4XJWA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin at ph 7.4 in pbs with dmso as the cryoprotectant
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain atcc baa-334 / tigr4)
total genus 200
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xjwA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xjwA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xjwA02
3IKWA 1LEDA 1Z0HA 3UL2A 4XTPA 1JBCA 1Z78A 1DQ0A 4QN5A 4WV8A 1OQ1A 3WZ1A 4PF5A 1MS5A 3AYCA 6NN9A 2AUYA 3WCSA 3KQRA 5T50A 1AX0A 4M3MA 4M4NA 3B69A 1H9WA 1A4QA 1D2SA 1WD4A 4XIKA 1N1YA 5JYYA 4UF7A 3ZSKA 3SILA 2D7FA 4M3CF 1B09A 2DVAA 3KM5A 4XJ8A 5H9QA 1AJOA 3AJYA 3VV1A 5GALA 4MWUA 2CYFA 3ZYRA 2E6VA 2TEPA 4AVSA 3HN1A 4XJAA 2A3YA 2DTWA 3O12A 3AYDA 3ZXKA 2F25A 5HUKA 2D6OX 1YYNA 3TIAA 1EUUA 5GM0A 4IQPA 5HCFA 1IVGA 1MS8A 4NO4A 4Q8LA 3WDTA 1LHNA 1NMAN 1V0ZA 2NP0A 1LCLA 4BMEA 3WUDA 4CPZA 3AZZA 2ZGSA 1MS4A 1GZ9A 2GNMA 5CAZA 2KM2A 4NCSA 1GKBA 1BXHA 2E7TA 5JLVA 3WNXA 2PHFA 2D6MA 2F26A 3BOPA 1UZZA 3WDYA 1Z4XA 4HZXA 4HZYA 2ZHLA 2HTYA 4FPLA 4Q27A 3H71A 4Y26A 4WZFA 2ZKNA 2NMOA 1SLAA 2PHWA 3V0AA 3FUQA 3WG2A 2GNTA 2NN8A 5GLZA 3PVOA 4AVVA 2WSVA 1EPWA 3U4XA 1WW6A 4ZKTB 4JC1A 2XZIA 3SH5A 4YGDA 4FPHA 3FLPA 1OKQA 1RITA 2NMNA 4KBBA 1CQ9A 4D69A 4JF7A 2NM1A 1W6OB 3PMEA 5JOZA 1MR5A 2ENRA 4UW4A 4M3CE 4LBNA 4M00A 5CBLA 4HZVA 4GZWA 4WA3A 2GDFA 3SANA 1U0AA 2EIGA 4YM1A 2ZHKA 4YW1A 1SFYA 2VK5A 4CPOA 3AX4A 1IVEA 3O0XA 1Q56A 3FLRA 4MWWA 1UN1A 1NNCA 1HDKA 1W6MA 2UURA 3W09A 1SLTA 1INGA 2DURA 5CA6A 4GB1A 3TIBA 3R4UA 1SBFA 3ZYPA 1QOOA 3MW3A 1DGLA 4GALA 2JJ6A 3POYA 3ZXLA 4LBQA 4H55A 2D6LX 5HUGA 5EWSA 4GZQA 1F8CA 4BM8A 3VUOA 1N1SA 1V6LA 2WQZC 2BZDA 1WW7A 4FOVA 2DUOA 4AVTA 1INHA 3WHUA 3TI8A 1FX5A 3GNEA 1IVBA 4K21A 3V65A 4YM0A 4KS2A 3WLUA 1DFQA 1OFSA 3SLIA 1UX6A 2P3JA 1SLCA 2ZA9A 1F8DA 1GANA 3N7MA 1ULGA 2VVZA 1IVFA 2F0ZA 2ZGUA 1NMCA 5GJ6A 1WCQA 2OUJA 1GZWA 1W6NB 2EF6A 4ATEA 4FZHA 4FPEA 1BYHA 5SV8A 3AP5A 1SCSA 2SBAA 2WNEA 2B7YA 1GZCA 2YY1A 1B9VA 4U2AA 2CY6A 4PQ9A 3B7EA 1KDMA 1UPSA 1SBDA 1O4YA 4XJUA 1CR7A 3ZPYA 1WLDA 4MJUA 4GZTA 1DIMA 1APNA 1AXZA 5HUNA 1NCBN 2ZACA 1V6IA 4JCKA 5DG1A 4YZ4A 2P2KA 2YA7A 4GDIA 4MWRA 5E88A 1PZ7A 1W8OA 1LOBA 3AP4A 3VKLA 4WVWA 1LOGA 5DG2A 2ZGNA 3OBRA 2GMMA 1NSBA 4XJZA 5FRAA 3T1EA 4P9WA 2AYHA 3UJOA 3HR9A 1EUSA 3B9CA 1E8UA 1FV2A 2QWAA 1QKQA 2P3KA 3USUB 3MEPA 4LBJA 2D6NA 3W59A 2VSMA 3SALA 4SLIA 4B7RA 1W6QA 5KXBA 5DUVA 2A71A 4HZWA 4WEGA 3PJQA 5CB7A 1W21A 4YG0A 1EURA 5GZEA 2R0HA 3WCRA 1UZYA 4YGBA 3GVJA 4BBWA 2UWBA 4Y1YA 4GWMA 3VKOA 3WV6A 2YMZA 2VWDA 3LSEA 4PBPA 1A14N 3AYEA 3TI6A 2Z42A 2ZHNA 3VKNA 2ZBJA 1LGCA 3ZSJA 1IS5A 3ZSMA 2HU4A 2VXRA 1DQ2A 1Q8OA 3OPZA 3IPVA 4XJRA 3ILRA 1HLCA 1W6PA 4K1YA 3RRDA 2BQPA 1WW5A 3A72A 4BLJA 5EYXA 1F5FA 4Y24A 4FPJA 1QDOA 2VUAA 2W5NA 4BQ1A 2QWBA 2GN7A 4FQ4A 4YW5A 5BYNA 3MPPG 1S0JA 2R16A 2F28A 1S1AA 5DUUA 4ISRA 1KRIA 4FJ6A 5IK4A 1FATA 4M4UA 5HCBA 1V0FA 2A3WA 1PZ9A 1C1LA 1X50A 2BERA 1LHWA 2VSKA 2D3RA 4Y22B 4DQAA 1W0PA 4LBLA 1QOTA 3BODA 4I00A 2DU1A 1C57A 1SNTA 3CL0A 4CPYA 4QN4A 4KS1A 2ERFA 4YG3A 1AF9A 1LOFC 4ASMB 3A71A 2JECA 3AP9A 4YW3A 1NCAN 1BKZA 2F13A 4CZSA 2YA5A 1JYIA 4Y22A 2ZGPA 4Q1PA 1B9TA 2LALA 1MS0A 2LTNA 1SO7A 2WKKA 1L7HA 1LTEA 1CJPA 1USXA 2EXKA 3NSSA 4FP2A 2ZGKA 4GA9A 3ZXJA 1JW6A 5DZGA 1Z4YA 2ZGMA 1LU2A 3OY8B 1DZQA 2W20A 2P34A 1KJRA 1YRZA 1CIWA 5B2DA 1CONA 3D6EA 3SH3A 3ZVXA 2R0FA 4YW4A 4XDQA 3N36A 4XBQA 2F10A 4Y1ZA 3A0NA 3ALWA 2UWAA 4GKXA 1L7GA 1W8NA 3V0BB 3SISA 3POSA 1C4RA 2GNBA 1LJ7A 2P37A 3OJBA 4H52A 1WLCA 3TI4A 3OY8A 4WA5A 2BATA 3I4IA 1SLIA 3NV3A 3RS6A 1S0IA 3WDXA 1AX1A 3ILNA 2PELA 4AGGA 2CL2A 3T1MA 1YXWA 3NWKA 2YROA 2C4LA 3LCPA 4I30A 2VK7A 1SBEA 3H73A 4FPKA 1VALA 2F29A 1V3BA 3RMXA 2XCYA 4FPOB 1LU1A 1E8TA 3A4UA 5GZCA 3WDWA 3BIWE 3A0KA 4MWXA 5T55A 3K3AA 2F24A 1ENQA 1S0FA 2JKBA 3ALXA 4HL0A 1RINA 1H9PA 5E8AA 1L7FA 2A5ZA 2ZABA 4XBNA 1VCJA 4WVVA 2PHUA 3WVJA 1C1FA 2F27A 2NZ9A 1LHOA 1XOGA 1AX2A 2YV8A 3OYWB 4Q8KA 1Q8QA 4K3YA 1DIWA 1NCDN 1NN2A 4CTEA 1S0BA 3RG0A 4YW2A 4ATFA 1W6OA 1YIFA 2V5YA 3K38A 5IUQA 1Q8VA 5H9SA 3IM0A 3GVKA 2AGSA 1WW4A 2A75A 4X49A 4Q1RA 3H6JA 3GALA 1GLHA 2E7QA 2ZAAA 2WT2A 3PVEA 2W38A 4LBKA 4X6KA 2JDZA 3M3CA 4XMAA 2GALA 5B2CA 1W0OA 4QN7A 3ZSLA 1N1TA 4FPGA 2E51A 5DUXA 2ZGLA 2A6WA 3QLQA 3FFZA 2QWHA 2W52A 1G9FA 4GZOA 1INXA 1CESA 2D43A 3POWA 1JOJA 4GKYA 3OGGA 4Q26A 5H9PA 4YZ5A 3TAYA 1V6OA 2DTYA 1CVNA 3AP6A 1BJIA 3FBYA 2HTQA 4B7QA 4R9AA 1E8VA 2R1DA 1VLNA 1SLLA 3M1HA 1KDKA 4M3CB 2DVFA 2GMEA 2WT0A 4FOYA 2PHXA 1A78A 3JU9A 2CWSA 2UU8A 4CPNA 1NXD1 2D6KA 1QNWA 3SITA 3O9KA 2HT7A 3JU4A 1I1EA 1S0CA 1W20A 4GZXA 3FLTA 5CNAA 5GZGA 1W6NA 4Y1UA 2QWIA 3L2YA 3BEQA 3M3EA 2JE9A 1LULA 2DYCA 2EALA 2FHRA 3H72A 1N3OA 2DU0A 2AREA 3O5SA 1NNAA 5L73A 1DQ1A 2AR6A 4C1XA 2HYKA 1QMJA 3DGTA 5NN9A 4B7NA 2DV9A 2DVGA 4GXLA 4YGCA 4Y20B 4PCRA 1GNHA 1WUVA 2GMPA 1LOCA 2QWGA 2OUHA 2F12A 1S0GA 2H0BA 5KXDA 2C9AA 2G4IA 4X4AA 2DUQA 1GYKA 3WG1A 4YFZA 1LECA 2QWCA 3RMYA 3K36A 2HTUA 4J9TA 5IK5A 3ENRA 4D8SA 4QNPA 1BJQA 1DLLA 1INFA 3V64A 4XILA 1QOSA 1QU0A 2F11A 3USUA 2WT1A 4R9CA 1B9SA 5T5JA 1IS6A 2SLIA 4L8QA 3WOGA 1LGNA 2ARBA 1G7YA 2ZB5A 4K1JA 2A6YA 1GNZA 3O0VA 2D44A 2YXSA 3TB0A 5T52A 2XG3A 1WCSA 2ZGOA 5EYYA 1DQ4A 5AVAA 4AGVA 1Z4WA 1YO8A 3AJZA 3CYEA 1Z4ZA 3R4SA 4FP3A 4KS4A 2W68A 5IK8A 1INWA 1PZ8A 4XMIA 1KITA 2QWJA 1BQPA 1RIRA 3AYAA 2V73A 1FNYA 2HT8A 4AYUA 2HTWA 3C2UA 5DZFA 3TI3A 2B8HA 4CRQA 2EXIA 2ZGTA 1DBNA 4KS5A 3O9JA 2WJSA 4GZSA 1YI7A 4XOGA 4ITCA 4OZXA 4QN3A 1ULEA 4YM2A 3CNAA 4XYXA 1VCUA 3ILFA 4LBMA 4Q6KA 1ULFA 3WG4A 1MS3A 2D3PA 4C1WA 1WBFA 2DVDA 2EXHA 1ZM1A 4XJQA 4GWNA 3D11A 1J1TA 4NOTA 5T54A 1DQ5A 4K1IA 3LSDA 2SILA 2VW0A 1IOAA 5KXCA 5GLWA 3CKZA 4DRRA 2YA4A 4XHBA 1LOFA 4CPLA 2JE7A 1WD3A 1LEMA 1MVEA 1I3HA 2ZGRA 5HX0A 4F83A 4FOWA 3AZVA 2AEPA 1IVCA 1W1XA 4YZ1A 1LODA 4MWJA 4XJWA 1HQLA 4RA0A 1HKDA 4BMBA 2CWMA 4MJVA 2W39A 1AXYA 4BPZA 3QCWA 2BF6A 1Y7BA 2VH9A 3D5OA 1MS9A 2FMDA 2A7AA 1ULCA 3WG3A 1F8BA 4XXAA 1LENA 1JUIA 4ISQA 4Q2FA 1IS3A 4M4VA 1G8WA 1MZ5A 1F31A 4GEZA 3NV1A 1ENRA 2A6XA 1KQRA 4MWQA 4K20A 4XXPA 1INVA 1V6MA 2HTVA 2R1BA 3V0AB 3V0BA 1HQWA 1FAYA 3M2MA 3N7LA 4GDJA 2D3SA 3AFKA 1AVBA 5JVVA 3TI5A 1QDCA 1A3KA 4P14A 5DUWA 1CPNA 3VKFC 4BLIA 3HMYA 1UMZA 5DXDA 2A3XA 1LGBA 5M1ZA 1VIWB 5GZDA 2QWKA 1H30A 4K1ZA 4U36A 3SNMA 4NN9A 5JOWA 4XTMA 4PBOA 1WLWA 2W08A 2EXJA 4R9BA 3T2TA 4QN6A 1V3DA 3UK9A 3T1LA 3N7KA 2XZJA 2W5OA 1V3EA 3B01A 5H9RA 1JHNA 2CNAA 1MZ6A 2QWFA 1QGLA 5IT6A 2ZMNA 3AP7A 4Y1XA 3I8TA 3INBA 1LESA 2ES3A 2WLQA 1ONAA 1SACA 1W6MB 3WUCA 1CN1A 4MZAA 4XIOA 1DYPA 1Q8SA 3ASIA 3M3OA 3DUIA 4WEFA 2AENA 1NLSA 1A8DA 1NMBN 4H53A 4XJ9A 3OBTA 4LBQB 2VY0A 1VAVA 3M3QA 3B3QE 5EXOA 1V2IA 4W65A 4GZPA 2A70A 3OYWA 5E89A 1IS4A 2VK6A 1DYKA 1N47A 1Z50A 3D4KA 4X47A 3D12A 4P9XA 2PHRA 2A6VA 1IKPA 5GZFA 4B7JA 1D0HA 2PHTA 3INAA 1F8EA 1R1ZA 5JOYA 2DWRA 2VW2A 2X9MA 4DGRA 2ZHMA 3NV2A 3ATGA 4FOQA 2XB6C 3SH4A 4TYSA 3FUOA 4DRVA 4XHXA 5GLVA 1MACA 2YA8A 2RHPA 2EAKA 4YGEA 1BZWA 1GZWB 5GLUA 1V6NA 3W58A 1LOAA 7NN9A 5GLTA 4MWYA 1MS1A 1MVQA 4MZEA 3N3HA 1G9AA 4MWLA 1USRA 3WHTA 4UW6A 1S0DA 3RSJA 2NYYA 1N3PA 3O0WA 4YM3A 4M01A 1V00A 2YDPA 4YG6A 3NV4A 1V3CA 3CL2A 2ZMLA 2SIMA 1EUTA 2R49A 4XZPA 4K1KA 1S0EA 2GNDA 1UKGA 4FPCA 2QWEA 3H0OA 2YZ4A 4YFWA 3VKMA 2ZZJA 1N3QA 4MX0A 2YA6A 1KJLA 5F5QA 1LHVA 4FQZA 4R9DA 4FPFA 1F9KA 4M3CA 4JRAA 2AEQA 2QWDA 4RL7A 1DHKB 5HCAA 4NC5A 1LHUA 4AGRA 4FPYA 3AZYA 3WDVA 1SCRA 5JMCA 1Q8PA 4Y1VA 2ZGQA 1NCCN 2CTVA 3N35A 3GVLA 2ARXA 5F9TA 2WSUA 4FVKA 2E53A 1DQ6A 3WDUA 1G9DA 2C5DA 2A6ZA 1JYCA 4HANA 2GN3A 1AZDA 1UAIA 4AWDA 2P3IA 4LBOA 4BOWA 2ZB6A 3N7JA 3RQ0A 1NNBA 1W6QB 4MWVA 5KXEA 2D6PA 4KS3A 1GBGA 5DZEA 5HUMA 4Z8BA 1NSCA 5T5PA 1DILA 4MC7A 4GJTA 1XQNA 2OW4A 4P9YA 5T5OA 1FYUA 4K1HA 1GV9A 3MW4A 1VAMA 1ZA4A 2VU9A 2ZMKA 3UJQA 3IMNA 2YDTA 2AH2A 4Y20A 4WA4A 3PVNA 4DPNA 3AZXA 2DVBA 1ULDA 2HT5A 1ENSA 4DFSA 3JUUA 1MWEA 3R05A 1N1VA 1AJKA 1FNZA 4HZZA 1A4GA 2UWCA 1IVDA 1FV3A 1TEIA 3IPVB 2RKCA 3MW2A 3B00A 2C4AA 2VW1A 2OVUA 1V6JA 1UL9A 1W6PB 3Q9OA 1G9BA 5JDBA 5LK5A 2I2SA 3IN9A 1INYA 3K37A 4CPMA 1LOEA 4DS0A 2DUPA 3AXDA 1XOEA 2HU0A 1SLBA 5JOXA 3APBA 1QF3A 3AXEA 4XE9A 1JN2P 2CMLA 1GICA 4MYEA 4XBLA 1URXA 2HTRA 1WBLA 4LBQD 4UW3A 2JD4A 1NSDA 1V0EA 2Q5TA 3K39A 1O4ZA 1QNYA 4FVVA 5T5LA 4UW5A 3AZWA 1JXNA 3ZXEA 4HIZA 1Z4VA 5IK7A 5FREA 4TZDA 1V6KA 3TICA 1G9CA 1IKQA 1CPMA 2XZKA 4B7MA 1AXKA 4YLZA 4ZXKA 3AK0A 4YZ2A 3NN9A 3ZXFA 1GSLA 1G86A 3BTAA 4YZ3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IKWA 1LEDA 5A6YA 1Z0HA 1OVPA 3UL2A 3QACA 2W87A 5I0RA 1Q43A 4XZUG 1GQGA 5FUIA 3S5QA 2BVVA 4XTPA 1PK6A 1JBCA 1OFNA 4GMP0 3RDIA 5AC92 4E4ZA 1Z78A 4LIUA 1R092 2FZ1A 1DQ0A 4CDUB 2RS32 3BYWA 2IXLA 4MXWB 4KGQA 5C9AB 4AFBA 4QPWA 4QN5A 3CMGA 3SCHA 4WV8A 1OQ1A 2HWB3 4Z82A 3WNMA 2FDGA 3U1XA 3ZYFA 1X8EA 3LEIA 3P5BA 3WZ1A 5EQUA 2HWD3 4PF5A 5FYMA 1MS5A 2VOXA 1QH7A 3AYCA 3MIFA 1ZRRA 4OI1A 3LQCA 3VBSC 1AR92 1O3SA 3TWIA 2VL4A 6NN9A 1EAH3 2AUYA 1H4HA 1WKYA 4W6WA 4BZ4A 3WCSA 5IW0A 1YFYA 3KQRA 1YFXA 1IGOA 5T50A 3ZYIB 1AX0A 5CEHA 5FPVA 1UYYA 4M3MA 2RDRA 2ORXA 3THPA 2B4KA 1UMHA 4M4NA 2WO2A 4AVAA 1JOPA 3B69A 1H9WA 4C0BA 3ELNA 1XNKA 1A4QA 2GVVA 1D2SA 4RHV1 1WD4A 4XIKA 1M4WA 4BDVB 1W8WA 3G4HA 2UYBA 1O4TA 1N1YA 2VCAA 3I1CA 5JYYA 1HJGA 4UF7A 2WNVA 1Z7S2 1UX7A 4QX3A 4BQ2A 3ZSKA 3SILA 2VOKA 2D7FA 2DCKA 4M3CF 5C6CA 2O8OA 1B09A 2DVAA 4L7DA 1AR62 3KM5A 4J6GA 4JGYC 4AL9A 3WNNA 4A4AA 4XJ8A 5H9QA 3ROUA 2WNUB 4TLFA 1AJOA 1C3HA 3AJYA 3VBSA 3VV1A 5D9CA 1UOJA 2CDOA 5GALA 1J3RA 1DZTA 2P6CA 2ET1A 4OI0A 1V70A 4MWUA 4NUBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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