4YW3A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, complex with neu5ac and neu5ac2en following soaking with neu5ac2en
Total Genus 202
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
202
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Neuraminidase C
total genus 202
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yw3A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yw3A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yw3A02
1V6IA 3TAYA 3ZXJA 3AK0A 2X9MA 1CQ9A 2VSKA 2PHUA 1L7FA 2AENA 4Y22A 1V6OA 2QWJA 3MW3A 3NV1A 1NCBN 1W1XA 4WEGA 2HU0A 2EAKA 3WG1A 2ZHNA 2CNAA 3R05A 4CPNA 4H55A 4BLJA 3VKMA 4ASMB 1Z4WA 1W6NA 4XBLA 3GALA 1SLIA 4WVWA 5HCBA 1KJRA 4M00A 2A3YA 1CESA 3VUOA 3H6JA 2P34A 1WW4A 3WDUA 1V6MA 5IK4A 1KDMA 3SLIA 2VK6A 3POYA 5EYYA 2R1BA 4XJ8A 1MACA 4FPLA 4K1ZA 4WV8A 2I2SA 4DRVA 3AJYA 1EPWA 1HKDA 5JDBA 2PHRA 4YZ4A 4WVVA 1ENSA 3AP9A 3OJBA 3OYWA 5T5LA 3B3QE 1U0AA 1N3QA 1QGLA 1UX6A 2V5YA 1JOJA 1C4RA 1OKQA 1WCQA 4Y1UA 3AX4A 1WW6A 5GLWA 2A6VA 1N3OA 4LBNA 1NLSA 2V73A 4IQPA 3ZSKA 2D6KA 1LGBA 2CTVA 3WVJA 3PMEA 4X47A 5GLTA 1W6MA 5GZFA 4XILA 1CPMA 1LOEA 2GNTA 2VK7A 4WA3A 3A0KA 5E88A 3V64A 4XJQA 1LGNA 3SALA 3SNMA 2CWMA 4MWWA 4Y1XA 5EXOA 1S0CA 3RQ0A 1WLWA 3ILFA 2A75A 1OFSA 5JOWA 1FATA 4FOQA 1R1ZA 4KS5A 2JJ6A 5JLVA 3H0OA 1LECA 1X50A 1SCSA 2ZACA 3N35A 3SILA 5HUKA 2YY1A 2A6XA 2EIGA 3BIWE 4MWQA 1NSDA 1DYPA 4B7MA 1URXA 2F13A 3W59A 1IVCA 1F8BA 5JOYA 1JBCA 3AFKA 2D3SA 2DVFA 1DQ1A 2EF6A 1L7GA 3GVLA 1INYA 4MZEA 2GNBA 4AGGA 4LBOA 4XJZA 3ZYRA 3I4IA 4C1WA 2XZIA 4ATFA 1INXA 3WNXA 1PZ8A 1B9VA 3FLRA 1SLLA 5DUUA 4LBJA 4LBKA 3NV4A 5GJ6A 3N3HA 3A72A 1SBDA 4GZQA 4I30A 2WQZC 1KITA 5IK8A 2GALA 3DUIA 1GV9A 3JUUA 3IM0A 1H9WA 2WNEA 5DZGA 3SH4A 4GKXA 3TIAA 2W20A 2DU1A 4FP2A 2F28A 2WT1A 4QN6A 4Q8LA 2A7AA 4AGRA 5F9TA 1WBLA 3SH3A 1V3EA 1NXD1 1DQ6A 4M4VA 4XJRA 3AZXA 1JHNA 1WD3A 4QN7A 1QMJA 2BZDA 1ZM1A 1MS3A 2NP0A 1QKQA 2VUAA 2ENRA 3M3OA 4QN5A 3QCWA 5T50A 2ES3A 4U36A 3N36A 2HTWA 4KS1A 2AEPA 4RL7A 3CNAA 1AF9A 3K39A 2CL2A 1ENRA 1YYNA 1DQ2A 3V0BB 3M2MA 1DQ4A 3OBTA 3VKNA 3AZYA 2ZMLA 2A6WA 4XZPA 4OZXA 4AWDA 5NN9A 5JVVA 1NNCA 1LOBA 4J9TA 3IN9A 4HZZA 1V6LA 1VCJA 4XOGA 1Z78A 1INHA 5CB7A 4UW6A 4DFSA 1NNBA 2E51A 2HT8A 1S0BA 1G9AA 3WG4A 3K38A 2D6PA 2ZBJA 1LHUA 1DIMA 3ENRA 2VW0A 2QWAA 4GJTA 4C1XA 1KJLA 2HTUA 1LOFA 4AVSA 4P9YA 4F83A 2JD4A 3ILNA 2QWCA 1YRZA 1N1TA 2W39A 2H0BA 5HX0A 2AH2A 3O9KA 4KS3A 2AYHA 5BYNA 4YG3A 1UZYA 1AXYA 4YW1A 4FPJA 2ZGMA 1SO7A 3R4UA 4BMEA 4GDIA 2SILA 1UPSA 5HUGA 4FQZA 2ZAAA 1Z4YA 2P3IA 4K1IA 3RS6A 5H9QA 1XOGA 1V2IA 1AXZA 1NCDN 1WW7A 4HZWA 4K3YA 4YFWA 4MYEA 1SNTA 1FAYA 4B7JA 4CRQA 1GYKA 4LBMA 2D6OX 1J1TA 1LESA 1AJOA 4YGCA 3L2YA 4LBLA 1BXHA 2CMLA 4K1JA 5SV8A 2YA7A 5KXEA 4GB1A 1V6NA 4HZXA 1W6QB 2ZGUA 3INAA 4YFZA 4Y24A 3TIBA 1W0PA 1F8DA 4TYSA 1PZ9A 4M3CF 3WDXA 1O4ZA 2DTYA 4UW3A 1A8DA 3H73A 1UMZA 4DPNA 3PVOA 1ENQA 4GA9A 1GICA 2E6VA 2VU9A 4YG6A 1LHOA 1S0DA 3RRDA 4DS0A 2PHTA 2QWFA 3ATGA 1GANA 1ONAA 2PHFA 4YM3A 2F29A 3B7EA 1D0HA 2DWRA 3WHUA 1INGA 1MS1A 4XTMA 3HMYA 2TEPA 3K36A 4R9CA 3D11A 2UWCA 3FLTA 4I00A 4FPOB 1LGCA 1E8UA 5H9RA 2ZGKA 3FUQA 3B69A 4CZSA 4YGEA 1S0IA 2GMEA 4K1YA 2BF6A 3RMXA 3USUA 1OQ1A 2B7YA 1FNYA 1IOAA 3WUCA 4YG0A 4R9DA 1RINA 1VAVA 5GLUA 1JW6A 1Y7BA 1W6OB 1SCRA 3VKLA 4Y20B 2FMDA 1BJIA 1LENA 3O12A 2P37A 2YA5A 2R0FA 5T5PA 3CL2A 4P9WA 2QWBA 2F10A 3FUOA 3PJQA 2DTWA 3V0BA 1NN2A 2QWGA 4MWYA 1F5FA 3WDVA 1LODA 2YA4A 4B7NA 3ASIA 2ZGNA 2ZGQA 3ZYPA 3MPPG 4AVVA 3AP6A 1A4QA 3GVKA 2JKBA 1W20A 5H9SA 4M4NA 4Y1VA 3MEPA 1V6JA 4R9BA 4M01A 1EURA 4YW4A 2ZMNA 2SIMA 4FPFA 1RIRA 3AP4A 2WJSA 1F9KA 2VSMA 2CWSA 4Z8BA 1F31A 3K3AA 2HU4A 5HCAA 4CPMA 1V3CA 2YDTA 1FV2A 3POSA 1MVQA 2A5ZA 5GZDA 1LU1A 4Q1RA 5CNAA 3W09A 1LCLA 3OPZA 1Q8SA 1HLCA 2AUYA 3AYDA 4GALA 2RHPA 1LOCA 3M3EA 1E8VA 2A3WA 1S0JA 1DQ5A 2DUQA 1B9TA 1FNZA 2ZKNA 4FPCA 5DUWA 1CN1A 2EXHA 2D3PA 4FOVA 3AXEA 4LBQB 1S0EA 1HDKA 1A14N 5H9PA 2PELA 1E8TA 1V6KA 3OBRA 4ITCA 4MX0A 3V0AB 4YM0A 1FYUA 1DLLA 1JXNA 1PZ7A 1VAMA 1CIWA 4HZYA 2XCYA 3N7JA 1V0EA 5JYYA 2ZGPA 1QDCA 2ZMKA 3U4XA 4BBWA 1INVA 4R9AA 1MS9A 4XBQA 2BQPA 3ALXA 1CR7A 1C57A 4GEZA 1W6QA 1Q8PA 1O4YA 1WLDA 1AJKA 3C2UA 3T1LA 2YV8A 3FLPA 1IVFA 1H9PA 1F8EA 4HANA 3QLQA 4FPHA 1VLNA 4JCKA 2EXIA 4WA5A 4PF5A 3O0WA 4QN4A 3AP5A 1IKPA 4XDQA 4SLIA 1AXKA 1ULCA 4GDJA 3GVJA 5GLZA 1INWA 4H52A 4Y22B 1LJ7A 2P2KA 2JDZA 3D12A 2WKKA 1C1LA 1QDOA 1LULA 4GZSA 4YZ1A 3B01A 5DG1A 1W8OA 2YROA 3NV2A 4NO4A 2E53A 4DRRA 2EXKA 3BODA 1LOFC 4XIKA 3ZXKA 1IS4A 3SANA 3ZXFA 4YZ2A 2D6MA 4XE9A 1YXWA 3T1MA 2ZHLA 3OY8B 4QNPA 2R16A 2WLQA 4HIZA 1LOGA 4AVTA 4FJ6A 4CPLA 4YW2A 3WHTA 4YM2A 4ZXKA 2GN7A 1ULEA 1S0FA 2EXJA 2F11A 3M3CA 3VKOA 1N3PA 3ZXLA 2A6YA 1SFYA 1D2SA 4Y20A 3LSDA 1H30A 3RG0A 1IVEA 4GZTA 2ZGOA 4FOWA 4AYUA 4YW5A 4PBOA 4YM1A 2UWBA 5F5QA 1EUUA 1N47A 1MS0A 2P3JA 5KXCA 2XZKA 2C4AA 4B7RA 4FPEA 2F24A 3M1HA 1B09A 5L73A 1G86A 2NMOA 2XZJA 4GWNA 2W38A 4NCSA 3NN9A 1LU2A 4M3CB 1W6MB 2HT5A 5IK7A 2AGSA 1NSBA 3A4UA 2Z42A 4K1KA 4Y26A 5FREA 2PHXA 1VIWB 4XJWA 4WZFA 2HT7A 4K1HA 3Q9OA 1EUTA 3BEQA 1GNHA 2D44A 1MS5A 3AP7A 4X4AA 2VVZA 2GMPA 5IT6A 4K21A 5JOXA 3WG2A 3TI4A 4GXLA 2DUPA 3DGTA 2A71A 1IVBA 4XMIA 5CBLA 5T5OA 1DYKA 5JMCA 2HTRA 4YZ3A 1MWEA 2RKCA 2QWEA 3UJOA 1IVDA 1NSCA 3ILRA 2C5DA 3WV6A 1AX0A 3B9CA 4WEFA 4BQ1A 3TI5A 2VXRA 4XJUA 2WT0A 3A0NA 2W5OA 3UK9A 3WZ1A 3TI3A 1DIWA 5GALA 2F26A 2CYFA 3CL0A 1NCAN 2F25A 1JN2P 2VK5A 2XB6C 4LBQA 3A71A 4GZWA 7NN9A 3NSSA 1CONA 1UL9A 3FFZA 1V3DA 4WA4A 1HQLA 2AR6A 1MS8A 2ZABA 1SBEA 3KQRA 3V0AA 1BKZA 2BATA 1XQNA 3K37A 1B9SA 3ZSLA 1MR5A 4Q6KA 3N7LA 4NN9A 1NCCN 5GLVA 2XG3A 4D69A 2ZHMA 3AZVA 1Q56A 4H53A 1A3KA 4MWVA 3D5OA 3N7MA 4PQ9A 2ZGTA 2CY6A 2VH9A 4ATEA 4CPYA 1UN1A 4CPZA 4PCRA 1HQWA 2QWHA 3D4KA 4K20A 2OVUA 3RMYA 1YIFA 3WDWA 1LEDA 5CA6A 2DURA 2VY0A 2D6LX 3HN1A 1SBFA 1W21A 3TICA 4XIOA 2GDFA 3SISA 2YZ4A 1CVNA 3AZZA 3OGGA 2VWDA 1LHWA 5GZGA 1I1EA 5DXDA 4XMAA 1AVBA 1C1FA 3TB0A 2B8HA 1USRA 1MS4A 1MZ5A 1KRIA 2NYYA 3W58A 4QN3A 1BYHA 1DILA 5B2CA 4FZHA 1LEMA 2WT2A 3GNEA 1LOAA 2ARBA 3LSEA 1XOEA 3IPVB 2HYKA 2FHRA 1DFQA 5GZCA 5AVAA 1F8CA 4MWJA 2QWDA 3NWKA 1GLHA 1WLCA 1GSLA 1N1VA 1V0FA 3OY8A 5T52A 4CTEA 2SLIA 2NMNA 4DQAA 1IKQA 1VALA 5DZEA 4BM8A 2QWKA 1MZ6A 2DVGA 1S1AA 4Y1YA 1UKGA 1W0OA 3ZSMA 3WCRA 3D6EA 1JUIA 4BLIA 3JU4A 1EUSA 4HZVA 1GZCA 1VCUA 4FQ4A 1QNWA 3M3QA 2F12A 1GZWB 2JECA 2VW2A 4XYXA 1Z4XA 3O5SA 3T1EA 2YA8A 1ULDA 2D3RA 2A6ZA 1IVGA 2C4LA 1ULGA 2YMZA 2ZB6A 1Q8VA 3WG3A 5LK5A 2ERFA 3B00A 1G9BA 1SLCA 4M3CA 6NN9A 2JE9A 2E7QA 1LTEA 2YDPA 2BERA 4JRAA 1V3BA 1G9DA 5FRAA 5T54A 1AX1A 2F27A 1ULFA 2YXSA 4Q8KA 1WBFA 1ZA4A 5E8AA 2GMMA 1Q8OA 1IS6A 2W08A 5JOZA 2YA6A 4JF7A 5CAZA 2A70A 4ISQA 3TI6A 2W52A 2G4IA 4GKYA 4CPOA 5B2DA 1BJQA 4FP3A 5HUNA 3WOGA 4FPGA 1Z4ZA 1QF3A 2P3KA 2ZGRA 1CJPA 4Y1ZA 1A78A 3MW2A 2R49A 1TEIA 4XHBA 3T2TA 4D8SA 5DG2A 5DZFA 1W6PB 2GNMA 3BOPA 4P9XA 1WD4A 1NMAN 3HR9A 5HUMA 3O0VA 4YW3A 1APNA 1YI7A 5T55A 1GBGA 5KXDA 3H72A 3JU9A 4FOYA 1AX2A 5M1ZA 2DU0A 3INBA 4XJAA 5DUXA 3AJZA 4W65A 3PVNA 3VV1A 2DVAA 3AXDA 4MWLA 3SH5A 2C9AA 2R0HA 4YGBA 3VKFC 5E89A 3WDYA 4XBNA 4ZKTB 4FVKA 4L8QA 1N1YA 3H71A 3USUB 1WW5A 1W6NB 2HTQA 3RSJA 4BPZA 1Q8QA 1NMCA 5EYXA 3AYCA 1INFA 1UAIA 1Z50A 4MWUA 1BQPA 1KQRA 4M4UA 3IKWA 3TI8A 1W8NA 3NV3A 2VW1A 4XHXA 4GZOA 3WLUA 4YZ5A 1RITA 3POWA 4Q27A 2Q5TA 2D6NA 2ZA9A 3ALWA 4BOWA 4GWMA 4KBBA 1IS3A 3WUDA 1WUVA 1L7HA 4RA0A 5HCFA 3OYWB 4GZPA 1FX5A 3WCSA 2ZZJA 4M3MA 2AREA 1JYCA 3UJQA 2OUHA 1W6OA 1FV3A 4X49A 3O9JA 2GNDA 1CPNA 2UWAA 1JYIA 3ZVXA 2NZ9A 3IPVA 2HTVA 2QWIA 1Z0HA 2WSVA 3R4SA 2DUOA 3V65A 1G7YA 1QNYA 3LCPA 1USXA 1GKBA 5T5JA 2PHWA 4U2AA 4KS2A 4HL0A 3UL2A 4MWXA 3KM5A 2W5NA 2ZB5A 4MJUA 4PBPA 4BMBA 1DQ0A 4AGVA 1QOSA 3ZPYA 2LALA 3MW4A 4MWRA 1V0ZA 1NMBN 3AZWA 5GZEA 1LHVA 5EWSA 1NNAA 1GZWA 2NM1A 2R1DA 3WDTA 2GN3A 3APBA 3AYEA 4Q2FA 4XXAA 2ZGSA 3CYEA 5IUQA 2A3XA 1SLAA 2WSUA 4JC1A 4GZXA 2D7FA 2JE7A 4NOTA 1V00A 2SBAA 2UU8A 4MZAA 4UF7A 4NC5A 5DUVA 4FPKA 2W68A 2ARXA 2D43A 1G9FA 1UZZA 3FBYA 4KS4A 2ZHKA 1AZDA 4XXPA 2LTNA 1G9CA 5IK5A 1I3HA 1DGLA 3PVEA 2NN8A 2F0ZA 1QOOA 4Q1PA 1MVEA 4XJ9A 3N7KA 3IMNA 4MJVA 1SLBA 1QOTA 2EALA 3CKZA 2KM2A 1KDKA 1N1SA 3AYAA 4UW4A 1IS5A 4FVVA 1SACA 5GM0A 2OUJA 4FPYA 4M3CE 4MC7A 4B7QA 4TZDA 1YO8A 3ZXEA 1LHNA 2HTYA 2UURA 3O0XA 4ISRA 4LBQD 1GZ9A 4P14A 2ZGLA 1SLTA 1DZQA 2DVDA 4Q26A 1W6PA 4UW5A 2OW4A 4X6KA 3ZSJA 3SITA 4DGRA 1S0GA 1DHKB 1A4GA 2DYCA 1QU0A 4XTPA 1BZWA 2AEQA 3I8TA 1Z4VA 4YLZA 2E7TA 2DV9A 1G8WA 1WCSA 1DBNA 1GNZA 2DVBA 4YGDA 5KXBA 3BTAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VBE1 4I3GA 4LMFA 1OXCA 4S2GA 2OKXA 1HXS1 3LAGA 1S18A 1V6IA 4IETA 3TAYA 1K32A 1JZ5A 5CIRA 2BU9A 4XAAA 3ZXJA 1W99A 4I01A 5G04L 3S2KA 1DGWX 1E5IA 1WKYA 2WO2A 4LO6B 3G6JB 5HV0A 3AK0A 3T0DA 1C9UA 2X9MA 1CQ9A 2VSKA 5KHGA 1UYYA 2Y64A 4CCCA 2PHUA 2XJTA 4AK3A 3RWNA 4MGYE 1EAH3 2AENA 1UPIA 2XQXA 3DYOA 3PUIA 4JRLA 4WVZA 5FY4A 5JIAA 3VDBA 4Y22A 1V6OA 2CSGA 1OMIA 5LEKA 4L99A 2R6QA 3KHCA 4N43A 2QWJA 3MW3A 3NV1A 1NCBN 1W1XA 3RYRA 2HU0A 4WEGA 2EAKA 2VMIA 3WG1A 5F5CA 2JDKA 1Z7S1 2ZHNA 2CNAA 3P1IA 3R05A 4OLLA 1CZTA 4LKDA 4MOAA 3VBSC 4CPNA 1PIV1 4H55A 4LKFA 2N7GA 4XFHA 2ZTNA 3VKMA 3WW4A 4ASMB 4M4PA 4BLJA 1Z4WA 2G8SA 5JMOA 1OD5A 2C0ZA 1W6NA 4NMIA 1TG7A 4XBLA 3VD3A 3GALA 4JGZB 2RS32 1VBD3 4GNBA 3D0JA 1SLIA 4KWJA 4WVWA 5HCBA 1KJRA 4EJRA 4M00A 4ZU5A 1D7PM 3N9NA 1PK6A 2A3YA 2VOKA 4I02A 3DPRB 1CESA 1O4TA 1UOFA 3H7JA 5FZOA 3VUOA 3H6JA 4A4AA 1B35C 2JB8A 5T3NA 3TNQA 2RS13 4CU8A 3IAXA 1RHI1 2OIIA 2P34A 5FDBA 5FZMA 1WW4A 3WDUA 3GBWA 1V6MA 1SPPB 2BGPA 5I8SA 4PF1A 4BK4A 1BMV1 5IK4A 2ILMA 2YGLA 5JPNB 4DO0A 4NIAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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