4YW3A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, complex with neu5ac and neu5ac2en following soaking with neu5ac2en
Total Genus 202

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
202
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Neuraminidase C
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 202
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yw3A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yw3A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yw3A02
3M3EA 2A71A 3WNXA 1IS5A 4MC7A 4MX0A 4XTMA 2I2SA 3IM0A 3TI6A 1EURA 1Z78A 4DRRA 2E7QA 1DIMA 2YXSA 4QN5A 1JOJA 1C1LA 4FPOB 5KXDA 2DWRA 1A4QA 4K1HA 4GKXA 3VKFC 3C2UA 4TZDA 1GYKA 1IVBA 3T1EA 1L7FA 1WD3A 2GMPA 4ASMB 2C9AA 2W52A 1MS9A 3NV3A 4GDJA 4B7JA 4FVKA 5GZDA 3BOPA 1GZCA 1V6NA 2ZGTA 5KXCA 1NNAA 3AZZA 2GALA 4FOYA 3CL2A 5LK5A 1SCRA 4JCKA 2F13A 4RL7A 1B9TA 1WLDA 5B2DA 3AP9A 4ISQA 3A71A 5HCBA 3WCRA 4MJUA 1KQRA 1SBEA 2A6XA 1OQ1A 1N47A 4XBQA 1B09A 1SNTA 2WT0A 1FX5A 1NMBN 1MS3A 4J9TA 4LBLA 4MWXA 2ZB5A 1SCSA 4AYUA 4W65A 1S0CA 2YA7A 3RRDA 2DVGA 2EALA 2P37A 4FPFA 4ATFA 3K39A 1MS1A 1VAMA 1W6OB 5HUGA 2YV8A 3N35A 2WQZC 5HX0A 4Q26A 1LOEA 2W5NA 1RITA 1Q8PA 2HTYA 2QWJA 4GZXA 3POYA 4FZHA 3KQRA 4K1YA 4Y1ZA 1BZWA 1LCLA 5DG2A 1JN2P 4FPLA 2CYFA 3SISA 4MWUA 4WV8A 3AZYA 3ALWA 3H0OA 2SLIA 1MZ6A 2CNAA 2GN3A 3ILFA 2EF6A 3WV6A 4K20A 4Y1UA 2DU0A 3AYEA 1V3EA 2ZGKA 2FMDA 3ZYRA 5HCFA 1WD4A 2AEPA 4GWNA 3BTAA 3L2YA 4QN3A 1HQWA 2EXIA 3BODA 4BOWA 4XOGA 1N1VA 1W6OA 1H30A 5JYYA 1UL9A 2EXHA 2YMZA 3MPPG 3MW3A 1B9SA 1FATA 1D0HA 4D8SA 2HT8A 3VKNA 4XTPA 5F5QA 3VKMA 1NSBA 2DUPA 4GKYA 1MR5A 3IMNA 3M3OA 3I8TA 2Z42A 1ULEA 2UWBA 1Z50A 2UU8A 1HDKA 4R9BA 4CPYA 1AF9A 1IKQA 4M3CB 3Q9OA 2XZKA 1GNZA 2A6WA 1S0BA 4XXPA 1NSCA 3FLRA 1LU1A 4PCRA 1ENRA 4GJTA 3VUOA 1O4ZA 4GA9A 1G7YA 4BBWA 1KRIA 1GSLA 1X50A 2E6VA 2E51A 4BMEA 2R1BA 4XJRA 4GALA 2D6PA 1WW7A 1Y7BA 4HANA 5H9PA 1KDMA 3SH4A 1NLSA 5CB7A 4FPKA 2CWSA 5GZEA 1ONAA 3RQ0A 1IVGA 3WDXA 1UZYA 1UMZA 2W08A 5JOZA 4DGRA 1QDOA 3DGTA 2SILA 4DPNA 2LALA 3FFZA 4YZ1A 4M3CA 2AH2A 5DZGA 5IK7A 1LEMA 2BERA 3LSEA 1E8TA 1W0OA 4I00A 1Q8VA 2VW1A 3ZXFA 3TI8A 2ARXA 1W6QB 1FNYA 1V0FA 1QU0A 4GZOA 2UWAA 4P9WA 1NNCA 1NMAN 4L8QA 4K1ZA 1BXHA 2DU1A 4YG6A 2DTYA 4WVVA 3K3AA 4GB1A 2A3XA 3PJQA 4XJ8A 1QMJA 1ZA4A 1V0EA 2BQPA 3FUOA 2HT5A 1NMCA 2A70A 4BPZA 1A78A 3AJYA 3WLUA 2AEQA 3SLIA 1GV9A 4QN6A 4YM1A 2ZGQA 4B7MA 4D69A 3HN1A 1FV3A 3H71A 1DILA 1DQ2A 4AVVA 3AXDA 1N1YA 3M2MA 1MS4A 5CBLA 2D7FA 1S0JA 2QWIA 3WCSA 3AJZA 2WKKA 2F27A 4B7QA 4FPJA 4PBOA 3NV2A 1G9FA 1JXNA 1W6QA 2HT7A 3CNAA 1IS6A 3ALXA 4XIOA 4JC1A 4CPZA 3TI5A 1A14N 2WJSA 2A5ZA 3WHUA 3ZSJA 5BYNA 1NXD1 1BQPA 3N7KA 2DVFA 1V6OA 1CJPA 4KBBA 4H52A 4XILA 1SACA 4P14A 1CONA 1MVQA 2H0BA 1VCJA 3O9KA 2G4IA 2ZZJA 3W58A 1XOGA 4X49A 1N3QA 1MS8A 4WA4A 2D3RA 1V3DA 1NN2A 5IK8A 1DYPA 1VLNA 2W68A 2B8HA 2HTQA 4CZSA 1C57A 1MZ5A 3RG0A 1Q8QA 3V0AB 3POWA 2ZGSA 1S0DA 1Z4ZA 1GNHA 2PHUA 2PELA 1AX1A 1CN1A 3FLPA 5KXEA 4SLIA 4M3CE 4X47A 4HIZA 5DUXA 3UJQA 5DUUA 4H55A 1LHWA 1LESA 1W20A 3WOGA 4MJVA 2A6ZA 4AVSA 4YFWA 2R0HA 2R1DA 3M1HA 1PZ8A 3GVLA 1Z4WA 3K36A 4UF7A 3T1MA 3WZ1A 1FNZA 3DUIA 4Y1VA 2ZGNA 4I30A 2JDZA 4LBMA 1VIWB 3AZVA 4CPOA 1NSDA 1LOBA 1IVCA 5GM0A 3V0AA 4C1WA 1L7HA 3M3CA 4FPHA 2V73A 3W09A 4B7NA 4P9YA 2P2KA 1AXYA 2GNTA 1Z4YA 1SLCA 2AREA 2CY6A 4DFSA 2F29A 1LENA 1ULGA 5SV8A 2HTWA 3AP6A 1OKQA 1SFYA 3VKOA 1QDCA 5KXBA 4CPMA 3TIBA 1QOTA 5F9TA 1AXKA 1VALA 2VW0A 3ASIA 1F8CA 3PVOA 2A75A 4GEZA 1LECA 2D6MA 4YFZA 1V6IA 1VCUA 2ZB6A 2XG3A 1I3HA 3WUDA 5JLVA 4Y24A 1V6LA 4XHXA 3RS6A 4K21A 4M4UA 4GZWA 2CL2A 3V0BB 3VKLA 5JDBA 1IVDA 4LBKA 4YW4A 1LOFC 1G9CA 1INGA 4HZVA 3AXEA 1KDKA 1GLHA 3BEQA 2YA8A 4GWMA 4ITCA 4K1KA 4NO4A 2HTUA 4M00A 1DQ0A 2AUYA 4LBQD 1S1AA 2VH9A 4P9XA 4XJ9A 1R1ZA 5IK4A 3ZVXA 3D5OA 4PF5A 2R49A 2D3PA 4U2AA 2UWCA 3V64A 2VSKA 4M3CF 2C5DA 4XIKA 3H72A 3MW2A 4MYEA 2WT2A 5HCAA 4Q2FA 2VU9A 3M3QA 4B7RA 3V0BA 1LOFA 1W1XA 3H73A 2JD4A 1XOEA 1WW6A 2ZABA 2DVBA 3WG2A 1W6NB 1SBFA 2WSUA 2ZGPA 2P3JA 2YA6A 1W0PA 4YM2A 5IK5A 4YZ3A 2E7TA 1Z4VA 1QGLA 1IOAA 4LBOA 3MEPA 1BYHA 3R4UA 1WLCA 2NZ9A 3B9CA 5T5OA 4Q1RA 1N3PA 1BJIA 4M4VA 3T1LA 3POSA 2ZBJA 2D3SA 1WW5A 3AZWA 2HYKA 1WLWA 2YDPA 2YDTA 1QF3A 3ENRA 1ZM1A 1N3OA 3ZYPA 3IN9A 4MWLA 1GZWB 4ZKTB 3B01A 3OYWB 5GLVA 4BLJA 3O0VA 1W6NA 4FPEA 1YRZA 5HUNA 1S0FA 2Q5TA 3IKWA 4YZ4A 3SILA 2ARBA 4GZPA 1IVFA 4YW3A 3IPVB 1EUUA 1AZDA 3JU4A 5CAZA 1MVEA 2A6YA 2JJ6A 4WEFA 3T2TA 4Y22B 3OJBA 2GMEA 1V00A 2DUOA 2DVDA 3AK0A 5JVVA 1F8BA 2F11A 4GDIA 2VW2A 2ZHNA 3N7MA 1W6MB 2ZKNA 3QLQA 5E8AA 1S0GA 4MWVA 2DTWA 4DRVA 3WVJA 3NV1A 2GMMA 3OYWA 1INFA 1NCBN 3SITA 4CPLA 2P3IA 3KM5A 2QWEA 4Z8BA 1NCDN 2QWCA 1CPMA 1MS5A 3AP4A 1SO7A 2F0ZA 1S0IA 3U4XA 3AP5A 4DQAA 1ULCA 4HZZA 1GICA 1AXZA 3LCPA 5GZCA 3IPVA 5DUWA 3ZXKA 3ZSKA 1PZ7A 2QWDA 1CR7A 1LOGA 2VK7A 2JECA 1UN1A 1AJKA 2ZMLA 4YGBA 2VK6A 2OUHA 3INAA 1WCQA 4KS4A 4CPNA 4Y22A 4NOTA 4YLZA 2PHWA 1V6JA 1EUSA 5JOYA 2C4LA 2D6NA 5H9QA 1UKGA 1LOCA 2DYCA 3AX4A 3LSDA 2W39A 2XZJA 2E53A 2P3KA 4QN7A 4C1XA 3MW4A 3N7JA 2ZGOA 3A0KA 1G9DA 3FBYA 2CMLA 1SLIA 1LTEA 5DG1A 2AENA 4YGEA 1NNBA 4QNPA 1Z4XA 2ZA9A 1UAIA 3OBTA 4Y1XA 3TB0A 5EWSA 4HL0A 4DS0A 1GKBA 2PHRA 5T5LA 4K1IA 1GANA 1SLBA 3JUUA 4GZSA 4HZXA 1QKQA 1W8OA 1O4YA 3ZSLA 4YZ5A 2NN8A 4UW6A 3TIAA 3OBRA 3D4KA 1J1TA 1S0EA 1LEDA 1UZZA 1KITA 1QNWA 5DZEA 1V6KA 3TICA 1SBDA 2A6VA 1EUTA 1VAVA 1G9BA 3HR9A 2D43A 4WZFA 5IT6A 1WBFA 5EYXA 2WT1A 1F5FA 3ZXLA 1WUVA 3B3QE 3SH3A 3NN9A 3D11A 4AGRA 2P34A 1C4RA 1YI7A 5T54A 4FP3A 5DXDA 4AVTA 4FOWA 2QWFA 1TEIA 2F24A 4LBNA 5DUVA 3ZXEA 1FYUA 2DV9A 1NCCN 1MS0A 3K37A 5FREA 1AJOA 1QOSA 1UX6A 6NN9A 1D2SA 3VV1A 1DBNA 1DQ6A 4MWJA 4Q8KA 5DZFA 2V5YA 3FUQA 4XDQA 4Q1PA 1URXA 4M3MA 1CPNA 3OPZA 4NC5A 2OW4A 1RINA 1JUIA 1DQ5A 2NYYA 1LHNA 5H9SA 3HMYA 4Y1YA 1C1FA 2D6KA 1NCAN 2HU0A 3R05A 4MWWA 2ZACA 2BZDA 3SANA 2EAKA 2ZAAA 2JKBA 3ATGA 2HTRA 2ZMKA 5JMCA 2W5OA 2UURA 5GLUA 5B2CA 2XZIA 4XYXA 1GZ9A 4Q27A 1RIRA 1FV2A 3QCWA 1EPWA 2YZ4A 2BF6A 2A7AA 3A72A 1V3BA 3WDYA 1AX2A 4FPGA 1BJQA 1AVBA 1ULDA 1E8VA 1MACA 4YM3A 2GN7A 2ERFA 5GALA 2F25A 1LODA 1DLLA 1N1SA 4WVWA 1LGCA 2NP0A 1SLAA 1INWA 5L73A 1I1EA 4GXLA 1KJLA 1INXA 1LGBA 4IQPA 3TI3A 4LBQB 2VSMA 1A3KA 1PZ9A 2ZMNA 2ZHLA 3PMEA 1B9VA 2AR6A 5M1ZA 3USUB 3OY8B 1H9WA 2GNDA 2AGSA 1APNA 5CNAA 1ENQA 5H9RA 4UW5A 4M01A 3WDVA 3PVEA 1G9AA 1V3CA 2F10A 4NN9A 4FQZA 4XJQA 2D44A 5T55A 3AZXA 3BIWE 4XHBA 1ENSA 2ZGLA 4AWDA 3AP7A 1A8DA 1V2IA 4F83A 4RA0A 3RSJA 2BATA 4OZXA 2RHPA 3NWKA 4JRAA 2ZGMA 5GLZA 4NCSA 3SNMA 2YA5A 4KS2A 1LGNA 3RMYA 2NMNA 2TEPA 3WDTA 1CESA 4HZWA 4MWYA 3APBA 1HKDA 4BMBA 1U0AA 1W8NA 4Q6KA 4LBQA 4FPYA 1LJ7A 1WBLA 4K1JA 1DGLA 2A3YA 4YW5A 2D6OX 2GNMA 1LULA 1H9PA 2R16A 3USUA 3OY8A 2DUQA 2PHFA 3NSSA 1JHNA 2QWAA 1AX0A 2ENRA 5EYYA 4MWRA 1DQ1A 1JW6A 1Q8OA 4FVVA 4XZPA 1CIWA 4CTEA 2DURA 4KS3A 4LBJA 1Z0HA 1MWEA 2YA4A 4M4NA 1DQ4A 1A4GA 4WA5A 1DHKB 4FP2A 1N1TA 1CVNA 4Y20B 4QN4A 3GALA 2QWHA 3CKZA 3WUCA 2B7YA 2XCYA 2WSVA 2WLQA 3GNEA 4HZYA 4X6KA 1Q56A 4R9CA 4R9DA 4XMAA 3RMXA 2ZHKA 3A4UA 2AYHA 4YM0A 2ES3A 2XB6C 4BM8A 4YGDA 2C4AA 1LHUA 4FPCA 3ILRA 3D12A 4BLIA 7NN9A 2NMOA 1IS3A 4YG3A 5HUKA 1USXA 2HU4A 1UPSA 3WG4A 3K38A 5NN9A 4TYSA 2SIMA 2D6LX 4KS1A 2R0FA 1INVA 3O5SA 1LOAA 5T52A 1L7GA 4BQ1A 2CTVA 1JBCA 4X4AA 3AYAA 2W38A 1WW4A 5CA6A 1F9KA 2OUJA 1GZWA 4Y20A 1IVEA 5FRAA 3ZSMA 1QOOA 2EIGA 4FJ6A 3WDWA 2OVUA 4CRQA 1CQ9A 4UW4A 4YW2A 3ZPYA 3UL2A 2RKCA 3TI4A 2GNBA 1XQNA 3O0XA 2VY0A 3FLTA 2EXJA 2X9MA 3INBA 4PQ9A 4ZXKA 2ZGUA 3AFKA 3H6JA 1JYIA 1YIFA 3N36A 2F26A 1DYKA 3R4SA 4FQ4A 4MWQA 3TAYA 1G86A 1YO8A 4UW3A 4GZQA 5GZGA 3N7LA 2VUAA 3N3HA 2EXKA 2KM2A 5JOWA 3O9JA 2W20A 4JF7A 2VWDA 1SLTA 3OGGA 3UJOA 1IS4A 3V65A 1OFSA 1W6MA 2YROA 2DVAA 4MZAA 1SLLA 3WHTA 1LHVA 2A3WA 3W59A 2FHRA 4YG0A 4XE9A 4U36A 3O12A 3D6EA 4R9AA 1KJRA 3WDUA 1YYNA 4ISRA 1HLCA 1JYCA 3AYDA 1BKZA 3A0NA 5T5JA 4YGCA 4GZTA 4FOQA 1QNYA 5IUQA 5T50A 3GVKA 3ZXJA 2PHTA 2PHXA 3PVNA 1YXWA 1F8DA 4MZEA 2HTVA 4XMIA 3SALA 1INYA 4XBNA 4XXAA 2F28A 1F31A 3CYEA 1FAYA 1HQLA 1W6PB 1V0ZA 4XBLA 4XJUA 4AGVA 1WCSA 3WG3A 5E88A 5GZFA 5T5PA 3UK9A 1F8EA 5AVAA 4K3YA 5EXOA 2GDFA 4XJAA 4FOVA 4XJZA 1LU2A 1USRA 4YZ2A 3B00A 4Y26A 2CWMA 2VK5A 3GVJA 3B69A 5E89A 1Q8SA 4WA3A 3B7EA 1GBGA 5HUMA 1W21A 2YY1A 3NV4A 1G8WA 2WNEA 3JU9A 2QWKA 1ULFA 2QWBA 5JOXA 3I4IA 2QWGA 1DIWA 4AGGA 5GLWA 1W6PA 4KS5A 3SH5A 5GJ6A 4H53A 3AYCA 1IKPA 4WEGA 4PBPA 2VXRA 4YW1A 1DZQA 3CL0A 5GLTA 2VVZA 1LHOA 3O0WA 1DFQA 4Q8LA 2F12A 3WG1A 3ILNA 2LTNA 2NM1A 1V6MA 2JE7A 4ATEA 4XJWA 2ZGRA 1INHA 2SBAA 1E8UA 2ZHMA 2JE9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VBUB 3VDDB 4CDQB 4ZGCA 3M3EA 2A71A 3P3PA 3CZJA 3WNXA 1IS5A 4CCLA 2HBUA 2P4EA 4MC7A 4MX0A 2VQTA 4XTMA 2WFF2 2I2SA 3IM0A 3TI6A 3AC0A 1VBE2 3VDDC 5FUIA 1RUF3 1EURA 1ZBA2 1H2MA 4PF1A 1Z78A 4DRRA 1Z7S3 3POFA 2E7QA 2HEWF 3ACFA 4PQQA 1YWKA 3ME2A 4UFHA 3U0ZA 3H7JA 4YVSC 5HCHA 2YXSA 4L7DA 3KD4A 4LORA 4QN5A 1JOJA 1W8UA 3SQOA 3OB8A 4A45A 3WW2A 3ZYFA 1W9WA 5JIUA 2UY9A 1C1LA 4TTGA 1CRUA 4FPOB 5LATA 5KXDA 1NQDA 2DWRA 1QBIA 1S1DA 1H8TA 1A4QA 4J25A 4OYUA 2ZEZA 1STMA 2XQXA 4K1HA 1ZZ6A 3OGJA 3TRSB 3VZLA 2XONA 1HRI2 1YHFA 4GKXA 3VKFC 1NOVA 3C2UA 5FYUA 2IAQA 4TZDA 2VG9A 1GYKA 4QKFA 4QHOA 1IVBA 1WCUA 2ZZQA 4ZONA 1WD3A 2GMPA 3VDBA 4ASMB 2C9AA 2W52A 1L7FA 2J1SA 3OPTA 4FO9A 3RYKA 3WW4A 4LHSA 1MS9A 3NV3A 4GDJA 1WMEA 3KT1A 4B7JA 5C3RA 4FVKA 4D0QA 1XSRA 3MIHA 1TME3 5GZDA 2FDGA 3BOPA 1FPN3 2Y8KA 4RGAA 2Y64A 3GCWA 3E5ZA 2TNFA 3CJIB 1GZCA 1V6NA 2ZGTA 5AC92 2VZ1A 5HXMA 4XF9A 3BVCA 5KXCA 4TN7A 3AZZA 1NNAA 2GALA 4FOYA 1PO13 4MOAA 1Z7S2 3CL2A 2GP3A 5LK5A 3J7LA 1SCRA 2FCVA 4DOUA 4Q4V2 1SMVA 4ORFA 3CJIC 4JCKA 4M4RA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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