4XMAA

Crystal structure of the k499g mutant of nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin
Total Genus 200

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALGSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
100200300400500600600500400300200100
050100150200Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 tigr4
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 200
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xmaA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xmaA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xmaA02
5E89A 4P14A 2CY6A 1DZQA 4UW6A 2ZGPA 2HYKA 4MZAA 1BYHA 1LOAA 3SISA 1NCBN 3TIAA 4GXLA 2QWGA 3RG0A 4MJUA 1N1VA 3A0NA 2P2KA 4YGCA 5H9PA 3OYWA 3USUB 3ALWA 2BQPA 3A0KA 3WUCA 1DIWA 1N1TA 2R16A 3TB0A 1SBEA 4YLZA 4XMAA 1DQ5A 3WV6A 3SH4A 3BOPA 4ASMB 2RHPA 5IK7A 4Y1UA 4K1ZA 2D3PA 3VV1A 3VKLA 2W5OA 3GALA 2ZHMA 4P9WA 4GEZA 4GJTA 1F8BA 4LBJA 1SBFA 1QKQA 1LOBA 1N3OA 1A3KA 1G86A 1ENQA 5DUWA 2HT7A 1LU1A 3INAA 2F12A 3N3HA 5T52A 2EXIA 2JECA 4YZ4A 4YFZA 1W6NA 3CYEA 3M3EA 4GWNA 2VU9A 2QWAA 3WDWA 1INYA 2QWKA 4L8QA 1WLDA 4J9TA 1V0ZA 1RIRA 2WKKA 2PHRA 1ULFA 3POSA 2DURA 1UMZA 3AYEA 3AZZA 2OW4A 4UW5A 4M3CA 3DUIA 4IQPA 5LK5A 3SANA 2D6LX 2ZB6A 2YMZA 4AVSA 3LSEA 1KDMA 2P37A 5GZGA 5GLZA 5HCBA 3GVJA 1I3HA 5KXBA 4DFSA 4FJ6A 2D44A 2WLQA 2F10A 2CTVA 3AX4A 2ZGMA 3M3QA 4GKXA 1LULA 4MWRA 2F24A 4M3CE 3JU9A 1S0EA 4ISRA 2VVZA 3IPVA 5JMCA 2GMPA 3K36A 4RL7A 2DTWA 2XZKA 1AJKA 2W52A 1V0FA 4FOWA 1ULGA 2NMOA 2UWBA 4K21A 1GNHA 1QNYA 1DLLA 4GWMA 2E7TA 1IS6A 2FMDA 4CPLA 2HTUA 5HUKA 1ULEA 1GZWA 1NMBN 4AWDA 2A3WA 1MS4A 1WBLA 4Q2FA 1W0OA 1FV2A 1ENRA 3ZXKA 3M3CA 1JW6A 4YW4A 1Q56A 4NO4A 3W09A 1C57A 1WBFA 3MEPA 1Z4ZA 1INVA 4JCKA 2ZAAA 2AENA 2GDFA 2W20A 4W65A 1JN2P 1ONAA 1DQ6A 1MS9A 1B9VA 1MVEA 2B8HA 2E7QA 3TI5A 1QGLA 2C5DA 3WUDA 1LENA 3UJQA 2DVFA 3A72A 4XTMA 2DUPA 2OUJA 1HLCA 4D8SA 1UPSA 2DU1A 2OUHA 2NZ9A 2DVDA 3D11A 2BZDA 1XOGA 2BF6A 4GZWA 2EXHA 1WUVA 4FPOB 3CNAA 1CPMA 3NV2A 3V64A 3ILRA 5IT6A 2D6PA 1VAMA 3NV3A 3AP5A 1LGCA 1V0EA 5M1ZA 1L7HA 3L2YA 4YM1A 2AREA 1APNA 5T5JA 3IM0A 1WLCA 1W6MA 1LEMA 1H9WA 1ENSA 3TI3A 4WA4A 3O9JA 3QCWA 5HCFA 3CL2A 1MS5A 4M00A 1L7FA 2UURA 6NN9A 1GZ9A 3VKMA 1NN2A 3WHUA 4GZSA 1BXHA 4PQ9A 4NN9A 4K1JA 1INXA 3RMYA 5H9QA 5KXCA 2EIGA 4YW5A 2YZ4A 3BIWE 3ZVXA 2NP0A 2VSMA 1CPNA 4R9BA 4H52A 4MWYA 1DGLA 5HCAA 1QOOA 2NMNA 3BEQA 4K1IA 2C9AA 4K1KA 4M01A 3AFKA 1QOTA 2X9MA 1JYCA 1S0BA 2QWJA 1W6PB 2YXSA 1UL9A 3B69A 2VY0A 4GKYA 1GLHA 1ULDA 4M4VA 2XCYA 4QN4A 4KS4A 2A6YA 3O9KA 3FUOA 3SH5A 4K3YA 3AK0A 3ALXA 1ZA4A 1NNBA 1LTEA 1LHOA 1WCQA 4FP3A 1KITA 3JU4A 4WEFA 2V73A 4Q6KA 4D69A 1N3QA 1DQ0A 3WDXA 4UW3A 2W39A 3WZ1A 2P3IA 4I00A 1USRA 1IVCA 4M4UA 4CPNA 2CWMA 3KM5A 1SCRA 5GJ6A 1BZWA 1U0AA 4CPMA 1NNCA 2P3KA 5GZFA 1QDCA 2HTVA 2VW2A 3RQ0A 1AX0A 2YROA 3AZWA 1UAIA 1S0CA 5GZEA 1V6LA 5T5LA 3ILNA 4HIZA 1S0FA 2ZZJA 3K3AA 1W6QA 4YZ2A 3NV1A 3AXEA 4M3MA 1MVQA 4LBQA 2Z42A 1W6OB 2ZGSA 1GZCA 4MC7A 1JYIA 2F25A 2GNMA 3K37A 4Y22B 2R0HA 2W5NA 1JOJA 2I2SA 1W21A 1Q8SA 3T2TA 2DVGA 3V0BA 4YW1A 3ILFA 3LSDA 3WOGA 2QWFA 4X47A 3B9CA 1QF3A 3WDTA 4CPOA 3RMXA 2E51A 4DS0A 4XBQA 3O5SA 4U36A 2ENRA 2BATA 4MWVA 4ZXKA 1S0JA 3SALA 2A6WA 5KXEA 1MACA 1SLIA 1DBNA 1V3CA 5FREA 3I8TA 3WDUA 1Y7BA 1A8DA 4XE9A 3M1HA 1CR7A 1SLTA 1S0DA 4XJUA 5EYXA 1BJQA 1IVDA 2ZGNA 1QU0A 1KRIA 3NWKA 4YM3A 2VW0A 4B7MA 1KDKA 1V2IA 1UKGA 3K38A 1LGBA 1IVBA 5H9SA 2AR6A 5JOWA 1MS8A 3ZXLA 1AVBA 1R1ZA 2ARBA 4K1HA 4DRRA 1WW5A 4Y20A 1USXA 5IUQA 4UF7A 3ZSMA 2GNDA 1S0IA 3AJZA 4YGDA 2HU4A 1AXYA 4NC5A 2EALA 3IMNA 2SLIA 2PHWA 2SBAA 2YA7A 3UL2A 5NN9A 1Q8PA 3MPPG 4LBOA 3KQRA 3ZSJA 5HUNA 2ERFA 4HANA 3GNEA 2HT5A 1QMJA 3T1LA 3OY8B 1OKQA 2FHRA 3TAYA 1AJOA 4Y24A 1LESA 1AF9A 1GICA 3AYCA 5GLTA 1EURA 1PZ8A 2ZHLA 2ZA9A 2RKCA 5DG2A 4AVVA 1IS5A 2ZB5A 2QWDA 4R9CA 5JDBA 1G9CA 1KQRA 3OJBA 1WLWA 1DHKB 4FPYA 3BODA 3O0WA 1J1TA 2LALA 2ZGUA 1LOFA 3WG4A 4WV8A 3WCRA 4B7QA 1S1AA 2SILA 4GDIA 2B7YA 1DIMA 1HQLA 1LEDA 2D43A 3AXDA 3N35A 1AZDA 1V3EA 5CA6A 3WLUA 1F9KA 2A3YA 4GB1A 5E88A 1BJIA 5E8AA 2CWSA 3D4KA 3POYA 1O4YA 4MX0A 4FP2A 1DQ1A 4XZPA 1IOAA 3D12A 5JYYA 2HTWA 2E6VA 2XG3A 3INBA 2W68A 4XIOA 4BLJA 5JOZA 1NXD1 3H6JA 2YA6A 3N7MA 4LBLA 4AGVA 4AGRA 4YM2A 3ASIA 4XXAA 4R9AA 1Q8VA 1NNAA 2VW1A 4MWLA 1A78A 4Y1XA 4C1XA 5DXDA 1X50A 4QNPA 3AJYA 3R05A 4YFWA 4YW3A 1CIWA 4HZWA 1N3PA 4XHBA 2DVAA 2WSUA 4GZQA 4ATFA 2ES3A 2XZIA 4KS2A 3AZVA 2ZGKA 5AVAA 1Z4YA 3POWA 1V6OA 1VLNA 4H55A 3V0AB 3FFZA 1SBDA 1XQNA 1GSLA 3A4UA 3APBA 1NSCA 1DYPA 2G4IA 3SNMA 5HX0A 4FPFA 1W8OA 2GN7A 5DG1A 2YDTA 5FRAA 2VWDA 2ZGQA 2DWRA 4MWXA 4MWWA 2D6MA 2D6KA 1NSDA 2VSKA 2F11A 2JD4A 4XIKA 3N36A 4QN7A 1UZZA 4YZ5A 4ITCA 4YG3A 1NCCN 2F27A 2W38A 2ZBJA 2WQZC 2AGSA 2P3JA 2ZHKA 2DYCA 3ENRA 4XHXA 2YA5A 2AH2A 1UX6A 4FPLA 1CONA 2EXJA 3ZXEA 4FZHA 3TI6A 3H73A 2A6XA 2CMLA 5CNAA 2D6OX 1XOEA 5L73A 2D3SA 1LHWA 5JLVA 2YA8A 2GALA 4C1WA 4WA3A 2QWBA 3VUOA 2C4AA 2ZGRA 5T5OA 1G9DA 4BMEA 1WW6A 4FPJA 4R9DA 4FPHA 1Z50A 2QWIA 4FPKA 4NCSA 1LGNA 4Q27A 3RRDA 4BM8A 4AGGA 1QNWA 1V6JA 2DVBA 1BKZA 2DUQA 5HUMA 4WVVA 2NN8A 1MZ5A 2AYHA 3WNXA 4Q26A 1SCSA 1MWEA 1KJLA 1W0PA 3HN1A 4P9YA 4YW2A 3UJOA 1AXZA 1LCLA 5H9RA 3VKNA 3H71A 1SACA 2VUAA 1LECA 1E8UA 4MWQA 1F31A 4K1YA 2PHXA 1LOGA 3PVOA 1LJ7A 1FAYA 3NN9A 5GLVA 2QWEA 4HZZA 1INGA 2ZABA 3ZSLA 1OQ1A 4P9XA 1V6MA 2UU8A 3W58A 4XJWA 4ATEA 1IVFA 2A3XA 2V5YA 3N7KA 2H0BA 1UN1A 1YYNA 2A5ZA 3FLPA 2R0FA 2JDZA 2JE9A 2YA4A 4PBPA 2WNEA 1NCAN 2Q5TA 2CYFA 2DU0A 1W6PA 1G9BA 1KJRA 1V6KA 5HUGA 2A75A 1LHVA 4WA5A 3ZXFA 3PJQA 1LHNA 3WG1A 2OVUA 3OYWB 1B09A 5DZEA 1LOEA 5T55A 2EF6A 5IK5A 2VK7A 3WVJA 5JVVA 4JC1A 2NYYA 4U2AA 2AEPA 1F8EA 1Z4VA 4FPGA 1AX1A 5DZFA 3N7LA 3MW4A 3CKZA 4FQ4A 4X6KA 3QLQA 2GNTA 1NSBA 4WEGA 4RA0A 2WSVA 1WW7A 4BOWA 4Q1RA 1E8VA 4GDJA 1IS4A 1G9AA 2VK6A 2GMEA 2YDPA 1HDKA 1N1SA 3NSSA 4MZEA 3ZSKA 4XJRA 1W6NB 3ATGA 1B9TA 2A70A 3VKFC 4GZXA 3V65A 3O0VA 4KS1A 3FUQA 1INFA 3R4UA 3AYDA 1V3DA 1HQWA 2D7FA 4I30A 1W6OA 3K39A 4YZ1A 4XJQA 4Y1VA 4Y22A 4JF7A 3OBRA 2TEPA 5F9TA 3O12A 3HMYA 4HZYA 2PHTA 1VCUA 4DRVA 1SLBA 4M3CB 4ISQA 1W1XA 4K20A 4MWJA 4TZDA 2GN3A 2PHUA 1H9PA 1O4ZA 1RINA 3FLRA 4Y26A 5DZGA 4LBQD 2HTYA 1VALA 3Q9OA 4BLIA 1WCSA 4X49A 1LU2A 3WCSA 2VXRA 1C1FA 3AP7A 1F8DA 1E8TA 1GV9A 1B9SA 1SO7A 4HZVA 4XTPA 3M3OA 3PMEA 1DQ4A 4ZKTB 2QWCA 2WJSA 1FNYA 1MZ6A 4XOGA 1GYKA 4LBMA 5JOXA 1MS3A 4YG0A 3TIBA 4AYUA 1UZYA 3IPVB 2UWAA 1SLCA 3B00A 5T5PA 5GZDA 3VKOA 2R1DA 1ULCA 1N47A 2VK5A 2YV8A 1VIWB 4BPZA 2UWCA 3FBYA 3C2UA 3ZPYA 5BYNA 1Z0HA 4XJAA 2ZMLA 4JRAA 1JUIA 4Z8BA 1IVGA 3USUA 2ZACA 3B01A 1CQ9A 2A6ZA 2A7AA 1GZWB 2F29A 2XB6C 3JUUA 1Q8OA 4LBKA 1EUTA 4Y1ZA 1GNZA 4QN3A 1C1LA 4BBWA 1EUUA 4MWUA 3H0OA 4FOQA 1YIFA 3AP6A 1D0HA 4QN5A 1G7YA 4KS3A 1FNZA 1A4QA 5KXDA 3AYAA 2CNAA 1I1EA 1MS0A 1L7GA 2C4LA 3LCPA 4XJZA 1SNTA 1AXKA 4YG6A 4FVVA 1G9FA 2WT0A 3OY8A 1YRZA 3RS6A 4Q1PA 4X4AA 1D2SA 5CB7A 4NOTA 2ZGOA 1QOSA 1JBCA 2GMMA 4B7JA 1LOCA 2F13A 2ZKNA 1FATA 3NV4A 2HU0A 4HL0A 5B2DA 4H53A 4Y1YA 1C4RA 5GLUA 1WD3A 5GM0A 1IS3A 4PCRA 4GALA 2F26A 1BQPA 2LTNA 1W6MB 3SH3A 1JXNA 1TEIA 3SLIA 4DGRA 1MS1A 3ZYPA 4XJ8A 2R49A 2VH9A 4MYEA 5B2CA 4FPCA 3T1MA 2DV9A 1FX5A 1LOFC 3B7EA 1EUSA 4CPYA 1EPWA 3H72A 5DUVA 4Q8LA 3TI8A 3B3QE 3WDVA 1Z78A 2XZJA 1A4GA 1V6NA 2JJ6A 5DUUA 5EYYA 1DILA 1URXA 1ZM1A 4SLIA 3AP4A 2DTYA 4WVWA 4CPZA 1N1YA 3MW3A 2E53A 1GBGA 3O0XA 4HZXA 1LODA 4DQAA 3M2MA 1HKDA 4XXPA 2P34A 1GKBA 3HR9A 5GALA 3OBTA 3T1EA 3A71A 4YZ3A 5SV8A 2HTRA 3BTAA 1H30A 1F8CA 5JOYA 3SITA 4XBNA 3D6EA 1G8WA 4M3CF 4DPNA 2PHFA 3WHTA 4PF5A 1RITA 3U4XA 2A6VA 3RSJA 2DUOA 5EXOA 2F0ZA 4Q8KA 2PELA 3UK9A 2A71A 3V0AA 4YM0A 4GZPA 2R1BA 1SLLA 4FOYA 1LHUA 2F28A 3AZYA 3OPZA 2ZGLA 1IVEA 1NCDN 2QWHA 4MJVA 3PVEA 3N7JA 3IN9A 3I4IA 1V00A 3IKWA 4XILA 2D6NA 4YGEA 1W6QB 4LBQB 1PZ7A 2WT2A 2WT1A 2ZHNA 3ZYRA 2AEQA 4CZSA 1A14N 3AP9A 4FOVA 4B7NA 4LBNA 1PZ9A 5GZCA 3AZXA 1INHA 4CTEA 2GNBA 4GZOA 4KBBA 1MR5A 1SFYA 1CJPA 4OZXA 3V0BB 7NN9A 4M4NA 1FV3A 2NM1A 5DUXA 1W8NA 3R4SA 2ZMKA 3W59A 4AVTA 5IK8A 4XBLA 3CL0A 3PVNA 1IKPA 2ZMNA 4QN6A 3WG3A 4BQ1A 4CRQA 3GVLA 4XJ9A 5F5QA 1DFQA 2ARXA 1INWA 2W08A 1JHNA 3MW2A 1QDOA 1Z4WA 1CN1A 1WD4A 2HTQA 5T50A 2JKBA 1F5FA 4GA9A 4XDQA 4F83A 3OGGA 1CESA 1OFSA 3ZXJA 1YXWA 1Z4XA 2AUYA 3FLTA 5CAZA 4FVKA 2EAKA 3GVKA 4UW4A 1VAVA 2CL2A 5GLWA 1YI7A 1W20A 4YGBA 4TYSA 1WW4A 4FPEA 1NLSA 1V3BA 1CVNA 4PBOA 3TI4A 4KS5A 4BMBA 1IKQA 4XMIA 3WDYA 2KM2A 3SILA 2HT8A 3TICA 1AX2A 1DQ2A 5T54A 2EXKA 3WG2A 4Y20B 1FYUA 1GANA 1S0GA 3D5OA 1YO8A 4FQZA 3DGTA 2ZGTA 1Q8QA 1DYKA 5EWSA 2YY1A 2SIMA 1V6IA 4XYXA 4B7RA 1SLAA 2JE7A 5IK4A 5CBLA 4GZTA 4WZFA 1VCJA 2D3RA 1NMCA 2BERA 1NMAN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3J26N 2XDVA 5E89A 3U14A 4P14A 2CY6A 1MQTA 2B39A 4HXCA 4CEWB 4FT8A 5KC6A 3VD5A 3IB3A 1DZQA 4Q4W1 4RGGA 4X8PA 4UW6A 3NAPA 2JDMA 2ZGPA 4W50A 2BGPA 3VBOB 4JGYB 1VBD2 3D0JA 2HYKA 3LI5A 4NVPA 4MZAA 1BYHA 4FBFA 4AR2A 2G9FA 1XBFA 3KB5A 4CCLA 4L7CA 1LOAA 1HW5A 1MEC1 3SISA 1FMD1 3MPBA 1CIYA 1UF2C 1NCBN 2WR9A 3TIAA 4GXLA 1PNGA 2VXJA 3RYKA 3RZMA 1R093 1AYN2 2QWGA 5FO7B 1W8WA 3ZFGA 4E2QA 3RG0A 4MJUA 1N1VA 3UKVA 4KNCA 2WWSA 3A0NA 2GH2A 4RD7A 5L9VA 2YBPA 3LPFA 4IV1A 1K3IA 2P2KA 4YGCA 5H9PA 5FWJA 2FPCA 3TN91 4KWUA 1A4QA 5FY9A 1GP6A 4EN7B 3GZTB 5FBJA 2IAXA 1H2MA 1AR82 4QGLA 3VL9A 2IAQA 1RUE3 4FTEA 2IAVA 1NLRA 1QY4A 3OYWA 3K4AA 3S57A 3R6SA 3USUB 1H1AA 3ALWA 2RV9A 2BQPA 3OGVA 5C70A 4QX8A 3A0KA 2ZX0A 1CAXA 1FOD2 3AL5A 1VBC1 2C6SA 1POV1 3P3NA 1DIWA 2WNUB 5FLHA 1N1TA 2OKXA 3VBFB 2R16A 3VBSA 1RL3A 4OUMA 3HNMA 3TB0A 1SBEA 3FHAA 4YLZA 3FJSA 4XMAA 1DQ5A 5B2GB 2QUOA 5CGJA 3WV6A 3IAXA 5AFBA 3GBGA 3SH4A 3BOPA 4FFGA 3HNBM 4QQHA 1C5KA 5A1LA 1US3A 4IE0A 2IFRA 5HPOA 4ASMB 2RHPA 3C7EA 3HPNA 1B35C 3T09A 1WKYA 2VO5A 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