WSVA 1LHOA 3CL0A 5E89A 1JHNA 1FV2A 3ZXLA 1MS9A 4Y1XA 1XOGA 2ZHMA 3B00A 1NSBA 2RKCA 5GM0A 4M4UA 1ULFA 2C4AA 1LHWA 3IPVA 1GZWA 1U0AA 3FLPA 4FP3A 1LOFC 2D6OX 3Q9OA 1B09A 4QN5A 2ZABA 4YM3A 4Q26A 1SLBA 2PHFA 3IKWA 2DWRA 1CVNA 4XJUA 4XHXA 3B01A 2WJSA 4CPYA 2QWFA 4BOWA 4XXPA 1F8CA 2OUHA 3AJYA 2YROA 4FQ4A 2SILA 2SBAA 1INHA 1IVDA 1QDCA 1ZM1A 1DQ4A 1G7YA 3SH4A 1MZ6A 1XOEA 3FLRA 3TAYA 4YLZA 4X47A 3WZ1A 3WDVA 1Z4ZA 2QWBA 1W21A 2E7TA 4K3YA 4HZYA 2ZMLA 4LBQB 1MVEA 4XTMA 1C57A 5T5LA 3OYWB 1WCQA 4YM0A 2CNAA 2WLQA 2NMOA 2D7FA 2NMNA 1WD3A 4WV8A 4QN7A 1W6PA 4P9YA 4WVVA 3ZXJA 3CKZA 4R9DA 4FVVA 1VCJA 2HT7A 3H71A 2GN3A 1W6QB 2ZGMA 5JOYA 4FZHA 4FQZA 3MW3A 1Q8QA 3NV2A 4M3CE 3VKLA 4GKYA 1W6MA 1Z78A 4Y24A 2WNEA 1BXHA 3PJQA 1FNZA 3MW2A 4FPCA 2D44A 3V0BA 5DG2A 5DG1A 2DUQA 4YM1A 3K3AA 2DVGA 4FPHA 1FAYA 3U4XA 3MPPG 3FLTA 1V0ZA 1S0CA 1IS4A 2ZGSA 1SO7A 4UW4A 2H0BA 2NYYA 3AP7A 4PCRA 1FV3A 4XTPA 1SFYA 1DZQA 1V2IA 5H9QA 1ONAA 3NWKA 2GMPA 1YIFA 4K20A 2EALA 1PZ9A 1CQ9A 1G9DA 5F9TA 4BLIA 3ILFA 1UKGA 1LTEA 1EUTA 1VAVA 2QWEA 1AZDA 2WSUA 4HZWA 3WV6A 2GNMA 2WKKA 5LK5A 1UX6A 5GZEA 4XYXA 4AGGA 1CN1A 4Y1YA 3M3OA 4XILA 2DURA 1SCRA 4UW6A 3H72A 3I4IA 3AZZA 3UL2A 1NLSA 2CY6A 3SANA 4KS1A 4ZKTB 3NSSA 1AVBA 1S0JA 2P2KA 2AENA 1CPMA 4QN3A 4GWNA 3RG0A 5KXCA 2A3YA 1N47A 1OFSA 4J9TA 1NSCA 1JBCA 3N7MA 1UL9A 3HR9A 2XG3A 2CWMA 1INFA 3TI8A 3ALWA 1AF9A 4D69A 1WBFA 1QOOA 1V3DA 2ZGTA 4Q6KA 3LSDA 4ATEA 4MC7A 4CTEA 4H55A 1AXKA 1H30A 2JE9A 1G9BA 2HTQA 1G86A 2HTUA 2WQZC 2EIGA 1W6OB 1XQNA 5EWSA 2WT0A 4XDQA 4WA4A 3D6EA 1D2SA 1N1TA 1V00A 3NN9A 2UU8A 5H9SA 2ZGQA 2EAKA 3TIAA 1GSLA 4XMIA 2DV9A 1SBEA 1MACA 3WOGA 2F29A 3DUIA 1YO8A 2PHRA 3WVJA 1OQ1A 1WW6A 1YYNA 1Q8VA 1MS5A 5BYNA 1CJPA 1BJQA 2RHPA 3USUB 1PZ7A 3ZXFA 1YRZA 2YA8A 4QN6A 2ZBJA 3B69A 3WDTA 3INAA 4GEZA 3W59A 4ATFA 5IK4A 1LOFA 3AZWA 1A4GA 3M3QA 1W8NA 4H52A 3BOPA 2BATA 4CPNA 3SISA 3OY8B 4FOQA 4PQ9A 1INGA 4BLJA 2C4LA 4XBNA 1S0DA 2NZ9A 1LEDA 1NCDN 3O12A 2XCYA 1HQLA 4FPJA 5EYXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IEZA 2W5OA 3OBAA 2QNKA 1VBA3 2FBEA 3C7GA 2RS13 1ND3B 2XMLA 5CKNA 2BDRA 3D5OA 5IVYA 1OF4A 4Z07A 1VJ2A 4AQ6A 3H50A 1UZWA 2DVDA 2DCYA 3N7JA 3NV3A 4XCAA 3ZVXA 4C1XA 5J37A 3U4SA 3MV11 2MNGA 5T50A 2ZB6A 1A34A 2CHHA 3DKWA 2YA5A 3JBG2 3C2UA 4CH9A 1OA2A 2EXIA 5FO7B 4DY3A 5HV0A 5FAXA 3ME2A 2H6BA 2P1BA 5FMOL 4XVHA 2JECA 5JXGA 3A72A 4G4FA 1TMF2 5IVBA 2VVFA 4K1ZA 2WNUC 1QXRA 1REDA 2ID4A 2FDHA 4L7BA 1C28A 1IVFA 4JDMA 1OQEA 4LE4A 2KR2A 2P17A 3OGJA 3NV4A 4CPMA 1CRZA 3SOQA 4TLFA 4YG3A 3ZMOA 1QJU3 5ABJC 2YA4A 4ASKA 2HLEA 1HX6A 1ND2C 2P3IA 4HANA 4H2AA 4GB33 5DMYA 2ZHNA 3RZZA 1DGRA 2EXHA 5J96B 4E8CA 4BE3A 2RR11 4IGPA 1RL3A 3RZHA 5H47A 4MSVA 1Y9MA 1V6NA 1CAWA 1PM7A 2ZB5A 3DV8A 1W2OA 2VNOA 3RPQA 2DUOA 3ZLIA 3RZGA 2HT8A 4DG6A 2J1EA 2A3WA 4TWTA 2VNRA 3POSA 2GC2A 2XUEA 3NNGA 4UFLA 3H1YA 4KS3A 4DO0A 2EF6A 2X09A 4PDWA 5DUWA 4JC1A 3KT7A 3W09A 2VQ0A 1CX4A 1UMZA 2XL9A 2Y0IA 4WVWA 3X29B 1VBB2 5FPUA 4NPLA 4BQWA 3FFQA 3ZKUA 4EN0A 3CJIB 5CZKA 1H2KA 4MGZE 3K4ZA 1FATA 4LKFA 1W04A 3S7IA 3WDWA 5FZNA 2DBNA 1UY1A 4RQPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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