4XOGA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin and dana
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
660
structure length
660
Chain Sequence
LSISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
total genus 193
structure length 660
sequence length 660
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xogA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xogA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xogA02
4XTMA 4QNPA 3T2TA 4UW5A 4YG6A 4AGVA 4DGRA 1S0DA 1WCSA 4KS1A 3WHTA 4NOTA 1W21A 2WSUA 4BMEA 3TIAA 4B7JA 2QWHA 2VWDA 4Z8BA 4KS4A 1G8WA 4CPLA 3AZZA 2OUHA 3UK9A 3NV1A 4QN4A 1GZ9A 4FJ6A 3K39A 3M3QA 4B7MA 3A72A 2GALA 1BZWA 1NNBA 4Q8KA 4Q8LA 4CPOA 4UW6A 3FUQA 1NLSA 3HN1A 3C2UA 1YO8A 1O4YA 2RKCA 1IS5A 3AYCA 2A71A 4U36A 3WOGA 1Y7BA 3H6JA 5H9SA 1VCJA 3MPPG 4PF5A 1OKQA 4M3MA 3H72A 1QMJA 1WD3A 5JOXA 1JN2P 2YA6A 3ZXKA 3ZXFA 2BQPA 1AX1A 4JF7A 3AP9A 1MS3A 1Z4VA 2W39A 1LOBA 2D6LX 2F0ZA 4YM0A 3R4UA 2VSKA 4QN3A 3WHUA 3WCSA 4W65A 1G9CA 2XZJA 4UW4A 4YG3A 1SACA 2D6KA 4FOVA 1ULFA 3SH3A 3CL0A 4FPJA 5CAZA 1N1TA 1MZ6A 4FP2A 2ARBA 1QDOA 2ZGOA 4HZWA 5FRAA 2QWGA 4K1IA 3NV4A 5HUKA 1LTEA 2OUJA 5EYYA 2HYKA 5CBLA 4BM8A 5B2DA 5IK5A 2WT1A 1LEMA 1CVNA 5GLZA 3TI3A 3D6EA 3WVJA 2VK5A 4PQ9A 4XJWA 2ZGSA 2D3PA 1E8VA 5DUWA 4BPZA 3W58A 4R9DA 2F26A 1W0PA 2SILA 1APNA 2EXIA 3BTAA 2CL2A 4GWNA 2B7YA 3RMYA 3NV2A 2VSMA 3USUB 4MWLA 3T1MA 3AJZA 1WLCA 5DZGA 4FOWA 3TI8A 2FMDA 1JUIA 3USUA 1TEIA 4QN5A 1A78A 3VKFC 1V3BA 1Z4XA 1W0OA 3N35A 1L7FA 3O5SA 2NP0A 4JRAA 4XBLA 1IS3A 4I30A 2EAKA 2EALA 1C4RA 1WBLA 2YROA 3B7EA 1NSDA 1A8DA 4XIKA 1INXA 1R1ZA 4GZWA 1N1VA 4WVVA 1V3DA 2W20A 4R9AA 3AP5A 4MWVA 2A3XA 1X50A 1DZQA 1GSLA 5EXOA 1LECA 2HTRA 3PVNA 2D6NA 2B8HA 1JW6A 5GZGA 1W20A 3POSA 2F27A 3ZXJA 2UU8A 1ZA4A 4BBWA 5KXDA 1NN2A 3D11A 2ZACA 4WA3A 1URXA 1KRIA 1IVEA 1H9PA 1XOEA 3WCRA 1KDMA 1Z4YA 2D3SA 1INYA 4M4UA 4K1YA 1V6NA 3PVOA 1E8UA 4XOGA 4DFSA 3WDYA 3SH4A 2BZDA 1V0FA 1ULCA 5KXEA 1KDKA 2PHTA 1UZYA 2CNAA 4H52A 2CYFA 3ZVXA 1B9VA 3TAYA 4ISQA 2XZIA 2R0FA 5HCAA 2NM1A 1BXHA 1AVBA 4J9TA 3DGTA 2YA4A 1SLAA 3AYEA 4YFWA 2QWKA 3AXEA 1S0CA 3RRDA 3WLUA 4FPKA 4LBQD 3I8TA 1LU2A 4AWDA 1V6LA 4XJUA 1AF9A 1NSCA 3GVLA 4XIOA 2W52A 4YW5A 4FVKA 3JUUA 4HZZA 4UF7A 4MC7A 4R9BA 3VV1A 4F83A 4MZAA 2UWAA 2AEQA 4UW3A 3W59A 1EPWA 1NCAN 2ZGQA 1JYCA 4Y1XA 1IVBA 1V6KA 2PELA 2Q5TA 2W5OA 1DQ4A 4YGBA 4NCSA 3AXDA 1YIFA 1VCUA 2JE7A 1BYHA 3O9JA 1USXA 4NN9A 3AFKA 1MS4A 5T52A 1V6OA 2NMNA 5T5OA 3PVEA 4FPEA 1WW4A 4Y20B 3SITA 2I2SA 5GZCA 3N7LA 2F29A 1V0ZA 2H0BA 5M1ZA 2UURA 3GALA 5IK8A 4Y20A 4BLJA 1YRZA 1DLLA 1GZWB 2E7QA 1MS9A 2PHWA 2QWAA 4YGEA 2EXJA 3ZSKA 3TIBA 4B7RA 4FVVA 4XBQA 3K37A 2GN7A 1GZWA 1CONA 3AK0A 2P3KA 2WKKA 1AJKA 1UAIA 5DG2A 2QWBA 5DUUA 2ZAAA 1F5FA 1GNZA 1LHNA 3ZXLA 3ENRA 1QKQA 1QF3A 1MS5A 2SIMA 1A4QA 3TICA 2P2KA 5F9TA 4ISRA 3ILNA 3V64A 2VW0A 2HTWA 2D7FA 3HMYA 1KJRA 4K1JA 1VLNA 3TI4A 4CTEA 5T5LA 2NYYA 1NMAN 3DUIA 5HUNA 1ONAA 4FPGA 2ZGRA 3LSEA 5GZDA 1W8NA 1OQ1A 4H55A 2DUPA 3WG3A 2AREA 1G9DA 2C4AA 1N3QA 2ZGMA 3APBA 5H9RA 1GNHA 4YM2A 1AJOA 2E51A 1SNTA 1NMCA 1SLBA 1DGLA 3ALXA 5DUVA 1W6PB 3RSJA 5L73A 5JLVA 4NC5A 2VY0A 3U4XA 3VKNA 2W5NA 1NMBN 4MX0A 2XCYA 4XILA 1W6PA 5IUQA 4LBMA 5GJ6A 3M3EA 2CTVA 3CNAA 4LBLA 1KITA 4FPYA 2QWDA 1MS8A 4Y1UA 1JOJA 3O0XA 4HL0A 2F12A 3AZWA 3UL2A 2HT5A 4XE9A 2GMEA 1GYKA 3WDXA 2ZHMA 3FFZA 2D6PA 2FHRA 1IVGA 1Z0HA 3B01A 4YGDA 4CZSA 3CKZA 4XJZA 4BMBA 1V6IA 1UPSA 1ENRA 4YW4A 4K20A 1KQRA 1S0FA 3SH5A 1ENQA 1D2SA 4MWWA 3MW3A 2E53A 1NNAA 5DZFA 4YG0A 1VIWB 2VW2A 5JDBA 4XJQA 4ITCA 2V5YA 5JVVA 2HTVA 1Q8OA 5SV8A 3AYDA 3M1HA 4OZXA 3N3HA 5LK5A 1SLTA 7NN9A 5AVAA 5CB7A 1DIWA 1DBNA 1ZM1A 3UJOA 3ILFA 3ZSJA 1DYKA 5HCFA 1MWEA 5GALA 1INVA 4D8SA 1SCSA 1QOOA 4HIZA 3A0KA 1WW5A 5DZEA 3PMEA 2AYHA 1LOGA 4YZ1A 4MWXA 5GLWA 1B09A 2A3WA 2ZABA 4DQAA 3KQRA 1PZ8A 1SBEA 4LBOA 4WA4A 1QOTA 5EWSA 4ZXKA 5HCBA 1LOAA 4K1HA 4X47A 4WEFA 4GJTA 5GLUA 1G9BA 4YZ4A 1JXNA 3V0AB 1IVCA 4GZSA 1LOCA 1S0JA 1W6NB 2DU1A 1LGBA 4P9YA 3FLPA 3POWA 3ALWA 2V73A 1V3EA 1IS6A 2DVDA 3V0AA 3ATGA 2C4LA 1W6NA 2E7TA 4Y1VA 4XJ9A 2WLQA 4AVSA 3B9CA 4PBPA 2ZKNA 1LHVA 1Z50A 4XBNA 1LHUA 2DURA 2ZGPA 1HQWA 2BF6A 1QOSA 2XZKA 2D43A 5NN9A 3A0NA 2WJSA 3OBRA 3WUCA 1A14N 3TI5A 4GKXA 3I4IA 2HU4A 3T1EA 2AGSA 5HUMA 1IKPA 3WZ1A 3TI6A 4Q27A 5T55A 1B9SA 1JBCA 5T5PA 2F10A 3QLQA 2D44A 1CQ9A 4FQ4A 5E8AA 1DIMA 2EXHA 1N1SA 3FLRA 4L8QA 2WNEA 1INFA 4SLIA 5KXCA 1GKBA 3INBA 2C9AA 4GEZA 1DFQA 4JCKA 1D0HA 4CPYA 4ATFA 5CNAA 2R1BA 3V65A 4FP3A 1S0BA 4C1XA 4M3CA 3OGGA 2DU0A 4RL7A 1LESA 4JC1A 2GMPA 2UWBA 4K1ZA 5KXBA 1GZCA 3A4UA 4K1KA 2DTYA 4FOQA 1JYIA 4X49A 1NCBN 3TB0A 2PHXA 1UKGA 1CR7A 1U0AA 1F31A 4FZHA 3FBYA 3D5OA 2D3RA 2VUAA 2AH2A 1DILA 3RMXA 4WV8A 3IM0A 2D6MA 4DPNA 3RQ0A 3NN9A 4QN7A 1IKQA 3GVKA 5GLVA 3SILA 3BODA 2VW1A 1JHNA 1HKDA 4Y26A 5IK7A 1MZ5A 1MR5A 4YM1A 2JKBA 3FLTA 4XJRA 2TEPA 2JECA 2YA8A 2AENA 1MS0A 4CRQA 3WUDA 4K21A 1W6OB 4ATEA 2DVBA 4FPLA 5FREA 4XZPA 1E8TA 1G9AA 3NSSA 1W6OA 2A6ZA 5JOWA 4HZYA 5H9QA 4GXLA 3R05A 2YDPA 1QGLA 1Z78A 2ERFA 5T54A 1WW7A 3R4SA 2P3JA 2HTUA 3AZVA 4LBKA 2R49A 2P3IA 2XG3A 3WG4A 3H73A 2F13A 1NCCN 3SISA 2GDFA 1H9WA 2VK7A 4M3CE 2QWJA 2RHPA 3AP4A 3O0WA 2CWMA 2JDZA 1EURA 4YLZA 2YY1A 2D6OX 2PHUA 3ASIA 1AXKA 3Q9OA 2ZGNA 6NN9A 3SALA 1BJIA 1C1FA 2ZMKA 4XTPA 1I1EA 1S1AA 1AX2A 3MW4A 3OY8B 1RINA 1F8CA 4Q26A 4I00A 4MJUA 2ZHKA 2P34A 1C57A 5IT6A 1INGA 5H9PA 1A4GA 2F25A 4MWYA 1HQLA 4YZ2A 1INWA 1CPNA 5EYXA 2VK6A 1RITA 3OY8A 3RS6A 4CPZA 2Z42A 1CJPA 1SO7A 2DV9A 5GM0A 2YXSA 1ENSA 3D12A 3WDTA 4PBOA 3O12A 1IS4A 2AR6A 2CY6A 3CYEA 4XHXA 3AYAA 1AX0A 1OFSA 4XDQA 4DS0A 4KBBA 5IK4A 4P9XA 2AEPA 2ZGLA 1CPMA 4XMAA 4HZVA 1V00A 4XYXA 2PHFA 3FUOA 4M00A 1YYNA 1S0IA 4FPCA 1EUUA 2EIGA 1FNZA 5HX0A 1UMZA 1WD4A 2VVZA 1IOAA 1WW6A 3SLIA 1N1YA 2ZMLA 1MVEA 4XHBA 1MVQA 4XJ8A 4WZFA 2HT8A 4XXAA 1NNCA 2DVGA 4AVTA 4DRRA 3IPVB 3GVJA 1LEDA 4Y1YA 3AX4A 4K3YA 1S0GA 4GDIA 2A6WA 2A70A 4Q1PA 4BQ1A 2ZA9A 3IN9A 3ZPYA 1G7YA 3NV3A 3IPVA 2C5DA 3JU4A 4YW3A 3SANA 4M4VA 1DQ2A 2GN3A 3POYA 3RG0A 1DQ5A 1S0EA 3BOPA 3AJYA 2R1DA 1BKZA 3PJQA 2OW4A 1FYUA 2HU0A 5HUGA 4YGCA 2A6XA 4BLIA 1LOEA 1W1XA 3INAA 1SLLA 1LODA 2ZHLA 4LBNA 1KJLA 2UWCA 4H53A 4Q2FA 1Z4WA 1UL9A 2GMMA 2DWRA 1GV9A 4U2AA 3AZXA 1V6MA 1SBFA 1LULA 4YW1A 1UX6A 1W6MB 3HR9A 1FAYA 3K3AA 4YZ3A 5GZFA 3IMNA 1LOFA 1BQPA 3O9KA 5CA6A 3N7KA 4TZDA 2LTNA 2VH9A 1DQ6A 3CL2A 1W6MA 1W8OA 1AZDA 1H30A 1GICA 4GZQA 5DG1A 2KM2A 1FV2A 4Y1ZA 1ULEA 2PHRA 1V6JA 1MACA 2W68A 2WT2A 2A7AA 4FPOB 3B3QE 3OPZA 3OYWB 2YDTA 1NCDN 4MYEA 1UN1A 4HZXA 1ULDA 3ZXEA 4ASMB 2X9MA 4Y24A 4AVVA 2NN8A 2ZZJA 4X6KA 3A71A 1YXWA 4YFZA 3H71A 1ULGA 2YZ4A 3OYWA 5JMCA 1XOGA 3ZSMA 2ZGKA 1DYPA 2SBAA 1NXD1 2DVFA 2WQZC 2QWCA 3IKWA 4XXPA 1DQ0A 1FX5A 1WCQA 1DHKB 3H0OA 3ZYRA 4X4AA 1LGNA 3JU9A 2BATA 1FV3A 4M3CF 2ES3A 1QNYA 2DTWA 2A6YA 4FPHA 1Z4ZA 4LBQB 3MW2A 3N7MA 5DXDA 1SLCA 2WSVA 2QWFA 4YW2A 1PZ9A 1XQNA 3KM5A 1HLCA 4Y22B 4LBQA 2YA5A 4XMIA 1MS1A 1GANA 1Q8VA 4M3CB 3WG2A 5JOZA 2F11A 3WDUA 1BJQA 5T50A 2ARXA 4Y22A 5GLTA 1QDCA 1HDKA 1EUTA 2VXRA 5BYNA 5B2CA 3WG1A 4WEGA 4FPFA 3BEQA 3D4KA 1L7GA 4QN6A 1B9TA 4MWJA 3NWKA 1G9FA 4MWQA 2F28A 1V0EA 2OVUA 3MEPA 5F5QA 1LJ7A 4PCRA 1J1TA 1LHOA 1A3KA 2W38A 3AP7A 1CN1A 2QWEA 2EXKA 3N7JA 1WLDA 2DUQA 4M01A 1IVDA 3N36A 1FATA 3WNXA 1N3OA 4GB1A 1Q8PA 2JJ6A 1SLIA 3LCPA 2YMZA 1SBDA 1FNYA 4KS3A 2GNDA 4LBJA 4B7NA 5T5JA 2G4IA 2GNMA 3WDWA 4KS2A 2VU9A 2XB6C 2CWSA 4KS5A 1IVFA 1W6QB 1QNWA 3L2YA 2AUYA 1WLWA 3B69A 3ZYPA 2R0HA 4GKYA 2GNBA 2QWIA 1LHWA 2ZB6A 1GBGA 4MJVA 5DUXA 4CPMA 1YI7A 4YZ5A 3W09A 4GALA 2YV8A 1QU0A 1W6QA 4ZKTB 4M4NA 3QCWA 4YM3A 4GZOA 4RA0A 4P9WA 1NSBA 4GZPA 1AXZA 5GZEA 4C1WA 4CPNA 4IQPA 1C1LA 1N47A 3VKOA 1AXYA 1VAVA 2F24A 4GWMA 4Q6KA 1V3CA 1N3PA 3M3CA 1LOFC 2R16A 3LSDA 3O0VA 2ZHNA 4D69A 2DYCA 3B00A 1LENA 2HTYA 1SCRA 2CMLA 4AYUA 1WUVA 2W08A 2ZGTA 5E88A 1F8DA 5JOYA 4WVWA 1F8BA 3K36A 5JYYA 1DQ1A 3AZYA 4GA9A 2GNTA 2NZ9A 1I3HA 4MWRA 4NO4A 1CIWA 3BIWE 4MWUA 1Q8QA 1LU1A 2E6VA 3K38A 3T1LA 1UZZA 2YA7A 2A75A 3GNEA 2HT7A 4B7QA 1Q56A 1SFYA 4GZTA 1PZ7A 1VAMA 2WT0A 3ZSLA 4BOWA 1O4ZA 2LALA 4FQZA 1INHA 2JE9A 3VUOA 1WBFA 2A5ZA 1F8EA 1F9KA 1V2IA 1Q8SA 2BERA 1CESA 4XJAA 4GDJA 1RIRA 2EF6A 2A3YA 4MZEA 1VALA 3VKMA 2ZMNA 2DVAA 1G86A 3VKLA 3OBTA 4FOYA 1GLHA 5E89A 4AGRA 3M2MA 2ZB5A 1EUSA 3AP6A 3V0BB 1LCLA 3WV6A 1L7HA 2DUOA 4GZXA 2ZBJA 2SLIA 2A6VA 2P37A 4R9CA 3V0BA 1USRA 2NMOA 3SNMA 2ENRA 2HTQA 4DRVA 2ZGUA 4Q1RA 4P14A 4TYSA 2JD4A 3M3OA 3OJBA 3ILRA 3UJQA 1LGCA 4WA5A 4HANA 3WDVA 4AGGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GAUA 5EFUA 2VOKA 4ARYA 4XTMA 3KGGA 4QNPA 3WNMA 1HB2A 3T2TA 1UX7A 4L92A 4NRQA 1NQDA 1TMF2 4F7ZA 1JYVA 4UW5A 4OQ8A 4YG6A 4AGVA 4DGRA 1S0DA 1ZBA2 1WCSA 2YFZA 1GUIA 3JBG2 4FT8A 4AQ6A 4KS1A 3WHTA 1X9PA 4GMP3 3JQWA 4NOTA 1W21A 4CEWC 2WSUA 3ACGA 1U12A 2HLEA 5E1RA 3VL8A 4BMEA 1VBC2 2VZUA 1DP0A 4P00B 4QPYA 1RUE3 3N9NA 5CEHA 2R072 3TIAA 2MNGA 4B7JA 1QH6A 2YHJA 2JENA 4CDUA 5FR3A 3BALA 4QKFA 2VMDA 4MX3A 4YNIA 2F4LA 2QWHA 4QXCA 1HXS2 1RUF3 5IW0A 2VWDA 4AI8A 4G4FA 2WUHA 4O9EA 1X7NA 3MDPA 3VDDA 1T6BX 4Z8BA 1G8WA 5CFCC 4KS4A 4IEYA 2OX0A 1VBD3 2WNOA 5FZEA 2Y38A 5F3EA 3VZKA 3KYAA 3G6JB 4P5YA 5IAXA 5JPMB 4CPLA 1X8MA 2F17A 3MV11 3AZZA 4IV3C 4RD7A 2OUHA 3UK9A 1VMJA 3NV1A 4QN4A 4PIXA 4I0WB 4LR4A 3QH6A 1O4TA 4IDZA 1GZ9A 1HRV2 2B45X 5JAXA 1F4AA 5B4NA 4FJ6A 3K39A 3M3QA 3WW2A 3A72A 4B7MA 3VZNA 2GALA 1RUI3 1BZWA 1NNBA 1QJU1 4GULA 1O5UA 1RUOA 4Q8KA 4Q8LA 4CPOA 3IBMA 1RUJ1 3ZN5A 1NOVA 4UW6A 2W3JA 3FUQA 3KF5A 4RHV2 1L7LA 1NLSA 2K2SA 1R082 5FZOB 1YFUA 4BQ4A 3HN1A 1ASJ2 5FMOS 2POOA 3C2UA 2QQPA 1RUC2 4BK4A 1N6EA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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