4YW1A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, complex with neu5ac and neu5ac2en following soaking with 3'sl
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Neuraminidase C
total genus 196
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yw1A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yw1A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yw1A02
2SILA 2C5DA 2WKKA 1IVGA 4HIZA 1VALA 2AENA 1QOSA 1WLWA 2HU4A 3TB0A 1S0FA 1GZCA 3A0KA 4ISQA 3WUCA 3W59A 4DQAA 2A7AA 3JUUA 4QNPA 4BBWA 4UW6A 1DBNA 2VVZA 2DTWA 4AWDA 1LHVA 3SALA 2PHFA 2DU1A 1EPWA 1N3OA 3JU9A 4JC1A 2E53A 1QNWA 1Z50A 1SLCA 1WBFA 4DRVA 3GNEA 4M3CA 3CKZA 2QWIA 1AVBA 1UMZA 1QDCA 4R9BA 5EYXA 4M4UA 3FLRA 4FPCA 2JJ6A 5GZEA 2JD4A 2PHWA 4FPLA 2WSVA 2BZDA 2F27A 3A72A 4YZ3A 1Z4XA 2VK7A 1MS0A 1SLLA 2YA7A 5T54A 2W38A 2GALA 1V0FA 1F8DA 4KS4A 3RSJA 1HLCA 2VSKA 1G9CA 3WLUA 4XJAA 1NCDN 3RG0A 1GNZA 1ENRA 4LBKA 2F10A 3AZVA 2VW0A 1LHOA 4YW2A 1WW4A 1WCQA 4LBJA 3MEPA 2EF6A 4I30A 4P9YA 2WNEA 1GZWB 4LBOA 2ZMNA 3D6EA 4TZDA 3N7MA 2YROA 2DU0A 3I4IA 1AZDA 5M1ZA 3ZSLA 4JF7A 3ZXLA 1JW6A 3WG1A 1MWEA 3N7KA 4D8SA 1USRA 2R0HA 5CBLA 2VW1A 3AFKA 5E89A 1I3HA 3T1MA 1Q56A 4LBLA 2DV9A 1WLCA 4QN6A 4YW3A 2PHUA 1LOCA 4YM1A 1IS4A 1N3QA 1V0EA 3M3CA 2P3IA 2XCYA 3INBA 2ZBJA 3NN9A 4HANA 2AR6A 2A6ZA 2ZGSA 2CWMA 1LECA 2GNBA 4BLIA 1CR7A 4RL7A 4CPYA 2SLIA 1SACA 1A4QA 4NCSA 1VAVA 1N1VA 3ALXA 3ZXKA 1ULFA 4BMEA 1V6MA 1CPNA 4NOTA 2ZAAA 4UW5A 1S1AA 4K1YA 1MS1A 1YRZA 3AYAA 2F25A 4XHXA 1LCLA 4GZTA 4GKXA 2R16A 1B09A 5CB7A 1N3PA 5IUQA 2GMMA 3RS6A 4GZOA 4BOWA 1W0PA 2DUQA 4YM3A 4H55A 1MS5A 2E6VA 3PVOA 1DQ5A 2QWEA 2XZJA 1QGLA 2ZB5A 5JLVA 1Q8VA 4XMIA 1IS6A 2F0ZA 4GWNA 3TI4A 3ZYPA 1JN2P 2W68A 1MACA 1C4RA 1W6PB 2DVBA 2B7YA 4NO4A 1W1XA 4B7QA 2C4AA 1H9PA 4YW4A 5DUXA 2NM1A 3TI8A 1B9VA 1G9FA 2TEPA 3TIAA 4FOVA 3WHUA 4MWXA 3JU4A 2HTVA 1A4GA 1F8EA 4LBQB 2GN3A 5DUWA 3ZXJA 4Y1ZA 5H9RA 2VU9A 1SBEA 1S0IA 3O9JA 4L8QA 4YW5A 1JYIA 2ZMLA 4WEFA 1CQ9A 4K3YA 1Q8OA 1UAIA 4XJZA 2NP0A 1QNYA 4YLZA 4ISRA 1NMBN 4X4AA 4K1ZA 3M2MA 2YA4A 4OZXA 2ZGLA 5T5LA 5GJ6A 5JYYA 1BKZA 3HR9A 4XZPA 2C9AA 1MS8A 4FPHA 3RMXA 1GANA 4JCKA 1Q8QA 2G4IA 2CMLA 1I1EA 5HCBA 5GLZA 1INVA 2HTWA 1NNBA 2V5YA 4FOYA 1WW7A 4J9TA 1WW6A 4PBPA 4C1WA 1W6MB 2CTVA 2HT5A 1DYPA 3TI5A 1APNA 4P14A 1OFSA 3H0OA 4Y22A 4MWJA 4MWWA 3POYA 1INYA 4IQPA 4HL0A 4WA3A 2OUJA 3WOGA 3UJQA 5BYNA 3O0VA 2D6NA 1W6OA 1SO7A 1LGNA 1XOGA 1V6JA 1ENSA 2GNDA 5GZFA 1SCSA 5GLWA 3APBA 5CNAA 2UWBA 1UL9A 2ZGNA 3NV3A 1NN2A 1WD4A 3N36A 2QWDA 4XIKA 1EUTA 5FRAA 5T5OA 1DQ2A 4KBBA 1Z4ZA 3OBTA 3ALWA 4NN9A 3SANA 1UN1A 4X47A 4K20A 3SLIA 3OBRA 2HT8A 3V0BB 1FAYA 4FQZA 3M1HA 3PVNA 3K36A 3WCRA 1INXA 1IVCA 1BZWA 4XTPA 4UW3A 3RRDA 3B7EA 1ZM1A 4GB1A 1W0OA 5DG1A 1PZ8A 4YG6A 1GSLA 1RIRA 4FPKA 2YMZA 2DVFA 3TI3A 3M3EA 1INFA 5H9PA 1YXWA 5IK5A 2HTRA 2ZGPA 1W8NA 1DFQA 1ENQA 4FPYA 1YIFA 1ULCA 2JECA 3PJQA 3GVKA 4XJ8A 3OJBA 2P3JA 3LSDA 2W20A 4GALA 4HZZA 2YA6A 5GZCA 4PBOA 5HCAA 4D69A 2AEQA 1Z4YA 1G8WA 3WCSA 1NNCA 1DYKA 2DUOA 2EXIA 4Y26A 4Q8LA 2WT2A 3IPVA 4XHBA 1NCAN 1LTEA 2AUYA 3D11A 3POSA 3V64A 3ZPYA 1INGA 4GZSA 2YDTA 1FNYA 4R9CA 1CONA 2P34A 5CAZA 2D43A 4K1IA 1MS3A 1KJRA 5NN9A 2R0FA 4DGRA 1LGBA 3WDWA 1LOFC 1BQPA 4R9AA 3WDUA 1O4ZA 3WHTA 5EXOA 1EUSA 3ZSKA 2V73A 2D6LX 4YW1A 1E8VA 4AGVA 4GZXA 2F24A 4YGDA 1S0EA 1IVFA 1NCBN 2E7QA 5H9QA 3ZYRA 4CPNA 1DQ1A 2EAKA 1LHNA 4SLIA 2PHRA 2ZGRA 2AYHA 1UZZA 1HQLA 4XILA 1C57A 3FUOA 2A3YA 1L7GA 2DVDA 2ZZJA 3OYWB 4K1KA 4K21A 4XBNA 1AXKA 2R49A 2YA5A 1QKQA 2OW4A 2JE7A 3B00A 3ILRA 4CPZA 1GBGA 2ZGUA 1LOGA 4FVKA 4LBMA 4Q1PA 1N1YA 5HUMA 1OQ1A 4XBLA 5EYYA 1AX0A 3O0WA 4MWUA 1BJQA 4YFWA 3O5SA 3H71A 4YGBA 4GZQA 1H9WA 3AZXA 1ULDA 3ZSJA 1LENA 4MYEA 4H53A 4BM8A 5IK8A 1CVNA 2PHTA 2BQPA 4M01A 4B7MA 2ZGMA 2D3SA 4M3CE 4YG0A 4DS0A 3O0XA 4YZ1A 1C1FA 5CA6A 2VWDA 5E88A 3CL2A 4M3CB 1DQ0A 2R1BA 3OY8A 1NCCN 1V3CA 1TEIA 3AP4A 5T50A 3AZWA 3AJYA 3AZZA 1B9TA 5JVVA 1W6PA 4FPGA 1B9SA 1AJOA 2A75A 4BLJA 3NWKA 1GZ9A 1NSDA 4Q6KA 3R4UA 1MR5A 3VKNA 4FJ6A 3UK9A 2UU8A 1HKDA 4M4VA 2WQZC 2ZA9A 1FV2A 1N47A 2F11A 3HN1A 3WG2A 4KS2A 1S0CA 4XJQA 5GLVA 3L2YA 3NV4A 4XJUA 2PELA 2SIMA 5GLTA 2ZMKA 4KS5A 3FLPA 1G86A 3SH3A 1V6LA 4Q27A 2A3WA 4Z8BA 2XZKA 2A5ZA 1SBFA 1AX2A 1FYUA 1MZ6A 2XB6C 2EXKA 4Y20A 3AP5A 1S0GA 3KQRA 1LOFA 1VCJA 1Y7BA 1S0DA 3V65A 2RKCA 2HT7A 2GNTA 2VY0A 2A6VA 1VIWB 2D6MA 1MZ5A 4I00A 1WLDA 4XXAA 1A78A 1V6IA 2DURA 1NMCA 3QCWA 2F28A 2XG3A 1ZA4A 4PF5A 2VW2A 4R9DA 3ZXEA 1SCRA 1LOAA 3CL0A 1W6QA 3RMYA 1JBCA 2YXSA 3AYDA 2DYCA 5LK5A 4ITCA 2NZ9A 2CY6A 4GKYA 2GMPA 3WUDA 1LGCA 2W08A 3UJOA 4MX0A 2DWRA 1URXA 4AGRA 3T2TA 1DIMA 5FREA 4MWYA 2A3XA 4MC7A 2WJSA 1D0HA 3AX4A 4Y1YA 1GYKA 2YDPA 3LSEA 3CYEA 5T52A 4XJRA 5KXEA 3O9KA 2QWCA 4CPMA 2HYKA 2R1DA 2ES3A 4KS1A 3OGGA 5GALA 1DZQA 4BQ1A 3A0NA 1SLTA 5DUVA 3RQ0A 1W6NA 2ZABA 4Q26A 1KJLA 2DVAA 2UWAA 4MWRA 2D3PA 2A6XA 1SBDA 5L73A 2HU0A 1JYCA 2W5NA 1L7FA 1ULEA 2D6KA 2OVUA 2CYFA 2ARBA 1RITA 3AP9A 1YI7A 2D7FA 5JMCA 3BIWE 1JHNA 3VKOA 3V0AA 5DZGA 1O4YA 4F83A 2QWGA 1R1ZA 1QMJA 3WDTA 1EUUA 3I8TA 1MS9A 2ENRA 5HCFA 2JE9A 2VXRA 1YYNA 4FQ4A 3QLQA 2VK5A 1UZYA 1AJKA 1C1LA 2UURA 2X9MA 2FHRA 3FLTA 4XJ9A 1CN1A 3TI6A 2QWAA 1AXYA 1AXZA 3B9CA 4U36A 1BXHA 1V6NA 1WD3A 2P3KA 3WNXA 3DGTA 2JKBA 1LHUA 1CPMA 1VLNA 4HZXA 1J1TA 1GLHA 2E7TA 1V3EA 3N7LA 5HUGA 1SLBA 4AVSA 1DLLA 4YZ2A 5GZGA 2B8HA 3VV1A 2YA8A 1V3BA 3AP7A 4PCRA 4XMAA 1S0BA 2A6WA 3R05A 5HUNA 4FPFA 1IVDA 1Z78A 3FBYA 2ZGKA 2JDZA 4QN5A 4GZPA 2DTYA 1QOTA 2ZHNA 1FX5A 2WT0A 5IK4A 5F5QA 1JXNA 2ERFA 3NV1A 4FP2A 2HTQA 4K1JA 3USUB 5KXDA 2EXJA 1LOBA 5F9TA 3AXDA 4FOQA 3WG4A 2HTYA 1XQNA 3W09A 4HZYA 1LEDA 2CNAA 4K1HA 2RHPA 3OYWA 1LODA 1W8OA 1W6OB 2CL2A 5IK7A 1Q8PA 1DIWA 3VUOA 2OUHA 1WBLA 3INAA 2KM2A 3SISA 1OKQA 1V6OA 4UW4A 2F26A 1INHA 1BYHA 4M3CF 4P9XA 1RINA 1Z0HA 1F31A 1GZWA 4DFSA 1V6KA 4BPZA 1SLIA 1XOEA 4TYSA 1LJ7A 3IMNA 4YZ5A 1L7HA 4PQ9A 2A6YA 4YGEA 2AEPA 4BMBA 4GA9A 3WDYA 1NMAN 4XTMA 4ASMB 2LTNA 3ZSMA 3SH5A 3Q9OA 1Z4VA 5GLUA 4MJVA 3GVLA 1GV9A 1G9BA 4AVVA 4FZHA 2WLQA 3ILNA 3N3HA 3FUQA 1LU1A 5E8AA 2UWCA 4AYUA 3SNMA 1DGLA 4FPJA 2AREA 4WA4A 4YM0A 4MWLA 3FFZA 1MVQA 5H9SA 1GKBA 3PVEA 2QWHA 1YO8A 2DVGA 4YGCA 2ZGQA 1JOJA 5HX0A 2WT1A 1QF3A 4XYXA 2CWSA 2ZHKA 1U0AA 2W5OA 3A4UA 2VK6A 1UPSA 2GDFA 1UX6A 4GXLA 1MS4A 4GDIA 2SBAA 5AVAA 4Y1XA 3N35A 1V3DA 3IPVB 5B2DA 1KQRA 5KXCA 3ASIA 2H0BA 2F29A 4GJTA 1IS5A 1G7YA 1KDMA 4UF7A 1V00A 2QWJA 1G9DA 4ZXKA 2NMOA 2VH9A 3AXEA 3H72A 4W65A 2Q5TA 4DRRA 2NMNA 1CIWA 4WV8A 1V0ZA 3M3QA 1HQWA 1NSBA 2AH2A 4FP3A 3VKMA 4WA5A 4GDJA 4B7JA 4B7RA 2ZHLA 4FPOB 4CRQA 4WEGA 2ARXA 3LCPA 1JUIA 3IN9A 5JOXA 4M3MA 1QOOA 3A71A 3W58A 3PMEA 4ZKTB 4GEZA 2VUAA 1SFYA 1W21A 3AP6A 5T5PA 2EIGA 6NN9A 1NNAA 4AGGA 4FVVA 1NLSA 1NSCA 5DZEA 4XIOA 1PZ7A 3AK0A 2QWFA 1A3KA 4LBQA 4MZEA 4JRAA 4QN7A 4XJWA 4Q2FA 4HZVA 4ATFA 4MZAA 4MWVA 3K38A 2NYYA 4Q1RA 1ONAA 3MW4A 2E51A 3MW2A 1F8BA 4YZ4A 5EWSA 3O12A 1X50A 3TICA 1FV3A 1D2SA 3B01A 1S0JA 5DUUA 2ZB6A 2DUPA 5KXBA 1N1SA 2ZGOA 2XZIA 1DQ6A 5SV8A 4P9WA 1IKPA 3ZXFA 4XBQA 3U4XA 1CJPA 2A71A 3CNAA 1F8CA 2ZACA 4GWMA 1USXA 1H30A 4CZSA 2YY1A 3VKFC 1GICA 2ZKNA 2VSMA 1W6MA 3ATGA 3OY8B 3BTAA 3C2UA 4CTEA 3IKWA 3NV2A 5JDBA 3WVJA 2C4LA 3MW3A 3B69A 3N7JA 3AYCA 3K39A 1IKQA 2YV8A 2GMEA 3WV6A 3UL2A 4ATEA 4WVVA 1LEMA 2BATA 4LBNA 4Y24A 4QN3A 4B7NA 3K3AA 1Z4WA 4NC5A 1QDOA 1Q8SA 2AGSA 2GN7A 1E8UA 2W52A 2D3RA 2I2SA 2F13A 1W20A 5JOYA 7NN9A 3K37A 1SNTA 2ZHMA 4YG3A 5T5JA 3WDXA 3V0BA 3KM5A 3T1LA 4Y1VA 5IT6A 1CESA 3NSSA 5HUKA 2QWBA 2QWKA 2FMDA 3OPZA 3HMYA 4M4NA 1LU2A 1MVEA 1A14N 3VKLA 3AJZA 1HDKA 3TIBA 1WUVA 4AVTA 3AZYA 1NXD1 1DHKB 4U2AA 3IM0A 1WW5A 3WG3A 3B3QE 3SILA 4Y20B 2P2KA 1LESA 3AYEA 4KS3A 3T1EA 2YZ4A 1SLAA 2Z42A 4XXPA 3SITA 2BF6A 4XOGA 2NN8A 4DPNA 3H6JA 4QN4A 1LOEA 2LALA 5DZFA 1EURA 1E8TA 3GALA 1DILA 4MWQA 3USUA 4CPLA 1W6QB 3ILFA 1VAMA 4Q8KA 4H52A 3D12A 4FPEA 4C1XA 3ENRA 1UKGA 3BOPA 2WSUA 3GVJA 1GNHA 2D44A 3BEQA 1PZ9A 3M3OA 1IVEA 4RA0A 4YM2A 5JOWA 1LHWA 4XE9A 1F9KA 1IVBA 1ULGA 2BERA 2GNMA 4X6KA 1DQ4A 3BODA 2EALA 2A70A 5DXDA 1IS3A 1N1TA 4CPOA 4MJUA 3TAYA 5DG2A 3WDVA 2EXHA 3ZVXA 1V2IA 4FOWA 5GM0A 4X49A 1BJIA 3H73A 1KRIA 2PHXA 3D4KA 3SH4A 1VCUA 3R4SA 4XDQA 4WZFA 1W6NB 3D5OA 5GZDA 1F5FA 2ZGTA 1AF9A 3POWA 4YFZA 1G9AA 2HTUA 4LBQD 4GZWA 3MPPG 2P37A 4HZWA 4M00A 5T55A 2D6OX 1IOAA 3WZ1A 1WCSA 2F12A 2W39A 1AX1A 1LULA 1INWA 5JOZA 5B2CA 1FATA 4Y1UA 3V0AB 1KDKA 1A8DA 4Y22B 2D6PA 4WVWA 1QU0A 1KITA 1FNZA 3DUIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ASCA 2JB8A 2RS13 2SILA 2C5DA 2XJRA 3AKRA 2WKKA 3LFIA 1IVGA 4HIZA 1VALA 3SMHA 4D8MA 1DYOA 1RUE1 2ZJCA 2WA4A 4CCLA 2AENA 1RWIA 4LO5B 1Y3TA 1QOSA 1WLWA 4MHRA 4AEDA 3BUCA 2HU4A 2YPDA 3I97A 4JGZA 1S2BA 2GC2A 4IE4A 4AL9A 5FZDA 4N90A 3QBQA 3TB0A 2W8BB 2FCTA 4GB32 2B9VA 2VO5A 3H42B 1BK0A 3U78A 1S0FA 5AFBA 3LF7A 1GZCA 4MGZE 3A0KA 2W87A 4HKOA 3O1VA 1TMF1 3H8OA 3FX3A 1UKRA 4HSJA 4ISQA 3W59A 3WUCA 5A6XA 4KBZA 2MEV3 2B5HA 3JB8A 4DQAA 2A7AA 4A44A 5LBFA 2VCCA 3JUUA 3H1MA 3CF6E 1PK6C 3OD4A 3PU8A 1HB2A 4PQQA 4QNPA 4ES8A 3NQHA 4OHXA 1BBT2 4BBWA 1Y9MA 2RS51 3LIGA 5FIXA 5AFEA 4JKMA 5C9AA 2Y8KA 4UW6A 1DBNA 1A8MA 2VVZA 2YB7A 4A2UA 2DTWA 4JAAA 4B4RA 5J48A 2BOIA 1IQAA 2VNVA 3A21A 3I3EA 4AWDA 4D0QA 4XFFA 2Y6FA 3I3BA 3LGRA 2GVUA 4CDQB 3HNBM 5G05L 1NY71 4AEKA 1LHVA 3GZTB 3AMNA 3SALA 2PHFA 2D40A 2DU1A 4EROA 4E8DA 1EPWA 4IV3B 1SMVA 3ZN6A 1RHI1 5LY1A 4UF0B 3U14A 3VHPA 1N3OA 3JU9A 4QDRA 4AR2A 1CJDA 1QXPA 4JC1A 5CKMA 2WNVC 2BFUS 1YQ8A 2J1EA 1OXCA 4XQWA 2E53A 4RS5B 3WW3A 5DN2A 4CCMA 1QJX3 1QNWA 2PQQA 1Z50A 1AYN3 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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