4YW1A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, complex with neu5ac and neu5ac2en following soaking with 3'sl
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Neuraminidase C
total genus 196
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yw1A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yw1A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yw1A02
1V00A 1FYUA 5KXCA 1AJKA 3AP9A 1V0EA 5T5PA 1IS3A 2AGSA 3ZYRA 4ISQA 4CZSA 2XG3A 2BZDA 3WZ1A 2F27A 1G8WA 2PHXA 2A70A 4Q8KA 1V0FA 3JU4A 5F9TA 4I30A 1LHNA 2P37A 3M2MA 3SNMA 4YW3A 4YW1A 4XJ9A 2DVAA 2YMZA 1INYA 2D3SA 1LOAA 4YG0A 1GZCA 5LK5A 1JN2P 3V0AB 4ITCA 1DIMA 1A8DA 2DURA 1A14N 1LHOA 2ERFA 4GZTA 1O4YA 4ZXKA 2VSMA 4NCSA 1RINA 1E8TA 1USXA 1GYKA 2YA6A 1VIWB 3ZVXA 2GMMA 4WVWA 5F5QA 3GNEA 3LCPA 1IS6A 1G9AA 3FUOA 1MZ6A 2WT0A 5GZGA 3V64A 3M3QA 2X9MA 1SLAA 4K1YA 3WDTA 1N3QA 1CIWA 3MEPA 4Y1XA 1GICA 3OY8A 3D12A 1CJPA 5GM0A 3BEQA 3AJZA 2ZGOA 1R1ZA 5T54A 4QN6A 3D4KA 5HCAA 3WUDA 5DUVA 5DZGA 1GZWA 1WCQA 5JOZA 1L7HA 2Q5TA 4GXLA 1HKDA 3CKZA 4BPZA 2AYHA 2JE7A 1W0OA 5GZCA 4AVVA 2P2KA 3SISA 4LBOA 4AYUA 4YGDA 1GLHA 2WQZC 3O5SA 4JCKA 5T5JA 1PZ9A 4RA0A 1D0HA 4M4UA 1INVA 4X6KA 3FFZA 1UPSA 4M3MA 4FVVA 4JC1A 4RL7A 2NM1A 1NN2A 1BZWA 4GZWA 5CA6A 4MZAA 4MWRA 3WDVA 1WUVA 2UURA 4MWVA 3HR9A 3RMYA 4QN3A 3O0WA 1BQPA 3HMYA 2AREA 3WNXA 3TIBA 3N7MA 3OBRA 2WSVA 4WVVA 1ENRA 2ZGTA 1X50A 3GVJA 5DZFA 2OUHA 2D6KA 1ULDA 2F24A 3B01A 3TIAA 1GZ9A 4WA3A 5KXDA 3MW3A 1BJIA 1AX1A 3N7JA 3QLQA 2QWDA 4CPMA 3N7LA 1SLIA 4WA4A 1YRZA 1G7YA 2GALA 5JYYA 3W09A 1WLWA 5KXBA 3CL0A 4DRRA 2EAKA 1QNYA 3U4XA 4J9TA 1QMJA 3SH5A 2F11A 2DU1A 2DVDA 4XXPA 3A0KA 1QDOA 2ZMLA 5GLZA 4AGVA 4DQAA 4MJVA 2ZGMA 2PHFA 2EXIA 3ZXKA 4DGRA 3GALA 1H9PA 5EYXA 1LU1A 2GDFA 1DQ1A 4FPEA 5DZEA 2GMEA 4DFSA 3SILA 4UW4A 2VU9A 4B7NA 4Y1UA 2JKBA 4M3CF 1UL9A 2HTWA 2HT5A 2YV8A 3TI6A 4XJUA 1W0PA 4FPFA 4P9XA 3AZVA 3B00A 1N3PA 1HQLA 4Q27A 4WV8A 2D6MA 3V0BB 2ZGQA 5GLWA 3AP4A 1MVQA 4AGGA 4BBWA 4OZXA 1DQ4A 1A4GA 4HZZA 3CNAA 1MVEA 4GJTA 4QN4A 5JOYA 3BODA 3SITA 3K3AA 4WA5A 4CPZA 2D43A 4YGCA 3LSEA 5GALA 1LTEA 1V6NA 2D3RA 3RG0A 3Q9OA 5HCFA 2CMLA 1VALA 1CESA 1IVDA 2A6VA 1W6OB 1V0ZA 1F8BA 1Z4YA 2D7FA 2PELA 1W1XA 1EPWA 1DYPA 2W39A 1E8UA 4Y1ZA 4DPNA 1D2SA 5H9PA 4X4AA 2SLIA 5NN9A 4NO4A 3A0NA 5EXOA 1MZ5A 1IKPA 1Y7BA 1IVGA 3DUIA 1DIWA 2EXKA 1RITA 4R9AA 2VUAA 3WDYA 2EXJA 2ZHMA 1MS5A 3AP6A 1IKQA 4P9YA 2Z42A 1MS9A 2ZMNA 2G4IA 1QU0A 1VLNA 3AX4A 1GANA 2C9AA 5CB7A 1INFA 2W52A 4YFWA 2YA5A 2A75A 3A72A 3ASIA 1LHWA 4ATEA 2ZZJA 4MJUA 4FPLA 4CPLA 3VUOA 2D44A 1LOFA 4AVTA 3WCSA 4M4NA 1EURA 1V6OA 1N1TA 2QWBA 2P34A 4P14A 1LEMA 4MZEA 2BATA 3O0VA 4Y22B 2YXSA 4GZSA 2D6NA 1B9SA 4GALA 1DILA 2BF6A 1FNYA 2EIGA 4PF5A 1SBDA 3M3OA 3H0OA 3WDXA 1LOGA 1W6PA 2OUJA 2A6YA 4GEZA 2AH2A 1GBGA 3OYWB 4KS5A 1NCBN 1KJLA 2ZB5A 4K1ZA 1WLCA 1FNZA 2NMOA 4ISRA 5B2DA 3TI5A 2EALA 1B09A 1N1SA 3VV1A 3ILNA 2FHRA 3O0XA 1SLBA 5BYNA 1W6MB 1YYNA 1WD3A 2DUPA 2XCYA 3FLPA 2YA7A 4GZQA 2AR6A 3LSDA 5HCBA 1G9DA 3SALA 2W20A 4YZ3A 5JVVA 4QN7A 2ZABA 1URXA 3AYDA 5GLVA 1APNA 2NYYA 1LEDA 4QN5A 1LOCA 2V5YA 2HTQA 2WT2A 3ZXFA 4AWDA 1B9VA 1IVCA 2CL2A 4HL0A 4MYEA 1WW4A 4X49A 2DTYA 4YLZA 1XQNA 2F26A 3K39A 2WLQA 1ULFA 2ARBA 2NMNA 3NWKA 4B7RA 4Y20B 1LJ7A 3AFKA 1ULEA 1WD4A 1NSBA 1N1YA 2QWKA 3T1LA 4I00A 2B7YA 2NP0A 3ILFA 3GVLA 1WW7A 2A6XA 3ZXLA 4XDQA 1WBLA 2QWAA 2AENA 1USRA 3INAA 1DFQA 1J1TA 2DU0A 1VCJA 4XXAA 1SBEA 1XOEA 2UWBA 4XHBA 1WBFA 4KS1A 3BIWE 4MWLA 3DGTA 4ATFA 1MWEA 3A4UA 4HANA 2HTYA 1DYKA 1W8OA 1INHA 2HTRA 2SBAA 2F13A 5JOXA 3RMXA 4FPKA 3WLUA 1S0DA 1YI7A 2V73A 2A7AA 3R4SA 3BOPA 3AXEA 5M1ZA 5IK7A 2A3YA 1Z4ZA 2D3PA 4BM8A 1MS0A 2VW0A 1H9WA 1CQ9A 2F25A 4M3CB 1NLSA 4WEFA 3OPZA 4TZDA 5HUKA 3V0AA 3TI8A 3FUQA 1LECA 1VAMA 2H0BA 4YFZA 1SLLA 4YM3A 3TI4A 2WT1A 4X47A 3AYEA 2DYCA 4YG6A 4B7QA 4ZKTB 1OQ1A 1ENQA 1C4RA 1Q8VA 5FREA 1IS4A 1W6QB 4YZ1A 3ZSJA 2W5OA 3SANA 1WCSA 1A4QA 2QWCA 3B3QE 4Y24A 1LOEA 2DTWA 2E6VA 3W58A 4XJZA 4FVKA 4MWJA 3KQRA 4GKXA 2P3JA 2GN7A 1LHUA 3O9JA 1LGBA 1IVFA 4MWYA 1ULGA 1NNCA 1G9CA 4FOQA 1VAVA 3SLIA 4UW6A 2VK5A 3A71A 5CNAA 2CWSA 1NCDN 1A78A 1EUTA 1FV3A 1DZQA 4HZVA 3APBA 4XJWA 1WLDA 3WHTA 4MWWA 1NMAN 4R9DA 1HLCA 1W8NA 1QNWA 4LBQB 2R0HA 4GKYA 2ARXA 3TI3A 3HN1A 1HQWA 1QDCA 4LBKA 4IQPA 1Z4WA 3C2UA 4Q26A 1IVEA 1NCAN 3SH3A 1UN1A 5IUQA 2F10A 3ILRA 4YGBA 5CBLA 4FZHA 5T5LA 4LBMA 2ZGRA 3AJYA 3H72A 5T52A 4NC5A 4DS0A 2YA8A 4XTPA 4DRVA 5IK4A 4CPYA 2R0FA 4K1KA 3TAYA 3AXDA 3T2TA 3MW4A 1JHNA 4FOVA 1PZ7A 5H9QA 1W6NB 2WKKA 4PBOA 4XZPA 3WUCA 5E8AA 5IT6A 3AP5A 4MWUA 4JF7A 4MWXA 4FQ4A 2W68A 1F5FA 3USUB 4FPJA 2P3IA 4XJAA 2DVBA 1DQ2A 3PMEA 3POSA 4CRQA 2C4LA 2OW4A 3NV4A 3H73A 1AXYA 4CTEA 1S0CA 1JXNA 1NSDA 4XBLA 2W5NA 2BERA 4Q2FA 1QKQA 2JDZA 3RQ0A 3RS6A 1YIFA 2SILA 2B8HA 1C1LA 2YY1A 4HIZA 3T1MA 1CONA 1LGCA 2ZHKA 2E51A 1KRIA 4XTMA 4XMIA 4H55A 4P9WA 2W08A 4XJQA 1GNHA 1LCLA 4R9CA 3OJBA 5EWSA 1N47A 2GNMA 4PBPA 2VK6A 3N7KA 3T1EA 5L73A 2YDTA 4Q1RA 1RIRA 3O12A 3ZSMA 3H6JA 1NMCA 2VSKA 3IPVB 2KM2A 1JBCA 4BQ1A 3V0BA 2VY0A 3CYEA 5SV8A 1ENSA 1Q56A 4K3YA 4FPHA 5AVAA 3UL2A 1NSCA 4W65A 2QWEA 4YZ2A 3AZXA 1MACA 1WW6A 3INBA 2F28A 5JDBA 2AEPA 2ZGPA 3AK0A 4HZXA 1S1AA 2XZIA 4AVSA 1S0FA 1V3BA 3OGGA 1G9BA 1W6OA 5T50A 1V3CA 5GLUA 4UW5A 1QOSA 2A71A 5H9SA 1NCCN 4XIKA 1F9KA 2YZ4A 1I3HA 3I8TA 3WCRA 3BTAA 1QF3A 5GZDA 2XZKA 4YM1A 1V6LA 1DBNA 3B9CA 4BLIA 2NZ9A 3I4IA 1YO8A 4Q1PA 3GVKA 1QOOA 3WDWA 2DV9A 2A6WA 1OFSA 3MPPG 4NN9A 3N3HA 4LBNA 2I2SA 4MX0A 5B2CA 1INWA 1F8DA 3K37A 1B9TA 4H53A 3RRDA 1E8VA 4FOYA 4K1HA 2A3XA 3SH4A 6NN9A 1IS5A 4FPGA 2WSUA 2PHTA 1L7GA 5JOWA 3IMNA 4H52A 1GKBA 4M4VA 2ZBJA 4XYXA 3PJQA 3NV3A 2E7TA 2HTVA 4XBNA 1DQ6A 3JU9A 4GZXA 5HUMA 2CY6A 4FP3A 1V6IA 1KQRA 3R4UA 3WG3A 1SFYA 3AYAA 1I1EA 5KXEA 3OY8B 2YDPA 2YA4A 4Y22A 2BQPA 4CPOA 3VKFC 4FJ6A 1G9FA 1YXWA 2DUQA 4QNPA 1GZWB 1KITA 3VKOA 4ASMB 3W59A 4XJ8A 1JOJA 1LESA 2VWDA 1SLCA 3NV1A 1IOAA 4K20A 4BOWA 4K1JA 4Q6KA 1EUUA 1SACA 2A3WA 2ZGSA 2DWRA 2VXRA 5DG2A 3OYWA 5H9RA 2F29A 1OKQA 3NV2A 2ENRA 2RKCA 1AX0A 1N3OA 5DG1A 1S0GA 3ZSLA 2ZGLA 3WDUA 3AP7A 1XOGA 2A5ZA 1C57A 4YW5A 3ZYPA 4FPYA 4KS4A 5HUNA 2CTVA 3N36A 4MWQA 1SO7A 1W6MA 1UKGA 1AXKA 1LOBA 2RHPA 5GZEA 1LODA 4NOTA 1UZYA 1S0IA 2ZHLA 3K38A 1U0AA 1FX5A 4FP2A 2GMPA 2WNEA 1A3KA 1S0EA 5FRAA 4GDJA 5HUGA 2D6OX 2CNAA 1MS3A 1LOFC 5GZFA 4SLIA 1NNBA 4YZ4A 1Z50A 1MS1A 1FAYA 4R9BA 3WOGA 4FPCA 3PVEA 3FLTA 5HX0A 4AGRA 2SIMA 4PQ9A 2HTUA 1NMBN 1DQ0A 4YM0A 5T55A 5CAZA 4K1IA 2C4AA 3ATGA 4YZ5A 1LENA 5DXDA 1Q8QA 2AUYA 1UMZA 1BJQA 2HT8A 4FQZA 4Y20A 2PHRA 3B7EA 2OVUA 1NXD1 3V65A 1LULA 3D6EA 2QWJA 4GZPA 2LALA 5GJ6A 1TEIA 4GDIA 1Z4VA 3IN9A 3N35A 1Q8OA 1AVBA 1ONAA 1MR5A 4XJRA 2HYKA 3D5OA 2E53A 2R1BA 4L8QA 2R16A 3CL2A 2JJ6A 5IK5A 5T5OA 4Y1YA 1F8EA 1JYCA 1ZM1A 1V3EA 3VKMA 1ULCA 3IM0A 2C5DA 1F31A 2ZACA 2GNDA 1CN1A 4B7JA 3KM5A 1SCSA 4XBQA 2CYFA 4GWNA 4B7MA 2F0ZA 1F8CA 1G86A 2QWIA 1V6MA 1SNTA 4D8SA 4GA9A 1V3DA 1QOTA 4XILA 4GB1A 1H30A 4XE9A 2VW1A 2YROA 1LHVA 4YM2A 4XIOA 3ZXJA 2ZMKA 5DUWA 4M3CA 2ZHNA 5JMCA 4PCRA 2DVFA 2EF6A 4LBQD 4M3CE 4HZWA 2DUOA 3WG1A 1CPNA 1MS8A 3TB0A 3PVOA 1S0BA 2F12A 3VKNA 4XOGA 2HU0A 1BXHA 3QCWA 2ZGUA 2QWGA 1NNAA 1Q8PA 3B69A 3TICA 5JLVA 1W6QA 3WG2A 4Z8BA 5E89A 1LGNA 1AZDA 2VH9A 3UJOA 1MS4A 1CR7A 4JRAA 4YW4A 2TEPA 2E7QA 1AX2A 3M3CA 3H71A 4TYSA 4Y26A 2P3KA 2R1DA 3M1HA 1GV9A 1Z0HA 3D11A 1DLLA 4KS2A 3POWA 5EYYA 1SLTA 3WVJA 1V6JA 1KJRA 4UW3A 3JUUA 2JECA 2HT7A 3AZWA 3AZZA 3WV6A 2CWMA 4F83A 2AEQA 3AYCA 1VCUA 1FATA 1DQ5A 2GN3A 2PHUA 4WEGA 4GZOA 1DHKB 3WG4A 3ALWA 2R49A 2UWAA 2GNTA 3UK9A 1V2IA 2WJSA 4UF7A 1INXA 4BMBA 1KDMA 1AJOA 1WW5A 4LBQA 2LTNA 5GLTA 1S0JA 4BLJA 1CPMA 2VK7A 1LU2A 1Z4XA 3L2YA 1SCRA 3ALXA 1N1VA 1W6PB 3ZSKA 1JYIA 3K36A 4BMEA 2EXHA 1JUIA 2JD4A 2GNBA 3AZYA 3NSSA 4GWMA 3MW2A 3IKWA 3WHUA 4M00A 3ENRA 2ZA9A 4C1XA 1AF9A 4U2AA 4LBLA 1DGLA 1FV2A 3FLRA 2D6PA 3PVNA 1O4ZA 3OBTA 4U36A 2DVGA 4D69A 3RSJA 1W21A 2W38A 4XMAA 2QWHA 2NN8A 1W6NA 5DUXA 4K21A 2HU4A 2ZGNA 4Q8LA 4M01A 1L7FA 2ZKNA 1IVBA 3ZPYA 2JE9A 2UU8A 3USUA 4C1WA 3POYA 1GSLA 1INGA 2FMDA 4Y1VA 3O9KA 2D6LX 1QGLA 4FOWA 2QWFA 2PHWA 7NN9A 4KS3A 4YGEA 4YG3A 5DUUA 3UJQA 3FBYA 1JW6A 3NN9A 1BKZA 2ZB6A 1KDKA 3M3EA 1PZ8A 1AXZA 2UWCA 1CVNA 4MC7A 2ZGKA 1Q8SA 4XHXA 1HDKA 2ZAAA 2VVZA 1V6KA 1GNZA 1BYHA 4CPNA 2XZJA 1ZA4A 1W20A 3ZXEA 2ES3A 4HZYA 1C1FA 5E88A 3VKLA 2VW2A 2A6ZA 3R05A 4KBBA 1UAIA 1Z78A 4LBJA 1UX6A 4WZFA 3IPVA 5IK8A 4YW2A 1EUSA 1SBFA 1UZZA 4FPOB 2XB6C
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1V00A 1FYUA 3RWNA 3MIEA 3AMNA 5KXCA 2CAUA 2RM22 1AJKA 3AP9A 3PU8A 1V0EA 2WNUC 2VUCA 4QPGA 5T5PA 4FTSA 1RUH3 1IS3A 2QE3A 2VZ1A 4OFGA 2E63A 4Q4X2 2VBBA 2AGSA 5EJ1B 1NLQA 3W9AA 1LAJA 1UU4A 1SG3A 3T4HB 3GBWA 5DAXA 3ZYRA 4BISA 4DB5A 3ORJA 5CKNA 4Z1VA 2QVSB 2ET7A 2JDKA 2R041 5JR2A 1JOBA 4ISQA 4BXFA 4CZSA 2XG3A 2BZDA 3WZ1A 4B1MA 1V9U2 2AC1A 2D5HA 2F27A 2XR4A 4D3WA 1G8WA 5JUVA 1QHDA 1QH7A 1TNRA 5HV4A 1ODMA 2HWD1 2PHXA 1VBA1 3T0AA 2A70A 1DGWX 1PHMA 4Q8KA 4CPBA 4C1YA 1V0FA 3JU4A 3R0RA 1YHFA 5F9TA 1CAXB 2JDYA 3HAGA 4JKLA 4I30A 4OLLA 5FZIA 3WNPA 1CAWA 2VCAA 2XDVA 1JMUB 1K5MA 2WA3A 3AC0A 3TOJA 3TYJA 3HNBM 4A7YA 1LHNA 3CJXA 1K3IA 3MLLA 3VHNA 2P37A 2XWBB 3M2MA 1JODA 1GQGA 2XJTA 4E4HA 1W90A 2D98A 2R30A 1TME1 3SNMA 4PDWA 4QKDA 4AFMA 5A6YA 4YW3A 1L7QA 5F5AA 4I02A 3WEZA 4E8CA 4YW1A 1RGSA 3NNLA 4QX7A 4X8NA 4XJ9A 3HRPA 2VG9A 1S55A 5CVRA 3CIHA 2DVAA 4E2SA 2YMZA 1UU5A 2HBTA 1D4M2 3QH6A 5IAXA 1CX1A 1INYA 4LUMA 2ZKLA 3P6BA 4I0AA 3L2HA 4ASCA 2D3SA 2UYBA 3KHCA 3DXUA 1DLCA 2FPBA 5IHRA 1NCRB 3PU3A 5JPMB 4XFFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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