4YW4A

Streptococcus pneumoniae sialidase nanc
Total Genus 198
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
198
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Crystal structure of a novel sialidase
rcsb
molecule keywords Neuraminidase C
total genus 198
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yw4A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yw4A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yw4A02
2VY0A 2ZABA 1EUSA 3B01A 4MWWA 3TB0A 4B7RA 3AFKA 2B8HA 4YW5A 5IUQA 2A6XA 2W5OA 1S0EA 5DZFA 1USRA 4YGBA 4DPNA 3N36A 1KRIA 4Q2FA 3V0AA 4Y22B 3T1LA 2JECA 3SANA 2PHTA 1APNA 4GXLA 2QWHA 2ZA9A 5T54A 4YM1A 3V65A 1TEIA 4PBOA 3TICA 1MS8A 4YW1A 1SLLA 2C4LA 1FAYA 4I30A 4P14A 3M3OA 1S0JA 4Y1ZA 4Y26A 1DFQA 4GDJA 3ASIA 2XB6C 4NN9A 5GLVA 2CWSA 4XXPA 2AR6A 1CIWA 5DUWA 1MS0A 2D6KA 2WNEA 2HYKA 1Z4XA 1S0IA 4GZSA 1F31A 3MEPA 1G7YA 2Z42A 1LULA 2ZAAA 4YM0A 2D6PA 5CNAA 2JE7A 3ZXFA 3AYCA 4XIKA 5JVVA 1N1VA 1WD4A 4DRRA 1OKQA 1SFYA 1UPSA 1DQ0A 1IVEA 4HZVA 1MACA 4FOVA 3CKZA 3AK0A 1GZ9A 4GWNA 4OZXA 5GLUA 1V6OA 2DVBA 3FFZA 3CYEA 2HTRA 4LBQD 1S0FA 3QCWA 1S1AA 2HTQA 4FPLA 3ILNA 1MVQA 2NZ9A 1E8VA 3JUUA 1MWEA 1O4ZA 1UX6A 2AENA 3CNAA 4RL7A 2UWCA 3V64A 3FUQA 3D6EA 5F5QA 3NWKA 1KJRA 3N35A 4H53A 1EUUA 3A71A 4WEFA 2D3RA 1LU2A 1WUVA 3WG3A 1KDKA 1MS3A 3K38A 1C1FA 3N7KA 1UL9A 5DG2A 4CPOA 2ES3A 1A14N 3NN9A 3INBA 1GICA 2BATA 1LCLA 3TI4A 4FQZA 2EALA 5E88A 1XQNA 4CTEA 2TEPA 4K1HA 5T5LA 2VSMA 2VK5A 2VW0A 2D6NA 1IVBA 1D0HA 3D4KA 2ZHLA 3ZYPA 5GZCA 1LOGA 1V3BA 4GDIA 5GLWA 4FJ6A 5KXEA 1N1TA 3AZXA 2NP0A 1HQWA 5T55A 2AEPA 5HUGA 4K3YA 1MZ6A 1WBFA 1JYCA 4BM8A 1IS4A 3O0WA 3W58A 1IKQA 1F8DA 2R16A 4YZ2A 4ZKTB 4BQ1A 2D44A 5HUKA 3ZSLA 5JLVA 3WNXA 1AF9A 1UAIA 4Q26A 2JE9A 3FLRA 1IKPA 3LSEA 5HCBA 5CBLA 1NCAN 5EYXA 4YZ3A 3H6JA 3VUOA 1CVNA 2UWAA 4XIOA 3OBRA 4MJUA 4GKXA 3AZWA 2ZHNA 2QWEA 1GZCA 4X47A 1DQ4A 3WZ1A 3H71A 2JJ6A 2A6VA 2VK7A 4ISRA 4NCSA 1VAMA 3WLUA 2F27A 1D2SA 2EXKA 1DHKB 4B7MA 1SBDA 3SISA 3I8TA 2HTWA 2SBAA 4GZQA 2ZGSA 1VAVA 3ZXJA 4HL0A 4QN3A 2DVGA 3AZZA 3R05A 4Y1YA 4YFWA 3WVJA 1UZYA 1JOJA 5AVAA 4CPNA 4WA3A 3DUIA 2JKBA 3K37A 1AZDA 4LBMA 2HU4A 1HDKA 5GLTA 4PCRA 4WZFA 1MZ5A 2P3KA 2PHUA 2CL2A 4XBNA 1B9SA 1N3QA 5IT6A 4UW3A 1E8UA 1QDOA 4HZZA 5CAZA 1QNYA 4GWMA 3DGTA 1CQ9A 3USUA 4YGEA 2YROA 3N3HA 1PZ7A 3AYEA 3WV6A 3PMEA 3BOPA 3APBA 3MW4A 2F0ZA 4XJRA 1QF3A 1IVCA 1INYA 4LBJA 3OGGA 3VV1A 1CONA 2B7YA 4YGDA 3AYAA 3SNMA 2VWDA 4YFZA 1YI7A 1SCRA 4XJ8A 4UW5A 3HMYA 4JCKA 4FPFA 4RA0A 3PJQA 1G9FA 3LSDA 2DU1A 1MS5A 4L8QA 2ZGOA 2QWKA 1W6PB 2OUHA 2DVDA 5HCFA 5F9TA 1BXHA 5GZEA 4CRQA 1MVEA 2A6WA 4YW3A 2P3IA 2R0HA 3ILFA 3RG0A 3RQ0A 4X49A 3T2TA 2QWJA 1SLCA 1V6MA 4Y1UA 2QWBA 5JYYA 4H55A 4Q27A 1INGA 2A3YA 1UKGA 4R9CA 5CA6A 1OQ1A 1W6MA 4AGVA 1DZQA 1AX2A 1IS3A 1NSDA 4BMEA 1YYNA 1JHNA 4XOGA 1ULDA 3N7LA 2OVUA 3C2UA 5JOXA 1SACA 2CMLA 4WV8A 1G8WA 1Z4ZA 5KXDA 1BQPA 2NMOA 2QWIA 2A70A 3BTAA 5DG1A 4NOTA 1KDMA 1GV9A 4J9TA 1XOEA 3O9KA 5DZEA 4WEGA 2PHXA 4W65A 5KXBA 4MWYA 4M4VA 3AP6A 2DWRA 1UZZA 4BPZA 2VK6A 4XJ9A 1JYIA 1YO8A 1INHA 3FLPA 3SH3A 1A8DA 1CPNA 2PHFA 1LOEA 4YGCA 1RIRA 4M3CE 4Q8KA 3M2MA 4KS1A 3RMYA 2VW1A 2DUPA 2DUOA 4ISQA 4H52A 2W68A 3HN1A 1W6PA 2DVFA 4YM2A 2VVZA 4HIZA 3NSSA 2QWGA 2GNMA 3K3AA 2YDTA 4FPCA 3B00A 1MS9A 4FVKA 1Q56A 1Z78A 1Q8OA 4KS5A 1EUTA 1L7FA 4Y1VA 5DUXA 2F24A 3O0VA 5CB7A 1V00A 5E8AA 4XMAA 3V0BB 4GZTA 4FPKA 4FPEA 5B2DA 4XE9A 4M01A 1RINA 5M1ZA 4ATFA 2GMEA 4JRAA 1LEMA 2OW4A 1NCBN 4AWDA 2EXHA 2AEQA 3BEQA 2W20A 3CL0A 2GNDA 1IS6A 5B2CA 2WSVA 2CTVA 4BLJA 4MWXA 1VALA 3Q9OA 3M3EA 1NCDN 1N3OA 2YA7A 2D43A 3AXEA 1LOFC 5DZGA 2R49A 4YG0A 1Z0HA 1WW6A 2FHRA 3RRDA 4PBPA 1SLTA 2DTWA 3PVOA 1R1ZA 2AGSA 5LK5A 1L7HA 2DTYA 2YA8A 5JMCA 5T5PA 4BMBA 3WDWA 3UK9A 5H9PA 3WDTA 2EIGA 5DUUA 5IK8A 1QMJA 4MWQA 3VKLA 1W6NB 1EPWA 1G9BA 2GN7A 1LOFA 3N7JA 3AP4A 4QNPA 5GALA 1YXWA 3H72A 1LTEA 2A75A 4XILA 2R0FA 1HKDA 2GNBA 3GALA 5HUNA 4BLIA 1V6IA 1SLBA 1KITA 4XJZA 2GDFA 3L2YA 4R9BA 4Y22A 1HQLA 2ZGUA 3FLTA 1LOCA 3TI5A 3CL2A 4LBQB 2ZKNA 3KM5A 1YRZA 5JDBA 4KS2A 3OBTA 2ZGKA 4UW4A 1NMBN 4M3CF 3WHUA 2H0BA 3AZVA 1GBGA 3V0BA 2P2KA 3PVNA 1DIWA 3K36A 1INVA 4UW6A 2W52A 5JOWA 1RITA 2ZGRA 2E7QA 1HLCA 1NNBA 1GZWB 4Q6KA 4XBLA 4I00A 1LHVA 1S0CA 3AZYA 1WLWA 1W8NA 2ZGTA 2XCYA 3ZVXA 1F9KA 1SCSA 2XG3A 1N47A 4CPYA 1O4YA 5GLZA 4MWUA 1Z50A 1DILA 1J1TA 3A72A 4AYUA 3WUDA 5JOZA 2D6MA 2F28A 4CPZA 4M4NA 2SLIA 4KBBA 4K1ZA 2EXJA 4XMIA 5EWSA 3RS6A 1G9AA 1W6NA 4M3CB 5FREA 2WKKA 2WQZC 4ZXKA 1WW7A 3TIBA 2GNTA 2HU0A 3WDUA 3ALWA 1AXKA 1DQ2A 3ZXKA 2AREA 4GZXA 3TIAA 2ZMLA 1INXA 2BF6A 1SLIA 1KJLA 1G9DA 2BZDA 1NSCA 5GZGA 4WA5A 1AXYA 1WBLA 2EF6A 4YG3A 2JD4A 4XJUA 3FUOA 3PVEA 4K21A 3FBYA 4LBKA 3BIWE 5T52A 4NO4A 4X6KA 2ZACA 1B9TA 1ENRA 3ZYRA 5SV8A 3MPPG 4SLIA 2RKCA 1ONAA 4YZ4A 2ZB6A 3B69A 2E6VA 4GKYA 4XTMA 3POSA 1LHWA 2YZ4A 4FPOB 1WW4A 2BERA 1MS4A 2GN3A 1V0ZA 1ULGA 3MW3A 4MWVA 1LGBA 3WDYA 1GZWA 3VKNA 4QN7A 3QLQA 1SNTA 4YG6A 1NMAN 2DUQA 2I2SA 2C4AA 5H9QA 1H30A 1NN2A 4U2AA 3AP9A 5IK7A 1H9WA 3RSJA 2LTNA 3SITA 3NV3A 4HZWA 3OJBA 2SIMA 4D69A 2UWBA 1V0FA 2A5ZA 4WVWA 2ERFA 2VXRA 3D12A 3NV4A 1ULFA 2X9MA 4FP3A 3POWA 4AVSA 1LGCA 1V3EA 2FMDA 1NCCN 2D3SA 2ZGMA 2NN8A 3R4UA 4M3CA 1Z4WA 4Y20B 4YM3A 2QWCA 4YZ1A 2ENRA 3BODA 3POYA 4M4UA 4XTPA 1AJKA 3SILA 4YW2A 4TZDA 4AVVA 4GALA 1W0OA 1F8CA 1AVBA 5GJ6A 4HZYA 4K1JA 2ZZJA 1WCQA 4QN6A 4QN5A 3TI3A 4AGGA 4MX0A 4YLZA 1SO7A 1CJPA 1DLLA 1V6LA 3WG4A 1QOTA 1UMZA 5EYYA 4FQ4A 3ZPYA 4MWJA 2LALA 4P9WA 1SLAA 1LGNA 1W8OA 4DFSA 3AJYA 2UU8A 4B7NA 1QNWA 3UJQA 3OY8B 1DIMA 4B7QA 2WSUA 3B3QE 3N7MA 2HTVA 2P34A 3WDXA 1NXD1 2XZJA 1V3DA 2PELA 1DYPA 2A6YA 1QGLA 3HR9A 4ITCA 4Y24A 2XZIA 3UJOA 3VKFC 1LHNA 1LEDA 4PQ9A 3RMXA 2HT5A 4XYXA 4CPMA 2ARXA 1LESA 2HTUA 3AXDA 3O0XA 1H9PA 1LODA 1MS1A 4C1WA 3T1EA 1EURA 2ZGPA 1W6QB 3WG1A 1S0DA 1OFSA 1W1XA 3ILRA 3D5OA 3O9JA 1DYKA 1FV2A 1JXNA 2ZMNA 1BJQA 5H9RA 1ENQA 2D3PA 3U4XA 2RHPA 4R9AA 4Z8BA 1Q8VA 5DUVA 1FNZA 4XBQA 3B7EA 4GEZA 2F10A 1NMCA 1C1LA 4MZAA 3K39A 1IOAA 2D7FA 1USXA 2HT8A 3KQRA 3JU9A 4Y20A 4XZPA 5KXCA 4P9XA 1ZM1A 1G86A 7NN9A 4HZXA 1SBEA 4MWRA 1X50A 4C1XA 4FOYA 4XHXA 4XJAA 4GZPA 3O5SA 1BYHA 2AH2A 2E51A 3ENRA 5H9SA 1NSBA 2F26A 3ATGA 2AUYA 3IPVB 1AX1A 3ZXEA 4QN4A 1NNCA 1I3HA 1B9VA 1GNHA 1ULCA 2VU9A 5EXOA 2DYCA 1V3CA 2W5NA 3OY8A 1W0PA 2EXIA 1GYKA 4K20A 2CNAA 2KM2A 1FV3A 4R9DA 4DRVA 2AYHA 4Q8LA 1LHOA 1BJIA 4AVTA 1GSLA 2F13A 5IK4A 2R1DA 4HANA 3T1MA 3SH5A 2GALA 1F5FA 1W6OB 3AJZA 4GZWA 4FP2A 1CESA 3UL2A 2NM1A 1KQRA 2NMNA 1W6QA 1VIWB 1FNYA 2W39A 3ZSJA 2WT2A 2GMMA 6NN9A 2WJSA 1GLHA 1IVDA 1XOGA 2D6LX 1DQ5A 2ZHKA 1QOOA 4MJVA 2YY1A 4BOWA 2VW2A 3WDVA 1F8EA 2PHRA 1LJ7A 1IS5A 2A71A 5NN9A 4FVVA 1FX5A 1VLNA 3AP7A 4WVVA 4FPHA 2PHWA 1PZ9A 1Q8SA 3VKOA 1PZ8A 3LCPA 2CY6A 4JC1A 3TI6A 2EAKA 1CN1A 2WT1A 2DURA 4XDQA 1Z4YA 1WLCA 1V0EA 1S0GA 1MR5A 4X4AA 1WW5A 1SBFA 1GANA 3ZXLA 3GVLA 4MWLA 1E8TA 1JUIA 5E89A 4Q1PA 4ASMB 2JDZA 3H0OA 2QWFA 4KS4A 1YIFA 4K1YA 1IVFA 2A3XA 2VH9A 1WLDA 2ARBA 1QDCA 1GKBA 2F11A 3IPVA 1ZA4A 4FPYA 4Y1XA 4K1IA 3USUB 2A3WA 3IMNA 5DXDA 2QWAA 3OPZA 4B7JA 5GZDA 2YA5A 5HX0A 1B09A 3ZSKA 5GM0A 4M00A 3OYWB 4M3MA 2V5YA 1C4RA 4UF7A 1W21A 1ENSA 4FPGA 2V73A 3SALA 1FYUA 1F8BA 1BKZA 1LOAA 1N1SA 1CR7A 1BZWA 1W6OA 2D6OX 2NYYA 5HCAA 3W09A 4GA9A 4WA4A 3W59A 2P3JA 4GJTA 4P9YA 2C9AA 3WG2A 2HTYA 1QU0A 4ATEA 1A4QA 2DV9A 1Q8PA 3TAYA 3A0KA 5IK5A 3TI8A 2Q5TA 2E7TA 4BBWA 1URXA 2G4IA 1N1YA 4LBOA 2A6ZA 4JF7A 4NC5A 2QWDA 5T5OA 2YDPA 3SH4A 3ALXA 2ZGNA 5T5JA 2C5DA 1W6MB 1AJOA 4TYSA 1CPMA 1AXZA 4LBQA 1GNZA 2F25A 3JU4A 1V2IA 4GB1A 2R1BA 4CPLA 2YXSA 3WCRA 1V6KA 2W08A 1VCJA 5FRAA 1L7GA 3AP5A 1DGLA 1NLSA 4IQPA 4MC7A 3B9CA 2ZB5A 4D8SA 2CYFA 1AX0A 4DQAA 2OUJA 1Z4VA 2YA6A 1U0AA 3O12A 5T50A 2YA4A 4XJQA 4DGRA 5BYNA 3GVKA 3GVJA 3D11A 3I4IA 1WD3A 3OYWA 3WUCA 3H73A 4KS3A 3M3QA 1IVGA 2UURA 1C57A 1DQ1A 2CWMA 2F29A 1A4GA 1LU1A 1JN2P 1W20A 1VCUA 3A0NA 3M1HA 4K1KA 1DQ6A 3GNEA 4MZEA 2ZMKA 4FPJA 2SILA 4LBLA 4XJWA 2WLQA 1NNAA 1N3PA 3IM0A 3ZSMA 4YZ5A 1A3KA 4F83A 3INAA 1I1EA 3NV1A 3V0AB 4FOWA 4XHBA 1DBNA 1LHUA 5GZFA 1FATA 4FOQA 1INFA 1V6NA 4AGRA 4XXAA 1JBCA 3WHTA 2XZKA 2W38A 1ULEA 3WCSA 4DS0A 2HT7A 1Y7BA 1WCSA 1Q8QA 5L73A 4U36A 2VUAA 1LOBA 4YW4A 2YMZA 3AYDA 1V6JA 2WT0A 1UN1A 2VSKA 3VKMA 2DU0A 3MW2A 2ZHMA 1A78A 2ZGLA 2A7AA 2GMPA 3A4UA 3AX4A 3IN9A 4LBNA 1JW6A 2ZBJA 1LENA 1QOSA 2BQPA 4PF5A 1G9CA 3NV2A 5HUMA 4CZSA 2E53A 1QKQA 4MYEA 4Q1RA 3SLIA 3R4SA 2P37A 3WOGA 2YV8A 3IKWA 2ZGQA 3M3CA 2F12A 5JOYA 1S0BA 4GZOA 4FZHA 2DVAA 1LECA 1INWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VY0A 1BVVA 2BYVE 2ZABA 3AVRA 4W6XA 3WINE 1OPOA 3RZHA 3B01A 1EUSA 1KXGA 1Q7FA 1UYZA 1QH7A 3G6JB 3RJRA 4MWWA 4DNYA 2IAWA 3TB0A 5FZ8A 4B7RA 2AACA 4GB33 2C24A 3AFKA 2B8HA 3LEMA 4YW5A 1X7NA 2BUKA 2A6XA 4RYDA 5IUQA 2CHHA 2W5OA 2P4EA 2EIDA 4JZRA 5L9RA 1NCRA 1QHDA 4QM8A 1EAH3 1VMHA 3S5QA 3WNNA 4GB32 4JGZB 1S0EA 5DZFA 1USRA 4YGBA 4DPNA 3N36A 4OFGA 1KRIA 4Q2FA 3V0AA 4Y22B 1GOFA 4ZS3A 5CEHA 3I7DA 4QGLA 3T1LA 2JECA 1UYXA 5F3CA 5JMOA 2QWJA 2XMLA 3SANA 3VBFA 2OS2A 3IAPA 2V4AA 2QBXA 2PHTA 1U12A 2QVSB 1APNA 4WVMA 4UAPA 4XABA 1O91A 1PGW1 3P1IA 4GXLA 5FYCA 5BNNB 1OA4A 4GMP0 1OSGA 2QWHA 1JMUB 2ZA9A 5FZFA 4AHYA 4I09A 4YM1A 5T54A 3V65A 3I2HA 4PI2A 1TEIA 1VBE2 2WNOA 4DEQA 4D7YA 2VNRA 4JDOA 4PBOA 2JB4A 1AYN2 4W50A 5SV5A 1YQCA 1FMD3 2R32A 3HOBA 1OA2A 2VVFA 1WCDJ 1YEWA 4Q4V3 3TNQA 5J37A 1RUE1 2NQYA 3F95A 5FNRA 2YUEA 4GZ9A 1RJ8A 3MV01 3TICA 1MS8A 3NJVA 3SC7X 3AL6A 1UXXX 4YW1A 1AR71 1AR81 1PVC1 4ZZ5A 2VTXA 1JZ6A 1SLLA 3RZKA 1FMD2 3OPTA 4DIQA 4IGOA 4JRLA 1VRBA 1AR93 5FXVA 2WZPP 2C4LA 2RJLA 4EZ4A 3ZGDA 1FAYA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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