4YW3A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, complex with neu5ac and neu5ac2en following soaking with neu5ac2en
Total Genus 202
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
202
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Neuraminidase C
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 202
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yw3A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yw3A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yw3A02
5IT6A 4XBLA 3OY8A 4LBQA 1NMAN 1MS4A 4QN5A 2JE7A 1SBFA 1QU0A 1G9BA 1Q56A 4BPZA 4MC7A 3W09A 1SLIA 1V6OA 5GLTA 3AZYA 1W6NB 2ZGKA 3KQRA 4CRQA 4KS2A 2DTYA 3JU9A 4F83A 4UW6A 2ZGUA 2CYFA 2E53A 4M3CE 5GZEA 1INYA 1GZWB 2A6WA 4RL7A 3SANA 1UPSA 1N3QA 4PBOA 1G9FA 4M4NA 5CAZA 1IVEA 3SILA 4FQ4A 3VKLA 1FV3A 2LALA 2ES3A 4AWDA 1HQLA 1DGLA 4TZDA 4HANA 3INBA 1W6MA 3NV4A 1MWEA 1URXA 4MJUA 2AYHA 1CPMA 1HDKA 1DIWA 2ZGNA 4MWRA 5GLUA 5GLVA 2UWAA 5DUVA 1INFA 1L7HA 3N3HA 4YW3A 4FQZA 3T1EA 2XZKA 4FVVA 2F26A 2VVZA 1LHOA 3H0OA 4DRRA 4X4AA 1WCQA 1DYKA 4X6KA 5HUGA 4DPNA 4UW3A 1N47A 2CTVA 1ULEA 2WNEA 1XOEA 1NNCA 1MS1A 1N3PA 2QWDA 1J1TA 2GNMA 2A6ZA 3UJOA 3NV3A 2WT0A 2VW1A 4J9TA 4ISQA 2ZMNA 2YMZA 4WA5A 4YW1A 1H30A 3FFZA 3WDXA 2DVBA 2YA7A 3USUB 1G86A 3CL0A 3OPZA 2ZAAA 4FPLA 4M3MA 1NCBN 2C4AA 1WUVA 1S0GA 5L73A 3WG1A 1SNTA 4XZPA 5T50A 4AGGA 1V6LA 5JOYA 4PBPA 1G8WA 4BLJA 1FATA 3TI8A 3AJYA 1SLAA 3ZSJA 2OUJA 2I2SA 4KBBA 5DUUA 2SIMA 2QWEA 1DFQA 5DZGA 2R16A 1HLCA 4PF5A 4QN4A 4Y20B 1GZCA 2OW4A 5JOZA 1LULA 3OYWB 3GALA 4HIZA 2FHRA 3OBTA 1GANA 5GLZA 4Q27A 4M4VA 2F24A 1N3OA 3N7MA 2ZGLA 2ZZJA 4GZPA 2PHXA 1VCJA 3A72A 4GDJA 2VY0A 1MR5A 2B8HA 5IUQA 2WT2A 3IPVB 3SALA 3K39A 5KXCA 3ALWA 4LBKA 4FPYA 1O4YA 4XJ9A 5JMCA 3IM0A 4YLZA 4GZSA 1S0BA 3SNMA 1F31A 1S0FA 4ATFA 2P2KA 4FOYA 4B7NA 2V5YA 4FVKA 4M3CF 1GLHA 5FREA 1W6PB 4FOWA 1ULCA 2AH2A 5M1ZA 4KS5A 4YG6A 1PZ9A 1I3HA 3OY8B 2YXSA 1R1ZA 5HUMA 4LBQB 5JOWA 2UWBA 1V3DA 1WW5A 3PJQA 4MX0A 2AREA 3V0BA 1W20A 2WQZC 1IS4A 4RA0A 1BXHA 4LBMA 1NLSA 2NN8A 3R05A 2GN7A 5FRAA 2ZGTA 4R9BA 3B7EA 1O4ZA 2DU0A 2PELA 3I8TA 4MWJA 5JOXA 1B9TA 2X9MA 3NWKA 1CJPA 1EUTA 1DLLA 3VKNA 4BM8A 3A71A 3MW4A 1S1AA 2D6PA 1NNBA 4GZXA 4PCRA 2NYYA 2HT5A 1HKDA 1W6OA 4XJQA 1YIFA 1ULFA 4YM0A 2F10A 2EXHA 3RSJA 2HTYA 2D3PA 1LHWA 2JE9A 2EAKA 4GZTA 1LENA 5F9TA 4YW2A 1INXA 3WCRA 4YZ5A 4XXPA 4FPGA 3W58A 1SLBA 4MWLA 1DBNA 4XBQA 5B2DA 2YY1A 3BTAA 4XDQA 3LSDA 1WD4A 4K20A 3W59A 1W6MB 1LU1A 1AXZA 4B7QA 4H53A 4XMIA 4XTMA 1X50A 1Y7BA 4JF7A 3WOGA 4QN3A 2QWCA 4Y1UA 1AJKA 2XB6C 4LBLA 2D7FA 5DUXA 5KXDA 3N35A 1EURA 2WKKA 2ZGPA 1IVFA 2F11A 4K21A 2GALA 5EWSA 5HUNA 4MZAA 3O12A 2YDTA 2F29A 2ZABA 1MS0A 1S0IA 1IVGA 4CZSA 2DTWA 3VUOA 1LODA 3H73A 1Z4XA 3TI3A 5SV8A 4CPNA 1DQ6A 2XZIA 3N7KA 3T1MA 2GN3A 1BJIA 2QWFA 3AZXA 3ZYPA 1W21A 4NN9A 4ASMB 2KM2A 2ZGQA 3FUQA 1B9SA 3ZSMA 3A4UA 3M1HA 1FX5A 1CN1A 2D6LX 4YM1A 1Q8VA 4FPHA 5E88A 4Y22A 1V0FA 4WA3A 3VKMA 3RRDA 5GLWA 1NNAA 4MWVA 2EXJA 4JCKA 1LHVA 3TICA 4FPEA 3R4SA 4Q26A 2YA6A 4W65A 2W5OA 3HN1A 4M3CA 1MS8A 3K36A 2E51A 2CNAA 1QDOA 3V65A 2D6OX 3ZXEA 4XIKA 4TYSA 1C4RA 2DURA 4UF7A 1LGBA 4BLIA 1BYHA 3APBA 3AP9A 4DRVA 4L8QA 1LOCA 3QCWA 2ZB5A 4MWQA 5HX0A 2QWHA 2B7YA 4FPCA 5CBLA 2HTQA 1BJQA 1GBGA 1KRIA 1B9VA 5E8AA 3B69A 4QNPA 3WUCA 4YFWA 5DG1A 1QKQA 1A78A 4K3YA 3PVOA 4GZWA 3VKOA 4CPMA 3GVKA 4GWMA 1DQ2A 1QMJA 4Q2FA 4R9CA 4C1XA 1JW6A 3POYA 2XZJA 4XHXA 4H52A 2JD4A 3TIAA 4WV8A 5H9PA 1F8CA 2VU9A 2DVGA 3FUOA 3D12A 2HYKA 4YGBA 4I00A 5DZEA 1E8VA 2F25A 2VW0A 1GYKA 2YA4A 3V0BB 2WT1A 1FNZA 1GNZA 3N7LA 1V6NA 6NN9A 1A8DA 4AVVA 3D11A 5T52A 3V64A 4BMBA 5IK7A 2GNTA 1V3BA 1IVCA 5GJ6A 4FP2A 2UU8A 1YXWA 3MPPG 5H9SA 5IK8A 1AX2A 1F8DA 2P3KA 1SLLA 1JBCA 2DUPA 3O0WA 3FBYA 2A6YA 1AZDA 1OQ1A 4Q8LA 4YGCA 1ZA4A 4XJWA 4FOQA 1D0HA 3PVNA 4DS0A 1W6OB 1EUSA 4FOVA 1WLCA 1USRA 1N1TA 1TEIA 4LBJA 2VWDA 3TI6A 4K1IA 4GKYA 3JUUA 5JLVA 1OFSA 4HZYA 1S0EA 4WA4A 4AVTA 3WVJA 2YDPA 3NN9A 1SBEA 4MWUA 1DZQA 1V00A 1LOEA 1IVDA 4KS4A 5DZFA 3PMEA 2AENA 2TEPA 5IK4A 4FJ6A 1C1LA 2BQPA 4GWNA 2VXRA 1F5FA 1QDCA 1DQ1A 1LESA 2DVDA 1JYIA 1ZM1A 2P3JA 1V0EA 4BBWA 4XHBA 2A75A 4IQPA 4XIOA 1DILA 1AXKA 2WLQA 3OGGA 1FAYA 1LOGA 2DU1A 4YZ1A 1NXD1 4Y1XA 4YM2A 3HR9A 2CY6A 4LBOA 7NN9A 1YI7A 2G4IA 2GMPA 3ASIA 1GZ9A 4U36A 4UW5A 1DYPA 2SBAA 3O0XA 3IMNA 1XQNA 3U4XA 4AGVA 3IN9A 1Q8QA 2ZGSA 5JDBA 2D6NA 1YYNA 2ZGOA 2HT7A 1IS6A 1LECA 3POSA 2W08A 4ZXKA 1SACA 2YROA 5BYNA 1JYCA 2DUQA 2D6MA 2R0HA 3NV2A 5HCAA 1WW4A 2A3XA 4FPJA 1G9AA 4P9WA 4Y22B 4AVSA 4GDIA 2HT8A 4CPLA 1CVNA 3NSSA 4MWXA 1XOGA 2D6KA 1INWA 2R0FA 3WDWA 2PHWA 3UK9A 1Z78A 1DHKB 3IKWA 4M3CB 5H9RA 4Y24A 4K1KA 4Y1YA 1GICA 1LEMA 2GNDA 1G9DA 1L7FA 1LCLA 2ARXA 4XTPA 3PVEA 1A3KA 2DVFA 2C9AA 1CQ9A 4YGEA 4K1HA 4UW4A 3CYEA 4X47A 4NO4A 3DGTA 1KDKA 1WD3A 3WDYA 3GVJA 5CNAA 4D69A 1V3CA 4ZKTB 3ZXFA 1AF9A 1IOAA 2ENRA 4WZFA 2P34A 1FYUA 4R9AA 3SISA 4Y1VA 1GV9A 1INHA 3AFKA 2R1BA 3GVLA 2EXIA 1VCUA 5EYXA 3BOPA 2GMMA 5GZCA 3ZXKA 1QF3A 1V6MA 2A70A 1JOJA 1DQ4A 2DYCA 1IKPA 1YO8A 3SH3A 4WEGA 2F12A 2RKCA 2CMLA 4YG3A 2ZHKA 1L7GA 1GNHA 1WBLA 1AXYA 2YV8A 4B7RA 2ZBJA 4M00A 5GM0A 4BOWA 1BZWA 4Q1PA 1LHUA 2CWMA 4FPFA 2QWKA 3WUDA 3JU4A 3Q9OA 3AYCA 1RIRA 2A3YA 3B9CA 2ZB6A 3B00A 2ZMKA 1WLWA 1W6QA 2NMNA 1SLTA 1F8EA 4FP3A 4MWYA 3AXDA 1NSBA 5EYYA 1OKQA 2AGSA 2W39A 4LBQD 4GZOA 3TIBA 1INVA 1H9PA 2VW2A 5T5OA 4XJ8A 3H71A 2ZHNA 4GZQA 1Q8PA 4FPKA 3WDUA 4XILA 2QWBA 4XJRA 1A4GA 1HQWA 1WW6A 2WSUA 4ITCA 5F5QA 2YZ4A 3CNAA 1LHNA 3AP5A 1W1XA 2CL2A 1DQ0A 3QLQA 2V73A 3TI4A 1WCSA 1EPWA 4JC1A 4K1JA 4M01A 3I4IA 2FMDA 3MEPA 4U2AA 2GMEA 4GB1A 1LOFA 1NMCA 1EUUA 2D3RA 2BERA 2QWGA 1DQ5A 3A0KA 1CONA 1BKZA 2W52A 4GKXA 3O0VA 4YW4A 3ZPYA 4X49A 4Y26A 5JYYA 2F13A 1W0PA 1NCCN 3AP4A 2VSMA 3ENRA 1W0OA 4AYUA 1AX1A 2A7AA 1V6KA 2XCYA 2HTVA 4YGDA 1LOBA 2A71A 3WG3A 2HU0A 3OJBA 2DWRA 3B01A 4DFSA 4HZVA 2BF6A 2ERFA 1C57A 1S0CA 2A6VA 1KDMA 1LOFC 3BEQA 4ISRA 4DQAA 1Z0HA 4YZ4A 4XBNA 2EALA 3VV1A 4XE9A 4BQ1A 3WHUA 1F8BA 5KXBA 1W8OA 2QWJA 1UX6A 5E89A 5H9QA 4YM3A 4XJAA 4AGRA 1UN1A 2DVAA 2GNBA 3NV1A 2D3SA 1A4QA 4GALA 3AP6A 4R9DA 4MZEA 1SLCA 1JHNA 3V0AA 4K1ZA 2BATA 3GNEA 1AJOA 1RINA 5LK5A 2E6VA 2A6XA 3ZSKA 2BZDA 3ALXA 5GZDA 2JECA 1SCSA 3AP7A 4XYXA 2GDFA 1INGA 1MVEA 1UZYA 1ONAA 1VALA 4I30A 2ARBA 1C1FA 4GEZA 2JKBA 3SH5A 4QN6A 1VIWB 3M3EA 4CPZA 1QNWA 1N1VA 1LGCA 2EIGA 2ZHMA 2NP0A 1CR7A 1U0AA 5KXEA 1Z4YA 3WCSA 4H55A 3WDVA 1GSLA 1MZ5A 4NCSA 2W38A 3ZVXA 2W5NA 3T1LA 1AX0A 3BIWE 2UWCA 2HTUA 2Z42A 4P9YA 5CB7A 4B7MA 4XXAA 1WLDA 4XMAA 3M2MA 2VK7A 4YW5A 2W68A 1B09A 2R1DA 3AX4A 2HTWA 3KM5A 1SO7A 5T5JA 2P37A 1JUIA 1A14N 2QWAA 2PHFA 4K1YA 3N36A 1G9CA 1LTEA 4NOTA 2A3WA 1SCRA 4CPYA 1IS3A 3SITA 4YG0A 2W20A 3K37A 1W6QB 3ZYRA 2NM1A 2CWSA 4XJUA 3AXEA 4HZZA 2E7TA 2NZ9A 3R4UA 4Y1ZA 5DUWA 3MW3A 3H6JA 1E8TA 4ATEA 3FLRA 1KJRA 4WVVA 1MACA 3D6EA 1MS9A 1Z4ZA 1W8NA 1NSCA 1ENQA 4MWWA 2F0ZA 3RMYA 4LBNA 5HCBA 2AR6A 1VAMA 2VK5A 3WHTA 3LSEA 3CKZA 1CPNA 2AEQA 4D8SA 2OVUA 1DIMA 2WSVA 1NMBN 3D5OA 2HU4A 3ZXJA 4Q6KA 1JXNA 1MS3A 2ZGRA 5CA6A 3SLIA 2ZHLA 2NMOA 5GZGA 4OZXA 2D44A 3M3CA 3WG2A 4C1WA 1I1EA 2LTNA 3WNXA 4B7JA 1NCDN 3AYAA 5T5PA 2WJSA 1FV2A 5B2CA 1V6JA 3AZWA 3WZ1A 5HCFA 1IVBA 2H0BA 2AEPA 2VUAA 4YZ3A 1W6NA 4KS3A 2ZACA 3T2TA 1PZ7A 3FLPA 3C2UA 1MZ6A 4Q1RA 2YA5A 3O9JA 2ZA9A 1S0DA 4KS1A 3H72A 1GZWA 3UJQA 4HZWA 1UMZA 1JN2P 1KQRA 2SLIA 1V2IA 2E7QA 2JDZA 4XOGA 2PHUA 4Q8KA 1GKBA 1V3EA 1H9WA 2F28A 4JRAA 5AVAA 3K38A 4QN7A 1YRZA 4DGRA 5T54A 3TAYA 2F27A 3O9KA 2C4LA 2UURA 3WDTA 1SFYA 3V0AB 1WW7A 3LCPA 1QOSA 3OBRA 1UZZA 2VK6A 2ZKNA 3AK0A 1N1SA 1QGLA 1S0JA 3D4KA 3B3QE 1G7YA 4WEFA 3FLTA 1ULDA 1LGNA 2OUHA 3WG4A 2YA8A 2D43A 3POWA 3DUIA 4WVWA 2AUYA 2HTRA 1CIWA 1BQPA 2PHRA 3WV6A 1PZ8A 4P14A 4YFZA 2DUOA 5GALA 2ZMLA 5IK5A 2EF6A 3CL2A 1QOTA 3MW2A 4BMEA 1QNYA 1SBDA 3RS6A 4GXLA 1AVBA 1ENSA 3HMYA 4XJZA 3USUA 3AZVA 3L2YA 1APNA 2A5ZA 1MS5A 4P9XA 1FNYA 1LU2A 1QOOA 1KJLA 5DG2A 2ZGMA 3RMXA 3K3AA 4YZ2A 3ATGA 3M3QA 5JVVA 1KITA 1LOAA 2C5DA 5GZFA 1LEDA 3M3OA 2VH9A 4GA9A 5NN9A 2RHPA 1WBFA 1CESA 1USXA 1IS5A 1V6IA 1NCAN 1MVQA 3O5SA 1VAVA 2DV9A 1F9KA 3TB0A 4HZXA 1Q8OA 3BODA 4M4UA 4Y20A 4MYEA 5T55A 3SH4A 4CPOA 3OYWA 3VKFC 4SLIA 2R49A 2EXKA 2P3IA 3WLUA 4PQ9A 1ULGA 4GJTA 1N1YA 3RG0A 1E8UA 3ZSLA 3A0NA 1D2SA 1Z4WA 2QWIA 3ILNA 4NC5A 3AZZA 3AYDA 5T5LA 1IKQA 2JJ6A 1Q8SA 3IPVA 2PHTA 3UL2A 4CTEA 2XG3A 2VSKA 1UL9A 1UAIA 4FPOB 1VLNA 3ILRA 4MJVA 1UKGA 3ZXLA 3TI5A 3INAA 4HL0A 1LJ7A 3AYEA 4Z8BA 1NN2A 5EXOA 5DXDA 4FZHA 1NSDA 1Z4VA 1RITA 3AJZA 2SILA 1W6PA 1V0ZA 2Q5TA 3RQ0A 3ILFA 1Z50A 5HUKA 1ENRA 3N7JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VBB2 2VZSA 3JB8A 5IT6A 4XBLA 3VD5A 2ZPXA 1NY72 1W2OA 3OY8A 1AR81 2K2SA 1STMA 3GZUC 4LBQA 1NMAN 1MS4A 3P5BA 4QN5A 2JE7A 3LQCA 1COV2 5EO8A 1Y9MA 4P9IA 2XL7A 1SBFA 2J1EA 3PUHA 4HN1A 4IV1B 1QU0A 4PWZA 5FP9A 1G9BA 1DYOA 1OLME 1RHI3 1Q56A 4AEMA 3AMQA 3MIGA 3WW4A 4BPZA 2XVKA 3DECA 4MC7A 3W09A 3DEMA 1VRH1 1ZBA2 3WWAA 2JWPA 1SLIA 5F3IA 2IAOA 1JYVA 4ZU7A 1YUDA 5DAQA 1CWPA 4FFGA 1UYXA 3WW9A 2P5BA 1AYN3 3VBUA 3PIGA 4P5YA 4P9LA 4CSDA 1BBT1 3ACHA 3AMNA 3LOIA 2E31A 1W8TA 1V6OA 4RHV1 5FYIA 2CGNA 3ZMOA 5GLTA 1UMIA 2IARA 5IVBA 4UFKA 3AZYA 1W0NA 1W6NB 3N9PA 2TNFA 3T08A 2ZGKA 3KQRA 2WZPP 4BA6A 5L7OA 5F72C 1X7NA 2X29A 4A0PA 2VZ3A 2W95A 2WO7A 4CRQA 4KS2A 2DTYA 1UXZA 1RUC3 3FZ3A 2HBTA 4P00B 1TME3 2VZPA 3JU9A 4F83A 1RUG3 5I0SA 1KEXA 2W1SA 2XLGA 5I8TA 2IAQA 1CAWA 1WMDA 4AQTA 3CEWA 4UW6A 5A1LA 2HBUA 2ZGUA 3DKQA 5CFCA 1QJX2 3PUQA 1CZSA 2VZRA 2CYFA 2WNVB 2E53A 1UMHA 2BTVC 1OH3A 1ZYBA 4LA2A 4M3CE 5GZEA 4N7UA 4IV3C 1INYA 3A9HA 1GZWB 1H1MA 2A6WA 4RL7A 2JXAA 4OULA 3ZIWA 4OI2A 3SANA 1UPSA 1N3QA 4JKLA 4PBOA 1G9FA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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