4XJWA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin at ph 7.4 in pbs with dmso as the cryoprotectant
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain atcc baa-334 / tigr4)
total genus 200
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xjwA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xjwA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xjwA02
1S0FA 2VY0A 1I1EA 1Q8SA 1USRA 2VW2A 3CNAA 1G7YA 1IKPA 1GANA 5E88A 3ZXKA 5JYYA 1QKQA 1SLIA 5L73A 3AK0A 2ZB6A 3N7JA 4GKYA 4FP3A 4BM8A 4DPNA 2ERFA 2W5NA 3BODA 2A5ZA 3H6JA 2V73A 1LOGA 4HZXA 1UZZA 1KQRA 1LESA 4MWJA 4CPNA 1XQNA 1PZ7A 3FBYA 2W5OA 2W39A 2HT5A 2NP0A 4M00A 1LOEA 2CWMA 2ENRA 2D3RA 4BMBA 1N1SA 2NMNA 4XTMA 4LBQD 1AJKA 2HU4A 4XMIA 5HCFA 2DVDA 4LBKA 4M4VA 2A7AA 3A0KA 4ZXKA 2R49A 1DLLA 4ITCA 4Y22B 7NN9A 1AZDA 2VVZA 3OYWA 3H73A 2QWGA 4WA5A 1WUVA 1FYUA 1WCSA 3GNEA 2PELA 1BQPA 4XIOA 4FPEA 2HTYA 4YGEA 5HUKA 4LBNA 4Y20A 2AYHA 2UU8A 2WT0A 4YGDA 3QLQA 1ENSA 2CY6A 2JKBA 2Q5TA 4R9CA 3FUQA 1DFQA 2A70A 2WT1A 1NCDN 1LTEA 1MS8A 3ALXA 6NN9A 2R1BA 5DZEA 1A4GA 1CQ9A 1LOCA 1G9AA 5NN9A 2EAKA 5DXDA 3CL0A 1W6MB 4MWLA 3UL2A 2PHTA 3SLIA 4CPLA 2AR6A 2C9AA 1IVDA 1JN2P 3MPPG 5GZGA 2NM1A 3INAA 1SLCA 5KXEA 4BOWA 3SISA 3WDUA 4MYEA 1UN1A 1CPNA 2P3KA 3ZXEA 2JE7A 2JDZA 1WLWA 2YA6A 1G9FA 4H55A 4FPYA 3V64A 4UW4A 1W20A 1YIFA 2W08A 2DV9A 5IK5A 2UWCA 1OFSA 1X50A 4HZZA 4YZ5A 3MW2A 1SLLA 1WD3A 2ES3A 5GLVA 1G9BA 4LBOA 4HZYA 4XXAA 3TAYA 1EUSA 3D12A 2A3WA 1MZ6A 4WV8A 1CR7A 4GWMA 5GLWA 3CYEA 1EURA 1JHNA 1S0EA 5FREA 1W8NA 4XBLA 1DHKB 2UWAA 5BYNA 4UW6A 5F5QA 2A6YA 1V3EA 4ISQA 2QWKA 3OBTA 2P34A 4NN9A 3JU9A 2ZGOA 2H0BA 1NCBN 4K20A 1VAMA 2AENA 1ULEA 1INHA 2GDFA 2QWEA 4CPMA 1LEMA 2YA8A 4FOYA 3OPZA 2YROA 3TICA 1N1VA 5GM0A 2VU9A 3SH4A 2A6WA 1IOAA 1HQWA 1WCQA 1UMZA 1FAYA 1LULA 4J9TA 3BOPA 3WG4A 3AYEA 1MS4A 5EYYA 2BZDA 3T2TA 2NMOA 1NCAN 3I4IA 1LHUA 1V0EA 1KITA 4FPFA 1LOAA 2D6NA 3U4XA 4GZPA 4HIZA 1KJLA 4YG3A 1A78A 5GZDA 4U2AA 4DRRA 5E8AA 1W6MA 1MS3A 4WA4A 2F26A 1N3OA 1SFYA 3RSJA 4CPYA 3TI5A 5T5LA 5KXBA 4XILA 3AP9A 1JUIA 1SO7A 3MW3A 1LCLA 4WVVA 2F0ZA 1W0PA 1INFA 3O0VA 2QWIA 1LGCA 2DUOA 2HU0A 4XXPA 2QWDA 4XBQA 3O9KA 4XJRA 3WDXA 1LOFC 4H53A 1QNWA 4ATEA 1DQ0A 4WEGA 5JLVA 5H9RA 2W38A 1Y7BA 1RITA 3AYCA 4BLIA 2WSVA 1ULCA 2PHFA 3NN9A 5IK8A 3SITA 4JF7A 1F31A 3ZXLA 1LOBA 2DVAA 1TEIA 2F11A 1Z4WA 3ZSJA 1NNBA 4X47A 4AGRA 4XE9A 2JECA 2F12A 1V6KA 1S0GA 3FFZA 3D4KA 1U0AA 1LENA 2B7YA 2YA5A 1NNAA 2ZBJA 4I00A 4GWNA 4CPZA 3LSEA 3L2YA 4FOWA 1YXWA 3T1MA 2F29A 4F83A 5DZFA 3APBA 1C1FA 2GNDA 2CMLA 3M1HA 2GNMA 3OYWB 2ZGMA 1W6PB 1YO8A 2ZGQA 1UX6A 5T5PA 2HYKA 1NXD1 4P9WA 4XJAA 2A3XA 3RMYA 3VKFC 4Y20B 4BQ1A 4NC5A 2I2SA 1ZA4A 1JYIA 1IVGA 2HTQA 1Z4VA 4YLZA 4K21A 3UJOA 3ALWA 4BMEA 1CPMA 3SANA 3AZWA 1NSCA 3C2UA 4R9DA 3K36A 2DVGA 2ZACA 4QN5A 2NZ9A 3TI3A 1ENRA 4Y24A 2W52A 5M1ZA 1V6MA 3OGGA 2BERA 1VIWB 2HTRA 1E8VA 1HQLA 2W68A 2WSUA 4P9XA 3VKMA 4B7RA 1Z78A 4K1IA 4TYSA 4XJ9A 3IN9A 4AVVA 3ASIA 3IKWA 1NCCN 1Q8VA 3NV4A 2ZHLA 4MWQA 4AVSA 3SNMA 2D6KA 5DG1A 1XOEA 1AXYA 4M3CB 1DBNA 4NOTA 1I3HA 2WKKA 2R1DA 3O9JA 3DGTA 2VSMA 2P2KA 3AJYA 4NO4A 5IK4A 2PHXA 1USXA 3WLUA 1MVQA 1UZYA 3M3OA 1MR5A 3ENRA 1G9CA 4YM0A 5T5OA 1F8CA 2VH9A 1VLNA 1GZWB 1FATA 1OQ1A 1LJ7A 3INBA 2QWAA 1GV9A 4DGRA 4WVWA 3BEQA 4FZHA 1IVCA 3AP4A 3AX4A 2VW0A 4TZDA 4K1ZA 3NWKA 5CA6A 1EUTA 1O4ZA 1WW6A 2NYYA 1V3DA 3O5SA 5HUNA 3N35A 5T52A 5CAZA 4FQZA 1KDKA 2EALA 3QCWA 2YXSA 2P3JA 1NMAN 1UAIA 4Q26A 1W6QB 3B00A 3R4SA 3T1EA 4GDJA 1MS0A 3ZPYA 3NV3A 1SLBA 2VXRA 2SLIA 4YZ3A 3RMXA 1W8OA 1W6PA 2EXJA 3VUOA 1N3QA 5HX0A 3LSDA 3V0BB 4AGGA 4YM1A 5HUMA 2HT7A 3BIWE 2XZJA 1DIWA 3K3AA 4XDQA 4DS0A 3H72A 2E7TA 4MWVA 1LU1A 4MJUA 2ZMKA 4AGVA 5JDBA 4PBPA 4FOVA 2C4LA 1D2SA 2VSKA 1Q8OA 1DQ4A 5JOWA 3IPVB 1Q8QA 4Y1UA 1Z4ZA 4GJTA 1NLSA 3M3EA 3ZXJA 3WG3A 2XG3A 2UWBA 1DQ2A 3A4UA 1APNA 3HR9A 2GNTA 1C4RA 4CTEA 4ASMB 1CONA 2ZABA 1LODA 1CVNA 1NSDA 1WD4A 1INGA 4WEFA 3ZXFA 3O0XA 4XJUA 4GALA 1UKGA 3GALA 4M3CA 4FPOB 1B9VA 3AP6A 2EXHA 2QWCA 1DYKA 3AZXA 4YFZA 1EUUA 4FPHA 4YFWA 4YGBA 1N1YA 3Q9OA 4GZOA 4UF7A 2G4IA 1GNHA 4WZFA 3WDVA 1JW6A 3ZYRA 1ULGA 2D44A 2D43A 2ZGKA 1JXNA 2ZMNA 5IUQA 4HANA 2W20A 2ZHNA 1EPWA 3D6EA 2CNAA 1GSLA 1B9SA 4P9YA 1MVEA 1GZWA 4MWRA 1QU0A 3ZSMA 2QWFA 3B01A 1SLAA 3KQRA 4PF5A 3NV2A 4HL0A 3AZVA 1JBCA 4XZPA 1F5FA 4H52A 2F28A 4QNPA 2CWSA 4XBNA 4KS5A 4M3CF 3N3HA 5H9SA 4B7NA 5GALA 4YM2A 2HTVA 2DVBA 3TIAA 1QDOA 3SH3A 4Y1XA 3N36A 5B2DA 2D3PA 1WW4A 3AXEA 1W6QA 4M3CE 1PZ9A 4FQ4A 5HCBA 2XCYA 1QDCA 1HKDA 3POSA 4K3YA 1Q56A 1SNTA 1MS1A 4XHBA 4XJQA 3I8TA 3V0BA 3AJZA 4B7QA 1G8WA 4HZVA 2ZHMA 4FP2A 2ZMLA 1SCRA 2A6VA 1URXA 4KS4A 4Q6KA 1DQ1A 1LEDA 4OZXA 3RQ0A 1V00A 3TI8A 1WLDA 1XOGA 4CPOA 4I30A 1CN1A 4UW5A 2LTNA 2YA4A 2GALA 4P14A 2A71A 5HUGA 4NCSA 1LHNA 3IPVA 1IVBA 4AWDA 1V6JA 1Z50A 4JRAA 2ZHKA 4K1HA 2YV8A 1DILA 1NMBN 1GICA 1FNZA 1YYNA 4FOQA 3WHUA 1R1ZA 3N7KA 1NNCA 4IQPA 1INWA 3JU4A 5FRAA 1KDMA 4GZSA 4Q1PA 3BTAA 3USUB 4X6KA 4BBWA 2DUPA 1PZ8A 4YG6A 4GA9A 4Y1VA 3AYDA 4MWWA 1DQ5A 3GVJA 1GZ9A 3CL2A 3RS6A 3JUUA 1CESA 3PJQA 2YZ4A 1GLHA 1S0JA 1BKZA 2ARBA 4FVKA 3AZZA 3PVNA 1V2IA 2A6XA 4XIKA 4Z8BA 3GVLA 2FMDA 2VK7A 2RKCA 1KJRA 3UK9A 1H30A 4YW3A 2VUAA 3WVJA 1A3KA 1NSBA 1E8UA 2HT8A 4BPZA 2XZKA 4YW4A 3POYA 2PHWA 1QNYA 2SIMA 3ILRA 5IT6A 1Z4XA 3TIBA 4FPGA 1ULFA 2F25A 3V0AA 3PMEA 4C1WA 2JD4A 1LHWA 2GMEA 1QF3A 1V3BA 1L7FA 2R0FA 4LBMA 1C1LA 2QWJA 2E51A 3H71A 1AX0A 3NSSA 1IVEA 4GB1A 3GVKA 3WDWA 1Q8PA 5HCAA 3RG0A 4R9BA 3AYAA 2QWHA 3K38A 2D7FA 1VCUA 1IS5A 5T55A 4GZTA 1DYPA 1FV3A 1GYKA 1QMJA 4GZXA 1J1TA 1SBFA 3W59A 1LOFA 3SH5A 4XOGA 3ZYPA 3A71A 2DTYA 4UW3A 4K1JA 2OUJA 2DUQA 3POWA 1A4QA 1MACA 3TI4A 1BZWA 2HTUA 4LBQB 3VKLA 3K37A 3WHTA 1YRZA 4M4NA 3B7EA 2AGSA 4K1KA 4MC7A 4KBBA 4FPJA 5H9QA 2DTWA 3WUCA 1H9WA 4YZ2A 1O4YA 2YY1A 4YGCA 3TI6A 1C57A 3ATGA 3PVEA 1B9TA 4WA3A 3USUA 2WT2A 1BJQA 1E8TA 5SV8A 3WCRA 1MS9A 4X4AA 1SBDA 4GDIA 5EYXA 4XJ8A 3WG2A 4QN3A 4D8SA 3MEPA 2GMMA 3OJBA 1FV2A 2DURA 2ZA9A 1Z4YA 3AP7A 3LCPA 4DQAA 4FJ6A 4PQ9A 4GEZA 4ATFA 1D0HA 1H9PA 1VALA 1BXHA 1F8EA 2YMZA 5F9TA 4BLJA 2ZGLA 1WBLA 2A75A 3O0WA 1UPSA 1B09A 1F8BA 2A6ZA 5EWSA 3B9CA 2R16A 1CIWA 5JOZA 2D6LX 2NN8A 5B2CA 4Y1YA 1NN2A 1LGNA 2ZGSA 1JYCA 4GZWA 3ZSKA 2WNEA 3WZ1A 3PVOA 4YZ1A 3AFKA 2C5DA 2V5YA 2C4AA 5EXOA 3R05A 5IK7A 4FPCA 1CJPA 3OY8B 1QOOA 2OVUA 4Y1ZA 2CTVA 1MS5A 4MWYA 1GBGA 4MWUA 2ZB5A 5GJ6A 4KS2A 4FPKA 3FLPA 4XMAA 3FUOA 4KS1A 4X49A 2RHPA 3TB0A 2WLQA 4RA0A 1LU2A 4R9AA 5JOYA 1SBEA 4MX0A 1W21A 4K1YA 2JE9A 2TEPA 5CB7A 4ZKTB 3ZSLA 1A14N 3OBRA 1BYHA 4Q8LA 1LECA 4LBQA 5GZCA 1V6IA 1V3CA 4Q2FA 2ZGRA 1ULDA 1QOSA 5E89A 4YZ4A 5GLZA 1F8DA 5KXCA 1S0DA 4L8QA 2R0HA 5DUVA 1N47A 5T50A 4FVVA 3W58A 2WQZC 3N7MA 3RRDA 1L7HA 2EIGA 1AVBA 1LHVA 4CZSA 2JJ6A 4B7MA 1W6NB 4MWXA 2HTWA 2ZAAA 2GN7A 3WNXA 1A8DA 2A3YA 2BF6A 1RIRA 3SALA 4YW2A 2GNBA 3DUIA 2PHUA 4GKXA 3ZVXA 2WJSA 1N3PA 4HZWA 2ZKNA 3WDTA 2P3IA 4U36A 3AXDA 2DWRA 2DU0A 4C1XA 2P37A 5GLTA 2AH2A 4PBOA 4LBJA 2UURA 1W1XA 2CL2A 5AVAA 3H0OA 2AREA 3WCSA 4M3MA 1DIMA 1KRIA 1SCSA 4GXLA 2QWBA 3V0AB 5DUWA 5JVVA 1WLCA 4MZAA 2EXKA 3UJQA 1ONAA 3WUDA 1SACA 3CKZA 1HLCA 1N1TA 2F27A 5DUUA 2DVFA 1DQ6A 3M3CA 1V6NA 4XYXA 1VCJA 4DRVA 5JMCA 3HN1A 1V6OA 1W6OB 2LALA 5T5JA 4Q1RA 5KXDA 3R4UA 1IVFA 3OY8A 2YDPA 1INVA 1ZM1A 4Y22A 2DYCA 2OUHA 1SLTA 4W65A 2VWDA 5T54A 4AVTA 1MWEA 1OKQA 1FNYA 2YDTA 2AEPA 4JC1A 4PCRA 1S0IA 5LK5A 2F10A 5H9PA 2SILA 1Z0HA 3B69A 3WV6A 4QN4A 3HMYA 1JOJA 1V0ZA 4QN7A 1GKBA 1YI7A 2GN3A 2YA7A 5JOXA 4AYUA 4XJWA 3ILNA 2ZZJA 2VK5A 3WDYA 2DU1A 3FLRA 5DG2A 4YW1A 2ZGTA 1S0BA 2BATA 1INYA 1IS6A 1UL9A 3VV1A 1F9KA 4LBLA 4FPLA 4D69A 1QOTA 3B3QE 1G86A 1W6NA 2XB6C 3ILFA 2D6MA 1DGLA 4GZQA 3V65A 1S1AA 3MW4A 2PHRA 1IS3A 1BJIA 2ARXA 1INXA 2Z42A 4JCKA 4DFSA 3N7LA 1IS4A 4Q8KA 2X9MA 4Q27A 4YG0A 5DZGA 3D11A 5DUXA 2SBAA 5GZEA 4KS3A 1V6LA 4B7JA 3W09A 1L7GA 1IKQA 1V0FA 2VW1A 3T1LA 3FLTA 5GLUA 3NV1A 4CRQA 1DZQA 3K39A 2E7QA 2CYFA 4RL7A 1AX2A 2KM2A 2ZGNA 3A72A 2ZGPA 4YW5A 1GNZA 1VAVA 4ISRA 1WW7A 3SILA 1G9DA 2EF6A 3AZYA 1W6OA 4MJVA 4M4UA 1WW5A 1AXZA 3WOGA 2E6VA 3VKOA 2EXIA 2B8HA 3D5OA 2AUYA 2D6PA 2XZIA 2BQPA 5CNAA 1W0OA 2GMPA 3A0NA 1AX1A 3M3QA 2FHRA 2F13A 4SLIA 5GZFA 5CBLA 2D6OX 4M01A 4XJZA 4YM3A 1AXKA 4XHXA 4MZEA 1RINA 1NMCA 1WBFA 1QGLA 4XTPA 3IMNA 2AEQA 1S0CA 1HDKA 1AJOA 2VK6A 2D3SA 1AF9A 3KM5A 1LGBA 2E53A 1MZ5A 3O12A 4QN6A 1GZCA 4Y26A 2F24A 3IM0A 1FX5A 3WG1A 3VKNA 2OW4A 1LHOA 2ZGUA 1ENQA 3AP5A 3M2MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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