4XJWA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin at ph 7.4 in pbs with dmso as the cryoprotectant
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain atcc baa-334 / tigr4)
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 200
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xjwA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xjwA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xjwA02
3WCRA 4FPYA 2W20A 2GMMA 1CR7A 3BEQA 1WLCA 3FLPA 2F28A 4MWJA 5GZGA 1W6QA 2ARXA 5JOZA 2D43A 1SLIA 3CKZA 1OFSA 5H9SA 3D4KA 4GB1A 1DGLA 2A3XA 2ZGNA 3RRDA 3VKFC 4QN4A 3M2MA 5E88A 3T1MA 1N1TA 1BJQA 2WKKA 4U36A 2H0BA 4QNPA 1W0OA 3HR9A 1INHA 1GSLA 4F83A 3ZVXA 2GNDA 1SO7A 4M00A 4C1XA 3ZSKA 4XJZA 4FP2A 1UZZA 1FX5A 1DLLA 1UL9A 3GVLA 2BF6A 1CN1A 3UK9A 1SCRA 5L73A 2JE7A 2HTYA 4WA5A 1G86A 3RMYA 2A71A 1EUUA 2XZKA 1EPWA 4LBQB 2SIMA 3R4SA 1W6PB 3UL2A 3N7JA 1B9VA 4BLIA 1LJ7A 5H9PA 3INBA 3INAA 2E53A 3WNXA 1GBGA 4GZQA 4AGRA 2WLQA 2ZZJA 5FRAA 4JRAA 3UJQA 2ZGLA 4NC5A 1ZA4A 5DUWA 1PZ8A 1JUIA 5KXBA 5HUMA 2ZABA 2W68A 3PJQA 3OBRA 5JOXA 3TI6A 3WOGA 1V2IA 2XG3A 4K21A 1L7HA 2EXIA 2RKCA 4B7MA 5DUUA 4ISQA 2D3RA 1YIFA 4NO4A 1NNBA 2KM2A 1BZWA 2QWCA 2A3YA 2EXKA 2GN3A 1GZCA 2VXRA 3V0BA 4P9XA 1MS8A 1ULGA 1KDMA 1QGLA 1A4QA 3SISA 4PCRA 5EYYA 1N3PA 3AXDA 3K38A 3Q9OA 4YGDA 1N1YA 3NV4A 2ZHLA 1LHWA 3SANA 3AZYA 1MACA 1BKZA 1JN2P 2CMLA 3AYCA 4CPZA 1MZ6A 3PVOA 3LSEA 4UW6A 3USUB 2GNBA 4NCSA 5JLVA 1NSBA 2ZGQA 3POWA 2ZGUA 1V0ZA 2DVDA 1GV9A 1DIMA 2HTQA 4H55A 4DRRA 3DGTA 4FOVA 4BPZA 3H72A 4NN9A 3MEPA 4ATEA 4W65A 5DUVA 1F9KA 5JOWA 1ENSA 4L8QA 2QWFA 1QOTA 5IT6A 1DBNA 3A71A 3SILA 4U2AA 1LEDA 1SLLA 5DZEA 3QCWA 4HL0A 4K3YA 1Q8QA 4Q8LA 1V3EA 2HTVA 1XQNA 2OVUA 1DILA 4XXAA 5FREA 1Z4XA 4M4VA 4KS3A 1I3HA 4PBOA 1GLHA 3ZXKA 3D11A 4CRQA 3SH4A 2R1BA 1G9CA 1FATA 3ZXFA 4Q27A 4XJ8A 2EALA 2HU0A 1INVA 4K1ZA 2ZKNA 1RITA 4QN7A 4MWWA 2LTNA 5KXDA 3PVNA 2DUQA 2P34A 4LBQD 2WSVA 1DQ5A 2WT1A 4FPLA 3D12A 2GN7A 1F8CA 3AP4A 4Y26A 2WQZC 3GNEA 4P9WA 4MWQA 5T50A 4XHXA 2CY6A 2HTWA 4DPNA 2YA6A 1SLAA 4K1KA 4ZKTB 2FMDA 3OBTA 1LECA 4XILA 4XJWA 2CWMA 1NLSA 1AJOA 1QNYA 4FVKA 2VY0A 1JYIA 2HTRA 4SLIA 2ZAAA 4BQ1A 4FPEA 2AGSA 4D69A 3M3QA 1V6OA 1LHOA 2QWJA 4MZEA 3AYAA 4AGGA 3MW2A 1OKQA 3TI4A 5F9TA 3A0NA 2NYYA 3IN9A 4GKXA 1SLBA 3BIWE 2VWDA 4YFWA 3ATGA 2DTYA 4WVWA 1AXKA 2DU0A 5EXOA 4Y20B 3B7EA 4P14A 3WCSA 1NXD1 2VSKA 3O0WA 3H71A 2YROA 1YO8A 3RMXA 3N7KA 2NP0A 4KS2A 1MVEA 1F8EA 2DVGA 3UJOA 4KS5A 1USXA 1FNYA 3FUOA 2NM1A 3M3EA 4YW3A 1IKQA 2EXJA 4GZTA 2R1DA 3WDYA 4ASMB 1CIWA 2AEQA 1F8BA 2D6OX 1O4ZA 1YRZA 2W52A 4FOYA 3ENRA 2DYCA 1CPMA 2P3IA 3CL2A 3ZSJA 4I00A 1QDCA 2BQPA 1MZ5A 1WUVA 4R9AA 2QWKA 1VLNA 3U4XA 3SH3A 3AYEA 2ZGOA 3CL0A 5JDBA 3ZPYA 2P3JA 2F29A 4DQAA 3IPVB 4M4NA 3AYDA 1W6MB 4BM8A 2AREA 2OUHA 2DVFA 4ISRA 3POYA 2F24A 1Z78A 4GJTA 4LBNA 4HZVA 1CJPA 1UX6A 1UZYA 3PVEA 2UU8A 1IS3A 2VK6A 5IK8A 1S1AA 5KXCA 4MYEA 1USRA 2AH2A 3A72A 1WW6A 2A6WA 5JOYA 4WV8A 4AVSA 4DFSA 5IK7A 1W0PA 2ZGKA 1WCQA 4WEFA 2WSUA 3WDWA 4K1IA 4Q6KA 1IVEA 4YG3A 4YM0A 3VKLA 3V0AB 1LGNA 2ERFA 1WCSA 3ASIA 2E6VA 2AYHA 5HCAA 1W1XA 4M3CF 2DVBA 1MS5A 2UWAA 3V64A 3VUOA 2WT2A 1W6OB 1DFQA 1IKPA 2JD4A 4TYSA 2HYKA 3K39A 1SNTA 1V6NA 1ULCA 5DXDA 3N36A 1W20A 1JHNA 3M3CA 3TIBA 2A5ZA 4YZ3A 4YG0A 5DUXA 1MS0A 4XBQA 3W09A 1W6NB 5JYYA 4CTEA 1BJIA 2GMPA 2E7TA 2C5DA 3T2TA 1W6QB 1KITA 3SALA 2FHRA 4LBQA 5CBLA 2PHFA 2GNTA 4BLJA 3NSSA 2HT8A 1JBCA 2ZMLA 2ZGMA 2VW1A 4X49A 2A6ZA 4KS1A 5EWSA 1Q8OA 1Z50A 5LK5A 1V3DA 1QKQA 3WHTA 4GZXA 1NSCA 1LTEA 1SFYA 1DYKA 1EUSA 2QWBA 1GZWA 1FAYA 1ENRA 2DURA 1WD3A 4GZWA 1V6LA 4AYUA 2D7FA 1C1FA 1BXHA 1W8OA 3MPPG 4HIZA 1LULA 1WW7A 1UKGA 3ALWA 4M3CB 5HCFA 1AX0A 4FOQA 3L2YA 3TI5A 5CAZA 5GALA 1ENQA 3NV2A 1V3CA 4QN3A 5B2DA 2ARBA 2HTUA 2CWSA 1CQ9A 1GANA 3FBYA 1GICA 3LSDA 3FFZA 2NN8A 3OPZA 3FLRA 1DQ4A 5H9QA 4PBPA 2W5NA 7NN9A 1UN1A 2A75A 1BYHA 4Y22B 2A3WA 1IVCA 3N7LA 1S0CA 2V5YA 1SBDA 2EXHA 1WW5A 4PF5A 3USUA 4MWVA 4C1WA 4HZYA 5M1ZA 3B69A 2F26A 1INWA 4YW4A 4FPHA 2A6XA 2WJSA 3M3OA 4YM3A 2CL2A 2HT5A 3W58A 1JXNA 4AWDA 3TICA 1QMJA 3N3HA 2ZMNA 1S0IA 1H30A 3ZYRA 4AGVA 2R0FA 2NMNA 1IVBA 5GJ6A 1NN2A 4P9YA 1GZ9A 5KXEA 4B7RA 1W21A 3VKNA 1S0FA 3WZ1A 2OW4A 2SLIA 2C4AA 4MZAA 3WUCA 1GKBA 1AF9A 1HQLA 1YYNA 1NCBN 1JW6A 4YZ2A 1A3KA 3MW4A 1A14N 4XDQA 5EYXA 1IVDA 4GDIA 1LESA 1ULFA 1J1TA 4WA4A 5B2CA 4XMIA 3AFKA 1V0FA 5JMCA 1ZM1A 2DVAA 3KQRA 3JU9A 2BERA 4GZSA 3KM5A 1FNZA 4DS0A 2CNAA 4BMEA 4WEGA 3SH5A 1B9SA 3SLIA 2D3SA 5T5PA 1SLTA 1LGBA 1INYA 4NOTA 1SACA 3TIAA 5SV8A 5AVAA 4H53A 1KQRA 2F13A 1NNCA 4GDJA 4YW5A 4FPKA 3OYWB 1WBLA 2D6PA 2OUJA 3V65A 4MWYA 3N7MA 5BYNA 4GXLA 4FP3A 1O4YA 1VALA 3I8TA 4BMBA 4MWUA 4CPLA 3R05A 5GLUA 2SILA 4WZFA 2JJ6A 3GALA 3TB0A 3WHUA 4YFZA 1CVNA 1V0EA 3OY8B 1KRIA 1A78A 4YG6A 3AJZA 1LHNA 2V73A 2ES3A 2XZJA 1APNA 1S0BA 3NV3A 2W5OA 1V6KA 4WA3A 3HMYA 4FPOB 3AP5A 5IK5A 1F8DA 2TEPA 5H9RA 1EUTA 4FQ4A 2BATA 3CNAA 1DQ6A 2BZDA 1MWEA 1QU0A 2YA4A 1QOSA 2HU4A 5GZDA 4FPGA 5HCBA 4QN5A 1L7GA 3TI8A 1AVBA 1LU2A 1EURA 3WDUA 2DTWA 1SCSA 4FVVA 4YGBA 1CPNA 1U0AA 3WG3A 3A0KA 2ZGRA 3OGGA 1LODA 3NN9A 4GEZA 2VVZA 1LOCA 3H73A 4XBNA 5DG2A 2YMZA 3B3QE 3IPVA 2NZ9A 1W6MA 3AX4A 4AVVA 2P3KA 2QWEA 4MX0A 3AZXA 1Q8SA 3B00A 3TAYA 3O9JA 1XOEA 4ZXKA 5CA6A 3IMNA 4FPJA 4HANA 3BTAA 2AR6A 1LOBA 2XZIA 4FPCA 4YM2A 4XJAA 1Q56A 2B7YA 3O12A 2VK7A 4MWRA 4LBOA 3WVJA 1ONAA 4K20A 1BQPA 1AXYA 3O0XA 4Z8BA 4R9CA 5T55A 1UMZA 3GVJA 1RINA 1HKDA 3V0AA 2B8HA 4LBKA 1DIWA 4FOWA 4K1YA 1GNZA 4XMAA 1LOFA 3TI3A 4CPYA 1V6JA 2XB6C 4Q2FA 1SBFA 5NN9A 4XTMA 4Y1UA 3NWKA 1G8WA 2R0HA 4ITCA 4DRVA 3VV1A 1LHVA 1AX1A 3IM0A 3ILRA 2RHPA 4XTPA 5GLZA 5IK4A 1C1LA 4Y1VA 2ZGPA 3SITA 5GLWA 2A70A 2ZGSA 1W8NA 5DG1A 2DV9A 3BOPA 2D44A 4YZ4A 1W6NA 4BBWA 1NNAA 4Y1XA 3ZSLA 4M4UA 4WVVA 4XHBA 3AP7A 1JYCA 4Y24A 2YY1A 5HUGA 4GKYA 3POSA 2EIGA 3AP9A 1MVQA 4M3CE 5T52A 2I2SA 2DUOA 2UWBA 5GZEA 2AUYA 3WV6A 1LCLA 1MS1A 1PZ7A 2ZB5A 4BOWA 1LU1A 1S0GA 2F0ZA 4MJUA 1Z4WA 1IVFA 4YGCA 2ZB6A 1W6PA 4CPNA 4CPOA 2VUAA 4DGRA 1MS3A 2LALA 4J9TA 4R9DA 1WLWA 3QLQA 4YM1A 4I30A 5GLTA 1INFA 2VSMA 2CYFA 4LBMA 3B9CA 2Q5TA 1I1EA 3T1EA 1AXZA 4AVTA 2ZHNA 5GM0A 3ZXEA 1NSDA 2GNMA 4XBLA 1DZQA 4XIOA 3ALXA 1FV2A 5GZFA 4M3CA 2YDPA 4XE9A 2EF6A 2VK5A 4IQPA 1Y7BA 3RG0A 4HZZA 4M3MA 3ZYPA 1DYPA 3AK0A 2R16A 2ZGTA 3WDVA 4Y22A 4XJRA 1QOOA 3AZWA 3O0VA 2JDZA 4TZDA 4UW4A 2VW2A 1NCAN 2PELA 3OJBA 2E7QA 2QWHA 2C9AA 1HQWA 3CYEA 1S0JA 4RL7A 4XJ9A 4XYXA 4FJ6A 1GZWB 2VU9A 1MR5A 1WW4A 4XJQA 3AP6A 4MWLA 1VIWB 1A8DA 4XOGA 1Z0HA 1QNWA 3I4IA 1V00A 1E8VA 2YDTA 1C57A 1E8TA 4GALA 1IOAA 1LOGA 5T54A 1VCJA 1DHKB 1OQ1A 4JF7A 5JVVA 1UPSA 1Z4ZA 4OZXA 2F27A 3RQ0A 3VKMA 1CONA 2ZACA 3NV1A 4GWNA 3V0BB 4MC7A 1LGCA 2QWIA 3O5SA 1N3QA 2GMEA 1G9FA 5CB7A 1SBEA 1G9BA 3WG1A 2W08A 4YLZA 3WUDA 4XXPA 2DU1A 1B9TA 3RSJA 2A7AA 1LHUA 2ZHKA 4UW3A 2F10A 5HUNA 3WG4A 2AENA 2ZA9A 1LEMA 4GZOA 3ZXJA 1G9DA 4ATFA 1HDKA 5HX0A 3B01A 1JOJA 2QWGA 1LOFC 2ZBJA 1C4RA 1IS6A 3VKOA 4LBLA 1AX2A 3H6JA 4Y1YA 1V6IA 1NMAN 2WT0A 4MWXA 1WD4A 5T5OA 4X6KA 1QF3A 1NMBN 2PHRA 3O9KA 1TEIA 3WG2A 2W39A 1INGA 1H9PA 1D2SA 4K1JA 1IS5A 2JECA 4Q8KA 1B09A 3HN1A 4B7QA 1ULDA 2VW0A 4X4AA 1XOGA 3OYWA 1Q8VA 1RIRA 3JUUA 3K37A 1Z4YA 2P2KA 3IKWA 1YXWA 1LOEA 1GYKA 3N35A 1N1SA 3D6EA 2DUPA 2D6LX 1NCDN 2CTVA 2F12A 1N1VA 5T5LA 2PHXA 3OY8A 3FLTA 5F5QA 3DUIA 2R49A 4GA9A 3K36A 1VAVA 1ULEA 1X50A 3JU4A 3APBA 3MW3A 3GVKA 2ZHMA 4FQZA 4JCKA 5GLVA 2VH9A 4RA0A 4B7JA 2F25A 3LCPA 3C2UA 3FUQA 6NN9A 4Q1RA 4Y1ZA 2D6NA 3T1LA 1N3OA 4YGEA 4FZHA 4Y20A 1N47A 5E89A 2F11A 1WLDA 4UW5A 1V6MA 2HT7A 1S0DA 2PHUA 1D0HA 1LENA 3PMEA 3H0OA 1S0EA 1G9AA 3AZZA 2A6YA 5DZGA 2QWAA 2D6MA 1H9WA 4K1HA 1Z4VA 4D8SA 1AJKA 3WDXA 5T5JA 4HZWA 2Z42A 2P37A 3ZXLA 3M1HA 2UWCA 5GZCA 2UURA 4UF7A 4YZ1A 1QDOA 3BODA 1LOAA 4B7NA 4YZ5A 1IS4A 2PHWA 2YXSA 3R4UA 2XCYA 4XIKA 2W38A 5HUKA 4KBBA 1MS4A 3AJYA 2GDFA 1F5FA 4Q26A 2ZMKA 1Q8PA 3W59A 2WNEA 1GNHA 1KDKA 2DWRA 1NMCA 4GWMA 1IVGA 4GZPA 1HLCA 3ZSMA 3WLUA 4XZPA 2D6KA 2JE9A 2C4LA 3K3AA 4MJVA 1A4GA 1KJLA 2JKBA 3WDTA 4X47A 4YW1A 4CPMA 4FPFA 5E8AA 3RS6A 4XJUA 1VAMA 1YI7A 4R9BA 2SBAA 2QWDA 4LBJA 3AXEA 1L7FA 1URXA 2PHTA 3SNMA 4CZSA 1UAIA 2AEPA 4KS4A 1PZ9A 2ENRA 1CESA 2A6VA 1KJRA 2YZ4A 1SLCA 5IUQA 2D3PA 1G7YA 4HZXA 2EAKA 1NCCN 2G4IA 1R1ZA 2GALA 1MS9A 4JC1A 3ILFA 2YA5A 4PQ9A 2YV8A 2X9MA 1VCUA 2E51A 3D5OA 2YA8A 2YA7A 5CNAA 1W6OA 3AZVA 1FYUA 1FV3A 1V3BA 1WBFA 1E8UA 1DQ2A 1DQ1A 4YW2A 1INXA 1AZDA 1DQ0A 4Q1PA 3A4UA 4H52A 4QN6A 2NMOA 1F31A 5DZFA 3ILNA 4M01A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2W8BA 3WCRA 4FPYA 4TTGA 1YNAA 2W20A 2GMMA 1CR7A 3BEQA 1JYVA 1WLCA 1HB4A 4DY3A 3FLPA 4QB6A 4X8PA 5JI9A 2F28A 4MWJA 1YFUA 4AI9A 5A1AA 3GHNA 2O1QA 5GZGA 4S2HA 1W6QA 2ARXA 5JOZA 4QD2A 2D43A 1SLIA 3CKZA 2EA7A 1OFSA 3GCXA 4KG8A 2W5FA 4LORA 5H9SA 1GMMA 2K9ZA 5FMDA 5JSRA 4M4PA 1NZCA 3J7LA 4IGOA 3CF6E 4AEDA 4HETA 4AI1A 1M06G 3NQHA 3TOJA 5BNNA 3D4KA 4P9GA 4QB2A 4QQLA 1H1AA 3DXUA 3B5LB 4D52A 5FZHA 3MV01 4GB1A 1DGLA 5FUNA 2TNFA 1C28A 1FMD3 2QQIA 5ACA1 1B9SA 1N7DA 5FP8A 3LEKA 4BQ4A 2WA4A 3O4PA 2A3XA 5CADA 5F32A 3IDAA 4ZZ8A 4C1YB 4IEUA 1HB3A 3H3UA 1RMU3 3KV5A 1DCSA 2ZGNA 3RRDA 3VKFC 4QN4A 1W9YA 3Q8EA 3ZLIA 3A22A 5FO9B 3M2MA 4C90A 2RS31 5G05L 1SDDB 5FOJB 5E88A 3U75A 1YHFA 2MEV1 5CFDC 2BUKA 3T1MA 1ENXA 3WQ0A 4P9JA 1N1TA 1BJQA 2WKKA 2HWE2 3RI9A 2W2IA 4LHKA 1NA1B 3LA7A 3ST7A 4U36A 3LI5A 2H0BA 4PI0A 4QNPA 3SOVA 4KI5M 5DAXA 5FLJA 3VBHC 3I7DA 1H8TA 5FZ6A 1R091 1W0OA 3HR9A 1GSLA 4F83A 1O7FA 1INHA 2J1EA 5J96B 4OI0A 2YC4A 3ETPA 2R042 3GCWA 3ZVXA 4ARYA 4OZOA 1W21A 2GNDA 5A3LA 5FDBA 5F2SA 4M00A 4C1XA 4NPRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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