4XOGA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin and dana
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
660
structure length
660
Chain Sequence
LSISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
molecule keywords Sialidase B
total genus 193
structure length 660
sequence length 660
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xogA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xogA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xogA02
4HANA 1I3HA 4BQ1A 1V0ZA 2A6ZA 4QN6A 2V5YA 1WCQA 4WA4A 4WVWA 4MZEA 2Z42A 1QOTA 3QLQA 5HUGA 1N1YA 3OBTA 5BYNA 1ENQA 1B9VA 1OFSA 3D5OA 3DGTA 3W59A 4GZXA 1IOAA 1Y7BA 3SH3A 1DIWA 4Q27A 2R49A 2AREA 5GZEA 4ZXKA 4UW5A 1CESA 4MZAA 1O4YA 2PHFA 2F28A 1N3PA 1SLIA 4ATEA 2WQZC 1NCAN 1PZ8A 4GWNA 2YMZA 2NP0A 4LBOA 4J9TA 4XJAA 2A6VA 1LGNA 3T1LA 1ZM1A 2DU0A 2EIGA 4YW1A 4QN4A 1DILA 3VUOA 1DLLA 4HL0A 1DYKA 2HTUA 1AX0A 4GKXA 4FPFA 4FQ4A 3WG4A 5IK5A 2FMDA 1WLDA 1FATA 4PQ9A 1Q8OA 5HCFA 2OUHA 5KXCA 4GJTA 1QOOA 5CNAA 1IS3A 3AYCA 3ZSMA 2GDFA 2SIMA 3TIAA 1BYHA 4YM0A 2ZHKA 3ASIA 4MJUA 4M4UA 4FPYA 1IS5A 3LCPA 2YROA 2D6PA 4P9WA 2ZGRA 4XBQA 4ISQA 1BZWA 5JYYA 4BPZA 5KXEA 1AVBA 1BXHA 3AYAA 5GM0A 4M01A 4MWWA 2ZGKA 3V0BB 5H9PA 1G7YA 2VSKA 4WEGA 2G4IA 2GMEA 2A6WA 1C1LA 1IVFA 1L7HA 1Q8VA 3ZXEA 2JD4A 1GZCA 4Y1VA 2QWCA 4XXPA 1LOAA 4FPLA 2DVBA 4U36A 1UAIA 1CIWA 1YO8A 3OYWB 4CPYA 2W68A 1GYKA 1S0EA 4Y22B 5IK4A 3TB0A 3K37A 3CNAA 4KS4A 4LBLA 1GNZA 2QWDA 5CAZA 1C1FA 1HQLA 3LSEA 4XMAA 1LHVA 3K38A 4XHXA 2A3XA 1LGCA 2ERFA 4B7MA 2QWGA 1IVGA 2EXJA 1V3EA 2DYCA 2VVZA 4DGRA 4YGEA 2F25A 4R9BA 5T5JA 1LOEA 1HQWA 3UK9A 1Z78A 4M3CB 3B7EA 1N1SA 2ZMKA 3RMXA 3V0AB 2EXKA 3V0BA 2ZZJA 1CQ9A 1V6IA 1X50A 4XJ9A 1KDKA 4Q2FA 3AYEA 1NSCA 4R9AA 4GZSA 1NCCN 4GDIA 1GICA 3OJBA 3CL2A 4Q26A 3OYWA 4PBOA 2F0ZA 1S0CA 1NSDA 4FPEA 1MZ5A 3ZYPA 4GEZA 1GBGA 2A5ZA 1EUSA 1PZ7A 4KS5A 1F8CA 3LSDA 1IKQA 1C4RA 2XZJA 3W58A 1AXKA 2XB6C 3BODA 2HYKA 2NM1A 3AP9A 3ZSLA 2B8HA 2ZGMA 1DQ2A 1V6JA 1N47A 1LHNA 1EPWA 3AZXA 1AJKA 4MWVA 3OBRA 4M3CA 5CBLA 4FPHA 2W39A 4QN7A 2CWMA 2H0BA 2GALA 2P3JA 3V0AA 2ZA9A 1LTEA 4KS2A 2YA4A 3WHUA 1NSBA 1SCRA 2HT8A 4MC7A 4MYEA 4ASMB 1DFQA 1LOFC 2AH2A 1A4GA 1O4ZA 1LHWA 2AUYA 1JW6A 5CB7A 4PBPA 3FUQA 2SILA 2XCYA 5DZGA 5IK7A 2ZB5A 1CPMA 1AZDA 3UJQA 3WV6A 2QWHA 1KITA 2ZHMA 1NXD1 1QKQA 2OVUA 2DV9A 1F8BA 1ONAA 2CY6A 2W08A 2PHTA 2HT7A 2WLQA 3APBA 5EXOA 3D12A 4NC5A 3AZVA 3FLTA 1W0PA 4YG0A 2QWKA 1WUVA 1E8UA 1FAYA 2ZABA 5IUQA 1W6NA 3TICA 1S0FA 1F5FA 2E51A 3WCSA 4GA9A 3TI8A 3IMNA 1VLNA 3H0OA 5EWSA 4NOTA 2DVFA 2F27A 4XE9A 3JU4A 3A0KA 3TI4A 3WDTA 2JE9A 1Z4WA 1QNWA 5T5PA 3ZPYA 1LOFA 2P37A 5GLWA 2AEPA 4YZ4A 1G9FA 1PZ9A 5NN9A 1LODA 1A3KA 4K1IA 5HUMA 4AVSA 2YZ4A 3BOPA 1INVA 2W5NA 4LBNA 4H53A 1W6QB 2EALA 1RINA 1NMBN 3FLRA 1MZ6A 5DZFA 4BMEA 1V2IA 4CPZA 4Y1ZA 2ZGNA 4CTEA 2ZGPA 5KXBA 4K1JA 3CL0A 1WCSA 2VW2A 4MWUA 1SBEA 1NMCA 4GALA 3WHTA 3GVLA 1LCLA 5DG1A 3AX4A 3RSJA 4XTMA 1RITA 2ZMLA 5JLVA 1GKBA 4MWYA 3N36A 2HTQA 4M00A 2JJ6A 2VU9A 4FOVA 3WDWA 4MWLA 2F11A 2ENRA 3Q9OA 1GSLA 3SH5A 2F26A 3HMYA 1E8VA 1AXYA 4Y26A 1DHKB 2D44A 1V3CA 2D6MA 4YM1A 4BM8A 4Z8BA 2RKCA 3JU9A 4WVVA 1ULEA 2NYYA 1SBFA 1UKGA 1W6QA 4F83A 3ATGA 3SALA 1ULGA 3MW4A 4DPNA 3O12A 4WV8A 4XIKA 1LESA 2ZMNA 3N3HA 5JDBA 1VAMA 3T2TA 1LJ7A 3TAYA 1HKDA 2TEPA 5GZGA 1MWEA 3ZSJA 2ZHLA 4LBQB 4HZWA 1N3OA 1AX1A 1MS3A 2PHUA 2A6YA 1WBLA 4Y1YA 3USUB 3AFKA 4CPLA 4AVTA 3POWA 2UURA 3WG3A 1V6OA 3AP5A 1H30A 3O0WA 3GVKA 1RIRA 2R1DA 1E8TA 2VK7A 3N7MA 1F8EA 1FNYA 2C5DA 1V0FA 3OGGA 3K36A 2KM2A 4HZZA 1CVNA 2NN8A 3V65A 1UX6A 5B2CA 2DUQA 1IVEA 5GLVA 2CYFA 5E8AA 5SV8A 3MPPG 1LU2A 4MWJA 4XIOA 2BQPA 5H9RA 4M3CF 3RMYA 1USRA 3H6JA 4DRVA 1URXA 2P3KA 4XJQA 2D6KA 2CNAA 3MW3A 2LTNA 3O9JA 4L8QA 2PELA 2R16A 5M1ZA 2EXIA 2PHRA 2E6VA 4LBQA 2ZGTA 3SLIA 3PVNA 4Y24A 1LENA 3VKOA 4CPNA 1CJPA 3USUA 1DZQA 2EAKA 2XG3A 1QGLA 4LBJA 3SITA 4LBMA 3ZXFA 1V3DA 1JOJA 1QDCA 3ZXJA 5H9SA 4H52A 5DUUA 4K1HA 3AP4A 3BIWE 5FREA 3WNXA 4JRAA 2F13A 2ZAAA 2WSVA 1JUIA 3AZZA 4BLIA 1KJRA 2A75A 3M2MA 3GVJA 3IPVB 3N35A 3UL2A 2AEQA 1Z4XA 2ZB6A 1USXA 2GMPA 4B7QA 3WCRA 4XJUA 1ENRA 2HTYA 2CMLA 4M3MA 4YW4A 3ILNA 4DRRA 3MW2A 1W21A 2GNTA 5T5OA 2JDZA 2D6OX 4I30A 1V6NA 2SLIA 1TEIA 1AF9A 1INXA 3V64A 3D4KA 1LGBA 4QNPA 1J1TA 5DG2A 4MJVA 4GZQA 1FV2A 1W1XA 1V6MA 3BEQA 4P14A 4AGVA 1S0DA 4FPJA 1NCBN 2GMMA 4PF5A 2VK5A 3RQ0A 3WDYA 1IKPA 2DTYA 2DU1A 3NV3A 5L73A 5T54A 3IPVA 4Y22A 3O9KA 2D43A 2BZDA 3GNEA 1BJQA 1F31A 1IS6A 3TI3A 3OY8B 3I8TA 2R1BA 1AXZA 4WEFA 5EYXA 5GLTA 1W6PB 4Y20B 4XTPA 3TI5A 1YI7A 2YY1A 3M3EA 3PMEA 1SNTA 4X47A 3B00A 2E53A 1JYIA 5DUVA 3WUDA 5HUKA 3B3QE 3WDVA 2VUAA 2XZIA 4W65A 2F29A 1LOGA 2GNDA 4XJRA 4GZTA 3IM0A 4KS3A 1FYUA 1Q56A 3AJZA 4WZFA 3N7JA 4C1XA 2HU0A 3NV2A 1DQ1A 1SO7A 3FBYA 4Y1XA 4LBQD 2BATA 1JBCA 3W09A 2AGSA 3FLPA 2CWSA 4HZYA 1MR5A 4K1YA 4XZPA 2UU8A 3D11A 4FZHA 1LHOA 4YG6A 3GALA 1Z50A 1VCUA 4HZXA 3A0NA 1G9AA 1WW4A 4UW4A 2D3RA 3OY8A 4K3YA 2C9AA 2D3SA 1VCJA 1C57A 1W6PA 4Y20A 2CL2A 4YZ5A 1LEDA 1GZ9A 1GLHA 4D69A 2F12A 3AXEA 1Q8QA 3NV4A 4P9YA 2A6XA 2YA8A 1WD4A 2P34A 4XJ8A 1G86A 4K1ZA 2WKKA 2QWAA 1GZWB 1SLTA 2WJSA 2AR6A 1OQ1A 2A3YA 2VXRA 2YXSA 2I2SA 3QCWA 2D7FA 1W8NA 1CONA 2CTVA 4K20A 1W8OA 3AK0A 1V0EA 5HX0A 1AX2A 3VKMA 4B7NA 1XQNA 3ENRA 1GV9A 1MACA 4FVVA 1LULA 1LOCA 3A4UA 3RRDA 4CPOA 4QN3A 2W20A 5EYYA 2LALA 3BTAA 1W20A 2R0HA 5JOXA 2NMNA 7NN9A 2QWEA 2UWCA 3KQRA 4CPMA 3TI6A 2E7QA 5T50A 4B7RA 4AYUA 3FUOA 2DURA 2B7YA 1FNZA 4NCSA 3INAA 3IKWA 2VY0A 1VIWB 3H73A 1JXNA 4Q1PA 1DQ0A 3ZYRA 1SACA 1DQ4A 4KBBA 4B7JA 5T55A 2VSMA 4NN9A 1V00A 3POYA 4DS0A 4YGBA 1GZWA 5HCAA 5E88A 4Q6KA 3M3OA 1KJLA 4XBLA 5DZEA 1Q8PA 1CPNA 2ZBJA 2Q5TA 1FV3A 1WW7A 4DQAA 1JN2P 1QDOA 4X4AA 1KRIA 1QU0A 3IN9A 2QWIA 1YXWA 5AVAA 3AP6A 2RHPA 1S1AA 5GZCA 1YRZA 4DFSA 2JECA 4FOQA 3D6EA 4UW3A 2BERA 2F24A 4AGGA 5E89A 3RG0A 2DVAA 1LOBA 4C1WA 5HUNA 2DVGA 2F10A 1U0AA 1MS5A 3MEPA 4YFZA 4XOGA 1S0IA 2WT2A 2BF6A 1SBDA 1F8DA 2DUOA 2WT1A 2VWDA 1ZA4A 2V73A 4GKYA 3WG1A 4X6KA 1QMJA 3UJOA 1LEMA 2ZKNA 4D8SA 3SNMA 1VAVA 2WSUA 1YIFA 4GWMA 2VW1A 3ILRA 2SBAA 4ITCA 4FP2A 4X49A 4MWQA 2UWAA 1DGLA 4FPKA 5GLUA 4GZPA 2ARBA 1BJIA 2OW4A 4RL7A 3POSA 4YZ3A 2YA6A 4GZOA 4FOYA 1L7FA 4YGDA 1WLWA 4WA3A 2QWJA 3ZXLA 1DBNA 1UL9A 4OZXA 3M1HA 4XXAA 1NNCA 3O0VA 2QWBA 2W52A 1A4QA 1JYCA 3ZSKA 2YDPA 1UMZA 4JF7A 1EUTA 4MWRA 4FVKA 4MX0A 1A78A 1W6OB 1INHA 2HU4A 4YGCA 4FJ6A 1MVQA 1INWA 5LK5A 2A70A 2FHRA 1B9TA 2ZGSA 3N7KA 1S0GA 2DTWA 4YM3A 3K3AA 1XOGA 4GZWA 1F9KA 3L2YA 4YM2A 1MS1A 1DIMA 2NMOA 5KXDA 4BLJA 3WZ1A 5IT6A 3RS6A 5GLZA 2ZGOA 4M4VA 3SILA 2EF6A 4YFWA 2HTWA 5IK8A 4SLIA 4Y1UA 4FP3A 1CN1A 3T1MA 1FX5A 1BQPA 1DQ5A 3NWKA 1APNA 1G8WA 5GALA 1Q8SA 3ZVXA 1IVCA 4YG3A 1MS8A 1W6OA 4YZ1A 5T52A 1G9BA 1NCDN 4TYSA 2P3IA 3AYDA 1WBFA 1EURA 1DYPA 2D6LX 4JCKA 3AZWA 4HZVA 1KDMA 3ALWA 4FPCA 4FQZA 4BOWA 2R0FA 4BMBA 2WNEA 1INFA 3H71A 2D3PA 3CKZA 1S0JA 2QWFA 3WG2A 3VKFC 3HN1A 1ULFA 2ARXA 2HTRA 4FPOB 1V6KA 1NNAA 5B2DA 4QN5A 2ZHNA 4MWXA 3DUIA 3PJQA 2ZACA 4P9XA 5F5QA 4NO4A 5HCBA 1N1TA 3CYEA 1QF3A 3AZYA 1SLBA 4UF7A 1MS4A 1QOSA 1UZYA 1D2SA 1YYNA 1IS4A 5GZFA 2DWRA 1UPSA 3M3QA 4Q8LA 1MVEA 2A71A 1W6NB 2WT0A 2X9MA 4XBNA 3K39A 1Z4VA 3WDUA 1Z4ZA 1SLCA 3PVOA 3NV1A 1I1EA 3H72A 1WD3A 2GNBA 4AWDA 3AP7A 1ULCA 4PCRA 4LBKA 4HIZA 2VW0A 4KS1A 3NN9A 1L7GA 4R9DA 2PHXA 2GNMA 1Z4YA 5T5LA 5JOWA 1LU1A 2P2KA 3I4IA 3HR9A 1LECA 2C4LA 1H9PA 1SFYA 5JOYA 4UW6A 1A8DA 1GNHA 4ATFA 1WW5A 3WVJA 4XHBA 2PHWA 5GZDA 3N7LA 4H55A 3M3CA 2AYHA 1NNBA 3SANA 3WDXA 1XOEA 1ENSA 3PVEA 4XJZA 5CA6A 3ILFA 4JC1A 2OUJA 1SCSA 2ES3A 1W6MB 1SLLA 3TIBA 1HLCA 1AJOA 2HTVA 1V6LA 1V3BA 3AJYA 3R4UA 4I00A 4AVVA 1WW6A 4XYXA 5DUXA 4GXLA 1UN1A 1EUUA 3FFZA 4M3CE 1OKQA 4YZ2A 3O0XA 2W38A 1NN2A 5JMCA 4CZSA 3O5SA 2A3WA 4K1KA 2ZGLA 1WLCA 1DQ6A 2JE7A 3VV1A 4YLZA 2EXHA 2XZKA 1KQRA 3A72A 3T1EA 1W0OA 1NLSA 3INBA 2NZ9A 4FPGA 3WUCA 2AENA 1ULDA 4BBWA 1GANA 2GN3A 3U4XA 5DXDA 5H9QA 1NMAN 1MS9A 4M4NA 3B69A 3AXDA 3R4SA 4IQPA 4AGRA 1H9WA 4XDQA 1IVDA 4Q8KA 4K21A 4U2AA 1B9SA 2YDTA 4ZKTB 3WOGA 1B09A 1W6MA 3B01A 1HDKA 1INYA 1SLAA 2E7TA 2JKBA 1BKZA 1CR7A 1G9CA 2W5OA 3SISA 4Q1RA 2GN7A 2ZGQA 3JUUA 1MS0A 1R1ZA 3WLUA 3VKNA 5FRAA 4XMIA 4FOWA 2ZGUA 3A71A 4GB1A 4YW5A 1A14N 1N3QA 3ALXA 1G9DA 1Z0HA 5JOZA 5GJ6A 4XILA 4ISRA 4CRQA 3R05A 1IVBA 3VKLA 6NN9A 3OPZA 2YA5A 3NSSA 2DUPA 3C2UA 2D6NA 4R9CA 4RA0A 2YA7A 2A7AA 3KM5A 1JHNA 1D0HA 3SH4A 2HT5A 5F9TA 2DVDA 1INGA 2YV8A 4YW3A 4YW2A 1UZZA 4XJWA 1N1VA 1LHUA 4GDJA 2VK6A 3B9CA 5JVVA 5DUWA 2C4AA 1S0BA 2VH9A 3ZXKA 1QNYA 1VALA 2UWBA 4TZDA 4WA5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VZOA 2QWKA 2ORZA 4HANA 3U4SA 5FNSA 2JXAA 2D5HA 4XQ4A 1I3HA 3UGHA 4BQ1A 2H6BA 4Q5OA 1V0ZA 2IFWA 2WR9A 3FN9A 4NMIA 2A6ZA 4BB3A 4CCNA 4C0HA 4H7LA 4ZU5A 4QN6A 1TME2 2V5YA 1WCQA 4WA4A 4WVWA 4MZEA 2Z42A 2K9ZA 2KA3A 1QOTA 4A3XA 3K3NA 3QLQA 5HUGA 1POV3 2MNGA 2G9ZA 5FZFA 4QT6A 1N1YA 4EYUA 2FDFA 3SOVA 1FOD3 2J1EA 4DUVA 5LZ6A 1R64A 1E5IA 3GZUC 2XUEA 4YVSC 3OBTA 4DB5A 3RZGA 5FXWA 2HWB3 1QJY1 5BYNA 2JENA 2AACA 1Q3EA 1YNAA 2CDOA 5CKQA 2Q1MA 1ENQA 1WCKA 4AFDA 5M0TA 1B9VA 1OFSA 4WM7A 3D5OA 3DGTA 3W59A 4GZXA 5CU1A 3NQHA 1WA6X 4QMAA 1IOAA 1SFPA 3ALQA 3CJXA 5FY9A 1Y7BA 5HBAA 3SH3A 1DIWA 1YQ2A 1VRBA 1YCIA 2HKXA 2IWGB 2R49A 3J9SA 4N9HA 4Q27A 5E16A 4A6SA 5IHRA 5KWRA 1MPXA 1PX4A 2AREA 5GZEA 4W50A 4ZXKA 3IAPA 3OUJA 2VUCA 3MUY1 5EJ3A 1UOJA 1Q5OA 4UW5A 3KV9A 1CESA 4MZAA 5IVYA 1O4YA 1MQTA 5FPLA 2PHFA 1ZBA3 4IEYA 1I5PA 4MVTA 1N3PA 3SQOA 3S30A 1AR82 1SLIA 2F28A 4GIQA 4COYA 2BTVC 2PA7A 5FNUA 4OLLA 4ATEA 2IAUA 5FK7A 2WQZC 5FUNA 1PZ8A 4GWNA 2YMZA 2NP0A 2WQ8A 4W6WA 1NCAN 4LBOA 2R072 3UNPA 4J9TA 1VBC1 3VBHA 1NPEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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