4XYXA

Nanb plus optactamide
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
660
structure length
660
Chain Sequence
SPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLTKLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Sialidase B
total genus 200
structure length 660
sequence length 660
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-02-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xyxA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xyxA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xyxA02
4Y20B 4Q8KA 4XBNA 4FQZA 2PHFA 3M3EA 1AX2A 3TI6A 1GYKA 4YG0A 1ENSA 4ASMB 3RG0A 4CZSA 1Z0HA 1IVDA 3D11A 4NO4A 2VW1A 2A3YA 5DUVA 1SLIA 2AR6A 4UF7A 2GNMA 5T55A 4WA3A 1CPMA 2OUHA 2A6YA 1SLAA 4YG6A 1H9WA 2P3KA 1QDOA 1FV2A 3RQ0A 1W6NA 4M01A 1BKZA 4R9DA 2FMDA 3OYWA 3WDXA 4R9AA 1BYHA 3HN1A 4XOGA 2AEQA 3H6JA 3D4KA 1PZ8A 1MVQA 1V3BA 4M4UA 1SLBA 4Q26A 2UWCA 1DGLA 3AZVA 5CNAA 3WUCA 1B9TA 1RINA 3FBYA 4FP2A 2ZGPA 2HTQA 2KM2A 1G86A 4YZ1A 4XXAA 1NNBA 5JMCA 2PHRA 3VKFC 2ZGNA 4AVVA 1BXHA 2XCYA 3O5SA 2PHWA 1G9CA 1LOCA 2GDFA 2ZHKA 3LSEA 3ZSMA 1A14N 1JW6A 4UW6A 2PHXA 3WCRA 3AP6A 1IVBA 2WKKA 4NOTA 4KS1A 4XDQA 1MACA 2WSUA 1UPSA 4BBWA 3CNAA 1N3OA 2QWBA 4Y1VA 1N3QA 3B7EA 4XJZA 4ISRA 3USUA 4Q1RA 3A0KA 1L7FA 5IK7A 4U2AA 4CPLA 1OQ1A 3ZXLA 1Q8PA 4FPJA 1KDKA 1QOTA 2DVDA 4Y24A 1ULGA 5HUNA 1GSLA 4GKYA 3TIAA 2EXJA 2W5OA 2CWSA 1MS3A 3OGGA 4LBQD 1DYPA 3ZPYA 1DFQA 4WEGA 2EXIA 2JKBA 2OUJA 1CVNA 1IS6A 1AX1A 3N7LA 2F12A 4CPOA 4TZDA 2F10A 3M1HA 3IPVB 2R0HA 3WNXA 2NMNA 4YLZA 3ZVXA 1SLCA 5M1ZA 3AZXA 3AZYA 5LK5A 4DPNA 1UMZA 4DS0A 2VXRA 3O9JA 5KXEA 2D3RA 1DQ5A 2HTUA 1F8EA 1NCAN 3ILRA 4MWVA 3OPZA 4AWDA 2GMPA 4FOVA 3WOGA 1SBEA 4HANA 4CRQA 2JD4A 5DZFA 1IVGA 3K3AA 2CYFA 5JOZA 3JU9A 3N35A 2CMLA 4RA0A 2D6OX 1G9FA 3AP7A 1B09A 3AP5A 3VV1A 5AVAA 2WQZC 1ENRA 2Z42A 4OZXA 4XJRA 3PMEA 4HZWA 2FHRA 2SLIA 4D69A 5GZCA 4LBNA 2E7TA 4TYSA 1V6KA 3ZXEA 2R49A 2D7FA 2UWBA 4FVVA 2VSKA 4WZFA 2W5NA 2DUPA 2EAKA 3TI8A 3H0OA 3B3QE 4P9WA 3W58A 1INFA 5HUKA 4XE9A 4Y26A 1QGLA 5IK5A 4FPFA 3D6EA 1V6OA 3PVNA 1W20A 3SH4A 4M4NA 1D2SA 2VY0A 1USXA 1EPWA 4WEFA 4GKXA 3WDUA 2LTNA 1LJ7A 3WHTA 4M00A 2ZGTA 5CBLA 2ERFA 4AGGA 2CL2A 3WG1A 2I2SA 3T1MA 4GZXA 1VALA 3AJZA 2AEPA 4YZ5A 5JDBA 3NV3A 6NN9A 4MYEA 4DRRA 4M3CE 2W52A 1CJPA 1MS0A 1CN1A 1V6LA 4B7NA 4I30A 5HUMA 2ZHLA 5DZGA 1DQ2A 3AJYA 3O0VA 2F11A 1LECA 3AK0A 1WD3A 3NV2A 2HTVA 3UJOA 4GZTA 4AVTA 1O4YA 2XG3A 3T1LA 1W6QA 2YDTA 1CESA 4K1KA 1V0EA 3SILA 3AZWA 4GA9A 1F8DA 4NN9A 5JOYA 4GZQA 4MJUA 2DU1A 4XJAA 4GZSA 1SFYA 3NV4A 4XILA 3N3HA 4CPMA 2P37A 3WHUA 2VK7A 1A4QA 3N7KA 1DIMA 2VSMA 3O0XA 4GXLA 4UW3A 2VVZA 2ZGUA 1C1LA 3TI5A 1UN1A 4MWJA 1NMBN 1A8DA 3PVOA 3QLQA 1DQ6A 1DYKA 4GB1A 4GJTA 2VK6A 1WBLA 5GLUA 4BOWA 5T50A 1GV9A 2WT0A 3SLIA 3ZSJA 3ALWA 5HUGA 1A78A 5GZGA 1EUTA 5HCBA 2HT7A 4XJQA 5IUQA 3ZSKA 2HT8A 4XTMA 1Q56A 3H73A 4D8SA 3TAYA 5DUXA 4XMAA 1AXZA 2VH9A 1FYUA 1F8BA 3OY8B 1LHWA 2EF6A 1Q8QA 3K38A 2A6ZA 1LEDA 1Y7BA 1IVEA 4YZ2A 1W6OA 1EUUA 3AYDA 2XZJA 4MJVA 2GN3A 3AXEA 1MVEA 2JE9A 2UU8A 1V6MA 4AYUA 4FOYA 4XXPA 2A70A 3RRDA 3AX4A 1ZM1A 3FUOA 3FFZA 4FP3A 4GZWA 2WJSA 1USRA 5F5QA 3N7MA 3C2UA 1L7GA 3SNMA 1HQLA 2ZMNA 4QN5A 4FPYA 4XYXA 4GZPA 4YFWA 1GICA 1ONAA 1CIWA 4ZKTB 5DG2A 3V0BB 2UURA 3NV1A 3POYA 3N7JA 4CPZA 1JHNA 4XTPA 5CA6A 1QMJA 3SANA 4FQ4A 1IS4A 1LOEA 3ZYPA 4Q8LA 3BOPA 2HU0A 3O0WA 1N1YA 2YV8A 4J9TA 1DQ0A 3WDWA 2P3IA 4I00A 4QN6A 1OFSA 4YW1A 3ZXJA 2NP0A 4XJUA 2V5YA 4Z8BA 4HZVA 2VK5A 2RHPA 4FPOB 5JYYA 1V3DA 5B2DA 1I3HA 3PJQA 4CPYA 1AF9A 1AZDA 1ULDA 5GLZA 1UKGA 1QOSA 1LHVA 3SISA 4GWMA 5GLWA 4BQ1A 1QNYA 2DURA 2QWDA 4K1IA 2R0FA 1LTEA 3TIBA 5DXDA 4XHBA 2GNBA 1WW5A 3ENRA 1MWEA 4MWRA 4NC5A 2NM1A 1G7YA 4HZXA 2PELA 2GALA 4XMIA 4M3MA 5NN9A 4MC7A 2XZIA 3RMXA 2ZHMA 2A6WA 1DBNA 1JN2P 4K3YA 1Z4ZA 2F27A 1AXYA 2DUQA 3T1EA 1SBFA 4H53A 1SCRA 4ATEA 5GM0A 1DLLA 4MWYA 4SLIA 4XJWA 4M3CA 4WV8A 5DUWA 1PZ9A 5E88A 3WG2A 3K36A 1W8OA 1MS5A 1LGBA 2P34A 3VUOA 1W6MB 2A5ZA 4HZZA 3WV6A 2AYHA 4WVVA 5DG1A 3I4IA 4B7RA 1NCDN 3M3CA 1NMCA 2DYCA 2ZMLA 4MZEA 1OKQA 3GNEA 4FPGA 4JC1A 4YZ3A 1F5FA 2NZ9A 1A4GA 2D6PA 2QWGA 1APNA 1LOBA 4R9BA 4ITCA 4K1HA 2TEPA 3RMYA 1INWA 5FREA 1V6NA 3OBRA 4Y1ZA 2GMMA 2XB6C 4PQ9A 3DGTA 4KS2A 4AVSA 2E7QA 2E51A 4U36A 4FPEA 4LBLA 3O12A 2VWDA 1YI7A 5CB7A 2ZGOA 3B9CA 2B7YA 2V73A 1VIWB 3WDVA 2YROA 4KS3A 3D12A 1R1ZA 2CTVA 4X4AA 1WUVA 4YG3A 3LCPA 3M3QA 1S0IA 2GN7A 1KITA 1QF3A 1DHKB 3SH5A 5F9TA 5JLVA 2JDZA 4XIOA 1XQNA 2CWMA 5JVVA 3V0BA 3WDYA 4FPKA 1UAIA 1DQ4A 1V0ZA 3VKOA 5FRAA 4Y20A 4MWXA 1CPNA 5GJ6A 1AX0A 2AH2A 1BQPA 2ZGQA 2YY1A 2QWKA 4YFZA 1NSBA 3INAA 2WLQA 1W0PA 1RITA 2HYKA 2DV9A 2JE7A 2W68A 2ZMKA 2OVUA 5IK8A 4UW4A 3TB0A 4GWNA 1GZWB 2F24A 3NN9A 3IMNA 2OW4A 2C4LA 4GALA 2H0BA 1ULCA 3A4UA 5BYNA 3OJBA 1WCSA 5JOXA 1JXNA 2ENRA 1S0BA 2QWIA 5HCFA 2F29A 4MWQA 4Y22B 1GZ9A 3SITA 5EWSA 2HU4A 5B2CA 2SBAA 3ZXKA 3MW3A 3V65A 3FLTA 1FX5A 3KQRA 2X9MA 2YDPA 2ZGLA 3T2TA 1INXA 4P9XA 1F31A 3K39A 4Q1PA 3U4XA 1KRIA 2HT5A 1N1VA 3ATGA 3HMYA 1IS3A 5GALA 1B9SA 3OBTA 1YXWA 4WA5A 2B8HA 1V2IA 2NMOA 4MZAA 2EXHA 2GNTA 4DGRA 1S0FA 5HX0A 1YO8A 1W6NB 3ZYRA 4FVKA 4WA4A 1AJOA 2BERA 3OYWB 4H55A 4QNPA 3WZ1A 1W6MA 2ARBA 1IVFA 4Q27A 1DILA 1V00A 4Q6KA 1E8VA 2ZGRA 3M3OA 2ZACA 5DZEA 3WCSA 3IN9A 4FZHA 1LODA 1ENQA 1UZZA 1U0AA 3UK9A 5T5PA 1LHOA 4GDIA 1HKDA 2BQPA 1JYIA 2ZBJA 2DVGA 2F0ZA 3QCWA 1AJKA 1HLCA 5EYYA 5HCAA 2GMEA 4YW4A 3WVJA 1G9DA 4KS5A 2HTYA 2QWEA 1ULEA 4YM1A 3VKNA 1W1XA 3IPVA 3CL0A 3V64A 3JU4A 3W59A 1F9KA 1NSDA 2WT2A 1UX6A 1WD4A 1C1FA 4YGBA 3CKZA 5EYXA 2D6MA 4ZXKA 3USUB 1INGA 1QOOA 2AREA 5H9PA 3IM0A 3POWA 2YA5A 3GALA 1D0HA 3MEPA 1Z4VA 4PCRA 4QN4A 2ZKNA 3B01A 2AENA 3BTAA 4DQAA 4PBOA 1Z50A 1CQ9A 1L7HA 4YW3A 4C1XA 1SLLA 2DVFA 3IKWA 2DVBA 3ILNA 3GVJA 2YA4A 3AZZA 4MWWA 4CPNA 4JRAA 1JUIA 1GZWA 3CYEA 1YYNA 3ILFA 5L73A 4BLJA 1LOFA 2WT1A 2A3XA 5H9SA 2VU9A 4QN7A 4LBKA 2PHUA 1GZCA 1Q8OA 3ZSLA 1VCUA 2ZB6A 4HL0A 4K20A 4YM0A 4BLIA 3AFKA 3TICA 3I8TA 3MPPG 4P9YA 4P14A 3BODA 3WUDA 2R1BA 1MZ5A 1EURA 1A3KA 2YA8A 1NMAN 3TI4A 2QWJA 1CR7A 4HIZA 4XBQA 4ISQA 1X50A 4X49A 1LESA 4Y1YA 4YM2A 4C1WA 2HTRA 1MS9A 1WW6A 3TI3A 2QWFA 3WG3A 1TEIA 2VW0A 2G4IA 4R9CA 1S0DA 2E6VA 1SNTA 3V0AB 5T5LA 1GLHA 3GVKA 4K1YA 3VKMA 2DWRA 1W0OA 1WBFA 1VAMA 4CTEA 4K1ZA 1YIFA 2ARXA 5CAZA 3NWKA 1LULA 2C5DA 2EIGA 4GZOA 4X6KA 5JOWA 1URXA 1G9BA 4JCKA 3A72A 3KM5A 5SV8A 1INVA 1LCLA 2ZA9A 1FNZA 2BF6A 3D5OA 4XZPA 1Q8SA 2DVAA 3H71A 2BATA 2WNEA 4LBJA 2DUOA 2YA7A 3BIWE 1LGCA 2D43A 2W20A 1NN2A 2NYYA 1W21A 4LBQB 4HZYA 1J1TA 2VUAA 4MWLA 3R05A 1DIWA 5H9RA 1FNYA 2VW2A 2JJ6A 1BJQA 2ZZJA 4XJ8A 1E8UA 1GKBA 1Z4WA 3UL2A 3FLRA 1IVCA 1W6QB 2A6VA 1QNWA 2UWAA 5IT6A 4GEZA 3M2MA 1GNHA 1WW4A 1GANA 3GVLA 1NNAA 4K1JA 1G9AA 2F28A 2ES3A 3O9KA 2BZDA 1NXD1 3OY8A 4FPLA 1GNZA 3R4UA 2D3SA 2EXKA 3B00A 3ZXFA 5T54A 2D6LX 4M3CF 2ZAAA 1I1EA 1VAVA 1LOAA 4B7MA 1WW7A 1V3CA 4W65A 1W8NA 1NCBN 1N1SA 2A3WA 2AUYA 1F8CA 2R16A 4FPHA 1W6PB 3A71A 3Q9OA 1NSCA 4YW2A 1KJRA 2YA6A 1NLSA 7NN9A 1SCSA 4B7QA 1LEMA 1G8WA 2F26A 1S0JA 2E53A 1S1AA 2DTYA 4WVWA 1AXKA 1BZWA 5T52A 4BMBA 4Y1UA 3A0NA 1JYCA 1LGNA 3N36A 4RL7A 3INBA 3FUQA 2DTWA 1N1TA 2YMZA 1V6JA 4Y1XA 4F83A 2C9AA 1RIRA 4MX0A 1UZYA 2F13A 3ASIA 5GZFA 2WSVA 4YGEA 1FATA 1W6OB 4FOWA 2AGSA 2EALA 1Z4XA 4YW5A 1QU0A 4QN3A 1ULFA 1JBCA 4B7JA 4NCSA 4YZ4A 4XBLA 2QWHA 1MR5A 4UW5A 1LHUA 1V6IA 4YM3A 1LU1A 1SBDA 1WLCA 3AYCA 3AP9A 1INYA 2YZ4A 5H9QA 2NN8A 5T5OA 2W38A 1IOAA 2PHTA 3V0AA 1INHA 2R1DA 2CY6A 2ZGSA 4Q2FA 1VCJA 3AXDA 1AVBA 2YXSA 3R4SA 4BPZA 2ZGKA 4PBPA 1XOEA 1XOGA 1HQWA 3FLPA 1KJLA 3MW2A 5EXOA 5GLVA 5GZDA 1IKPA 3NSSA 5E8AA 3APBA 1LOFC 2DU0A 2SILA 3L2YA 1V0FA 2CNAA 2D6KA 2SIMA 2RKCA 2D44A 4M4VA 1MZ6A 1H30A 4LBMA 3RS6A 1S0EA 2F25A 5DUUA 2A7AA 4LBQA 2W08A 1Z4YA 4DFSA 3AP4A 3POSA 2GNDA 3AYAA 5GLTA 4KS4A 4FOQA 4GDJA 1GBGA 1IKQA 2XZKA 1BJIA 2ZHNA 1JOJA 4XIKA 1PZ7A 3H72A 3WLUA 1FAYA 2QWAA 3WDTA 3BEQA 4KBBA 1S0GA 2A71A 4H52A 1C57A 1LOGA 4XJ9A 1SLTA 4PF5A 4JF7A 3W09A 3CL2A 2W39A 4L8QA 2QWCA 4X47A 3RSJA 1MS8A 4YGCA 4M3CB 5IK4A 1V3EA 1DZQA 3DUIA 3PVEA 5KXDA 2D6NA 1WLWA 1W6PA 2P2KA 3B69A 4DRVA 5KXBA 4AGRA 1S0CA 1N3PA 3K37A 3WG4A 1CONA 1FV3A 1KDMA 2C4AA 5KXCA 2LALA 4FJ6A 4XHXA 1HDKA 1ZA4A 1LENA 3LSDA 4AGVA 3ALXA 2JECA 4BMEA 3HR9A 2P3JA 3JUUA 1WLDA 2ZABA 4BM8A 1MS1A 1O4ZA 3UJQA 5T5JA 1NNCA 1N47A 1QKQA 4IQPA 1NCCN 1YRZA 1Z78A 3MW4A 1MS4A 5E89A 4MWUA 5GZEA 1E8TA 2Q5TA 1UL9A 2ZB5A 1WCQA 3SH3A 3AYEA 3SALA 1C4RA 1KQRA 1QDCA 2HTWA 2ZGMA 1LHNA 2D3PA 2A6XA 4LBOA 4Y22A 4ATFA 4FPCA 1Q8VA 1LU2A 1B9VA 2A75A 1EUSA 1H9PA 1SACA 4K21A 1IS5A 1DQ1A 4YGDA 1SO7A 3VKLA 1VLNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Y20B 4QX2A 4CCKA 1ZA7A 1AR93 2J1VA 1RUG1 3RZMA 3ON7A 3C3VA 4Q8KA 2VZPA 3KV9A 4XBNA 4Y5SA 4FQZA 1OH3A 2PHFA 3M3EA 1QXPA 1YQ5A 1AX2A 5FLJA 3TI6A 3U0SA 4AQ6A 1R083 3FHAA 3LKJA 1GYKA 4YG0A 3IAXA 2WQ4A 3VL9A 1ENSA 1H2MA 4ASMB 2CGOA 5CKQA 1RHI1 5LEKA 2IZWA 4TLFA 5SV5A 5DDJ3 3Q8EA 5J98B 3RG0A 4CZSA 1Z0HA 3L6VA 2R043 1IVDA 3D11A 4NO4A 2GH8A 5CADA 4ZY9A 2WO3A 2VW1A 2A3YA 3BALA 4JGZB 5DUVA 2QJVA 2EIBA 3ZFGA 3AB0A 1SLIA 2AR6A 1YQCA 2CAUA 4IQKA 3I2HA 4UF7A 3OPTA 2YB7A 3OUHA 5LATA 4O5SA 2GNMA 5T55A 4X6RB 4WA3A 1T6GC 1CPMA 2OUHA 4KH9A 2A6YA 1SLAA 3AFGA 5CFDA 4LUKA 1H9WA 4OMCA 4YG6A 2P3KA 2WO7A 1QDOA 1BK0A 1FV2A 5CG8A 3RQ0A 2YU1A 5DQ0A 4AHWA 1W6NA 4AW7A 4TN7A 3EMRA 4M01A 5AFEA 2ZJCA 3OOXA 1BKZA 5FLHA 3SCGA 4R9DA 1NX9A 1RUH1 2JICA 2FMDA 3PLQA 4AI2A 4OUSA 4ZHNA 2Y26A 3OYWA 4TWTA 3U10A 4R9AA 3WDXA 1BYHA 1AHSA 3USSA 3C7EA 2AZ5A 3GZTB 1AL23 2GC0A 1W06A 3HN1A 3KCCA 4XOGA 4QB6A 4JTNA 2AEQA 4NPRA 1DGRN 1OVPA 5FUPA 3H6JA 3J8F2 3D4KA 4FT8A 3S2KA 1BMV2 1RMU1 3I2IA 1ASJ3 3BU0A 1PZ8A 1MVQA 4RS5A 4N90A 1V3BA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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