4XJAA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 5-acetamido-2,3-difluoro-3-hydroxy-6-[1,2,3-trihydroxypropyl]oxane-2-carboxylic acid
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
total genus 196
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xjaA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xjaA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xjaA02
3ZXEA 1N3OA 2KM2A 3ZYPA 1WW5A 4R9DA 4XBLA 2VU9A 1A3KA 1FV2A 1V6KA 5GLVA 2GALA 2NMNA 1ULGA 4CTEA 5DZFA 4X49A 1MS8A 2D6LX 3ILRA 1F8BA 4XTMA 3OBTA 2P2KA 2OVUA 5T52A 3CYEA 4B7QA 2F25A 3R4SA 1KQRA 5H9PA 4FPOB 4F83A 2G4IA 1MWEA 4K1HA 4FPCA 4LBKA 5IK7A 3ATGA 2VSMA 1FYUA 3M3QA 3MW4A 1V3BA 2XCYA 5EYXA 4MZAA 5IK5A 5GLUA 1FX5A 1AJKA 1V6MA 4FPGA 1GZ9A 3VKOA 3ENRA 4K1KA 2GN7A 2GMMA 3AX4A 3GALA 5FRAA 1N1VA 3K3AA 1Z4XA 3Q9OA 3RSJA 1ENRA 4YZ2A 5EXOA 4UW4A 2EF6A 3QLQA 1J1TA 4LBQD 4YM3A 3AXEA 4FPKA 1SLLA 4Y1VA 5HUNA 3KQRA 1ULDA 3IPVA 2E7TA 4MWWA 3N7LA 3FLPA 4X6KA 1NMAN 1JW6A 2ES3A 1LHNA 5IK8A 1W20A 1KDMA 4MWVA 2CL2A 2TEPA 3A72A 3WHUA 2DU0A 1GZWB 2DUQA 1IVEA 2D3RA 1DZQA 1INYA 1LECA 1TEIA 1INVA 3VUOA 3PMEA 3SLIA 2HTYA 1A14N 3I8TA 5DG1A 3WDWA 2VK6A 2QWKA 2WT0A 5GM0A 1HDKA 2CYFA 2YZ4A 4CRQA 1UL9A 4FQ4A 5T5PA 1O4YA 5EWSA 2C4LA 2EXIA 2YMZA 4DPNA 3USUB 3NV4A 3RMXA 1QKQA 2ZGQA 1NXD1 2HU4A 4FP2A 5DXDA 2VW1A 2D6NA 3DGTA 3VKLA 2DTWA 4KBBA 1WBLA 1LEDA 5NN9A 1LENA 2R16A 2NP0A 3B9CA 3AZWA 1S0JA 1AX0A 3CKZA 4U36A 3AP9A 1F8CA 2JE9A 3ALWA 2EIGA 1YO8A 1SACA 2D43A 4MWLA 5E8AA 5KXEA 4JCKA 1HQLA 1W6OB 5T5JA 1G86A 3H71A 2B7YA 2ZGMA 1F31A 2JKBA 1S0BA 4XJUA 2HT7A 2JECA 4MWYA 3V0BA 1QNYA 1QU0A 3WG2A 3N35A 2BATA 3ZYRA 1LU2A 5JLVA 1GNZA 1CONA 3NWKA 1LTEA 1EUSA 3D12A 1YI7A 4MWXA 2AGSA 4FJ6A 4XMIA 4MWRA 3SH3A 1FNZA 1NLSA 3V0AB 4BLIA 3AP7A 1V3EA 1MS1A 3UJOA 3BIWE 2VUAA 2NMOA 5GJ6A 2LALA 2PELA 3LSDA 3FLTA 4YM1A 4DGRA 2YA6A 1NNBA 1DFQA 3USUA 2HU0A 1XQNA 4FPYA 3W58A 3INBA 1ZA4A 2F24A 2XG3A 3O0WA 1N1YA 4YGCA 4M3MA 3ZSJA 4Q1RA 1H9PA 5KXCA 1WD3A 2A5ZA 2FMDA 3VKMA 4YZ5A 3H6JA 1V6JA 4XJQA 2DTYA 1DYKA 3MEPA 2GNTA 2GNMA 3FUOA 4AGGA 4KS3A 3OGGA 4FVVA 1BKZA 3TI4A 3WCRA 1W6OA 4CPOA 1HQWA 3WHTA 2QWEA 1DQ1A 2UWCA 2YDTA 3ZPYA 4KS5A 3BOPA 3M3CA 2QWIA 4LBLA 4RA0A 4YFZA 3SALA 2CWMA 1QGLA 1FATA 2F12A 3GVKA 1NNAA 5DZGA 3I4IA 2ZGPA 4AWDA 3SH5A 1LESA 1DBNA 4AVVA 1YYNA 3V0AA 2A6YA 1O4ZA 4XXPA 3AP6A 4XMAA 4K1JA 5IK4A 1SLAA 3POSA 3AJZA 2CTVA 5IT6A 2AREA 4M3CE 2R49A 1AF9A 2PHXA 4XJ9A 2QWFA 1QMJA 1G9FA 3BTAA 1Z4VA 3ZXJA 3ASIA 1MS3A 5DUWA 1UMZA 1AVBA 4GKXA 2F13A 1H9WA 2BZDA 4Y20B 1L7HA 4PF5A 1F8DA 1SLTA 4JC1A 2HTQA 1V0FA 2ZHLA 3O12A 1G9BA 3N3HA 3WUCA 2EXKA 4GJTA 1DQ0A 1QOOA 1DIWA 4NC5A 5HUMA 4FPLA 4BMEA 5HUGA 1C1LA 4B7MA 2XB6C 3OYWA 3SILA 2QWDA 3AZXA 4XBQA 1N1TA 2CMLA 1ENQA 1W6QB 1PZ9A 1Z0HA 3K39A 4HIZA 3T1MA 3POYA 2BF6A 1GLHA 5GLWA 1GANA 1LHWA 3U4XA 1APNA 1ONAA 2AR6A 3T2TA 2HTVA 1A4QA 2PHRA 2AYHA 1WW6A 3NN9A 2A3XA 4LBQB 4FPEA 2DURA 2QWCA 1Q8VA 2UWBA 3RMYA 1L7GA 4Q8LA 2JD4A 5JMCA 3IM0A 1S0GA 1SLIA 1I1EA 3AFKA 4K3YA 2F27A 1LOFA 4AVTA 2HTRA 4HZVA 2DUPA 3W59A 3NV1A 5T5LA 1Z4YA 3SANA 5H9QA 1BJQA 2DV9A 5DUVA 3AJYA 2ZGNA 3WDVA 1CJPA 2P34A 2ZHNA 2A6WA 3B01A 4M4UA 2VW2A 1UN1A 2HT5A 4Y20A 1SO7A 3QCWA 1LGCA 1NCCN 4YW5A 2I2SA 5E89A 2JDZA 4P9XA 4PQ9A 3WG3A 3CNAA 3TIAA 2PHUA 1C57A 4XILA 1SBDA 1YRZA 4GZOA 5GZFA 1S0EA 4Q8KA 4WEFA 4MX0A 4MWQA 2WT1A 4WA5A 1WLCA 4XHBA 2ZB5A 1Y7BA 1LHOA 2CY6A 1V2IA 4XYXA 2E53A 3APBA 3UL2A 1W6QA 5CNAA 2BERA 2D3SA 1Z78A 1INHA 4HZYA 4R9AA 2R0FA 3R05A 1EUTA 1NCDN 1MVQA 1BQPA 1LOCA 1JHNA 1IVDA 2AEQA 1NCAN 3O9JA 3TI8A 1LGNA 1C1FA 2E51A 4LBQA 5IUQA 1JYIA 3NSSA 1W8NA 5H9RA 3ILNA 4JRAA 4GWNA 3WDUA 1IVBA 4YW3A 4XTPA 4FPFA 2YDPA 3POWA 3B7EA 3T1EA 2QWBA 4XJAA 2A3WA 4YGDA 1UKGA 3LSEA 1AXKA 1VAMA 1MS4A 4XJ8A 2C9AA 2D6KA 2F29A 1GZCA 4H52A 1FV3A 5F9TA 3TIBA 1D0HA 3IN9A 1V0EA 3UK9A 1RINA 1LODA 4K1ZA 4YZ4A 1IVGA 4WA3A 3WOGA 1A4GA 3JU9A 2H0BA 3N7MA 3WVJA 1IS5A 1DILA 1BJIA 2R1BA 1VCJA 3O0VA 2SBAA 1MS9A 1SLBA 2A6ZA 3GNEA 1QF3A 2A3YA 1NCBN 5GLTA 1S0DA 1UAIA 3WNXA 4XBNA 2A70A 3JU4A 3R4UA 2YV8A 1XOEA 1E8VA 4MJVA 4BPZA 4YGEA 3K36A 4DRVA 4DQAA 1W6MB 5HUKA 1JUIA 3D11A 2Z42A 3B3QE 3ZXKA 2F28A 2PHWA 1ULCA 1V6IA 4QN4A 2OUHA 4Q6KA 4TZDA 1B9VA 1JBCA 1R1ZA 3V64A 3GVLA 2YA5A 4K1YA 3OPZA 1ZM1A 4FOVA 4PBOA 1GZWA 5CB7A 1SBFA 2ZBJA 2D6PA 4GDJA 5DUXA 1CR7A 1WLDA 2W38A 4PCRA 1LOAA 4XE9A 1Q8QA 3A4UA 4TYSA 3M3OA 3GVJA 5T50A 2A7AA 2PHFA 3KM5A 1SCRA 3WLUA 5JYYA 2XZIA 5DZEA 3M2MA 1LOEA 4XDQA 1NMBN 4WEGA 1CVNA 4DFSA 4AGVA 2DVFA 1GV9A 2DVGA 1GNHA 3AYCA 1EPWA 4DS0A 2WSVA 2QWJA 2AUYA 2DVBA 3MPPG 1LOBA 4NOTA 3H72A 4M00A 2ZGTA 1VALA 2VH9A 1GSLA 2A71A 5DG2A 1F5FA 4K21A 4I30A 1LHUA 4D69A 4BLJA 2ZMKA 1F8EA 1V6LA 2AH2A 2ZMLA 4QN5A 1LJ7A 1XOGA 2X9MA 1FAYA 4GZPA 5HCBA 4XOGA 1OFSA 2EXJA 5GZCA 5KXDA 3IMNA 3AXDA 4Q27A 2D3PA 1B9SA 2W52A 2P3JA 4UW3A 1LEMA 2HTWA 4M3CB 2DVAA 4C1XA 4Y22B 3L2YA 1DHKB 4P9WA 3TI5A 4KS4A 1CN1A 1Z50A 5CBLA 4D8SA 1NN2A 5F5QA 2QWHA 1W1XA 4YG6A 4QN6A 1QNWA 2VK5A 1NMCA 2VK7A 4W65A 2JE7A 4WVVA 3WZ1A 1WLWA 1CESA 1UZZA 4GKYA 3WV6A 1LULA 1MS0A 3FBYA 2NYYA 3AP4A 2F11A 4FQZA 4P9YA 2EALA 3WCSA 4ATEA 4X47A 2XZKA 1WD4A 2ZGSA 4AVSA 3VKNA 2D44A 3FLRA 2WSUA 4HZWA 1H30A 1MZ5A 4LBJA 1EURA 4YM0A 1IS6A 1SNTA 1S0CA 3H0OA 5M1ZA 1DQ5A 5HCFA 4CPMA 3RQ0A 1CIWA 3ILFA 2D6OX 1A78A 3FFZA 4P14A 4K20A 2W5OA 3AYDA 1WBFA 3WDTA 1DGLA 5B2CA 2NM1A 1KJRA 3WUDA 2Q5TA 4CPZA 1JYCA 4YG0A 5T54A 2C5DA 1S0IA 1CPMA 4Y1ZA 3A71A 4CPLA 1YIFA 3PVEA 2VXRA 2CNAA 5SV8A 1UX6A 2C4AA 4M3CA 4AGRA 3D6EA 5L73A 3RRDA 3ZVXA 3TI3A 3ZSKA 1JOJA 5T5OA 2RHPA 5CAZA 5JVVA 2W08A 4Q2FA 3IPVB 2P37A 4KS1A 1G9AA 1IS4A 1LOGA 3AZYA 4BQ1A 1DQ2A 2F26A 4YGBA 1GBGA 5T55A 4QN7A 4R9BA 4GWMA 1W0OA 2EAKA 1AX2A 3TICA 4B7JA 4XJWA 1GKBA 3UJQA 4XIOA 5KXBA 3TB0A 3T1LA 4HL0A 2DVDA 4NCSA 2DU1A 1ULFA 1V3CA 4GZXA 1BYHA 2D6MA 4L8QA 1BZWA 1LCLA 4H55A 4XZPA 4ZKTB 1Q8SA 4XHXA 1AJOA 2GNDA 1JXNA 3SNMA 4MJUA 1WCQA 2GMEA 1MR5A 3TAYA 4M4NA 1MS5A 4ISRA 5E88A 4UF7A 1ENSA 3BODA 3O0XA 1AXZA 5JOXA 3WDXA 3PVOA 2ZGUA 3VV1A 3K37A 1BXHA 2ZA9A 2ENRA 4WZFA 4YW2A 4AYUA 2WT2A 5GZEA 3ALXA 5JOYA 5GZDA 1IVFA 2YA8A 4YZ1A 1X50A 1GYKA 2NN8A 1LGBA 1DIMA 5JOWA 2DWRA 1Q56A 3M1HA 3W09A 1GICA 1USRA 4FZHA 4XIKA 4Y24A 5LK5A 1KRIA 1NSCA 7NN9A 1G8WA 2SLIA 1NSBA 4MWJA 2BQPA 1LOFC 3IKWA 4FPHA 3OY8B 2W20A 4ISQA 4ZXKA 4QN3A 5AVAA 1G9CA 2ZHKA 1QDCA 2GDFA 2B8HA 1VAVA 3V0BB 1WUVA 4GXLA 3B69A 1V3DA 1UZYA 3VKFC 1QOTA 1VLNA 2XZJA 4Y1UA 4CPYA 4MYEA 2ZMNA 1FNYA 2QWGA 1QDOA 2A6VA 3SISA 5B2DA 2UU8A 3AZZA 5CA6A 2ARXA 1INXA 1MVEA 1D2SA 2RKCA 4FOQA 1IOAA 1DQ6A 2AENA 1B09A 1PZ8A 1Q8PA 4M3CF 4LBNA 4YFWA 1N3PA 4NO4A 2GMPA 2V5YA 1JN2P 1CQ9A 1AXYA 2ZABA 4HZXA 1RIRA 4YZ3A 2WNEA 1VIWB 4BMBA 3D5OA 2VWDA 4I00A 2GN3A 4YLZA 4MWUA 4K1IA 1OKQA 2JJ6A 4FOYA 4M4VA 1URXA 3SH4A 3RG0A 1IKPA 1EUUA 2YXSA 2YA4A 4Y26A 2ZGLA 1KITA 2ZB6A 2CWSA 2WJSA 2SILA 3OY8A 2HTUA 4B7NA 5BYNA 1N1SA 4XJZA 3FUQA 1W6PB 5GLZA 3OJBA 1G9DA 3HMYA 2ZHMA 3LCPA 3ZSLA 5EYYA 2ZACA 3C2UA 4MZEA 4LBMA 4YW4A 2W39A 3MW3A 1CPNA 3PJQA 4FVKA 3WDYA 3N7KA 1W6NB 1MACA 4J9TA 4C1WA 1WW7A 4DRRA 2R1DA 4ITCA 4U2AA 5JDBA 3CL2A 1WW4A 3DUIA 1HLCA 2V73A 2WKKA 1IKQA 4ATFA 2E7QA 2D7FA 2ZGOA 4M01A 3ZXFA 1WCSA 3ZXLA 4XXAA 4SLIA 4CZSA 3H73A 4X4AA 3SITA 2VY0A 4GALA 3RS6A 3AK0A 2EXHA 2YROA 1E8UA 1G7YA 2A6XA 2F10A 4UW5A 1L7FA 1B9TA 2UWAA 3HR9A 4GZQA 2YY1A 1DLLA 4FP3A 1HKDA 1DYPA 1W6MA 1RITA 2ZZJA 4NN9A 1SBEA 4R9CA 4GEZA 4CPNA 2P3KA 3M3EA 3AP5A 4UW6A 3V65A 1QOSA 4OZXA 4Q1PA 1I3HA 3O5SA 1ULEA 3OYWB 2W5NA 1AZDA 3B00A 3A0NA 2E6VA 1DQ4A 3HN1A 4Y1XA 4MC7A 3AZVA 1W21A 2ARBA 1IS3A 4BM8A 4QNPA 3AYEA 4RL7A 1W6PA 1OQ1A 2OUJA 2GNBA 2FHRA 4KS2A 1E8TA 1UPSA 3WG4A 5GZGA 3A0KA 6NN9A 4JF7A 1PZ7A 3OBRA 2R0HA 3K38A 1F9KA 2WLQA 4GA9A 3INAA 1C4RA 2PHTA 1MZ6A 2DYCA 2F0ZA 2QWAA 4Y1YA 3PVNA 1INWA 1W6NA 1Z4ZA 4WA4A 4FPJA 4LBOA 4HZZA 2LTNA 4Q26A 5HCAA 4GZTA 1LU1A 1V00A 3AYAA 3D4KA 1KJLA 1INGA 3NV2A 2ZKNA 1NNCA 2HT8A 2SIMA 3BEQA 4GB1A 4FOWA 1S0FA 3MW2A 2WQZC 1V6NA 2NZ9A 4GDIA 3TI6A 1V0ZA 1USXA 3O9KA 5H9SA 3NV3A 2VW0A 3N7JA 2DUOA 1Z4WA 4WV8A 1AX1A 4BOWA 4XJRA 2YA7A 1U0AA 4YG3A 5DUUA 5JOZA 3ZSMA 3WG1A 2ZGKA 2ERFA 1KDKA 1SCSA 3CL0A 4ASMB 4YW1A 4HANA 3JUUA 4YM2A 2VVZA 1NSDA 1INFA 1Q8OA 4Z8BA 1VCUA 2ZAAA 1W0PA 2OW4A 4GZSA 2VSKA 2ZGRA 2P3IA 1S1AA 5GALA 1A8DA 4PBPA 2W68A 4Y22A 2A75A 2UURA 4BBWA 4GZWA 4B7RA 1YXWA 1SLCA 2AEPA 1LHVA 1IVCA 1W8OA 1N47A 4H53A 3N36A 1V6OA 4IQPA 1N3QA 4WVWA 5FREA 1SFYA 2HYKA 5HX0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3B9IA 1UX7A 5FY1A 1IJQA 4LITA 3ZXEA 3NRUA 1N3OA 2KM2A 2B4KA 2W9XA 4AAXA 2ARAA 1POV1 5DAPA 3T4VA 1FMD2 1UNBA 3WW4A 3ZYPA 1WW5A 5FNTA 4R9DA 4XBLA 3VHNA 4E27A 4Q29A 2VU9A 1A3KA 1FV2A 2BGOA 3LQCA 1V6KA 4BU2A 4NHLA 4LOSA 3NSTA 5GLVA 3VBUC 2GALA 2NMNA 4OHVA 3VD9A 2H2NA 4AZZA 1ULGA 4CTEA 5A7OA 5DZFA 4X49A 1AL0G 1QXRA 3HIFA 5ACA3 1MS8A 3DKWA 3KD4A 3LAGA 1RUF3 3WW3A 1W9WA 1ZRCA 3B94A 2D6LX 3ILRA 4QPGB 1CZSA 4Y4RA 4R4ZA 4XTMA 1F8BA 2Q0AA 2QQMA 5KHKA 2WS92 3OBTA 3NAPC 2H6CA 2P2KA 3KV6A 2OVUA 4D8MA 1GQGA 5EIYB 3LIGA 4XURA 5ABJB 4H3WA 4H7MA 3KWVA 3UKNA 2FCVA 3DL3A 3IMMA 5DAVA 2PYTA 1AR82 4YVSA 1PVC2 5T52A 4CDWA 1YNAA 1QJY2 3ZOIA 3CYEA 3ACLA 1CRUA 2CGNA 3T30A 2PLV2 1ZNPA 2UYAA 3HVDA 3TWIA 3OF1A 3VD7A 4AEDC 1Q7FA 2F25A 3JB8A 3KQ4B 3R4SA 3A9GA 1KQRA 4B7QA 2ZEYA 2VD7A 5H9PA 3WF3A 1POQA 4FPOB 2NLRA 4AQ2A 3LF7A 4S2GA 4F83A 1CWPA 3P5BL 4MVTA 2G4IA 5IFPA 5TSWA 1C5KA 1MWEA 4EE2A 2B45X 3KMHA 4RQPB 3AMNA 3C3VA 5F5IA 4QB6A 4MX0A 3AVRA 1AL22 5GX3A 3ST7A 3U14A 1WMFA 1BEV3 1UKRA 4K1HA 4QX5A 4FPCA 5C8CB 5CFCC 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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