4XJWA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin at ph 7.4 in pbs with dmso as the cryoprotectant
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain atcc baa-334 / tigr4)
molecule keywords Sialidase B
total genus 200
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xjwA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xjwA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xjwA02
1W6NA 1QKQA 1DQ2A 2ZGKA 4ISRA 3N7MA 3WUCA 3WDYA 1N1SA 2VW2A 3GVJA 5HCBA 3FLRA 2W08A 3ZYPA 2SLIA 2VWDA 3AP9A 1Q8QA 5IUQA 4YG0A 4K3YA 1N1TA 2PHFA 4XIKA 2RHPA 3M3CA 2AENA 4RL7A 4IQPA 4WV8A 5GLZA 4XHXA 2VW0A 3WDVA 1UL9A 3AYEA 1VAMA 1URXA 1H9WA 1AXKA 4I30A 3AZXA 4AGGA 4BQ1A 2F10A 1MZ6A 3VKNA 1V6KA 2R0FA 1I1EA 4M00A 2QWJA 3PVEA 2A70A 4DRRA 4GB1A 3A72A 1MS3A 1W6OA 3ZPYA 4M3CE 4L8QA 3AFKA 2QWCA 1MR5A 1VCUA 2XZKA 3WG4A 5EWSA 3AJYA 1V3CA 3H72A 4P9YA 1ENRA 5GZEA 4B7RA 4K20A 4KBBA 2GMEA 3QCWA 4MWLA 4YFWA 2CL2A 4X49A 1A4GA 4BLJA 1CPNA 4LBQD 3SLIA 2ERFA 2P3JA 1N1YA 1W6MB 4BMBA 5DZGA 1AF9A 3APBA 1SACA 1NMCA 2ES3A 2R49A 2ZA9A 1QDOA 1LOFA 2F11A 1GANA 5HCAA 1R1ZA 4Y22B 1INHA 4MWVA 1NNCA 1S1AA 3ZVXA 3JUUA 2DWRA 4M01A 3FUOA 5CNAA 5E88A 2A3XA 3AZZA 1QOTA 4TZDA 2YA6A 4M4NA 1Z4ZA 1QU0A 1WCSA 4P14A 3KM5A 4JF7A 2VK7A 1EUSA 1KRIA 2ZGUA 4FP3A 4YW5A 4FVKA 1SBDA 1GBGA 3VKOA 4M4UA 3INBA 1CJPA 3TI8A 5HUNA 3RG0A 1DBNA 1L7FA 5NN9A 1S0GA 4F83A 2D6NA 2VH9A 2ZBJA 2WT1A 1NN2A 3VUOA 1F9KA 3VKLA 2YMZA 3N36A 1JUIA 5GZDA 5T54A 1AX0A 1LTEA 3JU9A 4YW1A 4YFZA 3H73A 3FUQA 1D0HA 4XJUA 2GNTA 2AR6A 2D3PA 2EXIA 2GALA 4QN6A 5T5JA 2NMNA 4ZXKA 1LULA 2VK5A 5H9QA 3CL2A 4GWMA 2WNEA 1G86A 2KM2A 1DIWA 1MVEA 4YGEA 4SLIA 2D3RA 3RMXA 4KS5A 1W20A 3WLUA 2R16A 2PHRA 2V5YA 3OYWB 3MEPA 1QF3A 4CZSA 1UN1A 3POWA 4GXLA 1DYPA 3AK0A 1V3BA 1VALA 3H6JA 2NN8A 4HZXA 1ENQA 2A6WA 3PJQA 5IK7A 4YG6A 1LU1A 3NV1A 5JOZA 4QN7A 1NNAA 2R0HA 1Q8SA 3NWKA 1S0DA 2VY0A 1B9SA 4FPGA 4CPOA 5DZEA 4MWUA 3ZYRA 3CNAA 2HTRA 4DQAA 4GKXA 3O0WA 2ZGOA 2ZHNA 3AP4A 4FPKA 4YM0A 2P3KA 4CPZA 1SLIA 1QMJA 3N7JA 4UW4A 2GN3A 4XOGA 4Y1ZA 4WEGA 3W59A 4FPEA 5GZCA 1LECA 5B2CA 4GZOA 3SISA 1WW4A 1UZYA 4XJ9A 5F9TA 2ZGTA 1DLLA 1IOAA 1ULCA 4UW6A 4Y1UA 2NMOA 3LSDA 1LJ7A 2GNMA 4PQ9A 2FHRA 1IS4A 3B69A 4C1WA 3AJZA 1W6QB 3V65A 3MW3A 2VU9A 3K39A 1MS4A 2D6OX 4Q8LA 1A78A 3TI3A 5KXEA 2YA8A 2QWGA 3AYCA 1VLNA 5B2DA 4M3CF 2GMMA 2V73A 3LCPA 1H9PA 1F8BA 1LOCA 1W8OA 4BM8A 2PHUA 3DGTA 1V0FA 1LESA 4QN5A 4XBLA 1PZ9A 4GDJA 4K21A 3R05A 1IVCA 3K38A 2C9AA 3TI4A 2CMLA 2ZACA 4WEFA 5L73A 3INAA 1V3DA 4K1ZA 2QWAA 5LK5A 5JDBA 1N47A 3CYEA 3FFZA 4GJTA 4LBQA 4U36A 3WVJA 4CPLA 1B09A 2JE7A 5GLUA 3IMNA 5IT6A 4GZWA 5HCFA 1Z4VA 4YZ2A 4MJUA 3AZWA 4NCSA 1S0FA 1Z50A 4FPCA 1IVDA 3D6EA 3O12A 1A8DA 3ILNA 1BJQA 2F29A 1E8TA 3USUA 2D6LX 4NN9A 5H9PA 1SFYA 2ZMNA 4GWNA 2AUYA 1N3PA 2PHXA 5SV8A 2F27A 1NSCA 4HANA 1GZWA 2DUPA 3B9CA 1SO7A 1QGLA 4AGRA 4XJQA 4H55A 1C1FA 4Y20A 1MVQA 2G4IA 7NN9A 3UL2A 2WQZC 3WG3A 1YO8A 1YYNA 2HTVA 2HTUA 3RS6A 1Z78A 4JCKA 1LEDA 4BBWA 4XJWA 4WA4A 4YW2A 2Z42A 1B9TA 1NSDA 2DU0A 3OBTA 5GZGA 4BOWA 3ZXKA 2CWMA 4KS4A 1IVGA 4XIOA 4ASMB 1EUUA 2SIMA 3K3AA 2P3IA 1IS6A 3OY8A 1ULEA 3Q9OA 2F13A 4C1XA 5GLTA 1OQ1A 4X47A 1AXYA 2A6YA 2VXRA 2E53A 2HTYA 4PF5A 3AP7A 1LCLA 4NO4A 2QWBA 2B7YA 4MWQA 2A6ZA 5JYYA 1WLDA 1WW7A 1DQ0A 5GLVA 3DUIA 2ARXA 3M2MA 4R9BA 2GN7A 3BEQA 1JHNA 1MS8A 1UAIA 5KXDA 1G8WA 1S0CA 2GNBA 4B7QA 1KQRA 1W6QA 2CY6A 2P34A 4Y24A 5BYNA 4CPNA 3FBYA 3IN9A 4DPNA 2C5DA 3VKMA 1WLWA 4M4VA 4Y1YA 2ZB6A 1WLCA 2D6PA 3I4IA 5T5PA 1VAVA 4YZ5A 2EF6A 3K37A 4ISQA 3AZVA 2DUOA 4X6KA 3L2YA 4QNPA 1GZCA 4U2AA 3N7KA 1W6PA 1EURA 5HUKA 1JXNA 2AH2A 3RMYA 2YDPA 4Y1VA 4GZTA 5T55A 4K1HA 5T50A 2EXKA 3WOGA 1LHUA 1V6OA 4DRVA 1SBFA 3W09A 1AZDA 4M3CB 1SNTA 1WUVA 4KS3A 1FNZA 2WLQA 1V0ZA 1HLCA 2CWSA 2EALA 3WUDA 3JU4A 3W58A 1V6NA 1FV3A 2GMPA 3A4UA 4D8SA 1CIWA 4Y1XA 1X50A 1WCQA 1UPSA 2CTVA 3RQ0A 4FPLA 1LOGA 5EYYA 2PHWA 2VVZA 2F12A 1INVA 1V6LA 5JLVA 4CRQA 5HX0A 3IM0A 4R9DA 5FRAA 2I2SA 4FQZA 3PVOA 3ZSMA 1S0IA 1SCRA 2BQPA 4NOTA 2ZKNA 5F5QA 4XMIA 2QWIA 4XTMA 3AXEA 1UKGA 1VIWB 3WCRA 1W21A 4H53A 4FPYA 3PMEA 1QOOA 1MS1A 1SLTA 2BERA 4QN3A 3MPPG 4LBJA 1KDMA 2QWDA 3B7EA 4MWJA 3SH4A 1SLCA 2YY1A 1QNYA 1AJKA 3ZXJA 1AXZA 2VW1A 4MWRA 4B7NA 5T5LA 4GALA 2F25A 4JRAA 4MYEA 4FVVA 1LHVA 3MW2A 1MS0A 3FLTA 3O5SA 1XOGA 1YIFA 2D44A 4FQ4A 1BYHA 2R1BA 4R9AA 1LODA 2WT0A 4GDIA 2D43A 3B3QE 5DG1A 4Q26A 2LALA 3HN1A 4H52A 3TAYA 5CAZA 2HYKA 5H9RA 1IVBA 1SLBA 3T2TA 2SILA 3CKZA 3KQRA 4BPZA 4XZPA 3AP5A 2HU0A 4K1JA 1G7YA 1ULGA 2NYYA 1Z0HA 1AX2A 4FPHA 5E8AA 3N7LA 1H30A 1DIMA 3ILRA 1LOAA 2VSKA 3V0BB 3H0OA 2ZB5A 1Q8PA 5DXDA 3SANA 2DUQA 2UU8A 1WBLA 2ZGPA 2E7TA 1ZM1A 4MWXA 1LENA 2HT7A 4RA0A 4LBLA 3ALXA 1IKQA 1UX6A 2OUHA 1CN1A 1S0BA 1O4YA 1DQ5A 2RKCA 4YM3A 1OKQA 3C2UA 1B9VA 3WG2A 1FX5A 4MC7A 2ZHLA 1DILA 4FOYA 2DTWA 3AYDA 1CONA 3ZXLA 5IK4A 4WA5A 1W8NA 3POYA 4MX0A 1DQ1A 2YA4A 4GKYA 5CBLA 5E89A 2JDZA 1HDKA 2E6VA 2YROA 5FREA 3ZSLA 4YG3A 1SLLA 1LOEA 5KXCA 1MWEA 4QN4A 5DUXA 5EXOA 4M3CA 1NSBA 2BATA 1GYKA 1W6MA 1A14N 2ZAAA 4YM1A 1W0OA 1G9FA 1W1XA 1F31A 1I3HA 1TEIA 3WHTA 1DHKB 3UK9A 2AGSA 1DFQA 3TIBA 5T5OA 3IKWA 4D69A 1DZQA 1FNYA 2HT8A 3ZSJA 3N3HA 4Y22A 5T52A 3RRDA 1IVFA 3AXDA 2DVAA 3OGGA 2H0BA 4XXPA 1FAYA 3UJOA 2C4AA 3R4SA 1NCDN 4WA3A 1Z4WA 3LSEA 3U4XA 4ATFA 3ZSKA 1AX1A 2WSVA 3RSJA 2E7QA 1LOFC 2DYCA 2EAKA 3ENRA 3HMYA 1Z4XA 4FOVA 6NN9A 4Q8KA 2PELA 2WJSA 4YGBA 1V6JA 5GZFA 4XJRA 1OFSA 4K1YA 1BXHA 5H9SA 2SBAA 4MWYA 2NZ9A 5GALA 2HTWA 1DGLA 5IK8A 2WT2A 4ZKTB 1V0EA 1Q8OA 4KS1A 1PZ7A 3SH5A 5M1ZA 1PZ8A 4FOWA 1ZA4A 4K1IA 1JBCA 2A6VA 2YZ4A 5DUUA 2W68A 4Q6KA 3WG1A 1QDCA 2W52A 2OVUA 1GLHA 1LGBA 2UWAA 2HU4A 4UW3A 1W0PA 2DV9A 1JW6A 3OYWA 5DG2A 2OW4A 1F8EA 2AREA 1AJOA 3SITA 1LHNA 4X4AA 4MJVA 3O0XA 1WW6A 4HZZA 3D4KA 1JYCA 3V0BA 1CR7A 3AX4A 3T1LA 3TIAA 4AVSA 2OUJA 4AWDA 2ZGQA 2WSUA 1S0JA 4MZEA 2YA5A 1YRZA 1E8UA 5JVVA 1CQ9A 4Q1RA 1INXA 1N3OA 2A5ZA 3CL0A 1KJRA 1G9AA 1NCAN 4YW3A 2ZGRA 1SBEA 2XCYA 1JOJA 1RINA 5JOXA 3NSSA 5JOYA 1V3EA 1Y7BA 3SILA 4XJZA 3FLPA 1EPWA 3AZYA 4XHBA 2BZDA 1DQ6A 1ONAA 3O9KA 1IKPA 4LBOA 3R4UA 4R9CA 4YLZA 2YV8A 1EUTA 1ENSA 4XE9A 3OJBA 2A75A 4FJ6A 3TI5A 3WV6A 1V00A 1YI7A 4AVTA 5HUGA 1NCBN 1FYUA 1LEMA 4CPMA 2TEPA 4JC1A 2WKKA 1U0AA 2BF6A 1UZZA 4NC5A 3O0VA 4GZPA 2UURA 1GV9A 1ULDA 4XBQA 4GZSA 2JECA 1LHOA 3WDUA 2E51A 1ULFA 4FP2A 1SLAA 4Y26A 3ASIA 2NM1A 3WZ1A 1MS5A 2DURA 1INFA 3VV1A 1GNZA 4CTEA 4DGRA 3VKFC 2A3YA 2P37A 2ZGMA 2W20A 1S0EA 2DTYA 2DVFA 4XILA 1NXD1 3BODA 2ZMKA 1LGCA 4GZXA 1LGNA 3A71A 1F8DA 2XG3A 3K36A 3OPZA 1DQ4A 2DU1A 1BKZA 1USRA 3GNEA 1Z4YA 2P2KA 2ENRA 3M3QA 2ZHKA 2AYHA 1AVBA 3I8TA 3NV3A 4WZFA 1Q56A 1FV2A 3AP6A 3BOPA 1A3KA 2UWCA 1N1VA 1INGA 5CB7A 3WCSA 2R1DA 2XB6C 1L7GA 3ATGA 1YXWA 2W5OA 1GKBA 2JD4A 3TB0A 1WW5A 2W5NA 1L7HA 1NMAN 1FATA 1NMBN 1GZ9A 3D5OA 2F28A 3WDWA 4FPOB 4PBPA 4YGCA 1MS9A 1N3QA 1BQPA 3H71A 3WDXA 1RIRA 5JOWA 4XYXA 3NV2A 3N35A 1QOSA 1KITA 4FPFA 2DVGA 3WNXA 1GSLA 4XJAA 1G9CA 2DVBA 4Q1PA 4ATEA 1MACA 1GICA 3PVNA 5JMCA 2VK6A 2W38A 3V0AB 4I00A 2YA7A 4LBQB 2YXSA 4GA9A 1A4QA 4J9TA 4XBNA 4FZHA 3IPVB 2C4LA 4FOQA 4WVWA 3ZXFA 1V6MA 2QWKA 1CESA 4YZ4A 2JKBA 1XOEA 2VUAA 1D2SA 1G9DA 2D6KA 3USUB 3WDTA 5AVAA 1F5FA 4UF7A 5GJ6A 4YGDA 2CYFA 1C57A 2PHTA 1CVNA 2ZGLA 1GZWB 3ILFA 4WVVA 2D6MA 3A0NA 3AYAA 1QNWA 5GLWA 2ZGSA 4Y20B 4HZWA 4XXAA 2ZGNA 3NV4A 3ALWA 4BLIA 2GNDA 1BZWA 5HUMA 2EXHA 2XZIA 4LBKA 4PBOA 2D3SA 1HQWA 2ARBA 3POSA 4ITCA 4P9XA 3B01A 1W6NB 1WD3A 3SNMA 4YW4A 2HTQA 4CPYA 5DUWA 4HZVA 3HR9A 2DVDA 4M3MA 2A71A 1RITA 2QWFA 3D12A 1J1TA 1CPMA 2YDTA 3SALA 4LBMA 1INYA 1SCSA 2ZMLA 2F0ZA 3OY8B 4LBNA 4XJ8A 1C4RA 2ZABA 1HQLA 2W39A 1IVEA 3GVLA 1O4ZA 3UJQA 3M3EA 3TI6A 1WBFA 2NP0A 5IK5A 4AVVA 1MZ5A 4W65A 2AEQA 3SH3A 3A0KA 1JYIA 1WD4A 3GVKA 1BJIA 4YZ1A 2LTNA 2FMDA 2JE9A 2D7FA 1LHWA 4Z8BA 1HKDA 1GNHA 4B7MA 1DYKA 4AGVA 4HIZA 1XQNA 5CA6A 4P9WA 1W6OB 2VSMA 3ZXEA 1F8CA 2B8HA 1IS3A 2XZJA 1Q8VA 4MWWA 1V6IA 4XDQA 2AEPA 4Q27A 3M3OA 4PCRA 3TICA 2ZZJA 1W6PB 4Q2FA 1LOBA 2QWEA 1JN2P 4B7JA 2F26A 2A7AA 2X9MA 3OBRA 2EIGA 4BMEA 2UWBA 3D11A 1IS5A 5DZFA 3V0AA 4DFSA 1APNA 4GEZA 5KXBA 2HT5A 1E8VA 2A6XA 1VCJA 2EXJA 4FPJA 3T1EA 3IPVA 3BTAA 3BIWE 1INWA 2Q5TA 3T1MA 4OZXA 4TYSA 2ZHMA 1LU2A 1NCCN 4K1KA 1NNBA 4GZQA 2CNAA 4XTPA 1USXA 2F24A 4KS2A 4HZYA 3B00A 4DS0A 1V2IA 4XMAA 5DUVA 3QLQA 4MZAA 1NLSA 3MW4A 1KJLA 2A3WA 4YZ3A 4AYUA 3GALA 1UMZA 4YM2A 1KDKA 3NN9A 4UW5A 5EYXA 2JJ6A 3O9JA 2GDFA 4HL0A 3WHUA 3M1HA 1C1LA 2QWHA 1G9BA 5GM0A 3V64A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2R043 3ZN5A 1W6NA 1QKQA 3OG2A 1JHJA 2VXJA 3MDPA 3PDQA 4CDWA 1DQ2A 1ZBE2 2W3JA 3MIEA 2ZGKA 2YFZA 2Y38A 1YI9A 4IEUA 3BIEA 1V0ZA 4N43C 4ISRA 2DG1A 1PO13 4LULA 4FFIA 3N7MA 4HPKA 2Y6KA 3VBHA 3WUCA 1JZ8A 5FMOS 2BOJA 1VE0A 1JI6A 3WDYA 4XVHA 5J3UA 1VBA2 3FX3A 2IAVA 1RUJ2 3DYPA 2ZZKA 2VZVA 1N1SA 3LAGA 2VMHA 2VW2A 2HBTA 1IJQA 1JYVA 3GVJA 5HCBA 3FLRA 2IXIA 1TVGA 2FMYA 2W08A 1ZGKA 3LDBA 1IG0A 3ZYPA 4ASCA 5J7MA 2VZRA 4QB1A 1YCIA 2SLIA 1JYXA 5FOJB 3CJIC 2VWDA 3WR0A 3THTA 5FLJA 3AMMA 4J1XA 4JGZB 3NNMA 3EB7A 4BHPA 1UMHA 2EICA 2IAUA 4WVMB 1ZRFA 3MICA 2JICA 4WM7C 4AVBA 3NO0A 3R6SA 3AP9A 1SPPA 1Q8QA 2LRPA 3C7OA 2DF7A 2VOKA 2WZR2 1W9TA 2H0VA 5FZ1A 5IUQA 3UT0A 2R072 2OZJA 1ND3B 1MQTA 4YG0A 4K3YA 3VBUC 1RUI2 5C4WB 5IVVA 4CDUA 1S55A 1N1TA 3DXTA 2CGOA 5FUIA 3ZMNA 2FZ2A 2VMGA 4XFHA 4H14A 3RI8A 2Q1FA 1MWEA 2PHFA 4XIKA 2RHPA 2ZS6B 2AENA 3M3CA 4QPIB 4RL7A 4W4ZA 1CAUB 4IQPA 1C3HA 1NA1C 1NQJA 2PLV1 4WV8A 1E5HA 4Q0VA 4CXXA 3ADEA 2WFF3 5GLZA 1GQHA 4N43B 2XONA 4XHXA 3SHRA 1QJX2 2RJKA 5FPXA 5JR2A 4I2OA 1PX4A 5DAQA 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