4XJWA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin at ph 7.4 in pbs with dmso as the cryoprotectant
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain atcc baa-334 / tigr4)
molecule keywords Sialidase B
total genus 200
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xjwA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xjwA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xjwA02
3N7LA 1NSCA 4FP2A 1G86A 3PMEA 4XYXA 4RA0A 2F25A 1AXZA 3VUOA 5HCAA 1GKBA 4WEFA 1ENQA 4YG0A 4FPYA 2ZHKA 1LU1A 3B3QE 3TI3A 2D6KA 2I2SA 2GNDA 4XHBA 2D6PA 1N47A 1PZ7A 2WNEA 4H52A 2R0HA 3V0BB 3LCPA 5KXCA 2ZAAA 1LJ7A 4I30A 1Q8QA 2C4AA 2D6NA 3AP6A 1FNYA 1QDCA 1INFA 3UJOA 1G7YA 4BM8A 2LALA 2QWGA 2VK6A 1W6MB 4K1KA 2WJSA 2NN8A 4IQPA 1LOCA 2DVAA 2BATA 4CZSA 2R49A 1GZWB 1ZA4A 1GNZA 1USRA 4WA4A 4AWDA 1YYNA 1GNHA 1AJOA 4GZTA 2QWAA 1W6QB 4XJUA 2HU0A 2VWDA 3PJQA 3AZXA 1ULGA 3IMNA 1NN2A 1JYCA 1Z4ZA 2HYKA 3A72A 1NNCA 1IOAA 1ULEA 1VIWB 1DQ5A 2E53A 2C5DA 2A3XA 4J9TA 2VH9A 3SH5A 4NN9A 3M3EA 5GALA 2XCYA 3WG2A 2F27A 1YI7A 2ENRA 4GDJA 1WW7A 2PHTA 2BF6A 2UWAA 1A14N 2UU8A 1DYKA 3WOGA 1V0FA 1URXA 1MS9A 2SILA 2ERFA 3BIWE 3PVNA 1APNA 2F10A 3AP7A 1CPMA 4XJAA 4AGGA 1A78A 1INVA 1D0HA 3SH4A 4FOVA 1FYUA 4MZEA 1DQ0A 1ULDA 1LOBA 1E8TA 5H9SA 1UAIA 3ASIA 2NM1A 2ZACA 4YGDA 2DUQA 4MWQA 1XOEA 1QMJA 1AF9A 5H9RA 4R9CA 2PHXA 3M3CA 1G9DA 4Q8LA 1JYIA 4CPOA 4AVVA 3AZZA 4B7QA 4CRQA 5DUUA 3VV1A 3FLPA 3WUDA 1F8DA 2YA6A 2XB6C 4MWUA 3HMYA 2VW1A 2D6LX 3NWKA 2HTUA 2QWKA 2NP0A 2UURA 2OUJA 1FATA 3POYA 5JDBA 4UF7A 3APBA 1KITA 1MVEA 4Y22A 4Z8BA 4SLIA 4XJ8A 5EXOA 4B7JA 3TAYA 4CPNA 3NV2A 1LU2A 1S0BA 2WSVA 1B9TA 3AZYA 3VKOA 1AVBA 5SV8A 3ZYRA 2W5OA 4MWRA 5EWSA 2A6VA 3M2MA 5T52A 4K1ZA 1SLLA 1LCLA 1WLWA 3WG1A 4GWNA 2F24A 4LBKA 2YDTA 3D11A 2HTYA 4MJUA 1R1ZA 2ZKNA 2EXHA 1F5FA 4CPLA 4YM1A 5E88A 1AX1A 4YZ2A 4HL0A 3O9KA 3VKLA 4GB1A 1MWEA 2PHRA 1QOOA 2AH2A 1HQWA 1VAMA 1W6PA 4YZ5A 1AX2A 2ZGKA 5CBLA 5DUVA 1F8BA 1WD3A 1A4QA 4FZHA 4HZZA 1UX6A 2QWCA 3AYEA 5T5LA 3OGGA 2YA7A 4GEZA 1MS4A 4M3CB 1V6JA 2YA4A 1LECA 3M3OA 1NSDA 2XZKA 3AZVA 3MEPA 1DQ1A 4NC5A 1ONAA 2DWRA 2EIGA 1JBCA 1W6NB 3D6EA 4P14A 3BODA 4OZXA 4K3YA 1W0PA 1BKZA 3IPVA 2EALA 4XZPA 2F13A 3HR9A 3RS6A 4U36A 4WV8A 1I3HA 1U0AA 1GYKA 4MYEA 4GXLA 1SCRA 4K20A 1IKPA 2V73A 2FHRA 2F0ZA 3T1EA 2R0FA 7NN9A 4MWYA 1V6LA 1Z4YA 4MWLA 3QCWA 1QU0A 4UW6A 2P3KA 4YW2A 5T55A 5CA6A 4HZXA 4FPCA 3OBRA 3LSDA 5CB7A 1LOEA 2E7QA 2DUPA 2VU9A 1LHOA 3NSSA 2DU1A 4YM0A 3INBA 1CPNA 1DIWA 4BLJA 3K36A 3V0BA 1JW6A 2E51A 2D44A 5B2CA 4M4UA 1W20A 2CY6A 1N1SA 1SLTA 3KM5A 3GVKA 4WVWA 5L73A 1OKQA 5DUWA 1SBDA 1A3KA 1QNYA 4P9YA 3K39A 3WDYA 1V3EA 1W6MA 2W5NA 3GNEA 4YGEA 1Q8VA 1HKDA 1W6OB 4XDQA 4Q1RA 1EURA 1JN2P 5JLVA 5HUGA 5DZGA 1GZWA 1MR5A 1LEDA 1LGCA 1JHNA 2ARBA 1MZ6A 3D5OA 3ZSKA 1S0IA 3R4SA 1W6PB 1LHVA 5JMCA 2VY0A 1GBGA 1S0CA 4HANA 3VKFC 4FPKA 1IVGA 1ENRA 4C1WA 4XTMA 4YW3A 1FV2A 4WA3A 4FPJA 2TEPA 2YROA 3USUB 1BYHA 2QWBA 3TIAA 3V0AB 4PBOA 1WLCA 3R05A 1LOFA 2YA8A 4PF5A 2F12A 2WT2A 1LHUA 1VLNA 2P37A 1L7HA 1KQRA 4AYUA 4WZFA 1V3CA 3RG0A 1D2SA 4M01A 3B69A 1VAVA 1S0JA 4K21A 3KQRA 1IS5A 3Q9OA 1CJPA 1CQ9A 2VSKA 3CL0A 3WUCA 2AEPA 4M4VA 4MZAA 1N3OA 4YLZA 1J1TA 4B7RA 3NV1A 1DZQA 4YW1A 3AZWA 1LOAA 2HT5A 2SIMA 3AFKA 5T54A 3GVLA 5KXBA 1SLAA 3OBTA 3N35A 1YRZA 5DZEA 2D43A 1YO8A 4YFZA 4X6KA 2ZGOA 1HDKA 2RKCA 1EUTA 2AEQA 5GJ6A 1LENA 2EXKA 2GNBA 5IUQA 3AYAA 3JUUA 3ZVXA 4DPNA 2HTQA 1WBLA 2DYCA 5GM0A 3OPZA 5F5QA 3O9JA 2HTVA 1LOGA 2QWDA 3CKZA 2A3YA 3GVJA 1B9VA 5JOYA 3RQ0A 3U4XA 2NYYA 3K37A 1Z0HA 1UPSA 4MWWA 3TICA 5GZEA 1SLBA 2JD4A 4YW5A 1NMAN 5T5OA 4FPFA 2A6ZA 1S0GA 1CR7A 3OY8B 2AGSA 1WUVA 1CIWA 4NOTA 1NSBA 2GDFA 2Z42A 3SITA 1MS1A 3VKMA 1WLDA 4LBQA 5LK5A 1IVBA 4DRVA 4FPGA 3WDXA 1INXA 4W65A 1BJQA 3BTAA 1N3PA 4M3CA 2W52A 3TI8A 4YZ1A 2P3JA 4Q1PA 3ZSLA 1DYPA 2XZJA 2G4IA 3TI6A 2PHFA 2DUOA 5B2DA 1JOJA 5FREA 1LHWA 2GNTA 1W6NA 4DS0A 2ARXA 5E89A 3B01A 1GANA 4FOQA 4NO4A 2ZGUA 4Q26A 4B7NA 2NZ9A 4XIKA 3DGTA 4GDIA 1H9PA 3ZSMA 4XBQA 4GJTA 4MWVA 4WVVA 3ENRA 1QOSA 2DVDA 1INHA 2ZHNA 1QKQA 3QLQA 1RITA 3ATGA 3R4UA 5GZCA 3WCSA 6NN9A 3INAA 1GICA 4Y26A 1IVCA 5KXDA 1V6IA 2D3PA 3N36A 4L8QA 3K38A 4K1JA 3NV4A 3B7EA 5DUXA 2ZB5A 3MW2A 1A8DA 4MC7A 2DTYA 3SH3A 2ZGSA 4X49A 1KRIA 4XJRA 3CNAA 4K1YA 4HZVA 3ZXKA 5JOWA 2A3WA 1YXWA 1UL9A 5HUNA 3SLIA 4YG6A 1LOFC 2A71A 3H73A 3I8TA 4FOWA 3RMXA 1INWA 4RL7A 4FQZA 2R1BA 5H9PA 3FUOA 2EXIA 1Z4VA 2D3RA 3O5SA 3WCRA 4XHXA 1C4RA 1H30A 1W6OA 1PZ8A 2W39A 2JKBA 5KXEA 4XXAA 2EF6A 4GA9A 2Q5TA 4BMBA 1W21A 4YZ3A 3NV3A 3O0WA 1F9KA 1SACA 3A4UA 5GZDA 1Z78A 3H0OA 5AVAA 2ZABA 4XIOA 4LBQB 1NLSA 4KS2A 1DQ4A 4GALA 3W59A 2UWBA 2DURA 3FUQA 3LSEA 3USUA 2OVUA 3V0AA 5GLZA 1IS3A 2OUHA 2VVZA 4CTEA 3C2UA 1Z4XA 4XBNA 3DUIA 1XOGA 2ZMNA 4K1IA 4YZ4A 4CPMA 1TEIA 1PZ9A 3UL2A 4YGBA 4JRAA 1CESA 4X47A 3N7JA 5IK4A 1UN1A 5IK5A 4QN5A 1V6KA 1WW6A 2A6XA 3I4IA 1JXNA 5E8AA 4MJVA 4P9WA 4JC1A 2W08A 2ES3A 4LBNA 1ENSA 2VXRA 1IS4A 1GSLA 1FX5A 1E8UA 5HX0A 2XZIA 2QWFA 2A7AA 2DTWA 2D3SA 1V6NA 4HZYA 4U2AA 1JUIA 4H55A 5IT6A 4XTPA 4GZXA 5T50A 1GV9A 3BOPA 3FLRA 3O0VA 4UW3A 3ILRA 3N3HA 1EUUA 2DVGA 4YM2A 3WDVA 3RSJA 4WEGA 3WG3A 4D69A 5GLVA 5GLWA 3WDTA 4WA5A 2B8HA 4YFWA 1SBEA 1V3DA 1WCSA 2C4LA 4BPZA 4YG3A 3ILNA 3HN1A 5GLUA 2EAKA 4Y1UA 1BZWA 5HCBA 1VCJA 2PHWA 3WG4A 1HQLA 1V00A 2AENA 3PVEA 4XOGA 1WW5A 4H53A 2GN3A 2QWEA 4R9BA 2QWHA 5BYNA 4GZSA 2A6WA 4KS5A 3BEQA 5H9QA 4QN4A 2W68A 4QN7A 3FFZA 4R9AA 1LHNA 1ULFA 1QOTA 3AP5A 1AXYA 5GLTA 3L2YA 4BLIA 3ALWA 3OY8A 3A0NA 2WKKA 3JU9A 3GALA 1S0FA 1EUSA 2PHUA 4BMEA 4HIZA 3ZXEA 1Z50A 4XJZA 2W38A 2KM2A 3ZXLA 2GNMA 4MWJA 4AGRA 4D8SA 4XJ9A 1IS6A 1YIFA 2D6OX 4GZPA 4MX0A 2JECA 4UW4A 1SFYA 1NNBA 4KS1A 2JE9A 3CL2A 1DILA 2PELA 4AVSA 3K3AA 1SNTA 3H6JA 2A6YA 2F11A 3AX4A 3UK9A 2VUAA 2EXJA 2P34A 3W58A 3WHUA 4BOWA 4NCSA 1MACA 1IVDA 1FNZA 1OFSA 1NMBN 2GMMA 2FMDA 1SBFA 5M1ZA 4AVTA 2JJ6A 2DVFA 3WV6A 5IK8A 4FP3A 1OQ1A 5GZFA 1DGLA 4XJQA 4M00A 4Y24A 4ISQA 3SANA 3PVOA 5FRAA 5JVVA 2D6MA 2ZGRA 3A0KA 1V0EA 2AYHA 2ZMLA 3VKNA 1UMZA 3D4KA 3CYEA 3JU4A 4XMIA 3O0XA 3ILFA 4YM3A 2A70A 4FVVA 1IKQA 3IM0A 1RINA 1AX0A 3ALXA 1KJRA 2HT7A 3AP4A 2CL2A 5GZGA 4ATEA 4M4NA 2HU4A 2GMEA 5IK7A 4GZWA 5T5PA 3ZXJA 1AZDA 3SISA 2ZB6A 2C9AA 1N1YA 1H9WA 4PQ9A 4C1XA 4HZWA 2QWJA 3NN9A 4P9XA 1V3BA 2HTWA 1S0DA 2ZHMA 1C1LA 4Q27A 2WSUA 2WT0A 3AXDA 1MS8A 1WD4A 3IKWA 1BQPA 1NCBN 2XG3A 3FLTA 2JDZA 4GWMA 2VW0A 4KBBA 1GZCA 1NCDN 2DV9A 3WVJA 1CN1A 1WW4A 4I00A 2CWSA 4JCKA 3D12A 4FPOB 4CPZA 4XXPA 2WT1A 1UKGA 3WZ1A 4ASMB 1O4ZA 2H0BA 3AK0A 4BBWA 1N3QA 4ATFA 3V64A 3N7MA 2ZGQA 2A75A 1DQ6A 1F8CA 2LTNA 2CNAA 2YV8A 4LBOA 4ZXKA 2DU0A 2SBAA 4FJ6A 1FV3A 4DRRA 2VK5A 2OW4A 4M3MA 1LGBA 1V2IA 2NMOA 1AJKA 1GLHA 1SLIA 5EYYA 1ZM1A 2YDPA 1INGA 3N7KA 3V65A 2ZGPA 3A71A 4QN3A 1W8OA 1SLCA 2GMPA 4XE9A 2RHPA 4AGVA 2AREA 2AR6A 1XQNA 4MWXA 5CAZA 4ISRA 3B9CA 5JOZA 2F29A 1DQ2A 1B9SA 3MW3A 4FOYA 4GZOA 2CMLA 3TI5A 3O12A 1GZ9A 4Y1VA 1QGLA 1LTEA 1V0ZA 3H72A 3W09A 3AXEA 4FPHA 2AUYA 1W8NA 1CVNA 2YZ4A 1VALA 4M3CF 1V6MA 3AYCA 5DG1A 3POSA 4K1HA 1W1XA 2ZBJA 4Q8KA 1UZZA 1A4GA 1HLCA 4F83A 4ITCA 3AP9A 4B7MA 4Y20A 2P3IA 4LBMA 3ZYPA 1C1FA 2X9MA 1AXKA 1G9CA 1C57A 1L7GA 1I1EA 4DGRA 4Q6KA 2BZDA 1FAYA 3M1HA 1KJLA 4XBLA 1F8EA 1WBFA 1BJIA 1W0OA 1X50A 5DG2A 3TI4A 3IN9A 4DQAA 1Z4WA 3AJYA 1USXA 4UW5A 3WDUA 1MZ5A 4FPLA 1Q8PA 5HCFA 1O4YA 4R9DA 3T1LA 2YMZA 3H71A 4GZQA 3AYDA 1BXHA 3POWA 3UJQA 3ZXFA 1DBNA 2ZGTA 1LULA 3FBYA 1NXD1 5T5JA 1Q8OA 1Q8SA 4TYSA 5JYYA 1LGNA 4X4AA 2DVBA 2CWMA 3MPPG 2ZMKA 1L7FA 4Y1YA 5DZFA 2GN7A 2R1DA 2NMNA 4BQ1A 5CNAA 4TZDA 1DHKB 4Q2FA 2D7FA 3WNXA 2R16A 2E7TA 3OYWA 4GKXA 4M3CE 2QWIA 4XILA 1Y7BA 1NMCA 5F9TA 2ZA9A 4XMAA 1DLLA 2ZHLA 4FQ4A 2CYFA 2BQPA 2ZGMA 1QNWA 1MS3A 2VSMA 1G9FA 1B09A 2VK7A 1IVEA 1VCUA 1KDMA 4KS3A 4GKYA 1MVQA 4CPYA 4Y22B 1S1AA 1SO7A 3SILA 2YXSA 3M3QA 3RMYA 1SCSA 1WCQA 2ZGLA 1MS0A 4Y1ZA 5JOXA 4PCRA 2V5YA 2HTRA 1INYA 5HUMA 4DFSA 1F31A 4XJWA 2YY1A 2JE7A 1QF3A 1QDOA 1MS5A 3RRDA 3AJZA 4YW4A 4Y20B 2P2KA 1E8VA 2ZGNA 1NCCN 2WLQA 5DXDA 3WDWA 1DFQA 2YA5A 1G9AA 2B7YA 3SNMA 3TIBA 4QNPA 1ULCA 3T2TA 2BERA 5NN9A 2WQZC 1NNAA 4YGCA 2ZZJA 4QN6A 4FPEA 4JF7A 3WHTA 3MW4A 1W6QA 1G8WA 1DIMA 1RIRA 3B00A 2SLIA 5HUKA 2F28A 1N1TA 1N1VA 2GALA 1IVFA 1UZYA 3ZSJA 1EPWA 3OJBA 2UWCA 5EYXA 2VW2A 3ZPYA 1Q56A 1NCAN 2E6VA 2CTVA 1V6OA 1LESA 4KS4A 1S0EA 4FVKA 4PBPA 2F26A 4Y1XA 3IPVB 2HT8A 3OYWB 1KDKA 3SALA 2W20A 1CONA 4LBLA 1LODA 2A5ZA 3WLUA 4LBQD 4LBJA 3TB0A 3T1MA 1LEMA 4ZKTB 1G9BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3JBG1 3N7LA 2K2SA 2QDRA 3U78A 4FP2A 1G86A 3JBG2 3OD4A 1NSCA 2ZOEB 5D9BA 3PMEA 4XCAA 1HRV2 4XYXA 2J1RA 4LTAA 4RA0A 2RR11 3S94A 2F25A 4Y5TA 4CA9A 1AXZA 2RR12 1AL23 4RGAA 1FMD1 3MLLA 4CDXB 1DLCA 1FMD2 3ELNA 5EIYB 5KWRA 3VUOA 2Y38A 3I2KA 2Y60A 4DMIA 1UY3A 1GKBA 5HCAA 2PAEA 3AMMA 1ENQA 4WEFA 1OF4A 4NPMA 5ERLA 4YG0A 1EY2A 4L7CA 2BNNA 1W9WA 4XMBA 4PDWA 4FPYA 5FZ6A 2K9ZA 4AL9A 2WO7A 4W4ZA 2ZHKA 3AKPA 1FOD3 5FXZA 1LU1A 4ZS3A 1K45A 4EN9B 4A3XA 1INVA 2D98A 3B3QE 1W04A 2BFUL 3D8CA 3TI3A 2D6KA 3GF6A 2I2SA 2GNDA 2RS53 3IDCB 4XHBA 5JMOA 1PO22 2ZX0A 2D6PA 2MEV2 3POGA 3ZYBA 4WM7C 1ZBA1 2BNOA 1N47A 1PZ7A 2C1FA 2WNEA 5FQ0B 5FMBA 4H52A 4UXAA 2GC3A 2R0HA 3V0BB 1C8M1 1JZ3A 3LCPA 1ZGKA 5KXCA 2ZAAA 1LJ7A 4WM8B 3U10A 2ARCA 4JMLA 1Y9MA 4GH4C 4I30A 1Q8QA 4I3GA 3OEAA 3MO4A 5J96B 1O91A 3WY6A 2C4AA 2D6NA 3AP6A 1FNYA 4LUKA 1QDCA 5FPVA 4ZU7A 3AM2A 3KCCA 3AMSA 1INFA 2TUNA 4CUAA 1K5JA 2JDMA 1G7YA 2XQXA 3LWCA 4XQ4A 3UJOA 1NG0A 4BM8A 3W5MA 2ISMA 1IHMA 1RL3A 2LALA 2XH6A 1AYM3 5FZ1A 2VZ3A 1UYXA 4XETA 1JZ2A 2Q1ZB 3K2OA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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