4XMAA

Crystal structure of the k499g mutant of nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALGSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 tigr4
molecule keywords Sialidase B
total genus 200
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xmaA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xmaA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xmaA02
3SNMA 1S0JA 3UL2A 4DS0A 1B09A 1DHKB 3AYCA 1DQ1A 1KRIA 2ZHLA 4U36A 2ARXA 1NMCA 5H9QA 1L7HA 2XZJA 3O0XA 5SV8A 1GZWB 3B9CA 2HU4A 2ZABA 1LULA 1URXA 1E8UA 2GDFA 4FOYA 2A3WA 4XBLA 1APNA 1WCQA 1NCBN 3FUOA 1BQPA 1IOAA 1ULGA 2PHFA 1LOBA 1CQ9A 1INYA 2GNBA 3NWKA 3USUB 2PHTA 2A6ZA 1WW4A 1VCJA 2F10A 4Y1VA 3AJYA 4FPLA 1N1SA 5HUKA 1UKGA 1W6NA 3W09A 4C1XA 1SLCA 2WNEA 5EWSA 1ENQA 4MZAA 2PELA 3B01A 5E88A 4F83A 2BATA 2F11A 3WG2A 2W20A 2W52A 4XXAA 4FPFA 1Q8QA 4QNPA 2UWCA 4XBNA 4B7RA 4DGRA 3MW2A 3N3HA 3AP9A 1GLHA 4GZWA 4LBQD 3VV1A 4NC5A 3OBRA 3O0VA 4D69A 1NCAN 1A14N 2YA7A 2HTUA 1ULDA 1S0DA 1F8DA 4K1YA 4HZYA 4GA9A 4YZ2A 4GKXA 3IMNA 1S0GA 2A71A 4DPNA 1DZQA 3WG3A 5KXBA 1BXHA 2ZMNA 2WT2A 4MYEA 2GN3A 3CYEA 1LOEA 4CPYA 3ZSLA 5FRAA 2YA5A 2GMEA 1C4RA 1JN2P 4YZ4A 3PMEA 3AJZA 2FMDA 3V65A 3TI3A 1W8NA 4Y20B 4Q2FA 4QN5A 4Q8KA 1GZWA 2C4LA 1WCSA 5E89A 4AGRA 4MX0A 1F8CA 1I3HA 4K1KA 3R05A 2GMPA 4YGBA 4GDIA 1NXD1 2YA8A 1MVQA 1BZWA 5HCAA 3D11A 3UK9A 1UZZA 2XG3A 1S0CA 2DVFA 2AUYA 2ZGLA 3PJQA 3INBA 4XTMA 5T54A 2C9AA 3WG4A 4XXPA 3NN9A 2DV9A 4XJZA 2OUJA 3M1HA 1UAIA 3N35A 2R0FA 1B9TA 4FP2A 1MS5A 4X6KA 4LBQB 3T1EA 2QWDA 2AEPA 2R1DA 4FQZA 3B7EA 4MC7A 3ILNA 2TEPA 5DZFA 1LHWA 4X4AA 1DQ0A 5H9SA 2A6VA 3OYWA 4R9BA 1GANA 2JD4A 1D2SA 1SFYA 2JE7A 2QWEA 1F8EA 1HQLA 4FPKA 5IK4A 2ZMLA 3GNEA 3TB0A 1GYKA 1W6MA 4Q6KA 4XJQA 5FREA 3WDUA 2R0HA 1Z4YA 2VSMA 5DXDA 1N3QA 6NN9A 1W6OA 1V0ZA 5IK5A 1V6LA 5CA6A 1G9BA 1FV3A 1G7YA 2AREA 4W65A 3UJQA 1NLSA 4H52A 3OGGA 2GNDA 2ZZJA 3FBYA 2B8HA 5H9PA 1INHA 4AGGA 3POYA 5LK5A 1E8TA 2VK7A 1SBFA 2W68A 2DU1A 3WDYA 3TI6A 4GDJA 3O0WA 2WLQA 4X49A 3WHTA 2P3JA 4OZXA 1W6QA 1WLCA 3RSJA 1WW6A 3ZPYA 4HZVA 1F31A 2WJSA 2E53A 1G9CA 4RL7A 1MVEA 1LGBA 1LOGA 4MWLA 4BM8A 2HYKA 1UL9A 5HCFA 1EUSA 2JJ6A 1Z0HA 3RS6A 3V0BB 4GWNA 2DWRA 2UWBA 2NP0A 3Q9OA 3IPVA 1S1AA 5GZEA 2PHUA 2R16A 2EXJA 5AVAA 4FPCA 4M4NA 2EXHA 3D5OA 3FLTA 3AYAA 1SNTA 1V00A 3N36A 2XZKA 3AZZA 4BMEA 4TYSA 3K38A 3ZXEA 5HCBA 2VK6A 2HTQA 5JYYA 4YM2A 4HZXA 1CVNA 2ZGRA 1B9VA 3AP4A 3A72A 3K36A 1CIWA 3ZSJA 3FUQA 4DFSA 2WKKA 1R1ZA 3M3CA 4CPNA 4LBNA 3T2TA 1UMZA 3OJBA 4YM0A 2XZIA 4K1IA 1ENSA 1DQ6A 3AFKA 1VAVA 1V0EA 1NMAN 1YRZA 4U2AA 2F12A 4GKYA 4MZEA 1MACA 2F0ZA 2BERA 4XDQA 1VCUA 3ZYPA 2JE9A 4FZHA 4P14A 2D7FA 2QWIA 5DUXA 1LGNA 4PF5A 4AWDA 4R9CA 2VWDA 5GLVA 4WVWA 3AZWA 4JC1A 2YXSA 4MJUA 4M01A 1L7FA 2SBAA 2DURA 1IVGA 5GLUA 2DVBA 3AK0A 4Y22B 2F13A 1LOFC 2ENRA 4UW6A 4M3CA 1RIRA 1Q8SA 5DG2A 4FOVA 1AJOA 2ZKNA 4M00A 2BF6A 2HT5A 1ULFA 4K1JA 2RKCA 1IS3A 3LCPA 5T5OA 3TIAA 4P9WA 4ATFA 1QGLA 1A3KA 2V73A 1V6NA 4GXLA 3ATGA 1LHOA 1Z4VA 4GZXA 2XB6C 2E51A 2HTYA 1LEMA 4CZSA 3NV3A 2VXRA 4Y26A 4MWUA 4XJWA 3RG0A 4P9YA 3HN1A 1O4ZA 2FHRA 5EYYA 1N47A 4YZ3A 1Q8VA 4H53A 3RMYA 4AVTA 4LBMA 2HTRA 1GNHA 3L2YA 4KS3A 1BKZA 1ULCA 3AP6A 4FOQA 4YGCA 3O9JA 2ZGUA 1SBEA 1Y7BA 4YG6A 3V64A 3CKZA 2EAKA 1BJQA 1BYHA 3B69A 2NYYA 3WNXA 3U4XA 4XJUA 1NMBN 1LHUA 4ZXKA 3V0AA 1FYUA 1V3CA 4XZPA 4BQ1A 3SLIA 3CL2A 2G4IA 2ZGOA 1QF3A 3AP5A 1LHVA 1LOAA 5JDBA 1HQWA 1QOOA 2D43A 3VKLA 4GALA 1NSCA 3OY8A 1N3OA 4FQ4A 5JOYA 3ASIA 1KITA 3WCRA 4Y22A 3ILFA 3OPZA 2D3SA 4FVVA 4CRQA 2W08A 1JBCA 1G8WA 1PZ8A 4M3CE 2ZGPA 1HDKA 1MS8A 4PCRA 4CPOA 3TIBA 4WA3A 3B3QE 4SLIA 2P3IA 1SCSA 1SLBA 4BPZA 4YGEA 4MWJA 2DVAA 1LODA 2P37A 2HU0A 1OQ1A 4MWVA 2NM1A 3MW3A 1AZDA 3VKMA 3ZVXA 3SH3A 4K3YA 4YZ5A 1ENRA 1WD4A 4GZPA 4Y1YA 1AXZA 4YZ1A 1QNYA 2CWMA 5DUVA 3FLPA 3BODA 4BLIA 1VALA 1QDOA 4PBPA 5KXCA 2W5NA 2VUAA 1CJPA 2V5YA 2ES3A 1EURA 3ALWA 2E7TA 4Z8BA 2HTWA 3WDVA 1C57A 4FJ6A 1VIWB 4FPOB 1KDKA 4YLZA 3TAYA 2BQPA 2F26A 1LCLA 1QNWA 4WZFA 4XHBA 3R4SA 3D6EA 3IM0A 2QWJA 2XCYA 2NZ9A 4XBQA 1Z4WA 1G86A 5CNAA 3VUOA 2GNMA 2AGSA 2ZGNA 1GV9A 3TI4A 3TICA 2ZGQA 4QN4A 1C1LA 1MS3A 1YYNA 5IK8A 3USUA 2A6WA 2ZHKA 3W59A 3K37A 4I30A 2YDTA 4YGDA 2GNTA 2ZHNA 2JKBA 3SANA 1Z4ZA 4WA4A 1DYPA 3H6JA 1G9FA 1I1EA 5JVVA 4WEGA 4YW2A 2KM2A 7NN9A 4ASMB 3JU4A 2A5ZA 4KBBA 3BIWE 5B2CA 5L73A 3SILA 3AP7A 1Q56A 4GZQA 2D3RA 2VSKA 2UWAA 2D6MA 1NN2A 1W1XA 1AX2A 4YW4A 1MS0A 3A71A 2DUQA 4YG0A 3NV2A 4XIOA 1AJKA 2NN8A 1V6MA 2CMLA 2ZBJA 5M1ZA 1B9SA 4Q1RA 4MWYA 3DGTA 1SCRA 4QN3A 4RA0A 1LENA 1NCDN 1A8DA 5JLVA 1HLCA 4XYXA 2C5DA 4XE9A 4BBWA 2AYHA 1DBNA 2YDPA 2SILA 4Y20A 3WHUA 1UPSA 3H0OA 1C1FA 2AENA 4ISQA 4Y1ZA 4JCKA 3PVEA 1AVBA 1NCCN 1GZCA 4HIZA 3SH5A 1MS1A 2F28A 2CNAA 3B00A 2OW4A 3ZXFA 1S0BA 3POSA 4ZKTB 4D8SA 1YO8A 4NN9A 2HTVA 2JDZA 3H71A 2F24A 1FAYA 3CL0A 4B7NA 3AZYA 2ZGTA 4Q1PA 1NNBA 1CR7A 2D6NA 1W0OA 1NSBA 2X9MA 1O4YA 1IVCA 1LECA 4BMBA 3SH4A 4LBQA 3VKOA 3WDXA 2A3XA 3O9KA 1LOCA 1CESA 3ZXKA 5IUQA 1J1TA 5IT6A 3GALA 4FVKA 2W39A 2DUOA 1N1VA 4GWMA 1QOSA 1SO7A 3PVNA 2DTWA 5DZGA 2BZDA 2D3PA 5T50A 1A78A 2CYFA 1INXA 4FP3A 3ZXLA 1UN1A 4YFZA 2QWBA 1LHNA 1E8VA 4XTPA 5HX0A 1N1YA 4KS4A 4FPHA 4KS1A 3ZSMA 2SIMA 4XHXA 4CPMA 1INWA 2ZA9A 5KXDA 4FPYA 2ZAAA 2VU9A 4YFWA 4B7JA 1X50A 3NV4A 2PHWA 3A4UA 5GALA 4MJVA 1WBFA 4B7MA 5T5PA 1IS5A 4Q27A 2D44A 4UW4A 4BLJA 1W6NB 4XMAA 3AXEA 3MEPA 4FPJA 4XMIA 1DLLA 3AXDA 2WSUA 1VLNA 3TI8A 4XJRA 1SLTA 4PBOA 1YI7A 1V6OA 1UZYA 3T1MA 4B7QA 1MZ5A 4LBOA 4WEFA 2NMNA 2ZB6A 2CTVA 4XOGA 3AZVA 3V0BA 2PHXA 1LU2A 4MWRA 4I00A 2QWKA 2EXKA 2F27A 4CPZA 2QWFA 2AEQA 2A3YA 3NV1A 3ENRA 2DVDA 5HUMA 4AVVA 1W8OA 2EALA 1SLAA 1NSDA 1OKQA 4UF7A 2B7YA 4NOTA 4J9TA 1WW5A 3O5SA 1F8BA 4XJAA 2GALA 5GZFA 1BJIA 4H55A 4X47A 5GLZA 1DFQA 1H9PA 1INVA 1DIMA 1RINA 1EPWA 1XOGA 1QMJA 2VVZA 1LEDA 1WW7A 2YA4A 1OFSA 4L8QA 2DVGA 5H9RA 1USRA 1WBLA 1IVFA 1AXYA 4HANA 1GBGA 2CWSA 4DQAA 2DYCA 3A0KA 3IKWA 3JUUA 3O12A 2YV8A 2ARBA 3QLQA 4NCSA 3D4KA 1V3EA 2VH9A 4DRRA 1VAMA 3WUCA 2ERFA 1S0IA 2QWCA 4M4UA 2ZGMA 3AYEA 2GN7A 3IN9A 4K1HA 2A75A 2ZMKA 4FOWA 2ZACA 4R9DA 5GLWA 2OVUA 3ZSKA 3N7KA 1V2IA 3I4IA 4WVVA 3T1LA 1WUVA 2WT1A 5T55A 4M3MA 4M3CF 2CY6A 4CTEA 1EUTA 3H72A 1V6JA 1WD3A 1GNZA 1JYCA 1W21A 2C4AA 3OYWB 1SLIA 4AGVA 1ONAA 2F25A 4Y24A 2R1BA 1XOEA 2HT7A 5JOZA 1W6MB 3AX4A 3APBA 4QN6A 5JMCA 4KS2A 1ZA4A 1JOJA 3AZXA 3ZYRA 2AR6A 1AX0A 2Q5TA 3K3AA 3N7MA 1GZ9A 4YW5A 2LALA 1W6OB 1G9AA 2HT8A 4HL0A 1LOFA 1MZ6A 3BTAA 3GVLA 1Z78A 4QN7A 1FNZA 1S0EA 4XJ8A 2VW0A 1IKQA 5F9TA 4C1WA 5HUGA 2H0BA 3W58A 2DU0A 1KJRA 3HR9A 1Z4XA 2ZB5A 2D6KA 3WV6A 4K1ZA 1V0FA 5IK7A 2P2KA 2A7AA 2Z42A 4GEZA 4Q8LA 3POWA 1CN1A 1DQ2A 2WQZC 1YXWA 4YM3A 1W6QB 2DTYA 1JHNA 2W38A 3UJOA 3LSDA 1USXA 4CPLA 1LGCA 1PZ7A 4HZWA 1N1TA 1N3PA 1W20A 1IVDA 1SLLA 1DIWA 1GSLA 3WDWA 1U0AA 1JXNA 1LESA 2YA6A 2A70A 4Q26A 3IPVB 3C2UA 5DG1A 1AF9A 4LBLA 3DUIA 1F9KA 3LSEA 2YROA 2YMZA 4LBJA 3N7LA 2LTNA 1NNAA 5T52A 2E7QA 5DUWA 2P3KA 1AXKA 3NSSA 3RRDA 1Z50A 2WSVA 4GB1A 1ZM1A 1KQRA 4ITCA 3WVJA 4K20A 2WT0A 2VK5A 3JU9A 4MWQA 2A6YA 2UURA 2ZGSA 1IS4A 1L7GA 3ILRA 1AX1A 1H9WA 3GVKA 3A0NA 3I8TA 2ZHMA 1A4QA 5B2DA 1WLDA 1V6IA 3MPPG 1S0FA 1W6PB 3WDTA 5CAZA 1DQ4A 4WV8A 4XILA 3M3OA 1ULEA 4YW1A 3QCWA 5CBLA 4KS5A 1LU1A 4XIKA 3M3EA 4GZTA 1W0PA 4DRVA 4GZOA 4K21A 3WG1A 5GZCA 1CONA 4HZZA 1EUUA 3WCSA 5EXOA 1Q8OA 3WLUA 1GICA 1JYIA 1HKDA 3RQ0A 5JOWA 1INFA 3ALXA 2RHPA 3SITA 4M3CB 1MWEA 4LBKA 3R4UA 4ISRA 4FPGA 2YY1A 1F5FA 1FATA 1DILA 1V6KA 2D6PA 1QDCA 1INGA 1WLWA 4P9XA 2NMOA 2EIGA 4AVSA 3D12A 1MS4A 4TZDA 3PVOA 1PZ9A 2OUHA 4Y1XA 2VW2A 2A6XA 1Q8PA 2QWHA 2EXIA 1UX6A 1V3BA 1MR5A 1LTEA 1MS9A 1D0HA 4WA5A 1JUIA 1GKBA 2SLIA 4XJ9A 1A4GA 2UU8A 5T5JA 1CPMA 4MWWA 4GJTA 5CB7A 4YW3A 2QWAA 3VKFC 3OBTA 3GVJA 1JW6A 4MWXA 1IKPA 2PHRA 4IQPA 2JECA 1YIFA 3RMXA 1SBDA 4ATEA 3V0AB 4YM1A 1IVBA 2QWGA 3BEQA 2GMMA 2W5OA 1CPNA 1FV2A 3K39A 3TI5A 2AH2A 3HMYA 4M4VA 1W6PA 2F29A 2D6OX 1XQNA 2P34A 4R9AA 1RITA 3FLRA 1IVEA 5T5LA 5BYNA 1TEIA 1QOTA 1FNYA 3H73A 3SISA 1DGLA 5EYXA 2CL2A 5KXEA 3OY8B 3ZXJA 5GZDA 1SACA 3SALA 5DUUA 1IS6A 2EF6A 5GJ6A 1KJLA 5DZEA 4JRAA 3WZ1A 4Y1UA 4YG3A 4AYUA 1NNCA 4JF7A 4UW5A 1DQ5A 4BOWA 3KQRA 2DUPA 3KM5A 4UW3A 3M2MA 1FX5A 3VKNA 2ZGKA 3FFZA 1G9DA 2YZ4A 4NO4A 4FPEA 1DYKA 3BOPA 5GZGA 2D6LX 2R49A 1V3DA 4GZSA 2E6VA 3INAA 1QKQA 5JOXA 5HUNA 5GM0A 3N7JA 1LJ7A 1KDMA 3M3QA 2VW1A 5GLTA 4PQ9A 3WOGA 1H30A 2VY0A 5F5QA 2I2SA 1QU0A 3WUDA 3MW4A 3AYDA 5E8AA 5NN9A 3CNAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VHNA 4NRQA 4C91A 2JG9A 4B8EA 3SNMA 1NCRB 1N6DA 2XLFA 1S0JA 2B42B 4MXVA 3UL2A 3S57A 4DS0A 1B09A 4HOOA 1DHKB 3MF6A 3AYCA 1DQ1A 1ZBA1 3VZOA 2QFEA 3B94A 4IFJA 3VNGA 4JDNA 4JDOA 3H8UA 1JU4A 4JGYB 4KQ7A 1KRIA 2JDHA 2XJUA 2ZHLA 4UOUA 4U36A 5FUNA 4HN0A 2ARXA 1NMCA 1AR72 4Q4Y1 5H9QA 3WW4A 1L7HA 3V65B 1QQP1 2XZJA 1YWKA 3O0XA 5SV8A 1RVF3 1GZWB 5IHRA 1RHI2 2YG0A 3FHAA 2RG4A 5C8CA 4N1BA 3B9CA 1QY4A 3VBHC 3ZXAC 2HU4A 4KS5A 2ZABA 1E5IA 1PGSA 2XUEA 5A3MA 1HRV3 1V0AA 1OMIA 1LULA 5FYIA 2X5IA 4QHZA 3VBFA 4BWOA 3CU7A 4O9EA 4OUEA 1FPN2 4BQ5A 4C0BA 2Z69A 3AMQA 3TOJA 4GQ7A 1K5JA 1UYYA 1URXA 3CBNA 1E8UA 1WA6X 3H1YA 2GDFA 4FOYA 2A3WA 3FHIB 3PTRB 4XBLA 1APNA 1WCQA 1NCBN 1O91A 3FUOA 4CDXA 1KFUL 1BQPA 3S0MA 1IOAA 1ULGA 2PHFA 5FNSA 1HN0A 1ZRRA 3VN4A 1CZVA 1RUE2 4A45A 1AL21 1CQ9A 1LOBA 1YQ8A 1SMVA 1RUD2 2GNBA 4LO6B 4WZCA 3V56A 3RZGA 1INYA 3NWKA 1AUYA 4MXWA 3USUB 3ROUA 2PHTA 4DIQA 2A6ZA 4AHXA 4UI9L 1WW4A 1VCJA 2HEYF 3BKZA 4OZOA 2F10A 1REDA 1YUDA 5FYMA 1GOFA 1HRI1 4LJHA 4Y1VA 1RUG1 2XHKA 3AJYA 1A34A 2GVWA 2HWD1 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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