4YW4A

Streptococcus pneumoniae sialidase nanc
Total Genus 198
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
198
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of a novel sialidase
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Neuraminidase C
total genus 198
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yw4A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yw4A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yw4A02
1UZZA 2DU0A 2RHPA 2F10A 2A6WA 3OBTA 1SLCA 2UU8A 2C9AA 2ZGUA 3ZSLA 3T1MA 3ZXFA 5DUVA 5KXDA 1JUIA 5M1ZA 1UMZA 1QOOA 2A70A 1EUSA 1CPMA 3AP5A 4WA3A 1UZYA 4NCSA 5DXDA 1F8DA 1CESA 4WVVA 1F8CA 4U2AA 4MZAA 5NN9A 2SIMA 1AX0A 2ZGNA 1AXZA 4BM8A 1V6JA 4XBNA 3B01A 3LCPA 1BKZA 1FAYA 2A7AA 2NMNA 1MS1A 2E6VA 4FVKA 3OYWB 2DVFA 2EXIA 1UL9A 4FPYA 3M1HA 3H73A 4KBBA 2DTWA 2B8HA 2CNAA 4R9BA 1LEDA 2ZGSA 4ISQA 1DQ1A 2ERFA 5GLUA 2DV9A 3WG3A 2ZHLA 1NMCA 1Z4YA 5HX0A 1INGA 5CB7A 5GZEA 2W08A 5CNAA 2JD4A 3VKFC 1IS5A 4Y1UA 3RS6A 2F26A 1WW6A 3ILFA 5GZGA 3O0WA 2VW1A 1SBDA 2P3JA 5HCBA 2A6VA 3W58A 1AX2A 2ARXA 4Z8BA 1W0PA 1ZA4A 3HR9A 2YMZA 2PELA 1ULGA 1CN1A 1MZ5A 4FVVA 2CTVA 4C1XA 1KRIA 2W38A 1W6MB 2W52A 4NC5A 3SILA 4YGDA 1G9DA 4KS2A 3W59A 1F9KA 3ILNA 1IS4A 2HU0A 2JJ6A 3SANA 1C1FA 5IT6A 4YFZA 3NV3A 4M4UA 4IQPA 1INXA 3VV1A 3O9KA 2DURA 2P3IA 3B9CA 4JC1A 6NN9A 1WBLA 4H53A 2AGSA 4YFWA 1VAVA 2ZMLA 1ULCA 2HTYA 4XJ8A 2ZGRA 1LOCA 2ZHNA 1Q8PA 1W6NA 3B3QE 1IVDA 2A71A 1IKPA 1WW4A 3ZYPA 3K39A 4XJQA 1OFSA 3MW3A 2XCYA 3M3OA 2VK7A 2WT1A 3SNMA 4MWVA 4BBWA 2DVGA 2CMLA 2JE7A 1MS8A 5JYYA 3B00A 3ALWA 1VCJA 1LOGA 4UW5A 4M4VA 4FOVA 2EAKA 3GNEA 1N47A 4B7JA 4CPLA 1GLHA 1V3EA 2AENA 2VSKA 1DQ4A 1IKQA 1MS5A 5H9RA 2WT0A 2DYCA 2UWBA 1GNZA 2LTNA 1Z4ZA 3ZSMA 4DQAA 3K37A 3ZXEA 1W6QB 2SILA 3FBYA 3PVOA 4DFSA 2WQZC 4YG0A 3RMYA 3VKMA 1B9TA 5EYXA 2R1BA 1FYUA 4YG3A 4QN5A 2AREA 1INYA 2VH9A 3O9JA 2I2SA 1PZ7A 1W6MA 1L7GA 2XZJA 2F27A 4B7NA 1IOAA 1QU0A 1F8EA 4YGBA 1CVNA 1AJOA 5KXEA 5BYNA 1NMAN 3GVLA 4ZKTB 2WKKA 1UN1A 4JCKA 2QWHA 1LHUA 1MACA 5GLTA 3TI8A 2C4AA 3VKLA 1USXA 1UKGA 2D6NA 4XHXA 1H9PA 2DVAA 4WV8A 4M3CE 4MWQA 3ILRA 2E53A 4GWMA 4AVTA 1G9BA 1MVQA 1W20A 3I4IA 1WLWA 2JDZA 2QWIA 2GN7A 5JOWA 2ZB6A 3A71A 5F5QA 4YW3A 2ZGPA 4XTMA 5DZEA 1GZWB 4LBOA 5T5LA 1NCDN 1AVBA 1DILA 1KDKA 2ZGTA 3W09A 1V0EA 2HU4A 3PVNA 4CPOA 5F9TA 1KITA 1DIWA 2E7TA 2EALA 2SBAA 3WV6A 3LSDA 4GZSA 4Y20B 1NCBN 4R9AA 1W6QA 1OKQA 4GJTA 5T5PA 1V6IA 3WG2A 5JOZA 2NZ9A 1H30A 4XILA 2YY1A 2Z42A 3UK9A 1BZWA 1NCAN 1V2IA 4HIZA 2WSVA 5DZFA 5GZFA 1HQLA 5CA6A 2EXHA 5JVVA 4GB1A 1WCSA 1LOEA 2JECA 2WLQA 1INHA 4QN3A 4Y1ZA 4WA4A 1WLDA 4FPCA 1D0HA 1YIFA 3FUOA 2PHRA 1SNTA 1ONAA 1Q8QA 5HUGA 4FOQA 5B2CA 1L7FA 4Q6KA 3T1LA 3VUOA 5T5JA 1Z4WA 3WCSA 1MWEA 4FPLA 1V6LA 1MS9A 3TIBA 3USUB 2ZMNA 1A8DA 1VAMA 3M3QA 1QGLA 4MWUA 2A3XA 2E51A 3R05A 4TYSA 1R1ZA 4DPNA 1LU1A 1JBCA 3WLUA 1SFYA 3POSA 5EWSA 5GZCA 1V3CA 1A14N 1E8UA 4ATEA 4BOWA 1LHNA 3AJYA 2ZMKA 1B09A 5GJ6A 4HZVA 1AXYA 1SCSA 1Q8OA 3O0VA 3AYEA 3D12A 3INAA 1MVEA 2OUJA 4AVSA 4WEGA 1S0GA 4FPHA 1GKBA 1LGNA 1GICA 3Q9OA 4AVVA 1HLCA 4MWRA 2BERA 4Q8KA 4YG6A 3WDYA 2ZKNA 4LBNA 4DRRA 1W1XA 3OY8A 2A6YA 3OGGA 1I3HA 2ZZJA 5T50A 1Z78A 3AP6A 4M01A 1ENSA 1WD4A 4MC7A 4RA0A 1DGLA 3QCWA 3NWKA 3A4UA 4ATFA 2YZ4A 4K1IA 4YM1A 4M3CF 1LESA 4K1JA 1DYKA 4XIKA 1N3QA 3DUIA 3SH5A 4FOWA 1ENRA 4CPMA 1LENA 1S0CA 3T2TA 2A6ZA 2KM2A 1KJRA 1GZ9A 4KS4A 4M00A 2NYYA 4Q8LA 5JMCA 1MS4A 1WW5A 4YZ4A 1DBNA 4L8QA 2Q5TA 4GA9A 1QKQA 4Y1XA 1OQ1A 4ITCA 1WBFA 2QWKA 2XZKA 4PBOA 3PJQA 4P9WA 1EUTA 1NNCA 3NV2A 5H9SA 4XJUA 5DG2A 3FLTA 3A0KA 1DFQA 1GANA 2D7FA 2UURA 2BQPA 1SLIA 3FLRA 1S0BA 2D43A 3V0BB 4XDQA 1V6KA 3WDXA 4K21A 2YA6A 2QWDA 2GNDA 2GMPA 4LBQB 4KS5A 3R4SA 1UPSA 2OW4A 3L2YA 1GNHA 3PVEA 3BODA 3AZZA 5DG1A 4XXAA 3NN9A 4LBKA 4YGEA 1NN2A 3MW2A 1INFA 2G4IA 1AX1A 1V3DA 2DWRA 3TB0A 1WD3A 2FMDA 2DTYA 1BYHA 4PBPA 4P9XA 4F83A 3N7LA 4XXPA 4XMAA 3ZYRA 3IKWA 3ZXLA 3V0AB 4FQ4A 1JHNA 4XJZA 1XOEA 1O4ZA 1FX5A 2D6KA 2DU1A 4BLIA 2DVBA 2ES3A 4AGVA 5GLZA 2W5NA 5GLWA 4ZXKA 2A5ZA 1DHKB 3GVJA 2GALA 4B7QA 1N1YA 2WNEA 2HTQA 4GEZA 1AXKA 2W5OA 2VU9A 4M3MA 2AEPA 1IVEA 1NXD1 3R4UA 1V6OA 3KM5A 1KDMA 1CONA 2BATA 2YROA 3WUDA 2F0ZA 3SH4A 4FOYA 1SLLA 4K1KA 2E7QA 3AP4A 2QWEA 5IK4A 4UW6A 2WJSA 1GZCA 1J1TA 3K3AA 3AJZA 3I8TA 2RKCA 5KXBA 4MWXA 3OYWA 4GZOA 5T5OA 2YA5A 1UAIA 2QWGA 4KS1A 1DQ6A 5KXCA 1Z4VA 4FZHA 1G9AA 1BJIA 4PQ9A 3ASIA 4YLZA 4B7MA 1MS0A 1CPNA 1RITA 1IS3A 2F24A 1LODA 3ZSJA 2LALA 4FPKA 1LEMA 1FV3A 1JXNA 3ZXKA 3AK0A 1EUUA 3IM0A 4Y22B 3ZXJA 1LOFC 1HQWA 5H9QA 1QOTA 3NV4A 3V0AA 1FNYA 4ISRA 4YW1A 1W8OA 2YDTA 2CWSA 5EYYA 5GZDA 1BJQA 3IMNA 2PHFA 2A6XA 3U4XA 2C4LA 1A4GA 1JN2P 5AVAA 3B7EA 4H55A 3C2UA 4CRQA 3MPPG 4AWDA 2BZDA 1S0EA 5T55A 1MR5A 4FPJA 3AP9A 1APNA 4UW4A 2A75A 4DRVA 2ENRA 2ZGQA 4WA5A 1S0IA 1N1TA 3APBA 4MX0A 2D6LX 1SLTA 2YDPA 4Y1YA 3H6JA 3WDVA 1SBFA 5CAZA 1AJKA 1YO8A 1URXA 3CL0A 4XBLA 2C5DA 4FPOB 3ZSKA 3SLIA 3HMYA 3FLPA 3H0OA 4FPEA 2F11A 4HZWA 4WZFA 4XZPA 2ZB5A 4XJ9A 5GM0A 1RINA 2QWFA 4OZXA 2GNTA 4HL0A 4BMBA 4JF7A 2R0HA 2X9MA 4PCRA 1W6PB 2YA8A 1WW7A 1W21A 2PHUA 4AGGA 3FFZA 1RIRA 4LBQD 3T1EA 5JOYA 4Q1PA 1H9WA 5IUQA 3TI4A 4CPYA 2OUHA 1JW6A 5EXOA 3V65A 1ENQA 3FUQA 2VW2A 1NSCA 2OVUA 3BTAA 2VWDA 2TEPA 1G9CA 2F25A 5IK8A 3IPVB 4I00A 4CPNA 2D6OX 3ZPYA 2VXRA 1CR7A 2F29A 1VALA 5L73A 4RL7A 1LJ7A 1V3BA 1VLNA 1N1VA 1MZ6A 1SACA 3H72A 3O5SA 2H0BA 1F8BA 2R16A 3AXEA 2ZA9A 1N3OA 2XZIA 2NMOA 4NN9A 1JOJA 2XB6C 3UL2A 4QN7A 4HZXA 2D44A 4Q2FA 4FPGA 3AX4A 1LGCA 3AYDA 4W65A 3NV1A 1A78A 2NM1A 3AZVA 2P2KA 4Q26A 4K1HA 4FQZA 1SBEA 2DUQA 4Y26A 3N35A 2HYKA 4LBLA 4GZPA 1WCQA 3UJQA 2DUOA 1HDKA 1LULA 1FNZA 1MS3A 3O12A 5LK5A 5HUNA 4FJ6A 2A3WA 1KQRA 2W39A 2ZAAA 1S0JA 1GZWA 1D2SA 1QNWA 5CBLA 1YI7A 1XOGA 1W6PA 1NMBN 1LU2A 3AXDA 2R1DA 4YGCA 2R49A 4ASMB 1S0FA 3AZYA 3TI5A 4Y24A 1NSBA 5DUXA 1N3PA 2GN3A 4Y20A 4CPZA 2W68A 1PZ8A 1A3KA 1LHOA 4GZXA 3RSJA 4XHBA 1LTEA 2ZGKA 3AP7A 1W8NA 3WDUA 3TICA 4M4NA 1CQ9A 3M3CA 1PZ9A 2V5YA 2QWAA 2F12A 3IPVA 1SO7A 3OJBA 4HZYA 4M3CB 4MYEA 3M2MA 3WUCA 1V0FA 1LECA 5JOXA 4YZ1A 4Q1RA 1Z0HA 1GYKA 3OBRA 4MWYA 1TEIA 4MWJA 1IVFA 4YM0A 2AYHA 4GDIA 3M3EA 3RRDA 1V6NA 1FATA 1JYIA 4BLJA 3D6EA 1LHWA 4BPZA 4MJVA 4HZZA 1DZQA 2HT7A 1W6NB 3USUA 2VK6A 4LBMA 5B2DA 1W6OB 4GDJA 3WOGA 1USRA 2GMMA 4R9DA 1W0OA 3SH3A 4XBQA 4XJAA 5E88A 2GNBA 4GWNA 5HCFA 4P14A 1YYNA 1EPWA 1FV2A 4GKXA 3DGTA 3N36A 2NP0A 3K38A 3D11A 2VK5A 3JUUA 1C4RA 1DYPA 4K1YA 1BXHA 1AF9A 1YRZA 3VKNA 5T54A 5FRAA 4MZEA 1Z4XA 2R0FA 4UW3A 4DS0A 4BQ1A 3WG1A 1G7YA 2D3PA 5DZGA 2PHXA 3TIAA 4D69A 3JU9A 4X49A 2EF6A 3ATGA 4AGRA 1G86A 3INBA 4XJWA 4XJRA 2CYFA 4U36A 1L7HA 2UWCA 3IN9A 2JE9A 4GKYA 2ZACA 4M3CA 5E89A 1QDCA 3RMXA 5HUKA 2DUPA 2HTVA 4AYUA 5E8AA 3SALA 3A0NA 3H71A 4KS3A 1V6MA 4B7RA 1CJPA 1LOFA 1IVCA 5T52A 3WCRA 2V73A 1QDOA 4X4AA 1VCUA 4JRAA 1E8VA 3NSSA 1DIMA 3GALA 2BF6A 1LHVA 2D6PA 2YV8A 5DUWA 2CWMA 2QWBA 2HT8A 2VW0A 1HKDA 4HANA 4K3YA 1O4YA 3SISA 1W6OA 3AZWA 2EXJA 4XOGA 4FPFA 3V0BA 1GBGA 1INVA 4UF7A 4LBQA 3TAYA 2ZGOA 2VUAA 3CYEA 4YZ5A 4YW4A 5IK7A 1IVGA 1S1AA 2CY6A 2B7YA 4XYXA 2ZBJA 1F31A 3AYAA 4I30A 4K1ZA 2D6MA 3AYCA 4XTPA 4DGRA 3A72A 1KJLA 4X6KA 2VY0A 1ULFA 4WVWA 1VIWB 1QNYA 1NLSA 2NN8A 1V0ZA 3RQ0A 5GLVA 2XG3A 4YW5A 4GXLA 2EIGA 3WHUA 3K36A 1UX6A 4GZWA 2ZGMA 3ENRA 1WUVA 2AH2A 1LOBA 2WSUA 4YZ3A 5IK5A 4YW2A 2YA4A 3WG4A 1E8TA 3QLQA 1N1SA 5HUMA 3WDWA 3JU4A 4YM2A 3BOPA 2P37A 2ZHKA 2D3SA 1SCRA 3VKOA 1LGBA 1U0AA 1F5FA 2AEQA 1ULDA 2AR6A 1DQ0A 3POYA 1C1LA 1Q8SA 3D4KA 4BMEA 1Q8VA 4C1WA 3WNXA 4D8SA 2DVDA 1SLBA 2HTWA 1JYCA 2VSMA 3TI3A 2WT2A 2ZABA 3BIWE 3POWA 2YXSA 3KQRA 2D3RA 3MEPA 3SITA 2P3KA 5SV8A 2GDFA 3V64A 4WEFA 1GSLA 3OPZA 4TZDA 5HCAA 1ULEA 1WLCA 4GZQA 1YXWA 4GZTA 3ALXA 2AUYA 4MWLA 5H9PA 4Y22A 3AZXA 4GALA 4CTEA 1S0DA 4XMIA 4NOTA 4Q27A 3UJOA 2SLIA 1SLAA 1A4QA 3OY8B 3O0XA 3N3HA 2VVZA 3WVJA 2PHTA 4X47A 1INWA 1LCLA 1QOSA 4H52A 2HTUA 4XE9A 3PMEA 3MW4A 2EXKA 3N7KA 1IVBA 1DQ2A 1Q56A 1DLLA 1I1EA 1ZM1A 3CKZA 1NNAA 4Y1VA 1V00A 3RG0A 1B9SA 3BEQA 3GVKA 2JKBA 1X50A 3HN1A 1NSDA 1NCCN 2P34A 4QNPA 4SLIA 3AFKA 4P9YA 1EURA 2F28A 1BQPA 2UWAA 2F13A 4PF5A 1QMJA 1G9FA 2ZHMA 3TI6A 2ZGLA 2W20A 4CZSA 2A3YA 4FP2A 4LBJA 1Y7BA 1LOAA 3LSEA 4NO4A 5DUUA 2PHWA 7NN9A 1NNBA 1Z50A 1QF3A 4K20A 4YZ2A 2CL2A 4MJUA 3D5OA 2ARBA 3WHTA 4R9CA 1DQ5A 1G8WA 3N7MA 1CIWA 3ZVXA 1XQNA 1GV9A 4FP3A 5JDBA 3CNAA 3CL2A 5JLVA 2FHRA 2YA7A 3N7JA 2HT5A 2GMEA 4QN6A 2HTRA 1AZDA 3WDTA 5FREA 3B69A 4YM3A 4J9TA 1IS6A 2GNMA 3WZ1A 4MWWA 1C57A 4QN4A 5GALA 2QWCA 2QWJA 4XIOA 1B9VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2WFF2 1UZZA 1XU2A 2DU0A 2RHPA 1ZBE1 5BNOA 3OGVA 2ZWAA 3AMSA 2F10A 2A6WA 4AAPA 3OBTA 1SLCA 3JBG2 4X6RB 4XC9A 4OI2A 3U1XA 3RZGA 2GP5A 4AL9A 5FYBA 3GGLA 1OFZA 1OHFA 2C9AA 2UU8A 3G7DA 2YYOA 2ZGUA 1H2KA 2LUWA 4A3XA 3U11A 4CEWA 3CL1A 5C8CB 3CO2A 1UNBA 4IEQA 5JI9A 4JDMA 2ZX3A 3JCIA 1ZZ6A 1O3TA 5KHKA 3HIFA 2R7EB 5C9AC 1R64A 1OVSA 4XZUG 3T1MA 1DF0A 4XETA 3ZSLA 3ZXFA 4KGQA 1OF4A 3T2PA 2XUMA 2J22A 3I1CA 5DUVA 5KXDA 1JUIA 5FYIA 5M1ZA 1UMZA 1VR3A 2D40A 1RC6A 4Y5SA 3VBUA 5IVJA 1POOA 1QOOA 1O6UA 2A70A 2AEZA 1EUSA 1VBC3 3Q8AA 3O1OA 5A7PA 3AKTA 3CZUA 2VZUA 2ZX1A 4IFNX 1CPMA 1UU4A 2VL4A 3VLBB 3T0DA 3LIHA 3AP5A 4RHV2 5T3NA 4UFKA 4WA3A 1IPJA 2HLEA 4KNCA 4YY8A 4WBBA 1UZYA 4NCSA 3DR2A 5DXDA 4NN0A 1F8DA 5FCCA 2BRTA 1CESA 2Y38A 4WVVA 1F8CA 4UWDA 1VRH2 3KWVA 4HHOA 4U2AA 1GOGA 3D3AA 4MZAA 3MICA 1JMUB 3VBOC 5NN9A 4DUWA 2SIMA 1AX0A 4NAOA 2ZGNA 3PMSA 1AXZA 2J1UA 5A7WB 1MZFA 4BM8A 3EBRA 2WNVA 3ELNA 1KS5A 1M4WA 1V6JA 2ZJCA 4HK8A 1VBE2 1H1IA 1PVC1 3B01A 4S2DA 4XBNA 1FI2A 3O1RA 5FZNA 2WZ8A 1ASJ2 3LCPA 1BKZA 1FAYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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