4YW2A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, complex 6'sl
Total Genus 201
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
201
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase B
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 201
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yw2A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yw2A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yw2A02
1OQ1A 3POWA 1Q8OA 4SLIA 2CY6A 3PMEA 1DGLA 4XTPA 1VAVA 5JVVA 1A3KA 5T54A 2EALA 1AJOA 4Y1VA 4BPZA 3QLQA 1ULDA 4XIKA 2CWMA 3A0NA 4DRVA 3AYAA 5EYXA 1QU0A 1APNA 1VCJA 3H73A 2AEPA 1W21A 4GZWA 4K1KA 3CYEA 5CNAA 4YG3A 1MS5A 3NV4A 1FX5A 1WW7A 4AVSA 1L7FA 4QN3A 4FPGA 2AH2A 2BQPA 4UW4A 2ZACA 5DUUA 1SBDA 1LECA 4NCSA 2P37A 4FOYA 4B7QA 1V00A 4RL7A 3FLTA 4MWQA 1S0BA 1LOGA 1SACA 1NNBA 5F9TA 4WZFA 3VKLA 2QWIA 2Z42A 5GJ6A 3TI6A 4YG0A 1MZ5A 1WLCA 2DUQA 5GZEA 3UK9A 1E8VA 3PVEA 4Y1ZA 1V6OA 2PHRA 1MS1A 4M3CE 1W6PA 4AYUA 2VWDA 3IN9A 4CPLA 1LHWA 2AUYA 3VKFC 4P9XA 2WT0A 1IVGA 1SLLA 1BKZA 2HU4A 3M2MA 1LHUA 1NLSA 2ZGKA 2YA4A 4AGRA 2I2SA 4M00A 4Y1YA 1NMCA 1C4RA 3BOPA 5IK5A 1XOGA 3AXDA 4M3CB 1DQ6A 4HZZA 3H71A 3ZYPA 4P14A 5JOYA 1GANA 4FVKA 1SNTA 5KXDA 1WD3A 3KM5A 2QWEA 3VKMA 1WLWA 1G9CA 1IS3A 4YM1A 4YG6A 1AX1A 4YZ2A 3M3CA 1SLBA 1QF3A 4KS5A 3T2TA 4K1IA 1FV2A 3OYWA 1NCDN 3WNXA 5GM0A 2HTVA 3JU4A 1KDMA 4YW5A 3Q9OA 4I30A 3TICA 1F8CA 4XJAA 2V5YA 2QWJA 1EUSA 1W6QB 3LCPA 2QWDA 4FPCA 1W6NA 2NMNA 2ZB5A 3AX4A 4GZXA 2DYCA 2JE7A 4XJQA 2EXIA 4K1ZA 3AP4A 1NSCA 4GZOA 1F5FA 1S0FA 4P9YA 5CB7A 3R05A 1LGNA 4GALA 4RA0A 1UMZA 2VH9A 1CONA 5E88A 3LSEA 2QWBA 1W0PA 3ZSJA 4C1WA 2HTYA 1H30A 1AF9A 4AVVA 1JUIA 3RQ0A 1UPSA 2F24A 1DHKB 4HANA 6NN9A 1LEMA 2A71A 5IK4A 4QN6A 3SH5A 3FFZA 3ZPYA 4YM0A 3GVKA 4ATFA 3FLRA 3W58A 1GSLA 3N7JA 5M1ZA 3GALA 3ZXLA 1IVCA 5H9PA 3SALA 1NXD1 3AJZA 5EYYA 1NCAN 1WCSA 2W68A 3ZSMA 3V0AB 4DPNA 2VSKA 2W52A 1V6JA 4DFSA 2A5ZA 2ZGPA 5HCFA 3V0BB 1VAMA 5HUNA 1Q8VA 4DRRA 4PF5A 1V3EA 1ENRA 1G9FA 5GZFA 1DQ0A 4M01A 2WSVA 1D2SA 4FQZA 3WLUA 2ZHNA 3TB0A 2VK7A 2UWAA 3O0VA 4XBNA 1SLIA 1MR5A 2ZGRA 1USRA 4YW3A 5JYYA 1DIMA 4CPNA 4D8SA 2P3KA 1UX6A 3OJBA 3FBYA 2BERA 1LGCA 2YMZA 1Q8PA 2XZIA 1OFSA 1WD4A 2C4AA 2AYHA 3K38A 5DUXA 3WHTA 2ZBJA 1CESA 4UF7A 3D4KA 4XOGA 2FMDA 4H55A 1NCBN 1WW4A 4FPEA 2W5OA 4Q6KA 1DQ1A 4ITCA 3BTAA 1AJKA 1W8OA 4K1JA 4KS1A 2D6KA 4HZWA 3T1EA 2VW0A 1QKQA 1R1ZA 2GDFA 1NMBN 2NYYA 4XHXA 4UW3A 4ZKTB 2DUPA 1Z78A 2UU8A 4KS2A 1GZ9A 2XG3A 2YDPA 2ZMLA 4MZEA 3K37A 1DFQA 2EXJA 1B9TA 3SNMA 2R1BA 4XJ9A 2ZA9A 3L2YA 1V6LA 4FQ4A 3O5SA 2JDZA 2RHPA 1CJPA 1JW6A 2ERFA 1WBFA 1C57A 3CKZA 2DVDA 1H9WA 3WCSA 4M3CF 1GKBA 1PZ8A 4FOVA 2B8HA 4K1YA 1NMAN 3A71A 1W6PB 3N7LA 1F9KA 2C4LA 3O9KA 2WLQA 2ZZJA 4FVVA 1LHNA 4U2AA 2D7FA 4YW2A 4YGCA 2E7TA 2ENRA 5CBLA 5GLWA 4LBLA 3BIWE 1QDCA 1V0FA 3WDYA 1LEDA 1VLNA 2WNEA 1G8WA 3VKOA 2GNMA 1MS8A 4ASMB 2F10A 2OUHA 2E53A 1YRZA 2PHUA 1CQ9A 4CPMA 3WDTA 3N35A 3WZ1A 3APBA 1GNZA 3MW3A 2YA6A 5KXEA 1B09A 1G7YA 5GLVA 4NOTA 1LJ7A 1F8EA 1Q8QA 3ZVXA 1G9AA 3TI5A 3ZXEA 5HCBA 3OYWB 1LOBA 4DGRA 1G9DA 2BF6A 3WUDA 2DU0A 1MWEA 1W6MB 4YZ4A 1DIWA 3K3AA 1MS3A 2D6OX 1QNYA 1NCCN 4MC7A 1USXA 2X9MA 3R4UA 2AENA 1LULA 4Q2FA 3A72A 1W6NB 3OY8B 4YW4A 1JHNA 1V3DA 4MWVA 4GZSA 1JBCA 3AP9A 3RSJA 4MYEA 1ENSA 1DYKA 2VK5A 1CVNA 4MWRA 2NZ9A 5B2DA 2ZABA 2ZGMA 2R0HA 3AYEA 3JU9A 1D0HA 3DGTA 1IKPA 2ZGSA 4DS0A 3TIBA 5DUVA 2ARXA 2EAKA 5IK8A 5EXOA 4ZXKA 1JYCA 4B7JA 5JOZA 2DVFA 4WEGA 3JUUA 4Y20B 1DZQA 2R16A 3HR9A 1YIFA 2ES3A 1E8UA 4LBKA 1IVFA 3WUCA 1IS5A 1V2IA 3SILA 4DQAA 3HN1A 3V64A 4XXPA 1FNZA 5GLZA 4BM8A 1INYA 5T52A 2QWHA 3PVNA 1LODA 2GN3A 4WVWA 3RMYA 2WKKA 5E8AA 5DZGA 5T50A 1YI7A 1CPNA 1IS6A 4TZDA 1Z4XA 4CPZA 1W8NA 4XBQA 1URXA 3NN9A 2D6LX 2C9AA 1WW6A 4MWXA 4BBWA 4XXAA 2D3PA 1UZYA 2DUOA 3IPVA 5FRAA 4R9BA 4WVVA 1EURA 4MJUA 3WV6A 4AGGA 3AYCA 1BZWA 3TI4A 3B01A 4H52A 4GKXA 5JMCA 2HT8A 1LESA 2QWGA 1MVQA 4L8QA 3UL2A 4YFWA 3GVLA 3WDWA 1SO7A 4Q1RA 5CAZA 1Z4ZA 4GKYA 2ZGQA 4MX0A 2A3XA 1AXZA 2F26A 5HCAA 3ALXA 3SH3A 3OBTA 1YO8A 4BMEA 2HT7A 4LBJA 3R4SA 1A4QA 1W6MA 2ZHMA 1V3CA 4K3YA 5T5LA 1I1EA 4CPOA 4AGVA 1VIWB 4CTEA 4NC5A 1CR7A 3OY8A 2CMLA 2WT1A 3ASIA 4FOQA 3NWKA 3TAYA 4XJRA 4GDIA 2YV8A 2Q5TA 1QOSA 1GNHA 1SBEA 3H0OA 3USUA 1N1VA 4FPKA 1XOEA 2A6ZA 2ZGNA 5FREA 2V73A 1Q56A 3AK0A 1X50A 4XIOA 1Z50A 1RIRA 4P9WA 3M3EA 4BMBA 4Y20A 3I8TA 5IT6A 1OKQA 2W5NA 1MZ6A 2F29A 1JN2P 2GNBA 1LOAA 3AP5A 2VXRA 4LBQA 3SISA 2DV9A 1G86A 1ZM1A 3D6EA 4MWJA 3POYA 2GMMA 4BQ1A 1S0JA 3NV2A 2GALA 1VALA 1W1XA 2SBAA 3WDVA 2R1DA 3UJQA 4PCRA 1B9VA 2YA5A 3AJYA 4M4UA 3MW2A 2F12A 4QN4A 4X4AA 3IM0A 3INBA 1N1YA 2C5DA 4MWYA 2VUAA 1V0ZA 3AZVA 3NV1A 4JRAA 2VW2A 4X47A 1A14N 4GA9A 3LSDA 4M3MA 2E6VA 2DWRA 4Q26A 3BODA 4M4VA 1MS0A 1FAYA 3D5OA 1KJRA 4KS4A 1XQNA 4Q8KA 4XBLA 2D43A 1RINA 2SLIA 3H72A 4CZSA 3FUQA 2A7AA 2F27A 4GDJA 2A70A 2A6XA 4C1XA 3FLPA 4AWDA 1DQ5A 2XZJA 4BOWA 3ILFA 4R9CA 2YY1A 1BJQA 3D11A 1AVBA 1INHA 3PVOA 3ZYRA 2W39A 3W09A 1WCQA 3TI8A 5GZCA 1GLHA 3ZSKA 1S0EA 3GNEA 1INWA 1IOAA 4UW6A 5HUGA 1ULGA 2CL2A 1J1TA 4FJ6A 1AXKA 4YM2A 4MJVA 2CWSA 2UWCA 3O12A 4Y24A 1HLCA 4W65A 1BXHA 1BJIA 4LBQD 1KDKA 4XILA 3SANA 1DYPA 4FP2A 1N47A 1VCUA 2DU1A 4B7NA 2D3RA 3PJQA 2EXHA 2ZKNA 3WG4A 1EUTA 1FATA 3AZXA 1WW5A 4GXLA 1LENA 4PQ9A 3CNAA 2F25A 3IMNA 1S0IA 1QDOA 3POSA 5H9SA 1SCRA 1N1SA 1I3HA 2AREA 2VSMA 4FOWA 2BZDA 4JF7A 1HKDA 1RITA 2WT2A 5DZEA 4YFZA 1MS4A 2HTRA 3OBRA 3IPVB 3ENRA 1W20A 1TEIA 2PELA 1FNYA 1SFYA 2A6VA 3M1HA 2VK6A 1LHOA 1IKQA 1JYIA 1IS4A 5H9QA 3CL0A 1GZWA 5JOWA 2JECA 4XDQA 2AR6A 5GLUA 4CPYA 4YLZA 1Q8SA 1UKGA 2DTWA 2GMEA 1LHVA 1Y7BA 2D6NA 4LBNA 2QWCA 3ZXJA 5JDBA 2LTNA 2E7QA 5T5OA 5L73A 3ILNA 2TEPA 2DURA 2D44A 4BLJA 3M3QA 2PHFA 1G9BA 1HDKA 1INGA 4XYXA 1SLTA 2H0BA 3AZWA 3O9JA 4XJUA 1O4YA 4FP3A 4K1HA 2R49A 1JXNA 3USUB 2PHWA 1WLDA 2P3JA 1GICA 3WG1A 1CIWA 4Z8BA 5HUMA 4ATEA 4X49A 5GZGA 5DZFA 1SBFA 3NV3A 3ALWA 5IUQA 4FPFA 3ILRA 2PHXA 2XCYA 3C2UA 1W6OA 4WEFA 4FZHA 2RKCA 4LBQB 2P2KA 3SH4A 2ZGTA 1JOJA 3WOGA 5B2CA 2F11A 2ZHKA 1ZA4A 4NO4A 4F83A 2EXKA 4Y26A 1S0DA 1HQWA 4TYSA 1IVBA 1YXWA 4LBMA 1V0EA 1LOFC 1QNWA 4GEZA 3MPPG 1BQPA 2JKBA 1ULFA 4ISQA 1PZ7A 5NN9A 3RG0A 1LOCA 2NN8A 3ATGA 3WG3A 2UWBA 1EUUA 5AVAA 1AZDA 3W59A 4XE9A 3SLIA 5HUKA 5LK5A 3V65A 1DQ4A 2GMPA 3B7EA 1W0OA 2A3YA 3CL2A 1O4ZA 3FUOA 2GN7A 3I4IA 5BYNA 2YDTA 1HQLA 5E89A 4XMAA 4FPOB 3KQRA 2ZGUA 3AZZA 4MWWA 4YGDA 4Q27A 3WDXA 1AX2A 4UW5A 4XMIA 2WSUA 3K36A 1ULEA 4Q8LA 3BEQA 3WCRA 1WUVA 1ENQA 1V6KA 3T1MA 1ULCA 2F0ZA 1V6IA 2QWAA 2PHTA 4JCKA 3RMXA 4Y22A 1KJLA 1LCLA 2OUJA 2SILA 1S0GA 1F8BA 2VU9A 2FHRA 3O0XA 1SLCA 2YXSA 4J9TA 1QOTA 4U36A 5CA6A 1A4GA 2AGSA 2EF6A 4Y1UA 1Z4VA 3U4XA 3WG2A 1ONAA 3ZXKA 2P34A 2A75A 2WQZC 2G4IA 4I00A 2JJ6A 1MVEA 2DVBA 5IK7A 5H9RA 2A3WA 4D69A 1U0AA 1CPMA 4XHBA 1N3QA 4FPLA 4OZXA 4YGBA 1NN2A 1NNCA 1LU1A 2E51A 4HZXA 1N3PA 5GZDA 5GALA 1WBLA 1MACA 2A6YA 1EPWA 4MZAA 2YA7A 4QNPA 2W20A 4CRQA 1IVDA 2ZGLA 1C1LA 1GBGA 1INFA 1SLAA 4H53A 5JOXA 2SIMA 4HZVA 2GNDA 3MEPA 1A8DA 4AVTA 3TI3A 1FYUA 2HYKA 4YZ3A 2HTUA 2DVAA 3IKWA 1H9PA 2GNTA 4YGEA 1Z4WA 4GJTA 4M4NA 4PBPA 1L7HA 1V6NA 2NMOA 2CYFA 5KXBA 3GVJA 3VUOA 4YZ1A 4XJ8A 2HU0A 1NSBA 1GZWB 1V6MA 2YA8A 5GLTA 4FPJA 1GYKA 1KRIA 4M3CA 3QCWA 2ZMNA 1DLLA 2KM2A 4HIZA 1KITA 3OGGA 2CNAA 2QWKA 2VY0A 1F31A 5T5JA 1B9SA 1LGBA 3B3QE 4XJZA 1LOEA 1MS9A 1PZ9A 1FV3A 4HZYA 5DG1A 2UURA 3H6JA 4YZ5A 1UL9A 4FPHA 4GWMA 1YYNA 2NM1A 4YW1A 3WVJA 4XJWA 4GWNA 4K20A 1NSDA 4YM3A 4MWLA 1LU2A 3TIAA 3UJOA 4B7MA 2HTWA 2B7YA 4QN5A 3N7MA 1W6QA 3AP7A 4QN7A 2QWFA 2YROA 4XTMA 2CTVA 3MW4A 1Z4YA 1L7GA 4MWUA 4LBOA 2P3IA 5DG2A 3SITA 1AXYA 2DVGA 2ZGOA 2VW1A 4R9DA 2ZAAA 4GZPA 3N7KA 5KXCA 2ZB6A 5DUWA 1SCSA 1E8TA 1W6OB 3ZSLA 4Y1XA 2EIGA 3DUIA 1LTEA 2D3SA 3RRDA 1BYHA 3HMYA 4IQPA 1INVA 3AYDA 3WDUA 4R9AA 3B00A 5F5QA 2ARBA 3INAA 5DXDA 2W38A 3AP6A 1NNAA 4XZPA 5T5PA 3OPZA 3D12A 1DQ2A 2WJSA 2LALA 2BATA 5T55A 2F28A 2F13A 4GZTA 1INXA 2JD4A 1CN1A 2NP0A 2DTYA 2YZ4A 1QMJA 1Z0HA 1UAIA 4JC1A 1DILA 3M3OA 3B9CA 4B7RA 1UZZA 7NN9A 1V3BA 5HX0A 3AZYA 3V0AA 5JLVA 2HTQA 3AXEA 1QGLA 4FPYA 1A78A 4ISRA 3K39A 1KQRA 4WA4A 4WA5A 3V0BA 2JE9A 4PBOA 2R0FA 2ZHLA 2XZKA 4WA3A 3WHUA 1DBNA 4KS3A 3A0KA 1UN1A 1C1FA 1S0CA 2D6PA 2ZMKA 3AFKA 3A4UA 4X6KA 2OW4A 4GB1A 4WV8A 3VKNA 3N3HA 4HL0A 4BLIA 3T1LA 3N36A 3VV1A 3NSSA 2D6MA 5SV8A 4KBBA 4GZQA 4NN9A 1AX0A 5EWSA 2AEQA 2VVZA 1LOFA 3O0WA 4Y22B 1S1AA 2A6WA 2HT5A 2XB6C 3RS6A 1N3OA 1GZCA 1F8DA 4Q1PA 2W08A 1N1TA 3ZXFA 1QOOA 4K21A 1GV9A 3B69A 1IVEA 2OVUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OQ1A 3POWA 1Q8OA 4SLIA 2CY6A 2G1MA 1DGLA 3PMEA 4XTPA 5IVEA 1VAVA 2VNVA 5JVVA 4LTAA 3E5QA 3ZN6A 1A3KA 5T54A 4LKDA 2EALA 1AJOA 1QXJA 4XF4A 4Y1VA 4DUXA 4HT1T 4BPZA 3U11A 1BVP1 1W9YA 3QLQA 3DXTA 2P1BA 4BZ4A 4BE3A 4GNAA 1UPIA 1YJKA 1ULDA 5EV7A 1J84A 1CGPA 2WA3A 1FMD1 2J22A 4TLFA 2XLAA 4XIKA 3PURA 5LBCA 3BTYA 4V1PA 2CWMA 3A0NA 4DRVA 2VQ0A 3UV9A 2ZS6B 3VL9A 1OOPA 5CG8A 1OUSA 2ARCA 4QPGA 3AYAA 4IE0A 1QU0A 3H73A 1APNA 4Q4W2 1KS5A 5EYXA 5IVVA 1VCJA 2JIGA 4CPBA 2AEPA 1NXMA 1W21A 5CZKA 4PDWA 4GZWA 4HLTA 4B7KA 4K1KA 3CYEA 3LE0A 4AFAA 3ZSEA 2XXZA 3VBFA 5CNAA 4YG3A 1ZRFA 2CSGA 2X8KA 4XEZA 1UYYA 2PAEA 4M4PA 3SMHA 1B35C 3UGHA 2BWCA 3HBZA 5FZ3A 1Q3EA 1MS5A 1RUJ1 4LITA 3NMBA 3NV4A 1FX5A 4XZUG 4AEJA 5FPXA 4WM8A 1WW7A 4AVSA 2EA7A 5DDJ3 4YVSB 4FCAA 4YVWB 5FXVA 1L7FA 4LJHA 4PLOA 1YQ8A 4QN3A 3ZR5A 1RUH3 4FPGA 2AH2A 3ETPA 3ZFGC 2BQPA 5HXVA 4UW4A 4CEWB 5C8CA 2ZACA 2W87A 1RUF2 2YC2A 5EFUA 5DUUA 5A6QA 4CDWC 3JZVA 1YFUA 1SBDA 1LECA 2UY9A 2V91A 4META 4NCSA 5JXJA 2P37A 3OF1A 4FOYA 5ERLA 5FV3A 4B7QA 2Z5WA 2OYZA 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