4XJUA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 4-acetamido-2-fluoro-3-hydroxy-6-[1,2-dihydroxyethyl]-7,8-dioxabicyclo[3.2.1]octane-1-carboxylic acid
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain atcc baa-334 / tigr4)
total genus 197
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xjuA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xjuA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xjuA02
1V6MA 4GKXA 2C4LA 3HR9A 3ZYRA 1WUVA 4W65A 2P3KA 3WG1A 3UL2A 3B01A 4AVVA 5HCAA 4KS4A 4BMBA 4FOQA 2W08A 1LHNA 3WVJA 2GNMA 5GLUA 5GZGA 2R0FA 2NP0A 2F25A 3MW2A 1GLHA 3AZYA 3A0NA 4Q1PA 4XMAA 4HZVA 1LHVA 2E6VA 2WNEA 3RMXA 4YG3A 3H6JA 2WT0A 2A71A 2ZKNA 1GZ9A 2ZHNA 4KS1A 1NMAN 4R9CA 3ZSJA 2A3XA 4YM2A 2QWBA 1LEMA 2ZMLA 4ATEA 4MJUA 4XILA 2YA5A 1V3CA 4UW6A 3M3EA 2A6ZA 2F11A 4MJVA 2ZA9A 4FOYA 1QOTA 1V6IA 4K1IA 2CMLA 3WG4A 1QOOA 2A75A 5B2CA 4GZOA 2ZAAA 2JKBA 1WBFA 2QWHA 1N1YA 5JOXA 1AXKA 5L73A 2ZMKA 1SACA 3NV3A 2P3IA 3BIWE 2QWGA 3GVLA 2DURA 3GNEA 2XG3A 2PHFA 1S0GA 2W5NA 3CL0A 1LHOA 5JOWA 1QU0A 4MWQA 4FPKA 1JOJA 4GZXA 4MWLA 5CAZA 3KQRA 1Q8VA 4FVKA 3SISA 4GALA 3JUUA 1LU1A 4Q1RA 3RQ0A 4HZXA 3ZPYA 4XOGA 1WLCA 2YROA 4WV8A 2EXKA 2NN8A 1OQ1A 3M2MA 4Y22A 4PF5A 3WV6A 2NYYA 1GANA 3FFZA 2HT7A 5JOYA 3VKOA 5GZEA 1DGLA 4GJTA 2P2KA 4XXPA 1FV3A 2P37A 5DZFA 3N3HA 3BODA 1EUSA 3ILRA 3K3AA 3TAYA 5CBLA 1APNA 4K21A 4HZYA 5T55A 4YW5A 3FBYA 3IM0A 4FPOB 3USUA 2H0BA 3HMYA 2UWBA 1WD3A 3AZZA 2D3PA 3NSSA 5T5PA 4WEFA 2D6KA 2R1DA 1NCBN 1USRA 2PHWA 4FPFA 1EURA 1HDKA 3IPVA 3NN9A 1UN1A 1V6OA 5HUKA 4CPMA 5DG2A 1INHA 1DHKB 4YZ5A 5F5QA 2QWCA 3B69A 2A6YA 4XJAA 2ZABA 3N35A 5FREA 1N1SA 2EF6A 2VW2A 3FUQA 5T5JA 1PZ9A 4XJ9A 4YG6A 2D6MA 3JU9A 1HQWA 1SLTA 2BZDA 4KS3A 5M1ZA 2YA8A 1IKPA 1WW4A 1Q8SA 4XJWA 4UW4A 5GLVA 1LHUA 1IS6A 1QDCA 1V0ZA 3R4UA 2F29A 2UWCA 2EXJA 1ULFA 2EIGA 4BM8A 3A0KA 4U2AA 4BQ1A 3D12A 4H53A 1CQ9A 1A78A 3SLIA 3GVKA 3TI5A 3WOGA 1WW7A 2LALA 3V0AA 2PHTA 1S0DA 1X50A 1S0JA 1YIFA 3WHTA 2ZMNA 3ZXLA 4LBLA 4Y22B 5GJ6A 4Y26A 1SLBA 5DUVA 1V6JA 4M00A 3T1MA 3AYCA 2YMZA 3LSDA 1INFA 4UW3A 4DPNA 1SNTA 1GBGA 4MX0A 1AZDA 1GZWA 3QCWA 5DUWA 1FX5A 2ZGPA 4GZWA 3AFKA 4GXLA 1N3OA 3USUB 3ATGA 4LBOA 1VAVA 4PCRA 5T5OA 3O9JA 3AP5A 4R9AA 3OY8A 3TICA 2YA7A 1UX6A 2VH9A 1YI7A 5IUQA 1S0FA 2DVFA 1DYKA 5SV8A 1V3DA 2ERFA 3MPPG 3IPVB 2E7TA 2D3RA 3AZWA 2UU8A 3B00A 4FOVA 1MS0A 1TEIA 2GNTA 2R1BA 4XHBA 4D69A 4XYXA 3NV2A 2P3JA 2HTYA 1N3PA 4YG0A 4YFWA 4AGVA 5JOZA 2GMEA 2YDPA 2SLIA 2EALA 3SALA 4BMEA 2W39A 1VLNA 1O4YA 5KXEA 1S0IA 4DFSA 4KBBA 4YZ1A 4K3YA 3ZYPA 2ZGTA 4HANA 4ISQA 4QN3A 3AP9A 1NCAN 4X47A 3AYAA 1NMCA 3BEQA 4Y1YA 2NZ9A 2VUAA 1YRZA 1E8UA 1G9BA 3AJYA 2ZGRA 2YXSA 4JRAA 4HIZA 3AYEA 4DQAA 3V0AB 4HZWA 4GEZA 2R16A 1Q8OA 4DGRA 2QWIA 2D6LX 4FJ6A 5DUXA 5HX0A 1V00A 4NOTA 3TIBA 1QKQA 2XCYA 4PBOA 2A7AA 1F8CA 4KS2A 1GZWB 2D7FA 4M3MA 3SANA 2VK6A 4D8SA 3AP4A 3NWKA 1ONAA 2YA4A 1FATA 4XJZA 4FPEA 4XE9A 1LOFC 1WBLA 2W5OA 7NN9A 1LESA 1YO8A 3D4KA 1LCLA 5H9SA 3AZVA 4MWXA 5DZGA 3RS6A 4AVTA 2FHRA 3SH4A 3OY8B 1WCQA 2VSKA 5B2DA 1UKGA 4WA4A 2A6WA 4ZKTB 2AR6A 2EXHA 2ZGNA 4LBJA 5IK8A 3PVNA 2D6PA 1H9PA 1W0PA 3A72A 3OJBA 3OBRA 3N7JA 1KDMA 3AP6A 4J9TA 2SILA 1UAIA 1W8NA 1IS5A 1YYNA 3T2TA 4SLIA 1FYUA 2WQZC 2F10A 2XZIA 3ZSLA 3K38A 1O4ZA 4B7QA 2FMDA 4M4VA 4DRRA 1LU2A 2W68A 3CL2A 1W6PA 3WDVA 1L7HA 3M3OA 2VK5A 3ZXKA 2QWDA 3CKZA 2HTRA 4AVSA 3TI8A 4I30A 3IKWA 1IVFA 1N3QA 1ULCA 3WCRA 3A4UA 1RITA 3ZVXA 5IK5A 2VW0A 3UJOA 4XJUA 1AX1A 1ULGA 4GZQA 1F9KA 3VKNA 4XTPA 4HL0A 4GA9A 3POYA 1IS3A 4P14A 4WVWA 4C1WA 2DVBA 2ZACA 3K36A 1G9FA 2V73A 1INGA 4WA5A 1CR7A 1LOFA 2CWSA 4BBWA 4YFZA 1CESA 1G7YA 1AJOA 1FV2A 3RMYA 1LGBA 3WUCA 1MR5A 1SBFA 2AYHA 3WG2A 3INAA 3SNMA 1DZQA 1G8WA 1MS1A 2YZ4A 3TIAA 3SH5A 2ZHKA 5JVVA 2ZGKA 1S1AA 3T1EA 1DQ4A 1IVGA 3IN9A 4QN5A 3GALA 3I4IA 3N36A 1AXZA 2PHXA 4FVVA 4QN4A 1J1TA 1MS9A 1E8TA 4YW2A 5IK4A 1MWEA 1NSBA 4Y1XA 4XJRA 2ZZJA 3WUDA 2HTWA 1CVNA 3ALXA 4MC7A 3WDXA 1WD4A 1F8DA 2GMPA 5NN9A 3U4XA 4MWYA 4YM0A 2E53A 3INBA 1S0EA 4CPLA 1KDKA 1IS4A 5DZEA 1SLIA 1SFYA 3OYWA 1W6PB 1FNZA 4AGGA 3ZXJA 3O0WA 1BXHA 1Z4WA 3K37A 4XJ8A 3CYEA 4QN7A 1Y7BA 5EYYA 3HN1A 1CPMA 4K1YA 1B9TA 2VSMA 1C1FA 1DQ5A 1IVEA 3T1LA 3WZ1A 4ATFA 1LECA 3APBA 2JE7A 2OVUA 2JJ6A 1MZ6A 4X49A 1V2IA 2B7YA 3WLUA 3MEPA 1W1XA 2F28A 1NNCA 4P9XA 2QWFA 1MS4A 3M3CA 1LEDA 2C5DA 1F31A 4NC5A 5IK7A 2YY1A 3SH3A 3ILFA 1AX0A 1WW6A 4HZZA 2V5YA 3AZXA 1NSCA 1JN2P 1JBCA 4DS0A 3O9KA 4MWRA 2HYKA 3AX4A 2NMOA 5HCFA 1GKBA 1CN1A 1NNBA 3L2YA 2SBAA 1D0HA 2HTUA 1WLWA 4JCKA 3O0VA 1MVEA 3AK0A 1JUIA 2D44A 1USXA 4M3CE 3PJQA 2JE9A 1CONA 3VKMA 4Y1VA 1NNAA 3UK9A 1DFQA 1SBDA 1DIMA 1JYIA 1ENSA 3W09A 2WSUA 2ZGSA 4DRVA 1Z4ZA 1YXWA 1RIRA 1S0BA 3RSJA 5DUUA 5CB7A 1IVBA 4M01A 4LBQA 3FLPA 3KM5A 2HU0A 2AEPA 4Y1ZA 5LK5A 3OYWB 4YM3A 2VU9A 3PVEA 4Y1UA 3ILNA 4I00A 4K1KA 4NCSA 3V65A 1LGCA 2RHPA 2AH2A 2YDTA 3WDUA 2DVDA 2YA6A 1DQ0A 1W20A 1SLCA 5T54A 1AJKA 5JMCA 2BATA 3N7LA 5GLZA 1G9CA 4CPZA 3FLTA 4AGRA 3R4SA 3WDWA 3WHUA 1LHWA 1AF9A 1VIWB 2I2SA 4ITCA 1KRIA 4WVVA 1LOCA 4NN9A 1A14N 2VXRA 3WCSA 5FRAA 2NM1A 2XZKA 3O0XA 1W0OA 2Q5TA 3H72A 1JXNA 4XHXA 1QF3A 4LBMA 4XDQA 1UZZA 2PELA 2GMMA 4F83A 1IVCA 1HKDA 4FPCA 1PZ8A 2DTWA 1I3HA 2W52A 3ZSMA 3ALWA 1NMBN 2KM2A 2QWAA 1V6LA 4P9YA 4YZ2A 5HCBA 2ZGMA 3D11A 1XQNA 4BPZA 4MZEA 2WJSA 2CNAA 5H9QA 1VCJA 4LBQB 3VKFC 2DU0A 4YZ4A 3B7EA 2D3SA 5JLVA 4JC1A 1INXA 5KXDA 3BOPA 1C4RA 4FPHA 1GNZA 2DVAA 4Q27A 4YW1A 1PZ7A 1MS3A 4MWUA 3N7KA 3SITA 4QN6A 3RG0A 2A3YA 2QWEA 1BQPA 5EYXA 2WKKA 1QOSA 1KQRA 1Z0HA 1N47A 1SLAA 2DWRA 5KXBA 1W8OA 5T52A 1NCCN 1Z50A 3WNXA 2GNBA 4YM1A 5H9RA 2XB6C 1BKZA 3VUOA 1W21A 2ZGLA 2PHRA 1INVA 2A5ZA 3VV1A 4GZPA 1V3BA 5EXOA 1B9VA 4PBPA 4Q8KA 4TZDA 3D5OA 1JW6A 4XBLA 4YZ3A 2EAKA 3H0OA 4K1ZA 1LGNA 1MS8A 4OZXA 4GDJA 1KJRA 4C1XA 3MW3A 1KJLA 4CPOA 4B7JA 1W6MA 2AGSA 4Q6KA 1CJPA 4XBNA 2AREA 1IVDA 1INYA 3H73A 1QMJA 1R1ZA 1AXYA 2GN7A 5JYYA 2BF6A 1A4QA 1I1EA 1Z4YA 1LJ7A 4B7NA 2ZHMA 5GZCA 1AX2A 2E51A 4GWMA 1WCSA 2GALA 3W58A 2NMNA 2DUPA 2TEPA 4XJQA 4UW5A 1OFSA 1FAYA 3W59A 1UZYA 2JECA 4FPLA 4B7RA 1W6NA 4MZAA 2ZB5A 1V6KA 4FPYA 3LCPA 1WW5A 2E7QA 4MWJA 3K39A 4GKYA 5IT6A 3AP7A 4MWVA 4CRQA 1Z4VA 2GNDA 3GVJA 3C2UA 2XZJA 4AYUA 4WEGA 1ULDA 5HUGA 1W6QA 1NLSA 2F24A 4CPYA 4YW4A 3MW4A 4X6KA 4ASMB 1N1TA 3TI6A 1CPNA 4GZTA 5EWSA 3AXDA 2HU4A 3V0BA 5KXCA 3WG3A 4BLIA 3FUOA 3N7MA 1URXA 2PHUA 1ENRA 1Z4XA 1QDOA 2OUHA 4ISRA 2DUOA 2GN3A 2C4AA 4AWDA 1MVQA 2D6NA 4CZSA 5AVAA 1QGLA 1LTEA 4RL7A 1NXD1 4Z8BA 1UMZA 2W20A 1F5FA 1ZM1A 1DLLA 5E88A 1MS5A 4M3CA 5DXDA 3A71A 4CPNA 3O12A 1L7GA 4FP3A 1SCSA 2C9AA 5HUMA 1W6MB 5BYNA 1G86A 2P34A 4M3CF 4WZFA 4UF7A 3QLQA 3FLRA 5H9PA 2F12A 2ZB6A 1DYPA 2QWKA 1N1VA 4U36A 2ENRA 4FPGA 1BJQA 1INWA 4PQ9A 2WT1A 4FP2A 2HTQA 3TB0A 1S0CA 1IKQA 2F26A 1BJIA 4BLJA 3ASIA 1W6OA 3WDTA 4WA3A 3V64A 4FZHA 3ZSKA 2HT8A 1LOAA 3TI4A 2DV9A 1XOEA 1W6NB 1EUUA 1Q8QA 1V3EA 4H52A 3ZXFA 2R0HA 4R9BA 1VCUA 5GM0A 2A3WA 1GV9A 2RKCA 4P9WA 2LTNA 3DGTA 3H71A 1EUTA 1OKQA 2VVZA 3IMNA 1MACA 2UURA 1D2SA 2DUQA 3JU4A 4LBKA 1C57A 1QNYA 2OW4A 1V0FA 1H9WA 5GZDA 1G9AA 1W6QB 1ULEA 1NSDA 2CL2A 2ZGOA 1B9SA 4Q26A 2QWJA 4YGEA 2BERA 2DTYA 3V0BB 2F13A 1UL9A 1F8EA 2A70A 1VAMA 1A8DA 4XXAA 1JHNA 1SBEA 5T5LA 1U0AA 4LBNA 3VKLA 2VY0A 1LENA 1DIWA 4K1JA 3D6EA 1SO7A 1NCDN 5HUNA 4ZXKA 4XTMA 4BOWA 1A3KA 2B8HA 4M3CB 1GSLA 4IQPA 2VK7A 3Q9OA 3BTAA 4M4NA 1UPSA 4L8QA 3NV4A 1WLDA 1HQLA 4GB1A 1Z78A 4MYEA 2OUJA 1DQ6A 2CTVA 1IOAA 3UJQA 2CY6A 3R05A 2ARBA 1JYCA 2JD4A 4GWNA 1GNHA 2ES3A 1KITA 2F0ZA 4K1HA 3CNAA 4FQZA 3OBTA 5T50A 2YV8A 1F8BA 4NO4A 1BYHA 5DG1A 5GZFA 4XIOA 4FPJA 5JDBA 4JF7A 2WSVA 1DQ1A 2G4IA 1ZA4A 3M3QA 3DUIA 2A6VA 1A4GA 1W6OB 1DILA 4X4AA 1LOGA 4Q2FA 1GYKA 4XBQA 4GDIA 4YGBA 4R9DA 1CIWA 4FOWA 2HTVA 2CWMA 4RA0A 2WT2A 4Y20A 3PVOA 3TI3A 3NV1A 4Y24A 1G9DA 1DBNA 2DU1A 3AXEA 2UWAA 1HLCA 2ZGQA 2ZBJA 3AYDA 4YGDA 1EPWA 2ZHLA 2AENA 1NN2A 4B7MA 1SCRA 2A6XA 1AVBA 1L7FA 2ZGUA 2ARXA 4KS5A 3I8TA 3O5SA 3OPZA 4MWWA 2WLQA 1B09A 1SLLA 2X9MA 1XOGA 1BZWA 2D43A 5E89A 5F9TA 1GICA 3LSEA 3AJZA 4QNPA 4XIKA 1VALA 4XMIA 1LOEA 1RINA 2DVGA 5E8AA 2BQPA 3M1HA 4YGCA 1DQ2A 1GZCA 2GDFA 2AEQA 1C1LA 4H55A 3ZXEA 4XZPA 4GZSA 1ENQA 6NN9A 1V6NA 1LULA 4YLZA 2AUYA 2F27A 5CNAA 1E8VA 3POSA 3B3QE 2D6OX 4CTEA 3B9CA 5GALA 1Q56A 2CYFA 2DYCA 1LOBA 4K20A 1FNYA 5GLWA 2HT5A 2VW1A 4Q8LA 2VWDA 4FQ4A 2EXIA 1MZ5A 4LBQD 1Q8PA 4TYSA 3PMEA 3WDYA 3POWA 4YW3A 2Z42A 5GLTA 3OGGA 2W38A 3RRDA 4M4UA 2SIMA 4Y20B 2R49A 1H30A 3ENRA 1V0EA 5CA6A 1LODA 2JDZA 3SILA 1QNWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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