4XJ9A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin at ph 5.0 in 50mm sodium acetate with dmso as the cryoprotectant
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
total genus 195
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xj9A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xj9A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xj9A02
1YRZA 2GNBA 1DQ4A 5CAZA 3VV1A 4YM2A 3R4UA 1NLSA 3TIBA 3GVKA 3FUOA 4AGVA 3ZSMA 2QWFA 4WA3A 3NWKA 2E53A 4ASMB 4XXPA 4K1YA 1SNTA 1A4GA 2NP0A 4K3YA 2ZGTA 2D6OX 2W52A 2P3IA 2F13A 1LOFC 2DVDA 1DQ5A 2ZHMA 4XMAA 3AYEA 5T54A 2X9MA 2JJ6A 2UU8A 3CYEA 2ZGKA 1WLWA 3ZXFA 4KS1A 3TI6A 1FNYA 2PELA 4X6KA 3NN9A 1MS4A 4YZ2A 1JYCA 2ZMKA 4Q6KA 1SCSA 2G4IA 4FP2A 4AVSA 1RIRA 1ULEA 3GNEA 4BMBA 1ULGA 3O5SA 3HMYA 4M3MA 2AGSA 3A72A 3O9KA 4FOVA 4P9YA 2CL2A 3WCRA 4FP3A 4MC7A 3NSSA 1QF3A 2VSKA 1LCLA 5GM0A 1MS1A 1SLCA 5DUVA 4AVTA 3WG2A 3ZSLA 1UPSA 3WVJA 3RMYA 4NCSA 5LK5A 1S1AA 1V00A 1Z0HA 3AX4A 4PCRA 1BKZA 4FPGA 4DPNA 1A78A 3ZYRA 2ZB6A 4YG0A 1DQ2A 1PZ9A 1QNWA 2JE7A 2ZGMA 1C4RA 1A3KA 4Y1YA 5GLUA 2ZBJA 3H0OA 3JU4A 2WJSA 3POSA 3O9JA 1LGNA 2EF6A 1BJQA 4MWWA 1IKQA 5GZCA 1MZ6A 3K37A 2D3SA 2W08A 3OGGA 2R1BA 3RSJA 1F8BA 1DQ1A 1NCCN 1GICA 4JF7A 3N36A 4KBBA 3OBRA 1PZ7A 1WD3A 1W0PA 4W65A 3AJZA 2VU9A 1MS5A 5CB7A 5IK8A 4K1ZA 4WEFA 2YDPA 5DZEA 2GNTA 5T5OA 5GALA 4B7NA 3IMNA 1W20A 2YDTA 1S0IA 1V6NA 1G7YA 3WZ1A 4R9CA 4FJ6A 2D6NA 2GMMA 2PHWA 1SCRA 2PHRA 1GLHA 1G9DA 1QOSA 5HCBA 1X50A 2ZAAA 3WHTA 3MW2A 4XE9A 4Y20B 1W6QA 3N7MA 2YV8A 1DFQA 3B9CA 1EUSA 1FX5A 2EXJA 1WW7A 2FHRA 1G9CA 1IVCA 2H0BA 2C4LA 1KDMA 2VW0A 1LOBA 1V0ZA 4XJAA 2AR6A 3IKWA 4MZAA 1V6MA 3O0VA 4WV8A 1EURA 5DZGA 2A75A 5JDBA 4NC5A 3M1HA 2A6ZA 3ATGA 3ZSJA 4MWLA 1DIWA 1V3CA 2BATA 3OY8B 3VKFC 4M01A 1VAVA 1OKQA 2F24A 4XIOA 4FPLA 4JC1A 4WA4A 2QWCA 4Y22A 4MWYA 5E88A 1NSCA 3W58A 3WDTA 4YGEA 4GZQA 1HQWA 1LECA 1ZA4A 5T5LA 3TIAA 2QWHA 2EALA 2RKCA 4HZVA 2F27A 4DGRA 2P37A 3AXDA 3O0WA 4YW5A 4AGGA 4I00A 3JU9A 1QMJA 2QWDA 4DS0A 2R49A 1WLDA 1D2SA 4YGBA 2A6VA 2NMOA 4GWMA 3VUOA 1QU0A 2YMZA 3OYWA 2QWGA 3OBTA 5JLVA 1HDKA 3GALA 4P9WA 4GXLA 1NCBN 4PF5A 4WZFA 4LBQB 1OQ1A 2ZHLA 2CMLA 2ZHKA 1AX1A 1R1ZA 2NM1A 3H72A 1GANA 4JCKA 4XBNA 2VXRA 4BBWA 3SH3A 1CPMA 1LGCA 3B00A 1LJ7A 1QOOA 3B3QE 1YO8A 2P3JA 1LOFA 5H9QA 1CJPA 3VKNA 1F8CA 2NZ9A 2WSVA 2A6XA 1NMAN 2VY0A 1TEIA 4Y24A 1LTEA 3V0AB 1L7FA 1INWA 1LEMA 5T55A 4DRVA 1QDOA 1GZCA 2W5OA 3POYA 4CPYA 1GBGA 1Z78A 3AP9A 1LOGA 1JYIA 4K20A 4GKYA 2B8HA 1NNBA 1W6MA 1UX6A 1LOCA 2A3YA 1V6JA 1J1TA 2QWKA 3WG1A 1SFYA 2BERA 5JOWA 5HUKA 1EUTA 1V6KA 2VK5A 3UJQA 4XMIA 3PVOA 4OZXA 1B9SA 4U2AA 3WHUA 4GEZA 2PHUA 1MS3A 3CKZA 1MS8A 3NV3A 3MW3A 1ENRA 4H55A 4MWUA 1MWEA 1JOJA 5NN9A 4YM3A 1C1LA 5CBLA 3M3EA 5GZDA 2XZKA 1LOEA 4B7MA 2DU1A 1VLNA 4K21A 5DG1A 3ALWA 1IS6A 2XZIA 1WCSA 5DXDA 4JRAA 4FQ4A 3HR9A 1NCAN 1GSLA 1SBDA 5KXEA 2E7TA 1LHOA 3AP7A 2A70A 3V0BB 1JXNA 1MVEA 3DUIA 4LBJA 5HUMA 4ZXKA 1W6OB 1Z4YA 3N7LA 3ASIA 3NV1A 1NNAA 1W6NB 4M3CB 1ULCA 2D6KA 5CNAA 4BMEA 1AX0A 2DTWA 4FOYA 3BOPA 4GZWA 5EWSA 4HANA 1A4QA 2AUYA 4XBQA 1AZDA 2WLQA 2R16A 1USXA 1XOGA 1AXZA 5BYNA 5IUQA 1DZQA 4M4NA 4BLIA 3AYAA 1V3BA 1IS5A 4X4AA 1VAMA 1SBEA 2R0FA 4MWRA 1CN1A 5DUXA 1NSDA 1V6LA 3RG0A 3ZXLA 4XJWA 1KITA 4GALA 2WKKA 1SLTA 4YLZA 4ZKTB 4KS3A 1WW6A 4M3CE 2ZGPA 1B9VA 5T5PA 3RMXA 4X49A 3AJYA 4YGCA 3AP5A 3TICA 1LHWA 1F8DA 4WVVA 4AVVA 2HTWA 1B09A 1AXYA 1NCDN 4Y20A 3PMEA 5EYXA 2YA4A 3FLRA 3ZXKA 1LODA 4WVWA 2AH2A 2OUJA 1YXWA 3K38A 4MWXA 2HT5A 1DBNA 1SLLA 4XJQA 4FPOB 4UW5A 2DU0A 3I4IA 1DYKA 2SBAA 1Y7BA 1QNYA 5HUGA 2CYFA 1VCUA 3A0KA 4DRRA 2C4AA 4QN7A 5GLVA 1UN1A 2F0ZA 4XJUA 5GJ6A 3WUDA 2YA7A 2XCYA 4XJ9A 4GKXA 3VKMA 4MJVA 4B7RA 2DUQA 1W0OA 3OY8A 5L73A 2WQZC 2BZDA 5JVVA 4DQAA 4GZSA 3FUQA 2D7FA 1DQ0A 1E8VA 4QNPA 1JBCA 1MR5A 3QLQA 1LULA 2DUPA 2ZGSA 3IM0A 5HCFA 1LHVA 2A3WA 3NV4A 3OPZA 4Y1ZA 4XXAA 4XTMA 1N1VA 3T1MA 3U4XA 4FPFA 1RITA 4Q8LA 1N3OA 3INBA 4XOGA 3ZXJA 4MZEA 1APNA 4Z8BA 4GDJA 1SBFA 1BYHA 3AP4A 4FPHA 4CRQA 1F31A 4MX0A 3KQRA 1FV3A 1S0FA 1NN2A 2NN8A 3FFZA 1MZ5A 4BQ1A 1O4ZA 3TI4A 1URXA 3WCSA 2ES3A 2YA5A 3ALXA 1GV9A 3IPVA 4IQPA 1V3DA 3L2YA 6NN9A 1ENSA 3A4UA 4BPZA 2HTYA 1CVNA 2D43A 3V0AA 2ENRA 3UK9A 2F11A 3PVEA 2CNAA 2EAKA 1B9TA 3AYCA 1KJRA 1AF9A 4YGDA 3AP6A 1LHNA 2A6YA 1JN2P 3QCWA 2D44A 2ZGQA 4FOQA 1IS4A 5EXOA 1IVGA 1G8WA 1VCJA 4QN6A 2QWJA 4Q27A 3GVJA 1L7GA 4GDIA 2W20A 1LGBA 4YW3A 2GALA 4Y1UA 3H71A 1Z4ZA 1LENA 1V6OA 7NN9A 5DUWA 4FQZA 1FATA 1V2IA 4BLJA 1QOTA 3VKOA 2SIMA 1CESA 3AZWA 3BTAA 4TZDA 1QDCA 1F8EA 2HYKA 2WT2A 4L8QA 1C1FA 5M1ZA 3UL2A 2OUHA 1GZWA 4CPOA 4KS2A 1BZWA 1G86A 1W8OA 2I2SA 1SACA 5FRAA 4HIZA 4GZPA 3D4KA 1UAIA 4K1KA 5DUUA 4MWVA 1UZZA 2UWCA 5GZEA 1V0FA 5F9TA 2D6MA 3ILRA 3FBYA 1Q8PA 4Q1RA 1YI7A 2A3XA 1CIWA 1DHKB 2A7AA 5HX0A 4PQ9A 4UW4A 4M3CA 3RS6A 4YW4A 1MS0A 3AK0A 4YZ3A 3SANA 3AFKA 1H9WA 5JYYA 3TI8A 3W09A 4UW3A 4LBKA 3LSDA 2VUAA 4U36A 5E89A 1WW4A 3USUB 2GN3A 1SLIA 2YXSA 3LCPA 1GNHA 2WT0A 3W59A 1Q8QA 1ULFA 4XJRA 3MEPA 4F83A 4M3CF 2UWAA 1G9FA 2C9AA 3WDYA 4NOTA 3Q9OA 2W38A 4FPYA 2GNMA 2CWSA 2JKBA 2JE9A 1WW5A 2DVBA 1A8DA 2GMEA 2VWDA 2OW4A 3AXEA 3JUUA 2JD4A 5GLTA 3D11A 2VK6A 4GA9A 2SILA 2AYHA 2LTNA 1ENQA 2HU0A 3RQ0A 4CZSA 3BEQA 3M3QA 2YROA 2NYYA 3ENRA 4CPLA 3K36A 4YZ5A 5GLZA 3A0NA 1YYNA 5IK7A 2AENA 2FMDA 2Q5TA 1GNZA 1H9PA 1BJIA 2QWIA 2HU4A 2Z42A 3C2UA 2WSUA 2AEPA 5B2DA 1WUVA 5B2CA 4I30A 3H73A 4P9XA 3AZVA 1BQPA 2TEPA 1Q8SA 2CY6A 4AGRA 1I3HA 1KQRA 5T50A 2GN7A 1INYA 1WBFA 1A14N 2QWAA 1ONAA 3AZXA 2BQPA 4XJ8A 3HN1A 2ZZJA 2YZ4A 3ZPYA 4H52A 4FPKA 4FZHA 2ZGUA 1W1XA 2HT7A 1N1SA 2ZACA 1LU2A 1LU1A 1FNZA 1BXHA 4PBPA 1WD4A 4YFZA 3SNMA 1KDKA 1C57A 4LBMA 3R05A 2NMNA 4BM8A 1DGLA 2V5YA 4B7QA 3PJQA 1W6MB 2ERFA 3CNAA 2ZGRA 3LSEA 1GKBA 2YA6A 2W39A 1HQLA 4ISQA 4GZTA 3CL2A 1JHNA 1HLCA 4CPNA 1AX2A 3T1EA 2DTYA 4B7JA 3APBA 4GZXA 2R1DA 5KXCA 3POWA 3SH4A 4K1HA 2F29A 4QN5A 3ZYPA 1SLAA 4FPCA 2SLIA 3ILNA 1S0BA 3O0XA 4YFWA 3SH5A 2D3RA 1S0EA 3ZSKA 4HZXA 2AREA 3TI3A 3WDXA 4X47A 1IS3A 1QGLA 1RINA 4TYSA 2ZA9A 1YIFA 1CPNA 1Z4VA 1MS9A 3K39A 4XBLA 2F26A 4CPZA 3WG3A 4YZ1A 4R9AA 3M3CA 1W6PB 3WG4A 2ZB5A 5FREA 1Z4WA 2HTVA 1F5FA 2DVFA 3N7JA 4UF7A 4XDQA 3I8TA 3FLTA 4NO4A 5HUNA 5CA6A 2ARBA 3NV2A 5F5QA 4GB1A 1AJKA 4Q1PA 2F12A 4P14A 2C5DA 4MWJA 4AWDA 4HZWA 1IVFA 5H9SA 2AEQA 1UMZA 1N3QA 2PHFA 4C1WA 5SV8A 5GZGA 2R0HA 4YW1A 2A71A 4SLIA 4GZOA 1VIWB 1USRA 4LBNA 1MACA 1AVBA 1JW6A 4XHXA 2QWBA 1CR7A 3IN9A 1EUUA 1IKPA 5T5JA 4LBQA 1GYKA 1XOEA 3INAA 4Q26A 1AXKA 5JOYA 1EPWA 2EIGA 1IVEA 5E8AA 1F9KA 2XB6C 2A6WA 3RRDA 4C1XA 4YM0A 4FVKA 4H53A 1Q8OA 2EXKA 3D12A 1N47A 1WCQA 2UWBA 2E6VA 1G9BA 1V0EA 1FYUA 2ZKNA 1H30A 5IT6A 3WLUA 3T2TA 2ZGLA 4D8SA 1INGA 3USUA 4LBOA 4Q8KA 3AYDA 3T1LA 2YY1A 2CWMA 4R9DA 1UKGA 2A5ZA 3B01A 2DUOA 4LBLA 1CONA 3M3OA 3N3HA 3BODA 1INVA 2GDFA 4PBOA 3OJBA 4XILA 1NMCA 5GZFA 5KXDA 4M00A 1DIMA 2DURA 3PVNA 4XTPA 3WDWA 1IVDA 4AYUA 1XQNA 2HTRA 1WLCA 1KJLA 3ZVXA 3CL0A 2W5NA 2VW2A 2ARXA 4M4UA 2VK7A 2ZHNA 2F28A 2XZJA 5DG2A 1PZ8A 1NMBN 2QWEA 3N7KA 2GMPA 4QN4A 1AJOA 3WDVA 1DILA 5AVAA 4J9TA 2JECA 3SITA 1ULDA 4XIKA 3R4SA 2OVUA 2DWRA 4GWNA 2HT8A 4WEGA 5KXBA 1INHA 3MW4A 4Y26A 3SALA 2VW1A 2WT1A 1CQ9A 1O4YA 2D3PA 4HL0A 1GZ9A 5T52A 3V0BA 1JUIA 1FAYA 3GVLA 3AZZA 1DYPA 5EYYA 4HZYA 3SISA 2HTUA 3M2MA 3WOGA 1WBLA 2EXIA 2PHXA 1W6OA 1VALA 2E51A 2UURA 1INXA 4FOWA 1E8UA 3WDUA 4XHBA 3UJOA 5JMCA 1V6IA 4Y1VA 1W21A 2E7QA 1HKDA 2ZMNA 1W6NA 2VH9A 3ZXEA 4R9BA 4D69A 4CPMA 1Q8VA 1DLLA 3WUCA 3WV6A 2DYCA 2VVZA 4RL7A 1NNCA 2P3KA 3IPVB 2F25A 4YM1A 4XJZA 1W6QB 1D0HA 3FLPA 3D6EA 4MWQA 2ZMLA 1KRIA 4MJUA 5H9PA 1G9AA 2ZGOA 1QKQA 1N3PA 5H9RA 2JDZA 1I1EA 3MPPG 1E8TA 1UL9A 2XG3A 3A71A 2HTQA 2W68A 4DFSA 1IOAA 2P2KA 1S0JA 3WNXA 1S0DA 5IK5A 2VSMA 2BF6A 4XZPA 2V73A 3O12A 4GJTA 4K1IA 1U0AA 4ISRA 1LESA 1L7HA 2ZABA 1SO7A 1UZYA 4M4VA 2DVAA 4WA5A 4YZ4A 3ILFA 4MYEA 1INFA 5JOZA 3BIWE 1LHUA 4Y22B 4BOWA 1V3EA 5IK4A 4ATEA 4ITCA 1Z4XA 4RA0A 2LALA 1ZM1A 4CTEA 2CTVA 3AZYA 4FPJA 4NN9A 1DQ6A 4YW2A 1LOAA 2P34A 4FVVA 1GZWB 3K3AA 2D6LX 3D5OA 3H6JA 3V64A 5GLWA 3B7EA 2YA8A 4KS4A 2F10A 3V65A 3DGTA 2D6PA 1IVBA 1FV2A 3OYWB 4K1JA 1Q56A 2DVGA 2ZGNA 1S0GA 4KS5A 5JOXA 4QN3A 1W6PA 2RHPA 4Q2FA 1OFSA 4LBQD 3B69A 2DV9A 2PHTA 1W8NA 1MVQA 3TAYA 3N35A 1Z50A 1NSBA 3SLIA 2KM2A 4XYXA 4UW6A 3TI5A 4FPEA 2B7YA 1N1YA 1S0CA 3VKLA 1SLBA 1NXD1 1N1TA 5HCAA 2EXHA 3SILA 4ATFA 2GNDA 3KM5A 3TB0A 4Y1XA 5DZFA 4HZZA 1LEDA 4YG3A 2WNEA 4YG6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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