4YW3A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, complex with neu5ac and neu5ac2en following soaking with neu5ac2en
Total Genus 202
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
202
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Neuraminidase C
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 202
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yw3A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yw3A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yw3A02
2OVUA 3SISA 2W68A 1DYPA 4FVVA 1I3HA 2A71A 4RA0A 4Z8BA 4CPYA 2DU1A 3C2UA 3WZ1A 3PJQA 4K1HA 4P9XA 5DXDA 1CR7A 2DU0A 1WLCA 1D0HA 1KJRA 4ASMB 1IS6A 3USUA 1BJIA 4GB1A 5GLTA 3QLQA 4QN7A 2ZHMA 1G9DA 1W6QA 2DTWA 2A3YA 4GXLA 2HTYA 3CL0A 1QGLA 2FMDA 1LECA 2E7QA 3FUQA 4SLIA 5HUGA 4BQ1A 1NSBA 1CIWA 3AZVA 1F9KA 1BXHA 2R1DA 1S0JA 1GKBA 1SLCA 4FOWA 1NN2A 3IPVB 2F10A 3JU4A 5H9QA 2ZGQA 2I2SA 4MWJA 4HZVA 1URXA 4YG6A 4Y20B 4GZTA 2F12A 2JD4A 3BOPA 2D3RA 3PVEA 2P3IA 2WNEA 3T1LA 2B7YA 3ZSMA 4BLJA 1NNAA 1DILA 2VSMA 2DTYA 4B7RA 2C4LA 4FPHA 2E6VA 4YZ1A 1IVCA 2D44A 4PF5A 1IVGA 3T1EA 3A0NA 3WV6A 4WA4A 5B2CA 1SLTA 1JOJA 3SNMA 5JOYA 1LOEA 4FP3A 1PZ9A 1MS0A 4MWRA 4FOQA 2HTRA 3H6JA 1IVEA 1LHOA 3NV1A 3WDVA 4AVVA 2UURA 1SNTA 2V73A 3UL2A 1S0DA 1GZWB 5DUXA 5IK8A 2YXSA 2ES3A 3GVJA 3V0AB 1MVEA 4YGBA 1NCCN 1MS9A 1HDKA 1GNZA 2QWDA 2B8HA 1IVFA 4YW3A 1DQ4A 4YW1A 4UW4A 3RRDA 1N1TA 1Q8VA 1LODA 4FVKA 5E89A 4ISRA 3AZWA 4MWUA 1IS4A 1MZ6A 4D8SA 5DZEA 4AVTA 2AEPA 5JLVA 2HYKA 4XBLA 1SBFA 4DPNA 2GNDA 2R1BA 3H71A 1SLBA 4JRAA 1YI7A 5F5QA 3POSA 4GZSA 1G7YA 4Q8LA 5T52A 2YA4A 2DWRA 5FREA 2VVZA 3IPVA 1HLCA 4QN5A 2ZMKA 2VWDA 1Q56A 3AZZA 1GLHA 1JN2P 4Y20A 1ULFA 1NCAN 3W58A 4WEFA 2QWIA 2C4AA 3GNEA 4Y26A 4M3CA 2JKBA 2NN8A 3ASIA 2H0BA 1MS3A 5GJ6A 4XTPA 4Y1XA 5DG1A 2ERFA 5GZEA 3NV3A 2ZGMA 3M2MA 1W6OB 1E8UA 5HUKA 4XIOA 1A3KA 4L8QA 3B01A 1SBDA 3UJOA 1XOGA 4K3YA 2CTVA 4DS0A 3TICA 3N36A 1N47A 4M4UA 2OUHA 5H9SA 4NN9A 2PHTA 3AYDA 4YFWA 2BZDA 4ISQA 4FPYA 1EURA 3VKMA 1CESA 2A6ZA 4XJ8A 5DZFA 2DUQA 2A5ZA 2PHFA 3A4UA 1QU0A 4GALA 3V0AA 1CPNA 3JUUA 2W39A 3INBA 2VK7A 1N3PA 4GWMA 1WD3A 2ZGTA 4C1WA 4YGEA 1FNZA 4KBBA 1SCSA 5GLWA 5JYYA 1W6NB 2PHXA 1EUSA 1F5FA 2ZA9A 3OBTA 1CVNA 4GZPA 2QWFA 3WG4A 3POWA 5GM0A 5JVVA 4QN3A 5HX0A 3QCWA 4M4VA 4YM2A 5JDBA 3MW2A 1V3CA 4ITCA 3WDYA 2WSVA 4YM0A 1KQRA 4FPJA 2QWKA 4M4NA 1KDMA 5IT6A 3AK0A 2QWHA 5IUQA 4XHXA 4U2AA 1Z50A 3SANA 1B9VA 3R05A 4DGRA 4LBNA 2P2KA 2LTNA 1L7GA 1V0EA 1AXYA 2CWMA 1LHVA 3INAA 2GMMA 4Y24A 4Y22B 4MWXA 4FJ6A 4TYSA 1GICA 1LCLA 2A70A 5KXEA 1MS8A 4XYXA 3N7JA 2QWAA 3TI8A 4JC1A 1V0FA 3NWKA 1YO8A 3LCPA 5GLUA 2D43A 2W38A 5GZDA 2DV9A 1QDOA 1N1YA 1N3OA 5AVAA 3RS6A 1JW6A 1LEDA 2JE9A 1PZ7A 5LK5A 2ENRA 3JU9A 1NNBA 2ZMLA 4HZYA 2F26A 2EALA 2ZZJA 3FLTA 1YYNA 3AP7A 3RMXA 1AF9A 3VKNA 4Q2FA 2R0HA 1DLLA 3D6EA 1C1LA 4XOGA 4NOTA 2G4IA 1DQ1A 4FQ4A 2GALA 4FPFA 4BOWA 6NN9A 4UW5A 2GNMA 1DQ6A 4CPOA 1FX5A 2HTVA 1AVBA 3AJZA 4UW6A 4FPOB 5GALA 1V6NA 4FPEA 4XXPA 4GZXA 1WD4A 2C5DA 2Q5TA 2A75A 3RSJA 1UAIA 3ZSKA 3HMYA 1UPSA 2WT1A 1V3BA 4KS5A 5T5JA 1S1AA 1WLWA 2UWAA 4XJAA 1ENSA 1H30A 2SILA 4CPMA 2ZBJA 1J1TA 3WLUA 2ZHLA 1LHUA 3NSSA 1SBEA 2ZAAA 3PVNA 1V3EA 5HCAA 2PHRA 3TIBA 4LBKA 5T5PA 2VW0A 3AJYA 1IKQA 2D6LX 1GYKA 5DUUA 3A71A 3N7LA 5HUMA 3N7KA 2YY1A 1LGBA 4K1YA 2ZGUA 4XXAA 3TIAA 1LESA 2GMEA 1GV9A 4WZFA 4CPLA 2XCYA 2HT8A 3OY8B 1VLNA 2PELA 2F29A 5KXCA 4K21A 1V3DA 3POYA 4GZWA 1VALA 1AJKA 4FQZA 2CNAA 1BKZA 4XJZA 1NSDA 2D6KA 1NNCA 3AP6A 1WCSA 4YZ4A 1MS5A 1F8CA 4XILA 4XJ9A 4X6KA 1LOGA 2YA7A 4AWDA 3KQRA 1IS3A 2R0FA 1FATA 1BJQA 4X49A 1MVQA 2F13A 1NMCA 2W5NA 1W0PA 3N7MA 3M3CA 2W20A 4ATFA 4DRRA 4FOYA 5GZFA 4YGCA 1DQ5A 1MZ5A 4MJVA 3B3QE 4GKYA 1L7FA 4XJWA 1ZM1A 3CL2A 4BLIA 4B7MA 1LU1A 1RITA 1WCQA 2ZGNA 1W1XA 2AR6A 5JOWA 1V2IA 3M1HA 1ZA4A 1S0FA 4NO4A 2P3KA 1W8NA 1YXWA 2BF6A 2JECA 2EIGA 5EXOA 3LSEA 2ZGLA 2EF6A 3WVJA 2YA5A 1S0GA 1DQ0A 1F8DA 1AJOA 4Q27A 1LOFA 2RKCA 4R9AA 4GEZA 1H9WA 4B7NA 3N3HA 3V0BB 4BBWA 1VIWB 1C1FA 4Y1VA 3BTAA 1B9SA 3CYEA 4I30A 1USXA 3WHTA 1FV2A 5EYYA 5KXDA 4YZ2A 1NMBN 3UK9A 3VV1A 2GNTA 3V64A 4WV8A 3FBYA 1NXD1 4LBJA 4AVSA 2NM1A 4Q8KA 4IQPA 3VKFC 1CONA 2ZGRA 3AFKA 4CRQA 2QWEA 4P9WA 2XZIA 2D7FA 3B7EA 3IM0A 1CJPA 5T5LA 2CMLA 2BQPA 3PVOA 2C9AA 3DUIA 4LBMA 4Q1RA 5E8AA 1NCBN 4GZQA 3O9JA 1CN1A 3VKLA 2HTUA 1V6JA 3MEPA 3FFZA 2CY6A 2GN3A 1X50A 1JXNA 1Q8SA 1JHNA 4GDIA 4MC7A 1IKPA 5GZCA 2GNBA 1LGNA 1PZ8A 1W21A 4GKXA 4DFSA 4FP2A 2VK5A 4HZXA 4HZZA 3NV4A 3PMEA 3BODA 4MZAA 3ZPYA 4XBQA 3V0BA 1KRIA 3VKOA 1IS5A 1GZWA 1W6PB 2AGSA 3M3QA 2WSUA 7NN9A 1BYHA 4WEGA 1AXKA 3AP4A 1C57A 3MW3A 3MW4A 3D11A 3ZXEA 1SACA 4K20A 5HCFA 4MJUA 2UWCA 1LHNA 1LOBA 5EWSA 2NMOA 4WVWA 4LBOA 4XZPA 3WG1A 5CBLA 2P3JA 4KS3A 1MS4A 1V00A 5SV8A 2NP0A 1G86A 4ATEA 3ZXKA 5CAZA 1G9AA 3B00A 4M00A 2XZJA 3O12A 4H53A 3RG0A 2NYYA 3VUOA 4PQ9A 4KS2A 4NCSA 4YM3A 2VY0A 1AXZA 1EUUA 4YG3A 2WT2A 4RL7A 1GBGA 2OW4A 3O9KA 2KM2A 1KJLA 5IK7A 4B7JA 4B7QA 1LU2A 2QWGA 2DUPA 5GLZA 4X4AA 1W6OA 4AGRA 2ZHKA 3H72A 2ZB6A 1Z4ZA 2W5OA 4Q1PA 4GDJA 2YDTA 1QMJA 2ZABA 1SLIA 3SITA 1G9CA 3ZXJA 1VAMA 1JUIA 3APBA 3WDTA 3DGTA 4FZHA 4CPZA 3H73A 2AENA 1B09A 1INYA 4M3CF 1W6PA 4YLZA 1V6MA 5NN9A 4OZXA 1IVDA 5DUWA 4R9BA 2QWCA 3RQ0A 4K1KA 1ULDA 3ZYRA 1F31A 2V5YA 1Y7BA 1Q8QA 2DYCA 2QWJA 5KXBA 3SLIA 1MWEA 1W20A 3ZSLA 1W6NA 4YZ5A 4H55A 4FPKA 2E51A 2HT7A 1Q8OA 3WG2A 4TZDA 2VW1A 1GANA 4XE9A 1INHA 2SIMA 4YG0A 1INWA 1W8OA 3T1MA 3USUB 1E8VA 2ZMNA 3WOGA 3K39A 1YRZA 1A4QA 1JYCA 5DUVA 3I8TA 4QN6A 1LOFC 3K36A 2SBAA 2EXHA 4MWYA 5JOXA 3R4SA 2ZGSA 1DIMA 3ZXLA 2LALA 2VK6A 4JCKA 4R9CA 2VXRA 1O4YA 2YZ4A 3HN1A 1ENQA 2A7AA 4MWLA 1S0CA 2BERA 1LHWA 4HIZA 4KS1A 1DZQA 1FNYA 1F8EA 5CNAA 3OYWB 3AP5A 1ULCA 2UWBA 3FUOA 3NN9A 1N1SA 2ZKNA 1HQLA 2DUOA 2JDZA 4Y22A 3WUDA 2QWBA 3UJQA 4YZ3A 5GLVA 4LBQB 3ZXFA 1JYIA 1JBCA 1AX2A 2Z42A 1Z4WA 2JE7A 4PBPA 3B69A 3TI4A 5DZGA 1Z4XA 4XJRA 4QN4A 2D6PA 4PBOA 5HCBA 1MS1A 3TB0A 1USRA 4M01A 2CL2A 2YA6A 3N35A 2GDFA 1SLAA 2WQZC 3AYEA 2VUAA 4BM8A 5BYNA 1KDKA 3FLRA 2YA8A 1NLSA 1EUTA 1QKQA 2HTWA 1WBLA 4CZSA 2F28A 4M3MA 3TAYA 2F0ZA 5F9TA 4P9YA 2XZKA 1A4GA 4PCRA 3W09A 3ILFA 4Y1UA 1UN1A 5CA6A 1WLDA 1TEIA 1QF3A 1VAVA 3OBRA 3T2TA 1ULEA 4H52A 2NZ9A 2UU8A 1QDCA 2VU9A 1N1VA 1I1EA 5HUNA 2A6XA 3K37A 1V0ZA 1C4RA 1SCRA 2WLQA 4XJUA 5CB7A 1DFQA 1V6LA 1CPMA 4QNPA 3AP9A 1LJ7A 1WW6A 3OYWA 2DVFA 4M3CB 1G8WA 4WA3A 3SH5A 2XG3A 3R4UA 4LBQA 4FPGA 1WUVA 1F8BA 3TI3A 2AREA 3ATGA 3AYCA 3SILA 1W6MB 3AX4A 3AYAA 3IKWA 2EAKA 4GWNA 2W08A 4W65A 3O0XA 2YDPA 2R16A 5T54A 3A72A 3ALXA 1FYUA 3OY8A 4YW2A 5B2DA 2WKKA 1GZCA 1NMAN 4XJQA 1KITA 2R49A 4BPZA 3WG3A 1OQ1A 2ZGOA 4XBNA 2D3SA 1UKGA 1IVBA 1H9PA 4JF7A 4FPCA 4Q6KA 5E88A 3H0OA 4HL0A 2ZGPA 4J9TA 3HR9A 5IK5A 1DBNA 2PHUA 1GSLA 5H9RA 3D12A 2HU0A 1APNA 1A8DA 1UMZA 3SH4A 4C1XA 4YFZA 3ILRA 3KM5A 1LOAA 3WDWA 1LEMA 2A6WA 3TI6A 4X47A 1UZYA 3D4KA 2F11A 1WW4A 5JMCA 5DG2A 1B9TA 5L73A 3K3AA 1FV3A 4UF7A 3NV2A 4GA9A 1E8TA 1V6IA 2EXJA 4MWWA 2F25A 1SO7A 2DURA 3IMNA 1CQ9A 1MR5A 2AYHA 3WCRA 2A3WA 3CNAA 5GZGA 1Q8PA 4NC5A 4FPLA 4U36A 1VCJA 4WVVA 2A6YA 2ZGKA 4D69A 3WDUA 1GNHA 1QNWA 2D6OX 1UL9A 5T55A 1N3QA 2P34A 2P37A 2HT5A 1AZDA 3SH3A 2PHWA 1ONAA 3W59A 4MWQA 4UW3A 1W6MA 1EPWA 4M3CE 1XOEA 2CWSA 4ZXKA 3ZYPA 1Z78A 3AZYA 1LULA 1WBFA 1W0OA 4HZWA 2WJSA 2VW2A 2A3XA 2AUYA 3O0VA 2HTQA 2YV8A 2GMPA 3GVLA 5FRAA 2EXIA 1RINA 3GVKA 4I00A 1S0EA 1UX6A 2DVBA 1DQ2A 4XIKA 3U4XA 1ULGA 3A0KA 1Z0HA 1UZZA 1AX0A 4F83A 1YIFA 2ARXA 1LGCA 3WCSA 3LSDA 1G9FA 4DRVA 3O5SA 3WNXA 2GN7A 3K38A 4WA5A 1NCDN 1INGA 4DQAA 3L2YA 4P14A 1DYKA 1Z4YA 3ZSJA 4YM1A 2AEQA 5EYXA 1FAYA 4YW4A 1SLLA 4Y1YA 3M3OA 1D2SA 1XQNA 2JJ6A 2DVGA 4AGGA 3AXEA 3Q9OA 2HU4A 1DIWA 4BMEA 4K1IA 3BIWE 1A78A 2D6NA 4AGVA 1O4ZA 1Z4VA 4ZKTB 4XDQA 2VH9A 2BATA 3ENRA 2ARBA 3BEQA 2EXKA 3CKZA 4AYUA 4Y1ZA 1LOCA 3IN9A 1DHKB 2F24A 1DGLA 4CTEA 3GALA 1INFA 3FLPA 4MWVA 1G9BA 3OJBA 2ZB5A 3TI5A 1L7HA 1NSCA 5JOZA 5IK4A 1QNYA 4GZOA 1S0IA 1V6OA 4YGDA 1WW5A 2DVDA 4Q26A 5H9PA 4XMIA 1ENRA 1SFYA 5T50A 4MX0A 1IOAA 2YMZA 4MZEA 4XTMA 1W6QB 1U0AA 1INVA 1S0BA 2ZHNA 2E7TA 3MPPG 2DVAA 3M3EA 1BQPA 2E53A 3AZXA 2AH2A 2CYFA 3SALA 4KS4A 2XB6C 1LENA 2D3PA 3WHUA 2SLIA 4HANA 4BMBA 4XMAA 3OPZA 1RIRA 2YROA 1INXA 2NMNA 3ALWA 1AX1A 3B9CA 1QOTA 1LTEA 3OGGA 2X9MA 1MACA 2OUJA 3RMYA 2RHPA 3O0WA 4GJTA 2A6VA 3AXDA 1VCUA 4LBLA 1HKDA 2F27A 3V65A 3D5OA 1BZWA 2TEPA 1A14N 4K1ZA 3ZVXA 2D6MA 1R1ZA 3WDXA 1OFSA 2FHRA 3WUCA 4LBQD 3ILNA 4YW5A 1WW7A 5M1ZA 4XHBA 3I4IA 1V6KA 2WT0A 1GZ9A 4K1JA 4FOVA 4CPNA 2W52A 2ZACA 2VSKA 1HQWA 4MYEA 1QOOA 5T5OA 1OKQA 4R9DA 1QOSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HNMA 4ZS3A 2OVUA 4AI0A 3U0SA 1ZBE3 3VDBA 4QWNA 3SISA 2W68A 3POIA 1PX4A 2YYOA 3KGZA 5BNPA 1ZX5A 3MIGA 3O4PA 1N6DA 3KHBA 4QPGA 2X05A 1AR83 3USSA 1RTVA 1DYPA 3LA3A 5KHJA 1SDWA 4FVVA 1I3HA 4LHSA 4N90A 5FO7B 5ACA3 2A71A 3KYAA 1H2MA 3AKSA 4NPRA 2VQUA 2BJSA 1MPXA 2VZQA 3MIBA 3MICA 4IV1B 4RA0A 4Z8BA 4CPYA 2DU1A 3C2UA 3WZ1A 3PJQA 2OS2A 1NA1C 5A1LA 1KXGA 4IETA 2WAAA 3VDCA 5APAA 1NCQC 4FFIA 4Y4RA 4K1HA 5FWWA 2Y6LA 4P9XA 3NNFA 5DXDA 5FY8A 4FTBA 3G4EA 1CR7A 1OUXA 1H4GA 1NQJA 1SFNA 4YWAA 1QJX2 4X6QB 2DU0A 3OUHA 1VBE3 2JDHA 4GJZA 4MADA 2VAQA 1WLCA 1W04A 5I91A 1SHWB 1MZFA 3BCWA 4G3NA 1D0HA 3K46A 1PIV3 3VBHC 3WF0A 1KJRA 4ASMB 1IS6A 5J1XA 2PHDA 3USUA 1BJIA 4LORA 3RFRA 4GB1A 3NKTA 5GLTA 3SREA 1RUF2 3QLQA 5LA9A 4QN7A 2ZHMA 3CF6E 5DDJ3 4XACA 1C8NA 2ARAA 1W6QA 2DTWA 4XVHA 4IV3A 1G9DA 4NIGA 2N7GA 2A3YA 4PI0A 3VBSB 4GXLA 4WZCA 2HTYA 3M3IA 1VBD1 2W87A 1C8M3 3CL0A 2O8OA 2Y34A 1OA2A 1QGLA 1WMEA 3LQCA 4XQWA 2FMDA 4WBBA 5FYHA 1LECA 1Z7S2 1V70A 4SLIA 2E7QA 3FUQA 4CEYB 4BQ1A 4G9SB 5HUGA 1NSBA 1CIWA 1EYBA 2XJTA 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