4YW4A

Streptococcus pneumoniae sialidase nanc
Total Genus 198

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
198
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
100200300400500600600500400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Crystal structure of a novel sialidase
rcsb
molecule keywords Neuraminidase C
total genus 198
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yw4A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yw4A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yw4A02
5IK4A 3NWKA 1PZ7A 4J9TA 2P34A 1W8OA 1CN1A 3ALWA 3ILFA 4P9WA 1SCSA 5BYNA 2YROA 1CR7A 3K36A 4BMEA 2WSVA 5GZCA 4W65A 1IKPA 1Z78A 4Q6KA 2YXSA 7NN9A 1N1SA 1SLBA 3AXEA 4YW3A 2R0HA 4GEZA 1ENRA 5M1ZA 3H0OA 1UKGA 1C1FA 3ZSMA 3D11A 3PVNA 3H71A 3FLPA 1BZWA 4DQAA 4MZAA 2DVFA 2P3JA 1VAVA 4YZ4A 5L73A 4BOWA 1DZQA 4WA3A 3AYCA 2DUPA 2A6VA 1VIWB 1LHVA 3WVJA 2SLIA 2AH2A 4GZWA 2F27A 2VSKA 1V6NA 2NM1A 4Y1XA 1ULGA 2ZGNA 1A14N 2UWCA 4Q8KA 3FLRA 2NP0A 3AZVA 4D8SA 3PVOA 1ENSA 4QN7A 1GICA 2AENA 1INXA 4GDJA 2EALA 3ZXJA 4HZZA 5EYXA 3AP9A 1IS6A 3TI6A 3TIAA 1EUTA 4FP3A 4JRAA 4HZVA 2JJ6A 1NXD1 4X49A 3B01A 4XJAA 2EXIA 1DLLA 1NMAN 3ZPYA 2BF6A 2D6LX 3MW2A 4K21A 1FYUA 3JU4A 3O5SA 4DGRA 1I1EA 4RA0A 1MS1A 3H73A 1LOGA 1DGLA 3ZXKA 1Q56A 2A75A 2A3YA 4GKXA 1X50A 4Y1VA 3GNEA 1LGBA 4PQ9A 2VXRA 1QDOA 3WHTA 1F8DA 1FATA 2XZKA 1AX0A 3WCRA 3SNMA 1YO8A 4XHBA 1V2IA 4B7RA 2ZGLA 1DQ4A 1MVQA 1W20A 4HZYA 2GMMA 1LOEA 4AYUA 1AZDA 1Q8SA 2WT0A 1LECA 1IKQA 1SLIA 1QGLA 1CPMA 5H9RA 2YA5A 3N7LA 4HZWA 4M4UA 4BQ1A 2JDZA 5T52A 2QWBA 1LOCA 4GWMA 2W20A 2F25A 4Q8LA 4H53A 1NCDN 3ENRA 4K1JA 1V6JA 1NSCA 4CRQA 4XIKA 3MW4A 4XTMA 3ILRA 2D6NA 1CONA 4CPNA 4L8QA 5DUUA 4YZ3A 5JMCA 3K39A 1SCRA 1A4GA 4WEGA 3V65A 1NCBN 3WNXA 2ZACA 1F9KA 1BQPA 3I4IA 5HUMA 4CZSA 4WA5A 4CPLA 1ULEA 2GN7A 2GNBA 3SH4A 3WG3A 4SLIA 1F8EA 4QN6A 4TYSA 1MR5A 4XTPA 2YA7A 1RITA 2ZHKA 4BLIA 3RSJA 4CTEA 3B9CA 2QWFA 2XZIA 3AX4A 3WG1A 2ZBJA 2UWAA 1EUUA 2EIGA 4Q1RA 1UZZA 5B2CA 2SBAA 1GYKA 4FPHA 4ZXKA 3OYWB 2DURA 4D69A 1UAIA 1V6MA 4GXLA 4KS1A 1J1TA 1KRIA 4K1HA 4YW2A 2ZHNA 1UN1A 2QWAA 2ZMKA 1DFQA 2H0BA 4XBLA 4XYXA 4X6KA 4LBOA 3WLUA 3AP4A 3AYDA 2A70A 1IVEA 3NN9A 4M4VA 1JW6A 5F9TA 3OBTA 4LBQB 4AVSA 2F12A 1LOFC 5DUWA 2QWGA 4FP2A 1N1VA 4XILA 3APBA 2GN3A 1FAYA 4FQ4A 3BIWE 3B69A 1L7GA 2HT7A 3QCWA 3RG0A 4Y1YA 3WDXA 5F5QA 1W0OA 1R1ZA 3HR9A 2GNDA 3BODA 2V5YA 1Z4ZA 2R1DA 1AXKA 4BMBA 4K1YA 3VKNA 4NN9A 5EYYA 1BYHA 2VH9A 1OKQA 3MEPA 1GNHA 1VAMA 2DUQA 4TZDA 1WBFA 4KS4A 3TI8A 1IOAA 4Y20B 3SLIA 1BXHA 3WDWA 5DUVA 3D5OA 1W0PA 1S0FA 4UW5A 2VK6A 2HTUA 1W6PA 5GZDA 4AGVA 1WW6A 3B3QE 4YG3A 1LHNA 2A6XA 3M3OA 2ZGRA 5GLVA 3LSDA 4XJ9A 5HCBA 2DV9A 3A0NA 4DS0A 4C1XA 6NN9A 4P9XA 4OZXA 2D6KA 1W6OA 2JECA 3VKFC 4Z8BA 1B9SA 3AJZA 5CNAA 4MJVA 1AVBA 3R05A 2ZGPA 2QWIA 1MWEA 4B7MA 3B00A 3CYEA 2WQZC 1W6NB 1W6QA 3JU9A 5E88A 1KJLA 2DYCA 4LBKA 1L7FA 3AZWA 1Q8QA 2QWDA 3TI5A 1Q8VA 1LOFA 3H72A 3FBYA 4AGGA 1PZ8A 2C4LA 1JN2P 4WEFA 2EXKA 4AVVA 1CQ9A 2TEPA 1QU0A 2A71A 2EXJA 2A6YA 4CPOA 2CWMA 4WZFA 4PF5A 4M4NA 3FFZA 2HTRA 1JOJA 4I30A 1Y7BA 3OY8B 2HU4A 3WG4A 2ERFA 1A3KA 2ES3A 5IT6A 1W6MA 4YZ1A 4YFWA 2CTVA 1QNWA 5AVAA 1LOBA 1NMBN 1GZWB 3O0WA 1LODA 2E7TA 4K1IA 4P14A 1E8UA 1N3PA 4XOGA 3POSA 3T2TA 4QN3A 4M3CF 1GZCA 4FPYA 2A6WA 1IS5A 2A3WA 3WZ1A 3L2YA 3WDTA 1V3DA 2ZGMA 4XHXA 1FX5A 2C9AA 1F8BA 4XIOA 4NOTA 4BBWA 5T50A 4NCSA 2YA6A 5GZFA 2KM2A 4C1WA 5JDBA 2VW0A 4Y1ZA 2PHTA 1BJIA 3LSEA 1SLAA 1V0ZA 5IK5A 2D7FA 2PHUA 1UMZA 4YZ2A 2AUYA 1WLWA 2SIMA 4IQPA 4KS5A 1FNYA 3N7KA 2PHRA 1MS5A 1UX6A 1D2SA 3RRDA 2CNAA 1G9DA 4X47A 1ONAA 3M3QA 1D0HA 3SISA 1SLLA 3A4UA 4YW5A 3SALA 1INYA 3IMNA 4Q26A 1YRZA 1IS3A 1ZM1A 3IPVB 1Z4YA 2EF6A 2AREA 4LBQD 4PCRA 2ARXA 2AGSA 1WUVA 2F0ZA 4FOQA 2DVBA 4FQZA 1LHUA 1INWA 1GKBA 4FVVA 1L7HA 3RMXA 3V0AB 2F11A 2A7AA 1WCQA 3AP5A 5GLWA 3TI3A 1DQ6A 1PZ9A 4PBPA 4GKYA 3VKLA 5T5PA 2QWHA 1W8NA 1G86A 5DG2A 4GZOA 4WA4A 5GLZA 1URXA 1EUSA 1YI7A 3N36A 2LALA 3AZZA 3V0BB 1B09A 1INFA 3AYAA 1INVA 1RINA 2AEPA 3K38A 2ZGSA 4JC1A 1B9VA 2EXHA 1SBEA 1LGNA 4YM2A 4KS2A 2CL2A 4M3CB 1SNTA 4FPOB 1AJOA 2F10A 1DILA 3SANA 3O9KA 4MC7A 3POYA 4H55A 2AYHA 3GVJA 4XDQA 4GJTA 3RS6A 1LU1A 3MW3A 2E51A 1G9AA 4FZHA 3RQ0A 5HUNA 4JF7A 1SLCA 1DYPA 1LTEA 4DPNA 3RMYA 2F26A 2R1BA 1WLCA 1QMJA 1FV2A 1DIWA 5DXDA 2YZ4A 2CY6A 4GDIA 4XZPA 4CPMA 3WV6A 4K1ZA 4XJZA 3ZYRA 4U2AA 2BQPA 1VCJA 3D12A 5NN9A 4LBJA 1DQ5A 5IK8A 2R16A 4LBLA 2ZMNA 5JVVA 3AK0A 2GNMA 4ATFA 4XMIA 1S0DA 1MVEA 2JE7A 2BZDA 1B9TA 2GNTA 3WG2A 5HCFA 4HIZA 2ZGUA 3GVLA 3NV3A 4BLJA 4MWWA 2DVGA 1AXZA 1N47A 1ULCA 1LHWA 5SV8A 1OQ1A 1V0EA 5LK5A 1YYNA 5JOZA 3SILA 1C57A 4Y1UA 3M2MA 1AX2A 4M00A 2D44A 4MWXA 1HQLA 2HT5A 1TEIA 3OYWA 3INBA 3WDYA 1SO7A 4YFZA 4FJ6A 2VWDA 1FNZA 1AXYA 2R49A 4GA9A 1Z4VA 2PHFA 4U36A 4YZ5A 1S0IA 4YLZA 2QWJA 2WSUA 3WDVA 1CPNA 3O12A 2W5OA 2HYKA 3R4UA 5HX0A 1DIMA 1NSDA 2DTWA 1UPSA 3IM0A 2ZGOA 3ZSLA 1IVBA 1JHNA 1QNYA 3NV4A 4WVVA 3M3CA 1E8VA 2LTNA 2RKCA 4LBQA 1A4QA 3AFKA 3TB0A 2VVZA 1APNA 2WKKA 3UJOA 3USUB 3INAA 4MWYA 1GZ9A 4KBBA 1MS4A 2I2SA 1S0CA 1KDMA 4DFSA 3CNAA 3ZXFA 1W6PB 2YDPA 4Y22B 5T5JA 3ALXA 1GANA 1CVNA 2C5DA 2ZAAA 1AX1A 2VK7A 1DQ1A 3CL2A 2PELA 2VW2A 4R9CA 4Q27A 1QOOA 2W39A 3NV1A 1MS0A 1LGCA 4R9DA 5FRAA 2Q5TA 2WNEA 3ZSJA 3UK9A 1BKZA 5H9SA 1WD4A 4LBNA 4XBQA 4Y20A 1CIWA 3N7MA 4FPLA 2F29A 5JYYA 1V0FA 3FUOA 1W6QB 5T55A 3TICA 2YA4A 5KXDA 1IVFA 5E8AA 1KQRA 1LHOA 5KXEA 1G9FA 1DBNA 3HMYA 2SILA 5GALA 3PJQA 2YA8A 2NN8A 2ZKNA 5DZEA 2D3RA 1Z4WA 3N7JA 3ZXLA 3ATGA 3AXDA 1HQWA 4YW4A 2FHRA 1W6NA 1NNBA 5FREA 1LULA 1KDKA 1IS4A 4YM0A 1OFSA 3AYEA 3IN9A 5GLUA 5CB7A 2YDTA 4ASMB 1IVCA 1LCLA 1N3QA 1V3BA 2GMPA 5B2DA 1WLDA 5HUKA 3TI4A 2E53A 4HL0A 5HCAA 2ZGQA 4FPGA 1V6KA 1DQ0A 2HTYA 3CL0A 4M01A 2JKBA 5GLTA 4K20A 4MZEA 1CJPA 3N35A 3VV1A 3GVKA 4UF7A 1V00A 2NMOA 1F5FA 2VY0A 1N3OA 3OY8A 1NNAA 2WT1A 1JBCA 1EURA 5IUQA 1XQNA 4FPKA 1LESA 1DHKB 4YGDA 2WLQA 5GJ6A 3O0XA 2JE9A 4UW4A 4Y26A 1MS9A 1GZWA 5EWSA 4YG0A 1ENQA 3KM5A 1QKQA 4MWVA 3TIBA 1INHA 1MZ5A 4GZSA 1E8TA 2YMZA 2HTQA 4YW1A 1QOSA 4Y24A 4GZPA 2ZHMA 2B8HA 2RHPA 1XOEA 2XZJA 1C1LA 4XJUA 3LCPA 1QOTA 4ISQA 1DYKA 5CAZA 1JYCA 1Q8OA 4BPZA 2DWRA 1S0GA 2A5ZA 5DZGA 3V64A 2D6OX 1GBGA 3SH5A 4MJUA 2QWCA 3T1LA 2ZHLA 5JOWA 1HLCA 1NCAN 2UU8A 1UZYA 3W58A 2B7YA 4YGBA 1WD3A 4AGRA 2F28A 4P9YA 1DQ2A 2OUJA 1V6OA 2R0FA 5GM0A 2DVDA 2HTWA 3K3AA 4XMAA 3PMEA 4HANA 2XCYA 2BERA 2EAKA 4YM3A 2DU0A 4XE9A 1ULFA 3ILNA 1RIRA 1VLNA 3AP6A 1WW7A 4AVTA 4M3MA 4FVKA 4Q2FA 4H52A 2AR6A 4XJ8A 2UWBA 2YV8A 3IPVA 3DGTA 4FPFA 5IK7A 2ZGKA 4ITCA 3M1HA 2D6MA 3VKOA 4NO4A 2F13A 3FUQA 1BJQA 4R9AA 3T1EA 3AZYA 2ENRA 3H6JA 5E89A 4DRVA 2Z42A 1AJKA 3V0AA 5H9QA 2VK5A 1G9CA 1EPWA 4YG6A 4CPYA 2W38A 2ZB6A 3WUCA 2QWKA 1JYIA 1V6IA 2D3PA 1QF3A 2G4IA 4FPJA 1IVDA 1W21A 3V0BA 5T5LA 1F31A 3AZXA 2NMNA 3WDUA 4QNPA 1Z50A 4MYEA 2P3KA 2CMLA 2JD4A 2OUHA 1Z4XA 3ZVXA 2D3SA 2ARBA 4DRRA 4MWUA 2XG3A 4LBMA 2A6ZA 4GZXA 4M3CA 3CKZA 3BOPA 4GB1A 2DUOA 5CA6A 4XXAA 2VUAA 2HT8A 4X4AA 4NC5A 4ATEA 5T54A 3C2UA 1SBDA 4FOYA 2CWSA 3BTAA 1LENA 1MZ6A 2W08A 3B7EA 2ZABA 1HDKA 3GALA 5GZEA 4WV8A 4FPCA 2P2KA 4GZQA 3A72A 2ZZJA 1ULDA 1VCUA 4BM8A 1KITA 1WBLA 5GZGA 3JUUA 3AP7A 4KS3A 4GALA 2E7QA 4MWRA 3QLQA 1V3EA 2NZ9A 2BATA 2HTVA 4MWLA 5H9PA 4I00A 1Q8PA 1S0EA 1S0JA 4K3YA 4WVWA 2C4AA 3A71A 1H9PA 1S1AA 4XJWA 3OGGA 1N1TA 1MS8A 3OPZA 2FMDA 5KXCA 1CESA 3PVEA 2ZB5A 2PHWA 1QDCA 1S0BA 2PHXA 3W09A 3SH3A 2QWEA 3OJBA 2HU0A 4B7JA 3R4SA 3ZSKA 2E6VA 1VALA 1O4YA 3UJQA 4XJQA 2ZMLA 3Q9OA 1Z0HA 4RL7A 4QN4A 3N3HA 3WCSA 2ZA9A 5JOYA 1ZA4A 4ZKTB 4YGCA 4MWJA 2WT2A 1H30A 2GDFA 2W52A 2X9MA 3KQRA 3HN1A 2D6PA 1IVGA 3VKMA 1C4RA 1UL9A 1YIFA 1MACA 3NV2A 4XBNA 4XJRA 1G7YA 2D43A 1F8CA 2DVAA 1NCCN 4MWQA 3M3EA 3VUOA 1A8DA 5T5OA 3AJYA 3O0VA 1JUIA 3A0KA 3BEQA 1HKDA 1WW4A 4YM1A 3ZYPA 5KXBA 3WHUA 2P37A 4ISRA 1V3CA 3USUA 3I8TA 4R9BA 1MS3A 3T1MA 1INGA 4FPEA 3FLTA 2OVUA 2VU9A 5CBLA 2V73A 5DZFA 1NN2A 1W6OB 2XB6C 3NSSA 2UURA 2DTYA 4JCKA 1SBFA 4Y22A 2OW4A 2A3XA 2CYFA 4YGEA 3O9JA 1WW5A 3SITA 4M3CE 5HUGA 1LU2A 1XOGA 3UL2A 1SACA 2NYYA 2ZGTA 1GLHA 4AWDA 2W5NA 1NNCA 4F83A 1LOAA 4HZXA 1N1YA 2GALA 1LEMA 1I3HA 4XXPA 3MPPG 1LEDA 1SLTA 4UW3A 1W1XA 4B7QA 1A78A 4CPZA 3POWA 3WUDA 1SFYA 2WJSA 4FOVA 1JXNA 1O4ZA 1V6LA 5EXOA 2YY1A 5JOXA 1NSBA 2P3IA 4FOWA 4PBOA 1GV9A 5JLVA 3D4KA 2AEQA 1LJ7A 1GSLA 3IKWA 1YXWA 3TAYA 1NMCA 2DU1A 1W6MB 4GZTA 3WOGA 2W68A 3K37A 4B7NA 5DUXA 4MX0A 5DG1A 3OBRA 1FV3A 1G9BA 1GNZA 1U0AA 3D6EA 1USRA 1G8WA 1H9WA 2VSMA 3DUIA 4UW6A 1NLSA 4K1KA 4GWNA 2GMEA 3ZXEA 1WCSA 1KJRA 3ASIA 1USXA 4Q1PA 2F24A 3W59A 2VW1A 1AF9A 3U4XA 4QN5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4W6XA 5IK4A 3NWKA 5C3PA 1YJLA 1PZ7A 4JAAA 3SKVA 5LWBA 4XZUG 4J9TA 2P34A 1W8OA 1WKYA 2BEOA 5CZKA 1CN1A 4MUVA 3UT0A 2H2NA 1ND3A 1W3XA 1C5KA 2WL1A 3ALWA 2ADEA 3ILFA 4XF3A 4YVSA 4P9WA 1SCSA 2POOA 3TYJA 2Z69A 5BYNA 2YROA 1UIKA 2VMIA 1NLRA 2VOTA 4BJ0A 4WBBA 1CR7A 3GYDA 3MGUA 4N53A 4OUEA 4HPKA 4CPBA 3VHRA 3K36A 4Q4V1 4BMEA 2WSVA 4UBGA 1HRI2 4AAPA 4W65A 4D0QA 5GZCA 1PO11 1C8M1 1IKPA 5A7WB 2FZ2A 1Z78A 1BBT1 2HWD3 2YXSA 3H50A 4Q6KA 7NN9A 1N1SA 1SLBA 1NCQB 5IVEA 3RNSA 2V4AA 5FZ9A 3ES4A 4S2GA 3AXEA 4IEOA 4YW3A 2R0HA 4M4PA 3RYKA 4GEZA 2C9KA 2GC3A 1EY2A 2VZPA 3CL1A 4Y5SA 5FYUA 1ENRA 4G9SB 1P8JA 5M1ZA 3GBFA 3FFQA 4HHOA 3H0OA 4HBNA 3FHQA 5KR7A 1JYTA 2RR13 2Y0IA 5JI9A 1J1LA 1QJFA 1AL0G 1UKGA 2Z5WA 3FBMA 4QPGC 5FJHA 1Q7FA 4ZHNA 4BE3A 2JDNA 1C1FA 4DG6A 2Z2SB 2TNFA 1YQ2A 3ZSMA 4H2AA 5F3CA 3D11A 4RR3A 2XJRA 3PVNA 4M4RA 3H71A 4FCAA 4JQRA 1HRI3 3FLPA 3JD72 4W6YA 1BZWA 1OH4A 4N90A 3I2DA 4DQAA 1R082 4LLOA 1RUNA 1HB4A 3PTYA 4MZAA 1VBD1 3CIHA 2DVFA 2P3JA 3GZUC 5IJRA 4MVTA 3NRUA 3LDKA 5DAQA 5DQ0A 2PXJA 3H3UA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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