4XMAA

Crystal structure of the k499g mutant of nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALGSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 tigr4
total genus 200
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xmaA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xmaA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xmaA02
2D6NA 2W08A 5IT6A 3V0AA 5CB7A 3CL0A 4GA9A 1SLBA 3QLQA 1LOFA 4XJAA 1CVNA 1QU0A 3WZ1A 2OUJA 2YA5A 4FPCA 4LBMA 2C5DA 1V3CA 3K38A 3WOGA 3WDUA 5BYNA 2F13A 1LJ7A 3H0OA 1BJIA 4GWMA 4DS0A 2QWJA 3JU4A 2BERA 3AXDA 4K1HA 2F26A 3ZSJA 1D2SA 4GKXA 1LHWA 2AYHA 4GXLA 4GKYA 2NM1A 3ZYPA 2WKKA 3I4IA 1NMCA 4GB1A 5E8AA 4YG0A 2HT7A 4HZZA 4ISQA 3W58A 5CNAA 4Y1VA 1RINA 4YW4A 1NSDA 1AVBA 1KJRA 1ONAA 1XOEA 1IVFA 4U2AA 3LSDA 1C4RA 3OPZA 3AYEA 1N1SA 4XJUA 1O4ZA 2ZZJA 1W6QA 1ULGA 4FP2A 1MS8A 4X4AA 3L2YA 4FZHA 1SCSA 2P2KA 3NV4A 4CPMA 5KXDA 4LBKA 2EF6A 2DVGA 2G4IA 3B01A 1Q56A 3DUIA 4GALA 3O9JA 3AP6A 3SH3A 3O0VA 5GLWA 2W5NA 3SH5A 4GZPA 3MPPG 1VAMA 2NYYA 2AH2A 3GVJA 1LHUA 2GN7A 4XBNA 4YZ2A 2ZAAA 1L7GA 3AZWA 2YA8A 4GJTA 1WW7A 4XMAA 3VKNA 3LCPA 3POYA 3SILA 4HANA 4R9DA 3ILNA 1SLTA 3M3OA 1DQ5A 1J1TA 1QOSA 4NOTA 2YV8A 2HTVA 2XZIA 3KQRA 1BKZA 3OY8A 4K1ZA 1V6KA 5GALA 1WCQA 1ENQA 1C1FA 4FPGA 1S0IA 1B9TA 3MW3A 4Q27A 1E8TA 3NSSA 1DQ4A 4QN4A 1LOEA 3GVKA 3H6JA 2R16A 3AYCA 2D3SA 2ARBA 4XJWA 2AENA 4MJUA 1IKPA 1LTEA 1C57A 4QN3A 3AP5A 1G9AA 3ASIA 4DQAA 5F9TA 1GSLA 3BEQA 1MS9A 2QWCA 4MZAA 1AXKA 1GLHA 1X50A 2ZMLA 1VLNA 2DVAA 2PHUA 2D6PA 1QNWA 3D4KA 3O5SA 2RKCA 1LCLA 2F0ZA 4MYEA 4YGCA 1NNCA 1XOGA 1BJQA 5B2CA 1V0FA 1OFSA 3AZVA 4AGRA 1IVBA 2ZGMA 1BZWA 2FHRA 3SISA 1IVDA 3WDXA 5EXOA 1LGCA 1LEDA 4Y20A 4QN7A 4BMBA 3A72A 3APBA 1LOFC 2WNEA 2F24A 5HCBA 2C4AA 2GALA 2YROA 4CTEA 1PZ9A 4MWQA 4DRRA 3FFZA 4Y26A 2P3JA 2YY1A 5GLUA 4P9WA 3A71A 3D6EA 5DG2A 4GZTA 1S0EA 5T5JA 1FATA 1QGLA 4ATFA 1WW4A 4XBLA 2DUPA 5KXBA 1GICA 1C1LA 1CJPA 2UURA 3GVLA 3OBTA 2B7YA 2ZGRA 4WV8A 1ULDA 1AX1A 3O0WA 1Q8OA 2TEPA 3V0BB 2VK7A 4YFZA 5CA6A 1MACA 3BIWE 5JOYA 4P14A 1QOTA 4W65A 1UMZA 2VK5A 4YZ3A 4MWWA 1DLLA 1DFQA 1MVEA 2P34A 5H9PA 4XTPA 3SH4A 4QN5A 5E88A 3HMYA 4ITCA 1H9WA 1WW5A 4YW5A 2A71A 3PJQA 1WCSA 2R1BA 2F25A 3MEPA 2R1DA 2Q5TA 1AX0A 4JCKA 2NP0A 1MS1A 1CQ9A 2EXKA 1DZQA 1NNBA 4YLZA 3T1EA 4K1YA 3IM0A 3W59A 1S0DA 2AUYA 2YA4A 2ZA9A 2EXJA 1F8CA 2A6VA 1JXNA 2BQPA 2CTVA 2ZABA 4HZVA 3OYWB 3AJZA 4R9CA 4HL0A 4WA4A 1W6MA 5GM0A 1JUIA 3ZSMA 4MC7A 1N3QA 2A6ZA 1IVGA 1Z0HA 4HZXA 1ULCA 1AJOA 3VKFC 1Q8QA 3GNEA 4BM8A 3AZZA 4H53A 1USXA 2VW1A 1EUSA 2C9AA 1B09A 5CAZA 2WT0A 2E6VA 4KBBA 1UPSA 1DQ1A 1VCUA 1INXA 6NN9A 1LU1A 3IPVB 1URXA 1B9VA 1DILA 5E89A 1GNZA 1V6MA 1E8UA 1O4YA 1H30A 1WD3A 4CZSA 2GN3A 2YA7A 3V65A 1A78A 1LEMA 1QDCA 2PHRA 3AFKA 1Q8VA 2DU1A 4CPYA 1UZZA 2ZHLA 5EYYA 3UK9A 2QWAA 4XZPA 1WLWA 4YW3A 3H73A 3VKMA 1INFA 4BPZA 2DURA 4K1KA 4GZWA 5GLVA 1LHOA 2NN8A 3AZXA 3M2MA 2A70A 2B8HA 1AXZA 3WV6A 1LGBA 1ULEA 4I00A 4FVVA 1HQLA 1YI7A 1W8NA 4LBNA 4P9YA 2YMZA 1MZ5A 1IS6A 4FPYA 4M3CB 4AGVA 4PCRA 4FPFA 1G9BA 2LALA 2HTYA 1V6NA 1CN1A 3V0BA 1AF9A 2DWRA 3INBA 3AK0A 1QKQA 5AVAA 7NN9A 1MR5A 2D6LX 3CKZA 3CL2A 4D69A 4GZSA 1RIRA 1SLLA 5GLZA 1GNHA 4Q6KA 4LBOA 3WVJA 1GKBA 2VU9A 3BOPA 1G9CA 1XQNA 1V3BA 5DZFA 4BLIA 4XJQA 4YM2A 2JE7A 2D6KA 4WVVA 1VCJA 4YZ4A 2QWFA 1V6OA 1V0ZA 4L8QA 1W6PA 2C4LA 1U0AA 2OVUA 1PZ8A 4LBQB 1L7FA 5HUMA 4Y20B 2PHTA 1CONA 2ZBJA 2OUHA 2GMMA 1DYKA 1CPNA 1CR7A 3AYAA 1LESA 4XJZA 3RRDA 3JU9A 3OYWA 2VSKA 4GWNA 2ZGNA 4Z8BA 5T50A 4UF7A 3R05A 1N3PA 4FPLA 1HLCA 1MVQA 4XIOA 1D0HA 1DQ2A 3D5OA 2ZMNA 3O9KA 1YO8A 2JKBA 1FV3A 1V6IA 3IPVA 5SV8A 2PHFA 4LBLA 3B3QE 4H55A 1USRA 1WLDA 2EALA 4Y1XA 4Q8KA 1A14N 1N1TA 3FUOA 3MW2A 3AJYA 1LHVA 5IK8A 2E51A 4AYUA 2BATA 4Q1RA 4XMIA 3N3HA 4LBJA 2ZGOA 1WBLA 4M00A 2D7FA 1SLCA 3ILRA 5F5QA 2ZHNA 4FJ6A 2ES3A 4RA0A 1AJKA 1QOOA 3T2TA 4YGDA 2UU8A 3I8TA 1S0FA 4J9TA 2A3XA 4TYSA 4Q2FA 3NV2A 4FOVA 3HR9A 4XJRA 1GV9A 3AXEA 3UL2A 1I3HA 4K1JA 3GALA 1VIWB 4PF5A 3A4UA 4UW4A 1S0CA 1NCCN 2EIGA 1KQRA 3ZPYA 3WCSA 3WG4A 1W1XA 4Q8LA 3IMNA 1W6MB 3USUB 2HT8A 4M3CA 1N47A 2SBAA 1DYPA 4XXAA 3UJQA 1V0EA 3A0KA 1Z4VA 5EWSA 1MS5A 4U36A 2P3KA 1F5FA 2P37A 4XYXA 2YA6A 1UAIA 1WLCA 4FP3A 1NN2A 1FNZA 3W09A 3RQ0A 4Y24A 1WBFA 2ENRA 4BOWA 4MWUA 4ASMB 3T1MA 2AREA 3TI5A 3O0XA 5JLVA 3SNMA 1MS3A 1L7HA 3H71A 2WT2A 2HU0A 2WQZC 2D6OX 1ZM1A 2ZMKA 2YZ4A 1F8BA 3M3QA 4YW1A 3POWA 4FOQA 1JHNA 4ATEA 2F12A 2WSUA 2HTQA 4LBQA 4KS5A 3FLRA 4H52A 1IS5A 2RHPA 3POSA 1G7YA 4JRAA 1KDKA 1CESA 1BQPA 4OZXA 1V2IA 1NLSA 3BTAA 3TIBA 2R0FA 2DVFA 1DHKB 4WEGA 1JOJA 1V6LA 1HDKA 3ILFA 2HU4A 4BQ1A 1UN1A 1NMAN 2HTRA 2AEPA 2ZB5A 3N7MA 3DGTA 2ZGPA 3PVNA 4YZ1A 4HIZA 3OBRA 3K39A 2JJ6A 2DUOA 1I1EA 3R4UA 2UWCA 1INWA 2QWHA 2YXSA 1G9FA 3WG2A 2A3WA 5GJ6A 3ZXJA 3N7LA 4AGGA 2QWBA 1DIMA 2ZHMA 1WD4A 5CBLA 4M3CF 4FOWA 1SO7A 1F9KA 2ZGLA 1GANA 1QNYA 4Y1YA 5DZGA 1NMBN 2DV9A 4CPOA 1NSBA 2DVBA 2VSMA 1YXWA 1G9DA 2XZKA 4DGRA 3FLTA 1INHA 3OGGA 2NZ9A 2R0HA 5DUUA 1W6PB 3T1LA 4M01A 1LOGA 3M3EA 3TI6A 3RS6A 4KS3A 2EXIA 5GZCA 4JC1A 3CNAA 1NCDN 2QWIA 3WHTA 4KS2A 1HKDA 4NN9A 1V3DA 3USUA 2DTWA 2BF6A 2XCYA 2XB6C 1JW6A 3B69A 4UW3A 4C1XA 1MWEA 3TI4A 5H9SA 5DUVA 2R49A 1W20A 4FPHA 4XE9A 4XHBA 4MWJA 2W52A 1JYIA 2VUAA 4KS4A 2CYFA 2W5OA 1UL9A 1PZ7A 4XIKA 4XDQA 4XTMA 2WSVA 1BYHA 1JBCA 4SLIA 3RMYA 3V64A 2F27A 4K20A 1SBFA 5H9RA 3FUQA 4FPKA 4FPEA 1S1AA 1UX6A 1INVA 3M1HA 3PVOA 1NXD1 1SBDA 2VY0A 4WA3A 1V6JA 3RG0A 3QCWA 1Y7BA 1S0BA 1EUTA 5HUNA 5GZDA 3ATGA 4FOYA 3B7EA 5HX0A 1S0JA 1SACA 4NC5A 2F11A 4WZFA 2E7TA 4WEFA 5FREA 3A0NA 3N36A 5KXEA 1DIWA 3TI3A 2V73A 1UKGA 4M3CE 4X47A 1W6NA 2A7AA 4AVTA 2D6MA 5GZEA 2JD4A 1IVEA 3RSJA 2A6XA 3ZSLA 1A4QA 2F28A 2ERFA 4QN6A 2F10A 1IVCA 1LGNA 5T5PA 3H72A 2VW0A 4MWRA 4XILA 1JYCA 2ZGUA 4NCSA 2OW4A 5KXCA 2EAKA 3LSEA 5JYYA 4NO4A 3INAA 5HUGA 2DYCA 2QWDA 2YDPA 1Q8SA 2ZGSA 2HT5A 5HUKA 4FQ4A 5T5LA 2W38A 3WNXA 3ZSKA 1DQ6A 4LBQD 3M3CA 3UJOA 1CPMA 2NMNA 4FQZA 2PHXA 2CNAA 4GZOA 3OJBA 3WLUA 1Z4XA 3NV1A 4TZDA 3WDWA 2GNMA 2NMOA 2UWBA 1AX2A 5HCAA 1KJLA 4GDIA 1OKQA 1LOCA 3JUUA 2EXHA 3IKWA 4F83A 2VVZA 4K3YA 5B2DA 1LULA 5DUXA 5DUWA 1W21A 3ZYRA 4ISRA 3SANA 2HYKA 2JDZA 4JF7A 5JOXA 1YYNA 2AR6A 1NSCA 1SLAA 2DVDA 5NN9A 1GZWB 4PQ9A 5FRAA 4M4VA 2DTYA 3U4XA 3NN9A 5T52A 2JECA 1EPWA 2Z42A 1W0OA 4Y1UA 2ZHKA 3KM5A 3NV3A 4R9BA 4YG6A 4XBQA 5M1ZA 1LENA 4XOGA 1IS3A 1F8EA 3ALWA 3B00A 2WT1A 5GZGA 4B7QA 3HN1A 2CMLA 2SILA 3SITA 3WDYA 3WUCA 1Z78A 4Y22B 2SIMA 1YRZA 5IK4A 3RMXA 5GZFA 5T5OA 2KM2A 3K37A 2A5ZA 4YGEA 2CL2A 4GDJA 2WJSA 4GZXA 1WUVA 2F29A 4DFSA 1W6OA 1N1VA 2AEQA 1N3OA 5T55A 2FMDA 5JVVA 4R9AA 5L73A 2VK6A 2QWGA 3VKLA 2SLIA 4XJ8A 2GDFA 1AZDA 1IS4A 5JDBA 4Q1PA 2LTNA 1LECA 1W0PA 2D3RA 1VAVA 1G8WA 1GYKA 1MZ6A 4HZYA 5JOZA 1GBGA 2ZKNA 4MZEA 4MWLA 5DZEA 2VWDA 3N7JA 1QMJA 1B9SA 1QF3A 5JMCA 4K1IA 1BXHA 3ALXA 1IOAA 5DXDA 2BZDA 4YZ5A 3ZXEA 5LK5A 3VUOA 4FPOB 3ENRA 4P9XA 1FNYA 4FVKA 5EYXA 3AYDA 3ZXLA 2ZGTA 1LOAA 2XZJA 1KRIA 1Z50A 2H0BA 3WG1A 4YM1A 3MW4A 4MWXA 5JOWA 1GZ9A 4BLJA 4K21A 1TEIA 4XJ9A 2CY6A 4CPZA 2I2SA 4DRVA 3AZYA 4X6KA 5IUQA 3TI8A 1ENRA 1G86A 1W6NB 3WDTA 3IN9A 3ZVXA 4B7RA 3Q9OA 1UZYA 4YGBA 3FBYA 1Z4ZA 1LU2A 1GZWA 3BODA 1VALA 1W8OA 4QNPA 3SLIA 2A6YA 4B7NA 1H9PA 5HCFA 1Q8PA 4X49A 4M4NA 2CWMA 4KS1A 3WUDA 2ZGQA 2JE9A 1GZCA 3TAYA 1JN2P 3AX4A 1EURA 2YDTA 4B7MA 2D44A 4ZXKA 1YIFA 2V5YA 4ZKTB 2A75A 1E8VA 2PELA 4Y22A 5IK5A 2D43A 2VH9A 1SFYA 3V0AB 2E7QA 2PHWA 3SALA 4YW2A 1HQWA 1Z4YA 1ENSA 2VXRA 3WDVA 2GNDA 4Y1ZA 1N1YA 4DPNA 3N35A 1MS0A 3C2UA 1FAYA 2HTWA 3ZXFA 4AVSA 1INYA 2QWEA 1R1ZA 4I30A 3D11A 2W68A 3PVEA 4MWYA 1IKQA 1EUUA 1LOBA 4GZQA 4CPNA 4RL7A 1S0GA 1SCRA 5T54A 2GMPA 1DQ0A 2A3YA 1ULFA 3PMEA 3NWKA 1DBNA 3AP9A 4AWDA 3K36A 2X9MA 3AP7A 3D12A 1A3KA 4UW6A 3TIAA 3R4SA 1V00A 3FLPA 1RITA 1QDOA 1NCAN 4FPJA 3K3AA 2GMEA 2XG3A 3WCRA 4PBOA 3VKOA 2GNBA 3ZXKA 3WG3A 1W6QB 2CWSA 1F8DA 3VV1A 4YG3A 4AVVA 2GNTA 4IQPA 1APNA 4B7JA 4Q26A 2W20A 1DGLA 4WVWA 4XXPA 1SBEA 2VW2A 2ZACA 3O12A 4PBPA 4XHXA 1CIWA 4CRQA 5GLTA 4C1WA 1LODA 1KITA 2DUQA 1OQ1A 4MJVA 4HZWA 4D8SA 1SLIA 2W39A 1KDMA 4WA5A 1LHNA 4M3MA 1NCBN 1W6OB 2UWAA 1A8DA 1V3EA 3AP4A 4CPLA 4YFWA 2E53A 1A4GA 2DU0A 1FX5A 1NNAA 3TICA 2AGSA 4MWVA 2A6WA 3B9CA 1FYUA 4YM3A 4GEZA 3OY8B 1ZA4A 1AXYA 4UW5A 1F31A 1Z4WA 2D3PA 2P3IA 4MX0A 4BBWA 5IK7A 1FV2A 3TB0A 2WLQA 3WHUA 2ZGKA 3N7KA 2HTUA 2ZB6A 2QWKA 2ARXA 3CYEA 4YM0A 1SNTA 1MS4A 5DG1A 5H9QA 1WW6A 4BMEA 4M4UA 1INGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CDWB 4A0PA 4QX5A 2D6NA 4QPWA 2VZOA 2E7AA 2W08A 4XDPA 4YRDA 4FTSA 5IT6A 3V0AA 4JKLA 5CB7A 4JMLA 3K75B 2WFF3 2MNGA 1SUUA 2Q4SA 5LCWL 2HYXA 4FSJA 3O1UA 1GP5A 2ORZA 1AR72 3CL0A 5F8PA 1QXRA 4GA9A 1SLBA 4AHXA 3QLQA 1C8M3 1LOFA 1VBD2 4XJAA 5JUVA 2W46A 4RQPB 2YYOA 3VZJA 4NMIA 1CVNA 1QU0A 1S2KA 4CDQA 4CVUA 3WZ1A 4RFT0 2BNOA 4IGQA 1QWRA 2OUJA 4MUVA 4KL1A 2BDRA 2YA5A 3JD71 4A4AA 4FPCA 4S2FA 4LBMA 1KFUL 2C5DA 2P4EA 2R042 3GHNA 3SKJE 2HWB1 2RM21 3ZMOA 4Y5SA 4K9SA 1V3CA 3K38A 4QX1A 2W87A 3WOGA 3WDUA 3Q8BA 3U11A 1LJ7A 3NJZA 3H0OA 2ORXA 2XBO2 3F95A 4XCAA 2VVFA 3S6PA 1BJIA 4GWMA 4IQKA 1R091 2VECA 5FY9A 1WCUA 1XPWA 2V09A 3I97A 4DS0A 3I49A 1UU5A 3ZYFA 2H2UA 5FMCA 4Z92B 3WINE 4CUGA 2VOKA 1GOFA 2QWJA 3BU7A 2BGOA 4E2QA 2FP8A 4GN9A 3JU4A 4CHBA 2R30A 2BERA 3TEZA 5FWWA 3RZLA 4MADA 3VD9A 2JX9A 4XAAA 1ENXA 1RUJ1 3AXDA 4TTGA 4K1HA 3WF1A 3ZSJA 2VCBA 2VZ1A 3KV4A 5BNOA 3C7OA 3WF0A 2RR11 2YU1A 4CU6A 1ZBA2 2JD9A 5FYYA 4IV3B 4MHRA 2VD7A 1D2SA 1DU3D 3ACFA 3FHIB 3NQHA 1LHWA 2WDBA 4GKXA 4V1PA 2AYHA 4UFIA 4GXLA 4GKYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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