4YW1A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, complex with neu5ac and neu5ac2en following soaking with 3'sl
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Neuraminidase C
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 196
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yw1A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yw1A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yw1A02
1Q8SA 2D6MA 3AJYA 5EYXA 4JCKA 4Y20B 2NP0A 4X47A 3B7EA 3O5SA 1MWEA 4HL0A 1LOGA 1LGCA 3WHTA 2JDZA 1KJRA 3CL0A 2EF6A 3AP7A 2D6LX 2DTYA 3AP4A 5JMCA 4UF7A 3WDVA 4X4AA 4GKYA 4LBQB 1SFYA 5M1ZA 1QOOA 1G86A 3PVEA 4FPJA 2YA7A 2W5NA 2D3RA 4Y22A 1G9CA 2YA6A 2HT8A 4XIOA 4B7JA 1E8VA 4ASMB 1BZWA 4DRRA 2DVBA 3KM5A 4WV8A 3D11A 1MS8A 1IKPA 1DIMA 2VSMA 1DYKA 3K39A 1BKZA 1LEMA 2DVDA 4XXPA 2BERA 2A70A 2ZHLA 3NV4A 3FLTA 1AXZA 3H73A 1SLBA 3SILA 2D3PA 1ULFA 1FNYA 1L7FA 4KS5A 1AX1A 1DQ4A 2D44A 4SLIA 3SH3A 4NC5A 1SBFA 4FVVA 3M2MA 4GZOA 1USRA 3RMYA 2VUAA 1MS1A 4MWWA 1A78A 1CR7A 4MWLA 3USUB 1AVBA 1BQPA 3TB0A 1BYHA 1WW6A 1PZ8A 5HCAA 2A6XA 1DQ5A 3H72A 1W6NA 5FRAA 2R16A 3N36A 3PMEA 1O4YA 1DYPA 2ZB6A 2F24A 3LCPA 3WUDA 2WQZC 1SLLA 1ONAA 1Q56A 1LENA 2EAKA 1GZCA 1V3EA 2A6ZA 1UPSA 3UJQA 3IKWA 1IVGA 4XJRA 1DQ6A 4XJQA 3AFKA 2RKCA 3M3QA 4K21A 1BJIA 2ZB5A 4ZXKA 4PF5A 2ZBJA 3W59A 2A3WA 2SIMA 4YM2A 1V6JA 3OPZA 2ZACA 1GYKA 1Q8QA 1GSLA 1INFA 3NV3A 5IK7A 3B00A 1IVDA 1W6PB 4DS0A 3V0AB 3T1MA 2VW1A 3FLRA 3SITA 4GB1A 2ZAAA 2ZGNA 3KQRA 1GKBA 4YZ2A 4Y24A 1D0HA 3RQ0A 4Z8BA 5IT6A 4FQZA 1SLCA 4GDIA 3AYCA 4CZSA 4GZPA 1NMBN 5BYNA 1VLNA 3A72A 1NCDN 3VKLA 1F8CA 4XDQA 3W58A 1N1SA 2YROA 2CMLA 2GMEA 4TYSA 5JOYA 4YG3A 5DXDA 2EXKA 4FPFA 3ALXA 4CRQA 2VK5A 1UZYA 3AP6A 4GDJA 1W21A 4WVVA 2EALA 5JOXA 2GNMA 3N7MA 3LSEA 2QWIA 4XJZA 5GLUA 1A4QA 3ATGA 1G9AA 1Z4YA 1S0FA 3B01A 3O0WA 4Y20A 2ZGLA 3WVJA 4AGRA 1VAMA 3NWKA 2SBAA 1QF3A 4RA0A 3ZYRA 1WLDA 4R9AA 1NSBA 2A6YA 4U2AA 4XHXA 4LBQA 3INBA 1V00A 2CWSA 1MZ5A 2ERFA 4UW4A 3FUQA 2C4LA 4QN5A 2F13A 3TI8A 3TI6A 2YXSA 1ENQA 2E7TA 4K3YA 4LBMA 3T1EA 2ZMKA 1WLCA 2ZABA 2DUOA 3CL2A 4K1KA 1IVEA 4B7QA 5B2DA 1UMZA 1N3QA 1HLCA 2F10A 2E7QA 1GZ9A 1HQLA 2HYKA 4GWNA 4M00A 1FAYA 3QCWA 1IVBA 1QNYA 3SH4A 1QU0A 2X9MA 1W1XA 4Y26A 3D12A 5IK8A 3VV1A 2D3SA 4Y1YA 4MYEA 1IS5A 1N3PA 4W65A 1W6QB 3GVJA 3W09A 5IUQA 3TI5A 1MS9A 1NMCA 1NSCA 4YFWA 3USUA 3OJBA 1HKDA 3CNAA 3M3OA 4MWYA 1C57A 1UX6A 1DQ0A 2I2SA 3O12A 2F27A 4FPHA 1XQNA 4DQAA 4P14A 4JF7A 1CIWA 3WHUA 2W38A 1FYUA 2PHTA 2ZHNA 3WCSA 4MWXA 4MWQA 4QN6A 1GLHA 3K37A 1QNWA 4HZWA 2YA5A 1YRZA 1MS3A 5FREA 3WNXA 2UURA 1KJLA 5L73A 1S0GA 3A0NA 2LALA 1OQ1A 1WBLA 4M4VA 1EUTA 4YZ3A 5IK4A 2UWBA 1LOFC 3H0OA 1YIFA 2FHRA 3SISA 3RMXA 2KM2A 2ZGUA 3VKNA 3AYAA 3WG1A 5JYYA 1V3DA 5KXCA 1S0BA 4M3CB 2ZGOA 1F31A 1E8TA 4YM0A 4CPNA 1KDMA 1W6PA 1XOGA 3V0AA 2HU0A 2ZA9A 2F26A 2ZGRA 4YW4A 1S0JA 2NYYA 2ZHKA 1ULGA 4MJUA 1JN2P 3ZSMA 1WW4A 4YW2A 1F5FA 4HANA 1USXA 4YM3A 3PJQA 1V3BA 2UWAA 2F28A 3OY8B 3V0BB 1S0DA 3AK0A 4YG6A 4BBWA 1JW6A 3M3CA 5F9TA 2AREA 4YZ1A 1W0OA 1JBCA 1PZ9A 2E6VA 4YZ4A 2PHUA 4MZEA 1XOEA 4UW6A 4XOGA 1CESA 1W8OA 3L2YA 2Z42A 4CPMA 3I8TA 2HTUA 5KXDA 5JDBA 2VW0A 6NN9A 5E88A 2W08A 2SILA 1YYNA 2QWCA 4WZFA 3BOPA 1FV2A 5LK5A 4QNPA 4XJ8A 3NN9A 2QWFA 7NN9A 4FOQA 1Z4XA 3WUCA 3AYEA 4HZXA 1X50A 5H9QA 1INYA 1GBGA 1LESA 2G4IA 2WNEA 5HCFA 4LBKA 4YM1A 3GALA 2QWEA 1LCLA 2VW2A 1INWA 3AZXA 1H9WA 4M4UA 1V3CA 2V5YA 2WT0A 1S1AA 5JLVA 1SBDA 1N1YA 1UKGA 4XTMA 4PBPA 4AGGA 1UZZA 4BMEA 3N7KA 1B9TA 1F9KA 1W6OB 4FOYA 2Q5TA 4RL7A 2HT7A 3CYEA 4MZAA 3DUIA 4XBQA 2CNAA 3N3HA 4K20A 4Y1ZA 2NZ9A 4Q8LA 1APNA 2P3IA 3WDWA 1ENSA 1V6MA 1JYCA 1VALA 3WCRA 1QMJA 1NNAA 1NXD1 2YZ4A 5DZFA 1LU2A 1N1TA 3FUOA 1F8DA 1LGBA 1GNZA 2A6VA 4FZHA 4DFSA 3N35A 3RRDA 1AX0A 4BPZA 1W6QA 2AUYA 2PHRA 3MEPA 2VU9A 1A3KA 1WCQA 1QOSA 2W5OA 2A7AA 2B7YA 1HQWA 2VWDA 4FPOB 4CTEA 3B3QE 3H71A 5IK5A 4MX0A 1SCRA 1INVA 2UU8A 2HTWA 1NN2A 4AWDA 4LBQD 4CPYA 4KS4A 5T55A 3OYWB 2ZMLA 1BJQA 5GLWA 4JRAA 2DYCA 2ARXA 2GMMA 4XYXA 5DUVA 2C5DA 5T5PA 3TI4A 2ZGKA 4MC7A 3ILRA 1CPMA 4L8QA 3ZSJA 4LBJA 2XG3A 5GJ6A 5EXOA 2QWJA 1LHOA 4XIKA 2BATA 1V0FA 1WUVA 3I4IA 5DUUA 3MPPG 3SNMA 1H9PA 3HMYA 3ZXLA 3K3AA 5JOZA 3RS6A 1INXA 1CPNA 4Q6KA 4GXLA 2HT5A 4M3CA 1DZQA 2P34A 4U36A 2WT2A 3ZSLA 3V64A 4FJ6A 2D6OX 1EPWA 3IPVB 3H6JA 4Q26A 1WW5A 2P3KA 4YLZA 4GZXA 3BODA 5SV8A 1WCSA 4PCRA 4XHBA 1CONA 4R9BA 2EIGA 4FPYA 1I3HA 1ZM1A 5KXEA 1E8UA 2D7FA 1EUUA 2ZZJA 3OY8A 3V0BA 1LHUA 3M1HA 2A6WA 1URXA 4UW3A 2GN7A 3AZWA 4C1WA 4Q1PA 1QGLA 2BQPA 1DQ1A 4XTPA 2EXIA 4NCSA 4K1JA 4M3MA 3T1LA 2HTVA 2TEPA 4AVSA 2CY6A 3TI3A 1D2SA 2QWBA 2VVZA 1WLWA 3ZXKA 2HTQA 2ZGTA 1NCBN 4D69A 2VH9A 2GNBA 1MS5A 2W68A 1W0PA 3ZSKA 1NCCN 2GNTA 3TAYA 2DVGA 2A71A 3WG2A 1LHNA 1SO7A 4H53A 2D6KA 4P9YA 1ENRA 2C9AA 4IQPA 1RINA 1GZWB 3PVNA 2RHPA 3AZVA 5HUMA 4M3CF 1IVCA 1LOAA 2AYHA 3Q9OA 3O0VA 4GZTA 5HUNA 4ATFA 3ZPYA 3JUUA 3MW2A 3PVOA 3O0XA 3NV2A 2ZGQA 2QWHA 2PHFA 4GA9A 2P37A 4C1XA 1LODA 2AEPA 4QN7A 5HUGA 2P3JA 5T50A 5T54A 1FATA 1R1ZA 3GVKA 1W6OA 3WDYA 1VCJA 1DGLA 3TIBA 5H9SA 3OBRA 4GJTA 4XJAA 3ALWA 1CN1A 5GALA 2WJSA 1EURA 5DZGA 3AXEA 4I30A 2P2KA 1DBNA 5HX0A 4FPCA 2A3YA 4K1HA 1OKQA 3N7LA 2HTYA 3IMNA 1N47A 4ZKTB 1INHA 1DFQA 2DVFA 2GDFA 2JE7A 1LHVA 1LULA 3O9JA 2WLQA 1AZDA 5CAZA 1SLAA 2A5ZA 4BQ1A 1V2IA 2WT1A 5B2CA 1SNTA 1WW7A 2ENRA 5GLZA 5GZEA 4PQ9A 4QN3A 5GM0A 3OYWA 4AVVA 4XZPA 2YDTA 5GLVA 3WDUA 5CA6A 3SALA 4FQ4A 2VK6A 1MS0A 1AJOA 3ENRA 2ZGSA 4GEZA 4OZXA 3HN1A 3K38A 2ZGMA 2ZKNA 2YA4A 1Q8VA 4Q2FA 1C4RA 2QWDA 4B7RA 2F0ZA 4FPLA 1GICA 4H52A 3D4KA 3VUOA 3VKFC 1V6IA 5H9PA 4M4NA 4XJWA 3AZZA 1V0ZA 1AXKA 2NMNA 1S0IA 2HU4A 1A8DA 2DTWA 4YG0A 3AZYA 3LSDA 4KBBA 3VKMA 4GZWA 3VKOA 4D8SA 2QWGA 1AJKA 5JVVA 1ULEA 2XZJA 3IPVA 4YFZA 3FFZA 3ILFA 3CKZA 2WSVA 3WLUA 3D6EA 3WDTA 2VK7A 2W20A 5HUKA 1IOAA 4FPEA 3SANA 5AVAA 1B09A 1LTEA 2E51A 2XB6C 1JYIA 4LBNA 5E8AA 1W8NA 4BMBA 3M3EA 4YGDA 1Z4WA 2YY1A 1AF9A 3POWA 1YO8A 3IM0A 3O9KA 4XMIA 1C1FA 4HZZA 2GMPA 3R4SA 3AYDA 3A71A 1S0EA 3UJOA 4YGEA 4Q8KA 5T52A 1Z78A 1YI7A 1LOFA 2OW4A 2JJ6A 1SBEA 1N1VA 3A4UA 4Y1VA 3ZXFA 1Z4VA 3ZVXA 2DUQA 1LECA 4DRVA 2AGSA 2PELA 4CPOA 1GZWA 1HDKA 4KS1A 1TEIA 4ITCA 2VXRA 1DLLA 4MWVA 4FOVA 3R4UA 5DUWA 5GZFA 4YW5A 1CQ9A 4BM8A 4XJUA 4GWMA 5GZGA 4FOWA 3ZYPA 5E89A 1GNHA 4TZDA 2ZHMA 1LHWA 2CL2A 5H9RA 2WSUA 1W6MB 1N3OA 5CB7A 1G9BA 1CJPA 2JECA 1IS6A 5KXBA 3AP9A 1MZ6A 2W39A 2DUPA 1FNZA 1SACA 4M01A 1Y7BA 4MJVA 1AXYA 3JU9A 4CPZA 4GZSA 4K1YA 2E53A 3IN9A 3ASIA 2DV9A 3NV1A 5F5QA 3UL2A 1AX2A 2OUHA 2DURA 3B9CA 3C2UA 1Z4ZA 1QOTA 5T5LA 1UN1A 1GV9A 2R0HA 4XILA 4FPGA 4P9XA 1MR5A 3JU4A 4DGRA 3RG0A 4Q27A 1DHKB 3N7JA 3WDXA 1KQRA 3WZ1A 3TIAA 2QWKA 3ZXEA 4NOTA 2WKKA 3AJZA 1GANA 1MVEA 4HIZA 1ULCA 5GLTA 3POSA 1FX5A 4K1ZA 4K1IA 4FVKA 4AGVA 1BXHA 4LBLA 4XBNA 2D43A 3GVLA 1V6LA 3QLQA 4XXAA 4M3CE 1Z0HA 2PHXA 2HTRA 2R1DA 1OFSA 3R05A 2JKBA 1CVNA 1JXNA 1VCUA 4FPKA 1WD3A 5EYYA 5CBLA 2AEQA 4R9CA 2DU1A 4Y1XA 4WEGA 3RSJA 1NCAN 4HZYA 2A75A 1KRIA 1FV3A 4PBOA 1ZA4A 1IS3A 4FP3A 4Q1RA 2D6PA 5T5JA 2YA8A 1Q8OA 5T5OA 4BOWA 4LBOA 1PZ7A 1LGNA 1A4GA 3SH5A 4NO4A 3B69A 1UL9A 1QDCA 2JD4A 2YDPA 2AR6A 2EXHA 1LJ7A 3MW4A 5EWSA 3AP5A 1H30A 2OVUA 4AYUA 2R1BA 5DG2A 3BEQA 4JC1A 2FMDA 3TICA 4KS2A 5GZDA 1LU1A 3FLPA 5HCBA 1Q8PA 4ATEA 3BIWE 1SCSA 4AVTA 1QDOA 2R0FA 3POYA 4YZ5A 2DVAA 2YMZA 2YV8A 3GNEA 1IKQA 2AENA 1B9VA 2BF6A 2NM1A 1I1EA 1V6KA 1WBFA 1QKQA 4WVWA 1LOCA 4UW5A 2C4AA 3WG3A 4GALA 2F12A 3NSSA 4YGBA 4XE9A 4Y22B 2CWMA 4P9WA 1G7YA 4QN4A 1LEDA 3D5OA 3AX4A 2VSKA 3UK9A 1NNCA 2XZIA 5JOWA 1MVQA 3DGTA 3SLIA 2PHWA 1NMAN 2XZKA 4H55A 4R9DA 4DPNA 4X49A 2F11A 4WEFA 1YXWA 1LOBA 1Z50A 2ARBA 2A3XA 4GKXA 4J9TA 1F8BA 1C1LA 2H0BA 1G9FA 1WD4A 1RITA 1SLTA 2ZGPA 4XBLA 4FP2A 3AXDA 3WG4A 4KS3A 2DU0A 1W6MA 4F83A 3WOGA 1JOJA 1ULDA 1V0EA 2OUJA 1NLSA 2W52A 2NMOA 3OBTA 4YW1A 5NN9A 1L7HA 2B8HA 4CPLA 1B9SA 2F29A 4MWUA 3APBA 4XMAA 1IVFA 4HZVA 1MACA 1W6NB 1NNBA 4BLIA 2F25A 2EXJA 1JUIA 2R49A 1SLIA 1J1TA 3U4XA 4YGCA 2CYFA 1RIRA 1O4ZA 5DZEA 2XCYA 1F8EA 4WA4A 1NSDA 2DWRA 4NN9A 4B7NA 1INGA 5CNAA 5DG1A 3MW3A 3K36A 1EUSA 4XJ9A 4ISRA 4YW3A 1MS4A 3BTAA 1KDKA 1W20A 3OGGA 4WA3A 1V6NA 1UAIA 2V73A 2UWCA 3INAA 3HR9A 4BLJA 4GZQA 1LOEA 4MWJA 1IS4A 1G9DA 2D6NA 2BZDA 1A14N 4ISQA 2AH2A 4X6KA 2SLIA 2GALA 2QWAA 1G8WA 5GZCA 4Y1UA 4B7MA 3ZXJA 1DILA 3ILNA 3T2TA 2ZMNA 2GNDA 2VY0A 1VAVA 2JE9A 1L7GA 1VIWB 4WA5A 1DQ2A 4MWRA 1DIWA 1U0AA 5DUXA 2CTVA 1JHNA 1KITA 2NN8A 3WV6A 1V6OA 3A0KA 2ES3A 1S0CA 2LTNA 2GN3A 3FBYA 4I00A 3V65A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4MOAA 4GMP0 4GB32 1U5YA 5FZHA 3O1RA 2XLFA 4CUBA 1RUF2 1Q8SA 2D6MA 2UYAA 2XMLA 4CU9A 5BNPA 5DPNA 4Q1UA 3AJYA 5EYXA 5HXVA 3H8UA 4EYUA 4AAXA 2XHKA 5FBJA 4JCKA 1MQTB 4LO7A 4Y20B 2NP0A 3HEIA 5FYZA 4M4RA 4X47A 3OUHA 4C1YB 5FYUA 5I8SA 1J84A 3HIFA 2W46A 3MLJA 3WF1A 3B7EA 5GX5A 3K4AA 1UU6A 3O5SA 1MWEA 3SMHA 4HL0A 3HRPA 3URFA 1LOGA 2VZOA 5D8AC 1LGCA 3OGRA 5FZ1A 3WHTA 5C3SA 4X6QB 2ZX2A 2JDZA 4PDWB 1WMEA 1KJRA 3HOBA 5FQ0B 2HWC3 2EF6A 1OD5A 3AP7A 1YFYA 3WQ1A 2D6LX 3CL0A 2DTYA 3AP4A 4NRPA 3VBRB 4AZZA 4CEYC 5JMCA 5JPMB 5LRSA 2E63A 4UF7A 3WDVA 4X4AA 5EQUA 1POQA 4QKBA 3HBKA 1S4CA 4GKYA 5FTTC 4JDOA 2QQJA 4LBQB 1SFYA 2HEYF 3CEWA 4HXCA 1CAVB 4GJYA 2QQVA 3THCA 4BCUA 5M1ZA 5FWEA 4D52C 1XB9A 1QOOA 1G86A 1OOPA 1CX1A 3HT2A 2XDVA 4ASCA 3OD0A 3PVEA 2X09A 4OI4A 4FPJA 5I0TA 2YA7A 2W5NA 2D3RA 4Y22A 1G9CA 2XH6A 2YA6A 4EQVA 3P1IA 2HT8A 4XIOA 2G9ZA 4B7JA 1E8VA 1AYM1 4ASMB 4BISA 1UMHA 1BZWA 1NQDA 4DRRA 1N7DA 2X29A 3VNHA 3EB7A 2QQUA 2BWCA 4ASKA 2BFUL 3ZR6A 1AYM2 5FZ7A 4BQXA 4KWUA 4CP2A 2DVBA 2VPVA 2XVKA 3FHAA 3KM5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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