4XJAA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 5-acetamido-2,3-difluoro-3-hydroxy-6-[1,2,3-trihydroxypropyl]oxane-2-carboxylic acid
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
molecule keywords Sialidase B
total genus 196
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xjaA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xjaA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xjaA02
1EPWA 1Z4YA 1N3OA 1V0FA 1S0DA 4GB1A 4C1XA 1YXWA 1VAMA 1LGCA 1JXNA 3AJZA 1KDKA 1GSLA 4YGCA 2UU8A 4GALA 1V6JA 3WZ1A 1DYPA 2DVGA 3ZSJA 2NP0A 5DG1A 1V6LA 4Z8BA 5DXDA 2C4AA 1KDMA 3PJQA 4Y20B 3GVLA 2GNMA 3AYAA 3N7LA 3OBRA 4YGBA 1INHA 2EXIA 5E89A 1FNZA 2R0HA 2VK7A 3WCRA 1V6IA 4P9XA 4AVVA 1F8DA 2JJ6A 4XJZA 4UW6A 4DS0A 4X49A 4H53A 1W8OA 4JRAA 3OYWA 2CMLA 2HT8A 2VY0A 2F0ZA 3WDWA 1HQLA 4K1IA 1UMZA 2CY6A 1AZDA 1LODA 2AH2A 4Y22B 4HANA 1GZWA 4JCKA 2ZB6A 5GZGA 2D7FA 1LU2A 3VKLA 4MYEA 3TIAA 1UKGA 3ALXA 1A4QA 1GKBA 1DIMA 1WBFA 1F31A 1MS5A 1SBFA 3ZPYA 5E88A 2HTQA 4BOWA 4UW3A 3NWKA 4Q6KA 1G86A 2RHPA 4K1KA 2P2KA 1W6PA 1G9DA 4M3CF 2ZGNA 1WD3A 2AR6A 3INBA 4Q27A 1QNWA 1V00A 1JW6A 1MS3A 4MC7A 3TI8A 1FX5A 1AXKA 4X6KA 3O9KA 4LBLA 3OY8A 1W6QB 3AZZA 4QN7A 1EUTA 4YM1A 1JYCA 4UF7A 2OW4A 3M3EA 4JC1A 2HT5A 1KQRA 1V3DA 3CL2A 4AVTA 4FPCA 1W20A 5HUGA 3SILA 2YZ4A 1SBEA 1Q8QA 1WLCA 4PBPA 3NN9A 2YDTA 2DTWA 1CQ9A 5HUKA 4RA0A 1EURA 2A6XA 1IVFA 5DG2A 2DYCA 2AEPA 3V0BB 2R49A 4Q8LA 2ES3A 4MWUA 1JUIA 2DUPA 1LOEA 4R9DA 2DVBA 3SLIA 3WVJA 2A71A 5DUXA 2D3SA 2W39A 4XJ9A 4U36A 4HZZA 5DZEA 3TAYA 1AX1A 1W6NA 1SACA 3NV4A 2CWMA 1BQPA 4MX0A 2P34A 3N7MA 2CNAA 2WKKA 4DPNA 1W0OA 4FP3A 2CWSA 5EYXA 3AK0A 1LULA 4IQPA 5GM0A 1V0EA 4MWVA 3FLPA 4NN9A 1XOEA 2QWGA 2SIMA 3USUB 5JYYA 4MWQA 2A75A 1USXA 4MWRA 4YGEA 1ONAA 5GLTA 4K3YA 4QNPA 4XJUA 1PZ7A 5HUNA 1BKZA 2DU1A 2OUHA 2GMPA 1IS4A 1CN1A 1NN2A 2GNBA 1Y7BA 3K38A 3PVNA 2WT0A 2BATA 3QCWA 3GNEA 1SLBA 2QWIA 5H9SA 1GANA 5T5LA 4XHXA 4XMAA 1MS9A 2JD4A 2UWCA 1Z4ZA 1H30A 2ZGMA 1I1EA 4NC5A 4XILA 1JHNA 3VKFC 1OKQA 2D6KA 4KS4A 3HR9A 3TI4A 1ULGA 2PHUA 2VU9A 1RIRA 4X47A 1AJKA 2UWBA 4QN6A 2VWDA 1N3QA 4XZPA 4BQ1A 1S0CA 3JU4A 4FOWA 3ZSKA 3N3HA 2GMMA 2WQZC 4GEZA 5HCBA 3AX4A 1U0AA 1USRA 3POWA 4MWXA 2HT7A 4MZAA 2ERFA 3N35A 2A7AA 1MZ6A 2R0FA 2HYKA 1W8NA 2ZHNA 3IN9A 2F29A 2E6VA 1NMCA 1SBDA 2OVUA 1V6MA 1IKQA 1LU1A 2NYYA 5T5PA 3IPVB 2YA4A 1S0JA 4B7NA 1LGBA 1W1XA 4K21A 1S1AA 3B7EA 4ATFA 3CKZA 2R1BA 1UPSA 1HLCA 1MWEA 3ZXFA 4BMEA 1SLAA 3AXDA 1QGLA 3V65A 4FJ6A 3A0KA 1YIFA 5DUWA 4FPJA 4R9AA 1J1TA 5AVAA 2P37A 2ARBA 4GWNA 4YW5A 4OZXA 1V2IA 1LTEA 5EXOA 1KITA 4M3CA 4ISQA 1VCUA 2YDPA 4AGRA 2ZAAA 1CJPA 3B00A 3W09A 4B7QA 1SLCA 5JOWA 2ZMKA 4PCRA 7NN9A 4ZKTB 2P3IA 2QWBA 4FPEA 3WNXA 1W21A 2GALA 3POSA 3WHTA 1LGNA 4FOYA 1Z0HA 5NN9A 3UK9A 3RRDA 1MS8A 4B7JA 3JU9A 1W6OB 3AFKA 1YI7A 4MJUA 4NCSA 3OGGA 4HIZA 5M1ZA 3ZSMA 4FP2A 4Y1XA 1LEDA 5HCFA 2AEQA 1DFQA 2ZGSA 4GKYA 2HTRA 3MEPA 3AXEA 3D5OA 4MJVA 2VW1A 1AXZA 4HL0A 5GLZA 3AJYA 4CTEA 1SLIA 2FHRA 1LENA 4I30A 1ENQA 1QF3A 3ZSLA 2HTVA 1C57A 1ENSA 4XXAA 5GZCA 3FLTA 1GZCA 3WG1A 2XG3A 3D12A 4Y22A 1GNZA 3KM5A 2DVFA 1DILA 2YXSA 1ZM1A 5SV8A 2HTYA 1UX6A 4QN5A 1Z4WA 3BOPA 3VKMA 3T1LA 3ZXEA 1DQ2A 4RL7A 1V6OA 5IUQA 4XBNA 1B09A 3Q9OA 2JECA 1ENRA 1IS6A 1LHNA 2YA7A 1WW5A 5IK7A 1QNYA 1IS3A 3W59A 2AGSA 4Q1PA 1NLSA 2W38A 5JLVA 4DRVA 2A3WA 4GZTA 3ILFA 1INXA 2ZB5A 4XXPA 2H0BA 1W6QA 4AGGA 4XOGA 2KM2A 1MS1A 2C5DA 2E7QA 1NNAA 3B01A 3HN1A 1F5FA 3M2MA 4KS5A 3TI3A 2F26A 4HZVA 3B9CA 3VV1A 2R16A 2B7YA 2RKCA 4XMIA 2YA6A 4LBNA 1YYNA 5H9QA 2PHFA 3A72A 3O0WA 1NNCA 3DGTA 1LEMA 1FATA 4GDJA 2ARXA 3AZWA 3RSJA 3LSEA 4GDIA 4LBQB 3V0BA 4GKXA 3RG0A 4WEFA 1X50A 4XJWA 5B2CA 4LBOA 1FV3A 2ZGLA 3AP6A 5L73A 4XTMA 2A3XA 1IVEA 4CPZA 1NCBN 1XOGA 2A6VA 4XDQA 5H9RA 3T1MA 1AF9A 4FPGA 4YG0A 4BBWA 4QN3A 2BQPA 2NZ9A 4BLJA 2Q5TA 1INGA 2V5YA 2ZBJA 3VKNA 5IT6A 2WT2A 3D6EA 4ASMB 2D6PA 4YM3A 1GZWB 5JMCA 1MS0A 2DV9A 1QMJA 5GJ6A 3ZXJA 1DBNA 3V0AB 2AREA 1G9FA 3B3QE 4D8SA 3NSSA 1LJ7A 3RQ0A 3ILRA 2V73A 4YZ5A 1F9KA 5FREA 4YZ3A 2EXJA 1WW7A 1WUVA 2P3KA 5BYNA 4WA5A 1N1VA 3V64A 5JOYA 4H52A 3SANA 3H72A 4WV8A 1FAYA 4M01A 4M3MA 1URXA 3GALA 1A78A 3O0XA 4Q2FA 1MVQA 3INAA 4YW4A 4CPOA 3NV1A 1W6PB 2D6OX 1SLLA 2G4IA 2SBAA 3SITA 4AVSA 2CL2A 1GLHA 3ILNA 5CB7A 5IK8A 3R4UA 2NN8A 1YO8A 1E8TA 1PZ8A 1DQ4A 1LHOA 1NSCA 5JOXA 1HQWA 3AYDA 1QKQA 3R05A 1L7GA 1Q8PA 3WDUA 1H9PA 2F10A 2PELA 5GLUA 2ZGKA 3AZXA 1NMBN 4M4NA 4LBJA 2YA5A 2GNDA 4ZXKA 1KJLA 1V0ZA 1Z4XA 4GJTA 4M3CE 4Y24A 2PHTA 2QWCA 1RITA 2W20A 1IS5A 3H71A 2HTWA 3RS6A 1FNYA 5CAZA 4FOVA 2WJSA 4GA9A 1B9SA 3W58A 2VK5A 4FZHA 2BZDA 4XJQA 1GYKA 2ZABA 4GZXA 1GV9A 1V3EA 3BODA 2LALA 5DUUA 4GZSA 1UL9A 1VAVA 2JE9A 4MZEA 3R4SA 3SALA 1DHKB 2XCYA 4LBQD 5KXDA 3AZVA 3WCSA 1GBGA 2ZA9A 4GZOA 4K20A 2XB6C 1INFA 4CZSA 2WSUA 2FMDA 1XQNA 1VIWB 1Z4VA 3A4UA 2EALA 1Z78A 5CBLA 1NCCN 5T54A 1HDKA 3ALWA 3FFZA 4M00A 3WDYA 1WW4A 4J9TA 1E8VA 4YFWA 3UJOA 2ZGRA 2F13A 1V3BA 3TICA 4U2AA 3B69A 3N7KA 4KBBA 1CIWA 2VUAA 2W5OA 3ENRA 4H55A 4XYXA 1CPMA 1OQ1A 4NO4A 5IK4A 2YROA 5DZGA 4DRRA 5JDBA 4FQ4A 1W6MA 2SILA 2XZKA 1WBLA 4Q26A 5GZDA 1N1TA 4CPMA 4I00A 1D2SA 1LHWA 3O5SA 4CPNA 2NMNA 3H73A 4KS1A 2A6ZA 2W08A 3ZYPA 1E8UA 4XIKA 1DYKA 1DGLA 1A3KA 2ZHMA 3NV2A 2GNTA 1LOGA 2D3RA 3IM0A 3SH3A 1QDOA 4YM2A 1C1FA 4P9WA 1ULDA 4CPYA 3HMYA 1IVCA 5HX0A 5EWSA 2LTNA 1SFYA 3WDTA 3OJBA 4GWMA 5T5JA 4X4AA 1AX0A 1C4RA 4KS2A 2UURA 2ZKNA 4P9YA 2D3PA 1FV2A 2VW0A 1LHUA 3JUUA 4DFSA 5H9PA 1JBCA 2B8HA 2A5ZA 1UZZA 2DVDA 1LCLA 4Y20A 2EXHA 3WOGA 1V6KA 1WW6A 4SLIA 3AYEA 3WDVA 2WT1A 3ZXKA 3UL2A 3BTAA 1MACA 1BJIA 2GDFA 1DQ5A 1TEIA 1DQ0A 2ZMLA 2F28A 4XE9A 2ZHKA 1NCDN 1UN1A 3LCPA 4WVWA 4YG3A 1DZQA 2BF6A 1S0BA 3M3QA 1INYA 3K36A 3TI5A 2DUOA 1EUUA 3K39A 5GLWA 2DU0A 1RINA 5EYYA 5GALA 3CYEA 1ZA4A 1QU0A 1V6NA 3FLRA 4AGVA 1QOSA 5DUVA 1Q8VA 1F8EA 2YA8A 1CVNA 3H0OA 1JN2P 4TZDA 2PHRA 2YV8A 1WCQA 2ZGOA 2HU0A 1Q8SA 1FYUA 1QDCA 4HZYA 2QWEA 4F83A 3A0NA 4M3CB 2DTYA 4WVVA 3GVKA 1CR7A 2WLQA 5T5OA 4B7RA 2D6NA 1OFSA 1SNTA 5DZFA 3WV6A 2NM1A 4WEGA 1NSBA 3T1EA 4FPFA 3MW3A 5KXEA 5F9TA 2VH9A 3TIBA 2DWRA 4LBQA 3BEQA 4K1HA 1WD4A 2GMEA 1DIWA 4K1JA 4XJRA 2X9MA 5HCAA 1ULFA 1L7FA 3SH4A 3PVOA 1N1YA 2WSVA 6NN9A 4ISRA 2QWFA 1ULEA 2PHWA 5GLVA 1SO7A 2F11A 4Y26A 2YMZA 2ZGQA 1EUSA 1LECA 1IKPA 1Z50A 3WUCA 5JVVA 4JF7A 3O0VA 1DLLA 1N47A 3POYA 4MWYA 1IVBA 2F12A 1DQ1A 5F5QA 3NV3A 3ZVXA 1KJRA 3WHUA 1A4GA 3V0AA 3O9JA 4YW3A 4FPKA 1IVDA 2VVZA 2E51A 4MWJA 4PF5A 2WNEA 1VALA 4Y1YA 4M4UA 1N3PA 2W68A 4FPLA 2F24A 3TB0A 1G9CA 4HZWA 2A70A 1S0IA 4W65A 2F27A 1GNHA 1MS4A 1NCAN 2CTVA 3T2TA 5CA6A 4FPOB 3U4XA 4YW2A 2VXRA 4GXLA 4YG6A 3AP7A 4CPLA 3N36A 2TEPA 3KQRA 4GZQA 4ATEA 2C9AA 3OYWB 2DUQA 1BXHA 1L7HA 3ASIA 4C1WA 2E53A 3H6JA 3WG4A 1G9BA 3WUDA 2ZHLA 3RMXA 4XBLA 3USUA 2AUYA 3OBTA 1AVBA 5CNAA 2W5NA 5T52A 3VUOA 2VW2A 5IK5A 4YZ2A 1O4YA 3BIWE 1KRIA 2GN3A 2XZIA 2AENA 1I3HA 1S0GA 2CYFA 3MW4A 3AP4A 1SLTA 1LOAA 5KXCA 1LOFA 1QOTA 2P3JA 3VKOA 1CPNA 5GZEA 1YRZA 3WLUA 4FPYA 2EF6A 2ENRA 1R1ZA 1LOFC 1GZ9A 2A6YA 1UAIA 4Q1RA 3OY8B 4XTPA 1INVA 2BERA 5T50A 3MPPG 3DUIA 5FRAA 1LOBA 3OPZA 1V3CA 4FVVA 2QWKA 3ZXLA 5LK5A 2OUJA 4YGDA 4B7MA 2I2SA 4Y1UA 1F8CA 2ZACA 4R9BA 4FOQA 4L8QA 1BYHA 2D44A 3I4IA 2D43A 1GICA 1CESA 4R9CA 3ATGA 3L2YA 2NMOA 1BJQA 4DQAA 1QOOA 2D6MA 1S0FA 4UW4A 1SCSA 1AJOA 1ULCA 4DGRA 3O12A 2W52A 3IKWA 1NXD1 3IMNA 3M3CA 2JE7A 2JDZA 1JYIA 2JKBA 3IPVA 4Q8KA 4XJAA 1B9VA 1MVEA 1A14N 1DQ6A 3K3AA 4NOTA 1Q56A 4CRQA 4YW1A 3ZYRA 3SH5A 2PHXA 2A6WA 1W6NB 4FQZA 2QWJA 3FBYA 4WA4A 4XJ8A 4LBMA 2QWHA 1APNA 1JOJA 3SNMA 3PVEA 4WZFA 4WA3A 4QN4A 4MWWA 1INWA 4Y1ZA 1WLDA 3CNAA 4TYSA 2F25A 1IOAA 3N7JA 2EIGA 2AYHA 3D4KA 1MZ5A 1WLWA 4PBOA 1O4ZA 4PQ9A 2ZGUA 4YM0A 2D6LX 2XZJA 1F8BA 3GVJA 3LSDA 5B2DA 1C1LA 1G8WA 2A3YA 4BLIA 1LESA 4K1ZA 2VSMA 1NNBA 2DVAA 4FPHA 5JOZA 4FVKA 3K37A 1MR5A 4KS3A 1PZ9A 1CONA 1D0HA 3D11A 1N1SA 1LOCA 1G7YA 1G9AA 1W6OA 3APBA 3FUOA 1B9TA 3SISA 5T55A 4YLZA 3C2UA 1W0PA 4MWLA 1VCJA 1AX2A 3WDXA 2EXKA 1AXYA 3TI6A 1S0EA 4XIOA 4AWDA 4XBQA 2Z42A 2ZGTA 2ZGPA 4M4VA 1HKDA 3I8TA 2ZMNA 1IVGA 3UJQA 1H9WA 4BM8A 1NSDA 3AZYA 3PMEA 4YZ4A 4YZ1A 1VLNA 2GN7A 1WCSA 1A8DA 2EAKA 4XHBA 2QWAA 2VSKA 2HTUA 4BPZA 3QLQA 2VK6A 5HUMA 2E7TA 4D69A 3M1HA 2DURA 1BZWA 4BMBA 1NMAN 4LBKA 3WG3A 3M3OA 3A71A 3AP5A 2YY1A 3AP9A 4ITCA 4YFZA 1LHVA 2C4LA 1SCRA 3CL0A 4K1YA 1W6MB 4GZPA 4P14A 2R1DA 4GZWA 2UWAA 5GZFA 3WG2A 1Q8OA 4AYUA 5KXBA 3AYCA 2QWDA 3RMYA 4UW5A 2HU4A 1UZYA 5E8AA 3FUQA 2ZZJA 4Y1VA 3MW2A 4HZXA 2SLIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HV1A 1EAH2 1EPWA 3O1OA 4PI0A 3I2HA 1N3OA 1Z4YA 2RS13 3K4DA 1PM7A 1VRH3 1V0FA 3WQ7A 1S0DA 1VBC3 4Q1UA 3CJIB 3VBSB 2RS33 2W47A 4GB1A 2EIDA 4C1XA 1YXWA 2FQPA 4HK8A 2WS93 5C8CC 5F7UA 4HSJA 1VAMA 1IPKA 1ZYBA 4HXCA 1LGCA 2ZKLA 4UBGA 4BXFA 1JXNA 4CDUB 3AJZA 1UY3A 4IE5A 2WNUC 1KDKA 2WA4A 1GSLA 4YGCA 3RJRA 2BPA2 2UU8A 4GALA 3KT1A 1HB2A 1V6JA 3IDEA 4JDMA 1GQGA 1KS5A 3NRUA 2Y6KA 5FBZA 4CP2A 4B4QA 1ODMA 3WINE 4Z2WA 4LA2A 2VUCA 4UFLA 3WZ1A 1DYPA 1XE0A 2DVGA 1Y43B 2Q0AA 4P02B 2XOMA 1X8MA 4LLFA 4LKEA 3ZSJA 4BWOA 3EB7A 2NP0A 3JZVA 4MADA 5J7MA 5DG1A 2WZ8A 1H0BA 4IEYA 3ELNA 1V6LA 4Z8BA 4HBNA 1XYNA 5DXDA 2JDPA 3AMPA 2HEWF 2C4AA 1KDMA 3KF3A 4XMBA 2WYFA 3USSA 1OT5A 4AL9A 3PJQA 2FDKA 4Y20B 3Q6TA 3GVLA 2GNMA 5IVBA 5FJHA 2DCKA 3AYAA 3N7LA 3OBRA 4YGBA 3I2OA 1INHA 2EXIA 3I2GA 2EICA 4X8NA 5E89A 4LHLA 4AOCA 5AFBA 1FNZA 2QE8A 4BIOA 3VL9A 5FZIA 2FD8A 5FLIA 2DBNA 1QJY2 4ASLA 3FHQA 1FI2A 5C5TA 4WM8B 2R0HA 3VD4A 2XN4A 4IYGA 4MX3A 4BZ4A 4NIDA 2VK7A 1ASJ3 2ET7A 1RJ7A 5C3SA 5FYSA 3WCRA 1V6IA 4P9XA 4YWAA 5F39A 5BUVA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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