4YW5A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, complex with oseltamivir carboxylate
Total Genus 202
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
202
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Neuraminidase C
total genus 202
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yw5A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yw5A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yw5A02
1DQ4A 2Q5TA 4HZYA 1DYPA 3SALA 1Q8SA 1ONAA 2GMPA 2UURA 5EYXA 3TAYA 3O9JA 5HUGA 3O0WA 4FPJA 2F29A 4MWJA 2EALA 2UWBA 5JOYA 4J9TA 1DYKA 3R05A 5JVVA 3ZSLA 1F8CA 2VK5A 2FHRA 3IPVA 3WG4A 4F83A 3T2TA 2QWFA 5DG2A 3WOGA 1V00A 1JYIA 3IMNA 3LCPA 2SIMA 1USXA 4LBQB 2NMOA 1A14N 4HANA 2AGSA 4Y26A 3O12A 4CPNA 4XJQA 3WDXA 3SH5A 1KDKA 4SLIA 3B00A 3OBTA 1NCDN 3HMYA 2E53A 1DGLA 2G4IA 2ZGUA 1EURA 3N35A 4Y1XA 3WUDA 4XJAA 2AREA 2CNAA 1GSLA 2B8HA 2V73A 3WDWA 4YW4A 1C1FA 3FLPA 2VW2A 1A4GA 3CNAA 4CZSA 2NN8A 3IKWA 3SH4A 3U4XA 1IVEA 1W21A 4P9WA 4ZXKA 2GDFA 2F25A 2D6LX 3GVKA 1W6MA 1IVGA 1CESA 1FNZA 1FX5A 1IVCA 2W5NA 4R9DA 1VIWB 4MWLA 4LBQA 3N7JA 4GWNA 5DUUA 3RQ0A 3WUCA 1F8BA 3WCRA 4BOWA 1ULGA 1A78A 1LHOA 1G9FA 5GZGA 3O0VA 1ZA4A 3WDVA 4CRQA 2F27A 3BOPA 1LESA 1OQ1A 3K3AA 1LENA 3ATGA 5DUXA 3TI4A 1CIWA 2CWSA 2ZGNA 4M3CE 4PQ9A 3PVNA 3FUOA 1IVBA 3CL2A 4YG6A 2ZZJA 2FMDA 2C4AA 3JUUA 4OZXA 1YYNA 2JE9A 4Y22A 1APNA 4X6KA 1E8TA 3A71A 2CL2A 4ASMB 1OFSA 3APBA 4FQZA 3TI5A 5T55A 2A3XA 4GZTA 2QWAA 4HZVA 3OYWB 2F24A 1Z4YA 1N3QA 5GZEA 1CPMA 3AZZA 5HCBA 1LOFC 4GZPA 3UL2A 4I00A 2DVDA 2ZKNA 1FNYA 5DUVA 2VWDA 2YA5A 2SLIA 3TI8A 4DRRA 1DQ6A 3SANA 4GZWA 4YW1A 4GXLA 2GALA 3AFKA 1FATA 2E6VA 4LBLA 2D6NA 1QDOA 3O5SA 3GNEA 3TIAA 2E51A 2GNBA 2UWCA 5DZGA 1F8DA 3GVJA 1SCRA 1NNCA 4U36A 2GN7A 4WV8A 4L8QA 4FPYA 3R4SA 1N3PA 5EWSA 4H53A 4P9XA 5L73A 2PHUA 2HTWA 3ZYPA 1WW6A 2ZGRA 3M1HA 1QGLA 2GNTA 2ERFA 2YZ4A 1LOFA 1VCJA 3K39A 4FP3A 1V6JA 2VUAA 3TB0A 1G9CA 1VAVA 2PELA 1F9KA 4Q2FA 1NLSA 2YY1A 2QWHA 3UK9A 4QNPA 3B7EA 3AX4A 1VLNA 5LK5A 4GKYA 3VKMA 3ALWA 3BIWE 1UAIA 2W68A 1RIRA 4RL7A 1NCBN 2OUHA 2CY6A 1GZWB 2WT0A 1EUUA 2ZGMA 4JRAA 4UW6A 1WW7A 4YFZA 3SILA 1I3HA 1I1EA 3SLIA 2D3RA 1F31A 1JHNA 3A0NA 2YROA 1DQ5A 2YA7A 1WD4A 1AXKA 2HT5A 3M3OA 4YG3A 1V3DA 1NMAN 1S1AA 2C5DA 3QCWA 4BBWA 1KITA 2D6KA 1W0PA 5IK8A 1DHKB 3ZSJA 1UL9A 4BPZA 4FOVA 1JOJA 3AJZA 3R4UA 2ARXA 1YIFA 1S0IA 2HT8A 1W8NA 4MWXA 4Y1UA 4NOTA 2EXJA 3M3QA 3AXEA 3KQRA 1DQ2A 4M00A 1NCCN 4CPZA 1LJ7A 2BERA 1KQRA 4CPMA 4TYSA 2OW4A 3H71A 1E8UA 3OJBA 1ULDA 4D8SA 4CPOA 3TIBA 2HYKA 5H9QA 3ZSMA 1MS4A 2D3PA 3RMYA 4GDJA 4KS3A 3ZPYA 1Z78A 4MZAA 1KJLA 5T52A 1VALA 1INXA 1AVBA 2F28A 4ATFA 3OPZA 2JDZA 2YV8A 1G9BA 3D12A 2YDTA 3RG0A 2JKBA 3I8TA 3A4UA 2PHWA 2R0HA 4P14A 2ZHLA 4Y20A 2RKCA 4FQ4A 2OUJA 4MWRA 2DVAA 3T1MA 1TEIA 5GLTA 1XOEA 2GNMA 4LBNA 4YGDA 1ULCA 3FLRA 2ZGQA 1QOTA 4B7JA 4XE9A 1GANA 1KRIA 3AYDA 4GKXA 1S0EA 4XBNA 1Z4XA 4YW3A 1MZ6A 4YG0A 4K3YA 4FOYA 4JC1A 4M4UA 4XJRA 1ZM1A 4MWWA 1CQ9A 4BMBA 1AJOA 4K1HA 1LGCA 2ZA9A 5M1ZA 4MWQA 2SBAA 4AVVA 4DQAA 6NN9A 2ZMNA 1S0FA 2EIGA 2HTQA 2RHPA 1LHUA 1GBGA 2JE7A 1AXYA 3OY8A 5IT6A 4NN9A 3WCSA 4XHXA 4JCKA 2YA6A 3JU4A 2QWIA 4WA4A 1MWEA 3ILRA 1Z50A 2YA4A 3MEPA 4UW3A 3PVEA 3Q9OA 5FRAA 1CJPA 4XOGA 1GV9A 2W38A 1UZZA 2WQZC 3HR9A 3PJQA 2JJ6A 1D0HA 2VVZA 4WA3A 1MS0A 3VKNA 5JDBA 2D6OX 1QOOA 1V6LA 2W52A 2ZACA 3H72A 1S0CA 2HTYA 1DIWA 4YLZA 3V64A 1LOAA 4UW5A 3V0AB 1B09A 1SLAA 1LTEA 2YA8A 1V3EA 1V6MA 1SLTA 2WNEA 2XZKA 2HTVA 4WZFA 5EYYA 4RA0A 1NNBA 1C1LA 2VU9A 1PZ8A 1BQPA 2E7QA 3CL0A 1HLCA 1LCLA 2P3JA 3INAA 3W09A 1JUIA 1WBLA 5HUNA 4UW4A 5DZFA 2ZABA 4B7NA 2GNDA 1LHWA 1LU2A 4PF5A 1L7FA 4R9CA 2HT7A 1NMBN 5KXEA 5B2DA 3HN1A 3N7KA 3K36A 3RMXA 3WZ1A 1INYA 2R0FA 2DTYA 4LBOA 5DZEA 1V0ZA 1ULFA 4C1WA 2NYYA 3VKFC 2ZGKA 1C4RA 2XG3A 3OBRA 3A0KA 4CPLA 2D43A 2XZIA 1MR5A 3M3EA 5GLUA 3WG1A 1DLLA 1W6NB 1H9PA 3INBA 1B9VA 2F13A 4YZ3A 3N7MA 4HIZA 5BYNA 1SLIA 3ILNA 4YM0A 4FOQA 5GLWA 5HCAA 4PBPA 1ENRA 1L7HA 4YZ1A 4K20A 1MZ5A 2DV9A 2WSVA 3T1EA 4XMAA 1IKPA 4XXPA 1GNHA 3AJYA 2H0BA 1Q8PA 5T5JA 1AZDA 3B69A 2A6ZA 4WVVA 2P34A 3D6EA 1AJKA 4ATEA 4KS4A 4FPLA 3ILFA 2I2SA 1SLLA 4W65A 1W6PB 5EXOA 4M4NA 3ZYRA 1MS8A 3B3QE 1LHNA 1EUTA 2DTWA 2EAKA 1INGA 4GJTA 1WLDA 1XQNA 1QMJA 4DS0A 1WLWA 1UPSA 4Q6KA 1LOCA 1W6QB 4Q8KA 3RSJA 5H9SA 1O4YA 4DGRA 4HZZA 1WD3A 5IUQA 5F9TA 1WW5A 1MS3A 1Q8QA 4TZDA 5T5LA 3IM0A 2YMZA 1W6OB 4XTMA 5IK5A 1UMZA 1YXWA 4AVTA 2EF6A 4XIKA 4K1KA 2HU4A 4XDQA 1Z4VA 3N7LA 1QKQA 2BZDA 3LSEA 2ZMLA 1C57A 4KBBA 2PHRA 4NO4A 5JYYA 1Z4ZA 4NC5A 3NN9A 5GM0A 3DUIA 3V65A 5HUMA 5B2CA 2VXRA 1V6OA 3WNXA 4B7QA 1IS5A 2A6WA 3OYWA 4FVKA 2AEPA 4MWUA 4XTPA 1A4QA 3MW2A 1FYUA 1DZQA 3WLUA 3FBYA 2YXSA 4XXAA 4YM1A 1AX1A 1DQ1A 4LBMA 3JU9A 2C9AA 4GZOA 3ENRA 1JBCA 2B7YA 4HZWA 2A71A 1N1VA 5GZCA 5E89A 1SO7A 2JECA 2DURA 2D3SA 4AGVA 2HU0A 4XBQA 1S0JA 2GMMA 2F26A 2QWGA 4GA9A 1CPNA 1SNTA 2NM1A 4MWYA 5HUKA 1QF3A 4XILA 3AK0A 1EUSA 3AP4A 4BMEA 2A70A 2VK7A 2HTRA 2TEPA 2BF6A 2DUPA 1GZ9A 3ASIA 1LODA 1CONA 1D2SA 2X9MA 2CYFA 1RITA 1INFA 4YZ4A 1KDMA 4DFSA 1Z4WA 3POYA 1QU0A 3AYEA 3UJQA 1GZWA 2CWMA 3B01A 4WA5A 3WHTA 4K1IA 3AZWA 3TI3A 4M01A 4FVVA 3FLTA 3W59A 1UN1A 1MVQA 1LHVA 1UZYA 1IS6A 3NV2A 3L2YA 2VW1A 5SV8A 2XB6C 1F8EA 4GEZA 2ZGLA 4ZKTB 2F0ZA 4B7MA 2JD4A 4BQ1A 4FP2A 2D6MA 4FPFA 1LEMA 2VK6A 1WW4A 5DUWA 4LBQD 4XYXA 2XZJA 2QWDA 1A3KA 1WCQA 4NCSA 1V3CA 4WVWA 1IVFA 4M3CB 4MJVA 2WSUA 4Y1YA 7NN9A 1Q8OA 4KS2A 1V6IA 4P9YA 2AEQA 1Y7BA 4UF7A 1BKZA 1FV2A 2AR6A 1JXNA 1SBDA 4H52A 1INVA 1AXZA 1N1TA 3AP5A 2NMNA 1Q8VA 3CKZA 2CMLA 5GJ6A 4DPNA 1V6NA 3D11A 3ZVXA 1NSBA 3QLQA 1WUVA 3NV3A 3MW4A 1SLBA 1E8VA 1W0OA 1W8OA 4Q26A 1AX0A 3VUOA 1EPWA 2ZMKA 3AP9A 3K38A 1BJQA 3IPVB 1HDKA 1GYKA 4K1ZA 4M3MA 3AZXA 4HZXA 2YDPA 2AUYA 4XHBA 1OKQA 3SISA 3N3HA 5KXCA 4D69A 3ZXLA 1Z0HA 4QN3A 5DG1A 4WEFA 1MS5A 4AWDA 4FPEA 3WDTA 3V0BB 1INHA 4ITCA 1LGNA 3WDYA 2ZAAA 3ZXKA 4AVSA 3BTAA 1SBFA 1N1SA 5CAZA 3SNMA 4R9AA 4GZQA 5T54A 4KS1A 4ISQA 4Q27A 4MJUA 4K1JA 2GMEA 2D44A 1CVNA 1LEDA 3K37A 2PHTA 2W08A 1W20A 2W39A 2AYHA 4AGRA 1URXA 5GZDA 1W6MB 3SITA 1AF9A 1S0BA 1R1ZA 2W5OA 1CN1A 1LOEA 3KM5A 2ZHMA 1NXD1 4LBJA 3NV4A 1NSDA 3GALA 2P3KA 4X4AA 1H9WA 2R16A 2R1DA 2A7AA 1L7GA 3ALXA 1Q56A 3AZYA 2A3YA 2GN3A 3V0BA 4Y24A 3O0XA 5JLVA 2ENRA 4Y1ZA 2A6VA 5IK7A 3H0OA 2EXHA 1CR7A 2P2KA 2WLQA 5E88A 4K21A 3LSDA 1V0EA 3WVJA 2DVBA 4FPHA 3CYEA 1QNYA 1G8WA 3V0AA 4X47A 1LULA 3AXDA 3VKLA 1UKGA 1J1TA 4Y22B 2ZGPA 3M3CA 2R1BA 2LTNA 2PHFA 1GZCA 5JMCA 1BJIA 1MVEA 2AH2A 5CB7A 1W1XA 2A3WA 1B9SA 1JN2P 3N36A 1SCSA 4JF7A 5AVAA 1NCAN 2A6YA 1G7YA 4Q1PA 3WHUA 3AZVA 3RRDA 1YO8A 4FPKA 5F5QA 1JW6A 2R49A 1SLCA 1V6KA 4AGGA 3ZSKA 2EXKA 1SBEA 3POSA 2VSMA 4FPGA 1VAMA 2A6XA 5JOZA 1V2IA 4B7RA 3AYAA 3NV1A 5T5OA 1VCUA 5HX0A 4CTEA 1LOBA 1DQ0A 2Z42A 5JOXA 4XZPA 4YFWA 3NWKA 5IK4A 4ISRA 2ES3A 1W6NA 2QWJA 4YGCA 4FZHA 1H30A 3BEQA 1QDCA 1GLHA 1DFQA 1ENSA 4YZ5A 2WKKA 2XCYA 3GVLA 1GNZA 2A75A 1A8DA 3D4KA 3ZXJA 1V3BA 2DU1A 4Q8LA 3W58A 4XMIA 2QWEA 2ZB5A 4YM2A 1W6PA 2WT2A 3FUQA 3OGGA 2EXIA 4BLIA 4M4VA 4XJ9A 1IS3A 1G86A 5T5PA 4IQPA 4MYEA 3WG2A 3C2UA 1WLCA 2KM2A 2F12A 1NSCA 2DWRA 2ZHKA 1SACA 3O9KA 2F10A 4Q1RA 2UU8A 4Z8BA 1QOSA 1W6QA 4CPYA 2V5YA 5H9PA 1USRA 1GICA 2AENA 1YRZA 1W6OA 4GWMA 4M3CF 3AP6A 3AP7A 1MS9A 2VH9A 4BM8A 5CNAA 1INWA 1ENQA 2WJSA 2HTUA 2P37A 1XOGA 1MACA 2BQPA 5JOWA 4QN4A 4X49A 2SILA 1V0FA 5E8AA 1KJRA 2QWBA 3DGTA 1DBNA 1PZ9A 4MZEA 3USUB 4PBOA 2PHXA 3FFZA 2DYCA 3RS6A 3D5OA 4FOWA 3IN9A 1S0DA 1NMCA 1F5FA 4XJ8A 3WDUA 2ARBA 3WG3A 5GLZA 1N47A 1N3OA 1JYCA 3PMEA 2VSKA 4YM3A 3H73A 1IKQA 2ZGSA 1WBFA 2E7TA 4BLJA 4MWVA 1DILA 5NN9A 4FPCA 4FPOB 2ZGOA 2ZHNA 3VV1A 5KXBA 1LGBA 3SH3A 3BODA 4U2AA 2DVFA 3NSSA 3PVOA 2WT1A 1IS4A 4K1YA 4PCRA 3USUA 1WCSA 4Y20B 2BATA 5KXDA 1HQLA 2A5ZA 2VY0A 3UJOA 1LU1A 2DUOA 3ZXFA 3H6JA 3M2MA 2DU0A 4KS5A 2ZB6A 4QN5A 1G9AA 4Y1VA 1LECA 1B9TA 1YI7A 5DXDA 1BXHA 3MW3A 1S0GA 5H9RA 1NNAA 4QN6A 1BZWA 1RINA 4YW5A 4C1XA 1QNWA 1GKBA 2VW0A 2NZ9A 4H55A 1U0AA 2P3IA 4DRVA 1SFYA 3MPPG 2DVGA 2ZBJA 3I4IA 4YGBA 2ZGTA 3A72A 4YW2A 1ULEA 1N1YA 2LALA 1UX6A 4R9BA 3TICA 4GZXA 3OY8B 1PZ7A 5FREA 1G9DA 3ZXEA 2CTVA 2DUQA 4HL0A 1MS1A 1IOAA 4XBLA 5CA6A 4GB1A 4MX0A 3VKOA 5GLVA 4MC7A 4YZ2A 5GZFA 1FV3A 1BYHA 2QWKA 4I30A 4AYUA 4WEGA 2D7FA 4XJWA 3B9CA 4XJUA 4QN7A 1NN2A 3POWA 3WV6A 5CBLA 4GDIA 1FAYA 2F11A 1DIMA 1AX2A 2NP0A 2D6PA 1HKDA 2C4LA 4FJ6A 1HQWA 2W20A 3T1LA 3AYCA 1O4ZA 2OVUA 5T50A 2QWCA 4M3CA 2UWAA 4GALA 5HCFA 5GALA 4GZSA 1LOGA 3TI6A 4YGEA 1IVDA 4XIOA 1X50A 4XJZA 4LBKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PDWA 2IXLA 3L6VA 1DQ4A 2Q5TA 4Y3OA 2QVSB 3K48A 4ARYA 4B29A 4HZYA 1DYPA 2OT7A 3CJIB 3SALA 1Q8SA 1ONAA 2OQ6A 4CUCA 2GMPA 2BVBA 2HWB3 3LPFA 2RS53 2UURA 5C3OA 1ULPA 5EYXA 4N8MA 5F1RA 3TAYA 3O9JA 4IUGA 2HWF2 5HUGA 1LRHA 3O0WA 1NOVA 4FPJA 2F29A 2BNNA 2WNUA 1AR93 1N6DA 4MWJA 1RUJ3 2EALA 3JQXA 4LKFA 3M3IA 4CUAA 2DFCA 3KGGA 2UWBA 3EQEA 2XUMA 5FNSA 5JOYA 4J9TA 1QJY1 1VRH3 4HETA 2WWJA 2Z5WA 2BOIA 3ACLA 4RSUA 2IXJA 1CRZA 1DYKA 1JU4A 1X36A 4Q4Y2 3UT0A 3GBFA 1POOA 1H1IA 1COV2 1OLMA 4C0BA 3R05A 1XYNA 1AL22 5FY1A 1O3RA 5JVVA 1FPN2 3ZSLA 4MGIE 1WA6X 3ZKUA 4XFFA 1O3SA 4GD4A 1F8CA 4NPMA 4Q4W3 1RUC3 2VNVA 2VK5A 4EZHA 3R4DB 1XNTA 2FHRA 3UKNA 2W95A 3LOIA 5DAQA 3IPVA 3U11A 2VGDA 3UGHA 3T2TA 3VD5A 2W47A 1EPZA 3WG4A 4BISA 2QWFA 5DG2A 3WOGA 3S8VA 2WQ8A 1V00A 4FCAA 3WF2A 4XVHA 1PVC2 2B9VA 4K40A 1JYIA 1C8NA 3H42B 1PMHX 3VDDB 5JXGA 3HNBM 3IMNA 5FFOC 3T2QA 3LCPA 3ZFGB 3I1CA 1RXGA 4RFT0 3ROUA 2SIMA 2XVGA 3ZFEC 1PM4A 2WN3A 3U75A 1W9TA 5F6KA 1ZBA3 1W8FA 4JVAA 1USXA 2EIBA 1T2XA 4NWWA 3VZMA 4AHYA 4CDWC 3AVSA 4N43C 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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