4XJ9A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin at ph 5.0 in 50mm sodium acetate with dmso as the cryoprotectant
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
molecule keywords Sialidase B
total genus 195
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xj9A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xj9A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xj9A02
4H53A 4BPZA 3OYWA 2P3IA 2ZGKA 4ISRA 4YM2A 1WLWA 5DZEA 1UKGA 5DG2A 1ENRA 1NMAN 2GALA 5GZCA 2GMMA 2P3JA 3M3OA 1W6NB 4X6KA 4LBNA 3ALXA 3O9KA 2GNMA 3R05A 6NN9A 2ES3A 3TIBA 1UL9A 2CNAA 1NMBN 1ZA4A 2VXRA 1W6MA 5DUUA 1S0BA 2ZMLA 5EYYA 4MWVA 2QWCA 2D3PA 5GLZA 1PZ9A 1ULCA 3MW2A 3B3QE 4WVVA 4BMBA 3TI3A 3N7LA 2QWBA 3V0AA 2A3WA 1I1EA 1DQ4A 5IK8A 1JHNA 5EYXA 1QF3A 1KQRA 4LBQD 2XZJA 1VALA 2ZHLA 2I2SA 1OKQA 1SCSA 1N1TA 3SALA 3WZ1A 2PHUA 5GALA 4C1XA 1FNZA 3WG2A 5NN9A 2YA7A 4GZSA 3WHTA 4HZZA 2E7TA 1UZZA 4HANA 3T1EA 2DWRA 1MVEA 3AZZA 3O5SA 4CPZA 1B09A 3V65A 1W6QA 1IS4A 2QWAA 2D6KA 4XYXA 2F12A 2EIGA 4DFSA 1NCAN 1OFSA 4Q8LA 2E7QA 3QCWA 3TI4A 4LBQA 4F83A 4MYEA 2HTRA 3B00A 5CAZA 1BQPA 2XZIA 2ENRA 1NLSA 1MACA 2A6ZA 3AYCA 1AXZA 1F31A 4NN9A 3KQRA 4K1ZA 1KITA 2LTNA 3WDWA 4BOWA 1NNBA 3A72A 4NC5A 2F13A 2PHRA 3WDYA 4YW2A 4FP3A 1UAIA 4MWQA 5DXDA 1DYKA 2DTWA 2R1BA 1WBLA 3D6EA 3K37A 2H0BA 3ILRA 1F5FA 4YGEA 2DYCA 2UWBA 1JYCA 1CIWA 4YFZA 3USUA 2VW2A 3PVNA 2HT5A 3PVOA 1FNYA 1QMJA 1ZM1A 4TZDA 2DUOA 4U2AA 4GXLA 1NN2A 5T5OA 3CL0A 3AX4A 1WW5A 1L7GA 1VCJA 3K36A 3BOPA 3HN1A 2B8HA 2VK6A 1LHWA 1DILA 3ILNA 3RS6A 1L7FA 1JOJA 4DRRA 5HUGA 2F24A 1G86A 1V6LA 2AR6A 2W20A 4C1WA 2W5OA 1MS0A 1XOEA 4KS5A 4YZ5A 3BTAA 2VSKA 1GZWB 1EUSA 2ZA9A 2ZGQA 3ASIA 3L2YA 2DVGA 5GZFA 4GJTA 4M3CB 2VSMA 3R4SA 3AZYA 4XJQA 2AH2A 2QWHA 2XG3A 3MW3A 3SH5A 3APBA 2AYHA 1WBFA 3WDXA 1IS6A 3GVLA 5HUNA 2WKKA 1LOEA 1Z50A 3RMXA 2EXIA 1EPWA 4GA9A 4P9XA 1DYPA 4Q26A 5JMCA 1S0DA 3AXEA 2JKBA 1WLCA 1Z4ZA 4M00A 4K20A 4I30A 4YGBA 3O0XA 3AP5A 4M3CE 5F9TA 2ZKNA 4WA5A 3VKOA 4K1KA 5JYYA 1F9KA 5T55A 5EXOA 2P34A 3B01A 1CR7A 1W6NA 1AXYA 2R1DA 2R16A 1V6IA 2QWIA 2ZGMA 4CZSA 2VK5A 4QN6A 2SIMA 4K3YA 2C4LA 1MS3A 4P9WA 1W1XA 1C1LA 3INAA 4TYSA 1ENQA 2QWKA 2ZMNA 4Q6KA 1INYA 4AGGA 2HTUA 1FV2A 1D2SA 4FOYA 1FV3A 3LCPA 1GYKA 2HTYA 3H71A 3VKNA 3VKMA 3TIAA 1JUIA 5IUQA 2SILA 2A70A 4XHBA 4MWRA 1QGLA 2GNBA 1FX5A 1JBCA 3GVKA 3H6JA 2HT7A 1B9SA 3ZYRA 2W5NA 4XMAA 1DZQA 1DFQA 1NMCA 1H9PA 3O9JA 3O0WA 4UW5A 3RMYA 1DHKB 4PF5A 5JOZA 4Q27A 1YXWA 1VAVA 1NNCA 2JD4A 4W65A 1F8DA 4YZ3A 1N1VA 4FQZA 4MWYA 3O12A 3POSA 3T1MA 1WW7A 1S0JA 2V73A 4P9YA 2HU0A 4YM0A 2ARBA 2OUHA 2F0ZA 4GZQA 4AGVA 5M1ZA 4XIOA 4YFWA 4K1YA 5T52A 3WCSA 2QWJA 1BJIA 2A6YA 1GZCA 4AWDA 4GKYA 2W38A 2A6VA 3FLTA 2HTWA 4FPKA 4GKXA 4NCSA 3ZXFA 3MW4A 1S0IA 2DURA 1GNHA 2WT1A 3GNEA 3NV1A 1G9FA 1UZYA 5GZDA 1WCSA 2DUPA 1EURA 4B7NA 4Y1XA 1YIFA 2D43A 1AVBA 4JC1A 5KXEA 4YG0A 1IVFA 3RSJA 3N7KA 4DPNA 4UW3A 3TI5A 1O4ZA 4Y1UA 3AK0A 4GZWA 1SBFA 2CL2A 1G7YA 1LESA 3CL2A 2ZGPA 3Q9OA 2BATA 3OBRA 4FVVA 5B2DA 3ILFA 3H73A 3VKFC 1ONAA 3VKLA 5GJ6A 2GDFA 1E8VA 3IM0A 2KM2A 2EXKA 4Y22B 1A14N 2CWMA 2DUQA 4IQPA 1H30A 1B9VA 1DQ6A 4MZAA 1Z4YA 4XE9A 4GWMA 1GZWA 3FLRA 4LBLA 2YA6A 1LEDA 1FAYA 2P3KA 5KXCA 4SLIA 1MS5A 1G9AA 3WNXA 4YZ4A 1N3QA 1V00A 4KS1A 2JDZA 1Q8QA 5IK4A 4M3CA 1GZ9A 1W0OA 3D12A 1IVGA 2ZHMA 3O0VA 1J1TA 4FPOB 4JRAA 4Q8KA 2ZGOA 3WG3A 1WLDA 5DZGA 1LGCA 4ISQA 3AZXA 1MS9A 2ZGUA 4MZEA 3GVJA 1O4YA 4RL7A 3ZSLA 2A75A 1GANA 1ULFA 2WSVA 4XXPA 4YW1A 1KDKA 1VCUA 3JU4A 1EUUA 1SBDA 4K1JA 1W6PB 4MWJA 3WUDA 5T50A 3N3HA 4RA0A 1BJQA 1QOTA 1DGLA 4FPFA 4XDQA 1INWA 3JU9A 3B69A 1S0FA 2PHWA 4XIKA 4MWWA 4FPGA 4FPLA 3ZVXA 4LBKA 1EUTA 3CKZA 4YGCA 1WW4A 4DGRA 4FPHA 3BODA 1RIRA 2D44A 3RRDA 4K1HA 1NCBN 2YDPA 2A3YA 5JLVA 2VW0A 3H72A 4KS2A 2ZACA 3OY8B 4R9BA 1LCLA 3A4UA 4B7MA 2ZGLA 4H55A 2UU8A 2A6XA 1LOGA 5HX0A 1IVBA 4AVTA 1YO8A 2XB6C 1MZ5A 1LOFC 1JN2P 4BM8A 3CYEA 5CBLA 4WV8A 2UWAA 5HUMA 3SH4A 3MPPG 3PJQA 2EXJA 4FOQA 4XJUA 4M3MA 2BZDA 1URXA 1SLLA 3M3CA 1AJKA 1NSBA 3NSSA 3RQ0A 2YV8A 4YW3A 2ZGNA 1I3HA 4BLJA 2AEQA 2HT8A 4GZPA 5DZFA 1CESA 2ZAAA 3AJZA 2F27A 2ZHNA 1Z4WA 1WD4A 1V2IA 4BQ1A 3IPVB 1SLCA 1SBEA 3IN9A 1RINA 1G9CA 4Y26A 4D8SA 2Q5TA 1IOAA 3M2MA 3VV1A 5GLVA 1LENA 2CYFA 2SLIA 3AXDA 2QWFA 4CPLA 3ATGA 2ZHKA 2P37A 1AX2A 1GNZA 4MX0A 4XJAA 2UURA 4JCKA 1IVEA 2P2KA 1S0CA 4ATFA 1SNTA 1E8TA 1AX0A 1LECA 1X50A 3WOGA 5FRAA 2NZ9A 1SLIA 1W6OB 2GNTA 2NYYA 2D6PA 5FREA 3A71A 1NXD1 2YA4A 1V0FA 1C57A 1AF9A 2D3RA 1YYNA 3U4XA 1NNAA 4D69A 3WUCA 1WCQA 3AYEA 3N7MA 3AP4A 1V0EA 2ZGSA 2DVFA 1IVDA 2YY1A 1W6MB 5HCAA 4YM1A 3R4UA 3NWKA 1MZ6A 2DU0A 2WLQA 4LBOA 3SISA 1INHA 3WLUA 2X9MA 1LU1A 5IT6A 1V6KA 4PBPA 1SACA 4YM3A 5F5QA 3I4IA 2DVAA 1DQ1A 4PCRA 3MEPA 3KM5A 4YGDA 1GSLA 3SITA 4Y22A 3UJQA 2QWDA 4GZOA 3OGGA 1YRZA 2D7FA 3N35A 1NSDA 4UW6A 4M01A 2JJ6A 5DUVA 4AYUA 2OW4A 4Y1ZA 4FPEA 2WSUA 1LOBA 2ZB5A 3FBYA 4B7RA 4MJVA 2YXSA 1INXA 3TAYA 5B2CA 4WA3A 1HQLA 2PELA 1H9WA 2NMNA 1NSCA 3UK9A 1L7HA 2F26A 4Y20B 1V3CA 5KXDA 3BIWE 3NV4A 1QNWA 4MWLA 1KJRA 4LBQB 1N1SA 3C2UA 4FPJA 1XOGA 3SH3A 2PHFA 4Q1RA 1DQ2A 2VK7A 2D6NA 3HMYA 3V0BB 3AP6A 2PHTA 4Q1PA 1W6PA 4K21A 1BZWA 1A78A 3DGTA 1USXA 3SILA 4R9AA 4ASMB 4HZXA 1CJPA 1Q8PA 1C4RA 1OQ1A 2F29A 4WVWA 4ZKTB 1Q8OA 1LGNA 1JXNA 5DUWA 3AFKA 2AREA 4WEGA 4XMIA 3CNAA 1INVA 4QN7A 3K38A 1A3KA 2ZGRA 4BBWA 1WD3A 2ZGTA 4CPMA 3OPZA 1CONA 4BLIA 3FUQA 3K3AA 3A0KA 1F8BA 1PZ8A 1SO7A 4AVSA 1QNYA 2R0FA 2GMPA 3N36A 2QWEA 3ZXJA 4X49A 4HZVA 4CPYA 5GLUA 4Y1YA 2VWDA 4CPOA 2DV9A 2V5YA 2BERA 2ZB6A 3ZXEA 2OUJA 4XJZA 2EF6A 5EWSA 1LHUA 4Z8BA 1VAMA 2A5ZA 3QLQA 1UPSA 3AP9A 1HLCA 3ZYPA 1A4GA 4FJ6A 4GDJA 5H9PA 2OVUA 1Z78A 4WA4A 5T5PA 3WG1A 3FUOA 5AVAA 3UJOA 2UWCA 1N3PA 3H0OA 1JYIA 4ATEA 1APNA 2VH9A 3ZXKA 4XILA 2CWSA 3TI8A 1Q8VA 4FQ4A 4WZFA 4QN5A 1LOCA 4YW5A 1IKQA 2C5DA 2ZZJA 1LHNA 1LOAA 3ALWA 2AGSA 1KDMA 2A3XA 3AJYA 2ZABA 3M1HA 1USRA 3SANA 4KBBA 1LHVA 2D6OX 1QDOA 2WT0A 3ZSJA 4XJRA 4DS0A 4AGRA 1W6OA 2G4IA 1WW6A 4B7QA 2DTYA 4H52A 2GN3A 5GLTA 1G9DA 3IKWA 1V6NA 4I00A 1HDKA 2EXHA 4YLZA 1AX1A 4CTEA 4XTMA 2F25A 3AYDA 1Z4XA 5H9SA 4MJUA 1UN1A 1S1AA 5H9QA 3BEQA 3WV6A 2JE9A 4FOVA 4YG3A 2HTQA 4J9TA 5HCFA 2C4AA 5IK7A 2W68A 5L73A 1UMZA 3AP7A 5CNAA 1CPMA 4FOWA 3FFZA 4YW4A 4R9DA 5DUXA 3WHUA 1W21A 1HKDA 4QN3A 1V6MA 3ZSMA 5GZEA 1G9BA 2FMDA 1SLTA 2ERFA 1LTEA 1FYUA 1RITA 2E51A 1W8OA 1V0ZA 1VIWB 4XBLA 2XCYA 4MWXA 2YZ4A 1Q56A 3OJBA 4PBOA 3K39A 3WG4A 1MS8A 4ZXKA 2FHRA 4HIZA 1F8CA 1IVCA 2CMLA 4FP2A 1MWEA 1LEMA 1Z4VA 4QNPA 4U36A 4HZYA 4Y20A 1R1ZA 2QWGA 2WQZC 2JECA 1ULEA 2EAKA 2A6WA 1V3BA 2B7YA 4PQ9A 3NV3A 1DBNA 4XTPA 5DG1A 3POYA 4FPYA 1CVNA 1DIWA 5JVVA 1BKZA 2HU4A 3V0BA 4GALA 1BYHA 2R0HA 2VU9A 1AJOA 3W09A 5KXBA 2YDTA 1CQ9A 2EALA 4XZPA 4FPCA 3NV2A 4CPNA 4P14A 4M4UA 1VLNA 4GEZA 1NCCN 4KS4A 3D11A 2C9AA 5GZGA 1BXHA 2WJSA 1MS1A 2A7AA 4XBNA 2D3SA 1YI7A 3WCRA 1MR5A 1QDCA 2SBAA 4Y24A 1SFYA 4M3CF 5JOXA 1DQ5A 3SLIA 3WVJA 3PMEA 5GM0A 2BQPA 3OBTA 3ENRA 4KS3A 2JE7A 1ENSA 2GN7A 1LGBA 4WEFA 4Y1VA 1N47A 4NOTA 2NM1A 4XJ8A 4HL0A 2AEPA 1GV9A 3M3EA 1DQ0A 3OYWB 4LBMA 1CN1A 2HYKA 1SLBA 2A71A 5E8AA 4CRQA 1AXKA 2F11A 5BYNA 4X4AA 2GMEA 2DVBA 1Q8SA 1S0GA 3WDUA 2R49A 1V6OA 2F28A 3TB0A 4M4VA 4GDIA 2WNEA 2GNDA 2RHPA 1V6JA 1LODA 4Q2FA 1IS3A 3T2TA 2VW1A 1W8NA 3WDVA 2VUAA 4R9CA 4XJ9A 3NN9A 4UF7A 3V0AB 1A4QA 2W08A 2YMZA 3LSEA 4AVVA 4BMEA 2W52A 2YA5A 2HTVA 1KJLA 3HR9A 4XXAA 1ULGA 1LULA 1NCDN 1ULDA 2W39A 1N1YA 3JUUA 3A0NA 4YZ2A 4M4NA 2PHXA 5T5LA 2F10A 3V64A 4ITCA 1WUVA 5E88A 3PVEA 4B7JA 1LHOA 4GWNA 3B9CA 1W6QB 3ZPYA 2ZMKA 4L8QA 1INGA 3UL2A 1JW6A 2VY0A 4FVKA 1INFA 3RG0A 1QOSA 1LOFA 2D6MA 3ZXLA 5HUKA 4YZ1A 2LALA 1W20A 1SCRA 2CTVA 2CY6A 3D5OA 1FATA 2TEPA 3IMNA 3N7JA 4XHXA 4XBQA 2ZBJA 1KRIA 1DIMA 7NN9A 5JDBA 2NN8A 1G8WA 5H9RA 4OZXA 4NO4A 3GALA 3AZVA 3ZSKA 4GZXA 1W0PA 1QOOA 2VVZA 1GLHA 4QN4A 3B7EA 2DVDA 3AZWA 2AUYA 5JOYA 4LBJA 4DQAA 3TI6A 3FLPA 3INBA 1U0AA 2E6VA 3AYAA 2NMOA 4K1IA 2YROA 5GLWA 1CPNA 2WT2A 3DUIA 2E53A 2YA8A 3USUB 2BF6A 1Z0HA 1DLLA 1GKBA 1V3EA 1A8DA 1C1FA 1TEIA 1PZ7A 1S0EA 3OY8A 1Y7BA 1QU0A 5E89A 1GICA 4X47A 1D0HA 3D4KA 1QKQA 1MS4A 3WDTA 1XQNA 3LSDA 1F8EA 3VUOA 1E8UA 4FZHA 2ARXA 4XJWA 1UX6A 2AENA 5IK5A 1LU2A 1MVQA 5LK5A 5T5JA 1HQWA 5CB7A 4GZTA 1AZDA 5CA6A 2D6LX 1GBGA 2DU1A 5HCBA 4MC7A 4DRVA 1LJ7A 3SNMA 3POWA 1IS5A 1B9TA 3M3QA 3IPVA 2Z42A 2NP0A 4GB1A 3I8TA 2RKCA 4JF7A 3W58A 1SLAA 3W59A 2XZKA 5JOWA 4YG6A 5T54A 4MWUA 4HZWA 1V3DA 5SV8A 1IKPA 4UW4A 1N3OA 3T1LA 4XOGA 3TICA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RJ7A 4H53A 1DZTA 2BP6A 1Q7FA 4BPZA 1BLZA 1RC6A 4NR1A 3OYWA 3VZJA 1FOD1 2P3IA 2YC0A 4Y4YA 4B1MA 1V04A 4LLFA 2K9ZA 2DFCA 2ZGKA 4ISRA 3HQRA 1WLWA 4YM2A 3I1CA 4OFGA 2WUHA 4W6YA 5DZEA 4X8NA 5A7WB 1UKGA 4D94A 1D4M1 4P5HA 3H7YA 5DG2A 2R30A 4AFBA 1RB8G 1ENRA 1NMAN 2GALA 5GZCA 2GMMA 1ND2C 4Q4Y1 4O5TA 2R041 4L0PA 5F5IA 5LBFA 4IN4A 1UF2C 5C70A 4C1YA 3VBRA 2P3JA 4XFFA 4ZLRA 4IGOA 4QQPA 1DIMA 4A7YA 3M3OA 1VB2A 1W6NB 4QDQA 4ZS2A 4X6KA 1HN0A 4LBNA 5FP9A 3ALXA 5FR3A 1BMV2 4Q0VA 3O9KA 2XJSA 2GNMA 3R05A 1EV13 6NN9A 2ES3A 2JWPA 5ABJB 3I3EA 3TIBA 1XNBA 1UL9A 5BNNC 1PGSA 4I01A 2CNAA 5A7SA 1NMBN 4MG2A 1US2A 1ZA4A 5D9CA 5FY7A 1PK6A 2ET1A 3T2QA 5B4NA 2VZSA 2VXRA 3ZGDA 1EAH1 5AC92 4BQ3A 2HBTA 1BHGA 1RUH1 2JE8A 2PHDA 3HN3A 4JV4A 4OULA 1W6MA 5KHIA 3AL5A 2WAAA 4CCCA 1GFF2 4D7YA 4DXRA 5DUUA 1REEA 1S0BA 3WNPA 1QEXA 4QXHA 2ZMLA 3GM8A 5EYYA 2HWC2 4MWVA 1HXS2 3CJXA 2Z2SB 2QWCA 4QM8A 2D3PA 2ZX0A 3N9OA 5FUPA 4JQRA 3OBAA 5GLZA 1RTVA 4GNBA 4Q4V3 2YFUA 1PZ9A 1ULCA 1XNTA 3MW2A 3NO0A 5H47A 2JKXA 3T4HB 3B3QE 4WVVA 4BMBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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