4YW1A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, complex with neu5ac and neu5ac2en following soaking with 3'sl
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Neuraminidase C
total genus 196
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yw1A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yw1A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yw1A02
3M2MA 2QWJA 5BYNA 2VK5A 4RL7A 4WVVA 3TB0A 3T2TA 2EXJA 1LTEA 1DHKB 1OKQA 2XZJA 5JYYA 3VKNA 1V3CA 1S0BA 2VVZA 3ILFA 3MEPA 4LBQA 4XILA 1LULA 1QOSA 5HUNA 3SALA 2ENRA 4M01A 2YMZA 1EURA 4YG6A 1W0OA 1SLAA 2BQPA 2ZHNA 4XBLA 4U36A 1WLDA 3FLTA 4K1ZA 4Y20A 4HANA 4Y1UA 4KS5A 1NMAN 1VIWB 1LOGA 4AVVA 2NM1A 1SLBA 2EF6A 2VW1A 5DXDA 4YGDA 1Q8OA 3WV6A 4M4NA 2YXSA 4LBLA 4FPCA 2VUAA 4K1IA 1DQ5A 2VU9A 3POSA 2BZDA 3TIBA 4R9AA 2R0FA 5T5JA 5SV8A 1VLNA 1QKQA 4M00A 4M3CF 2YA7A 4FOQA 4FPYA 4XOGA 1SBDA 3HR9A 4QN3A 1DFQA 3SANA 2UU8A 1LU1A 4UW3A 3WG2A 1S0CA 4P14A 3MW4A 3FLPA 2XCYA 1V6KA 4ZXKA 4HZZA 5E88A 1N1TA 1LESA 3AFKA 2R49A 1VALA 5KXCA 2WSUA 3PJQA 2DUQA 1HDKA 4JF7A 1UZZA 4GZSA 3NN9A 2ERFA 2GMEA 2AEQA 1QNWA 3NV2A 3AP7A 1F31A 1NMCA 2EXKA 1ULFA 2ZGUA 2E7QA 4Y22B 4K1KA 4H53A 3ILRA 1ULEA 1DQ4A 3AX4A 2ZMNA 2DURA 3FBYA 5M1ZA 4HIZA 2DUOA 4LBQB 4M4VA 4FPGA 1LGNA 2UURA 3RS6A 2VW2A 3ATGA 2JKBA 1UZYA 4XHXA 5HUKA 5F9TA 5B2CA 2NMNA 3B7EA 2A75A 4MYEA 4JRAA 1V6NA 1EUSA 1INGA 1NCBN 1LHVA 2D7FA 2CWSA 4Y20B 4UF7A 1S0JA 4GB1A 4TZDA 4AWDA 3A71A 4Y26A 4XZPA 1Z78A 3M3EA 3POWA 1JYCA 2ZGPA 3ALXA 5T5PA 2ZHMA 5T5OA 4CPOA 3IMNA 3K37A 1KITA 4YW4A 5DUXA 4FVVA 3R4SA 1CJPA 2E7TA 2Q5TA 4K1HA 4MJVA 1V0ZA 1W6QA 4NN9A 1AVBA 5HCBA 2GNMA 3UJOA 4YZ5A 3B9CA 1S0IA 4B7QA 4MWRA 3GNEA 2UWBA 4BPZA 2SIMA 1SO7A 2EAKA 5F5QA 2RKCA 2HTRA 3KM5A 4K21A 1QDCA 1V0FA 5GZGA 4Y1ZA 1LCLA 1S0DA 1WD3A 3T1EA 2DVGA 3U4XA 5CB7A 3ZXJA 2A6ZA 1VAVA 5HCFA 4XXPA 3JUUA 1FAYA 1WW5A 3NV4A 4GWNA 1MS3A 1MWEA 2ZHKA 2QWCA 3ZSMA 2EXIA 1Y7BA 1MS5A 3ZYRA 3IKWA 1AX0A 2W38A 1ZM1A 2V5YA 3R05A 1BQPA 2P3KA 2AR6A 4F83A 1H9PA 4Q8KA 2PHWA 3K36A 1Z0HA 4LBOA 4YGCA 1RITA 2YROA 2QWFA 1IS6A 2EALA 2P3JA 1F9KA 1AJOA 2E51A 1DQ1A 1IS4A 2ZGLA 4NO4A 2SLIA 4YFWA 3AP4A 2YA6A 2AH2A 1V3DA 4ATEA 1MVQA 1JYIA 3B00A 1LHNA 1F8DA 1SACA 1N1SA 3M3CA 4XJ8A 1F8CA 2CTVA 4IQPA 5NN9A 3QLQA 2ZA9A 1GZWB 1PZ7A 4XJAA 3AZXA 3MPPG 2A7AA 1W6QB 4XTMA 4BM8A 2B8HA 2QWAA 4CPZA 3ASIA 2DVDA 4MC7A 2H0BA 3H71A 5FREA 1SBEA 3ZVXA 1B9VA 5EYYA 1TEIA 3VKLA 4FPOB 1INFA 4WZFA 1W0PA 4KS2A 1FX5A 3RMXA 1B9SA 2DU0A 1SLLA 2UWCA 1S0FA 1DYKA 2ZGQA 3V0BB 4YZ3A 4H55A 2QWHA 2TEPA 2AREA 2A6WA 1SBFA 2NP0A 1CESA 1JN2P 1B09A 2YA4A 4GZWA 4FPJA 1MS8A 2DYCA 4M3CA 1I1EA 5IK4A 3WDWA 1C4RA 3L2YA 2ZGNA 1LOBA 3VKFC 2D3RA 1V6IA 1LOFA 2D6LX 1IKQA 4BQ1A 1GANA 2JJ6A 4XDQA 4XJWA 3VV1A 7NN9A 4WA3A 4MZAA 3TICA 2D43A 2BERA 3WHUA 1EPWA 1QF3A 1G9AA 2WNEA 2LTNA 2OVUA 3H0OA 5GLUA 3O0VA 2YDPA 3AYDA 1GYKA 2ZACA 3PMEA 1INWA 1MR5A 4XIOA 5CA6A 1V0EA 1S0EA 2XG3A 2YZ4A 3C2UA 2JE9A 5GLZA 2ARBA 4XBNA 3WOGA 4Y22A 2DWRA 2ZBJA 4LBMA 2R16A 2ZGSA 3ZXEA 1W8NA 1Z4XA 1W6MA 1SCSA 4P9WA 4LBQD 3WNXA 1AZDA 1LGBA 1RIRA 3GVLA 3HMYA 5CAZA 4D8SA 4M4UA 1A3KA 3AZVA 3WCRA 1EUUA 2HT8A 3GVKA 2A3XA 5JOXA 2F29A 2PHUA 4MJUA 1FV3A 4FOYA 1LGCA 4GWMA 4XYXA 2VXRA 3PVOA 4YM2A 1XOEA 1NLSA 2W20A 5E8AA 2ZZJA 4GZOA 4Z8BA 3OYWB 4M3CB 1O4ZA 3AXEA 4UW5A 1INVA 3AYCA 3MW3A 2B7YA 4YFZA 4GEZA 4BMBA 3O0WA 4YM3A 4WEGA 5B2DA 5HUGA 4HZYA 4UW4A 2AYHA 2PHRA 2GNDA 4FOVA 3M1HA 2GNBA 2ES3A 2W39A 2C4LA 3D12A 5T5LA 2NMOA 4FZHA 4YLZA 4YGBA 2D3SA 2WSVA 3N7LA 3W59A 4XIKA 1CPNA 3SH3A 4DS0A 4YW5A 1MS0A 2YA8A 1Z50A 5HUMA 4B7NA 3IN9A 1DGLA 2F25A 1YXWA 1W20A 4ITCA 3N35A 5H9PA 3SH4A 4YGEA 4CZSA 1UX6A 1NSDA 2QWBA 1IKPA 2OUHA 2A3WA 1Z4VA 1DQ0A 4NCSA 2SBAA 1NNCA 5JOYA 3JU9A 5DZEA 2ZB6A 1KDMA 2FHRA 1W6MB 2XB6C 4YG0A 2DTWA 4GZTA 2A5ZA 4Q27A 3A0NA 2D3PA 1D0HA 1YIFA 1NXD1 1UN1A 1ONAA 5JLVA 3MW2A 2HU0A 1Z4WA 1DYPA 1KDKA 3GALA 1PZ9A 4PF5A 2HTVA 2AENA 2HTUA 3FUQA 5IT6A 3SNMA 1G7YA 1ENSA 2AUYA 1YI7A 2GN3A 4HZXA 4FPLA 5DZFA 1GSLA 2C5DA 5T55A 3HN1A 2NZ9A 5DG1A 4B7RA 4GDIA 1GZWA 1LENA 4WA5A 3AP6A 1L7FA 2W5OA 4YZ4A 1G9FA 3N3HA 5JOZA 3D4KA 5IK5A 2P34A 2HT5A 4K1YA 1JW6A 3TI6A 5KXDA 1LHOA 4P9YA 5GM0A 1IVFA 4WEFA 4X47A 3ZXLA 3AZWA 2BATA 4QN4A 4Y1XA 3QCWA 3ZSKA 2C9AA 2GMMA 3IM0A 3WG3A 1AXZA 3ZYPA 2HTQA 2DVFA 4WVWA 4I00A 3CL0A 1QU0A 1KJLA 2CNAA 3AYEA 3V0BA 1IVDA 2HT7A 5GALA 1Q8QA 1NNAA 4GKYA 2F11A 3LCPA 2YV8A 2F24A 3DUIA 3UK9A 1G9CA 2ZB5A 1C1LA 1LODA 4CRQA 2YDTA 1KJRA 3APBA 1A8DA 1N3OA 1KRIA 3TIAA 1IOAA 1WD4A 4MWXA 4NC5A 4HZWA 3WLUA 3WDXA 1W6NA 1ULDA 4GXLA 1A4GA 3I4IA 4Y24A 1DIWA 3KQRA 3WZ1A 2D6OX 1IVGA 4C1XA 1VCUA 1USRA 1SLTA 4Q6KA 4XTPA 4QN7A 6NN9A 1MS9A 4HZVA 2YA5A 1JOJA 2SILA 3ZSJA 3AXDA 1Z4ZA 2GN7A 2VH9A 1GKBA 1N1YA 3O9KA 2HTWA 2DVBA 1NN2A 2CWMA 1HLCA 3OGGA 1ULCA 3PVEA 1SNTA 1LHWA 3TI5A 3CNAA 1LOAA 2HYKA 4MWVA 4BLIA 4YW2A 1GNZA 3ZSLA 4Q1RA 1A78A 4GZPA 1V6MA 5JOWA 3V64A 4KS3A 3AP9A 4MWYA 2NN8A 2A3YA 2G4IA 4FPEA 4NOTA 3AYAA 4WA4A 4KS4A 4Q8LA 5L73A 2A70A 1OQ1A 2DTYA 3OY8B 1J1TA 3T1LA 2F12A 1S0GA 3WUCA 1QDOA 1PZ8A 3W09A 2F0ZA 1W6PB 2VW0A 2F28A 3D11A 2PELA 5DUVA 1FNYA 4AVTA 1Q8SA 5GLTA 2HTYA 1MACA 1BZWA 4KBBA 5HX0A 4XHBA 4R9DA 5GZFA 2GALA 3NWKA 2DVAA 1UPSA 1BXHA 2VY0A 1ULGA 2PHFA 3OYWA 2KM2A 4RA0A 2P37A 1N3PA 1F5FA 2VSKA 1USXA 4FQ4A 1W6NB 2EXHA 1GLHA 2AEPA 5T54A 1E8UA 5DZGA 1H30A 1CN1A 2D6MA 3USUA 2ZMLA 4M3MA 1JBCA 4D69A 2QWKA 1N3QA 4LBJA 1NSBA 1O4YA 4GDJA 5DUWA 1L7GA 3NV3A 4AVSA 4DQAA 1OFSA 1AJKA 1NSCA 2F13A 3B01A 1G9BA 4BMEA 3SISA 1BJQA 4DFSA 1X50A 4XJ9A 4FQZA 4Q2FA 1DIMA 4CPMA 2R1BA 2VSMA 1GNHA 1IVEA 1Q8PA 1YYNA 5GZDA 1AF9A 1Z4YA 5H9QA 1LOFC 4PQ9A 2WT1A 3ZPYA 4ZKTB 3ALWA 3CYEA 5DG2A 4K1JA 4XMIA 3N7MA 2FMDA 1WW4A 1DZQA 2WT2A 3LSEA 2PHXA 4XJQA 3WDUA 4L8QA 1SLIA 4DRRA 4J9TA 1FV2A 5DUUA 2NYYA 4SLIA 1D2SA 4TYSA 2ZABA 2D44A 4YM1A 5EYXA 1W21A 1CPMA 4QNPA 4P9XA 3ZXFA 2I2SA 4MWJA 4ISQA 1W6OB 1F8EA 2PHTA 1FATA 4R9BA 1N47A 1HKDA 1JHNA 1LJ7A 2ZKNA 4CTEA 3K38A 3AK0A 2GMPA 3BODA 4MWUA 3WDVA 3AZYA 2W52A 1G86A 1V00A 1Q56A 4DGRA 2F27A 1V3EA 1U0AA 2QWIA 4ISRA 2YY1A 3USUB 3WG4A 2AGSA 4FP2A 1HQLA 2DU1A 1XOGA 4QN6A 1CIWA 1NNBA 1NCCN 1CR7A 3VKOA 5E89A 3WDTA 1VCJA 5T52A 4Y1VA 1UL9A 1LHUA 1NCAN 3WCSA 5KXBA 1W8OA 3V65A 1JXNA 4XJUA 3OJBA 1LECA 5EXOA 4GZXA 4GA9A 3ZXKA 5CNAA 5H9SA 2WLQA 1BYHA 4MX0A 5IK7A 1GZCA 4QN5A 4JCKA 5GZCA 1NCDN 2A6XA 3R4UA 1EUTA 3AJYA 1LEDA 4FPFA 1CONA 1L7HA 1AX2A 1C57A 3UJQA 2ZHLA 4YG3A 1A4QA 1QOOA 3LSDA 1IVCA 1UKGA 2A6VA 5HCAA 4MWQA 3V0AA 2ZGRA 3PVNA 3DGTA 5IK8A 3RRDA 2P3IA 1IS3A 2WT0A 5H9RA 1V6OA 3VUOA 3RQ0A 1DBNA 1QMJA 3POYA 4U2AA 4YW3A 1UMZA 1FYUA 2WKKA 2D6NA 3BIWE 4LBKA 1A14N 3K39A 2ZGOA 1SCRA 4K20A 1GZ9A 1GICA 2ZMKA 4LBNA 1C1FA 4DRVA 3IPVA 4K3YA 3K3AA 1LOCA 4FOWA 1IVBA 3OBTA 3RSJA 2A6YA 3NV1A 4PBPA 2RHPA 1FNZA 3D5OA 4YZ1A 4B7JA 5FRAA 1GV9A 2HU4A 1UAIA 1WBFA 1GBGA 2W68A 2CL2A 2QWEA 1R1ZA 3Q9OA 2QWDA 1NMBN 1DQ6A 4BOWA 1G8WA 3FFZA 4M3CE 4MZEA 4XXAA 1QNYA 3VKMA 5LK5A 1B9TA 2DUPA 4Q1PA 1V3BA 3H73A 4Q26A 1HQWA 2F26A 3OY8A 1BKZA 4DPNA 4GKXA 2LALA 4OZXA 4C1WA 1CVNA 1ZA4A 2BF6A 3H72A 3SH5A 1WUVA 1W6PA 2R1DA 1AX1A 4GJTA 4ASMB 3A4UA 3JU4A 1MS4A 3GVJA 3N36A 2CYFA 4X6KA 1WW6A 4XE9A 4AGGA 1CQ9A 1LU2A 2XZIA 1V6JA 4XMAA 1ENQA 4AYUA 3WHTA 4W65A 3SITA 1MVEA 1XQNA 3A72A 1RINA 1F8BA 1INXA 3TI4A 3B69A 2ZGMA 3CL2A 3V0AB 3OPZA 5JVVA 2VK7A 4FJ6A 3FUOA 4JC1A 4WV8A 1S1AA 3WG1A 3TI8A 4MWWA 3B3QE 4CPNA 3W58A 4Y1YA 1APNA 1I3HA 1E8TA 3BEQA 3ENRA 3TI3A 3WDYA 1WCSA 3T1MA 4AGRA 1QGLA 1SFYA 1H9WA 3M3QA 2ZGKA 5JDBA 5T50A 2JE7A 3AZZA 2WQZC 3IPVB 3INBA 3TAYA 4UW6A 4YM0A 4XJRA 2EIGA 4FVKA 2ARXA 2WJSA 3OBRA 2D6PA 4GALA 5GZEA 1DILA 3N7KA 1LEMA 2GDFA 4B7MA 4CPLA 2ZAAA 1WBLA 2V73A 1V6LA 2F10A 3O12A 1URXA 3SLIA 1DLLA 3CKZA 2CY6A 2UWAA 5KXEA 2D6KA 5IUQA 4BLJA 4AGVA 4FP3A 1WLWA 3WVJA 3N7JA 2JECA 5GJ6A 5EWSA 1WLCA 4YZ2A 3UL2A 3H6JA 3D6EA 2ZGTA 4FPHA 2E6VA 1W6OA 3M3OA 4ATFA 4I30A 5CBLA 2JD4A 1QOTA 3FLRA 3BOPA 1LOEA 2P2KA 2VK6A 1G9DA 1INHA 3RG0A 1YRZA 1AXKA 4XJZA 4PCRA 2X9MA 5JMCA 1VAMA 3O9JA 1W1XA 1MZ6A 3NSSA 2JDZA 5AVAA 3AP5A 2OUJA 2R0HA 3SILA 4X4AA 3WUDA 5GLWA 3O0XA 1Q8VA 1KQRA 4XBQA 4YW1A 3AJZA 1ENRA 1V2IA 2CMLA 4R9CA 1MZ5A 2XZKA 1BJIA 4HL0A 2OW4A 4BBWA 4PBOA 3I8TA 1DQ2A 4H52A 2DV9A 4GZQA 1WCQA 2W5NA 5GLVA 1IS5A 3INAA 2GNTA 1WW7A 2VWDA 1E8VA 4X49A 1SLCA 1YO8A 2A71A 4CPYA 3O5SA 1AXYA 4MWLA 3A0KA 2Z42A 3ILNA 1N1VA 1MS1A 2W08A 3BTAA 1INYA 2C4AA 4KS1A 2QWGA 2E53A 3RMYA 4FPKA 1JUIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5A80A 3M2MA 1ODMA 1D4VB 2IFWA 5EP9A 5K8SA 3I2JA 1MQTB 2QWJA 5BYNA 2VK5A 2L9LA 4RL7A 4WVVA 3TB0A 5BNNA 5JR2A 3T2TA 2WIIB 2EXJA 1LTEA 1NXMA 1UW8A 2RS31 1CZVA 3EQEA 3R4DB 1PO11 1DHKB 5FZCA 4IFLX 1OKQA 1FMD1 1RUI2 3QH6A 4LA3A 4XCAA 2V09A 1WP5A 3VKNA 2XZJA 4MGQA 1V3CA 5JYYA 2G9GA 5CFCA 3AMRA 1S0BA 1XE8A 3AMQA 2VVZA 3ILFA 3MEPA 1QQP3 2B46X 2BGCA 2WNVB 2XGXA 4MZUA 4LBQA 4B7RA 4XILA 3BPSA 4KMQA 4L9BA 2X09A 3FMGA 1K5MC 1LULA 1QOSA 1ALYA 1AR73 2IWGB 5HUNA 1Q5OA 1AR81 4CH9A 4W6YA 3SALA 2ENRA 2J42A 4KG0A 4QU2A 4L7BA 2O8QA 4A0PA 4IGOA 4M01A 4DEVA 2YMZA 2O8OA 1J3RA 5A3LA 1SG3A 1EP0A 4Q4V3 5FPAA 3WNOA 2P5BA 2Y6HA 2GSYA 1EURA 1OUXA 4YG6A 1NT0A 3WP3A 1W0OA 3U11A 4DXRA 1SLAA 1CQ1A 3AL6A 2BQPA 2VBBA 5FZKA 1QXJA 2ZHNA 3OUIA 4XBLA 5FXVA 2FDKA 2WZR2 2HYXA 4U36A 2F4PA 1WLDA 3FLTA 3L2HA 4K1ZA 4Y20A 4PF1A 2ZZQA 1RMU1 3VBUB 4HANA 2CAVA 4Y1UA 5HXMA 3J8F1 5EPAA 4KS5A 1ZI0A 4JRLA 1VIWB 1H2KA 1NMAN 4AGIA 1LOGA 1H1MA 2YC2A 3O7OA 4P02B 5HXVA 2JX9A 4AVVA 2QQWA 2NM1A 3C7EA 4AQTA 1RHI1 1SLBA 2EF6A 5CEHA 4PDWC 3E6BA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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