4XMAA

Crystal structure of the k499g mutant of nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin
Total Genus 200

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALGSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
100200300400500600600500400300200100
050100150200Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 tigr4
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 200
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xmaA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xmaA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xmaA02
5DG2A 5IT6A 2F29A 2YDPA 1JW6A 1E8TA 1INWA 1A4QA 1WW7A 5DZFA 1CVNA 3ZYPA 1W6NA 1QKQA 1B9SA 4YZ5A 3NV3A 2ERFA 4XMAA 4JCKA 2GN7A 3UL2A 4MWLA 1LGNA 2ZA9A 5EWSA 4XOGA 5CBLA 1A8DA 5HUGA 2PHWA 4FPGA 4CPOA 4CZSA 1WLWA 2ZBJA 1BYHA 4YG0A 3OY8B 4GZTA 4W65A 2GNBA 1MS4A 4GWNA 1DYKA 1RIRA 1LTEA 2H0BA 3R05A 3WDUA 2ARBA 1B9VA 4WEFA 1HQWA 4ATFA 1G9DA 1NCAN 4FPCA 2WSUA 1NSCA 5T5OA 4AGGA 4FQZA 2OW4A 1W20A 4HZXA 1PZ9A 1IVGA 1MS5A 3MEPA 4YGCA 3DGTA 4BMBA 1L7HA 1EUTA 1ENRA 1LOEA 1AZDA 1X50A 3RMYA 1FV2A 3BIWE 4PBOA 4KS1A 4LBLA 4M4VA 2W38A 2VK7A 2AREA 1V3CA 3PJQA 2ZHLA 1USXA 3V0BA 3WNXA 4FPOB 3M3EA 1WLDA 1CQ9A 2R1DA 3SH3A 1IKQA 1ZM1A 3K39A 3VKOA 4YLZA 4XZPA 4UW3A 2A3YA 1LEDA 5DUVA 2GMPA 2A6WA 4PBPA 2NYYA 2ZABA 3GVKA 2AEQA 4XJ9A 5GLVA 4GZQA 4U36A 4FOYA 2DTWA 4M3CF 2F11A 3CL0A 2D6NA 1Q8OA 2QWHA 1E8UA 4B7MA 4CRQA 2EXJA 1GLHA 4Q1PA 3WDTA 3FLPA 4Q8LA 1SLTA 1GBGA 4C1WA 5HUNA 4P9XA 4BQ1A 3WDWA 4NN9A 3T1MA 5DXDA 1LHUA 4YM3A 4WVWA 3WCSA 4NCSA 1ULFA 1V3DA 1NNAA 5KXCA 3FLTA 1C4RA 2ZGNA 1L7FA 3IKWA 4QN4A 5IK4A 3QLQA 2VSKA 2EALA 1BXHA 2VK5A 5DUWA 4AYUA 2DWRA 1OKQA 3N3HA 2A6XA 4ZXKA 1INFA 1NXD1 4YFWA 3WHUA 1NNBA 3TI4A 1FV3A 5IK5A 4XMIA 1ENSA 1LU2A 2JJ6A 2DUOA 5T5PA 4B7JA 3LCPA 2F24A 1W6MB 1QNWA 1LENA 2D3SA 4M3CB 4XTMA 1Q8PA 5F5QA 1EURA 1E8VA 1MACA 4QNPA 3BOPA 1W8OA 1U0AA 2UWCA 1IS3A 3ZXLA 3AP9A 1CPNA 2XZJA 1ONAA 3GNEA 2Z42A 3N7JA 1DQ6A 1INVA 4MWXA 4HZWA 1ULCA 1LGCA 4FQ4A 1IVCA 6NN9A 4LBMA 3WZ1A 4FOWA 3D5OA 2QWKA 2ZGSA 3A71A 3IM0A 2XCYA 3FFZA 1DILA 2LALA 1W6MA 3AYCA 3N36A 3AYDA 3VKMA 4MZAA 3RG0A 3OJBA 2ZGRA 4M3CA 4B7RA 3WV6A 4UW4A 4CTEA 4AWDA 3AZZA 2PHFA 1INYA 1NN2A 3VUOA 1YIFA 2R1BA 4Z8BA 2A3WA 4XTPA 1AJOA 3BTAA 2W20A 1VCJA 4QN5A 4GZPA 3WDVA 1D2SA 2A3XA 4BOWA 2HTUA 4GJTA 4I30A 4SLIA 1V6MA 4U2AA 4M01A 2ZMNA 3SITA 3WVJA 4JRAA 1INHA 2TEPA 1GANA 3K38A 3I4IA 2C4AA 2CY6A 5IUQA 1GYKA 4TZDA 1NMAN 1AVBA 1V6NA 4CPZA 1KDMA 1QF3A 2SILA 4WZFA 1ULEA 2OUHA 1IOAA 1CJPA 3D12A 1QOTA 3RSJA 5JYYA 1A4GA 1WBFA 1RINA 2CNAA 3ZVXA 1UN1A 1BJQA 5JDBA 2OUJA 1DQ4A 4FPLA 1C1LA 3GVJA 4WA5A 5E8AA 1MVEA 1V00A 1A14N 4AVSA 2XZKA 1MS1A 2R16A 4YG3A 2GALA 2CWSA 1MZ6A 2DVBA 1GZCA 3NV2A 4JF7A 1VAVA 2DVAA 2UU8A 1KDKA 4XJRA 4K1YA 3B9CA 3HMYA 5SV8A 5E89A 3UK9A 5CA6A 3WG3A 2JECA 5BYNA 1HLCA 2B7YA 3WDXA 4UW5A 2CWMA 4B7QA 1HDKA 3A72A 4D69A 3SLIA 2GNMA 1V2IA 1LODA 5EXOA 1JXNA 1NCDN 5DUUA 4J9TA 4GZWA 1VIWB 2CTVA 4AVTA 1LOAA 2DURA 5H9QA 4L8QA 2HYKA 2D7FA 3ILFA 4Y1ZA 2AEPA 2JE7A 5GZFA 4GWMA 3O9JA 2YA4A 5CNAA 2G4IA 4ATEA 5T50A 3NWKA 1INGA 1AXKA 5B2CA 1WD3A 1LHNA 1LHOA 1Z4VA 1UKGA 4H52A 4PQ9A 3T1EA 2DYCA 2VSMA 2EXKA 1NCBN 2VW0A 2ZGLA 2ZB6A 1Q8QA 3TIAA 3FLRA 4P9YA 1UPSA 4XIOA 3O12A 4XIKA 5GLWA 2VW1A 2NMOA 4KS2A 1V0ZA 3APBA 1EUUA 2P3JA 2HTVA 3RS6A 1OFSA 1F8DA 2WT2A 4YFZA 5JOXA 4X4AA 1W6OA 1WW5A 4XJUA 4PCRA 4HZZA 3SNMA 2ZGMA 4M00A 1WW4A 4YM2A 3SISA 4X6KA 3D4KA 3IN9A 1YXWA 3VV1A 1SCRA 2F26A 1LEMA 1S0IA 2HT5A 3OPZA 3ALWA 1B09A 2EXIA 1H30A 1SCSA 3BEQA 1LOBA 4XBNA 3LSEA 4Y1YA 3ZXEA 4BPZA 5KXBA 1Q56A 1JYIA 2DUPA 1W6PB 2W08A 1WBLA 1KITA 4R9BA 4XJAA 2ZGPA 3M1HA 1LCLA 2JE9A 4LBQB 2WLQA 2V73A 2VY0A 2ZGQA 1UMZA 1G8WA 4ISRA 3CNAA 2GNDA 2VU9A 2A6VA 1LULA 5CAZA 1Z0HA 4FVVA 4AGVA 4XJ8A 4DRRA 5GZCA 1Z50A 1F5FA 1S0CA 4MX0A 1VLNA 1G9BA 4D8SA 2QWBA 4FPHA 4HZYA 3WG4A 3NSSA 3D6EA 2ZB5A 3FBYA 1F31A 3OY8A 3T2TA 4ISQA 4X49A 1MWEA 1MR5A 3PMEA 5AVAA 1W6PA 2SLIA 1DGLA 4K1ZA 5HCFA 3MPPG 3H6JA 1LJ7A 5H9SA 1S0FA 2JKBA 3OYWB 1N1SA 4LBQA 1XOGA 4NOTA 1SBDA 4FOVA 2YA8A 4FP2A 2ZKNA 3MW4A 2SBAA 2AR6A 1Q8VA 5L73A 3WCRA 4CPLA 2EAKA 3ALXA 4YZ1A 2ZMKA 3M3OA 2CMLA 1WLCA 2NP0A 2WJSA 1JYCA 3IPVB 1NSDA 5JOYA 5T54A 2PHTA 1V3BA 1S0GA 3SILA 1EUSA 1G9AA 4XJZA 1KJRA 3WUDA 2HU0A 2B8HA 3OYWA 1WUVA 5GZGA 4FPEA 1SBEA 3O0VA 1XOEA 1QOOA 3AYAA 2NZ9A 2GN3A 2A70A 4CPNA 4MYEA 4P14A 4K1HA 2YDTA 4K3YA 3D11A 3N7MA 2VVZA 3CYEA 1SLLA 1QMJA 1MS9A 4FPYA 2D44A 1USRA 4YZ2A 1W0PA 4UW6A 4QN7A 5HCBA 4KBBA 4ZKTB 1F8EA 4YW5A 4Y24A 1RITA 5LK5A 3W09A 1G7YA 2ZACA 3AJZA 3IPVA 3H72A 4TYSA 1YRZA 1MS8A 2WKKA 2AYHA 2ZHMA 2PHXA 1HKDA 1LESA 4MC7A 4R9AA 3UJOA 2DVDA 2PHUA 1MS0A 3TB0A 3U4XA 1DBNA 1IKPA 5FRAA 5GJ6A 4F83A 1VALA 2UWBA 5FREA 2F28A 4WEGA 2XZIA 2E53A 2DU0A 3ZSLA 2E6VA 3MW3A 2A6YA 3R4UA 3ZXKA 1BJIA 2XB6C 3OGGA 2WSVA 3B3QE 4B7NA 1W1XA 1YI7A 2CYFA 2YXSA 5HX0A 4WA4A 3O5SA 4YW2A 1SLAA 4M3MA 1DQ0A 1J1TA 2D6PA 1S1AA 2DVFA 3AXDA 1S0BA 4YM0A 4BMEA 4MWRA 4I00A 2D43A 2EIGA 3O0XA 4K20A 3ZXJA 1CIWA 3W58A 2QWJA 4LBQD 1W6QB 3TIBA 2GMMA 4YW1A 1AX1A 2Q5TA 2WT0A 2D6LX 4Y20B 2ENRA 1QDOA 1AX2A 3WUCA 2HTYA 1W21A 4HL0A 4FPKA 1NNCA 1BKZA 4GZOA 5GZDA 1IS5A 1SLIA 3K36A 1APNA 4DFSA 4GZSA 5NN9A 4H55A 2HT8A 5GZEA 2A5ZA 1MVQA 4XE9A 3POYA 1WCSA 4FVKA 2A6ZA 2W68A 1AXZA 1C57A 2BATA 1JOJA 3ILNA 1IS4A 2ZZJA 1KRIA 1CPMA 1W6QA 5H9RA 4NC5A 2E51A 7NN9A 1G9FA 1V6OA 3GALA 1LOFC 5M1ZA 1O4ZA 1S0DA 3A4UA 1A78A 4OZXA 1G9CA 2ZGTA 4DS0A 3WHTA 1GZ9A 2E7TA 2YZ4A 3IMNA 3A0NA 3Q9OA 2D6OX 4Q1RA 3INAA 4HANA 5T5JA 4QN6A 1Z4WA 5F9TA 4UF7A 2AUYA 2I2SA 2PHRA 2A71A 2DUQA 4MWVA 3AJYA 1DQ5A 2R0FA 4Q26A 4DQAA 2HTRA 3AP5A 4XDQA 2DVGA 1DLLA 5T55A 1LOFA 4NO4A 3O9KA 4KS3A 4Q27A 3WOGA 3ZXFA 3AP7A 1LOCA 2F10A 3ZYRA 5T5LA 3T1LA 5HCAA 1TEIA 3ATGA 1NMBN 1AXYA 5GLTA 1ENQA 5GLZA 1C1FA 1V0EA 1VAMA 3PVNA 4FZHA 1SBFA 1L7GA 2P2KA 4FOQA 3M3CA 4MJVA 4MWJA 2VUAA 3POWA 1SLBA 2P37A 3TI8A 1SNTA 1UL9A 4YGEA 2X9MA 3I8TA 2HT7A 4YZ3A 3M3QA 1B9TA 2DV9A 4BLIA 3INBA 2C9AA 2W39A 2AENA 1KQRA 1AJKA 1DFQA 3V0AB 1LECA 2R0HA 1Z4ZA 4GDIA 1JN2P 1XQNA 3KQRA 2DU1A 3H0OA 3SALA 2YROA 5JOWA 2UWAA 4GXLA 2QWGA 2VK6A 5JMCA 5DG1A 1F9KA 4GKXA 2AH2A 4QN3A 4KS5A 3AP6A 1H9WA 2RKCA 1IVEA 1N47A 4RA0A 5KXEA 3V64A 1FAYA 3O0WA 2P34A 1A3KA 3WLUA 1Z4XA 3FUOA 3KM5A 2HTQA 2FMDA 3AP4A 2W5NA 4LBJA 1VCUA 5DZGA 4Q8KA 4DRVA 4X47A 3V0AA 3ZSMA 1N3QA 2BQPA 1SO7A 2D3RA 1CESA 3C2UA 3DUIA 1N1VA 1I1EA 2D6MA 4AVVA 4Q2FA 4ITCA 2HTWA 4R9DA 5IK7A 3VKFC 1AF9A 4FP3A 1YO8A 3V0BB 1WD4A 2QWIA 4Y1XA 2YY1A 5DZEA 5JVVA 4WA3A 4GEZA 5CB7A 2CL2A 5EYYA 1QOSA 4AGRA 5HUKA 2ES3A 2P3IA 2WNEA 2QWFA 2BERA 3TI5A 1H9PA 2ZAAA 1LHWA 1ULGA 2D6KA 3UJQA 2QWAA 1MS3A 4XHXA 4FPJA 1LOGA 1HQLA 1MZ5A 2ZGUA 3TICA 4HZVA 4HIZA 1S0JA 4GZXA 3B01A 1EPWA 2VWDA 4DPNA 3MW2A 4LBOA 2HU4A 3VKLA 1INXA 2YMZA 5H9PA 4YGDA 1PZ7A 4XILA 1S0EA 1IVFA 1FX5A 2ZGKA 3HR9A 2WQZC 5KXDA 4MZEA 4XXAA 1V6KA 1ZA4A 3N7LA 3OBRA 3WG1A 5HUMA 3OBTA 1R1ZA 1LHVA 3AX4A 1GV9A 4H53A 2SIMA 4BBWA 4YGBA 1QDCA 2YV8A 4XBLA 4YW3A 1WCQA 1QNYA 1Y7BA 4XHBA 3PVEA 3RMXA 2R49A 1ULDA 2NN8A 2F25A 4RL7A 3SANA 2QWEA 4CPMA 1IVBA 4M3CE 1UX6A 4Y1UA 2BF6A 4BLJA 1QU0A 3WG2A 2F13A 1FNYA 3CKZA 1DQ1A 2ZMLA 2W52A 4Q6KA 1DQ2A 2A7AA 1GSLA 3ZSJA 2FHRA 3NV1A 3BODA 2VXRA 2VW2A 3SH5A 5JOZA 4LBNA 3FUQA 3TAYA 2YA7A 2UURA 2PELA 2C5DA 4K1KA 5GM0A 3R4SA 3AZXA 3B00A 4YG6A 4GALA 3V65A 1IS6A 1NSBA 1NLSA 3AZYA 4MWYA 2RHPA 1V0FA 4YM1A 3N35A 1DZQA 4K1JA 1AX0A 3ENRA 2W5OA 2C4LA 2GDFA 2F27A 2E7QA 1CONA 3JUUA 3ILRA 3ZPYA 2EXHA 1BZWA 1UZZA 2JD4A 4MWQA 1FYUA 1GNZA 3VKNA 4GKYA 2YA6A 4KS4A 3WDYA 4YZ4A 5DUXA 2AGSA 1LU1A 4C1XA 1N1TA 4PF5A 4WVVA 4XJQA 2F12A 4DGRA 2DTYA 3JU9A 2GMEA 4XXPA 3RRDA 2QWDA 3AXEA 4R9CA 1Z78A 4JC1A 3ZSKA 1I3HA 4BM8A 1DYPA 2V5YA 2QWCA 4M4NA 4FJ6A 3QCWA 1OQ1A 3AK0A 1F8BA 4GDJA 2KM2A 4GA9A 4K1IA 4FPFA 3GVLA 2ZHNA 4MWWA 1DIMA 3JU4A 2F0ZA 2XG3A 3POSA 3SH4A 3HN1A 1N1YA 1CR7A 2ZGOA 3AFKA 2VH9A 4Y20A 1URXA 3H71A 4XBQA 1V3EA 2ARXA 1O4YA 4Y22B 3USUB 1IVDA 3AZWA 2WT1A 3ASIA 4MJUA 3N7KA 1G86A 5JLVA 4LBKA 1BQPA 3H73A 1CN1A 4XJWA 1W8NA 4K21A 1DHKB 4MWUA 2A75A 1NMCA 1FNZA 1UAIA 4CPYA 4GB1A 1V6JA 1FATA 1W0OA 3PVOA 3W59A 1F8CA 3RQ0A 5EYXA 4Y26A 1JBCA 1N3OA 4IQPA 1GZWB 4M4UA 3AZVA 1WW6A 4Y22A 3USUA 2BZDA 5E88A 1V6IA 2NMNA 3AYEA 3M2MA 1KJLA 3CL2A 2D3PA 1SACA 3K37A 1LGBA 2OVUA 3NN9A 1JUIA 5GALA 1UZYA 3LSDA 4Y1VA 1N3PA 3A0KA 4P9WA 3L2YA 1SFYA 4YW4A 1GKBA 1D0HA 2GNTA 1NCCN 3K3AA 1DIWA 4XYXA 1Z4YA 4ASMB 1Q8SA 3B7EA 3B69A 1PZ8A 1GZWA 1W6OB 1W6NB 5GLUA 3NV4A 1GNHA 2P3KA 2ZHKA 2JDZA 1SLCA 5B2DA 1JHNA 1QGLA 5IK8A 2NM1A 2EF6A 1V6LA 1YYNA 2LTNA 2YA5A 5T52A 1GICA 3TI3A 3TI6A 4WV8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FP3A 1RUH2 5FZHA 2W0XA 5DG2A 5IT6A 5D9DA 4MG2A 1YWKA 4XMBA 3WNMA 1D4M2 3ACLA 4URTA 5FMOL 5A32A 2WO3A 1C8M3 3MFCA 4LUKA 1JW6A 4AI2A 2JD9A 2VPJA 1E8TA 5FLJA 3WNOA 1RUE2 2W95A 3DYOA 1INWA 3ZYIB 3RYRA 4OQ8A 4BCUA 4MGZE 1A4QA 2R043 1FPN3 1UIJA 2YBSA 2RJ2A 3TOJA 3MBWA 1RHI2 2WAOA 3F2ZA 1WW7A 3BTYA 3UESA 5IVBA 2CGPA 3POEA 2IFWA 1CVNA 5DZFA 3THDA 1RUH3 4BZ4A 3PNAA 2W46A 3NNFA 3ZYPA 4AE2A 1W6NA 5LY1A 4D7TA 1D4M3 4EN8B 1QKQA 1B9SA 4UFJA 4YZ5A 4Y5SA 1NCRA 5IYYA 3DXUA 2OX0A 1RUE3 3NV3A 2ERFA 4XMAA 1R1A1 2VCAA 4BDVB 3KCXA 2RE9A 5KHGA 2MEV1 1RHI3 2HKXA 2DCYA 2VGDA 4JCKA 4WM8C 4N90A 2HWB2 2GN7A 1QJY2 3UL2A 1MZEA 1REFA 4KWJA 2NPIA 3VBHA 3TN91 4OHYA 2IAOA 3O1MA 4MWLA 4GH4C 1LGNA 2C24A 1UX7A 1HRI1 2ZA9A 4J1XA 5EWSA 5JWPA 3E6CC 4XOGA 2TUNA 1A8DA 1ZBE1 5CBLA 5HUGA 2PHWA 5FNSA 1O3RA 2G8SA 4FPGA 1E5RA 1RJ8A 3CU7A 3NNJA 4CZSA 4CPOA 2ZX3A 1WLWA 2ZBJA 1BYHA 2ZZQA 4YG0A 3OY8B 4N43A 3SC7X 4EE2A 5EJ1B 4GZTA 4IFJA 3CQOA 4W65A 2HWB3 3G6JB 4MVTA 2BP6A 1QJY3 2GNBA 5F7UA 3LGRA 2FPCA 1MS4A 1FI2A 4GWNA 5EO8A 5FXZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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