4XMAA

Crystal structure of the k499g mutant of nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALGSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 tigr4
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 200
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xmaA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xmaA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xmaA02
5KXCA 4C1WA 4U2AA 3HMYA 1WBLA 1V0EA 1QU0A 1IVEA 1WCSA 3PVNA 3NV2A 3SALA 4UW3A 2WQZC 1DQ4A 4Q26A 1DIMA 1DQ5A 2F26A 2HT5A 3A0KA 4P9WA 3BIWE 1LU2A 3OYWB 1AJOA 3V0AB 4YZ5A 3TI8A 5DXDA 1LEMA 2SLIA 4FP3A 1SLLA 1LOAA 5F5QA 3M3OA 4DPNA 2X9MA 1ENSA 5DG1A 3HR9A 5T5OA 1V6IA 2ZAAA 4CTEA 1A14N 1Q8PA 3PJQA 4DQAA 5JLVA 3AJZA 5L73A 4QN3A 1G86A 1N1SA 4YGCA 3RS6A 1DLLA 1JUIA 4JRAA 3N7JA 5EWSA 1DILA 4FPEA 2HT8A 2YY1A 1Z0HA 4J9TA 3WUDA 1KDKA 4YGEA 1CN1A 5JOZA 2CYFA 3AX4A 4Q8KA 4Q8LA 4GZOA 2I2SA 3FFZA 2C9AA 3RG0A 5NN9A 2NM1A 4XJAA 1LOFA 2ES3A 1LHUA 1CJPA 3WOGA 1PZ9A 4YW3A 4HZVA 4Y1XA 2A7AA 4K1HA 1BJQA 1RITA 1ZA4A 3TICA 4XXPA 4Y20A 5HUNA 5JMCA 5B2DA 3ZSLA 2YV8A 4BMBA 2VW2A 3WLUA 1N1VA 1DBNA 5GLUA 1QOSA 1INVA 2WT0A 3ALWA 1RINA 4D69A 4GZSA 4YM2A 4QNPA 4BLIA 2ZGQA 3SH4A 4GZXA 3USUA 3WCRA 1DQ2A 5GZCA 4FPHA 4KS3A 3GNEA 2F10A 1NN2A 3FLPA 2D43A 2UU8A 2CNAA 2F0ZA 1LESA 3NN9A 1WD4A 4BMEA 1DYPA 2D3RA 4XJQA 5KXDA 1AJKA 1DIWA 3RMXA 4FOWA 2C4AA 1WLDA 2CWMA 1LOFC 3H72A 4ISQA 4LBJA 4GDIA 3POYA 4MJUA 1BXHA 3T2TA 1C57A 4TYSA 4WVWA 2NYYA 5M1ZA 5E8AA 1V3BA 1CPMA 2CTVA 1L7GA 1OFSA 3FBYA 3OYWA 4YG6A 3ZVXA 1W1XA 3O0WA 3IPVA 5BYNA 2NP0A 4HANA 4XIKA 2VU9A 1Z4YA 1DYKA 5IK5A 4H53A 1CR7A 5JVVA 5GZGA 1INFA 1GYKA 3WG3A 4HZYA 4PQ9A 2PHXA 3R4UA 1DQ0A 1XOEA 4DS0A 2EIGA 2VSKA 3VUOA 1S1AA 4Y22B 1GNZA 1MS9A 4XTPA 4YG0A 2P34A 3NV4A 1S0EA 1V6LA 2ZGUA 1FAYA 1GV9A 1IS3A 2GDFA 1A8DA 2F25A 4MZEA 4QN5A 1QDCA 2YA5A 2DYCA 2DVGA 1GZCA 1QGLA 3WDWA 2AR6A 1V6NA 2HTWA 3N36A 1UZZA 1NXD1 4HL0A 4L8QA 1MS3A 4P9YA 3SILA 2HTVA 5SV8A 2DVBA 3AK0A 5H9PA 1G9DA 4D8SA 1ULGA 2OUJA 4LBNA 1V3EA 2ZBJA 1N1TA 1N3OA 3O0XA 1KJLA 1QMJA 2W08A 1IS6A 5DG2A 2W5OA 4WA5A 2AGSA 2QWGA 2BQPA 2VSMA 4HZZA 4LBQD 3ILNA 2TEPA 1W6MB 2F11A 1A4GA 3M3QA 4UW6A 2LTNA 1NNCA 4B7RA 3LSDA 4CPZA 2HU0A 3TI6A 3PMEA 1JN2P 4M4VA 3VV1A 3SLIA 4YLZA 2NMNA 2ZGSA 1NMBN 4XBLA 3AJYA 2AH2A 2XZIA 5JOYA 2GNDA 3ASIA 3WCSA 1WCQA 3R4SA 3V65A 2JE7A 1F8CA 1XQNA 2DUQA 2D6KA 3AYEA 1Q8QA 1B9SA 3AP5A 1KITA 2ZMLA 3B00A 1FYUA 1G9BA 1ZM1A 1GICA 2CY6A 1LGBA 3B01A 4Q1RA 1QOTA 2GMPA 3ATGA 2R1DA 1W20A 2DU0A 2D3PA 1MWEA 3B9CA 2HTUA 4X49A 4K1KA 5GJ6A 1INXA 3WUCA 1WW6A 4FOVA 3W09A 1ENQA 3K36A 2D3SA 4Y22A 2DTWA 1AXZA 4Y26A 2OUHA 1GZWB 1D2SA 1SLBA 2R49A 2BZDA 1H9WA 2XB6C 4MWJA 1VLNA 2ZKNA 3HN1A 2YA7A 5DUXA 1I1EA 3GALA 4YW5A 1CESA 3WDYA 1YIFA 5B2CA 1WUVA 1NLSA 2R1BA 3FLTA 4MWRA 4Z8BA 3M1HA 3AZYA 4FVVA 3AZVA 1XOGA 4M3MA 4R9DA 2YXSA 3GVKA 1BZWA 3APBA 1QKQA 1SLAA 3ZSKA 1JXNA 3WDTA 1QNYA 3A71A 3DUIA 4CZSA 2QWAA 3AYAA 1MACA 1MZ6A 4JCKA 1C4RA 2CL2A 1NCDN 3USUB 4YM3A 4YGBA 4XXAA 2WLQA 2BF6A 1W6MA 1IOAA 1LHNA 4YW2A 2VK6A 1EPWA 5JOXA 4CPYA 3AP9A 4GKYA 4YM1A 4Y1VA 1INHA 1Z4WA 5IK7A 4LBMA 1MVEA 2WT2A 4MWYA 3H6JA 3ILFA 4XOGA 1MS8A 3QLQA 3AP4A 1KDMA 4DGRA 1IVCA 2ZGLA 4UW5A 5EYXA 2P3JA 4FQ4A 5EXOA 1ENRA 3SISA 1MZ5A 1DQ1A 4B7NA 4GKXA 1UZYA 2AENA 3ZSMA 1NCBN 2C5DA 4PBOA 1W6QB 3IPVB 4YW1A 4Y1ZA 1FX5A 3D11A 1G7YA 3TI3A 1LOEA 3K39A 2Q5TA 1F8EA 2JECA 4F83A 1NSCA 3AZZA 2WT1A 2VW1A 1W0PA 4XBQA 3UJQA 4MWQA 4FPCA 1UX6A 3A72A 2W68A 5CA6A 3DGTA 5DUUA 2W5NA 1WW4A 3WVJA 2ZGTA 4X6KA 1AXKA 2D6LX 2YA6A 1L7FA 1W8NA 3TI5A 5GZFA 4H52A 3V0BB 4ISRA 1GZWA 1Z4XA 4XBNA 3CL2A 4FP2A 4DRRA 1IS4A 3M3EA 5CNAA 1G9AA 2VXRA 3WV6A 3RSJA 4CPLA 3H73A 4WA3A 2DUOA 2DU1A 2ZGNA 5IK8A 4WEFA 3POWA 3OGGA 3VKLA 2A71A 3ZXJA 1A4QA 4IQPA 1B09A 4M4NA 5KXEA 4XHBA 3IKWA 3PVEA 1A3KA 1DFQA 3INBA 1LTEA 1TEIA 3M2MA 1NCCN 4KBBA 1V2IA 3AZWA 2ZHKA 2C4LA 2JD4A 2D6OX 2FMDA 1MS4A 5HCBA 3ZYPA 4BM8A 2XCYA 2P37A 3VKNA 3ZXLA 4LBLA 5JDBA 2AEQA 2PHWA 4NOTA 2QWCA 1G9CA 3NWKA 2HTQA 1F5FA 4GDJA 1E8TA 3ALXA 1NNBA 1HLCA 1W0OA 3O0VA 1YYNA 1B9VA 5T5LA 2F29A 1N47A 4K1YA 4Q1PA 1JHNA 4XMIA 3FLRA 4P14A 5GLVA 5IK4A 1Q56A 3OPZA 5FRAA 4YZ2A 3AYCA 3QCWA 1WLWA 1ONAA 5DZEA 3TAYA 1W6QA 7NN9A 1Q8OA 4NN9A 1V0ZA 2ZGOA 3D6EA 1W6NB 2OW4A 2YDTA 3IM0A 5HUGA 4QN7A 4XJUA 1FNYA 4I30A 5E88A 2ARBA 3BOPA 4NO4A 1INWA 2EF6A 2ZGRA 2E51A 1S0DA 4MWWA 2WSUA 4XTMA 1AX1A 2OVUA 5DZFA 3V0BA 4ITCA 4MYEA 2DTYA 3AXEA 2W52A 1W6OB 1YXWA 4K1IA 2AUYA 2ZGMA 1MVQA 1LOCA 4MWLA 5T5PA 5HCFA 1UMZA 4R9AA 4GZPA 4PF5A 4NC5A 2QWIA 4K3YA 1V6KA 1LULA 2D6MA 2UURA 2WJSA 1QNWA 5CB7A 4YW4A 1SACA 1NMCA 1ULCA 3RMYA 1MS5A 2ENRA 4FPYA 5KXBA 3SH5A 3V64A 1E8UA 1QF3A 2A6WA 4XE9A 1LHWA 2W39A 4Q2FA 1USXA 4P9XA 1LENA 4X47A 2R0HA 5T5JA 2HT7A 4AGGA 2WKKA 1GNHA 1AX2A 1LODA 5DUVA 2QWKA 1S0IA 2R0FA 4KS1A 4GZQA 1GLHA 6NN9A 3WDXA 1VALA 5CBLA 2JDZA 4SLIA 4M4UA 2E7QA 3POSA 1OQ1A 5HX0A 3K3AA 4XHXA 1BJIA 1SBFA 4XJ8A 4PBPA 3ILRA 2CMLA 3TIBA 1ULDA 5CAZA 1C1FA 2XZJA 3N3HA 4FOQA 2V73A 1S0JA 1WD3A 1LU1A 2PELA 4ATEA 4BQ1A 1IKQA 4WEGA 1LCLA 1GZ9A 2ZZJA 4MC7A 2VK5A 4GWMA 4YGDA 1W6NA 5GZDA 4BOWA 2VH9A 1PZ7A 1R1ZA 1I3HA 2P3KA 1EURA 1CQ9A 5JYYA 2RHPA 4XJWA 2GNMA 2A3YA 4YZ4A 1Z4ZA 2Z42A 1QDOA 1S0FA 1Q8SA 4XZPA 3JU4A 3ENRA 1W6OA 3JUUA 1V0FA 4AYUA 4ZKTB 1AZDA 1GKBA 2BATA 3WG1A 2ZGKA 1CPNA 2PHRA 2ZMNA 4OZXA 2QWDA 1IKPA 2ERFA 4YM0A 2NZ9A 3CL0A 4FPKA 1VCUA 3U4XA 3A0NA 1V00A 1JW6A 1AX0A 1WBFA 4KS4A 4WV8A 1NCAN 1LEDA 2UWBA 1IVDA 4AVSA 1IVBA 1V6OA 3NV3A 4BLJA 2SILA 1IVGA 4M01A 2WNEA 2UWAA 3Q9OA 3FUQA 3OY8B 3SITA 3IMNA 1SO7A 2LALA 5GM0A 3CKZA 3K38A 3O5SA 4XJRA 1O4YA 2QWFA 4MWUA 3WG4A 2D6PA 2CWSA 4AVTA 3C2UA 4MWXA 4GXLA 4MJVA 1UKGA 1SLTA 1CVNA 2F12A 1KQRA 1G9FA 3ZXKA 3B69A 1V3DA 4NCSA 4XJZA 1MR5A 1SCSA 2A75A 1Y7BA 1F31A 4KS5A 2A3XA 3O9JA 4YFZA 2D6NA 3IN9A 2B8HA 3W59A 4Y24A 4UF7A 2EAKA 4JC1A 2D44A 1W6PB 2A3WA 2VWDA 2EXJA 4FPFA 4K1JA 4U36A 5HUKA 1CONA 2GMMA 4JF7A 1B9TA 3D12A 4HIZA 3MW2A 4QN6A 2HTRA 3CYEA 3T1MA 4YG3A 2GNTA 1GANA 2DVAA 2YROA 2DURA 1ULEA 1HDKA 3ZXFA 5DUWA 2KM2A 3WZ1A 1WW5A 2ZHNA 2XZKA 3SANA 1FV2A 1Q8VA 4M00A 2ZHLA 2G4IA 2EALA 3O12A 2A5ZA 2E7TA 3AXDA 2VW0A 1FNZA 4FPJA 4LBKA 3OJBA 1UAIA 2PHFA 5T52A 3AFKA 1GBGA 1PZ8A 1X50A 4GB1A 4CPNA 4HZWA 3N7MA 3VKMA 1KJRA 1F9KA 1NSDA 2QWEA 3T1LA 2ZB5A 1BYHA 1SCRA 4GZWA 1S0GA 4YZ3A 1N1YA 3W58A 3LCPA 3UL2A 2AEPA 1OKQA 2F24A 3NV1A 1IVFA 4FJ6A 1E8VA 2ZABA 3OBTA 3D5OA 1F8DA 3OY8A 3N7KA 1JOJA 1DGLA 3ZPYA 4YZ1A 2H0BA 3WNXA 1HQWA 3A4UA 3B7EA 3WHUA 4XMAA 4I00A 1LHOA 1YRZA 5HUMA 4H55A 2YMZA 4K1ZA 4BBWA 2GN3A 3UJOA 4GEZA 2YDPA 2JKBA 4M3CB 1A78A 1V6JA 2NMOA 4MZAA 1FV3A 4LBQB 4AVVA 4ATFA 1ULFA 1FATA 1F8BA 1DQ6A 3WDVA 3TI4A 4Y1YA 3K37A 3ZYRA 4LBOA 4ASMB 1HQLA 2YZ4A 3ZXEA 4GWNA 4DFSA 4CPOA 1L7HA 4CRQA 1V3CA 1EUSA 3BEQA 2GALA 4YFWA 4BPZA 2YA4A 1LOGA 2E6VA 1C1LA 3T1EA 3MEPA 2VY0A 1W6PA 2D7FA 1GSLA 4FPLA 3MW3A 3H71A 1SFYA 2NN8A 3V0AA 2A6VA 3SNMA 3H0OA 1BKZA 4FPGA 4RA0A 2ZB6A 1YI7A 3AP6A 3KM5A 5GZEA 1H9PA 5T55A 4FPOB 1UN1A 5GLTA 4Q27A 5FREA 1N3PA 3RQ0A 3LSEA 3B3QE 3VKOA 3WDUA 1N3QA 1WW7A 1W21A 1Z78A 2ZA9A 2SBAA 1LECA 1JBCA 3I4IA 3WHTA 1S0BA 2HU4A 2QWBA 2QWHA 2JJ6A 2PHTA 2QWJA 4K20A 2EXIA 3L2YA 4MWVA 1D0HA 1NSBA 1INYA 1H30A 3CNAA 4C1XA 4CPMA 4WA4A 3MW4A 1MS0A 4B7JA 3GVJA 1JYCA 2F13A 4UW4A 5T54A 4XJ9A 3MPPG 4HZXA 1WLCA 3M3CA 2VVZA 4DRVA 3JU9A 3R05A 2A6XA 4X4AA 1JYIA 1MS1A 1U0AA 1W8OA 2DWRA 1Z50A 2ZMKA 2EXHA 4AWDA 4WVVA 2E53A 4KS2A 2DVDA 5GALA 2EXKA 2YA8A 1S0CA 4Q6KA 1LHVA 4FQZA 3AP7A 4RL7A 5T50A 1INGA 5DZGA 2ARXA 4M3CA 3SH3A 1VAMA 2VK7A 2P3IA 4LBQA 5EYYA 2W20A 4WZFA 1VCJA 1CIWA 3O9KA 4FVKA 4QN4A 1URXA 4MX0A 5IT6A 4B7MA 4XDQA 2UWCA 1LOBA 1EUTA 1APNA 2R16A 1NNAA 1YO8A 2GNBA 1SBDA 2F27A 4GJTA 3N35A 5E89A 1QOOA 4W65A 2BERA 3D4KA 1SNTA 2JE9A 2FHRA 2VUAA 2ZGPA 3RRDA 5JOWA 1VAVA 1KRIA 5H9RA 2GN7A 1SLIA 3N7LA 2DV9A 4XYXA 4FOYA 3OBRA 4M3CF 2DVFA 4GALA 1DHKB 1HKDA 3AYDA 1EUUA 1VIWB 5IUQA 3GVLA 3NSSA 1AF9A 2P2KA 2F28A 2AREA 1UL9A 5LK5A 4M3CE 4GA9A 1DZQA 3BODA 1UPSA 2A6ZA 1G8WA 2WSVA 2W38A 1LJ7A 3AZXA 2RKCA 1J1TA 1AXYA 4PCRA 4TZDA 4ZXKA 1O4ZA 1BQPA 2DUPA 2A6YA 5GLZA 2SIMA 4GZTA 3FUOA 4FZHA 5HCAA 4Y1UA 3BTAA 5F9TA 5GLWA 4Y20B 3PVOA 1USRA 1NMAN 2GMEA 2V5YA 2AYHA 5H9SA 3WG2A 3TIAA 2HYKA 4R9CA 2B7YA 4AGRA 1SLCA 2PHUA 2A70A 1AVBA 3INAA 4XILA 1V6MA 4R9BA 1RIRA 3VKFC 2ZHMA 2XG3A 5AVAA 3KQRA 1Z4VA 4AGVA 5H9QA 2ZACA 2HTYA 1LGCA 3ZSJA 4B7QA 1IS5A 4K21A 3I8TA 3UK9A 3TB0A 1LGNA 1SBEA 4XIOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1AYN1 3KLSA 3SCGA 1K12A 3ROUA 4XDOA 4TLFA 1E5SA 5KXCA 4C1WA 2RJ2A 5BXXA 4U2AA 4AR2A 5JCTA 1JMUB 5EZWA 3AMNA 4EROA 4P00B 1W3XA 3HMYA 2VMCA 2WIIB 1WBLA 3PUAA 3LDRA 1ND3B 5CKMA 2C4XA 4CU6A 3AKPA 1V0EA 2PAKA 4A42A 5CADA 1QJY1 1QU0A 1W2UA 1BK1A 1IVEA 1WCSA 2WWJA 1K42A 2WFF2 2BGOA 2ID4A 3PVNA 4EE2A 3NV2A 3SALA 1HRI2 4Q4X3 1GQPA 4UW3A 2WQZC 4I09A 4K6BA 1DQ4A 3MDPA 4Q26A 1RWLA 1DIMA 2W1QA 3LPGA 2ZAHA 1DQ5A 1CD3G 1W8ZA 2LRPA 2F26A 1RUI2 2HT5A 3A0KA 5FXWA 3UNPA 1BVVA 4P9WA 4G4FA 3BIWE 1LU2A 4AQ2A 2VOKA 3OEBA 3B93A 3OYWB 4OMCA 3SOQA 3AMQA 5FWWA 1AJOA 3V0AB 4YZ5A 3TI8A 1PIV2 4E2QA 4L92A 4C1YA 5DXDA 4CCLA 1HB4A 1LEMA 2SLIA 4FP3A 3LA3A 1SLLA 1LOAA 5F5QA 1OPOA 2HWF3 3M3OA 1ODMA 4DPNA 1I9RA 1PGW1 2E32A 3TYJA 2X9MA 3J8F2 2J1UA 3G4HA 5BUVA 1BMV2 1IG0A 4INDA 3VNHA 1RJ7A 1CVMA 2XHNA 3T0AA 1ENSA 3AC0A 5DG1A 5EJZB 4AEDA 1NPEA 2XQRA 4KWKA 5KHJA 4GB33 4QPGA 3HR9A 5T5OA 1LB2A 1V6IA 2ZAAA 1PM7A 4HMZA 4CTEA 1VBE1 4J1XA 4Q0QA 2FPBA 3VHPA 2IC1A 2CSGA 5JXJA 1VMHA 4Q0SA 1A14N 4IEXA 1Q8PA 3PJQA 1UMIA 3ST7A 4DQAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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