4XJWA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin at ph 7.4 in pbs with dmso as the cryoprotectant
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain atcc baa-334 / tigr4)
total genus 200
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xjwA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xjwA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xjwA02
1JW6A 1Q8PA 1NSDA 5HCBA 1IVGA 4FOVA 1SNTA 4M00A 3VKMA 2YDTA 3AXEA 2AEQA 5JLVA 2BF6A 1LODA 1L7FA 3R4UA 1NMBN 4BQ1A 1W6PB 2E7QA 2YA7A 2F29A 3AZZA 4HL0A 3BEQA 1LTEA 2DUPA 5SV8A 1G86A 4XJZA 4UF7A 3WDVA 5CA6A 4PBPA 1LGCA 2GDFA 1A78A 2OW4A 4FPFA 4CPYA 4UW3A 3ALWA 2DVFA 1LJ7A 4ITCA 3T2TA 2ZZJA 4CPLA 1INVA 2QWIA 2UWBA 1V6MA 1C4RA 4AGRA 2C9AA 4XTPA 4YZ4A 4BMEA 4AVVA 1FYUA 1S0GA 2AGSA 2WQZC 3NV4A 3QCWA 3OPZA 1NNCA 1NCAN 4LBLA 1N1SA 3MEPA 1JUIA 1AZDA 5GZFA 2W5OA 3AYEA 2ZABA 1GNHA 3RMXA 4NO4A 1NCDN 1HQWA 3V65A 5DXDA 2VSKA 1WLCA 4YG3A 2VW0A 5KXCA 1N3PA 3HMYA 2HTUA 3UJOA 1F8CA 3O0XA 3ZYPA 3LSDA 4AWDA 1D2SA 1CN1A 4C1WA 2WJSA 2R0FA 4B7JA 2PHTA 4XJRA 3WHUA 3W09A 4JF7A 1CESA 4HZXA 3TB0A 2HTVA 1ENRA 1WD4A 2OUJA 4D8SA 1JOJA 1W6QB 3GALA 1Z4YA 1E8TA 1G9AA 4JRAA 2E6VA 1L7HA 2ZGQA 1BJIA 4QN7A 4FPOB 3TAYA 2G4IA 1LOCA 1V6LA 2ENRA 2NMOA 3K38A 2F26A 4BMBA 1V6IA 2YV8A 3MW2A 1WCSA 4YW3A 1RIRA 2CMLA 4NC5A 3WHTA 3SISA 3USUB 1A4QA 1VALA 4MWQA 1D0HA 1UZZA 1YI7A 4MWJA 2XG3A 1YXWA 4MJUA 2GNBA 1QOTA 4GZQA 1QMJA 2SILA 4UW6A 4TYSA 1G9FA 1LHWA 2JE9A 5DZGA 4WA3A 2UU8A 4DRVA 2E53A 1Q8QA 4XBNA 1EPWA 2ZBJA 2VK7A 3AP6A 1AF9A 3A4UA 4YW5A 4XHBA 2GNDA 4FP2A 2YDPA 2VW1A 2P34A 4WV8A 2V5YA 3ZSJA 4Y22A 4CRQA 1V2IA 1FV3A 1AVBA 4X47A 4ATFA 2R1DA 1W0OA 4Y20B 1IS4A 1ULFA 3FBYA 1IOAA 1Z4VA 4LBOA 4OZXA 1AX2A 1U0AA 3AJZA 5EXOA 1EUUA 1GNZA 4K1JA 1KDKA 4YW2A 2CY6A 1ZM1A 3FUQA 1F31A 1S0CA 1FATA 2QWGA 1INYA 4QN5A 4PCRA 1OKQA 3A0KA 4Q1PA 1QOOA 3ZVXA 4Q26A 1W21A 5T5JA 4GZSA 5H9PA 3RSJA 3VUOA 4AVTA 2F25A 2P3JA 3IMNA 1EURA 3WV6A 3V0AB 5CAZA 2EF6A 1LENA 3RRDA 3T1EA 2F28A 3NWKA 3ZXKA 2ZMLA 2EXKA 3NN9A 3TI5A 1Z78A 3ALXA 2XZKA 1VCJA 3JUUA 2D6KA 1LHUA 4HANA 2ZB6A 3ZXLA 5JMCA 2W20A 1V3DA 2FMDA 2DURA 1UAIA 4MWRA 3WG3A 1V0EA 2ZHMA 4XXPA 1ENSA 1MR5A 4GWNA 2HTYA 2EIGA 3O0WA 4JC1A 1LGBA 2XZJA 2A3XA 1V3BA 3H73A 5HCAA 3AZWA 4GDIA 1WW6A 4KS3A 2PHRA 1DQ1A 4XTMA 1CR7A 1DBNA 1MWEA 3RMYA 4Y1YA 1R1ZA 3T1MA 2F24A 2CWSA 3WVJA 5JOXA 1SFYA 1FX5A 1GSLA 1SLAA 5GJ6A 4LBQA 4KS4A 4XHXA 3N7JA 3WG4A 2VSMA 2W39A 4FVKA 1VLNA 2YA8A 4LBMA 1H9PA 3IPVA 4XMAA 1MS4A 4Q8LA 4BM8A 3USUA 2CL2A 2HU0A 1V6JA 3BTAA 2DYCA 4F83A 4XZPA 3B3QE 4DPNA 1W6NB 1S0IA 1V0FA 1URXA 1Z50A 4LBQD 5GLWA 1INFA 3TI6A 3B01A 4X6KA 3ILFA 3M3EA 2F12A 4Y24A 5IK4A 4MWYA 3RQ0A 1GANA 2F27A 3RS6A 4YW4A 3FLTA 4FVVA 1S0FA 4YGCA 3D11A 1USXA 5BYNA 3A71A 1N3QA 1GZWA 2DU0A 4R9DA 1DQ0A 2XZIA 4PQ9A 1LECA 2W38A 2A6VA 4GZOA 5JOWA 3K39A 4M3CE 2AEPA 3NV1A 4B7NA 1W6OA 1GBGA 3WG1A 1AXKA 1ULEA 3PMEA 1INXA 4AYUA 2NN8A 1UX6A 4HIZA 1A8DA 2QWEA 2ZACA 4GWMA 3TIBA 3WOGA 4GJTA 4MX0A 1LOGA 5T52A 1N47A 3WDYA 3A0NA 2A3WA 4ATEA 4K1ZA 3AZYA 4GKYA 4CPOA 2VXRA 3V0AA 4M01A 1A14N 2D6PA 2NMNA 2ES3A 1QDOA 3DGTA 4K1HA 3OYWB 1LHVA 4FJ6A 4YM2A 2H0BA 4XBQA 1LGNA 1WBLA 4X4AA 4WA4A 5T54A 5T5PA 4ISRA 2ZMNA 1JYCA 1KQRA 1C57A 2GMPA 4SLIA 1S0DA 4M3CA 3V64A 1WW5A 1G8WA 5KXEA 1BZWA 1NN2A 5T5LA 5GLUA 1KRIA 2VW2A 1DQ6A 5GZGA 1VAVA 1I3HA 5IUQA 4YG0A 2ZGPA 3B69A 2D6NA 3ZXEA 1QGLA 3W58A 2NM1A 4P9WA 2QWJA 3WLUA 4B7QA 1IVEA 2X9MA 4B7RA 5T55A 1PZ9A 1C1FA 1MS9A 1B09A 4K21A 3VKNA 1V3CA 2D3PA 2NP0A 4KS1A 3POYA 3V0BB 4MWXA 2A3YA 1GKBA 3O9JA 1W0PA 2UWAA 2A6WA 3DUIA 5H9SA 1JYIA 1AX1A 4QN3A 3TIAA 2DV9A 1UL9A 1Q8OA 3PVOA 5FRAA 2WT0A 2DVBA 2WKKA 3VKOA 3ILRA 1NSBA 2ZAAA 1SLTA 2EAKA 2A5ZA 3UL2A 1IVFA 4FPEA 2HT7A 2VUAA 3SNMA 2ZKNA 1DGLA 5CB7A 1IKQA 2EXIA 4Q2FA 1H30A 1WCQA 5GZCA 3WDXA 3D12A 3WCSA 1SO7A 1IVDA 1BJQA 1QF3A 2JDZA 3LCPA 1QKQA 1MS3A 3Q9OA 3GNEA 3POSA 3QLQA 3M3CA 2AYHA 1DILA 5DZEA 4WEGA 4U2AA 4BPZA 5F5QA 1Q8SA 2WT2A 1BQPA 2ZGMA 4XIOA 1VAMA 5H9RA 4XJ9A 2D43A 3LSEA 4XIKA 3KQRA 2HTQA 3O12A 1UZYA 3WUDA 3AZVA 3N3HA 3PVEA 3WCRA 1W20A 1WW7A 2E7TA 5HUKA 4H53A 4BOWA 2BZDA 5T5OA 1F8BA 3TICA 1BYHA 1QDCA 4FQ4A 3HR9A 4DFSA 2A6YA 1V3EA 2VY0A 1NCBN 4Q8KA 5GLVA 1Q8VA 4MJVA 2AH2A 1W6MB 1N1VA 1JBCA 4FOWA 2E51A 2D6MA 4CPZA 3I4IA 1N1YA 3CNAA 1G9BA 1MVEA 4CTEA 2P3IA 2EXHA 1ENQA 2ZB5A 2R16A 3M1HA 1Y7BA 3WG2A 5GZEA 4Y26A 4RL7A 4TZDA 2GN7A 4XXAA 4KS2A 1W6PA 4CZSA 1NMCA 1LCLA 2Q5TA 2EALA 1QOSA 2B8HA 3H71A 1RINA 1F8DA 1F9KA 4ZKTB 4K3YA 3CL0A 3SANA 1DQ5A 4K20A 1EUTA 1CPNA 4DRRA 4LBNA 1DQ2A 5HX0A 3R4SA 2ARXA 1INHA 2BQPA 3ZYRA 3CKZA 2AR6A 1DYKA 5DZFA 4M3MA 3AX4A 2GN3A 5GZDA 5EYXA 5FREA 2DTYA 1LESA 1IS5A 1SLCA 1INGA 2YA4A 3ZPYA 4XE9A 1NMAN 3SH4A 4GDJA 3B7EA 4MZEA 2JE7A 5AVAA 2YY1A 4GZXA 4ZXKA 1LU1A 2W5NA 1YIFA 1XOGA 3ENRA 7NN9A 1SCSA 1L7GA 1SBFA 4DQAA 1LOEA 1LOFA 5GLZA 1MACA 1WLDA 3ASIA 1INWA 3N7LA 3ZSKA 3AP9A 1IS3A 2A70A 5IK8A 4YZ3A 3AFKA 4NOTA 4ISQA 4B7MA 3IN9A 4GEZA 4FOQA 3GVKA 5LK5A 3OBRA 4GXLA 1GZCA 2D3SA 1S0BA 3IKWA 4Q1RA 1G9DA 2HT8A 2ZHKA 4P9YA 1W6QA 5DUWA 5IT6A 4GA9A 5JOYA 4NCSA 3U4XA 5HUGA 2W52A 2WT1A 2D7FA 4PBOA 3AK0A 2DUQA 1G7YA 4R9BA 2CTVA 2ZGLA 1MZ6A 1GYKA 1LHNA 5E88A 4NN9A 3VV1A 3N36A 2QWDA 3UK9A 4AGVA 2YZ4A 3SALA 4DS0A 2VVZA 2QWKA 1DLLA 3SH5A 1DHKB 3CL2A 5DG1A 3BIWE 1GLHA 3MPPG 1GICA 1J1TA 4Q27A 4WZFA 4M3CF 5H9QA 3PJQA 5KXBA 5DG2A 1SLBA 4R9AA 2QWCA 4XDQA 1F5FA 2A6XA 2YA6A 1QNWA 1LOBA 4M4UA 4XJAA 3B9CA 5EWSA 3O0VA 4I00A 2W08A 4YGBA 5DUXA 1APNA 1CONA 1FV2A 3JU9A 1SCRA 1YRZA 4Y1VA 2LTNA 4Q6KA 1X50A 2HTWA 4BBWA 1MVQA 1ULCA 3T1LA 1V6KA 3INAA 1E8UA 4J9TA 1UPSA 1CVNA 3R05A 2ZGNA 1Z0HA 2P3KA 4DGRA 4WVVA 1O4ZA 5IK7A 1JHNA 3N7KA 2WSUA 4UW4A 3AYAA 4Y20A 1IVBA 4K1IA 2A71A 2KM2A 3TI4A 4GZTA 5B2CA 2AREA 4MWUA 1MS0A 1SACA 2V73A 1EUSA 1JXNA 1V00A 2EXJA 1MS5A 4XMIA 1W8OA 4FQZA 1ULGA 3D4KA 2OVUA 3K3AA 1DQ4A 1OFSA 1CPMA 1DIWA 4FOYA 1E8VA 1V6NA 2OUHA 1FNYA 3GVLA 4BLJA 1B9TA 1NLSA 1DFQA 1W8NA 1TEIA 4K1YA 2YA5A 1PZ7A 2CYFA 2F11A 3SLIA 1VIWB 5GM0A 4XJ8A 2RHPA 1GV9A 4D69A 2P2KA 1HLCA 4LBKA 1YYNA 2SIMA 3N35A 4MC7A 3C2UA 1SBEA 2NZ9A 1B9SA 4FPGA 2QWBA 2C5DA 3BOPA 2ZGKA 1IVCA 2GNTA 2JECA 1N3OA 5M1ZA 3WDTA 2HYKA 2JKBA 4YFZA 4AVSA 1SLIA 2B7YA 4FPJA 1LULA 6NN9A 3POWA 5HUMA 2DVDA 5GLTA 3N7MA 4GALA 1H9WA 2XB6C 3HN1A 3H72A 4LBJA 2I2SA 4YZ5A 2RKCA 4UW5A 2YMZA 3APBA 1CIWA 1V0ZA 1XQNA 2ZGRA 2DTWA 4YLZA 1NXD1 3INBA 2AUYA 2VWDA 4MYEA 5JVVA 1PZ8A 1VCUA 5HCFA 5HUNA 2F10A 4MWLA 2D44A 2C4AA 1Q56A 3FLPA 2XCYA 4M4NA 4CPMA 1A4GA 2DU1A 4GZWA 3VKLA 4AGGA 1W6NA 2WNEA 5B2DA 1IKPA 1O4YA 4MZAA 1ULDA 3I8TA 2GMMA 1Z4XA 1ZA4A 2ZGUA 3WDWA 3FFZA 3A72A 2UWCA 2WSVA 4FPLA 3AP4A 2JJ6A 3AYCA 4Y1XA 3AYDA 1I1EA 4BLIA 2D3RA 2PHFA 4HZVA 4FPCA 2CWMA 2F0ZA 4XJQA 3M2MA 3VKFC 2HT5A 3UJQA 4Z8BA 4LBQB 5E8AA 1AJOA 2VK5A 5IK5A 5EYYA 3IPVB 4MWVA 4WA5A 3WZ1A 2A6ZA 4YG6A 1A3KA 1W1XA 3M3QA 4H55A 1SLLA 3L2YA 1GZ9A 2ZGTA 3SH3A 2QWHA 1RITA 1FNZA 3AZXA 2QWAA 3AP7A 4Y1ZA 3W59A 1BKZA 2DVGA 2ERFA 1SBDA 2ARBA 3K36A 1HKDA 4QN6A 1WLWA 3CYEA 2NYYA 4I30A 3H0OA 2ZHNA 4QN4A 2R0HA 4YM1A 2YXSA 3TI8A 1Z4WA 4FZHA 1IS6A 3PVNA 2D6LX 3OYWA 2PELA 1XOEA 5CBLA 4GB1A 1USRA 2VK6A 4YW1A 4GKXA 4XOGA 4M4VA 1GZWB 4XILA 3WDUA 4YGEA 4HZWA 1JN2P 4R9CA 1LEDA 2BATA 5GALA 1LOAA 3K37A 2AENA 3FUOA 1HDKA 1W6OB 2DUOA 5E89A 5F9TA 3OY8B 5CNAA 3M3OA 4WVWA 1F8EA 4P9XA 3ZXFA 3WUCA 1B9VA 2A75A 3H6JA 4FP3A 3IM0A 1HQLA 1LEMA 3OJBA 3ZSLA 2PHXA 1S1AA 4JCKA 2HU4A 1QNYA 2DVAA 2ZHLA 1LOFC 2A7AA 1FAYA 2QWFA 4YGDA 1BXHA 1NCCN 2SLIA 3V0BA 5JYYA 4XYXA 1NNBA 4YZ2A 4ASMB 5KXDA 4YM0A 1AXZA 1DYPA 1AX0A 3KM5A 1S0JA 3FLRA 1NNAA 2PHWA 3ZSMA 1ONAA 4P14A 3OBTA 2R49A 3GVJA 1NSCA 4XJUA 4M3CB 2HTRA 4HZYA 2ZMKA 1CQ9A 4W65A 3BODA 3NSSA 1LU2A 3MW3A 1DIMA 1V6OA 4PF5A 4QNPA 1S0EA 3WNXA 2UURA 1G9CA 1UKGA 4CPNA 2VH9A 1UN1A 3MW4A 1OQ1A 4IQPA 3ZXJA 3NV3A 4YM3A 1KITA 5DUVA 4C1XA 1MZ5A 3SILA 4KBBA 2ZGSA 2Z42A 2YROA 1DZQA 1Z4ZA 1WBFA 3SITA 1KJRA 2C4LA 1MS8A 4XBLA 4WEFA 4X49A 4HZZA 2D6OX 2BERA 3OGGA 4RA0A 3AP5A 2LALA 3D6EA 1MS1A 4L8QA 1WUVA 2GMEA 1WW4A 3ATGA 4H52A 1W6MA 1CJPA 4Y1UA 2TEPA 2ZA9A 3JU4A 5DUUA 2F13A 1C1LA 2DWRA 2ZGOA 2VU9A 1KJLA 1AJKA 5JDBA 2WLQA 3O9KA 2R1BA 1N1TA 4FPYA 4YFWA 4XJWA 5JOZA 4FPHA 2PHUA 3AXDA 2CNAA 3ILNA 3TI3A 3AJYA 2W68A 4MWWA 3B00A 1WD3A 1QU0A 4GZPA 3D5OA 1UMZA 1KDMA 4YZ1A 5L73A 3NV2A 3OY8A 4U36A 1YO8A 3RG0A 1AXYA 2GNMA 4FPKA 5NN9A 2SBAA 4KS5A 4K1KA 2GALA 2FHRA 2JD4A 1LHOA 3O5SA 2P37A 5T50A 4Y22B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XFIA 5EV7A 2IXHA 1RUJ1 3F95A 1W05A 3KS7A 4CXYA 2BVVA 1JW6A 1Q8PA 1GFF2 4I09A 3SEPA 3MF6A 3OGSA 3UGGA 1N6DA 2V72A 3BPZA 1NSDA 3VBRC 2HWB2 1EV12 3CQOA 5HCBA 1W9SA 1O3SA 2BGOA 1IVGA 4FOVA 5LA1A 1VRH2 1SNTA 1HB4A 4JZRA 3VBFB 4M00A 4DUVA 4OYUA 2HWB1 4PI0A 4CDUB 3VKMA 4CUAA 5C9AC 4ZHNA 2YDTA 4E8CA 3AXEA 1VRH1 4UFKA 3MDPA 5JZGB 3L6VA 1ASJ2 1UD1A 4URTA 2XBO2 3M4FA 2BF6A 5JLVA 3ZYHA 3HT2A 2AEQA 2ZEZA 4PIZA 1LODA 4CDQA 5CFDC 1L7FA 3R4UA 3ZKYA 2IVZA 1NMBN 5FJHA 3GGLA 4BQ1A 3N9QA 2XBO1 3FC0A 3G4EA 1W6PB 1V9U2 2E7QA 2W47A 3KF5A 3LA2A 3NAPC 1X2RA 2OXBA 3P1IA 1WP5A 1FOD3 4YVSA 2YA7A 2GVVA 1UY0A 2F29A 2QQMA 1B35B 2D40A 3AZZA 4NHXA 3RFRA 2FDJA 2BEOA 1V9U1 5JXIA 4WM8A 2XN4A 2OT7A 4HL0A 3WW2A 5A32A 3CZUA 4QKBA 1W04A 4P5YA 3BEQA 1ZYBA 4AFBA 4Z07A 4CEWC 1LTEA 2DUPA 5SV8A 1G86A 5JUVA 5DQ0A 3K3NA 3NJXA 1FMD3 3GF6A 1PK6C 1U12A 4XJZA 3KZ4C 2LROA 1VBE3 4N90A 3U78A 4UF7A 4YRDA 2PQSA 1POV0 2BPA2 3GCWA 3WDVA 5CA6A 4IDZA 2GZWA 1YJKA 1LGCA 2GDFA 4PBPA 4IQKA 1A78A 3SQOA 1CZTA 2OW4A 2R32A 4W50A 3VBUA 4NHMA 1VBD3 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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