4XOGA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with optactin and dana
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
660
structure length
660
Chain Sequence
LSISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
total genus 193
structure length 660
sequence length 660
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xogA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xogA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xogA02
4M3CE 1WLWA 3HR9A 1MZ6A 1OQ1A 4MZEA 3FLTA 3H6JA 3UJOA 4J9TA 1SNTA 3IM0A 4TZDA 5F9TA 3BEQA 5JMCA 3A0KA 3WG4A 3V65A 2ZMLA 4Y22A 4MWJA 1KJRA 3ZXFA 4K1HA 3R4SA 5EYXA 1Q8SA 2R0FA 4BPZA 1DYPA 4H55A 1FV3A 1VIWB 4YZ5A 4X49A 2OUHA 3WDTA 3WDUA 4XYXA 5DUVA 5HUGA 2XB6C 4Y20B 2V73A 1NMAN 4XMIA 1GZWA 3ATGA 2AENA 2ZACA 1S0CA 2ERFA 4WEGA 1NSCA 2DVBA 5KXDA 1INFA 2GNDA 1ZA4A 1V3DA 3NWKA 1Q8QA 1W6MB 2WNEA 4DPNA 4FOQA 4FVKA 2A3WA 2GN3A 1CONA 2DUPA 2YROA 2PHUA 4LBJA 1APNA 4HL0A 4K21A 2SLIA 1W6PA 4FJ6A 4PQ9A 5CBLA 4SLIA 4XJRA 5HX0A 5CAZA 3ZSLA 4HZWA 3AK0A 1BZWA 2OW4A 1F8BA 4UF7A 3WV6A 2DURA 2DVFA 5HUKA 1LOEA 3AP7A 3VV1A 2HT5A 1DQ2A 1N1SA 4RA0A 3M3QA 2QWEA 1LHVA 2F28A 1H30A 1LEDA 2NZ9A 1KDKA 1LHOA 1QF3A 1MZ5A 2DUOA 1NNAA 2HU4A 1W1XA 3DGTA 4GWMA 1N47A 3ZSMA 1DQ4A 5DUUA 4Y1UA 3K36A 3N7MA 3RMYA 1HDKA 1H9WA 2GDFA 2NMNA 1NCAN 1IKQA 3ZXKA 4Q6KA 5DXDA 1LENA 3AYAA 3FLPA 5GLZA 1CESA 1Z4VA 4R9BA 4Y24A 1QGLA 3QCWA 2FMDA 4CRQA 2PELA 4FPLA 1G9AA 2EF6A 4WA5A 2ZGSA 5JVVA 3IPVB 1O4YA 3VUOA 1S0JA 5GZEA 2XZKA 1ULFA 4MJUA 4U2AA 3AZWA 3QLQA 4PCRA 2F13A 4XILA 1AJKA 2HTUA 3ZYRA 1MS0A 4FPKA 3WG2A 4GKYA 2YA5A 1CN1A 3NSSA 1FATA 1C1FA 4AGRA 3HMYA 1RITA 1UX6A 1AXKA 1Z4YA 1LU1A 2A7AA 3W09A 2GALA 2ZKNA 3WLUA 2HU0A 3OYWB 3A72A 2D44A 2WQZC 5DUWA 4QN3A 1FNZA 2A6VA 2YA7A 4HZYA 2UWCA 4WEFA 3POWA 4XIKA 3OBTA 1MACA 2HTQA 1SFYA 4YM1A 4I00A 3WDYA 3AX4A 5M1ZA 2ZGMA 4YFZA 1LOFC 3GVKA 3B9CA 1MS8A 3ENRA 1ENRA 3B7EA 1W0OA 1DIMA 3INBA 2ZABA 1GICA 2DV9A 2NYYA 3H73A 4K1ZA 1V6JA 1N1TA 1UL9A 1Z4ZA 1WW6A 2F10A 4WVWA 5EXOA 4UW3A 2H0BA 4M3CB 5FRAA 2P3KA 3D12A 3O9JA 1JXNA 3GALA 2TEPA 4FP3A 1V6OA 3KQRA 1QMJA 3ALXA 1L7HA 5DG1A 5KXCA 2QWGA 2X9MA 4PBOA 4Y1YA 1S0FA 3H72A 1F8CA 1LGBA 1N1VA 3WDVA 1L7GA 4XBLA 4NN9A 2ZHLA 3VKFC 4M3CA 1IVEA 3VKLA 4QNPA 4YGBA 2JE7A 2LALA 1A78A 4GZXA 3O9KA 3N7KA 4AVTA 1CVNA 2Z42A 2A3XA 4FQZA 4YGDA 5HUMA 3RS6A 1QDOA 1CIWA 3N3HA 1J1TA 2C4LA 4Y26A 2AEPA 1NCDN 1V6MA 3SALA 3RQ0A 2DVGA 3ZPYA 2ZGTA 1LHWA 2ZAAA 2I2SA 3NV3A 1G9BA 4YG6A 1WD4A 1BJIA 1F9KA 2AGSA 3AJYA 4C1WA 1SLLA 1EUTA 5IK7A 1ENSA 4GZQA 1G8WA 2AUYA 3O0VA 3SLIA 4U36A 4JRAA 3WZ1A 1Q56A 2NMOA 4BQ1A 4UW6A 1Z4XA 1S0IA 3SANA 1B9SA 4GWNA 1AVBA 3TI3A 2HTWA 3AP9A 3M1HA 5IT6A 2D6LX 1NNBA 1YO8A 2DU1A 4MWLA 1V3BA 1JN2P 4ATEA 5B2CA 4YG3A 1GBGA 2A6WA 2QWIA 1LU2A 4LBKA 1SCRA 2GMPA 5JYYA 4DQAA 5DUXA 5KXEA 4B7QA 1QOSA 4R9CA 4LBQB 3OY8A 4MWUA 1DQ1A 3D11A 2GMEA 4XXAA 4M4VA 5JOWA 3AYEA 2OUJA 1E8UA 3CL0A 1JYIA 5FREA 2WT2A 1NMCA 1QNYA 1WLCA 2VK6A 3UK9A 4MWYA 1ZM1A 1EPWA 1PZ7A 4K1IA 2PHWA 1LJ7A 4MWQA 4P9XA 1SLAA 2YA8A 1F8EA 1MVQA 4FZHA 1SO7A 2A70A 3SITA 5B2DA 2UU8A 4MYEA 4C1XA 3V64A 5T5JA 1QNWA 1SACA 4K3YA 4AYUA 1NCCN 3LSDA 3BOPA 3TAYA 4ISRA 3FUQA 2VW2A 2UWAA 4XJQA 4Y22B 2P34A 1VALA 1INYA 3UL2A 4DRRA 1SBDA 3ZXJA 4GEZA 3ZSKA 1OFSA 2CWMA 1G9DA 5EYYA 2XG3A 5IK8A 2BQPA 3RMXA 1USRA 1SBFA 1LODA 5T50A 4MWXA 1GSLA 3AZXA 2D3RA 1GZWB 1UAIA 1INHA 1IVFA 3JU4A 4FPEA 1B9VA 2WT1A 1A3KA 5JOZA 2GN7A 1LOBA 1HQLA 1DIWA 1V0ZA 2AEQA 1Z0HA 4P14A 3GNEA 2AYHA 3LSEA 2ZGLA 3T1MA 1IS3A 5CNAA 4DGRA 2A6ZA 1NXD1 1W6PB 4XDQA 2DUQA 3INAA 1N3QA 1LHUA 3PVNA 3M3EA 4CPLA 3DUIA 2F27A 1UN1A 4FOVA 4PF5A 1EURA 2A5ZA 1JHNA 3SH5A 1U0AA 4GKXA 3LCPA 2VWDA 3N35A 2VH9A 2P37A 2PHXA 1SLBA 1AXYA 4X4AA 5KXBA 4M3MA 4BMEA 4B7NA 1LGNA 1NSDA 2EXHA 2GNTA 2SIMA 3POYA 2QWCA 2ARBA 2D6OX 1MR5A 1N3PA 3IN9A 4AVSA 1Q8OA 4YZ1A 5H9PA 1V6KA 1V0EA 4YW1A 2CL2A 4XJAA 3PMEA 2ZMNA 2UURA 1INVA 3WCSA 1F31A 1IVGA 3T1LA 4YZ2A 4JF7A 4BBWA 4GALA 1W0PA 1LECA 4YM3A 2P3JA 4YG0A 4FPHA 2YY1A 1W8OA 3CL2A 4R9AA 1HKDA 3OBRA 1YXWA 3PVEA 3N7JA 3W59A 5E88A 1IS6A 1GNHA 2AREA 2VSKA 2WT0A 4CZSA 4K1YA 3C2UA 1FAYA 4LBQD 2HT7A 4MWWA 2R1BA 4BLIA 2YDPA 1AXZA 2W20A 1A8DA 2EXKA 2W68A 4XJ8A 4GZPA 1CPMA 4MZAA 3WUCA 1VCJA 5DZFA 2WLQA 5DZEA 5GLWA 3M3CA 3OPZA 4YGEA 2VUAA 1KITA 3ZXLA 3POSA 1LTEA 5DG2A 4H52A 2W5NA 4WA3A 4FPYA 2R1DA 2ZB5A 4HIZA 3L2YA 1E8VA 1USXA 4YW3A 1QKQA 2GNMA 3AFKA 3W58A 2RKCA 2UWBA 3B00A 5JLVA 3JUUA 3JU9A 3ILRA 1N1YA 1B9TA 2G4IA 4Q2FA 2VK5A 4QN6A 1WW7A 1AX1A 2EAKA 3WG1A 4GJTA 1QDCA 1JW6A 1AX2A 3H0OA 1MS1A 4P9YA 3UJQA 5H9SA 2YV8A 3R05A 2F24A 1Z4WA 4NC5A 4AGVA 2ZMKA 1YI7A 3AP5A 4YZ3A 4FPFA 3TI6A 4FQ4A 3AZZA 3USUA 3VKOA 2QWFA 4XHXA 3AXEA 2VW1A 4R9DA 4M00A 4YGCA 4JCKA 1EUUA 1NN2A 3ZXEA 4MX0A 4ZKTB 1G9CA 1Q8VA 4HZXA 2VY0A 1UPSA 4XJ9A 1V3CA 2A71A 5HCAA 3AJZA 3NV2A 4TYSA 2C9AA 4XBQA 2AH2A 5F5QA 4H53A 1DHKB 1HLCA 2W52A 2F25A 4YM0A 3K37A 3B01A 1DILA 5CB7A 1JUIA 1FX5A 1W8NA 1LESA 1GANA 2YXSA 3SNMA 1WLDA 1CQ9A 5BYNA 4UW5A 3T1EA 1MS9A 3WCRA 1C57A 5H9RA 1V6IA 3Q9OA 1MS4A 2CYFA 3BIWE 2ZGPA 2WJSA 3U4XA 4XBNA 1MS5A 5T5OA 1JBCA 3WDWA 1IS5A 4KS4A 1V6NA 4GZWA 4XZPA 1MVEA 2D6KA 4M01A 1ULDA 1WD3A 4Y1XA 4NCSA 2EALA 1C1LA 2A75A 4GDJA 1KDMA 2D3SA 1S0BA 5AVAA 5GALA 1D0HA 2QWDA 3ZVXA 4M4UA 4FOWA 3A0NA 3TI4A 4GZOA 1Q8PA 4YW4A 1LOAA 1IVCA 1SCSA 2W08A 1LULA 4YFWA 2EXJA 2DTWA 4DS0A 2C5DA 2C4AA 1W6OB 2R16A 4HZZA 4B7MA 1INXA 1LCLA 1UKGA 2JD4A 1S1AA 1I3HA 2DVDA 4XIOA 2Q5TA 2ENRA 3FFZA 1MWEA 3OY8B 3TB0A 1CJPA 5JOYA 1INGA 1S0GA 2F11A 2CY6A 4Q8LA 1WW4A 4P9WA 3RSJA 1CR7A 1W6OA 4L8QA 3WHTA 2HTYA 4Y1VA 1LOGA 1UZZA 5L73A 1W6QA 2DU0A 4GZTA 1QOOA 1VCUA 3V0AA 3D5OA 1V3EA 1XOGA 5HUNA 1GKBA 2HTVA 1DGLA 5IK5A 1BKZA 4XJZA 1FYUA 1DQ0A 4Q8KA 3AYDA 2BATA 4W65A 1F8DA 1ULCA 5T52A 1ULEA 1C4RA 1DZQA 2HYKA 3NN9A 4QN7A 1DYKA 2R0HA 2CNAA 3AZYA 2GNBA 3KM5A 4YZ4A 4ZXKA 7NN9A 4QN4A 3TIAA 5GLVA 4YLZA 3HN1A 3K3AA 3WDXA 1LOCA 1BJQA 5SV8A 2ZB6A 2JECA 2PHTA 1JOJA 1IVBA 2ZGUA 3B69A 5LK5A 4I30A 4YM2A 5CA6A 5GLUA 4RL7A 4WVVA 4Q1PA 2LTNA 2EXIA 4IQPA 3AXDA 2JE9A 3GVLA 4Q26A 1SBEA 2YZ4A 1AX0A 4GXLA 4B7RA 4XHBA 4BM8A 1PZ8A 3A71A 3PVOA 3O0XA 2OVUA 4XJUA 3AP6A 4LBNA 4OZXA 1BXHA 4FVVA 2ARXA 4YW2A 3ASIA 5GJ6A 2XZJA 1B09A 3GVJA 1KRIA 1WCSA 1S0EA 4LBLA 4XE9A 1F5FA 1VAMA 3WG3A 3OJBA 3I4IA 3A4UA 1SLCA 1S0DA 2SILA 2P2KA 1R1ZA 4B7JA 1O4ZA 4LBOA 4GDIA 3RG0A 4MWVA 1H9PA 2A6YA 4CPYA 2VU9A 4AVVA 1MS3A 1SLTA 2B7YA 1LEMA 4WA4A 2W39A 2KM2A 2CWSA 4AWDA 3APBA 4Z8BA 5GM0A 4Y20A 1WCQA 2VVZA 3IMNA 1WW5A 3TIBA 5GZFA 3WHUA 3SH4A 1INWA 4XMAA 4Q1RA 5DZGA 2D3PA 1LHNA 1W6MA 2E6VA 4XOGA 2ZBJA 5E89A 3V0BB 4HZVA 1CPNA 2XCYA 1YIFA 3MPPG 2QWJA 5T5PA 1A4QA 1FV2A 2D6MA 4K1KA 1EUSA 1G9FA 4DRVA 3WVJA 1GLHA 4BOWA 3MEPA 1OKQA 2E51A 1AZDA 4GB1A 3V0BA 4X47A 2VXRA 4HANA 4ATFA 1RIRA 2DVAA 5JDBA 2DWRA 1DLLA 4CPZA 2D6PA 2F26A 2SBAA 4NO4A 1WUVA 2BF6A 5T54A 1ENQA 5GLTA 4NOTA 4FPGA 5HCFA 1Y7BA 1ONAA 2PHRA 1G7YA 4GZSA 1NLSA 1GZCA 5IUQA 4BLJA 1IKPA 3BTAA 3MW2A 3T2TA 3D4KA 1IVDA 3K39A 3ILNA 1PZ9A 3R4UA 2ZHNA 3CKZA 1W21A 2QWAA 3VKNA 1NNCA 1RINA 1DBNA 3M2MA 5GZCA 3USUB 1HQWA 2QWKA 1G86A 1W6NB 4GA9A 1E8TA 3IPVA 1URXA 3RRDA 2ZHKA 1KQRA 2D6NA 1UZYA 2EIGA 4WZFA 2YDTA 5E8AA 1BYHA 2W5OA 4K1JA 4XTMA 3ZYPA 1X50A 2WSUA 3WOGA 2P3IA 1W6NA 3B3QE 4Q27A 4YW5A 4M4NA 4CPOA 4AGGA 1VAVA 3AP4A 3OYWA 4XTPA 1I1EA 2CTVA 2FHRA 4LBMA 2ZGOA 1N3OA 3NV4A 3WUDA 1IS4A 2ZHMA 2A3YA 2WKKA 3SILA 3NV1A 2ZA9A 2E7QA 2PHFA 1ULGA 2R49A 1WBFA 2NN8A 2ZGQA 1V0FA 3D6EA 1QOTA 1LOFA 1YYNA 3ILFA 2A6XA 1GZ9A 3SISA 4FOYA 3MW3A 1KJLA 1WBLA 2ZGKA 4JC1A 4F83A 4FP2A 5EWSA 4KS1A 2BERA 3K38A 3SH3A 1NCBN 3M3OA 4XXPA 3PJQA 4KS5A 3OGGA 2D7FA 1A4GA 5JOXA 3AYCA 2ES3A 2ZZJA 1XOEA 2GMMA 2NP0A 3FBYA 1Z50A 4ASMB 5NN9A 2W38A 2F12A 4MJVA 3IKWA 1D2SA 3TI8A 2WSVA 2BZDA 1VLNA 4D69A 2HT8A 6NN9A 1V00A 4XJWA 1A14N 3O5SA 1Z78A 1XQNA 4FPOB 3AZVA 2XZIA 4FPCA 4ISQA 3TICA 1DQ5A 5HCBA 4X6KA 2HTRA 3TI5A 1LGCA 4KS3A 1GV9A 1SLIA 1JYCA 2VK7A 1V6LA 4ITCA 4K20A 4FPJA 2E53A 1NMBN 1W6QB 4DFSA 3WNXA 2NM1A 3V0AB 1DQ6A 2RHPA 4KBBA 5GZGA 2DTYA 3ZSJA 3MW4A 4PBPA 1GNZA 1AJOA 2QWHA 1AF9A 1UMZA 2JKBA 2DYCA 2V5YA 2F0ZA 1L7FA 3O0WA 3ALWA 4M3CF 4CTEA 3N36A 4CPMA 4CPNA 4D8SA 2AR6A 1QU0A 3CNAA 4WV8A 4KS2A 4QN5A 2YMZA 3N7LA 2E7TA 1TEIA 1V2IA 2F29A 1FNYA 2B8HA 2D43A 5GZDA 4BMBA 4MWRA 2VW0A 1DFQA 3H71A 2YA6A 1W20A 4Y1ZA 2ZGNA 2QWBA 3FLRA 1BQPA 4UW4A 1IOAA 5H9QA 1YRZA 5T55A 4LBQA 3I8TA 2VSMA 1NSBA 3VKMA 3BODA 2JDZA 2CMLA 2ZGRA 1GYKA 4MC7A 2JJ6A 3FUOA 2YA4A 5IK4A 5T5LA 3CYEA 3O12A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4M3CE 1HB1A 4TTGA 1ND3B 2W2IA 1QJX2 1WLWA 4NIIA 4R4XA 4BQWA 1GNYA 3HR9A 4EWEA 3ZXDA 3LEMA 1ND3C 3THDA 3AL6A 1MZ6A 3K4DA 1OQ1A 3ES1A 3ZN4A 5KC5A 4UYBA 4MZEA 5CU1A 1ZZ6A 3FLTA 4L0PA 4HVOA 2Y6GA 1HIXA 2FCVA 3VZLA 3CL1A 1VBC1 1C8M3 4EROA 3H6JA 4YARA 3UJOA 2FDHA 5FP7A 1VE0A 4J9TA 4M4UA 4FXGB 4B1MA 3ZFFA 4ET7A 4ZU7A 1SNTA 4INDA 3LWCA 3C3VA 3IM0A 3RPQA 4C0BA 5L7OA 5F9TA 4TZDA 3VHOA 5FOBB 2I45A 2WOZA 3BEQA 1WZXA 5JMCA 2OQ7A 5FY9A 4K3YA 3A0KA 4E4SA 3WG4A 4GMP3 3V65A 2ZMLA 2WWUA 4Y22A 5FPAA 2R32A 3PUQA 1KJRA 3ZXFA 4MWJA 4GH4B 3NVCA 5FZBA 5A3OA 1VB4A 2RDQA 4QX2A 4K1HA 4D6SA 4AR2A 2MHFA 3O4PA 4GH4C 3R4SA 1QJY1 2R043 3JBG2 3OEBA 5EYXA 1ZBA2 1C3HA 3BTXA 1WA6X 1S18A 1E5HA 4IL7A 5JAXA 1Q8SA 1WP5A 2R0FA 1NE6A 2OX0A 2Y38A 3LEIA 4Z92B 4BPZA 2JDNA 2Q30A 3WQBA 1JZ3A 1DYPA 4H55A 5FBJA 1NA1B 4DEVA 1FV3A 1VIWB 2QQNA 3N9QA 5FR3A 4YZ5A 1NA1C 2XWJB 3JQWA 4X49A 1XYNA 4P9GA 3GBFA 3S57A 2OUHA 4RGKA 3WDTA 2VNGA 3WDUA 4QQ2A 4XYXA 2XGXA 1VAKA 5DUVA 5HUGA 1COV1 2XB6C 2J7MA 4Y20B 2VVDA 2NPIA 2Q4SA 4CU9A 2V73A 2XR4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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