4XMIA

Crystal structure of the k499g mutant of nanb sialidase from streptococcus pneumoniae
Total Genus 192

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
658
structure length
657
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALGSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
100200300400500600600500400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain atcc baa-334 / tigr4)
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
total genus 192
structure length 657
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xmiA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xmiA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xmiA02
1B9TA 4B7NA 5CAZA 4XIKA 4YW3A 1JOJA 3W58A 2XZJA 3NSSA 1NNCA 2VY0A 4SLIA 1PZ8A 4JRAA 3SLIA 1GZWA 1JW6A 3AZWA 1QKQA 4YW5A 2DVGA 2YA8A 1DQ0A 3AYDA 3AXDA 2ENRA 2UWCA 5DG2A 3CKZA 4ITCA 1SLIA 3T1MA 4KS4A 3ZXJA 1NSBA 4XJAA 4U36A 1NMAN 2QWIA 1HKDA 1IKPA 1USXA 4TYSA 1DYPA 1N1YA 1ULDA 4AVTA 3AP5A 2A6XA 3ASIA 1PZ9A 2VVZA 4XXPA 2YA6A 2B8HA 3VKMA 1AJOA 3V0AA 4X6KA 2C4AA 2HT5A 2WLQA 1E8UA 1Y7BA 4YLZA 2C4LA 3D5OA 2V73A 1LEDA 3WHTA 3LCPA 1DZQA 1R1ZA 1B9SA 1INWA 4NOTA 2WJSA 2HTQA 2XB6C 2ZGNA 4XTPA 4MJUA 4FP2A 1VAVA 2D43A 1WW6A 4MZAA 3AZXA 2CMLA 1V2IA 4M4NA 1G7YA 3GALA 3O0XA 7NN9A 5T54A 4P9XA 2BATA 1MWEA 3RQ0A 3U4XA 4GZSA 4MWYA 1DQ1A 1LJ7A 1FAYA 1LGCA 4MX0A 2XZIA 1V6LA 1LECA 4JF7A 2ZHMA 1BJIA 5HX0A 4UW5A 2ZGTA 1MZ6A 1VLNA 2SIMA 1IVGA 3TI5A 3IN9A 2R49A 3BODA 4Q2FA 2HTVA 3UJOA 4XBQA 5GALA 3WDTA 4MC7A 1BXHA 1YYNA 4M4VA 1V6KA 1CONA 2E7TA 1Z4VA 2EIGA 1W6MB 3POSA 3WG4A 2P3IA 2RHPA 1NXD1 1H9WA 2A6WA 3IPVB 1LOFC 2CWSA 4H55A 1W6QB 2AH2A 1JBCA 4K1YA 1S0GA 4FPKA 2X9MA 3ZXFA 1QDCA 3ALWA 1DYKA 4YZ3A 5CNAA 3M1HA 3R4SA 1N1TA 2DYCA 1F8DA 3BOPA 3GVKA 1USRA 3RMXA 1DQ6A 1A78A 5JOXA 4FZHA 2QWFA 1WW7A 4M3CA 3M3EA 1S0EA 4LBQB 4BLIA 3B9CA 1S0CA 5FRAA 3ZYPA 1INFA 1DQ4A 2D3SA 2YA5A 4DGRA 2NZ9A 4DRRA 2R0HA 3AYCA 5IK7A 3SH4A 1DHKB 1NNBA 1UAIA 3ZXLA 2HYKA 2F27A 1CVNA 5KXEA 4GZTA 3WDYA 5E88A 2E51A 1GYKA 3WUCA 1LESA 2A7AA 4NCSA 3LSDA 2ZHLA 4MWXA 4GDJA 4QN3A 4L8QA 5LK5A 3OBRA 1G86A 4Y1UA 1GBGA 4H53A 5CB7A 2ZMKA 2R0FA 3D11A 4CPZA 5DZFA 4Y20A 3OPZA 5IK4A 2SILA 3M3QA 1DLLA 1S0FA 4DRVA 4FOVA 2VK6A 5EYYA 4XBLA 2QWKA 3A0NA 4YGCA 2GMMA 4FOQA 2WKKA 3ZVXA 1L7FA 1C1FA 4DFSA 2PHWA 4B7QA 2DU1A 1MS4A 5JDBA 2ZMNA 3JU9A 2D6KA 2ZABA 2DUOA 2VUAA 4CZSA 4XILA 1WD3A 4XTMA 2E53A 2VWDA 2BF6A 4HZYA 4FQ4A 2HU0A 2XZKA 3FFZA 3PMEA 2YA4A 1IVFA 1MVQA 3AZVA 5B2CA 1LHWA 4NC5A 4C1WA 3SH3A 1GZ9A 1LHVA 5T5PA 1N47A 1W0OA 4Y1VA 1EUSA 1IVDA 4UF7A 1HQLA 1LU2A 2ZGKA 1KQRA 1B09A 4XJQA 2A5ZA 3ZYRA 3AXEA 4FVVA 3R05A 2QWJA 3OY8A 4XHXA 1LOFA 4W65A 4P14A 2SBAA 2YV8A 2GALA 1GV9A 3QCWA 1W8OA 2CTVA 4Q26A 3TI8A 2VK5A 2GNBA 5JOWA 2P3KA 3W59A 1MS3A 4XJ8A 3O9JA 4XJRA 4FP3A 1LHUA 5T5JA 3WZ1A 3QLQA 2YDPA 4XYXA 1BKZA 2D6LX 1V00A 4QNPA 1SLCA 2D6NA 3K37A 1GZCA 1APNA 2LALA 1V3BA 3WDWA 1CIWA 3FLPA 3NWKA 1CN1A 4WV8A 4Y22A 4M3MA 2GN7A 3TI4A 4LBLA 5E8AA 1G9BA 4X47A 4IQPA 5SV8A 4ASMB 3R4UA 1N1SA 4AGRA 1DILA 1WCSA 3TI3A 4BMEA 3N7LA 2W38A 4MJVA 3H0OA 3MW2A 2V5YA 2UURA 2EAKA 3H71A 1F31A 4C1XA 3M3CA 2ARBA 3D12A 2VXRA 4YG0A 1ENQA 4M00A 3K38A 4QN5A 5F5QA 5T5OA 3I8TA 5IK5A 2ZA9A 1V3DA 2GNDA 3UL2A 4BLJA 5T52A 1LEMA 1LCLA 3OYWA 3NN9A 1IVCA 3UK9A 3WVJA 3ZSJA 1IS6A 1UX6A 1DQ5A 1A3KA 2VW0A 1ULGA 4P9YA 4CRQA 2SLIA 3VV1A 1HQWA 1W6PA 1QGLA 5GZEA 4CPLA 1ZM1A 2DV9A 2DWRA 1AX0A 3AZYA 1HDKA 3HN1A 2BERA 5DUXA 1N1VA 3WDUA 3BTAA 1JYCA 2DVBA 4K20A 3TAYA 4MWWA 1V6OA 1S0BA 4FPOB 1SCRA 4H52A 4FPYA 1F9KA 2OVUA 2JE7A 1QMJA 4QN7A 4GZOA 3AJYA 5JVVA 3FUQA 4ISRA 1Z4ZA 4CPMA 4P9WA 1QOOA 4KBBA 5GLVA 1WLWA 1LOGA 3N7MA 1QDOA 1NLSA 4M4UA 1D2SA 2R1BA 5DG1A 1TEIA 4GA9A 4M3CF 1HLCA 2WT1A 1UPSA 4KS5A 1URXA 1BYHA 5HCBA 1VCJA 3JUUA 3ATGA 4XOGA 1LENA 2XG3A 1N3PA 2DURA 2AUYA 4ATFA 3SANA 2ZBJA 4HZXA 1ULFA 3LSEA 3CL2A 3IM0A 3ZSMA 1OKQA 1MS9A 4HZWA 4GALA 4B7JA 5DUUA 1IVEA 1ZA4A 4GWNA 3POWA 4PCRA 4FPGA 4YW2A 1DIWA 2QWCA 1DBNA 4B7RA 5KXCA 3ZPYA 4XMIA 1LULA 1GICA 2W5NA 4Q8LA 4WZFA 1LGBA 2D3RA 2ZACA 1V3CA 1I1EA 3TIBA 1A4QA 2F29A 3O0VA 5IK8A 3FBYA 1I3HA 1W6OB 4HANA 3M2MA 1UZYA 5HUNA 1BJQA 4WEFA 4DPNA 1AXYA 1O4YA 1UKGA 4BPZA 1INVA 4XDQA 2VW1A 2R16A 3WDVA 1QF3A 3AYAA 1CPMA 2HTUA 4XXAA 4BOWA 2AEPA 1AXKA 3DUIA 2ZGOA 1FX5A 4K1HA 1ULEA 3N7JA 5EYXA 3IKWA 4XJWA 2A70A 4BQ1A 1GZWB 3USUA 1RINA 1V3EA 1X50A 2G4IA 4XJZA 1WW4A 3H72A 2YDTA 1WW5A 2D3PA 4YZ4A 3ZSLA 1INXA 1SLLA 2UU8A 3GVJA 2I2SA 1LODA 2NP0A 3HR9A 5T5LA 1AVBA 1GANA 4PQ9A 3AFKA 4OZXA 3INBA 5EWSA 3V0BA 4LBKA 2DVDA 3AYEA 1V0EA 1OQ1A 3MPPG 3FLRA 1DFQA 3V64A 1Z78A 1LGNA 3BIWE 4Y24A 4XHBA 2A6YA 1MS8A 2ZKNA 4J9TA 4UW3A 5DXDA 3V0AB 5JMCA 1LHOA 1XOEA 2VH9A 3ENRA 3PVEA 3ZSKA 1W6NA 4GDIA 2ZGPA 1Z4WA 3Q9OA 1Q8VA 4FPJA 2Q5TA 1W1XA 5GZCA 3WG2A 2YZ4A 2HTRA 4M3CE 5JOYA 2NM1A 3WHUA 3V65A 2ZB5A 3ILRA 1UMZA 4YW4A 3GNEA 2C9AA 1NCDN 1Q56A 1NSDA 1YXWA 2ARXA 3CYEA 2CY6A 2ZHKA 1GLHA 3T1EA 2RKCA 2DVAA 1G9DA 2DUPA 2ZB6A 2B7YA 1MS1A 4GZXA 4GEZA 3CL0A 2PELA 2BZDA 2W52A 5GLUA 2NN8A 4Q1RA 1VCUA 4R9AA 4RA0A 2FMDA 2NMNA 2VSMA 2CNAA 4FJ6A 3N36A 4K1KA 3NV1A 4K3YA 4Q6KA 4D69A 2JECA 5HCAA 3WLUA 3O9KA 5NN9A 4LBOA 4R9BA 4GJTA 2E6VA 1UN1A 5HUKA 1XOGA 2E7QA 2PHTA 4R9CA 2HT7A 4PBOA 1W8NA 5JOZA 3SITA 2CL2A 1W21A 1XQNA 2A3YA 1KJLA 2R1DA 1QOTA 4FPCA 1MACA 3RG0A 1E8TA 4YZ2A 2YMZA 1YIFA 1LOBA 1N3OA 3B01A 4MWLA 4BM8A 1KITA 3AX4A 3WNXA 3KQRA 3MEPA 1NCCN 4I00A 2PHUA 2H0BA 4YFZA 1C1LA 4HZZA 1V6MA 4X49A 1UZZA 3OJBA 4BBWA 4FPHA 3DGTA 4M3CB 1GNZA 1ENRA 5KXBA 1JHNA 2DVFA 1CJPA 2VW2A 3B7EA 2EXHA 5HUMA 3NV3A 1FATA 1OFSA 4GZWA 1V0FA 1Q8SA 3ZXKA 3WUDA 3T1LA 3ALXA 1F5FA 3HMYA 4XBNA 1LTEA 3W09A 3RRDA 4AGVA 2A3XA 4K1ZA 4MWJA 5JYYA 1V6JA 2DTWA 2WSUA 3OBTA 4AGGA 2A6VA 4WVWA 2FHRA 3GVLA 4UW6A 1SNTA 3WOGA 1Q8OA 4CPYA 2YY1A 3VKOA 1MZ5A 2AREA 4YM3A 4XZPA 2NYYA 2ERFA 1BQPA 1YO8A 1MR5A 4YG6A 1FV2A 3RSJA 3RMYA 1JYIA 2F11A 5JLVA 4GXLA 2QWEA 2W39A 1L7GA 1SBFA 1H30A 4D8SA 1G9CA 1MVEA 1U0AA 1C4RA 5GZDA 4LBQD 4K21A 1W6MA 5DZEA 3UJQA 2QWHA 1VALA 3IPVA 1LOEA 5GLWA 1S0DA 1W6QA 1JXNA 1EUUA 4Q27A 2ZGLA 3RS6A 2Z42A 5DZGA 2ZZJA 3WG3A 2GN3A 1Q8QA 1LOAA 3B69A 2ZGRA 4M01A 4GKXA 2PHXA 1IVBA 1KDMA 1A4GA 3B3QE 3A0KA 4X4AA 1DGLA 2JJ6A 4WEGA 3K3AA 1RITA 5CA6A 4WA4A 2F25A 3ZXEA 4YM2A 3WDXA 4Y1ZA 1C57A 4LBQA 1GNHA 3IMNA 1UL9A 1PZ7A 1S1AA 4U2AA 3MW4A 1LU1A 3L2YA 4ZXKA 3K36A 3OY8B 2HU4A 4KS1A 3MW3A 4JC1A 1AZDA 3ILFA 1MS0A 3A71A 3N35A 5EXOA 4KS2A 1B9VA 4MWQA 4Z8BA 2HT8A 5IUQA 1S0IA 2W68A 4YZ5A 1LHNA 2GMEA 2P34A 4YM1A 1O4ZA 2F13A 3FLTA 2AR6A 4QN4A 1EURA 4Q8KA 5L73A 3JU4A 2QWAA 5E89A 4Q1PA 1IS5A 1WCQA 3N7KA 3M3OA 5GLTA 5HCFA 4FVKA 4GB1A 1INYA 3NV4A 1N3QA 1SO7A 4XIOA 4CTEA 1CQ9A 2W08A 4Y22B 1QNWA 3PJQA 1CPNA 2JKBA 2GNMA 2EXKA 4AWDA 2ZGQA 2GNTA 1INGA 3POYA 1AJKA 3AP4A 2OUHA 4GZQA 3BEQA 3VKNA 1WBLA 2UWBA 2WT2A 3TI6A 4ATEA 1J1TA 2A3WA 1A8DA 4UW4A 5M1ZA 1W0PA 1SBDA 5HUGA 2YA7A 4Y26A 4NO4A 4K1JA 2A6ZA 2GDFA 4MZEA 1IKQA 4YW1A 1H9PA 1QNYA 4DS0A 4HL0A 4FPEA 2F12A 5DUWA 4ISQA 2ZAAA 1CR7A 2YXSA 3OYWB 4R9DA 1WD4A 3PVNA 2ZGSA 4FPLA 1IS3A 5T55A 1QU0A 3KM5A 2F28A 3N3HA 2JE9A 1W6PB 5IT6A 1V0ZA 1NNAA 1GSLA 1S0JA 3PVOA 2AEQA 1SFYA 1QOSA 1Q8PA 1Z4YA 1WBFA 4QN6A 1A14N 2WT0A 4RL7A 5FREA 4JCKA 6NN9A 1NSCA 2OW4A 2QWDA 1NMBN 2YROA 3TB0A 3FUOA 5B2DA 3I4IA 3VKFC 2CWMA 2CYFA 3C2UA 3INAA 4GWMA 4FPFA 2HTYA 5H9RA 2F0ZA 3OGGA 2EXJA 2QWBA 3SH5A 2D7FA 4LBMA 1NCBN 1DIMA 1AX1A 1L7HA 1VIWB 2W5OA 1AXZA 1EPWA 4NN9A 1W20A 3TIAA 2F24A 2DUQA 1AF9A 5GM0A 4I30A 5BYNA 1F8CA 3SNMA 1CESA 3AZZA 4Y1YA 1KJRA 3AK0A 1RIRA 2ZHNA 4HIZA 3O0WA 3AP6A 1VAMA 1IS4A 2AYHA 1KDKA 1DQ2A 4KS3A 2D6PA 4GZPA 4XJ9A 2JDZA 4HZVA 3A4UA 1MS5A 2DU0A 5GJ6A 4YM0A 5H9SA 4WA3A 5GZGA 4MWVA 1BZWA 3B00A 1JUIA 1D0HA 2XCYA 2ZGUA 1NCAN 1V6NA 1NN2A 1SCSA 1Z0HA 2UWAA 4Y1XA 2AGSA 3CNAA 4AVVA 1SLBA 4XMAA 2W20A 1ULCA 3WCSA 1FYUA 4AVSA 3A72A 3D4KA 3O5SA 2TEPA 2WNEA 2F26A 4XE9A 3AP7A 4LBNA 4B7MA 2P37A 3SALA 5KXDA 2BQPA 4K1IA 1SLAA 1G9AA 4AYUA 1GKBA 2D6MA 2GMPA 4YG3A 4YGEA 3SISA 1G9FA 2PHRA 3USUB 1INHA 5GZFA 2WSVA 1FNYA 2LTNA 2PHFA 1E8VA 1WLCA 4FQZA 4YZ1A 5F9TA 1WUVA 2A71A 3TICA 1FNZA 1F8BA 3T2TA 1Z50A 4ZKTB 5CBLA 4MWRA 4FOYA 1AX2A 3WCRA 3V0BB 1FV3A 4YGBA 3NV2A 1SBEA 2DTYA 2VU9A 2D44A 4GKYA 1YI7A 1SLTA 3VKLA 3ILNA 3SILA 4WA5A 1ONAA 2D6OX 2JD4A 2HTWA 3AP9A 2ES3A 1LOCA 3O12A 1W6NB 2VSKA 5GLZA 2A75A 2NMOA 2P2KA 1NMCA 4MWUA 3WV6A 1V6IA 1F8EA 2F10A 2QWGA 2EXIA 1SACA 3H73A 4WVVA 3APBA 4XJUA 3K39A 3H6JA 5H9PA 2C5DA 1G8WA 2EALA 3AJZA 4MYEA 4PF5A 1WLDA 4PBPA 4TZDA 4Y20B 4FOWA 2VK7A 5DUVA 1EUTA 2OUJA 4F83A 2WQZC 4YFWA 1YRZA 2ZMLA 2P3JA 1Z4XA 3D6EA 3VUOA 3WG1A 4CPOA 1ENSA 1JN2P 2ZGMA 4BMBA 4CPNA 1W6OA 2EF6A 4YGDA 5AVAA 4DQAA 2KM2A 5T50A 5H9QA 1IOAA 2AENA 4LBJA 1KRIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2C26A 4ZONA 3LA2A 4EWAA 3DR2A 1B9TA 3OGVA 2WFF3 3ZKYA 5LASA 5CAZA 5IATA 4B7NA 4XIKA 2KXLA 5CFCA 1OLRA 2VJXA 1MZFA 4WM8A 4YW3A 1QJU2 1JOJA 3VBSA 3W58A 1REFA 2LROA 5F6LB 5LWBA 2XZJA 4JV4A 3NSSA 3VDAA 4CEWA 1F15A 1H6XA 1NNCA 4N43C 5FO9B 3AL5A 3O1SA 2VY0A 4SLIA 1PZ8A 2Y6JA 3H7YA 3ZX7A 4JRAA 3SLIA 1GZWA 1S55A 1RHI1 5FY9A 4BHPA 1JW6A 2XJRA 2K46A 3NVCA 3AZWA 1NE6A 1QKQA 5EO8A 2BW8A 4YW5A 2DVGA 2QNKA 2YA8A 2IFWA 1DQ0A 1R1A1 1OD3A 1ALYA 2G9FA 5DDJ1 3AYDA 3AXDA 2ENRA 2UWCA 4Q4X3 4B7EA 2IC1A 2WNOA 5DG2A 4BH9A 2CGNA 3HNBM 3CKZA 5F3CA 5FUIA 2MPFA 1ZZ6A 1RUI2 4ITCA 1SLIA 3K3OA 3T1MA 2X09A 4KS4A 4YVWB 3H8RA 4LK6A 4PDWB 1UNBA 4CUAA 4PIXA 1HRV3 4XW3A 4CU6A 1OVPA 3KV5A 4MGTA 4CSDA 2HWB3 3ZN5A 4KNCA 3ZXJA 2QQVA 4KMQA 4L7BA 3T0BA 5CEHA 1NSBA 2XBO2 4XJAA 3EHKA 5FWEA 1CAWA 4U36A 1NMAN 4IESA 3I7DA 2HWE2 2QWIA 1UY3A 1HKDA 3K4AA 5FZOA 5LW9A 3T3YA 4XQDA 3ZFEB 1IKPA 2BDRA 1OFNA 1USXA 4TYSA 1FPN2 3CDZB 1DYPA 1N1YA 1EP0A 3FHAA 3WP3A 3ZKUA 5KHGA 1ULDA 1VBE3 4GH4B 4XUNA 1UWWA 4AVTA 1W39A 3AP5A 2VAQA 2A6XA 4P9JA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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