4XJZA

Crystal structure of apo nanb sialidase from streptococcus pneumoniae at ph 7.4 in pbs with dmso
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
total genus 196
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xjzA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xjzA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xjzA02
1AX1A 1LGNA 2D6KA 3D12A 1V3DA 1BJQA 4H52A 4WA5A 2A71A 1GZ9A 3ZXFA 4WV8A 3ILFA 4KBBA 3HR9A 4PBOA 5GZGA 1F5FA 1HLCA 1A3KA 4K1ZA 5JOXA 3AYAA 2ZGOA 1WW4A 2VXRA 5IK8A 1V3CA 1S1AA 1GNZA 2P3JA 3M2MA 1Q8QA 2OVUA 3AFKA 2VK7A 1CPNA 1LU1A 1JBCA 5IK7A 1XOEA 3AJZA 5GZCA 4YM3A 4CPNA 3OPZA 5T54A 5GLVA 1NN2A 1RIRA 2D3RA 4XJRA 1NSBA 1DQ5A 1QOOA 3H0OA 3SILA 4YG6A 1Y7BA 3FLRA 3M1HA 2AUYA 1WCQA 4FJ6A 3H6JA 5NN9A 2DWRA 3ZSLA 2GNTA 1WD3A 2G4IA 1MS4A 5IUQA 1KJLA 1VAVA 1MZ5A 1NCCN 2W20A 3AP9A 2GN3A 2ZGPA 4U36A 4XZPA 3SITA 1E8TA 4B7JA 5DUWA 2PELA 5EYXA 2EALA 5JYYA 3H73A 5H9SA 2ZBJA 1INWA 1MR5A 3SNMA 4F83A 5IK5A 3B00A 2HTYA 4XTMA 1QMJA 2VVZA 5GZEA 1SLIA 4P9WA 2YDPA 1UN1A 1G9CA 2CWMA 5CAZA 1UX6A 1V6KA 4XDQA 2BZDA 4HZYA 1DHKB 4Y26A 2D43A 1W21A 1C1FA 4GWNA 1F8BA 1QU0A 4WVWA 1KITA 4FQ4A 4WVVA 3N7MA 3BTAA 1GLHA 1G9FA 4AYUA 1V00A 2NYYA 2F13A 3OBRA 3VKMA 1ENQA 1INYA 3K38A 3IPVB 1CONA 3ZXEA 2GDFA 4MWWA 1SNTA 2A3YA 2EF6A 1WD4A 1INVA 5B2CA 2ZHLA 2A7AA 2YA5A 3AP6A 3WHUA 4HIZA 5GALA 1GKBA 1AJOA 5KXBA 1AF9A 1W8NA 3H72A 4QNPA 1CR7A 2AYHA 3U4XA 3QCWA 1S0BA 3N36A 2AENA 4UW5A 1OKQA 4M01A 1EURA 1YXWA 1GV9A 4ZKTB 1FATA 4FVVA 1URXA 1W0OA 4FOWA 1C1LA 1N1TA 4XILA 2A6YA 4QN4A 1FV2A 1KJRA 1ZA4A 1LGBA 2LTNA 5F5QA 5JDBA 2EAKA 5BYNA 4KS3A 3WDUA 1INFA 2ZGUA 1USXA 2W52A 3T1MA 3PVNA 4GA9A 2XG3A 1NNBA 1VLNA 2SLIA 1C4RA 2DU0A 3IPVA 1V0ZA 1LOGA 2A6XA 1IOAA 2YV8A 4UF7A 4QN3A 1XQNA 4FPHA 1AXKA 1YIFA 2D44A 2YDTA 4AGVA 5HUKA 1OFSA 2HTWA 3UK9A 1Z4ZA 3O0VA 1MS9A 5HCBA 2GMMA 4GZPA 3ZSMA 2E7TA 1LOAA 2B7YA 1V3BA 3ZSJA 3GNEA 1SCSA 2GMEA 3WVJA 2TEPA 3ENRA 4W65A 2I2SA 5JLVA 1A4QA 7NN9A 5HCFA 4WEGA 3M3EA 4Z8BA 4GZWA 1LOBA 2ZA9A 4DRRA 1XOGA 3R4SA 5E8AA 3AJYA 4WZFA 1DYKA 2CL2A 3ZXJA 2V73A 4B7QA 3Q9OA 2ZGLA 2ZHKA 5LK5A 3AX4A 3TI6A 1LULA 1WCSA 1LHUA 2QWGA 3C2UA 1BZWA 4FPJA 1V6LA 4FPGA 3BEQA 1INHA 4X4AA 4XJWA 4XXAA 2VW2A 1LHWA 6NN9A 3WG4A 1B9TA 4GDJA 2Z42A 3WCSA 2WT1A 1NXD1 3WV6A 5H9QA 5GLTA 1S0EA 3N35A 4RA0A 4R9BA 2R0HA 1QDCA 1Z4XA 2YA6A 1B9VA 1YRZA 1MS5A 1QOSA 4Q26A 3SH4A 2JDZA 4NOTA 1QNWA 1G7YA 2E53A 1LECA 4U2AA 2QWBA 3A0KA 1PZ9A 3POWA 3A72A 4KS1A 1LTEA 5CB7A 3M3OA 2YZ4A 1ENRA 2ARXA 1W1XA 3APBA 2ZGMA 2ZKNA 4XIKA 1DILA 4Q1PA 3NSSA 1Q56A 3ZXKA 3TIAA 4NCSA 1A4GA 5DZGA 4MWYA 1WLCA 1O4ZA 2ZGRA 1SBEA 1G9BA 1S0GA 2OUJA 1FAYA 1A8DA 1SLCA 3VV1A 2XZKA 1BKZA 1UZZA 1W6MB 1NNCA 2VK5A 4P9YA 1WLDA 2XZJA 4BOWA 1ENSA 1G86A 1DBNA 4HANA 2C4AA 5M1ZA 4CPMA 3B69A 1G9AA 3ILRA 3WOGA 1SLBA 2VK6A 1GNHA 3O12A 1MS0A 5CNAA 3B9CA 2LALA 2BQPA 4YGDA 4M3CE 2ZGNA 5E89A 1Q8PA 2AREA 2ZB6A 4DRVA 1YYNA 3AP7A 1S0IA 4UW4A 4YW2A 4FZHA 3WG2A 4X49A 1IVFA 3FLPA 2ZZJA 1IVEA 4HL0A 5GZFA 2OW4A 1JUIA 2EIGA 1QDOA 3INAA 2DVDA 1S0FA 1MS8A 4I30A 3JU9A 3K37A 2QWIA 1GZWB 3L2YA 2DVGA 2PHWA 1MACA 1V6NA 4M3CF 1W6MA 1N3QA 4YM1A 1E8VA 3OY8B 3AXDA 1W6QB 5B2DA 3SH5A 4AWDA 2DURA 1FNZA 4XJ9A 1FV3A 1NCAN 2XZIA 2H0BA 2X9MA 4YFWA 1LODA 3K3AA 1D2SA 3AK0A 2CMLA 4H55A 2F10A 1SLLA 2UURA 2W08A 4JRAA 1WW6A 1ULDA 3VKLA 2NZ9A 4MWUA 1DQ2A 3WDVA 4QN7A 1D0HA 5T50A 2A75A 3D4KA 3SH3A 1SBFA 2DTWA 3ZPYA 4FPKA 4JCKA 3AYCA 1SO7A 2XCYA 4XYXA 2RHPA 4HZXA 1APNA 1VALA 3O0XA 4K1KA 4UW3A 2GNMA 2QWAA 3JUUA 2ZB5A 4MWLA 4YG3A 3WG3A 1JW6A 4YW3A 1AXYA 1I1EA 2W68A 3DUIA 3T1EA 4MJUA 2F29A 3FUOA 2DYCA 3FUQA 1GZWA 1Q8VA 5EXOA 1EUTA 4TYSA 2A3WA 2VU9A 3VUOA 3POYA 3N7LA 3OY8A 1W6QA 2HU0A 1G8WA 5EYYA 5KXEA 2HTUA 5JOZA 3O0WA 5HX0A 4PF5A 1KDKA 3ZYRA 1A14N 3D6EA 1LEDA 4PCRA 3PVOA 2DUPA 4FPLA 5DUUA 2SBAA 2FHRA 2VUAA 1LHOA 1S0JA 3GALA 4YZ4A 3TI4A 2B8HA 4ASMB 3IN9A 4Q8LA 4LBLA 3BODA 4Y24A 2CY6A 4CPLA 5E88A 4AGGA 3W59A 3IKWA 4R9DA 2D6LX 3I4IA 4WA3A 5F9TA 4BLIA 1Z4YA 3MEPA 3FBYA 1GYKA 1RINA 3V0AB 1SLAA 1NCDN 2QWCA 5GLUA 2YA8A 3HMYA 3USUB 3IMNA 2GNDA 4MWVA 3GVLA 3VKFC 4B7NA 4Y1YA 4BBWA 3WDWA 2JECA 4RL7A 1C57A 5DG2A 4K1YA 5GLZA 1UKGA 1GSLA 4ZXKA 1HQWA 1CIWA 4JC1A 3TI3A 4XE9A 2E51A 5HUGA 3O5SA 2NMNA 3N7JA 3RQ0A 3ZVXA 2GALA 1ULCA 1MVQA 4GKYA 4DGRA 1Q8SA 4YM0A 4Q1RA 4Y1VA 1FYUA 1F8DA 1NMBN 4R9CA 4IQPA 4YW4A 3OYWB 3NN9A 4DPNA 3TB0A 1U0AA 2D6OX 4Y22B 4WA4A 1NMAN 2ES3A 3WLUA 1DQ0A 1UZYA 2ZHNA 2W38A 2DVBA 1DQ6A 1V6IA 4YZ1A 5JOYA 4YLZA 1NNAA 1YO8A 4M4VA 3V0AA 1JN2P 4K3YA 3USUA 2D6NA 4LBNA 2HYKA 2OUHA 1IKPA 5DUVA 2ZACA 3JU4A 2WLQA 1SBDA 3HN1A 3B3QE 1IVBA 4YZ5A 4P9XA 4YFZA 3DGTA 3N3HA 5KXCA 4H53A 1YI7A 1LENA 3D11A 3POSA 4MZAA 2P3IA 1KRIA 2F25A 2ZMKA 2F11A 2PHRA 3MW2A 4YW1A 4ITCA 3OGGA 1Z50A 2PHFA 4FOVA 3OYWA 3TI8A 2P37A 2A6WA 1INGA 4M4NA 4KS5A 2ZMLA 2UU8A 2QWJA 2WJSA 4Y22A 2F27A 4XJQA 4FOQA 5DG1A 1USRA 4L8QA 1IS5A 2UWBA 1INXA 3VKOA 3GVKA 4FVKA 2WSUA 3W58A 4CRQA 5T55A 2VSMA 3MPPG 2ZHMA 4FPFA 2E6VA 4K1JA 3AZWA 2PHXA 2A70A 4BPZA 1JHNA 3WDTA 4FOYA 4DFSA 2XB6C 4XHXA 1ONAA 2R0FA 5EWSA 2D3SA 2NN8A 3RMXA 1EUSA 5HUMA 4XBQA 1PZ8A 2ZABA 2D6MA 1WBLA 3M3CA 2ZGQA 3ALWA 1R1ZA 3CL2A 2D6PA 3D5OA 1MS3A 2HT5A 5L73A 2GMPA 1MWEA 1V0EA 4ISRA 1WBFA 2QWKA 5CBLA 2DV9A 1N1SA 3MW3A 1DGLA 1QNYA 3ASIA 2PHTA 2A5ZA 5HUNA 3SANA 1DQ1A 1AZDA 3N7KA 2BF6A 4YGCA 1A78A 1KDMA 1KQRA 4DQAA 1BQPA 3K39A 3B01A 5H9PA 4CPOA 4LBQB 5SV8A 3ATGA 1DIMA 4QN5A 2NP0A 2WKKA 4PQ9A 1ZM1A 1EPWA 3UJQA 2V5YA 4P14A 2NMOA 1IS3A 2HT8A 4MZEA 3O9JA 3NV3A 4ATEA 4FPYA 1W6NB 1CVNA 4D69A 5IT6A 4HZWA 2AEPA 4Y1ZA 1WW5A 4YZ3A 4HZZA 4MX0A 2ARBA 4CPYA 2F0ZA 4JF7A 1N3OA 2DTYA 4I00A 4TZDA 1AVBA 4XJAA 1DQ4A 3NV2A 3B7EA 4UW6A 3LCPA 1EUUA 3M3QA 4GDIA 2ZGKA 4Q2FA 2VWDA 4NN9A 4K1IA 4R9AA 1CPMA 1W6OB 5GJ6A 1ULEA 2CTVA 2ENRA 3TICA 3VKNA 1W6PB 2UWAA 1LOEA 3CNAA 1IKQA 1VAMA 4LBQA 2E7QA 4OZXA 2A3XA 1CJPA 2HTVA 1HKDA 1FNYA 2AH2A 3KM5A 4XTPA 3AP5A 2R1DA 1AXZA 3NV1A 2ERFA 3V64A 1S0CA 2YY1A 2QWDA 4GKXA 2AR6A 4X47A 1W6NA 4XJZA 4GEZA 3R4UA 2HU4A 4QN6A 2WSVA 2YA7A 3CKZA 4Q8KA 3TI5A 2R1BA 2CWSA 1L7GA 4MWQA 4AGRA 4Q6KA 3WNXA 1OQ1A 1HDKA 2F24A 1IVCA 1G9DA 1QOTA 2A6ZA 2D7FA 2EXHA 1W6OA 4M00A 5FRAA 2VY0A 3RMYA 1QKQA 2DUQA 3WUCA 4K1HA 2R49A 3NWKA 1W6PA 5FREA 2DVFA 1VCUA 2ZGSA 1SACA 4AVSA 3V65A 3KQRA 1V2IA 1N1YA 4DS0A 4XOGA 4YGEA 4KS4A 4K21A 1IS6A 2W5NA 2EXJA 4M4UA 1ULGA 5H9RA 2EXIA 5T52A 5GM0A 2JE9A 2UWCA 5GZDA 3WHTA 2HTQA 1GBGA 1LJ7A 1SLTA 1VIWB 1LU2A 2VW1A 3TIBA 1LOFC 1BYHA 3PVEA 4LBQD 1F31A 4GXLA 4WEFA 4XMIA 1B9SA 3AYEA 4D8SA 4XBNA 2VSKA 1AX2A 4GALA 5T5OA 1N1VA 1VCJA 2F28A 1AJKA 2JJ6A 1Z4VA 3SALA 3BIWE 1H9WA 1JYCA 3CL0A 1LGCA 1L7FA 4YW5A 4GZXA 4FP2A 4GZOA 4LBMA 4MWXA 3WDYA 1X50A 1H9PA 4XBLA 5GLWA 2R16A 1LCLA 1F8CA 1SCRA 3A0NA 2CYFA 4XJ8A 2C5DA 2GNBA 1O4YA 3UL2A 1F8EA 4XIOA 1Z4WA 4J9TA 1W0PA 4FPCA 4YM2A 4MYEA 3OBTA 2P34A 4K20A 2WT2A 3RS6A 3RG0A 3LSDA 2BERA 1LHVA 1N3PA 3GVJA 4Y1XA 3RRDA 2DUOA 1L7HA 3INBA 2F26A 2C4LA 1CQ9A 1N47A 4BM8A 2PHUA 4NO4A 4GWMA 4MWJA 4CTEA 5IK4A 1DZQA 1HQLA 1MZ6A 1Z78A 1GICA 3R05A 2P2KA 3SLIA 1DFQA 2JE7A 4MC7A 1WUVA 2HT7A 4NC5A 2W5OA 1DLLA 3A71A 2A6VA 4M3CB 4CZSA 1BXHA 3MW4A 3SISA 5AVAA 4BQ1A 3WDXA 3LSEA 1AX0A 5DUXA 3AZXA 2YROA 1FX5A 1IVGA 2WT0A 1TEIA 1GZCA 4FPEA 3QLQA 1I3HA 2JD4A 2WQZC 3CYEA 1NLSA 4XXPA 2Q5TA 5T5JA 5JMCA 4MJVA 3IM0A 1W8OA 3WG1A 2YXSA 1DYPA 3AXEA 1V3EA 1LOFA 1WLWA 3A4UA 4FQZA 2FMDA 3FFZA 2EXKA 2BATA 4KS2A 3AZYA 2AGSA 3T2TA 4GB1A 3UJOA 1ULFA 3ILNA 2QWEA 3AZZA 3BOPA 4ISQA 4YZ2A 3I8TA 3AZVA 4CPZA 1V0FA 4Y20B 4YG0A 5JOWA 2RKCA 1GANA 1MS1A 2DU1A 1IVDA 4M3CA 4PBPA 2SIMA 1W20A 2YA4A 2KM2A 2D3PA 1MVEA 3WUDA 4AVTA 1B09A 2W39A 3NV4A 2WNEA 3AP4A 1BJIA 1NCBN 5T5LA 3PJQA 2NM1A 4C1XA 3OJBA 4GJTA 3RSJA 3WCRA 2CNAA 4SLIA 4Q27A 3AYDA 2ZMNA 1H30A 4X6KA 3TAYA 1F9KA 2JKBA 4BMBA 5T5PA 1DIWA 1LOCA 1NSCA 3T1LA 4FP3A 4BMEA 3K36A 5CA6A 1V6MA 1LHNA 4XMAA 1S0DA 2C9AA 4XHBA 4GZSA 2DVAA 3PMEA 4XJUA 3V0BB 4FPOB 1NMCA 2VH9A 2SILA 1UMZA 4LBKA 2AEQA 4Y1UA 5HCAA 1CN1A 1V6JA 1QGLA 2VW0A 4LBJA 1CESA 1V6OA 4Y20A 1QF3A 2QWHA 1WW7A 4GZTA 4YGBA 1JYIA 3ALXA 5DXDA 1E8UA 2GN7A 5KXDA 4C1WA 3O9KA 1JXNA 5JVVA 4GZQA 4MWRA 2ZAAA 3W09A 1LEMA 2HTRA 4ATFA 3ZSKA 3ZYPA 2QWFA 2YMZA 2ZGTA 1Q8OA 1J1TA 1LESA 1PZ7A 1UAIA 1UPSA 4HZVA 4AVVA 3H71A 4B7RA 2P3KA 1RITA 1SFYA 5DZFA 3FLTA 1IS4A 1JOJA 4BLJA 5DZEA 1NSDA 2F12A 3V0BA 3WZ1A 3ZXLA 1Z0HA 4M3MA 1UL9A 4LBOA 4B7MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4N53A 1AX1A 1LGNA 1XSQA 4KH9A 2WNVC 2D6KA 4JQTA 5FZ1A 1BJQA 3VBUC 5C5UA 1V3DA 3D12A 4H52A 4WA5A 2A71A 1GZ9A 1CX4A 2QQUA 4WV8A 3ILFA 2A1XA 3ZXFA 1J84A 5BNPC 4KBBA 1POQA 4NWVA 3HR9A 4PBOA 3VLBB 5GZGA 4OUSA 1F5FA 5CIRA 1HLCA 1NA1A 2RVAA 4D52B 1A3KA 4K1ZA 3LPGA 5JOXA 3AYAA 2Q0AA 1WW4A 2ZGOA 2CU5A 1XU1A 4MGZE 1I9RA 1J3QA 2VXRA 5IK8A 1V3CA 1S1AA 1GNZA 4C0BA 3E6CC 1AR92 2WFF1 4GMP3 4EN6B 5LA1A 3GGLA 2P3JA 3M2MA 1Q8QA 2OVUA 2VK7A 3AFKA 3HN3A 1CPNA 3KVBA 3VBSA 1UCXA 3LIHA 1LU1A 2JKXA 1XE7A 1QQP1 2J1SA 3JBG1 1JBCA 4CEYA 5A3NA 5IK7A 1DZTA 1XOEA 3DPRB 3AJZA 4BWOA 3SOQA 3LI5A 4IXLA 5GZCA 4YM3A 5F6KA 3ZLIA 4CPNA 4FSJA 1US3A 3OPZA 3AMNA 5T54A 5GLVA 1ALYA 1NN2A 2RMU2 2G8SA 1RIRA 4LA3A 5IVVA 3E6BA 5CFCA 4Q0VA 2IAXA 3UESA 2NQYA 2D3RA 4BQ3A 4XJRA 1NSBA 4G9SB 2RG4A 4CDUA 1ZBA3 4AEDC 1DQ5A 1QOOA 2RS11 3G4EA 2ZZKA 5AC93 3H0OA 1K45A 3WNPA 4YG6A 1Y7BA 3SILA 3I2DA 3OGVA 3FLRA 3M1HA 4RGAA 1QXRA 3VZLA 5I0TA 2AUYA 1WCQA 3MV11 4UFHA 4B7EA 1RUC3 3NMBA 4FJ6A 3MIHA 4JGYA 3LEKA 4JKKA 3H6JA 2C4XA 2QE3A 1RUE2 5NN9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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